##maf version=1 scoring=roast.v3.3 a score=300.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 0 1 + 191409 C s panTro4.chr11_GL391837_random 2641743 1 + 5442033 C i panTro4.chr11_GL391837_random N 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 6836 1 + 45132 C i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random N 0 C 0 a score=127593.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 1 358 + 191409 TTTTAGTATATATTTTCCATAAGAGCAATTCTCAAATTCCTTTATTTGTGGTAGTAATATTTAGGCTTCACTACAAAAACAATTTGGAGGGATACAATTAAGTGCTAAAGAGAATT-TATTCACTTATGAGGCAACTCTCTAAGTGCAGTCTTCGGGAGACTTTTGTCCAAGGGTAAGCTGGGTTCTTCCGAAGCCGAAGAGGAAGTTAGAGATTCTCTCTACATGCAAGGATttgttgttgt---------tgttgttgttAGCTCTCCCCTTGGCTGCTTAATGTCCTTATTCCA------TATAGTCCCAATTCCTCTCTCCATCCATATTTTTAGTGTATCATGCAACCTCTGGAAATGTTTAGCTTTTA s panTro4.chr11_GL391837_random 2641744 358 + 5442033 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i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85460498 1143 + 85787240 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i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112667826 1102 + 130397257 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i calJac3.chr11 C 0 C 0 e chlSab2.chr25 85466416 6026 + 85787240 T e canFam3.chr18 16572227 14308 - 55844845 I a score=8550.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 12621 9 + 191409 acacagtac s panTro4.chr11_GL391837_random 2654396 9 + 5442033 acacagtac i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 20311 9 + 45132 acacagtac i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr1 575771 9 + 227556264 acacagtac i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH685151 108878 9 - 176321 ACACAGTAC i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 e chlSab2.chr25 85466416 6026 + 85787240 T e calJac3.chr11 112674065 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16572227 14308 - 55844845 I a score=978277.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 12630 931 + 191409 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i calJac3.chr11 C 0 T 9707 e chlSab2.chr25 85466416 6026 + 85787240 T e papAnu2.JH685151 109734 8794 - 176321 T e macFas5.chr1 576632 16671 + 227556264 T e canFam3.chr18 16572227 14308 - 55844845 I a score=68078.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 15236 285 + 191409 agccgggctcagtggctcaatgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggtggatcacgcggtcaagagatcaagaccatcctggccaacatggtgaaaccccatctttattaaaaatataataattagctgggtgtggtggcgggtacctgtattcccagctactcaggaagctgaggcaggaaaatcgcttgaacccgggaggcagaggttgcagtgagccaagatcatgccattgcactccagcttgggggacagagtgagatgccatctc--------------aaaa s panTro4.chr11_GL391837_random 2657016 299 + 5442033 agccaggctcagtggctcaatgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggtggatcacgaggtcaagagatcaagaccatcctggccaacatggtgaaaccccatctttattaaaaatataacaattagctgagtgtggtggcgggtgcctgtagtcccagctactcaggagactgaggcaggagaatggcttgaacccgggaggcagaggttgcagtgagccaagatcatgccattgcactccagcttgggcgacagagtgagatgccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaa i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 22707 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panTro4.chr11_GL391837_random 2657425 343 + 5442033 tgtTACTTTTAAACATGATCAAATTCCTGAATCATCATTAGAGTGAGAGAACATTAGAATCAGAAGATGTTGTGTCCAGCAGTTTTCAAA-TTTTTCTTCAGGAAACCCCCTTTGGAGTTCCGCTGGATCCATGTTTTCAAAGATTTTGCATCATCC-AAAAACATTGTTCCTATTTTGTATGAGGTAATAAATTTGAAACAAACAGCCCACATCGCCACAGTATAAAAC------------------------------------------------------------TACAAATCAATAGTATTTAACATTAAAATGATACATGTTTTCCATCAAATGCAGAT-GGAAAGACCATTttctagtgaagggaaaagaaaagaagttaaactaatgagatgtaat--------a i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 23104 349 + 45132 tgttactttaaTACATGATCAAATTCCTGAATCATCATTACAGTGAGAGAATATTAGAATCAGAAGATGTTGAGTCCAGCAGTTTTCAAA-TTTTTCTTCAGGAAACCCC--TTGGAGTTCCACTGGATCCATGTTTTCAAAGATTTTGCCTCATCC-AAAAACATTGTTCCTATTTTGTATGAAGTAATCAATTTAAAACAAACAGCCCACATTGCCACAGAATAAAAC------------------------------------------------------------TACAAATCAGTAGTATTTAACATTAAAATGATACATGTTTTCCAGCAAATGCAGCT-GGAAAGACCATTttctagtgaagggaaaagaaaagaagttaaactaatgagatataatataagataa i 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1020 e chlSab2.chr25 85466416 6026 + 85787240 T e papAnu2.JH685151 109734 8794 - 176321 T e canFam3.chr18 16572227 14308 - 55844845 I a score=200663.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 15968 406 + 191409 tgagcagaaccacaagaggacaatgaagtaggagagggacataagaatttcagggaagtggattgcaatatggtaatcagggaacatctttagggggtaataatagaagccattaagaactgagaaatgtgagggaactggctataaagacttctaaggggaagagcattgcaacaatgggtggaacgaagacaaagcattgatcattccatgtttattctaaaaattcaaaggcagatagcatgcctggaatggattgaaaagag-cagaaagactaggagatgggaaaaaacaggtaatgagggcacgagcacagagatcttgcacatctttgtaaggaacttgaattttactctgaataagtggaaaagccattggacttcttagaacagaaaactaacatgat s panTro4.chr11_GL391837_random 2657768 406 + 5442033 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taagtagaaccacaagagaacaatgaagtaggaaagggatgtaagagtttcaggaaagtggattgcaagatggtgatcagggaa-acctttaagaggtaatactagaagtcgttgagaactgagaaatgtgagggaactggctataaagactcctaaggggaagggtgtttcaacaatgagtggaacgaagacaaagcattgatcatgccatgtttattctaaaaaccaaaaggaagatagcatgcctggaatggattgaacagagacaaaaagactaggagatgggaacaaacaggttatgagggtaagagcacagagatcttgcacatctttgtaacgaacttgacttttactctgaataagtggaaaagtcattggagttcttagaacagaaaactaacatgat i macFas5.chr1 C 0 C 0 e chlSab2.chr25 85466416 6026 + 85787240 T e papAnu2.JH685151 109734 8794 - 176321 T e calJac3.chr11 112667302 1020 + 130397257 I e canFam3.chr18 16572227 14308 - 55844845 I a score=8489.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 16374 9 + 191409 ctaactggc s panTro4.chr11_GL391837_random 2658174 9 + 5442033 ctaactggc i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 23860 9 + 45132 ataaccggc i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr1 560805 9 + 227556264 ctaactggc i macFas5.chr1 C 0 I 6984 s papAnu2.JH685151 100940 9 - 176321 ctaAATGGA i papAnu2.JH685151 T 8794 C 0 s chlSab2.chr25 85460390 9 + 85787240 ctaactgga i chlSab2.chr25 T 6026 C 0 e calJac3.chr11 112667302 1020 + 130397257 I e canFam3.chr18 16572227 14308 - 55844845 I a score=776668.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 16383 642 + 191409 attttaacaggaccattccgccatgtggaaaaactcaagtgggataagaatagaagcaggaagaccaattagaggctaatcatggcctcatatatagagtgaaaacattggagctgggaaaaactagtctggttctaggtatatttcaaagaatcaaggagatattgcaaattaaaaagcaacagtgtgaaaacaagagaatggtcaagaataacataaaa------ttcctaacaaggaataatgccatttactgccgtggagaagactgaatgaggatagggttaaaaggattattaataaaaatttcttcatagtgacaacgcatgagtaaataatgtagcttttagaatacaatgataaaacagtattccctgtgaactcaattttcttaagatgcccaggagacattac-aaaatatatatatatattaattagacatttgaatccatgagtctcacttcagggaggaggcatagttaggggaggtaacattggagtcatgtgcatatagaagcatttaaagtcatgagattggatgagattaccagaaactgatggcagatggagaagacaagagtttcaatcgctgattctggggacactccaaaattcaaaagtcggttctgtagcactgagacacatgca s panTro4.chr11_GL391837_random 2658183 647 + 5442033 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gcaagagaagtggaagcaaaccagacaggtatgacgacctgaaaaccaagtaaagattttccagcagtgaaggagcgataaactatgacaagtgctgcaggtagatctaatcagatgaggacttcatcactgggtttagccatgtgagatcattgAAAGCTGAGTGAAGTAGAAGAAGCAAATGCTCAAGTGGAACAATCTTATATTGTTCTATATTTCCTCGGAAATAGCA--GTTTGTTAATACTGATGTTTATTAATGCTAATATTGAGAATTGAGTGTGAACCAAGTGTTTT-TCCTAGGTCCCAAGGGGATGGACATACAAATAAAAATCATGTACACTTGAATTTTAATTTATTTACCTACAAAATGACTTAGGTTAATGAGAAGTTA--GTGTTAAGAATTGTCTTTAAAGTGTAAGACAGATGTACATTTACTAGATATATGTCTCTCTACCCATTTCTCTGGTAGCATTTGT-ACTTCTGTACAAAGAGAAACCTGAAAAGAGTGGGTGGATTTTCAAGTCATATTAAGTGATACGGTACTAAACATAACTTACATTTAAAATTGGTGTTTAA i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112668322 576 + 130397257 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TATTT-----CATTTATTTTTAATAGATATTTTATAGAGAGAATACGTTTACACAAGGGTGATTCCACAAAAGGAatttcacttagcataatgtcttccacgttcattcac-attgttgcaggtgacagaattacatttcttgtaaggctgaatagtattccattgtgtattacatgccactttttttcttttatccatttatctgttgatggggatttaggttgtttctaagtctgggctattgtgaata--tctgcaataaacaagacagcacagatatctactcaacatcctgatttcaatttctt--tatgcatctacccagaagtggaattgttggatcatgtggtaattctatttttctatttttagttttgggagaaacctctacactgtttttcaaaatggctgtgctaatttacattcccatcaacagtgtataagagttcccttttctccacatcctggccaatgcttgttaactttcgtctttttgataatgatcattctaagataacatatatgaggtgatatctcattataa----taaaataagcctgacacagaagaaaacatcttttgtcattccacttatgtgtgagatctaaaaattagaattcctacaaggagagagtac i chlSab2.chr25 C 0 C 0 e calJac3.chr11 112671066 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16588304 17178 - 55844845 T a score=462664.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 20588 287 + 191409 aatagtagttaccagtgact-gggcagggtgggtggagaaaggagaaatgttgatcagagggtacaaagtttcatgtaggcaggaggaataagttctggtgaactactgcagaacaaggtgactacagttaatggtaatgtattgtgtatttcaaaattactt-gaaaatggatcttaaatgttctcatcacaaagcaatgataagtgtatgaggtgatgggcataataattagtcggagatgttcaattcgcactgtatacatgtactgaagcattgcattttacccc s panTro4.chr11_GL391837_random 2662795 287 + 5442033 aatagtagttatgagtgact-gggcagggtgggtggagaaaggggaaatgttgatcagagggtacaaagtttcatgtaggcaggaggaataagttctggtgaactactgcagaacaaggtgactacagttaatggtaatgtattgtgtatttcaaaattactt-aaaaatggatcttaaatgttctcatcacaaagcaatgataagtgtatgaggtgatggacataataattagtcggagatgttcaattcgcactgtatacatgtaccaaagcattgcattttacccc i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 28089 289 + 45132 aatagtagttgccagtgactggggcagggtgggtggagaaaggagaaatgttgatcagagggtacaaagtttcatgtagacaggaggaataagttctggtgaactactacaggacaaggtgactactgttaacggtaatgtgttgtgtatttcaaaactacttaaaaaatggatcttaaatgttctcatcacaaagcaatgataagtgtatgaggtaatggacataataattagttggagatgttcaatccatactgtatacatgtactgaagcattgcattttacccc i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr1 571980 281 + 227556264 aatagtagttacctgtgacttgggcagggtggatggagaaaggggaaatgttgatcagagggtacaaagtttcatgcagacaggaggaatcagttctggtgaactactgcaggacaaggtgactatagttaatggtaatgtaatgtgtatttc------attt-aaaaatggatcttaaatgttctcaccacaaagcaatgataagtgtatgaggtgatggacataataattagtctgagatgttcaatccacactatacacatgtactgaagcattgcattttaccc- i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH685151 105117 278 - 176321 AATAGTAGTTACCTGTGACTTGGGCAGGGTGGATGGAGAAAGGGGAAATGTTGATCAGAGGGTACAAAGTTTCATgcagacaggaggaataagttctggtgaaCTACTGCAggacaaggtgactatagttaatggtAATGTAAtgtgtatttc------attt-aaaaatggatcttaaatgttctcaccacaaagcaATGATAAGTGTATAAGGTGATGGACAT----ATTAGTCTGAGATGTTCAATCCATACTGTACACATGTACTGAAGCATTGAATTTTACCCC i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85464575 278 + 85787240 aatagtagttacctgtgacttgggcaggttggatgaagaaaggggaaatgttgatcagagggtacaaagtttcatgcagacaggaggaataagttctggtgaactactgcaggacaaggtgactatagttaatggtaatgtaatgtgtatttc------attt-aaaaatggatcttaaatgttctcaccacaaagcaatgataagtgtatgaggtgatggacat----aatagtctgagatgttcaatccacactatacacatgcactgaagcattgcattttacccc i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112671066 289 + 130397257 aatagtagttgccagtgactggggcagggtgagtggagaaaggagaattgttgagcaaagggaacaaagtttcaggtagatgtgaggaatcagttctggagaactattgcaggacaaggtgactacagttaatagtaatgtattgtgcatttaaaaatcacttcaacggtggatcttaagtgttctcaccacaaagcaatgataagtatacgagatgatggacataataattagtctaagatgttcaatccacaatgtatacatatactgaagcattgtattttacccc i calJac3.chr11 C 0 I 44 e canFam3.chr18 16588304 17178 - 55844845 T a score=34843.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 20875 28 + 191409 atacat--------------gttatcaatacaaatataattt s panTro4.chr11_GL391837_random 2663082 28 + 5442033 atacat--------------gttatcaatacaaatacaattt i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 28378 42 + 45132 atacatgtataaaattatgagttatcaatacaaacaaaaTTT i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr1 572261 41 + 227556264 -tacatgtataaaattatgagttatcaacacaaataaaaTTT i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH685151 105395 42 - 176321 ATACATGTATAAAATTATGAGTTATcaacacaaataaaattt i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85464853 42 + 85787240 atacatgtataaaattatgagttctcaacacaaataaaaTTT i chlSab2.chr25 C 0 C 0 e calJac3.chr11 112671355 44 + 130397257 I e canFam3.chr18 16588304 17178 - 55844845 T a score=17472.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 20903 10 + 191409 TAAAAAGATG s panTro4.chr11_GL391837_random 2663110 10 + 5442033 TAAAAAGATG i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 28420 10 + 45132 TAAAAAGATG i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr1 572302 10 + 227556264 TAAAAAGATG i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH685151 105437 10 - 176321 taaaaagatg i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85464895 10 + 85787240 TAAAAAGATG i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112671399 10 + 130397257 CAAAAAGATT i calJac3.chr11 I 44 C 0 e canFam3.chr18 16588304 17178 - 55844845 T a score=325116.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 20913 179 + 191409 AATATGACAAGTGGCATTTAATTTTCATTAGTTTTTCAATGTAAGATAGTACTAATGTAATTTATGCTTATA-AACACAAATTCTCTC-TGGTTTGAATTGGCACAAGCAGTA--AAGGGAGAAAATG---CAAGAAACTGAA--TTAGGCAGGTAGACCCAGAAAATGTACAAGATTCACACAGAGT s panTro4.chr11_GL391837_random 2663120 179 + 5442033 AATATGACAAGTGGCATTTAATTTTCATTAGTTTTTCAATGTAAGATAGTACTAATGTAATTTATGCTTATA-AACATAAATACTCTC-TGGTTTGAATTGGCACAAGCAGTA--AAGGAAGAAAATG---CAAGAAACTGAA--TTAGGCAGGTAGACCCAGAAAATGTACAAGATTCACACAGAGT i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 28430 179 + 45132 AATATGACAAGTGGCATTTAATTTTGATTCGTTTTTCAATGTAAGACAGTACTAATGTAATTTATGTTTATA-AACATAAATACTCTC-TGGTTTGAATTGGCATAAGCAGTA--AAGGAAGAAAATG---CAAGAAACTGAA--TTAGGCAGGTAGACCCAGAAAATGTACAAGATTCACACAGAGT i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr1 572312 179 + 227556264 AATATGACAAGTGGCATTTAATTTTGATTAGTTTTTCAATGTAAGACAGTACTAATGTAATTTATGTTTATA-AACATAAATACTCTC-TTATTTGAATCGGCATAAGCAGGA--AAGGAAGAAAATG---CAAGAAACTGAA--TTAGGCAGGTAGACCCAGAAAATGTACAAGATTCACACAAAGT i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH685151 105447 180 - 176321 aatatgACAAGTGGCATTTAATTTTGATTAGTTTTTCAATGTAAGACAGTACTAATGTAATTTATGTTTAGA-AACATAAATACTCTCTTTATTTGAATTGGCATAAGcagta--aaggaagaaaatg---caAGAAACTGAA--TTAGGCAGGTAGACCCAGAAAATGTACAAGATTCACACAGAGT i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85464905 173 + 85787240 AATATGACAAGTGGCATTTAATTTTGATTAGTTTTTCAATGTAAGACAGTACTAATGTAATTTATGTTTATA-AAC--AAATACTC---TTATTTGAATCGGCATAAGCAGTA--AAGGAAGAAAATG---CAAGAAAC--AA--TTAGGCAGGTAGACCCAGAAAATGTACAAGATTCACACAGAGT i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112671409 177 + 130397257 AATATGACAAGAGGCAGTTAATTTTGATTAGTTTTTCAATGTAAGACAGAAGTAATGTAATT--TGTTTATA-AACATACATACTTCC-TTGTTTGAAGTTGCATAAGCAGTA--AAGAAAGAAAATG---CAAGAAACTGAA--TCAGGCAGGTAAACCCAGAAAATGTAGGAGAGTCACACAGAGT i calJac3.