##maf version=1 scoring=multiz a score=10494.000000 s hg15.chrY 2502174 94 + 50961097 GGCGTGATCCCCGGGATTGTGGGGGCTGTCGTGGTCGCCGTGGCTGGAGCCATCTCTAGCTTCATTGCTTACCAGAAAAAGAAGCTATGCTTCA s mm3.chrX 94359764 94 - 149996094 GGCACCATTGCAGGTGTGGCCAGTGCCCTTGCTATGGCCCTGATTGGAGCTGTATCCAGCTACATCTCCTACCAGCAGAAGAAGTTTTGCTTCA s rn2.chr5_random 2589087 94 - 3308173 GGCACCATAGCGGGCCTGGTCAGCACCCTGGCCGTGGCCCTTCTCGGAGCGGTGTCCGGCTACCTCTCCTACCAGCACCGGAAGTTCTGCTTCA a score=970.000000 s hg15.chrY 2562812 144 + 50961097 GTTGCTGCGGTGAGCTGGCTGCGTTGATGGGCGGTAAGTGGCCTAGCTGGTGCTCCATTCTTGAGTGTGTGGCTTTCGTACAGTCATCCCTGTACAACCTGTTGTCCAGTTGC-----------------ACTTC-----------GCTGCAGAGT-----------ACCGAAGCGGGATCTG s mm3.chrX 44919085 183 + 149996094 GTGGCGGCGGCGGGCTGCTCATGCTCGGGGGCTGCGCGTAGCCCAGCTGCTCCTGCACGAGCGAGTAGGCGCCGTTGGCCCAGCCGTTCACGTGCGTGTACGTGTCCAGGCGCTGGCCCACGCCCACCGGGCTGCTggcggcggcggctgcggcggcagcggcggcggctgcggcggcgCCCG a score=55162.000000 s hg15.chrY 2562956 287 + 50961097 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s rn2.chrX 39840274 986 - 133900917 ATATAGTAACACATTTCTACCAACAGAATGATAT-----AGGTTTCTCACCACTTTCttattttaaaatattattaattattatatttGTAATTTGTAGGAATACCCAAATAAAACTATGTACTA-TTAT----------GAAGAATTGGTGCTTCTTTGCTGATAAATTTTCAAAATGATCAAATGGAACCACTTTTGGAGTACTA----------GTTTGTGGAGAATATGGATATTTATTTTTGATATTCATATTTTCAGTAGGATTTCCTTA-------GTTTGAGAGCAAA-ATATTTGTGTATGTTAATAATGTATTTCTAATG---------TATCATTATGACCATGAATTGTGTGCCAGACTGAAATATTCCCAC--ATTGTCACTTTTTAAAGTTCTAATTAAAGACAAAAGTCAATC--TTTCTATTCAAAATAGTTTTCACTAGCTAATAGATTAT-----------------------------TCAGTAAAATATAAAACAGACTGGATAGGATTAGAAAACAAAAGTCCTAAGATCTTTTAAATGGTTGCAATTATAAAC--AACATAAAAGAATTATTGCATGAACAAAATTTATGGATAGGAGAATGGATAATGATTGATTCATATAAGGGCATCAAGTGCATTAAAGAAATCAAAAGGAAATATTAAAAAGCATTTGAGTTTTCTT----------------TCACACATCAAGGATAAGT--TAAACTTCCTGCTTGGATAATATTATAAGGAATAGTATCATTCACACTGATA-AGAAAATAAAAAGAAGAATAAATATATTTAAGAAGACAAAAAGGT---ACAGCAGGGACTCTAGCTATTGAAATGCCTGAGAGA-AACCAAATA---GTGTGTTGCAGAAGCCAAGCGTTTAGAAATACATTAATATTTTGAAGACATTTCCAAATTATAAATGTTAATTAAAAGAATGAATTTAGGTTAAC-TGACATATTCTAAAAGCAACACAAAAATTAAGTGGT--TAAGAAAAGAAAGCATTTAACACTTATAAGTAATAGCATACGataagataaaataaaat-----------------------------------aaacaaaat 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s mm3.chrX 49304672 970 - 149996094 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s mm3.chrX 51380973 1315 - 149996094 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s rn2.chrX 41810170 1418 - 133900917 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s rn2.chr9 107411716 2157 - 118059026 CTC------------------------------------------------------ACATGGG-------CAAGCTAGCAGCATGTATCTGGACAAG----------ACTACCACCTAGTTAGAAGGGGGACACAGACATTGGTTTCTTACCCATGGTGCTGCTTGTCTCCCATGGCTGCTATCCCTTCCTCCT---------GGGTTTCATGCCTGACCTCGGCCCTCATCTCCCAC------------------ATGGGTCCACAGTCACTCTCCTTC-----CAGAATTTAGCATGC-----TCAGTCCCC-AGCCCC----AAGATGGAGCTTCCCAGGAC-----TCT------------------CATACCAGGTTTAAA----ACCTGAGCTAC-CATCAGGGTGAGACAGAAGTCTACCTCAGTGAAGTAAAAAAATAAATCATTTCGGTAGCTCTAAACC--------------AAAGACCAAGGTCTTGAATAAACGACAGCTCTACTATATCTCAGAACTGAGGCACCC--AACACCCCCTGTCAGGGAAACCCTGCCATTAGATGTC-GGATATGACCATCCCATAATTTT---CCCAAGAAGTACTGACATAGCaaataaataaataaataaataaataaGATCAACTCAC-ACCCCCATTCTCCAAGAAC--------CCGTATCACTTGCAAGAGGCTAATTTCAAGCACT---AGCTAAGACAG-----CAGAAATGGTCACTGGGGACTTGATACAGAAAGGACTAAGCAGATG----CCCTAATGTGGCTTTGTGGGTATTTCTGCTGTCGAGCAACTCAC--GGTCACCTTTCAAACGCCAGAGATG-CCCCGTTGCTAACATAAGGAGGACCTCATGCG-------------------------------------------ATGGATGC--ATCTTCCAGGCAAAAGTAGAGAAAAGAAGA------------------------------CTACGAAAGTTACAGAAGGCTTTGGGAAGTCTGTCCATTCTATTACACTGGAAAGACCAAGTAGAGAGGTGGTGTGGGTGGT--GTCAGCCCTA------------TGCCGGGGGTGCCAGCTGCCAGCC-GGAAGTCGTAGGAGAGCTCACCTGACTGCTAAGAGTGCATGGAGAATAGAGAGATGGCCCCTTTAGAAGACAGCACAGAGCCTGGTAACTGGGAAGT-----------TATCTGTTATGGCTGGGTTGCTATGTGACATCATCAAGGCAAATGGCCACTAGCACTGACAGGGAAGACCCATGGTGGTGACAAAGCGCTTTCTCCATGGTGCCCATCTGTCAACTGTCCGTGCTTCTTGCAATCAGGATGCTTCCATCCAAGCAGGCAGAAGCAGGACTCT--TGCATGGTACGCCCTACCCCTCACCTCCACCCCCGCCCCGGCTTTCTCAACTCCCTTGTTCAGGCAGACATTCAGAAGCACAATGTCCAAGCTCATTGGAGCAGAGTGGTTCACACTCTCTGTGTGGGTGTGAGGCTGGAGAAGTTCCTGGAGACCCGGGAGCACTGAATGAGACTA---------GGACCCAC-------------TTTTGGAGTCCCCTGCAAATCCGTTTCGTTGGACTCTGCTCACCCCACACGGTCCGCAGCTGCAGTGGGTGAACAGCTGTG--GCCCAGCAAGCCACTGGGTAGACTTTCTCTTGTCTGATGTACTGCAGTGTCTACATACTAATTTCATTTCCCTTCCCC-GAGAGGCCCCGGTTAATACTAAAAAGCCCGTTAGCCTCTCTTTAAGCCGGTCGGAACT---GGCATTGA--CACTTACTCCTGGAAGGCAGCTCTTCAGGCCCATTGGAGGGGTCACCCTCCAAGCCACCCAGTGCTGGCCTCAAACCCCGCAGTGGAAACTCGACAGCCTCATTCTCTTCTGAGGGAGAGGGAATGCCAGGCTGCTGGGCACCGGGCGCCTCCCCTGCGGATCCCGGGTTGGGCTCTGGTCTCTGGTTCACTCCCGCAGTGGCATCGTCCACATCCGCAGCCTTTGGGGTATCACTTTCCAAAGATGGCCGGTCCCCAAAGG--TGTTCTTCCCATCCCTGGCACCTTCGTCACTGTTGGTGACAGGCAGGAAGCGCGTGCTGCCTGCCGAGCTCACAGAGGTCTGGTACTGAGGCACCACACTAACGAACTTCAAGCCACGACTCGCAGCCTCCTGTACCTGGGAGACAGAAGAGACAAAGGAAAGTCTGTAAACGGGAC----------ACAGCCACGCACCGAGACCACTGAGCATTCCCAGTGTCAACACAA--GCTGCAGAGGCCTGAAGCGGCAAGTCAGGCCTGTTGGAAAC-------ACTGAGG--------------CATTTGGTTATTTACTGAAGCCCTTCCCTC-CATTtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtat 