##maf version=1 scoring=roast.v3.3 a score=573.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 0 2 + 103832 TG s panTro4.chr13 70171309 2 + 115123233 tg i panTro4.chr13 N 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71551812 2 + 117095149 tg i ponAbe2.chr13 N 0 C 0 a score=3040561.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 2 1336 + 103832 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papAnu2.chr17 47945742 278 + 90913898 GATATAATACAAAATTTCTCAACATTCAAATAAAGAGGAAAGTGTGACGTCCTCAAGTTGAATGACAACCAATGGAGGCTAAACTTATGATATCTCAGATGTTGGAATTGGTAGATTAGTGG-TATTATCACTATactcaaggaaaaaatattaattgcaaatgagaagtt-aaaaaatactaatagaaaaatagaaactctaaaatagttgaaatgttacaactgaaaactCCAATTTCTGATATAAAAACATTTGCTACATAGGCTAAAAGCAGAATG i papAnu2.chr17 C 0 C 0 s chlSab2.chr3 49483462 278 + 92142175 gatataatacaaaatttttcaacattcaaataaagaggaaagtgtgacgtcctcaagttaaatgacaaccaatggaggctaaacttatgatatctcagatgttggaattggtagattagtgg-tattaccactatactcaaggaaaaaatattaattgcaaatgagaagtt-aaaaaatactaatagaaaaatagaaactctaaaatagttgaaatgttacaactgaaaactccaatttctgatataaaaacatttgctacataggctaaaagcagaatg i chlSab2.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr22 24760648 1341 + 61439934 I e macFas5.chr17 52629117 0 + 96864807 C a score=1270466.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 7928 604 + 103832 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gagatgacactgaagaaaataaccagcaaatatgtagatttgttaataaaaatGTGGAAAATTCAAACAGAACCTCAGTAATTTATGGAA--------------------------ACACACACACACACAC--GGAAAGCTACATAGAACCTACATGGAGCAATTGCT----------------------GAGTGAAACATCGGGGTAATTTTCTTTTAATATGGTT-AGATATTTGGAATATGTTGAAGACATAAACTTACAGATATTTCAAGGGAAGTGAACTCTTTTTTA--AAAAAtttatcgtaagttcaatgatacatgtgggagtaaatgtgcaggtttgttacatagataaacttgtgttatgtgtttttttggtacagatgatttcatgacccaaatattaagcctagtacccattagttatgttgc----------------------------------------ccaataggcccca-gtgtgtattgttcctctctatgtgtccatgtgttctcatcgtttagcttccatatgcaaatgagaacatgcagtagttggttttctgttcctgtgttggtttgctaagtgtaacggcctccagcttcatccatgtttctacaaagcacataatct i rheMac3.chr17 C 0 I 40 s macFas5.chr17 52629117 583 + 96864807 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GAGATGACACTGAAGAAAATAACCAGCAAATATGTAGatttgttaataaaaatgtagaaaattcaaACAGAACCTCAGTAATttatggaa--------------------------acacacacacacacac--ggaaagcTACATGGAACCTACATGGAGCAATTGCT----------------------GAGTGAAACATTGGggcaattttcttttaatatggtTGAGATATTTGGAATATGTTGAAGACATAAACTTACAGATATTTCAAGGGAAGtgaactctttttta--aaaattttatcgtAAGTTCAatgatac------------atgtgcaggtttgttatataagtaaacttgTATCTCAggagtttgttatacagattattttgtcacttagatattaagcctagtacccattagttatgtttcttgattctctccct--------cctcccaccctccaccctccaataggcccca-gtgtgtattgttgctctctatgtgtccatgtgttctcatcgtttagcTTCCATATgcaaatgagaacatgcggtagttggttttctgttcctgtgttggtttgctaagTATAACGGCCTCgagcttcatccatgtttctaCAAAGCACATAATCt i papAnu2.chr17 C 0 I 1 s chlSab2.chr3 49483740 575 + 92142175 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ponAbe2.chr13 71560703 893 + 117095149 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rheMac3.chr17 50659856 941 + 94676912 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macFas5.chr17 52629742 