##maf version=1 scoring=roast.v3.3 a score=1149661.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 0 2204 + 586476 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panTro4.chr4 131901821 215 - 193495092 ttcgagaccagcctaaccaacacggagaaaccccgtctctactaaaactaaaaaattagccgggcgtggtggcacatg-cctgtaatcccagctactagggaggctgaggcagaagaatcgcttgaacccgggaggcggaagttgtggcgagccgagattgcgccattgcactctagcctgggcaacaagagcgaaactccgtccc----------aaaagaaaag i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147159616 219 - 198332218 ttcgagaccagcctaaccaacatggagaaaccccatctctactaaaaatacaaaattagacgggcgtggtggcacatg-cctgtaatcccagctactagggaggctgaggcagaagaatcgcttgaacccgggaggcggaaattgtgctgagccaagatcatgccattgcactccagcctgggcaacaagagcgaaactcagtctc---c---aaaaaaagaaaag i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80674197 222 - 118206036 ttcaagagcagcgtaaccaacatggagaaatcctgtctctgctaaaaatacaaaattagccaggcgtggtggcacatg-cctgtaatcctagctactagggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacccaggaggcggaggttgtggtgagccgagatcacgccattgcactccaacctgggcaacaagagcgaaactccgtctc---caaaaaaaaaagaaaag i nomLeu3.chr9 M 439 C 0 s papAnu2.chr5 118616923 225 - 178775436 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0 s nomLeu3.chr9 80674419 21 - 118206036 -aaaagaaaaaTGGAGAGACTC i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118617148 21 - 178775436 -aaaagaaaaatggagagactc i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135121943 21 - 135778131 -aaaagaaaGATGGACAGACTC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65123132 21 - 190850796 -AAAGGAATAATGGAAAGACTT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4397236 22 - 63241923 AAAAGAAGTAATGGAGAAATTC i canFam3.chr13 I 32 C 0 e mm10.chr5 65009011 25 - 151834684 I e macFas5.chr5 123449132 3 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122071134 3 - 184069350 I a score=512255.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 20909 247 + 586476 TAAATGAAAACAG-AAATGGGTTGTTTGGAATGGACATGAAAG----GAATATAACACCTAGTCAGTAAATG-TAACTCTGGATGAATAGTATTTCATAG--ATCATGCCTTATTTTGAGCTAATTACAGGTGGCAACCTTAATAAGTCGCTTTTTATGCCTCCCTCTCTTTATCAGCTAAAACATGACACTT-ATCTGGTCCCAATCTTCCATGTGCCTAC-CAACTACCTGAACCATCAAGAatttaacaggttt s panTro4.chr4 131902057 247 - 193495092 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taaatgaaaagag-aaatgggTTATTTGGAATGGACATGAAAG----GAATATAACATCTAGTCAGTAAATG-TAACTCTGGATGAACAGTATTTCACAG--ATTATGCCTTATTTTGAGCTAATTACAGGTGGCAACCTTAGGAAGTCACTTTTTATGCCTCCCTCTCTTTATCAGCTAAA--ATGACACTTAATCTGGTCACAATCTTCCATGTGCCTAC-CAACTACCTGAACCATCAGGAATTTAACAGGTTT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135121964 246 - 135778131 TAAATGAAAAGAG-AAATGGGTTATTTGGAATGGATATGAAAG----GAATATAACATCTAGTCAGTAAATG-TAACTCTGGATGAACAATATTTCATAG--ATTATGCCTTATTTTGAGCTAATTACAGGTGGCAACCTTAGTAAGTCACTTTTTATGCCTCCCTCTCTTTATCAGCTAAA--ATGACACTTAATCTGGTCGCAACCTTCCATGTGCCTAC-CAACTACCTGAACCATCAGGAatttaacaggttt i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65123153 239 - 190850796 TGAAATAAAAGAG-AAATGGGTTATTTAGAATGGACAT---------GAATATAAAACCTAGTCAGTAAATA-TAATTCTTGATAAA---TATCTCATAG--ATTATACTTTATTTTGAGCTAATTATAGGTGGAAATCTTAGTAAGTCACTTTTTATGCCTCCCTCTGTTTTTCAGCTAAAACATGACACTT-ATCTGGTCCCAATCTTCCATGTGCCTAC-CAACCACTTGAACCATCAGGgatttaacaggttt i calJac3.chr3 C 0 C 0 s mm10.chr5 65009036 232 - 151834684 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nomLeu3.chr9 I 301 C 0 s rheMac3.chr5 122085159 84 - 184069350 AAGAAAATACAGGTTA-----T-AGCTTACATTTAGGTA---TCAGGAAATTCCCAGTCTTTCTGAGTTC--AAGATTCTTCACCTCTGATAAGA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123463116 84 - 189454096 AAGAAAATACAGGTTA-----T-AGCTTACATTTAGGTA---TCAGGAAATTCCCAGTCTTTCTGAGTTC--AAGATTCTTCACCTCTGATAAGA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118631894 83 - 178775436 AAGAAAATACAGGTTA-----T-AGCTTACATTTAGTTA---TCAGGAAATT-CCAGTCTTTCTGAGTTC--AAGATTCTTCACCTCTGTCAAGA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135136659 84 - 135778131 AAGAAAATACAGGTTA-----T-AGCTTACATTTAGGTA---TCAGGAAATTCCCAGTCTTTCTGAGTTC--AAGATTCTTCACCTCTGATAAGA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65138090 65 - 190850796 -AAGAAATGCAGG------------------------TA---TCAGGAAATTCCCGGTCTTTCTGAGTTC--AAGATTCTTCACCTCTGATAAGA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s mm10.chr5 65021967 84 - 151834684 GAAGAAACTTAGGTTAGCTACC-ATATTTTAACTAGGAA---CTGGGAAATACAGACTC-----AACTTC--TAATTTTCTCACCTCTAATCAGA i mm10.chr5 C 0 I 2435 s canFam3.chr13 4416509 86 - 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i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122085243 867 - 184069350 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gcatacagagcaagactctgtctcaaaaaaaaTAAaaataaataaat--aaataaataaataaataaataaataa i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80704705 65 - 118206036 gcatacagagcaagactctgtctcaaaCAaaa----------taaataaaaataaataaataaataaataaataa i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122100849 52 - 184069350 GCATGCAGAGCAAGACTCTGTTTCAAAAAAAA-----------------GA------aaataaataaataaataa i rheMac3.chr5 I 655 C 0 s macFas5.chr5 123479083 52 - 189454096 gcatgcacagcaagactctgtctcaaaaaaaa-----------------GA------aaataaataaataaataa i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118647176 44 - 178775436 gcatgcagagcaagactctgtctcaaaaaaaa-----------------ga--------------aaataaataa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135152344 52 - 135778131 gcatgcagagcaagactctgtctcaaaaaaaa-----------------ga------aaacaaataaataaataa i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e mm10.chr5 65030727 7334 - 151834684 I e canFam3.chr13 4424183 5110 - 63241923 I e calJac3.chr3 65150303 1187 - 190850796 I a score=754122.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 50710 254 + 586476 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taggcaagcaccaccaagcctggctaatttttgtatttttagtaaaggtgggtttttgccatgttggccagtctggtcttgaactcctg------------------acctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcataagccacagcgcctgacttgttatctttactttattaggaactaagTTTCTTCTGAGTAAACATTTAGTCtttttgttgttgttgttgttgttg------------ttgagacagggtcttgctctcttgtctaggctggagtgcagaggtgtgatattggctcactgcaaccgcctcctcctgggttcaagcattctcctgcctcagcctcccaa i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65152529 334 - 190850796 cagttgagtgccaccatgcttggttaatttttgtactttttgtagagacagggttttcctatgtttgccaggctagtctcaaactcttgacctcaagtgatctgcccacctcagcctcccaaagtactgggattgcaggcatgagccaccgcacctgacttgttatcttta-----ttAGGAGCTAAGTTTCTTCTGGGTAAACATTTAGTCttt-------tgttgttgttgttg------------ttgagacaaggtcttgctctgttgcccaggctggagcacagtggcataatcttgtcttactgcaacctccaccttctgggttcaaacattctcctgcttcagcttcccaa i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65030727 7334 - 151834684 I e canFam3.chr13 4429898 5499 - 63241923 I e rheMac3.chr5 122101951 239 - 184069350 M a score=2835211.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 52092 961 + 586476 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239 C 0 s macFas5.chr5 123480507 946 - 189454096 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i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65038696 905 - 151834684 I e canFam3.chr13 4436681 3675 - 63241923 I e papAnu2.chr5 118653826 0 - 178775436 C e chlSab2.chr7 135159196 5 - 135778131 I e macFas5.chr5 123485757 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122107439 0 - 184069350 C a score=18592.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 59950 7 + 586476 agtttcc s panTro4.chr4 131941052 7 - 193495092 agtttcc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147199422 7 - 198332218 agtttcc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80714411 7 - 118206036 agtttcc i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122107439 7 - 184069350 Agtttcc i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123485757 7 - 189454096 Agtttcc i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118653826 7 - 178775436 agtttcc i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65160339 7 - 190850796 agtttcc i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65038696 905 - 151834684 I e canFam3.chr13 4436681 3675 - 63241923 I e chlSab2.chr7 135159196 5 - 135778131 I a score=4121712.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 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i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122107446 1416 - 184069350 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i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123485764 1417 - 189454096 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acaaacaaGTGTTAAGCAATTCAAGGAACTCCATTAACCTCTATGAAATTAATAAAACACTTAGTGATTAGGTTAGGTTGATGGGCAGCTGAACTCTTCGAGATTTTATCTATATCTCTTTAAgaactccaggatcagggctctctgttcgaatccagaccctggcacttataggagctattcagttgattgtattaatcaagttaacctctttgtactctgtgtcctcctctgtgacagtacatgggaatcaaaatatctacctcagagagtcactgcgcagatttagcaagtaaatcatgagtgttatctgacatatagcagtaagtac-aaaaaagtagctACAGTGATAAGAACATAACATATAAATTAATATAATACAATAAACATTGTTACTATTATTGGCAGTAGTTTTA--------CTATTTTTTAGAGAGAAGAGAGATAGGACAC i chlSab2.chr7 I 3 C 0 s calJac3.chr3 65163821 443 - 190850796 ataacaaaGTGTTAAGTAATTCAAGGGACTCCATGAATCTCTATGAAATTAATAAAACACTTAGTGATTAGA-----TTGGTAGGCAGCTGAACTCTTCAAGAATTTATCTGTGTCTCTTTAAgaactccagaattggggctctctgtttgaatccagacattgccact--taggagctattcagttgattgtattaatcaa-ttaatctctttgtactctgtgtcctcctctgtgacagtacataggaatcaaaatatctacctcagaaagtcactgtgcagatttaggaagtaaagcatgggtgtgatctggcacatagcagtaagtacaaaaaaagtagctACaataataataacataatatataaat-----taatataataaacattattattattattGGCAGTAGATTTACCATAGCCCTATTTTTTAGAGGGAAGAGAGATAGGGCAC i calJac3.chr3 C 0 C 0 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CAA-------------------tttttttttttttttttttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147208193 23 - 198332218 CAA-------------------Attttttttttttttttttt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122117570 19 - 184069350 Caa-----------------------tttttttttttttttt i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123494514 15 - 189454096 CAA---------------------------TTTTTTTTTTTT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118662613 42 - 178775436 caattctttttttttttttttttttttttttttttttttttt i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135168277 23 - 135778131 caa-------------------ttctttttttcttttttTTT i chlSab2.chr7 C 0 I 14 e mm10.chr5 65046420 5866 - 151834684 I e canFam3.chr13 4441889 0 - 63241923 C e calJac3.chr3 65175068 0 - 190850796 C e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I a score=18979.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 68439 16 + 586476 ttt---gagatggagtctc s panTro4.chr4 131949553 19 - 193495092 ttttttgagatggagtctc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147208216 19 - 198332218 ttttttgagatggagtctc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122117589 16 - 184069350 ---tttGAGATGGAGTCTC i rheMac3.chr5 C 0 I 1 s macFas5.chr5 123494529 16 - 189454096 ---TTTGAGATGGAGTCTC i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118662655 16 - 178775436 ---tttgagatggagtctc i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e mm10.chr5 65046420 5866 - 151834684 I e canFam3.chr13 4441889 0 - 63241923 C e calJac3.chr3 65175068 0 - 190850796 C e chlSab2.chr7 135168300 14 - 135778131 I e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I a score=187.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 68455 1 + 586476 g s panTro4.chr4 131949572 1 - 193495092 g i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147208235 1 - 198332218 a i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123494545 1 - 189454096 A i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118662671 1 - 178775436 a i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e mm10.chr5 65046420 5866 - 151834684 I e canFam3.chr13 4441889 0 - 63241923 C e calJac3.chr3 65175068 0 - 190850796 C e chlSab2.chr7 135168300 14 - 135778131 I e rheMac3.chr5 122117605 1 - 184069350 I e 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calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4445150 285 - 63241923 aataaggaacttctcacacagctttagggacagtaaactggtgcaatcattccagagagcaatctggaagtacttggtaaattaactacacttatacattctatatgatgtagcaattatac-cccaggtctcttacaactgtcactagtaatagtttttatagcactgtttgaggtaatagaaatggaggaagcctagatgtctatcagaagaggaatgggaagtaaaatgagaaatagacataagataattaagaaatatgcagcactcagaattaatgttcta i canFam3.chr13 I 201 I 195 e mm10.chr5 65046420 5866 - 151834684 I e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I a score=226150.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 73718 84 + 586476 gattaatatttatctggatggctcttaaaatatcatgacaaattggggaataaacaatatgagatttataaaagaataactttc s panTro4.chr4 131954836 84 - 193495092 gattaatatttatctggatggctcttaaaatatcatgacaaattggggaataaacaatatgagatttataaaagaataactttc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147213492 84 - 198332218 gattaatatttatctggatggctcttaaaatatcatgacaaattggggaataaacaatatgagatttataaaagaataactttc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122122565 84 - 184069350 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accgtgttagccaggatggtctcgatctcctgacctc--gtgatctgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcttgagccaccgcgcccagcc i chlSab2.chr7 T 5031 I 1 s calJac3.chr3 65186033 103 - 190850796 atcatgttgactaggctggtcttgaactcctgacctcaggagatccacatgccttggcctcccaaaaagctgggattatatgcatgagccactgcacccagcT i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65046420 5866 - 151834684 I e canFam3.chr13 4454704 0 - 63241923 C e rheMac3.chr5 122131413 428 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I e ponAbe2.chr4 147222652 324 - 198332218 M a score=24303.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 81866 15 + 586476 GAGAGATGAATATTA s panTro4.chr4 131964255 15 - 193495092 GAGAGATGAATATTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123509653 15 - 189454096 GAGAGATGAATATTA i macFas5.chr5 I 316 C 0 s papAnu2.chr5 118676746 15 - 178775436 aagagatgaatatta i papAnu2.chr5 I 302 C 0 s chlSab2.chr7 135180447 15 - 135778131 GAGAGATGAATATTA i chlSab2.chr7 I 1 C 0 s calJac3.chr3 65186136 15 - 190850796 GAGAGATGAATATTA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s 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cctcagcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgcgcccagccAGATCCTAC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122136122 52 - 184069350 tctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcttgagccaccacgcccggcc--------- i rheMac3.chr5 M 178 C 0 s macFas5.chr5 123513459 61 - 189454096 cctcggcctcccaaagtactgggattacaggagtgagccaccgcgccccgccAGATCCTAC i macFas5.chr5 C 0 I 964 s papAnu2.chr5 118680856 61 - 178775436 cctcggcctcccaaaatactgggattacaggagtgagccaccgtgccccgccagaTCCTAC i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135186214 61 - 135778131 cctcggcctcccaaaatactgggattacaggagtgagccaccgtgccccgccAGATCCTAC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65189902 61 - 190850796 cctctgcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccactgtgcctggccAGATCCTAC i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4461567 23 - 63241923 ---------------------------------TGAGTCATCATG---GGCTGTATCCT-- i canFam3.chr13 C 0 C 0 e mm10.chr5 65052415 4474 - 151834684 I e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I e panTro4.chr4 131967252 0 - 193495092 C a score=630496.000000 s 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AATGTATGTACCAgagcttctggatagttgaacacatgtcagttcctggagggtggtgtgcccagggatggcacggaagctctgtgccccttcccctgtgtctcaccctatgtgtctctttatctgtatcttttgtaatatcttttatttac-ttttttttttagagacagggtcttgctctgtcacccacgatggagagaagtggtgcgatctt----ggctcactgcaacttccttctccc--aggttcaagtaattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggattacaggtatacaccaccatgactggccaatttttgtatttttagtagaaacggag-tttttgcagtgttggccagactggtctcgaactcctgacttcaagtgatctgcccgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgcacccagcctgcaatatcttttataataaacccatagatgtaagcattcccctgagttctgtgggctgttccagcaaattaattgaaccccaaaaaacgggtaatgggaactacaacttgcagcccaatggtcagaaactccagaggcccagacttg-aactggtttgtgtgtagttggcagtcttgaggactgagccctcagtttgtggaatctgactcta----tgggtagatagaattggaatggaactaaagaacacccagctggtgtctgctgcttggtgcgttaggaaaaaactccatgcatttggtcacagaagtcttattctgtgttgatgattgctgtggtgtcagaggagacagaaaacacagttagggagagttccccTACACAattgatgtcagtgaagtgggatttgctagaacagcactcactcatggaaaaatgtggtttaggaagagaaaggataaaagggtggggggatgaggaatctttgattcctgggtgaccatcatagtcactgatgatatgaagttgcagttgtgttgagatcagttactacaggtgaaaattaccagcggaatttagaggtggatagaactccccaggaattggttcactggatgcaaaaggaaatgcagactaataagaaaaaagcaaaatattcagtcctttggtt 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AATGTATGTACTAGCgcttctggatacctgaacacatggcagttcctggagggtggtgtgtccagggatggcatggaagctctgtgccccttctcctatgtctcaccctatgcatctcttcatctgtatcttttgcaatatcttttattttattattttttttagagacagggtctttctctgtcacccagactggagtgcagtggtacaatcttgttgggctcactgcaacctccttctcctcaaggttcaaggaattctcctgcctcagcatccggagtagctgggattacaggcatgcaccactatacctggctaatttttgtggttttaatagaaatgggg-tttttgcaatgttggccaggctggtcttgaactcctgacttcaagtgatctgcccgctttggccctccaaaatgctggg---------atgagacactgtgcctgg-ctgcagtatctttcataataaaccagtagatgtaagtatttccctgagtttggtaagctgctccagcaaattaattgagccc-aaagagggggtcatgggaaccacaacttgaatcccagtggtcagaagttccagaggcccgaacttgcagctagtttgtgtttggttggcagtctcggggactgagccctcaatttgtggaatctgaccctatctctgggtagacagggttgaaatggaactaaaggacactgagctagtgtctgctgcttggtgtgttaggaaaaaaacccatgc-tgtggtcatagaagtc---ttctgtgttgatgattgttgtggtgtgagagcaaagaaaaaacac----agggagagtttctctaaacaattgatgtcactgaagtgggatgtacaggaacagccctcattcacggaaatatgtggtttagaaaaagaaagggtaaaagagtggggagatgaggattctttgattcctgggtgacca-cgtggtcacccatggtatgaagttgcagctatgtta----cagttactagaggtgaaagtcatcagtggaatttagagatggataaaacttcccaggaattggttaataggatgcaaaaggaaatgcaaactaataagcaaaaagcaaaatactcattcctttt--- 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s ponAbe2.chr4 147230522 1365 - 198332218 tgaatatgtccattacccaggtcgtggtaaatactctggttaagagggccccttctatatgggcaccccatgtgacattactcctgcagactcaaacaacagttcaagaagccttatcaaatttgtggtctcagtttcccctcatggatctcatagatgctaataaaaacattaggttaattaataagagaacagtgaaaggcaaaagggagagtcaaagactcatcccaggaagatagaaattttaaaatggttattaaaatacaaagtgaatgaagaaaacattgatggggtgaaactaagaagaaaaagaaaggggagaatcatgggactcgtcccagcagaatggaaaactttagatgcttattaagaaatagaataaataaaatagaaattgatggggttaagcaaaggtcttaatacaacactgttgaaggttggatggaccagagggggccccatcttgtcccccaacattaaaaggccgcaaaccagtctgctgtatttctgccagtttggagaaatttaaaaagctggaaggcagagattacaatgaaaaatcagatctaaaattgcctggggcaacagtcaggaagactaatcaagataaagattaataaaagggccagggtcctttggctcaatccttggctggggacccaaagctttttacacaagatagggtaaaatgacctgggggtaaagaagagaagatcctgaaactggaacataaaaatttaagagttgataggattatgaaagttggtatatttgaaaacactttatgtgaagtgattgcatctcttttacctgatttttttt---gtgggaatgaacatagtatctcattgggaaatatttctcctccctggtactgtaaaacagaaggcatgtaa--atctgccctcaagcaatattaattggacatgctaaatgggaacaagtgagattgcccaagtccacacagtgcagagtagaagctagaatgctgttatggataaattctccacttgataagcctctgtgatg-tatttcctggagcttgtggcaaaagcctctgagcacctcccagcaacatctactgggactttggactatggaacttccatttgaggggcatttactgctttgctatgaaatgttaggtgaagctacccctat-aacacctgaaattcccatgttgtcccagcgatgtcagagaaacattctaacagggatggcagtgcccaggagagttccataataaaatagacatggtttatagaggatcatgccacctaagaaatgcaaggaggagattctcttgagcagggagtttcttttctcccaagactgactctggaactgtgtgagaaactgctagattctac 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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 e mm10.chr5 65057414 9 - 151834684 I e canFam3.chr13 4462698 243 - 63241923 I e papAnu2.chr5 118683956 5061 - 178775436 I e calJac3.chr3 65192706 4771 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135189016 4525 - 135778131 I e macFas5.chr5 123517186 4537 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122138878 4614 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I a score=22103.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 93502 40 + 586476 ttttctttcctctctctctttct--gacaaactctcgcactg s panTro4.chr4 131969728 40 - 193495092 tttcctttcctctctctctttct--gacaaactctcgcactg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147234401 40 - 198332218 tctctctttctttctctctttct--gacaaagtctcgcactg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123521723 42 - 189454096 tttcttttcttttttttttttttgagacaaagtcttgtaccg i macFas5.chr5 I 4537 C 0 s papAnu2.chr5 118689017 42 - 178775436 ttttcttttttttttttttttttgagatgaagtcttgtacca i papAnu2.chr5 I 5061 C 0 e mm10.chr5 65057414 9 - 151834684 I e canFam3.chr13 4462698 243 - 63241923 I e calJac3.chr3 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CCTGtgttaggaataacgctcaaaattctaaggaaattgaacactcgaaaaaaggattcttagcaaagcaaatttacttctgcgcagaggggtgcctccttaaccagttgccatgagagcacacctggacaaagggacacaagaacctttacttctgacgcaaagtccttccccgtaccctttttttattggccagggtcgggtagtgcaatctacatcaatcctagttggctaagcatttgatttttttttagacagggtgggcacgtagaagaaagcggagaggaaggccgggcacagtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgag i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118721662 339 - 178775436 CCAGTGTTAGGAATAACGCTCAAAATTCTAAGGAAATTGAACACTCaaaaaaaGGATTCTTAGCAAAGCAAATTTACTTCTGTGCAGAGGGGTGCCTCTTTAACCAGTTGCCATGAGAGCACACCTGGACAAAGGGACACAAGAACCTTTACTTCTGACGCAAAGTCCTGCCCCGTACCCtttttttATTGGCCAGGGTCGGGTAGTGCAATCTACATCAATCCTAGTTGGCtaagcatttgatttttttttagacagggtggGCACGTAGAAGAAAGCAGAGaggaaggccgggcacggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgag i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e mm10.chr5 65060851 385 - 151834684 I e canFam3.chr13 4464296 0 - 63241923 C e calJac3.chr3 65204301 0 - 190850796 C e chlSab2.chr7 135209740 5728 - 135778131 I e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I a score=40230.000000 s 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papAnu2.chr5 C 0 I 42 s chlSab2.chr7 135219462 230 - 135778131 CACAGTAAATCAAATATTAACTC----TG--TGCATGT-TTTTGAGTTTTTATTAAGTA-----GTGTTTG-------------TATCTTT-------------------GTACCTATTCTCATAGCTATTG-CCTACATCCAAGTAGGCATTTTGTT------TAGTTCCTTTTCTTTATTCTCTTGAAATAATGAAAAGTGAAAACTTCTATCATTTGATTGACTGTTTTAAGTCTTTAAGTAT-ATTATAGTTTGGGCAAAAATGCCTATTAAAGACat- i chlSab2.chr7 C 0 I 26 s calJac3.chr3 65210211 233 - 190850796 CACAGCAAATCAAATATCAACTCTTTGTG--TGCGTGTATTTTGAGTTTTTATTAAGTA-----GTGTTTG-------------TATCATT-------------------GTACCTCTTCTTATAGCTATTG-CCTACATCCAAGTAGGCACCTTGCT------TAGTTCCTTTTCTTTAGTCTGTCAAAATAATGAAAAGTGAAAACTTCTATCATTTGATTGAT--TTTTAAGTCTTTAAGTATAATCACACTTTGGGA-AAAATGCCTACTACTGATAA- i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4470671 276 - 63241923 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TAAGGAAAGTTCAGATTAGGAAGGACACCTAATCTAGACTAAAAGAGAATAGCTTCTTAGAGAAAGTGAAAGAATGAGTTAAATGCTGATACCTGGTTAGTTCAGTAGGACCACGAAAGAGAATGGATA--CTGAATCAAAGAA---CATTTATGTAGATAACCTGATAAAACAGAAAATAGCTCAGAGTACCAAGTATACCATTACTAGGGATGTGGCTGAAGAGGTAGGAAGACAAGATATTAGA---TATGCTAAAAATCCAAAAGTTATCCtgaaatggtaaatggtaattggaagatttttagcaagacagtgacatgatcagactggtatttcaaaatgaacattctagcaagaggtgggataatgtattggattagaataagacaggaagcagaaagaccccttaggCATTTGattcatttattcaatattagtggtaccaaattcttagtatgtaacaactattgagccagatgttggggacacagtggtgaacaaaaa--atgttcactgcttt-cttcaaaagtttaaaatcttgtACATCAATACAATAATTCAGGGAGGTAATCCAGTATTTGATCATTGTCTCCCTTCCAAAATTATATATGTGTTACTTTATTAGAATTAAAAAATATAGATGAATAAGAAGAGTAGGAACAAAATCTGACATCATTTCAACCTCTAGGAAATATTAA-ATTTTATTGTATATA i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65066918 2540 - 151834684 I e canFam3.chr13 4471026 878 - 63241923 I e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I a score=851431.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 121245 401 + 586476 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catgcttctagatttttaaaaatacagtatgtgtatatattgtatatcatacaattatatgaataaatcagactgttctcaattggtttatgatctactttcctcttaacaacacatggtgatctttccataaccataaatctatttatccatatta-ttttttatgaggggatgatgttctactgcatTTTC----------GGTAGGActattcaaaacaatgttagaatgaatattcttataggcaagttttaa-----atttcattagattaaattcttagaagtggaataaaagaaaatgcacattttaaaggcctttgataATGCCCCAAACCCTCCTTTATAATCTTTTCTTCTGGCTTCCATAC----CATACTTCGTCAGGttttttttttttttttttttt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122179325 398 - 184069350 CATACTTCTAGATTTAAAAAAATATAGTATGTGTATATATTGTATATCATGCAATTATATGAATAAATCAGACTGTTCTCAATAGGTGTCTGATCTACTTTCCTCTTAA-AACACATGGTGATCTTTCCATAACCATAAATCAATTTATCCATATTA-TTTTTTATGAGGAAGTGAAGTTCTATTGCATTTTCGGACATTTTGGGTAGGACTATTCAAAACAATGTTAGAATGAATATACTTATAGGCAAGTTTTACA------TTAATTTTATTAAATTCTTAGAAGTGGAATAAAAGAAAACACACATTTTAAAGGCCTTTGATAATGCCCCAAGTCCTCCTTTATAATCTTTTCTTCTGGCTTCCATACCATACATACTTCGCTAGttttttttttttttt-----tt i rheMac3.chr5 C 0 I 18 s macFas5.chr5 123566971 393 - 189454096 CATACTTCTAGATTTAAAAAAATATAGTATGTGTATATATTGTATATCATGCAATTATATGAATAAATCAGAGTGTTCTCAATAGGTTTCTGATCTACTTTCCTCTTAA-AACACATGGTGATCTTTCCATAACCATAAATCAATTTATCCATATTA-TTTTTTATGAGGAAGTGAAGTTCTATTGCATTTTCGGACATTTTGGGTAGGACTATTCAAAACAATGTTAGAATGAATATACTTATAGGCAAGTTTTACA------TTAATTTTATTAAATTCTTAGAAGTGGAATAAAAGAAAACACACATTTTAAAGGCCTTTGATAATGCCCCAAGTCCTCCTTTATAATCTTTTCTTCTGGCTTCCATACCATACATACTTCGCTAGTTTTTTTTTTTT---------- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118729624 394 - 178775436 catacttctagatttaaaaaaatatagtatgtgtatatattgtataCCATGCAATTATATGAATAAATCAGACTGTTCTCAATAGGTTTCTGATCTACTTTCCTCTTAA-AACACATGGTGATCTTTCCATAACCATAAATCAATTTATCCACATTA-TTTTTTATGAGGAAGTGAAGTTCTATTGCATTTTCGGACATTTTGGGTAGGACTATTCAAAACAATGTTAGAATGAATATACTTGTAGGCAagttttaca------ttaattttattaaattcttagAAGTGGAATAAAAGAAAACGCACATTTTAAAGGCCTTTGATAATGCCCCAAGTCCTCCtttataatcttttcttctgGCTTCCATAC----CATACTtcgctagttttttttttttttt-----tt i papAnu2.chr5 C 0 I 1 s chlSab2.chr7 135221193 394 - 135778131 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nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I a score=35373.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 121646 20 + 586476 AACT--ACATCAGCAACTCATA s panTro4.chr4 131997869 20 - 193495092 aact--acatcagcaactcata i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147262499 20 - 198332218 AACT--ACATCAGCAACTCATA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123567364 20 - 189454096 AACC--ACATCAGCAACTCATA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118730019 20 - 178775436 aacc--acatcaGCAACTCATA i papAnu2.chr5 I 1 C 0 s chlSab2.chr7 135221597 22 - 135778131 AACCTTACATCAGCAACTCATA i chlSab2.chr7 I 10 C 0 s calJac3.chr3 65212138 20 - 190850796 AACC--ACATCAGCAACTCATA i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65066918 2540 - 151834684 I e canFam3.chr13 4471026 878 - 63241923 I e rheMac3.chr5 122179723 18 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I a score=936398.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 121666 394 + 586476 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macFas5.chr5 123567384 441 - 189454096 CACAGTCGTCTTCCATTAGTTCATTgccgcacattgaaatcatctggggatctttaagaattactgatgcctggctcccacccttagacatatcaattcattggtatgCCCACAATTCActggctcccaccctcagacataacagtttcattggtatgtggtacaatctgggaagtagaatttgtagaagtgcctcaagtgattcttacttgcagcaaaagatagaaaccactgTATTCTTTTATTTTCCCTGTT---TATAGAAATTTAAGTTCCATCCTAGATCTGCATCTTACCTTTTTTCACATGC----TCTTCATATGTAATCATAATTTTACCTCTTCCACTCTAAACTCTATGAATATAATTAAAAACTCATATTTTGCACTTTTCTTGAGGTCCAGTTTCACTTTGTTCATTGTCTATAGGAAAGTATGCACTAATGCT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118730039 441 - 178775436 CACAGTCATCTTCCATTAGTTCATTGCCGCACATTGAAATCATCTGGGGATCTTTAAGAATTACTGATGCCTGGCTCCCACCCTTAGACATATCAATTCATTGGTATGCCCACAATTCACTGGCTCCCACCCTCAGACATAACAGTTTCATTGGTATGTGGTACAATCTGGGAATTAGAATTTGTAGAAgtgcctcaagtgattcttactTGCAGCAAAAGATAGAAACCactgtattcttttattttcactgtt---tatAGAAATTTAAGTTCCATCCTAGATCTGCATCTTACCTTTTTTCACATGC----TCTTCATATGTAATCATAATTTTACCTCTTCCACTCTAAACTCtatgaatataattaaaaactcATATTTTGCACTTTTCTTGAGGTCCAGTTTCACTTTGTTCATTGTCTATAGGAAAGTATGCACTAATGCT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135221619 441 - 135778131 CACAGTCGTCTTCCATTAGTTCATTgccgcacattgaaatcatctggggatctttaagaattactgatgcctggctcccacccttagacatatcaattcattggtatgCCCACAATTCActggctcccatccttagacataacagtttcattggtatgtggtacaatctgggaattagaatttgtagaagtgcctcaagtgattcttacttgcagcaaaagatagaaaccactgTATTCTTTTATTTTCCCTGTT---TATAGAAATTTAAGTTCCATCCTAGATCTGCATCTTACCTTTTTTCACATGC----TCTTCATATGTAATCATAATTTTACCTCTTCCACTCTAAACTCTATGAAGATAATTAAAAACTCATATTTTGCACTTTTCCTGAGGTCCAGTTTCACTTTGTTCATTGTCTATAGGAAAGTATGCACTAATGCT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65212158 389 - 190850796 CACAGTCTTCTT-CATTAGTTCATTgctgcacattgaaatcatctggggatctttaaaaattactgatgcctggctcctacccttagatgtaccaatt-------------------------------------------------tcatttgtatgtagtacaatctgggaattagaagttttagaagtgcctcaagtgattcttacttgcag---------GAAACCACTGTATTCTTTTATTTTCCCTGTTTACTACAGAAATTTAGTTTCCATCCTAGATCCGTATCTTATCTTTTTTCACATGCTGTATCTTCATATGTAATCGTAATTTCACCTCTTCCAGTCTAAACTCTATGAATGTAATTAAAAACTCATATTTTGCATTTTTCCTGAGGTCCAGTTCCACTTTGTTCATTGTCTATAGGAAAGTGTGCACTAATGCT i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65066918 2540 - 151834684 I e canFam3.chr13 4471026 878 - 63241923 I e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I a score=972535.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 122060 390 + 586476 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TTGGCTTTTTAAAGGACATTTCTGAgccaggtgtgttggctcatgactgtaatgctagcactttgggaggttaaagctggtggataacttgagtccagtgctttgagaccagactggtgaacatggcaaaaccacatctctac-aaaaaatacaaaaattagctgggtgtggtggcacacacctgtagtcctagctacttgggggctgaggctgg i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65217263 214 - 190850796 TTGGC-TTTTAAAAGACATTTCCAAGATCggtgtgttggctcatacctgtgatcctagcgctttggaaggtcaaagcaggtagatggcttgagtccagaggtttgagaccagcctggtgaacatggtgaaaccctgtctctacaaaaaaatacaaaaattagctgtctgtggtggcacacatttgtagtcctagctacttgggggctgaggctgg i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65073798 976 - 151834684 I e canFam3.chr13 4471026 878 - 63241923 I e nomLeu3.chr9 80717026 24067 - 118206036 I a score=1134272.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 124584 427 + 586476 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aggattgcttgatcctaggaggttgagggtgcagtgacctgaggttgtgccactgcacttcagccttggcagTAGAGTGCCaccttgtct-----------------------------caacaaaacaaaaca-----gcaaagacACTTCCTCTATTTCCAAGGAAGCAAGTCAAGAACATTTTATACTGCCTGCTCCTAACAAATGATTATTCCCAAGCCTCTCTCTTTTCcctaaatgagata-ttttattatgGTAATTCTGTCTGTCATGCGCCTTTTATTTGCCCCTCTGAATCCTTTTCCATGCTCCACCTTCCTCTACCTACAATGCTATCCTGGGAGGCTGACCTGCATGAACAACCTTAAAGGATTCTTACCTCCTCTGGCTTCCAGTTGGGTTAAGCCTATGGGGAGGCACAGCAGTAGAT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135224548 398 - 135778131 aggatcgcttgatcctaggaggttgagggtgcagtgacctgaggttgtgccactgcacttcagccttggcagtagagtgccaccttgtct-----------------------------caacaaaacaaaaCA-----GCAAAGACACTTCCTCTATTTCCAAGGAAGCAAGTCAAGAACATTTTATACTGCCTGCTCCTAACAAATGATTATTCCCAAGCCTCTTTCTTTTCCCTAAATGAGATA-TTTTATTATGGTAATTCTGTCTGTCATGCGCCttttatttgcccttctgaatccttttccgtgctccaccttcctctacctacaatgctatcctgggaggctgacctgcatgaacaaccttaaatgattcttacctcctctggcttccagttgggttaagccaatggggaggcacagcagtagat i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65217477 415 - 190850796 aggatcgcttgatcctgtgaggttgaggctgcagtgagctgagattgtgccactgcactcccgccttggcagtggagtgagaccttatttc----aaaaaaCGAAAaacaacaacaacaaaaacaacaacaaca-----acCAGGACTCTTCCTCTACTTCCAAGGAAGCAAGTCAAGGACATTTTATGCTACCTGCTCCTAACAAGTGATTATTCCCAAGCCCCTTTCTTTTCCCTAGATGAAATA-TTTTATTATGGTTATTCtgtctgtggtgtgcc-tttatttgcccctctgaatccttctccactctccaccttcttctacctac-atgctatcctgggaggctgacctgcatgaac------aaaggattcttacctcctctggcgtgcggttggattcagtcaataacgaggcacagcaatagat i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65073798 976 - 151834684 I e canFam3.chr13 4471026 878 - 63241923 I a score=305496.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 125011 140 + 586476 aagaaggaggtgg--gg-cgggcgcggtggctcaagcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcgggcggatcacgaggtcaggagatcgagaccatcctggctaacatggtgaaaccccgtctctact-aaaaatacaa s panTro4.chr4 132001235 140 - 193495092 aagaaggaggtgg--gg-cgggcgcggtggctcaagcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcgggcggatcacgaggtgaggagatcgagaccattctggctaacatggtgaaaccccgtctctact-aaaaatacaa i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147265830 137 - 198332218 aacaacgaggtgg--ggccgggcgcggtggctcaagcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcgggcgga----gaggtgaggagatcgagaccatcctggctaacatggtgaaaccccgtctctact-aaaaatacaa i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80741496 143 - 118206036 gagaaggaggtggttgc-tgggcacgctggctcaagcctgttatcccagcactttgggaggctgaggcgggcagatcacgaggtgaggagatcaagaccatcctggctaacacggtgaaaccccgtccctgccaaaaaatgcaa i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122183067 141 - 184069350 aagaaggAAGTGG--ggccgggtgcagtggttcaagcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcaggcggatcacgaggtcaggagatggagaccatcctggccaacacagtgaaaccctgtctctact-aaaaatacaa i rheMac3.chr5 C 0 I 421 s macFas5.chr5 123570708 141 - 189454096 aagaaggaagtgg--ggccgggcgcagtggttcaagcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcaggcggatcacgaggtcaggagatggagaccatcctggccaacacggtgaaaccctgtctctact-aaaaatacaa i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118733357 139 - 178775436 AAGAAGGaagtgg--ggccgggcgcagtggttcaagcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcaggcggatctcgaggtcaggagattgagaccatcctggccaacatggtgaaacccagtctttact-aaaaatac-- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135224946 141 - 135778131 aagaaggaagtgg--ggccgggcgcagtggttcaagcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcaggtggatcacgatgtcaggagatggagaccatcctggccaacacggtgaaaccccgtctctact-aaaaatacaa i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e mm10.chr5 65073798 976 - 151834684 I e canFam3.chr13 4471026 878 - 63241923 I e calJac3.chr3 65217892 0 - 190850796 C a score=342388.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 125151 181 + 586476 aaaaaaaa-------------ttagccgggcgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctactagggaggctgaggcactagaatgga-----------------------------------gtgaacccgggaggcagagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgac-agagcgagactctatctccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa------ s panTro4.chr4 132001375 182 - 193495092 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattagccaggcgtggtggcgggcgcctgtagtcccagctactagggaggctgaggaactagaatggt-----------------------------------gtgaacccgggaggcagagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgac-agagcgagactctatctccaaaaaaaaaaa------------------ i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147265967 174 - 198332218 aaaaaaa--------------ttagttgggcgtagtggcgggcgcctgtagtcccagctactagggaggctgaggcactagaatggc-----------------------------------gtgaacccgggaggcagagcttgcagtgagccgagatcgcgccactgcactccagcctgggcgac-agagcgagactctgtctccaaaaaaaaaaa------aaaaaa------ i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80741639 174 - 118206036 aaaatg---------------ttagcctggcgtggt---gggcgcctgtagtccctgctactcgggaggctgaggcaggagaatggc-----------------------------------gtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagtcgagatggcgccgctgcactccagcctgggcgacaagagggagactccgtcgcaaaaaaaaaaaa---aaaaaaaaa------ i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122183629 175 - 184069350 AAaaaaaa-------------ttagccaggcatggtggcgggcacctgtagtcccagctgcttgggaggctgaggcaggagaatggc-----------------------------------gtgaaccagggaggcggagcttgcagtgagctgagatcaggccactgtacttcagcctgggtgac-agaacaagactccatctcaaaaaaaaaaaa------aaaaaa------ i rheMac3.chr5 I 421 C 0 s macFas5.chr5 123570849 171 - 189454096 --aaaaaa-------------ttagccaggcatggtggcgggcacctgtagtcccagctgcttgggaggctgaggcaggagaatggc-----------------------------------gtgaaccagggaggcggagcttgcagtgagctgagatcaggccactgtacttcagcctgggtgac-agaacaagactccatctc--aaaaaaaaaa------aaaaaa------ i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118733496 216 - 178775436 aaaaaaaa-------------ttagctgggcacggtggcgggcacctgtagtcccagctgcttgggaggctgaggcaggagaatggcgtaaacctgggaggcggagcttgcagtgagctgaagtaaacccgggaggcggagcttgcagtgagctgagatcaggccactgtacttcagcctgggtgac-agaacaagactccatcacaaaaaaaaaaaa------aaaaaaaaaaaa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135225087 173 - 135778131 --aaacaa-------------ttagccaggcatggtggcgggcacctgtagtcccagctgcttgggaggctgaggcaggagaatggc-----------------------------------gtgaacccgggaggcggagcttgcagtgagccgagatcaggccactgtacttcagcctgggtgat-agaacaagactccatctcaaaaaaaaaaaa------aaaaat------ i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e mm10.chr5 65073798 976 - 151834684 I e canFam3.chr13 4471026 878 - 63241923 I e calJac3.chr3 65217892 0 - 190850796 C a 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papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135225408 22 - 135778131 TACAAAACCCTGGGTTCTTGAG i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65218565 22 - 190850796 TACAAAACCCCCGGTTCTTCAA i calJac3.chr3 I 519 C 0 s mm10.chr5 65074905 21 - 151834684 TATGGAACCTTGGCTTTTAGA- i mm10.chr5 C 0 I 74 s canFam3.chr13 4472070 22 - 63241923 tacaaaaccctgggttcctgtg i canFam3.chr13 C 0 C 0 a score=131109.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 125515 46 + 586476 TTATAAATCAGAATTACCCTACGTCCACACTTAAT--TTCCTTCTTGA s panTro4.chr4 132001738 46 - 193495092 TTATAAATCAGAATTACCCTACGTCCACACTTAAT--TTCCTTCTTGA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147266317 46 - 198332218 TTATAAATCAGAATTACCCTACGTCCACACTTAAT--TTCCTTCTTGA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80741989 46 - 118206036 TTGTAAATCAGAATTACCCTACGTCCTCACATAAT--TTCCTTCTTga i nomLeu3.chr9 C 0 I 1012 s rheMac3.chr5 122183974 46 - 184069350 TTATAAATCAGAATTTCTCTAAGTCCACACTTAAT--TTCCTTCTTGA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123571190 46 - 189454096 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ponAbe2.chr4 147267421 303 - 198332218 gaggtcaggaga-ttgagaccattctggctaacactgtgaagccccatcttaccaaaaatccaaaaaattagccaggcgtggcaggacatgcttgtaatcccagctgcttgggaggctgaggcagaagaattgcttgaacccaggaggtggaggttacagtgagccaagatcgcaccactgcactccagcctggatgacagagtgagactctgtctcaaataaaaaaaaaa---aaaagaaaga------aaaTTATTATCTggctgggtgcagtggctca-acctgtaatcctagcactttgaggggccgaag i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80743659 294 - 118206036 aaggtcaggaga-ttgagaccatcctggctaacactgtgaagccccgtcttcctaaaaatccaaaaaattagccagatgtggcaggacatgcctgtaatttcagctacttgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacctgggaggcggaggttgcagtaagccaagatggcaccactgcactcgagcctggatgacagagtgagactccgtctca----aaaaaaaaa--------aaaga------aaaTTATTGTATggctgggttcagtggctca-acctgtaatcccagcactttggggggccgaag i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123572318 307 - 189454096 aaggtcaggaga-ttgagagcatcctggctaacacggtgaaaccccgtcttactaaaaatccaaaaaattagccaggtgtggcagcacgtgcctgtaataccagctacttgggaggctaaggcaggagaatcacttgaacctgggaggcagaggttgcagtgagccaagattgcaccactgtactccagcctggacgacagagtgagactccatctcaaataaagaaaaaaaaaaaaagaaaga------aaaTTATTATCTggccaggcacagtggctcacacctccaatcccagcactttgggaggcggaag i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118735012 314 - 178775436 aaggtcaggagatttgagagcatcctggctaacatggtgaaaccctgtcttactaaaaatccaaaaaattagccaggcgtggcagcacgtgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacccgggaggcagaggttgcagtgagccaagattgcaccaccgtactccagcctggacgacagagtgagactccatctcaaataaagaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaagaaattattatctggccaggcacagtggctcacacctctaatcccagcactttgggaggctgaag i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135226558 307 - 135778131 aaggtcaggaga-ttgagagcatcctggctaacatggtgaaaccccgtcttactaaaaatccaaaaaattagccaggcgtggcagcacgtgcctgtaataccagctacttgggaggctaaggcaggagaatcacttgaacctgggaggcagaggttgcagtgagccaagattgcaccactgtactccagcctggatgacagagtgagactccatctcaaataaagaaaaaaaaaaaaagaaaga------aaaTTATTATCTggccgggcacagtggctcacacctccaatcccagcactttgggaggctgaag i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e mm10.chr5 65075944 2 - 151834684 I e canFam3.chr13 4472913 0 - 63241923 C e calJac3.chr3 65219680 0 - 190850796 C e rheMac3.chr5 122185102 1824 - 184069350 M a score=3401.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 126932 4 + 586476 gggt s panTro4.chr4 132003153 4 - 193495092 gggt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147267724 4 - 198332218 gggt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80743953 4 - 118206036 gggt i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123572625 4 - 189454096 gcgg i macFas5.chr5 C 0 I 2 s papAnu2.chr5 118735326 4 - 178775436 gtgg i papAnu2.chr5 C 0 I 1 s chlSab2.chr7 135226865 4 - 135778131 gcgg i chlSab2.chr7 C 0 I 2 s calJac3.chr3 65219680 4 - 190850796 aggt i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65075944 2 - 151834684 I e canFam3.chr13 4472913 0 - 63241923 C e rheMac3.chr5 122185102 1824 - 184069350 M a score=739901.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 126936 269 + 586476 ggatcacctgaggtcgggagtttgagacaagcctgaccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaaattactgggcgtggtggcaggtgcctgtaatcccatctattcgggcagctga-ggcaggagaatcacttgaacctgggaggcaggggttaccataagctgagattgcgccattgcactccagcctgggtgacaagagcgaaactccatctcaacaacaacaa--------aaaaaaaaaaaaaaagaaaGAAGAAAA-AAAG s panTro4.chr4 132003157 277 - 193495092 ggatcacctgaggtcaggagtttgagacaagcctgaccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaaattactgggcatggtggcaggtgcctgtaatcccatctattcgggcagctga-ggcaggagaatcacttgaacctgggaggcaggggttaccataagctgagattgcgccattgcactccagcctgggtgacaagagcgaaactccatctcaacaacaacaacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaagaagaaaa-aaag i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147267728 267 - 198332218 ggatcacctgaggtcaggagtttgagacaagcctgaccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaaattactaggcgtggtggcaggcacttgtaatcccagctactcgggcagctga-ggcaggagaatcgcttgaacctgggaggcaggggttaccataagctgagattgtgccattccactccagcctgggtgacaagagcgaaactccatctcaacaacaac----------aaaaaaaaaaaaaaagaaaGAAGAAAA-AAAG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80743957 252 - 118206036 ggatcacctgaggtcaggagtttgagacaagcctgaccaacatggtgaaactccgtctttactaaaaatacaaaaaaattactgggagtggtggcaggcgcctgtaatcccacctactcgggcggctga-ggcaggataatcgcttgaacctgggaggcaggggttaccgtaaactgagattgcaccattacactccagcctgggtgacaagagcgaatctccatctcaacaac-------------aaaaaaaaaaa------------aaaa-aaag i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122186941 276 - 184069350 ggatcacctgaggtcaggtgtttgagacaagcctgaccaacatggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaaattactggatgtggtggcaggcacctgtaatcccactgactcgggcggctga-ggcaggagaatcgcttgaacctgggaggcaggggttaccataagctgagattgcgccattgcactccagcctgggtgacgagagcaaaactgcgtctcaacaacaacaa-caattaaaaaaaaaaaaaaaGAGAGAGAAAGAAT-AAAG i rheMac3.chr5 M 1824 C 0 s macFas5.chr5 123572631 276 - 189454096 ggatcacctgaggtcaggtgtttgagacaagcctgaccaacatggtgaaaccctgcctctactaaaaatacaaaaaaattactggatgtggtggcaggcacctgtaatcccactgactcgggcggctga-ggcaggagaatcgcttgaacctgggaggcaggggttaccataagctgcgattgcgccattgcactccagcctgggtgacgagagcaaaactgcgtctcaacaacaacaa-caattaaaaaaaaaaaaaaaGAGAGAGAAAGAAT-AAAG i macFas5.chr5 I 2 C 0 s papAnu2.chr5 118735331 276 - 178775436 ggatcacctgaggtcaggtgtttgagacaagcctgaccaacatggtgaaa-cctgtctctactaaaaatacaaaaaaattactgggtgtggtgacaggcacctgtaatcccagcgactcgggcggctga-ggcaggagaatcgcttgaacctgggaggcaggggttaccATAAGCTgcgattgcgccattgcactccagcctgggtgacgagagcaaaactctgtctcaacaacaacaattaaaaaaaaaaaaaaaaaaagagagagagagaga-aaag i papAnu2.chr5 I 1 C 0 s chlSab2.chr7 135226871 273 - 135778131 ggatcacctgaggtcaggtgtttgagacaagcctgaccaacatggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaaattactgggtgtggtggcaggcacctgtaatcccagtgactcaggaggctga-ggcaggagaatcgcttgaacctgggaggcaggggttaccataagctgcgattgcgccattgcactccagcctgggtgacgagagcaaaactccgtctcaacaacaacaa---ttaaaaaaaaaaaaaaGAGAGAGAGAAAGAA--AAAG i chlSab2.chr7 I 2 C 0 s calJac3.chr3 65219684 260 - 190850796 ggatctcctgagaccaagagtttgagatcagcctgactaacatggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaattagctgggtgtggtggcaggcacctgtaatctcagctacttgggaggctgagggcaggagaatcacttgaacctgggaggcagaggttgccatgagccgagattgcaccattgcactccagcctaggctataagagcaaaactccatctc-------------------caaagaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaa i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65075944 2 - 151834684 I e canFam3.chr13 4472913 0 - 63241923 C a score=3231.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 127205 2 + 586476 -AA s panTro4.chr4 132003434 2 - 193495092 -aa i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147267995 2 - 198332218 -AA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80744209 2 - 118206036 -aa i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122187217 2 - 184069350 -AA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123572907 2 - 189454096 -AA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118735607 2 - 178775436 -aa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135227144 2 - 135778131 -AA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65219944 2 - 190850796 -aa i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4472913 2 - 63241923 TA- i canFam3.chr13 C 0 C 0 e mm10.chr5 65075944 2 - 151834684 I a score=627125.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 127207 254 + 586476 AATTGTTACCTATTCTCCTTAGATAACCCTAATCTTAATCTAGTAATACTGTATCC-----TTTTTGAGAAGATTTCAGCTGTATCCTTTTTGAGAAGATTCAGCTAAAGGTTAATTCAGCTAAAGGTTAACTTCAGCTA----AAGGTTAATTGGTTAACGTGACATATTACGCTT---------AAAAATCCCTAAATGAGTCGTTTTAAAAACCTGTCTTTCCCTCTAATAGCCAGA------GTTTCTTTGTGCTAT--TGTGTTACTTTCTGATT s panTro4.chr4 132003436 254 - 193495092 aaTTGTTACCTATTCTCCTTAGATAACCCTAATCTTAATCTAGTAATACTGTATCC-----TTTTTGAGAAGATTTCAGCTGTATCCTTTTTGAGAAGATTCAGCTAAAGGTTAATTCAGCTAAAGGTTAACTTCAGCTA----AAGGTTAATTGGTTAACGTGACATATTACGCTT---------AAAAATCCCTAAATGAGTCGTTTTAAAAACCTGTCTTTCCCTCTAATAGCCAGA------GTTTCTTTGTGCTAT--TGTGTTACTTTCTGATT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147267997 193 - 198332218 AATTATTACCTATTCTCCTTAGATAACCCTAATCTTAATCTAGTAATACTGTATCC-----TTTTTGAGAAGAT----------------------------------------------------------TTCAGCTA----AAGGTTAATTGGTTAACGTGACATATTACGCTT---------AAAAATCCCTAAATGAGTCGTTTTAAAAACCTATCTTTCCCTCTAATAGCCAGA------GTTTCTTTGTGC-AT----CATTACTTTCTGATT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80744211 193 - 118206036 aaTTATTACCTATTCTCCTTAGATAACCCTAATCTTAATCTAGTAATACTGTATCC-----TTTTTGAGAAGAT----------------------------------------------------------TTCAGCTA----AAGGTTAATTGGTTAACGTGACATATTACGCTT---------AAAAATCCCCAAATGAGTTGTTTTAAAAACCTGTCCTTCCTTCTAATAGCCAGA------GTTTCTTTGTGC-GT----CATTACTTTCTGATT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122187219 193 - 184069350 AATTATTCCCTATTCTCCTTAGATAACCCTAATCTTAATCTAGTAATATTGTATCC----TTTTTTGAGAAGAT----------------------------------------------------------TTCAGCT-----AAGATGAATTGGTTAACAAGACATATTACACTT---------AAAAATCCCTAAATGAGTCATTTTAAAAACCTGTCTTTCCATCTAATAGCCAGA------GTTTCTCTGTGC-AT----CATTACCTTCTGATT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123572909 193 - 189454096 AATTATTCCCTATTCTCCTTAGATAACCCTAATCTTAATCTAGTAATATTGTATCC----TTTTTTGAGAAGAT----------------------------------------------------------TTCAGCT-----AAGATGAATTGGTTAACAAGACATATTACACTT---------AAAAATCCCTAAATGAGTCATTTTAAAAACCTGTCTTTCCATCTAATAGCCAGA------GTTTCTCTGTGC-AT----CATTACCTTCTGATT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118735609 193 - 178775436 aattattccctATTCTCCTTAGATAACCCTAATCTTAATCTAGTAATATTGTATCC----TTTTTTGAGAAGAT----------------------------------------------------------TTCAGCT-----AAGATGAATTGGTTAACAAGACATATTACGCTT---------AAAAATCCCTAAATGAgtcattttaaaaacctgtctTTCCATCTAATAGCCAGA------GTTTCTTTGTGC-AT----CATTACTTTCTGATT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135227146 193 - 135778131 AATTATTCCCTATTCTCCTTAGATAACCCTAATCTTAATCTAGTAATATTGTATCC----TTTTTTGAGAAGAT----------------------------------------------------------TTCAGCT-----AAGATGAATTGGTTAACAAGACATATTACGCTT---------AAAAATCCCTAAATGAGTCATTTTAAAAACCTGTCTTTCCATCTAACAGCCAGA------GTTTCTTTGTGC-AT----CGTTACTTTCTGATT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65219946 196 - 190850796 aATTATTATCTATTCTCCTTAGAAAACCCTATTTTTAATCTGGTAATACTGTATCC-----TTTTTGAGAAGAT----------------------------------------------------------TTCAACTAGTTGAAGGTTAATTGGTTAACATGACATAATATGCTT---------AAAAATCCCTAAATGAGTTGTTTT-AAAACCCGTCTTTCCCTGTAATAACCAGA------GTTTCTTTGGGC-TT----CATTACTTTCCGATC i calJac3.chr3 C 0 C 0 s mm10.chr5 65075946 191 - 151834684 AATTATCCTTTATTTTCCATAGATAATGTTAACCTTAATCTGGTAA---TGCAACCACACTTCTTTGAGA--------------------------------------------------------------GCCAGTCA----AAGGTAA-----CTAACACCACATACTAAAGTT----------AAGACCTGTCAATGCAAGTTTTCAAAAAGTCACCTTTTCTTCTAATAGCCGGAGTGCCTGTTCCTTTGTGA-GT----TGTTACTTTCTTAGC i mm10.chr5 I 2 C 0 s canFam3.chr13 4472915 201 - 63241923 AATTATTGTCTATTCTCTTTAGATAATCCTAATCCTAATATGGTAACACAATATCC-----TTTTTGAAAAGATTGCA------------------------------------------------------TTCAGTCA----AAGAATAATTGGTTAACATGACATAGCAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAACCCTAAATGGGGCCCTCT---------CCTTTCCCTACAACACCCAGA------ATTCCTCTGGGG-Gcactatttttctttcagatt i canFam3.chr13 C 0 I 201 a score=742205.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 127461 236 + 586476 CATCCGAGTGATGCTTGAGAATGCCAGGAAAACAAT-AAAAAC--ATTTCTTGCCACTGAGCCCTACCTTTGCCTGGAACTCAGTG----------------AACATCCTCCATGAGGTGGCAAAATTGTTCTGGTATTAGTTTGTAGTAAAATTT-CCTGAATTAGGAGTGGAAAGGAAGACAATATTATGTAAAACTTTCCGTGGGTTCACAAAAATGAAGTGTTATC---------TTGTGTTCA-----GATCCCAGACTTAGAGA s panTro4.chr4 132003690 237 - 193495092 CATCCGAGTGATACTTGAGAATGCCAGGAAAACAAT-AAAAAC--ATTTCTTGCCACTGAGCCCTACCTTTGCCTGGAACTCAGTG----------------AGCATCCTCCATGAGCTGGCAAAATTGCTCTGGTATTAGTTTGTAGTAAACTTTTCCTGAATTAGGAGTGGAAAGGAAGACAATACTATGTAAAACTTTCCGTGGGTTCACAAAAATGAAGTGTTATC---------TTGTGTTCA-----GATCCCAGACTTAGAGA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147268190 237 - 198332218 CATCCGAGTGATACTTGAGAATGCCAGGAAAACAAT-AAAAAC--ATTTCTTGCCACTGAGCCCTACCTTTGCCTGGAACTCAGTG----------------AGCATCCTCCATGAGGTGGCAAAATTGTTTTGGTATTAGTTTGTAGTAAACTTTTCCTGAATTAGGAGTGGAAAGGAAGACAATATTATGTAAAACTTTCTGTGGGTTCACAAAAATGAAGTGTTATC---------TTGTGTTCA-----GATCCCAGACTTAGATA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80744404 237 - 118206036 CATCTGAGTGATACTTGAGAATGCCAGGAAAACAAT-GAAAAC--ATTTCTTGCCACTGAGCCCTACCTTTGCCTGGAACTCAGTG----------------AGCATCCTCCACGAGGTGGCAAAATTGTTCTGGTATTAGTTTGTAGTAAACTTTTCCCGAATTAGGAGTGGAAAGGAAGACAATATTATGTAAAACTTTCTATGGGTTCACAAAAATGAAGTGTTACC---------TTGTGTTCA-----GATCCCAGACTTAGATA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122187412 237 - 184069350 CATCTGAGTGATACTTGATAATGCCAGGAAAACAAT-AACAAC--ATTTCTTGCTACTGAGCCCTACCTTTGCCTGGAACTCAGCG----------------AGCATCCTCCAGGAGGTGGCAAAATTGTTCTGGTATTAGTTTGTAGTAAACTTTTCCTGAATTAGCAATGCAAAGGAAGACAATATTATGTAAGACTTTCTATGGGTTCACAAAAATGAAGTGTTATC---------TTGTGTTCA-----GATCCCAGACTTAGATG i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123573102 237 - 189454096 CATCTGAGTGATACTTGATAATGCCAGGAAAACAAT-AACAAC--ATTTCTTGCTACTGAGCCCTACCTTTGCCTGGAACTCAGCG----------------AGCATCCTCCAGAAGGTGGCAAAATTGTTCTGGTATTAGTTTGTAGTAAACTTTTCCTGAATTAGCAATGCAAAGGAAGACAATATTATGTAAGACTTTCTATGGGTTCACAAAAATGAAGTGTTATC---------TTGTGTTCA-----GATCCCAGACTTAGATG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118735802 237 - 178775436 CATCTGAGTGATACTTGATAATGCTAGGAAAACAAT-AACAAC--ATTTCTTGCTACTGAGCCCTACCTTTGCCTGGAACTCAGCG----------------AGCATCCTCCACGAGGTGGCAAAATTGTTTTGGTATTAGTTTGTAGTAAACTTTTCCTGAATTAGGAATGCAAAGGAAGACAATATTATGTAAGACTTTCTATGGGTTCGCAAAAATGAAGTGTTATC---------TTGTGTTCA-----GATCCCAGACTTAGATA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135227339 237 - 135778131 CATCTGAGTGATACTTGATAATGCCAGGAAAACAAT-AACAAC--ATTTCTTGCTACTGAGCCCTACCTTTGCCTGGAACTCAGCA----------------AGGATCCTCCACGAGGTGGCAAAATTGTTCTGGTATTAGTTTGTAGTAAACTTTTCCTGAATTAGGAATGCAAAGGAAGACAATATTATGTAAGACTTTCTATGGGTTCACATAAATGAAGTGTTATC---------TTGTGTTCA-----GATCCCAGACTTAGATA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65220142 237 - 190850796 TTTCCGAATGATACTTAAGAATGCCAGTAAAACAATAAAAAAC--GTTTCTTGTCACTGAGCACTACCTTTGCCTGGAACT-AGTG----------------AGCATCCTACATGAGGTGGCAAAATTGTTCTGGTATTAGTTTGTAGTAAACTTTTCCTGAATTAGGAATGGAAAGGAAGACAGTATTATGTGAAACTTTCTATGGGTTCACAAAAATGAAGTGTTATC---------TTGTTGTCA-----GCTCCCAGACTTAGATG i calJac3.chr3 C 0 C 0 s mm10.chr5 65076137 246 - 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chlSab2.chr7 C 0 I 277 s calJac3.chr3 65220379 15 - 190850796 AAATGATGATGATTA----- i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65076383 869 - 151834684 I e canFam3.chr13 4473116 201 - 63241923 I a score=194157.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 127717 100 + 586476 tcttttctt-----ttttttttt-tttgagacagagttttgttcttgttgcccaggctggagtgcaatggcgcaatctcggctcaccgcaacttccgcctcccagg s panTro4.chr4 132003947 97 - 193495092 tcttttctt-----ttttttttt----gagacagagttttgttcttgttgcccaggctggagtgcaatggcgcaatctcggctcaccgcaacttccgcctcccaga i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147268447 99 - 198332218 tcttttttt-----ttttttttt--ttgagacggagtttcgttcttgttgcccaggctggagtgcaatggcgcactctcggctcaccgcaacttccgcctcccaga i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80744661 91 - 118206036 tcttttttt-----tct----------gagatggagttttgttcttcttgtccaggctggagtgcaatggctcaatctcggctcactgcaacttccgcctcccagg i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122187680 101 - 184069350 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CCAGAATCCCCAAGAGTCAATACATT-ATTCATTTAAGAAATCATTACTGTATGGTGACTATG------GTTTTGAGACTTAGAAAAGCATTAGGATTACTGTGGCTAGAAAGGACAGAAGCCCTGACTTTAAGGAGA----------CAATGTTACAAAGGACAGT--GTAAAATCTAAAATTGACTGATAAGTACTAAATTGTGTAAAGTCCTATTGAATATGAAACATAAAATGGATTCCCATTTGTGGATTTATAGAACTCTCTCATGAGTATG--GTACTCTCACCGTA--CAGGACAAGGAGTGAGTGACAAGTCCCCAGTCCATAGAAAAAACCAAACATTTTCTCTTATTCAGTTATAAAATATGATTTGCCTTAAACAAAACGATTGCTA------------AGGTTGGGAGCTTCTTACA------------------------CTACAGAGTCTGATAACATGA-ATTTATGGATTAGAAAATAACTACATTCCCTTCATAGAGCTGTAGTGTTCTGTCAGATAGAGACA--GCCTCTACTTCTGTCCATGTCTTAGCCTTTTGATT i mm10.chr5 I 353 I 7 e canFam3.chr13 58770297 201 + 63241923 I a score=21632.