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cacacacacacaaacaA---ATCTAC--------TAGTGTTTAGTTTAATCTAATTCACA---ATGTCCTTTTTCTTAATTCTAATGTGTAAGCTTTATGATTTCTACCTCTAACAGATGAGAAAAAGAACTGAAATTG--GCTTGGCATTTACAGATATCATTAAGGGAAATTCAAAGGAA------TGGGGGATGAATTTGAGTACATATTCCTCAATTCCCATGAGATTTTATT-TTTAACAATAGAATAATGAAGCATAAGGTGGA--GAGTGTTGCTCTTTGCAGAGCAGACTATGAATGGTAAACTAAAAGCTTGCATCTCCC-CTTACTATGATGCACAGCAAACACTACAGAGCCACCACAAGTATGTGAGA--TGCTTACTTCCTGGCACATATTTTCCTTTCAGGTACAGTAGGACTTACATTAGT--CAACAACCTTAGTGGTATCACCAACTGACACAC-----AATTGCTTAGAACATCCTGTC----------------CCCCTTTCTTGGACTGAAGTTAATCTGG-TTCGTTCCTGAG-TCTCTTCCCAAGACCCATGGCCA--AAAAAAAAAAAAAAAAGAG-GATCCAGAAATTGGCAATATGGAAATAA-CATAACAGTAACTTCAGATGAATCAC-AATACTTTGAAACCAAGAATG--CTTTGGGATTAATGGAGTACACCTGCTTTCTATATCAAAATACTTCAGACCTCACTTGATCCCTGCCATTG---CTTGAAATAAACATTATCTCTCTTAAAGCTACCTCCCAAGGGTCAGGATGAGTACGTTTCCAAGAAA-------GCTAATAGCATCCACATGCAGCTCATGCTCCCATTTAGGAT---CACTATGCTTTAATATTCAGACAGATGCTTTTGGCCTTTGAATTAGGTGGGACATTCTGTCTGTATAGAGAGTTTGCTAAAGTCTTGTGATAA--------ACGTCAAAAACTAATCAGGAGCTTAGAACAGGGGA 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TTTT-TAGTTGAAATGCTTAAG-------CAGTTAAATAAGG------CCATGAAAATTTCTTGA-----------ACTTGTGGGAATCCATGAGAAAACCT------GACATTATGTTCTATTCTCTTGGAAGGTAG--AATTATCGTT-TGACTTCTGTTTTGCTGACAAGAAATGTCCTGAGCAAGG---------------CTACCTGGGAAAATGACCTCACACATGGAAAACGTTGGAGCCCATCTGTTTCCAATGT---GCTGTTTTCCGAAAATTAGGGAAGTTCAGTTTTCCCTTTGACACTCTCTCTTACTACCAATCCCAATGCCAGGGCTGTCCTGCTTCTACAAGTGACAATGACAAATATGGGCCTGAAGAAAGATGAGCTGATGGCATTCCCAGCTTATTACCTCTCCTTGGGGTCCTTATCTCACATACATGAATTCAACTCATAAACTCAGCTGGGTGAGGATCTGTTATTCAGCTACATAAGAAGTGATTGCTTAAGACTCGGGTGTGTGGTGAAATGAGGCAGAATTTTCTCAATGGAATGTTGGGAGAATTTTCTCATTA s mm3.chr6 91903072 538 - 149950539 -TTTCTAGGTGAGACCCCAAAGCCACTGTCAATTAAACATGGAGACCTCCATGAATGTTTTGAAAGAAGGAAAAATACTTTGGGGAAGC--TAAAATGTTTTGGGGAAGCTAAAATGTTTTATTACTTTTTAAAGTAGGGTGTTGTTATTGTTACTTTTGTTCTGCTCATGAGGACTGGGATCACTTAATCCACACA--------CTGCCTGGAGAGAATATCTCACACATGGGAAAC-CCAGAGCTCAGCTGTTCCAACTGT---ACTGTTCTCCTGAAATTAGAGAAGTTGACTTTTCCATTTGATGGTGCAACGTTGTAACAACCTCAAGGTCAGAACTGA----CTTTTACAGATGAC-ATGATAATTATCTGTCTAGAGAGAGATGAGCTGATTCCATTTCTTCCTTATAACTGCTTCTCAGGG-CCTCATTCTACATGAATG--TTTA--TCAAAGACCCAGCTAGGTGAGTGTTTCTT-TTATTCTTCATTA-TAGTGAAG---------------AGGTGTTAGAATGAAGCATGGTTTTCTGAAATAAGTGATTAAAGAATTCTCTGCTTA s rn2.chr4 90322854 529 - 183307734 ATTTCTAGATGAGACCCTGAAG-----------TAAGTATGGAGGCTACTAGGAATGTTTTGCAAGCAGGAAGGATACCTTGGGGAGTC--TGAAATGTCTT----------------TCTACTTCTGTTAAAGGAAA--TGTTATTGTTGTTACTTTTGTTTTGTTCACAAGGACTGGGATCAGTTAATCCACACAGACAGATATGGCCTGGAGAGAATAGGTCACACATGGGAAAC-CCAGAGCTCAGCTGTTCCTCCTATTTTACTGTTCTCCTAGAATTAGGGAAGTTCACTTTTCCATTTGATGGTACCACTTTGTAACAACCTCAAGGTCACAACTTC----CTTCTCCAGATGAC-ATGATAACTATGGGTCTAGAGGGAGATGAGCTGATGACATTTCTTCCTTATAACTACTTCTTAGGG-CTTCATTCTATAAGGATG--TTTA--TCAAAGGCCCAGCT-GGTGAGTGTTTCTT-TATCTTTTCATTAGTAGTGAGAGTTGTA------AGTGGGTGATAGAAT-AGGAACAGGATTCTGTAGTAAATGTTTAGAGAATTCTCTGCTTA a score=614.000000 s hg15.chrY 9890463 11 + 50961097 CATCTTA-CTAT s mm3.chr6 91374450 11 - 149950539 AATATTA-TTAT s rn2.chr4 83886279 11 + 183307734 -ATATTACTTTT a score=3080.000000 s hg15.chrY 9890474 73 + 50961097 CACTAAATCATAGCTAAAATGAAGACATTG-TTCAAGAAGAAA--TAGAAATGTAAC--CTTAT--GAGGACATAAATTT s mm3.chr6 57216203 77 + 149950539 TACTATATCATAAACAAGTACAACAGATTC-TGCAGACAAAAA--TATTAGTGtaataatttataaaataatataGATTT s rn2.chr4 83578062 78 + 183307734 TACAGTACAACAAGCA--TTCAACAGATGCTTGTAGACATAAAGGTATGGGTCTAATAATTTATAAAAGAACATAGGTTT a score=4153.000000 s hg15.chrY 9890620 40 + 50961097 TAATATATTAGCTGTTCTAGACTTTATGCATTTATGCAGt s mm3.chr6 83079136 40 - 149950539 TAACTTTCTAGTTTGTTAAGTTTGCATACACTTAGGAACT s rn2.chr4 90324018 40 - 183307734 TCATTTTCTAGTTTGTTAAGTTTGCATATACTTAGGAATT a score=16500.000000 s hg15.chrY 9895165 186 + 50961097 GCCCCAACTAAAGTATGATTTCTTAATACTTGAGATGTTTTAAATACATAACAATAATGATATTTATCACAAATATATTTTGTCTCAATGTGATATACTAAATGCTAAAAAGTCAATTCTTTTTTGGTTACCACAAAACAATCTGGAAATGTAACGTCTGACATTTATAAAATTTTTGTAGAGTTA s mm3.chr6 83079191 171 - 149950539 ACTC----------ATGGCTTAATAAAACATAAGATGTTCTTAATATTGTATAATATGGTTTTTAATTACATTCA---TTTGTTT--TTATATTATAATGATTTCTAATAATTTAGATCTATTCTGGGTATTTCAAAAGTATCTGGAAATCTCATCCTACTTATTTATTAAATGCTTGTAATGTTA s rn2.chr4 90324073 168 - 183307734 ACTC----------ATAGCCTAGTAGGATATAAGATGTTCTTAATATTGCCTAATAAGGTTTTTAATTACATAAA---TTTGTTT-ATTCTATTATAATTATTTCTAATAGCTTAGATCCTTTCTGGGTATTTCAAAAGTGTCTGGAAATATCAT----TTTATTTATTTAATCCTTGTAAAGTTA a score=604.000000 s hg15.chrY 9895351 35 + 50961097 ATA-GAACTTTACTTGA--AGGGAGGCTGTCAATATGC s mm3.chr6_random 523971 33 - 714802 ---ATAGCTTTATAAAA--TACAAAGTTGATAATGTGC s rn2.chr4 83261269 38 + 183307734 atattatttttataaaaattaCAAACTGGATAATTTGC a score=30304.000000 s hg15.chrY 9897717 289 + 50961097 ACTTATTTTCATCCCCACTTcagtctttgaggttagacagaccaggatt-caaatccaagctccatctctggctgtgcgagcttgctcaagct--gctaacctctctgagatttga-ctcttcatttgtgaaatgaggataaagaccct----tctctcaggggctgtgccaaggatgaaatgag-TCAtgcattggtcaggacaggtgattctg------tgtaacaaacaagcccccaaacctcagtg-gcttcaagagcaaagttaactt-cttTTCTTTTCTTTTTTTGCAGGGGTTGGGGT s mm3.chr4 3593164 273 - 152921959 ATTAACTATAGTCCCCGCTCcggtctttgaagtcagacatgcc----tttcagctcccgaccccctccacg---gtgtgagcctagttacctc--cctcacctctctgaaattcactctcttgatttgtgggataaggattaaaaacctcggatctc-acagagctgtgtcgggactt-gttgagaCCAAgtgtcgggcaggataggccctgctacgctgctgtaacaagcatccccagaaagcacgggg-gcttcaacaataaagctgactt-ctc--------------------agctgaggt s rn2.chr5 4436094 278 - 191625135 