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16571126 177 - 55844845 AATATGGTAACATACATTTAACTTTGG------TTTTAAAGTAGGGCAATGAAAATATCGTTTGTGTTGATACAACAGGAATATATAG-TTGTTT---CTGGTAAAAGTAGTAGTAAACTAACAAATGCCACAAGAAAGTGAAAGTTAAGCAAGTAGTTCCCCAAAA-GTAGGAGCTCCACACAGAGC i canFam3.chr18 T 17178 C 0 a score=1179.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 21092 1 + 191409 A s panTro4.chr11_GL391837_random 2663299 1 + 5442033 A i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 28609 1 + 45132 A i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr1 572491 1 + 227556264 A i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH685151 105627 1 - 176321 A i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85465078 1 + 85787240 G i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16571303 1 - 55844845 A i canFam3.chr18 C 0 C 0 e calJac3.chr11 112671586 0 + 130397257 C a score=395181.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 21093 212 + 191409 -GAAAGAGTAAATCCACACTGGCAATCATGGACATTAACAAAGTAAGTGGGTGCAAGAAATAAAATCAATGCAAGTTGCAACACACAGTAACACAGCCGAAACAGAGTCCAACAGTGTAATTCCAAGATGCTCGTGTCAGCC---GTTCTAAAAAGGAACGCTATATATGCCAACTCAG-TCTTCTGGTTTTCTAAAATACATGTTCTATTTCCCAC s panTro4.chr11_GL391837_random 2663300 212 + 5442033 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-GAAAGAGTAAATCCACATTGGCAATCACGGACATAAACGGGGTACGTGGGtgcaagaaataaaatcaatacaaGTTGCAACACACAGTAATGCAGCCAAAACAGAGTCCAACAGTGTAATTCCAAGATGCTCATATCAGACAATGCTCTAAAAAGGAACGCTGTTTATGTTAACTCAG-TCTTCTGGTTTTCTAAAATACATGTTCTATTTCCCAC i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85465079 215 + 85787240 -GAAAGAGTAAATCCACATTGGCAATCATGGACATAAACGGGGTAAGTGGGTGCAAGAAATAAAATCAATACAAGTTGCAACACACAGTAAGGCAGCCAAAACAGAGTCCAACAGTGTAATTCCAAGATGCTCATATCAGACAATGCTCTAAAAAGGAAAGCTGTTTATGTTAACTCAG-TCTTCTGGTTTTCTAAAATAGATGTTGTATTTCCCAC i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112671586 215 + 130397257 -GAAAGAGTAAATCCACACTGGCAATCATGGACATTAACACGGTAAGTGGGTGTAGGAAATAAAATCAATACAAGTTGTAACACTCAGTAACACAGCCGAAACAGAGTCCAACAGTGTAATTCTAAGATGCTCAATGTAGGCAATTTTCTAAAAAGGAACACTGTTTATGCCAACCCAG-TCTTCTGGTTGTCTAAAATACGTTTTCTATTTCCCAC i calJac3.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16571304 208 - 55844845 AGAAAGACT-AATCAGCATCAACAATAATAAGTATTAACATGTACTGCAAATCCAGGTA-TGTAAGAAGTATGAGTCGTAACACATAGCACCCCAGTAGAGACAGAGCACAACAGTGCAACTCCAAGATGTTTGAGTTACACGGTGCTCTAAAATGGAAAGCTATTCATGCTAATTCAGATTCTCATATTTTCTAAAA-ACTTTTTCtaaa------ i canFam3.chr18 C 0 C 0 a score=5733.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 21305 3 + 191409 TAA s panTro4.chr11_GL391837_random 2663512 3 + 5442033 TAA i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 28825 3 + 45132 TAA i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr1 572707 3 + 227556264 TAA i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH685151 105843 3 - 176321 TAA i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85465294 3 + 85787240 TAA i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16571512 3 - 55844845 taa i canFam3.chr18 C 0 C 0 e calJac3.chr11 112671801 0 + 130397257 C a score=338919.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 21308 180 + 191409 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- 176321 TGATATTAAAATTCCTATAAAAtacattcttcattttttaaattaatgttaacAGACTCAATTAGTATATTACAGTGGCAGCAAATCAATTACTTTATGTTTCTTGACTGAAACTAGAAAGTACATCATTCCAAAGGGAAGCACCAATTGCAGAAAGTAAAACTGATGTGACACATCTAA i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85465297 180 + 85787240 TGATATTAAAAGTCCTATAAAATACATTCTTCATTTTTTAAATTAATGTTAACAGACTCAATTAGTATATTACAGTGGCAGGAAATCAATTACTTTATGTTTCTTGACTGAAACTAGAAAGTACATCATTCCAAAGGGAAGCCCCAATTGCAGAAAGTAAAACTGATGTGACACATCTAA i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112671801 173 + 130397257 TGATATTAAAATTCCTATAAAATACATT------ATTTTAAAGTAATGTTAACAGA-TCAATTAGTATATTACAGTGGCAGTAAATCAATTACTTTATGTTGCTTGACTGTAACCAGAGAAGACATCATTTCAGAGGGAAGCCTCAATTACAGAAAGTAAAACTGATGCGACACAACTAT i calJac3.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16571515 140 - 55844845 taatgataaaattcatataaaatatatt------ctttttaaGTAGTGTGAACAGATCT------------------------AATCAGGTGTTTAATGTTGGT--AATGAAACTAGAAAATCAGTCATTGCATAGGGAAACATCAGTTACAAAAGGCAAAACTGGTGTGAT-------- i canFam3.chr18 C 0 C 0 a score=5595.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 21488 4 + 191409 TCTT s panTro4.chr11_GL391837_random 2663694 4 + 5442033 TCTT i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 29008 4 + 45132 TCTT i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr1 572890 4 + 227556264 TCTT i macFas5.chr1 C 0 I 444 s papAnu2.JH685151 106026 4 - 176321 TCTT i papAnu2.JH685151 C 0 I 445 s chlSab2.chr25 85465477 4 + 85787240 TCTT i chlSab2.chr25 C 0 C 0 e calJac3.chr11 112671974 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16571655 0 - 55844845 C a score=7506.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 21492 5 + 191409 AAAAC s panTro4.chr11_GL391837_random 2663698 5 + 5442033 AAAAC i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 29012 5 + 45132 AAAAC i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr1 573338 5 + 227556264 aaaaC i macFas5.chr1 I 444 C 0 s papAnu2.JH685151 106475 5 - 176321 aaaac i papAnu2.JH685151 I 445 C 0 s chlSab2.chr25 85465481 5 + 85787240 AAAAC i chlSab2.chr25 C 0 I 443 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calJac3.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr18 39299066 78 + 55844845 GAAATTTGAAG--CTTAAAAAAAAGTAGTTTCTTAGTTGTATTATTTATATATACGAGTTTTACCAAATTAAACATTTTT i canFam3.chr18 C 0 T 79602 a score=114918.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 22067 67 + 191409 AAAAGTACAAAAGTATAC-TGTGGTCTCGTCCTTACAAAAGATCTCCTAAATTTAATGTTCTTTGAAA s panTro4.chr11_GL391837_random 2664273 67 + 5442033 AAAAGTACAAAAGTATAC-TGTGGTCTCGTCCTTACAAAAGATCTCCTAAATTTAATGTTCTTTGAAA i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 29559 67 + 45132 AAAAGTACAAAAGTATAC-TGTGGTCTCATCCTTACAAAAAATCTCCTAAATTTAATGTTCTTTGAGA i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 N 0 s macFas5.chr1 574213 67 + 227556264 AAAAGTACAAAAGTATAC-TGTGGTCTTGTCCTTACAAAAAATCTCCTAAATTTAATGTTCTTTGAAA i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH685151 107343 67 - 176321 aaaagtataaaagtatac-TGTGGTCTTGTCCTTACAAAAAATCTCCTAAATTTAATGTTCTTTGAAA i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85466791 67 + 85787240 AAAAGTACAAAAGTATAC-TGTGGTCTTGTCCTTACAAAAAATCTTCTAAATTTAATGTTCTTTGAAA i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112672524 68 + 130397257 AAAAGTACAAAAGCATATGGGTGGTCTCTTCCTTACAAAAATTTTCTTAAACTTAATGTCCTTTGAAA i calJac3.chr11 C 0 C 0 e canFam3.chr18 39299144 79602 + 55844845 T a score=1021425.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 22134 929 + 191409 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papAnu2.JH685151 107410 907 - 176321 AATGCACAACTCTTAGTGACTGCGTTAGTCTGGATTCTTCATAGATGTAGAACCAATAGaatgtgtgcatatatt-------------------------tgtgtgtgtgt---gtgtatacagattAATTTTGAAGCCTGTCAAGTCTAAATCTGCAGTGTGGCCTAGGAGACTTGAGACCAAGGAGAGCTGCTGGAGAACTTCCAGGATGGCAGCTTAGAGACCCA-AACAGCCAATGGTACAAATTAAATCTGGGAGCAGAGTGCCATAGAATACCCTCTTGCTTAGGAaggtcta---ttct--------------ttttttctgttttggctgTTAACTGATTGGTTTTCTTATACAAAATTACATTGTTAGTAGTTTTTCAAGACGGTAGACTGAAAGTTTTGTTAGTGTGCATCTCCCACTTGGAAAGACCAAATAGTGCAGAGACATGCTATGAACTTTCTTCCAAGAAGCAACACAGGAACTTAACAGGAAAATTTAATGAaaccacagaccctttgaaagaagtggtGGCTGCAGCCTTCACCATGAGCCAGGTGGAAAACCGTGAGTCTCC--AGCACGAGGGTGGCAGGAACTGCATCAGGTGGATGCACTCTCACTGGGGAACATGGCAATCCAGGCCACGGAGGAAGGCCTTAACCCTACCGAGCACTGGAGCACTGGAGCTGACGTACTGAGCAATGGGGAGTACATGAGAAGGAGCAGCATCAGGACATGCTTTGCATGCACTCCCAGTCATCAGTAGGGAC-GGAGAAAGCCATTCCTGATC--CTATGGC-ACGGAGGACTTTGCAGAAGTCAGCCAGTTAACTCACATGGCTGTCACTGGTTAAGAGAAGCTCCTAACTGAGATTTGTGATATAATCCTGATTGAAGATGAAACTCCTTGTCCAGAACTGAGGCACAAGTAGAAAGTTTGCTAAAGCCTT i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85466858 918 + 85787240 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calJac3.chr11 C 0 I 553 e canFam3.chr18 39299144 79602 + 55844845 T a score=486129.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 23063 571 + 191409 gggcacaggagctgggtgttcctgcttcatgggacaaatgggaaggacatggtctgaaagctatggtctgtctccctcaggaatggccttgtgtcattttgagttctgagtgctggctgcctgtaaaccaggtacctgctgcaggtggaatactgcaggtatgagacctgtcttgccacgtatgtgggagctggttggggctta------------------atactgcttgctactccccactccccatgtggactcatctgttcagcaggagcaggtgtactcctcactgaagcatcatcctagtggccatggaactgccatccaatcctcactggggtgactacttgtgcccatacatgggcaaccagagtgcagacttgtctgacctagaccttacctagctttgcccctctacccagcctcgtaactgaataaaagaacacagacttttggtaggtctatggccatgcccattgtctgaaagaccagagtaccttctctgggtaacataaggcaaacacaaagatcactgctaccaccgcagctggtgcacaaccttctgtgtggaggccaatcaacacagtac s panTro4.chr11_GL391837_random 2665264 571 + 5442033 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s panTro4.chr11_GL391837_random 2666706 1682 + 5442033 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i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 457 1073 - 45132 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i calJac3.chr11 C 0 C 0 e macFas5.chr1 576639 11313 + 227556264 I e canFam3.chr18 39299144 79602 + 55844845 T a score=1163838.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 27232 4534 + 191409 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ctcaaatccttggtgaatatgcccatgtcaatcaacttggccatatgaaacttaata-tttttttctctttggtcccatgtctaagaatccattcctgaacttgttccccagacacttgccaatagaaattgataaggtcctgtaaatattaccagatcaga-ttttttttttttttgagacagagtctcactctattgtccaggctggagtgcagtggtgtgatcttggctcactgcaacctccgccacccaggttcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtaggtgggattacaggtgtctgccacc i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s calJac3.chr11 17717538 307 - 130397257 CTCAAATCCTTATTGAATATGCCCCAGTCAATAAACTTGGCTATATGAAACTTAATGTTTTTTTTCTCTCTGGTCCCA----TAAGAATTCATTCCTGCACCTGTTCCCCAGATACTTGCCAATAGAATTTGATAAAGCCCTGTAAATATTACCAGATCACAtttttttttttttttgagatgaggtctcactctgttgcccagactggagtgtagtggcacagtctcagctcattgcaacctctgcctcccgagttgaagcaattctcctgcctcagtctcctgagtagctgggtt---aggtgcctcccacc i calJac3.chr11 I 308 I 9140 e macFas5.chr1 576639 11313 + 227556264 I e canFam3.chr18 39220238 15845 + 55844845 T a score=225188.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 37926 862 + 191409 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atgcctggctaattttttgtatttttagtagaaacagaatttcaccatgttgaccaggcaggtctcgaactcctgacctcatgatccgcccgcctcagcctctcaaagcactgggattacaggcgtaagccactatgcccagcctaccagatcggatttgatatctcactgtctgggctatgatgatttttaagtttcatcaggagtccagaagcaacgtgggatgatgggattgggcattgaggagaatggtaacagcatGTGATCTGCTCTTTCAGGTGCAGTCAATAAAATGTATTCATCCAGGGAAAGTCCTTGTTCTCTTAGGTTCTGGGGGGAAAAA--CTATTTTTAAAGAGAGGCTCAAGAGAATTTGAGGTTCAGAATTCTCAGACTTGTCTTTCTCGGCCTAAATGCCCTCAATCCTATGTCTCAGGACATCACATCTTTCTCATTAAATACCTGCCGACATTAAGCATTTATTTGGGCTACATCTTTGCAATGCCAGCAATCAGGACATAGCAttttttttttctggggacagagtgttgctctgtcactcgggctggagtgatgtggtgaaatcatagctcactgcagcctcacatccccaggctcacatgatcctctcagctcagcattctgagtggctgagactacaggtgcacaccaccacatgtggctaattttttattttttgtagagatgaaggtctcactatgttgcccaggctagtctggcctcaagcgattctcctgccttgtcctctcaaagcactgggattataggcatgtgccaccacgcctggccCATAGTACTTGTTTTTAACTATATTTTTCCAAGGACTACAGAAGATAAGAATCATTT i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 e macFas5.chr1 576639 11313 + 227556264 I e calJac3.chr11 17717845 9140 - 130397257 I e canFam3.chr18 39220238 15845 + 55844845 T a score=142270.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 38788 430 + 191409 TGACTTC----CTGTTTGTTTTTTCAGTTGGATGGTAACAGATTTTAATTTCAGCA-AATCCAGCTCACCACATAAGATTTATAATCACTATATTCATG-CCTTTGT--CACAGTAAATTTATCTCTCAATACCTTGCCCTTGATCTGCCCTTCATACTTTGATGCCACTGGTGATCATTTATGTAAATTTGATGTCACAGGATTTCATACATTATTAATGTCTCATTTCT-TCCATCACATATTTCTCCACCTAATCTTCAAATACGTAAACAACCCAATCCCTTGTGAATATTTATCTTCTTGGACTACTTCTAGGACCAGTGGTAGTCACAAATCTTgcaagta-aagatggccattaaaattggttcatttgagcagggtttaataaagggattactacaaagaaacatttgtgatgtaggtaattccaaggaaat s panTro4.chr11_GL391837_random 2681000 430 + 5442033 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nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s canFam3.chr18 16593634 402 - 55844845 TGGCTTCCTAGCTGCCTGGTTGTTTAAATCAATAGT-CCAGCTTTAAACTGCAGCAGAAGCCAAATCACTAAGTGATATTAATGG----------CATG-CCTCTGTGCCATAGAAAAAT--------AATGCCTTGCTCTCTACCTGTCCTTCATTTCATGAAGCCACTGGTGATCATTTAAGTAAGTTTGATGCTACCGGATGCAATACATGACCACTGTCCGATTTCCCACCATGACG-ATTTATATGCTTAACCTTCGAATACATGAAGGATCCAATCCCATTTGGA---TTATCTCCTGGCAATGCTTCTAGGAATGGT-----------ATctggtaaggatcagatagccagt-aaactgattaatttgaggagggttta--aaaaggattattacaaagaattgtgtgtggtatagagaactcctaaggaat i canFam3.chr18 I 21653 I 9 e macFas5.chr1 576639 11313 + 227556264 I e calJac3.chr11 17717845 9140 - 130397257 I a score=123997.