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 130475 12 + 586476 tcttttttcttt s panTro4.chr4 132006697 12 - 193495092 tcttttttcttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147271218 12 - 198332218 tcctttttcttt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80747692 2 - 118206036 ----------tt i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122189717 12 - 184069350 tcttttttcttt i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123575412 12 - 189454096 tcttttttcttt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118738099 12 - 178775436 tcttttttcttt i papAnu2.chr5 C 0 I 377 s chlSab2.chr7 135229789 12 - 135778131 tcttttttcttt i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65223090 7 - 190850796 tcttttt----- i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr5 65078535 7 - 151834684 I e canFam3.chr13 58770297 201 + 63241923 I a score=2548.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 130487 1 + 586476 t s panTro4.chr4 132006709 1 - 193495092 t i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147271230 1 - 198332218 t i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80747694 1 - 118206036 t i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122189729 1 - 184069350 t i rheMac3.chr5 C 0 I 834 s macFas5.chr5 123575424 1 - 189454096 t i macFas5.chr5 C 0 I 17 s papAnu2.chr5 118738488 1 - 178775436 t i papAnu2.chr5 I 377 C 0 s chlSab2.chr7 135229801 1 - 135778131 t i chlSab2.chr7 C 0 I 347 e mm10.chr5 65078535 7 - 151834684 I e canFam3.chr13 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ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80747720 273 - 118206036 tctt----ttttcgtttttgagatggagtctcactctgtaacctaggctggagtgcaatggcgcgatctctgctcactgcaacctctgcctcccaggctcaagcgattctcctg--------cctcagcctcctaagtagctgagattacaggcacatgccaccgcaccaagctaa---tttttgtattattaatagagacgggggttttaccatgttggccaggctggtctcaaa--ctcctgacctcaggtgattcgcctgcctgggccaaccaaa-----gtgctgggatta i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123575466 286 - 189454096 ----tt--tttttttttttgagacagagtctggctctgtcgcccaggctggagtgcagtggcgcgatctcagctcactgcaagctccgcctcccgggttcacaccattctcctgcctcagcccctcagcctcccgagtagctgggaggacaggtgcccagcaccacacccggctaattttttttgtatttttagtagagac-ggggtttcacagtgttagccaggatggtctccccctctcctgacgtt--gtgatctgcccgccttggcctcccaaatcttcgcgctgggatta i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118738511 259 - 178775436 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taatggcaacaaaagccaaaattgacaaatgggatctaattaaactaaaggacttctgcacagcaaaagaaactaccatcagagtgaacaggcaacctccagaatgggagaaaatttttacaatctactcatctgacatagggctaatatccagaatctacaaagaacttaaacaaacttacaagaaaaaaatcaaacaatcccatcaaaaagtgggcaaaagatatgaacagacacttctcaaaaaaagacatttatgcagccaacagacacatgaaaaagtgctcatcatcattggccgtcagagaaatgcaaatcaaaaccacaatgag--accatctcacaccagttagaatggcaatcattaaaaagtcgggaaacaacaggtgctagagaggatgtggagaaataggaatgctttcacactgttggtgggagtgtaaactagttcaac------------cagtgtggcgattcctcaaggacctagaagtagaaataccatttgacccagcgatcccattactgggtacatacccaaaggagtataaatcatgctgctataaagacacatgcacatgtatgttt i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135231316 589 - 135778131 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i rheMac3.chr5 I 834 C 0 s macFas5.chr5 123576340 442 - 189454096 cttgtgtcactattcacaatagcaaagacttggaacccacccaaatgtccatcaatgatagactggattaagaaaatgtggcacat------------atactatgcagccataaacaaggataagtttaggtcctttgtgtggacatgaatgaagttggaaaccatcattctgagcacactatcacaaggacagaaaaccaaacaccacatgttctcactcataggtgggaattgaataatgagaacacttggacacggagtggggaacataacacacctgggcctgtcgtgaggt-------ggcagaagggatagcattaggagatatacctagtgtaaatgacgagttaatgggtgcagcacaccaacatggcacatgtatacataggtaacaaacctgcacattgtgcgcatgtaccctagaacttaaagtataatt-aaaa---aaaa-aaaaAAGAGAG- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118740259 450 - 178775436 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gtgttacctattatCATTTTTACGTGAGTGC-GGGACCTGCTATCCAATGACATCAGTAGTCTCCCACTG-TGACATAAAAAGATCACATACAAAGAAATGCTTAATAAATAattcattcattcaatcaagtatttttgagagcctaaat-------------tatagattctagggataaagccaaggaggacaagacgaatttctcagttttaaagggctttcatctgaatgaagtaaactggcaataaacgagaggagcatacacatatatacatatgttaagcattaatacctactttgaagaa----aaagcaggctgaagggatagagactaataagaaataataatg-ggaaagcagttat i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65225957 353 - 190850796 gtgtcacctgtt---attTTTACATGAGTGT-GGGACCTGCTATCCAATGACATCAGTAGTCTCCACCTG-TGATGTAAAAAGATCGCATACAAATAAATGCTTCATAAATCattctttcattcaaacaagtatttttgagagcctaaat---------cctgtctagattctggggatagagcctaggaggacaaactgaagttctcagttttaagggactttcaactgaatgaagtaaactgacaataaacaagagaaacaaacacatatataaatatattaagcatgaatacctactttgaagaaaaagaaagcaggctaaagggatggaggctagtaagaaataacagtg-ggcaagctgtttt i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4478743 327 - 63241923 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papAnu2.chr5 I 9 C 0 s chlSab2.chr7 135241788 143 - 135778131 TTTTTAA--GGTGATTTTTAGAATGGGTTATACTCCCTCTTTTTCTCCTCCTTTCTTTGCACCCCGCCCTCTACTCATCCTTTCTATGTATA-TTTTTGAGAGCCTGAATATGCTAGGAACAGGGTTTCAGTCTGTTAAGAATTCC i chlSab2.chr7 I 8 C 0 s calJac3.chr3 65231116 146 - 190850796 TTTTTAAATGGTGATTTTTAGGACTGGTTATGCCCCTTTTTTTTCTACCCCTTTCCTTGCATCCCATCCCCTACTCATCCTTCTCATGCATATTTTTTGAGAGCCTGTATATACTAGGAacagggtttcagtctggtaaaaattca i calJac3.chr3 I 9 C 0 s mm10.chr5 65087938 70 - 151834684 TCTT-------------------------------------------------------------------------TCCTTTCCATATATA-GTTTTCAGAGTCTAAGTGTGCTACAA--CAGATTCCTTTCTGTTAAAATTTTA i mm10.chr5 I 1 C 0 s canFam3.chr13 4488517 126 - 63241923 TCTTTAT--GGTGAGTTTTAGGACTGGTCACACATACCCTCTTCCTCCTTCCTTC--------CCGTTCT---------CTTTCTATGCATA-TTTTTATGATCCCATATATGTTAAGAATATGGTTAGTATCTGTTAAGAATTCA i canFam3.chr13 I 122 I 193 a score=5140486.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 140310 1431 + 586476 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atatgtttattgcggcactgttcacaatagcaaagacttggaaccaacccaaatgcccatcaatgatgtctgttatacgtatctcatttcttcttcaatgatagactggataaag-aaaacgtggcacatatgcaccatggaatactatgcagccataaaagaggatgagttcatgttc-tttgcagggacacg-gatgaagctggaaaccatcattctcagcaaa--ctaacacaggaacagaaaaccaaatactgcatgttttcactcataagtgggagttaaacaatgagaatacatggacacagggagcagaacatcatacactggggcctgtcagtgggtggggggctaggggagggatagcattaggagaaatacctaatgtagatgacgggttgatgggtgcagcaaaccacaatggcacgtgtatacctatgtaacacacctgcacattctgcccatgtaccccaaaacttaaagtataatTTTTC--TTTTTTTAA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147292306 484 - 198332218 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gtatgtttattgtggcactgttcacaacagcaaagacatggaaccaacccagatgcccatctatgatgtctgttatacacatctcctttctttttcaatgatagactggataaag-aaaacatggcacatatataccatggaaaactatgcagccataaaat-ggatgagttcatgtct-ttttcagggacatg-gattaagctggaaaccatcattcttagtaaa--ctaacacaagaacagaaaaccatacaccgcatgttctcactcataagtgggagttaaacaatgagaacacatggacacagggagggagataccatacactggggcctgtcagtgggtgggggactaggggagggataacattaggagaaatacctaatgtagacgacgggttgatgggtgcagcaatccaccatagcacgtgcatacctatgtaacaaacctgtacgttctgcacatgtaccccagatcttaaagtataatTTCT---TTTTTAAAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e mm10.chr5 65100738 3175 - 151834684 I e canFam3.chr13 4499065 1532 - 63241923 I e calJac3.chr3 65242554 1522 - 190850796 I a score=3276.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 151785 1 + 586476 A s panTro4.chr4 132028040 1 - 193495092 A i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147292790 1 - 198332218 A i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80769835 1 - 118206036 A i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122209753 1 - 184069350 A i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123595636 1 - 189454096 A i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118759520 1 - 178775436 a i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135253416 1 - 135778131 A i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65244076 1 - 190850796 A i calJac3.chr3 I 1522 C 0 e mm10.chr5 65100738 3175 - 151834684 I e canFam3.chr13 4499065 1532 - 63241923 I a score=65309.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 151786 25 + 586476 AGACCAACTATTGA-------T----------TGGTGGTATT s panTro4.chr4 132028041 25 - 193495092 AGACCAACTATTGA-------T----------TGGTGGTATT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147292791 25 - 198332218 AGACCAACTATTGA-------T----------TGGTGGTATT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80769836 25 - 118206036 AGACCCACTGTTGA-------T----------TGGTGGTATT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122209754 25 - 184069350 AGACCTACTATTGA-------T----------GGGTGGTGTT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123595637 25 - 189454096 AGACCTACTATTGA-------T----------GGGTGGTGTT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118759521 25 - 178775436 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147321912 1303 - 198332218 tcagtaggctatgtaattgtcttttctgtggtgtcaggtaatggttttttttgtttttttttttttttgtttgttt----tttgagaccgcgttttgctcttgttgctcaggctggagtgcaaaggtgcaatctgagctcactacatcctctatctcctgggttcaagcgattcttctgtcttagccttctgagtacctgggattacaagtgcatgccattacacctggctaattttgtatttttattagagatgggatttcgctatgttggccaggctggtcttgaactcctggcctcaggtgatctgcccacctcggccttccaaagtgctgggattacagacgtgagccaccatgcctagccagataatggtcttttgttgccatgtttagcactctcttaaggactttttgcaaggcaagtctggtggtaataaattcccttaacatttgcttgtctgaaaaagattctgtttctccttcccttatgaagcttagtttggctggatatgaaattcttgattggaatttttttctttaagaatgccgaatataccagcctggccaacatggtgaaa-cccatctctactaaaaatacaaaaattagccgggcatgctaatgggcgcctgtaatcccagctatttgggaggctgaggcaggagaattgcttcaaccagggaggcagaggttgcagtgaactgagatcatatcattgcgctccagcctgggtgacaa-ggtgagactctgtctc--------aaaaaaaaaaaaaaaaaaagaatgctggctaagtataggtccccaatctcttttggcttataaggtttctgctgaaggttctgctgttatcctgatagcaccccctttgtatgtgacctgcgccttctctctactgcttttaaga-ttttttctttcatgttgaccttggagaatctga-tgacaaggtgtctggaggatgggtgtcttgtgtattatatctctggggttctctgaatttcttgaatttgtatgttgacctctgcagcaaggttggggaaattttcatgaacaatattcataaatgagttttccaagttgcttactctctctctttcccc---ttttggggatgccagtgaattgtagatttggtatatttacataattccatatttcttggagattttgttcatt--aaaaaa-atatctttctttatctgactgagttgatttgaagaactggacttcaagttctaaaattgttttctggtttgatctgttctgctgttaatattgcccattgtattatgaaattcttgtagtgagtttttcagctctag i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80799313 1298 - 118206036 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TGATTCTTTCTTAAAATGGCAATTtcatctttcagctctcgtattatt-ttatt-gattccgtaaattccttagattgtgtttcgactttctcctgaatctcgatgatcttcattgacatctgtattctgaattccatgtctgtcattttagtttggttaagaaccattgctggggagctagttcagtcatttggaggtaagaagatactcgtgcttttagagttaccacagttcttgcattggttctttctcttcagtgtgtttgaagttattgtcttttgtatggagctttttacttttatattctttaatgccttttgtggtttgattgtggtattagttgtgcttagttaatttcgttcgcttttggatgatttcaggggtccgaggtttggctccgcactcctgggctgcatgctattccaggctgtaaccttgggaaattgggaccaggtctgaggatattttctttagcccctagaggttaaatacctcctgtgttggagggaatg------aggtgttcctggtccactggcaacaaaactgtggtggcaaaggcactttggcggggtggcagtaggtcagtgagggtcgttatgcacacatatgtgctggcggtgggttagtggcaagtcctgcacagacatgtgtgctggtggtggggtggtgatggggtcagtgtgcatgcatgcaccagt---------gctggaggctgcaggcaaatgcatgatagcaaagcagcatgtggaggctgccagtgagtgcatgctggtgggtgctcactgacagggatctgcctttagtagctctctagctgttaggcagagtctgccaccaacatagcaatagttgaggctttcaaaaaatgccttggctgggcaactgagggagtgatgcaaatttgtgtggtcaggcagggcctctggcataggccagccgacaagcgagttctcacatcagactgttcccatcccacaagcaagagagccctgtgatgtccaggtctgtccatcaacaaaggctaaatccacctagagatgtatgatgagctttgggggatgggcacccatggctatgctctgctgtaaccattctcataacaaaccctgtggattctgtgcaggctagaattcagtctctttcagctctccaggccattctccctgccacctcaaaagtccatgggggatgaggggtctcccgcagctaagattctggaggtctgtggtgtgagttggccactccatgaccatttaactcatcccttccccaggagcctctgcaggccaggaacaagttctggtgcttggcaaccctgtgcagggttaccagctgcctcccctttcagcctggggtccgcattctccttccatccactctcaatgccttctttctgaaaatgtgttcagagtgtgccaatcttcttgatggtctggtccctcattgggaggaggtcttcttgtctgcatctagtcggccatcttgTTTTAGTATTGATTAAATAATGA---AATAATAATTTGAAAAAATTAAATtattattatttaaaactctagaccttatttaaattttctgtttaaccatgcctcagcagacattgcaatacagagggagggggatgtatgaaggaattgcctcatttctcactcagcttcctttgatactcaggtgaggaactaatgcctcattacttctacatggaggttaggcct 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aatcccagatgttat-atactttcatctgaaaatg---tCCCCATTCAAAAATACTATTTTGATGGTGATATTAGAGG----T--ATACTCTTTACAAACTTTGTGAGCTACAGAAGAGAAGCCAAATTT-GCCCTGTGATTACAATATTCTACTTTCTTATCTCTGGAAAGACATGGCACCCATTTTTG--------GGGGGCAgggatggagtttcatgcttgtcacccaggctggagtgcagtggtgcgatctctgctcactgcagcctccacctgctgggtttaagctattctctcacctcagcctcccgagtagctgagattacaggcaaccaccaccatgccaggctaatttttgtatttttagtagagacaaggtttaaccatgttggtgaaaaattccttcctagtttccaggctggtctcaaactcctgacctcaggtgatccacctgcct-agccccccaaggtgctaggattacaggtgtaagccatcgtgcccagccTCCATTTAAAAAATGTTCATGTCTAGCATCCACAATTTTTCCCACTTGCCTTGCTCTTTATATTTTAATATCACAAAAACCATTAATAACCTCATACGTAAAAATTTTTCCTTGAATCTCCTACTGTTTCTCATCTCAGTGGTATTTGGCGACCTTGTCTTTC------------------------------------TAAAACATATCCCTTGTTTGAATTTCATAATTCTGAAATTTACTGATTT-CTTTCCTCCTCCTCCATCTACTCATTTCCAGCTCTATCCTTTGATTAAC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65296446 734 - 190850796 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GAATCACTATGTACCAGAgacattttaagtgttttatctgtattaaatatattttcaacacAACACAATAGGAAGTAATTACCATTATTATAAAAGTAGGCATAATTATCTCTATCAACATTCTAGTCCACTTTTCTATGATCTGTTGCATAAACTCATGCAAAATCTTCTAAAAGATCTGCAGTTTTCACAATGTAGCCTTTTTGCAATATAATCCATTGACAATATTGggagctttttaaagaaatggaatctGATTATATCTCTCCATTTCTTAACTCTGTGCAGTAGCTCCCCATTGCACTTAATAGACACTTCGGTCTCCTTATA-----ATTATATTGCTTCAACTTGCCTCTCCAGCGTCATCTGCTACTTTACTCAGCTTTTTCCTGCATACTAATTTGAAA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135328442 405 - 135778131 GAAtcactatgtaccagagacattttaagtgttttatctgtattaaatatattttcaacacaacacaataggaagtaattactattattatAGAAGTAGGCATAATTATCTCTATCAACATTCTAGTCCACTTTTCTATGATCTGTTGCATAAACTCATGCAAAATCTTCTAAAAGATCTGCAGTTTTCACAATGTGGCCTTTTTGCAATATAATCCATTGACAACATTGGGAGCCTTTTAAAGAAAGGGAATCTGATTATATCTCTCCATTTCTTAACTCTGTGCAGTAGCTCCCCATTGCCCTTAATAGACACTTTGGTGTCCTCATA-----ATTATATTGCTTCAACTTGCCTCTCCAGCGTCATCGGCTACTTTACTCAGCTTTTTCCTGCATACTAATTTGAAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65331038 799 - 190850796 I a score=589897.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 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TCTTAGGAACTGCCTGTACTTCACTACCTGCTTTTCTT-TTTGTGTTTTCCTCTCCCTC-TCATCTTTTCACCTATTCCTACACATTATTGAGGACTCCCT----TTATCAATGACTTTGAGATCTCTTCAA-----------GATGTTTCCTTAGCATTGTGGTCTT--------ATAACACTTTTAGACTTTTCCTTTTTACTTGCTTATAGTCTATCTTTCAAAGTGCAATGTAAGGCATGAGGGAGCAG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122287839 227 - 184069350 TCTTAGGAACTGCCTTTACTTCACTACCTGCTTTTCTT-TTTGTGTTTTCCTCTCCCCC-TCATGTTTTCACCTATTCCTGCACATTATTGAGGACTCACT----TTATCAATGACTTTGAGATCTCTTCTG-----------AATGTTCCCTTAGCATTGTGATCTT--------ATAACACTTTTAGACTTTTCCTTTTTACTTGATTATAGTCTACCTTT-AAAGTACAATGTAAATCGTGAGGGAGCAG i rheMac3.chr5 C 0 I 43131 s macFas5.chr5 123675120 227 - 189454096 TCTTAGGAACTGCCTTTACTTCACTACCTGCTTTTCTT-TTTGTGTTTTCCTCTCCCCC-TCATGTTTTCACCTATTCCTGCAAATTATTGAGGACTCACT----TTATCAATGACTTTGAGATCTCTTCTG-----------AATGTTCCCTTAGCATTGTGATCTT--------ATAACACTTTTAGACTTTTCCTTTTTACTTGATTATAGTCTACCTTT-AAAGTACAATGTAAATCATGAGGGAGCAG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118825122 229 - 178775436 TCTTAGGAACTGCCTTTACTTCACtacctgcttttctt-tttgtgttttcctcTCCCCCTTCATGTTTTCACCTATTCCTGTACATTATTGAGGACTCACT----TTATCAATAACTTTGAGATCTCCTCTG-----------AATGTTCCCTTGGCATTGTGATCTT--------ATAAAACTTTTAGACTTTTCCTTTTTACTTGCTTATAGTCTATCTTTCAAAGTACAATGTAAATCATGAGGGAGCAG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135328847 228 - 135778131 TCTTAGGAACTGCCTTTACTTCACTACCTGCTTTTCTT-TTTGTGTTTTCCTCTCCCCT-TCATGTTTTCACCTATTCCTGCACATTATTGAGGACTCACT----TTATCAGTGACTTTGAGATCTCTTCTG-----------AATGTTCCCTTAGCATTGTGATCTT--------ATAACACTTTTAGACTTTTCCTTTTTACTTGCTTATAGTCTATCTTTCAAAGTACAATGTAAATCATGAGGGAGCAG i chlSab2.chr7 C 0 I 43825 s calJac3.chr3 65331837 249 - 190850796 tcatggGAACTGTCCTTTCAACTTTACCTGCTTTTTTTGTGTGTGTCTTCTTCACCCCC-TCATCCTTTCAC--AATTATGCACATTGTTCACTTCTTACCTTAATTATCAATGACTCCAGGATAATTTCTGTTATCCCTGCTGATGCTTTCTTGGCATTGTTGTATTTTCTTAAGACAATACTTTTCACACAATTTGTGTTACTTGTTTATATTCTATCCTTCAAATTAGAACATAAGGTTTCTGTG-GCAG i calJac3.chr3 I 799 C 0 a score=12900.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 202868 16 + 586476 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----CCTCCCATATTCCCCCTCACTCTGAGTTAAACACTCTGAATGAAAA-ATATCCTGCCATTCCTTCTGAAAATGTCAAGC-----AAACAAATCAAACAGGAGTACA-TTACCTTAGGCAG-GGGTTTGGCTGGTTTACAGTGAAGTCCTCCAACAAAATCAACATTTGGTAAGAATGGGCGAGGAAATTCAAAATCCCAGTACGTTCGAATGAGCCACATTTCAGCTTTCCGCATTGTCTCAAATAATGTA i chlSab2.chr7 C 0 I 245 s calJac3.chr3 65332338 249 - 190850796 CCCACTTCCCATC-TTTCTTTCACTGTAAG-CAAACACATTGAATAAAGA-ATATAGAATTATTCTCACTGAAAATTAAAAACCAGCAAAACTAAACAAACAGAAATAAGTTTATTTTCGGCAGCAGTTTTTGCAGGTTTGCAGTAAAATCCTCCAATGAAATCAGCAT---ATAAGAGTGAGCAAGGAAATTCAAAATCATGGTAGTTTTGAATAAGCCACATTTCAGCTTTCCCCATTGCATCAGATAAGATA i calJac3.chr3 C 0 I 1 e papAnu2.chr5 118825351 0 - 178775436 C e macFas5.chr5 123675347 0 - 189454096 C e nomLeu3.chr9 80822805 1110 - 118206036 I a score=21586.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 203360 111 + 586476 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hg38.chr4_GL000257v2_alt 203473 55 + 586476 TTACATATTTAATGTAACATAAGTATATTCACAATCACAAATAGTTATTGAAATA s panTro4.chr4 132161344 55 - 193495092 TTACATATTTAATGTAACATTAGTATATTCACAATCACAAATAGTTATTGAAATA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147474004 55 - 198332218 TTACATATTTAATGTAACATTAGTATATTCACAATCACAAATAGTTATTGAAATA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122331702 55 - 184069350 TTACATCTTTAATGTAACATCAGTATATTCACAATCATAAATAATTATTAAAATA i rheMac3.chr5 I 262 I 422 s chlSab2.chr7 135373392 55 - 135778131 TTACATCTTTAATGTAACATCAGTATATTCACAATCATAAATAATTATTAAAATA i chlSab2.chr7 C 0 I 386 s calJac3.chr3 65332815 55 - 190850796 CTACTTTTCTTAGGCTGCATCAGTATTTGCACAATTATAAACTATATTAAAAATA i calJac3.chr3 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 118825351 0 - 178775436 C e macFas5.chr5 123675347 0 - 189454096 C e nomLeu3.chr9 80822805 1110 - 118206036 I a score=96749.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 203528 105 + 586476 AGCCACTATGGACTTAAATATGCATTTGTTTCCTCTCTAAAGTTGCAGTAGTAACCAATATAGATTTAAACAGCTCTTTGAGCTCCACGATTAATTCATCTTACT s 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i chlSab2.chr7 I 964 C 0 e calJac3.chr3 65333959 8887 - 190850796 I e nomLeu3.chr9 80822805 1110 - 118206036 I a score=2804.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 207730 5 + 586476 AGCTG s panTro4.chr4 132165596 5 - 193495092 agctg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122292278 5 - 184069350 agcct i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123679516 5 - 189454096 agcct i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135333262 5 - 135778131 agcct i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 118829547 0 - 178775436 C e calJac3.chr3 65333959 8887 - 190850796 I e nomLeu3.chr9 80822805 1110 - 118206036 I e ponAbe2.chr4 147478550 0 - 198332218 C a score=2418.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 207735 5 + 586476 TGTAt s panTro4.chr4 132165601 5 - 193495092 tgtat i panTro4.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122292283 5 - 184069350 tgtat i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123679521 5 - 189454096 cgtat i macFas5.chr5 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 118829547 0 - 178775436 C e calJac3.chr3 65333959 8887 - 190850796 I e chlSab2.chr7 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panTro4.chr4 132165611 977 - 193495092 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panTro4.chr4 C 0 T 75565 s ponAbe2.chr4 147478574 977 - 198332218 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ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80823939 970 - 118206036 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rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123679541 979 - 189454096 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macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118829571 974 - 178775436 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papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135333286 972 - 135778131 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tcttacttagtctagctaacagtttgttggattttgtttacttttATGGAgtttaccttattgtctatggctgcttttgtactacaacagaagagtcgagtaggcacaagagtccaaagggcttgcaaattccaaaaatatttaccatctgaggctttacagaaCCTATTCTGATCTCCGGTCTATACTAAGCAGGTTCGTTTTTTCCTTTAACCTTTCTATATATTCAAT---------------------------------------------------------GCAAATTTATTAAAACAATATAGATTTTTAATGAGTGAGCCAGATG-TTTATGTTTAATTATGTTAATAATGAGTTAACAAATTAATCTATTTGTATTTCCGTTCTATTTAGAATTGGTGAATTTGTTTGTTATATGGAAGGG-GCttctgttttacctgtttt----gagaaatctttaaactgctttccacagtagttcaactaatttgcattccaccaacagtgtgtaagcatttccttttctctggatcctcaccagcatctggtatt i macFas5.chr5 C 0 I 63 s papAnu2.chr5 118830545 497 - 178775436 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s panTro4.chr4 132174361 1012 - 193495092 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cacttttttgtt----------------ttttttttgagatggagtctcgctctgtcaccaggctggagtgcagtggcactatctcagctcactgcaacctctgtctcctgggttcaagtgattctcctgcctcagcctcccgaacatctgggactacaggtgcacatcaccatgtccagctaatttttgtatttttagtagagatggagtttcactatgttggccaggagtatggtctcgatctcttgacctcgtgatctgccctcctcggcctcccaaagtgccgggattacaggtgtgagccacc i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135353643 290 - 135778131 CACttttttg-t----------------ttttttttgagacggagtctcactctgtcaccaggctggagtgcagtggcactatcttggctcactgcaacctctgtctcctgggttcaagtgattctcctgcctcagcctcccgagcatctgggactacaggtgcacatcaccatgtccagctaatttttgtatttttagtaaagatggggtttcactatgttggccaggagtatggtctcgatctcttgacctcgtgatctgctctcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtgag-cACT i chlSab2.chr7 C 0 I 21 e calJac3.chr3 65346222 0 - 190850796 C a score=23187.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 226480 14 + 586476 gcacctggtcAGTT s panTro4.chr4 132185090 14 - 193495092 gcacctggtcAGTT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147501177 14 - 198332218 gcacctggtcGGTT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 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calJac3.chr3 65346222 0 - 190850796 C a score=11892.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 226885 13 + 586476 tctttatccagtc s panTro4.chr4 132185506 13 - 193495092 tctttatccagtc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147501596 13 - 198332218 tctttatccagtc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80889402 13 - 118206036 tcttcatgcagtc i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123703877 13 - 189454096 tctttttctggtt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118851009 13 - 178775436 tctttttctggtt i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65346222 0 - 190850796 C e chlSab2.chr7 135354355 1796 - 135778131 I e rheMac3.chr5 122312935 3035 - 184069350 I a score=2422201.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 226898 1425 + 586476 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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80889415 1423 - 118206036 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GATtgtgaaaggaaaataaaataaatcttggcattccaaaatctatgctaaaggacaaagttaagctgctcagggcaaacatacctcccattctattcaaagtcaccgctcagctcactgagataaatgtatatctaattgcctca-ttggagaggctaatcagaaactcagaggaagtcaaccatttgtctcttatctacctatgatctagaaaccccttccttgcttcaagttgctccgcctttgtttctggttgtcccccatttctggactgaacaactggtcatct--tatatgttgattgatgtcttatatatccctaaaatgcataaaaccaagctg-tcactgcaccaccttggacacatgtcatcaggacctcctaaggctgtgtcgtgggtgcacattttcaacctcggcaaaataaactttctaaattaactgagacccgtctcagatattcagggttcacaTTTtggtaaccatgaagagattgtgagtggaggttccctgacctttgacaagtgtcctatcagtgcttggtaccagcctgagctaattttatggctc-aaaaaaataagacaattgactgaggtctgggagcaacccctccagagaatccttgataccccaaaattcaatcaagatctaaaatttattttgctgtccaactcc------------------tt--ttttttttttttttttggagttttacttgcttcctacaagaaaggaaagatttcctgtttccatgacaatggaaggcaggtaactctatggagtttgagctggctcccaggagggaggatgagtttgaggtttctttcctgcttctaggatggcagagggcagttttagcctgaaacccatccttaggtaaatagttgaattgggg-tttgtcttggttaatgtttaacaactagccggtcttaatttctccttaacattacaatgcttagtgatcacatttttgaga----gtattttttttgTACATTCCAGTATTTCTCCCATCAGATTTGATGAACTTTAcctgacttgatcaaatctgagtgagaattccaaattgtgggtaacaaagcctgtctaatttggctaaaattctatgcagatgcaaaaGAGaaaacaaaacaaaaca-------------------------aaacaaaacCTAAAAACCATGTGTTTGGTTTCTGTGTTTGCTTGCTGTCTT----AAAaa-aaaatgttcttttgtttacttttcttccaccctatacttcctttcgccttttgccatttgcagtaccaaaaatctagagaaggcttctaatgacttgaactcttctaaagaattcagaacaaaagcaccactcacccctttgggggtgttctgttttctttgtggagtttcaagagttgtgggcagatttttgctgaggtccaaagctttgctttcctatgttgaatgacctgatctctttggctttgagattaccacagattatctagtactgtgagaggattttgccttggcatgtgtaatggcagatgagagttacaaagtagggagtggttgagtacggtttacaggaagtggtattgaccgttgttat----ttttttcctcctaggaaattgttgtttaagaatcctaattctagttaggagatgcattgttaagggtctcctctattgtttttattcccaaaattaatctctatttggcttgtctgtttggatttgcgtgagaaactgaactgtggtttacataggtaaatgaaagactgagttttctcagctccaaagagaaagggcatttgctcctcccagtcatatgtcacccctaagtgaatgagggccttgtgggagtgtctgggggttgaccccctatgatatggagtgatcctgcagagaaatccccaacaaaaattaacttttttttaaaaaaaggctagtccaggagacacatattagggtgtatcaccccacattttgagccctctcagaggtcatagacctctggagagagaaaataagacatgtaagagg 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tttttttt-gagctattaacagcttttagcaatttaatatactcctatgaacaaaatttagaacatatttgcttccctctacctgatttcttcagaatttggaaactatttgtgagtattttt-tacttttgtcaatacagttatttgcataagtgcaataattatctattttcatctattttcatttataacaaaacacaattggagaaactggttattttaccaaggctttcactggaatggtgtgctttcctttagggaatcaaacttgacttatggagccaacaaaagcctcttgggaaaactggcctcataccttcatctat----a------------agggttccttacctgtggtaagcaaagaatgtaactttctgacaggcccaggagcttcaagtttattttgaaaccccaagagtataggaattcacccaacccatagg----tatttgatggtacaaatctatggcttgtctcagctttaaaaaagtcctatctgggattctttctataagacaaagttccatcaaagccacgttaaaagcctatgtaaat-aaaaaattattcttcctcctctatatacaaataatcag-ccaagtataataaagcaaatcagttctaccatggtttgtctttagtctttagtcaaattgggaaactgaagagagaaaaattacgtttccaaaattacagtacacctgttgttagattctagtcttgcctaatg-------tttttttcaatttttaatacagaattgtctacagtttggactgcattctaatttttcatggctacaagtcttcaagatagtgtcttcagatttttttcctccccc--tctcaccatctttcctaatttggagtcactgtaaactaagccatgctttcataaagccctacaaatcaagctagataacctaaacttcagaagaaaatgacagcaaccaatttacatacataatccactttcatacctgcctactgatttatgggcttcagagtaatgtggcctatattaattttatagaattgttcctctgtttgtttttgtttttctcccttccttcctttattttgtcttcataggacatgagacttcacaacctactaaaaatgaactttcctaataactcagaacctgcttgtctaggaataaatcatccttgccattagacatcagatgaaaaccttacttcagagacttattttcttctaaaatgctttctctaaaatatttt 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agatggagtctttctctgtcacccaggctggagtgcaatgatgcaatcttggctcattgcaacctctgcctcccaggttcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggattacaggcacctgccaccacgcctggctaatttttctgtttttagtagagacaggtttcaccatcttggccagactggtcttgacctcctgaccttgtgatccacccgcctcagcctcccgatgtgctgggattacaggcatgagccactgtgcctggcc i panTro4.chr4 I 1 C 0 s ponAbe2.chr4 147517125 278 - 198332218 agatggagtcttgctctgtcacccaggctggaatgcaatgatgcaatcttggctcattgcaacctctgcctcccaggttcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggattacaggcacctgccaccatgcctggctaatttttctgtttttagtagagtcaggtttcaccatcttggccagactgatcttgaccacctgacctcgtgatccacccacctcagcctcccagtgtgctgggattacaagcatgagccactatgtctggcc i ponAbe2.chr4 I 1458 C 0 s nomLeu3.chr9 80903188 278 - 118206036 agatggagtcttgctctgtcacccaggctggagtgcaatgatgcaatcttggctcattgcaacctctgcctcccaggttcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtaactgggattacaggcacctgccaccatgcctggctaatttttcagtttttagtagagtcaggtttcaccatcttggccagactggtcttgaccccctgacctcgtgatccacccacctcagcctcccaatgtgttgggattacaggcatgagccactgtgcctggcc i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122330067 277 - 184069350 agatggagtcttgctctgtcattcaagctggagtgcaatgatgcaatcttggctcactgcaacctctgccttctgggttcaagcaattctcctgcttcatcttcctgagtagctgggattaaagacacctaccaccacaactggctaatttttctgtctttagtagaagcatgtttcaccatcttggccaggctggtcttgaactcctgaccttgtgatccacccaccttggcctcccaaagtgctgggattacaggtgtaagccactgca-cAGGCC i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123719499 278 - 189454096 agatggagtcttgctctgtcatccaaactggagtgcaatgatgcaatcttggctcactgcaacctctgccttctgggttcaagcaattctcctgcttcatcttcctgagtagctgggattaaagacacctaccaccacaactggctaatttttctgtctttagtagaggcatgtttcaccatcttggccaggctggtcttgaactcctgaccttgtgatccacccaccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtaagccactgcaccaggcc i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118867241 278 - 178775436 agatggagtcttgctctgtcatccaagctggagtgcaatgatgcaatcttggctcactacaacctctgccttctgggttcaagtaattctcctgcttcatcttcctgagtagctgggattaaagacacctaccaccacaactggctaatttttctgtctttagtaGAGGcatgtttcaccatcttggccaggctggtcttgaactcctgaccttgtgatccagccaccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtaagccactgcaccaagcc i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135371767 278 - 135778131 agatggagtattgctctgtcatccaagctggagtacaatgatgcaatcttggctcactgcaacctctgccttctgggttcaagcaattcttctgcttcatcctcctgagtagctgggattaaagacacctaccaccacaactggctaatttttctgtctttagtagagacatgtttcaccatcttggccaggctggtcttgaactcctgaccttgtgatccacccaccttggcctccgaaagtgctgggattacaggtgtaagccactgcacccagcc i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58889428 0 + 63241923 C e calJac3.chr3 65352453 58 - 190850796 I a score=407298.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 241219 161 + 586476 TGACATCAGTTTTAAT-TGGAGATTCAGTG------TATGGCTATTAGAGATAATTCATGAGGCATCCAGGAACTCAGTGTAATTGCAGTTGCCTGTAGCCACATTTAATGTAACTTGAGTTCAATGTTTTGTCTCATTCACTGCCAAAAGTCTGCTTCACCCA------------------CCCA-- s panTro4.chr4 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TCatatatatatatatatatat-------------atat------atattttttttttgagacagagtctcactctgttgctcaggctggagtgcaatagcgtgatctcggctcactgcaacctccgcctcccgggttcaagcgattctcctgcctcagcttcccaagtagctgctattacagtcacctgccaacatgcctggctaacttttgtatttttagtagagacggggtctcaccatgctggccagtccggtctcaaactcctgacctcaggtga----------tccgcctgccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcgtaagccaccgcatctggccCATCATTGAC i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 e canFam3.chr13 4261695 14718 - 63241923 T e papAnu2.chr5 118868247 0 - 178775436 C e calJac3.chr3 65354633 44 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135328724 187 - 135778131 I e macFas5.chr5 123720505 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122286417 44654 - 184069350 I a score=36072.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 243412 60 + 586476 T-TTTACTCAACCTTTTCCTGTAAATTAAATTTGGAGTTCCTGGGAACTGCCCTTATTGCT s panTro4.chr4 132202705 59 - 193495092 T-TTTACTCAACCTTTTCCTGTAAATTAAATTTGGAGT-CCTGGGAACTGCCCTTATTGCT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147519629 59 - 198332218 T-TTTACTCAACCTTTTCCTGTAAACTATATTTGGACT-CCTGGGAACTGCCCTTACTTCT i 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rheMac3.chr5 122337325 744 - 184069350 ctttaatagttgtgatgaggaaagtaaaagagagagagaaaaaaaggacagtttcaaatgcttgcctccaccatcaggggccctgtaggcccatggggctgcagctccacacagaggcctcctagcaatccacctccacctagtgcctattatcaagtgcggcaatgaaggccactggtctgggcaatgcccacacccaggtaagcccaccaggccgtgccccctctgcagaggaccccactggaagtcagactgtgaggagccccagcaaggaccgcccccttgcctgccccagccggccaaaacctccttctccgatctcatcgtccttgctgctgaagacggacagtgacctggaacagacgccccagcaactaccattgcttcatctgagccaagggtaaccctgatggtggcaggtaggccagtatgttttttgaaaattaatatcagggcaacttattctgttttacctaaattttcaggacccagccagtcctcccaagtctctgttgtgggaatcaatggacaagtctccaaactccaagccccccctccacttttctgctccttgcacaacttttccttcggtcactctttcttagtcttgccctcatgcccaactatgctcctaggcagagacaacttttcaaaactccacactgctctccacttccacattccccatagtacccaacacatcaacccagacccctcca-----------agtcttctaacttttttctactcct i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123726721 744 - 189454096 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i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135379693 1011 - 135778131 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chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=1096404.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 264008 948 + 586476 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147529964 1019 - 198332218 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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80929302 948 - 118206036 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i papAnu2.chr5 C 0 I 1043 s calJac3.chr3 125372579 932 + 190850796 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i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4261399 966 - 63241923 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i canFam3.chr13 I 4 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=11072.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 264956 21 + 586476 ctgtttgcaaaaacttctgct s panTro4.chr4 132224390 21 - 193495092 ctgtttgcaaaaacttctgct i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147530983 21 - 198332218 ctgtttgcaaaaacttctgct i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80930250 21 - 118206036 ctgtttgcaaaagcttctgct i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123932751 21 - 189454096 CTTACTGGCAAAACTAGTATG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125373511 21 + 190850796 cctactggcaaaactagcata i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4262365 19 - 63241923 ctggttgccaaactacaca-- i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119004395 1043 - 178775436 I e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=107054.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 264977 66 + 586476 tctgcttttaaacaagtccacaggatatctgtcatctataacattgctggagaatgtaatgttgaT s panTro4.chr4 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chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=1472033.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 265189 1269 + 586476 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147531216 1256 - 198332218 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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80930483 1274 - 118206036 cattttaagtg-ttttacttgctttaa-----c---ttttttccacaat-----acaatataaagctggtactattaatatTACTGCAAA-AGTACACATAAATATCTCTATCAACATTCTGGTATATTTTTCTATCATTTGCTACCTGATTTTATGAAAAAATTTCTAAATTGTGTATTCTTTTT--ATTCTGACCCTC-TGCAGTCGAATCCATTGA--ATATCTTGGAA-ACTTTTTAAAGGAAAGAAATATAATCAGATCTCTCCCTTTGTTAAC---------TCTTTTTAGTAGCTTCCCAATGC-CATAATAAATATTTCAAGACCCTAATAATTATTTGGCTCCAACTTGCCTCTTCAGAATCATCTGTTTCTTAGT-----ATTCTTCTG-CAAACTAAACTTGGGGACTAGAGG-AACTGTCTTTACTACTTTACCTGCTTTTCCTTTTGT-GTCTTCCTCTC-CCCCTCATTC-ATCACCTATTTCTTCACACCTTTCAGTTCTCATCTTGATTATCCATGACTCCAGTATACTTTCTGTTATCCCAACTGGATATATCCTTGCTATTG----TGGTACTGAAGATAATGCTTTTCacaca--ttttattacttgcttatattt-tatctttcaacatagaatgtaaggaatgtggggacagaaa-ctatgtctacttttcttgtcttcttaaaatc-----caaagcagtggtttgtgtgaagcacgttataagtattctttggttgaataaCTAGTACTTT--------CTTATATGTTGCAAAATGAAGGCTTTAATTTAAAC-ATTACTAGGTTCAGATAGTCTCTAGTAGTACTCTTCATTCTGTAGTAATAATGAAACTCATATAATTGTGATGGTAT------------AGAAATAGCAATCTTTAATTGGCATCTGGTTTACCCCACCCA-CTAAACATCTTTCTTTCACTTTAAG-CAAAAACACTGAATGAAGAATATAGTATCATTCTCACCAAAAATTT---------GAAAC-AAACAAAACAAAA--CAAATAGATTTTTTT---------TTTTTTTTTACCTTTGGCAGGGATTTTGCAGGTTTGCCGTGAAGTTTTCCAACAAAGTGAACATTTCG-TAAGTGTGGGTGAGGAAATTAAAGATTCCTGTAGTTTTGAAGAAACTTTGTTTCACTTTTCTCCATTATCTCAGATAATATAGTATTTCTTCATAATGAGAAAAAGG--AA-AACAAAGGCAGATGACACAAGATAATTGTTATGAGAATACAACTGATAATTATCTGAAAGGAG-TTAGAATAATGTAGCCAAAGATATA--T-AAATTGTCTATGCTTAGATAAAACAATATA-- 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cattttaagtg-ttttttctgtattaacatttt---ttttccacaaaac-----acaatatgaagtgg------gtagtattactgtAAA-TGTAGGCATGATTATTTCTATCAACATTGTAGTTCAGTTTTCCATCATCTGCTACCAGATTCCATGCAAAATTTCCCAAATGGTCTGCtctt-------tctttctttc---------------------------------tttttttTAA-----ATTACCTTATCATATATCCTCATTTCCTAAC---------TCTTTTTAGTAGTTCTCAAATGTGCTTAATAAATAAATT-AGCTCCTAATAAGTATCTGGCTCTAACTTGCCTC-TCAGCATCATCTGATTCTCACT-CAGCCTTTCCCTG-CAAACTCAACTTAGAGTCTTGA-G-AACTTTCCTCAATACTTTACCTTCTTTT-CTTTTTT-GTGTTttcctcacctctcaacatttcaccaatttctgcacattgttcagctctcagcttcattatcagtgagtccaggatactttctattatctccACTG-ATGCTATCTTGTCACTG-CATTTTTCCTTGAGATAAAAGCTTTTGCACAATTTTTATTACTTGCACATATTC-TGTCTTTTGAAACAGAATGTAATGTGTGTGGGGACAGAAA-CTGTGTCTACGTTTTTCCT-----------------CTTGCCTGTGGTTTGTGTTAAACTTTTTATAAACATTCTTTTAATGAATGATCAATACCTT--------CTTATGTGTTGCATAATCAAGACTTATATTTAACC-AACCCTATTTTCAAAGTCTTCTTAGTATCCCTCTCTA-TCTATAATAATGATGAAACTCACATACTTGTGATGGTATCAGCAAGTTAACATGTACACGAGTTCCTAGTTGGTATCTGCGTTACCCTGCCCA-CTGCCCATCTTTGTTTCTGTGTAAGTCAAACACTCTGCATGAAGACTGTAGAATTATTCCTACTAAAATTTC---------AAAGC-CAACAACACAAAA--CCAACAAT----------------ATTATCTTTACCGTAGGTAAGGATTTGGCAGGTTTGCAGTGCAGTCCTCCAACAAAATCAACATTTGG-TAAGACTGGATGAGGAAATTGAAAATCCCAGGAGTTTTGAGTAAGTCATATGTCAACTTTCCCCATTGTCTCAGATAAGGTAGTGGGTATTCCTGAGAAGAACAAGG--AA-AGAAAAGATGGATGACACAAGATAAT-----------TACATTAGGTAATTTTCAGAAAGGGA-TTAGAATAATGTAGGCAAAAATGTAGGC-AAAGTATCTGTACTTTG--AAATACATAAA-- 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i canFam3.chr13 C 0 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=93838.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 266458 132 + 586476 CATGTATTTA---TACCTGGGGATAATTTAGTTTTTGTGCATTATCTATTTTGCTCATATGTATTTACAAGAAAGACCAAGTGCTAAGAGAATTGTGGGAGAAAACTTATTCTTC-----TATCACATCAGTGTATTCGC s panTro4.chr4 132225896 137 - 193495092 CATGTATTTA---TACATGGGGATAATTTAGTTTTTGTGCATTATCTATTTTGCTCATATGTATTTACAAGAAAGACCAAGTGCTAAGAGAATTGTGGGAGAAAACTTATTCTTCTCTTATATCACATCAGTGTATTCGC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147532472 137 - 198332218 CATATATTTA---TACATGGGGATAATTTAGTTTTTGTGCATTGTCTATTTTGCTCATATGTATTTACAAGAAAGACCAAGTGCTAAGAGAATTGTGAGAGAAAACTCCTTCTTCTCTTATATCACATCAGTATATTCAC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123934206 140 - 189454096 CATATAGTCAAATATTATAAGCATAATTTAATTTTTATGTAGTATATATTTTGCCTGTGTGTATTTATAAGAAAAGCAAAGTGATAATAGAATTTTGAGGGTCAACTACATCATAGCCAATGTCACATCAGAATACTCAC i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118920449 133 - 178775436 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s panTro4.chr4 132231400 1146 - 193495092 tgttttagttaattttcacactgttgacaaagacatactcaagatgggataaaaagaagtttgaaggactcacagttccacgtggctgggaaggcatcacaatcatggtggaatgcaaagagcaagccacgtcttacatggatggcagcaggcaaagagagagaacttgtgcagggaaactaccccttataaaaccatcagctattgtcagacttattcactatcatgagaacagcacaggaaagacctgcctccatgattcaattacctcttactaggaccctctcacagcacatgggaatacaagatgagatgtgggtggggacacagtcaagccatgtcattctgcccctggcccctcccaaatctcatgtccccacatttcaaaaccaatcatgccttacagacagtcctccaaagtcttaactaatttcagtattaactcagaggtccacagcccaaagtctcatctgagatgagacaagtgtcttctgcctatgaacctgtagaatcaaaagcaagttagttaattcctagatacaatgagggtaccagcattggataaatacagatatttcaaatgggagaaattggctaaaatgaaggggctacaggccccatgcatgccagaaatccaacagggcagtcattaagccttaaaattacaaaatgatcttttttgacttcatgtctcacatccaggtcacactgatgcaagaggtgggtttccatggtcttgggcagctccacacctgtggctttgcagggtgcagcctccctcccagctgctttaaagggctggcattgagtgtctttagcttttccaggtgcatggtgcaagttgttggtggatctaccactcaggtgtctggaggatggtggcccttttctcacagctcctttaggcagtgtctgagaagcaactcagtgggagttccaactccacattttccttcTTGaagtccctaggctacacagaatactgggaccattttttttctttctagcccaccaggcctgtgatggaaggggctgccgtgaaggc--ctgacatgctctgaagacatttcccccattgtcttggtgattaacatttggctcctcattacttatgcaaatttctgcagccagcttgaatttttcctcag i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147533615 1147 - 198332218 tgtattagtcaattttcacactgttgacaaagacatactcaagatgggacaaaaagaagtttgaaggactcacagttccatgtggctgggaaggcatcacaatcatggtggaatgcaaagagcaagtcacatcttacatggatggcagcaagtgaagagagagaacttgtgcagggaaactaccccttataaaaccatcagctattgtgagacttattcactatcatgagaacagcacaggaaagacctgcccccatgattcaattacctcttactaggaccctctcacagcacatgggaatacaagatgagatgtgggtggggacagagtcaagccatgtcattctgcccctgtcctctccctaatctcatgtccccacatttcaaaaccaatcatgccttacagagagtcctccaaagtcttaactaattttggtattaactcagaggtccacagcccaaaatctcatctgagacaagacaagtgtcttctgcctatgaacctgtagaatcaaaagcaagttagttaactcctagatacagtgagggtaccagcattggataaatacagatatttcaaatgggagaaattggctaaaatgaaggggctacaggccccatgcatgccagaaatccaacagggcagtcattaaaccttaaaattacaaaatgatcttttttgacttcatgtctcacatccaggtcacactgatgcaagaggtggatttccatggccttgggcagctccacacctgtggctttgcagggtgcagcctccctcctggctgctttaaagggctggcattgagtgtctttagcttttccaggtgcatagtgcaagctgttggtggatctaccactcaggtttctggaggatggtggccctcttctcacagctcctctaggcagtgtctgagaagcaattcagtgggaattccaactccacattttccttcttcaagtccctaggctacacagaatactgggaccattttttt-ccttctagccctccaggcctgtgatggaaggggctgccgtgaagacctctgacacgctctgaagacatttctcccattgtcttgttgactaatatttggctcctcattacttatgcaaatttctgcagccagcttgaatttttcctcag i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80932763 1146 - 118206036 tgtattagtcaattttcacactgttgacaaagacatactcaagatgggataaaaagaagttcgaaggactcacagttccatgtggctgggaaggcatcacaatcatggcagaatgcaaagagcaagtcatgtcttacatggatggcagca-gcaaagagagagaacttgtgcagggaaactaccccatataaaaccatcagctattgtgagacttattcactatcatgagaacagcacaggaaagacctgccccagtgattcaattacctcttactaggaccctctcacagcacatgggaatacaagatgagatgtgggtggggacagagtcaagccatgtcaTTTTTcccctggcccctcccaaatctcatgtccccacatttcaaaaccaatcatgccttacagacaatcctccaaagtcttaactaatttcagtattaactcagaggtccacagcccagagtctcatctgagacaagacaagtgtcttctgcctatgaacctgtagaatcaaaagcaagttagttaattcctagatacaatgagggtaccagcattggataaatacagatatttcaaactggagaaattggctaaaatgaaggggctactggccccatgcatgccagaaatccaacagggcagtcattaaaccttaaaattacagaatgatctattttgacatcatgtctcacatccaggtcacactgatgcaagaggtgggtttccatggccttgggcagctccacacctgtggctttgcagggtgcagcctccctcccagctgctttaaagggctggcattgagtgccttcagcttttccaggtgcatggtgcaagcagttggtggatctaccactcaggtgtctggaggatggtggccctcttctcacagctcctctaggcagtgtctgagtagcaactcagtgggaattccaactccacattttccttcttcaagtccctaggctacacagaatactgggaccattttttt-ctttctagccctccaggcctgtgatggaaggggctgctgtgaagacctctgacacgctctgaagacattttccccattgtcttggtgattaacatttggctcctcattacttatgcaaatttctgcagctagcttgaatttctcctcag i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 e canFam3.chr13 4265460 17300 - 63241923 T e papAnu2.chr5 118921532 885 - 178775436 I e calJac3.chr3 125375949 1199 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e macFas5.chr5 123935314 1190 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=9825.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 268742 7 + 586476 aagaAGT s panTro4.chr4 132232546 7 - 193495092 aagaAGT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147534762 7 - 198332218 aagaAGT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80933909 7 - 118206036 aagaAGT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118922417 7 - 178775436 AAGAAGT i papAnu2.chr5 I 885 I 7 s calJac3.chr3 125377148 7 + 190850796 AAGAAGT i calJac3.chr3 I 1199 C 0 e canFam3.chr13 4265460 17300 - 63241923 T e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e macFas5.chr5 123935314 1190 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=85687.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 268749 87 + 586476 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TTCT--TTAATGTTCCTTTTATG-TTGTAAATGCTATTATCCAGGTAGTA-TCAATAATTTTGCATGGATGAGTCACCTATTTTATGTAATATATTTTACAATAATGTCAAGAACATTCACAGTGAGAAGCTCCTTTAGTTCTGCAATCACTTTGAGATGCAATTAAAGATGCAAATAAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80933999 174 - 118206036 GTCT--TTAATGTCCCTTTTATGTTTGTAAATGCTATTATCCAGGTAGTA-TCAATGATTTTGCATGGATGAGTCACCTATTTTATGTAATATGTTTTACAATAGTGTCAAGAACATTCACAGTGAGAAGCTCCTTTAGTTCTGCAATCACTTTGAGATGGAATTAAAGATGAA---AAT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123936603 176 - 189454096 GTGTGTTTAATGTTCTTTTTATGTTTGTAAGTGCTATTCTTGATCTAATA-TCAATGTTATTGTATGGACACATCACTTGTCTTATGCAATTTGTTTTAGAAGAGTTTCCAGAAACGTAACCATGAGAGGTTCATGT--TTCTGCATTTTGTTTGACACAGAACTAAAGATAAA-ATAAT i macFas5.chr5 C 0 N 0 s papAnu2.chr5 118922531 175 - 178775436 ATGTGATTAATTTCCCGTTTATGTTTCTGAGTGCTATCCTTCAGCTAATA-TCAAGGATCTTGTATGGACATGCCATCTGTCTTATGCAATATATTTTAGAAGAGTGTCCAGAATAGTAGCAGTGAAAGG-TCATGT--TTCTGCAGTCCATTTGACACAAAAGTAAAGATAGA-ATGAC i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125377260 173 + 190850796 GTGTGTTTGATGTCCCTTTTATGTTTATAAGTGCCATCTTTCAG-CAATA-TCAATGTTCTTGTATGGACACATGACTTGTCTTTTGTAATATATTTTAAA--AGTTTCCAGAACCTTAGTCATGGGAGGTTCATGT--TTCTGCATTCTGTTTGACACAGAACTAAAGATCAA-ATAAC i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4248160 150 - 63241923 GTGT--GTAATGTCTGTTTGATGATTTT-AGTCCTATCATCTAGCTAAGAGTCAAG----------GTGCAAGTCATGTGTCTTACGTAATATATTTTGGAAGAGTGTCGAGGACGGT---GCTGCGAGGT--------GACTGCAGTCCTCTTGACACAAGAATGAAAGTTAT------ i canFam3.chr13 T 17300 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=16581.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 269013 36 + 586476 TATATGAGTATATCAGCATTTCTTGGATATTGTGCT s panTro4.chr4 132232817 36 - 193495092 tatataaatatatCAGCATTTCTTAGATATTGTGCT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147535032 36 - 198332218 TATATGAGTATATCAGCATTTCTTGGATATTGTGCT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80934173 36 - 118206036 TACATGAGTGTATCAACATTTCTTGGATATTGTGCT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118922706 13 - 178775436 -----------------------TAAACATGGTCCA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125377433 36 + 190850796 AAAATGTGGATCAAATAATTTTTTGTATACTTTGTT i calJac3.chr3 C 0 I 50832 s canFam3.chr13 4248310 34 - 63241923 TATACAGGAAAATTATC--TTTCTGGTTATGATGAC i canFam3.chr13 C 0 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=59577.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 269049 74 + 586476 TCAAGGAATTTTTTGGT----------AAAA----Gttgacatataattgctatgctatacaatttactga-ttattttgtaaaatcca s panTro4.chr4 132232853 74 - 193495092 TCAAGGAATTTTTTGGT----------AAAA----Gttgacatataattgctatgctatacaatttactga-ttattttgtaaaatcca i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147535068 74 - 198332218 TCAAGGAATTTTTTGGT----------AAAA----Gttgacatataattgctatactatacaatttactga-ttattttgtaaaatcca i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80934209 74 - 118206036 TCAAGGAATTTTTTGGT----------AAAA----Gttgacatataattgctatgctatacaatttactga-ttattttgtaaaatcca i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118922719 71 - 178775436 T------ACATTTTTGT----------ACACTTT-GTTGacgtataatttaaaaatcatacaatttATCAA-TTATTGTGTAAAATTTA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125428301 64 + 190850796 ----TCAAAACTTTTGT----------AAAt-tt-gttgacacgtaatt-------catataa-ttatcaa-tttttgtgtaaaattta i calJac3.chr3 I 50832 C 0 s canFam3.chr13 4248344 88 - 63241923 CCGAGAGATGTTTTTGTTTTGTTCCCAAAAATTTGGttgacatgtactt-ccataccgtacaagtgccagatttaaagtgtacagttca i canFam3.chr13 C 0 I 49950 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=183483.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 269123 190 + 586476 ttattt-gtggtatattcacagaattgtacatccatgacaacaatcagtttcagagcatttttatttgtatcacaaaataaaccctgtactctttagtatttt-ttcctcaccctgagtttctgcatttctcctgccctgctcaattgctaattaaatt--tgtatctatagatttgcctattctggaaatttt s panTro4.chr4 132232927 190 - 193495092 ttattt-gtggtatattcacagaattgtacatccatgacaacaatcagtttcagagcatttttatttgtatcacaaaataaaccctgtactttttagtatttt-ttcctcaccctgagtttctgcatttctcctgccctgctcaattgctaattaaatt--tgtatctatagatttgcctattctggaaatttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147535142 190 - 198332218 ttattt-gtggtatattcacagaattgtacatccatgacaatgatcagtttcagagcatttttatttgtatcacaaaataaaccctggactttttagtatttt-ttcctcaccctgagtttctgcatttctcctgccctgctcaattgctaattaaatt--tgtatctatagatttgcctattctggaaattta i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80934283 189 - 118206036 ttattt-gtggtatattcacagaattgtgcatccatgacaacagtcagtttcagagcatttttatttgtatcacaaaataaaccctctactttttagta-ttt-ttcctcaccctgagtttctgcatttctcctgccctgctcaattgctaattaaatt--tgtacctatagatttgtctattctggaaatttt i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118922790 191 - 178775436 CTGTTTcatagtatattcacagaattgtgcgtCTACCACAACAATCTATTTGACAGCCCTTTTATCT---CCCCAAAATAAGCCCTATAGCCTTTAGCCTTTTCCTCTCCACCTCTAGTTTCTGCATTTCCCCTGTCCTGGGAAATTGCTAATTgaatttctgtctctatagatttgcctattctggacgaTTT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125428365 189 + 190850796 atgtttcatagtgtattcacggaattgtgcatttaccataacagtcagttttagagaactcttatct---cctaaaaataaaccctatactctttagcctttttctccctatccctactttctgcatttgtcctatcccggtcaacggttaattgaatt--tttatctctagatttgcctattttggacatttt i calJac3.chr3 C 0 T 15828 e canFam3.chr13 4248432 49950 - 63241923 I e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=99706.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 269313 98 + 586476 aaaataaatataatcgtacaatatatagtttcttgtgactggcttccttcatttagcataacattttaaaggttcatttatgatgtagcatatgtaag s panTro4.chr4 132233117 98 - 193495092 aaaataaatataatcgtacaatatatagtttcttgtgactggcttccttcatttagcataacgttttaaaggttcatttatgatgtagcatatgtaag i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147535332 98 - 198332218 aaaataaatataatcgtacaatgtatagtttcttgtgactggcttccttcatttagcataacattttaaaggttcatttatgatgtagcatatataag i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 80934472 98 - 118206036 aaaataaacataatcctacaatatgtagtttcttttgactggcttccttcatttagcataacattttaaagcttcatttatgatgtagcatatataag i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118922981 98 - 178775436 TTaatacatggaatcatacaatatgtggtatTTCGTGAGTGGCTTCTTTTAtgtaacataatattttaaatgttcatttattatATAGCATATACAAG i papAnu2.chr5 C 0 T 77536 s calJac3.chr3 65358091 98 - 190850796 aaagtaaatgaaactatataatatgtgatcttttgtgactggcttctcttatttagtttaatgttttaaaggtccattcatgacatagtgtacataag i calJac3.chr3 T 11 C 0 e canFam3.chr13 4248432 49950 - 63241923 I e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=224344.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 269411 365 + 586476 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agataaattttactttcttatggtatataattacttttgtatgttcctatattctgtttgctaagatattattgtgaatttttgtgtctattatcacaggagatg-ttgatccttagtttttattttttgtgatgtcctttttgtggttttagtagaaggggtcaattaaatatgttggtaatg--ttttcatctcctattatttggaagattattttttgaacaattgttatgttttcttccttaaatgatttgtagaattctaca-aattcctttttggcccaggttttttttttgttgttgttgggttgtcttttgattactaattcagtatttcttttttgttataggtctattcaggttctctattttctctccagtttattttatagtggttcttgtctgcatctacctgtaggaaaattc-tgtcacactgagtttggagggcatgaaggaacagtttatgtttgcaa-----agtc------tgtttttatcaagtcttaggagattttcttgaataaatattgctttgtattgtgatttat-attttagaacaatacctgcataatgt--ttttttatagtaaa-acaat-ttttaATGTTAACAATGTACTTAAATTGTATCTCTATCACAATCATGATGCTGTATTAGGATTTTAACATTTT-CAAGTCAATAGACTTAAAATTTAAATACAAATGTTAAGGATATATACTCAGTGTACTTGTGATAtgtt i calJac3.chr3 C 0 I 5445 e canFam3.chr13 4248432 49950 - 63241923 I e papAnu2.chr5 118923079 77536 - 178775436 T e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=1820365.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 273326 6882 + 586476 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s panTro4.chr4 132237139 6877 - 193495092 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147539649 6907 - 198332218 CAGCTTGTCAGCATTGAGTTATCTTTCATGAACTTATATATATTTATTtgacacaaccaggtgggaggggttcccagagaaacaccagacaggctgtgcactgggaggagtgcacactggagtggagccacagaagttcatatgatttgcagtgaggaggagcctggcccctcctcttcttggatggaatctggaattcagtctgtgaggtggcaaacccactggcagggaaacacactctctcacttcactaagagcctctgtttccccttttcttcctttttagctaacaaaactctgtcttattcacccttcaaagtctgtgtgcctaatttttcatggccatgtgacaagaaccttgcttttagctgaactaagaaaaagtcccataacaTATAGATacacacacacacacacacacatacacacacacaGGCAAAAATGCAAAAACATTcctcattttattgtgttttacaaatatggtcttttttacaaattgaaagcttattgctaccctgcattgggcaagtttaccagtgccgtctttccaacaagatgtgctaactctgtcaccatggcacattttggtaaatttcacaaagtttcaaatattattattattattatatctattatgaagatttgtgataactgattgttaatattactgtagtaatgtgttgcgggctccagaaactgtattgggataatacgataaacttaactgataagtgctggtgtcttctgactgctctaccaaccagcctttcccccatttctctctctctccttaggcctccctatttcccaaggcacagcaatgttgaaatcaggcaaattagtaatcctacaaatggcctctaagtgttcaagggaaaggaaggctctctgatctcgcaatatcaaaagctggaaatgattaaacttattaagaaaggcatgttgaaagctgatacaggctcagatctgtacctcttatgccaaacagttagccaagttgtgaatataaaaaaaaaaatttgggaaggacattaaaagtgctacacatgtacacatgaatgatatgaaagtgcaatagccttgttggttggataaaagatcaaaccagtgacaatattccctaaatttagccaaagcctaaaccagagcaaggccataattctctccaatgctgagaggggtgcagaagaaatctttgagtctagcggtggttggttcatgaagtttaagggaataagccatctccataacataaaagtgcaaaataaaagaagctacagaaggttatccagaagatgtagctaaaatagttactgaaagtggccacactaaacaggagatttttccttgtgtacagagcatctttctcttgaaagaagataccatttagctctttcatatattcacaggagaagtcattgtctagcttcaatgcttcaaaggacaggatgactctttcattagaggctaatgcagctggtggcttgaagttgaagccaattttttttcctttttttttttttttttttttgagatggagtcttactctgtcacccaggctggagtgcagtggcaccatctcagctcagcgcaagctccacctcccaggttcatgccattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggactacaggcacccgccaccatgcccggctaactttttgtatttttagtagagatggggtttcactgtggtctcaatctcctgacctcatgattcacccgccttggcctcccaaagtggtgggattacaggggtgagccactgcacctggctgaagtcactgtttatttaccatttcgaatatcctagggccttagataaattattctaaatctactctctctgtgctctattaatggaatatcaaagcttggttgataacacatttctttacagcataaattactaaatattttaatcccactgttgagttctattgcccagaaagaaatattcctttagaaatattagcattcattgacattgtacctggtcacccaagagctcttatggagatacacagggagattaatgctgtttttatgcctgataatacaacattcattctgtaacacatacatcaaaaagtaatttcaacttttaagtcaattaaggaatatgttttgtaagatcattgctgccattaatagcaatttctctgttggatattgtcaaagtaaattcaacactttatggaaaagtttcacctttctagatgatattaagaacatttgagtcattaaatgaagtaaacatatcaacattaacaggaatttggcagaatttgatttcaaatgtcatagataatgttgacagcttcaagaattcaatggaagaagtaaccacagatatggtagaaagggtaagggaactattactggaattagaagaagaacctgaagttgtgactgaattgctataatctcatgataaaacttgaatagatgagttctttcttatggatcagcaaaaaaatgtggtatagtgagatagaacctactcctggtgaagatgctgtgaacattgttgaaatgacaacaaagtatttagaatattacttaaccttatttgataaagcagcagtagggtttaagtggattgattccaactttaaaagaagttctaccatgagtaaaatgctatcaaactgcattgcatgctgcagataaatccaagtcaaaatcacaatgagatgctaactcaagccagtcagaatggctatttttaataagtcaaaaacaacagatgctggtgagattgtggagaaaaaggaacacttttacactgttgttgagagtttaaatttgttcaaccattgtgaaagacagtgtggtgattcctcaaagacctagaggcagaaatataatttgtcctagcaattccattactgagtatatacccaaaataacataaattgttctattataaagacaaatgcatgcatatgtttgttgtggcaatattcacaatagcaaagacatggattcaacctaaatgcccatcaatgacaggctggacaaagaaaatgtggtacatattctccttggaatactatgcatccctaaaaaagaatgagatcatatccttttcagggacatggttggagttggaggctgttattcatagcaaagtaatgaagaaacagataaccaaataccacatgtcctaacttatatgtggtagctaaatgaggagaagatatggacacatgcggggtaacaacccacagtggggacttttggaggtcaggggatgtgaggagggagaggatcagaaagaacagctaatggatgctaggcttaatacctgggtaatgggatgatctgtgcagcaaaccacgatggcacacatttaccttgtaacaaacctggacatcctgcacatgtactttgaacttcaaataaaagttggaaatttttaaaaaaggaaggtcaatgggtgctgcaaacattatttttgtctttttaaaagacattgccacagctccccaaactttcagcagccacgaccctgattagttagcagctgtcattatcaatgcaagaccctccacctacaaaatgattacaactcactgcaggctcagatgattgttagcatttttaaagcaatgaagtattttcattacagtgtgtacattatttgtaacatatttatattgcagacttaatagactacagtatagtgtaaacataacaactatatgccacggaaaaccagaaaattttgtttgacttacttcacttcagtgttccgggaccaaatctgcaatatcttggaagtatgtctTGTATAAGTGAAAAtaaaatgagatctactcgtttaaaagtattttaagtgtatgatacattattgttaactatggccacaatgtcgtgcagcagtgctctgaaacctgctcttcttgtttttactggaactttatactcattgaacagcaactctcaatttcctccattctccagccactggtaacctccattctactctctgattgtttgagtttgactgtttcaaatttctcacacaagtagaatcataaagtatgtgtcccattgagactggcttatttcacttaacattatttcctgaagattcatctatgttgctacatattgcaggatgggtggatcatatggaagttctatttttaatcttttgagcaacctctacactgttttcattttggctataaaaatttatattcccacttacggtgtatgaaagtttcaatttctccatttcctagccaacaatttttattgtgtgtgtatatatgtttgtgtgtgtttgtgtctgtatgttgataaagacattgtaagaggtatgaggtgatatcgcattgtagttttgatttccctgatgatgaattcacattaatta-ttttcatacagctgttgtccatatgttcttcttcctcagagaaatgtctttt-caagtatttgcctatttattaatcatggcttttttttttctctttttgctattgagttgttgcagttcctaatatattttaggtattaacctctcatgagatatatgatttgaaaatgtttcccattcccattttatcttttcactctgttgacttatttgctgtgcagaaactttttagtttaatacaattctactttcatatatttgaccttgttacctgtacttctgaggtcatacccaatataccattgcccagaccaatgtcataaaactttttccctgtgttttattgtgagagttttatagtttcagggcttatgtttaagtctttcatttgttttgtgttgatttttgtatatgacataaactaagggttcaattttattcttttgcatgtggacatccagtgttcccatccagtaccatttcttgaagagactgacctttattgagtatatttgagactcattaaagataagtgcatagtatatttgtgactttatcatctgggctctgtattctgttacttagatc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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 e canFam3.chr13 4248432 49950 - 63241923 I e papAnu2.chr5 118923079 77536 - 178775436 T e calJac3.chr3 65337139 5445 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=40464.