ATTAACTGTAATCCCCACCCcggtctttgaagtcagacatgcc----tt-cagctcccgaccccctccatg---gtgtgagcatagttcccccgcccacacctctctgaaattcactctcttcatttgtgggatgaggattaaaagcctcggatctctgcagagctgtgtcggggttTTGTCGAGACCAAgtgtcgagcaggacacgcaacgctacgctgctgtaacaagcatccccagaaagcacggggcactccaacgacaaagctgactttctc--------------------agctggggt a score=32350.000000 s hg15.chrY 9898309 205 + 50961097 Tcacatccatcacgggtgaacaagggtctctggtggtcgtagtcattcagagcctcaaacagatagacccttatcccagaagatgctcccacagttccagaaacagagcaaataaaacgtaatca-gccatgagccacttcttaaatcccctgcccggaagggatgcacatttcttctg-tcaca-gctgttgcccaaaATGTCTCAG s mm3.chr4 3593437 208 - 152921959 ttgtgtccatcacaggtcagcgggggcttccgctcactctaactgctcagagacggaaacagatggcgcctcatcccagaagatgttcccaccgttccagaggctgagcgaaggaaacacaataaagccccacactgtttcttcaatctcttgccgcgaagagactcgcagcccatctgctcgcaGGCTGTTATAGGAAATAACTCCG s rn2.chr5 4436372 207 - 191625135 ttgtgtccatcgcaggtcagcgggggcttctgctcactctaacagctcagagactgaaacagatggctcctcatcccagaagatgttcccaccgttccagaggctgagcaaagaaaacacaataa-gccccacactgtttcttcaatctcttgctgtgaagggactcacggcccatctgctcgcaggctgttatatgaagtaactccg a score=17759.000000 s hg15.chrY 9898814 625 + 50961097 AGGCTATGTCTGAACTAGGAGGGTAGAAAGATTAGTCATTTTGGTTACCACAAA----CCATCAAAAC-------AAAGGTGCAGATCATTGATGTAAAATTACAGTTAGTTCCTTCCGACTCCTTTTCAGCTTCTCTTCATTGCTATGAGCCAGC---ATCTCCAgtgtcagt-tttcagtct-----gttgcctcc---------------------------------------aagctcctagtgtacctttcaatatgtgcactgtgataaactgggaaacactgttcaatata-ccttctggaagtaaacattctgcaggcatctaggtagagg-atggagagactccaggagacaggagctctCTGGCTGGGCCTTGATCATGTTCAATCCCCAACCTCAGACCTAGGCGTGGTCCCTCAGCCACCTTATAGCCTTGGCTTGCAACATCTCTACATGGAAACCAAAACGCAGCAGGGCCCATGTGATCTGAAGGTTCCTGAAAAGTTTCCCAGAACCCCTCTTGTACCCCTTGTGCAACCCGCACACGGTGACTTGTATTCTAGAGGGTCCGCACAGAG-CGGCCATTCCTTCTGCCAGAACCTGCACTCACGCATTCTGGAGGCT--T-CCTGCACTACAAAGGCAGCCAGACACCCACCATGCATCCCTGCACCAGTGGCC s mm3.chr4 3593645 562 - 152921959 AGGCTGTGCCTGAATGAAGAGATGAG-------AGCCAGCT-------CACAAA----TGGGCTGAGCCTTGGGTCATGATGAGGATCCTTCATGGGTAGCC-CAACTGGCTCC-TCCTCCTTCCTCCCAGCCTGTCATC-TTCCTCTGAGCCAGTCGGCTCTCCCATCCTAGCACCTGCGCCGCCGCCGc--cccccccgcccctcccaccccccccccaccccacccccGGCTTCTAGCGCCTAA-GCACCT---------TGCAGCAT-----ACTGAG-----CTAACCAACAGC-TTCTCT-AACGT---CCTCCTT-----ATGTAAGCAGAGTCCTGGGGAGTCA-TATAGGACAAG------------------------------------GATCTCTGACCCAGACACAATCCTACTGCAGCATGA----------------------------GAGAC--AACCCCCATGAGGCCCGTGTGATCTTCAGGTGCCCAAAAAGGTGTCCAGAG-CCCGCCTGCAAGTCCCCTAGAGCCTGTACACAGCTACCTGTA-CCCAGAGGGTCCCCACTGTGACTGGAACCCCTTCCCACTGGCACCCTGCCCACACTCTCTGTGTATTAGT-CCAGAGCCAC-----CAGCCTGACCACATCTTAAACCTCTCAATCCTGTGGCC s rn2.chr5 4436579 495 - 191625135 aggccgcgcctgaATGAAGAGACGAG-------AGCCAGCT-------CGCAAAGAAACGAGCAGAGCCTTGGGTAATACAGAGGATCCTCCATGTCTAGCC-CGGCTCGCTCC-TCCTCCTTCCTCCCAGCCTGCTGCC-TTCCTTGGAGCCAGT--GTTT-------------CCTGAGTCA-----GC--CCTCC---------------------------------------TAGCACCTTA-GCGCCC---------TGCAGTGTGAT-CACGGGG-----CTCCATGACAGAGTCCTCT-AACGTAAGCCGCTGTTGAACCTGTGCACGGAATCCTGGGGAGGCAGCACAGGGCAAG------------------------------------GATCTCTGAGCCAGACGCGATCCTACTGCAGCCTGA----------------------------GAGAC--AAACCCCATGAGGCCTGTGTGATCGGCAGGCACCCAAGAAGATATCCAGAG-CCTGCCTGCAAGTCCCCTACAGCCTGCACACTGCTACCTGTA-CCCGGAGGGTCCCCAATGTGACTGGAACCCCTGCCCACTGTCTCCCAACCCACGCTGCCCGTGTATTAGTCCCAGACCCAC-----CCACCTGACCA--------------------------- a score=92392.000000 s hg15.chrY 9902810 825 + 50961097 AGGTACATGAAATTTTGATATCATTATCCTCTACATAGTCCTGTGT--GTTTGTAATATTGAGGCATATTTTTTAAACACTTGACACAGCAtgaaaggaagcttgcctacacggtaacaatggt--------tatctttaggtagcaga--attcaagactgcttctttttctttatttttcctacttgtatattatctctatttcccTGTGTGAGGATTTATGACTGTTGTGATGAAAAGGCTAGTATTCTAACTCCCTGCATCATAAGCACACACCGTGCCCTGGCTGGCATGATGGGGAGGAG-AGAGCGTGTCTGTTCACCTGGCCAGCCC--TAGGCAACTCTGCAGAGAAAGATACAGGCACTTCCCCTCTGCAGCCAAAGAGTTAAGAAGCCTTGATGTGAAACAAATCATTCCAGGGGAGATAAATCCCGGCCTTATCTAATTCTGTATCCTGAGGCTGATTAATTTAAACTCAAAAATAAAATAAACATCATCCTTAAATAGGGATTAAATACTCAGCGGAGTCCTTAATTAAACAAACTGACA---TACATTTTATGGTATGGATTCAGGGG-GCCCGGGGTGGGATGAGGGATATCTGTGGGGATGCTTGCTGAGCTAAGGAGAGAAAATCGCCAGTGCTCCTGGATTCCGGAGTGCATTCACCTTTAGCTCCTTGTCT-GGATACCCGCAGAAAACCAAAGAGCCATCCTGTGGCAGGATCTTCATACAGGAGGTGGGCTTGTGCCCG---------------TGTCCCTGCGGGAGAAGGGATTAGTGGAGGGAGTGGG-TGAAGAGTTTGGAGAAAGCCCCTGATGTTCTTAGAAAACAGTAGGAAA s mm3.chr4 3597634 789 - 152921959 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AGGTCCAGGACGGCTT----TCATTTG-CTCTTCCTGGTCCTGCACACCTTTGTTAAGCACTGGCTT-CCTGTGAAAGAC--------------AAGG------GCCTGGGTAGCTACAATGTT--------TCTCTGCGGGACGCAGGTCCCTCCAGTCTTCTTTCCTTTCTCTGCTTTTTCCTCCCGTGCTTTATCTCACCTCCCTTTTGTG-GGATTTAGTT---CTGTGCTGAAGCAGCATGGATCTCATGTGCCTGGCTCCTG---GCAGGCGGTGCCCTGGCTGGGAGAACTGTGAGGAAACAAGAGTGTCCGGCTGCCTGGCCATCCCC-TGGAAAGCTCTGCAAAGGAAGATAGGTACATAGCCCC-CAGCAGCC--AGAGGCA-GGAAGCTCGATCTGAAATGATTCCTTCCCAGGGAGTTAAATCCCTGCCTTATCTAATTTTGTATCCTGAGGCTGATTAATTTAAACTCCAAAATAAAATAAGCATCAGCTTTAAATAAGGATTAAGTACTCAGCAGGACCCGGAGTCGATCAAACTGACACTGTACATTTTATGGTATGGATTGAGGGGCGTGC--------------------GCTGGGGAAGC--GCTGAGCTAAGCAGAGGACTTTGTCAGTGCTGTGCGGCTCAGGAAGATGGCCAGCTTTAGTCCTGTGACA-GGGGGCCCCCAGAAA---------CCTCCTAGAGGCATGGGATGAAAACTG-----TGACCTCTGCCCTATGTCCCAGCTGGCTTGTCCCCGTGAGAGAAATGGGAACTCATGACTGTGGGATCAGGAGGCTGGAGCAAGCCCCTAGTGCCC--AGAAAACAACAGGGga a score=22273.000000 s hg15.chrY 9903794 259 + 50961097 