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 39218 460 + 191409 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panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 12293 460 - 45132 tctgggaataagcctatttaatggttaattttaggtatcaacttggctggattaaggcatacctagagaaataataaatcatcattttaaggtatgtctgtgagggtgtttctagacaaacttggcatgtgagacagaatggattaaatgaggaagatctgcaattaatgcaggttgacaccatccaatcaactgggggcccagacagaacaaaaacagaggacatgtgaattggtttgtctctattctggagctgggatatacccctcctcctgtccttggatatcagaactccaggctgtctagctttttaactccaggattttcaccacaagcctcttgggttctcagccctttgaacttggactgaaccacgctactggaattctagggtctccggtatacagtctgccttttgtgggacttctcagcctccttaatcatgtgagccaattttcat i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 e macFas5.chr1 576639 11313 + 227556264 I e calJac3.chr11 17717845 9140 - 130397257 I e canFam3.chr18 16594036 9 - 55844845 I a score=44466.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 39678 126 + 191409 aataaaccccctcttgtaaacctctatgtctg-------------------tctatctatctatctatctatctatctatctatctatct---atctatctctctatctcctattggttctgtctctctggagaacgcttactaatac s panTro4.chr11_GL391837_random 2681890 114 + 5442033 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panTro4.chr11_GL391837_random 2682004 182 + 5442033 accctagaactaataacttctgagcactgttaccacctctatccttaatcatacaagaagagagagaggttatgggcactgaagaaagagttttgaaaaagggtcac---ctgttagtagctacggtctaaggccatggat-acaccagctgtgccatgtctgtagataaggagcctgggggaaac i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397903_2_random 12901 182 - 45132 accctagaactaataacttctgagcgctgttaccacctctatccttaatcatacaagaagagagaaaggttatgggcactgaagaaagagttttgaaaaagggtcac---ctgttaggagctatggtctaagcccatgaat-acaccagctgtgctatctctgcagataaggagcctgggggaaac i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 C 0 s calJac3.chr11 112680316 182 + 130397257 accctaggattaataacttctgagagctgttgccacctctatccttaatggtacaagaagagagagaggttatgggcactgaagaaacagttttgaaaaagggtcat---ctgttaggagctattgtctgaggccatggat-acaccagctgtgtcatctctgtagataaggagcctggggggaac i calJac3.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16594045 183 - 55844845 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i nomLeu3.chr4_GL397903_2_random C 0 N 0 e macFas5.chr1 576639 11313 + 227556264 I e calJac3.chr11 112681410 1818 + 130397257 I e canFam3.chr18 16595412 389 - 55844845 I a score=51724.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 42420 603 + 191409 TTAAAAAGAATAAAATTTATGACTTTAAAATTAAAAAGAATAAAATTTATAACTTTAAAATTAAAAAGAATAAAATTTATAACTTTATGCAGCAAATCTTTACAtttgttaatttctttttttttttttttGCCAGCACTGTTCTTTATTGTGCTAGTGTGCCACTGTCTTATTTAttttttttttaattatactttaagttttagggtacatgtgcacattgtgcaggttagttacatatgtatacatgtgcaatgctggtgcgctgcacccactaactcgtcatctagcattaggtatacctcccaatgctat-------ccctccccccaccccacaacagtccccagaatgtgatattcctcttcctgtgtccatgagatctcattgttcaattcccacctatgagtgagaatatgcggtgtttggttttttgttcttgcgatagtttactgagaatgatgatttccaatttcatccatgtgcctacaaaggacatgaactcatccttttctatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccacattttcttaatccagtctatcattgttggacatttgggttggttccaagtctttgcta s panTro4.chr11_GL391837_random 2684633 607 + 5442033 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i papAnu2.chr14 I 4 C 0 e calJac3.chr11 112681410 1818 + 130397257 I e canFam3.chr18 16595412 389 - 55844845 I a score=791530.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 51916 693 + 191409 tttcttagcctctttaacatttatattttatttattcagtctcaaatgagtttagagttaaattttcaattgtttacattgtagctaggactggttgaattgtattataaaaacaaaatctc----cagtgttgaactagtaacaaatctatc---tttttttattttattttaattttttttgcaggtctgttttgcttgattaacaaatggagacaagaaagaattttagcaggatttgttgtttttttcgcaggggctgggggg-ttagtctttgtgtggcagaaaaagcaaa-ttttttatgccagacaaagatgatttatattgtttagagttcaagattttgacct-gttagacctgagagcctaacatt--------------------------------------------tatacatatt-------------------------------------------------tatctagctctttttatagattattaatttttcaataaattatttcatcaccataaacaaattttagtcaggtaaacctaaatttacattttctaatggtgtctaggttgttggttaccatggagctcttgtaatttgtgaagctattaatttaaaagccctttaatacttttaaaaaagtcttgactagaatgccacaagcggtgagttttatgtcaaccccagtagaaaagtcagcagattcaaagtaggcagtaagaaaaaacaagaaagagagaca------gtgaacttagaagtctctacatgcttagcatggtagt s panTro4.chr11_GL391837_random 2694542 694 + 5442033 tttcttagcctctttaacatttatattttatttattcagtctcaaatgagtttagagttaaattttcaattgtttacattgtagctaggactggttgaattgtattagaaaaacaaaatctc----cagtgttgaactagtaacaaatctatc---tttttttattttatttttattttttttgcaggtctgttttgcttgattaacaaatggagacaagaaagaattttagcaggatttgttgtttttttcgcaggggctgggggggttagtctttgtgtggcagaaaaagcaaa-ttttttatgccagacaaagatgatttatattgtttagagttcaagattttgacct-gttagacctgagagcctaacatt--------------------------------------------tatacatatt-------------------------------------------------tatctagctctttttatagattattaatttttcaataaattatttcatcaccataaacaaattttagtcaggtaaacctaaatttacattttctaatggtgtctaggttgttggttaccatggagctcttgtaatttgtgaagctattaatttaaaagccctttaatacttttaaaaaagtcttgactagaatgccacaagcggtgagttttatgtcaaccccagtagaaaagtcagcagattcaaagtaggcagtaagaaaaaacaagaaagagagaca------gtgaacttagaagtctctacatgcttagcatggtagt i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s rheMac3.chr1 209650962 681 + 229590362 tttcttagcctctttaacatttctattttgtttattctgtctcaagtgagtttagatttaaattttcaattgtttacattttagctaggactggttgaattgtattagaaaaacaaaatctccaaacagtggtgaactagtaacaaatctaac---ttttttt------------ttttttttgcaggtctgttttgtttgattaacaaattcaggcaagaaagaattttagcaggatgtgttgtgtttttggcagggacttggggg-ttggtctttgtgtggcagaaaaagcaaatttttttatgccagacagagatgacttacattgttttgagttaaagattttgacct-gttagacctgagatcctaatatt--------------------------------------------tatatatatt-------------------------------------------------tacctagttctttttatagattattaatttttcaataagttatttcatcaccataaacaaattttagtcaggtaaacctaaatttacattttctaatggtgtctaggttgtgggttaccatggagctcttgtaatttgtgaaactattaatttaaaagcactttaatacttttaaaagaatcttgactagaatgccataagcagcgagttttatgtcatccccagtagaaaagtcagcagattcaaagtaggcagtaagaaaaaacaagaaagagaga----------gaacttagaagtctctacatg-ttagcatgatagt i rheMac3.chr1 C 0 C 0 s macFas5.chr1 589662 680 + 227556264 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i chlSab2.chr1 N 0 C 0 s calJac3.chr11 112684411 956 + 130397257 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chlSab2.chr1 C 0 I 2624 s calJac3.chr11 112705892 20 + 130397257 AATGGATCTAAGTCATAATA i calJac3.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16615603 18 - 55844845 --TTATCATTAATCTCAATA i canFam3.chr18 C 0 C 0 e papAnu2.chr14 107636020 4972 - 123829720 T a score=21888.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 66762 40 + 191409 TAATCCTGTTATGTTGGGTCTGTCTTATAATTGAATTTTT s panTro4.chr11_GL391837_random 2709079 40 + 5442033 TAATCCTGTTATGTTGGGTCTGTCTTATAATTGAATTTTT i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77127384 40 + 152096393 TAATCCTGTTATATTGGGTGTGTCTTATAATTAAATTTTT i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112705912 40 + 130397257 TAATTCTGTTATATTGAGTGTGTCTTATAATTGAAttttt i calJac3.chr11 C 0 I 309 s canFam3.chr18 16615621 32 - 55844845 TAATCA--------TAAATGTGTCTGAGAATAGAAACTCT i canFam3.chr18 C 0 C 0 e rheMac3.chr14 118703232 2207 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109681737 2624 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107636020 4972 - 123829720 T a score=1200.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 66802 2 + 191409 CC s 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AAATTATTTGAATTAAACTTTTTTTAGAGTGTGTCATTTGTGGTC-CATAATTTTTTTT i canFam3.chr18 C 0 C 0 e rheMac3.chr14 118703232 2207 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109681737 2624 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107636020 4972 - 123829720 T a score=154823.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 66859 190 + 191409 -------------CATGTCACACGCTCTTTTCTCTG---------TCCAGGCTACTCGCTCTTGTCTCC-TCCACCGGCAATCTACTACCTATCCCACACATGCACAatggtctgaattgtgtcttttggaaatccatttgttgaagccctaacttactgtaccttagaatctgactatatttgaagatgagatctttaaacaagtgatgaag s panTro4.chr11_GL391837_random 2709176 190 + 5442033 -------------CATGTCACATGCTCTTTTCTCTG---------TCCAGGCTACTCGCCCTTGTCTCC-TCCACTGGCAATCTACTACCTATCCCACACATGCACAatggtctgaattgtgtcttttggaaatccatttgttgaagccctaacttactgtaccttagaatctgactatatttgaagatgagatttttaaagaagtgatgaag i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111903537 191 - 132107971 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ttaaaatgagatggttaggatgagctctaatccaatctgacc--catcttcac-aaaaagaagagatggaaatttggacacacaaagacataccagagctacttgtgcacagaaaagacca-----tgtgagaaagcaggagggtggctgcctgca---------------------------------agcaaaggaaataagcctcagaacaaatcaaccttaatggcatcttcatcttggccttttagtctccagaactatgagaaagcaaatttctgttgtttcagccacccagtctgtggcattctgttatggcaacactaacaaatgaatataCTTGGTCACTGACACTA----------- i canFam3.chr18 I 224 I 217 e rheMac3.chr14 118703232 2207 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109681737 2624 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107636020 4972 - 123829720 T a score=7346.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 67270 11 + 191409 TTTTGGTAAAA s panTro4.chr11_GL391837_random 2709598 11 + 5442033 TGTTGGAAAAA i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111904047 11 - 132107971 TATTGGAAAAA i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77127984 11 + 152096393 TGTTGGAAAAA i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112706797 11 + 130397257 TGTTGGAACAA i calJac3.chr11 C 0 C 0 e rheMac3.chr14 118703232 2207 - 135538710 I e chlSab2.chr1 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panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111904507 420 - 132107971 AAACTTGTTTCTAGGAGAATTTTACAGTAGATACTCTTCTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTCAtttttgttttttaattttaagttctgggctacatgtgcaggatgtgcaggtttgttatataggtaaacat-----------------------------------gtgccatg--gttgtttgctgcacctatcaacccatcacctaggtatacatatacaccagggaatactatgcagccataaaaaggaatgagatcatgtcctttgcagggacatggatgaagctggaagccgttatc------------atgcaggaacagaaaaccaaacaccacatgttctcacttataagtgggagctgaacaatgagaatccatggacacagggaggggaacaacacacactggggcctgtcggggtagggcagtgaggggagcacatcaggacaaacagctaattcata i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77128445 423 + 152096393 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panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111910615 3 - 132107971 tca i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 e rheMac3.chr14 118703232 2207 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109681737 2624 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107631159 4967 - 123829720 I e calJac3.chr11 112709344 1252 + 130397257 I e canFam3.chr18 16622053 897 - 55844845 I e nomLeu3.chr4 77134377 154 + 152096393 I a score=3483.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 74385 7 + 191409 aaagaaa s panTro4.chr11_GL391837_random 2717209 7 + 5442033 aaagaaa i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111910618 7 - 132107971 aaaaaaa i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77134531 7 + 152096393 aaagaaa i nomLeu3.chr4 I 154 C 0 e rheMac3.chr14 118703232 2207 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109681737 2624 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107631159 4967 - 123829720 I e calJac3.chr11 112709344 1252 + 130397257 I e canFam3.chr18 16622053 897 - 55844845 I a score=23287.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 74392 139 + 191409 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s panTro4.chr11_GL391837_random 2726399 2851 + 5442033 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i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111923550 2847 - 132107971 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calJac3.chr11 M 436 C 0 e rheMac3.chr14 118703232 2207 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109681737 2624 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107631159 4967 - 123829720 I e canFam3.chr18 16640747 0 - 55844845 C a score=75477.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 88278 68 + 191409 TATAGACCCATGTATTAAGTGCTTATTACATCCCAAAGGATATGTAACATGCTTAATGACCTATCACC s panTro4.chr11_GL391837_random 2731421 68 + 5442033 TATAGACCCATGTATTAAGTGCTTATTACATCTCAAAGGATATGTAACATGCTTAATGACCTACCACC i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111928575 68 - 132107971 TATAGACCCATGTATTCAGTGCTTATTACATCCCAAAGGATATGTAACATGCTTAATGACCTATTACC i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77146543 68 + 152096393 TATAGACCCATGTATTCAGTGCTTATTATATCCCAAAGGATATGTAACATGCTTAATGACCTATCACC i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112711639 68 + 130397257 TATAGACCCACGTATTCAGTGCTTATTACATCCCAAAGGATGTGTAACATGCTTAAAAACCCATTACC i calJac3.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16640747 68 - 55844845 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nomLeu3.chr4 77146611 179 + 152096393 TTGTTAAATTTTCACAGAGTCTCATCCCAGATGTGTTTCCATTGTGGCATGTTGTTCTTCACTTCAAAAGAATCTTTCATCAAGCACCTTACTCTTAAACACTTTCCCATAACACCAGAAAAAAAATCAACTTCTTATAAGCAATATTCTAGGATAAATATTATCCTCAATTTACATAC i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112711707 177 + 130397257 TTGTTAAATTTT-ACAGAGTCTCATCCCAGGTGTGTTTTCATTGTGGCATGTTGTTCTTTGCTTCAAAATAATCTTTCATCAAGTAACTTATCTTTAAACACTTTCCCACAACACCAT-AAAAAAATTAACTTCTTATAAACAACATTCTAGGGTAAATATTATCCTCAGTTTACATAC i calJac3.chr11 C 0 I 912 s canFam3.chr18 16641035 129 - 55844845 TTTTTAATGTTTCAG--TGTCTCATCCCCAAAAAGGTTTCACTGTGGTATGTTGTTC-------------------------------------TAAAACACTTTACCATAATA-CAG-AAAAAAA------TCTCAAAAATAACACTCTAGGGTA---ATTATCCTCAGTTTACCTAC i canFam3.chr18 I 220 C 0 e rheMac3.chr14 118703232 2207 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109681737 2624 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107631159 4967 - 123829720 I a score=246612.