897 + 96864807 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papAnu2.chr17 47946635 902 + 90913898 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chlSab2.chr3 49484357 890 + 92142175 cacattttctttattcagtctaccactgatgagcatttaggttgatggcacgt-tttgctattgtgaatagtgctacaatgaacatacacatgcatgtgtctttataccaggacaatttatattcctttgggtatata-accagtaataggattgctgggttgaatgttattactgtttttaggtctttgaagaatcacac-tgtcttccacaatgagtgaactaatttacgctcccaccaacagagtatgagcatttttttc-ccacaacctcgccaaca--tgttatttt-ttgacattattaggatac-----ataataggtatctcattgttgattcaatttgcatttctctaatgatcaatgatattgagc-tttttttcatgtaattgttggctgca---------tgtatactttcttttgaaaaatgtctactcatgtcctttgcccac-tttttttaatg-----gttttttcatgtaattttttttaagtttcttataaatactggatattagacccttgtcagatacataggttgcaaaaattttctcccattct----------gtaggttgtctgttcactctgttgatagtttcccttgctgtacagaaacagtttaattagatcccatttgtcaatttttgcttttgttacaattgctttcggtgtcttcttgatgaaatctttgcctgttcctatgtccagaatgg-----------------------------------tattgcctaggttgtctttcagggttttatagttatgggttttgtatttaagtctttaatccatcttgagttgatttttgtatacggtgtaaggaaagggttcagttttaatctacatacggctagtcgtttatcgcatcaacatttgttgaataggtgatcctttccatattgcttggttttgtcaggtttgtcaaagattaggt i chlSab2.chr3 C 0 C 0 e canFam3.chr22 24760648 1341 + 61439934 I a score=337777.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 9465 189 + 103832 ggttttaggtgtgtggccttacttctgagttctctattctgttccacaggtctatgtgtctctttttataccagtaacctgctgttttgattaatatgccctgtagaataatatgaagtttggtagcatgatgcctccagctttgttctttctgcttaggattgtctttgctgtttgggctgttttttg s panTro4.chr13 70180776 189 + 115123233 ggttttaggtgtgtggccttacttctgagttctctattctgttccacaggtctatgtgtctctttttataccagtaacctgctgttttgattaatatgccctgtagaatagtttgaagtttggtagcatgatgcctccagctttgttctttctgcttaggattgtctttgctgtttgggctgttttttg i panTro4.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97713640 189 + 143122389 ggttttaggtgtgtggccttatctctgagttctctattctgttccacaggtctatgtgtctctttttataccagtaacctggtgttttgattaatatgctctgtaggatagtttgaagtttgatagcatgatgcctccagctttgctctttctgcttaggattgtctttgctgtttgggctgttttttg i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr17 50660797 186 + 94676912 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aaatacaaagaaaaccacacttaagcacactatagtcaatctactgtaaacaaagattaagagaatatatagaaactagccaaagaaaggctaatggcatgcaaaagaac-aatgctataaatactcaaa i macFas5.chr17 C 0 C 0 s papAnu2.chr17 47947723 129 + 90913898 aaatacaaagaaaaccacacttAAGCACACTATAGTCAATCTACTGTAAACAAAGATTAAGAGACTATATAGAAACTAGCCAAAGAAAGGCTAATGGCATGCAAAAGAAC-AATGCTATAAATACTCAAA i papAnu2.chr17 C 0 C 0 s chlSab2.chr3 49485433 129 + 92142175 aaatacaaagaaaaccacatttaagcacactatagtcaatctactgtaaacaaagattaagagaatatatagaaactagccaaagaaaggctaatggtatgcaaaagaac-aatgctataaatactcaaa i chlSab2.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr22 24761989 123 + 61439934 aagtacaaagaaaaccgcacttaggcacatcatgatcaa-------agaccaaagatgaagaaactttattgaaatgagtcagagagaagcccattgcatgcaagagaacaaataataaaaatatttgca i canFam3.chr22 I 1341 I 2 e ponAbe2.chr13 71561596 10 + 117095149 I a score=16304.