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CCCAAACAACTGGTCTACTCTCTGAGTCGCTCACAAGCTCAACTCAGG-AAATCCCTTCCACAGATGAATGCTTAGCACCCG---------GCCACTACAAGAACACTGTGTG-CGATGATTGGGGCATAAAACAA--------TCCCCTTCCGTTGGCATTGTATTAGCT------CAA--CCAAGACAAGGCAGGCACTGGATAAAGGGGAGGGG---------------AAGCTCGATGGAGTC--TGTCGAAAGCCA-GCTTGAGGGC----------TTTCCTGATG-------------GCCAGCTTCTCTGCCTACCAACATTCATAGGTGTATCT-----AAGTCTT-CCATAACTGCAGGGTGGTTGAGAAAGCACAGATTTGAGAACACAGAAATATgaaaga----------------------gaaag-gaggcgagaggggggcacaggaggggacgggagaggaa------ggagagagtgaaagggggaggggaagggagaagagTCAGAGTGAGGGCACCTCCTTGGCATACTCAGCTATAGGATTCTTGCAGAGGGAACAGCGACTCTCCTGGACCCATGGGGTGTCAAGCCAGTGAACAGATATGGGCGTGTTGACACTTTGGCATGTGGACTTTGAGAATTCACTC----------AGAGAATTTTCTCCAGTCCAGGTGTCTGGGGTATACA----CTTAAAGGGCTCAGAGGAGGAGG s rn2.chr5 4444290 678 - 191625135 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CCGCGCCCAC-TCACCGC----TGTCCTCGCCGTCCAGCGCTCTCAGCAGCCGGGCCGTCTCGCTGTCCAGCGTGGTGGCCAGACCCC--GCAGCTTACAGTGGAAACTCTGGATGGGGTTCAT-GCTGAGGGCCGCCGAGCCGACTGCTGACCTCCAGTCCCCTCGAACGAACGCGCTACACATTTGAATCC--------------------------TGCG-----CAGGCGCAGAA--------------------GGCGTCTCTCGCGAGAGCGGAACTCTAGCATCAGGGCCCCAGAGAGACCGGAAGCAGCGCGC------CGCCGCATCGGTCGGGGGACGCGGAGCGCCGAGGGGAG-------CGTGTCCCGGGCCGGT--------TGGTACGCGAGGTGGGTTTTCGGGGAGCCCCCACCCCCATATCCTGCAGTGTAGTCG-GCTCCCGGCCACTCACTTCCGGCGAGAGGCCGAGCGTGCTCTGGATTCGG--------CCGCGGGATGTGGGCGCAAGCTTGGCA------------------------CGCCGGTTGCTCGCTTCCCGGGTCCG-----GGGC--TCAGCGACCGCGGCTTTCGTGTCATTTCCTCAGGAGGCACCATGTTCCTCACCGCTGTCCTCCTCCGCGGCCGCATTCCGGGCAGGCAGTGGATC-GGGAAGCACCGGCGGCCGCGTACCGTGTCTTTCCAAGCGAAGGAGAGCATGATCCGTCGCCTGGAGGTGGAGGCCGAGAACCACTACTGGCTCAGCATGCCCTACATGACAGCAGAGCAGGAGTGCGGCCACGCCGCGGAGCGACGGGCCCAGGCTTTTGAAGCCATCAAGGCAGCGGCCACTTCCAAGTTCCCTAAG-----------CATAGATACATTGCAGACCAGCTAGACCATCTCAACATCTCGAAGAAATGGTCCTA-------------ACCCTTCAAGATTATGGATACCGGACTGCTCTATCCTTACTTGGTCCTGGAGCTGAGAAAATGTAATTTATGTACCAGTGTGACCCCTTCGACCAGTATCTTATTAAAGCAAACATGATTGATTAATAGTTGTCT-CATACGGAATACTTGGGACCCTACc 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s rn2.chrX 23533496 898 + 133900917 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TGGATGCCATTGACGGAAAACAAGCCAGAAGGACAAATTCCTGCTCTCCTTTAGGGGAACTGTTTGATCATGGTTGTGACTCTCTTTCCACAGGTAAATTAATGAAGTTTTGCTTTTCCTTCTCTGACTTTT----CAACGACAGCATAGACACCTTAGGAATCTGAGCTA-GTTGAGTTGTCAGTG-----CTTTG---CAGAGATAGACATTTGGGAGCAGTTTTGCCCAGCATGTTTTAAACGTATGTTCAAAAATTCCTTTTGT a score=42896.000000 s hg15.chrY 15481733 385 + 50961097 TCTTTCATCATTTCATGGCAGTTGGAGCTTCAGCTGCTATTTGT-TGGGAACCCATCCTGACTAGGGCTTCATGTTTTATTGTGATGATTGGCAGACTTACTTCACTAGGGC-TTCATGTTTTATTGTGATGATTGGCAGACTTGTGTTTCAGGCGTTTTCAGATTTGGAAAGTTACTATGATTTTCAAATTATAAATGCAAAAATATCAATGAATTTA--TTTCACAAACTATTTTAATTC--------ATTATAGACAATAAGTGGTTTAATTAGAAATCaataatttaaataatattttaatttGTTGGAGCATTCACAAATACTACATCTTCCTTTAAGTCTTTCTTTACTCTACATGTTATATACACAGTAAAATTAGTTAATAAGAGTGTT s mm3.chr10 42767115 353 - 130738012 TTTTTCAGTATTT-ATGGCCATCGGCGCTTCCATTGCTGTTCGCCTAGGAACACATCCTGACTGGT------TGTTTTTCTG---------------CTCTTTCGTTGGGATGTTCATGTTTTACTGTGCTCATTGGCAGACTTACGTCTCAGGAGTGTTAAGATTTGGAAGGTAAGTATGTTTCTTAAGTTCTACATTTTACGATGCAACCAAATTCA-TTTTTATAATCTATAATGGCACCTGCTCATATCATGAAGTCAAAGCTGTGT---------TCAGTAATTAAAGT--TCTTGTGATTTATCAGAATAGCCATGAGTGCCAAACCTACA----ACTGTTTTGGTATTCCGCATGT------CATAGCTACGTTATTTGACAATAGTATT s rn2.chr7 123052398 354 - 139049774 TTTTTCAGTATTT-ATGGCTATCGGTGCTTCAATTGCTGTTCGTCTAGGAACACATCCTGACTGGT------TGTTTTTCTG---------------CTCTTTCGTTGGGATGTTCATGTTTTATTGTGCTCATTGGCAGACTTACGTCTCAGGAGTGTTGCGATTTGGAAGGTAAGCGTGCTTCTTAAATTCTACATTTTACCATGCAACCAAATCCATTTTTTATAACCTATAATGGCATCTGCTCATATTACAAAGACAAAGCTGTGT---------TCGATAATTAAAAT--TCTTATAATTTATCAGAATAGCCATGAGTGCCATAGCTACC----ACTCTTTTGGTCTCCCACATGT------CATAGCTACACTATTTGACAATAGCATT a score=43825.000000 s hg15.chrY 15505568 562 + 50961097 tggactgtcagactgtatgacaacacgtttgtcttgtttgaaggggttaaagttatagcaatttattataacagcaatagcaaactaTTGCTGTTAAGTAAACATGGCATATTTCTAGTTTGTTTGTTTGGGATAATAACTATTCAGAAAATTGGGGTAATTACTTGAGTCCATTGAGGAGGAGAGAAATTGTTGACACAAACATGTAATACTTTGTAAGGAGAATATTGAATAACTGACACTTACTATAGGTTCTACAAGAAACATTCTACATGTTTAGGAGGATATTTTAACCTATTTCAGAACTAAAAAGAAGGAAGGATGAATATTTCCTTGATACCAGATGGTGACTGTCAAACCATACGAAATCTATGACTGAAATACTTACGAAG-------------------------------CATTTAGCAGAAAAGAGTGAGAGTGCGGGAAGACTAGGGATGATGTAGCAAAGGAAGAAGCATGAAGGGGAATTAAAATAAACCCCCTGCCAAGTAGGGACATGATCAAGTATATATGTTCCCATG-AAAGAAGAGGCTGGTGGGAGAATGTTGTTTGAGGTGGTACCATG s mm3.chr12 72467954 523 - 114462600 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TCATGATTT-----GTGATTGATTTAATTATCTTCTGACTGTTGATAACTTACAAAT--------------TATCTCCTTTATTTTCATCTTTCCATCTAGTAAGTTAGAAAAGAGTACCACTCCCAATCAGGCATGAACAGAAATTC--CAGTTATGACT--TTCCGAATGGGCATTTAAGGACAATTCTGAATTACAGCTTAGT----CTTAGATAAGAGAAGATTTAAAAG----GCCTAACTTG-----TTCTTAAAAGCATTTTAACTTGTAGATCAACTATAA------AGAAGTGTTAAATACTCTTTATTTGATATCATACATAAACCACAGT-AAATGCCTTTCAGT-GGTGAAAGGCAGCATCATTGATGTAGGGAATTCTAATTAAAACAGCACTGTCAAGA--------ATAG-------TTCCGTCCTGGTGTTTAGC-ATTGCCTGTCAGAGGCCAGTTTACACACACTGAAGCACGGGTGAGTCTT-CTTGTTTCTGAGACAGTGACAGAATTTTCCCAGGATTTGAACATATTCATATACCCAGTTATATAAATCTAAGTATAAAACCA---TTCAATAGG-TTTGAGGCAACACCC-TCATATTTATGGAAAGGAAAATATTACTAATTAAGTCCAATCTTATCTTGAGAAAGGGAAAGCAGTGATAACATGTATTCAATTGGAAGTGTTACT----TTAAAAAA--GATCATATCCACTTTATGACAAGTCAATTTTA--CTTAAATCGGGGCTGTCCAACAAAA-ACATTGTTAGCCATTCATGATCTGAATT-TGGTGTATGA-----ATTAAATTATGGTATACATT--AAAAGCCATGAGACATT--TGTTTTGTAATAAATAAGGCAGTGGAATTATTCATTAGTAGCCTTTTTAAGATAAGCTATTAGGTCTGCCCTTTCTCCCTTCTTCTTAATTCCAGCGAAGATCATTTTTGTTCCAGGGATGTACTTTTTGGGATTTTCCAAATACTCCATCAGGGTATCCTCTCCCCAGGTGATACCTTTGTTCTTGTTGGCATCTGTGTAAGAGAATCCAGCAGCCTGGCCTGTCTTCCGCCCAAA----CAGACCATGGAGG 