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 280208 115 + 586476 ttctatttctagtttgtttagagctctcttttaaaaactcataa---acaattgatttttttcaaatgctttgttttgcatttactgatatatcaagtgatttttatgcatcattggg s panTro4.chr4 132244016 115 - 193495092 ttctatttctagtttgtttagagctctctttttaaaactcataa---acaattgatttttttcaaatgctttgttttgcatttactgatatatcaagtgatttttatgcatcattggg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147546556 115 - 198332218 ttctatttgtagtttgtttagagctctcttttaaaaactcataa---acaattgatttttttcaaatgctttgttttgcatttactgatgtatcaggtgatttttgttcatcattggg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65342584 112 - 190850796 ttatacttctgggatgttgaaactttttttt-----actcataaaacatagttga-atttttcaaatgcttttattcgtatatattgagataacaattgtttattattcattattttg i calJac3.chr3 I 5445 C 0 e canFam3.chr13 4248432 49950 - 63241923 I e papAnu2.chr5 118923079 77536 - 178775436 T e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a score=38108.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 280323 52 + 586476 ttaaggtgatatgtcacatttgctcatttttgtgtgttctattatccttaaa s panTro4.chr4 132244131 52 - 193495092 ttaaggtgatatgtcacatttgctcatttttgtgtgttctattatccttaaa i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147546671 52 - 198332218 ttaaggtgatatgtcacattttctcatttttgtgtgttcaattatccttaaa i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123698053 52 - 189454096 ttaatgtggcataacatacgtgttaatttttgtatgttaaactatctttcat i macFas5.chr5 N 0 C 0 s papAnu2.chr5 118845543 52 - 178775436 TTAATGTGGCATAACAtacatgttaatttttgtatgttaaactATCTTTCAT i papAnu2.chr5 T 77536 C 0 s calJac3.chr3 65342696 46 - 190850796 ttaatgtgttatatcacatttgttaattgtga------acattatctttcat i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 4248432 49950 - 63241923 I e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122340823 31875 - 184069350 T a 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canFam3.chr13 I 17691 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e macFas5.chr5 123698112 69069 - 189454096 I a score=7177.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 280389 9 + 586476 TGTCATTTC s panTro4.chr4 132244197 9 - 193495092 TGTCATTTC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147546737 9 - 198332218 TGTCATTTA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122308962 9 - 184069350 TGCCATGTC i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125412726 9 + 190850796 TACCATACC i calJac3.chr3 T 15828 C 0 s canFam3.chr13 58910978 9 + 63241923 TGCCATGTC i canFam3.chr13 C 0 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e macFas5.chr5 123698112 69069 - 189454096 I a score=26361.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 280398 31 + 586476 TTTTAGGAAAGAA-GCAATGCTGAGTCTTGA-A s panTro4.chr4 132244206 31 - 193495092 TTTTAGGAAAGAA-GCAATGCTGAGTCTTGA-A i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147546746 31 - 198332218 TTTTAGGAAAGAA-GCAATGCTGAGTCTTGA-A i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122308971 32 - 184069350 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panTro4.chr4 132244242 10 - 193495092 TAAAAGCCAA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147546782 10 - 198332218 TAAAAGCCAA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123767218 10 - 189454096 TAAAAGCCAA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125298377 10 + 190850796 TAAAAACCAA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58911023 10 + 63241923 TAAAAGCCCA i canFam3.chr13 C 0 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122309008 46 - 184069350 I a score=41705.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 280444 36 + 586476 GCAACACTACTGGTCTTGTAATATCAAAAGGAAGAG s panTro4.chr4 132244252 36 - 193495092 GCAACACTACTGGTCTTGTAATATCAAAAGGAAGAG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147546792 36 - 198332218 GCAACACTACTGGTCTTGTAATATCAAAAGAAAGAG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123767228 36 - 189454096 GCAATACTACTCATCTTAAAATATCCAAAGGAAGAG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118986261 36 - 178775436 GCAGTACTACTCATCTTAAAATATCAAAAGGAAGAG i papAnu2.chr5 N 0 C 0 s calJac3.chr3 125298387 36 + 190850796 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0 s calJac3.chr3 125298423 60 + 190850796 AGAGACTTTTCATACAA-TTTAACAATTTAATAGTTTCATTAGCAACAGTTAAAACAACAA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58911069 60 + 63241923 TAAGTCATTTTATACAACTTTAACTATCT-GTAGTTTCTCTAGCAAAGGACAAAACGACAA i canFam3.chr13 C 0 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T a score=131086.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 280539 151 + 586476 AATTCTGC-TGAAAATGAAACCAAAGAATTCTGAG----TATTTGCAAAATGGTATTAATATTGTGAACGGATG--TCTTAATA---TTGGGTCAATGTATAAAGTGTGAAACAC-----AGCTCAGTAATTTTTGTGCATGTG--CCACTTGTGAA-TAGAATAATGT s panTro4.chr4 132244347 151 - 193495092 AATTCTGC-TGAAAATGAAACCAAAGAATTCTGAG----TATTTGCAAAATGGTATTAATATTGTGAATGGATG--TCTTAATA---TTGGGTCAATGTATAAAGTGTGAAACAC-----AGCTCAGTAATTTTTGTGCATGTG--CCACTTGTGAA-TAGAATAATGT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147546887 153 - 198332218 AATTCTGC-TGAAAATGAAAGCAAAGTATTCTGAG----TATTTGCAAAATGGTATTAATATTGTGAATGGATG--TCTTAATA---TTGGGTCAATGTATAAAGTGTGAAACAC-----AGCTCAGTAATTTTTGTGTGTGTGCACCACTTGTGAA-TAGAATAATGT i ponAbe2.chr4 C 0 C 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papAnu2.chr5 I 20 C 0 s calJac3.chr3 125298665 87 + 190850796 ACTTCAATATAAGCTCATATGGCtttat----attatttttttatttttCCTATTGT-----TCATTCACACAAAATATTTCTAACAACTGGATGG---- i calJac3.chr3 I 21 C 0 s canFam3.chr13 58911293 95 + 63241923 GTTTCTGTAAATTCCCGTAGAGttttatttaaattt-aattttaatttGCCAGTTTTT----CTGTTGGCATGACATATTTCTGACTCTTAAACAGGCAA i canFam3.chr13 C 0 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122309111 248 - 184069350 I a score=212737.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 280784 151 + 586476 TAAATCTCTGGAAAATAAATTTTGACCTAACAGTGTAAGTTATAAAAATA-T-------------------------GTTTTGTCACAGGAGGAAGGAAATCCTCTG-TATCAACCTCTTCATGCTGGAATTAACTGAAGGAATTCTATCTTTTGGTCATTCCAGCTTCAAGCCTTTT s panTro4.chr4 132244592 151 - 193495092 TAAATCTCTGGAAAATAAATTTTGACCTAACAGTGTAAGTTATAAAAATA-T-------------------------GTTTTGTCACAGGAGGAAGGAAATCCTCTG-TATCAACCTCTTTATGCTGGAATTAACTGAAGGAATTCTATCTTTTGGTCATTCCAGCTACAAGCCTTTT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147547134 151 - 198332218 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TAaatctctgaaaaacaaa-tttaatttgactaaataaattttgaaaatg-tttttatttttatttatatttttattttttggtcacaggaagaaagaaatcttGCA-TCATAATCTTTCT-TCCTGGAATAAGCTGAAGTAGTCTCATCTATCAGGTTTTCCATCTTCAAATCTCAG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125298752 138 + 190850796 TAAACTTCTGAAAAACAAATTTTTACTTGA--------------AAAGTT-TTTT----------------------TTCTTGTCACAGGGAGGAAAAAATCTTGCA-TCACAATCTTTCT-TGCTGGAATAAACTGAAGTAGTCCCATCTATCAGGTTTTCCAGCT-CAAGCTTTAG i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58911388 143 + 63241923 TAAATCCCTTGAGAGCAGATGTTGATCTCAGAAGCTAAGTT--GAGGAGT-T-------------------------GTTTCTTCACAGG--GAGGGGAACTTTGCA-TCATAACTCCT---TGCTGGCAGAAACCGGAGGAG-CCCGTCTAGGAGGCCGACCAGCTGGAGGCCTCAG i canFam3.chr13 C 0 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T a score=626963.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 280935 306 + 586476 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ATGTAACTAATCCCTTTTCCCCTTCTTTCCTGTTTTAGCAAACTTTCAGAAAGAAAACAGGCAACATCTTGTGATGATGAAGATCACAGTTGCCACACAGGCCAGCAGGAACCCAATCACATGCAAGTTGTGGTTTTGGAACCAGGTGAGGTCATGGGCTGCAACCCGAAGGTGCTTGGCTCCTTTGTGCTGCATGACAAACTCAATCCAGAAGGCTGCTTGATCCAGGGGCTTAATTGGCAAATCACAGTGAATTCTTGATAACTTCATAGCATTCTCTTTGTAGCTGAAGGATAAACATAAAAA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64824679 306 - 118206036 ATATAACTAATCCCTTTTTCCCTTCTTTCCTTTTCTAGCAAACTTCCAGAAACAAAACAGGCAACACTTTGTGATGATAAATAGCACAGTTGCCACACAGGCCAGCAGAAACCCAATCACATCCAAAGAGTGGTACTGGAACCAGGTGAGGTCGTGAGCTGCAACTCGAAGGTGTTTGGCTCCTTTGTGGCGCATGACAAATTCAATCCAAAAGACTGCTCGATCCAAGGGCTTCACTGGTTGATCATGTTGAATTCTTGATAATTTCATAATATTCTCTTTATATCTGAAGGATAAAAATAAAGA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123767770 306 - 189454096 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ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64824985 9 - 118206036 TACCAACAC i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123768538 9 - 189454096 taCTAACAC i macFas5.chr5 I 462 C 0 s papAnu2.chr5 118987105 9 - 178775436 tactaaTGT i papAnu2.chr5 C 0 I 460 s calJac3.chr3 125299196 9 + 190850796 TACCAACAC i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58911837 9 + 63241923 TGCCGACAT i canFam3.chr13 C 0 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122309507 21230 - 184069350 I a score=194553.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 281250 152 + 586476 TGAAAGTAAATTTATTTCC----------TAAGTCTATGGATGGTCTTTGAAAAGTGTCACATCAATGCTTCAAAGTAAATATTATAGAATTGTCATAGGAATCGAATG-TTTTGGTTTGGACAAATGTAGAAAGTTTATTTTTTAAAATGGAATTTTATAA-A s panTro4.chr4 132245058 152 - 193495092 TGAAAGTAAATTTATTTCC----------TAAGTCTATGGATGGTCTTTGAAAAGTGTCACATCAATGCTTCAAAGTAAATATTATAGAATTGTCATAGGAATCGAATG-TTTTGGTTTGGACAAATGTAGAAAGtttattttttaaaatggaattttataa-a i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147547600 152 - 198332218 TGAAAGTAAATTTATTTAC----------TAAGTCTATGGATGGTCTTTGAAAAGTGTCACATCAATGCTTCAAAGTAAATATTATAGAATTGTCATAGGAATCGAATG-TTTTGGTTTGGACAAACGTAGAAAGtttattttttaaaatggaattttataa-t i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64824994 157 - 118206036 TGAAATTAAGTTAATTTGCCTGTGCATATCAGGTCTATGAAAGGCTTTT--AAAGTGTCA----AATAATTCAAAGTAAATGTCAAATAATTGACATAGAATTTATGTA-TTTTAATTTGAGTCATCATACAAAGTTTGGCTTTTAAATTGGACTTTTCTCATT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123768547 157 - 189454096 TGAAAGTAAGTTAATGTGTCTGTGCATATCAAGTTTATGAAAGGCTTTT--AAAGTGCCA----AATAATTCAAAGTAAATGTCACAGAATTGACATAGAATTTATGTA-TTTTTATTTGAGTCATCATAGAAAGTTTGGCTTTTAAATTTGATTTTTCTCATT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 118987574 157 - 178775436 TGAAAGTAAGTTAATGTGTCTGTGCATATGAAGTTTATGAAAGGCTTTT--AAAGTGCCA----AATAGTTCAAAGTAAATGTCAAAGAATTGACATAGAATTTGTGTA-CTTTAATTTGAGTCATCACAGAAAGTTTGGCTTTTAAATTGTACTTTTCtcatt i papAnu2.chr5 I 460 C 0 s calJac3.chr3 125299205 151 + 190850796 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acagacacccggcaacttcgtttcctgtccctttgtcccacgtacact--ctgccgcag----gctcgcttgcag----gtcactgaagttgccagacatat-cccacctcagccagcacctttgcact-ttctggttcctcggtccc-----tgctggacacttccctgccacaccccaaggc-tgcttctacctctggatggatgacccagctttgtgtcccgtctcagagagacttttctgggccacactatCCTAGCACCTTCACACATTTGTTCTGTTTGTGTCTGTGTGTATGTGTTTTG---CTATTTGCAACCCAGAA-CTTGAAAACATG--ATTTATTTTCCAAAATG-ACCTTTAGGCGT--ATTACATAAGAAATATGCACATAGTCTTCACGGAATACCCATACATTCAAAATCAGCTAGAATATTATTGTGAAGTGGATGTAATAATGTACCTACTACTAAGATGTTGGTATGGGGTGTCACAAGCTACCCAGAAGCACCCCGTCTGCCCTGATCCTTTCAGTCAT-CA------------------TAG--------------------------ATTAGTTTTTATTATTTATGTGT-TAGAATATGAAGTGAGCACTCATTT i canFam3.chr13 C 0 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122309507 21230 - 184069350 I a score=457807.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 282674 507 + 586476 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atatatatacacacacatatacacaaacttactatatatatatatgca-atacatatatatgtatacacacaca-tatataCAATAGGTT--------ATATTTATGCTCTTCAAA---------TGT---------TTATTTTTAAATCACTTTTTTttt-----------------ggtctgtttaaatttagtatgagttctagtagattc---------acttttaaatctactgtcttat---tctgtat---tttattttctgttttccaatctgctgtatgtttcttttctaattctttcctgtttgcttttaaactatttttaatcattcactgtcttactatcttccttg---t---aaggtattttcagtatattttctaaggtggta----ccTCCTTATATA-------TATTGATAATAGT-----------AATCAATAGT------------CACAGCATTTTCTACATTATTTCTTTTGGAGCACAGAAA------AATTATTACAGATTTattttctcaatattaaa------actttgtgc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147549559 457 - 198332218 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ttcaaagaccatcatcaa-aaagg---aaaatttagtGCACC----Aataatgggacaaaatatttaaaaattatata--tctgacATG-------ACCCATTATATATAAATAGTTCC----TAAAACT---TAATAAGGCAAAtagcaaagtttaaaaatgttcGGAGGATTGTAG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125416155 171 + 190850796 -tcaaagaccatcatcgaaaaagt--aaaaaattacttcacc----aagaatgagataaaatatttaaaaattatatatatgtgatatgggattgcatctataatgtataaataattcttacataaaactcaataataaaacaagttacaaagttttaaaatgtttcaaggattgaaa i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58913823 221 + 63241923 I e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122309507 21230 - 184069350 I a score=78918.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 283814 71 + 586476 taaaattttctcaaaagaa-------------------gacgaatgacttgccagtaagtgcatgaaaagatggtt-atgtctttagccac s panTro4.chr4 132247618 71 - 193495092 taaaattttctcaaaagaa-------------------gacgaatgacttgccagtaagtgcatgaaaagatggtt-atgtctttagccac i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147550181 72 - 198332218 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AAGAAATGT----ATTTTTTA---TGTTATCTATATCAGTTTAAAAGTA-TTATCATTTAGAAAATTGCTCCACTAACTAGTTACCCATTAGATATATGGGGTTCAAATACAACTTTCAAATAA----CTGATAAAAAATAAAAGCAGATTTCAGGTTTGTTATATCATTTAAATTCTTTCAAAATTAGTCTCA--TAAAAAGGATGAAACTCA----CACTACTAACAAAAGAAGCTATCTATAAATACC---TAGTG--GAAAATATTGTTATACTCACATAGGATCATTAATTACAGTCTTCAGTGCATTCAGCAAGTCTGTATTCGACATTGTGTTGAAGTCCACTCTAACGGCTGCACCCTTGGCCTTCATGTGAGCAATGTTATCAGGTTGATCCGCAAATAACGGAATGCCCACCATAGGGATCCCATGGTAGATCGCCTCATAGATGCCATTGGCTCCACCATGAGTTATAAAAGCCCTGGTTTTTGGATGACCTGGGATTGAATATA-TTTTAGCAAAATTAT----------TCATAGGAATAAAATTAG--ATGCACAATGAAAGGCTCTGAAAGTGACAGTGTTTTCTAGATA------------ACACATTGAACTAATTTAATATTGCTCTTCAGAGTTCAGAGGAAAAAACACATACTTGTGCTG--T--ATATA------------------------TAGTTTGTGTGATTTCAGAATGCAAAAATTAATACAAGATTTTCAGTTGGACTAA-TGAAAAAGTGCATTGTAGTTTAAA------------AAAATGTGA---ATAAAAGAACAAAACCAAAAGA------CTGGCATGAAATAAAGTGTTACTTTAAGTG-------TAGTCACAGAGTATGATATGTGGAGTGTACAAGGCAGCAGGCAGTGGGTTGGTGGTGGTG--CTAGAATTGAGAAAAGATAGGTCACACTTCATCATAAAACATGTCATCACTTTATGATTAAGATTAGGAATTT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58914953 949 + 63241923 -AGGAACTTTGAAATGTTCTTACAGTTACTCTATAATAGTTTGCA--TT-TGTGTATGTAGAAAATTGTTGCAGTAATTGGTTGCCCATTAAGTCAAAGGGATTTAAATGCAACTGTGAAATAAATGTCTGGTTGAAAATAAAAGTAGATTTAAGATCCGTTCTATCACTTGGCTTCTTTCCAAATTAGCTTCTTAAGAACGGGTGGAAACTCACAGCCACCGTTGACTGAAGAATCTATCGATAAATTCCATCTATTGAAAAAAAAAAAGTAATACTCACGAAGGGTCATTAATGACCGTCCTCAATGCATCGAGCAAGTCTGCACTAGACATTGTGCTCAAGTCCAGTCTGATAGCTGCTCCCTTAGCTTTCATGTGAACAATGTTATCAGCTTGATCGGCAAACAAGGGAATGCCCACCATGGGGATCCCGTGGTAGATCGCCTCATAGATGCCGTTGGTTCCACCATGGGTTATAAAGGCTTTGGTTTTCGGATGACCTAGGATTGGATGAA-TCTCAGCACA-TTATTAACTGTAAGTCTTAGAAATCAAATGAGAATTGGGCAACATAA------------GACATATGTTATTATATA------------A-ACATGAAACAGCATTCAAATGTC-TTTTGGCTCTCAGCGCAAGAAGCACATAAATGTGCTG--GAGAGGTAAATGAAGATTGGT----------GTGGTGCTTGTAACTT-------GAAAAATGAATACAAGATTGCTGGACAGACAAATTGAACGATAACATTCTGGTTATCACCAAAAAAAGGGAAAGGGTGC---AAAAAAAAGAAAGGCAG-----------GTGGCATGTTAGAACATATTCTCTTAAAGGCACAGTAAAGTCCCTGAGTTTCACATGTAGGGTGT-CAAGGCAGCAGGAAGTG---TGATGCTGGTGGCTCAAATCAGGGGAAGGAAAGATAGCACTTTATCATGAAATGTGTTGTGACTTCATGGAAAAGATTATGGTATT i canFam3.chr13 C 0 C 0 e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122309507 21230 - 184069350 I a score=1911.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 285681 1 + 586476 a s panTro4.chr4 132249486 1 - 193495092 A i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147554733 1 - 198332218 A i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64829365 1 - 118206036 A i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123772887 1 - 189454096 A i macFas5.chr5 C 0 I 4 s papAnu2.chr5 118997126 1 - 178775436 A i papAnu2.chr5 C 0 I 4 s calJac3.chr3 125307328 1 + 190850796 A i calJac3.chr3 C 0 I 4 e canFam3.chr13 58915902 0 + 63241923 C e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122309507 21230 - 184069350 I a score=1758.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 285682 4 + 586476 ggcc s panTro4.chr4 132249487 4 - 193495092 ggcc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147554734 4 - 198332218 ggcc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64829366 4 - 118206036 GTCC i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58915902 0 + 63241923 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nomLeu3.chr9 64829370 0 - 118206036 C a score=7389.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 285794 19 + 586476 tctctactaaaaatacaaa s panTro4.chr4 132249599 19 - 193495092 tctctactaaaaatacaaa i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147554830 19 - 198332218 tctctactaaaaatacaaa i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58915902 19 + 63241923 TTTCTAGAGAAAATGTAGA i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 118997127 4 - 178775436 I e calJac3.chr3 125307329 4 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e macFas5.chr5 123772888 4 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122309507 21230 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64829370 0 - 118206036 C a score=47411.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 285813 179 + 586476 aattagagaggcttggtggcaggtgcctgtaatcccagctactcgggaagctgaggcaggagaatcgcttgaacctgggaggtgaaggttgcagtgagccaaggtcatgccaatgcactccagcctggggacaagagtgagacttcatctc------aaaaaaaaaaaaagattgagtatttaTT s panTro4.chr4 132249618 183 - 193495092 aattagagaggcttggtggcaggtgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcacttgaacctgggaggtgaaggttgcagtgagccaaggtcatgccaatgcactccagcctggggacaagagtgagacttcatctc--aaaaaaaaaaaaaaaaaaaTTGAGGATTTATT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147554849 185 - 198332218 aattagagaggcttggggacaggtgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacctgggaggtgaaggttgcagtgagccaaggtcgtgccaatgcactccagcctggggacaagagcaagacttcatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGATTGAGGATTTATT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58915921 0 + 63241923 C e papAnu2.chr5 118997127 4 - 178775436 I e calJac3.chr3 125307329 4 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e macFas5.chr5 123772888 4 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122309507 21230 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64829370 0 - 118206036 C a score=21970.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 285992 15 + 586476 TTCAGAAAATGCAGA s panTro4.chr4 132249801 15 - 193495092 TTCAGAAAATGCAGA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147555034 15 - 198332218 TTCAGAAAATGCAGA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64829370 15 - 118206036 TCTAGAAAATACAGA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123772892 15 - 189454096 TTCAGAAAATACAGA i macFas5.chr5 I 4 C 0 s papAnu2.chr5 118997131 15 - 178775436 ttcagaaaatacaga i papAnu2.chr5 I 4 C 0 s calJac3.chr3 125307333 14 + 190850796 TCCAGAAAATTCAG- i calJac3.chr3 I 4 C 0 e canFam3.chr13 58915921 0 + 63241923 C e chlSab2.chr7 135380704 8265 - 135778131 T e rheMac3.chr5 122309507 21230 - 184069350 I a score=179712.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 286007 120 + 586476 GTTATTGGTAATAAAAGAGGCACTGTTATTTTTTAGTGTCTTTTGAAATTAACCCTGAAGTAGGGAAAAGGACAGGTGTAAAGCTGTACAAATAGGAGACAGAGAGACAATCCAGGAAGT s panTro4.chr4 132249816 120 - 193495092 GGTATTGGTAATAAAAGAGGCACTGTTATTTTTTAGTGTCTTTTGAAATTAACCCTGAAGTAGGGAAAAGGACAGGTGTAAAGCTGTACAAATAGGAGACAGAGAGACAATCCAGGAAGT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147555049 120 - 198332218 GTTATTGGTAATAGAAGAGGCACTGTTATTTTTTAGTGTCTTTTGAAATTAACCCTACAGTAGGGAAAAGGACAGGTGTAAAGCTGTACAAATAGGAGACAGAGAGACAATCCAGGAAGT i ponAbe2.chr4 C 0 C 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GGGAAACCCCGTGAGAG--GTAATTATATCTGAAATAAAGAT--AATT--TGATTCTGAACATAAAGAATGTGAGTGTCTATAACAAAATACCAACTA-TATAG----TTATTTTCCTGGTAAGACTGGAAAATAAATATAAAGTAGTTAGGCTTTATATTTGAGTTTTTTGATAATAAATGTTCAGTAAGTTTCTTTCAGGTTGA-----ATTAT--------CCCTCTAATTGG-----CTGTT-AGTCATATATTCAGTATTTGTTCTGCAGAGTATTACCAAGAAGGTCATTCTGGGATATCCAGTTGTACAGCTGAGTATTGGATGCTAAAGTATTTGGTCTCTTTCCA-------TCCACAGAACCTGTTGGGGCAAAGAAAATATCTTGTTCCATAAGTAGAACGTCAAAGGTATAAGATGTTAGAACTCTAAAGAAATTGTCA-ATCAGCTAGTTAAACCCCTTCCATATGATAGATGAAAAAATGAGAACAAGCAATTTTAAGAAATGAGTACCACTAAAAGACTATT-------GAATATCCACATTTCATG-TCTTTACTTTTATTATCAATTTGGTATATAAGAA---AATCATGATGTTTCCAACAGAGTAGCTTAGA-CACTTAAGAGTATCAATAAAAAATTCAAAAATTTAAGAAATTAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64829504 591 - 118206036 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tggaaagaatactgcagacatgttgttgtagtcttcacattgcatcatttttgggcagcagatagtgttgatttgtcatgctggtgatgccaactttgatttcttagttaagatgctgtctacaggtttattccctttaaaattataatttctcattttggaattagaagtatcttgataggaga--ctttgagactgtaaatatcctgtttccattacatcctttccctctaattttagcatccattcaaagataatttttgcctgaattaaattattgtggagtttgtctaatgattat---tatgtccataatttttttaacaattagtaagagaaattctactctaagaaagaacattttttcccttttatttccttatactggtttctgtcaaaatgatttcatgagtatttggtttattccaaaggttacaatccacagctatcattattccattgctcaaattggtccagatttgattcattgggacttccttcagtttccttctata-tttttctgatctgttgtcatcatgttgtatacttgtttactttctggcacccctagatatttcaggcacatcctgtacttttgttgcctcaggggtgatgtcatttatatcttgaggaaggcatggttcgttttattggagtatagtgtctagaagcaaaatttcaagtacttagggtgttcatttcatctgggatattattacttctaggccatttaagcatagacgttttggaaata----tatacatAACTTTTCATTAACAACTTAAGAGAATAAATAAATTATCATTTCCACAAAATACAGAAAATGGAGAGTGTAGTAAGCTAAAACATGGTAAATCTAAATAGTAAATGTTTACAGATAAGTTCAAACTAATAATTTAATGTAAAAAGTTATTTTCATTTAATGTCatataatagttatatatcaatttaaataag----aaataaactcacctattatggtagagattctcagatatttcaatccagcttttatttttgtttaaaagagaaacacctaataaaaattacccatattactataa-aatatatacagattttacaagaggcatatacccaatagcaaataaatgaaaattgatgcaatgctacaaaaatcaaacaaagcagaattaagatgcaaagtatcaaatgtgataa i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65320133 1173 - 190850796 t-aaaagaatactgcatacatgatgttgtagtcttcacattgcatcatttttgggcagcagatagtgttgatgtgtcattctggtggtactaaatttgatttcttggttaagatgctgtctacaagtttattctttataaaatgataatttctcattttggagttagatgtatcttgataggagattttttgagactgtaaatatcctgtttccattacaccctttccctctaattttagcatccattgaaagataatttctgccggaattaaatttgtgtggagtttgtctaatgattatt--tctgtctgtaatttttttaataattagtaaaaggaattctaccctaagaaaggtaaatttcccctttttattttcttatattgggttttgtcaatatgatttcgtgagtatttggtttattccaaaggttacaatccacagttatcattcttcctttgctcaaattggtctagatttaattcattgggactcccttcagttttcttccatattttttctgacatgttcacatcatattgtatacttatttactttctggcactcctagatgtttcaggcttatcctgtacttttgttgcctc-ggggtaatatcaattatatcttgaaaaaggcatagatcattttatgggagcatagagtctagaagcaaattttcaagtacttagggtactcattgcatctgggatattattgcttctagaccatttaagcataaacattttggaaatagatctatgaataATTTTTCATCAGCAGCTTAAGAGAATAAA-AAATGATCACTTCCATAAAATACAGAAAATGGAGAGTGTAGTAAGCTAAAACATGGGAAATCTAAATAGTAAATGTTTGCAGAGAAGTTCAAA-TAATAATTTAATACAAAAAGTTATTTTCCTTTAATGTCATGTAATACTTATATATCAATTTAAATAAG----AAGTAAACTCACCTGTTATGATAAAGATTCACAGATATTTTAATCTAGTTTTTATTTTTGTTTAAAAGATGAACACCTAATAAAAATGGCCCATATTACTATAACAACGTATATAGGTTTTACAAGAGGTGTATAGCCAATACTAAACAAATCAAAATTGATGCAATAATACAAAAATCAAACAAAGCAGAATTAAGATACAAAGTATCAAATGTGATAA 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gtgaatcatttcatgtggatagaaataattcact-----ttaacaataataaatattttgagattgaaatatatctcagaaactgatagatagaacagagaaaataaattctgtgaaagttgattgtattagcaacaaaagtaacaaaaataatatactgaatcccgcatcttcaaatagagtataaatattcttttgaagtgcacatgaaaacttttataaaattaaactaagtcaat i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65321695 239 - 190850796 GTGAATAATTTCATATGGTTAGAAATAATACACTTAAAATTAACCATAATAAATATTTTgagattgtaatatatctcaaaaactgatagaataaacagagaaaataaattatatgaaaattgattgtattagcaacaaaagtaacaaacataatgtactgaatcctgcatctccaaatagagtataaatatccttttgaagtgcacatgaaacattttataaaattgacctaaggcaat i calJac3.chr3 I 389 I 669 e canFam3.chr13 58893190 25516 + 63241923 I e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e nomLeu3.chr9 64835672 79844 - 118206036 T a score=53174.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 294022 139 + 586476 gtcacagatgaaatctccacaaattctgaagtatatatatcataTGTATCT--ATATAATGTGATACA---ATTAAAATAATTATAAACTTAAAGAGAATGTATTACCTTTCAAATATACACATTTAAGAATTTCATTCAGTGG s panTro4.chr4 132257867 139 - 193495092 gtcacagatgaaatctccacaaattctgaagtatatatatcatacGTATCT--ATATAATGTGATACA---ATTAAAAGAATTATAAACTTAAAGAGAATGTATTACCTTTCAAATATACACATTTAAGAATTTCATTCAGTGG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147563019 139 - 198332218 gtcacagataaaatcttcacaaattctgaagtatatatatcataTGTATCT--ATATAATGCGATACA---ATTAAAAGAATTATAAACTTAAAGAGAATGTACTACCTTTCAAATATACACATTTAAGAATTTCATTCAGTGG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125457103 142 + 190850796 GCCACAGATGAGATCTCAACAAATTCTGAAAGATTTATTTTAGACATATCTTACTACAGTGCaataaattttttaaaataataattgattaaaaaGGAATGCACTACTCTCCAAACAT--ACATTTCAGAGTTTAGTACAGTGT i calJac3.chr3 I 33709 C 0 e canFam3.chr13 58893190 25516 + 63241923 I e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e nomLeu3.chr9 64835672 79844 - 118206036 T a score=224481.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 294161 485 + 586476 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AATATACTGAGATGATTAT--GTGACTCAATTCTTTCCCACTTCTTCTGCCCCAGAACCATAGA---CTTCCAGAAGAAGAAATGAAATTGAACAACATATACAGCCTAGTATAAAAGGAATACATTATGTCCACAAATTGTTAACATTCTAGGGAATTCTATGATTAGATGCTTGTAAGAGCTATGAAAAAGTGACTTTTGGGAGGAAACCAAATGAGAC--AATCCCTGGAAGTACAGAACAAAATTTA------GAATTCATCGACTTCCTGCTTAAGAAAA------------------AATAAAATAAAACAAA-TGTA-ATAAAACCAGAGATCTTCCTAGACTAAAGTAGAGGCAATTTCAAAAAAATATGAAGAGATGGTCTTACATA-----------AGAAGTGTTCAGAAATCTATACTTGTTGAAGACCTTCTAAAGAAAACCATATAAGAAAATAGCTAACCATACACAATAGAAAGATTTGCATCCAAGGTTTGTAGGTAGA-GAAAAACGTCAGAATGA i calJac3.chr3 C 0 I 832 e canFam3.chr13 58893190 25516 + 63241923 I e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e nomLeu3.chr9 64835672 79844 - 118206036 T a score=153.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 294646 1 + 586476 --T s panTro4.chr4 132258492 3 - 193495092 TTT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147563643 1 - 198332218 --T i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58893190 25516 + 63241923 I e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e calJac3.chr3 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s panTro4.chr4 132263522 1318 - 193495092 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i panTro4.chr4 I 2380 C 0 e canFam3.chr13 58893190 25516 + 63241923 I e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 64835672 79844 - 118206036 T e ponAbe2.chr4 147566277 38934 - 198332218 I a score=803825.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 298713 3094 + 586476 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s panTro4.chr4 132264840 3081 - 193495092 tttatagtggcaccattcacaatagcaaagacttggaaccaacccaaatgtccaacaatgatagactggattaagaaaatgtggcacatatacaccatggaatactatgcagccataaaaaatgatgagtttgtgtcctttgtagggacagggatgaagctggaaaccatcattctcagcaaactatcgcaaggacaaaaaaccaaactccgcatgttctcactcataggtgggaatagaacaatgagaacacatggacacaggaaggggaacatcacacaccggggcctgttgtggggttggggtaggcgggagggatagcattaggagatatacctaatgttaaatgacgagttaatgggtgcagcacaccagcatggcacatgtatacatatgtaacaaacctgcacattgtgcacatgtatcctaaaacttcaagtataatacaaaaaaaaaaaagtttttcaggattatggtccatcctgaagtacatgggaaaaaaaaaa----ggaaaccattatggtattccaagttcatacaatgtagaatagaagctggagtgttagtacagcaagcattatctgttcactagcctggataaacaacttcaggaaagtttcaggatacaaaatcaatgtgcaagattcactagcagtcctatataccaacaaaatccaagtcaagagccaaatcaggagcacaatcccattcacaactgccac-aaaaaataaaataaaatgtctagaaatacagtttcccagggatgtaaaatatctttacaaggataactacaaaccactgctcaaagaaatcagagatgatacaaacaaatggaaaaaaa-tccatgctcatgggttggaagaatcagtatcattaagatggttatactgcccaaagcaatttgtagatttaatgctattcttatcaaactgtcaatgacatttttcaaagaattagaaaaatgtattttaaaattcatatggaaccaaaaataaaaagcccaaatagccaaggcaattgtaagcaaaaagaatgaagctggaggcatcatattacctgacttcaaactatgctacagggccacagtaaccaaaacagcatgatactggtgtaaaaacagatacatggatcaatgggacagaatagagaactcagaaataaggtcgcatacctacaactgtctgatctttaacaaagctgacaaaaaataatggggaaaggacaccctatttaataaatggtgttgggataactggctagccctatgcagaagattgaaactggaccccttccttacacaatatactaaaattaattcaagatggactaaagacttaaatgtaaaactcaacactataaaaaccatggaagacaacctaggcaataccattttgtgcataggaacttgtaaagatttcatgattaaaacaccaaaagcaattgcaacaaaagaaaagaaaaacgacaaacagtatctaagtaaactt--gagtttctgcatagcaaaataaaatattaacagagtaaacaaacatactaaagaatgggagaaaatttttgcaaactatgcatctgacaaaggt---------------------ctaatatctagcatctacaaggaactaaaacacattttcaagaaaaagaaacattaaaaagtgagcaaaggtcatgaacagacacttttcaaaggaagtcatacatgcaaccaacaatcacatgaaaaaaagctcaacataactgatcattagatgtagattatgggttgatgggtgcagcaaaccatcacagcacgtatatacctacgtaacaaaccggcatgttcttcacatgtgtcccagaacttgaagtataataaaaaaagttaattaattaaaaaaagaaaaatgtaaatcaaaaccacaatgagataccatctcacatcagagtggctgttcttaaaacgtcaaaaaattaccgatgctgatgaagttgtggaggaaaggaaacacttgtacactctaagagtgtaaattagttcaatcaAGACCAGACTAAATACAGATATGCATCCAGAAATGCTTTTAGAAAATATATCATATGTTTATAAATACATAAGCTAAtaaaatgggagagttctctgattcccctggcaggatgtgtgacaggggtgtggctcacctgtttggtcacccggcagctcaaacccctagggcagatgggcgggtgcagaggccaggcaggtgcagaggccagggcagagcgttttggactctcagccccatggcagcgtctaggggtgggtgcctgcaaccacagtgttactaagctctgtcagctttgccatctgcaggcggcttgtgtgttaattagcccaataaaccctctgccttatctcaagggcagaaggccagtgtgacagtcttatgtatcctgagttctt-tccagtgtcccaaaagaatcggatcacacgtgagcgtgaaggattgaatgcaaggttttTT----------------GTTGTTGTTGttttctttcgttttgtttttgttttttagagacggagcctcactctgtagcccaagctggagtgtagtggcgccgtcttggctcactgcaaccttcgcctctggggctcaagAGtgaatgcaaggttttattgagtggtgcaggtggctctcagcgagatggataggtaacagaaggagggatagactgggaaggtggtcttcccctgcagtcgggctgcccagaggcaggactctgctctgaccgccg---ccaccccccaaccaccccacctctccgctgaactatcctaagcatctagagaggtccctcctcttctctatttctctgccacatcgttctgctgttgctagtctgcttgtctgctggtcgtctggccttgatgttcagctgcttgtgtgtgtgcctgctaaggtctcaggtttatatgggcacagaatggggggcgtggtgagccagagaggtcttggaaaatgcaacattcaggctcaaaaacaggagtgcctgttctcaattaggtctgtgggcacatgcccgagggtgaatccctcaccagtgaccctgctcttctctacccagcacttcgctgccCAATCTCTAGTTCCACTAAT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147605211 3104 - 198332218 tttatagtggcactattcacaatagcaaagacttggaaccaacccaaatgtccaacaatgatagactggattaagaaaatgtggcacatatacaccatgcaatactatgcagccataaaaaatgatgagttcatgtcctttatagggacatggatgaagctggaaaccatcattctcagcaaactatcgcaaggacaaaaaaccaaacaccgcatgttctcactcataggtggaaatagaacaatgagaaaacatggacacaggaaggggaacatcacacaccagggcctgttgtggggtgaggg-aggggggagggataacattaagagatataccttatgttaaatgatgagttaatgggtgtagcacaccaacatgacacatgtatacacatgtagcaaacctgcacgttgtgcacatgtaccctaaaacttcaagtataat----aaaaaaaaaaGTTTTTCAGGATGATGGTCCATCCAGAAGTACATAGGAAAAAAAAAAaaaaggaaaccactatggtattccaagttcatacaatgtagaatagaagctggagtgttagtacagaaagcattatctgttcgatagccTGgataaacaacttcaggaaagtttcagtatacaaaatcaatgtgcaagaatcactagcagtcctatataccaacaaaatccaagtcaagagccaaatcaggaacacaatcccgttcacaactgccacaaaaaaataaaataaaatgtctagaaatacagtttaccagggatgtaaaatatctttacaaggataactacaaaccactgctcaaagaaatcagagatgatacaaacaaatggaaaaaaaatccatgctcatgggtaggaagaatcagtaccattaaaatggttatactgcccaaagcaatttgtagatttaatgctattcttatcaaactgtcaatgacatttttgaaagaattagaacaatgtattttaaaattcatatggaaccaaaaataaaaagcccaaataaccaaggcaattgtaagcaaaaagaatgaagctggaggcatcatattacctgacttcaaactatgctacagggctacagtaaccaaaacagcatgatactagtataaaaacagatacatggatcaatgggacagagtagagaactcagaaataaggtcgcatacctgcaaccgtttgatctttaac-aagctgaccaaaaaaaatggggaaaggacactctatttaataaatggtgttgggataactggctaaccctatgcagaagatggaaactggaccccttccttacacaatatacaaaaattaactcaagatggactaaagacttaaatgtaaaactcaacactataaaaactttggaagacaacctaggcaataccattttgtacatgggaacttgtaaagatttcatgattaaaacaccaaaagcaactgcaacaaaagaaaa-aaaaatgataaacagtatctaagtaaacttaagaatttctgcatagcaaaataaaatattaacagagtaaacaaacatactaaagaatgggagaaaatttttgcaaactatgcatctgacaaaggtgcatagttaatatctagctagataatatctagcatctacaaggaacttaaatacattttcaagaaaaa-aaacattaaaaagtgagcaaaggtcatgaacaaacacttttcaaaggaagtcatacatgcaaccaacaatcacat-aaaaaaagctcaacataactgatcattagatgtagatgatgggttgatgggtgcagcaaaccatcacagcacgtataaacctatgtaacaaacctgcatgttctgcacatgtatcccagaacttgaagtataataaaaaa-attaattaattaaaaaaagaaaaatgtaaatcaaaaccacaatgagataccatctcacaccagagtggctattcttaaaaagtcaaaaaattaccaatgctgatgaagtcgtggaggaaaggaaacactcgtacactctaagagtgtaaattagttcaatcaAGACCAGACTAAATACAGACGTGCATCCAGAAATGTTTTTAGAAAATATATCATATGTTTATAAATACATACGCTAAtaaaatgggagagttctccgattcccctggcaggatgtgtgacaggggtgtggctcacctgtttggtcacccggcagctcaaacccctagggcagacgggcaggtgcagaggtcaggcaggtgcagaggccagagcagagtgttttggactctcagccccatggcagtgtctaggggtgggtgcctgcaaccacagtgttactaagctctgtcagctttgccatctgcaggcggcttgtgtgctaattagtccgataaaccctctgccttgtctcaagggcagaaggccagtgcgacagtcttatgtatcctgagttcttgcccagtgtcccaaaagaatcggatcacacgtgagcgtgaaggattgaatgcaaggtttttT---------------TTTTGTTGTTGttttcttttgtttagtttttgttttttagagacggagcctcactctgtagcccaagctggagtgcagtggcgccatcttggctcactgcaacctttgactctgaggctcaagagtgaatgcaaggttttattgagtggtgcaggtggctctcagcgagatggataggtaacagaaagagggatagactgggaagttggtcttcccctgcagtcgggctgcccagaggcaggactctgctctgaccgccgcaacccccccccccccaccccacccctccgctgaactatcctaagcatctagagaggtccctcctcttctctatttctctgccacatcgttctgccgttgctagtctgcttgtctgctggtcgtctggccttgatgttcagctgcttgtgtgtgtgcctgctaaggtctcaggtttatatgggcacagaatggggggcgtggtgagccaaagaggtcttggaaaatgcaacattcaggctcaaaaacaggagtgcctgttctcaattaggtctgtgggcacatgcccgagggtgaat-cctcaccagtgaccctgctcttctctacccagcacttcgctgccccatcTCCAGTTTCACTAAT i ponAbe2.chr4 I 38934 C 0 e canFam3.chr13 58893190 25516 + 63241923 I e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 64835672 79844 - 118206036 T a score=38446.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 301807 103 + 586476 ATATCTAAAAGTCACATGGGATCCCTCCAGTCTAGATTATTGGTGAGACTACTGAAAGCTTCAGGTACGACTTTAACATCTGCTTACCTTGTTTTTTTTTTCT s panTro4.chr4 132267921 102 - 193495092 ATATCTAAAAGTCACATGGGATCCCACCAGTCTAGATTATTGGTGAGACTACTGAAAGTTTCAGGTACAACTTTAACATCTGCTTACCTTG-TTTTTTTTTCt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 147608315 103 - 198332218 ATATCTAAAAGTCACATGGGATCCCTCCAGTCTAGATTATTGGTGAGACTACTGAAAGCTTCAGGTACAACTTTAACATCTGCTTACCTTGTTTTTTTTTTCt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4298382 100 - 63241923 ATATGTATATGTCAGGAAGGATGCTTCCGGTTTAGATTACTGGTGAGACCTCTTAAAGCTTCAAATA-GATTTAAACATTT--TTATCTTATATTTTGGTTTT i canFam3.chr13 I 49950 n 25516 e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 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i panTro4.chr4 I 475 I 591 e canFam3.chr13 4298482 25516 - 63241923 I e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 53239679 50900 + 118206036 I a score=0.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 330264 7 + 586476 atgatcg e canFam3.chr13 4298482 25516 - 63241923 I e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 53239679 50900 + 118206036 I e panTro4.chr4 132294861 591 - 193495092 I a score=142344.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 330271 1584 + 586476 taaaggagggactccaacatcaacaacaacaacaacgacaaaacttcaggccaatatccctgatgaatatcaaagcaaaaatcctctaaaatactgacaaaccaaatccagcaacacatcaataagtttatctatcacaatcaagatgacttcatcctcagaatacaagtttggttcaatgtacaaaaatcaataaatgttattcatcacataaacagatctaaagacaaaaaacacatgattatctcaatagatgcagaaaaggcctttcataaaattcagcatttcttcacattaaaaactctaaattaactaggcattaaaggaacatacctcaaaataataagagccatttatgataaatacacaaccaatatcatactgaatgggcaaaagctggaagcatttcccttgaaaaacagcccaagaccacagtgccatctctcaccactcctattcaacattttattgaaagttttggtcaggtcaatcagttgtgagaaataaataaaagttattcaatcagaagagtggaagtaaaattatctttgtttgcagataacatgattctttatctagaaatcccattgtttcagtccaaaagcttcttaaactgagaagcaacttcattattctcagaatacaaaatcaatgttcaaaaattggtagctttcctgtacaccaacaacaggcaagcaaagagccaaatagtaaataaacttccattcacaatagctaccatgaaaataaaatatctaagaattctactagcaagggaagtgaaggacttcttcaagaactacaaaccactgctcaaggaaatcacagagaacaccaacaaatggaaaaacattccttgatcatgggtaggaagaatcaatatcataaaaatggccacactgcccaaagtaatttatagattcaatgctgttctcattgaactaccattgacattctttacagaattagaaaaaaaaaaactattttaaaatgtataaggaactaaaaagtcagtagagccaagacaatcctaagcaaatagaataaagctggaggtatcatgctacctgacttcaaactatactacaaagctatagtaaccaaaacagcataatacttgtacaaaaacagacaggtagtccaatggagtagaacagagacctcagaaattacaccacacatctacaaccatctgatctttgacaaaccttgtaaaaacaatcagaaaagggtttactatttaatacatagcactgggagaactggctagttgtatgcagaaaattaaaactagaccacttcctaatactttatatgaaaactaactcaaggtggattaaagaattaaatgtaatgtaacaacaaaaactttaaaaaccctaaaagaaaatctaggtaataccattcaaggcttaggaacaagcaaagattttatgatgaaaacaccaaaagcaattacaacaaaagaaaaatgggcaaatgggatctaattaaaggtctcctgcacagcaaaataaactatcatcagagtgaacagacaacatatagaaggagagaatatttttcccagttatgcatctgaca s panTro4.chr4 132295452 1577 - 193495092 taaaggagggactccaacatcaacaacaacaacaacgacaaaacttgaggccaatatccctgatgaatatcaaagcaaaaatcctctaaaatactgacaaaccaaatccagcaacacatcaataagtttatctaccacaatcaagatgacttcatcctcagaatacaagtttggttcaatgtacaaaaatcaataaatgttattcatcacataaacagatctaaagacaaaaaacacatgattatctcaatagatgcagaaaaggcctttcataaaattcagcatttcttcacattaaaaactctaaattaactaggcattaaaggaacatacctcaaaataataagagccatttatgataaatgcacaaccaatatcatactgaatgggcaaaagccggaagcatttcccttgaaaaacagcccaagaccacaatgtcatctctcaccactcctattcaacattttactgaaagttttggtcaggtcaatcagttgtgagaaataaataaaagttattcaatcagaagagtggaaataaaattatctttgtttgcagataacatgattctatatctagaaaacccattgtttcagtccaaaagcttcttaaactgataagcaacttcattaatctcagaatataaaatcaatgttcaaaaattggtagctttcctgtacaccaacaacaggcaagcaaagagccaaatagtaaatgaacttccattcacaatagctaccatgaaaataaaatatctaagaattctactagcaagggaagtgaaggacttcttcaagaactacaaaccactgctcaaggaaatcagagaggacaccaacaaatggaaaaacattccttgatcatgggtaggaagaatcaataacataaaaatggtcatactgcccaaagtaatttatagattcaatgctgttctcattgaactaccattgacattctttacagaattagaaaaaaaaa--ctattttaaaatgtataaggaactaaaaagtcagtagagccaagacaatcctaagcaaatagaataaagctggaggtatcatgctacctgacttcaaactatactacaaagctatagtaaccaaaacagcataatacttgtacaaaaacagacatgtagcccaatggagtagaacagagacctcagaaattacaccacacatctacaaccatctgatctttgacaaaccttgtaaaaacaatcagaaaagggtttactatttaatacatggttctgggagaactggctagttgtatgcagaaaattaaaactgcaccccttcctaatactttatatgaaaactaactcaaggtggattaaagaattaaatgtaa-----caacaaaaactttaaaaaccctaaaagaaaatctaggtaataccattcaaggcttaggaacaggcaaagattttatgatgaaaacaccaaaagcaattacaacaaaagaaaaatggacaaattggatctaattaaaggtctcctgcacagcaaaataaactatcatcagagtgaacagacaacatatagaaggagagaatatttttcccagttatgcatctgaca i panTro4.chr4 I 591 C 0 e canFam3.chr13 4298482 25516 - 63241923 I e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 53239679 50900 + 118206036 I a score=22892.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 331855 85 + 586476 aagTACAATTTCAGTTACTTTGCTTTATTTGAAAATATTTTCCCTAAATCAAAATCTTATCCCTTCCTGAATATTTGCAACATTC s panTro4.chr4 132297029 85 - 193495092 aagTACAATTTCAGTTACTTTGCTTTATTTGAAAATATTTTCCCTAAATCAAAATCTTATCCCTTCCTGAATATTTGCAGCATTC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53290579 85 + 118206036 AAGTACAATTTCAGTTACTTTGCTTTATTTGAAAATATTTTCCCTAAATCAAAATCTTTTCCCTTCCTGAATATTTACAACATTC i nomLeu3.chr9 I 50900 C 0 e canFam3.chr13 4298482 25516 - 63241923 I e papAnu2.chr5 118909526 43908 - 178775436 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I a score=821026.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 331940 1678 + 586476 CTTATATTTCTCACTTTTAGAAAGTATTTATCTTCTAAGTGCCTACTCCTGAACTTGTTTTGCAGATTGCCTTGTAATTCAGGCAAGTTGTATTTTGAAAAAAATCTCACCAGAAATTTCCATCAAAGTAGAATTAAGAAGGAAAAGATGCATGTGACAAAATAGACAAACATGTTTTTATTCTATTAATGGTCTGTTAACCTGCAATGAGGTAAATCTTTCTTAAAAGGATATTCAAACCCAGTTTCTGAGAAAATATTGCCTGCAGAGTGTCAATATTGTTCAATGTTTTTATTGTCCTTGAgtgcatgcattacgtgtcaccgagattccccttttgggtatatagaaattactttccagctgatgaagtgatgaacaactgacatacctcacctataagctctctctc--tcagtacaaccctgctgaaagctatctagcatatagtgacctttccaagacagcccatatccaatgcctggtcacatgtaggactctaaaggcccattctccccttttcagtttggaccaactctgaaggcctaac--agcttcagagctcccagtgggtgagacaaaacctatgctgagactgcatgtcttagcatgctcagggtgctatatagaaaaataccatacattggctagcttacagacaacaaacatttatttgtcacagttcttgaggctgaaagattcaccatcaagatgctggtattgggcattcctccaagatggcaactcgtcaccatgtcttaatgggggaaagagatgaatgagttattgtgagcatatttttcaaaagaattaattccattaatgaggactctgccttcatgacctaaacacctcctaaatggttctatcagctaatacagtaattttggttattagaattataacttatgaattttgggggcattcagacattcagaccattgcactgaattatgtcctaatttgttccactgtccaatcctgcttcctactttttcacagatgttatttccaggaaaactccctaattatctccctcaaaaa-atattcagcttagaatctacttcTTCAAGGCACTGAGCATTTGATAATATgtaccaagagaggtcagaaaaaaagaacagacaagaaaatgagattgtagagttggattattcactaccaagtgtaatgagaaccctatcactattggtacagagaacacaaatagcccctggaatgtgacaatttaaatttttcatacattcagtaatggtaaattatgatggAAATCTTTTG-AGGGGAAAACATTAGTTATTAGGATATATCACATATTTATCAATATGGGAACAGTAGAAATTATGATCACAATACAGGCAAATGTTTTTTTCCACAGAGTTAAGGCTTGGGAGAAAATAATAGAAGAGTGAGGACTAATAACCATCAAATTAAGGCAAACGGTGAAAGCCAGAAATGTCTCCTTGGAAGtgttactggaaaaaggggtcttgatacagacatgaagtgaaggttcttggattccacacaggaaggaattcaaggtgagtcacagagtacagtgagaaaagatagtttattaaaagctatgacattacacagtagggcatcctcagaaggcaaggagttgaatgcaacacctttgttttaagtttttcttatatagaagtcttgtatctgtaaag s panTro4.chr4 132297114 1678 - 193495092 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125890761 1679 - 198332218 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aactttgctgaagttgtttttcagaagtgggagcttttggacaggggctttagggttttcactgtataaaatgataac-tctgtgaagagagatagtttgtctttctctctttctatttggatgccttttatttttctcttttactctgggtaggacttccaatactatactgaagagcagtatttagagtggccatcactgccttgttccagttctcaagaggaatcctttgagcttttgcccattcagtatgatgttgactgtgggttttcacagatggctgttactatttttgagtatttttctttaccacataatttgttcagggAATTTTAGAGTgaaattgagatcaaacaatcattaaaaaacatcaaccaaactgaaagttttgttatttgaaagaataaataagatggatacatcactagatagactaaaaaagaataaaaaagggatgatccaaataaacacaatcagaaatgacaaagaggagatcatcattgaccccaggaaaaacaaactacctgcaaaaaccattatgaatatctctgtgcacacaaacttaaaaacctagaagaagcagatacatttctggacacttacatcctctcaaagttgtaccaggtagaaatagaaatccttaacggacccaaaatgagttccaaaattgaatcagtaatataaagtccagcaaacataaaaggactgaatcagagagattaatggccaaattcttttatacatataaaaagaaatactagccatcctactgaaactatttcaaaaaattggagaggagggcctcctacttaactcattctgtgaggctaagattgctgtgataccaaaacctggcagagaaacaggaagataagaaaatatcatgccaatatccgtcatgagcatggacacaaaaatcctcaacaacgtactaactaatagaattcagcagcacatcaaaacctaaccaccacaatcaagtaggcattaatcctaggattcaagattggttaaacatatgcaaataaataaatgtgattctccacatacataggactaaaaagaaatacaccatgatcatttcaatagatgcagcaaaggctttcaaaaaattcaatgttgcttTCgttttttattttgaagcactctcaaaggaaacagaatttaatacttctgatcaaacttcaggagatagtggtaacagactactactaagatatctccataatctagggaaaaactgtggctactacaaaatgaagcttgtgtgctggaactgccttgacagtgaatgaaagagggaatcagaaggcttatgacagtggatatattaacatagacatcctatACCGTGTTGGAAGTCTATTGAATGTTTGCTGAAGTTATAATGAATGTTCAATATGTCTACCCTTAGAGGGCTAGGTCCTTTTGGACTTACCAAACCAATCTCACTGATATGATTTatgatcagatattgaaataata-gagaccttgacaaggcagatggtcaaaataaacaagagcagtaagactggggtgttatccagaaagacctaatttatgaaagctgtgtatatagtaataaagaagatagcactaggggcaaaatagataggtgagaaagggaatttctcaatctatgataccagaag-tttcaagaatagatactaaaaagttgagggcagttgtcctcactagaaatcacagtacattttcaagggtctggacctaaatgtgttttcagacctgaaatttattgactgaagaagacaccaggtgctccaggggaaaaaaaacCAAAAAACAAAAAACTGTAAAACCAAGTAAACTCACATGCTACTGATTCCATAATTTTTTTTT--CCTGAAATGGGCAGTGGCATCCCTAGGATAACTGATGATTTGTTCAGTCTCCAAACTGCATAATTTTTTAGATCCACTTTGTCTTTAGCAAAACAGTGAAATTGTATCATCGGCATCTGGATACAAGTCATTTTAGTGGAAAAGGCCAAGTGGATTCTCTTTGCATTCGTTTCCTGGGCTTCTTAAAACAGAAGTTATTCTCTGTTATTCTTATCTCTCTAAGCCAGAAGGTCAAAATCTGTGTTCTCAGGGTTCATTTGTTCTGGAGGCTCTAAGACAGAAACAA-CCAATGCCTGTCTCTTGGCCTTTATTGGTTACTGACAATTCTTGGAGTCCCATGTCTTGTGGCTTCTTTCCAACTTCTGTTTCCTCAGCATCATCTTTTCTTTTCTTTCTTACTAATTTTCTGCTGCCTTTATTCTTTTCAAA------------------------------------agaaactgtgtcttgctatattgacttggctgatcttgaacttctggcctcaagggatcctcctgcctttctccttataagaatatctgtcattggatttaaagcacatcataaatccagaataaacttgtcttgattttcttacttcacttacatctgcaaagatcttttctccattaaagttactttaatagattctggaggttactcactg-acacatttttggcaaagacatctattcaattcactacaTGCATGAAACTTCTTCATTCCTCCATTACCACAGATGTCAGGTGACCAagaaaatggaaaataatattgcattacatgcctggggattgtgaaaattaaagaccttaaaggtttaaaggatgcaggatgatgggctcc---attacatctttgattaaaagtctgaccattgcaaaatccagtagatcctagagtctggtagtggactcctgcaatttccaccaagtagttgctccactgtc-atcccctgtgccagacggagagtctttgctag-tcagatgaacattcatattattaaaatgtctgtacttctgacagtgattaatagatttactgcaatttctattaaattcctatggtatttcttatagaattgaaaaaaaacttaaaatttatatgaaaacacaaaagactgttaatatgcaaacatgattttttaaaaaaagcacaGGATGATCTTATATATTGCTTTTAAAAAAGCAACTATAAGACTTTATAGAAAAAAAAGGCTTTCTTTATTTTATAGGTTAGAACTGAATCTACTCAGTTTTATTCAAGATTAAATCTGTCCACTTCTTCTTCCCCTCAGAATGTTAAAGTTTTTATAGGATTATTCAAAAGTATCTTAATTATGTCCTGTTCTGCATGTGCAATCCAGGAGACAGTAAGTTCGGAGAATTATGGTCCAACTTGTTTGGACTGACTTTTGTTCCAATTTTGGGGATTGACTTTTGGTCGTTCATTTCTTCTACAGTCAAAATGTAAGTGGACTCATTTTGATCCATGTC-ATCTCTCTCAAAAGAAATATGCTGTTTCCAAATTTTAAACTGAACTTAGCTTGGAAAAGAAGGCCTAGTAACAGAGATAGGAGTTATCATTATGTCTCTAGCTATCATTATATAATGGAAGCCAGACCTTGTCAACTCACTCTTTTACCAGAATTTTAAACTCACTAATAGATGACTGAAGTGATAACATGATTTCCTCTAGTGCTGCTCACAGACTTCCCACTTTATTTAGAAAATTCATTATTATAGAGCCTGGGCGATGGATAAAGTAAGGCATTCACTTGTTTTTCT-TATGTTATAGACAGAAGCTGGGTTTTGGTCCATAATATCAAAATGTCATCTGTTATTTATACTGATATAACTTTCTGAAACCAGTGCAAGTCAAGATTTGCAGTCTTTAATGAGACCTGAATTTTGAAATTTTACCTCCTTTTGTGGGAAATAATTTCAAGAATCAGATATACAGTTT-AA 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TAAttttaatagctttactgaaggaagaaaaattgatatacaaaaagcctgcaagtatttttacttatatatttata--ttatttatatacatataaattgatgagttttgacatatacatgcacctatgatgctatcattacaacaatgaaggtaaaaaacatatccatcacctacaaaagctctctttgtcactctttgtttttgatagtaataatgcttaacatcagat i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125908810 211 - 198332218 TAAttttaatagctttattgaagt----acaattgatattaaaaaa--ctgcaagtattt-------tatacataca---tatatatatatatataaattgttgagtttggacatatacatgcatccatgatgctgtcattataacagtgaagataataaacatatccatcacctacaaaagttctctttgttactgtttgtttttgattgtaataatgat-----tgagat i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53302508 232 + 118206036 TAAttttaatagctttactgaaggaagaaaaattgatatacaaaaaacctgcaagtacttttacttatatatttatattttatatatatatatataaattgatgagttttgacatatacatgcacctatgatgctatcattacaacaatgaaggtaataaacatatccatcacctacaaaagctctctttgtcactctttgtttttgatagtaataatgcttaacatgagat i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 e canFam3.chr13 4149263 6949 - 63241923 I e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e macFas5.chr5 123718058 32038 - 189454096 I a 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i canFam3.chr13 I 78 I 18 e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e macFas5.chr5 123718058 32038 - 189454096 I e ponAbe2.chr4 125909259 25 - 198332218 I a score=17887.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 348324 67 + 586476 ggcatcgatggtctttaaaatttgtcatgtttttgcactggctggtaccagttgttcctttccatgt s panTro4.chr4 132313496 67 - 193495092 ggcatcgatggtctttaaaatttgtcatgtttttgcactggctggtaccagttgttcctttccatgt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53307050 67 + 118206036 ggcatcaatggtctttacaatttgtcatgttttcgcactggctggtaccggttgttcctttccatgt i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58922789 18 + 63241923 I e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e macFas5.chr5 123718058 32038 - 189454096 I e ponAbe2.chr4 125909259 25 - 198332218 I a score=199818.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 348391 633 + 586476 ttagtgcttctttcaggagctcttgtaagacaggactggtggccacaaaatctctcagcatttgcttgtctacaaagtgttttacttctccttgacttatgaagcttagtttggctggatatgacattctgggttgaaaattcttttctttaggaatgttgaatattggcccccactctcttccggcttatgaagtttctgctgagagatccactgttagtctgatgggcttccctttgtgggtaacccgacctttctctctggctgcccttaatattttttccttcatttcaactttggtgaatctgacaattatgtgt----atttgagttactcttcttgaggagtatcttt----gtggcattctctgtatttcgtgaatttgaatgttggcctgccttgctaggttggggaagttctcctggataatatcctgcagagtggtttccaacttggttccattctccctat---cactttcaggtacaccagtcagacatagatttggtcttttcacatagtcccatatttcttggaggctttgttcatttcattttactcttttttctctaaacttctcttctcgcttcatttcagtcatttgatcttcaatcactgataccctgtcttccagttgatcga s panTro4.chr4 132313563 633 - 193495092 ttagtgcttctttcaggagctcttgtaagacaggactggtggccacaaaatctctcagcatttgcttgtctacaaagtgttttacttctccttgacttatgaagcttagtttggctggatatgacattctgggttgaaaattcttttctttaagaatgttgaatattggcccccactctcttccggcttgtggagtttctgctgagagatccactgttaatctgatgggcttccctttgtgggtaacccgacctttctctctggctgcccataatattttttccttcatttcaactttggtgaatctgacaattatgtgt----atttgagttactcttcttgaggagtatcttt----gtggcattctctgtatttcgtgaatttgaatgttggcctgccttgctaggttggggaagttctcctggataatatcctgcagagtggtttccaacttggttccattctccctat---cactttcatgtacaccagtcagacatagatttggtcttttcacatagtcccatatttcttggaggctttgttcatttcattttactcttttttctctaaacttctcttctcgcttcatttcagtcatttgatcttcaatcactgataccctgtcttccagttgatcga i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53307117 631 + 118206036 ttagtgcttctttcaggagctcttgtaaggcaggactggtggtgacaaaatctctcagcatttgcttgtctgtaaagtgttttatttctccttcacttatgaagcttaatttggctggatatgaaattctgggttggaaattcttttctttaagaatgttgaatattggtcccca--ctcttctggcttgtagcgtttctgctgagagatccactgttagtctgatgggcttccctttgtgggtaatccaacctttctctctggctgcccctaatatattttccttcatttcaactttggtgaatctgacaattatgtgt----atttgagttactcttcttgaggagtatcttt----gtggcattctttgtatttcctgaatttgaatattggccttccttgctagattggggaagttctcctggataatatcttgcagagtggtttccaacttggttccattctccccat---cactttcaggtacaccagtcagacatagatttgatcttttcacatagtcccatatttcttggaggctttgttcatttcattttactcttttttctctaaacttctcttctcgtttcatttcattcatttgtctttcaatcactgataccttttcttccagttgatcga i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58922807 618 + 63241923 ttaatatttcttgca-gagctctt-----------ttggtggtcccatattctttcagtttctgcctatcttggaagctctttatctctccttctattctgaatgagagccttgctggataaagtattcttggttgcatgttcttctcatttaggaccctgaatatatcctgccagccctttctggcctgccaggttgctgtggagaggtcttctgttaacctaatatttctccccataaacattagggatctcttgtctcttgct-tctttaaggatcttctctttatgtttggaatggcaagtttcattattaaatgttgggggttgagaggtttttattga-------ttttaggggggggaatctctcaatctcctggatctgaatgcctgtttcccttcccaagttagggaagttttcagctatgatttgttgaaatacactttct------gtccctctggccctttaggcgccctctggaatcccaattaaatgtagatttttctttctgaggctgtcatttatttcccttagcctatcctcatgatattttaattgtttttctcttttttcctcagcttccttccttgccatcaagttgtcctctgtgtcacttattctttcttccacctcattaa i canFam3.chr13 I 18 I 8359 e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e macFas5.chr5 123718058 32038 - 189454096 I e ponAbe2.chr4 125909259 25 - 198332218 I a score=602974.