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 9761 5 + 103832 ctgct s panTro4.chr13 70181072 5 + 115123233 ctgct i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71561606 5 + 117095149 ctgct i ponAbe2.chr13 I 10 C 0 s nomLeu3.chr5 97713936 5 + 143122389 ctgct i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr17 50661112 5 + 94676912 ctgct i rheMac3.chr17 C 0 C 0 s macFas5.chr17 52630954 5 + 96864807 ctgct i macFas5.chr17 C 0 C 0 s papAnu2.chr17 47947852 5 + 90913898 CTGCT i papAnu2.chr17 C 0 C 0 s chlSab2.chr3 49485562 5 + 92142175 ctgct i chlSab2.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr22 24762114 5 + 61439934 ctgtt i canFam3.chr22 I 2 C 0 a score=2137242.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 9766 754 + 103832 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Tgcgcagtagctcacgcctgtaatcccagaactttgggagactgtggcaggcagatcacctgaggtccagagttcaaagaccagcctggtcaacatggtgaaaccccatctgt-actaaaaacacaaaaattagcgtggcgtggtggcaggtgcctataatcccagctactcaggaggttgaggcaggagaatcacttgaacttgggaggttgaggctgcagtgagccaagactgcaccattgtactctagcttgggcgacaagagcagg--tccacatcaaaaTaataataataca i chlSab2.chr3 C 0 C 0 s calJac3.chr1 165930880 273 - 210400635 CCCATggtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccatagtaggcagatcacctgaggtccagagttc-aagaccagcctagccaatgtggagaaaccccatccccaactaaaaatacaaaaattagcaggacacggtggcagatgcctctaatcccaactactcaggaggctgaggcaggagaattacttgaacctgggaggctgagattgcagtgagccaaaa---------tgcaatccagcatgagcaac-agagcaagactccatctcaaaa------------- i calJac3.chr1 C 0 C 0 e canFam3.chr22 24762946 70 + 61439934 I a score=1431620.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 10810 464 + 103832 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TCACTCGTATGGTTTAAGGAGCTATTGTGCCAAAtcagaaattgagattttcagttgtaaaatttccattatttttgagtttttat-tttcatttggtatttcttgtctttctgtagacgattagtatttttttccttgagtatagtgataatagctagtaatctgttaattccaacatctgggttatcacaaattcagtctccattggttgtcttttctcttgagaatATTCTCCTCTATGTGTGGATGT----TAATTATGCAATCAACAGTGAAGTGAttactgtcctctcccatgtgctccaacggaaactatatagaatctaagaaggttaaaggaaaatcaaaatcccgattaagaaatgaaaggcagcagtagtaataagagatacattactccatgcatcaatccccatatggccagtgaaaaagctgacaagagccagagacttatactcaaatatcatcaactaaattcagttttggctcatgtagtctcagctgttccagacaatctg---acaactttatccggtgcagagatccatggcatataacatgctgtcctggacatttccagcaa-ttcttaaaaattttcactggcacttgagaaccaagactaattcacattcattttacaaggcctttgatgtatatctgcagggcacccctaaggatacttaaa--tctctccctttgctactattggaggttcaagacatggcacaaaaatctgtactctctgagccccatagcttttaccatataagggaggcccagttggttgacaagtcagaagcctcactctcagctctgattgcggtataatcacatttccaccaaaaggagttctt--gataaactctgacaaaattcagggtcctgttcaccaaatacatg------ttttttggggggaaatatgtcgtaattcttctgttgtcacattgaccttccactgctaaaaacaaaaggt----ttagcatcatatagaattgtttgtgcattagaaatggtatgcgcttagtttgggcattttaattggtcctttatatcagctaccaggaaatcagcctttTTCTggaat-gtttaaacactattggtgggaatgtaaattagttcaaacactgtggaaagcagtttgaagatttatcaaagaacttaaaggataactaccattagacccagcaatcccattactgagcttatatccaaaagaatataaatcattctaccaaaaacacacatacacttatatgttcattgcagcactatttagaatagcaaagaaatgtaatcaacctaggcacccatcaatggtggattggataaagaaaatgtggtacatatacgccatggaatactacacagccatatgaaagaacaaaatcttgtcctttgcagcaacaaggttgcagctgcaggccactatcttaa-----------gtggaacagaaaaccaaataccacatattctcacttgtaagtgggagctaaaccttgggtatatatgggcataaagatgacagcaatagacactgggcactactagagagtgggtgggggg-acaagggtttaaaagctattggataccgtgctcattagcagcatgataggatcagtcataccccaaagctcagcatcatgcaatatactcatgtaataagcttgcatatgtaccccctaaatctaaaataaaagttgaaattacaaaaaa-TAAAATACATAAAGCaattattttaaaaaatgtataaaaataaGGTTTCTGTGACATTTGAAATAGTGGCAAATAAATACATTTAGAATTA--TGTTTTTTGAAAAAGAAATCAGCCTTTTCCTTTTGTGCCTGggctgtgttggaagcttacctgcagattatagctcactgtaactttggagccccacagcctgaggggttgagcccctttttatctacactgattgctgtttggagcctccagaaaaagtgaacaacctactccacaggtatcctttgggtttttggacacaatgctttcctgacacagctaccagaaaaacccctgtgtaaagcagttatt---------------------------------------------------------------------------------gtcttgctactgttctctcattaaaactgaacatttgacctataaagaccttgtgactttctggctgatattcttattttgagatgggtcaactccgactaaagactaataaggtgggaaaagcccaacaaatttcacttgtcatccagcaatcccatgttgggtatatatccaaaagaaaaaatagattagtatattgatgaga-cacctcctcgcttatgtttatcacaatactatttacaatagctaaggtataacatcaaccaaagtatccatcaatggatgaatggataaagaa--a 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i chlSab2.chr3 I 22 I 228 s calJac3.chr1 165942648 2237 - 210400635 CCACTTGTATGGTGTAAGAATCTAACGTGCAAAATCAGAAATTGAAGTTTTTAGTTGTGAAATTTCTAttctttttgagtttctctctttcagttggtgtttcttatatttccattgatgattggtatttttttccttgaatatgctgataatagctactaatctgctaattccaacatctgggttgtcacaaattcagtctccattggt--tctttcctcttgagaatATT-TTCTCTTTGGGTGATAAT------ATTATGCAATAAACAGAGAAGTGAttactctcctctcccatgtggtccaacagaaacaatatagaatctaagaaggttaaaggaaaattgaaatcccaattaagaaatgaaaggcagcagtagtagtaagagatacactactccattcaacagcccccatatggccagtgaaaaagctgacaagagccagagacttacactcaaatatcatcaactaaattcagttttggctcatgtaatttcagctgttccagacaacgtgacaacaactttatccggtgcagagattcatggcatataacatgctgtcctggacatttccagcacttttttaaaaaatttcactggcacttgagaaccaagactaattcacattcattttataaggccttcgatatat----------------------------------------------------------------------------atctgtactctctgagctccaaagcttttaccatgtagtggaggtccagttggttgacaggtgagacgcctcactcatagctctgactgcagtataatcatatctccatcaaaagcagtgctt--gataaactctgacaaaattcagagccctgttcatgaaa-----a------ttttcgagg-ggaaatatgtcgtaattcttctgttgtgacattgaccttccactgctaaaaacaaaaggt----ttagcatcatatagaa----ttgtgtattagaaatggtatgcacttaatttgggcattttaattagtcctttatatcatataccttgatatcagcctttTTCTGGAATCATTAAAacactcttggtgggaatgtaaattagttaaaacatggtggaaagcaatttgaagatttttcaaagaatttaaaagagaaccaccattagacccagcaatcccatgactgggattatatccaaaataatataaattattctaccaaaaaaacatata--ctcatatgttcattgaagc---atttacaatagcaaggacatggaatcaacctaggtacccatcaatggtgaattggataaagaaaatatggtacataaataccgtggaatactacacagccatatgaaataacaaaatcttgtcttttgcggcaacaaggatgtagctgcaagccagaatcctaagtgaattaatggtggaacaaaaaa-caagtatcacatattctcacttaaaagtgggagctaaacattgagcatacataggcataaagatgacaacaatagataccaagc-ctaccagagggtggagaggggt---aagggttaaaagactattgggtattgtgctcattaccagcataa----gtcagtcatgttccaaagctcagaatcaggctatattctcatgtaataagcctgcatatgtaccccctgaatctaaaataaaagttgaCATTACATAAAA-TAAAATACATAAAGCAGTATCTT---AAAAAGTGTAAAAATAAAGTTTGTGTGACATTTGAAATTGTAGCAAATAAATACATTTAGAAGTATGTGTTCTTTGAAAAGTAAATTGGCTTTTTTTGTGTGTGCCCaggctgtggtgtaagcctaactgcaaactatggctcactgtaactttggacccccacagcctgaggggttgagcccttttttatctataccaattgctgtttggagtctccagaaaaagtgaacaacctactccagaggcatcctttgagtttttggacacgctggtttcctgacacagccaccagacaaacccctatgtaaagcagttatt---------------------------------------------------------------------------------ggcctgctaccattatctcattaaaactgatcatttgacctataaagaccttgtgactttctggctgatattcctattttgagatgggtcaactctgactaaaggttagcaaggtgggaaaagcccaacaaatttcacttgtcatccagcaatcccatgttgggcatatatccaaaagaaaaaataaattagcatagtgaagacattatctgctctcccatggttatcacagcacaatttacaatagctaaggtataaaatcaatcgaagtatccatcaatggataaagaaa---------- 