##maf version=1 scoring=multiz a score=11141.000000 s hg15.chrX_random 16184 61 + 4859112 CTGGATGCTATCCGTCAGCACGTCGCTGCTGAATACCCCAAAGAAGCCTGCGGCCTGATTG s mm3.chr9 96100336 61 - 124467299 CTGGATCCTGGCTGTCAAAATGACATTGCTGATTACCTCAGAGAAACCTGCAGCCCTGTTG s rn2.chr8 100507627 61 - 127756414 CCAGATCCTGGCTGTCAAAATGACATTGCTGATTACCTCAGAGAAACCTGCAGCTCTGTTG a score=43484.000000 s hg15.chrX_random 19688 407 + 4859112 GCCGCGGC-------------GGCAGCAGCTGCGCCTTCGTCACCCGCTTCAGGACCTGCCGCAGCTGCTCGGGGCCCAGCGGGGCCACACGTGCAACGCT---GCCCTGGCCCGGAGAAGCCTGGCCG----------------------------CCGCATCCGCCGCGGCGGCTGAAGCGGGG--ACTCCAACCTGGGTCGCT----------GGGCGACGACGTGCCTCACCTGGGAAAGCGGCGGG--CTACGAGTGCCCCGCAGGCCAAGACACCTCGGAAGGCGACGCTGC-CCGGCCGGGACA-----------GCCGCCGCGGCCCCTAGGGCCGATCAGCACAGCGGACCCACCTTATTTTCTCATTGCCTGTCACGGATGTGTTTAACActcagatgtcacctcctccggga-gctgtcc-----ccgatctcccaggcggagGTCTTTGAGGTTCCAAAGCCCCTGACCCA s mm3.chr12 9563683 419 - 114462600 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s rn2.chr5 81270598 1669 - 191625135 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s rn2.chr5 81310562 1065 - 191625135 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tat--------------------------------------------taatacataa-----------ttagaatt-------attataa-attttaatatatCAACTTT----TCCATTTCTAGTATAATTTTTTAA------AGAAACTGAATACTGCACACTTACCATGTTTGACTAAAATTTCTATCATATACTTCGCTTACTATGCATCATGATCCAAATTTCTTAGGTTTTA----------ATATTATTTTTGGCATTATTGACAAGTCAAATAAATGTGTTTACATATATTTTTAGTGATCCTAAATATAAATTGCTATCTAATTTCTTATTTTT a score=253.000000 s hg15.chrX_random 1906297 11 + 4859112 TGGAAAGAAAA s mm3.chrX 29767710 11 + 149996094 ttcaaaaacaa a score=27709.000000 s hg15.chrX_random 1907491 714 + 4859112 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rn2.chr1 206242246 15 - 276301343 CCCTCCTCCCTCAGA a score=22469.000000 s hg15.chrX_random 2565550 426 + 4859112 CCTAGGGGTCCCAGGTCACTCC--CCTCCCCCACCCCTAGGGGGTCCCGGGTTACTCTCCCCTCCCCCATTCCTAGGGGTCTTGGATTACTCTCCCCTCCCTTATCCCTAGGAGGTCCTGGATCACACTCCCCTCCCCCATCACTAGGGCATCCTGGGTCAC----TCTCCCCTCCCCCATCCCTAGGGGCTCTGGGTCACTC-TCCCCTCCCCCATCCCTAGGGGTTCTGGGTCACTCTCCCCTCCCCCATCCCTAGGGGTTCTGGGTCACT--------CTCCCCTCCCCCATCCCTAGGGGGTTCCGGGTCACACTCCCCA-ACCCCATCCCTAGGGGTTCTGGGTTACTCTCCCCTCCCCCATCCCTAGGGTTCCCGGGTTACTCTCCCCTCCCCCAACCCTAGGGGTCCCGGGTTACTTTCCCCAC-CCACATCCCTA s mm3.chr7 120284210 421 - 134401573 