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 349024 2317 + 586476 atcagctactgaagcttatgcatgtgtcacatagttctcctgccatggttttcagctccatcaggtcatttaaggacttctctacactggttattctagttagccctttgtctaatcttttttcaaggtttttagcttctttgtgataggttcaaactttctcctttagcttggagaagattgatcatctgaagccttcttctctcaactcttcaaagtcattctccatccagctttgttccattgctgatgaggagctgtgttcctttggagggggagaggcactgtgatttttataattttcaacttttctgctctgttttttccccatctttgtggttttatctacctttggtctttgt------ttatggtgacgtacagatgggattttggtgtgaatgtcttttctgtttgttagttttccttctaacattcaggaccctcagcttcaggtctgttggagtttgctggaggtccactccagaccctgttttcctgggtatcagcatcagaggctgcagaacagctaatattgctgaacagcaaatgttgctgcctgatcgttcctgtggaagctttgtctcagaggggtacctggccgtgtgaggtgtcagtctgcccctactgggggggtgcctcccagttaggctactcaggggtcagggacccacttgaggaggcagtctgtctgttctcagatctcaaactctttgatggggagaccactactctcttcaaagctgtcagacagggacagttaagtctgcagaggcttctgcttccttttgttcagctatgccctgccccccagaggtggagtctacagaggcaggcagccctcctgagctatggtaggctccaccttgttccaccttcctggccactttgtttacctactcaagcctcagcaatggcgggcacccct-cccccagcctcacagctgccttgcagttcaatctcagaatgctgtgctagcaatgagtgaggctccatgggcatgcgaccctccgaaccaggcatggaatataatctcctggtgttccatttgctaagactgttggaaaagcgcagtgttagtgtgggagtgacctgattttccaggtgccatctgttacagcttcccttggctaggaaagggaattccctgatcccttgtgcttcctgggtgaggagatgcctggccttgctttggctcacactccatgggttggttgcactcactgtcctgcacccactgtctgacaagccccagtgagatgaacccagtacctcagttggaaatgcagaaatcaaccatcttctgtgtcgctcatgctgggagccatagactggagctgttcctattgggccatcttggaactgccccccAtattagtccttcttgaacttgcttaattcacttagcataataccctctaggttcatccacattgtcacaaatggtaCCTTTTgtcaaaccttggcaactgaattgacatttctactgcttccatatacagagaaattatactaactgaacttgtgaaaataatt-tattgatattaaattaaaatgctcatgaatagtttttgaattcttgtaagatcagatatggagaaaaatCTCAAATTTGTCTTTATTTTAATGAATGAAAAATATTTATGATTTTGAAATAATTAGCAATGGGAAACTAATTAGGAAAATTGAGATTTTTAGATTGTTCTAC--TGTTTTGATTATTATTGACATAACataatatatcgtatatttctatatttactttaaaatacatgtttatatatacatatatatatataGACAGAGCCATCGTGAGTAAATTAGTGTGTATGTGTAGTGGGGGTGTTTGTGTTTTCTTTAATGGATACTCTAGCAGCAGTTATCTAGTGTATGTCATGTACTAATTAATATTGCATCCCAGAAACAAATCCTAAAACTGCTTTAAATTTGTATCTTTTCTCTCTCTTCTTTCTAATAAAGAAATGTATATATGGAACAATACTGTCTGAATTTGTTTCATTTTAGTATACCACATGATAGTGTGGTGAAGgagtgtgaggacaggcagacagagatgggagaaatggagagacagagagagaaagaaagaaagaaagaaagagacagagaACTTATTATAGTGAAgccttatttatctttgtatcatgaggggctagctcaggacctggcatgaatggagcttataaagtgtatattaaaataaatAGGCCACTTATGACATGGGTTAAGTCATTCATATTCCAAATTTAATGTAAGAGGTGCGTTCTAGCATAAATATATATCTTAGGCTTTACAATAAAGTAA s panTro4.chr4 132314196 2311 - 193495092 atcagctactgaagcttatgcatgtgtcacatagttctcctgccatggttttcagctccatcaggtcctttaaggacttctctacactggttattctagttagccatttgtctaatcttttttcaagggttttagcttctttgtgatggattcaaactttctcctttagcttggagaagattgatcatctgaagccttcttctctcaactcttcaaagtcattctccatccagctttgttccattgctgatgaggagctgtgttcctttggagggggagaggcactgtgatttttataatttttaacttttctgctctgttttttccccatctttgtggttttatctacctttggtctttgt------ttatggtgacgtacagatggggttttggtgtgaatgtcttttctgtttgttagttttccttctaacattcaggaccctcagcttcaggtctgttggagtttgctggaggtccactccagacgctgtttgcctgggtatcagcatcagaggctgcagaacagctaatattgctgaacagcaaatgttgctgcctgatcgttcctgtggaagctttgtctcagaggggtacctggccgtgtgaggtgtcagtctgcccctactgggggggtgcctcccagttaggctactcaggggtcagggacccacttgaggaggcagtctgtctgttctcagatctcaaactctttgatggggaaaccactactctcttcaaagctgtcagtcagggacagttaagtctgcagaggcttctgcttccttttgttcagctatgccctgccccccagaggtggagtctacagaggcaggcagccctcctgagctgtggtaggctccaccttgttccaccttcctggccactttgtttacctactcaagcctcagcaatggtgggcacccct-cccacagcctcacagctgccttgcagttcgatctcagaatgctgtgctagcaatgagtgaggctccgtgggcatgtgaccctccgaaccaggcatggaatataatctcctggtgttccatttgctaagactgttggaaaagtgcagtgttagtgtgggagtgacctgattttccaggtgccatctgttacagcttcccttggctaggaaagggaattccctgatcccttgtgcttcccgggtgaggagattcctggccttgctttggctcacactccatgggttggttgcactcactgtcctgcacccactgtctgacaagccccagtgagatgaacccagtacctcagttggaaatgcagaaatcacccatcttctgtgtcgctcatgctgggagccgtagactggagctgttcctattgggccatcttggaactgcccccCAtatttgtccttcttgaacttgcttaattcacttagcataataccctctaggttcatccacattgtcacaaatggtaCCTTTTgtcaaaccttggcaactgaattgacatttctactgcttccatatacagagaaattatactaactgaacttgtgaaaataatt-tattgatattaaattaaaatgctcatgaatagtttttaaattcttgtaagatcagatatggagaaaaatCTCAAATTTGTCTTTATTTTAATGAATGAAAAATATTTATGATCTTGAAATAATTAGCAATGGGAAACTAATTAGGAAAATTGAGATTTTTAGATTGTTCTAC--TGTTTTGATTATTATTGACATAACATAatatatcttatatttctatatttactttaaaatacatgtttatatatac--atatatatataGACAGAGCCATCGTGAGTAAATTAGTGTGTATGTGTAGTGGGGGTGTTTGTGTTTTCTTTAATGGATACTCTAGCAGCAGTTATCTAGTGTATGTCATGTACTAATTAATATTGCATCCCAGAAACAACTCCTAAAACTACTTTAAATTTGTATCTTTTCTCTCTCTTCTTTCTAATAAAGAAATGTATGTATGGAACAATACTGTCTGAATTTGTTTCATTTTAGTATACCACATGATAGTGTGGTGAAGGAGTGTGAGGACAGGCagacagagatgggagaaatggagagacagagag----agaaagaaagaaagaaagagacagagaACTTATTATAGTGAAgccttatttatctttgtatcatgaggggctagctcaggacctggcatgaatggggcttataaagtgtatattaaaataaatAGGCCACTTATGACATGAGTTAAGTCATTCATATTCCAAATTTAGTGTAAGAGGTTCGTTCTAGCATAAATATATATCTTAGGCTTTACAATAAAGTAA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53307748 2310 + 118206036 atcagctactgaagcttgtgcatgtgtcacatagttctcatgccatggatttcagctccatcagatcgtttaaggacttctctacactggttattctagttagccatttgtctaatctttttacaaggtttttagcttctttgtgatgggttcaaactttctcctttagctcagagaagattgatcatctgaagccttcttctctcaactcttgaaagtcattctccatccagctttgttccattgctgatgaggagctgtgttcctttggagggggagaggcactgtgacttctagaattttcagcttttctgctctgttttttccccatctttatggttttatctacctttggtctttgttgatggtgatggtgacgtaaagatggggttttggtgtggatgtcttttctgtttgttagttttccttctaacattcaggaccctcagcttcaggtctgttggagtttgctggaggtccactccagaccctgtttgcctgggtatcagtatcagaggctgcagaacagctaatattgttgaacagcaaatgttgctgcctgatctttcctatggaagcttcgtctcagagggatacccagccatgtgaggtgtcagtctgcccctact-ggggagtgcctcccagttagtctactcagggatcagggacccacttgaggaggcagtctgtccgttctcagatctcaaactatttgatgggagaaccactactctcttcaaagctgtcagacagggacagttaagtctgcagaggtttttgcttccttttgtttggctctgccctgccccccagaggtggagtctacagaggcaggcagccctcctgagctgtggtaggctccaccctgttccagcttcctggccactttgtttacctactcaagcctcagcaatggtgggcacccctccccccagcctcatggctgccttgcagtttgatctcagactgatgtggtagcaatgagtgaggctctgtgggcatgagaccctcaaaaccaggcacggaatataatctcctggtgttccgtttgctaagactgttggaaaagtgcagtgttagtgtggtagtgacctgattttccaggtgccatctgttacagcttcccttggctaggaaagtgaattccctgaccccttgtgcttccagggtgaggtgatacctcgccctgctttggctcacactctgtg----ggttgcactcactgtcctgcacccactgtctgacaagccccagtgagatgaacccagtacctcagttggaaatgcagaaatcacccatcttctgtgtcgctcatgctaggagccatagactggagctgttcctattggaccatcttggaacctcccccTAtatttgtccttcttgaacttgcttaattcacttagcataataccctctaggttcatccacattgtcacaaatggtattttttgtCAAAACTTGGCAACTGAATTAACATTTCTACTGCTTCCATATACAGAGAAATGATACTAACTGAACTTGTGAAAATAATTATATTGATATTAAATTAAAATGCTCATGAATAGTTTTTGAATTTTTGTAAGATCAGATATGTAGAAAAATTTCAATTTTATCTTTATTTTAATGAATGAAAAATATTTATGATCTTGAAAGAATTAGCAATGGGAAACTAATTAGGAAAATTGAGATTTTTAGATTGTTCTACTGTGTTTTGATTATTATTGACATAACataatataacttatatttccatatttactttaaaatacatgtttaaatatac--ctatatatataG--AGAGACATCGTGAGTAAATTGGTGTGTATATGTAGTGGGTGTGTTTGTGTTTTCTTTAATGGATACTCTAGCTGCCGTCATCTAGTGTATGTTATGTACTATTTAATATTGCATTCCAGAAACAACTCCTAAAACTACCTTAAATttgtatcttttctctctcttctttctaataaataaatgtatgtatggaacaatactgtctgaatttatttcattttagcataccacatgatagtgtggtgaaggggTGTGAGGACAGGCagacagagatgggagaaatggagagacagagag--------agaaagaaagaaagagagagagaACTTATTATAGTGAAACcttatttatctttgcatcatgaggggctagctcaggacctggcatgaatggagcttataaagtgtatattaaaataaatAGGCCACTTATGACATGGGTTAAGTCATTCATATTCCAAATTTAATGTAAGAGGTTCATTCTAGTATAAATATATATCTTAGGCTTTACAATAAAGTAA 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53310058 1326 + 118206036 AATATTGTTACTTTTATACATATGATATAGGTTTAATTT----TGAGAGCACCCACCATATTTATTTAA---AAATGCTCCTTATATAAATTTAAAAA-------TATATTTCTATATGAATAT--AATGTCATATTACCAATTTTATTGAG--TCTGTTT-----------------------TTTTCTTATAAA---------------------AAGAACTTACAATGATAATACATAAGTAAAACTGTAATAATTATA-----------CCTACTAGACACATAAAAGCTTTGAATTGAAGA-AAAATTTTACA-ATAATGTGCATCAG--GTTATGatttaaatttagaattactgtattctaaattctcaaACAGATATCAT-------CAATATTT-------------TTTAG--TTATGGTACTGAATTCGATAGAACATTAAATGTACAT-CATGTATGTGAGCTGACATAGAAG--AATCATGATTAAGTAA--ATCAAAAT---AGTATTAATGCTCAATGACATG--TGGTAGAGAAAAATATTTAATTTTTAAGTTAGAATTTAGGTATTCAAAACAGGAATCACAGGAATAACAAAAGCAGATA-ACTCTGAACTATGCACACCAGATAAGCATAAATT----------ATATTTTGCAAATGTTTTTGCAGTTTAGTCCTTTGCATCAGTTTATATTGTGGGAAAGTAAGGGAGCAAGAACAGCTGAAATGATATA----------ACATAAAAATATC----AGATAATTTTTATTGT----AAACAGATATAAGCTGAATTTGAAAACAACATTG--ATAAGAAATTAA----------AGGGGAATATATTTCCC--------ACTTCTTCC----TTTTGTATGTAA-----------------------TCCAAAGCCTAAAATTATGTTTCTTTATAGAAATATCTTTCTGCTTTT--CTGTCATTTGTCAAAAAAAGAATAAAATCAATATGTATT----------TTTAGGGCTACATTAT----TGCATCATGAACCTA--AACTTAATTCTGACTCTAGAAACCAAGTCAAACCATCAAGAAATGTAAACCA------------------------------TGAGCAAATGAGAATAAATGCAATA------AAATCACATCCAATATAAA---AGGCACA----------GAGATACTAC-AAAGAGTAAGATACATCAGAAAGAGTTTAGGTGAACATATAATAAATATTCCTTTTCTAAAATGTT---GTAGCAATAGTTTACTACATAGGCTACAAAAAATATTGTCAGTATTTCCATACTTACCAAAATGAGTATGAAACCTCAGGCTCACTCCTTC-------AGTATCTTTTTTAATCTATTACCATACTACAGTATCATTTCAACAATGTTAAAGATTTAATCACAATTTAAATATTAATTATTAATGATTAGGAT-----AATAAATCTTTACTATGAC----CTATACTATTCATACCATTCTGGTAATATAACATATAATACTAGCAGATCGCAAATTAGATAGACCAAAACCCTCTcaa i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4156212 1529 - 63241923 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macFas5.chr5 123718058 32038 - 189454096 I e ponAbe2.chr4 125909259 25 - 198332218 I a score=214815.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 352795 433 + 586476 ATTCCC--ATGGGAAACC-----AGAAACGAA-----TATATAAATGAAATGTTGAGAAGCCCAGCCATCAATTCTCCATAGTAAGCTAGAGGGTCAGCAAAACAAATA---AACTTGGCTGCCTACAGCCTGCTGAGTAACTCCTCAT--------------------------------------------------------------------TTTTAT----TTGCCTGCCACAC-CATGAAAGACTCTGCAGTTCTAAAGAA------GCTTTGTAGAGAAAAGC-----AAAGATATCTTCTGTGA-------------------GGGTTTCTTAGTTTACTGAAA--------------------------GTAGGAGAACCTTCACATTAAA----AGGAATC--AGCATGATCAAGCAGAAGGCTTGGTGGAGGTGCTAACATGGTTATCTCATATCCATCAAGTTGGAGTTTTTCTAGAATAACTTTTAAATTG----AGTGACTAAAATTCATGGGCCAGACAAGTACTTTCCCAAACTTTCCAGAGTCAAAGAAACA---CAGATTCAGCAGG-aaaa s panTro4.chr4 132317938 436 - 193495092 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ATTCCC--ATGGGAAACC-----AGAAACGAA-----TATATAAATGAAATGTTGAGAAGCCCAGCCATCAACTCTCCATAGTACGCTAAAGGGTCAGCAAAACAAATA---AACTTGGCTGCCTACAGCCTGCTGAGTAACTCCTCAT--------------------------------------------------------------------TTTTAT----TTGCCTGCCACAC-CATGAAAGACTCTGCAGTCCTA---AA------GCTTTGTAGAGAAAAGC-----AAAGATATCTTCTATGA-------------------GGGTTTCTTAG-TTACTGAAA--------------------------GTAGGAGAACCTTCACATAAAA----ATGAATCTTAGTATGATCAAGCAGAAGGCTTGGTGGAGGTGCTAACATGGTTATCTCATATCCATCAAGTTGGAGTTTTTCTCGAATAACTTTTAAATTG----AGTGACTAAAATTCATGGGCAGGACAAGTACTTTCCCAAACTTTCCAGAGTcaaagaaaca---cagattcagcaga----a i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58931909 524 + 63241923 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panTro4.chr4 132318374 211 - 193495092 AAAAAAACAAAACCAA--ACACACACACACACACAGAAGACATTCACAGTTTTCATGACCAACTCTTCCTTTAATTTACCCTTGGTTTAAAATAAGTACAGCAAGCTCATAAGCCAAATTCATCCTAAATGTGTTTCATGCTTTAATTTCTCAGTCAATTGATGGTGAATGAGTCTGGACTTTGGACAGCCTACTTATTCCAATAGTCAAAGT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125909786 193 - 198332218 AAAAAAA-AAAAGGAA-------------------GAAGCCTTTCACAGTTTTCATGGCCAACTCTTCCTTTAATTTACCCTGGGCTTAAAATAAGTACAGCAAGCTCATTAGCCAGTTTAATCCTACGTGTGTTTCATGCTTCAATTTCTCAATCAATTGATGGTGAATCAGTCTGGACTTTGGACAGCCTACTTATCTCAATAGTCAAAGT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53311931 209 + 118206036 aaaaaaacaaaaacaa----acacacacacacacagaagacattcacaGTTTTCATGGCCAACTCTTCCTTTAATTTACACTCGGTTTAAAATAAGTACAGCAAGCTCACAAGCCAGATTCATCCTAAATGTGTTTCATGCTTCAATTTCTCAGTCAATTGATGGTGAATGAGTCTGGACTTTGGACAGCCTACTTATCCCAATAGTCAAAGT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4158326 172 - 63241923 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s ponAbe2.chr4 125913304 1308 - 198332218 cacttatcactagagaaatgcaaatcaaagccaaaatgagataccatcccacgccagtcagaatgatgattattaaaatgtcaagaaacaataaatgcaggtgaggctatagagatatatgaatgcttttacactgttggtgggaatgtaaattagAGCTAGGTCTTTAAGATTATGTTGATTAATTGATTGATTGATTTCCAACACAAACCAAATTCAAAGTAGATGAGTGATTAGAAAGAAAGCAAAAAATACTGAGttaaaaaattattaaata--aaaaCAGTCTAGATGGTAAAAACACTAATTTCAAGGGAGC--TTTTTTGAAGTTTAGCAAAACTTAAGTTATATAACATTTTAAAATTTCAATTTTATCTGTGTAACTGCTGAGTGAttggttgtgttaaaaaagttaccatacaatttctcatcttaacaatatttaagtttgcaatttagcaatttt-aagtatatatacatttttgtgccacaagtttctagaaaattttcatcttggaaaacacattg-acaacaccccatttttccctttactccagcccctggtatctactactccactttttctttctataggttttactagttttgataccacatgtatgtaaaattacttatatgtgcatgtatctttttttgacaggcttattcagcttattataacattctaaagcttcatcaatgctgttatatatg-----ttaggattttcttcttttaaaagct-aaataatctttcatttcatgtatacaccatcttttctttgtccattcatccatccatggacatttgtgttgctttcctctcttaactattgtgaataatgttgcaaaatacatggatgtgcaaatatgtctttgagatcctgcttttaattattttggataaatacctagaagtaacattgttgggtcatatggtaatttgatttta----atttttttgaggaacctccattctgttaactataggggtgtcatcattttccattcctaccaacaatgcaccagagttcctatttatatatattctcttcataac---ttgttttttgggctgtgtgtgtgcctgt--------gtgtctgtgtgtgggtgaatatatgtattaaaaaatattttgaggtggctaatggttatgatgtgatagctcattgtagttttgatttacatttctctaatatttagtgatgttaagcatcttttcatatgctttttgggccatatatctatattttctgaataaatatgtattctagtctttgaattattttaattgagtttttgctattaaattatagagaatttgtca i ponAbe2.chr4 I 2653 C 0 s nomLeu3.chr9 53315323 1300 + 118206036 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i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 e canFam3.chr13 4158737 62845 - 63241923 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e macFas5.chr5 123718058 32038 - 189454096 I e panTro4.chr4 132318585 0 - 193495092 C a score=465998.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 355436 999 + 586476 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s ponAbe2.chr4 125914612 1013 - 198332218 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i ponAbe2.chr4 C 0 I 32 s nomLeu3.chr9 53316623 1005 + 118206036 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i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119152633 1016 - 178775436 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i papAnu2.chr5 N 0 C 0 e canFam3.chr13 4158737 62845 - 63241923 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e macFas5.chr5 123718058 32038 - 189454096 I e panTro4.chr4 132318585 0 - 193495092 C a score=27413.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 356435 176 + 586476 ATAAACATTATATAATAAAACAAATTTAA--------AAATAAataaataaaatataaata-aaata-aaatataaaatta----attttatataattat---aaaataattacaaattat-aaaaataaaatataaataaat--------------attaaataaaata--AACA----------TTTTAAAATAACAGTTCATTTTAAACAAAAAACC s nomLeu3.chr9 53317628 206 + 118206036 ATAAACATTATATAATAAAAAATATTTAAAATATTTTAAATAAATAAATAAAATATAAACATAAATA-TAATATAAAATCA----ATTTTATATAATtat---aaaa----tataaattataaaaaataaaatataaaTAAATATTATATAAATAAAATTAAATAAAATA--AATATTTTAAAATGTTTTAAAATAACAGTCCATTTTAAACAAAAAACC i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119153649 176 - 178775436 ataaacattgtataataaaatatattaaa----------------aaataaaatataaatgaaaatataaatataaaattaaattattttatataattatttataaataattataaattataaaaaataaattataaat------------------attaaataaaataggaata----------ttttaaaataatagtccattttaaaccaaaaaac i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 4158737 62845 - 63241923 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e macFas5.chr5 123718058 32038 - 189454096 I e ponAbe2.chr4 125915625 32 - 198332218 I e panTro4.chr4 132318585 0 - 193495092 C a score=60770.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 356611 122 + 586476 Ctttaattatacatgaaaagtctattcctttacatctcccattcctactttatgttagcaatatcactagttgtatattttgtgttgtgtcccaattaatataaatgtaatgttacttttat s ponAbe2.chr4 125915657 122 - 198332218 ctttaattatatatgaaaattctatttctttacatctcccattcctactttatgttagtaatatcactaagtatatattttatgttgtgtcccaattaatataaatgtaatgttacttttat i ponAbe2.chr4 I 32 C 0 s nomLeu3.chr9 53317834 122 + 118206036 CTTTAATTATATATGAAAAGTTTATTCCTTTACATCTCCCATTCCTACTTTATGTTAGCAATATCACTAGTCGTAAATTTTGTGTTGTGTCCCAATTAATATAAATGTAATGTTACTTTTAG i nomLeu3.chr9 C 0 I 304 s papAnu2.chr5 119153825 122 - 178775436 ctttaattATATATGAAAACTCTATTCCTTTACATCTCCCATTCCTACTTTATGTTAGTAATATCactagttatatattttatattgtgcCCCAATTAATATAAATGCAATGTTACTTTTAT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 4158737 62845 - 63241923 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e macFas5.chr5 123718058 32038 - 189454096 I e panTro4.chr4 132318585 0 - 193495092 C a score=645564.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 356733 1519 + 586476 gcttttctcttttaaattgcatatcagaattaaaagaaacttgtgaagcaacattaaaaacttatgggattttatatttaattacatatttatctctaccagagaaatttatacttttacattcattcattttgctacctggtctccctcatttcaacttgaaagactcctttttgc-ttttttgtaggacaggtgtggtaataattaccttcttcaaccttttttaaacccgagaaaatattcaattttccattatttctgaatgacaggtttgccaaatgaatgtcttgtgtggtaggtttttttt---ttcttttctgatttttctttcaacactttgaatatgttacatcacttacttttggtttaaaaagatgtctgctggtatcttgttgataataccatgtgagttcccttttatgtcatgattcatttttctt------ctgcttccgagattctttctt----tgtgacttttgaaagtttgattatgatatttattgatgcaaaatttttgaattgatctcagtgtacggtagttgtattttaaaacaattctatgtccatattcttcctcaaatttgg-gaattgtctgcctgccattatttctttaaatagactttttatctcaatcttttcctcttgtcccatgagggctctcataatgcataactggtcaggttaacaatgtcccataagcctccggctttcttcattttattatgagattcttcttgctcctctcccttaatagcttgaaatggccaatattt-caaattcatgaattatttttttctagctgaacaagtcatctattgaatttctctagtaaatttttcaatttagttattgtattatttacctccagaatatctatgtggttgttttctataatttttgtgtctttgttgatacttttatttcatatatgtattattttcctgatttttaaaaacttgtctatgttcttttagttaatcgagcatctttaattatttttgaaatttttgataggtatttaagatattttgaattttttg-acaggtaatggatagatctttgttcattcaggattgaaaaaa-ggtttactttgttcctttaaacaggtcatgctttccaatgtctgcatgttttgcatttctttgtttaaattttgagatttaaagaaacacccacatctcccagtctttatgtactggcttagtgtagggaaataccttcatctatcacccctcctagagattctgggagttttgtgaaccattccaagagctgtagcctctccaGGCTTTTGAATGTAATTACTAAGTTAAATCCAGTTtttgtttgtttgtttgtttgtttTCAGGATTTTGTAATATTTTACTTCACCTGTTGTCATTCTGTAGTAATAATGCAGCTCTTCTGGTACTGCCCTAAACTGCCCCACTGCCTTTATTCCCAGGCATTCAAATGCTGGGGTTTCTATAGGTGATTTAAGCTCAGTGACAGAAATCAGACCCTTGGGAAGT-CTCTAAGGAGCCAGAACA s ponAbe2.chr4 125915779 1422 - 198332218 gcttttctcttttaaattacataTCAGAATTAAAAGTAACTTGTGCATCAACATTAAAAACTTATGAGACTTCATATTTAATTACTTATTTATCTCTACCAGACAGATTTATACTTTTACATTCATTTGTTTTGCTTCCCAGCctccc------------------------------------------------------------cctt---------ttttttaacctgagaaagtattcaattttccataatttctgaatgacaggtttgccaaatgaatgtcttatgtggtcgggttttttt----------cttgtttttctttcaacactttgaatatattatgttgcttacttttggtttaaaaagatatctgctggtatcttgttgataatat-acgtgagttcctttttatgtcatgattcatttttcttt---ttctgcttccaagattatttgtc----tgtgacttttgaaagtttgactataatatttattggtgtaaaatttttgaattgatctcagtgtacagtagttttgttttaaaacaattctctatccatattcttcctcgaatttggagaattttctgcctgccattatttctttaaatagactttttgtctcaatcttttcctcttgtcccatgagggctctcgtaatgcataactggtcaagttaacaatgtcccataagtctcaggctttctttactttattatcacattccttttgctcctcttccttaatagtttcaaatggccaatattttcaaattcatgaattatttttt-ctagctggccaagtcatctactgaatttttctagtaaatttttcaatttagttattgtattacttatctcc-------------ggtttttttctata-cttttatgtctttgttgatactcttatttcatatatgccttatattcctgatttttagaaacttgtctgtgttcttttaggtaatccagcatgtttaattatttttgacatttttgacaggtatttaatgtattttgaattttttg-acaggtaattaataaatctttgtttattcagagttgaaaaaaaggtttattttgttcctttaaataagtcatgcttaccagtgtctgcatgcttcacatttctttgtttaaactt--agatttaaagaaacatccacgtctcccagtctttatgtactggcttagtgtagtggaagactttcatcaatcaccccagctagagatgctgggagctttgcaaaccattccaagagctgtatcttctcTGGGCTTTTGAATGTAATTACTAAGTTAAATACGGTTTTT-----------TGTTTGTTTTCAGAATTTTGTAATATTTTACTTCACCTGTTGTCATTCTGTAGTAATAATGCAGCTCTTCCGGTACTGCCCAAAACTGTCACACTGCCTTTATTCCCAGGCATTCAAATGCTGGGGTTTCTATAAGTGATTTAAGTTCAGTGACATAAATCAGACCCTTGGGAAGTCCCCTAAGGAGCCAGAACA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53318260 1520 + 118206036 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i nomLeu3.chr9 I 304 C 0 s papAnu2.chr5 119153947 1481 - 178775436 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i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 4158737 62845 - 63241923 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e macFas5.chr5 123718058 32038 - 189454096 I e panTro4.chr4 132318585 0 - 193495092 C a score=8906.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 358252 15 + 586476 TTAGACcacatttca s ponAbe2.chr4 125917201 15 - 198332218 TTAGACCACATTTCA i ponAbe2.chr4 C 0 N 0 s nomLeu3.chr9 53319780 15 + 118206036 TTAGACcacatttca i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 65303430 15 + 189454096 ttatactaaatatca i macFas5.chr5 n 32038 C 0 s papAnu2.chr5 119155428 15 - 178775436 TTAGAAGACATTCCA i papAnu2.chr5 C 0 N 0 e canFam3.chr13 4158737 62845 - 63241923 T e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e panTro4.chr4 132318585 0 - 193495092 C a score=402083.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 358267 899 + 586476 attagagcactagaatattctgaatttgtctatatatttacatttaccagtgactttttatatttttatttgttacatgttagtgtccttttcctttagagtgaaaaataccctttgcatttcttcttaaacaggtttcgtgttggtgaattctcctag-ttttatttgtcttgaaaagtctttatctcttcctcatatatgaagaagtgctttgatgagtacagtatttttggattaaaggtttttcaaatttttgattacttcagca-tttggctatattatcccactctcttcttgcctgcaagtttgc-----ttttttttctttctttcttttttttttgttttcactga-aaattcactgaaaaccatttggtaacactattgaatgtgttatgttttgttgttgttgtt------ttgttttgtt---tttctatctctcctgctgctttcagtattgtttttgttctttgatttttggtaatttgattataatgtg-ctttgggaattactttctgcgttgaatttgtctggtgttgtccaagctaactgttcccagat-attattgtctttctccaaatttggaaaacattgagtt----attatattgagtttgttttctagtcctttcttttct----catatcctctagaaacttaaattatgtggaggtagttcccttcatagtgtcataaaatttctgtggccgccattctttctttttac-ttttatccctctgattgggtaattacatgttttctttctttgagcttactgattctttcctgtttgatcaagtctactgttaaagttttctaatgagtttttcagtttaacaattttatcctgcatttcaaggatttcatttttttattattttgatttctttctgaaatgtctaatattgtgtctgcatt s ponAbe2.chr4 71571090 897 + 198332218 attagagcattagaatattctgaatttgtctatatatttacatttaccagtgactttttatatttttatttgttacatgttagtgtccttttcctttagagtgaaaaataccctttgcatttcttcttaaacaagtttggtgttggtgaattatcttagcttttatttgtcttgaaaagtctttatctcttcctcatacgtgaagaagtgctttgatgagtacagtatttttggattaaaggtttttcaaatttttgattacttcatca-tttggctatattatcccactctcttcttgcctgcaagttt----------tttttctttctttctttctttttt---ttccctgagaaattcactgaaaacagtttggtaacactattgaatgtgttatgttttgttgttgttgtt--------gttttgtt---tttctatctctcctgcttctttcagtattgtttttgttctttgatttgtggtaatttgattataatgtg-ctttcggaattactttctgcgttgaatttgtttggtgatgtgtaagataactattcccagat-attattgtttttctccaaatttggaaaatgttgagttctttattatcttcagtttgttttctagtcctttcttttctatcccatatcctttagaaacttatattatgtggaggtagttgcctccatagtgtcataaaatttctgtggccaccactatttcttttttc-ttttatgcctctgattgggtaattacatattttctttctttgagcttactgattttttc-tgtttgatcaagcctactgttaaagttttctaatgagtttttcagtttaacaattttatcctgcatttcaaggatttc-tttttttattattctgatttctttctcaaatgtctaatattgtgtctgcatt i ponAbe2.chr4 N 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53319795 909 + 118206036 attagagcattagaatattctgaatttgtctacatatttacatttaccagtgactttttatatttttatttgttacatgttagtgtccttttcctttagagtgaaaactatccttcgcatttcttcttaaacaggttttgtattggtgaattctcttagcttttatttgtcttgaaaagtctttatctcttcctcatatatgaagaagtactttgatgagtacagta-ttttggattaaaggtttttcaaatttttgattacttcaaca-tttggctatattatcccaatcccttcttgcctgcaagtttgtttttattttatttctttctttctttttttttt-ttttccctgagaaattcactaaaaacagtttgggaacactattgaatgtgttatgttttgttgttgctgtt--------gttttgtt---tttctatctctcctgctgctttcagtattgtttttgttctttgatttttggtaatttgattacaatgtg-ctttggaaattactttctgcgttgaatttgtttggtgttgtctaagctaactgttcctagat-attattgtctttctccaaatttggaaaacgttgagttctttattatcttgagtttgttttctagtcctttcttttctagctcatatcctctagaaacttatattatgtggaggtagttcccttcatagtgtcacaaaatttctgtggccgccactatttctttttactttttatccctctgattgggtaattacatgttttcttgctttgagcttactgattcttttctgtttgatcaagtctactgttaaagttttctcatgagtttttcagtttaacaattttat-ctgcatttcaaggatttc-tttttttattattctgatttctttctcaaatgtctaataccgtgtctgcatt i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 65303445 896 + 189454096 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calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e panTro4.chr4 132318585 0 - 193495092 C a score=341821.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 359166 628 + 586476 attttccaag----tttcttttag-ttttttgattatggtttatgtgattcctgaactttt---caaagagatttattttgaatttgtcgtcagatatt---taagcatcttcgaatctttttgtgcattattgaaacttgattggtttcttttggaga-tgtcatatttccctgtttttttttttttt----tttaacaatacttgctgtttacattgatgcctgcatatttaagaagatggccacttgattcagctttttaatgtgttATGCAGTGGTGT----------------------------TAAAATATTACTGCTTAATACCAGAG-CTGAATCACTACCCTGAGCATTCTTTCTGTTCTGAGGATGGCTT--ATATTTGATAGCAGAACCTAAATAGTGCATTAGAGCTAAATCTCTTCCATGCTGTTGTTTTCCTGTCTGGGGAAGACTTATCATGACCATGAAAACAC-AATGCTGCACCAGAACTTAAACCCAAAGCCGTAATAATTTCCGGGT-TGGGGAAGGCTTAAGAAATAACTAGAACTTAGTTACTTACCTGATAGTTGTTTCTGGGTCAGAGAAAGGCTCTGTATGATCACCTGGGATATTTGTAAAATCTGACCAAAGATTCTAGCCTTCCCCTGGATTGTGCCTCCTGTACTAC s ponAbe2.chr4 71571987 624 + 198332218 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i ponAbe2.chr4 C 0 M 411 s nomLeu3.chr9 53343313 1292 + 118206036 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i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I e macFas5.chr5 65249487 0 + 189454096 I a score=3900.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 389979 10 + 586476 AGAAAGTTAG s panTro4.chr4 132345173 10 - 193495092 AGAAAGTTAG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125932460 9 - 198332218 AGAAAG-TAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53361891 10 + 118206036 AGAAAGTTAG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 65415302 10 + 189454096 AGCAAGTGGA i macFas5.chr5 n 0 C 0 e calJac3.chr3 125459549 33745 + 190850796 I a score=15912.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 389989 18 + 586476 AAAGAAAGATAGCATTTT s panTro4.chr4 132345183 18 - 193495092 AAAGAAAGATAGCATTTT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125932469 18 - 198332218 AAAGAAAGATAGCATTTT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53361901 18 + 118206036 AAAGAAAGATGTCATTTT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 65415312 18 + 189454096 AAACAAGCATTGTTTTGC i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 59904335 18 + 178775436 AAAGAAGGATTGCATGAG i papAnu2.chr5 N 0 C 0 s calJac3.chr3 125493294 18 + 190850796 AAAGAATTATCACATTGC i calJac3.chr3 I 33745 C 0 a score=77819.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 390007 67 + 586476 AACAAGTTGTCTAAGAAATGGGCTTTTTTGTTTCTTATGCTGACAGTTG------TATTCTAGCTCTGAGTCC s panTro4.chr4 132345201 67 - 193495092 AACAAGTTGTCTAAGAAATGGGCTTTTTTGTTTCTTATGCTGACAGTTG------TAGTCTAGCTCTGAGTCC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125932487 67 - 198332218 ATCAAGTTGCCTAAGAAACGGGCTTTTTTGTTTCTTATGCTGACAGTTG------TATTCTAGCTCTGAGTCC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53361919 67 + 118206036 AACAAGTTGTCTAAGAAATGGCCTTTTTTGTTTCTTATGCTGACCATTG------TATTCTAGCTCTGAGTCC i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 65415330 72 + 189454096 ACCAGGATGTCTGTGAAATGGACTTCAGTAATTCTGCTAAT-ACAACTGAGCTTTTACTTTAGCTCTGGGAGT i macFas5.chr5 C 0 n 0 s papAnu2.chr5 59904353 72 + 178775436 ACCAGGATGTCTCTGAAATGGACGTCAGTCTTTCTGCTGTT-ACAACTCAGTTATTATTTTAGCTCTGGGAGT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125493312 72 + 190850796 ACCAAGATGGCTCTGAAATGGATTTCAGTTCTTCTGCTGAT-ACAATTCAGTTGTTACTTTAGCTCTGGGACT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58975443 72 + 63241923 AGCAAAACGTCTGTGAAACGGGTTTCAGTTTTGCTGCTGCT-CCAGCTGAGCTGTTCCTTCAGCTCCGGGAGT i canFam3.chr13 N 0 C 0 a score=9465.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 390074 8 + 586476 ---TGTGAGAA s panTro4.chr4 132345268 8 - 193495092 ---TGTGAGAA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125932554 8 - 198332218 ---TGTGAGAA i ponAbe2.chr4 C 0 I 57 s nomLeu3.chr9 53361986 8 + 118206036 ---TGTGAGAA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 59904425 8 + 178775436 ---TGTGGAAA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125493384 8 + 190850796 ---TGTGGAAA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58975515 11 + 63241923 CGTCCCGGAAA i canFam3.chr13 C 0 C 0 e macFas5.chr5 65415402 0 + 189454096 I a score=198013.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 390082 280 + 586476 TGTGCTGGTGTGGCCAGTGAAATACAGTCTTTATATCAATTTAATAATGATACTTGATGAACTTGCTCAGAAACACCAAGAGGTAACTGTGCTTGTCACCTTCAGCTTCCATCCTCATTGATTCCAACA----ATTTGCTGTTAAATTTGAGGTTTATCCCACATCTTTTACTGAGAATGAACTTGATTTCATTTTTATGAAATTGATCAAGATATGGACATACAAGTTTCCAAAGAGTACA-TTTTGGCATATGATTCAAAGATACAAAAAACACATATTATGA s panTro4.chr4 132345276 280 - 193495092 TGTGCTGGTGTGGACAGTGAAATACCGTCTTTATATCAATTTAATAATGATGCTTGATGAACTTGCTCAGAAACACCATGAGGTAACTGGGCTTGTCACCTTCAGCTTCCATCCTCATTGATTCCAACA----ATTTGCTGTTAAATTTGAGGTTTATCCCACATCTTTTACTGAGAATGAACTTGATTTCATTTTTATGAAATTGATCAAGATATGGACATACAAGTTTCCAAAGAGTACA-TTTTGGCATATGATTCAAAGATGCAAAAAACACATATTATGA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53361994 279 + 118206036 TGTGCTGGTGTGGCCCGTGAAATACA-TCTTTATATCAATTTAATAATGATACTTGATGAACTTGCTCAGAAACACCATGAGGTAACTGTGCTTGTCACCTTCAGCTTCCATCTTCATTGATTCCAACA----ATTTGCTGTTAAATTTGAGGTTTATCCCACATCTTTTACTGAGAATGAACTTGATTTCATTTTTATGAAATTGATCAAGATGTGGACGTACACGTTTCCAAAGAGTACA-TTTTGGCATATGATTCAAAGATGCAAAAAACACATATTACGA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 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GGTGCTGCTGTGGCC-ACGGAATACAGCCACGGGATCAGTATAAAGGCCTTCCTGGATGAACTTGTCCAGAGGGGTCGTGAAGTGACTGTG-CTGACATC-TCAGCTTCCATTCTTCTTGGTCCCGACAAACAACCTGCTAGTAAGTTGGAGACATACCCTACATCTTTGGCGACAAAGGATACTGAGGTTACTCTGACGCAACTGGCCAATAGATGGACACGTGATCTCCCCAAACATACATTTTGGACACGTTTTGCACTAATGCCAGAA--ACCCTTTGGAA i canFam3.chr13 C 0 C 0 e macFas5.chr5 65415402 0 + 189454096 I e ponAbe2.chr4 125932562 57 - 198332218 I a score=123081.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 390362 138 + 586476 ATGTTCTGATACTGTTCAAAAGCTC------TGTGAGTATGCTGTTTTGAACAAGAAACTTATAA-GGAACAACAAGATTCCAGAATTTATGTCATTCTTGCAGATGTCATT--TCTCATTAGTGAGCTGCTATCTGAACAGCTTAA s panTro4.chr4 132345556 138 - 193495092 ATGTTCTGATACTGTTCAAAAGCTC------TGTGAGTATGCTGTTTTGAACAAGAAACTTATAA-GGAACAACAAGATTCCAGAATTTATGTCATTCTTGCAGATGTCATT--TCTCATTAGTGAGCTGCTATCTGAACAGCTTAA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125932619 144 - 198332218 ATGTTCTGATACTGTTCAAAAGCTCTTTCAGTTTGAGTATGCTGTTTTGAATAAGAAAATTATGA-GGAACAACAAGATTCCAGAATTTATGGCATTCTTGCAGATGTCAGT--TCTCAGTAATGAGCTGCTATCTGAACAGCTTAA i ponAbe2.chr4 I 57 C 0 s nomLeu3.chr9 53362273 138 + 118206036 ATGCTCTGATACTGTTCAAAATCTC------TGTGAGTATGCTGTTTTGAACAAGAAACTTAGAA-GGGACAACAAGATTCCAGAATTTCTGTCATCCTTGCAGATGTCATT--TCTCATTAGTGAGCTGCTATCTGAACAGCTTGA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 59904715 134 + 178775436 ATATTATTACTATAGTGAAAAGCTC------TGTAAAGATGCAGTTTTGAACAAGAAACTTATGACAAAACTAAAAGAGACAAAGTTTGATGTCATTCTGGCAGATGCCCTTAATCCCTGTGGGGAGCTACTGGCTGAGC------- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125493683 132 + 190850796 --------ATA-TATTAAAAAATTC------TGTGAAGATGTAGTTTTGAACAAGAGACTTATGACAAAATTGCAAGAGTCAAAGTTTGATGTTGTTCTTGCGGATGCCATTGGTCCCTGTGGTGAGCTGCTGGCTGAACTTCTTAA i calJac3.chr3 I 9 I 47 s canFam3.chr13 58975806 137 + 63241923 ATGTGCTGGTTGTCTTGATAAAC--------TGTACAGATGCGTCTTTAAACGAGAACCTCATGACAAAACGACAAGGATCAGAGTTCAAGGTCATTCCTGCCGACGCTGTCGGACCCTGC-GTGAGCTG-TGGCTGAGCTCCTGAG i canFam3.chr13 C 0 C 0 e macFas5.chr5 65415402 0 + 189454096 I a score=34469.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 390500 63 + 586476 TCTGTTAAACATTTGTTATACATTTGGTCTACTATCATCCATTTACAACTGGCAGTATGTACC s panTro4.chr4 132345694 63 - 193495092 TCTGGTAAACATTTGTTATACATTTGGTCTACTATCATCCATTTACAACTGGCAGTATGTACC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125932763 63 - 198332218 TCTGTTAAACATTTGTTAAACATTTGGTCTACTATCATCCATTTACAACTGGCAGTATGTGCC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53362411 63 + 118206036 TCTGTTAAACATTTGTTACACATTTGGTCTACTATCATCAATTTACAACTGGCAGTATGTACC i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 59904849 54 + 178775436 ---------TATTTAACATACCCTTTGTGTACAGCCTCCGCTTCACTGTTGGCTACACATTTG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58975943 47 + 63241923 ----------------AATACCTCTAGTGTACAGGCTCCGGTTCTCTGCAGGCCACGCGTTTG i canFam3.chr13 C 0 C 0 e calJac3.chr3 125493815 47 + 190850796 I e macFas5.chr5 65415402 0 + 189454096 I a score=202013.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 390563 186 + 586476 AAGAACTCTGTGGAGGACTTTCATTACCTCCTTCTGATGTAGCTGTTGTCATGTCAGAACTTAGT-ACCAAAATACATTTACAGAAAGA-TGAAAA-ATCTTTTGCATTTTCTTCATTTTAACTTTGCATTTGATAATTTTAACAAAAAGAAGTGTGATCAGTTT--TACAGTGAAGTATTAGGTAAGTTA s panTro4.chr4 132345757 186 - 193495092 AAGAACTCTGTGGAGGACTTTCATTACCTCCTTCTGATGTAGCTGTTGTCATGTCAGAACTTAGT-ACCAAAATACATTTACAGAAAGA-TGAAAA-ATCTTTTGCATTTTCTTCATTTTAACTTTGCATTTGATAATTTTAACAAAAAGAAGTGTGATCAGTTT--TACAGTGAAGTATTAGGTAAGTTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125932826 186 - 198332218 AAGAACTCTGTGGAGGAATTACATTACCTCCTTCTGATGTAACTGTTGTCATATCAGAACTTAGT-ACCAAAATACATTTGTAGAAAGG-TGAAAA-ATCTGTTGCATTTTCTTCATTTTGACTTTGCATTTGAGATTTTTAACAAAAAGAGATGGGATCAGTTT--TACAGTGAAGTATTAGGTAAGTTA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53362474 185 + 118206036 AAGAACTCTGTGGAAGACTTTCATTACCTCCTTCTGATGTAACTGTTGTCATATCAGAACTTAGT-ACCAAAATACATTTATAGAAAGG-CGAAAA-Atattttgtattttcttcattttgactttgcatttgata-ttttAACAAAAAGAAGTGGGATCAGTTT--TACAGTGAAGTATTAGGTAAGTTA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 59904903 188 + 178775436 AGAAGAATGGTGGAGGATTTCTGTTCCCTCCTTCCTATGTACCTGTTGTTATGTCAGAATTAAGTGATCAAATGACTTTCAcagaaaggataaaaa-atatGATACAGAAGCTTTATTTTGACTTTTGGTTTCAAATACATGATATAAAGAAGTGGGACCAGTTT--TACAGTGAAGTTCTAGGTAAGTCA i papAnu2.chr5 C 0 I 43354 s calJac3.chr3 125493862 188 + 190850796 AGAAGCATAGTGGAAGACTTCTATTCCCATCTTCCTATGTGCCTATGTCTATGTCAGAATTAAGTGATCAAATGACATTTGTAGAGAGGGTAAAAA-ACATGATATATGTGCTTTATTTTGACTTTTGGTTTCAAATGTTTGATTTCAAGAACTGGGACCAGTTT--TACAGTGATGTTCTAGGTAAGTAA i calJac3.chr3 I 47 I 12 s canFam3.chr13 58975990 190 + 63241923 AGAAACACCGTGGAGGACTTCCTCTCCCTCCCTCCTA-GTAGCTCTTATTCGGTCAGAATTAACTGATCAAATGACATTCATGGAGAGAGTGAAAATACGTGCTCTACGTGCTTTATTTTGACTTTTGTTTCCAAACATTTAATGAGAGGAGTTGGGATCAACCTAAGACAGTGAAGTCTTAGGGAAGTCA i canFam3.chr13 C 0 C 0 e macFas5.chr5 65415402 0 + 189454096 I a score=4980.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 390749 7 + 586476 GTGGTTA s panTro4.chr4 132345943 7 - 193495092 GTGGTTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125933012 7 - 198332218 GTATTTA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53362659 7 + 118206036 GTGGTTA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125494062 7 + 190850796 GTGGTTA i calJac3.chr3 I 12 T 1786 s canFam3.chr13 58976180 5 + 63241923 -TGGTT- i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 59905091 43354 + 178775436 I e macFas5.chr5 65415402 0 + 189454096 I a score=17117.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 390756 25 + 586476 ATTTATTCCCTTTTCCCTCCAATAT s panTro4.chr4 132345950 25 - 193495092 ATTTATTCCCTTTTCCCTCCAATAT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125933019 25 - 198332218 ATTTATTCACTTTTCCCTCCAATAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53362666 25 + 118206036 ATTTATTCACTTTTCCCTCCAATAT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58976185 24 + 63241923 -TTTATTCTTTTTCTAtttaaatat i canFam3.chr13 C 0 T 788 e papAnu2.chr5 59905091 43354 + 178775436 I e calJac3.chr3 125494069 1786 + 190850796 T e macFas5.chr5 65415402 0 + 189454096 I a score=39453.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 390781 81 + 586476 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193495092 AAAGATGATGTttggcaagttggtggagacactgaaactctcatacattgttggtgagaatagaaaattattcacccactgtgaaaaagtctagcaattcctcaaaagtttacacatatatttaccacataattcaataattgcctttctaggcatatacccaagaaaaataaaaacatgtctacagaaagcatgtacatcaatgtt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125933124 207 - 198332218 AAAGacaagggttggcaaggttgtggagacattgaaaccctcatacattgttggtgagaatagaaaattattcacccactctgaaaaagtctagcaattcatcaaatggttacacttacatttaccacataattcagtaattgcctttctaggcatgtacccaagaaaaataaaaacatgtccacagaaatcatgtacatcaatgtt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53362772 207 + 118206036 AAAGacgaggtttggcaaggttgtggagacactgaaaccttcatacattgttggtgagaatagaaaattattcacccactgtgaaaaagtctagcaattcctcaaaagcttacacaaatatttaccacataattcaataattgcctttctaggcatatactcaagaaaaataaaaacatgtccacagaaagcatgtacatcaatgtt i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125492283 141 + 190850796 aataacaagggttgcctaggttgtggagacattgaaatcctcatacattgttggtgacaacagaaaataattcatccactgtgaaaaagtctagccattcctcaaaaggttaaatatatatct------------------------------------------------------------------accatgtaattcagtaat i calJac3.chr3 T 1786 I 70 e canFam3.chr13 58976209 788 + 63241923 T e papAnu2.chr5 59905091 43354 + 178775436 I e macFas5.chr5 65415402 0 + 189454096 I a score=46648.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 391069 108 + 586476 aatcaacgctattcataatggccaaaagtggaagaaaaacaatgtccgtacactgataaatgaatgaataaataaattgtgtttataagtagcatctgatactatttg s panTro4.chr4 132346263 104 - 193495092 aatcaacgctattcataatggccaaaagtggaagaaaaacaatgtccgtacactgataaatgaat---taaa-aaattgtgtttataagtagcatctgatactatttg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125933331 104 - 198332218 aatcaatgctattcataatggccaaaagtagaagaaaatcaatatccatcaactgataaatgaa----taaataaatcatgtttataaatagcatccaatactatttg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53362979 104 + 118206036 aatcaacgctattcataatggccaaaagtggaagaaagtcaatgaccatccactgataaatgaa----taaataatttgtgtttataagtagcatctggtactatttg i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58976209 788 + 63241923 T e papAnu2.chr5 59905091 43354 + 178775436 I e calJac3.chr3 125492424 70 + 190850796 I e macFas5.chr5 65415402 0 + 189454096 I a score=3236.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 391177 14 + 586476 gcaataaaaaTGTG s panTro4.chr4 132346367 14 - 193495092 gcaataaaaaTGTG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53363083 14 + 118206036 gcaataaaGATGTc i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58976209 788 + 63241923 T e papAnu2.chr5 59905091 43354 + 178775436 I e calJac3.chr3 125492424 70 + 190850796 I e macFas5.chr5 65415402 0 + 189454096 I e ponAbe2.chr4 125933435 0 - 198332218 C a score=80985.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 391191 93 + 586476 aacgctatttataatggccaaaa---gtggaagaaaatcaatgtccatccactgaaaaatgaataaataatttctgcttataagtagcatctgata s panTro4.chr4 132346381 93 - 193495092 aacgctattcataatggccaaaa---gtggaagaaaatcaatgtccatccactgaaaagtgaataaataatttctgcttataagtagcatctgata i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53363097 93 + 118206036 aacactgtttataatggccaaaa---gtggaagaaaatcaatctccatccactgataaatgaataaataaattgtgtttataagtagcatctgata i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 65777111 96 + 189454096 aacattattcatagtggccaaaaaatgggaaaaaaaatctatgtccatcaactgatacatgaatatatgaaatgtgtatatacatactatggaata i macFas5.chr5 n 0 n 0 s papAnu2.chr5 59948445 96 + 178775436 AACATTATTCATAGTGgccaaaaagtgggaaaaaaaatctatgtccatcaactgatacgtgaacatataaaatgtgtatatatatactatgaaaca i papAnu2.chr5 I 43354 C 0 s calJac3.chr3 125492494 89 + 190850796 aacactatttataatggccaaaa---gtggaagaaaatcaatatctatcaactgataaatgaataaat----tgcatctataaatagcatctgata i calJac3.chr3 I 70 C 0 e canFam3.chr13 58976209 788 + 63241923 T e ponAbe2.chr4 125933435 0 - 198332218 C a score=625.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 391284 4 + 586476 aaa---a s panTro4.chr4 132346474 7 - 193495092 ctatttg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s 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macFas5.chr5 65585202 265 + 189454096 cataacag--aagccactcacgaaataccacatattgtatgattgcatgta--ttaaaaatcatctagaataggtaaatctata-gagatagaaattcaattagcaattacccagcacaggggaaatgcagaaactagaagtggagaggaaaaggctaaaggctataggacttattttgggg--agataaaaaggctgtcaaatagattgttgtggtagatgcacaattctgtgaatatactatgaaacattaaattttacacaataattga i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 59765949 265 + 178775436 cataacag--aagccagccacaaaataccacatattgtatgattgcATGTA--TTAAAAATCATctagaataggtaaatctata-gagatagaaatTCAATTAGCAATTACCCAGCACAGGGGAAATGCAGAAACTAGAGGTGGAGAGGAAAAGGCTAAAGGCTATAGCACTTATTTTGGGG--AGATAAAAGGGCTGTCAAATAGATTGTTGCGGTAGATGCACAATTCTGTTAATATACTATGGAACATTAAATTTTACACAATAATTGA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65677390 235 - 190850796 aaTAATAATCaagacagtcataaaataccacatgctatctgattccatgtattaaaaaaattgtccataataggcaaatctata-gggg----------------------------------aaatgcagaaactaggggtggagagaaaatggctgaattctattacgcttattttgggg--tgatataaagactctcaaactgattgttagggtagatgcacaattctgtaaatatacaatggaacattaaattttatacattaattga i calJac3.chr3 N 0 C 0 s canFam3.chr13 4308780 241 - 63241923 -attaaaa--taaccagtcacaaaagac-------------acttcattta---tacgaaatgctcaagacaggca-atatatatgacaaaaaaagcagacaaaatgctgactaaggctggg-aaatgcaga------aaatgaagagttccattacagag--tgaaggtttccatttgggg--tgatgaaagtgctctaaaattgatcaccggagcggttgcacaattctgtgaatatactatgaacccctgaactgtacactttaaatct i canFam3.chr13 C 0 C 0 a score=22820.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 391606 11 + 586476 -tgaatcatatg s panTro4.chr4 132346797 11 - 193495092 -tgaatcatatg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125933752 9 - 198332218 -tgaatcaca-- i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53363513 11 + 118206036 -tgaaccatatg i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 61734980 11 + 184069350 -tgaatcatatg i rheMac3.chr5 N 0 C 0 s macFas5.chr5 65585467 11 + 189454096 -taaattgtatg i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 59766214 11 + 178775436 -TAAATTGTATG i papAnu2.chr5 C 0 N 0 s chlSab2.chr7 402108 11 + 135778131 -tgaatcatatg i chlSab2.chr7 N 0 C 0 s calJac3.chr3 65677625 11 - 190850796 -taaattgtatg i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4309021 12 - 63241923 ggcacttgtacg i canFam3.chr13 C 0 C 0 a score=125919.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 391617 95 + 586476 gtatgtgaattatacttcaacaaagtttt-----------acaaaaTATTCCTTGAACCAAGATATTCAAAAATTCTATTTGCATTGTATAATTACTTCATCTCTC s panTro4.chr4 132346808 95 - 193495092 gtatgtgaattatacttcaacaaagttTT-----------ACAAGATATTCCTTGAACCACGATATTCAAAAATTCTATTTGCATTGTATAATTACTTCATCTCTC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125933761 95 - 198332218 gtatttgaattatacttcaacgaagttTT-----------ACAAGATATTCTGTGAACCACGATATTCAAAAATGCTATTTGCATTGTATAATCACTTCATCTCTT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53363524 95 + 118206036 gtatgtgaattatacttcaacaaagttTT-----------ACAAGATATTCCTTGAACCACGATATTCAAAAATTCTATTTGCATTGTATAATTACTTCATTTCTT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 61734991 94 + 184069350 gtatatgaattatatatcaacaaagtttt-----------agaaGACATTCCTTGTACCATGATATT-AAAAATGCTGTTTGTGTTGTATAATTACTTCATCTCTC i rheMac3.chr5 C 0 I 22 s macFas5.chr5 65585478 67 + 189454096 atatttaaattatacgtcaacaaagGGTA-----------CAAAAATAT---ATGGACCA-------------------------TGTTTCGTCATTTTATCTTTA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 402119 94 + 135778131 gtatatgaattatacgtcaacaaactttt-----------agaaGACATTCCTTGCACCATGACATT-AAAAATGCTGTTTGTGTTGTATAATTACTTCATCTCTC i chlSab2.chr7 C 0 I 22 s calJac3.chr3 65677636 68 - 190850796 atacataaattatatgtcaacaaagttT------------ACAAAATAG-CTTTGAATCA-------------------------TGTTTAGTTATTTTACCTTTT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4309033 98 - 63241923 gtatg-gaagtacatgtcaaCCAAATTTTTGGGAACAAAACAAAAACATCTCTCAGGTCATCATAACCAGAAAGATAATTTTCC-TGTATAATAACTTTC------ i canFam3.chr13 C 0 C 0 a score=21845.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 391712 20 + 586476 -ATTCTGTGTCAAGGGGCCTG s panTro4.chr4 132346903 20 - 193495092 -ATTCTGTGTCAAGGGGCCTG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125933856 20 - 198332218 -ATTCTGTGTCAAGGGCCCTG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53363619 20 + 118206036 -ATTCTGTGTCAAGGGGCCTG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 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i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 65585947 878 + 189454096 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i canFam3.chr13 C 0 C 0 a score=292182.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 392972 362 + 586476 -CCAGGAAATCATAAACCTATATATTAGTACACCTAAGA---CTTTAAGCAATTATATATCTGTTTT--------------------ACTATAGAAT--------GTTTCAGATCTTAAAAACAGCAAGATCCGTCAAGTAACATCTAACCGAAT-------------------------------------------------GCATAG--ATTTAGAATGAGT-------------------------------------------------------------------------AATTACACATTT-----------------TTCT---ACAACTATCTATATAAC---------TGCAGA--------------------------------------AA---T--TTTTCCTTCTAAATCTCAGTTGTCTTATT----------TAGAAATTA---------------------------AAAGATGTTCC----------------CATGTTACCAGGA-GGTTGTCTTCACAG--TAGAGAGAGAT---------------AATG---TCTATATCTCAGATGC----AAAAATCAATAAGGG----------------------------------------------------------------TAATTTGAAGTTTCAAATGTTTCTATACTCCTTCACTAAATAATTGGAAATCTTTT s panTro4.chr4 132348163 362 - 193495092 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125988366 867 - 198332218 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i ponAbe2.chr4 C 0 I 78 s nomLeu3.chr9 53367128 862 + 118206036 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i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 65587189 856 + 189454096 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i macFas5.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65685749 869 - 190850796 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i calJac3.chr3 I 6378 C 0 s canFam3.chr13 58977307 852 + 63241923 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i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58978159 1145 + 63241923 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ATAAAGATGGCattttctagcacagccatagagaatagatattctgtgca-gtacttaagagtaaatg--------tgt-agtt-tggcaaccag i canFam3.chr13 I 170 C 0 e ponAbe2.chr4 125989233 78 - 198332218 I a score=661075.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 395411 799 + 586476 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ataagctag--------------ttgaaattctaaaattcttccataagtaataaggatcttcaccagtattccagctt------aaaacacttcctcaacaatacaaatgtgtgcctca--aatatgtgcagacaaacccagggttCATGTGATTTTAAGAAAGCATTTAAATCATTCTGTGT-TGGGATCCCAGAATTTTACATTTTAGAGTAGAAA------CATACCCTATTAGAGCAGATGATTTCTGCCTTATGACAAGCACCTCAGTAAAGCTTCCTGGGGGAACTC--GTCTCGACATCATAGGTGCCTGACAG-----AGAAGCACAGAGATAATGAACAATGCATGTATAATAAAGACCAAATAATTTCTAC----------------CACTTGTGTCTGAATAGTGCCCTTAGTTTCAATACGAAAAAAATTTCCGTCAGCATATAAGATTATATTGTTTTTGAAGGAACACAAGAACTTCATATATTTTAAATTAACATCACA-TTTTAAGACATGTGTACAAAGTAAGCCTTCTTCAATGCATTATTATGCAATCTCTTAAAAGATCATTTTTGCTT------------------GCATAAAACTGAGATTTTATCCCATTGTTAAAACTCAGTATCTATGTTTAATGCAAATTGTATGGTCTTTATATAATTAGTTTCTCAAGAGACAAAAGTCCAGGTAAGACTAATGAAAAATATATGCCCCTCTACACTACTCTTGAAACATTTCCCCACTCACACTAAGGGAAATTGACAGTGCAAATAGGAGGAGGAAGAGAGTAGGAT-GTGTAGAAGGACAAGAAAAAAAGGTTGACTGGTAGTACAATAGTGGTAATAA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 65590348 796 + 189454096 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macFas5.chr5 65595439 0 + 189454096 C a score=51450.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 400662 61 + 586476 TGATGTAGCAAATA-AAA-TTAAACACTGTAAATTATTGTTCAGTTTATGAGGATTGCTTTGG s panTro4.chr4 132355844 61 - 193495092 TGATGTAGCAAATA-AAA-TTAAACATTGTAAATTATTGTTCAGTTTATGAGGATTGCTTTGG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 125992409 62 - 198332218 TGATATAACAAGTA-AAAGTTAAATACAGTAAATTATTGTTCAGCTTATGAGGATTGCTTGGG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53374458 61 + 118206036 TGATGTAGCAAATA-AAA-TTAAACACTGTAAATTATTGTTCAGTTTATGAGGATTGCTTTGG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65705726 56 - 190850796 TGATGCAGCAAATA-----GTAAACACTGTAAATTATTTTTCAGTT--TGAGAATTGCTTGGG i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 59002470 61 + 63241923 GCATATAGCAAATATATA-CTACCCAGTGTAAACTATAATCCAGTT-ATGAGGATTGCTGGGA i canFam3.chr13 C 0 C 0 e macFas5.chr5 65595439 0 + 189454096 C a score=491135.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 400723 423 + 586476 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tttta-ttttaacttttatttta--------agtacaggtgcag-gtttgttccatggataaacttgtgtcatgcgagttttttttac----agattgtttcatcagacaggcattaagacc--agtacccattagttattttacgtgatcttctctcccttcctgccctgcagcctccaatacaccccagtgtatgttggtccccactatgctcccatgtgttctcata-tttaggttccacttaatggtgagaacatgtggtatttgaacttctgtttctatgctagtttgctaaggataacggcctccagctccatctatgtccctgaaaaatacaaaatcttgtt--tttttatggctgcgtaatattccatggtgtgtatgtaccccgtttcgttttctttattcagtcaatcattgatgggcattaaggttgataccatgtctttactattgtgactactactgctattaataaatg--tgtatgtgcctttat-aagagaatgattcatcatcctttggatatatacccactaatgggattggtgagttgaattgtattttagcctccaggtttttgaggaagtgccacactgccttcctcaatggttgaaccaacttacattcccactaatagagtataaccattcccctttctacacaatctcactggcatc-tattaccttttgagtttgtaata---gccattatgagtggtgcaaaatagtatct-attgtgattttgatttgcatttctctaatgagcagtgatgttaagcttttttcatat-------------gatggttggccacacataggtcttcttttgaaaagtg i ponAbe2.chr4 I 42 C 0 s nomLeu3.chr9 53375128 815 + 118206036 ttttatttttaac-----ttttaagttcaggagtacatgtgcag-gttttttacataggtaaacttgtgtcatgggggtttgttgtactgattgattgtttcatcacccaggtattaagact--aatactcatttattatttttcctgatcctctctttcctcccatcctccaccctccaatacatctcaggatatgttgttgctttctatgtgtacatgtgttctcatcttttagtttccactcataagtgaggacatgttacacttggatttcaattcttatgttagtttgctaaggctaatggccaccagctcaatccttatccctgcaaaacacatatttttgtt-ctctttatggctgcataatattctgtagtgtatatatgcca-----tattttctttattcagtccataattgatggtcatttaagttgatttcatgtccttgctattgtgaatagtaatgcaactaacatatacgttcatggatctttat-gaaagaacaagttatagtcctttggttatatacctagtaatgggattgctgggtttcatggtatttttgcctctatgtttttgaggaatcaccacactgtcttttacaatgattgaactaacttacattccaaccagcagagtataagcatt-ccttttctatataaccttgtcaacatc---atattttttgagtttttaataatggccattctgactggtgtgagatgttatctcattgtggttttgatttgaatttccctaatgatgtgtgatattaaactttttttcttc---------atatgatggttagccacaggtagttcttcttttaaaaag-- i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 65596534 795 + 189454096 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macFas5.chr5 123752658 64 - 189454096 agcacatttgttttatcttttaagaaatattgcatgctgcatagaaattaattcagaaaactcc-- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119034430 63 - 178775436 AgcacatttgttttatcttttaagaaaCATTGCCTTCTGCATAGATATTAATTCAGAAAACTA--- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125184577 66 + 190850796 agcacctttgctttatcttttaagaaacgttgcattccacacagatactagttgtgaaaactcctg i calJac3.chr3 n 10418 C 0 e canFam3.chr13 59007713 0 + 63241923 I a score=13996.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 408955 14 + 586476 CATAAACCATTTAT s panTro4.chr4 132364120 14 - 193495092 CATAAACCATTTAT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53383433 14 + 118206036 CATAAACCATTTAG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123752722 12 - 189454096 --taaaccatttgt i macFas5.chr5 C 0 I 40292 s papAnu2.chr5 119034493 14 - 178775436 CGTAAACCGTTTGT i papAnu2.chr5 C 0 N 0 s calJac3.chr3 125184643 14 + 190850796 cataaaccaattgt i calJac3.chr3 C 0 T 44473 e canFam3.chr13 59007713 0 + 63241923 I a score=837.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 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canFam3.chr13 I 442 C 0 e papAnu2.chr5 119223693 78071 - 178775436 T e chlSab2.chr7 201032 0 + 135778131 I e panTro4.chr4 132368431 7720 - 193495092 I a score=13613.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 414407 49 + 586476 ATAAATGGGAAAATGTAGATGTTATATTTTAAAACTAACTGTAACCCAG s nomLeu3.chr9 53388881 49 + 118206036 ATAAATGGGAAAATGTAGATGTTATATTTTAAAACTAACTGTAACCCAG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65722572 40 - 190850796 GTAAGTGGGAAA---------CCACATTTTGAAAATATCTGTACCCCAA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 59010377 49 + 63241923 AAAACTGGGAACTTACAAATGTTACATTTTGAAAATAACTGGAACTTAG i canFam3.chr13 C 0 N 0 e papAnu2.chr5 119223693 78071 - 178775436 T e chlSab2.chr7 201032 0 + 135778131 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I e panTro4.chr4 132368431 7720 - 193495092 I a score=165960.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 414456 1099 + 586476 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198332218 agtgtctgttgtttccctctatgcgttcatatgtcctaatcatttagctccaacttacaagtgagaacatgcagtattttattttttgttcctgcattagttcattaatttgctacggataatgtcctccttcttccatccatattcctcctgtaaaagacataatgatgcttttcctatggcttcatagtattccatgttgaatgtgtaccacattttctttacccagtctaccactgataagcatttaggttgattccatatgcttgctaataattagtgatgTTGAGCTTTTTTCATATGCTTGTTGGctaggaaataccattctagacatagaaatgggtaaagcttttatgacgcagatgccaaaagcaattgcaacagaaacaaaggatgtcacatgggatctagtaaaattaaagaacatctgctcagcaaaagaaactatcaacactgtaaatataaaacctacagaatggtacaaaatgtctgcaaactatagatctgacgaaggtccaatatccagcatctataatgatcataaacaaatttacaagaaaaaaatcaaatgacttaattaa------gacaaagaacaggaaaagtaaatttttattcatcagaaaattgcaatttgaaga i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53396346 634 + 118206036 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agtgtctgttgtttccctctatgtgttcatatgtcctaaccatttagctccaaattactagtaagaatatgcagtatttgattttctgttcctgcattagttcattaatttgcaaaggataatgtcctccatcttccatccatattcctcctgcaaaagacatagtcttgcttttcctatggcttcatagtattccatgttgaatgtgtaccacattttctttactcagtctaccactgatgagcatttacattgactccatgtccttgctaACAATTATTGATATTGAGCTTTTTTCTTATGCTTGTTAGctaggaaataccattctagacatagaaaggggcaaagcttgtatgactcagatgtcaagagcaattgcaacagaaacaaagaatgacaagtgggttctagtaaaattaaagtgcatctgcacagcaaaagaaactatcaacactgtaaaaataaaacctacagaatgatacaaaatgtttgctaactgtgcctgtgataaaggcctagtatccagcatctataatgaatgtaaacaaatttaaaag-t-aaaaccaaacaactttattaaaatgtgggcaaagaacaggaaaagTAAATTTTTGTTTATCAAAAAATTGCAATTTAAGAA i rheMac3.chr5 I 26 C 0 s papAnu2.chr5 119146167 640 - 178775436 agtgtctgttgtttccctctatgtgttcatATGTCTTAACCATTTAGCTCCAACTTActagtgagaatatgcagtatttgattttctgttcctgcattagtttattAATTTGCAAAGGATAATGTCCTCCATCTTCCATCCATATTCCTCCTGCAAAAGACATAGTCTTACTTTTcctatggcttcatagtattccatgttgaatgtgtaccacattttctttactcagtctaccactGATGAGCATTTACATTGACTCCATGTCCTTGCTAACAATTattgatattgagcttttttcttatgtttgttggctagGAAGTATCATTCTAGACATAGAAAGGGGCAAAGCTTGTATGACTCAGATGTCAagagcaattgcaacagaaacaaagaatgaCAAGCGGGTTCTAGTAAAATTAAAgtgcatctgcacagcaaaagaaactatcaacactgtaaaaataaaacctacAGAATGATACAAAATGTTTGCTAACTGTGCCTGTGACAAAGGCCtagtatccagcatctataatgaacgtaaacaaatttaaaag-taaaaaccaaacaactttattaaaatgtgggcaaagaacaggaaaagtaaatttttgtttatcAAAAAATTGCAATTTAAGAA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 201032 0 + 135778131 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I e panTro4.chr4 132368431 7720 - 193495092 I a score=2865.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 424716 2 + 586476 CT s panTro4.chr4 132376151 2 - 193495092 CT i panTro4.chr4 I 7720 C 0 s ponAbe2.chr4 126118640 2 - 198332218 ct i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53396980 2 + 118206036 CT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122565603 2 - 184069350 CT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119146807 2 - 178775436 CT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 201032 0 + 135778131 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I a score=225056.