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s panTro4.chr13 70197603 1622 + 115123233 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i ponAbe2.chr13 C 0 I 1886 s nomLeu3.chr5 97729274 1622 + 143122389 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i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr17 50676289 1661 + 94676912 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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97734237 1059 + 143122389 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attattattatgaatgtgatttggtaccatatttttttattcatgctaacgtaacattgttttatccattgcttttgttctgtgagtaaaaatattagtgttaatacaatgatacaagaaaataacttcttggt-atctttt-tttttttttcccccagtaagactggcagacacctgaaaaattctcagccatctctagaggatggtggaccatactttgaaaaTGAATGGCCAAAGATGTATATTTATCAAATCCAAGGCTAAAATTCATGGTTTCTAATAAATAGCCTAGATCTTGCTTCCACCCTG------------TATACTTTGATTTCTATTATTACTTAACCTTTTTCAGACACCCTTCTTCCTTATCTAATCATTTACTAATGACTTCTGCCAGG--ATATGGA-------------A--------------------TATGGTATTTTTGTGAACACGCTTCCTTGGATTGCACatattttctattaatattattttatttaatatttaataatattaatattattttctattaatattCATCTTCCTTTACCTTTTACAGTAGATTAAATACTTCTTATCGCTCTCAACTTTTCTGAAGCTGAGGACCAGGAAACTATTAGTATCTCCA-TTTCTAGTCATTTCTCGGTATTCAGATTTTGACAGAATGTATCTGTATG----------------------------------------ATATAAATTACCACATTTACCTTGGCAGATAGTAAA-AGAAAGAAGCAGCAAATCAACTGTAAGTTTTATGACATCAAAATATAAACTGCTATGGAAGTACACATGAGCAGCTTTTCACTCAGGACAGTAACAGAGGTCATGAGTGACACCTAAGGGCTGAGAGAATGCTCCATTATGTGGAGGTTTCCTGTCTGCTGGAAGGGATTTTAGCATTAACAAGTGTGCAGGAATCTGCTCATATTGCAAGAGAAGAA-------TTTTTTT-----CTCACCAGTGTCTACG-TTTTTTGAGACAATGTTTATTGTGTCAGCTATGTTAGTAAGCTACCCAAAAGCCAATTGCTCTCTCTTCAAGGCTAATAC 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i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71597552 1073 + 117095149 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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97747639 1053 + 143122389 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i rheMac3.chr17 C 0 C 0 s macFas5.chr17 52679092 1056 + 96864807 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i macFas5.chr17 C 0 C 0 s papAnu2.chr17 47981727 1051 + 90913898 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i papAnu2.chr17 C 0 C 0 s chlSab2.chr3 49519239 1054 + 92142175 