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GGGAAGAAGAGAggaaagagagaaggggagg-----gagggagggaga----------aaaaggacagggggaggggtgagaagaggggggag----------acaagaggtaaaagagggaaggg-gagagtgaagggaaagggaaggaggaa------------------------------gaggttgggtg---------------------gaagagaaagaagagggga-gagagatggagagagagaCGAGGCAGAGAAAGGAGACAGGAGGGTGAGAGGAGAGAAGG a score=2812.000000 s hg15.chrY 16570784 92 + 50961097 gaaggaaggaaggtaggaaggaaggaaggaagggaaggaggaagggatggagggaggGGAGAAGAAGGTGTGTgagagagaga-----------------gggagggag s mm3.chrX 71272835 84 - 149996094 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgggagggaaggagggagagagagagagagag-------aga-gagagagagagaga-----------------gagagagag s rn2.chr6 79501895 81 - 146362310 gtg---------------------gaagagaaagaagaggggagagagatggagagag-------agaCGAGGCAGAGAAAGGAGACAGGAGGGTGAGAGGAGAGAAGG a score=4708.000000 s hg15.chrY 16582510 47 + 50961097 TTTTTCTAATCTATTTTTTATCCCCTAGGCTTTTTTCTCAGTAATTG s mm3.chr11 116593537 47 + 122862689 TTCTTTTATTTTTTTCTTTATCCCTTAGCTCTTTTTGCCATTATTTG s rn2.chr10 100881663 41 + 106208427 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s rn2.chr7 4408554 1797 + 139049774 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aaagaaagaaaggaaaaaaggaaggaaggaaggaaggaaggaa---------ggaaggaaagaaggaagga a score=1398.000000 s hg15.chrY 20411132 10 + 50961097 TTAAAGGAAG s mm3.chr3 19506659 10 + 160674399 TCAGAGGAGA s rn2.chr2 101754309 10 + 246339213 TCAGATGAAA a score=27528.000000 s hg15.chrY 20411144 195 + 50961097 AACAATGTGCCTCTAGCATG---TATTCAAATGAAGAATTTTTGCCTGAATATTGGTACTAAAACATATTAAAACCCAAAGTCAAAACATCATATTAGTTATAGCAGGAAATTTTTCTGATATATGCAGCAGAAGGAAATTGAAAGCATTATTTCCAAATTGATCAC-AACAAACAAATTCAGGCAAATGAAAGTCCAA s mm3.chr10 37914506 196 - 130738012 AACAATTTCTCTTTCAGATGGATTATTCAGTTGAAGAAGTCATCCTTGGGTATTTGTGCTGAAATGGACTGAAAACAGAAGTCAAAACATCATCCTAGT--TAACAAGAAATTATTCTGGTACACACAGGAAGGTGTAATTGAGAATGTCATTTCCAAGCTGATCAT-ATCACACAATTCCAGTCAATTGTGAGTCTAA s rn2.chr7 117763873 192 - 139049774 AACAATTTCTCTTTCAGATG---CATTCAATTGAAGAATTCATCCTTGGGTATTTGTGCTGACATGGACAGAAAACAGAAGTCAAAACATCGTAATAGT--TAAC--GAGATTGTTCTGGTATGTGCAGGAAGGTATAGTTGAAAATGTTATTTCCTAGTTGATCATAATCACACAATTCTAGTCAAATATGAGTCGAA a score=3708.000000 s hg15.chrY 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taGGCTTTCTGCTCCTCCCTGTTCCAGAGACAGCTGCATCTTCTTGTGCAGTGCCAGCCTCATCCCGTAGACAAAATG------GTGAAGGTCGGTGTGAACGGATTTGGCCATATTGGGCACCTGGTCACCAGGGCTGCCATCTGGTCTCTACATGGCAAAGTGGAGGTTGTTGCCATCAAAGACCCCTTCATTGACCTCAACTACATAGTCTACATGTTCCAGTATGACTCCACCCATGGCAAATTCAATGGCACAGTCAAGGCCAAAAATGGGAAGCTTGTCATCAATGGAAAGCCCATCACCCTCTTCCAGGAGCGAGACCCCACTAACATCAAATGTGGTGATGCT-GGTGCTGAGTATGTTGTGGAGTCTAATGGTGTCTTCACCACCATGGAGAAGGCTGGGACCCACTTGAAGGATGAAGCCAAAAGGGTCATCATTGCTGCCCCTTCTGCCGATGCCCCCATGTTTGTGGTGGGTGTGAACCATGAG--AAATATGACAATTCACTCAAGATTGTCAGCAATGCATCCTGCACCACCAACTGCTTAGCCCCTCTGGCCAAGGTCATCCATGACAACTTTGGCATCGTGGAAGGGCTTATGACCACGGTCCATGCCATCACTGCCACTCAGAAGTCTGTGGATGGCCCGTCTGGAAAGCTGTGCCATGATGGCCGTGGGGCTGCTTAGAACATCATCCCTGCATCCACTGGTGCTGCCAAGGCTGTGGGCAAGGTCATCCCAGAGCTGAATGGGAAGCTCACTGGCATGGCCTTCCGTGTTCCTACCCCCAATGTGTCCATTGTGGATCTGACGTGCCACCTGGAGAAACCTGCCAAGTATGATGACATCAAGAAGGTGGTGAAGCAGGCATCTGAGAGCCCACTGAAGGGCATCTTGGGCTACACTGAGGACCAGGTTGTCTCCTGCGACTTCAACAGCAACTCACACTCTTCCACTTTCGATGCCGGGGCTGGCATTGCTCTCAATGACAACTTTGTCAAGCTCATTTCCTGGTATGACAATGAATATGGCTACAGCAACAGGGTGGTGGACCTCATGGCCTACA-TGGTCTCCAAGGAGTAAGAAACCCTGGACCACCCACCCCAGCAAGGACACTGAGAGCAAGAGAGAGACCCTCGGTTGCTGAGGAGTCCCTATCCCAACTTGGCCCCCA--ACACTGAGCATCTCCCT----CACAATTTCCACCCCAGACCCC-TAA-AACGGGAGGGGCCTAGGGAACCCTCCCTACACTCTTGAATACCATCAATAAAGTTCGCTGCACCC----AAAAAAGAAAA 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catatatatacacacacatata s mm3.chr19 36156470 21 + 61093376 -ATGGAAATGCTAAGACGTGTA s rn2.chr1 243748168 21 + 276301343 -ATGGAAATGCCAGGACAAGTA a score=64.000000 s hg15.chrY 22449434 23 + 50961097 TAGATTTCCAGGAGGGACAATGC s mm3.chr2 5231896 23 + 181423755 GAACTGTCTAGGACATGCAAAAA a score=27477.000000 s hg15.chrY 22449457 256 + 50961097 AACAATATGAAATAGAC-AAAATGCATTAAACCCATAGTGCAAAGCAGCCACTATGAATCTCTGTGTGGCTGGAGGAGGAGGGAGGCCAGCTACACCTTCAGCCATAGCATGGAAACCATAGAGGACAAAGCAAGAGCTCATTTTCTCTGCACATTTTGGCTGTTAGACCTGTGTGTATGT------------------------AAATAAACAAATAAACAAAAACAGAAGCATTTGTTCACTTTTTGTATTTAAATATTT-AAAATAAGTCCAACTAAAA s mm3.chr19 36156491 233 + 61093376 AACAGTGTGGGACTGAC-AAAATCCATTACAGCTACAGTACAAAACAGCCACCAGGAATCCCTGGGTGTGCTGGAGAGAAGGGAAGCTAGCTGTAGCTTTAGCCAGA-----GGGGCGCT---GAGCAGAGCAGGCCCTCATTTCCTCTGTACAGTTTGGCTCTTAGACCTGCATATGTAT---------------------------------AAAAAAAGAAGTCAG-------CGCTCACTTTTTGTATTTAAATACTGAAAAAGAACTCCAACTGaaa s rn2.chr1 243748189 249 + 276301343 