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tagcatacacttaacctctttgaagatagaaattta-ttttcttacaattattagagaagttgggagtgg-----taaggctctatctactccatcctctgctcagtgtttcactaaa----gtttaagggactaaccagggctctatttg----gataaatttgtaggattttcccaacataactcagtgacaggattttttttttttttgctcctcagaattagaaaaca----cagccccttctcctccactacgtggcttctctggtttactacttggcattttgctttcacttttgctgcccataggaga--------------------gctaactttg-ttCTGTCAAGA--CCACTTAGAA---------------TAAGTCCGAGTCAAATGATGATTATT----CAAATCTGGGAACCGTA-TCAAATGGTTTTTGTAGGT---------------------------------------------------------------------------------ctcaagtaggacagattatacaggatgtttataacagaaggcaggaatcc--------tggtgcaattttaatattatgcccaccaTGGCATGCAAACAGGCCAAGACATTTAAGAAATTTCAC-TTTTTTTCTAGTGTGCCCCCCCCCCCCCCCGTATG----TCTTACATCACCCATGCAAGGACATAATAACTAAT------ATTTCTTTTTTGTGCTAAATCCTTAATGTATTGTGCTTCATTTATTTTCTACAGTACTCCTGAGG--GCTCTTGAAATACTTCACATATTTTCAAGTATAGAAACAA-AGCT s rn2.chrX 48181429 729 - 133900917 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a score=6760.000000 s hg15.chrX_random 4016101 255 + 4859112 ttctatctcctctattggcttttaagctctccctctttctactatttttaaatgattgctccaaagatttcagtgtgcactcataatttaccacattctgcattaaattaatattatgtgacttcacatataatgtaagattcttacaa-cagtgtaattttatttacatataatgttcttttgtgtgattgtgtttatatatttcagatgattattatataggtaataaattttacaattaattgctattactat s mm3.chrX 123424337 229 + 149996094 TTTTTTCTCTTCTGTTGGTttttaa------cccctttatactctttt--agtgactgtcctagacatttcaat----actctttatgt------tctcatacaatagcaacattataccatttcatataaaatataaagtaaatgtaaacagtgtaattctattctt-tatgaaagtctttc---tgactgtctccatgcatttca-----tttttatgtacatgatgaatcttacaattaattgctattatcat a score=5763.000000 s hg15.chrX_random 4016356 258 + 4859112 t--------gctttaaac---------agcttctt-----ctaaataatttagcatgagaaacaaaaccaattttcatatttaccaacatattt-acatttctactcttctac-cctcctgtgcagcagacttctagttggtatcattccctaaagcctgacgttcttccaccgtcatttattgtaaaatgattttgctggtgacaaattctctcaccgttaatttatctgcaaatgtctttgttttagttccattttaaataaatttt---tcactggatatag s mm3.chrX 123424642 278 + 149996094 tttatatgtgttttaagctctatctagagtttattgaaccctcaagaatttattataggaaggggaatacatttttccacgtacctatctattttccatttgaattgttctacattttttttacagcacagttacacttgctattattccctagagcctgatctactttcactgtcatttattatgaagtg--cctactggtgtcaaaagatctcat-----atttacctaaacatgtctttatttcaccATCGGTGTAAGAAAAATTTAGCCCTGTGGGTATTG a score=1635.000000 s hg15.chrX_random 4016614 162 + 4859112 aaatccctttttgatatttgttgctttcagcactttaaatatttcttccactgtcttttcgtctccat-ttttcctgataataacacatcaattatttttaatattttgctcctttatattatgt-ctg-gtttttctctggatgtattt-------------------------------------------------------------------------gagattttctctctg s mm3.chrX 123424994 227 + 