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acacacacacacacacacaca------------------cccctaaaacatgtggcatttttggaagaagatgacaggcaTCCCATTTTCCAGAATGCTGTGACAATTACCTACCCCACTGCTTTTTCAGCCCTGAAAACCATTGGCTTGCTATTTTCTCCGCCTTTGCTGGTGGTTCCTTCTATGCTTTCCCCATCTCTGCCTGTccatgttacacagttaaaatagaaatggccaaactgtcatgtgtggtaacttggaaaaaagtaaacgtattcaat-gaggtttagatctgactaaggagatcacaggaccaaatactgcaagtggcagtttggctttattaactgtgaatgataaatagctgcaagagatagagagatgagataaagaagcaatcctccatttgcgtgccaaatttagagacaatatagaagagataggagttgctagtttggaaaaat--aactgtctatcattact----ctctctgctaataatatatccttaaagcaatatgaggcctggagccaaagctcaaattaaggatgtggctgccagaacctcaggaacgcggaaagatttaaggcagtgcctagta-gatgatgcattaggtctataacaaccaccacaaacactaaagaag-----ctcaaagaatcttatgggaattgttcttaagctgtttgacaagccactcagaagtgaaatcagtctgtctaggaaacagttgtggatgtggattttgtcacatgaggtgataaaatttct------------------gatacatagaaatcccacaaagattatatgaaagttgtatcagccaaaagccatcagcct-gggctaaatggaattgtgattattcatattgccaaaaggtttctgagcttctaaattttttgcaggctaagaaaaaaaa-ctgctgcaaatatgcacaatttcttatggaaaataaaaatatgtttccgagggcagaaacaagatctgagagaatgcaggctatattaagagagaataatgtaatagaaatgaactctcag---gaagaaccaggccctaatgacaacacatttcctttttcagagaactgaaaatagttgtactgcagcaggatcagggactgctatgtgcttactgttcttttatttttgaagtgggTAGGATTAATATGCATATAGTCTATGGTAGCTCTA-TAGTGATAGCTAGAAATGCCTGGAACTCAAG 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acacacacacacacacacata------------------cccctaaaacatgtggcatttttgggagaagatgacaggcaTCTCATTTTCCAGAATGCTATCATGATTACCCACCTCACTGCTTTTTCAGCCCTGAAAACCATTGGCTTGCTATTTTCTCAGCCTTTGCCGGTGATTCCTTCTGTGCTTTTCCTATCTCTGCCTGTccatgttacacagttaaaatagaaatgaccaaactgtcatgtgtggtaacttggaaacaagtaaatgtattcaat-gatgtttagat----ctaaggagatcgcaggaccaaatactgcaagtggcagtttggctttattaactgtgaatgataaatagctgcgagagagggagagatgagataaagaagcaatactctatttgcattccaagtttagagacaatatagaagagataggacttgctagtctggaaaaataaaactgtctatcatcactactcttctctgctaataatatatccttaaagcaatatgagggctggagccaaagctcaagttaaggatgtggctgccagaacctcaagaccgctgaaagatttaaagcagtgcctagca-gatgatgcattaagtctgtaacaaccactacaaacactaaagaag-----ctcaaagaatcttatgggaattgttcttaagctgtttgacaagccactatgaagtgaaatcagtctgtctaggaaacagttgtggatgtggattttgtcacatgaggtgataaaatttct------------------gatacatagaaatcccacaaagattgtatgaaagttgtatcagccaaaagccatcagcct-gggctaaatggaattgtgattattcatattgccaaaaggtttctgaacttctaaa-tttttgcaggctaagaaaaaaac--tgctgcaaatatgcacaatttcttatggaaaat-aaaatatgtttctgagggcagaaacaagatctgagagaatgcaggctatattaaaagagaataatgtaatagaaatgaactctcaggaagaaggaccaggccctaatgaaaacacatttcctctttcagagaactgaaaatagttgtactgcagcaggatcagggactgctatgtgcttactgttctttcatttttgaagtgggtaggattaatatgcatatggtctgtggtagctcta-tagtaatggctagaaatgcctggaactcaag i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr17 50713137 1175 + 94676912 ------acacatacacacacac-----------------ccccttaaacatgtggcatttttgggagaagacgacaggcaTCCCATTTTCCAGACTGCTATCACAATTACCTACCTCACTGCTTTTTCAGCCCTGAAAACCATTGGCTTGCTATTGTCTCCACCTTTGCTGGTAGTTCCTTCTATGCTTTTCCCATCTGTGCCTGTccatgttacacagttacaatagaaatgaccaaactgtcatgtgtggtatcttggaaaaaactaaatgtgttcaat-tatgtttagatctgactaaggagatcacaggaccaaatactgcaagtggcagtttggctttattagctgtgaatgataaatag--gcgagag--caagagc----ataaagaagcaatcctccatttgcaagccaaatttagagacaacatagaagagatgggacttgccagtttggtaaaataaaactgtctatcatcaatactcttcccagctaataatatattcttaaagtaatatgagacctggagcccaagctcaaattaagaatgtggctgccagatcctcaagaacactgaaagatttaagccagtgcctagta-gatgatgcattagatctataaccaccgccacaaacactagataagggaa-ctcaaataatcttatgggaattgtgcttcaactgtttgaaaagccactctgaagtgaaatcagtctgtctaggaaacagttatggatgtggcttttgtcacatgaggtgataaaatttct------------------gatacatagaaatcccacaaagattgtatgaaagctgtatcagccaaaagccatcagcctcaggctaaatggaattgtgattattcacattgccaaaaggtttctgagcttctaat-tttatgcagactaagaaaaaaac--tgctgcaaatatgcaccatttcttatggaaaat-aaaatatgttttcaagggcagaaacaagagccgagagaatgcaggctctattaagagaggataatgtaatagaaatgaactctcaggaagaagaaccagaccctaatgaaaacacatttcctTTTTCAGAGAACTGAAAATAGTTGTACTGCAGCAGGATCAGGGACTGCTAT--GCTTACTG-----TTATTTTTGAAGTgggtaggattaatatgcatctggtctatggtagctcta-tagtgatagctagaaatgcctggaactcaag 