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 88522 243 + 191409 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i canFam3.chr18 I 209 I 170 e rheMac3.chr14 118703232 2207 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109681737 2624 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107631159 4967 - 123829720 I a score=78656.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 94857 104 + 191409 GGACCCCATATTTGGACTTCATCCAAAAGGACTATACTCCTTCCTTTTTCACACTTTTTCAATGCTTCCTGTGCCTTCACAGTTCCTTTGCTCTT--AAGAGATCC s panTro4.chr11_GL391837_random 2738002 104 + 5442033 GGACCCCATATTTGGACTTCATCCAAAAGGACTATACTCCTTCCTTTTTCACACTTTTTAAATGCTTCCTGTGCCTTCACAGTTCCTTTGCTCTT--AAGAGATCC i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111935162 97 - 132107971 GGACCCCATATTTGGACTTCATCCAAAAGAACTATACTCCTTCCT---------TTTTTAAATGCTTCCTGTGCCTTCACGGTTCCTTTGCTCTTAAAAGAGATCC i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77153127 106 + 152096393 GGACCCCATATTTGGACTTCATCCAAAAGGACTATACTCCTTTCTTTTTCACACTTTTTAAATGCTTCCTGTGCCTTCACAGTTCCTTTGCTCTTAAAAGAGATCC i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112719326 101 + 130397257 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papAnu2.chr14 C 0 C 0 e chlSab2.chr1 109689809 229 - 126035930 I e calJac3.chr11 112735047 17320 + 130397257 T e canFam3.chr18 16655676 0 - 55844845 C a score=1373564.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 102559 573 + 191409 atattagattctccagagagacagaacctatcagagatagatagatgtagacacagatagagatatagatGCCTAagagggaatttattaggggaactggttcatgattacgaagtttaagtcccaggcagataatctgcaagctagagaccttaggatgacagtagcatggctcagtccaagcctaaaggcctcaaaaacagggaagctgatgttgtaactctaagtctgaggcttgaggactgagaacctgggaccactggtgcaaatcctggagtccaaacgctggagagcctggagttctgatgtccaagagcaggaaaagaagagtgtcccaacactaggagagagagaaaaaaaatagaatttgcctttcttctgtctttttgtttcatcca-agccccaagacgattggatggtgcctgcccccattgagtgagggatgattttcccacctcagtctacctactcacatgccaatctcttctggaaacaccctctcagacacacccagaaataattatttaccagctatctaggcatcccttagtccaaccaacttgacacacctgc s panTro4.chr11_GL391837_random 2755898 570 + 5442033 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attttttt-aattagctaaatttattttgtatatatatattttttattatactttaagttctagggtacatgtgcacaatgtgcaggtttgttacatatgtatacatgtgccatgttggtgtgctgcacccattaacttgtcatttaa-attaggtatatctcctaatactatccctccccattgcccccaccccacaacaggccccggtgtgtgatgttccccttcctgtgttcaagtgttctcattgttcaattcccacctgtgagtgagaacatgcggtgtttggttttttgtccttgagatagtttgctgagaatgatgatttccagcttcatccatgtccctacaaaggacataaactcatcctttttt-atggctgcatggtattccacggtgtatatgtgccacattttcttaatccagtctatcattgttggacatttgggttggttccaagtctttgctattatgaatagtgccacaataaacatacgtgtgcatgtgtctttatagcagcatgatttataatcctttgggtatatacccagtaatgggatggctgggtcaaatggtattt i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77169319 576 + 152096393 TTTTTTTTTAATTAGCTAAATTTATT---TATATATATATATTttattatactttaagttttagggtacatgtgcacaacatgcagctttgttacgtatgtatacatgtgccatgttgatgtgctgcacccattaactcatcacttagcattaggtatatctcctaatgctatccctcctgccttcccccaccccacaacaggccccagtgggtgatgttcccctccctgtgtccatgtgttctcattgttcaatttccacctatgagtgaaaacatgcggtgtttggttttttgtccttgtgatagtttattgagaatgatgatttccagtttcatctatgtccctacaaaggacatgaactcatcatttttt-atggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccacattttcttaatccagtctatcattgttggacatttgggttggttccaagtctttgctattgtgaatagtgccacaataaacatacgtgtgcgtgtgtctttatagcagcatgatttataatcctttgggtatatacccagtaatgggatggctgggccaaatggtattt i nomLeu3.chr4 C 0 I 1276 e mm10.chr2 96393972 3431 - 182113224 I e rheMac3.chr14 118711906 4 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109691610 4 - 126035930 I e macFas5.chr14 114014604 0 - 130733371 C e calJac3.chr11 112739125 1017 + 130397257 T e canFam3.chr18 16665729 1653 - 55844845 I a score=308126.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 111586 1195 + 191409 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i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 e mm10.chr2 96393972 3431 - 182113224 I e rheMac3.chr14 118711906 4 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109691610 4 - 126035930 I e macFas5.chr14 114014604 0 - 130733371 C e calJac3.chr11 112739125 1017 + 130397257 T e canFam3.chr18 16665729 1653 - 55844845 I e nomLeu3.chr4 77169895 1276 + 152096393 I a score=3537.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 112781 7 + 191409 agatatt s panTro4.chr11_GL391837_random 2766060 7 + 5442033 agatatc i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111952893 7 - 132107971 agatatc i ponAbe2.chr11 C 0 I 10347 s nomLeu3.chr4 77171171 7 + 152096393 agatatc i nomLeu3.chr4 I 1276 C 0 e mm10.chr2 96393972 3431 - 182113224 I e rheMac3.chr14 118711906 4 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109691610 4 - 126035930 I e macFas5.chr14 114014604 0 - 130733371 C e calJac3.chr11 112739125 1017 + 130397257 T e canFam3.chr18 16665729 1653 - 55844845 I a score=830048.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 112788 1678 + 191409 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i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111963247 1647 - 132107971 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i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 e mm10.chr2 96393972 3431 - 182113224 I e rheMac3.chr14 118711906 4 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109691610 4 - 126035930 I e macFas5.chr14 114014604 0 - 130733371 C e calJac3.chr11 112739125 1017 + 130397257 T e canFam3.chr18 16665729 1653 - 55844845 I a score=611632.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 114466 968 + 191409 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s panTro4.chr11_GL391837_random 2787027 2897 + 5442033 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i ponAbe2.chr11 I 2865 C 0 s nomLeu3.chr4 77193345 2911 + 152096393 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panTro4.chr11_GL391837_random 2790083 8 + 5442033 tcctaaAT i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111986602 8 - 132107971 tcctaaAT i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77196415 8 + 152096393 tcctaaAT i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112737646 8 + 130397257 tcctaaAT i calJac3.chr11 C 0 C 0 s mm10.chr2 96521241 8 - 182113224 ttttaaat i mm10.chr2 T 6881 C 0 e rheMac3.chr14 118712255 5211 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109691963 5741 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107648275 50718 - 123829720 T e macFas5.chr14 114014949 5057 - 130733371 I e canFam3.chr18 16681386 22551 - 55844845 I a score=243108.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 136888 239 + 191409 atatattttt------------agcaatttgcattctcatttttatgaattgcctattcatgagttggcccatttatct-ttgtttttctctttgatggactgtgaatttgggcatgttctttggatattagggat-----attgattgctt---agcacaggtacacaactattttctctcattttattatttgtcttttaacATTGTATGTAGTGCTTTGATCTTTTCTTTATAACTTTTCATTTTT-ATATCTGGGTT s panTro4.chr11_GL391837_random 2790091 239 + 5442033 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i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112737896 157 + 130397257 AAAAGTATTCACACACTCAAGATTTTTCAAATATTCACTTACATTTTCTTCTTTTATATTTTTACATTTATAT--TCAGTCCA----------------------------------TCTCTGTA-TTATTTTGAGATGCTTATTATGTCGCAGAAAATAAGACTGTGGCA-AAAAGTATTTTAAAGC----TTATCCA i calJac3.chr11 C 0 C 0 s mm10.chr2 96478582 144 - 182113224 AAAAATAATCAAACCTTCA------TATAAATATTCATCTAAGTTATCTTCTAGTATATATTTGCATT--TCTTCTCAATCTA----------------------------------CATCTATA----TTTTACTAGCATTACCACATCACAAAAA--GAGACAGA-GTATAAAACTATTT--AGGA----CTATCTT i mm10.chr2 T 42899 I 54181 s canFam3.chr18 16704171 193 - 55844845 AATAGTATTCAAATATCCATGATTGTACAAATATTCACCTCAGTTTTCTTCAAGTATATA-TCACATTTATATTCTCAACCTATATTATTTTGAAATATAATATGTTATTTTGAAACTCTCTATA-TTATTTTGAAACTCTTGCCATGTCACAGAAAACAAGATGGC-GTAGAAAAATATTTAAGAACTATGTTAT--- i canFam3.chr18 C 0 C 0 e rheMac3.chr14 118712255 5211 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109691963 5741 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107648275 50718 - 123829720 T e macFas5.chr14 114014949 5057 - 130733371 I a 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i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112738053 171 + 130397257 TTTTTAAGACAATCTATGACCTGTCAGAAGCAGTACTCACACGTAGCTTCTGGTTCTCAGTCCAGTTTTGTTTTTACTATATATTTTGCATCCACATC-----TATGATACAACACAAAT----AGAATTCTC-TTTACCTAA-CTATAAGAGAATTTTTTCTTTCAAATTTTCTTCTCAAT i calJac3.chr11 C 0 C 0 s mm10.chr2 96532907 178 - 182113224 TTGTGAA-ATAGGTTGTGATCAGGCAGAACAAGGACTCCCTTGCAGCCTCTTGTTCTCACTCTAG--TGGTCTTTGCCTTATATTTTGCTCTCACAACATAGATATGTCACAACATAGATAGAAAGAATTCTATCTTAAGCAC-CAGTTAGGAAGTGCTTCTTCTCCAAAGTTCTCCTGAAT i mm10.chr2 I 54181 C 0 s canFam3.chr18 16704364 169 - 55844845 TTTTCAA-GTCCTCCAAGAACTGGCAGAGCATAGACAGACATGCAACTTCTGACTTTCACTTCAATGAACTTTTTCCTACACGGTTTGTACCAACATC-----TATGGCACAACACA-------ACAGTTTTATTTTGCCAAAGCCATTATGGAATTTTTCATTTCAAACTTCTTCCTGAAT i canFam3.chr18 C 0 C 0 e rheMac3.chr14 118712255 5211 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109691963 5741 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107648275 50718 - 123829720 T e macFas5.chr14 114014949 5057 - 130733371 I a score=421881.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 137460 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papAnu2.chr14 107598500 54853 - 123829720 I e macFas5.chr14 114014949 5057 - 130733371 I e canFam3.chr18 16707033 0 - 55844845 C a score=204552.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 141303 224 + 191409 aatatctccatattatTTTTA------AA-AAACAGGAAATT------------------------CAGTTGTTTCATTTCACCAAGATGTGAACAAAATGCCAATGTTTGCTCTCTTTAGAGAAACTGAGGT-----------------GGAAGGTCATGTTCCCAAAGTTCAAACTAATCCTGAGGTTCTTCTA-CAAAAGTTGCCTCTACCAAAAAGTTTATGTTTTCC-AAATGCAGTTTACTCACTTTTTTATGTATCTCCGTTAACTG------------- s panTro4.chr11_GL391837_random 2794506 225 + 5442033 aatatctccatattatTTTTA------AA-AAACAGGAAATT------------------------CAGTTGTTTCATTTCACAAAGATGTGAACAAAATGCCAATGTCTGCTCTCTTTAGAGAAACTGAGGT-----------------GGAAGGTCATGTTCCCAAAGTTCAAACTAATCCTGAGGTTCTTCTACCAAAGGTTGCCTCTACCAAAAAGTTTATGTTTTCC-AAATGCAGTTTACTCACTTTTTTATGTATCTCCTTTAACTG------------- i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111990690 225 - 132107971 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i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 e mm10.chr2 96537475 11469 - 182113224 I e rheMac3.chr14 118712255 5211 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109691963 5741 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107598500 54853 - 123829720 I e macFas5.chr14 114014949 5057 - 130733371 I e calJac3.chr11 112750634 5 + 130397257 I e canFam3.chr18 16707766 5883 - 55844845 I a score=1436.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 149438 4 + 191409 -aaat s panTro4.chr11_GL391837_random 2803100 4 + 5442033 -aaat i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111998807 4 - 132107971 -aaat i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77208940 4 + 152096393 -aaat i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114020006 4 - 130733371 aaaa- i macFas5.chr14 I 5057 C 0 e mm10.chr2 96537475 11469 - 182113224 I e rheMac3.chr14 118712255 5211 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109691963 5741 - 126035930 I e papAnu2.chr14 107598500 54853 - 123829720 I e calJac3.chr11 112750634 5 + 130397257 I e canFam3.chr18 16707766 5883 - 55844845 I a score=973747.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 149442 549 + 191409 aagaataaaattatgttctttgcagtaagacggatgcagcaggaggccattttcctaaagaaaataatagaaaaacaaatactgttatgttctcacttgtaagtgcgacctaaacattgggtacacactgacatgaagacgggaaaaatagacactggaaaatacaaga---------------------------------------aggaggaggaagggagggggtcaagggctgaaaaattacctattgggtactgtcttcacttcttggttatgttagtccatttttgcaccactataaatacccgaggctaggcaagttataaac-aaaaaaagaggtttaattgtgtcacagttctgcaggctgtacaagaagcatggcaccagcatctgattgtagtgaggactcaggagctcacaatcacggcagaaggtaaagggaaagtagtcaatgtcacatagcataagtaggagtaggagatgtgggggaagagtcacacacttttaaacaat-agatattgtgaaaattcactctttaact-atcatgaggacagaacccagccattcatgatggatcaaccc-tgc s panTro4.chr11_GL391837_random 2803104 548 + 5442033 aagaataaaattatgttctttgcagtaagacggatgcagcaggaggccattttcctaaagaaaataatagaaaaacaaatactgttatgttctcacttgtaagtgcgacctaaacattgggtacacattgacatgaagacgggaaaaatagacactggaaaatacaaga---------------------------------------aggaggaggaagggagggggtcaagggctgaaaaattacctatggggtactgtcttcacttcttggttatgttagtccatttttgcaccactataaa-acccgaggctaggcaagttataaac-aaaaaaagaggtttaattgtctcacagttctgcaggctgtacaagaagcatggcaccagcatctgattgtagtgaggactcaggagctcaaaatcatggcagaaggtaaagggaaagtagtcaatgtcacatagcataagtagcagtaggagatgtgggggaagagtcacacacttttaaacaat-agatattgtgaaaactcactctttaact-atcatgaggacagaacccagccattcatgatggatcaaccc-tgc i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 111998811 550 - 132107971 aagaataaaattatgttctttgcagtaacatggatgcagcaggaggccattttcctaaagaaaataatagaaaaacaaataccg-tatgttctcacttgtaagtgcgacctaaacattgagtacacattgacataaagacgggaaaaatagacactggaaaatacaaga---------------------------------------aggaggaggaagggagggggtcaagggctgaaaaattacctattgggtactgtcttcacttcttggttatgttagtccacttttgcactgctataaatacctgaggctaggcaagttataaac-aaaaaaagaggtttaattgtctcacagtcctgcaggctgtacaagaagcatggcaccagcatctgattctagtgaggactcaggagctcacaatcatggcagaaggtaaagggaaagtagtcaatgtcacatagcataagtaggagcaggagatgtgggggaagagtcacacaatttaaaacaatcagatattgtgaaaactcactctttaact-atcataaggacagaacccagccattcatgagggatcaacccttgc i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77208944 549 + 152096393 aagaataaaattatgttctttgcagtaacatggatgcagcaggaggccattttcctaaagaaaataatagaaaagcaaataccg-tatgttctcacttctaagtgtgacctaaacattgagtacacattgacataaagacaggaaaaatagacactggaaaatac---a---------------------------------------aggaggaggaagggaggaggtcaagggctgaaaaatcacctattgggtactgtcttcacttcttggttatgttagtccatttttgcactgctataaatacttgaggctaggcaagttataaacaaaaaaaagagatttaattgtctcacagttctgcaggctgtacaagaagcatggcaccagcatctgattctagtgaggactctggagctcacaatcatggcagaaggtaaagggaaagtagtcaatgtcacatagcataagtaggagcaggagatgtgggggaagagtcacacacttttaaacaatcagatattgtgaaaactcactctttaactaatcatgaggacagaacccagccattcatgagggatcaacccttgc