149996094 AAGTCTATCTTTGACATTTGTTCCCT------CACTGAGTATTT-TTCCACTATCTTTT-ATCTAAATATTGTCCTAATAATAA---ATCCATATTTTAAAATAATTATTTCCTGTATATTATACACTGAGGTTTTTTCTGGATGCATTTTCTGTAGCATTTTTAAAGgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtAGGATATGAGATCATCCATGAa a score=2225.000000 s hg15.chrX_random 4017408 350 + 4859112 tttcaattttt--attctctctgagtttaatttggatggtttttattcactgccttcaaatttactgatt-------ttttgatgtgttcaatattctgttaatcGCCACAAAAA----------TTTTaatttccatttg---gttctttta-------------------------------------------------agagttatcatatttttccagaaattccctattttttactcat----------------------------------------------------------------------tatatacatgtt--------------------------tgcctatagattctttaacatatttattatagctattttaaagatcttttcagcttattccaaattttcagataaccatgtgtctatttctattggtagttttgtttttct----tgaataagcaccacatattcaagtttcttccaatctgctaatttttattgtat s mm3.chrX 123425889 502 + 149996094 TTTCAAGTTTTTGGTTTTGTTTAGATTTTACTTTCACAGCTGTTA---ATTATCTTCATGTTTACTGATTCGGTTTTTTCTGGTTTGTTCTTTATGCTGTTGCTATATATAAGAAAAATAGCGGGTTTT--TTTCCTTTTAAGAGTTACCTcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaAAGAGTTACCTTATTTCACCAGAAATTGACCATTTTTCACTCGTGTGCATTTTAATCTGAAGATTTTTTTCTTATTAATTTCTGGTGCTGGCAATGAACTCAGTGTAACACATGTACATACATTTTCTCCTGAGTTTTATAACCAATTCCTATGACTGTAGGTTCTTGGCCACATTGGTAA-ATCAATTTTAAAGAAGTTTTCTACTTATTTTAACATTCTAATAATTCAGGAGTCTCATTCTGCTG-----TTTGCTCTTCTATACTGTTTAAG--------ATTGATATTCCTTCATATGAGGTATCACTTGTTGTGC a score=36053.000000 s hg15.chrX_random 4017758 271 + 4859112 actaaatgatatggatagtatggtataaagattctggattctattaaatttctt--gaagaatgctgaatattgttctacctggcagttCAATTCCTG-GTATCAACTTGATCCTGCAGTGATGGAGTTTTAGATTTTGTTATAGCAGGGCTATTTCCAATGCCCTTTGTCTTACGTGTATCCCTTGGACTTGGCATACGGGCTTTATTGTTAATGTGTGGGTTTTCTGGGGtaattttatttaaaaaatttcatttagtatttctttttttta s mm3.chrX 123426879 268 + 149996094 ACTGAATGTTATAAACGGTAC-ACATAGGGATTCCAGATTCTGTCAAATTTCTTTATAAAAACGTTGACTA---TTCTATCAGGTCATCCATTTTTTGAAAATCAACTTGATCTTACATTGATTGAA-TTTAGGCTTTATTACAAT-GGAGAATTTCCATTGCCCTTACCCTTAACTGTACCTCCTAGACCTGGTATATGAGCTTTCCTTTTAATCTGTGGATTTTCTGGAGTTATTTCCGTTGAAATTTTTTAGGTAATGTTTTCATTCATTA s rn2.chr7 6944934 267 - 139049774 ACTGAATGTTATAGATGCTAT-GTATAGGGATTCCAGATTCTCTTAAATTTCTTTGTAAAAATGTTGACTA---TTATATCAAGTCATTCATTTCCTGAGAATCAACTTGATCTTATATTGTTGGAA-TTTAGGCTTTATTACATT-GGGCAATTTTCATTGTCCTTAGCCTTAAGTGTAGCTCCTAGACCT-GTATATGGGCTTTCCTTTTAATTTGTGCTGATTGTGGAGCTATTTCCTTTGAAATATTATATGTAATGTTTTCATCTATGA a score=10544.000000 s hg15.chrX_random 4018541 147 + 4859112 