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--TATGTCATTCAGTGTAACTTTATTTACTATTTATTGCACATAACTCGAGGTCTTTAATTTCTAACCACTGAAGATTCAAGTTACTATTTTTCCCATGAGGTTGCACATGAACATTAGTGAATTCATTTATTCGTGTTGTGT--GTGTGGTTTTTTTTTTATTATTATTGTAAACATCTGTGTGATTCACATTGCCATAGATCCTGAACTCATAAGCATGGACCATGCACAGGCTGGCAGCAAGCCAGAAAGCCACTCTGCAAGCAAACAGATACTCTGCGTAAGGAGGAAATTCATAGCACAACATTGAAAGTCCAACCTAAGTCATCTCAGAATTATACATGTATTGACTTCTTAATTTGTATAGGATCTGGAACTCAACTGGTTGGTT----GGTGATGAGGTTGACCTGATTGGGGAGAACTTTT--CCTGGAATAGTT--GGGAATAGGGCTCAAtctttcttcttagccacctgctcctctccagcactctcctctttcttctcttcctcttcagattctttggtgtcttcctcctcaccctcaccaccttcttcttcttcttttgtgtcttcAGACTCATCCTTGGCAGCTT s rn2.chr15 52141093 591 - 99209255 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AAAGCC-----ACCTGCCCTATTGTGAATCCTCCCAC----aacattttatgagcatctgctttgtagtaggctttatattggacaccagaattcataaatgaaagatacagttcctgccctcaaagaattggcagtctaattggggagataaaGAAAATCAAGAATTAGAATACCAGG--GAGGTGAATTTTCTAATAAAGACATAAGTTCAGGGTGTTTTAGATCAGTCATGTGGTTAATACATTAGCCTGAAGTTTGGAGAACAATAGAAGGTAGATGGACAAAGAAGAAAACAGTACATTA------------CAAAGGTAGA--AAAAGAATATGAGAACATAAtggcattattctgagagctgcatg---tcggtgtggctagaacaaaagat-atatttagaaatgtaataagaaatgagg- s mm3.chr1 60741766 383 - 195869683 AATGTCAGCCAATCTGCTCTACTATTAATCCTTTCACAGCTAACGGCTCATGAGCATCTGCTGTGTTGTAACCCCTATTTCATATGCTGCAAATCATAA-TGAAAGATAT-CTT----------------------TCTAATTGAG-AGATGAA-AAAATGAAG--TTGATGTCACAGGGAGAGATGAATTTTCTAATAAGGGCATAGGTTCAGAGTATTTTAGTTGAATCAAGTAGAAAATGTATTATCCTTATGTGTGCAG---AGTAGAACCTAGAT-GACAAAGAAGACT----CATATTgcagaggcagaggcagaggcagaggGAAAAGGCATGAGAAAAT-ATGCCCTTGTTTTCAGAGCTGCAGT---TCTAAGTGGCTAGAATGAGAGAGAGTATTTA------TAATAGGAAATGGGGA s rn2.chr13 59607883 366 - 105800825 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tagtgtga-------caaaattga-------gttggcaaacac---------aggaggc-------------------------------------------------------taaacgctg-tcaagtg-------------gggaaatg------------gtttcacttttg---------------------------gaatg-tc---------------------------------------------gaattaga-------------ggtactttggga-cattcagatagtgatttccagaaagtaa--------ttggtctgacacttgggagaaaat----ta----tgggctaaaaatactgatatttattgttgaagccataagagtggtgagcttatctaaggagtagatgtaacataaggaggggCTGAGAGTAAACCTCAAG----AGGAGTAACCA-CAGCAGATAAGAGATATGTTTCTTTTTCTAATGGTGCTTTCCTATTCCATCACCAGTGGAATCACATGCAGGAAGAC---AGCAGGTCTTGTATCTGGTTTCTTTGTTCAGAGGTATTGTGGTCAAACTTATGTTACGGTGATGAGTTTCAGTTCTCAAAGGATTCAGAAATTTAGTTAAGGGTCAATTGGTTATGAGTTTTGTGTTGCATTCTAGTTTTGTCTTCAGTACCTAACCAGTTGTGTGACAAGGGATTAT-TTTTTAAAGTTTGGAAAAGTTCCCAGACTATTCAGCATTGGTTT--TTAATTTCTTTTCTTAATCTGTTAATATTTGGGTGAGCTGGCAATTTATTACTATAAGAAGACCAAAGGGAAACAATCAGAGTTGGCTTTCATCAGCTTTTTA-----TTTCTTTTAAGCCTCCTTT s mm3.chr1 60742598 831 - 195869683 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ATATTTAAATCCTTATTGAAGGAGATC-AGTTGT-----TGCTTGCTTTTTGCTATAAGAAGCAATTAAGTGCGCATCATGTATACTTTGTGCCCTTACTTAAAGGTAGGATAGCGGTGTAAGCT--------GAAAATGACTAGGTTAAAA-------------------TATGAGCACACTAACAAATTGCTCTCC------------------------TTGATTCCCATGTCAGCACTTGACATTATCATTGATTTAATCTTAATAGTGTTATGTGGAAAATA-TGGTCTCTCT--TTTATTAATTTGCACTTATTTATGGGTTTTGT--GTATTTGTTTAACATTTAAAAGGTATTCATTTTTTTCTATTTAAATTTT-CTTCCTGTGAACTTTGTCCTTGTCTTTTCCTACTTT a score=4284.000000 s hg15.chrY 25181564 234 + 50961097 tcagttttgttttcttttgtcttaactgatttgtaagagctgtttaACAATATTAAAATGTAATAACTTTAGTCCTGGTTATGCCTGCATATTATTGTAACTATTTTTCCAGTGTATTATTTTT-------GTTTATTCTATGCCATATGTAAATTTTTAATGTTTATGTAGTGAGGTTCATAAAGATATCTCCCTATTGCCTCCAGGTTTTGTATCATGCTTAGGAAGGACTTTCTTCAG s mm3.chrX 3587124 195 - 149996094 cCCTTTTCCTACTTTTTTTT----ACTGATTTGTAAGAGTTCTTTGACA---TTACAATGAGACTTCTC-------------------------------CTTCTTTCCTGATATATCATTTGTCTTTTGAGTTTATCTTATGCCATATGTAAATTT---ATGTATTTTTTTTGTGGTT-ATAGTGAT----CTCTATTTCTTTTCAGGTTTATATCATGCTTGGAAAGACCTTCCCTTGG a 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s mm3.chrX 3588505 2201 - 149996094 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tcagtcaCCTATTGGGTTGTTAGTTCCTGCTGCTTTGGCTCCGGAT--CCCAGACCTCTAAGGTTC-TGTTGTAATGATACACAGTTGTGC------TGTGGTTTGGTTTCATCTTCTCTTCCTTCCAGATGTGCAGCAGTT--ACCGTAAC-TGTGCCTGTTGACTCTGT--------CTCACTGTG--------------------TTGTCCT--------------TACGTCTAAGTC---------------TTCACAGTGATGGACATAACGTG---GAAGATCACAGAAGAGGGTTGCAGTATTG-----TGTTCTTCCCCGGAAGGGATTAACGTTTGCCCTGCCAGGGCCACAGACAGTGGGGTACCCAGACAGTGAGGTGATGGAGATTGTTGAGAGCCAGGCTTGACTCCCTGTGAGGGTAGTCGGCCGTTGGTCCCTTGGG-GCCCATCCTGACCTGCAGAATGCCC--CCAGGCGT-------------------CTC-----TTTGCCGCCCTG-----GCAGCAAGTCTGC--ATTCTG---CTGTTTGCTCACCTCTTCCAGTCCTCTTCTGT------------------AGTGGGAAGAAAAGG--------------------CCTCTCCCAGGCCTG--ACCACACCACGCTG---------------CTTACT----------------------------------------------------TATGGT---------GTGA------------------GTTAGTGCAGCTCTGCTCTGTTCTGTCCTGACCTGTGTCTCCTATTTAATGGCTT---TGTTGTTACTTG-------TTTCTCATCTGTCCTTTGGTATTAATTTTACTTTCATGACCA-------------GGTAAT--AAGATGATATA----TTTATTGATTATTTGAAAACCTTCTAAATAATGCAAAGTTAAAAATGATGTTCTTAAAATTGATTAAACTT--TT------TTTTTAGGATAATTTCCCATTTGATCCCCCGTTTGTTCGAGTGGTGTTACCTGTTCTCTCAGGAGGGTAAGTTTACATATTCA 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atatatttttataat-ctataaaatatacaaatattttt--aaaatatatt----------------------atcttatacta----------------tatttaaatatatgtttaaaaGTGCAGAAGCAAATGACAGAACAAGTGTCAAAGAAACTTGCAATA-------------------------TTAGTTatt-----------------------------------------------aatgttttaaatat----gttttaatttt-aataataaatatcaa-aggtataaactgataaaaatgaagtttccttaggcctatgatattttttagagtttaaggaggggttggggatttagctcagtggtagagcgcttgggttcagtccccagctctggaaaaaaaagaaaaaaaaaaaaagagtttaaggaggtcctgac-accaaaaatattgagaagtgctACTTTCCTATTTCTCTCCTGCC------CCTAGCCTTTCCTCCTTGGAAAAAAAAAAA----TACCTCCTTTTCTCCATTCTACATTAGCCTACAT-GTTCCACTGGGGCTGGTTTTGACACCTCCCTCCC-----------------TTGACACAAAGCCTGACCAAG