##maf version=1 scoring=roast.v3.3 a score=104.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 5 6 + 6066 GCGTCA s xenLae2.chr7L 7610883 6 + 126821045 GCCCTA i xenLae2.chr7L N 0 C 0 a score=273.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 11 1 + 6066 T s cotJap2.chrUn_NW_015440075v1 19312 1 - 29824 T i cotJap2.chrUn_NW_015440075v1 N 0 I 643 s xenLae2.chr7L 7610889 1 + 126821045 T i xenLae2.chr7L C 0 C 0 a score=2382.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 12 385 + 6066 AATATTCCCCTGCTCCCTACAGCC---ACatagcaccccatgtcccctctacagccctaagaccctccctacagtcccccagcccctaaagcccaatctcccctTATAGctccccacagacccaca-----ctggCCCTAGActccctc---------cagagccc----cccacaCTCTCCCATAT-CCAGCCTCA-TATCCCCCTAGAACCCTTC-----------TAGACTCCAT------ATCTCCCCTatatccccaca---gacaccctatatcctccctcaggcccccacaatct----cctacagcacaacatcctGCCCTAGAGcccccccccccTAGCACCCACAACCCTCCCACATGTTGCCACAAACCCCTAAAGCCACATATCCCCCTCGAACACACCTATAGCCCT-TACAGCCCCTCA s xenLae2.chr7L 7610890 415 + 126821045 AATTTCCCCTATTTCTCCATAACCCTCACTTTTTAATTCCTGTAATTCTTGCA----TAACCCTCACCATATAATTTCCC-----CTAATCCTGCCTGTCAACCTATAATTTCCCCTATTCCTGCATAACCCTCACCCTTTAATTCCTGTCATTCTTGCATAACCCTCACCCTATAATTTCCCCTATTCCTGCATAACTGTCACCCTATAATTCCTCCCATTCTTGCATAATCCTCACCCGATAATTTCCCCTATTCCTGCATAACTGTCACCCTGTAATTCCTGCTATTCTTGCATAACCCTCACCCTATAATGCCTCCTATTTTTATAAAATCCTCA---------ACCCACAATTCTTCCAATTGTTGCCTAAATTTCAGACAATAATCCTTCCCATTCATACACACCTATTGCCCTGTACATACCCTCA i xenLae2.chr7L C 0 N 0 e cotJap2.chrUn_NW_015440075v1 19313 643 - 29824 I a score=0.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 397 231 + 6066 TAGAACCGTggagctcctcccaaagccccctacagacccatatcacccctatacccccacagccccctagagaaccaaatccccctatatcccccatatagccctaaaacactccctAAAGACTCTGCAGCACCctagagccccatatcccccaatagcTGCCCACAGATCCCTAGATTCCAACCGCAtccccctcttttcccatataccccaataccccttctacagtcc e cotJap2.chrUn_NW_015440075v1 19313 643 - 29824 I a score=-114.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 628 1 + 6066 c s cotJap2.chrUn_NW_015440075v1 19956 1 - 29824 A i cotJap2.chrUn_NW_015440075v1 I 643 I 761 a score=0.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 629 755 + 6066 ccacagctttccagagccccatagcccccctagAGACACAATTAAGCTCCTTAAAGCCCCACACACCCATACAGCCACCCTAGCCTCATATTTTCCAACAACCCCCGCAAAGccctatatcccctacggcccccactgaagccccagatagccccacaaccctcccgatagcccccacagaccactacagccccatatcccccaatatccacccctgtaacccactacagccccctgtcgccccaaagccctaccctataccccatacactcccatttctccctctggcctccccatggcccctcacaccctccctggattcccaacacagccccctacagccccatctcctcctacaacccacgcacagccctacatccctctaTAGCACCCCTGTgggccccacatccctccatccccctctattcccaaaacACACCAATATCCCCTCATCCCTCgagatccccacacagcacattacagacccatatcctcccacatccccaagagcccccaaagcccctcagctctTACACTgccaccacatctcccccactgcccctacacccacagaccacctcagccCCGGGAGGCACCTCAACAAGCACTGGAGGCTCgggggggCCCGGCCCCTGtgagggcagcagcgctgcGGTGGTGGGGCCCCGactccttcagccgccccaaatccccgcatcccacggcgaaggggacggccacgggctgccgtctgaggggacagctgggcgaTTCCA e cotJap2.chrUn_NW_015440075v1 19957 761 - 29824 I a score=46.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 1384 4 + 6066 AGCC s cotJap2.chrUn_NW_015440075v1 20718 4 - 29824 AGAT i cotJap2.chrUn_NW_015440075v1 I 761 N 0 a score=68.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 3900 3 + 6066 gtt s melGal5.chrUn_NW_011210107v1 4871 3 - 9299 ttt i melGal5.chrUn_NW_011210107v1 N 0 I 507 a score=0.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 3903 519 + 6066 cttcctttctcttgctctcaaggggaagggacggagcagggggagccctgctggtccttggtgacctcagtaaccggttgcattcagcgctcactgctgacagcctgggctaacaacgcggacgtggctcaggccgtcttttcccttagtgataatcagtgtctcagcactctgatatcccctctctggcacgatctggaacctctctgcaagccttggctgcccgttcccaccaccgtttcttcctttctctcttcagaagcggcgcggcgcggttccccgcggttgggagcagcagccagcaggctgccagagatccgaccgcgccttccagcgcacagagggacgcaacagggacggacggtccttcatgccatacagaagtgagtttcttcagccctctgtcgtgaagtgtggaggaatgaattttgagtattccttctgggcgggtgcagcgctgcaggggatgtcaagtgagcatccatttggagtgcaggaaggagcagtgagaagtgaact e melGal5.chrUn_NW_011210107v1 4874 507 - 9299 I a score=373.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 4422 4 + 6066 atca s melGal5.chrUn_NW_011210107v1 5381 4 - 9299 ATCA i melGal5.chrUn_NW_011210107v1 I 507 N 0 a score=100.000000 s galGal6.chrUn_NW_020109962v1 4687 1 + 6066 G s cotJap2.chr2 63918272 1 - 134823679 G i cotJap2.chr2 N 0 N 0