aagtctgttggcaacaaattgtcttagctgtcattcattagaaaacatttccattgtgctttcacttGTTATTGAGTTACAtagtagacagaattctaccatctc-caccccaag---atttctggcccctggtTATTTAGTAAA--------------------------------------------------AAACCa s mm3.chrX 123427147 185 + 149996094 AAGTATATTGTCAGTAAAACTTCTTAGCTGTCTTTCATTAGAAG--ATTTTTATTGTTCCT-------TAATTCaattttatcaattat----ttctaagatgccttcccccatgaacatttgcagttccttg---ttaaatcaaagactaatcgtggtactgatgtgggatgactttgcaaattgacaactctcaaacta s rn2.chr7 6945201 185 - 139049774 AAATATATTGCCAGTACAATTT----GCTGTCATTCATTAGAA---ATTTTTATTGTCCCT----TTATTATTCAATTATATCATtgat----ttctaaggtgca-ccccccatgaatatgtgcagttccttgtttttgaatcaaagactaatctaggtcctgatggagggtgacatcgaaaatagaaaactctcaaactg a score=7853.000000 s hg15.chrX_random 4019963 67 + 4859112 gatgccagttgcctctaaagtcattcatagattcaaagtgattccagtt--taacccaacaacct-------ttat s mm3.chrX 123428219 76 + 149996094 AATTTGAGTTGTCGAAAGAATGGCCCATCAATTCAAAGTAATTCCAGTTCATAAGTCAAACAATTAAAAAAAATAg s rn2.chr7 6946417 74 - 139049774 AATTTGAGTTGTCACAAGAGTGGCCCATCAATTCAAAGTGATTCCAGTTCATAACCCAAACAATT--CAAAAACAg a score=50527.000000 s hg15.chrX_random 4020406 656 + 4859112 Tgtgtggtacttgataagg------attgagaaatagatcaatgaaacagaat--ttggaggata---aaaaagac---taatatacaataaattgacttttgataaaggtatcaaataaattttttagagaaagcaaattcttttcaacaaatggccctgaaacatctagatattcgtatggggaaaaaataaaacttaattcatacattacatcatacagaaaaaaaaatgtttttaattagatcttagtctgaacataaaagctaaaaccataatgcttttagaggaaaacatagatagatatttccgtgacttggcataggcagattttcttaggatacaaaaagcagtaactgtaaaagaaaaaaattgatagattagatttaaat----ttttaaactacttttatcagaaaacaccgctaggaaaatgaataggaaagccacagacaaggagaaaatatttgcaaaacataactgacaaattactgatatctaggatatgtaaaaaacttcaataactcaataataacaagatgtattatccaattttgaaaaatggagaaaactttgaatagatacttcacgaaagaagatatacaagtggccaataatcacatgaaaaggtgatcgatgtcgttagccatcagagaaatgcaaattaaaaccaca s mm3.chrX 123428630 535 + 149996094 TGTGTAGTAATTAAGGTGGTATTATACTTACATAAAGATTAGTAAG---------TAAGAGAGCATAGAAAAAGACCCATGTTATACAATAAAGTGACCT--------------GAATAAAGT----------------TTCTTTACAA-----------------------------AATGG----AAAATAAAG------------GCTATACAATGAAGGTTGCTTGGTGTTTTGGCTGTGA-CTGATCCTT----AAATGGCTGAACT------------------------------ATCTCTCTG-GCCATCACTGAAGC----tttcttaaaatacaaaacacaacaacttcaaaagaaaataattgaaagatttcatttaagcaaaatttaaaactctgattatcaaagcaagttattataaaaataaataggaaaagtaaagttta----aaatcaattg----acatatgggacagat---tggtatctgacaaatataaataacttctataactcagtaag---aagaaatacaattcaatttttagaaatgagaaaaattttgaactgatatttcacaaaagaatatatgctgatggctggtcagtacatgagaaggtgaccaatgccattaaccat-ggaagtaaacacattaaaatcaca s rn2.chr7 6946861 