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 424718 150 + 586476 AGAGATAGGAGACAAATCCATGACAAGGTTCAG------GTCAAGGCAAAGCTCATAAGAAGTTGGCATTGACCAGGAGTTAGTATTGTCATTATAACAGTGGGTTAGTGGTCAAAAGTATGAAAGCACAT-GGCCTCAGTTTGAATCCTGAGCTGA s panTro4.chr4 132376153 156 - 193495092 AGGGATAGGAGACAAATCTGTGACAAGGTTCAGGTACATGTCAGGGCAAAGCTGATAAGAAGTTGACATTGATCAGGAATTGGTGTTGACATTACATCAGTGAATtagtgattaaaaatgtaaaagtaaat-ggccttagtttgaatcatgacctga i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126118642 155 - 198332218 agagataagagacaaatatatgacaaggtTCAAGTACATGTGAGGGTAAAGCTCATAAGAAG-TGACATTGACCAGGAGTTAGTATTGacattataacagtgggttagtggttgaaagtttgaaagcagat-ggtcttagtttgaatcctgagctga i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53396982 151 + 118206036 AGAGATAGGAGACAAATCTATGACAAAGTTCAG------GTCAAGGCAAAGCTCATAAGAAGTTGGCATTGACCAGGAGTTAGTATTGTCATTATAACAGTGGGTTAGTGGTCAAAAGTATGAAAGCACATGGGCCTCAGTTTGAATCCTGAGCTGA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122565605 155 - 184069350 AGAGATAGGAGACAAATCTATGACAAAGTTCGGGTACATGCCAAGGCAAAGCTCCTAAGAAGTTGTCATTGACCGGGAGTTATTATTGACATTATAACAGTAGGTC-ATGGTTAAAAATATGAAAGCAGAT-GGCCTCAGTTTGAATCCTGAGTTGA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119146809 155 - 178775436 AGATATAGGAGACAAATCTATGACAAAGTTCGGGTACATGCCAAGGCAAAGCTCCTAAGAAGTTGTCATTGACTGGGAGTTATTATTGACATTATAACAGTGGGTT-GTggttaaaaatatgaaagcagaT-GGCCTCAGTTTGAATCCTGAGTTGA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135416287 156 - 135778131 AGAGATAGGAGACAAATCTTTGACAAGGTTCAGGTCCATGTCAGGGCAAAGCTGATAAGAAGTTGGCATTGATCAGGAATTAGTATTGACATTATATCAGTGAATTAGTGATTAAAAGTGTAAAAGTAAAT-GGCCTTAGTTTGAATCATGAACTGA i chlSab2.chr7 I 6682 I 27 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I a score=6974.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 424868 7 + 586476 CATCTAC s panTro4.chr4 132376309 7 - 193495092 tatctac i panTro4.chr4 C 0 N 0 s ponAbe2.chr4 126118797 7 - 198332218 catctac i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53397133 7 + 118206036 CATCCAC i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122565760 7 - 184069350 CATCTAA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119146964 7 - 178775436 CATCTAA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135416443 27 - 135778131 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I a score=27214.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 424875 39 + 586476 CTGTCTTATTAAaaggatatgaaaagacacttctcaaaa s ponAbe2.chr4 126118804 39 - 198332218 cagTCTTTTTAAaaggatatgaaaagatacttctcaaaa i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53397140 38 + 118206036 CCATCTTTTTAAaaggatatg-aaagacacttctcaaaa i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122565767 39 - 184069350 CCGCCTTTTAAAAAAGATATGAAAAGACACTTCTCAAAA i rheMac3.chr5 C 0 I 53 s papAnu2.chr5 119146971 39 - 178775436 CCGCCTTTTAAAAAAGGTATGaaaagacacgtctcaaaa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135416443 27 - 135778131 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I a score=270049.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 424914 588 + 586476 gaagatgtttatgcagccaa-------caaatatatgaaaaaaagatcaacatcactgg------tcattagagaaatgcagatcaaaaccacagtgggataccatctcatgccagttagaatggtgaccactaaaaagtcaggaaataacagatgctggagaggatgtggagaaataggaatgcttttacactgttggtgggagtgtaaatttgttctaccattgtggaagacagtgtggtgattcctcaaggatctagaacaagaaatatcattcgacccagtgatcccattactgagtatatacccaaaagcttataaatcattctactatgaagatacatgcacacgtacatttattgtggcactgttcacaatagcaaagacttggaaccaacccaaatttccatcaatgataggttgaataaa------gtggcacatatacaccatggaatactatgcagccataaaaaag-gctgagctcatgtcatttgcagggacatggatgaagctggaaaccatcattctcagcaaactaacacaagaacagaaaataaaacaccgcatgctctcactcataagtgggagttgaacattgagtaca s ponAbe2.chr4 126118843 599 - 198332218 gaagacatttatgcagccaa--------aaacatatgaaaaaaagctcatcgtcactgaagtttttcattagagaaatgcaaatcaaaaccacaatgagataccatctcatgccagttagaatggcgatcatcaaaaagtcaggaaacaacaattactggagaggatgtggagaaataggaatgctttaacactgttggtgggagtgtaaattagttcaaccattgtggaagacagtgtggtgattcctcaaggatctagaacaagaaatgccatttgacccagcgatcccattactgggtatatacccaaaagattataagtcattctactatgaagacacatgcacacgtatgtttactgtggcactgttcacaatagcaaagacttggaaccaacccaaatgcccatcaatgatagactggataaagaaaatgtggcacatatacaccatggaatactatgcagtcataaaaaaa-gatgagttcatgtcctttgcagggaaacagatgaagttggaaaccatcactctccacagaccaacacaagaacagaaaacaaaacaccacatgttttcactcacaagtgggaattgaacattgagtaca i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53397178 586 + 118206036 gaagata-ttatgcagccaa-------caaatgtatggcaaaaagatcaacatcactg-------tcattagagaaatgcagatcaaaaccacagtgagataccatctcatgccagttagaatggtgaccattaaaatgtcaggaaataacagatgctggagaggatgtggagaaataggaatgcttttacaccattggtgggagtgtaaatttgttcaaccattgtggaagacagtgtggtgattcgtcaaggatctagaataagaaatatcatttgacccagcaatcccattactgagtatatacccaaaagcttataaatcattttactatgaagacacatgcacacgtatgtttattgtggcactgttcacaacagcaaagacttggaaccaacccaaatttccatcaatgataggttgaataaa------gtggcacatatacaccatggaatattatgcagccataaaaaag-ggtgagttcatgtcatttgcagggacatggatgaagctggaaaccatcattctcagcaaactaacacaagaacagaaaataaaacaccacatgctctcactcataagtgggagttgaacattgagaaca i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119147010 600 - 178775436 aaagaca-ataaacatataaaaatgtttaaacatatgaaaaaaagctcatcatcactgg------tcattagagaaatggaggtcaaaaccacaacgagttaacatctcatgccagttagaatggcaatcattaaaa-gtcaggaaacgacagatgctggagaggatgtggagaaataggaacagttttacactgttggtgggaatgtaaattagttcaacctttgtggaaaacagtgtggtgattcctcaaggatcaagaacaagaaataccatttcacccagctatctcattactggatatatacccaaaagattataaatcattctactatgaagacacatgcacatgtatgtttactgtggcagtgttcacaatagtaaagacttggaaccaacccaaatgcccatcaatgatagattggataaagaaaatgtggcacatatacaccatagaatattatgcagccataaaaaaatgatgagttcatgtcctttgcagggacatggatgaagccagaaaccatcattctcagcaaactaacacaagaacagaaaacaaaacactgcatgttctcactcataagtgggagttgaacaatgagtaca i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135416443 27 - 135778131 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I e rheMac3.chr5 122565806 53 - 184069350 I a score=139974.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 425502 202 + 586476 catggacacagggaggggaacatcacacactggggcctgtcagggggtagaagggtaggggagaaatagcattaggagaaatacctaatgtagatgacaggttgatgggtgcagcaaaccaccacggcacatgtatacctatgtaaccaacctgcacattctgcacatgtatcccagaacttaaagtataataaaaaa----a--aTT s ponAbe2.chr4 126119442 199 - 198332218 catggacacagggagggaaacatcacacactagggcctgtcagggggtgggggaataggggagggataaaattaggagaaatacctaatgtaaatgatgggatgatgggtgcagcaaaccaccatgacacatgtgtacctatgtaacacacctgcacgttctgaacatgtatcccagaacttaaattataataaaaaa----a----- i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53397764 204 + 118206036 cacggacacagggaggggaacatcacacactggggcctgtcagggggtggaggggtaggggagaaatagcattaggagaaatacctaatgtagatgacagcttgatgtgtgcagcaaaccaccatggcacatgtatacctatgtaacaaacctacacgttctgcacatgtatcccagaacttaaagtataataaaaaa----ataaaT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122565859 188 - 184069350 catgaacacaaggaggggaacattacaaactgaggcctgtcaggaggtgg--ggatatgggaggcatagcattagaagaaatacctaatgtagatgatgggttaatgggtgcagca------------acatgtatacctatgtaacaaacctgcatgttctgcacatgtatcccagaacttaaagtataataataaaaaaa------ i rheMac3.chr5 I 53 I 55 s papAnu2.chr5 119147610 196 - 178775436 catgaacacaaggaggggaacattacaAACTGAGGCCTGTTAGGGGGTGG--GGATATGGAAGgcatagcattagaagaaatacctaatgtagatgacgggttaatgggtgcagcaaaccaccatggcacatgtatacctatgtaacaaacctgcatgttctgcacatgtatcccagaacttaaagtataataataat---------- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135416443 27 - 135778131 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I a score=14035.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 425704 49 + 586476 TTAAAAATAAAGAATAAATT---------gtctctacaaaaaacttcttaaaaaatta s ponAbe2.chr4 126119641 49 - 198332218 ttaaaaaTAAAAA--AAATT-------AAgtctctacaaaaaacttaaaaaaaaaata i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53397968 49 + 118206036 TAAAAAATAAAGAATAAATT---------gtttctacaaaaagcttcttaagaaatta i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119147806 58 - 178775436 taaaaaaaaaaaaacaaataaaaaaataagtctctacagaaaacttaaaaaaaaaaaa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135416443 27 - 135778131 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I e rheMac3.chr5 122566047 55 - 184069350 I a score=170547.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 425753 247 + 586476 gcctagtgttgtggtgttcctgtagtcctagctactcagcaggctgaggtgggaggatccctagagcctaggagtcagaggttacagtaagcttcaatgtcaccactgcatttcagcctgtgcaacagagagagagaccctgtctcaaaacaaaag---------------aaaaGGATTACCAAACCCaaacataaagcttttagagaaaaataggagccatctcccttgattacttggcagcaggcaaagctttcttaga s ponAbe2.chr4 126119690 243 - 198332218 gcctaacttggtggtgctcctgtagtcctagctactcaggaggctgaggtgggaggatgccttgagcctaggagttggaggttgcagtaagcctcaatggcaccactgcatttcagcctgggcaac--agagagagaccttgtctcaaaacaaaac---------------aaaaGGATTACCAAACCC-AACATGAAGCTTTTAGAGGAAAACAGGAGCCATCTCTCTTGA-TACTTGGCAGCAGGCAACGCTTTCTTAGA i ponAbe2.chr4 C 0 I 837 s nomLeu3.chr9 53398017 240 + 118206036 gcctagcattgtggtgctcctgtagtcctagctactcagcaggctgaggtgggaggatccctagagcctaggagacagaggttacggtaagcctcaatgtcatcactgcattgcagcctgtgcaac--agagagagaccttgtctcaaaac--------------------aaaaGGATTACCAAACCCaaacataaagcttttagaggaaaataggagccatctcctttgattacttggtagcaggcaaagatttcttaga i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122566102 241 - 184069350 GACTggtatggtggcgctcctgtagtcctcgctactcaggaggctaaggtgggaggatcccttgagcctaggagtcggaggttacagtaagcctcagaggcaccactgcacttcagcctgggcaac--agagaaagaccctgtctcaaaaaaaaaa---------------aaaaaaa----aaaaaCCaaccctaaatcttttagaggaaaacaggagccattttccttgattactttgcaacaggcaaagctttcttaga i rheMac3.chr5 I 55 C 0 s papAnu2.chr5 119147864 256 - 178775436 gactggtatGGTGGCGCTCCTGTAGTcctcgctactcaggaggctgagatgggaggatcccttgagcctaggagtcggaggttacagtaagcctcagaggcaccactgcacttcagcctgggcaac--agagaaagaccttgtctcaaaaaaaaaacaaaaaacaaaaaacaaaaaaa----aaaaaccaaccctaAAACTGTTAGAGGAAAACAGGAGCCATTTTCCTTGATTACTTTGCAACAGGCAAAGCTTTCTTAGa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 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-----ttacagaaaaagaataaaggaaaaaa-----aaataataaattagactTCATAAACAAACAAATGACAACAGTGAAAACTCCCACTCAcaagacactgtagaa--------------------acaatccaagtatccacgaattggagaatgaataaacaaaagatggtgcagaatatgcggtatactcatatacatctgtgacatgcaacaatgcagatgaatccaaaacatgttaggctgagtggaaactagccacaaaagagtacattctgaatgcataatttcatatataagatattctaaaataatatcctctgggaagcaagggctgagttggactgcgaagaggcatgaagggacatttgtgtggtgataataatgtcttat-gggtttgggtttatagaggtgtaagcatttgttgaaactcaaaaaatgtatagtgaagatacatgcatttcatagtatgtaaattttataacaaaatactgaaaaatatact i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122566343 498 - 184069350 cagatttacagaaaaactataaaagaaaaaataatgaaataataaattagactTCATAAACAAACAAATGACAACAGTGAAAACTCCCACTCACAAGACACTGTGGAAGAACTGAAATAGCAGtagatacaatccaagtgtccaccagttggagaatgaataaacaaatggaggtgcagaatatgcagtttactcatatacatctgtgacaggcaaaaatacagatgagtccaaagcatgttaggctgagtggaaactagtcacaaaagagtacatactccatgcattttttt-------tgatattctagaacaat---ctctgggtagcaagggctgagttggactgggaggagacataaaaggacaattttgtggtgataataatgtcttatggggtttgggtttatagaggtgtattcatttgttgaaactcggaaaatgtgtagtgaaaatatatgcatttcaatatatgtaaattttataagaaaatactgaaaaATATACT i rheMac3.chr5 C 0 M 635 s papAnu2.chr5 119148120 504 - 178775436 cagatttacagaaaaactataaaagaaaaaataatgaaataataaattagacttcataaacaaacaaatgacaacagtgaaaacTCCCACTCACAAGACACTGTGAAAGAACTGAAATAGCAGTAGATACAATCTAAGTGTCCACCAGTtggagaatgaataaacaaatggagGTGCAGAGTATGCAGTTTACTCATATACATCTGTGACAGGCAACAATACAGATGAATCCAAAGCATGTTAGGCTGAGTGGAAACTAGccacaaaagagtacatactccATGCATAATTTCATATATAAGATATTCTAGAACAAT---CTCTGGGTAGCAAGGGCTGAGTTGGACTGGGAGGAGACATGAAAGGACAATTTTGT-GTGATAATAATGTCTTATGGGGTTTGGGTTTATAGAGGTGTATTCATTTGTTGAAACTTGGAAAATGTATAGTGAAGATATatgcatttcattgtatgtaaattttataagaaaatactgaaaaatatacT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135416443 27 - 135778131 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I e ponAbe2.chr4 126119933 837 - 198332218 I a score=10422.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 426481 59 + 586476 gtagtcaattatatatatatat--gctgaCTATGAGTAAAAAAA-GCACATCTCTTCCTAGA s nomLeu3.chr9 53398734 62 + 118206036 ctagtcaattatatatatATATATGCTGACTATGCGTAAAAAAAAGCACATCTCTTCCTAGA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119148624 55 - 178775436 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rheMac3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119149980 29 - 178775436 AAGAAGTATAGGCCAC-CTCCAGGATGAAG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135417794 844 - 135778131 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I a score=95047.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 427951 87 + 586476 TGTGTTACCACTTCATGATAAAGACTGGGGATTTTTTCCCATATAAAATGCTGTCACTGGAAATAAAAGACAGGCTGTTATTTTTCA s ponAbe2.chr4 126121748 87 - 198332218 TATGTTACCACTTTATGATTCAGCCTGGGGATTTATTCCCGTAGAAAATGCAGTCACTGGAAATAAAAGATGGGCTGTTATTTTTCA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53400814 87 + 118206036 TGTGTTACTGCTTCATGATAAAGACTGGGGATTTTTTCCCATAGAAAATGCTGTCACTGGAAATAAAAGATGGGCTGTTATTTTTCA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122568575 87 - 184069350 TGTGTTACCACTTCATGATAAAGACTGGGGATTTATTCCCATAGAAAATGCAGTCACAGGAAATAAAGGATGGGCCGTAATTTTTCA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119150009 85 - 178775436 TGTGTTACTACTTCATGATAAAGAC--GGGATTTATTCCCATAGAAAATGCAGTCACAGGAAATAAAAGATAGGCCATAATTTTTCA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 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papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135500020 84 - 135778131 GTTGCATTTGCGACATCTATACATTAGGAGAAAGGGTAGGTGTAATGATC-AATTAGGAGACAGACAAC-----CCAGAGAATCATTGAA i chlSab2.chr7 I 81295 T 81186 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I a score=78232.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 428123 114 + 586476 CTTTTATTGTTTAAGAGGTAACTACAGTTGAAATAGAAATAAAGATAATTTGTT-CTAGCCATAAAGAACGTAACTGTG--TATAAAAAAAATGGTAACTGTTGTAATTAATTGTAT s ponAbe2.chr4 126121920 114 - 198332218 CTTTGATTTTTTAAGAGGTAGCTAAACTTGAAATAGAAATAAAGATAATTTGTTTCTGGCCATAAAGAATGTAACCGTG--TATAATAAAA-TGCCAACTGTTGTAGTTTATTGTAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53400986 115 + 118206036 CTTTTATTGTTTAAGAGGTAACTACAGTTGAAATAGAAATAAAGGTAATTTGTTTCTAGCCGTAAAGAATGTAACTGTG--TATAAAAACAATGGTAACTGTTGTAGTTTATTGTAT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122568752 116 - 184069350 CTTTTATT-TTTAAGTGGTAACTATAGTTGGAATAGAAATAACCATAATTTTTTTCTGGCCATAAAGAATGTAACTGTGTATATAAAAAAAATGTCAACTGTTGTAGTTTATTGTAT i rheMac3.chr5 C 0 I 1 s papAnu2.chr5 119150184 116 - 178775436 cttttatt-tttaagtggtaACTATAGTTGAAATAgaaataactataatttttttctcaccatAAAGAATGTAACTGTGTATATaaaaaaaaTGTCAACTGTTgtagtttattgtat i papAnu2.chr5 C 0 I 1 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e chlSab2.chr7 135500104 81186 - 135778131 T e macFas5.chr5 65455508 0 + 189454096 I a score=255064.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 428237 233 + 586476 TTT-----TCCCCCAGGACTGGAACATAAATATAAACATGCTAGATTTTATTTTTGAGTTTTTAAATAATAAATGGTGAATCTGTTTTTTTTCTGTTGAAGTATTTTCATCATGATTGGCTGTTAGCCATGTTTTC-AATCTTTGTTCTTCAGAGTCTCACC---AAGGCCATTCTGGACTACCCAC-TATACAGCGAAGTATTGATACTAAGGTATCTGATTTCCTGTCATCAAATTTCCAT s ponAbe2.chr4 126122034 238 - 198332218 TTCCCCCCTCCCCCCAGAGTGGAACATAAATATAAAGATGTTAGATTTTATTTTTGAGTTTTTAAATAATAAATGGTGAGTCCATTTGTTTTCTGTTGAAGTATTTTCATCATGATTGGCTATTAGCCATGTTTTC-AATCTTTGTTCTTCAGAGTCTCACC---AAGGTCATTCTGGACTAGTCAC-TATACAGCAAAGTATTGGTACTAAGGTATCTGATTTCCTGTCATCAAATTTCCAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53401101 233 + 118206036 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chlSab2.chr7 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 I e rheMac3.chr5 122570171 7231 - 184069350 I e panTro4.chr4 132415296 393 - 193495092 I a score=56272.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 437361 69 + 586476 CCTTCTTTCCTGTTTTGACAAACTTTCAGAAACAAAACAGGCAATATTTTGTGATGATGAATATCACAT s panTro4.chr4 132415689 69 - 193495092 CCTTCTTTCCAGTTCTAGCAAACTTCCAGACACAAAACATACAACATTTTGTGATGATAAATATCACAG i panTro4.chr4 I 393 I 42115 s nomLeu3.chr9 53410204 67 + 118206036 CCTTCTTTCCTGTTTTGACAAACTTTCAGAAACAAAACAGGCAATATTTT-TAATG-TGAATATCACAT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123845186 69 - 189454096 CCTTCTTTCCTTTTCTAGCAAACTTCCAGAAACAAAACAGACAACATTTCATGATAACAAATATCACAG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119158232 69 - 178775436 ctatctttctagttttattaaatttttgacaggaaaataaaaaacatcttgTGAACAAGAATATAGCAG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135350634 69 - 135778131 TCTTCTTTCCTGTTTTGGCAAGCTTTCGGAAGCAAAACAGGCAACATTTTGTGATGATAAATATCACAG i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e calJac3.chr3 65724259 18950 - 190850796 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rheMac3.chr5 122608052 2 - 184069350 AA i rheMac3.chr5 C 0 I 1269 s papAnu2.chr5 119194143 2 - 178775436 aa i papAnu2.chr5 I 1243 C 0 e calJac3.chr3 125140317 47373 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135352509 60808 - 135778131 I e macFas5.chr5 123871204 22712 - 189454096 I e panTro4.chr4 132415758 42115 - 193495092 I a score=910.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 440363 1 + 586476 t s ponAbe2.chr4 126391247 1 - 198332218 t i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53485367 1 + 118206036 T i nomLeu3.chr9 C 0 I 1241 s rheMac3.chr5 122609323 1 - 184069350 t i rheMac3.chr5 I 1269 C 0 s papAnu2.chr5 119194145 1 - 178775436 t i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 125140317 47373 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135352509 60808 - 135778131 I e macFas5.chr5 123871204 22712 - 189454096 I e panTro4.chr4 132415758 42115 - 193495092 I a score=419692.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 440364 589 + 586476 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-----tttttttttaaataaaagtctttgcattcaactgtga----aaggacaaccctttc i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122609905 57 - 184069350 tttttttttttttttaataaaagtctttgcattctactgtga----aatgacaaccctctc i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119194717 57 - 178775436 ttttttttttttttaaataaaagtcttTGCATTCTACTGTGA----AATGACAACCCTCTC i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 125140317 47373 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135352509 60808 - 135778131 I e macFas5.chr5 123871204 22712 - 189454096 I e ponAbe2.chr4 126391836 147 - 198332218 I e panTro4.chr4 132415758 42115 - 193495092 I a score=254070.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 441014 324 + 586476 AAGAACTCCTGGTAATACCTCAAACAACAAGACTGCTCCAGTGACCCTAGGCTGCTTCGGtgtaaaaagtaaagtagagattcctcttcaaag-acttcccctccatctaattaagaataagtagtaacttctcttacaagcaaaatttattcaaagacctgtgctaacattcttaaatatctgctaaccataataaagaaatcaatgtattttatgttctcagctcccacaatttagtgtaaatatttgccctggcatgcttacactggtctaagcaagcattaggtcatagcctgttcctcttccttatttgaaggtgttttt s ponAbe2.chr4 126391983 325 - 198332218 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i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122610285 1213 - 184069350 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i ponAbe2.chr4 C 0 I 17 s nomLeu3.chr9 53488779 2171 + 118206036 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i nomLeu3.chr9 C 0 I 3 s rheMac3.chr5 122611498 2225 - 184069350 ttt-ttctggccaattttttccttttaaaatgggaacattcactcagttgctgtatccccactgtatcttcaaagtaaccctcttgttttttattttccaagctcataaatggaagagacttgccttgtctcagatgagacttaggatttggacattttgggtaatgctgggatgtgttaagactttgggggactgtggagaaggcatgattttattttaaaatgtgagaaggacatgagatttgggagggttcagggagagaatgatacagtttggggctctatgtt-cccacccaaatctcatgttaaattgtgatatgtttcagccgtgtcaccatccaaatcacatcttaaattgtagttcccataatcctcatgtgttttgggagggacccagtgggaggtaa-ttaatcatgagggcggttattcccatgctgccattctcatgatagtgagt----tctcatgagatctgatggttttataaggggtgttttccccttttgttcaaaggacatgtttgtttctgcttccaccataacagtaagtttcctgaggccaccccagtcatgctgaactgtgagtccattgaaccataaattataaatttctttataattaacccagtcttgggtatgtctttattagcaatgtgataatgaactattacgaattgttaacttcggtgctagatgttgagggtggtgggaggtgattgaatcatggggatggtttctaatgttttagcaccatcttcctagtgttatcttgtgatacagctctcatgagatctggttgtttaaaagtgtgcatcaccccccactccccaccttcatgctgctccagccatgtaagatatgttggcttccactttaccttctggcatgattataagtttttttaggcctcctcagtcatgctatctatacaccctgtagaatgtgagtcaattaaacctcttttattcataaattacccagtctcaggtaggtctttataactatgtgataatggagtaTcagactttctagggctccagatagttacatattatgttctgttttgcattgtttaaactgatggccaaattccactaagtaaaaatttagacccaaaggcttacatgtaactagcaagtttctagtttctctatttttacatattttt-tcctacctgctttaagtctactggcagttttctactgagaaaaaaaaa-attaccttttagctagaaccattattttggtgattttctttttattttgattattattat------ttgtaaaccagtgagtttgtatcaacatctcatgtctggagttctaaagtaaaagcgctaaaatctttg-tatgagtgtgc--------gtctacatgtacatatgtgtattttttttttatgtgttgtagctacaaggagccaaataaaattaaagttaaggacacctcataaattaaagaaacaacaagcctaatgacttttcaagtccatgtgacttaagtaaaatttttaatgaataaactagctttaaaattataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----------------------------ttgtcaccatttttctttccacttattgatcaagtggtttcttacttattcttgccaaatata-tttttttaactgcaaaatattgtaaggtgccaaaatttggcatgaggtttataaaactatgaacccagccccaaacagaataatctttgcttgtgtaatttttagtaaagaagacatttaatactgttggcttaatgaaggcaaataaatcctgagtgatagtttaaatacccatatatttaactttaagtttcttagttaggtaaatacctgaaactcatagggtatgaaaatggttaacaacaacaacaaaaaataactaaatgatgactgtcgcagtttttataaataatctaggtaaactattaaataaatttattatgtgactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----------------------------------------------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----------------------------gatttcaagaattataaggaaacttt-aaaaatgttttcttattaaaagacaatta-tttttctagttcaaagtttatttaaagggtatatataatacaaggcaaaagaaactagggaataagagagagttaaagaagcatcaatataaaaagtaacctttggtaagaaagattacaagaaaataaatcttgta i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119196311 2215 - 178775436 TTT-TTCTggccaattttttccttttaaaatgggaatattcaCTCAGTTGCTGTATCCCCACTGTATCTTCAAAGTAACcctcttgctttttattttccaagcTCATAaatggaagagacttgccttgtctcagatgagacttagGATTTGGACATTTTGGGTAATGCTGGGAtgtgttaagactttgggggagtGTGGAGAaggcatgattttattttaaaatgtgagaaggacatgagatttgggagggttCAGGGAGAGAATGATACAGTTTGGGGCtctatgtt-cccacccaaatctcatgttaaattgtgaTATGTTTCAGCCGTGTCACCATCCAAATCacatcttaaattgtagttcccataatcctcatgtgttttgggagggacacagtgggaggtaa-ttaatcATGAGGGTGGTTATTCCCATGctgccattctcatgatagtgagt----tctcatgagatctgatggttttataaggggctttttccccttttgttcAAAGGACATGTTTGTTTCTGCTTCCACCATAACAGTAAGTATCCTGAGGCca-cccagtcatgctgaactgtgagtccattgaaccataaattataaatttatttataattaacccagtcttgggtatgtctttattagcagtgtgataATGAACTATTACGAATTGTTAACTTCGGTGCTAGATGTTGAgggtggtgggaggtgattgaatcatggggatggtttctaaTGTTTTAGCACCATCTTCCTAGTGTTATCTTGTGATacagctctcatgagatctggttgtttaaaagtgtgtatcaCCCTCCACCCCCTACCTTCatgctgctccagccatgtaagatatgTTGGCTTCCACtttaccttctgtcatgattataagtttttttaggcctcctcagtcatgctACCTATACACCCTGTagaatgtgagtcaattaaacctcttttcttcataaattacccagtctcaggtagttctttataactaTGTGATAATGGAGTATCAGACTTTCTAGGGCTCCAGATAGTTACATATTatgttctgttttgcattttttaaactgaTGGCCAAATTCCACTAAGTAAAAATTTAGACCCAAAGACTTACATGTAACTAGAAagtttctaggttctctatttttacatgttttt-t----ccTGCTTTAAGTCTACTGGCAGTTttctactgagaaaaaaaaatattaccttTTAGCTAGAACCattattttggtgattttctttttattttgattattattat------ttgtaaaccAGTGAGTTTGTATGAACATCTCATGTCTGGAGTTCTAAAGTAAAAGCGCTAAAATCTTTG-TATGAGTGTGCATA----TGTCTACCtgtacatatgtgtattttttttttatgtgttgtAGCTACAAGGaaccaaataaaattaaagttaaggACACCTCATAAACTAAGGAAACAACAAGCCTAATGACTTTTCAAGTCCATGTGacttaagtaaaaattttaatgaataaactagctttaaaattataag---------------------------------tAACCTAATATTAGAGATGTCTTAAGAATTGCCACCATTTTTCTTTCCACTTATTGATCAAGTGGTTTCTTACTTATTCttgccaaatatattttttttaactgcaaaatATTGTAAGGTGCCAAAATTTGGCATGAGATTTATAAAACTATGAACCCAGCCCCAAACAGAATaatctttgcttgtgtaatttttagtaaagaagacatttaataCTGTTGGCTTAATGAAGGCAAATAAATCCTGAGTGATAGTTTAAATAcccatatatttaactttaagtTTCTTAGTTAGGTAAATACCTGAAATTCATAGGGTATGAAAAtggttaacaacaacaac-aaaaataactaaatgatgACTGTTGcagtttttataaataatctaggtaaactattaaataaatttattatgtgACT------------------------------GTAATAAAATGAATGTCATGTAATTTGTaatctaaaattatattaaataata--------------------------------------------------------gatatttgttaaatgtatGGGTAATATTTGATTTCAAGAATTataaggaaacttt-aaaaatgttttcttattaaaagacaatta-tttttctagttcaaagtttatttaaaggGTATATATAATACAAGGCAAAAGAAACTAGGGAATAAGAGAGAGTTAAAGAAACATCAATATAAAAAGTAACCTTTGGTAAGAaagattacaagaaaataaatcttgta i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 125140317 47373 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135352509 60808 - 135778131 I e macFas5.chr5 123871204 22712 - 189454096 I a score=-480.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 444730 4 + 586476 ---cgaa---------- s nomLeu3.chr9 53490953 4 + 118206036 ---taaa---------- i nomLeu3.chr9 I 3 I 10 s rheMac3.chr5 122613723 17 - 184069350 tggtaaatttgtgttct i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119198526 17 - 178775436 tggtaaatttgtGTTCT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e calJac3.chr3 125140317 47373 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135352509 60808 - 135778131 I e macFas5.chr5 123871204 22712 - 189454096 I e ponAbe2.chr4 126651190 17 - 198332218 I e panTro4.chr4 132460063 17 - 193495092 I a score=109776.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 444734 95 + 586476 aaaataaaataacaggtt----aagaagatgtatgtttaagacaaaccccaaagccgaagtatgttatgaagaatctgt-taagtcatagtaagtttagt s panTro4.chr4 132460080 99 - 193495092 aaaataaaataacaggttgttgaagaagatggatgtttaagacaaaccccaaagcc-aagtatgttatgagtaatctgtgtaagtcatagtaagtttagt i panTro4.chr4 I 17 C 0 s ponAbe2.chr4 126651207 99 - 198332218 aaactaaaataacaggttgttgaagaagatggatgtttaagacaaacccaaaagcc-aagtatgttatgaataatctgtgtaagtcatagtaagtttagt i ponAbe2.chr4 I 17 C 0 s nomLeu3.chr9 53490967 99 + 118206036 aaaataaaataacaggttgttgaagaagatggaggtttaagacaaaccccaaagcc-aagtatgttatgaataatctgtgtaagtcacagtaagtttagt i nomLeu3.chr9 I 10 C 0 s rheMac3.chr5 122613740 100 - 184069350 aaaataaaataacaggttgtttaagaatatgaatgtttaagagaaatctcaatgtctaagtatgttatgaataatctgtgtaggtcatagtaagtttagt i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119198543 100 - 178775436 AAAATAAAGTAACAGGTTGTTTAAGAATATGGATGTTTAAGAGAAATCTCAATGTCTAAGTATGTTATGAATAATCTGTGTAGGTCATAGTAAGTTTAGt i papAnu2.chr5 C 0 N 0 e calJac3.chr3 125140317 47373 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135352509 60808 - 135778131 I e macFas5.chr5 123871204 22712 - 189454096 I a score=513491.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 444829 684 + 586476 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tatatatgatatatatatcatatatatat--gaccagatggataaagagaaaagtgaaaactcaggaaatgagaaacttttgactctcaggtggctacatggtctcccatcttcagaagctgcagctgggctgcattcagttactaaaggtaaaagttaccagtggaatttagagatggatgatagacatactcccagggagttagttcagtgaatgcataacaaaatggaaactaataagaaaactacaaaatgttaattcccttggttattgctatctgtaatctctaaaatgaaagtaaaagagtgcggagttttgccttaaggcttgaccaaatttacatgtggactctcagctcaggccactagcttcaaagctagacacacacacaggcacacacacacacacacacacacacatacataca----------tcttaagccagggcaacaaaggtacctttgagacctgtagttaccaagaagatagccaatgcagttaaatagaaaaggaagttaactattaaacccagagggtataatgtaaagaaattgctcctttgtagaataatataatcagtttcctgagaaacctttactataatggactggaaaaataactactttaaggacaatattttttattttaaatgctacagaatgaaaaagcatgggtttatgcaggtcccacagctcacgattaagcaatcactgaggagtatatgtgacccagcttcacaagcagcctagtggactgaataattgccaccgtaaggtttgattacc-tgagaaatggactgcccaactcaccctgtaaaattccaggtggagttccccagatgaagcacctgatatgcttcatatgcaagccatatggaactggctttatgatgaccagaatattattcaattaaatatacctattaccctggtcatagtaaatggtatggttaagggggccctttctacctgggcatcccaggtgacattactcctgcagaatcaaagagctgtttgagaagccttcccaaatttgctgtcccccatggatcttaccgatgttattaaaacattagggtaattaaaaaattgggcaaggtaaaagggagtcaaaggactcatctatcatggtggaaatctttagatgattattaagaaataaaataaataaaataaaaattgatagggtaaaaacaaaggcttttacaatgctataaaagtggggtgaacaaaacggagctcctgctggtcttcaaacattatagggacctacaccagtttttttgtatttgccttagattggattttttt-aaagcaaagtttgtaatctaatgggaaagctgacattgcctgcgcaatgttgaggcaagtttagataaaaaattgataaaaggacttgagtctcttggatcaaccctcttctgggagggtgaattttttaccagaaaggtaaattggtttgaagagaaagaagaagagctcctgggatcagagcataaaattgtaaatgttgagaggattatgaaatttgagatgtttaaacaggttatatgtaaggtggttgtgattcctttacctaaatgttttatgaaaatgggtattctatctgaatgggggagattttcccgatgtagttgtataaagttgaaggcatgtaaacctgctctttgaaaaatgctatttggacagctaagtgagtactagctaaagtgctggttgagacaaatccttcacttcatagccctttgtggaaagtttatttgggcttatggcaaaagcctgtgagcactttcaaatgacaattactgggacttgagactagagaatttccatttgcgaagtatttacagctttgctatgggatgttaactgaaactacttctatgctagcagaaataatggtgactgaaagagttccatgataaaataaaaatggtttatacagaatcttgctacctgggatgcaagaaagacgtatttatgaacagggagcctctttttctccttaggatggactctgactatgagaggagctgttatattctacagtgcttaataaaaagctctcatattacaagagctgcttatcttgtgaatggcagttcaaaggtgaatagatgccttcttgtttggaaagctgctgctccagttaaagaggagtcaaagaaatatttttcttttgagttttttatagtttagagcaattgggtaaaatttgcttttgtaagcaaatttacctctctgagttctccaaaatttgcaaactgttcatgagtcttttgattgtgtgataatattgttattggtataagtttagtaaaaaatatatatttttaaaataggacaattggagacaccagtcattttaccaaggctttgactagaataacgtttttacgtaaagttccagtaaagctaacttgaaaagagcctatgtggccaaacaattcttgctgaactttatgtgaataataaggccaagtataataatcctgaaacttattttgcacactaattgatcttactataacttttttttagtatgaaaagcaactagagagagagacattgtttcaaaagaaaagtcactttcgtttttgagtgcaggttgaatcatgactcatttcttggctgcaataatctcctaaagaataccaggttatcatttttcttcatgtttttatttggcaccctaatggaatagtttttttttttctcctctgccacccacattctcttttgtcaaattattaatgttattaatgtctccccctagttttagttctgagaaaatcagaatcatgctattccaaagactagagatgatttgacaaagcctgttaacctccttcatttgaaatcctattgggattgatttgttttttactgcaagtggccttctgtaaaacaatacaagtaccttccctctttgtccagggactaccacagaaatggtgggaccatgagattgtaagggccagttttgagggatagaattaattcagaccctccaaatcaagaaggggagataaacagctggtaaaactaggaactttgctttctgagctattatatgacacatttttatttatcccaaccataaagaattttctgcttcctgtagaactaaaataaaattattacagaggcaatattatgatacctcatgacaaaatgtcctggatataatactcacaattatgagattttatttagatagatacatatttgaaacaatttttttaagtcacattaaattaaattactagaagacttcaaaaagtcttgcagcacagcaaaagcctctaaattgcaaaaaagcatttttaacaatgttcatggattgtatagctaattggtataggtctataactaaaacaaagactacattagctatacctataacaatttaagataagttagttttttaacctcaactttggctttttgtttcttgggttttatattactttaaacattttaagagttaattataatgcttgtccatattcattcctgtctggtctagaacatttaagttgacggtaaatatgttggctctaagtctcttagccataggtgtctcaaccacagacagtaagaacccagggcacatgccatcccagcaatgctatggaacaaaataagagtttgctggccattgaccttgcctctggcaaaccctggcaagaaggggaaaaatgttaatgaaaaataatattctaaggcccacaatcatccgaatgaacccttccgctcacaaagggcattccaaagttaacctgaaaagctagttcaggccattttggaaatgggagaaatgagacatgctccattagagcctcctccattttggaattcaggaaaagctgacagcattacatcaccacagaacaaaatactgatagaatacactGTTTAAGTTTGAAAAGaaacatttttttctattgattctaatgctttagacaataagataattcttttaaccaactgccaatcagaaaatctttgaatctaaatatgactttcagaatctcacttgcagttgccccaccttttcagaccaaacccacgtatcatttacatgtattgattgatgtcgaacgtgtctctaaattgcataaaaccaggttgcagcctgagcacattgagcacatgttctaaacacctgaaggctgtgttatgggccattagtcactcatatttggctcagaataaatctctttgaatattttacagagtttgactcatttcctcaCAataatttgacacttgaacatgtgggagctcccagaaaacccaggacccccaaaatgtttcctgaacttgaaactaaagtaccagaaggggcccactgaaggcctttcaaactttaagctcctctgatggaactggtcagtcctcttgagccctggatctccctttggttgacagacatcaatttttcctcaacttatttttttcctaggaagttgttgtttaggattctaattctagttctggggtgcattctgaagagtctcctccattgccttttatccaaaagataaactcaattggcttgtctgcacatttacatgaagatagaactgtcatttttatagataaacgagggactgagctcctcagctttgaagagaaagaacattttgctcctcccagaaaatgggccgtggatgaccaggggctaagtgggaacatctagatgtttgactcccatccccgttatgtgcagtgcccctacagaagatgcgccaacataattagtttC 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878 - 190850796 ATATCCTCAGTATTACATGTGTTAAAGAAGTCAGAAATGTCTTACCTGACTATGTAATGCTAAGAAATAGTGAGATCCCATTGCAGGAGAGAAATTATGTAACATTATAATCTAGAGAGACTGGACTAAA-CTTGCTGGACCATATCTATAATTCCCAACTAAACAGAACTAGCCTCTTCTTTTATTTT---------------GTGTATTACTATCCAATTACAAAGAATCATT-ACTAAAATGAAAATAGTAACTCAAGCATATTCAAGGCCTCATGTGAATAACATCTTTAGTCTTTCTAATCAAAGATTTTACAAGGTTGTATAGTTTTATATAGGAAGTCAGTTACAACCATCTATAATA-TTGAAACAAAGAACATTTTCATTAAGAAATATTTTCTATTTCATGAGGGATT-TGAATTTTAAACTCCCATGTAACACAAAACACTTGCATAAACACCATGTTAAGAGACTTAGCCAAA-TTTAGCTTAGCTTATATGTGCAC-TAGGTCATGAATT-TGTCTTTAAA-GTCACCCTAGCCTCCAAGGTGAGTCTTTGCTCAAAAGAATGTGATCTTGCCAAACTACAAAAC--ACAATGTGTATCCCACCTTGCCTAACAATTATCA----TTTCCTACTTAAT------TTTTATGTAAGTTTCCTTTTCCATATAATCCACTAGCTCCTTATTGTTTTTCTCATTTTTATT------------CATATCAGtt---------ttctcatcaa-----aagcctcagct-acctctgtctta----gagtggagctcagtttatactgtagtctctatctcctacttcaatagtcagaataaaatctgtcttgccatttttaaaaaggatcttactc-------tgtttttctttaacaGGGATACATGCAGTCCATATCAATTGT-ATTTATTTATACAGAAA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58877423 845 + 63241923 ATATCTTCACTATCCCAGGTATTAAAGGAGTTAGAAATATTTGACTTGACAAGGTAAGGCCAAAAAAT-GGGAGATCTTATTGGAGGGGGAGGGAAATCTAACACTATAATCCATAGGGATTGGATTAAATCTCACTGGGCCCCACCTATCATT--------------ATTACTCTGCtttttttttttttttttttttttttGGTGTCTTCCTATCCAGTTATAAAGAGTTGTTCAATAAAATGAGAACAGGAATTCAGAC--ATCCAAAGCTTTGGGGGGAAAATATCTTTAGTCCTTTTAACCAAAGATTTTACT-GGTTGCATAGTTTTAGGTAGGAAGCCAGTTAGAACCATTCAGAATTCCTGTAACAAAGGAAATTTACAGGAAAGAATATTTTT-------------GTG-TGAACTACAAA-----------CACAAGA-ACTTGCTTAAACACTGTGTTAAGGGACTTGACCAAACTTTAGCTTCTCTTCCATTTGTACTTAGGTCATGGCTTGTGTCCTTAAAAATATCCCCACCTTCCATGTTGAATCTTTGCTCAAGAAAATGTGATCCTGACAA----CAACACATACATCATCTAACTCATCTTGCCATGCCATTTTCAGTAATTTTCTatttactctgtgattttctgtgattttccatttccacatagccccccaggatcttttttgttc-------tttatc------------tgc----------------catcccttaa-----aaacatcagtc-acctttgtcttagttggagttgaactcagtttatactgtgagctc----ccctgctgcagtggtatgaataaaaactgt----ccatttttaacaagtgttcagctg-------tgtttttctttgtcaGGGACACATGTATTCTATTTG-ATTG--ATTTACATATACAGATG i canFam3.chr13 I 187 I 92 a score=6876.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 453216 2 + 586476 AG s panTro4.chr4 132375119 2 - 193495092 AG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126485540 2 - 198332218 AG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64624623 2 - 118206036 AG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122361240 2 - 184069350 AG i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123895784 2 - 189454096 AG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119036568 2 - 178775436 AG i papAnu2.chr5 C 0 N 0 s chlSab2.chr7 135415252 2 - 135778131 AG i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65745328 2 - 190850796 AG i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58878268 92 + 63241923 I a score=190454.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 453218 92 + 586476 TATTCtttacctacgtaacaaacctgcacatcttgcacatgtatctctgaacttacaataa------------------------------------atgttggaaa------------tg-aaaaaTAAAA------------------TAAAATAAA s panTro4.chr4 132375121 92 - 193495092 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GGTTCtttacttatgcaacaaacatgcacaacctgcacatatacttctgaacttgaaataaaacaataaaaaTATAATAAATAAATATATTTATTATATATTATAAAAAGTATAATATTTA-AAATATATGAATTTATTATACATTCTATAAATATATA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119231592 75 - 178775436 TTTtctttacctatgtaataaacctacaCCTCTTACACATGTACCTCTAA-----caataa------------------------------------atgttagaaa-------------------------------------------taaaataaa i papAnu2.chr5 N 0 C 0 s chlSab2.chr7 135415254 92 - 135778131 TTTTCtttacctgtgtaacaaacctgcacatcttgcacatgtgcctctgaacttacaataa------------------------------------atgttggaaa------------ta-aaaaaTAAGA------------------TAACATAAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65745330 93 - 190850796 GTTTCtttatctatgtaacaaacctgcatatcctacacatatacctctgaagttacaataa------------------------------------atgttagaaa------------TACCAAAATAAAA------------------TAAAATGTA i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58878268 92 + 63241923 I a score=738039.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 453310 292 + 586476 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aataaaa-aaggagtttCTAAAAATGCACAG--------TAGAAATACACTATTCCTTACCTTCTCAAATA------------------AACAGCCTGAGTTTTCAGTGAATCTCA----TTTTTTCAGTTTAGTAATATACATAAGTAAGCATCAAA-------ATTgagttattttagtttttctgaaattaaaattgtatattacTTA-----ATGATTAATGaagtgtaaaatatttgaataaatcaGG-GAGGCACAAGTCTTGTGAAATATAG---AGAATTTTG-CCACATCTTGAAGAATAGTGGTGGCATTAAATGTTATGACCTTCC i papAnu2.chr5 C 0 N 0 s chlSab2.chr7 135415346 296 - 135778131 AATAAAA-AAGAGGTTTCTAAAAATACACAG--------TAGAAATAC-GTGTTTCTGAACTTCTCAAATA------------------AACAGCCTGAGTTTCCAGTGAATCTCATTTTTTTTTTCAGTTTAGAAATATATGTAAGCAAGCATTAAA-------ATGGAGTTATTTTAAGGTTTCTGAAATTAAAATTGTATATTACCTA-----ATGTTTAACAAAGAGTAAAATATTTAAATAAATCAGGAAAGGCACAAGTCTTGTGAAATGTAGAGGAGAATTTTG-CAACACCTTGATGAATAGTGGTGGCATTAAATGTCATGACCTTCC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65745423 293 - 190850796 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CTATCATGCCTGCCTGCCT-----------TAGATCTCAAACAGTGCTACTCTCTCTCTCTCTCTTTTTT--TTTTTTTCTGGTCTTAACAAAC----------------------------TTTTGATAATCAAACAAGCAACATATTATGACAAAGAGAGTAAAAGTTGCCTCACAGGCCAG------------CACAACCAGAGAGCAGTACTGGAGCTAGGTGAGGTGGTTGGCAGGTGGCAGCAAGTACTTGGCTCCTTTGTGGTGCATGACAAACTTGATCCAGAAGACTTTTTGGTCCATGGGCTTCATAAGCTGATCATAATGAA----TGATTGATAACCATATAACATTCTCTTTACAGTTAAAGGAAAATCAAATAGACATA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64625007 321 - 118206036 CTATCATGCATGCCTGCCT-----------TAGATCTCAAACAGTGCTAC-------------TCTTTTT--TTTTTTTCTGGTCTTAACAAAC------------------------------TTGATAATCAAACAAGCAACATATTATGACAAAGAGAGTAAAAATTGCCTCGCAGGCCAG------------CACAACCAGAGAGCAGTACTGGAGCCAGATTAGGTGGTTGGCAGGTGGCAGCAAGTACTTGGCTCCTTTGTGGCCCATGACAAACTTGATCCAGAAGACTTTTTGGTCCATGGGCTTCACAAGCTGATCATAATGAA----TGATTGATAACCATATAACATTCTCTTTACAGCTAAAGGAAAATCAAATAGACATA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122361630 324 - 184069350 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s panTro4.chr4 132378565 1014 - 193495092 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126491170 912 - 198332218 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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119236671 966 - 178775436 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i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58881809 4443 + 63241923 I e calJac3.chr3 125191567 1978 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135418518 1733 - 135778131 I e macFas5.chr5 123899126 1712 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122364410 1733 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=59340.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 457688 110 + 586476 CTCCTGCTTATATCCCC---CTTCTTTCTCAGATGGGAGGTAGCATCAATATAGGTG-TTAGAAGCAAAGTCGTTTTGGGG-AAATGTTTTATACTGTACAGGATCAACTTTAGA s panTro4.chr4 132379579 111 - 193495092 CTCCTGCTTATATCCCC---CTTCTTTCTCAGATGGGAGGTAGCATCAATATAGGTG-TTAGAAGCAAAGTCGTTTTGGGGGAAATGTTTTATACTGTACAGGATCTACTTTAGA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126492082 109 - 198332218 CTCCTGCTTATATCCCC---CTTCTTTCTCATATGGGAGGTAGCATCAATATACGTG-TTAGAAGCAAAGTC-CTTTGGGG-ACACATTTTATACTGCACAGGATCTACCTTAGA i ponAbe2.chr4 C 0 I 3 s papAnu2.chr5 119237637 108 - 178775436 GTCCTGCTTATATCCCC---CTTCTTTCACAGGTGGGAGGTAGTATCAATGTATGTG-TTAGAAGCAAAGTC-CTTTGGGG--CATATTTTATACTGCATAGAATTTACCTTAGA i papAnu2.chr5 C 0 I 3 s canFam3.chr13 58886252 112 + 63241923 CTTCTGCTTGACTCCCTTTATTCCCTTCTTGAATCAGTAGTAG--TTAATCTGATTGATTAGAAGCAGAGTCCATTTGAAG-CCAGATTTTATAATGCATAGGGTTCTCCTTAGG i canFam3.chr13 I 4443 I 14 e calJac3.chr3 125191567 1978 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135418518 1733 - 135778131 I e macFas5.chr5 123899126 1712 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122364410 1733 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=-455.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 457798 2 + 586476 CT- s panTro4.chr4 132379690 2 - 193495092 CC- i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126492194 2 - 198332218 CC- i ponAbe2.chr4 I 3 C 0 s papAnu2.chr5 119237748 2 - 178775436 CC- i papAnu2.chr5 I 3 C 0 s calJac3.chr3 125193545 2 + 190850796 CC- i calJac3.chr3 I 1978 C 0 s canFam3.chr13 58886378 2 + 63241923 -CA i canFam3.chr13 I 14 C 0 e chlSab2.chr7 135418518 1733 - 135778131 I e macFas5.chr5 123899126 1712 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122364410 1733 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 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canFam3.chr13 58886814 11780 + 63241923 T e chlSab2.chr7 135418518 1733 - 135778131 I e rheMac3.chr5 122364410 1733 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=10923.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 458250 17 + 586476 cattac-cattctttttt s panTro4.chr4 132380133 17 - 193495092 cattac-tgttctttttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126493713 17 - 198332218 CATTAC-CATTCTTTTTT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123901277 18 - 189454096 AATTATGTATTTTTTTTT i macFas5.chr5 C 0 N 0 s papAnu2.chr5 119238191 17 - 178775436 CATTAc-cattctttttt i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58886814 11780 + 63241923 T e calJac3.chr3 125193984 17908 + 190850796 T e chlSab2.chr7 135418518 1733 - 135778131 I e rheMac3.chr5 122364410 1733 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=179160.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 458267 422 + 586476 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s panTro4.chr4 132382346 4681 - 193495092 ttaggtattgatgggacgtatctcaaaataataagagctatttatgacaaacccacagccaatatcatactgaatgggcaaaaactggaagcattccctttgaaaactggcacaagacagggatgacctctctcaccactcctattcaacatactgttggaagttctggccagggcaattaggcaggagaaggaaataaagggtattcaattaggaaaagaggaagccaaattgttcctgtttgcagatgacatgattgtatatctagaaaaccccattgtcccagcccaaaatctccttaagctgataagcaacttcagcaaagtctcaggatacaaaatcaatgtacaaaaatcacaagcattcttatacaccaataacaaacaaacagagagccaaatcatgagtgaactcccattcacaattgcctcaaagagaataaaatacctagagattaataaccagaatatataaggagttcaaacaaatctatagaaaaacatctaataatccaagttacaaacaagcaaaaaatctgaatagacacttctcaaaagaagaggtacaaatgaaaaacaagcatataaaaaggtgctcaacatcactgaacatatgagaaatgcaaatcaaaactacaatgagatattatcttaccatagttaaatggcttttagctatgtcagacaataacaaatgctgaaagaatgttcagaaaaaggaatccttgtacactgtttttggtaatgtaaattagtacaatcactataaagaactgtttgaagtttcctcaaaagactaaaaattgagctaccatatgatctagaaatctcactgctgaatatatacttaaaaaaggaaatcaatatattgaaaggaaatctgcactcccaggtttgttgcagcactgttaaaatagctaagaattggaagcaacct-------tatcagtagattaacggattaagaaaatgtggtacaaacacataacactgtaatactaagccataaaaagaaatgagattccatcatttctgacaacatggatagaagtgaaaatcattatgttaagtgaagcaatccaggcaccaaaagacaaagattttatgttaccccttatttataggatctaaaaatcaaaacaattaaacttgtggagatagagaatagaaaggtggttaccagaggctgggaaagataatgggggtgtggggtttaggtggggatggttaaaaggttaaagaataagtaaataagacctattatttgatagcacaccagagtgactatagtcaatgat------------tttatttatttatttatttatttatttattcattcatttattCACCTTGagataaaacccccatctccctgggacagagagcacctgggggaaggggtggctgtgggcccaacttcaacatttaaatgtccctgcctgatggctctgaagagaccagtggacctcccagcacagtgttcgagctctgctaagggtcagactgcctcctgaagtgggtcgctgattcctgtgtatccttactgagagatacttcccaataggggctgaaagatgcctcatccacgagagctctgactgacatctggcaggtggccctctgagatgaagctttcaaaggaaagaacaggcagaaaactttgccattctgcagcctcctctggtgatatccaggcaaacagggtcaggagtggacctccagcaaactccagcagacctgcagcagaggggcccgactgttagaaataaaactaacaaacaggaaggaatagcatgtccactcaaagaccccatctgaaggtcaccaacatcaaagacaaaaggtagataaatccacaaagatggggagaagccagtgtaaaaaggctgaaaattccaaaaaccagaatgcctcttctcctacaaaggatcacaactccttgccagcaagggaacaaaactggatagagaatgagtttgataggcttcagaaggtgggtgatgacaaactcctccaagctaaaggagcatgttgtaatccaatgcaaggaagctaagaaccttgaaaagaggttagatgaatttctaactagaataaccagtGtttgacttcttcctggtttaagcttgggaaagtgtacgtgtccaggaatttatcaatttgttctacattttctagtttattcgcgtactggtgtttacagtattctctgatggcagtttgtatttctgtgggatcagtggtgatatctcccatatcattttttattgcatctatttgattctgccaattcatagcatatacagcgttctggagaactttggcccagccatgaaaagtactgttacctagctgacactctaactataacttctgaaggccatttcactatagtacaaaggtagttgcttcaggagaatgaggaacatggtaaaaccagtaaatttcatgagcatgagctcattgttgcgcttctttggcagtaaagccagttccttagtcagaaacaatactgtgtggaagaccatgatagagaattaggcatccagtaaatttatggatggtagttttgacagatgtttatgttcagagaggataaatccatattcaaaataagtatgtattccagtaagaaaaaaatgcagctccttctatgataaaggtggtctaaggtaatcaatctgtcactgggaagctggttgattatcttggagaatgatgccatatcaggggcttagcatggctctctgttcctgcatattgggcacacagtggtggcttcagccagtttgaacttagtgagtgaaagatcatgttgcttaacccatgcataacttccatcaatgccatcatagccactttgctcatgagcccattgggtgataacaggggtagctgaagaaagagtctgaccccagatctacaggaagggtcatcccatccactttattattaaaattttcttctagtgatgtcattctttgaagagcattcacatgactcacaaatgtcttcatatattttgccccctcaaagaggtttatccagatagtttttccttaattttcttcatcatcaatcttataatccctcacaaatccttaaccttccagcctaatcattggctacatcccaATGTACTatattaaatgcagaatctctacttaatgagaccacatatattaatttggtgtcatcaaacttcgtgtctcttctattgttattcccacacccttattatccattttaacatatgtttaccagatttctgattatataaattagagcactcaggtgtttctttcagagtgcagtgcacctcctcatgggtgatatcttgaatctccctttagggacctgctgagacttaagtctagttataggtttagaaaccaaaagaggtcgttaggataggtcctgaggaaaatcagccttgcttcacctgccaactgcttcaggagaggccattactgttatttctggcaatgcagttacgttgacataggtggaaaaaccgatgacactgtgggaatgggtgaggaatgacactgtcattgacatgggaggtcacttacctaggcaaaaaacaaacaaacaaacaaa-aaaattactcaaacattaggctaaatgtccctagcttcatcagggtcctcccatagatccccatttcaacttacagggtcccattctttctcaatcaatgccctcattttaacagcagactcccagtgaggttgaaaatccatctttactatacgtcagctaattaaatgacaagggtttctctttgattttcagccatttcatccctatggctaaaggagagatgcttctcctttagggaacatgtagaaatgcttaggctatatccattttcagctaagaatttgaatctctgagctcatccttttctttcaacattgtccagcaatgttagcaacaaaccaacatcattatattaattggttttccacaaatttctgaaagtatcatgtatagtgtcacaaaataccctgcctcttataagtggtaaattaggtgtataaaatgcattttttagcatatctctataaacagcttaggccaaaaactatctatgttctctgtattatcggaagtagagttcttaggacttttaggtctaatcagattatacagccaattccagaaaccccaacaacaattaaggaaattcatccttaaaattctgttcctctagaatgactcctggtaccaaaatctgtattagtcagggttctccagaaggatagaaacaataaaatataaatgaaaataatttttaggaaaattgtctcagaagatcaataaagtgaagtcttaaaacaagctatctgccagctggagaaccacagacattaaaagcctggcttagtcaaagtatagatccaggaaaccagacagtgaagtccccggtttgagaccaaagtcctgattgcctgcagcgggccactggtttaagttgcaggatccagaagatgaagatcctagagtcttatatgcaaaggaaaaaatgagaaaaaagatgttccactgtggaataaagagagaggagcaaaggcatgagcagagtgttgcccttcttccacctgctttgtcgtggtgggaccccagccaattgaatggtgcctgcccacattgagggtgggttttcctttctcagtccactaattctc 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s panTro4.chr4 132391675 1851 - 193495092 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s panTro4.chr4 132405958 2354 - 193495092 ttgttattattctctggacactcatccttccagtgtccttttcttttgcacagctcacactgatctctttccagcctcggctggccctcaaatccctgtccagactggcctcttccatgcccatgtccatacccacatccatgagggatgctgccagcaaatcagcctttttcttaagccttctattagcctccctctttgcctcctgatcttggttaatgtacaccttcatggccacttcaataagctgagtagcattcatccctgcaaaaccttccattttctgcaattttcactggatatccccctgggcctgctctacaaatgccatgttcatcatgcactggcctcaccaagtcttttataaaactggctggggctttcatctgcaccctgatgcccctctgagattttccctatattgattgcctgtctcccgccttcccttaaattttgcaggagtgcctcttggtatcttggcagctgctatagttgggctgcctcatttgttcgggttctagtgggggtcctctagtttccaggagaggcatttgcatagccctaacacaacctgactggaggtggcttgcctgtttttcctagcatttcaccttaacttcctggagtgaggtctcagatttttccctctcaagagagactgggggcatgtatccatttgagcttgactcctcagaggcagttaacctggggaaagcgggggtagattagaacatatggaggaggggtctcttttccctccagtggttcttgaaaaactggtttttcctgtggctttctttttgtctctgtttgctcacgctacaagctcctgtgactttccctttaact--gtttacaggcgaaactttcactttgtctttgtagctggcagcacagttgatttctcttggcctgagctgtgagcattcttcaataagctgctaaacagggctgcattcagccatgagttaatataaggaaattcggtctgaattctctgactgtcctccaactcaggtcaccaccttaaacacacggccaattttctccctatctgtagtacatttggcaggccagccaacaccaaaagagggctattctaattcacagagagctctcagcatctgaggggttaacttgactccctcaacccctgcaaagcctttcttaaagttctttaacatacattccaatggggtgggtttcgacgattttcctcccatttcccccc-gttatgatgcagcacattcacctttccttttgttttagaccgattggacccggttggtcctacattttgctcggagcgtacagcctacactaagagatcagcagctccacacatgtcattcccgttggttcctcccagaactgtctctttcacacgcactcacacacttccccgctcccagttccctatcctggttggggcagtgaaccgcactcactgcatccagtttccttctgaactaacttagcgagccactctcgcgtcctgtgttggttggggtgtgagtttcatccaaattggtgagccactctcaccgccccccagcctctctgtgttggattagttgtcactccctgggaggtgatcaggctccccttctgtccttatgggataggtcctgccttgggccccaaaactttaccatggttctgaagaaagggcgccattcctggaaccgtcctgaaacccctccgggttcccttgtactgtcaggggaggggcaccggggacgcgggagagcagctcctttctctgggcttaagttcccttgatgggtcctgaagttaagggtctcccacagccgaggccccagaccgcccacaggcaaagaagccagccaagctgcagtctctcagtcccatctgggtcaccagGTGtgtagcggatcaggaggacccgagagagaccttggggtatatagaggaggatatctttattgagtacactcagacccaatggacttaccatccaaagatggggcccccaacaaagacagcacttgacttttatacacactttaaaaaaggggtgggctaacttggtgcaggcttacggtggcacgaaagcagggatacagagggagaacaattaataaaattgtgacaggttcataacccaggattacacatgactattgctatgcaacctagatgactgttatctaggttttgctcaaaagagccttgcactggtttatcttataaccttcactatggtgcccagacagctgtagttcaggcgtattcagacttctcaggacctttgctgtgctttttagataaagcagaaatcttgaggttactagttacagagaacaagaatctgtaaagtcataccataaaacag i panTro4.chr4 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58879082 8328 + 63241923 I e papAnu2.chr5 119098410 288 - 178775436 I e calJac3.chr3 125187415 6690 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135508531 342 - 135778131 I e macFas5.chr5 123996728 290 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122429448 343 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T e ponAbe2.chr4 126568306 342 - 198332218 I a score=53996.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 483597 225 + 586476 aggaaaatttgtttttcttctccctatgttgaaggagtgctgagagagtcaccagaccacatttctttggtgtgtgtcctggctttttagatagta---ttaagaatttccctgggtctgggctgcacccattgctgcctctgggactagttagcctaatacaggaaagcctatttctctttttaattttatttttctttctttctttaatttcctgcctcaATCTCA- s panTro4.chr4 132408312 225 - 193495092 aggaaaatttgtttttcttctccctatgttgaaggagtgctgagagagtcaccagaccacatttctttggtgtgtgtcctggctttttagatagta---ttaagaatttccctgggtctgggctgcacccattgctgcctctgggactagttagcctaatacaggaaagcctatttctctttttaattttatttttctttctttctttaatttcctgcctcaATCTCA- i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 71885716 223 + 198332218 aggaaaatttgtttttcttctctctatgttgagggagtgctgggagagtctctgggcagcattttt------tgtgtcctggctttttagatagtatcttcaagactttccctgggtctgggctgcacccattgctgcctctgggacaagttaacctaatacaggaaaacttatttctctttttaattttatttttctttctttctttaatttcccacctcaATCTGAG i ponAbe2.chr4 n 342 C 0 e canFam3.chr13 58879082 8328 + 63241923 I e papAnu2.chr5 119098410 288 - 178775436 I e calJac3.chr3 125187415 6690 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135508531 342 - 135778131 I e macFas5.chr5 123996728 290 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122429448 343 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=2715.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 483822 6 + 586476 GTAAAT s panTro4.chr4 132408537 6 - 193495092 GTAAAT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 71885939 6 + 198332218 GGAAAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4240284 6 - 63241923 GTAAAT i canFam3.chr13 I 7921 C 0 e papAnu2.chr5 119098410 288 - 178775436 I e calJac3.chr3 125187415 6690 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135508531 342 - 135778131 I e macFas5.chr5 123996728 290 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122429448 343 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=24902.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 483828 45 + 586476 -TAAATTATCCTAA--ATGTTAACTTTTCAGGGAGAAAATTTTCACCC s panTro4.chr4 132408543 45 - 193495092 -TAAATTATCCTAA--ATGTTAACTTTTCAGGGAGAAAATTTTCACCC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 71885945 45 + 198332218 -TAAATTATCCTAA--ATGTTAACTTCTCAGGCAGAAAATTTTCACCC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125194105 45 + 190850796 -TAAATTATCCTAA--ACGTTAACTTTTCAGGCAGGAAATTTTCACCC i calJac3.chr3 I 6690 C 0 s canFam3.chr13 4240290 46 - 63241923 TGGAGCTATCATAATGATGTT--CATGTCATGAAGGAAAGGGTAATCC i canFam3.chr13 C 0 T 8831 e papAnu2.chr5 119098410 288 - 178775436 I e chlSab2.chr7 135508531 342 - 135778131 I e macFas5.chr5 123996728 290 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122429448 343 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=23894.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 483873 61 + 586476 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ctgttatgaatatggatgtgcaaatatctctttgagatcctgattttaattcttatggataaatatccagaagagggattg-----ctgcatcacatggtaa i chlSab2.chr7 I 342 C 0 s calJac3.chr3 125194838 96 + 190850796 ctattatgaatacagatgtgcaaatatctctttgaaatcctgattttaattcttatggagaaatacgcagaagagggattg------tgcatcatatggtaa i calJac3.chr3 I 26 n 26 s canFam3.chr13 58888092 102 + 63241923 ctattgtgagcatgagtctgcaaatatcccttctgtatcccgatttcagttattttggatatatacccagaagtggaatggggtggagggatcatgtggtaa i canFam3.chr13 C 0 C 0 e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=66651.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 484661 38 + 586476 tcttacattaaattttttgagaaacttccatactgttt s panTro4.chr4 132409371 38 - 193495092 tcttatgttaaattttttgagaaacttccatactgttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126568745 38 - 198332218 tcttacaataaatattttgagaaacctccatattgttt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122429887 38 - 184069350 tcttatgttaatttttttgagaagcctccacactgttt i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123997165 38 - 189454096 tcttatgttaatttttttgagaaacctccacactgttt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119098845 38 - 178775436 TCTTATGTTAATTTTCTTGAGAAACCTCCACAATGTTT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135508970 38 - 135778131 tcttatgttaatttttttgagaaacctccacactgttt i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58888194 37 + 63241923 ttctgttttaaccttttcaggcaac-tctttactgttc i canFam3.chr13 C 0 C 0 e calJac3.chr3 125194934 26 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=228463.