i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118717466 589 - 135538710 aagaataaaattatgttctttgcagtaacacagatgcagcaggaggccattttcctaaagaaaataatagaaaaacaaatacca-tatgttctcacttataagtgcgacctaaactttgggtacacattgacataaagatgggaaaaacagacactggaaaatacaaggacataaagatgggaaaaatagacactggaaaatagaagaaggaggaggaagggagagggtcaagggctgaaaaattacctgttgggtactgtcttcacttcttggttatgttagtccatttttgcactgctataaatacctgaggctagataagttataaac-ataaaaagaggtttaattgtctcacagttctgcaggctgtacaagaagcatggcaccagcatctgatcctggtgaggacccgggagctcacaatcatggcagaaggtgaaggaaaagtaggcaatgtcacatagcataagtaggagcaggagatgtgggggaagagtcacacacttttaaacaatcagatcttgtgaaaactcactctttaact-atcatgaggacagacccaagccattcatgagggatccacccctgt i rheMac3.chr14 I 5211 I 6 s macFas5.chr14 114020010 550 - 130733371 aagaataaaattatgttctttgcagtaacacagatgcagcaggaggccattttcctaaagaaaataatagaaaaacaaatacca-tatgttctcacttataagtgcgacctaaactttgggtacacattgacataaagatgggaaaaatagacactggaaaatacaagg---------------------------------------aggaggaggaagggagagggtcaagggctgaaaaattacctgttgggtactgtcttcacttcttggttatgttagtccatttttgcactgctataaatacctgaggctagataagttataaac-ataaaaagaggtttaattgtctcacagttctgcaggctgtacaagaagcatggcaccagcatctgattctggtgaggacccgggagctcacaatcatggcagaaggtgaaggaaaagtaggcaatgtcacatagcataagtaggagcaggagatgtgggggaagagtcacacacttttaaacaatcatatcttgtgaaaactcactctttaact-atcatgaggacagacccaagccattcatgagggatccacccctgt i macFas5.chr14 C 0 I 6 s papAnu2.chr14 107653353 550 - 123829720 aagaataaaattatgttctttgcagtaACACGGATGCAGCAGGAGGCcattttcctaaagaaaataatagaaaaacaaatacca-tatgttcccacttataagtgcgacctaaacattgggtacacattgacataaagatgggaaaaatagacactggaaaatacaagg---------------------------------------aggaggaggaagggagagggtcaagggctgaaaaattacctgttgggtactgTCTTCACTTCTTGGTtatgttagtccatttttgcactgctataaatacctgaggctagataagttataaac-ataaaaagaggtttaattgtctcacagttctgcaggctgtacaagaagcatggcaccagcatctgatTCTGGTGAGGACCCGGGAGCTCACAAtaatggcagaaagtgaaggaaaagTAGGCAATGTCACATAGCATAAGTAGGAGCAGGAGATGTGGGGGAAgagtcacacacttttaaacaatcagatcttgtgaaaactcactctttaact-atcatgaggacagacccaagccattcatgagggatccacccctgt i papAnu2.chr14 I 54853 I 6 e mm10.chr2 96537475 11469 - 182113224 I e chlSab2.chr1 109691963 5741 - 126035930 I e calJac3.chr11 112750634 5 + 130397257 I e canFam3.chr18 16707766 5883 - 55844845 I a score=494601.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 149991 205 + 191409 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agtatcttctgcaaggccccacctccaacgtggggaatcatattcaccatcagatttggaggagacagacactcaaattatatcactgtctgacaggttcaatcatcttccaaacctcagggtcatgcaatataccttttaacaaacctgcacatgtacccccaggaatctaaagtaaaaCATGTAATAGACAAAAGAAAAGGAA i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118718061 205 - 135538710 agtatcccctgcaaggccccacctccaacatggggattcatattcatcatcagatttggaggagatggacacccaaattatatcatcagctgacagtttcaatcatcttccaaacctcagcatcatgcaatgtaccttttaacaaacctgcacatgtatccccaggaatctaaagtgaaaCACGTAATAGACAAAATAAAAAGAA i rheMac3.chr14 I 6 C 0 s macFas5.chr14 114020566 205 - 130733371 agtatcccctgcaaggccccacctccaacatggggattcatattcatcatcagatttggaggagatggacacccaaattatatcatcagctgacagtttcaatcatcttccaaacctcagcatcatgcaatgtaccttttaacaaacctgcacatgtatccccaggaatctaaagtgaaaCACGTAATAGACAAAATAAAAAGAA i macFas5.chr14 I 6 C 0 s papAnu2.chr14 107653909 205 - 123829720 AGTATCCCCtgcaaggccccacctccaacatggggATTCATATTCATCATCAGATTTGGAGGAGATGGACACCCAAATTATATCATCGGCTGACAGTTTCAATCAtcttccaaacctcagcatcatgcaatgtaccttttaacaaacctgcacatgtatccccagGAATCTAAAGTGAAACACgtaatagacaaaataaaaagaa i papAnu2.chr14 I 6 C 0 s chlSab2.chr1 109697704 205 - 126035930 agtatcccctgcaaggccccacctccaacatggggattcatattcatcatcagatttggaggagacggacacccaaattatatcaTCggctgacagtttcaatcatcttccaaacctcagcatcatgcaatgtaccttttaacaaacctgcacatgtatccccaggaatctaaagtgaaaCACGTAATAGACAAAATAAAAAGAA i chlSab2.chr1 I 5741 C 0 e mm10.chr2 96537475 11469 - 182113224 I e calJac3.chr11 112750634 5 + 130397257 I e canFam3.chr18 16707766 5883 - 55844845 I a score=662380.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 150196 246 + 191409 AGTCAGATACTAGTTACATTTCAGGCACTCCTGAAAGTGTAGTCTACATACTGCTTCCCTTTCTTACAACAGTTAATGTGGCAAACCC---TGTGc-ctcaaccttatcatttcagtgcacgctagccaattttc-ttgatgccagctacatttctttatctgagga-tcatcttcccactacttttccaccacccagcaagccagaagtgtt------------aaaaaatttaacactcccaaagagcaactttcaaccaaa s panTro4.chr11_GL391837_random 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rheMac3.chr14 118718266 246 - 135538710 AGTCAGATATTAGTTACATTTCAGGAACTTCTGAAAGTGTAGTCTACATACTACTTCCCTTTTTTACAACAGTTAATGTGGCAAACCC---TGTGc-ctcacccttatcatttcagtgcacactagccaactttc-ttgatgccatctacatttctttattggagga-ttatcttcccactacttttccaacacccagcaagccaaaagtgtt------------aaaaaatttaacactcccaaagagcaactttcaactaaa i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114020771 246 - 130733371 AGTCAGATATTAGTTACATTTCAGGAACTTCTGAAAGTGTAGTCTACATACTACTTCCCTTTTTTACAACAGTTAATGTGGCAAACCC---TGTGc-ctcacccttatcatttcagtgcacactagccaactttc-ttgatgccatctacatttctttattggagga-ttatcttcccactacttttccaacacccagcaagccaaaagtgtt------------aaaaaatttaacactcccaaagagcaactttcaactaaa i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107654114 247 - 123829720 agtcagaTATTAGTTACATTTCAGGAACTTCTGAAAGTGTAGTCTACATACTACTTCCCTTTTTTACAACAGTTAATGTGGCAAACCC---TTTGC-CTCACCCTTATCATTTCAGTGCACACTAGCCAACTTTC-TTGATGCCATCTACATTTCTTTATCGGAGGA-TTATCTTCCCACTACTTTTCCAACACCCAGCAAGCCAAAagtgtt-----------aaaaaaatttaacactcccaaagagcaactttcaactaaa i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109697909 242 - 126035930 ----AGATGTTAGTTACATTTCAGGACCTTCTGAAAGTGTAGTCTACATACTACTTCCCTTTTTTACAATAGTTAATGTGGCAAACCC---TGTGc-ctcacccttatcatttcagtgcacactagccaactttc-ttgatgccatctacatttctttatcggagga-ttatcttcccactacttttccaacacccagcaagccaaaagtgtt------------aaaaaatttaacactcccaaagagcaactttcaactaaa i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16713649 249 - 55844845 aatcaTATCTTCCTTAAACTTCAGGCACTTCAGAAAGTGTAGTGTGTACACTGCTTCCATCTGTCACACTGTGTAGGGTGGCGGACTCTATTGTGCTCCCACCCTTA---------------CCAGccaactttcactgccaccacttgcatatctttacctgatgatttctctttctactacttttctactactcagcaagtaagaagtgcctcccttcccttgcaaagaattaacatcccctgagagcagttttcaaccaga i canFam3.chr18 I 5883 I 1516 e mm10.chr2 96537475 11469 - 182113224 I e calJac3.chr11 112750634 5 + 130397257 I a score=1899269.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 150442 820 + 191409 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aacttacTcaaaaaatgagaaaatgaagcaaaagtg--aaaataactagtgggataaaaggaaacaaaagaaagactgtagatttatgtgc----aagcatatcaataatcactctaaatgtaagtgttctaaatacccccaattaaaatgtaaaatttatattattatgaataaagcaagataaaaaacataccttctaaaagaaacttactttaaatattaagggacaaataggttaaagttaaaaggctgggaaaatataagccttactaaaactaagcaaaggagagctggcacagctgccttaacatcagactaattaaatgctacaacaaagaaaatgaccagggataacaatggtaa-tccatattaacagaggaaccaatttatcaagaagacacaacaatcctaggcatttatgcacctaatagcagagcttcaaaatatatgaagcaaatactgacagaaatgttaggagaaatgaataaatccacaactagagatggaaatctcaacattgttctctaaaaaattaatagaaaaaaagtcaataaaatatcagtattgatatacaagacttagacaacactatcaaaacaaacattatcatttgtagaacacttcaatgagtagcagaacacataattgtttttaaatacacttagaatactagccaaaatagattatatttgatctcaataaaaagcctcaataaatttaaaagaatccaagccatggaaagtatgttctctaactcaatgtaactgaatgagagaccaaagatacatagaaagctctctcgaaaattcctaaatagtctgaaaatc i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114021017 819 - 130733371 aacttacTcaaaaaatgagaaaatgaagcaaaagtg--aaaataactagtgggataaaaggaaacaaaagaaagactgtagatttatgtgc----aagcatatcaataatcactctaaatgtaagtgttctaaatacccccaattaaaatgtaaaatttatattattatgaataaagcaagataaaaaacataccttctaaaagaaacttactttaaatattaagggacaaataggttaaagttaaaaggctgggaaaatataagccttactaaaactaagcaaaggagagctggcacagctgccttaacatcagactaattaaatgctacaacaaagaaaatgaccagggataacaatggtaa-tccatattaacagaggaaccaatttatcaagaagacacaacaatcctaggcatttatgcacctaatagcagagcttcaaaatatatgaagcaaatactgacagaaatgttaggagaaatgaataaatccacaactagagatggaaatctcaacattgttctct-aaaaattaatag--aacaagtcaataaaatatcagtattgatatacaagacttagacaacactatcaaaacaaacattatcatttgtagaacacttcaatgagtagcagaaaacataattgtttttaaatacacttagaatactagccaaaatagattatatttgatctcaataaaaagcctcaataaatttaaaagaatccaagccatggaaagtatgttctctaactcaatgtaactgaatgagagaccaaagataaatagaaagctctctcgaaaattcctaaatagtctgaaaatc i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107654361 816 - 123829720 aacttactcaaaaaatgagaaaatgaagcaaaagtg--aaaataactagtgggataaaaggaaacaaaagaaagactGTAGATTTATGTGC----AAGCATATCAATAATCACTCTAAATGTAAGTGTTCTAAATACCCccaattaaaatgtgaaatttatattattatgaataaagcaagATAAAAAACATACCTTCTAAAAGAAACTTACTTTAAATATTAAGGGACAAATAGGTTAAAGTTAAAAGGCTGGGAAAAGATAAGCCTTACTAAAACTAAGCAAAGGAGAGCTGGCACAGCTGCCTTAACATCAGACTAATTAAATGCTACAACAAAGAAAATGACCAGGGATAACAATGGTAA-TCCATATTAACAGAGGAACCAATTTATCAAGAAGACACAACAATCCTAGGCATTTATGCACCTAATAGCAgagtttcaaaatatatgaagcaaatactGACAGAAATGTTAGGAGAAATGAATAAATCCACAACTAGAGATGGAAATTTCAACATTGTTCTCT-AAAAATTAATAG--AACAAGTCAATAAAATATCAGTATTGATATACAAGACTTAGACAACACTATCAAAACAAACATTATCATTTGTAGAACACTTCAATGAGTAGCAGAAAACacaattgtttttaaatacacTTAGAATACTAGCCAAAATAG---ATATTTGATCTCAATaaaaagcctcaataaatttaaaagaatccaAGCCATGGAAAGTATGTTCTCTAACTCAGTGTAACTGAATGAGAGACCAAAGataaatagaaagctctctcgaaaattcctaaatagtctgaaaata i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109698151 811 - 126035930 aacttacTcaaaaaatgagaaaatgaagcaaaagtg--aaaataactagtgggataaaaggaaacaaaagaa----tgtagatttatgtgc----aagcatatcaataatcactc----tgtaagtgttctaaatacccccaattaaaatgtaaaatttatattattatgaataaagcaagataaaaaacataccttctaaaagcaacttactttaaatattaagggacaaataggttaaagttaaaaggctgggaaaagataagccttactaaaactaagcaaaggagagctggcacagctgccttaacatcagactaattaaatgctacaacaaagaaaatgaccagggataacaatggtaa-tccatattaacagaggaaccaatttatcaagaagacacaacaatcctaggcatttatgcacctaatagcagagcttcaaaatatatgaagcaaatactgacagaaatgttaggagaaatgaataaatccacaactagagatggaaatttcaacattgttctct-aaaaattaatag--aacaagtcaataaaatatcagtattgatatacaagacttagacagcactatcaaaacaaacattatcatttgtagaacacttcaatgagtagcagaaaacacaattgtttttaaatacacttagaatactagccaaaatagattatatttgatctcaataaaaagcctcaataaatttaaaagaatccaagccatggaaagtatgttctctaactcaatgtaactgaatgagagaccaatgataaatagaaagctctctcgaaaattcctaaatagtctgaaaata i chlSab2.chr1 C 0 C 0 e mm10.chr2 96537475 11469 - 182113224 I e calJac3.chr11 112750634 5 + 130397257 I e canFam3.chr18 16713898 1516 - 55844845 I a score=699922.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 151262 248 + 191409 aataatataattctaaataatctatgagtg--aaaaaaggaacaaa--aataactagagaaattatttttaatggatagaagatgaaaacgcaatgaatcaaaaatgagcggaaacccagtaaagtggctcatagagggaagtttgtaacgctaaccaccaacattagaaaaggaatatttcttaaatgactctgagccagaattcctctgatgccaaaatcatacaaagacgttacatgaaaagaagatga s panTro4.chr11_GL391837_random 2804923 248 + 5442033 aataatatagttctaaataatctatgagtg--aaaaaaggaacaaa--aataaccagagaaattatttttaatggatagaagatgaaaacgcaatgaatcaaaaatgagtggaaacccagtaaagtggctcttagagggaagtttgtaacgctaaccaccaacattagaaaaggaatatttcttaaatgactctcagccagaattcctctgatgccaaaatcatacaaagacgttacatgaaaggaagatga i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112000626 248 - 132107971 aacaatataattctaaataatctatgagtg--aaaaaaggaacaaa--aaaagctagagaaattatttttaattgatagaagatgaaaacacaacgaatcaaaaattagtggaaacccagtaaagtggcacttagagggaagtttgtaacactaaccaccaacattagaaaagcaatatttcttaaatgactctcagccagaattcctctgatgccaaaatcatacaaagacgttacatgaaaagaagatga i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77210759 248 + 152096393 aataatttaattctaaataatctatgagtg--aaaaaaggaacaaa--aataactagagaaattatttttaatggatagaagatgaaaacacaacgaatcaaaaattggtggaaacccagtaaagcagcacttagagggaagtttgtaacactaaccaccaacattagaaaaggaatacttcttaaatgactctcggccagaattcctctgatgccaaaatcatacaaagacgttacatgaaaagaagatga i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118719334 247 - 135538710 aataaaataattctaaataatc--tgagtg-aaaaaaaggagcaaa--aataactagataaattatttttaatggatggaagatgaaaacacaacgaatcaaaaattagtggagacccagtaaagcggcacttagagggaagtttgtaacactaaccaccaccattagaaaaggaatatttcttaaatgactctcggccagaattactctgatgccaaaatcatacaaagacgttacatgaaaagaatatga i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114021836 247 - 130733371 aataaaataattctaaataatc--tgagtg-aaaaaaaggagcaaa--aataactagataaattatttttaatggatggaagatgaaaacacaacgaatcaaaaattagtggagacccagtaaagcggcacttagagggaagtttgtaacactaaccaccaccattagaaaaggaatatttcttaaatgactctcggccagaattactctgatgccaaaatcatacaaagacgttccatgaaaagaatatga i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107655177 247 - 123829720 aataaaataattctaaataatc--tgagtg-aaaaaaaggagcaaa--aataactaaataaattatttttaatggatggAAGATGAAAACACAACGAATCAAAAATTAGTGGAGACCCAGTAAAGCGGCACTTAGAGGGAAGTTTGTAACACTAACCACCCCCATTAGAAAAggaatatttcttaaatgactCTCGGCCAGAATTACTCTGATGCCAAAATCATACAAAGACGTTACATGAAAAGAATATGA i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109698962 246 - 126035930 aataaaataattctaaataatc--tgagtg-aaaaaaaggagcaaa--aataactagataaattatttttaatggatggaagatgaaaacac-acgaatcaaaaattagtggaaacccagtaaagcagcacttagagggaagtttgtaacactaaccaccaccattagaaaaggaatatttcttaaatgactctcggccagaattactctgatgccaaactcatacgaagacattacatgaaaagaagatga i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112750639 250 + 130397257 AATAATGTCAttccaaataatctgtgagtgaaagaaaaggaacaaaataataactatagaaattatttttaatggatagaagatgaaaacacaacatatc-aaaattagtgggaacccattaaagaggcacgtagagggaaggttgtaacactaaccaccaacattagagaagaaatattcctc-aatcactctctgccagaactaccctgatgccaaaatcatacaaagacattacatgaaaagaagatga i calJac3.chr11 I 5 C 0 e mm10.chr2 96537475 11469 - 182113224 I e canFam3.chr18 16713898 1516 - 55844845 I a 