a score=3541.000000 s hg15.chrY 25594834 323 + 50961097 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acacacatacacacacacacacacacacacacacacacacacactctctctctctctctctctctACTTTTTCCTTTTTTAAACCTTCCACAAACTCTATCA-AAAGTCAGATCATTGA------------TCTCATGAATTCTTGCTCTTCCC-TTTTCTCCCAC-ATGTTAGATatatgatataatatagtataatacatataattttatatattataTATtgttatactacataatatgtatattatatgggtacatataatatgttattaaatgtacataatatat------------attaaattaaattatatatatattTGCTCTAAAAAGAGGAAAT----TATCAGGCCCTTAACCTGCCATATCTTTAACATCTGTAGATCTTTGTGATTTCTGTG---ATGAGCAATGATGTT--TTGATTCACTCTAAAATTTATTTCACTTAAGATAAATGT--TCATTATTCTTTCTTTTGTT---------GTTTATATCTGTCATTGTGACAG----TGTAACATCAGGACCTAAGGTATGCAAAGAGAT---GAGGACTGCAGCAGGCACAGTCTTCACTG----------TGCTGGTGCCCATTGT-------------------TACAG--TATAGAAGCCACCTG-------GACTCCACCCC s rn2.chr16 58953342 566 - 84226546 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s mm3.chr8 64701740 923 + 128923138 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s rn2.chr16 58954494 930 - 84226546 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AGTGTGCAGGTTTCATAAAAGTGTGATCTCTATCTTTGTCCATGGAGAGGCAGTCTAACATCATGAGGAAAGCTCAACTTTGGAGCAG---AGAATGAAGTTTGAAGCAGAAGCCTCACAATACTGAAAACGAAACCTAAAGTCTATGAGCCCCAACTTCTGTATATACAGAGAGACAAAGATTATTTATAGACAAAAAAAAATCTTTATAGATAAAAAGAATGTCTGAAA-----GACAT--GTTT--------AGCAAATATGTCTGCCAATCTCTTATTCTCTGTTTAACCCAAAGTAGGGATTCAATGGATGGTGGTTTCATACATAGAAGGGGAATGATAACTATTTCAAAAAGATATGATGGGAATAAGGATCCTATCTGAGCTATGCAATCTGAGAATGGAAGAAGCATAGTCCACCTATGAATGGTGTGGGGTGAACA---------GGGAGTAGGAAGAAGAATGTTCCCTCAGGCTCCCA-GAGAGGGCAAAATATTCTTACTGGGGATGG------CAAACATTTGAAAAGATATGAGTGGGACCTTTCTT--GGAATCGTGATTGTCTCCCTGAATCTTTGTCTGTCCTGCTGAGTTTGTTCATTGAGTGCTTTCTGTCTTCTCTTCTCTACTTCCAacacacacacacacatacacacacacacacacacacacacacacacacacagagagagagagagagagagagagagagagagaga--------------------gaaagagagacagacagacagacagacagaggcagacagagacagacagagacagagagagagagagaga----------------gTGTATTCAGAA---TCCCCCTCTTTGCTAAGGTATAGT--TTTTATGCACAGATTAGCCCTATT--TGTTTCCTAATTCATTAGTTTC s rn2.chr13 26997852 896 - 105800825 AGTAAGCAGGTTTCTTGAAAGTGTGATCTCTATCTCTATCCATGGAGAGGCAGTAGAGCATCATGAGGAAAGCTCAGCTTTGGAGCAG---AGAGTTAAGTTAGAAGCAGAAGCCTCGCAACACTGAAAGAGAAACCTAAACTCTATGAGCCTCAACTTCTTTACATACAGAGAGACAAAGATTATTTATAGACAAAAAAA--TCTTTATAGATAAAAGGAATGCCTGAAA-----GACAT--GTTTGTGTGTTTAGCAAATATGTCTGCCAATCTCTCGTGCTCTGTTTCACCCATAGTTGGGATTCAGTGAATGGTGGTTTCATACATCGAAGGGGAAT---AACTATTTCAAAAAGATACGATGGGTATAAAGATCCCACTTGAACTATATAATCTGAGAGTGGAAGAAGCACAGACCACCTATGACTGGTTTGGGGTAAGCA---------GAGAGTAGGCAGGAGAATGTCCCCTCAGACCCCCACAAAAGGGCAAAATAATCTTGCTAGGGATGGGGATGCTAAACATTTCAAAAGGTGTGAGTGATACCTTTCTTT-GGAATCCTGATTGTCTCCCTGAATCTTTGTCTCTTCTGCTGAGTTTGTTCATTGAGTTTTCTCTGTCTTCTCTACTCTACTCCCAacacacacacacacacacacacacacacacacacacaGGgagaaagagagagagagagagagagagagagaaggagagagagagacagagagtcgttgagacacagagagagatacagagagagagagagagagagagagagagagagagacagagacagagacagagacagagacagagacagaaagaCAGGGTGTTCAGAACTCTCCTCCTCTTTCCCAAGGTATAGT--TTTGATGTTCGGATTAGCCCTATT--CATTTC----TTCATTCGTTCC a score=10554.000000 s hg15.chrY 25710188 129 + 50961097 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TAGATTTCTTTTGAACACAATAATTATTTATGAAGGAGTTCTAAAATGTCCATGTTGTAATTTCTAACTGCGTTACATTTCAACCAGAGAATATCATAGGTGCAAATTTTTTGTTTAAGTTTGGTATGGAGTCCAAGTGGCCCAGAATGCTCTATTTTGCAAAGGATGGTCTCAAACTCCAAACCACCTAGCTTGCAAGTCTACACCACCGTACATAGATAGAGGAAGCCTTTTTATGTATTTGGATTTGCTTAAAAAATCAGTGTTTTCATTTTCTGGTTGTAGGTACTGTTACATAA--------------GAGCTTCCCATAGAG----TTTGGTTACCTTGTTGCTATGCCACAAAATTAGAGGGCAAATTAAAGTCTTCTTTTATTACATTTTTT---CTTCATTTTTAGCTCCTTGCATTTC--AGTATGTCATCCTTGTGAAATGTTT---TATAAATATCC-ATGGACATCTTGCTTGTGGATTAGTG-------CTTTACTTTTTGTAATGAGTATTTCATCTCCTTCTTGAATGTGGTCTACCTTGGTGTTAAACAG--GAGTTTTAAAACATCAGGG----AGAGGTTTGACTAGGAATTCAGAGGCTCTCAAGGGTAAAATTACCGATTCAGCACCACGGACAGCTCCCGCGAAGTCC----AACTTC-----------TCT------------------GTTAGAATAGTGGCATGGGAGAATCATCTACAAAAAGGAGAGCTGGCTTCTGACTTTTGTGTAAGACGT a score=67695.000000 s hg15.chrY 25711827 803 + 50961097 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caca-------------cacacaGAGCACAATTTATACAACTTTAATTTTACTTGTAAGCAGGTTTGCTTCTACTGGGGATTAGCCTACCTACCAGATTTCTCATTAGAGAAACTAAATGAGAAGTGAAACACAATCAATTTCCACCCACTCATACCCCCCCC---AACCATACCCACTGTAATAATGTTAA-CACAATGAAACAAAACAAAG--CAAGAAGATATGAGTTTGTTTCATCCTCATGTCTGTAATTTGGGGTTCACCTCT---------------------------TTTTTAGAAGAAGA s rn2.chr13 27002331 259 - 105800825 cACA-------------GACACAGAACACAATTTATAGAACTTTAATTTTACTTATAAGCTGGTTCGTTTCTACTGGGGATTAGCCTACCTACCAGTTTTCTCATTAGAGAAACTAAATGAGAACTAAAACACAACCAATTTCCACCCACT--TGCCCCCTCCCAGAACCCAACCCACTCTAATAACATCAAACACAATGAAGAATAAAATAA--CAGTAA-ACACGAGCTT---TCACCCTCGCGCCTATAACTTGGGGTTCGCTTCT---------------------------TTTGTAGGAGA--- a score=101975.000000 s hg15.chrY 25715665 1012 + 50961097 