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 484699 124 + 586476 tcaatagGACCAATTTTTTAAACAAACCTCATCACTCAGTTCCTTTGGAAGGAGTTAGGTGCTACAACATACATTTCTTCTATTATTAATGCATAGTCATGCAACtgtgtgtgtgtgtgtgtgt s panTro4.chr4 132409409 116 - 193495092 tcaatagGACCAATTTTTTAAACAAACCTCATCACTCAGTTCCTTTGGAAGGAGTTAGGTGCTACAACATACATTTCTTCTATTATTAATGCATAGTCTTGCAA--------gtgtgtgtgtgt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126568783 124 - 198332218 tcagtagtgCCAATTTTTTAAACAAACCTCATCACTCAGTTCCTTTGGAAGGAGGTATGTGCCACAAGATACATTTCCTCTATTATTAAAGTATAGTCATGCAAGCGTGCATGTGTGTGTGtgt i ponAbe2.chr4 C 0 M 30000 s rheMac3.chr5 122429925 108 - 184069350 tcagtagtgCCAAGTTTTTAAACAAACCTCATCACTCAGTTCCTTTGGAAGGAGGTATGTGCCACAAGATACATTTCCTCTATTATTAATGCATAGTCATGCAA--------GTGT-------- i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123997203 108 - 189454096 tcagtagtgCCAATTTTTTAAACAAACCTCATCACTCAGTTCCTTTGGAAGGAGGTATGTGCCACAAGATACATTTCCTCTATTATTAATGCATACTCATGCAA--------GTGT-------- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119098883 108 - 178775436 TCAGTAGtgccaattttttaaacaaaccttATCACTCAGTTCCTTTGGAAGGAGGTATGTGCCACAAGATACATTTCCTCTATTATTAATGCATAGtcatgcaa--------gtgt-------- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135509008 100 - 135778131 tcagtagtgCCAAGTTTTTAAACAAACCTCATCACTCAGCTCCTTTGGAAGGAGGTATGTGCCACAAGATACATTTCCTCTATTATTAATGCATAGT----------------TGT-------- i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125340538 105 + 190850796 TTAGTAGTGCCAAAGTTTTAAAGAAACCTCATCACTCAGTTCCTTCAGAAGGAACTATGGCCCACAAAATAAATTTCC---ATTATTAATGCATAATCATGCAA--------GTGT-------- i calJac3.chr3 n 26 C 0 s canFam3.chr13 58888231 108 + 63241923 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gtgtgtgtgtgcgtgtttgacTTAGTACATATAGTAAGAATTTAAATAGCATCTTTGCTCAGTGGT-----GAAGAAAGAGACTATTAAAAAATATGGAAACCAAACTCTTCATTTGTAATATTTCAATC-ACTAGTATGGATTCTTAGGAAAACTAGTGTTATTTGTTTAAgtatctttaattttatatttttttagttctGCTAAATGACTTGTATTTATTCCAG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135509108 219 - 135778131 GCGTGTGTGT--ATATTTGACTTAATACACATAATAAGAATTAAAATAGCATCTTTACACAGTAAT-----GGGGAAAGATACTGTTAAAAAATATGGAAGCCAGACTCTTCATTTGTAATATTTTAATC-ACTAGTATGGATTCTTAGTAAGACTAGTGTTATTTGTTTACTTATCTTTAATTTTATATTGTTCTAGTTCTGCTAAATAACTTGTATTTATTCCAG i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125340643 203 + 190850796 GCCTGTGTGT--GTATTTG----AGTATATA---TAAGAACTAAAATAGCAACTTTACACACTAAT-----GAGGGGAGATACTGTTAAAAAA-ATATAAAACAGACTC------TAAAATATTTTAGTCAACTAATAGAGATTCTT---AAGACTACTGCTATTTGTTTATTTATCTTTAATTTTATATTGTTATAGTTCTGCTAAATAAACTGTGTGCATTCTAG i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58888339 170 + 63241923 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GCAGCTTTTCT--------------G---------TTTAGTCATGAGGATTT-ATTTACCTGAC-TATGAGCACAAAGGAAAAGTTACTTGTTATTGGGAAGACGTTATATATTTCTCTCAACTATATAATCT i rheMac3.chr5 I 177 C 0 s macFas5.chr5 123997530 108 - 189454096 GCAGCTTTTCT--------------G---------TTTAGTCATGAGGATTT-ATTTACCTGAC-TATGAGCACAAAGGAAAAGTTGCTTGTTATTGGGAAGATGTTAtgtatttctctcaactatgtaatct i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119099212 108 - 178775436 GCAGCTTTTCT--------------G---------TTTAGTCATGAGGATTT-ATTTACCTGAC-TAAGAGCACAAAGGAAAAGTTACTTCTTATTGGGAAGACATTATATATTTCTCTCAACTATATAATCT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135509327 108 - 135778131 GCAGCTTTTCT--------------G---------TTTAGTCATGAGGATTT-ATTTACCTGAC-TATGAGCACAAAGGAAAAGTTATTTGTTATTGGGAAGATGTTATATATTTCTCTCAACTATATAATCT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125340846 122 + 190850796 GCAGCTTTTCTGAACAACTATCTCAG---------TTTGGTCATGACAATTG-ATTTCCCTGAC-TATTAGCAAAAATGAAAAGTCACTTGGCATTGGGAAGACATTATATATTTCTCTCAACTATATAATCA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58888509 117 + 63241923 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aacataaaaca-ttttttcatgttcttattggacgtttacatattccctggtaaaattcctgtttagatcttttaaacattttttgattaggttatttgtctttttaacattgagctgta i macFas5.chr5 C 0 I 312 s papAnu2.chr5 119099320 120 - 178775436 AACATATAccatttttttcatgttcttgTTGGACGTTTACATATTCCCTGGTAAAATTCCTGTTTagatcttttaaacattttttgattaggttatttgtctttttaacattgagctgca i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135509435 118 - 135778131 AGCATAAAACT-tttttttatgttcttactggacatttacatattcccaggt-aaattcctgtttagatcttttaaacattttttgattaggctatttgtctttttaacattgagctgtg i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125340968 114 + 190850796 AACATGACAC--tttttttatgttcttagtgaacatttacatattccttgataaaatttctatttaaatcttttaaatattttttgattagg----ttgtctttttaacattgagctgta i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58888626 22258 + 63241923 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=437189.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 485268 212 + 586476 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agctttctttatatattttttatataagtcacttatcaggtatgtaacttgcaaatatatacctcaaactcttgtttctctgttgactttattgatggtgttctttgatgggcgaaaatgttaattttgatgaaacgtagtttatcaattttattttggttgcttctgctcctggtgtgatatttgaaaaccttgcc-AATTCAGTGTTCCA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123998069 211 - 189454096 agctttttttatatattttttatataagtcacttatcaggtatgtaacttgcaaatatatacctcaaactcttgtttctctgttgactttattgatggtgttctttgatgggcgaaaatcttaattttgatgaaacgtagtttatcaattttattttggttgcttctgctcctggtgtgatatttgaaaaccttgcc-AATTCAGTGTTCCA i macFas5.chr5 I 312 C 0 s papAnu2.chr5 119099440 210 - 178775436 agctttctttatatattttttatataagtcACTTATCAGGTATAT-ACTTGCAAATGTATACTTCAAACTCTGGTTTCTCTTTTGACTTTATTAGTGGTGTTGTTTGATgtgtgaaaatattaattttgatgaaacccagtttatcaattttattttggttGCTTCTGCTCCTGGTGTGATATTTAAAAACCTTGCC-AATTCAGTGTTCCA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135509553 212 - 135778131 agctttctttatatattttttatataagtcacttatcaggtatgtaacttgtaaatatatacttcaaactctggtttctcttttgacttcattgatggtgttctttgatgtgtgcaaatcttaattttgatgaaaccctgtttatcaattttattttggttgcttctgctcctggcgtcatatctaaaaaccttgccaaattcagtgttcca i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125341082 210 + 190850796 agcattctttatatattttttatacaggtcacttatcaggtatgtaacttgcaaatatatattccaaactctggtttctcttttgactttattgatggtgttctttgatgtgaaaatattttaattttt-taaaatccaatttctaaatattattttggttgcttctgctgct-gtgtcatatctaaaaaccttgccagattcaagattaca i calJac3.chr3 C 0 I 12197 e canFam3.chr13 58888626 22258 + 63241923 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=197745.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 485480 141 + 586476 caaaa-ttttacTTTGCTGTATATACAGTtg-ttttggtgctttgaaatattaatgaattcattctttcagcaaccccatgaggtcggtaatgctat--------------------gacaaccactgccatttcattggtgaggaagttgaagcaaataaag s panTro4.chr4 132410182 141 - 193495092 caaaa-ttttacTTTGCTGTATATACAGTtg-ttttggtgctttgaaatattaatgaattcattctttcagcaaccccatgaggtcggtaatgctat--------------------gacaatcactgccatttcattggtgaggaagttgaagcaaataaag i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 71887585 134 + 198332218 aaaaatttttacTTTGCTGTACATACAattgtttttggtgctttgaaatactaatgaattcattctttgagtaaccccacaaggtcgataatgccat--------------------ga---------ccatttcattggtgaggaagttgaagcaaataaag i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122430866 139 - 184069350 AAACA-TTTTACTGTGCTATATATACAattgtttttggtgctttgaaatattaatgaattcatcctgccatcaaccccatgaggttgataatactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----------------------tgaggaagttgaaacaaataaag i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123998280 142 - 189454096 AAACA-TTttactgtgctatatatacaattgtttttggtgctttgaaatattaatgaattcatcctgccatcaaccccatgaggttgataatactgt--------------------gaccaccactgccatttcattattgaggaagttgaaacaaataaag i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119099650 142 - 178775436 AAACA-TTTTACTGTGCTGTATATACAATTGTTTTTGGTGCTTTGAAATATTAATGAATTCATCCTTTCAGGAACCCCATGAGGGTGATAATACTGT--------------------GACCACCACTGCCATTTCATTGGTGAGGAAGTTGAAGCAAATAAAG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135509765 142 - 135778131 aaaaa-ttttacatttctgtATATACAattgtttttgttgctttgaaatatgaatgaattcatcctgtcatcaaccccatgaggttgataatactat--------------------gaccaccactgccatttcattggtgaggaagttgaagcaaataaag i chlSab2.chr7 C 0 N 0 e canFam3.chr13 58888626 22258 + 63241923 I e calJac3.chr3 125341292 12197 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=216955.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 485621 125 + 586476 tccaagtaacttgtccagccccacatcattatgtagtggtttctcagaggcttgaatccaggccatctggatccagagtgccagctcttaaccaccacgttatgctgACTCTTCTATTT-GGGGTA s panTro4.chr4 132410323 125 - 193495092 tctaagtaacttgtccagccccacatcattatgtagtggtttctcagaggcttgaatcaaggccatctggatccagagtgccagctcttaaccaccacgttatgctgACTCTTCTATTT-GGGGTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 71887719 126 + 198332218 ccgaagtaacttgtccaaccccacatcattatgtagtggtttctcagagatttgaatcaagaccgtctggatccagagtgccagctcttaatcatcatgttatgctgACTCTTCTATTTGGGGGTA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122431005 125 - 184069350 cccaagtaacgtgtccaaccccacattgtcatgtagtggtttctcagagactcgaatcaagggtatctggatccagagtgccagctcttaaccaccatgttatgctgACTCTTCTATTT-GGGGTA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123998422 125 - 189454096 cccaagtaacatgtccaaccccacatcgtcatgtagtggtttctcagagactcgaatcaagggtatctggatccagagtgccagctcttaaccaccatgttatgctgactcttctATTT-GGGCTA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119099792 125 - 178775436 TCCAAGTAACTTGTCCAACCCCACATCGTCATGTAGTGCTTTCTCAGAGACTTGAATCAAGGGCATCTGGATCCAGAGTGCCAGCTCTTAACAATCATGTTATGCTGACTCTTCTATTT-GGGGTA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135648729 125 - 135778131 cccaagtaacttgtccaaccccacatcatcatgtagtgctttctcagagacttgaatcaagggcatctggatccagagtgccagctcttaaccaccatgttatgctgactcttctATTT-GGGGAA i chlSab2.chr7 N 0 C 0 e canFam3.chr13 58888626 22258 + 63241923 I e calJac3.chr3 125341292 12197 + 190850796 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CAGATATTTTCAAAATATTATATTCCCTATTTTCCACTCATGAAGttatatattaattgtaa-ttttattacaaatgtataa--tttaaaatatGTAGAATTATtattccagttatatatcactgcatgacaaattgtttccaaatgtcaggtcttaaaacaactgtaatcattttattatcatcgctcagagtct--gggtgttggttgggctcag---ttatgtgttccttc--------cacagagtttcttaggtagctactttcctatggtgcctcagtctataattatttgaagaccattgactTACATACTTAATGATTCAAGCTCAAAGGCTCAAAGTGCTAGTGGGCT-----ACCAGGATTTCTTAGGCATATATTTGT-GTCTGTCTGCCAAATTGTCATTTATTATGGGGACTACAGATT--------GAATTGAGGAGGTGTG--------GAGAGAAAAA------------AAGACATAAAAACAAAagatagaaagagagagagagaaagagagag----aAGATGTTG---TGTTTCCAACAGaactttgaaagttaagctgccttatttccactgcatcctttttgttgagacagctacaaggtctgccaaacttcaaagacagggaatattacttgacaagaaaattgtcaaagtatttatagtcatg i ponAbe2.chr4 C 0 I 15 s rheMac3.chr5 122431130 646 - 184069350 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GAGATATTTTCAAAATATAATATTCCCTATTTTCTACTCATGTAGCTATATATTAATTATAA-TTTTATTACAAATGTAAAA--TTTAAAATATGTAGAATTATTATTCCagttatgtatcactacatgacaaattgtttccaaatgtcaggccttaaaacaactgtaataattttattatcatcactcagagtttgggggtgttggttgggcttag---gtctgtgtttcttt--------cacagagtttcttatgtagctactttcctatggtgccttgttctataattatctgaaggTCATTTGCTTACATACTTAATGATTCAAGTTGAAGGGATAACAGTGCTCGTGGGCT-----CCCAGGATTTCTTAGGCATGTATTTTT-GTCTGTCTGCCAAATTGTCATTTATTATGGGGACTACAGATT--------GAGTTAAGGAGGAGTA--------GAGAGAAAAA------------GAAACATACAAACAAAATATCCAAAAAGAGGGAGAGAAAGAGAGAT----AGAGTATGTTG-TGTTTCCATCAGAACTTTGAAAGTTAAGCTGAATTATTTCCACTACATCATTTTTGTTGAGACAGCTACAAGGTCTGCCAAACTTGGAAGGGAGGGGATGTTACTTGACAAGATAATTGTCAAAGTTTTTGTAGTCCTG i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4231505 656 - 63241923 CAGTTATTTTCAAAATGTAACATTTGTAAGTTCCCAGTTTTTAGTCTATTTCTTAATTGTAA-TTTTGTTACTAATGTATAATTTTTAGAAAGTGTAGAAATGTCAtttcagagttctttcactgcataacaaactgccttcacgtatagaggcctacaacatcaataatcttttagttattatctctcataattc-tgggtgtcagctggcctcagccagtaggtggttcttcgggttggttcttgggtttctcagatggttacaggcatagggtagatgagg-tgtaatca-ctggaggATGTTCATTCACACCTCTAGTGATAC-TTTGGGAATAGTCAAATTGCTGTGGAGCTGGAGCAACAGAGTTTCTAAGGCACAACTTTGTAATGTCTCCACC-ACTTAGCCTTCATCATGGGTTCTTGGGGTTTGGCACAGGGTTCTAAAGTGAGTGGACTGAGAGAGAGAGGAG------------GGGGGATGGAGGGAA-------AAAGCGTGAATGAGAAAGTGAGaggtaaagaatgtattgccttttttatgagagcctgggaagttaagctgtatca-ctacactgcattctttttgttgagactactgcgaggcctgccgaaggtcaaggggaggagaca-----cgatgggagcattgtcatggtattggtagtcata i canFam3.chr13 T 8831 C 0 e calJac3.chr3 125341292 12197 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=124484.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 486376 92 + 586476 tCACAAAATCACAACCATTCTAACATTTTGAAG-AAGACAGCAGAAGTTATTAAGCAATTGTAAGATTtataaaatattaaatataat---aaaag- s panTro4.chr4 132411076 92 - 193495092 ccacaaaatcacaacCATTATAACATTTTGAAG-AAGACAGCAGAAGTTATTAAGCAATTGTAAGatttataaaatattaaatataat---aaaat- i panTro4.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122431776 95 - 184069350 TCACAAAATCACAATCAATATAAACTTTTGAAG-AAGACAGCAGAAGTTGTTAAGCTATTGTAAGATTCataaaatattaaaaataataaaaGAAC- i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123999181 92 - 189454096 TCACAAAATCACAATCAATATGAACTTTTGAAG-AAGACAGCAGAAGTTGTTAAGCTATTGTAATATTCATAAAATATTAAAAATAAT---AGAAC- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119100552 92 - 178775436 TCACAAAATCACAATCAATATAACCTTTTGAAG-AAGACAGCAGAAGTTGTTAAGTTATTGTAagattcataaaatattaaaaataaa---ataac- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135649488 92 - 135778131 TCACAAAATCACAATCAATATGAACTTTTGAAG-AAGACAGTAGAAGTTGTTAAGCTATTGTAAGATTCATAAAATATTAAAAATAAT---AGAAC- i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4232161 94 - 63241923 tttcaaaatcaccaTGAATATAATCTTTTGAAGCCAGCCAACAGAGGTTACTAAGCTACTATAAAATTCATGAAATACTGACGTGAAA---AACACG i canFam3.chr13 C 0 C 0 e calJac3.chr3 125341292 12197 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 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hg38.chr4_GL000257v2_alt 486501 317 + 586476 CAGTTCTTGCAA-TTTTT--TAAACATTGTGTTATATTTATCCATAGGTATTTTAAACATGGAACCAGTGTTC-T-------------AAAAAAAAAGCTGCAAAT---GAATGAA----ATAGCATGTGAGAAACCTGATCAATTCAAATTTTTTGAATAACACTAATGAATTAATAAAGAGATGTT-AATTTTTAGAGCT-----TCCTGTATTGATTTTATGTATTTATTTCACAAATTAATTT-TTGAACCTCATAAATAATATATGAAA---ATATTGTAAAAAGTTAAATGCTGCAGAATTCTGTAGAATAAAATCTAAAATTCCCATCCT-TGGATTTATGTGTA s panTro4.chr4 132411201 317 - 193495092 CAGTTCTTGCAA-TTTTT--TAAACATTGTGTTATATTTATCCACAGGTATTTTAAACATGGAACCAGTGTTC-T-------------AAAAAAAAAGCTGCAAAT---GAATGAA----ATAGTATGTGAGAAACCTGATCAATTCAAATTTTTTGAATAACACTAATGAATTAATAAAGAGATGTT-AATTTTTAGAGCT-----TCCTGTATTGATTTTATGTATTTATTTCACAAATTAATTT-TTGAACCTCATAAATAATATATGAAA---ATATTGTAAAAAGTTAAATGCTGCAGAATTCTGTAGAATAAAGTCTAAAATTCCCATCCT-TGGATTTATGTGTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 71888842 286 + 198332218 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s chlSab2.chr7 135649947 49 - 135778131 TTTTTTTTTTTGATGCGAGTTTACATGTATTTTAGGTTATTTCATTGCA i chlSab2.chr7 I 16 C 0 s canFam3.chr13 4232627 38 - 63241923 -------TGTATATAGAAACTTACATACATTTTATTTTATTTC----CA i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119100996 50 - 178775436 M e calJac3.chr3 125341292 12197 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122432217 82259 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=-790.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 486878 13 + 586476 -AGGAAGGC------TTTTT----- s panTro4.chr4 132411573 13 - 193495092 -AGGAAGGC------TTTTT----- i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 71889188 15 + 198332218 -AGCAAGGAA----GACTTT----- i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122514476 12 - 184069350 -AGGAAGAC-------TTTT----- i rheMac3.chr5 I 82259 C 0 s macFas5.chr5 123999702 11 - 189454096 -AGGAAGAC--------TTT----- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135649996 12 - 135778131 -AGGAAGAC-------TTTT----- i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s canFam3.chr13 4232665 25 - 63241923 AAAGAGAGTATCGTGCTTGTATAGT i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119100996 50 - 178775436 M e calJac3.chr3 125341292 12197 + 190850796 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=408025.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 486891 247 + 586476 TTTTCTGGAAACTATTTTTTCTATTTA-GCAGTG-----------------GAATAAACTG--------------TTCCCTACAATGGCTACACTCA-CACATTTGTTGGAGGTATGTGTGTTCATTGACTGGAGCCATTTAAGTGCTGGAGGAAATATTCTGTTCATACATGTGCTTATATGGAAGGATTTCTGCATGACAGGTTTCTAGATGTAGAACTTCAGTTTCAAACTGTATATTGACATTTTATTTTAGAAGGTTATTTCACATTATACTCCC s panTro4.chr4 132411586 247 - 193495092 TTTTCTGGAAACTATTTTTTCTATTTA-GCAGTG-----------------GAATAAACTG--------------TTCTCTGCGATGGCTACACTCA-CACATTTGTTGGAGGTATGTGTGTTCATTGACTGGAGCCATTTAAGTGCTGGAGGAAATATTCTGTTCATACATGTGCTTATATGGAAGGATTTCTGAATGATGGATTTATAGATGTAGAACTTCAGTTTCAAACTGTATATTGACATTTTATTTTAGAAGGTTATTTCACATTATACTCCC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 71889203 224 + 198332218 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chlSab2.chr7 135650008 247 - 135778131 TGTTCTGGAAACTACTTTTTCTATTTA-GCAGTG-----------------GAATAAGCTA--------------TTCTCTGCAATGGCTACACTCA-TACATTTATTGGAACTATATGTGTTCATTGACTGGAGCCAATAGAGTGCTGGAGGAAATATTCTGTTCACACATGTGCTTATGTGGAAGGATTTCTGCATGATAGATTTCTAGATATAGAACTTCAGTTTCAAACTGTATATTGACATTTTATTTCAGAAGATTATTTTGCATTATGCTCCC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125353489 246 + 190850796 TTTTATGGAAATGACTTTTTCTGTTTATTTTATG-----------------GAATAGGCTG--------------TTCTCCACAATGACTACACTC---ACATTTGTAGGAGGAACACGTGTTCATTGACTGCAACTATTTAAGTGTTGGAGAAAATATTATTTTCATATATGTGCTTATATGGAAGGATTTCTGCATGGCAGATTTCTAGATGTAGAATTTCAGTTTCACACTGTATACTTACATTTTATTTTAGAAGGTTATTTTATATTATACTCCC i calJac3.chr3 I 12197 C 0 s canFam3.chr13 4232690 262 - 63241923 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canFam3.chr13 C 0 I 834 e papAnu2.chr5 119100996 50 - 178775436 M e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T e ponAbe2.chr4 71889427 0 + 198332218 I a score=39431.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 487163 48 + 586476 ATAGGTTGCAAA---TCTTTACAGCATTAATTTTCCA-TTG-----TTTCTATTTTC s panTro4.chr4 132411858 48 - 193495092 ATAGGTTGCAAA---TCTTTACAGCATTAATTTTCCA-TTG-----TTTCTATTTTC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122514759 47 - 184069350 ATAGGTTGCAAA---TCTCTATAGCATTAATTT---A-TTGGCA---TTCTCTTTTC i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 123999985 50 - 189454096 ATAGGTTGCAAA---TCTCTATAGCATTAATTT---A-TTGGCATGTTTCTATTTTC i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135650280 50 - 135778131 ATAGATTGCAAA---TCTCTATAGCATTAATTT---A-TTGGCAAGTTTCTATTTAC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125353760 54 + 190850796 ATAGGTTACCAACCTTCTCTATAGCTCTAATTT---ATTTGGCATATTTCCATATTC i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 4232977 834 - 63241923 I e papAnu2.chr5 119100996 50 - 178775436 M e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 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chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125354124 34 + 190850796 ---------------gtgtatatat-----tatatgtacacatatat----------------atTACTA i calJac3.chr3 C 0 n 0 e canFam3.chr13 4232977 834 - 63241923 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T e ponAbe2.chr4 71889427 0 + 198332218 I a score=70171.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 487666 78 + 586476 tatatata-gtgatatgta-----tttaaatCATGACTTAGGCTCAAGAATATTTGTTGTGAGTCTTGGTTACTTATGGGACTT s panTro4.chr4 132412364 78 - 193495092 tatatata-gtgatatata-----tTTAAATCATGCCTTAGGCTCAAGAATATTTGTTGTGAGTCTTGGTTACTTATGGGACTT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124000478 72 - 189454096 -----ata-gtgatatata-----tttaaatCATGCCTTAGGCTCAA-AATATTTGTTGGGAAACTTGTTTAATGATGAGATTT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119101505 78 - 178775436 tatatata-gtgatatata-----tttaaatcatgcCTTAGGCTCAAGAATATTTGTTGGGAAACTTGTTTAATGATGAGACTT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135510131 78 - 135778131 tatatata-gtgatatata-----GTTAAATCATGGCTTAGGCTCAAGAATATTTGTTGGGAGACTTGTTTAATGATGAGACTT 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canFam3.chr13 58911454 7 + 63241923 GGAACTT i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=6039.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 490855 5 + 586476 TGCTT s panTro4.chr4 132415590 5 - 193495092 TGCTT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126604657 5 - 198332218 TTCAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124004600 5 - 189454096 TGCAT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135513429 5 - 135778131 TGCGT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125198523 5 + 190850796 TGCAT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58911461 5 + 63241923 TGCAT i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e rheMac3.chr5 122436189 983 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=583112.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 490860 293 + 586476 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ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122437172 287 - 184069350 CATAACCTTTCTTCCTGGAATAAGCTGAAGTAGTCTCATCTATCAGGTTTTCCAGCTTCAAATCTCAGA------TACAACTAATCACTTTTTCCCTTCTTTCCTTTTCTAGCAAACTTCCAGAAACAAAGCAGACAACATTTCATGATGATAAATATCACAGTTGCCACACAGGCCAGCAGGAACCCAATCACATCCAAAGAGTGGTACTGGAACCAGGTGAGGTCGTGGGCTGCAACCTGAGGGTGCTTGGCTCCTTTATGGTGCCTGATAAATTCAACCCAGAAGACTGC i rheMac3.chr5 I 983 T 68206 s macFas5.chr5 124004605 287 - 189454096 CATAACCTTTCTTGCTGGAATAAACTGAAGAAGTCCCATCTATCTGGTTTCCCAGCTTCAAGACTCAAA------TACAGCTAATCTCTTTATCCCTTCTTTCCAGTTCTAGCAAATTTCCAGAAATAAAACATACAACATTTTATGATGGTAAATATCACAGTTGCCACACAGGCCAGCAGGAACCCAATCACATCCAAAGAGTGGTACTGGAACCAGGTGAGGTCGTGGACTGCAACCCGAGGGTGCTTGGCTCCTTTATGGTGCCTGACAAAGTCAGTCCAGAAGACTGC i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135513434 287 - 135778131 CATAACCTTTCTTGTTGGAATAAACTGAAGAAGTCCCATCTATCTGATTTCTCAGCTTCAAGACTCAAA------TACAGCTAATCTCTTTTCCCCTTCTTTCCAGTTCTAGCAAATTTCCAGAAATAAAACATACAACATTGTATGATGGTAAATGTTACAGTTGCCACACAGGTCAGCAGGAACCCAATCACATCCAAAGAGTGGTACTGGAAACAGGTTAGGTCGTGGGCCGCAACCCAAGGGTGCTTGGCTCCTTTATGGTGACTGAAAAATTCAATCCAGAAGACTGC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125198528 287 + 190850796 CATGACCTTTCTTGTTGAAATAAACTGAAGTAGTCCCATCTATCAGGTTTCCCAGCTTCAAGCTTCAAA------TACAACTAATCTCTTTTTCCCTTCCTTTGAGTTCTAGCACATTTCCAGAAACAAAAGAGACAACATTTTGTGATGATAAATATCACAGCTGCCACGCAGGCCAGGAGGAACCCAATCACATCCAAAGAGTGGTACTGGAACCAGGTGAGGTCGTGGGCTGCGACCCGAAGGTGTTTGGCTCCTTTGTGGCGCATGACAAACTCAATCCAGAAGACTGC i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58911466 284 + 63241923 CATAAC--TCCTTGCTGGCAGAAACCGGAGGAG-CCCGTCTAGGAGGCCGACCAGCTGGAGGCCTCAGA------TACGACTACTCCTTTTTTATCTTCTTCCCAGTTTTTGCGACCTTCCGACAACAAAACAGACAACATTGTGTGGTGACAAATATAGCAGTTGCCACACAGGCCAGCAGAAACCCAATCACATCCAAGGAGTGGTACTGGAACCAGGTGAGGTCATGGGAGGCTGGCCGCAGGTGCTTGGCTCCTTGGTGGCGCATGACATACTCGATCCAGAAGACTGC i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=175593.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 491153 93 + 586476 TCGATCCAGGGGCTTCACTGGTTGATCATGATAAATTCTTGATAACTTTATAATGTTCTCTTTATATCTGAAGGATAAATGTAGAGATACCAA s panTro4.chr4 132415888 93 - 193495092 TCGATCCAGGGGCTTCACTGGTTGATCATGATAAATTCTTGATAACTTTATAATGTTCTCTTTATATCTGAAGGATAAATGTAGAGATACCAA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126604953 93 - 198332218 TCGATCCAGGGGCTTCACTGGTTGATCGTGGTGAATTATTAATATCTTTATAGTGCTCTCTTTATATCTGAAGGATAAATGTAGAGATACCAA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122369253 93 - 184069350 TCGATCCAGGGGCTTCACTGGTTGATCATGTTGAATTCTTGATAATTTCATAACATTCTCTTTATATCTGAAGGATAAAAATAAAGATACCAA i rheMac3.chr5 T 68206 I 68365 s macFas5.chr5 124004892 86 - 189454096 TCAAC-------CTTTACTGGTTGATCATGACAAATTCTTGATAGCTTCATAGTGTTCTCTTTATATCTGAAGGATTAACATAGAGATATCAA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135513721 86 - 135778131 TCAAC-------CTTTACTGGTTGATCATGACAAATTCTTGATAACTTCATAGTGTTCTCTTTATATCTGAAGGATAAACATAGAGATACCAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125198815 93 + 190850796 TCGATCCAGGGGCTTCACTGGTTGATCATGTTGGATTCTTGATAATTTCATAGTGTTCTCTTTATAGCTGAAGGATAAACATAGAGACGCCAA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58911750 93 + 63241923 CCGGTCCAGGGGCTTTATAGGCTGATCGTGGTGAATTCCTGATAACTTCATAGCATTCTCTTTGTACCTAAGGGAGAGACGTAAAGATGCCGA i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=45216.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 491246 36 + 586476 AATTGAAAGTAAGTTAATTTGCTTGAGCATATCAAG----- s panTro4.chr4 132415981 36 - 193495092 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GCCATGTAAGGTTtttatt--------ttacttatttatttatttatttatttatttatttatttacttatttatt--gagatggagtcttaccctgtcgcccgggctggagtgtagtggcgcaatctcggctcactgcaacctccgc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126605082 126 - 198332218 TTCATGTAAGGTTtttatt--------ttacttatttatttatttacttattta------------cttatttatt--gagatggagtcatactctgtctcccaggctggagtgtagtggtgcaatctcggctcactgcaacctccgc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124005014 132 - 189454096 TCCATGTAAGGTTTTTATTttt--attttatttatttatttatttatttattta------------tttatttatt--gaaacagagtctcactctgttgcccaggctggagtgcagcggtgaatgctcagctcaccgcaacctccac i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135513843 115 - 135778131 TCCATATATGGTTTTTATT-------------------ttaactaattaattaa------------ttaattaatt--gaaacagagtcttgctgtgttgcccaggctggagtgcagtggtgcagtctcggctcactacaacctccac i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125198944 135 + 190850796 TCCATGAAAGGTTTTTATGTTTTACATTTATTTATTTATTTGCTTGtttgtttg------------tttgtttgtttagagacacagtctcactgtgttgcccaggcttgagtgcagtggcactatctcagcttgcagtag-ctctgc i calJac3.chr3 C 0 n 0 e canFam3.chr13 58911879 0 + 63241923 C e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e rheMac3.chr5 122369346 68365 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=172555.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 491408 167 + 586476 ctcctt-tggggtcaagagattttcctgcctcagcctcccgagtagctgggattacaggcatacaccaacacacctggctaatttttacatttttagtagag----acggggtttttccctgttagccaggctagtctcaaactcctgacctcaggtgacccatccatctcg s panTro4.chr4 132416155 167 - 193495092 ctcctt-tggggtcaagagattttcctgcctcagcctcccgagtagctgggattacaggcatacaccaacacacctggctattttttacatttttagtagag----acggggtttttccatgttggccaggctagtctcaaactcctgacctcgggtgacccatccatctcg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126605208 167 - 198332218 ctgctt-tggggtcaagagattttcctgcctcagcctctcgagtagctgggattacaggcgcacaccaacacacctggctaatttttacatttttagtagag----acggggtttttccacgttggccaggctggtctcaaactcctgacctcaggtgacccatccatctcg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124005146 171 - 189454096 cacccg-tggtgtcaagaggttttcctgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggctcacgccaccatgcctgactactttttggatttttagtagagagagacagggattttccatgttggccaggctggtctcgaactcctgacctcaggtgatccacccgcctcg i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135513958 171 - 135778131 ctacca-tggtgtcaagaggttttcctgcctcagcctcccgagtagctgggattacaggcacaagacaccatgcctggctactttttggatttttagtagagacaaacagggtttttccatgttggccagagtggtctcaaactcctgacctcaggtgatccacccgcctcg i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125355781 166 + 190850796 ctccttgggggggtaagcaattttcctgcc-cagcctccttcgtagctgggattacaggcacatgccactatgcccagctaatttttgtatttttagtagag----gcagagtttttccatgatggccagggtgatctcgaact-ctggtctcaagtgatccacccctctca i calJac3.chr3 n 0 C 0 e canFam3.chr13 58911879 0 + 63241923 C e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e rheMac3.chr5 122369346 68365 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=68558.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 491575 45 + 586476 gcctcccgaagtgctgggattacaggcgtg-------agccactgcatccag s panTro4.chr4 132416322 45 - 193495092 gcctcccaaagtgctgggattacaggcgtg-------agccactgcatccgg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126605375 45 - 198332218 gcctcccaaagtgctgggattacaggcatg-------aaccactgcatccgg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122437711 52 - 184069350 gccttccaaagtgctgggattataggcgtgagtcactagccactgcgcccgg i rheMac3.chr5 I 68365 C 0 s macFas5.chr5 124005317 45 - 189454096 gcctcccaaagtgctgggattacaggcatg-------agccactgcgcccgg i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135514129 45 - 135778131 gcctcctaaagtgctaggattacaggcatg-------agccactgcgcccag i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125355947 45 + 190850796 gcttcccaaagttctaggattacaggtgtg-------agttatcacatccgc i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58911879 0 + 63241923 C e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=103623.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 491620 55 + 586476 ccCATGAAAGGTTTTT--AAAGTGT----CAAATGATTCAAAGTAAATGTCATAGAATTGA s panTro4.chr4 132416367 55 - 193495092 ccCATGAAAGGTTTTT--AAAGTGT----CAAATGATTCAAAGTAAATGTCATAGAATTGA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126605420 55 - 198332218 ccCATGGAAGGTTTTT--AAAGTGT----CAAATGATTCAAAGTAAATGTCATAGAATTGA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122437763 55 - 184069350 cACATGACAGGTTTTT--AAAGTGA----CAAATGATTCAAAGTAAATGACATATAATTGA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124005362 55 - 189454096 cACATGACAGGTTTTT--AAAGTGA----CAAATGATTCAAAGTACATGACATATAATTGA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135514174 55 - 135778131 cACATGAAAGGTTTTT--AAAGTTC----TAAATGATTCAAAGTAAATGACATATAATTGA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125355992 55 + 190850796 ccCATGAAAGGTTTTC--AAAGTGT----CAAATGATTCAAAGTAAATATCATAGAACTGA i calJac3.chr3 C 0 n 0 s canFam3.chr13 58911879 59 + 63241923 CCCATGAGAGGTCTTTGAAAAGTGCCATACAAATGATTCAAAACAGGTGCCATAGAGTT-- i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=412935.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 491675 283 + 586476 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C 0 s rheMac3.chr5 122437818 276 - 184069350 CATAGAATTTGTGCA-ATTTAGTTTGAGTCATCATAGAAACTTTGGCTTTTACATTGGAATTTTATCACTGACAAAT--TTTATAAAGT-AAAACGTAAAGTCA----GGAAAATTAATTTCTTACAGGCAAAACAAATATAAGCCATTTTATTATTA-TTTTTTTGTTTGTTAATttttagcttttgtgggtatttaccaggtgtatatatttatgggttgcatgagatgttttgatacaggctgcaatgtgaaatgatcacatcatggag-ataaggtat-----cctt i rheMac3.chr5 C 0 I 1 s macFas5.chr5 124005417 282 - 189454096 CATAGAATTTGTGCA-ATTTAGTTTGAGTCATCATAGAAACTTTGGCTTTTACATTGGAATTTTATCACTGACAAAT--TTTATAAAGT-AAAACGTAAAGTCA----GGAAAATTAATTTCTTACAGGCAAAACAAATATAAGCCATTTTATTATTA-TTTTTTTGTTTGTTAATttttagcttttgtgggtatttaccaggtgtatatatttatgggttgcatgagatgttttgatacaggctgcaatgtgaaatgatcacatcatggagaataaggtatctttccctt i macFas5.chr5 C 0 I 1 s chlSab2.chr7 135514229 277 - 135778131 CATAGAATTTGTGCA-ATTTAGTTTGAGTCATCATAGAAACTTTGGCTTTTACATTGGAATTTTATCATTGACAAAT--TTTTTAAAGT-AAAATGGAAAGTCA----GGAAAATTAATTTCTTACAGGAAAAACAAATATAAACCATTTTATTATTA-CTTTTTAGTTTGTTAATttttagtttttgtgggtatttaccaggtatatatatttatgggatgcatgagatgttttgatacaggctgcaatgtgaaatgatcacatcatggagaataaggtat-----cctt i chlSab2.chr7 C 0 I 14 s calJac3.chr3 125199079 280 + 190850796 cACAGAATTTATGCA-ATTTAATTTGAGTCATCATGGAAAC-TGGAATTTTAAATCAGAATTTTATCATTGATAAGTA-TTTTTAAAGTAAAAATGGAAAGTCAGGTGAGAAAACTAATTTCTCTCAAGCAAAGAAAATATGAGTTACtttattattatttttttaatttGTTAACttttaatttt--ggggcacatagtaggtgtatatatttatggattgcatgagatgttttgatacaggctgcaatgtgaaataatcacatcgtggag-ataaggtat-----cctt i calJac3.chr3 n 0 I 1 s canFam3.chr13 58911938 142 + 63241923 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atgaaatgcaagaattctttgcccctccccccacaagatgtgcgacagctgtgtggctcatctgttccattgccatgcacgttcaagccccttacgggagagggagcacgcagacaggcaagtgcaggagcctgggcgagcgcccctggtctctggcgccatggcagcatacaggggtgggagtctgcaactcctgaagcccaagtgggta-tgtgttagtgtactcttttagccttaccatatactgatggcttaagtgttaaccagttcagcatcctgttagtactcaggtccttgtccagcatccaggaagaattaggtcacacatggacttggaggac---------------------aaatgcaggggtttcactgagtggtggaggtggctctcagtgggatgaatggggagctggaatggtgatggagtgggaagatgatcttcctctggagtttggtcatccagcatccaatctcctctcctctccaaccgtcttcagctgaactactctcggcattcagaaattccttctcttctctctgttgcagcattctgccattcttctgctcttctgttcat-----------gccaggtggttggggtttatatgggtacaaaatggggg-gcatggtgggccaaaaggcaacttt--ggacctcaaaaaca-gaatgtttcttctcatttagggccaagagttttcaggcttgcgggtgggacctttgcaggggaaccaaccacttctac i chlSab2.chr7 C 0 I 72410 s calJac3.chr3 125201667 734 + 190850796 gtgaaatgcaagagtttcatggcccc--cttcccaagatgtccaacaggtttgtggctcatctgttcactccccatgcacacacaaacaccttacgggggggggg--------------atgtacaggagcctgggtgagtacccctggcctcttgcctcaaggcagcatccaggggtgggtgtctgcaactcctgaagcccaagtggctagtgttacagggtactcttttaggcttgccctcttctaatggcttaagtgttaaccagttcagtgccctgttagtactcaggtccttgtctggcatttaggaagaatcaggtcgcacatggaattgaaggatgacatgtaaatgtttatgacagaatgcatggcttttatttcgtggtggaggtagctctcagtcagatgtatggggagctcaaatggtaacagagtgggaagatgatcttcccctggagtctggccatccagcgtccaat---ctctctcctccaactgtccctagctgaactactctcactattcagaagctccttctcttctctctaatgcaccattctgccattcttctgctcttctgttcatctccttgtggagccaggggattgcggtttatacaggtacagaattggtggatgtg--ggaccaaaaggcagtttc--ggggctcaaaaacaggaatgtgtgttctcatgtagggccatgagttttcaggcttgaaagtggaaactttgctggggaactgacctcttctac i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58913086 105 + 63241923 I e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=553062.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 493831 377 + 586476 ccagtattttcctgtttcctgtccatgtcatatatagcacaaggtttacatatttatacatatctgttgggcatataattaaaagtagaattgctgagataaaagtgcatgcataATTATCATTCACTTCTTGACTTT--TTTTTTATTTTTAATTCTTTAAACTTTTAAAtttatttttattt------ttatttttttgaaacggaggtttgctcttgttgcccaggcaggagtgtgatggcatgatcttggctcactgcatcctctgcctccgaggttcaagcgatggctcacgcctgtaatcccagcactttgggatgccaaggcgggtggatgatctgaggtcaggaattcgagaccagtctgaccaacacagtgaaacc s panTro4.chr4 132418579 379 - 193495092 ccggtattttcctgtttcctgtccatgtcatatatagcacgaggtttacatatttatacatatctgttgggtatataattaaaagtagaattgctgagataaaagtgcatgcataATTATCATTCACTTCTTGACtttatttttttatttttaattctttaaacttttaaatttatttttattt------ttatttttttgaaacggagttttgctcttgttgcccaggcaggagtgtgatggcatgatcttggctcactgcaccctctgcctcccaggttcaagcgatggctcacgcctgtaatcccagcactttgggatgccaaggcgggtgggtgatctgaggtcaggaattcgagaccagtctgaccaacacggtgaaacc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126607617 379 - 198332218 cgactattttcctgtttcctgtccatgtcatatatagcacgaggtttagatatttatacatatctgttgggtatataattaaaagtagaattgctgagATAAAAGTGCTTGCATAATTATGATTCACTTCTTGACtttatttttttatttttaattttttaaacttttaaatttatttttattt------ttatttttttgaaacggagttttgctcttgttgcccaggcaggtgtgtgatggcatgatcttggctcactgcatcctctgcctcccaggttcaagcgatggctcactcctgtaatcacagcactttgggaggccaaggcaggtggatgatctgaggtcaggaattcgagaccagcctgaccaacacggtgaaacc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122439981 381 - 184069350 ccagtatttttctgtttcctgtccatgtcatatacagcactaggtttccatatgtatacatatctgttgggtgtataattgaaagtagagttgctgagataaaagtgcatgcataATTATAATTCACTTCTTGACTTC-tttttttttttttgaattttt-aatttttaaagttttatttatttatttaatttatttttggaaac--agttttgctcttgttgcccaggcaggagtgtaatggcatgatcttcgctcagtacatcctccaacttctgggttcaagcaatggcttatgcctgtaatcccagtacttaaggtaaccaaggtgggtggatcatccgagggcaagagtttgagttcagcctgaccaacatggtgaaacc i rheMac3.chr5 C 0 I 159 s macFas5.chr5 124007589 382 - 189454096 ccagtattttcctgtttcctgtccatgtcatatacagcactaggtttccatatgtatacatatctgttgggtatataattgaaagtagaattgctgagataaaagtgcatgcataATTACAATTCACTTCTTGACTTTGTGGGGGTTTTTTTGAATTTTT-AATATTTAAACttttatttatttatttaatttatttttggaaac--agttttgctcttgttgcccaggcaggagtgtaatggcatgatcttcgctcactacatcctccaacttctgggttcaagcaatggcttatgcctgtaatcccagtacttaaggtaaccaaggtgggtggatcatccgaggtcaagagtttgagaccagcctgaccaacatggtgaaacc i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135588799 382 - 135778131 ccagtattttcctgtttcctgtccatgtcatatacagcactaggtttccatatgtatacgtatctgttggatatataattgaaagtagaattgctgagataaaagtgcatgcataATTACAATTCACTTCTTGACCTTGTGGGttttttttaaaattttt-aatttttaaacttttatttatttagttaatttatttttggaaac--agttttgctcttgttgcccaggcaggagtgtaatggcatgatcttggctcactgcatcctccaactcctgggttcaagcaatggcttatgcctgtaatcccagtacttagagtaaccaaggtgggtggatcatccgaggtcaagagtttgagaccagcctgaccaacatgatgaaacc i chlSab2.chr7 I 72410 C 0 s calJac3.chr3 125202401 346 + 190850796 ccagtattttcctgtttcctgtccacatcatatatagcactaggtttacatatttatacttatctgttgggtatataattgaaagcagcattgctgagataaaagtgcatgcataATCATGATTTGCTTCTTGACTTT---------------AAtttttaattttttaga-------------------ttttttttttga-----ggttttgctcgtgttgcctaggctggagtgcaatggcatgatcctggttcactgcaaactccgtattccaggttcaagtgatggcttacacctataatcccagcactttgggaggccaatgcaggtggatcacctgaggtcaggagtttgagaccagcccaaccaacatggtgaaacc i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58913086 105 + 63241923 I e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=95124.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 494208 95 + 586476 tcatctctactaaaaatacaaaattggccaggcatggtggtgcatgcttgtattcccagctactcaggagtctgaggtggagCTTTAAA-TTtttt s panTro4.chr4 132418958 95 - 193495092 tcatctctactaaaaatacaaaattggccaggcatggtggtgcatgcttgtattcccagctactcaggagtctgaggTGAAGCTTTAAA-TTtttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126607996 95 - 198332218 tcatctctactaaaaatacaaaattggctaggcatggtggtggatgcttttattcccagctactcaggagtctgaggcagAGCTTTAAA-TTtttt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124007971 94 - 189454096 ctgtttgtaccaaaaatacaaaattggccgggcatggtggtgcatgcttgtaatcccagttactggggaggctgagacacgaC--TAAATTTTTTT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135589181 96 - 135778131 ctctttgtaccaaaaatacaaaattggccgggcatggtggtgcatgcttgtaatcccagttattggggaggctgagacacgaCTTTAAATTTtttt i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125202747 96 + 190850796 ctgtctctactaaaaatacaaaattagttgtgcgtggtgatgcatgcctgtaatcccagctactctggaggctgaggcaggaCTTTAAATTTtttt i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58913086 105 + 63241923 I e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e rheMac3.chr5 122440362 159 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=41865.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 494303 58 + 586476 gaagtgtatatttttaatttccaaaat-taaaagtattttagttatcatt-tttcc-------------------------------------------------------------------------------------aata s panTro4.chr4 132419053 58 - 193495092 gaagtgtatttttttaatttccaaaat-taaaaatattttagttatcatt-tttcc-------------------------------------------------------------------------------------aatc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126608091 142 - 198332218 gaagtatatttttttactttccaaaat-taaaagtatttta-ttatcatt-tttccatctcccttacttccacttagctgaatcgtatactctttatgatattgatcttttcaatttactgagtcttgattnnnnnnnnnnaatC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124008065 56 - 189454096 GAAGTGTGTTTTCTTAATTGCCAAAAT-TAAAGATATTTTAGTTATTTTT-TTAAA-------------------------------------------------------------------------------------AA-- i macFas5.chr5 C 0 I 3 s chlSab2.chr7 135589277 56 - 135778131 gaagtgtgttttcttaatttccaaaat-taaagatattttagttatattt-ttaaa-------------------------------------------------------------------------------------aa-- i chlSab2.chr7 C 0 I 3 s calJac3.chr3 125202843 57 + 190850796 gaagtgtatttt-ttaatttccaaaat-tgaagttattttagttatcatt-tttat-------------------------------------------------------------------------------------aatc i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58913191 59 + 63241923 gaagtatattgc-tgaatttccaaaatgtagagaggttttagttgtctttcttttt-------------------------------------------------------------------------------------gatg i canFam3.chr13 I 105 C 0 e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e rheMac3.chr5 122440362 159 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=106677.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 494361 67 + 586476 ----tcccttacttccacttaggctgaatcatttactctttatgatattgaatcttttcaaatttactgag s panTro4.chr4 132419111 67 - 193495092 ----tcccttacttccacttaggctgaatcatttactctttatgatattgaatcttttcaaatttactgag i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126608233 67 - 198332218 ----TCTcttacttccacttaggctgaatcgtatactctttatgatatcgattcttttcaaatttactgag i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122440521 67 - 184069350 ----TCCCTTTCTTCCATTAAGTCTGGATCatatattgtttatgatattgaatcttttcaaatttactgag i rheMac3.chr5 I 159 C 0 s macFas5.chr5 124008124 67 - 189454096 ----TCCCTTTCTTCCATTAAGTCTGGATCATATATTGTTTATGATATTGAATCTTTTCAAATTTACTGAG i macFas5.chr5 I 3 C 0 s chlSab2.chr7 135589336 67 - 135778131 ----tccctttcttccattaaggctggatcatatattgtttatgatattgaatcttttcaaatttactgag i chlSab2.chr7 I 3 C 0 s calJac3.chr3 125202900 67 + 190850796 ----tcctttacttccactcaggctggattatatagactttattatattgaatctttttatatttactgag i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58913250 67 + 63241923 attctaagtgaatcccagtagagctgaacagtgtgctcttgatgat-ttatatttttcaaaattcctt--- i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119103705 0 - 178775436 C e nomLeu3.chr9 64630223 15744 - 118206036 T a score=8144.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 494428 3 + 586476 tct s panTro4.chr4 132419178 3 - 193495092 tct i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126608300 3 - 198332218 tct i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122440588 3 - 184069350 tct i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124008191 3 - 189454096 TCT i macFas5.chr5 C 0 I 76940 s papAnu2.chr5 119103705 3 - 178775436 TCT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s 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gtgttgggaacaggccccccaaagtctggccacaaactggccccaaaactggccataaacaaaatctctgcagcactctgacatgttcatgatggccataacgcccacactggaaggtcgtgggtttacaggaatgagggcaaggaacacctggcccacccaaggcagaaaactgcttaaaggcattcttaagccacaaacaatagcatgagcaatctgtgccttaaggacatgctcctgctgcagttaactaacccaacctgttcctttattttggcccatcccttcatttccgataagggatgcttttagttaatcctgtttcccataagggatacttttagttaattgaatatttatagatacaatgctaatgcctggcttgctgttcataaatacgtgggtaattctctgtttggggctctcagctctgatggctgtgagacccctgatttcccactttacacctctatatttctgtgtgtgtgtgtctttaattcctctagcaccactgggttagggtatccccgacctagctggtctcggc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58916652 0 + 63241923 C e papAnu2.chr5 119107478 0 - 178775436 C e calJac3.chr3 125206801 0 + 190850796 C e chlSab2.chr7 135595180 0 - 135778131 C e macFas5.chr5 124088908 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122522096 0 - 184069350 C e nomLeu3.chr9 53416430 0 + 118206036 C a score=3575.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 498740 3 + 586476 aca s panTro4.chr4 132423476 3 - 193495092 aca i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126612652 3 - 198332218 ata i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124088908 3 - 189454096 aca i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119107478 3 - 178775436 aca i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125206801 3 + 190850796 aca i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58916652 0 + 63241923 C e chlSab2.chr7 135595180 0 - 135778131 C e rheMac3.chr5 122522096 0 - 184069350 C e nomLeu3.chr9 53416430 0 + 118206036 C a score=5922.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 498743 3 + 586476 cat s panTro4.chr4 132423479 3 - 193495092 cat i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126612655 3 - 198332218 cat i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124088911 3 - 189454096 cat i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119107481 3 - 178775436 cat i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135595180 3 - 135778131 cat i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125206804 3 + 190850796 cat i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58916652 0 + 63241923 C e rheMac3.chr5 122522096 0 - 184069350 C e nomLeu3.chr9 53416430 0 + 118206036 C a score=467592.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 498746 229 + 586476 ggaaacagagcagggaacaacatacactggggtgtattggaggctgcagggcaggaggagagagaagatcatgtaaaataactaatgggtactggtcttaatgccagggtgagaaaacaatctgtaaaacaaaccctcatgacacaagtttatctatgtaacaaagctgcacctgtac------------------ccctgaactta-----aatgttaaaaaataaaaT-----TAATTTTAAACACataa---ttcta s panTro4.chr4 132423482 237 - 193495092 ggaaacagagcagggaacaacatacactggggtgtattggaggctgcagggcaggaggagagagaagatcatgtaaaataactaatgggtactggtcttaatgccagggtgagaaaacaatctgtaaaacaaaccctcatgacacaagtttatctatgtaacaaagctgcacctgtac------------------ccctgaactta-----aaagttaaaaaataaaataaatttaattttaaacacataaaaattcta i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126612658 237 - 198332218 ggaaacagagcaggcaacaacatacactggggtgtattggaggctgcagggcaggaggagagagaagatgatgtaaaataactaatgggtactggtcttaatgccagggtgatgaaacaatctgtaaaacaaacccgcatgacacaagtttatctatgtaacaaagctgcacatgtac------------------ccctgaactta-----aaagttaaaaaataaaataaatttaattttaaacacataaaaattcta i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122522096 260 - 184069350 ggaaacatagcagggaacaacatacactggggtgtattggagggtggagggcaggaggagagagaagatctggtaaaataactaatgggtactgatcttaatgtctggatgattaaacaatctgtgaaacaaacccccatgacacaaatttatctatgtaagaaacctacacctatatgcgtacctgttcctgtaggcctgaacttaaaatgaaagttaaaaaataaaataaatttaattttaaaCACATAAAAATTCTA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124088914 242 - 189454096 ggaaacatagtggggaacaacatacactggggtgtattggagggtggagggcaggaggagagagaagatcaggtaaaataactaatgggtactgatcttaatgtctggatgattaaacaatctgtgaaacaaacccccatgacacaaatttatctatgtaagaaacctacacctatat------------------gcctaaacttaaaatgaaagttaaaaaataaaaTAAATTTAATTCTAAACATATAAAAATTCTA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119107484 241 - 178775436 ggaaacatacTGGGTAAAACCATACACTGGGGtgtattggagggtggagggcaggagaagagagaagatcaggtaaaataactaatggatactgaTCTTAATGCCTGGATGATTAAACAATCTATaaaacaaacctccatgacacaaatttatCTATGTAAGAAACCTACACCTGTAT------------------gcctgaacttaaaatgaaagttaaaaaat-aaataaatttaattttaaacatataaaaattcta i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135595183 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taaataGTCATTATAATTCTAGTGAGAAAAAGTAGTAATAATCTAGTAACAACCTA---TATTGTTTA-----TTTTATGTATTT-ATACTAGTTTTCATCTTCCAAATTAAGTATTAATTTATT--CATTTTTT-AGTAACATGGCAAGTAGTTCATGTATTTCTGCTTG---------------TCTGTAAG---TTATATTAGAGTCTGGTGTCCTCTGATTGATAAAAATGCAA--GTTGATAAAATAAGCTACTTATAAGA-----------------AATAAATTAATGCTACAAAGG---------TAGCATGTATAACTTCTTTGGAATTATGAATTATCAAACACTACTTCCAGGAGAAATTTCAAGGGACAATTTTTGAGACAAATTCAGA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53416430 316 + 118206036 TAGCCATTCATTATAATTCTCATGTAAAGAAGTGGTAACTAATTAGTGATGACCCA---TA-CATTTA-----TTTTATGTGTTT-ATTCTAGCTGTCATCTTCCAAATTTAATATTAATTT------ATTTTTT-AATGATATGAGAAG-----------ACTTTATCAG---------------TTTATTAGTT-TGACAT--------------CTTTGATTTACAAAAAAAAAGACATCTATAAAATCAGCTACATTTGAGA-----------------AGTAAATTAACGCTATGTACA---------TAGTGTGTATAACTTCTTTCACATTACAATTTGTCCTGCTCTACTT-CAAGAAAAATTTCAAATGTCATTTATTGACACAAATTCAGA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122522381 333 - 184069350 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ttaatagtctTTATAATTCTAGTGAGAATAAGTAGTAACAATTTAGTACTGaccta---ta-tgtttatttt-ttgtatgtgttttataCTAGTTTTCATCTTccacattaaatattaatttatt--catttttt-agtaACATAGGAAGTAGTTCATGTAATTCTGCTTG---------------TCTGTAACTTATTATACTAGAGTTTTGTGTTCTTTGACGGACAAAAAAGCAA--GTTGATAAAATAAGCTAATTGTAAGA-----------------AGTAAATCAATGCTACAAAGG---------GAGCATGTATAA---CTTTCAAATTACAAATTATCAAGCACTACTTCAAGGAAAAATTTCAAGGGACAATTTCT-AGACAAATTTAGA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135595449 351 - 135778131 AAAATAGTCATTATAATTCTAGTGAGAATAAGCAGTAACAATTTAGTAATGACCTATATTA-TGATTATTTTGTTTTATGTATTTCATACTAGTTTTCATCATCCACATTGAATATTAATTTATT--CATTTTTTAAGTAACATAGGAAGTATTTCATGTAATTCTACTTG---------------TCTATAAGTTATTATATTAGAGTTTTGTGTCCTTT----GACAAAAAAGCTA--GTTGATAAAATAAACTAATTGTAAGA-----------------AATAAATTAATGCTACAAAGG---------GAGTATGTATAACTTCTTTCAAATTACAAATTATCAAGCACTACTTCGAGGAGAAATTTCAAGGGACAATTTCTGAGACAAATTCAGA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125207057 344 + 190850796 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taggtatttaatatattttgaattttttgacaGGTAATTAATAGACCTTTGTTCATTCAGGGttgaaaaaaggtttattttattccttaaaatagGTAATACTTTCCATTGTCTGCAcgttttgcatttctttgtttaaattttgaGATTTAAAGAAACACCCACATCTCCCAGTCTTTATGTCCTGGCTTATAGTAGGGGAAGACCTTCATCAATCACCCCAGCTAGAGATGCTGAGAGCTTTGCAAACCATTCCAAGAGCTGTATCCTCTCCGGGCT-----------------------------------TTTGAATGTAATTACCAAGTTAAatagggttttttgtttatttgtttgttttcaagattttgtaatattttgcgTCAGCTGATGTCATTCTGTAGTAACAATGCAGCTCTTCTGGTAAGGCCCAATGCTGCCACACTGCCTTTATTCCCAGGCTTTCAAAGGCTGGGATTTCTATAAGTGATTTAAGTTCAGTGACAGAAATCAGACCCTTGGGACGTCCCCTGAGGAGCCAGAGCATTAGAAGACATTCCACTCTTCTTTCACTTCTGTGGGAAAAGTTATGactaaaga---tttttttcct-atcgTGTAATGCTGTATTGTCTAGAGAAGGATCTATTGAGAGGATATGGTACAACATTTctt-agatattaaaataaaattcttcttgGCTTTGCTCTTTTCTGGGGTGCTGCAACCTTTTCACCAGTTTCTGGGATTATCACCGTGAAAATTTGGTCTATATGATGTTGTTAAGTCTCTTTCTGCGTGGGGGAACACGGACAGGGCATTCCTACTCTGCCacctttaaaa-atcaattttgccACCACACCATGTGCAAATTTTAAAGACGGTGTGATGAAAATATGGGAATTTGCTCTTATTTGTTAGGTCTAGAAGTGAGATTCTaggtaattattaaaaattccCTTGAGATTTCCTTCATTTGCAataattgatataattttaaaaac-aaaagatgatGTTACCAGAAGATTTCTGAAACACGATGAGATCAAATAGCCTTGATTTAGTGACTTTATATCATTTATTTGACCCTTGTCGGATACTTagaatatgttatttaatttatacactttaaaatttaaaacacacacatataggaTTGTAATGTAATTTGCATCTCATCACACTATGCTCAACTTAAAGTGAACATGTTCCAAAGGTTTGTTAATAGATTAATAGTCCAAAATTTAGAATATCTGTGCTGGGAGCTTCTTACAGGAATGAGAGAACAAACCTCGGCAGGCTCCTGGTAATAAAGTGCTGGTTAAGATAGAACATATTACAACAGTAAGGCCAGTTGGATTCTAATTGCAACTGATCTCAAAAGGCAATGCCAGATTGATGAAGGAGAGTCTTATGAGCAACAGCTCTTGAGAGGCAGAGTGTCCCACGTACAATGAATGTCTAACCTAAAAAGCCCCAGAGTGTTAGCAGGCTCAACTCCAGAAATAGCTTCCTACCTGTCACAGCATGTTAATCAGTTGCTGTGTTTAATTACAGAGAAAAGATGAGGCTTAAGACAGATATAATCAGCTTTTCTTAGATTATGATAATATtgtaaaagtcaaaaaacatatTGGTGTAAAACcttaagaaactttaaaaacagagtaaataa-ttttatttgcatttaattatatacatagacaagaaaaatacttatatgcatttttatatcatcctttaaaaattgaaattaatttataGATATACCTTATCAACATCTgtaagaatttcaaaattttcaaaaaaccGGTTGAgccaatttgtttatttaataaatcaagtccttatatt-aaattataaataggCATATCACTAAGATTATATGacagtaaa-aaaatgaaaaaattaacatatttgcTT-ATTAGTGTAATGATTATTaaactatatttaattttgtgtagagctttatgtatcaaaatatttaatacataatatTGTTTGTTAAGCAGGTTTTCTAATACCTTAAACTTTTACCATGTAAGCAATTATTTGATGAATTTGCAATTCTTAAAGATTGAGACTGAAAAGCAGTTTACTGATCTTACTTTCAGAGCAAGCATC----TCTTTTTCTACAGGAAATTATACTTTTGATTATAGAGATTAGAATTATGAGTattcatcatttttaaataatagacatTTAAATCTTCTTTATTAAGTATACTATCAAACAAATTTTATAAACTCAATAATT i papAnu2.chr5 C 0 I 1 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125209038 89779 + 190850796 I a score=-2385.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 505060 2 + 586476 AT s panTro4.chr4 132429456 2 - 193495092 AT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126619240 2 - 198332218 AA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53448374 2 + 118206036 AA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124144230 1 - 189454096 A- i macFas5.chr5 I 1 I 323 s papAnu2.chr5 119157136 1 - 178775436 A- i papAnu2.chr5 I 1 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125209038 89779 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122576211 358 - 184069350 I a score=-293.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 505062 1 + 586476 C s panTro4.chr4 132429458 1 - 193495092 C i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126619242 1 - 198332218 A i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53448376 1 + 118206036 A i nomLeu3.chr9 C 0 I 347 s macFas5.chr5 124144554 1 - 189454096 c i macFas5.chr5 I 323 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e papAnu2.chr5 119157137 0 - 178775436 C e calJac3.chr3 125209038 89779 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122576211 358 - 184069350 I a score=-124.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 505063 3 + 586476 -ACC s panTro4.chr4 132429459 3 - 193495092 -ACC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126619243 3 - 198332218 -ACC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53448724 3 + 118206036 -ACC i nomLeu3.chr9 I 347 C 0 s macFas5.chr5 124144555 3 - 189454096 aac- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119157137 3 - 178775436 AAC- i papAnu2.chr5 C 0 I 314 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125209038 89779 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122576211 358 - 184069350 I a score=24926.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 505066 30 + 586476 ACATATTTCAAATAGTTACTAATCCCAAAA s panTro4.chr4 132429462 30 - 193495092 ATATATTTCAAATGGTTACTAATCCCCAAA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126619246 29 - 198332218 ATATATTTCAAATGGTTACTTATCCC-AAA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53448727 29 + 118206036 ATATATTCTTAAAGGTTACTTAACTC-AAA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124144558 30 - 189454096 atatatttctaatGGTTACTTATCCCATCA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119157454 30 - 178775436 atatatttctaatggTTACTGATCCCAACA i papAnu2.chr5 I 314 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125209038 89779 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122576211 358 - 184069350 I a score=1112992.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 505096 665 + 586476 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ATAATCTGTTCACCTTGAATATCTTAATAACATTTTCTGTATGTGAGGAAAAAA-TAGTTTCTTTTGTTATTTGAGGGCAATAATGAGAACGGTC-TTTTTATCATCAAGAAAACAGAAAAAA-TATTGGTTGAGTGATGGCAGAAATGTAGGCCATGACATCTAGATGAGGTCTATGGAAATACAGCAAACTTTTCCAAGTGTAATGCCGTGTCATCATTATTAGCAACTTATTTTCTGAGATCACTGATGCTGGGTATGTAGAAGGGCTTATTTAAATTGAAAAATAAACATCATTATGTTTCTCATAGCCAGCTAATCTCATAGAACACTTACCTGATTTGTGTGGTTTACTGA-----ATTTTGTGAATTTTACGTTTTTTACTTCTTTATACCCATGTGTTTGGGCACACACCAGGAATCAGCATATTGTATGTCACCCTATCACTTAAGGTTATAGAAGTAATGACATCATGAAAACAGTCATATCAGAAATAGGAAAATTTAGATGTATTCATGTCCTTGTGTCACAAAGTGAGAGAAGAGAGTAAAGACACCTAGGAAAATACAACGAAAGAATGAGATATACTCACAACTTCATGATCGTGGAATTCTAGGCTAC-------------ATAGCTAAGATAAAATAACAGAATAGATAATATGAAAATAGCAAG-------GT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53448756 664 + 118206036 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ATAATCTGCTCACCTTGAATATCTTACTGACATTTTCTCCATGTGAGAAAAAAA-TAGTTTATTTTATTGTTTGAGGGCAATAATGAGAATGATCTTTTTTATCATCAAGAAAACACAAAAAA-TATTGGTTGAGTGATGGCAGAAATATAGGGCATGA---CAAGATGTGGTCTATGGAAATATAGCAAACTTTTCCAAGTGTAATGCTGTATCATCATT-TTAGCAATTCATTTTCTGAGATCACTGATACTGGGTATGGAGAAGGGCTTATTTAAATTGAAAAAGAAACATCATTATGTTTCTCATAGCAAGCTAATCTCATAGAACACTTACCTGGTTTGTGTGGTTTACTGatttttttttttttaattttaCATGTTTTACTTCTTTACATCCATGTGTTCGGGCACACACCAGGAATCAGCATATTGCATGTCACCCTATCACTTAGGGTTATAGAAGTAATGTTTTTTT-----TAGTAATATCAGAAATAGGAAAATTTAGATGTATTCATGTCCTTGTGTCACAAAGTGAGAGAAGAGAGTAAAGACACCTAGGAAAATACAATGAAAGAATAAGATATGCTCATTACTTCATGATCGTGGAATTCTAGGCTTCCATAGGCTTATCTCTAGCTAAGATAAAATATCAGAATAGATAATATGAAAATAGAAAGGTAACGTGT i rheMac3.chr5 I 358 C 0 s macFas5.chr5 124144588 672 - 189454096 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rheMac3.chr5 122577399 199 - 184069350 CAGTTGCCACACAGGCCAGAAGGAATGCAATCACATCTATAGAGTGGTGCTGGAACCAGTTGAGGTCGTGGGCAGCTGATCGCAGGTGCTTGGCTCCTTTGTGGCGCATGACAAACTCGATCCAGAAGACTGCTCGATCCAGGGGCTTTACACTTTGATCGTGGTGAATTCTTGATAATCTCATAGCATTCTCTTTATA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124145410 199 - 189454096 CAGTTGCCACACAGGCCAGAAGGAATGCAATCACATCTATAGAGTGGTGCTGGAACCAGTTGAGGTCGTGGGCAGCTGATCGCAGGTGCTTGGCTCCTTTGTGGCGCATGACAAACTCGATCCAGAAGACTGCTCGATCCAGGGGCTTTACACTTTGATCATGGTGAATTCTTGATAATCTCATAGCATTCTCTTTATA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119158298 199 - 178775436 CAGTTGCCACACAGGCCAGAAGGAATGCAATCACATCTATAGAGTGGTGCTGGAACCAGTTGAGGTTGTGGGCAGCTGATCGCAGGTGCTTGGCTCCTTTGTGGCGCATGACAAACTCGATCCAGAAGACTGCTCTATCCAGGGGCTTTACactttgatcatggtgaattctTGATAATCTCATAGCATTCTGTTTATA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135604477 199 - 135778131 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- 189454096 ACTGGAAGGCAAAAACAC-CATA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119158497 23 - 178775436 ACTGGAAGGCAAAAACACACATA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125299175 23 + 190850796 TCTGCGGGGTAAAAATAAAGATA i calJac3.chr3 C 0 I 7466 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e chlSab2.chr7 135604676 3775 - 135778131 I a score=721935.