547 - 139049774 TGT---GTGACTGAGGTGGTATGCTACTTGCATAAAGATTAGTAAGTTAGTAATATAAGAGAACATAGAAAAAGATACATGTTATGCAATAAAATGACCT--------------GAATAAAGT----------------TTCTTTACCATTCA-----------------------CTTATGG----AAAGTAAAG------------GCTACTTAAAGAAGGTTGCTTAGTGTTTTCACTGTGAGCCAATCCTT----TAATAGCTGAGCC------------------------------ATCTCTCTG-GACATCACTGAAGT----tttcttaaaatacaaaagacaataacgtcaaaagaaaataattgaaagatttaatttaagtaaaatgtaaaacgcttcttatcaaaggaagctattacaaaaa-aaagaggacatctaaagatta----aaaactattg----acatatgtgacaggg---aggaatctggcaaatataaataactcctataactcaatatg---aagaaatataatccaatttttgaaaatgagaaaaatattgaactgatatttcacaaaataatatatgctgatggccagtcagtacatgaaaaggtgagcaatgtcataaactat-ggaaatcaacacattaaaatcaca a score=44022.000000 s hg15.chrX_random 4021109 567 + 4859112 tgatatcatcacaaaggttgtgcaaggatctggaacaattggaatttccacacattgt---tctgagtgtgaaatggtttggca---gtttttaaataaaacacaacatatacctactttttgacccagcaattccacttcttgttatatacctaagataaattaaggcagtggtct--------acaaaaagacctgtgcagaaatactcatagcagctttatttataatagataaaagctggaaataaaacaggtttttataaataggaaagtggatatttgtaataactaaaacctgtcaataaaccaaaagtccagcaagagg--aatggattt---tttaagttatggtatattcatataatggagtcctacaAATC---CTACCAGTATAATATGGTGGTAGTTATTTTTATGTTTATGAATATATAATAATGCCAACTTCAGGATAAATGGttaaaaacataaaattattattaaaaataGCCAACAAACACCAGCATCTTTTGGGTTTCTTTTTGTTCT---TCACTGTTTCTATGCTAGCACTATAAATTGTAAGTTTGAATTGTAGCTCTTAAAGCAATGCA s mm3.chrX 123429721 475 + 149996094 TGATATTACAACATATATTGTGCATAGATCTGGAACAACTGGCTGT---------------TTTAAATCTAAAATAACTTCT-----ATATTTTAATAAAACATAAAACAAATCT-TAGTCtgacctagaaattccattcttggccatttactcaagata----aaggcatatattttcacaaaaataaaagaagtcatgca-aaatgtccatagccactttattcattatacctaaaa------------------------------------------------------aaacctggcaacaaaat-catgtccaacaacggat-actgaatTTAAAACCAAGTATTA------------AATCTAATACTAAAAATTTTATTACCAGTACAGTATCACTGAAATTATTTTTATATTTATGGATACATAATGATATCTACTCC------------------CGTCAAATTAAT-TTGAAATTATCTAGCAATCATCAACATGTTTTGGATTCACTTTTGGTCC---TTATTATTTCAATGCTAATTCTCTAAATT-TAAGCTTCATTTATAACTCATAAAGGAATGTA s rn2.chr7 6947444 440 - 139049774 tgatattacaacatatattgtgcatagatctg-agcaactggctatctcatacattgctcttttaaatctgaaatagtatctcactaattttttaacaaaacacaaaacaaatct-tagtctgacctagaaattccactcttggcaat---------------------------------------------------gca-aaacatccatagccactttattaattatacctaaac---------------------------------------------------------cttggcaacaaaat-catgtccaacaacagatgattgtatttaaaaccaagtgttg------------aatggaatactaAAAACTTTGTTACCAGTACAGTATCATTGGAATTATATTTATATTTATGAACA--------TATCAATTCC------------------TGTCAAATTATT-TTGAAATGATCCAGCAAACATCAGCATGTTTTGGATTCACTTTTGGTCTTTATTATTATTTCAATACTAATTCTCTAAATT-TAAGCTTGAATTATAGCTCATAAAGGAATTTA