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AAACACAGGGTGAACTTTTTAAGTACAAGAT--GTTTTTTCTATTTTAAAATAtttaattggcaaataaatattgtatctattcaagatgtataatgcaatgatttgatatatgtata--cattgtgtaacaataactgcaatcaaattaattaacctatccatcacactcatgctgtacgtgagatccccagaacttagtcatattgtaacataaagtttgaacttggaccaacatctccccat-tttttctacacccagtgcccagaaaccacagttttactttgcttctgtgggttggactttattaaaatttcacatataaacaa-attatgcagtttttgtctttctgtgactggctaaatatacttataataatgtcttccaaacattcatgttgtcacaaatgacagaa-ttttcttcctttcaaagtctgtatgtattatattgtgtatacgtgtcacattttctttcttcattcaaacactggtggacacctaggttgattccatatcttagctattgtgaataatgctgcagtgaacctgggagtgcagatatctcttcaatacactgatttcaattacttgagatttgcaccagaagtaggattgcta-----------gagcatatggtaattctatttttagtgtttagagaaacctccatactgtcttccataatggccgtattaattaatattctcaccaacagtgtacaattgttctctttgctccacatcttggccaacactttttacatttcatttttttgataattgttattataacaggtgttgtcttttatctttttgatactagtcattctaacagagataagatgatatttgtttatagtttttagttgcatttccatgatgatt i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112001314 868 - 132107971 AAACACAGGGTGAACTTTTCAAGTATGAAGA--TTTTTTTCTATTTTAAAATAtttaattggcaaataaatattgtatctattcaagatgtataatgcaatgatttgatatatgtata--cattgtataacaataactgcaatcaaattaattaacctatccatcacactcatgctgcacatgagatccccagaacttagtcatattgttacttaaagtttgaacttggaccaacatctccccat-tttttctacacccaatgcccagaaaccacagttttactttgcttctgtgagttggactttattaaaatttcacatataaataagattatgcagtttttgtctttctgtgactggctaaatatacttataataatgtcttccaaacattcatgttgtcacaaatgacagaa-ttttcttcctttcaaagtctgtatgtattatattgtatatacgtgtcacattttctttcttcattcaaacactgatgcacacctaggttgattccatgtcttagctattgtgaataatgctgcaatgaacctgggagtgcagatatctcttcaatacactgatttcaattacttgagatttgcaccagaagtaggattgcta-----------gagcatatggtaattctatttttagtgttttgagaaacctccatactgtcttccataatggccatactaattaatattctcaccaacagtgtacgatcgttctctttgctccacatcttggccaacacttgttacatttcatctttttgataattgttattctaaca---attgtcttttatctttttgatactagtcattctaacagtgataagataatatttgtttatagtttttagctgcatttccatgataatt i ponAbe2.chr11 I 170 C 0 s nomLeu3.chr4 77211279 872 + 152096393 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tttttttttttttactttaagttttagggtacatgcacacaacgtgcaggtttgttatatatgtgtacatgtgccatgtttgtgtgctgcacccatcaactcatcatttagcattaggtatatctcctaatgctatctctccctgctcccccaaccctacaacaggccccagtgtgtgatgttccctatcctgtgtccaagtgttctcattgttcaattcccacctatgagtgagaacatgtggtgtttggttttttgtcgttgcgatagtttgctgagaatgatggtttccagcttcatccatgtccctacaaaggacacaaactcattcattttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccacattttcttaatccagtctatcattgttggacatttgggttggttccaagtctttgctattgtgaatagtgccgcaataaacatacgtgtgcatgtgtctttgg i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77213305 477 + 152096393 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aaacagaaacaatttcacttcttcctttcctttacggatgcctcatttctttttcttccctacttttttggctaggactctagtagtatgttgaataaagagatgaaaggggcatcctcatcctgctcctgatcttagagaaaaac i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118721935 146 - 135538710 aaacagaaacaatttcacttcttcctttcctttattcatgcctcatttccttttcttccctacatttttggctaggactctagtattatgttgaataaagagatgaaaggggcatcctcatcctgctcctgatcttagagaaaaac i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114024401 146 - 130733371 aaacagaaacaatttcacttcttcctttcctttattcatgcctcatttccttttcttccctacatttttggctaggactctagtattatgttgaataaagagatgaaaggggcatcctcatcctgctcctgatcttagagaaaaac i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107657737 146 - 123829720 aaacagaaacaatttcacttcttcctttcctttattcatgcctcatttccttttcttccctacATTTTTGGCTAGGACTCTAGTATTGTGTTGAATAAAGAGATGAAAGGGGCATCCTCATCCTgctcctgatcttagagaaaaac i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109701520 146 - 126035930 aaacagaaacaatttcacgtcttcctttcctttattcatgcctcatttctttttcttccctacatttttgcctaggactctagtattatgttgaataaagagatgaaaggggcatcctcatcctgctcctgatcttagagaaaaac i chlSab2.chr1 I 26 C 0 e mm10.chr2 96537475 11469 - 182113224 I e calJac3.chr11 112752049 2330 + 130397257 I e canFam3.chr18 39153299 1516 + 55844845 I a score=249474.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 154429 95 + 191409 ttaatttttaaccattaagaatgatatttgttctgggtttttcatgtatggcttttattattttgaggtaaatttcttctatatctgatttgttc s panTro4.chr11_GL391837_random 2808089 95 + 5442033 ttaatttttaaccattaagaatgatatttgttctgggtttttcatgtatggcttttattgttttgaggtaaatttcttctatatctgatttgttc i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112003991 95 - 132107971 ttaatttttaaccattaagaatgatatttgttctgggtttttcatgtatggcttttattgttttgaggtaaatttcttccatatctgatttgttc i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77213942 95 + 152096393 ttaatttttaaccattaagaatgatatttgttctgggtttttcatgtatggcttttattgttttgaggtaaatttcttccatatctgatttgttc i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118722081 95 - 135538710 ttaattttcaaccataaagtatgatatttgttctgggtttttcatgtatggcctttattgttttgaggtaaatttcttccatatctgatttgttc i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 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i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112006227 1227 - 132107971 ctctgtccttacagcaaacatctgtctggacatccaggcatttccatacatcctctgaaatataggcaagtggtttccaaacctcaattcttgacttctgtgtgtctgcaggcccaacaccatgtgtgaaccaccaaggcttggggcttgcaccctctgaagcaatggcctgagctgtatattggccccttttagccatggttggagcagttgtgatgcagggcatcatgtcccgaggctgcatagagcagggggtcccagggcccaacccatgaaaccatttttccctcttaagtctcctggccagtgatgggaggggctgctgtaaaggtctctgatataacctggagacattttccctattgtcttggcgattaacatttggctccatgttactgatgcaaatttctgcagtgggcttaaatttctctgcccc------cccca----ccca-ccacccacccagggaatgggcttttcttttctattgcattgttgagccgcaaattttcgaaacttttatactttgccccatcttgaacgctttgctgcttacaaatttcttccaccaaataccctaaatcatctctcttaagttcaaagttccacagatctctaaggcagggacaaaatgccactggtctctttgctgaagcatagcaagagtcacctttgctacagttcccaagaagttcctcatcgccttagcctggacttcattgttcataccactatcagcattttggttaaagccattcaacaagtctctaggaagttccaaactttcccacacttccctgtcttct---gagccctccaaactgttccaacctctgcctgttaccagtttcaaagttgcttccacagttcaggtatccttataacagcaccccactctaccagtaccaatttACtgtattcattcattctcacactgctaataaagacatacccaagactgagtaatttataaaggaaagataacacgtccttcttc------------------------------------------tcatggtggcaagagagaaaagtgccaagcaaaggggaaaatgccccttataaaaccatcaatctcatgagaactcactcactatcatgagaacatcatgagagtacctgctcccatgattcagttacctcccactgggtccctcccatgacatgtggggattattggaactacaattcaagatgagatttgggtggggacacagtcaaactatgtcagatgctttgtctatattataattt i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77216174 1223 + 152096393 ctctgtccttacagcaaacatatgtctggacatccaagcatttccatacatcctctgaaatataggcaagtggtttccaaacatcaattcttgacttctgtgtgtctacaggcccaacaccatcggtaaaccaccaaggcttggggcttgcaccttctgaagcaatggcctgagctatatattggccctttttagccatggttggagcagttgtgatgcagggcatcatgtcccgaggcttcatagagcagggggtcccagggcccaacccatgaagccatttttccctcttaagtctcttggccagtgatgggatgggctgctgtaaaggtctctgatatgacctggagacattttccctattgtcttggtgattaatatttggctccatgttactgatgcaaatttctgcagtaggcttaaatttctcc-----------cccca------ct-ccccgcccccagaaaatgggcttttctattctattgcattgttgagctgcaaattttccaaacttttatactttgctccatcttgaaagctttgctgcttacaaatttcttccaccagataccctaaatcatctctcttaagttcaaagttccacagatctctaaggcagggacaaaatgccgctggtccctttgctaaagcatagcaagagtcgcctttgctacagtttccaagaagttcctcatcgccttagcctggacttcattgttcataccactatcagcattttggttaaagctattcaacaagtctctaggaagttccaaactttcccacatttccctgtcttcttccgagccctccaaacagttccaacctctgcctgttaccagtttcaaagttgcttccacagttcgggtatccttatagcagcaccccactctaccagtaccaatttactgtattcattcattctcacactgctaataaagacatacccaagactgagtaatttctaaaggaaagataacacgtccttcttc------------------------------------------acgtggtggcaggagagaaaagtgccaagcaaaggggaaaatgccccttataaaaccatcaatctcatgagaactcactcactgtcatgagaacatcatgagagtacctgctcccatgattcagttacctcccactgggtccctcccatgacatgtggggattattggaactacaattcaaaatgagatttgggtggggacacagtcaaactatgtcagatgctttgtctatattataattt i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118724321 1250 - 135538710 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ctctgtccttaCAGCAAACGTCTctctggacatccaggcatttccattcatcctctgaaatctgggcaagtggttcccaaacctcaattcttgacttctgtgtgtCTGCAGGCCCAATACCATGTGTaaaccaccaaggcttggggcttgcaccctctgaagcaatggtctGAGCTGTATATTGGCCCCTTTTGGCCATGGTTGGGGCAGTTGTAATGCAGGACATCATGTCCTGAGGCTGCCCAGAGCAGGGCGTCCTGGGACCcaacccatgaaaccatttttccctcttaaGTCTCCTGGCtagtgatgggaggggctgctgtaaaGGTCTCTGATATGACCTGGAggcattttccctattgtcttggcaattaataCTTGGCTGcatgttacttatgcaaatttctgcagtgggcTTAAATTTCCCC---------------------------------ccagaaaatgggcttttcttttctattgcattgttgggctgcaaattttccaaacttgtatgCTTTGCTCCCTCTTGAACGCTTTGCTGCTTacaaatttcttccaccagataccctaaatcatctctcttaaattcaaagttccacagatctctaagtCAGGGACAAAATGCCGCTGGTCTC--TGCtgaagcatagcaagagtcacctaagctacagttcccaagaagttccttgTCACCTTAGTgtggacttcattgttcatatcactatcagcattctggttaaagtcattcaacaagtctctaggaagttccaaactttcccacattttcctgtcttcttctgagccctccaacctgttccaacctctgcctgttaccagtttcaaagttgcttccatagttcgggtatccttatagcagcaccccactctaccagtaccaaattactgtattcatttattctcacactgctaataaagacatacccaagactgagtaatgtataaaggaaagataaCACGTCCTTCTTc------------------------------------------ccatggtggcaggagagaaaagtgccaagcaaaggggaaaatgccccttataaagccatcaatcttgtgagaactcactcactgtcatgagaacatcatgagagtaactgctcccatgattcagctacctcccactgggtccctcccatgacatgtggggattattggaactaccattcaagatgagatttgggtggggacacagccaaactatgtCAGATGCTTTGTCTATATTATACTTT 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gaaagctcacag-----agtgtctaatatattatcatgggattccatctaacattatctcagaccaaggatcatagtttatgatgagaaaggagcaataagcatatgaccataaaatcaatatgacttccttcatgccagatcacccagaagctactagccaactgaatgttggaatggccttatgagtagtgttagggtacactttgctgatgacacctagcatgattggtacactgttttcctgtatgttct----------------acatactt i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77217397 254 + 152096393 gaaagctcacag-----agcgtctaa---attatcatgggattccatctaacattatctcagaccaagggacatagtttatgatgagaaaggagcaataagcatatgactataaaatcaatatggcttccttcatgccacatcacccagaaactactagccaactgaatgttggaatggccttatgaGTAGTTCTAGGGTACACTTTGCAGATGACACCTAGCATGATTGGTACACTGTTTTCCTGTATGTTCT----------------ACATACTT i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118725571 257 - 135538710 GAAATctcacag-----agtgtctaatatattatcataggattccatctaacattatctcagaccaagggatatagtttatgatgagaaaagagcaataagaatatgaccataaaatcaacatggcttccttcatgccacattacctagaagctactagccaactgaatgttggaatggccttgtgagtggtgctagagtacactttgcagatgacacctagcaTGATCGGTACACTGTTTTCCTGTATGTTCT----------------ACATATTT i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114027995 257 - 130733371 GAAATctcacag-----agtgtctaatatattatcataggattccatctaacattatctcagaccaagggatatagtttatggtgagaaaagagcaataagcatatgaccataaaatcaacatggcttccttcatgccacattacctagaagctactagccaactgaatgttggaatggccttgtgaGTGGTGCTAGAGTACACTTTGCAGATGACACCTAGCATGATCGGTACACTGTTTTCCTGTATGTTCT----------------ACATATTT i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107661332 257 - 123829720 GAAATCTCACAG-----AGTGTCTAATATATTATCATAGGATTCCATCTAACATTATCTCAGACCAAGGGATATAGTTTATGATGAGAAAAGAGCAATAAGCATATGACCATAAAATCAACATGGCTTCCTTCATGCCACATTACCTAGAAGCTACTAGCCAACTGAATGTTGGAATGGCCTTGTGAGTGGTGCTAGAGTACACTTTGCAGATGACACCTAGCATGATCGGTACACTGTTTTCCTGTAtgttct----------------acatattt i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109705123 257 - 126035930 GAAATctcacag-----agtgtctaatatattatcataggattccatctaacattatctcagaccaagggacatagtttatgatgagaaaggagcaataagcatatgaccataaaatcaacatggcttccttcatgtcacattacctagaagctactagccaactgaatgttggaatggccttgtgaGTGGTGCTAGAGTACGCTTTGCAGATGACACCTAGCATGATAGGTACACTGTTTTCCTGTGTGTTCT----------------ACATATTT i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112756980 259 + 130397257 gaaaGctcatag-----agtgtctaatacattatcatgggagtccatctaacattatctcagaccaaggaacacagtttatgatgagaaaggagcaacaagcacatgatcataaaatcaatatggcctccttcatgccacatcacccagaagctactagccaactgaatgttggaatggcctcatgaGC--TACTAAGGTACAGATTGCAG------------ATGATTGGTACACTGTTTTCCTATATGTTCTAAATTTCCTATTCAGGAAATTTTC i calJac3.chr11 I 435 C 0 e mm10.chr2 96550109 1643 - 182113224 I e canFam3.chr18 39153299 1516 + 55844845 I a score=411401.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 158167 116 + 191409 tATTTCCTAAATCTCTCTTCAGAAACACCAAAGATAGGATAAACTTCTTCTCACTGACATTTACAATGGAACTGAG-TTTTGTTTGTACATGTGTCTAAGTGTGAATGCATGTGCAT s panTro4.chr11_GL391837_random 2811826 116 + 5442033 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tatttcctaaatctCTCTTCAGAAACACCAAAGATAGGATAAACTTCCTCTCACTGACATTTACAATGGAACTAAG-TTTTGTTTGTACATACGTCTAAGTGTGAATGCATGTGCAT i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109705380 116 - 126035930 TATTTCCTAAATCTCTCTTCAGAAACACCAAAGATAGGATAAACTTCCTCTCACTGACATTTACAATGGAACTAAG-TTTTGTTTGTACATATGTCTAAGTGTGAACGCATGTGCAT i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112757239 116 + 130397257 TATTTCCTAAATGTCTCTTCGGAAACACCAAAGACAGAATAAACTTCCTCTCTCTGACATTTACAATGGAAGTATG-TTTTGTTTGTATATGTGTCTAAGTGTGAATACATGTGCAT i calJac3.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16715414 113 - 55844845 TATTTCTTAAATCTCTTTTCACAAA---CAAGGATAGG-TGGACTTCTTTCTCTGGACATTTAGAATAGAACTAAGCTCTCATCTGTACATGTGCCTGAGTGTATATGTATAGGTAT i canFam3.chr18 I 1516 I 1136 e mm10.chr2 96550109 1643 - 182113224 I a score=5576.