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 506133 420 + 586476 GAACTTAGAAAGTTGTAGTTTTGTTTTCATAAAAGACAGGTAGATAAACCGTAGTATATGTTATGCAAGCCAAGAACATGTTCAGTAAAAGATTGATTCTGGTTGTGACATGAATATTGTTGGTTACATAGTATTAAACAGATATAGTGGAGAGACTG--AAAGAGTATATTCTTAACAAAATGGGGTAAAATTAAGATGTGAATAAAAGCTTAGTAAGCCAGTTGTTAACTTAAACCTAATATTTCCATGAAGAAAGTTTGACACTCTATGAACTACAATTTCCACAACTATTCCAGTAACAAGGTGATGAATGACTCAATATTGTGGAGTAAAATCCCTCAACATGTCTACCAGGATGATATTTAACATTTTCTGGTATAATGTATAACATAGTCAATGTTAGATCAGTCTGTACAAGCA s panTro4.chr4 132430528 420 - 193495092 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rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124149313 150 - 189454096 TGTTTTCATGGTAATGATAAGTCTTCCCCAGACAGGAAAACAACAGCATGGAAGAGATTTAGCTCTAGTGCACTATTTAGGTTCTGCTATCAACTATAACCTCTCCTCAGAGGAGAAAGAATCCTTAGGGCACTGATTCAGCTCTGATat i macFas5.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I a score=514572.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 509965 322 + 586476 TAAGCAGTACACACTTAACACCACTGCATATCACCTTAaaaagctgaatcaggtggttatctttttaaatatgtagacatcaatataaagagcaagtattgtt------------aaaaaaaaactgggaagtatg-acatctctaaaataaaccaataaaatttcaataatgcaccaaaagttttgaaaatgcttaaatatccgacatcaaattcacaat-aatctctttgacaagttcaggaatcacataaactataaataa-aaaaac--a----aaagaaacttggaaaataatgcaatcataatattagagaattgaggaagaaatcagaataataaa s panTro4.chr4 132434357 323 - 193495092 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taaatagtaaagttttaacaccactgcataacaccttaaaaagctgaatcagatggctatctttttaaacatgcagatattaatgtaaagagcaagcattgttaaacaacagcaacaaaaaaagctgggaaatatgaacatctccaaaagaacccaatcaagtttcaataatgcaccaaaagatttgaagatgcttaaatatctgacaacaaattcacaataaatctctttgacaagttcagtaatcacataaactgtaaacaa-aaaact--aagctaaataaacttggaaaataatgcagacacaatattaggcatttgagaaagaaatcataataaaaaa i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119162447 340 - 178775436 taaatagtAAAGTTTTAACACCACTGCATAACACCTTAAAAAGCTGAATCAGATGGCTATCTTTTTAAACATGCAGATATTAATGTAAAGAGCAAGCATtgttaaacaacagcaacaaaaaaagctGGGAAATATGAACATCTCCAAAAGAACCCAATCAAGTTTCAATAATGCACCAAAAGATTTGAAGATGCTTAAATATCTGACAACAAATTCACAATAAATCTCTTTGACAAGTTCAGCAATCACATAAACTGTAAACAA-AAAACT--AAGCTAAATAAACTTGGAAAATAATGCAGACACAATACTAGGCATTTGAGAaagaaatcataataataaa i papAnu2.chr5 N 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I a score=933.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 510287 2 + 586476 ga s panTro4.chr4 132434680 2 - 193495092 ga i panTro4.chr4 C 0 C 0 s 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s panTro4.chr4 132434686 2195 - 193495092 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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53456245 2732 + 118206036 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i nomLeu3.chr9 C 0 I 15691 s papAnu2.chr5 119175442 2726 - 178775436 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i papAnu2.chr5 I 12653 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I e macFas5.chr5 124149809 14460 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122581809 15859 - 184069350 I a score=559925.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 515395 1150 + 586476 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s panTro4.chr4 132440178 1140 - 193495092 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126629327 1149 - 198332218 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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119178168 1259 - 178775436 gcctcagaaataacaccacacatctctaaccatgtgatctttgacaaatctgacaaaaccaagaaatggagaaaggatgccctatttaataaatggtgttgggaaaatacactagtcatatgtagaaagctgaaaatggatcccttcttacaccttatacaaaaattaatttaagatggattaaaggcttaaatgttagacctaaaaccatacaaatcctagaggaaaacctaggttataccattcagaacataggaatgggcaagggcttcatgactaaaacactgaaagcaatggtaacaaaagccaaaatagacaaatgacgtctaattaaaccaaagagcttctgcacagcaatagaaactaccatcagagttaa-agacaacctacagaatgggagaaaatttttgcaatctacccatctgacaaagggctaatatccagaatctacaatgaacttaaacaaatttatgggaaaaaaaaacagacaactccatcaaaaagtgggcaaaggatatgaaaagacgtttctcaaaagaagacatttatgaagccaacagacacatgaaaaaatgttcatcattgctggtcatcagagaaatgcaaaccaaaaccacaatgagatactatcgcATGTGAGTTataatggtgatcattaaaaagtcaggaaacaacagatgctggagaggatgtggagaaataggaacgcttttccactgttggtgggaatgtaaattagtccagccattGTGgtagacagtgtggagattcctcaaggatttagaactagaaataccatttgatccagtgatccaattactgggaatatacccaaagggttataaatcatgctactataaagacacatgcacgcatatgttaattgcagcactattcacaataataaagacttggaaccaacccatatgtccaccaatgatagactagataaagaaaatgtggcacatatacaccatggaatactatgcagccataaataaggatgagttcatgtccttttgagggacatggatgaagctgaaaaccatcattctcagcaaactatttcaagaaaagaaaaccaaacattgcatgttctcactcataggtggtaattgaaataggtgggaattgaacaatgagaacacttggacacaggaaggggaacatcacacactgggggaaaaaatggcactactagaaaacagtatggaggtttctcaaaaaatattaaaaatagaattaacagGGTAGGGAAT i papAnu2.chr5 C 0 I 24 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I e macFas5.chr5 124149809 14460 - 189454096 I e rheMac3.chr5 122581809 15859 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 53458977 15691 + 118206036 I a score=127476.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 516545 192 + 586476 atcacacacctggcctgttgggggttgggtggctggtggagggatagcattagg-agaaatacctaatgt-aatgatgagttgatgcatgcagcaaaccaaaatggcacatgtatacctatgtaactgacctgcacatcctgcacatgtacccttgaacttaaagtatTTTATATATATATAAAACTTAAAGTA s panTro4.chr4 132441318 192 - 193495092 atcacacacctggcctgttgggggctgggtggctggtggagggatagcattagg-agaaatacctaatgt-aatgatgagttgatgcgtgcagcaaaccaaaatggcacatgtatacctatgtaactgacctgcacatcctgcacatgtacccttgaacttaaagtatTTTATATATATATAAAACTTAAAGTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126630476 193 - 198332218 atcacacacctggcctgttgggggctgggtggctggcggagggatagcattagg-agaaatacctaatgtaaatgacgagttgatgcgtgcagcaaaccaatatcgcacatgtatacctatgtaactgacctgcacatcctgcacatgtagccttgaacttaaagtatTTTATATATatataatacttaaagta i ponAbe2.chr4 C 0 I 1790 s macFas5.chr5 124164269 180 - 189454096 atcacacatctggcctgttgttggctggggagctgggggagggatagccttagg-aaaaacacgtaatgtaaatgacaagttgatgcatacagtaaacgaacatggaatatgtgtacctatgtaacaaacacgcacatcatgtacatttaccttagaacttaaaggattatatatatagat------------- i macFas5.chr5 I 14460 C 0 s papAnu2.chr5 119179451 181 - 178775436 atcacacacctggcctgttgttcgctggggagctgggggagggatagccttAGGAAAAAACacataatgtaaatgacaagttgatgcatacagcaaaccaacatggaatatgtgtacctatgtaacaaacatgcacatcaTGTACATTTTCCTTAGAACTTAAAGGATTATATATATAGAT------------- i papAnu2.chr5 I 24 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122581809 15859 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 53458977 15691 + 118206036 I a score=729122.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 516737 1611 + 586476 TTGtatatatataatataca--------------------------catatatacatatata-------------taatatacacatatatacatatatataatatatatataCACACACACATATATAGCATAGATATCa---ccaaaacagtatggcagtggcatgaaaacagatacatacaccaatactatatagaatagagatccacaaaataaatttatgcatttactgctgccatagtatggatatttgagccctccacacttcatgttaaaatttgatccccaatattgggggtagaatctaacagaatgtgcctttgtcatggaagcagatccctcatgaatagattaatcccctgcctgggaggcgaatttttactctattagttcccagaagagctagttgttttacaaaacctggcactccctcacatcccctctttatggtttcctctcttgtcatgagacctttgcatataccagctcatgtttgccttctaccacaagtggaagcatcttgagaaccttaccagaggccaagcagaagtcagtgctgtgcttcttgtacagtatgcagaactatcattcaaataattctatttgatatataaatttgctagtctcatgtgttcctctataacaacacaaatggaGGAATATAGcagctaactgacttttgacaaaggtgccaagaacacataatagaaaaaaggcaacctcttcactaaatggtgctaggaaaactgcatatccacatgc--agaaaatgaaactagacctctatccctcaccatatacaaagtaagtaaaaatgaattacaaagttaaatataaggccaaacattatacaactactagaagaaactgtaggaggaatgatttgtgacattggtctaggcaagga--tttttttggataggacttcagaagcacagccaacaaaaggaaaagtagataaacgggttatatcaaagcattgagcttgtgcagagaaaatgaagcaaacaacagggtgaagagacaattcacaacatgaaaaatatttgcaaactatgaatctgacaataagttaccatctcaaatatacatagaagtcacatcagtcaataaaaataaattactaatttgattaaaaaataagcaaaagacctgaatagacacttctcaaaagaagactatcagtgactaagaagtataattacaaaatgctcaaaatcactaatcatcagggaaatgcaaatcaaaactacaatgagatatcacatcacccctgttatggctattatcaaaagg-----caaaaataacaagtgctagaaagtatgcagagaaagaagatcttttataaactgttgagggaaatgcaaattagtacaattagtaaggaaaacggtatggtagttcctcaaaaaatgaaaatagaactaccatattatacagcatttccattactgggtgtatatttaaataaactaagaagtcatagagatatctgtccttctatgtttacatcaacattattcatatacccaagggatgaatcaacc--taaacatccattaatgaagaaatacataaagaaaatatggaaaaaatatacaT--ATATATAT--GTCCATTCCATTGGATATATATACACACATTTGAAAATATCTCTCTCTC s panTro4.chr4 132441510 1651 - 193495092 TtatatatataatatatacatatataatatatacatatataatatacatatatacatatataatatatacatatataatatacacatatatacatatatataatgtatatataCACACACACatatatagcatagctatcatcaccaaaacagtatggcagtggcatgaaaacagatacatacaccaatgctatatagagtagagatccacaaaataaatttatgcatttactgctgccatagtatggatatttgagccctccacacttcatgttaaaatttgatccccaatattgggggtagaatctaacagaatgtgcctttgtcatggaagcagatccctcatgaatagattaatcccctgcctgggaggcgaatttttactctattagttcccagaagagctagttgttttacaaaacctggcactccctcacatcccctctttatggtttcctctcttgtcatgtgacctttgcatataccagctcatgtttgccttctaccacaagtggaagcatcttgagaaccttac-agaggccaagcagaagtcagtgctgtgcttcttgtacagtatgcagaactatcattcaaataattctatttgatagataaatttgctagtctcatgtattcctctataacaacacaaatggaGGAATATAGcagctaactgacttttgacaaaggtgccaagaacacataatagaaaaaaggcaacctctttgcta---ggtgctaggaaaactgcatatccacatgc--agaaaatgaaactagacctctatccctcaccatatacaaagtaagtaaaaatgaattacaaagttaaatataaggccaaacattatacaactactagaagaaactgtaggaggaatgatttgtgacattggtctaggcaagga--tttttttggataggacttcagaagcacagccaacaaaaggaaaagtagataaatgggttatatcaaagcattgagcttgtgcagagaaaatgaagcaaacaacagggtgaagagacaattcacaacacgaaaaatatttgcaaactatgaatctgacaatgagttactatctcaaatatacatagaagtcacatcagtcaataaaaataaattactaatttgattaaaaaataagcaaaagacctgaatagacatttctcaaaagaagactatcagtgactaagaagtataattacaaaatgctcagaatcactaatcatcagggaaatgcaaatcaaaactacaatgagatatcacatcacccctgttatggctattatcaaaagg-----caaaaataacaagtgctagcaagtatgcagagaaagaagatcttttataaactgttgagggaaatgcaacttagtacaattagtaaggaaaacagtatggtaattcctcaaaaaatgaaaatagaactaccatattatacagcatttccattactgggtgtatatttaaataaactaagaagtcatagagatatctgtccttctatgtttacatcaacattattcatatacccaagggatgaatcaact--taaacatccattaatgaagaaatacataaagaaaatatggAAAAAatttacat--atatatatatgtccattccattggatatatatacacacatttgaaaatatctctctctc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124164449 1521 - 189454096 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtcatca---tcaaaacggtatggcagtgtcaggaaaacagatacatagaccaatgctatatagaatagagatccacaaaataaatttatgcatttactgctatcatagtatggatagttgagcccttcacacttcatgttaaaatttgatcccccatattgggggtagaacctaacagaatgtgcttgtgtcatggaagcatatccctcatgaatagattaatcccctgcctgggaggggtatgtt-----tattagttcttataagagctagttgtttagcaaaacttagcactctcccacatcccctctttgtggactcatctcttgtcatgtaacctttgcatataccacctcttgtttgccttctacctcaagtggaagcatcctgagaaccttgccagaggccaagcagaagtcagttctgtgcttcttgtacagtatgcagaactatgattcagataattctatttgctatatacattttctagtctcatgtattcctttataacaacacaaatggaggaagatagcagctaattgacttttgacaaaggtgccaagaacacataatggaaaaaagacaacctcttcactaagtggtgctaggaaaactgcatatccacatgcaaaaaaaatgaaactagacccctttctctcaccgtatacaaagtaagtaaaaatgaattacaaatttaaaagtaagaccaaacattatacaattactagaagaaactataggaggaatgatttgtgacattggtctaggcaatgatttttttttggataggatttcacaagcacagtcaacaaaagcaaaactatataaatgggttatatcaaagtattgagcttgcgcagagaaaatgaagcaaacaatagagtgaagagacaatccacaacacgaaaaaaatttgcaaactatgaatctgacaatgagttactatctcaaatatacatagaagtaacatcagtcaataaaaataaattactaatttgattaaaaaataagtaaaatacctgaatagacatttctcaaaagaagactctcagtgactaagaagtat-attgcaaaatgctcaaaatcactaattatcagggaaatgcaaatcaaaactaaaatgagatatcacaacatctttgttatggttattaacaaaaagacaaacaaaaa-aacaagtgttagcaagtatgcagagaaacaggatcttttgt-aagtgttgaggaaaatgcaaattattacaatcagtaaggaaaacggtatggtagttcctcaaaaattgaaaataaaactaccatatgatacagcatttccattactgggtatatatataaataaactaaaaagtcatagagatagctgtctttctatgtttacatcaccattattcatatacccaaggaatgagtcaacctataaacatcctttaatgaagaaatacataaagaaaatatggaaaaaatatatac--ataTATATGTGTCCATTCCATTGGatatatatatgcttgtttgaatatatatatatttt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119179632 1522 - 178775436 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTCATCA---TCAAAATGGTATGGCAGTGTCatgaaaacagatacatagaccaatgctATATAGAATagagatccacaaaataaatttatgcaTTTACTGCTATCATAGTATGGATAGTTGAGCCCTCCAcacttcatgttaaaatttgatccccCATATTGGGGGTAGAACCTAACAGAATGTGCTTGTGTCATGGAAGcatatccctcatgaatagattaatcccCTGCCTGGGAGGGGTATGTT-----TATTAGTTCTTATAAGAGCTAGTTGTTTAGCAAAACTTGGCACTCCCCCACATCCCCTCTTTGTGGACTCATCTCTTGTCATGTGACCTTTGCATATACCACCTCTTGTTTGCCTTCTACCTCAAGTGGAAGCATCCTGAGAACCTTGCCAGAGGCCAAGCAGAAGTAAGTTCTGTGCTTCTTGTACAGTGTGCAGAACTATGATTCAAATAATTCTATTTGCTGTATAGATTTTATAGTCTCatgtattcctttataacaacacaaatgGAGGAAGATAGAAGCTAATTGacttttgacaaaagtgccaagaacacataATAGTAAAAAGACAACCTCTTCACTAAGTGATGCTAGGAAAACtgcatatccacatgc--aaaaaatgaaactagacccctttctctcaccatatacaaagtaagtaaaaatgaattacaaatttaaaagtaagacCAAACATTATACAATTACTAGAAGAAACTATAGGAGGAATGATTTGTGACATTGGTCtaggcagtgatttttttttggatAGGACTTCAGAAGCACagccaacaaaagcaaaagtatatAAATGGGTTATATCAAAGTATTGAGCTTGCATAGAGAAAATGAAGCAAacaatagagtgaagagacaatccacaacacgaaaaaaatttgcaaactatgaatCTGACAATGAGTTACTATCTCAAATATACATAGAAGTAACAtcagtcaataaaaataaattactaatttgattaaaaaataagtaaaatacctgaatagacatttctcaaaagaagactctCAGTGATTAAGAAGTAT-ATTgcaaaatgctcaaaatcactaattatcagggaaatgcaaatcaaaactaaaatgagatatcaCAACATCTTTGTTATGGctattaacaaaaagacaaacaaaaa-aacaagtgttaGCAAGTATGCAGAGAAACAGGATCTTTTATAAAGTGttgaggaaaatgcaaattattacaATTAGTAAGGAAAACGgtatggtagttcctcaaaaattgaaaataaaactaccatatgatacagcatttccattactgggtatatatataaataaactaaaaagtcATAGAGATAGCTGTCTTTCTATGTTTACATCACCATTATTCATATACCCAAGGAATGAGTCAACCTATAAACATCCTTTAATgaagaaatacataaagaaaatatggaaaaaatacatacatatatatatgtgtccattccattggatatatatatgcttgtttgaatatatatatatttt i papAnu2.chr5 C 0 I 68 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122581809 15859 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 53458977 15691 + 118206036 I e ponAbe2.chr4 126630669 1790 - 198332218 I a score=-4078.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 518348 8 + 586476 ------------------------------TCTCTCTC---------------------------------- s panTro4.chr4 132443161 8 - 193495092 ------------------------------tctctata---------------------------------- i panTro4.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124165970 72 - 189454096 caatggaatgaatatatatatataattgaatatatatattcaatggaattaatatacatataattgaatata i macFas5.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e papAnu2.chr5 119181154 68 - 178775436 I e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122581809 15859 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 53458977 15691 + 118206036 I e ponAbe2.chr4 126630669 1790 - 198332218 I a score=2661.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 518356 6 + 586476 TCTATA s panTro4.chr4 132443169 6 - 193495092 tatata i panTro4.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124166042 6 - 189454096 tatata i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119181222 6 - 178775436 tatata i papAnu2.chr5 I 68 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122581809 15859 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 53458977 15691 + 118206036 I e ponAbe2.chr4 126630669 1790 - 198332218 I a score=127254.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 518362 176 + 586476 TATATATATGCAATGAAATGGATATGTATATTGTGTGTGTTTATATGTATAGATATATATTTCTATTCCATTATATATATAT--ATCCATTCCATTAGATATATATAAGCTTTATTTCTATTATATATTAACTTTTTT-ATAGCTCAATAGCATTCCACTGGAGatatatatatatata s panTro4.chr4 132443175 174 - 193495092 tatatatattcaatgaaatggatatgtatattgtgtgtgtttatatgtatagatatatatttctattccattatatatatat----CCATTCCATTAGATATATATAAGCTTTATTTCTATTATATATTAACTTTTTT-ATAGCTCAATAGCATTCCACTGGAGatatatatatatata i panTro4.chr4 C 0 I 135 s ponAbe2.chr4 126632459 175 - 198332218 tatatatattcaatgaaatggatatatatattgtgtgtgttcatatgtatagatatatatttctattccattatatatatatatatCCATTCCATTAGATATATATAAGCTTTATTTCTATTATATATTAGCTTTTTT-ATAGCTCAAAAGCATTCCACTGGATATATATTTTTTT--- i ponAbe2.chr4 I 1790 C 0 s macFas5.chr5 124166048 178 - 189454096 cacatatatccaatggaatggatatatgtattatgtgtgtttttctgtatagctatatatatcaattccattatatatatatatatccattccattagatatatataagtgctatttctattatatataAGCTTTTTTAATAGCTCAATAGCATTCCACTGGAGAGAGAGATATATAT- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119181228 178 - 178775436 tacatatattcaatggaatggatatatgtattatgtgtgtttttctgtatagctatatatatcaattccattatatatatatatatccattccattagatatatataagtgctatttctattatatataagctttttttataGCTCAATAGCATTCCActggagagagatatatatat- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122581809 15859 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 53458977 15691 + 118206036 I a score=26723.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 518538 65 + 586476 tatatatatatatatatataCATTTTCCAATGTTT----ATAtatatccatttcattaaatatatattg s panTro4.chr4 132443484 65 - 193495092 tatatatatatatatatatacatTTTCCAATGTTT----ATAtatatccatttcattaaacatatattg i panTro4.chr4 I 135 C 0 s ponAbe2.chr4 126632634 45 - 198332218 ----------------------TTTTCCAATGTGT--ACATAtatatccatttcattagatatatattg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124166226 46 - 189454096 ---------------------TTTTTCCaatgtgtgtatatatatatccatttcattaaatatatat-- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119181406 46 - 178775436 ---------------------tttttccaatgtgtgtgtatatatatccatttcattaaatatatat-- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122581809 15859 - 184069350 I e nomLeu3.chr9 53458977 15691 + 118206036 I a score=290051.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 518603 239 + 586476 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GAAAATaaagaatgaaatcctgtcatttgtagaaacatgaatgaacctccagggcataatgttaactgaaataatccaggcgcagatagcatggtatcccttatatgtggaatcaaaaaatttattcataatagaattagagagtagaattgtggttactagaggttgaagagatagtagggagggcactgagaaatggtggatcaatgaatacaacgttataatttggaagaatatgt i nomLeu3.chr9 I 15691 C 0 s macFas5.chr5 124166272 236 - 189454096 ---ataaaagaatgaaattttgtcatttgtagaaatatgaatcaacctgccgagcataatgttaactgaaataatccaggcagagatagcatggtatcccttatatgtggaatcagaaaaattaatcataatggaagtagagagtagaattgtggttactagagggtgaagagatagtagggagggcaatgagaaatggtggatcaagggattcaaagttataatttggaagaatgtgt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119181452 236 - 178775436 ---ataaaagaatgaaattttgtcatttgtagAAATATGAATCAACCTGCCGAGCATAATGTTAACTGAAATAATCCAGGCAGAGATAGTATGGTATCCCTTATATGTGGaatcaaaaaaattaatcataatggaagtagagagtagaattgtggttactAGAGGGTGAAGAGATAATAGGGAGGGCAATGAGAAATGGTGGATCAAGGGATTCAAAGTTATAATTTGGAAGAATGTGT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122581809 15859 - 184069350 I a score=582880.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 518842 344 + 586476 tctgttattatattaagttgttgggtaactatagttaatagtaatgtattacatatttcaagatagccagaaaggaggtttttgaatgttatcaccacaaagaaatgataaatatttagatgatgggtttat----tatcttgatgtaattattacacaacatttaaatgtattgtaataccacagcatttctcttaaacatgtgcaattattacatgtcaaattt------aaaaaataaaaATAAATATTTAGTGTAAGACAGCCCTAAAATATATCTCAATTAAACTTGTAAAATTATCAGCACAAAAGCTTTTACCTAATAAATTATTACTGTATGGATCTAACTTTTT-T s panTro4.chr4 132443788 344 - 193495092 tctgttattatattaagttgttgggtaactatagttaatagtaatgtattacatatttcaagatagccagaaaggaggtttttgaatgttatcaccacaaagaaatgataaatatttagatgatgggtttat----tatcttgatgtaattattacacaacatttaaatgtattgcaataccacagcatttctcttaaacatgtgcaattattacatgtcaaattt------aaaaaataaaaATAAATATTTAGTGTAAGACAGCCCTAAAATATATCTCAATTAAACTTGTAAAATTATCAGCACAAAAGCTTTTACCTAATAAATTATTACTGTATGAATCTAACTTTTT-T i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126632918 349 - 198332218 tctgttattatattaagttgttgggtaactataattaatagtaatgtattacatatttcaagatagccagaaaggaggtttttgaatgttatcaccacaaagaaatgataaatatttagatgatggttttatgaaatatcttgatgtaattattatacaacatataaatgtattgcaataccacagcatttctcttaaacatgtgcaattattacatgtgaaattt------aaaaaataaaaATAAACATTTAGTGTAAGACAGCCCTAAAATATATGTCAATTAAACTTGTAAAATTATCAGCACAAAAGCTTTTACCTAATAAATTATTACTGTATGGATCTAACTTTTTAA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53474907 345 + 118206036 tctgttattatattaagttgttgggtaactatagttaatagtaatgtattacatatttcaagatagccagaaaggagg-ttttgaatgttatcaccacaaagaaatgataaatatttatatgatgggtttattaagtatcttgatgtaattagtatacaacatttaaatgtattgcaataccacagcatttctcttaaac--gtgcaattattacacgtcaaattt------aaaaaataaaaATAAATATTTAGTGTAAGATAGCCCTAAAATATATCTCAATTAAACTTGTAAAATTATCAGCACAAAAGCTTTTACTTAATAAATTATTACTGTATGGATCTAACttttt-t i nomLeu3.chr9 C 0 I 305 s rheMac3.chr5 122597668 353 - 184069350 TCTGTTATTATTTTAAGTTgttgggtaactatagttaatagtgatgtattacatatttcaagatagttagaaagcaagtttctgaatgttatcaccacaaagaaatgataagtatttagatgatgggtttattaagtatcttgatatcgttattatacaatgtataaatgtattgcaataacacagcatttcttttaaacacgtgcagttattacatgtcaaattttaaaaagaaaaAGAAAAAGAAATATTTAGTGTAAGACAGCCCTAAACTGTGTCTCAATTAAACTTGTAAAATTATCAGCACGAAAGCTTTTACCTAATAAATTAATACTGTATGGATCCAACTTTTT-- i rheMac3.chr5 I 15859 C 0 s macFas5.chr5 124166508 353 - 189454096 tctgttattatattaagttgttgggtaactatagttaatagtgatgtattacatatttcaagatagttagaaagcaagtttctgaatgttatcaccacaaagaaatgataagtatttagatgatgggtttattaagtatcttgatatcattattatacaatgtataaatgtattgcaataccacagcatttcttttaaacacgtgcagttattacatgtcaaattttaaaaagaaaaAGAAAAAGAAATATTTAGTGTAAGACAGCCCTAAACTGTGTCTCAATTAAACTTGTAAAATTATCAGCACGAAAGCTTTTACCTAATAAATTAATACTGTATGGATCCAACTTTTT-- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119181688 344 - 178775436 TCTGTTATTACATTAAGTTGTtgggtaactatagttaatagtGATGTATTACATATTTCAAGATAGTTAGAAAGCAAGTTTTTGAATGttatcaccacaaagaaatgataagtatttAGATGATGGGTTTATTAAGTATCTTGATATCATTATTATACAATGTATAAATGTATTGCAATACCACAGCATTTCTTTTAAACATGTGCAGTTATTACatgtc---------aaagaaaaagaaaaagaaatatttagtgTAAGACAGCCCTAAACTGTGTCTCAATTAAACTTGTAAAATTATCAGCACGAAAGCTTTTACCTAATAAATTAATACTGTATGgatccaacttttt-- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I a score=1261242.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 519186 741 + 586476 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panTro4.chr4 132444873 47 - 193495092 ccccattggaaacccacctaggtagcaccctggatcccagttaacat i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53476308 47 + 118206036 ccccattggaaacccacctaggtaacaccctggatcccagttaacat i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122598780 47 - 184069350 ccccactggaaacccacgtaggtaacaccctggatcccagtaaacat i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124167620 47 - 189454096 ccccactggaaacccacgtaggtaacaccctggatcccagtaaacat i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119182793 47 - 178775436 CCCCACTGGAAACCCACGTAGGTAACACCCTGGATCCCAGTAAACAT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 125313243 2402 + 190850796 I e ponAbe2.chr4 126634011 2410 - 198332218 I a score=2349897.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 519974 1347 + 586476 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i ponAbe2.chr4 I 2410 C 0 s nomLeu3.chr9 53476355 1441 + 118206036 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i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122598827 1344 - 184069350 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i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124167667 1344 - 189454096 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TACCTTAGGTAGAGGGTTGGCAGGTTTGCAGTGGAGTCCTCCAACATAGTCAATATTTGGTAAAAGTGGGTGAGGAAATTGAAAGTTCCAGGACTTCCGAATAAGCCAAAAGTCAGCTTTCCCCACTGTCTCCAATAATGAAGTGGGTCTTCCTGATAGTAATAAAGAAAAGAAAA- i calJac3.chr3 I 2402 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T a score=1179.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 521493 1 + 586476 A s ponAbe2.chr4 126637936 1 - 198332218 A i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53477968 1 + 118206036 A i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122600343 1 - 184069350 A i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124169183 1 - 189454096 a i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119184356 1 - 178775436 a i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125315821 1 + 190850796 G i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e panTro4.chr4 132446438 271 - 193495092 I a score=18928.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 521494 8 + 586476 ATGAATTA s panTro4.chr4 132446709 8 - 193495092 ATGAATTA i panTro4.chr4 I 271 C 0 s ponAbe2.chr4 126637937 8 - 198332218 ATGAATTA i ponAbe2.chr4 C 0 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panTro4.chr4 132446835 138 - 193495092 ATGAAATAATAACGaggaaaa--atgaaagaaaggaaagaggaaggaaggacagagaaagaaaggagggaaagatgaaaggaatgaaggaaggaaggatcgagggagggaaggatgtatagaaggaaggaaggaagtaaa i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126638062 78 - 198332218 ATGAAATAATaaagaagaaaa-----aaagaaaggaaaaaagaaggaaggacagagaaagaaaggagggaa----------------ggagggaaggaT----------------------------------------- i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53478095 131 + 118206036 atgaaataataaagaagaaag-----caagaaaggaaaaaagaaggaaggacagagaaagaaaggagagagggaagtaaggaa----ggaaggaaggagggagggagggagggagggagggagggacagaaggatggaaa i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122600469 107 - 184069350 TTGAAATAATACAGAAGAAAAAaaagaaagaaaggaaaaaagaaagaa-gacaaagaaagaaaggaggaaagaaaggaaggaa----ggaaggaaggaaggaaggaaggaag---------------------------- i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124169309 135 - 189454096 TTGAAATAATACagaagaaaaaaaagaaagaaaggaaaaaagaaagaa-gacaaagaaagaaagGAGGAaaggaaggaaggaa----ggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaag i macFas5.chr5 C 0 I 333 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e papAnu2.chr5 119184482 1260 - 178775436 I e calJac3.chr3 125315830 1543 + 190850796 I a score=6876.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 521754 12 + 586476 gaaggaaggaag s panTro4.chr4 132446973 12 - 193495092 gaaggaaggaag i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53478226 12 + 118206036 gaaggaaggaag i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124169777 12 - 189454096 gaaggaaggaag i macFas5.chr5 I 333 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e papAnu2.chr5 119184482 1260 - 178775436 I e calJac3.chr3 125315830 1543 + 190850796 I e rheMac3.chr5 122600576 0 - 184069350 C e ponAbe2.chr4 126638140 0 - 198332218 C a score=4463803.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 521766 2667 + 586476 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s panTro4.chr4 132446985 2689 - 193495092 gaaggaagtaaagaaggaagg----aaggaaggaaaaaaggaCGGATGGTTATATTTAAGTGTATTTTCACAACTT------AAAGACACAAATCCAAAATGCAAATGAATTTATTACTCAGTTTTT-CCTCTGCAAGTGAATTGCAGATGATAAATGAGTACCACAATATCTTCACCAAATAACATCTCTGTATTTTCTAATCTATAGTCAGGGGTATATCTTTCAATAATCCCACCAGGATCAGTTCCCTTTATCTTGCTGTATTGCATATCATTACTTTAATTAATAGGCTACTGTTTTATTAGGAGAAATTCCTTTACTGATTCTTACCCATGACAATATTCTTTTTGGGTTGTGAAGCACCTATGTACATGCTATGATAATCATACACTTACTTTAGTGTTTCTCTCAAATGATGTGTTTTGAAGGAAAACACATTTTCAAGATTTAATTTTAGGTTTTTAATCAGAAGAATGGCTAACTACAAATAACTAAGTAATTAGTATCTCTTTACAAAAACATATTTT-CAAGTGATAAAAAGAT-AAACTCCATAAGAGAATTTGTTTCTCTTTAAAATTCTAATC-AAAGTTGGTGGTGTTATACACCATAGTGTGGAGAGCCTC-TTTTTAAGGTCATCACATTTTAATGTTTGAAGTTTTTTCCTAGGTCATAAATCCAAACGCCTTGAATTTGATAGTGAATAAATTTTACTGAAGATACTCAGTTTGAAGTTATCAGAAATTAGAATAGAGCCTTCTCTCAGCTTCCAAGCAAATGCATTTATGTCCTATAGATTTGTTGTTTTCTGTGCCTCACATGCTGCCTGCATTATCAACTTGTAGGTAATATTAATTAATATGATATTTGGTCTCATTTAAGAAAGACTCAGTTTTAAACAATTGGAGTCATTCAATGTTTAAAGGATAAATACACAGTAACAAGGATAAAGATGATCAAAGGAAAGAAAATTAAATTTGCTTTTTATACTAATA-AAATAATTTCACATCTTATTTGAAATGCCATAcacacatatcttggagatattgcaagataagttgcagttcatctcaataaaaggaatatgccaataaagtgtttcacacaaatttgggtcccaggacatataaaagttatgttaaccataccttgtaggctattagctgtgcaatatcatcacgtttaaaaagcaatgcacataccttagttaaaagtatggctaaaaagtgctaataataagctgagtcttcagcaagtgaggtttt--------ttatttt--tattttttctggtgtagggtcttgcctcagtgttgattactgttgattgatcagggcggctggacaa-tttttaaaattagacaacaatgaagattgttacatgaattgactcctcttttcatgaaagatttctctgtagcatatgatgatgtttcacagcagtttacccatagtagaatttctttcaaaatttgagtccattctctcaaaccttgatgctgccttatctactaattttgtgtaatattctaagtcatttgtagccatttcaacaatgttcatagcattttcactcagagaagattccaactcacaaaaccaatttctgtgttcatctataaaaagcaactgtttaaaaagcacctcctcaccggttttacaggttttagttttatcatgatattatagcaatttagacaaaccttcaggcccacttataattctatttcttttttcatgaccaccccatccccagtaaattcttcacatgatgtcttcaatccctcaaaatcatccaggagagttagaatcaaattttttccaaactcttgttaatgttaatatgttgacttcctctcatgaaccatgaatgttcttaatggaatctagaatgaaaaatccttttgaaaaggttttcaatatac-tttccccattagtaagagctatagccttacaaaatataattcttacataagacttgaaagtcaaggctatatgatccatggcatgtaagatggaggtaatgatagcaagcagtca---aacattaatatctgtacgtcttaatcagagccctttggtgaccatgtgaattgtcaatgagcagcaatattttgaaaggaatcc--------------tcttttttgagcaataggtctcaacagtgtgcttaaaatattcaataagccatgtcat-ataccgatgtgatatcatccaggctttgttgttccattgatataacacaggcaaagtagatttaacataattattaagagtactc-tataattattacaaaaagtaaatgggcattggctttacctttgtcatcagctgcattagccactacaagagattcagcctgtttttttgtagcttcaaagaaaagcattgacttctcttctctagctatgaaagttttaaatggcatcttcttccagcagaaggctgttaggtctacattgaaaatcatttgtttactgtagccacatttactgagtatattagctaagtcttctgcatgacttcctattgcttcacattgaacttttgcatcatgtaggcagtttattcctgtaaacctcattagtcaacctctactagcttcagtc-ttttttcagcaccttcctctcctctctgaggcttcatgcaattgaatagttaacgctttactatgtattagtttttagctaatgccaaaacctaaggtgatgttgtggttggttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126638140 2656 - 198332218 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i ponAbe2.chr4 C 0 M 375 s nomLeu3.chr9 53478238 2693 + 118206036 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nomLeu3.chr9 53480984 958 + 118206036 attggagtgcagtggagcaatcatagctcactgcagccttggacttcaaacttctgggctcaagccattctcccacctgagcctcccaagttactgggattacagatatgaatcactgaagctggctagctaatttgattttctctccagacaactaaaacttactccatatcagcactgataatggttatttgttcttatcatttgtatgtacactggagtagcacttttaatttcctccaaatacttttcttttgcattcacatcttgtttaactgtttggtgcaatggtgtagtttttggcctgtcccaggctttttttgttgctatagaggaataactgaggctgtctaatttgtaaaagaaaaagatttttacgtggcttacaattcttcagggtatacaagagg--------catggcaccaacatctgcatcttgtgaagacctctggtttcctccactcattgcagaagatgttgggagccagcaagtgtagggatcagataatgagaga-gaagcaagaaaaagaaggtggatgttcctggctctttttaataattatctctcctgggacctaacagagtgagaactgactcacccttttccccagggagaacattaatgtactcataaggaatctaccctcatgaacctaacacctcccatcaatccacacctccaatattggtgatcgaatttcaacacaggattttgtagggtcaagcaaaccatatctaaactatagtactcgttaaacttattcctttctaccttttggtttaaatggagagacctgctacttttcttttcactggaacatttagaagcccttgtatgtgatattactgtgtctcagggaatagggaggcctg---agaagtgggatggggaaacgaatcagtggagcagttagtacatgcacaacatttataattaagtttgctgtcttatatcagaacagatca i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122603320 969 - 184069350 gttggagtgcaggggagcaatcatagctcactgcagccttggacttcaaacttctgggctcaagccattctcccacctgagcctcccaagtcactaggatttcagatatgaatcactgcagctagctagctaatttgattttctctccagacaactaaaactttctccatatctgcagtgataatgtttgtttattcttatcatttgtatgtatgctagagtagcacttttagtttcctccaaaaacttttcctttgcattcacatcctgtttaactgtttagtgcaatggtataggttttggcctgtctcagtcctttt-tgttgctataaaggaataactgagcctgtctaatttgtaaaacaagaaggtttttatttggatcacaattcttcaggttatacaagaaacatggcaccatggcaccaacatctgcatctggtgaagacctctggtttcctccattcattgcagaagatgttgggagccagtaagtgcagtgatcagaaaatgagagattaagcaagagaaagagggtggatgttcctggctctttttaataattatctttcctagtacctaatagagtgagaacttactcacccttttccccagggagagcattaatgtactcataagggatctactctaattacccaaacatctcccatcaatgcccacctccattattggtgatcgaatttcaacacaggattttgtagagacaagcaaactctatctaaactatagtactcgttaaacttattcctttctacattttgatttatattgagagaactgctagttttcctctcactggaacatgtagaagtcgttttatgttatattactgtgtctcagggaatagggaggcctgagaagaagtgggatggggaaacaaatcagtgaagcagttagtacatgctcaacatttgtaattaagtttgcagtcttatacggaaagaaacca i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124172530 969 - 189454096 gttggagtgcaggggagcaatcatagctcactgcagccttggacttcaaacttctgggctcaagccattctcccacctgaccctcccaagtcactaggatttcagatatgaatcactgcagctagctagctaatttgattttctctccagacaactaaaactttctccatatctgcagtgataatgtttgtttattcttatcatttgtatgtatgctagagtagcacttttagtttcctccaaaaacttttcctttgcattcacatcctgtttaactgtttagtgcaatggtataggttttggcctgtctcagtcctttt-tgttgctataaaggaataactgagcctgtctaatttgtaaaacaagaaggtttttatttggatcacaattcttcaggatatacaagaaacatggcaccatggcaccaacatctgcatctggtgaagacctctggtttcctccattcattgcagaagatgttgggagtcagtgagtgcagtgatcagaaaatgagagattaagcaagagaaagagggtggatgttcctggctctttttaataattatctctcctagtacctaatagagtgagaacttactcacccttttccccagggagagcattaatgtactcaaaagggatctactctaattacccaaacatctcccatcaatgcccacctccattattggtgatcgaatttcaacacaggattttgtagagacaagcaaactctatctaaactacagtactcgttaaacttattcctttctacattttgatttaaattgagagaactgctagttttcctctcactggaacatgtagaagtcgttttacgttatattactgtgtctcagggaatagggaggcctgagaagaagtgggatggggaaacaaatcagtgaagcagttagtacatgctcaacatttataattaagtttgcagtcttatacggaaagaaacca i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119188527 969 - 178775436 gttggagtgcagtggagcaatcatagctcactgcagccttggacttcaaacttctgggctcaagccattctcccacctgagcctcccaagtcactaggattacagatatgaatCACTGCAGCTAGCTAGCTAATTTGATTTTCTCTCCAGAcaactaaaactttctccatatctgcagtgataatgtttatttattcttatCATTTGTATGTACGCTAGAGTAGCACTTTTAGTTTCCTccaaaaacttttcctttgcattcacatcCTGTTTAACTGTTTGGTGCAATGGTATAGGTTTTGGCCTGTCTCAGTCCTTTt-tgttgttataaaggaataaCTGAGCCTGTCTAATTTGTAAAACAAGAAGGTTTTTATTTGGATCACAATTCTTCAGGATATACAAGAAACATGGCaccatggcaccaacatctgcatCTGGTGAAGACCTCTGGTTTCCTCCACTCATTGCAGAAGATGTTGGGAGCCAGTAAGTGCAGTGATCAGAAAATGAGAgattaagcaagagaaagagggtGGATGTTCCTGGCTCTTTTTAATAATTATCTCTCCTAGTacctaatagagtgagaacttactcaccCTTTTCCCCAGGGAGAGCATTAATGTACTCATAAGGGATCTACTCTAATTacccaaacatctcccatcaATGCCCACCTCCATTATTGGTGATCGAATTTCAACACAGGATTTTGTAGAGACAAGCAAACTCTATCTAAACTATAGTACTCGTTAAACTTATTCCTTTCTACATTTTGATTTAAATTGAGAGAACTGCTAGTTTTCCTCTCACTGGAACATGTAGAAGTCATTGTATGTTATATtactgtgtctcagggaatagggaggcctgagaagAAGTGGGATGGGGAAACAAATCAGTGAAGCAGTTAGTACATGCTCAACATTTATAATTAAGCTTGCAGTCTTATACGGAAAGAAACCA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126642595 1132 - 198332218 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s panTro4.chr4 132464049 1041 - 193495092 ttcagtaaaaatgggaattg---------------------------------------------------aagaaagaaaagctgtgcttcaggaaaataatatagcacacctgttgttagattt--gtcttgtctattatttttgag-tttttaatattttatacactgtgcacttaatcctgaattttttcttggttataagtcccaaaactaatgcttgcaaattatattttaattctttttctgacttggcctcaataaaattgttactacatcttttctgaggccttgattctttgtaatacagatgagaaaaaagcatgtgaaattgatactaccttcctcctctttaaataaaaatcctttaagtctaatgtatagagaaattgtgccaaacattaaccttttgtttttctgctgtctctacataaatgccttt-attaaatatctgttttctttcatagatacagaagcttagcttatcttcaatgttgcctccttaaacagatacgagaaacatttgtttaactgaactcatctagtctcaggactagaacactgactaaaaagatataggatgatatatttaagtttgctcttcttatttaactgaatctgtcttTGTAAAAA----------cctatagtctattgttcacttaagtgctgtactagaactgtgggtgagaatattaacatctttgttatacaaccatgagtacatgcagatagctg----catagcagtgatttccctcctatttccctgggactaaatccttaactatgctcctatcagcaggaagaaaccagattgattttcacgc-ttttttatctctatgtccacaaacttaagaataagatgtatgaaagccaaaagAGATATTAAAATCACCTTTGCAAAAATTATATCAGTGtgtaaccaagcagcttagcttcaaaccacatttaaaaaacttt---atttcctctttctctccagtctcaagacacagctttgcaacaatcaacagatgtgtattctttcatcttgaaatagagcatgagaatgtgctttaaaactccactctcctttcccactttaagctcccatgccttctgcaca-ttaa i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126655078 1046 - 198332218 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i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124193533 1061 - 189454096 tttagtaaaaatgggaattg---------------------------------------------------aagaaaggaaaattatgtttcagaaaaataatatagcacacctgttgttagattctagttctgtctattatttttgag-attttattattttctgcaatgtggacttaatcctgatttctttcttggttacaagtcccaaaagtaatgcctgcaaattatattttaattctttttctgacttggttgcaataaaattgttactacatcttttctgaggctttggttctttgtaatacaggtgagagaaaagcttgtggaattgatattaccttactcctctataaataaaaatcctttaagtctaatgtatagaaaaattgtgctcaacattaaccttttgtttttctttggtctctacataactgcctttcattaaacatatgttttctttcctacatacagaggcttagctcatcttcaatgctgccttcttaaacagatatgggaaacatctgtttaactgaactcatctggtctcaggactagaacactgactaaatagatataggatgatgtatttaagtttgctcttgttgtttaactgagtctgtctttctAAAACTGAGTGACTTTCtatagtc-actgttcacgtaagtgctgtactagaactgtgggtgagaatattaacatatttgttatacactcatgaggacatgcagatagctagcttcacagcagtggtttccctcctatttccctgggactaactccttacctatgcttctgtcaggaggaagaagccaaattggttttaaccctttttttatctctatattcacaaacttaagaataagatatatgaaagccaaaagAGATATCAATATCACCTTTGCAAAAATTGTATCAGTTtgtaaccaagcagcttaggttaaaacaatattttaaaaacttttttatttcctctttctctccagtctcaagacatagctttgaggcagtctacggatgtgtgttctttcatcttgaaatacagcattagaatgtgctttaaaactccactctcctttcccactttaagctcccatgtcttatgcacattta- i macFas5.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e papAnu2.chr5 119198643 16206 - 178775436 I e calJac3.chr3 125318114 41947 + 190850796 T e nomLeu3.chr9 53494875 0 + 118206036 C a score=1435730.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 539429 1221 + 586476 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s panTro4.chr4 132465090 1205 - 193495092 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126656124 1203 - 198332218 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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53494875 1182 + 118206036 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i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122627217 3426 - 184069350 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rheMac3.chr5 122632046 932 - 184069350 ----GTAAGAGAGAGA----AAAAAATTATTAGAGTTAAAATTTATTTTTGTAACATGAGGGGTTAGACTATGACCCAGCATCAGCAGTGCTCTTAAAATGTGCGTTGAAATAAGTATAGCACCTGTAGCAGG-GTTAGATCATTCATATTCCAAATTTTATGTAAGTGATTCTTTTCAGTCTGAATATATATCTTAGTTTGACAGAATATTGAGAC-TTTTTATTTTATACACATGTTATAGATTTAATTTTGAGAAAGTATGCAATGTTTACTAATGACAGNNNNNNNNNNGAATTTCTTAAATATTTTAAAAATAGAT--GTACATACATTGATATGAATTGACTGATGTTGTTACTGAGTCTCCATTTTTATTCTGGTAAAATGCATTTATAGTTATTATTTTGAAGTAAAACTGAAATAATTATACCTATCAGAAAAATAAAAGCTGTGATTGAAGGGTAATTGTATACAAATAATCTTGCTTAGGTTGAGATTTAAATTTAGTAATATTCCAAATTTACAAACAA--ATATAATGACTATTTCTTAGTAAAGATTTTGAATTCAATTGAATTTTAACTATACATTACAAATGTGAGATGATATTGATGGAATATAACTAAATTGATCAGAACACTATTGATTCTCAGCAACATGATGCCACAGAT-AAAGTTTTAACCTTTAAATTATATTTTCCTTATTATAGATAGGGATTACAGAAATAAAGTAAGCAGATAACTCTGAATCATGTACATCAGATAAACACAAACTCTATGTTATGATTGtttatataattaaaaatattttGCTTAATCCATAGTGTAAGAAAGTAAGGATATAAGGAGTTCTAAAATTACATACTACATAGAAGTATAGAGGATTTTCCGTATAAACAGATACAAGCTGAATCTGAAGGTACTGTTGGTAAGAAAGCAAAGGAAGG i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124204754 921 - 189454096 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ATAGCTTTTCAAAATCCTACTTTTCATTGTTTCTGGATAATTACCTACTAGTGACATTGTTGGGTCATatgtaaattctattttaattttctgccaTGTGTGCatattt--------gagtgtgtgtgtatatatgtatatgtataaagttCTGTGGCAAAGGTCAATATACAGTCCAATATAGAGTTCTTTAACTTTgtaatgttttttatatatttatatatgtgtatatattatatat i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 65731732 235 - 190850796 atacttcttcaaaatcctgcttttcatttgttttggataattacctagtagtgacattgttccatcatatgtaaattctattttaattttctgGCgtgtatgcatgtgt------gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtATAAAGCTCTGTGGCAAAGGTAAATATAGAGTCCAATATAGAGTTCTTTAACTTTATAATGTTTtatatatatgtatatgtgtgtagacattatacat i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e rheMac3.chr5 122633657 3255 - 184069350 I e ponAbe2.chr4 126663372 2141 - 198332218 I a score=518159.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 546975 351 + 586476 gtataggtgtgcatatttatgttatatatatat---tatgtatgtatacatgtttatataggtatataatgtgtgtttgtatatataaacacatatataCACCATCCTAATGTTTA--TGGTGATAGCTCATAACCTATTTAAGAGATGTTTTATATACACAG----------------------------------------------ACACAGACACACATATACAccatgctaatggttatgaagtgatagctcattatatttttgatttacatttctctaatgattagtgatgttgaacatatttttatatgctttttgaccatataatattttttggataaatgcatgttcaagtgctttttt--aaaaaaaattgggttgtagttgctaagttgtaga s panTro4.chr4 132472620 350 - 193495092 gtataggtgtgcatatttatgttatatatat-----tatatatgtatacatgtttatataggtatataatgtgtgtttgtatatataaacacatatataCACCATCCTAATGCTTA--TGGTGATAGCTCATAACCTATTTAAGAGATGTTTTATATACACAG----------------------------------------------ACACAGACACACATATACAccatgctaatggttatgaagtgatagctcattatatttttgatttacatttctctaatgattagtgatgttgaacatatttttatatgctttttgaccatataatattttttggataaatgcatgttcaagtgcttttttt-aaaaaaaattgggttgtagttgctaagttgtaga i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126665513 349 - 198332218 gtataggtgtgcata-ttata-tatatatatgt---tatata-gtatacatg-ttatataggtatataatgtgtgtttgcatatataaacacatatataCACCATCCTAATGGTTATGTGGTGATAGCTCATTACCTATTTAAGAGATATTTTCTATATAC------------------------------------------------ACACACACACACATATACAccatgctaatggttatgaagtgatagctcattatatttttgatttacatttctctaaggattagtgatgttgaacatatttttatatgctttttgaccatataatatttttgggataaatgcatgttcaagtgctttttttaaaaaaaaattgggttgtagttgctaagttgtaga i ponAbe2.chr4 I 2141 C 0 s nomLeu3.chr9 53504118 355 + 118206036 gtataggtgtgaatatttatgttatatatatgt---tatatatgtatacatgcttatataggtatataatgtgtgtttgtatatataaacacatatatGCACCATCCTAATGGTTATGTGGTGATAGCTCATAACCTATTTAAGAGATGTTTTatatatacat--------------------------------------------acacacacacacacatatacaccatgctaatggttatgaagtgatagctcattatatttttgatttacatttctctaatgattagtgatgttgaacatatttttatatgctttttgaccatataatattttttggataaatgcatgttcaagttctttttt--taaaagaattgggttgtagttgctaagttgtaga i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124208380 395 - 189454096 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atcatgaggttttgtttcttatttattttttgtgtgtcttctataggcatattttttagttactctgaagattatataaaatattttacagtttaaaaatgtattttaaattgtttgaaacc--atttcaatcacatgtgaaaaatctactactatcttcactttatgttactggtgtcactaattatagctttttatgtcgtgtAACAGTTCTTTTCTCGGATGGACTTATTTCGAtagatttatactttttt-atgtttttgtcttttaaactttattccaaaattgaaattaattgatgcaccaacattatgaagctctatattggactgtatgtttacccttgccacagagctttctatttgcata-------tgcc----------tttgttttgatatctagcatcctttcatttaaacttgaaggacagcatctcttatagtccgatcttgtaatgactattttcttcaattgttgttttattttttatcatagatgatattcaatattctataaatattgtaagatataattttgctaaatagtagtcttgtttagcagg------tttctttttctttcagtg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53505003 579 + 118206036 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ctttgaatatatcatcttaTTTACTTTTGATTTGGAAGATATCTGCTGAAATTCTTGTTGATACTCTTATTCAAGCTCACTTATATGTGATGAgtcatttttctctg--atttttcaagattctctcttgtctatgacttttgaaaatttgacTTTAACCCAGTGTTTTCCACATTCCATTATGCATTGGGATCACTGAGACACC-TTTAACAATAGATAATCTTGGCTTTTGACCAATACACTTTATTGGTTAATATGATAAATGGGCATTGGCATTGTTATAATAAAATCTCCCC--tttttttCATGTGTAGCAAAAGTTGTAAACTCCTGTTTTAATCAATCTGATGCACACaaaattgttatatttatattagaaatgtaaattttctgttcctctctgaTAACTCatataaacat-------tcaataaaaatcctctttttcaatatttctttctttgtttttcatggcTTTTGGGACTCTAGGCTAGCAGTTCCTTATAGGGAGAGGATAACAACCTTGAGCAGATTCTTGGAAAACGACGAAATGGTTAGGGCAGAGCATATTACAAACATAAGGCAAGTTGGACTCTGATTACTGCTGATCTCAAAAAGCAATGCTAAATTGATGAAGAATGAAAGTCTTATGAGCAACAGCTCTTGAGTGGCAGGGAATCTCATAAAGGACCTCAGAGAGCCCCAGAGTTTTAGA i papAnu2.chr5 C 0 I 1431 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T e calJac3.chr3 65732308 20009 - 190850796 I a score=158551.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 548902 88 + 586476 GTGGAAAATATGAAAATGAGGAGAAAGTAATGTGTTCTCTTTAAATTATCTGTGGATGAAATATTAACAAGCTTGCTCCATTCTTGCC s 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panTro4.chr4 132479159 167 - 193495092 aatacataaattg-aaaaagcttcaactagaatagctacaaaaatagatgactcaaataaatgaaataagagatgaaaaggatacataacaactgatacacaaaaatactaaggattataagagactatcataaacaagtacctgccagcaaattaaaaa-atccaaag i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126672063 167 - 198332218 aatacataaattg-aaaaagcttcagctagaatagctacaaaaatagatgactcaaataaatgaaataagagatgaaaaggatacataacaactgatacacaaaaatacaaaggattataagagactatcataaacaagtacctgccagcaaattaaaaa-atctaaag i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53510806 167 + 118206036 aatacataaattg-aaaaagcttcagctagaatagctacaaaaatagatgactcaaataaataaaataagagatgaaaaggatacataacaactgatacacaaaaatacaaaggattataagagactatcataaacaagtacctgccagcaaattaaaaa-atctaaag i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124216361 167 - 189454096 aatacataacttg-gaaaagattcagctagaatacctataaaaagagatgactcaaataaattatataaaagatgaaaaggatacataacaactaatacagaaaaatacgaaggattataagtgactattataaacaagtatctgccaacaaatcaaaaa-atctaaaa i macFas5.chr5 I 3 C 0 s papAnu2.chr5 119224547 167 - 178775436 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taatttaatttgctacatatagcaactgtttgtagtgctttgccaagttaatgtatccatcct-tcatcagccacatgatgtagataatggcattacctcatctccatttcactgat---gaagttgaggcatagagatgagacaatttgccaagccccacataattctgtagtggttttgcagggacttgaatccaggctaactggatccagagtacaagagctcttacccaccatgctatgctgACTCCCCTTTTTGAGTTACAGTTGTTTTCAAAATCTTACATTTGTAGTTTCCACTTTCTTGCCTCCATATTAATTGTATGttattataaatgtataattaaatttttaGAAATGTCACTtt i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58918522 43496 + 63241923 T a score=2343968.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 555031 873 + 586476 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agttatctatcacttcacaaccaactaccctcaaaagtggggactttgaaaaacaataagcattttattagaactctcatagcatgagtgttgggtgggctcagccaggtggttcatacagagtatttctcaggtcgttactttcatatgatggctggggatgtagtcatctgaaggtcattcattcacatacttagtgattgatgTCGAAAGACTGAAACTCCTTTTTGACTGAA-TAATCTTGACTTCCTAGTCTCCTCTGTGTGCCCCTCC-CCAAACAGTCATTTATCATCAAGACTTTGGCTGTAATACAGGGCTCCACAGTGTACGgaggaagaaaaagaga----cagaaggac----agagagagaggaagaaagagaTATAAGTA-AAAACAAagacagacagacagacagagacaaggagacagacagaGATAATATACTgccttttctaacatagtcttcaaaattacgctgtcacttctaccatattttctttgctgagacagccacaagccttgctaaagtgcaagggcagggaccatggtttgattagaatgtcaaagtatttgcagtcatgtctctaaatcaccgAAATATAAGCTGTTGAGTTAGTCAACAGAAGTCACTGTGTAACTAGCAAATTCATTATATATTGAAAATAGAAACACAGTAAAATCATAAAA-GTTTGTGAATTTAAAAGTTTACAACTATTGAAACCTTTATTATGCATTGtaaaatatttattcatagatattttaaatataaaataGGTTTCCTAAGAACAGGCGTCAAATTAATCATACGGCATAGAATACTGAGGTGATCCTAAGTGGCTCAATTCTTTCCCATTTATTCTACTGCAGACACATACACAT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126673768 873 - 198332218 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hg38.chr4_GL000257v2_alt 555904 349 + 586476 CTACAAG-AAAAAATGACATACAACAACATATATAGCCTAGTATAAAATGATGGAAGATCTAggcatagtggttcatgcctgtaatcccaa-----cactttgggaggccatggtgggcagatcacctgaggtcagaagtttgagaccagcctggccaacatgatgaaaccccatctctactaaaaacacaaaaattagccagatgtcagggcaggcgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcatgagaattctttgaatcggggaggcagagtttgtaatgaggtgagattgtgtccctgcactccagATTCCACATTAGAGTAA---------------aaacaaacaaacaaacgaacga s panTro4.chr4 132481546 349 - 193495092 CTACAAG-AAAAAATGACATACAACAACATATATAGCCTAGTATAAAATGATGGAAGATCTAggcatagtggttcatgtctgtaatcccaa-----cactttgggaggccatggtgggcagatcacctgaggtcagaagtttgagaccagcctggccaacatgatgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattagccagatgtcatggcaggcgcctgtaatcccagctactcgggaggctgaggcatgagaattctttgaatcggggaggcagagtttgtaatgaggtgagattgtgtccctgcacttcagATTCCACATTAGAGTAA---------------aaacaaacaaacaaacgaacaa i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126674641 345 - 198332218 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ATTCCAAACTATCTCTTTCAAGCCAATTATTTTTTGATTTTATAAATCTTCCAAATAAGCAAAAACAACCACAACCATAAGAACAAAGAA--TATGGCTACATTTATAA--AGTATG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53520473 113 + 118206036 ATTCCAAACTATCTCTTTCAAGCCAATTATTTTTCTATTTTATAAGTCTTCCAAATAAGCAAAAGCAACCACAACCATAAGAACAAAGAA--TATGGCTACATTTATAT--AGTATG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122652042 115 - 184069350 ATTCCAATCTATCTCTTTCAAGCCAATTATTTTTCGATTTTATAAATCTTCCAAATAAGCAAAAGCAACCACAACCATAAGAACAAAGAATATATGGCTACATTTATAA--AGTATG i rheMac3.chr5 I 20 I 2 s macFas5.chr5 124225140 115 - 189454096 ATTCCAATCTATCTCTTTCAAGCCAATTATTTTTCGATTTTATAAATCTTCCAAATAAGCAAAAGCAACCACAACCATAAGAACAAAGAATATATGGCTACATTTATAA--AGTATG i macFas5.chr5 C 0 I 2 s papAnu2.chr5 119233293 115 - 178775436 ATTCCAATCTATCTCTTTCAAGCCAATTATTTTTCGATTTTATAAATCTTCCAAATAAGCAAAAGCAACCACAACCATAAGAACAAAGAATATATGGCTACATTTATaa--agtatg i papAnu2.chr5 C 0 I 4 s chlSab2.chr7 135637143 109 - 135778131 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chlSab2.chr7 135637254 179 - 135778131 TCCTCTTTTC----------------------------------AATAATTTTTAAA----------------------------GGCAAATTTGAAAGCTCTAGCTGTTTACAAATTATCAATGATGGGATCAAAATG-TAGTGTGAAAATTTGTAAAACATTGAATATGACGGTAATTAGAGATTG--------------ATTATG-----------------TCATGATGA-TCACTGAAAATAAATCATCTTAGGAATGCTTTAAAAACA i chlSab2.chr7 I 2 C 0 s canFam3.chr13 58880752 228 + 63241923 ttctttttctgcctcccctctctgtgtctctcatgaataaataaataaaatcttaaaaaaaaTAGTATTCACATAGTTTTAATTGGATAAATTTGAAAGTTGTAGTTCT-------TTATCAGTGATGGGATCAAAATATTAGCATAGAAAATTTGGAAGTGTT-----TAATGGGAATTTGAGATTG--------------ATAATG-----------------TCATACTGGTTTACAG-AAATAAACCACTTTAGAAGAGTTT--AAGACA i canFam3.chr13 I 108 C 0 e calJac3.chr3 65746467 0 - 190850796 C a score=21820.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 562827 12 + 586476 aggaaaaaaggg s panTro4.chr4 132488491 12 - 193495092 aggaaaaaaggg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126681514 12 - 198332218 aggaaaaaaggg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53520762 12 + 118206036 AGGaaaaaaggg i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122652336 12 - 184069350 TGGaaaaaaggg i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124225438 12 - 189454096 TGGAAAAAAGGG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119233593 12 - 178775436 tggaaaaaaggG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135637433 11 - 135778131 -AAAGAAATGTA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58880980 0 + 63241923 C e calJac3.chr3 65746467 0 - 190850796 C a score=357523.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 562839 132 + 586476 taactaaagtg----agatgatggacatgtttacttgcttcattatggtagccttttaactaagtatttgtatcccatactatcactttccataccttcaatagacaaaataaaatttatttgAAGACTAACGTTT s panTro4.chr4 132488503 132 - 193495092 taactaaagtg----agatgatggacatgtttacttgcttcattatggtagccttttaactaagtatttgtatcccatactatcactttccataccttcaatagacaaaataaaatttatttgAAGACTAACATTT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126681526 132 - 198332218 taactaaagtg----agatgatggacatatttataagctccattatggtagcgttttaactaagtatttgtatcccgtaatatcactttacataccttcaatagacaaaatAAAATTTATTTAAAGACTAACATTT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53520774 132 + 118206036 taactaaagtg----agatgatggacatgtttatttgcttcattatggtagccttttaactaagtatttgtgtcccatactatcactttctatacctccaatagacaaaatAAAATTTATTTAAAGACTAATATTT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122652348 132 - 184069350 taactaaagtg----agatgatggacatgtttatttgcttcattatggtagccttttaaccaagtatttgtatcccataatatcactttctataccttcaatagacaaaatAGCATTTATTTAAAGACTAACATTT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124225450 132 - 189454096 TAACTAAAGTG----AGATGACGGACATGTTTATTTGCTTCATTATGGTAGCCTTTTAACCAAGTATTTGTATCCCATAATATCACTTTCTATACCTTCAATAGACAAAATAGCATTTATTTAAAGACTAACATTT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119233605 132 - 178775436 TAACTAAAGTG----AGATGATGGACATGTTTATTTGCTTCACTATGGTAGCCTTTTAACCAAGTATTTGTATCCCATAATATCACTTTCTATACCTTCAATAGacaaaatagcatttatttaaaGACTAACATTT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135637444 129 - 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GATGAGATCTCATCCTAAAAGACCCTTATAACTGTGCTGAAAATTAGTCAGTGCTGTAATAATATTCATGCTTCTTTTCTTCAACTTTGTTTTCAGT-CTTCCTTATAATCCTTCTGTTACCATATTCAGCAATTCTTCTTATTTCACTTTTTGGCTATTTTAAAACTTATGCCCTATCCTAAAACCTCTGACAAATGTTTCCACTGAAACCACCA---A-AAAAACAGGTTA----------------------------TGAT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126681658 260 - 198332218 GATGAGATCTCATCCTAAAAGACCCTTATAACTGTGCTGAAAATTAGTCAGTGCTGTAATAATATTCATGCTTCTTTTCTTCAACTTTGTTTTCAGT-CTTCCTTATAATCCTTCTATTACCATATTCAGCAATTCTTCTTATTTCACTTTTTGGCCATTTTAAAACTTATGCCCTATCCTACAATCTCTGACAAATGTTTCCACTGAAACCACCA---A-AAAAACAGGTTGTGATACTCACAGTGGTTTNNNNNNNNNNTGAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53520906 232 + 118206036 GATGAGATCTCATCCTAAAAGACCCTTATAACTGTGCTGAAAATTAGTCAGTGCTGTAATAACATTTATGCTTCTTTTCTTCAACTTTGTTCTCAGT-CTTCCTTATAATCCTTCTGTTACCATATTCAGCATTTCTTCTTATTTCACTTTTTGGCTATTTTAAAACTTATGCCCTATCCTAAAACCTCTGACAAATGTTTCCACTGAAACCGCCA---A-AAAAACAGATTG----------------------------TGAT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122652480 147 - 184069350 GATGAGATCTCATCCTAAAAGACCCTCATAACTGTGCTGAAAATTAGTAAGTACTGTAATAAAATTCATGCTTCTTTTCTTCA--------------------------------------------------------------------------------------ATGCACTATCCTAAAACCTCTGAGAAATGTTTACACTAAAACCACCA---A-AAAAACAGATTG----------------------------TGAT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124225582 147 - 189454096 GATGAGATCTCATCCTAAAAGACCCTCATAACTGTGCTGAAAATTAGTAAGTACTGTAATAAAATTCATGCTTCTTTTCTTCA--------------------------------------------------------------------------------------ATGCACTATCCTAAAACCTCTGAGAAATGTTTACACTAAAACCACCA---A-AAAAACAGATTG----------------------------TGAT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119233737 147 - 178775436 GATGAGATCTCATCCTAAAAGACCCTCATAACTGTGCTGAAAATTAGTAAGTGCTGTAATAAAATTCATGCTTCTTTTCTTCA--------------------------------------------------------------------------------------ATGCACTATCCtaaaacctctgagaaatgttTACACTAAAACCACCa---a-aaaaaCAGATTG----------------------------TGAT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135637573 234 - 135778131 GATGAATTCTCATGCTGAAAGACAA-CATAAGTGTGCTGAAAATTAGTCAATACTGTAATAATATTTGCAGTTTTCTGCTTCAACTTTGTCTTCAAT-CTTCCTTATAATCCTTCTGTTACCATCTTTAGCAATTCCTCTTATTTCACTTTTTGGCTATTTTAGTATTTATGTACTATCCTAAAACCTCTGAAAAATGTTTTCACTAAATCAAACAAACA-AAAAAAATATTG----------------------------TGAT i chlSab2.chr7 C 0 I 35 s calJac3.chr3 65746603 232 - 190850796 GATGAGATCTCATCCTAAAAGTCCCTCATAACTGTGCTGAAAATTAGTCAGTGCTGTAATCATATTCATGCTTCTTTTCTTCAACTTTGTTCTCAAT-CTTCCTTATAATTCTTCTGTTATCATCTTCAGCAATTCCTCTTACTGTGCTTTTTGGCTATTTTAAATCTTATGCACTATCCTAAAACCTCTGACAAATGTTTTATCTAAAAACCACC---A-AAAAACATATTG----------------------------TTGT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58880980 209 + 63241923 GTTGAGTTCTCAGGTTGAAAG----TCATAATTGTGCAGA-------TTAGTACTGTTATAACATTCATAGTTC----CTTCAACTTAATTCTCAGTGCTTCCTTTTAATCTTTCTGTT---------AACCATTTTTCTGATTCATTTTATTGATTAAGTCAAAATTTCTCTACTATCCTTAAGCATCTTACAAACTTTTCCTGTGAAACCACTG---GTAAAAACTTACTC----------------------------TGA- i canFam3.chr13 C 0 C 0 a score=88274.