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aatcctcagaaactataatagaaatgttgagaaagatctagagaaatgtggatatttgtgga-tggtgacaggagtggaaagcagggcagctatt-atgcgaacagtacag-----cctcag--tgttaaggacaggattatcatacaagccagcacacacatatatatctgtacatccacaaaag-actggaagcagggtc-------------------gctat------------------------------------------gtgtccaccaacaggtggatg-----ataaattgtggcat-------------atacatacagactt----aagaagtaatttgatgccacatg-gacaacaggaattaacct--agcactatgtcacatggaatgagccagacatgtgagacacatgctgtatgtgatttcatttatatga--ttcataaagcagtcaaactcagag--agagagaaaagggaatattgcttgctttgcat--agagtgattgctaaatgaatacggagtttcagtttggaaagacgaagaacattctggagatgaacagtgctgatgggaat---------------tactcaatgatgctgaac-atcaacttaaaaat-gTAGAACTGGCCAAGGTTTCT----CGTGTGCATCGACTAGAATGAG-------AGAGAAACAAACAGTCATGGCT-GCATGGAGAACAGATGCC-ATGGGAAGGACAGACACACA-------------------------------GACCCATTCTGGGAG-GTCAGGAAAGACAGACACAATCTTTCTGCTACTCTATATTGTATGAGGTCCCCTTCCCAGTCATTAGCACTCTCTCCTTCTACACCATCTGAATAAAGAAATAAAGACCACGCCTTCTGCCACACAGG--------TCTCCGTTCATCTCCAATGCTGCTGCTGTCTTCTGGCGTTCTCTTCA--------TTCTGCTTCCTT---------------------GCTCTCTCGGCTTCCTCCACTGCCCTTCTCG-AGGCTTCCCTCCACACTCAAGGCCAGTGCCGCCTGAGGTCCTGCCCTCGACATGCTCAGCTGGGATGAC-------TCTGAACAGC-------TTCCTAACTAGTCTTCTGGTTTCCTGGCTTGGCAAACAT-CTTCTACCTA-CACGCCAATC-----TCTGCAAG-----------------TAGTGTGAGCTACATCACATTCTTCCTTAAATCACTTTCATGGCTCCTGTAAAAGACCTTTTTTCTAAC--------TGAAATATAAAACTCTCTTT----TTACTGTGTGTGAGC---TGATGCTCTGATCAGGATGCTCTGAGCTTTTCCACCGTCACTGCTCTCAGGACATTTTCATCATCCCCTCTTCCCATTCCTCTTCCTTGAACCCCAAGCATGTCTGtccctcccttcctccattcgtccttccatccctcagcccctctctccctccccctccttccctctctccctctcttactctccctccttccctctctccctctcttcctctcCCTGGCTATGCCATTTTGGATACACTGCACAATGAACTCCTCAAAAAT---GGGCTCTttgt-------tttatttga--------aatgttttcttaaagttcatccatgctgtaaca 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AGT-------GTTTGAGAGCAACTGACTGCATTTTCTTCTCCACGTTTTCATTTTTCTTCTGTGCTTCCCATAGGCAATATTACTATAACCTTATGCTTTTATATGCAGTAATCTTAAATTTTATGAGCTAGTGCTAGGGCTCCCATCTTCAGGGTGTTTAT---GGTACAGCAAACAGGAAGATGTTCACAGACCACAGCAC--CTCAGAGCC-CTTTTTTCTAATTCCAGCATTTATACTCT-CTGCATCCATATGCCTTTACCCATACCACCCTGCTTTCCCTTCGCCCCCCTCGACGAAGAGGACTGCCAGAAAACAG----TTACCTTCTTGTGCAGGCCTGCATAGCAGAATGAAGGTCAAGACATGCACGGAGAAGAACAGCAAGAAAGGTAAGTGGCTGCTGGGAAACACTGCAGTCTCAGCACCC-GTCTCCCTTGGAAACTAGAGTAAGCCTGCACTGCCACTGCTACCCAGCAAGCCAGAGGCAGAGCTTCTGTAATTTGCTAAGAAGCTGTTCCT-AGGAAGGGGAAAAGGAAGGGGAGGAG-------------GGCAGAATCCCCGGGCTCAGCA-AGCCAGTGCCACTAATAGTTCCCAAAATACCATTCCATTAGCTGCATATTTTATATACTGTACCAAGTCAGTCAATACTGCGTGTCATCTGACAGAAGGGAGAGGGAGAG---TTCTTCCTTATGTGAGAGAAGACAGAGTGGAGAG---CGCAGCACTCCTGCTCTGG---CTCTTTCATCTGCCCTTGGGCTACCCTAGCTGTGGCATCCACCCAAGTGAGCTGTAAATACTGCCTCACTGGAGGCT-GGGCCCAGCCAGCT-GCTGACACCAAGAGAGGACAAGAGACAGAT-----AAAGAAGAACACATG----ACGGGAACACAAAGGTGAAGTTCATCTCT-CTATAAA--GGGTTAAGCGGGAGAGAGGAAAGCTGTAAGCACTGCTCAGGCTGAGAAGCTACCTAAGGGGCAGGGAGACTTCCACATCTAA 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hg15.chrY 28072308 251 + 50961097 GTAGTCTACACATGTAAGATAATTCCCTATAGCTTGTTTGTAAGGTTTATTAAATAAATAGTTGAAAATATA----AATAAGTTGCATAATACTATAGTTAAAGCCACCTGGAAATAGAAGCATATTCCAGTTCCATCAGTGATTTGAACACTATTCCCTTTTTTTCCAACCTGGTGCAAATAAACTGTAATATT-GCTTTGTGGCAATTAGGTCCAGGAGATGTTCTCTTCTTTTTATACCTAAAGGGGAAAAAA s mm3.chr14 68524861 208 - 115844145 aCAGAACATAAGGGGAAGAGA--------------------------GACCAAAT-----TTTAAAAACATTT---ACTAGG------------ACAATGAAG--TACCTAGAAATGAAGGCGTCATCCATCTTTATCAGAGACTTGGCAACCATTCCTTCTTGTTCCAACTTGGTATAAAGAAACTGCAGTACGAGCAAAGTGGCAATCAGATCCAGGAGACGCTCTCGCCCTTTTGTACCTAAAAAAAACCAAA s rn2.chr15 63630558 211 - 99209255 acaaaATATAAGGGGGGTATA--------------------------TACCAAAT-----TCTCAAAACATTTCTTATTATG------------ACATTGAAG--CACCTAGAAATGAGGACGTCATCCATCTTTATCAGAGATTTGGCAGCCATTCCTTCTTGTTCCAACTTGGTATAAAGAAACTGCAGTACGAGTAAAGTGGCAATCAGGTCCAGAAGACGCTCTCTTCCTTTTGTACCTAAAAAAAAACAAA a score=2943.000000 s hg15.chrY 28082808 29 + 50961097 TTTGTTCTTCTCTCTTAccaggataattt s mm3.chr14 68527093 26 - 115844145 tttgttgttttctttctCCAGTCTAT--- s rn2.chr15 63632527 26 - 99209255 tttgttgttttctttctCCAGTTTGC--- a score=16351.000000 s hg15.chrY 28082841 137 + 50961097 gacatttattgaagatggtggagccacaatatggaaggagtcaaggtctctaaatgaccacataagtggaac-----tttcttcctgaccaatatttgactgggatatggacaagaaagtaatctttgattatgttaagcta s mm3.chr14 68527513 138 - 115844145 ---gGGTGTTACAGACGGAAGAGCCACAATGTAGAAAGTGCAAAGATCACAAAGTCAATCACTAAGTGAAACAAAATGCTCCTGTTGATCAATAGGTACATATGTTGTGGC-AAGAAAATAATTATTGAGCATGTAAAACTG s rn2.chr15 63632972 139 - 99209255 ---GGGTGTTAAATATGGAAGGGTCACAATGTAGAAAGTACAAAGGTCTCCAAGTAAATCACTAAGTGAAACAGGATGTCCCTGTTGGCCAATAGGTACATATGTTATGGCCGAGAAAATAATTATTGAGCATGTGAAATTG a score=11865.000000 s hg15.chrY 28082978 82 + 50961097 ctgagattt-------cttttttacagcaattggtgctatttatgctaataAATGTGCACAAACAATACCCTAGTTAGCGGCAAAAATA s mm3.chr14 68527776 89 - 115844145 CTCAGATTCAGGGCTACTTTTCTTCAATAGTTGGCACCATGTAAACTAATAAAACTGCCAAGATAATACTTTCATCATGGGTAAAGCTA s rn2.chr15 63633234 89 - 99209255 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TATCCCTTGGCTCTCAA-TGCCAGGATACCTTTCCCTTG-GAGCTGCAGCACTCAT--TCACTGCT-----------------ACC-TCTAGGACAATATTTAGAATAC--TCACCT-CCCTTATG-TTTACTGGGCAAGAGGAAATTTCTATCAACTTCAATTC-CCAGTACTAGAACTTAGAACGTAAG--------TCCATGGCCTCTTCAG-GATGCTAGTTTTCAACTGTGGAATGTTAAT-GTCACCAACAATGCAT------------------GGCACATGCCACTCAGCACCA--TGCAGAGGG--------------TGACCAT----------------------TCACTGAGAGATGCAG--------ACTCCCACGCTGACATGCTCCCTGAACCACG--AGACTGGAAAGAAACTGTTCTCCATCCAACTGCCTTGGGAAGCACTG-TGCAAACTGTGAAGTGAGCTGATCACAGACTTAAGCAGAAATAAGACAAATACCTCAGTCTGTAGAGCAAAGAGTGAAGCCCACGGCACAGGACTCTCCTGGT s rn2.chr15 63636596 489 - 99209255 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s mm3.chr11 79535723 1307 + 122862689 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