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 158283 2 + 191409 AT s panTro4.chr11_GL391837_random 2811942 2 + 5442033 AT i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112007827 2 - 132107971 GT i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77217768 2 + 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AACA--GTCTTGTGGCTGCAGAGGAATGGAAACTAATTTTATTTAATGAAAATGGGGTAAGAAAGAATTAGGAAAGTTTCTTGGAGCAATCCACAGAAGGCATTGATGGGAGGATATTAGAAAAATTATGAGCATATTCTATATCTAAGGGAGAT-GAGGAGGAGTGTTATGG-A----AA---GAAAATCAAAAGTCAGATACCTGGCTTGCTCAAAGGCTGACTTTCTCAATTG-CCATTCG---------AGCTAGACC-TAAGACAGTTTAG--ATGAGCTAAAAAAAAAAGGTATGCAGACCTTTTACTGTATCACATTCCAGAGTGAATACAAAAGTAACATAATCCATCAA-TATACAGGGTTGAACAACTGAAATGACTCATGACACTCCACAGAGTACAGTCTTAATTAA i calJac3.chr11 C 0 I 1 s canFam3.chr18 16720348 399 - 55844845 AATATGCTCTTGCTGCTACAGAGGACCGAGAACTAATTTTATTTAAGGGGGGTGGGGTAGGCGAGAATTAGGAAGGCTTCTTGGAGCAATCCACAGAAGGTTTTTATGGAAGAATA-GAGAAAAA-TATGGGGGCATTCTATAGCTAAGGGGAATGGGGGAGAAAACAGTGTG-AAGAGAAGAAGAGAGAAGAAAATCAAGAATTTCGGTTACTCAAAGGCTGACTTTATCAATTGCCCATGTGACCTTGTCCATCTAAATTACCATTTGCTCTAGACATAAGCTGCAAATA-----TATATAGACTTTTTACTGAGTCATATGCCAGAGTGATTACAAAACTAATATAAAGTATCAATTGTGAGTGGTTGGATAGTTGCAATGACTCATGACACTCc----agtattgca-------- i canFam3.chr18 C 0 C 0 e mm10.chr2 96553380 339 - 182113224 I a score=19784.000000 s 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gggaaaaaagcacaga-aa---accacagaaaagtccaagactttcagacccagcttccaggatcatttttcaattgattaggatgtgattttc-atctgagtcatgaactaccaagat------------acttgagctctggagaatcacagtcttgtccaaggagtagtcttttatatgtgtctggtctcataac--cgaaattgggctgcatgacAAAACTGAACAGAAGAAACGAAGAGAAAATAGTAAAACCTGGATTAAAAAA-CACTAATCTGGA-tttttgttgttgttg-ttgctgttTTAATGAACACAGCTAATAAACTACTACAGATAGCTCACTTGGCCTGTCTCAGGTCCTAGTACAGGAATATTTATCACCAGTTAGTTGAGTATATTCTGA-TTTGGCTAAGGCTCTAGCAGTGTCTCCAGGAATCTGTGGAAATAAGTCAGTCCTCCCTCTAGACAACAATGGCtccaggcatccctggaaataaacataggattgc i chlSab2.chr1 I 23 C 0 s calJac3.chr11 112761187 505 + 130397257 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agaagaggtatctgaaatacagagtttt-tGAGATCAACAGTGCAATTGCATTTAACAAATTGAACTCAGTGTAGTAGCccctgctactcagcattatgtgggctcataata---aagatgaaattaattataga-----aaaaaattaaaagtacagattatttgcatatctaagtgtaatacgcatgagtttccctccctgttacaTTTGTAATTTACAGTCTAATACCAACAGCCTGTATTTCTCAGAGGGATCCTGATGGATCTTCTGTCTGGGTCTACTTT-GCCAGGCTAGCTTCTCCATCCCTGAGGGTTGATGAATTGTCCTGGCTATAGTTCTTTTACTCATCCAATCTTATTCATTC-----ATTTTTCTTCCAATTATTAA-------------AATTGAGACAAAGTGAGAAGTGTCCACTTAGAGACAGAAGTGCTGGTGCCAGCCCTCACAACCACCAACTGTTacctgttctgtgactttgagaagtcccttatctgtgaaacagagataatataaccagcctcaaagtactggcatttgttttaaataagataataaatatgaaAAATTCTagtttgagataagcctgggca-----------------acatggtgaggcccctgtctctataaaaGag-aagagagagaa i macFas5.chr14 C 0 I 6 s papAnu2.chr14 107674062 619 - 123829720 AGAAGAGGTATCTGAAATACAGAGTTTT-TGAGATCAACAGTGCAATTGCATTTAACAAATTGAACTCAGTGTAGTAGCCCCTGCTACTCAGAATTATGTGGGCTCATAATA---AAGATGAaattaattataga-----aaaaaa-taaaagtacagatTATTTGCATATCTAAGTGTAATACGCATGAGTTTCCCTCCCTGTTACATTTGTAATTTACAGTCTAATACCAACAGCCTGTATTTCTCAGAGGGATCCTGATGGATCTTCTGTCTGGGTCTACTTT-GCCAGGCTAGCTTCTCCATCCCTGAGGGTTGGTGAATTGTCCTGGCTATAGTTCTTTTACTCATCcaatcttattcattc-----atttttcttccaaTTATTAA-------------AATTGAGACAAAGTGAGAAGTGTCCACTTAGAGACAGAAGTGCTGGTGCCAGCCCTCACAACCACCAACTGTTACCTGTTCTGTGACTTTGAGAAGTCCCTTATCTGTGAAACAGAGATAATATAACCAGCCTCAAAGTACTggcatttgttttaaataagataataaatatgaaaaattctagtttgagataagcctgggca-----------------acatggtgaggcccctgtctctataaaaaag-gagagaaag-- i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109718059 620 - 126035930 AGAAGAGGTATCTGAAATACAGAGTTTT-TGAGATCAACAGTGCAATTGCATTTAACAAATTGAACTCAGTGTAGTAGCccctgctacttagaattatgtgggctcataata---aagatgaaattaattataga-----aaaaaa-taaaagtacagattatttgcatatctaagtgtaatacacacgagtttccctccctgttacaTTTGTAATTTGCAGTCTAATACCAACAGCCTGTATTTCTCAGAGGGATCCTGATGGATCTTCTGTCTGGGTCTACTTT-GCCAGGCTAGCTTCTCTGTCCCCAAGGGTTGGTGAATTGTCCTGGCTATAGTTCTTTTACTCATCCAACC--ATTCATTC-----ATTTTTCTTCCAACCATTAA-------------AATTGAGACAAagtgaaaagagtccacttagagacagaagtgctggtgccagccctcacaaccaccaactgttacctgttctgtgactttgagaagtcccttatctgtgaaacagagataatataaccagcctcaaagtactggcatttgttttaaataagataataaatatgaaagATTCTagtttgagataagcctgggca-----------------acatggtgaggtccctgtctctataaaagagaaagagagagaa i chlSab2.chr1 C 0 I 80 s calJac3.chr11 112770305 625 + 130397257 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AAAAGAAGTTTCTGAAGCCCAGGCCTGTAAGAGATCACCAGCTCAATTGCATTGAACAGTCTC---------TAGTGGCCCCTGCTATTAAGCAGCATATAGGATCATAATGAATAAAATAAATAAAACTGTAAACATCCAAAAAATTAAA--TATAAATTACGTGTACATCTGAATAAAATATGGTCAGATCTGTCCCTTTGCTTCATACGGTATTCATCATCTAACATTCATAGTCTGTATTTATTAGGTAGATTTTTATGGCTCTTCTGTCTAGGTCTACTTT-TCCAGGATAGCTTTGCTCACTCTGAGATATGTCAGATTGCCCTGGCCTTCATGCCTTCTCTCATTCATTC--ATGCATGCCTGCAGTTTTTCTTTCAGCCATACA-ATAAATGAaggcatgtaaagcactgaaagaaaagtctttttagagatggaagagctgccaccaaatctcagaaccattaacagctacctgctttgcagctttgagctactcc--------------------------ctaacctca-----------------ttaaa-----------------------cctgtttggga------------------------------------------------------------------------ i mm10.chr2 C 0 C 0 e ponAbe2.chr11 112026014 578 - 132107971 M e canFam3.chr18 16725616 101 - 55844845 I a score=26884.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 172757 59 + 191409 gaagagaagagaagaggagacagaaagaaaaggaaaaggagggaagagagggagggagg s panTro4.chr11_GL391837_random 2826419 55 + 5442033 ----agaagagaagaggagacagaaagaaaaggaAaaggagggaagagagggagggagg i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77231725 59 + 152096393 agaaaaaaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaag i nomLeu3.chr4 C 0 I 225 s macFas5.chr14 114041306 59 - 130733371 agagagaaaagaagaagaaggaggaggaggaggaggagaaaagaagaagaagaaggaag i macFas5.chr14 I 6 I 2 s papAnu2.chr14 107674681 52 - 123829720 -----aaagagaagaagaaggagaaggagaaggagaag--aagaagaagaagaagagag i papAnu2.chr14 C 0 I 2 s calJac3.chr11 112770930 57 + 130397257 gaaagaaagagagaaagagagagagagaagaaaaaaag--gagaaagaaagaaagaaag i calJac3.chr11 C 0 I 3 s mm10.chr2 96568120 20 - 182113224 ------------atgggagtgggtgggttggg--------------------------- i mm10.chr2 C 0 C 0 e ponAbe2.chr11 112026014 578 - 132107971 M e rheMac3.chr14 118739086 213 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109718679 80 - 126035930 I e canFam3.chr18 16725616 101 - 55844845 I a score=-2543.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 172816 3 + 191409 gag s panTro4.chr11_GL391837_random 2826474 3 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gaaggaagcaaggaaggaaggaaggaaaggagggagggagggaagaa----------------ggaaaaaaggaaggaaggaaa i nomLeu3.chr4 C 0 I 18 s macFas5.chr14 114041369 75 - 130733371 --agaagaagaagaagaagaagaagaag-------aagaagaagaagaagaagaagaagaagaagaaagagagagagaaagaaa i macFas5.chr14 C 0 I 30 s papAnu2.chr14 107674737 59 - 123829720 --agaaagaaaataaaagaaaaaagaaa-------agaaagaaagag----------------ggagacagggagggagggaag i papAnu2.chr14 C 0 I 5 s chlSab2.chr1 109718759 77 - 126035930 gaaggaaggaaggaagaaaaaaagagaa-------agaaaggagaaagaaggaaagaaaagaaagagggagggagggaaggaag i chlSab2.chr1 I 80 I 25 s calJac3.chr11 112770992 59 + 130397257 ggaaagagaaagaaacagaaagaagagg---------aaggaaggaa----------------ggaaggaaggaaggaaggaag i calJac3.chr11 C 0 I 1 s mm10.chr2 96568143 17 - 182113224 -----------------------------------------------------------caggggaagcagggagg-------- i mm10.chr2 C 0 C 0 e ponAbe2.chr11 112026014 578 - 132107971 M e rheMac3.chr14 118739086 213 - 135538710 I e canFam3.chr18 16725616 101 - 55844845 I a 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GCTACTTCACCTTTCGAACAAACTCAAGAACA i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77237065 10 + 152096393 GCTACT----------------------AACA i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118744160 32 - 135538710 GCTACTTCACCTTCTGAACAAACTCAAGAACA i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114046359 32 - 130733371 GCTACTTCACCTTCTGAACAAACTCAAGAACA i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107679666 32 - 123829720 GCTACGTCACCTTCTGAACAAACTCAAGAGCA i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109723909 26 - 126035930 GCTACTTCA-CTTCTGAACAAACTCAA----- i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16730467 28 - 55844845 ----CTTCATCTTTCTAGCAAATTCAGAAGCA i canFam3.chr18 C 0 C 0 e mm10.chr2 96572250 9 - 182113224 I e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C a score=304205.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 176421 110 + 191409 CAAAGATGTT-AGGAACTCAATGTGTAACTTTTGCCTGGAGACTCATGTATAACTACAATGACCTTAAAGGAACATGTGAGAT-------CAACCAATAAT-----------TTCTTACA-ATGTTTCAT s panTro4.chr11_GL391837_random 2830081 110 + 5442033 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CAAAGGTGTT-AGAAACTCAATGTGTAATTTTTGCCTGGAGACTCATGTATAACTGCAGTGACCTTAAAGGAACACGTGAGCT-------CAACTAATAATGATCGCTGAATTTCTTACA-ATGCTGCAT i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109723935 116 - 126035930 -----GTGTT-AGAAACTCAATGTGTAATTTTTGCCTGGAGACTCATGTATAACTGCAGTGACCTTAAAGGAACACGTGAGCT-------CAACTAATAACGATCGCTGAATTTCTTACA-ATGCTTCAT i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s mm10.chr2 96572259 118 - 182113224 CAATGGTGTTAAGGAAACTGGTATATGACTTCTGTTTGAAGACTCAC-TGTAATTAGAAAGACTTTAAAGCAGCATCTGATATGATCTCACAGCTCACAATG----------TTCTCTGA-ACGTCCCAT i mm10.chr2 I 9 C 0 s canFam3.chr18 16730495 109 - 55844845 CAAAAGTGTTAAGGAACTCAATGTG-AACGTCTGCCTAGAAACCCATGCATCACTATGATGAGCTTAAAGAAATATCTGAGTC-------TA--TAGTCTT-----------TTTTTGTAtatgttttat i canFam3.chr18 C 0 I 1225 e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C a score=450118.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 176531 179 + 191409 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CCCCAACTTCATCACTTGATCTGGGTGGATACTGAA------------------GCTTGT-CAAAGCCACAGTTAGATAGAGATACAGCCATTACAAAACCTCCATCCTATGACTCTCAAT i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118744580 120 - 135538710 CCTGAACTCCATCACTGGATCTGGGTggatactgaagcttagaaaggatgaatgtcttgc-caaagccacagttaggtagagacacagccattacaaaacttccatcctatgactctcaat i rheMac3.chr14 I 89 C 0 s macFas5.chr14 114046801 120 - 130733371 CCTGAACTCCATCACTGGATCTGGGTggatactgaagcttagaaaggatgaatgtcttgc-caaagccacagttaggtagagacacagccattataaaacttccatcctatgactctcaat i macFas5.chr14 I 111 C 0 s papAnu2.chr14 107680000 120 - 123829720 CCTGAACTCCATCACTGGATCTGGGTGGATACTGAAGCTTAGAAAGGATGAATGGCTTGC-CAAAGCCACAGTTAGGTAGAGACACAGCCATTACAAAACCTCCATCCTATGACTCTCAAT i papAnu2.chr14 I 2 C 0 s chlSab2.chr1 109724231 120 - 126035930 CCTGAACTCCATCACTGGATCTGGGTggatactgaagcttagaaaggatgaatgtcttgc-caaagccacagttaggtagagacacagccattacaaaacctccatcctatgactctcaat i chlSab2.chr1 I 2 I 193 s mm10.chr2 96572530 112 - 182113224 CCTCCATTGCACTCTTTGATAGCAAAGGACTCTGAAGATTTG--GGAATAAATGGCTTTCTCAGGGCCATGGTTGGATGCAAACAGAGTCACTGTAAGAACTGTAGGAGATGGT------- i mm10.chr2 C 0 C 0 e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16730604 1225 - 55844845 I a score=265374.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 176830 119 + 191409 cagaggctctttcCAGCATTCCCAACCCTAATCATGCCCTAGCCTAGTCTCCAATATATTTTCTTCCATGCAGTTGCTATTCTTTT---AAAAAGCAGGGTGGTTGGTAGATGATTTCCATC s panTro4.chr11_GL391837_random 2830489 119 + 5442033 cagaggctctTACCAGCATTCCCAACCCTAATCATGCCCTAGCCTAGTCTCCAATATATTTTCTTCCATGCAGTTGCTATTCTTTT---AAAAAGCAGGGTGGTTGGTAGATGATTTCCATC i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112030472 119 - 132107971 cagaggctctttcCAGCATTCCCAACCCTAATCATGCCCAAGCCTAGTCTCCAATACATTTTCTTCCATGCAGTTGCTATTCTTTT---AAAAAACAGGGTGGTTGGTAAATGATTTCCATC i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77237479 119 + 152096393 CAGAGGCTCTTTCCAGTATTCCCAGCCCTAATCATGCCCAAGCCTGGTCTCCAATACATTCTATTTCATGCAGTTACTATTCTTTT---AAAGAACAGAGTGGTTGGTAGATGATTTCCATC i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118744700 119 - 135538710 cagaggctctttctAGCATTCCCAACCCTAATCACGCCCAAGCCTAGTCTCCAATACATTTTCTTTCATGCAGGTGCTATTCTGTT---AAAAAACAGGGTGGTTGGTAGATGATTTCCATC i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114046921 119 - 130733371 cagaggctctttctAGCATTCCCAACCCTAATCACGCCCAAGCCTAGTCTCCAATACATTTTCTTTCATGCAGGTGCTATTCTGTT---AAAAAACAGGGTGGTTGGTAGATGATTTCCATC i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107680120 122 - 123829720 CAGAGGCTCTTTCTAGCATTCCCAACCCTAATCACGCCCAAGCCGAGTCTCCAATACATCTTCTTTCATGCAGGTgctattctgtttaaaaaaaacaggGTGGTTGGTAGATGATTTCCATC i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109724544 121 - 126035930 CAGAGGCTCTTTCTAGCATTCCCAACCCTAATCACACCCAAGCCTAGTCTCCAATACATTTTCTTTCATGCAGGTGCTAGTCTGTT-AAAAAAACCAGGGTGGTTGGTAGATGATTTCCATC i chlSab2.chr1 I 193 C 0 s mm10.chr2 96572642 53 - 182113224 ------------------------------GTTACGTCCTGT--------------GACTCTTTTTCATTTATTCATCATTCTTTT---AAAAA----------------------TTTGTT i mm10.chr2 C 0 C 0 e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16730604 1225 - 55844845 I a score=93527.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 176949 37 + 191409 CATTTATATTCTCTAACCATC-TATAAGACAAAG----AGAG s panTro4.chr11_GL391837_random 2830608 37 + 5442033 CATTTATATTCTCTAACCATC-TATAAGACAAAG----AGAG i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112030591 37 - 132107971 CATTTATATTCTCTAACCATC-TATAAGACAAAG----AGAG i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77237598 41 + 152096393 CATTTATATTCTCTAATCATC-CATAAGACAAAGAGATAGAG i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118744819 39 - 135538710 CATTTATATTCTCTAACCATC-TATAAGACAA--AGATAGGG i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114047040 41 - 130733371 CATTTATATTCTCTAACCATC-TATAAGACAAAGAGATAGGG i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107680242 41 - 123829720 CATTTATATTCTCTAACCATC-TATAAGACAACGAGATAGGG i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109724665 41 - 126035930 CATTTATATTCTCTAACCATC-TATAAGACAAAGAGATAGGG i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s mm10.chr2 96572695 37 - 182113224 CATTAAAAATGGTCAACTAAA-GTTAAAACGAAA----AAAA i mm10.chr2 C 0 I 306 s canFam3.chr18 16731829 39 - 55844845 CATTTGTATTTTCTACTCACCTTATGAGACAAAC---CAGAG i canFam3.chr18 I 1225 C 0 e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C a score=345675.