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 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----------A------CTGTACTCA-----GCATTGTGTTCATGTTTAGAGTCACTGCTGCTTCCTTGGCCTTCATGTGAGAACTTATCAATACATGCTATat-agt--------taaaaaaattacattcaagAAGAGTCATTAATGACTGCTTTTAATGCCTTGAGGAAATCTGTAGTTGACATTGT--TTTTGAGTCCACTCTAACAGCTTCTTCCTTAGCTTTCATGTGAACAAACTTATCTGGTTG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135637842 230 - 135778131 -AAAAAATATA-------TGTACTCA-----GCACTGTGTTCATGTTCAGAATCACTGCAGCTCCCTTGGCCTTCATGTGAGAAAGTATGAATAGATGCTACGA-GCT--------TAAATTATTTACATTCGTGTAGGGTCATTAATGACTGCTTTTAATGCATAGAGCAAATCTGTAATTTACATTACAGATTTGAGTCCAATCTAACAGCTTCCCCCTTAGCCTTCATTTGAGCAAAGTTATCAGGTTG i chlSab2.chr7 I 35 C 0 s calJac3.chr3 65746881 237 - 190850796 AAAAAAAAAAAGCCACAATGTACTCA-----CCATTGTGCTCATCTTCAAAGTCACTGCCGGTTCCTTAGCTTTCATGTGAGAACTTATCAATACATGCTATGTGATT--------TTTAAAAAATGCATTCATGAAGAGTCATTAATGATTGCCTTTAATTAAGTGAGCAAATCTGTGATTGACATTAT--TGCTGAGTCCACTCTGACAGCCTCCCCTTTAGCCTTCACATGAACAAATTTATAGGGTTG i calJac3.chr3 I 6 n 6 s canFam3.chr13 58881223 238 + 63241923 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aaaagtaggatgcatgctagaacatgttctcttagagaaatagtggagtcactgagtgtgatagggcatggtgtccagggcagtagggaatagggtggtggtgattct--tgaatagaggaaggacaggccaCGCTCCATCACAAAATATGTT---AC---CACTTCATAATGAAGACTGGGGATTTATTTCCATAAAAAATGCAG--TTGCTGGTAATAAAAGAAGGGCTGTTATTTTTC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53521827 231 + 118206036 aaaagtaggatgcatgctagaacatgttctcttagagaaatagtggagtcagtgagtgtgatagggcatggtgtccacggcagcagggaatagggtggtggtgatgct--tgaatagaggaaggacaggccaCGCTCCATCACAAAATGTGTT---AC---CACTTCATAATGAAGACTGGGGATTTATTTACATCAAAAATGCAG--TTGCTGGTAATAAAAGATGGGCTGTTATTTTTC i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122653302 229 - 184069350 AAAAGCAGGATGCATGCTAGAACATGTTCTCTTAGAGAAATACTGAAGTCACTGAGTGTGATAGGGCATG--GTCCAGGGCAGCCGAGAGTGGGGTGGTGGTGACGCT--CGAACAGTAGAACAACAGGCCACTCTCCATCACAAAACTTGTT---AC---CACTTCATAATAAAGACTGGGGATTTATTCCCATAAAAAATGCAG--TGGCTGGTAATAAAAGAAGGGCTGTTATATTTC i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124226404 229 - 189454096 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macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119235025 10 - 178775436 ATATAGATAA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135639180 10 - 135778131 GTATAGATAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125471248 10 + 190850796 GTACAGATAA i calJac3.chr3 N 0 C 0 s canFam3.chr13 58885184 10 + 63241923 TGTTAGGTAA i canFam3.chr13 C 0 I 126 a score=162471.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 564565 61 + 586476 gtgagcctaccaatgagaacacatggacacatagagggcaacgacacacactgggaccttt s panTro4.chr4 132490225 61 - 193495092 gtgagcctaccaatgagaacacatggacacatagagggcaacgacacacactgggaccttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126683284 61 - 198332218 gtgagcctactgatgagaacacatggacacatagagagcaccgacacacattgggacattt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53522499 61 + 118206036 gtgaacctacccatgagaacacaaggacacatagagggcaatgacacacactgggaccttt i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122654276 61 - 184069350 gggagcctactgatgagaacacatggacacatacagggcagcaacacacactgaggccttt i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124227384 61 - 189454096 gggagcctactgatgagaacacatggacacatacagggcaacaacacacactgaggccttt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119235035 61 - 178775436 GGGAGCCTaccgatgagaacacatggacacatagagggcaacaacacacactggggccttt i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135639190 61 - 135778131 Aggagcctaacgatgagaacacgtggacacataaagggcaacaacacacactgaggccttt i chlSab2.chr7 C 0 I 215 s calJac3.chr3 125471258 61 + 190850796 gggaccctaacgatcataatacatggacacatataatgccacaacacacactggggccttt i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58885194 126 + 63241923 I a score=42729.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 564626 23 + 586476 cagagagcagagggtttgaggag s panTro4.chr4 132490286 23 - 193495092 cagagagcagagggtttgaggag i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126683345 23 - 198332218 cagagagcagagggtttgaggag i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53522560 23 + 118206036 cagagagcagagggtttgaggag i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122654337 23 - 184069350 catagagtgtagggtttgaggag i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124227445 23 - 189454096 catagagtgtagggtttgaggag i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119235096 23 - 178775436 cataGACTGGAGGGTTTGAGGAG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125471319 23 + 190850796 cagagggtggaagctgggaggtg i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58885194 126 + 63241923 I e chlSab2.chr7 135639251 215 - 135778131 I a score=1185.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 564649 2 + 586476 ga s panTro4.chr4 132490309 2 - 193495092 ga i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126683368 2 - 198332218 ga i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53522583 2 + 118206036 ga i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119235119 2 - 178775436 gc i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125471342 2 + 190850796 aa i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58885194 126 + 63241923 I e chlSab2.chr7 135639251 215 - 135778131 I e macFas5.chr5 124227468 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122654360 0 - 184069350 C a score=3820.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 564651 4 + 586476 agag s panTro4.chr4 132490311 4 - 193495092 agag i panTro4.chr4 C 0 C 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s panTro4.chr4 132490315 1115 - 193495092 TCttgcaggaagtcaggaaccccagacagagggaccggctgaagccatggtggaagaatataaattgtgaagatttcatggacatttatttgttccccaaattaatacttttataatttcttacgcctgtctttactgcaatctctgaacataatttgtgaagatttcatggacacttatcacttccccaatcaatacccttgtgatttcctttgcctgtctttactctaatctcttaatcctgtcatctttgtaaactgaggaggatgtatgttgcctcaggaccctgtgatgattgccttaactgcacaaattatttgtatagcatgtgtgtttgaacaatgtgaaatctggccaccttgaaaaaagaacaggataacagcaatgttcagggaacaagatagataaccttaaactctgactgccagtgagccaggcagaacagagccatatttctcttctttcaaaagcaaatgggagaaatatagctgaattctttttctcagcatggaacatcgctgagaaagagaatgcattcctgagggtaggcctctgaaatggccacttccggggggggcggccgtcttttatgtttgaa--gctgtagggatgaaataagccccagtctcccatagtgctcccaggcttattaggatgaggaaattcccacctaataaattttggtcagacaggttgtctgctctcaaagcctgtctcctgataagatgttatcaatgacaatgtgtgcccgaaacttcattagcaattttaattccgccccagtcctgtggtcctgtgatctcaccctgcctccatttgccttatgatattctattaccttgtgaagcatgtgatctctgtgacccacattctatttgtacactccctccccttttgaatatcactaat--aaaaacttgctggttttatggctcagggggcatcatggaacctgttgacatgtgatgtctcccccagacacccagctttaaagtttctctcttttgtactctgtccctttatttctcagactggctgatgcttagc-aaaatagaaaagcacctacatgaaatattggggGTGAATTTCACCTGATATCTGGCTGAATTTCCCCTGATA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126683374 1115 - 198332218 tgttgcgggaagtcaggaaccccaaacagagggaccagctgaagccatggcagaagaatataaattgcgaagatttcatgggcatttattagttccccaaattaatacttttataatttcttgcacctgtctttactgcaatctctgaacataaattgtgacgatttcatggacacttatcacttccccagtcaatacccttgtgatttcctatgcctgtctttactctaatctcttaatcctgtcatcttcgtaaactgaggaggatgtatgtcgcctcaggaccctgtgatgattgccttaactgcacaaattgtttgtagagcatgtgtgtttgaacaatgtgaaatctgggcaccttgaaaaaagaacaggataacagcaatgttcagggaacaagaaagataaccttaaactctgaccactggtgagctgggtggaacagagccatatttttcttctttcaaaagcaaatgggagaaatatcactgaattctttttctcagcaaggaacatccctgagaaagagaatgcatccctgagggtaggcctctgaaatggctgctt---tggggggtggctgtcttttatgttcgaa--gctgtagggatgcaataagccccagtttcccatagtgttcccaggcttatcaggatgaggaaattcctgcctaataaattttggtcagaccggttgtctgctctcaaagactgtctcctgataagatgttatcaatgacaatgtgtgcccgaaacttcattagcaattttaattctgccccagtcctgtagtcctgtggtctcgccctgcctccatttgccttgtgatattctattaccttgtgaagcatgtgatctttgtgactcacaccctattcgtacactccctccccttttgaaaatcactaataaaaaaacttgctggttttatggctcagggggcatcatggaacgtgccaacacatgatgtctcccccggacacccagctttaaaatttctctcttttgtactctgtccctttatttctcagactggctgatgcttagcaaaaatagaaaagaacctacgtgaaatattgggggtgaatttcacccgatatctggctgaaattcccccgata i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53522589 1110 + 118206036 tgttgcaggaagtcagaaaccccaaacagagggaccagctgaagccatggcagaagaatataaattgtgaagatttcatggacatttattagttccccaaattaatacttttataatttcctacacctgtctttactgcaatctctgaacataaattgtgaagatttcatggacac--atcacttccccaatcaatacccttgtgatttcctatgcctgtctttactctaatctcttaaccctgtcatctccgtaagctgaggaggatatatgtcaccttaggaccctgtgatgattgccttaactgcacaaattgtttgtagagcatgtgtgtttgaacaatgtgaaatctgggcaccttgaaaaaagaacaggataacagcaacgttcagggaacaagagagataaccttgaactctgaccgccggtgagccaggtggaacagagccatatttctcttctttcaaaagcaaatgggagaaatatcactgaattctttttctcagcaagaaacatccctgagaaagagaatgcatccctgagtgtaggcctctgaaatggccactt---cggggggcggccgtcttttatgttcgaagcgctgtaggtatgaaataagccgcagtctcccatagtgctcccaggcttattaggatgaggaaattcctgcctaataaattttggtcagactggttgtctgctctcaaagcctgtctcctgataagatgttatcaatgacaatgcgtgcccaaaactactttagcaattttaattttgccccagtcctgtggtcctgtgatctcaccctgcctccatttgcc-tgtgatattcaattaccttgtgaagcacgtgatctctgtgacccacaccctatttgtacactccctccccttttgaaaatcactaat--aaaaacttgctggttttatggctcagggggcatcacggaacctgccgacatgtgatgtctcccccagacatccagctttaaagtt--tctcttttgtactctgtccctttatttctcagactggccgatgcttagcaaaaatagaaaagaatctatgtgaaatatcggggGTGAATTTCACCTGCTTTCTGGCTGAATTTCCCCCGATA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58885194 126 + 63241923 I e papAnu2.chr5 119235121 0 - 178775436 C e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135639251 215 - 135778131 I e macFas5.chr5 124227468 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122654360 0 - 184069350 C a score=3000.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 565762 2 + 586476 gg s panTro4.chr4 132491430 2 - 193495092 gg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126684489 2 - 198332218 gg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53523699 2 + 118206036 gg i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122654360 2 - 184069350 gg i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124227468 2 - 189454096 gg i macFas5.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58885194 126 + 63241923 I e papAnu2.chr5 119235121 0 - 178775436 C e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135639251 215 - 135778131 I a score=796105.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 565764 505 + 586476 agagagtcaagaaaaataactaatgggtacttggcttaatacctgggtgattaaataatgtgtacaacaaacccccatgacccaagccgacctatgtaacaaacctgcgcttgtacccctgaacgtaaaacttc-------------aaaaaaaaGAGAAAGTAAGTACCTTGTTTTATGAGTCAAATTCAAATTGGAGCATGTCTGTTGGAATTCTAAAAAGGgaccgggtgcagtggctcacgcctgtaatcccaggactttgggaggcaaacgagggtggatcacgaggtcaggagttacagacctgcctggccaagggggcaaaactgtatctttattaaaaatataaaaaatttagccaggcatggtggcaggcaccagtaatcccagctactcaggaggatgaggcagagaactgcttgaacccaggaagcagaggttgcagtgagctgagatcacaccactgcactccagcccaggcatcagagagagaattcatctc---aaaaaaaaaaaa---------a s panTro4.chr4 132491432 508 - 193495092 agagagtcaagaaaaataactaatgggtacttggcttaatacctgggtgatgaaataatgtgcacaacaaacccccatgacccaagccgacctatgtaaaaaacctgcgcttgtacccctgaacgtaaaacttc-------------aaaaaaaaGAGAAAGTAAGTACCTTGTTTTATGAGTCAAATTCAAATTGGAGCATGTCTGTTGGAATTCTAAAAAGGgaccgggtgcagtggctcacgcctgtaatcccaggactttgggaggcaaatgagggtggatcacgaggtcaggagttacagacctgcctcgccaagggggcaaaaccgtaactttattaaaaatataaaaaatttagccaggcatggtggcaggcagcagtaatcccagctactcagcaggatgaggcagagaactgcttgaacccaggaagcaaaggttgcagtgagctgagatcacaccactgcactccagcccaggcatcagagagagaattcatctcaaaaaaaaaaaaaaa---------a i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126684491 509 - 198332218 agagaatcaagaaaaa----taatgggtacttggcttaatacctgggtgatgaaataatgtgtacaacaaacccccatgacacaagttgacccatgtaacaaacctgtgcttgtacccctgaacttaaaacttc-------------aaaaaaaagaGA----AAGTACCTTGTTTTATGAGTCAAATTCAAATAAGAGCATGTCTGTTGGAATTCTAAAAAGGgactgggtgcagtggctcatgcctataatccaaggactttgggaggctgaggtaggtggatcacgaggtcaggagttacagaccagcctggccaagatggcaaaactgtgtctttttaaaaaatatacaaaatttagccaggcatgggggtggacaccagtaatcccagctactcaggaggatgaggcagagaactgcttgaacccaggaagcagaggttgcagtgagctgagatcacaccactgcactccagcccagtcaacagagagagaatctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCGA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53523701 511 + 118206036 agagaatcaagaaaaataactaatgggtacttggcttaatacctgggtgatgaaataatgtgtacaacaagcccccatgacacaagttgacctatgtaacaaacctgcaattgtacccctgaacttaaaacttc-------------aaaaaaaaGAGA----AAGTACTTTGTTTTATGAGTCAAATTCAAATTAGAACATGTCTGTTGGAATTCTAAAAAGGGAAcgggtgcagtggctcacgcctgtaatcccaggactttgggaggccgaggtgggtggatcacgaggtcaggaggtacagaccagcctggccaagatggcaaaaccatgtctttattaaaaatataaaaaatttagccaggcatggtggtgggcaccagtaatcccagctactcaggaggatgaggcagagaactgcttgaacccaggaagcagaggttgcagtaagctgagatcacatcactgcactccagcccaggcaacagagagagaatctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa--a i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122654362 482 - 184069350 agaggatcaagaaaaataactaatggatacttggcttaatacctgggtgatgaaataatctgtacaacaaacccccatgacacaaattgacctatgtaataaacccgcacttgtacccctgaaattaaaacttc-----------aaaaaaaaaaGACA----AAGTACCTTGTTTTATGAGTCCAATTCAAATTAGAGCATGTCTGTTAGAATTCTAAAAAGGgaccgggcacagtggctcaagcctgtaatcccagaactttgtgaagctgaggttggtggatcacgaggtcaggaggtcaagaccagcccagccaagatggcaaaaccatgtctttattaaaaatataaaaaagttagccaggcgtggtggcagtcgccagtaatcccagatactcagggggatgaggcagagaactgcttgtacccaggaggcagaggttgcagtgtgctgagatcaagccactgcactccagcccaaacgacagagagaTAG--------------------------------- i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124227470 501 - 189454096 agaggatcaagaaaaataactaatggatacttggcttaatacctgggtgatgaaataatctgtacaacaaacccccatgacacaaattgacctatgtaacaaacctgcacttgtacccctgaaattaaaacttc-------------aaaaaaaaGACA----AAGTACCTTGTTTTATGAGTCCAATTCAAATTAGAGCATGTCTGTTAGAATTCTAAAAAGGgaccgggcacagtggctcaagcctgtaatcccagaactttgtgaagctgaggttggtggatcacgaggtcaggaggtcaagaccagcccggccaagatggcaaaaccatgtctttattaaaaatataaaaaagttagccaggcgtggtggcagtcgccagtaatcccagatactcagggggatgaggcagagaactgcttgtacccaggaggcagaggttgcagtgtgctgagatcaagccactgcactccagcccaaacgacagagagatagtccatctcaaaaaaaaaaaaa------------ i macFas5.chr5 C 0 I 21 s papAnu2.chr5 119235121 511 - 178775436 agaggatcaagaaaaataactaatgggtacttgGCTTAATACcttagtgatgaaataatctgtacaacaaacccccatgacacaagttgacctatgtaacaaacctgtgcttgtacccatgaacttaaaacttcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggaca----cagtaCCTTGTTTTCTGAGTCAAATTCAAATTAGAGCATGTCTCTTAGAATTCTAAaaatggaccaggcacagtggctcaagcctgcaatcctagcactttgtgaagctgaggttggtggatcacgaggtcaggaggtcaagaccagcctggccaagatagcaAAACtgtatctttattaaaaatataaaaaaattagccaggcgtggtggcggtcgccagtaatcccagctactcaggaggatgaggcagagaactgcttgtacccaggaggcagaggttgcagtgagctgagatcaagtcactgcactccggACCAAGCGACAGagggagaatccatctcaaaaaaaaaa--------------- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58885194 126 + 63241923 I e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135639251 215 - 135778131 I a score=127861.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 566269 62 + 586476 agaaTTCTAAAAAGATGGAAGTCACCTACTTAAATGCTTTCCATATGGCTGACAAGGAAATG s panTro4.chr4 132491940 62 - 193495092 aGAGTTCTAAAAAGATGGAAGTCACCTACTTAAATGCTTTCCATATGGCTGACAAGGAAATG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126685000 62 - 198332218 AGAATTCTAAAAAGATGGAAGTCACCTATTTAAATGCTTTCCATATGGCTGACAAGGAAATG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53524212 60 + 118206036 agaaTTCTAAAAAGATGG--GTCACCTACTTAAATGCTTTCCATATGGCTGACAAGGAAATG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122654844 62 - 184069350 ATAAATATAAAAAGAtagagatcacctacttaaatgctttctatatggctgataaggaaatg i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124227992 62 - 189454096 ataaatataAAAAGAtagagatcacctacttaaatgctttctatatggctgataaggaaatg i macFas5.chr5 I 21 C 0 s papAnu2.chr5 119235632 62 - 178775436 aaaattataaaatgagagAGATCACCTACTTTAATGCTTTCCATATGGCTGATAAGGAAATG i papAnu2.chr5 C 0 M 347 s chlSab2.chr7 135639466 62 - 135778131 AGAATTCTAAACAGATTGAGATCACCTAGTCAAATGCCTTCCATATGGCTAATAAGGAAATG i chlSab2.chr7 I 215 C 0 e canFam3.chr13 58885194 126 + 63241923 I e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I a score=28125.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 566331 17 + 586476 AGGACAAGGCAGGTTAA s panTro4.chr4 132492002 17 - 193495092 AGGACAAGGCAGGTTAA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126685062 17 - 198332218 AGGACAAGGCAGGTTAA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53524272 17 + 118206036 AGGACAAGGCAGGTTAA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122654906 17 - 184069350 aggacaaggcaggttaa i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124228054 17 - 189454096 aggacaaggcaggttaa i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135639528 12 - 135778131 -----AGGGCACGTTAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58885194 126 + 63241923 I e papAnu2.chr5 119235694 347 - 178775436 M e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I a score=283592.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 566348 198 + 586476 GTAATGAGAACTGCTAGAAGACTGAAGTGAACAGAACATCTATATTTCCTTGACTGGATTTT-ATATTGAACCAG--ATTAA--------------------------------------------------------------------ATAAAATCATGATGTTTTATACATAGTGACTTAGAT--ATTGAGATA--ATAAATGAAAAATTCAAATATTTAAGTAATCATTAGGCAGACATAATTCCAGTGAAAAGAAGAGTAAGAAATTA s panTro4.chr4 132492019 198 - 193495092 GTAATGGGAACTGCTACAAGACTGAAGTGAACAGAACATCTATATTTCCTTGACTGGATTTT-ATATTGAACCAG--ATTAA--------------------------------------------------------------------ATAAAATCATGATGTTTTATACATAGTGACTTAGAT--ATTGAGATA--ATAAATGAAAAATTCAAATATTTAAGTAATCATTAGGCAGACATAATTCCAGTGTAAAGAAGAGTAAGAAATTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126685079 198 - 198332218 GTAATGGGAACTTACGGAAGACTGAAGTGAACAGAACATCTATATTTCCTTGACTGGATTTT-ATATTGAACCAG--ATTAA--------------------------------------------------------------------ATAAAATCATGATGTTTTATACATAGTGACTTAGAT--ATTGAGATA--ATAAATGAAAAATTCAAATATTTAAGTAATCATTAGGCAGACATAATTCCAGTGTAAAGAAGAGTAAGAAATTA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53524289 198 + 118206036 GTAATGAGAACTGCCAGAAGACTGAAGTGAACAGAACATCTACATTTCCTTGACAGGATTTT-ATATCAAACCAG--ATTAA--------------------------------------------------------------------ATAAAATCATGATGTTTTATACATAGTGACTTAGAT--ATTGAGATA--ATAAATGAAAAATTCAAATATTTAAGTAATCATTAGGCAGACATAATTCCAGTCTAAAGAAGAGTAAGAAATTA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122654923 207 - 184069350 ataaTGAGAACTACCAGAAGACTGATGTGAAAAGAGAAACTATATTTCCT--------------------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------------------------TTAGAT--ATTGAGAAA--ATAAATGAAAAATTCAAATACTTAAGTAATCATTAGGCAGACGCAATTCCAGTGTAAAGAAGAGTAAGAAATTA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124228071 198 - 189454096 ataaTGAGAACTACCAGAAGACTGATGTGAACAGAGTAACTATATTTCCTTGATTTGATTTT-ATATTAAATCAG--ATTAA--------------------------------------------------------------------ATAAAATCATGAGGTTTTATACATAGTGACTTAGAT--ATTGAGAAA--ATAAATGAAAAATTCAAATACTTAAGTAATCATTAGGCAGACGCAATTCCAGCGTAAAGAAGAGTAAGAAATTA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135639540 197 - 135778131 GTAACGAGAACTATTAGAAGACTGAAGTAAATAGAACAACCATATTATCTTGACTAACTTTC-ATATT--GTCAA--GCTAA--------------------------------------------------------------------ATGCAATCATGAGGTTTCATATATAGTGACTTAGAG-AAATGTGCTA--ATAAATTAAATCTTCAAATATTTAAGTAATTGTTAGGCAGACATAATCCTAGTATAAAGAAGAGTAAAAAGTTA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58885320 205 + 63241923 GTAATGAGAACCAATAAAACACTGATGTAATAGAAATGCTTATATAACGTGTACATGTTTTTCGTGTTCAGTCAGGTATAGA--------------------------------------------------------------------ATAAAGTCATGGCATTTCACACATCATGGCATAGACAAATCACAGTGGCATAGATGACAAATTCAAACATTAAAGAAATTATTAGGCAGTCATGATTGTAGAGCAGAAAACAGTGGCAAATTA i canFam3.chr13 I 126 C 0 e papAnu2.chr5 119235694 347 - 178775436 M e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I a score=5922.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 566546 3 + 586476 CTA s panTro4.chr4 132492217 3 - 193495092 CTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126685277 3 - 198332218 CTA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53524487 3 + 118206036 CTA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122655130 3 - 184069350 CTA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124228269 3 - 189454096 CTA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135639737 3 - 135778131 CTA i chlSab2.chr7 C 0 I 9 e canFam3.chr13 58885525 0 + 63241923 C e papAnu2.chr5 119235694 347 - 178775436 M e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I 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ACACCTTttattattattattattattattattgttattatactttaaattttagggtacatgtgcacaatgtgcaggtttgttacatatgtatacaagtgccatgttggtgtgctgcccacataaactcatcatttagcattaggtatatctcttaatgctatccctccccctttcccccaacccacagcagtccccaatgtgtgatgttccccttcctgtgtccatgtgttctcattgttcaattcccacttatgagtgagaacatatggtgtttggatttttgtccttgtgatagtttgctgagaatgatggtttccagcttcatccatgtccctacaaaggacatgaactcatcattttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccacattttcttaatccagtctatcatcgttggacatttggcttggttccaagtctttgctattgtaaatagtgccacaataaacatacatgtgcatgtgtctttatagcagaatgatttatagtcctttgggtatatacccagtaatggg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126685287 529 - 198332218 ACACCttttattatta------------------ttattatactttaaattttagggtacatgtgcacaacatgcaggtttgttgcatatgtatacatgtgccacgctggtgtgctgcacccattaacttgtcatttagcattaggtaaatctcctaatgctatccctcccccttcccccgaccccacaacaggccctggtgtgtgatgttcccctccctgtgtccatgtggtctcattgttcaattcccacctatgagtgagaacttgcagtgattggttttttgtctttgtgatagtttgctgagaatgatggtttccagcttcat-catgtccctacaaagtacatgaactcatcattttttatggctacatagtattccatggagtatatgtgccacattttcttaatccagtctatcattgttggacatttgggttggttccaagtctttgctattgtgaatagtgccgcaataaacatatgtgtgcatgtgtctttatagcagcatgatttatagtcctttgggtatatacccagtaatggg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53524497 542 + 118206036 ACACCTTttattattattattattattatta---ttattatactttacattttagggtacacgtgcacaacgtgcaggtttgttacatatgtatacatgtgccatgttggtgtgctgtacccattaacttgtcattaagcattaggtatatctcctaatgctatccctccc---tacccccaccccacaacagtccccagagtgtgatgttccccttcctgtgtccatgtgttctcactgttcaattcccacctatgagtgagaacacgtggtgtttggttttttgtccttgcaatagtttgctgagaatgatggtttccagtttcatccatgtccctacaaaggacacgaactcatcattttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccacattttcttaatccagtctatcattgttggacatttgggttgattccaagtctttgctattgtgaatagtgccacaataaacatacgtgtgcatgtgtctttatagcagcataatttataattctttgggtatatacccagtaatggg i nomLeu3.chr9 C 0 n 0 e canFam3.chr13 58885525 0 + 63241923 C e papAnu2.chr5 119235694 347 - 178775436 M e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135639740 9 - 135778131 I e macFas5.chr5 124228279 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122655140 0 - 184069350 C a score=120171.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 567095 478 + 586476 atggctgggtcaaattgtatttctagttctagatccctgaggaatcgccacactgacttccacaatggttgaactagtttacagtcccatcaacagtgtaaaagtgttcctatttctccacatcctctccagcacctgttgtttcctgactttttaatgatcaccattctaagtggtgtgagatggtatctcattgtggttttgatttgcatttctctgatggccagtgatgaggagc-tttttttatgtgtgttttggctgcataaatgtcttcttttgagaagtgtctgttcatatcctttgcccactttctgatgggattgttttccttttttttttcttgtaaatttgtttgagttctttgtagattctggatattagccctttgtcagatgagtacgttgcaaaaattttctcccattctgtaggttgcctgtttactctgatggtagtttcttttgctgtgcagaagctcttt s panTro4.chr4 132492775 478 - 193495092 agggctgggtcaaatcgtatttctagttctagatccctgaggaatcgccacactgacttccacaatggttgaactagtttacagtcccatcaacagtgtaaaagtgttcctatttctccacatcctctccagcacctgttgtttcctgactttttaatgaacaccattctaagtggtgtgagatggtatctcattgtggttttgatttgcatttctctgatggccagtgatgaggagc-tttttttatgtgtgttttggctgcataaatgtcttcttttgagaagtgtctcttcatatcctttgcccactttctgatgggattgtttttcttttttttttcgtgtaaatttgtttgagttctttgtagattctggatattagccctttgtcagatgagtaggttgcaaaaattttctcctattctgtaggttgcctgttcactctgatggtagtttcttttgctgtgcagaagctcttt i panTro4.chr4 C 0 I 10 s ponAbe2.chr4 126685816 471 - 198332218 atggctgggtcaaatggtatttctagttctagatccctgaggaatggccacactgacttccacaatggttgaactagtttacagtcccaccaatggtgaaaaagtgttcctatttctccacatcctctccagcacc---tgtttcttgactttttaatgattgccattctaactggtgtgagatggtatctcattgtggttttgatttgcacttctctgatggccagtgataatgagcattttttcatgtgttttttggctgcataaatgtcttcttttgagaagtgtctgttcatatccttcacccactttttgatggggttgt-----ttgtttttttcttgtaaatttgtttgagttcattgtagattctggatattagccctttgtcagatgagtaggttgtgaaaattttctctcattttgtaggttgcctgttcactctgatggtggtttcttttgctgtgcagaagctcttt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58885525 0 + 63241923 C e papAnu2.chr5 119235694 347 - 178775436 M e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135639740 9 - 135778131 I e macFas5.chr5 124228279 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122655140 0 - 184069350 C e nomLeu3.chr9 53525039 0 + 118206036 I a score=37109.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 567573 425 + 586476 agtttaattagatcccatttgtcaattttggcttttgttgtcattgcttttggtgttttagacatgaagtccttgcccatgcctatgtcctgaatggtattgcctaggttttcttctagggtttttatggtttcaggtctaacatgtaagtctttaatccatcttgaattaatttttgtataaggtgtaatgaagggatccagttttagctttctacatatggctagccagttgtcccagcaccatttattaaatagggtatcctttccccattgcttgtttttgtcaggtttataaaagatcagatagttgtagatatatggcattatttctgagggctctgttctgttccattggtctatagctctgttttggtaccagtaccatgctgttttggttactgtagccttgtagtatagtttgaa s ponAbe2.chr4 126686287 425 - 198332218 agtttcattagatcccatttgtcaattttggcttttgttgccattgcttttggtgttttagacatgaagtccttgcccatgcctatgtcctgaatggtattgcctaggttttcttctagggtttttatggttttaggtctaacatataagtctttaatccatcttgaattaatttttgtataaggtgtaaggaagggatccagttttagctttctacatatggctagtcagttttcccagcaccatttattaaacagggaatcctttccccgtttcttgtttttgttaggtttatcaaagatcagatagttgtagatatgtggcattatttctgagacctctgttctgttccattggtctatatctctgttttagtaccagtaccatgctgttttggttactgtagccttgtagtatagtttgaa i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58885525 0 + 63241923 C e papAnu2.chr5 119235694 347 - 178775436 M e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135639740 9 - 135778131 I e macFas5.chr5 124228279 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122655140 0 - 184069350 C e nomLeu3.chr9 53525039 0 + 118206036 I e panTro4.chr4 132493253 10 - 193495092 I a score=248574.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 567998 939 + 586476 gtcaggtagcatgatgcctctagctttgttcttttggcttaggattgacttggcaatgtgggctcttttatggttccatatgaactttaaagtag-ttttttccaattctgtgaagaaagtcattagtagcttgatggggatggcattgaatctataaattaccttgggcagtatggccattttcatgatattgattcttcctatccatgagcatggaatgttcttccatttgtttgtatcctcttttatttcattgagcagtggttcgtagttctccttgaagaggtccttcacatcccttgtaagttggattcctaggtattttattctctttgaagcaattgtgaatgggagttcactcatgattaggctctctgtttgtctgttattggtgtataagaatgcttgtgatttttgcacattgattttgtatcctgatactttgctgaaattacttatcagcttaaggacattttgggctgagacgatggggttttctagatatacaatcatgtcatctgcaaacagggacaatttgacttcctcttttcctaattgaatgccctttatttccttctcctgcctgattgcccttgccagaacttccaacactatgttgaataggagtggtgagagagggcatcccagtcttgtgccagttttcaaagggaatgcttccagtttttgtccattcagggtgatattggctgtgggtttgtcatagatagctcttattattttgagagacatcccatcaatacctaattcattcagagtttttagcatgaaggattattgaattttgtcaaaggccttttctgcatctattgagacaatcatgtggtttttgtctttggttatgtttatatgctggattacgtttattgattttcatatgttgaaccaaccttgcatcccagggatgaagcccacttgatc s panTro4.chr4 132493263 939 - 193495092 gtcaggtagcaggatgcctctagctttgttcttttggcttaggattgacttggcaatgtggggtcttttatggttccatatgaactttaaagtag-tttttcccaattctgtgaagaaagtcattggtagcttgatggggatggcattgaatctataaattaccttgggcagtatggccattttcatgatattgattcttcctatccatgagcatggaatgttcttccatttgtttgtatcctcttttatttcattgagcagtggttcgtagttctccttgaagaggtccttcacatcccttgtaagttggattcctaggtattttattctctttgaagcaattgtgaatgggagttcactcatgattaggctctctgtttgtctgttattggtgtataagaatgcttgtgatttttgttcattgattttgtatcctgatactttgctgaaattacttatcagcttaaggacattttgggctgagacactggggttttctagatatacaatcatgtcatctgcaaacagggacaatttgacttcctcttttcctaattgaatgccctttatttccttctcctgcctgattgcccttgccagaacttccaacactatgttgaataggagtggtgagagagggcatcccagtcttgtgccagttttcaaagggaatgcttccagtttttgtccattcagggtgatattggctgtgggtttgtcatagatagctcttattattttgagagacatcccatcaatacctaattcattcagagtttttagcatgaaggattattgaattttgtcaaaggccttttctgcatctattgagacaatcatgtggtttttgtctttggttatgtttatatgctggattacgtttattgattttcatatgttgaaccaaccttgcatcccagggatgaagcccacttgatc i panTro4.chr4 I 10 C 0 s ponAbe2.chr4 126686712 940 - 198332218 gtcaggtagcgtgatgcctccagctttgttcttttggcttaggattggcttggcaatgcaggctcttttttggttccatatgaactttaaagtaatttttttccaattctgtgaagaaagtcattggtaatttgatggggatggcattgaatctataaattaccttgggcagtatggccattttcactatattgattcttcctacccatgagcatggaatgttctttcatttgtttgtgtcctcttttatttcattgagcagtggtttgtagttctccttgaagaggtccttcacatcccttgtaagttgcattcctaggtattttattctctttgaagcagttgtgaatggaagttcaaccatgatttggctctctgtttgtctgttattggtgtataagaatgcttgtgatttttgcacattgattttgtatcctgagactttgctgaagttgcttatcagcttaaggagattttgggctgagacgatggggttttctagatatacaatcatgtcatctgtaaacagggacaatttgacttcctcttttcctaattgaatgccctttatttccttctcctgcctgattgtcctggccagaacttccaacactatgttgaataggagtggtgagagagggcatccctgtcttgtgtcagttttcaaagggaatgcttccagtttttgtccattcagtatgatattggctgtgggtttgtcatagatagctcttattattttgagatacgtcccatcaatacctaatttatggagcgtttttagcatgaagagttgttgaattttgtcaaaggccttttctgcatctattgagataatcatgtggtttttgtctttggttctgtttatatgctggattacatttattgattttcatatgttgaaccagccttgcatcccagggatgaagcccacttgatc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58885525 0 + 63241923 C e papAnu2.chr5 119235694 347 - 178775436 M e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135639740 9 - 135778131 I e macFas5.chr5 124228279 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122655140 0 - 184069350 C e nomLeu3.chr9 53525039 0 + 118206036 I a score=1017.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 568937 3 + 586476 atg s panTro4.chr4 132494202 3 - 193495092 atg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126687652 3 - 198332218 atg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58885525 3 + 63241923 ATC i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119235694 347 - 178775436 M e calJac3.chr3 125471348 565 + 190850796 I e chlSab2.chr7 135639740 9 - 135778131 I e macFas5.chr5 124228279 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122655140 0 - 184069350 C e nomLeu3.chr9 53525039 0 + 118206036 I a score=755.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 568940 1 + 586476 T s panTro4.chr4 132494205 1 - 193495092 T i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126687655 1 - 198332218 C i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135639749 1 - 135778131 T i chlSab2.chr7 I 9 C 0 s calJac3.chr3 125471913 1 + 190850796 T i calJac3.chr3 I 565 C 0 s canFam3.chr13 58885528 1 + 63241923 T i canFam3.chr13 C 0 C 0 e papAnu2.chr5 119235694 347 - 178775436 M e macFas5.chr5 124228279 0 - 189454096 C e rheMac3.chr5 122655140 0 - 184069350 C e nomLeu3.chr9 53525039 0 + 118206036 I a score=275008.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 568941 128 + 586476 ACACCTTTTTTATTAATGTATTTACTACATTTACTTTCAACTTCCAAATATAATGTTAAGCTT--TTCATTTCTAAAACAATGAATTGGCAATGAGTTTACTTATATTCACTTGTTTCATAACTT---ATATT s panTro4.chr4 132494206 128 - 193495092 ACACCTTTTTTATTAATGTATTTACTACATTTACTTTCAACTTCCAAATATAATGTTAAGCTT--TTCATTTCTAAAACAATGAATTGGCAGTGAGTTTACTTATATTCACTTGTTTCATAACTT---ATATt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126687656 128 - 198332218 ACACCTTTTTTATTAATGTATTTACTACATTTACTTTCAACTTCCAAATATAATGTTAAGCTT--TTCATTTCTAAAGCAATGAATTGGGAGTGAATTTACTTATATTCACTTGTTTCATAACTT---ATATT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64629431 128 - 118206036 ACACCTTTTTTATTAATGTATTTACTACATTCGCTTTCATCTTCCAAATATAATGTTAAGCTT--TTCATTTCTAAAGCTAAGAAATGGGAGTGAATTTACTTATATTCACTTGTTTCATAAGTT---ACATT i nomLeu3.chr9 I 14889 C 0 s rheMac3.chr5 122655140 128 - 184069350 ACACCTTTTTTAGTAATATATTTACTACATTCACTTTCAACTTCCAAATATGATGTTAAGCTT--TTCATTTCTAAAGCAATGAAATGGGAGTGAGTCCATTTATATTCACTTGTTTCATAACTT---ACATT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124228279 128 - 189454096 ACACCTTTTTTAGTAATATATTTACTACATTCACTTTCAACTTCCAAATATGATGTTAAGCTT--TTCATTTCTAAAGCAATGAAATGGGAGTGAGTCCACTTATATTCACTTGTTTCATAACTT---ACATT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135639750 127 - 135778131 ACACCTATTTTATTAATGTATTTACTACATACACATTCATCTTACAAATTTAATGTTAATCTT--TTCATTAATAAAA-AATGAAATGGGAGGGAGTTTACTTATATTCACTTGTTCCATAAATT---AGAGT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125471914 125 + 190850796 ACACC---TTCATTAATGTATTTACTATACTCACTTTCATCTACCaaatttaatattaagctt--ttaatttttaaataaattaaattGGAGTAAATTTACTTATATTCACTTGTTTTATAAGTT---AGAAT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58885529 121 + 63241923 ACACATTTGTT-TTGCTGTATATACTA-----GCTCTTATTTTATAAACTTATTATTAACCTCTATTTCTTTTTGACTTA------TAGAAGGGAATTTACTTATATCTACTTGTTTCTCAAGTTCTGACATT i canFam3.chr13 C 0 I 5 e papAnu2.chr5 119235694 347 - 178775436 M a score=849979.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 569069 327 + 586476 CTCATATCTGATG-------------ATTTACAAAGAAAGCAAATCTAT-CAATCATCTATGTATGAGAAGTACATGAATTTGCTTAAAAAGCACATATATATTT--------------TTTCCAGTTACAAATTATTAAGCACTGTTTCCAAGAAAAAAACTCAAGTGACTTTTTTC-CCATATATCCAGAATAATATCTCATTTGCTACAATTGGAAATCATTTAAAGGTAGAAAAGACTGATTGGCAGTTCTTTAATAATAG---GTCTGTT-TAAAATATCCCAAAATTGTGGTGATGCTAAATTTCATTCTGCTGGCTCTTAGCTCTTCAATGGCACAATCCAAAGCATTGACAG s panTro4.chr4 132494334 340 - 193495092 ctcatatctcatatctcatatctcatatTTACAAAGAAAGCAAATCTAT-CAATCATCTATGTATGAGAAATACATTAATTTGCTTAAAAAGCACATATATATTT--------------TTTCCAGTTACAAATTATTAAGCACTGTTTCCAAGAAAAAAACTCAGGTGACTTTTTTC-CCATATATCCAGAATAATATCTCATTTGCTACAATTGGAAATCATTTAAAGGTAGAAAAGACTGATTGGCAGTTCTTTAATAATAG---GTCTGTT-TAAAATATCCCAAAATTGTGGTGATGCTAAATTTCATTCTGCTGGCTCTTAACTCTTCAATGGCACAATCCAAAGCATTGACAG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126687784 327 - 198332218 CTCATATGTGATG-------------ATTTACAAAGAAAGCAAATCTAT-CAATCGTCTATGTATGAGAAATACATTAATTTGCTTAAAAAGCAGATATAATTTT--------------TTTCCAATTACAAATTATTAAGCACTTTTTCCAAGAAAAAAATTCAAGTGACTTTTTTC-CCATATTGCCAGAAAATTATCTCATTTGCTACAATTGGAAATCATTTAAATGTAGAAAAGACTGATTGGCAGTTCTTTAATAATAG---ATCTGTT-GAAAATATCCCAAAATTGTGGTGATGCTAAATTTCATTCTGCTGGCTCTTAACTCTTCAATGGCACAATCCAAAGCGTTGACTG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 64629559 327 - 118206036 CTCATATCTGATG-------------ATTTACAAAGAAAGCAAATCTAT-CAATCATCTATGTATGAGAAATATATTAATCTGCTTAAAAAGCACATATAATTTT--------------TTTCTGATTATAAATTATTAAGCACTGTTTCCAAGAAAAAAATTCAAATGACATTTATC-ACATTTATCCAGAATAATATCACATTTGCTACCACTGGAAATTATTTAAATGTAGAAAAGACTGCTTGTCAGTTCGTTAATAATAG---GACTGTT-GAAAATATTCCAAAATTGTGATGATGCTAACTTTCGTTCAGCTGGCTGTTAACTCTTCAATGGTACAATCCAAAGCGTTGACAG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 122655268 326 - 184069350 CTCATACCTGATG-------------ATTTACAAAGAAAGCAAATCTAT-CAATCATCTATGTCTGAGAAATGCATTAATCTCCTTAAAAAGCACATATAATTTG--------------TTTCCAATTACAAATTATTCAGCACTTTTTCCAAGAAAAAAATTCAACTGACTTTTTTCCCCATATATCCAGAATAATAT--CATTTGCTACCGCTGGAAATTATTTAAATGTAGAAAAGACTGATTGTCAGTTCATTAATAATAA---GACTGTT-GAAAATGTTCCAAAATTGTGATGATGCTAAATTTCATTCTGCTGGCTGTTAACTCTTCAGTGGTACAATCCAAAGCGTTGAAAG i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124228407 328 - 189454096 CTCATACCTGATG-------------ATTTACAAAGAAAGCAAATCTAT-CAATCATCTATGTCTGAGAAATGCATTAATCTCCTTAAAAAGCACATATAATTTG--------------TTTCCAATTACAAATTATTCAGCACTTTTTCCAAGAAAAAAATTCAACTGACTTTTTTCCCCATATATCCAGAATAATATCACATTTGCTACCTCTGGAAATTATTTAAATGTAGAAAAGACTGATTGTCAGTTCATTAATAATAA---GACTGTT-GAAAATGTTCCAAAATTGTGATGATGCTAAATTTCATTCTGCTGGCTGTTAACTCTTCAGTGGTACAATCCAAAGCGTTGAAAG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119236041 328 - 178775436 CTCATACCTGATG-------------ATTTACAAAGAAAGCaaatctat-caatcatctatgtCTGAGAAATACATTAATCTCCTTAAAAAGCACATATAATTTG--------------TTTCCAATTACAAAGTATTCAGCactttttccaagaaaaaatttCAACTGACTTTTTTCTCCATATATCCAGAATAATATCACATTTGCTATCActggaaattatttaaatgtagaaAAGACTGATTGGCAGTTCATTAATAATAA---GActgtt-gaaaatgtttcaaaattgtgATGATGCTAAATTTCATTCTGCTGGCTGTTAACTCTTCAATGGTACAATCCAAAGCATTGAAAA i papAnu2.chr5 M 347 C 0 s chlSab2.chr7 135639877 327 - 135778131 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hg38.chr4_GL000257v2_alt 578864 555 + 586476 aaatcaactcaagatggatcaaatagtgaaaactaagatcagaaacaataaaaaattctagaaggtaacactggaaaaactcttctagacattgggttaggcaaaaacctcatgaccaaaaatccaaaagcaaatgcaactaaaacaaagataaatagttgtgatttaattaaactaaaaagcttctg-ccagcaaaagaaataatcagctgtgtaaacagacaactcacagagtagtggaaaatattcatgaactatgcatctcacaccaaaaggctaatgtccagaatccacaaatggctaaaaaaa------aaaaaaaaagaaaaaaacccatcaaaaagtagcctaaggtaataaatagacaattcttaaaagaagatatataaatggccaacatatatgaaaaaatgctcaacttcactaattatcaggaaaatgcaaatcaaaaccacaatgcaataccactatactcctgaaagaatgaatataatttaaaaatccaaaaataataaaatgttggcatagatgtggtaaaaaggggacagttttatgctgct-at s panTro4.chr4 132504150 543 - 193495092 aaaacaactcaagatggatcaaataaggaaaactaagatcagaaacaataaaaacttctagaaggtaacactggaaaaactcttctagacattgggttaggcaaaaaccttatgaccaaaaatccaaaagcaaatgcaactaaaacaaagataaatagttgtgatttaattaaactaaaaagcttctg-ccagcaaaagaaataatcagctgtgtgaacagacaactcacagagtagtggaaaatattcatgaactatgcatctcaca---aaagactaatgtccagaatccacaaatggctaaaaaaa------aaaaaaaa---------cccatcaaaaagtagcctaaggtaataaatagacaattcttaaaagaagatatataaatggccaacatatatgaaaaaatgctcaacttcactaattatcaggaaaatgcaaatcaaaaccacaatgcaataccactatactcctgaaagaatgaatataatttaaaaatccaaaaataataaagtgttggcatagatgtggtaaaaaggggacagttttatgctgct-at i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126697676 542 - 198332218 aaatcaactcaagatggatcaaataatgaaaactaagaacagaaacaataaaaa-ttctaggaggtaacactggaaaaactcttctagacattgggttaggcaaaaacctcatgaccaaaaatccaaaagcaaatgcaactaaaacaaagataaatagttgtgatttaattaaactaaaaagattctg-ccagcaaaagaaataatcagctgtgtaaacagacaactcacagattagtggaaaatattcatgaactatgcatctcaca---aaggactaatgtccagaatctacaaatggctaaaaaaa------aaaaaaat---------cccatcaaaaagtagcctaaggtaataaatagacaattcttaaaagaagatatataaatggccaacatatatgaaaaaatgctcaacttcactaattatcagaaaaatgcaaatcaaaaccacaatgcaataccactatactcctgaaagaatgaatataatttaaaaatccaaaaataataaaatgttggcatagatgtggtaaaaaggggacagttttatgctgct-at i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53935990 467 + 118206036 agatcaacttaagatgaatcaaataattaaatctaagacctggaagtataaaaa-ttgtagaagataacatcataaaaactcttctagacattggcttaggcaaagacttcatgaacaataacccaaaagcaaaggcaacaaaaacaaagataaatagaaggaactcaattacactaaaaacttctga-acagcaaaagagataatcagcaaagtaaacagataactcacagagttagagaaaatcttcacaaactacacatcccaca---aaagactaatatccacagtctacaaagtgctgaaacaaatcagcaagagaaaaacaaataatccctcaaaatgtgacttaaggacatgaatagacaatttacaaaagaagatatacaaatggc---------------------------------------------------------------------------------------gaatggccatagtttaaaaatccaaaaataataga-tgttggcatg---gtagtaataagggaacacatttacactgctggt i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124375739 464 - 189454096 agatcaactcaagatgaatcaaataattaagtctaagacctggaagtgtaaaaa-ttgtagacaataaaattggaaaaactattctagacattggcttaggcaaagacttcatgaccaggaacccaaaagcaaagacaacaaaagcaaaaataaatagatggaacttaattacactaaaaagcttctgaacagcaaaagaaataatcagcaaagcaaacagacaactcacagagttagagaaaatcctcacaaactgcacatcccaca---aaagactaatatccacagtctaccaagtacttaagcaaatcagcaagagaaaaactagtaatacctcaaaaagtggcctaagaacatgaatagacaattttcaa---aagatatacaaatggc---------------------------------------------------------------------------------------gaatgtctataatttaaaaatccaaaaa-aataga-tgttggcatg---gtgctaataagggaacacatttagagtgctggt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119357132 468 - 178775436 agatcaactcaagatgaatcatataattaaatctaagacctggaAGTGTAAAAA-TTGTAGACAATAACATCGGAAAAACTATTCTAGacgttggcttaggcaaagacttcatgaccaggaacccaaaagcaaagacaacaaaagcaaaaataaatagatggaacttaattacactaaaaagcttctgaacagcaaaagaaataatcagcaaagcAAACAggcaactcacagagttagagaaaatcttcacaaactgcACATCccaca---aaagactaatatccacaatctaccaAGTACTTAagcaaatcagcaagagaaaaactaGTAATCCCTCAAAAAGTGacctaagaacatgaatagataattttcaaaagaagatatacaaatggc---------------------------------------------------------------------------------------gaATGTCCAtagtttaaaaatccaaaaataataga-ttttcgCATT---GTGCTAATAAGAGAACACATTTAGAGTGCTGAT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58936705 25826 + 63241923 T e chlSab2.chr7 135651573 1860 - 135778131 I a score=160170.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 579419 120 + 586476 gggaatgtaaactagtacaactactatggaaaaccatatgaagattcctgtaagaaataacagtagaagtaccatttaatccagcaatcccactactgtgtatctttacagaggaaagga s panTro4.chr4 132504693 120 - 193495092 gggagtgtaaactagtgcaactactatggaaaatcgtatgaagattcctgtaagaaataacagtagaagtaccatttgatccagcaatcccactactgtgtatctttgcagaggaaagga i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126698218 120 - 198332218 gggaatgtaaactagtacaactactatggaaaaccatatgaagattcctataagaaataatggtagaagtaccatttgatccagcaatcccactactgtgtgtcttcgcagaggaaagga i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53936457 120 + 118206036 gggaatgcaagctaggaaaaccactatggcaaacaatatggatatcccttaaataactaaaagtagaactgccatttgatccagcaattccactgctggacatctatccagaggaaaaaa i nomLeu3.chr9 C 0 I 1060 s macFas5.chr5 124376203 120 - 189454096 gggaatacaaactagtaaaaccactatgacaaacaatatggatatcccttaaataactaaaagtagaactgccatttgatccagcaattccactgctggacatccatccagaggaaagta i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119357600 120 - 178775436 GGGAATacaaactagtacaaccactatggcaAACAATATGGATAtcccttaaataactaaaagtagaattgtcatttcatccagcaattccactgctggatatctatccagaggaaagta i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125297155 118 + 190850796 gagaatgtaaactagtaaaactactatggaaaactgtatgaatgttactataagaactgaaagtagaagtatcatttgatccagaagtctcactactgtgcatcttccaagaggaaaa-- i calJac3.chr3 N 0 C 0 e canFam3.chr13 58936705 25826 + 63241923 T e chlSab2.chr7 135651573 1860 - 135778131 I a score=105104.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 579539 125 + 586476 agtctttat----atgaaaaagacccacacacatatatgtttccaacagcactgtttgcaattaaaaaaaaaa-gaatggaagtagcctaaatgcccatcaaccaaccaataggtggataaagaaaatgt s panTro4.chr4 132504813 126 - 193495092 agtctttat----atgaaaaagacccacacacatatatgtttccaacagcactgtttgcaattaaaaaaaaaaagaatggaagtagcctaaatgcccatcaaccaaccaataggtggataaagaaaatgt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126698338 125 - 198332218 agtctttat----atgaaaaagatccacacacatgcatgtttccaacaccactgtttgcaattaaaaaaaaaa-gaatggaactagcctaaatgcccgtcaaccaaccaataggtggataaagaaaatgt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124376323 116 - 189454096 agtcattat----atgaaaaa-acccatatacacacatgtttatagcagcacaattcacaattgcaaaa-----ctgtggaaccagcctaggttcccat----caaccaatgggtggataaagaaaatgt i macFas5.chr5 C 0 I 5 s papAnu2.chr5 119357720 116 - 178775436 agtcattat----atgaaaaa-acccatatacacacatgtttatagcagcacaattcacaattgcaaaa-----ctGTGGAACCAGCCTAGATTCCCAT----CAACCAAtgggtggataaagaaaatgt i papAnu2.chr5 C 0 I 103 s calJac3.chr3 125297273 125 + 190850796 tgtctttattaaaaaaaaaaaaacccatgcatatacatatgtacaacagcacagttcacaatttaaaca-----atatggaagcagtctaaatgctcatcaaccaatcaacaggtggataagaaaattat i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58936705 25826 + 63241923 T e chlSab2.chr7 135651573 1860 - 135778131 I e nomLeu3.chr9 53936577 1060 + 118206036 I a score=3462.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 579664 24 + 586476 atacacacacacacgcgtgcgcgc s panTro4.chr4 132504939 20 - 193495092 atacacacacatgcgcatgc---- i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126698463 22 - 198332218 atacacacacacacacgagt--gc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124376444 20 - 189454096 atatatacACACACGCACAC---- i macFas5.chr5 I 5 C 0 s papAnu2.chr5 119357939 20 - 178775436 atacacacaaacacacacac---- i papAnu2.chr5 I 103 C 0 s calJac3.chr3 125297398 2 + 190850796 --------------tc-------- i calJac3.chr3 C 0 N 0 e canFam3.chr13 58936705 25826 + 63241923 T e chlSab2.chr7 135651573 1860 - 135778131 I e nomLeu3.chr9 53936577 1060 + 118206036 I a score=150458.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 579688 217 + 586476 acacac------------acacacacatata------------------------------------------------------------cacacacatatacat---------act----------------------atatatatatacaccatggaatactactaagccataaaaataaacaaactaatggcattaacagcaacttgtacaaagtgggagggcattattcttagtgaagtaattcaggaatagaaaactgaacattctaaattgtcacttataaatgggatctaagctatggggatgcaaaggcat s panTro4.chr4 132504959 217 - 193495092 acacac------------acagacatatata------------------------------------------------------------cacacacatatgcat---------act----------------------atatatatatataccatggaatactactaagccataaaaataaacaaactaatggcattaacagcaacttgtatgaagtgggagggcattattcttagtgaagtaattcaggaatagaaaactgaacattctaaactgtcacttataaatgggatctaagctatggggatgcaaaggcat i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126698485 215 - 198332218 acacac------------acacacacatata------------------------------------------------------------cacagacatatgcat---------act----------------------atatatatat--accatagactactactaagctgtaaaaataaacaaactaatggcattaacagcaacttgtatgaagtgggagagcattattctaagtgaagtaattcaggaacagaaaactgaacattctaaactgtcacttataaatgggatctaagctatggggatgcaaaggcat i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124376464 298 - 189454096 AAATACGTGTGTGTTTGTATACACATACATATTTATActatgtatatattgtgtgtatatatatgagtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatctcacatttactttatcCACCCATTGGGGGATGAATAAATATAT--------ATatactattcagccatcaaaagagacaaaata--------------aacctggatgcagttggagaccattattctaagagaagtaattcaggaatacaaaattaaacacttcaggctctcacttataagtggtaccgaagctatcaggacacaaaggcat i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119357959 192 - 178775436 acacac------------acacacacacaca------------------------------------------------------------cacacacacacacac----------------------------------acacacatat--------gaatactactcagccatcaAAAGAGACGAAATA--------------AACCTGGATGCAGTTGGACACCATTATTCTAAGAGAATTAATTCAGGAATATAAAATCAAACAAtgtatgctctcacttataagtgggaccgAAGCTAttaggacacaaaggcat i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125412145 205 + 190850796 acacac------------acacacacacaca------------------------------------------------------------cacacacacacacac----------------------------------acacac-Tat-------ggaatactactcagccataaaacagaacaaaatcatggtatt-acagaaacctagatggagttggagaccattattctaagtgaagtaattcagcagcagaaaaccaaactatgtatgttctcacttgtaaatgggacctaagccattacgactcaaaggcat i calJac3.chr3 N 0 C 0 e canFam3.chr13 58936705 25826 + 63241923 T e chlSab2.chr7 135651573 1860 - 135778131 I e nomLeu3.chr9 53936577 1060 + 118206036 I a score=318963.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 579905 258 + 586476 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aagaatggtataatggactctcggaactcagagggaaggataggatggaggtgagggataaaacactacacattgggtacagtgtatgtttcttgaataatgagtgcaccagaatctgaaaaatcaccactgaagagcttatccgtgtaaccaaaaaccagttgtgacccaaaagctattgaaataact---aaaaaaaaaaagaataaaa----aaaGATGAATATTTTCAAATGAACAG-AAAAATAGAATTGGCTCAAAA i nomLeu3.chr9 I 1060 C 0 s macFas5.chr5 124376762 254 - 189454096 acaaatgatataatggactcttggaactcagaaggaagggtaggaggggggtgagggataaaacactacacattgggtacaatgtatattgcttgagtaatgggtgcaccaaaatctgaaaaatcaccactaaagagcttatccatgtaacgaaaaaccaactgtcacccaaaaactattgaaataaTT---TTAAAAAATGATTAAAAAA-----CAGATGAATGTTTTTAAATGACCAG-AAAAATAGAATTGGCTCAAAA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119358151 256 - 178775436 aagaatgatataatggactctcGG-ACTCAGAAggaagggtaggaggagggtgagggataaaacactacacattgggtacagtgtatattGCTTGagtaatgggtgcaccaaaatctgaaaaatcaccactaaagagcttATCCATGTAACGAAAAACCAACTGTCACCCAGAAACtattgaaataactaaaaaaaaaaaaaattataaaa-----cagatgaatgtttttaaataaccag-aaaaatagaattggctcaaaa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125412350 256 + 190850796 aagaatggtggaacagactctcggaactcagagggaagggtaggaggggagtgagggataaaacactacacactgggtacaatatagattgctcaagtaatgggtgcgccaaaacctcaaaaagcaccactaaaaagctcatccatgtaatcaaaatacaactgtcacctaaaaaaaattgaaataata------aaaAAAGAGAATTAAATAAAACAGACGAATATTTTTAAATAACCGG-GAAAATAGAATTGGCTCAAAA i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58936705 25826 + 63241923 T e chlSab2.chr7 135651573 1860 - 135778131 I a score=21471.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 580163 12 + 586476 AACCAAAGATGT s panTro4.chr4 132505428 12 - 193495092 AACCAAAGATGT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126698958 12 - 198332218 AACCAAAGATGT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53937892 12 + 118206036 AACCAAACGCAT i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124377016 12 - 189454096 AACCAAACGCAT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119358407 12 - 178775436 aaccaaacacat i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135653433 12 - 135778131 AACCAAAGATTT i chlSab2.chr7 I 1860 C 0 s calJac3.chr3 125412606 12 + 190850796 AACCAAACACAT i calJac3.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr13 58936705 25826 + 63241923 T a score=126197.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 580175 64 + 586476 TGCAGAATAGTTCAAATTTACAGTAGGAAGCAGGAAAGAGTGGCTATATTTCTAATTCCACATA s panTro4.chr4 132505440 64 - 193495092 TGCAGAATAGTTCAAATTTACAGTAGGAAGCAGGTAAGAGTGGCTATATTTCTAATTCCACATA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126698970 64 - 198332218 TGCAAAATAGTTCAATTTTTCAGTAGGAAGCAGGTAAGACTGGCTATATTTCTAATTCCACATA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53937904 64 + 118206036 TGTAAAATTAGTTCATTTTGTAATAGAAACCAGGTAGGAGTTGCTGTATTTCTAATTCCACATA i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124377028 64 - 189454096 TGTAAAATTAGTTTATTTTGTAGTAGAAACCAGGTATGAGTTGCTGTATTTCTAATTTCACATA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 119358419 64 - 178775436 tgtaaaattagtttattttgtaGTAGAAACCAGGTATGAGTAGCTGTATTTCTAATTCCACATA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135653445 64 - 135778131 AGTAAAATAGTTCAATATTACTGTAAGAAGCAGGTAGCAGTAGCTATATTTCTAATTCCACATA i chlSab2.chr7 C 0 I 23615 s calJac3.chr3 125412618 64 + 190850796 TGTAAAATTAGTTCATTTTGTAGTGGAGGGCAGGTAGGAGTTGTTATATTTCTAATTCCACATA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58910879 57 + 63241923 tgcccaATAGCTCAGTTTTATAATAGGAAACAGCT-------GTTATATTTCTAAATTCACCGA i canFam3.chr13 T 25826 C 0 a score=141960.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 580239 106 + 586476 ATTTCCACTGAGAAATGACTTATGTGCTTAAAACAGTAAACA-TTTGGCCATAAATTTTAGCAAAAAATGTGACAATAAAGCTGCATGCATCATAAAAGCCAAGCAA s panTro4.chr4 132505504 106 - 193495092 ATTTCCACTGAGAAATGACTTATGTGCTTAAAACAGTAAACA-TTTGGCCATAAATTTTAGCAAAAAATGTGACAATAAAGCTGCATGCATCATAAAAGCCAAGCAA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 126699034 106 - 198332218 ATTTCCACTGAGAAATGACTTAAGTGCTTAAAACAGTAAACA-TTTGGCCATAAATTTTAGCAAAAAATGTGACAATAAAACTGCATGCATCATAAAAGCCAAGCAA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53937968 106 + 118206036 CTTTTCACTGGGAAATGACTGAAGCTC-TAAAATGGTAAGCACTTTTATCATATCTTTTAGGAAAAAAAGTGACGTTGAAGCAGGATGCACAATAAAAGCCAAGCAG i nomLeu3.chr9 C 0 C 0 s macFas5.chr5 124377092 106 - 189454096 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calJac3.chr3 125413565 3 + 190850796 AAA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr13 58911848 3 + 63241923 AAA i canFam3.chr13 C 0 C 0 a score=689023.000000 s hg38.chr4_GL000257v2_alt 581188 413 + 586476 GTAAGTTAATTTGCCTGTACATATCAAGTCTATGAAAGGCATTT--AAAGTGT----CAAATAATTCAAAGTAAATGTCAAAGAATTGACATAGAATTTATGTATT-TTAATTTGAGTCATCATAGAAAGTTTGGCTTTTAAATTGGACTTTTCTCATTAACAAATA-TTTTT-AAAGTAGAAAAGGAAGGTCAGGTGAGAAAGTTA-TTT-TTTCAAGCAGAGAAA---GTATGAGGCATTTTT-AATTTGTTTTTAATTTTTTAAttttaagtttttgtgggtccatattaagtgtacatatttatggggtatatgagatgttttgata-------ca-------atgtgaaataatcacatcatggaaaataagatactcattccttaagcatttatcctttgtattatgaacacattccacattacacta--ttAGTTCT s panTro4.chr4 132506458 413 - 193495092 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papAnu2.chr5 119359794 406 - 178775436 ataacttaatttgCCTGAGCATATC--GTCAATGAAAGGTTTTT--CAAGTAC----CATATGATTCAAAGTAAATGTAATAGAATTGACATAGAATTTGTGTATT-TTAACTTGAGTCATCATAGAAAGTTTGGattttaaattgga-tttcataattgacaaata-ttttt-aaagtaaaaatggaagTTCAGGTGAGAAAGTTAATTA-TTTGAGGTAGAGAAC---ATAtga-gcaatttt-a--tttcttttaattttt--------agtttctttgagtacatagtaggtgtatatattcatgaggtacatgagatgttctGATA-------CAGgctgcaatgtgaaataatcacatcatgaagaAAAGGGTACCCATCGCTTAGGCATTTATCCTTTGTCTTATGAA-ATATACAA--TTACACTACTCTAGGTCT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 135678440 411 - 135778131 GTAAGTTAATTTGCCTGTGCAAATCAAGTTTATGAAAGGCTTTT--AAAGTGC----CAAATAATTCAAAGTAAATGTCAAAGAATTGACATAGAATTTGTGTACT-TTAATTTGAGTCATCATAGAAAGTTTGCCTTTTAAATTGAACTTTTCTCATTGACAAATGTTTTTT-AAAGTAGAAATTGAATGTGAGGTGAGAAAGTTAATTTTTTTGAAGCAGAGAAA---ATAAAA-GGAATTTTAA--TATTTTTTAATTGTTTAATTCAAATtttttgtgggtacatattaagtgcatatatttatggggtatatgagttgtttcaata-------ca-------atgtgaaatagtcatatcatgaaaaataggatattcattcctgaagcacttatccttcgtattatgaa-caattcaa--ttacactg--ttAGTTCT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 125413568 408 + 190850796 GTAAGTTAATTTGCCTGAGCATATCAAGTCCATGAAAGCTTTTT--AAAGTGT----CACATGATTCAAAGTTAATGTCATAGTATTGACATAGAACTTGCGTATT------TTGAGTCATCATAGAAAGTTTGATGTTTAAACTGGAATTTCATCATTGACAAATA-TTTTT-AAAGTAAAATTGGAAGATCAGGTAAGATGGTTAATTA-TTTGAGGCAGACAAC---AGATGA-ACAATTTT-A----TTTTTTGTTTTTCAAATttttagtttttctggatacatagtaggtatacatatttatggggtatgtgagatgctttggta-------caggctgcaatgtaaaataatcacatcatgaggaa-aaggcacctatcccttaagtattt-tcctttgtgttatgaa-aaattcaa--tcacacttctttagttCT i calJac3.chr3 C 0 I 1244 s canFam3.chr13 58911851 239 + 63241923 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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr9 53942346 1227 + 118206036 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