a score=44836.000000 s hg15.chrX_random 4021684 293 + 4859112 TTC----ATTTTTAAATTGAGCTCTTT--ACTCTAGGAACCCCAGGCCCTCCTGGACCAAAAGGTATTAGTGGCCCTCCTGGGAACCCCGGCCTTCCAGGAGAACCTGGTCCTGTAGGTAAGCATGAAAAATAACAGT-TTGCTGTTTTATAAAACTAATGTTTATCATATTAAGTTTGGGAAAGTCAAATCATGTTCA--GCTGTGAACATTTTCAACACAAGGAAATATAGTGTTCATTCACTTAACACTGCATGTGAGGTACAGAATGAATAACTTTTAATAAAAAGTGCTTAAAATTg s mm3.chrX 123430379 271 + 149996094 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ATCTCTAGTA-----------AGCATTATTGTTCAGGCTCACATTTGCTGGGGAGGG-TAATTC--------------------------TCCCTTTGAAGGCTAAGTTGTAGCAA-TAATTTTGTGTATTGACTTTT-AAGTAATTCCCCTGTCTTGGCCC------ATACCTGTAAAGCACCTCGTCGCTCCTT-ACACCTTTC-CTCTTGACTATTCTGAAATTATACTAAAATGA--------------------GTTATATTATTATTTATGCTCATCATCACCTTGGTTTATTCTTTGTTCTGTAAG--------ATTTAGAGGAGCCTTTCAGAAGCTCTTGTTTCTTTGAGGTTTCAGATTTTTGTCTGTTT----TTATGGGggg-------tgtgcatggaggctatagg a score=53550.000000 s hg15.chrX_random 4022653 507 + 4859112 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AAACAAAAATGCAAACCACCATACATATAGATATAGGCCAAAC-CAAAAATCTCACTTATGATAAACAAGGGGAAGATAATAATCAAGCTGTCTGGGATGTTTTAATATGAAGCTATTGAAAAGCAGT----GTACTTCTTGCCACA---GCCTCCTGTGCCTGTCTTTACTCAAGCTTCCTGGTGTGGCAAGTACCCTAGCAGCCAGGTCACTTCTCTACTCATATTTCCCCGTATACCTGCAGGGGTTAGCTGACTGCTGCACATGAGCAGATTTTTAT-------TATTTCTGTTGCTGG------ATATGTATA------------ATGTGTGTAAAAGCAAATTAGTATGTTTACACACATTTGTCCATATGCAA-TGTCTATTTATAGTCCAATATCTGCACATCCAAGTG-AATTTTTGTCTGTCTGATTGCACTTGCATATTGCAAAAGTATATGTGAGAGTATGAGCCTCTCTGTTCTTTTGCAGATATGTTAGAGCTATTACACTTCCATATATCAGTGGGAGTTTATATATTAATAGACAGGTACATTT--ATGTGCCAGCATGTAGATATCTATATTGCCGGGGGTGCTTAATCTATGTGAGGGGAAGTAAGTTGGTTTCTTTGTGGTAAAGGA--TACTCGTATATATGAGCAATCTT-TACTTGCC--------------TGCAAAAATATCTGTAGGTATCTCAGGGGGATTC-----------------------------TGTGTATACATAACCAAGAAGCATGTTTCAAGTGTTTGTGAATTTGACGATGTGAGTGATATTTAA----------------TATAACAGTGTTTGTATATGTGATGATGC-----------------------TCTGAAATTTTCACCTATGTGGGAGTATTTAAGCAATCAGATATATCAGCTCAGTGGTTATATAGAAGTCTCTGTGTAAAATGACAGTAGGTTTGAgtgagtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg--------------tgtgtgtgatgtgtATTAGGAGAATGCTAAGGGAAGGCAGAGTTGTAAACCATTACATATGTGTATGTGAGACAGGG----------TCTACACTGATGACCAATTCTCGGCCCTCACTTCAC--GTGC---CTTTTATGTAACAAA---CTCGTTACATAAAATTTGTCCTTTACTATCTGGAAATGGAGTTTGTAG----ATAATACAT------------- 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