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 176986 127 + 191409 CTCTGTACAACTTTCTCAGAGTAAGGCATTCTCTATTTGCCTCAGTGGAAGCTGGAAAGGGATCAGTGAATATTTTGCAGCTATAATTATACCAAATGGAGCTTCCACTAGAAATATTACTTACTGA s panTro4.chr11_GL391837_random 2830645 127 + 5442033 CTCTGTACAACTTTCTCAGAGTAAGGCATTCTCTATTTGCCTCAGTGGAAGCTGGAAAGGGATCAGTGAATATTTTGCAGCTATAATTATACCAAATGGAGCTTCCACTAGAAATATTACTTACTGA i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112030628 127 - 132107971 CTCTGTACAACTTTCTCAGAGTAAGGCATTCTCTATTTGCCTCAGTGGAAACTGGAAAGAGATAAGTGAATATTTTGCAGCTATAATTATACCAAATGAAGCTTCCACTAGAAATATCACTTAATGA i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77237639 127 + 152096393 ATCTGTAGAACTTTCTCAGGGTAAGGCATTCTCTATTTGCCTCAGTGGAAGCTGGAAAGGGGTAAGTGAATATTTTACAGCTATAATTATACCAAATGGAGTTTCCACTAGAAATATTACTTACTGA i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118744858 127 - 135538710 ATCTGCACAACTTTCTCAGGGTAAGGCATTCTCTGTTTGCCTCAGTGGAAGCTGGAAAGGAATAAGTGAATATTTTGCAGGTATAATTGTACCAAATGAAGCTTCCACTAGAAATATTACTTACTGA i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114047081 127 - 130733371 ATCTGCACAACTTTCTCAGGGTAAGGCATTCTCTGTTTGCCTCAGTGGAAGCTGGAAAGGAATAAGTGAATATTTTGCAGGTATAATTGTACCAAATGAAGCTTCCACTAGAAATATTACTTACTGA i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107680283 127 - 123829720 ATCCGCACAACTTTCTCAGGGTAAGGCATTCTCTGTTTGCCTCAGTGGAAGCTGGAAAGGAATAAGTGAATATTTTGCAGGTATAATTGTACCAAATGAAGCTTCCACTAGAAATATTACTtactga i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109724706 127 - 126035930 ATCCGCACAACTTTCTCAGGGTAAGGCATTCTCTGTTTGCCTCAGTGGAAGCTGGAAAGGAATAAGTGAATATTTTGCAGGTATAATTGTACCAAATGAAGCTTCCACTAGAAATATTACTTACTGA i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s canFam3.chr18 16731868 124 - 55844845 ATCTGTGGAACCTACTCAGGGTAATAAATGTACCATTTGCCAGAGCAGAAGTTGAGAAGGAAAAAGTGAGTCTTTGGCAGCTGTTAATTTAAC---TGAAGCTTCTACCAGAAATATTATTTCTTGA i canFam3.chr18 C 0 C 0 e mm10.chr2 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ggccaggtgtggtggctcaca-----cctgtaatcccagcactttgggaggtcgaggcagatggatc i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109724833 67 - 126035930 ggccaggtgtggtggctcacaaagtgctggtaatcccagcactttgggaggtcgaggcagatggatc i chlSab2.chr1 C 0 C 0 e mm10.chr2 96572732 306 - 182113224 I e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16731992 0 - 55844845 C a score=88833.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 177175 48 + 191409 acttgaggtcagaagtttgagaccagcctggccaacatggtgaaaccc s panTro4.chr11_GL391837_random 2830834 48 + 5442033 acttgaggtcagaagtttgagaccagcctggccaacatggtgaaaccc i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112030817 48 - 132107971 acttgaggtcagaagtttgagaccagcctggccaacatggtgaaaccc i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77237826 48 + 152096393 acttgaggtcaggagtttgagaccagcctggccaacatagtgaaaccc i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114047270 48 - 130733371 acttgaagtcagaagtttgagaccagactggccaacatggttagaccc i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107680472 48 - 123829720 acttgaggtcagaagtttgagaccagcctggccaacatggttagaccc i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109724900 48 - 126035930 acttgaggtcagaagtttgagaccagcctggccaacatggttagaccc i chlSab2.chr1 C 0 C 0 e mm10.chr2 96572732 306 - 182113224 I e rheMac3.chr14 118745047 285 - 135538710 I e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16731992 0 - 55844845 C a score=170999.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 177223 104 + 191409 tatctctactaaaaacacaaaaaaaattagctggacatggtgatgcacatctgtagttccagctactcgggaggctgaggcaggagaattgcttgaaccaagga s panTro4.chr11_GL391837_random 2830882 104 + 5442033 catctctactaaaaacacacaaaaaattagctggacatggtgatgcacatctgtagttccagctactcgggaggctgaggtaggagaattgcttgaaccaagga i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112030865 104 - 132107971 catctctactaaaaacacacaaaaaattagctggacatggtgatgcacatctgtagttccagctactcgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacccagga i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77237874 103 + 152096393 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gacagaagttgcagtgagccgagattgcgctactgcactcc s panTro4.chr11_GL391837_random 2830986 41 + 5442033 gacagaagttgcagtgagccgagattgcgctactgcactcc i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112030969 41 - 132107971 gacagaagttgcagtgagccgagattgcgctactgcactcc i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77237977 41 + 152096393 gacagaagttgcagcgaactgagattgtgctactgcactcc i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114047422 41 - 130733371 gacagaagttgcagtgagccaagactgtgccactgcactgc i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107680624 41 - 123829720 gacagaagttgcagtgagccaagactgtgccactgcactgc i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109725052 41 - 126035930 gacagaagttgcagtgagccaagactgtgccactgcactgc i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s mm10.chr2 96573038 39 - 182113224 GACAGAAGCTGGATTGGG-GGAGAGTGTGTGATT-CACATC i mm10.chr2 I 306 C 0 s canFam3.chr18 16732050 20 - 55844845 ---------------------AGTCTCCTCCCCTTCACTCC i canFam3.chr18 C 0 C 0 e rheMac3.chr14 118745047 285 - 135538710 I e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C a score=42568.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 177368 28 + 191409 agtctgggtgacagagtgacactctgtc s panTro4.chr11_GL391837_random 2831027 28 + 5442033 agtctgggtgacagagtgacactctgtc i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112031010 28 - 132107971 agtctgggtgacagagtgacactctgtc i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77238018 28 + 152096393 agtctgagcaacagagtgacactctgtc i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114047463 28 - 130733371 agcctgggtgacagagtgacagtctgtc i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107680665 28 - 123829720 agcctgggtgacagagtgacagtctgtc i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109725093 28 - 126035930 agcctgggtgacagagtgacagtctgtc i chlSab2.chr1 C 0 I 151 s mm10.chr2 96573077 27 - 182113224 TGCATTTCTATCCATTTCAGCTTCTGC- i mm10.chr2 C 0 C 0 e rheMac3.chr14 118745047 285 - 135538710 I e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16732070 0 - 55844845 C a score=6595.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 177396 11 + 191409 tcaaaaacaaa s panTro4.chr11_GL391837_random 2831055 11 + 5442033 tcaaaaacaaa i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112031038 8 - 132107971 tcaaaaac--- i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77238046 11 + 152096393 tcaaaaaaaaa i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114047491 9 - 130733371 --aaaaaagaa i macFas5.chr14 C 0 I 3 s papAnu2.chr14 107680693 9 - 123829720 --aaaaaagaa i papAnu2.chr14 C 0 I 3 e mm10.chr2 96573104 0 - 182113224 C e rheMac3.chr14 118745047 285 - 135538710 I e chlSab2.chr1 109725121 151 - 126035930 I e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16732070 0 - 55844845 C a score=3402.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 177407 8 + 191409 aaagaaa-a s panTro4.chr11_GL391837_random 2831066 8 + 5442033 aaagaaa-a i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112031046 6 - 132107971 --agaaa-a i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77238057 8 + 152096393 aaaaaaa-a i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114047503 7 - 130733371 aaaggaa-- i macFas5.chr14 I 3 I 82 s papAnu2.chr14 107680705 7 - 123829720 aaagaaa-- i papAnu2.chr14 I 3 I 168 s chlSab2.chr1 109725272 8 - 126035930 aaagaaag- i chlSab2.chr1 I 151 C 0 e mm10.chr2 96573104 0 - 182113224 C e rheMac3.chr14 118745047 285 - 135538710 I e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16732070 0 - 55844845 C a score=114373.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 177415 44 + 191409 ag-------------aaaaagaaaTATTACTTATTGGAAGCTCCACAACAGAGTTAA s panTro4.chr11_GL391837_random 2831074 44 + 5442033 ag-------------aaaaagaaaTATTACTTATTGGAAGCTCCACAACAGAGTTAA i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112031052 44 - 132107971 ag-------------aaaaagaaaTATTACTTATTGGAAGCTCCACAACAGAGTTAA i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77238065 57 + 152096393 agaaagaaagaaaAAAAAAAGAAATATTACTTATTGGAAGCTCCACAACAGAGTTAA i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118745332 44 - 135538710 ag-------------aaaAAGAAATATTACTTATTGGAAACTCCACAACAGAGTTAA i rheMac3.chr14 I 285 C 0 s macFas5.chr14 114047592 44 - 130733371 ag-------------aaaaagaaaTATTACTTATTGGAAACTCCACAACAGAGTTAA i macFas5.chr14 I 82 C 0 s papAnu2.chr14 107680880 44 - 123829720 ag-------------aaaaagaaatattacttaTTGGAAGCTCCACAACAGAGTTAA i papAnu2.chr14 I 168 C 0 s chlSab2.chr1 109725280 44 - 126035930 ag-------------aaaaagaaaTATTACTTATTGGAAGCTCCACAACAGAGTTAA i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s mm10.chr2 96573104 39 - 182113224 ------------------AGGAAATACTATTTCTTGGCATCTGAAGAAAAGGATTAT i mm10.chr2 C 0 C 0 e calJac3.chr11 112774609 0 + 130397257 C e canFam3.chr18 16732070 0 - 55844845 C a score=160753.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 177459 52 + 191409 GGAATGATGCCTGTGGTTGGAGTGAAAAGACCAGA---TGTCAAGCacctctcct s panTro4.chr11_GL391837_random 2831118 52 + 5442033 GGAATGATGCCTGTGGTTGGAGTGAAAAGACCAGA---TGTCAAGCacctctcct i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112031096 52 - 132107971 GGAATGATGCCTGTGGTTGGAGTGAAAAGACTAGA---TGTCAAGCACCTCTCCT i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77238122 52 + 152096393 GGAATGATGCCTGTGGTTGGAGTGAAAAGATTAGA---TGTCAAGCACCTCTCCT i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118745376 52 - 135538710 GGAAAGATGCTTGTGGTTGGAGTGATAAAAGTAGA---TGTCAAGCacctctctt i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114047636 52 - 130733371 GGAAAGATGCTTGTGGTTGGAGTGATAAAAGTAGA---TGTcaagcacctctctt i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107680924 52 - 123829720 GGAAAGATGCTTGTGGTTGGAGTGATAAAACTAGA---TGTCAAGCACCTCTCTT i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109725324 52 - 126035930 GGAAAGATGCTTGTGGTTGGAGTGATAAAACTAGA---TGTCAAGCacctctctt i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112774609 51 + 130397257 GGAATGATGCCTGTGGTTGAAATGAAAAGACT-GA---TGTCAAGCacctctcct i calJac3.chr11 C 0 C 0 s mm10.chr2 96573143 54 - 182113224 AGAATAATATCTGTGCTTCGGATGCAAAGGCTAGGAACTGTCCTG-ACCTTTCCT i mm10.chr2 C 0 C 0 e canFam3.chr18 16732070 0 - 55844845 C a score=713414.000000 s hg38.chr11_JH159137v1_alt 177511 217 + 191409 ctccattcctaccacccccattctttttcaggtcctcatcacctctcaccttaatccattgcacaaacc-tctgactgttctctctgcctccagttcttcccccattccagtttgccctccacagtcttgcccaattaat-cgcctttcaagtaacac-aat-taaaaaca-----------------------------------------------------------------------------------------CTCTCC-------ACAGTCT-------GGGGCTCTCTTGC-CGAATAAAACTGTAGAAATCACAA s panTro4.chr11_GL391837_random 2831170 217 + 5442033 ctccattcctaccacccccattctttttcaggtcctcatcacctctcaccttaatccattgcacaaacc-tctgactgttctctctgcctccagttcttcccccattccagtttgccctccacagtcttgcccaattaat-cgcctttcaaGTGACAC-AAT-TAAAAACA-----------------------------------------------------------------------------------------CTCTCC-------ACAGTCT-------GGGGCTCTCTTGC-CGAATAAAACTGTAGAAATCACAA i panTro4.chr11_GL391837_random C 0 C 0 s ponAbe2.chr11 112031148 216 - 132107971 CTCCATTCCTACCACCCCCATTCTTTTTCAGGT-CTCATCACCTCTCACCTTAACCCATTGCACAAACC-TCTGACTGTTCTCTTGGCCTCCAGTTCTTCCCCCATTCCAGTTTGCCCTGCACAGTCTTGCCCAGTTAAT-CACCTTTCAAGTAACAC-CAT-TAAAAACA-----------------------------------------------------------------------------------------CTCTCC-------ACAGTCT-------GGGGCTCTCTTGC-CAAATAAAACTGTAGAAATCACAA i ponAbe2.chr11 C 0 C 0 s nomLeu3.chr4 77238174 216 + 152096393 TTCCATTCCTACCACCCCCATTCTTTCTCAAGTCCTCATCACCTCTCACCTTAATCCACTGCACAAACT-TCTGACTGTTCTCTCTGCCTCCAGTTCTTCACCCATTCCAGTTTGCCCT-CACAGTCTTGCCCAATTAAT-CACCTTTCAAGTAACAC-CAT-TAAAAACA-----------------------------------------------------------------------------------------CACTCC-------ACAGTCT-------GGGGCTCCCTTGC-CAGATAAAACTGTAGAAATCACAA i nomLeu3.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr14 118745428 217 - 135538710 ctccatttgcaccacccccattctttttcaagtcctcatcacctctcaccttaatccattgcacaaacc-tctgactgttctctctgcctccagttcttcccccattccaatctgccctccacagTCTTGCCCAATTCATCCACCTTTCACGTAACACTCAT-TAAAAACA-------------------------------------------------------------------------------------------CTCC-------ACAGTCT-------GGGGCTCTCTTGC-CAAATAAAACTGTAGAAATCTCAA i rheMac3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr14 114047688 217 - 130733371 ctccatttgcaccacccccattctttttcaagtcctcatcacctctcaccttaatccattgcacaaacc-tctgactgttctctctgcctccagttcttcccccattccaatctgccctccacaGTCTTGCCCAATTCATCCACCTTTCACGTAACACTCAT-TAAAAACA-------------------------------------------------------------------------------------------CTCC-------ACAGTCT-------GGGGCTCTCTTGC-CAAATAAAACTGTAGAAATCTCAA i macFas5.chr14 C 0 C 0 s papAnu2.chr14 107680976 219 - 123829720 CTCCATTTGCACCACCCCCATTCTTTTTCAAGTCCTCATCACCTCTCACCTTAATCCATTGCACAAACC-TCTGactgttctctctgcctccagTTCTTCCCCCATTCCAATCTGCCCTCCACAGTCTTGCCCAATTCATCCACCTTTCACGTAACACTCAT-TAAAAACA-----------------------------------------------------------------------------------------CTCTCC-------ACAGTCT-------AGGGCTCTCTTGC-CAAATAAAACTGTAGAAATCTCAA i papAnu2.chr14 C 0 C 0 s chlSab2.chr1 109725376 307 - 126035930 ctccatttgcaccacccccattctttttcaagtcctcatcacctctcaccttaatccattgcacaaacc-tctgactgttctctctgcctccagttcttcccccattccagtctgccctccacagtcttgcccaattcat-caccttttaCGTAACACTCAT-TAAAAACACTCTCCACAGTCTGGGGCTCTCTTGCCAAATAAAACTGTAGAAATCACAAAATCTCACNNNNNNNNNNACGTAACACTCATTAAAAACACTCTCC-------ACAGTCT-------GGGGCTCTCTTGC-CAAATAAAACTGTAGAAATCACAA i chlSab2.chr1 C 0 C 0 s calJac3.chr11 112774660 213 + 130397257 ctccattcccaccacccccattctttttcaggtcctcatcacctctcaccttaatccagtgcacaaaccttctgattgttctctctgcctccagttcttccccaattccagtctgacctcaacaGTCTTGCCCAATTCAT-CAACTTTCAAGTAACACTCGT-TAAAAACA-------------------------------------------------------------------------------------------CTCC-------ACAGTCT-------TGGGCTCTCTTG-----ACAAAATTGTAGAAATCACAA i calJac3.chr11 C 0 C 0 s mm10.chr2 96573197 190 - 182113224 CTCCATTCTCACCACCTCCTACATTCTTCAACTCAT-ATTGCCTCTCACCTTTAACCATTGCTCAAGCCTTCTGATTGTTCTCTGATCCT----------------------------TCTAGAGTCTGGTGCAATGTGT-CAGCTTTTATTTCTTAT------AGAAATA-----------------------------------------------------------------------------------------TTCTCTTTC--AAACATCCT-------AAGGCTCTCCTAT-CAAATAAAATTATAGCAATAGAAA i mm10.chr2 C 0 I 2 s canFam3.chr18 16732070 221 - 55844845 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i rheMac3.chr14 C 0 I 171 s macFas5.chr14 114054253 4187 - 130733371 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i macFas5.chr14 C 0 I 1 s papAnu2.chr14 107687003 4182 - 123829720 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