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acacatacacagacacacacacgcacacatgcatgcatgcacacacaACCTAAAACATCTTTTGGAGAAGATGACAGGCATCCCATTTTCCAGACTGCTATCACAATTACTTACCTCACTGCTTTTGAAACCCTGAAAACCATTGGCTTGCTGTTTTCTTAGTCTTTGCTGGTAGTTCCCTCTATGCTTTTCCTGTCTCTGCCTGTccatgttacacagtta-aacacaaatggccaagctgtcatgtgtggtaactttgaaaagagtaaatatattcaatggatctttgtatctgactaagaagatcacaggaccaaatactgcaagtggcagtttggttttattaactgtgaatgataaatagctgtgggag------agatgagataaagaaggaatcctcca-ttgcaagccaaatttaaagacaatatagaagagatagcacttgctagcttggaaaaataaaactgtctatcctcactactcttctcagctaataatatattcttaaagcaatatgaggcctggagccaaagctcaaattaagagtatgtctgccagacccccaacaatgctgaaagatttcaggcagtgccgagtacaatgaggccggaggtcttcaacaacaacctcaaacactagataaaagaagctcaaacaatattatggaaattgttttttgcccgtttgacaagccactcagaagtgaaatcagtctgtctaggaaacagatgtggatgtgg-tgttgccatgtgagattacaaaatttctaggtgtcagaaatttttaggtat-cagaaatcccacaaagactgtttgaaagctgtatcagccaaaagccatcagcct-cggctaagtggaattgtgagtattcgtattgctaaaaggtttctgggcttctaat-tttatgcaggctaagaaaaaaaa-ctgctgcaaatacacaccatttcttatggaaaat-aaaatatgtttcagaggactgaaacaagatctgagataatccaggatgtgttaagacagaataatgtaatagaaaggaactctcaggatgaagaaccaggccttaatgaaaacacatttcctttttcagagaactgaaaatat-----ctgcagcaggatcagtgactgctacatgc-tactgttcttttatttttgaGGTAGATAGGATTAATGTGCATATGGTCTATGGTAGCTCTA-TAGTGTTATCTAGAAATGCCTCAAACTCTAG 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canFam3.chr22 24790687 733 + 61439934 I a score=720717.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 56021 272 + 103832 TTTGAAAGTTTAAAGTTATGCTATTCGGATATTAACAGGTACTTTTCCATTTGAAAATGCTGATTTTCTTTACTTGAGATTCAGTTAAGACTCA-AAGGAGAGAATACGGTATGGATATCTAAATATAGTTGAAGATATATTTCCTT-TTTTATT-----CTTTAAGTTGAAAATTTTGTGCAATTGACTTCCCTTATAAAGAATAACCATGTACGCCCTATAGAATAATATGACTCACAAACCTGACTTTAATACACATGGCTAGGCTTTTCACTATG s panTro4.chr13 70230158 272 + 115123233 TTTGAAAGTTTAAAGTTATGCTATTCAGATATTAACAGGTACTTTTCCATTTGAAAATGCTGATTTTCTTTACTTGAGATTCAGTTAAGACTCA-AAGGAGAGAATACGGTATGGATATCTAAATATAGTTGAAGATATATTTCCTT-TTTTATT-----CTTTAAGTTGAAAATTTTGTGCAATTGACTTCCCTTATAAAGAATAACCATGTACGCCCTATAGAATAATATGACTCACAAACCTGACTTTAATACACATGGCTAGGCTTTTCACTATG i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71611595 272 + 117095149 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103 - 210400635 tgtaaaatttatatttatatattg-atttaataGTAATCTTGTATAGTTATCTGTATGGTTTGGAACTTAAATATTTGTGGCCTTAATTTCCACTGATGATAAT i calJac3.chr1 C 0 I 1 e canFam3.chr22 24803558 233 + 61439934 I a score=-10274.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 65658 21 + 103832 TTATTTAT---------TTattttttttta s panTro4.chr13 70239781 22 + 115123233 ttattttta--------ttttattttttta i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71623149 19 + 117095149 --Attttt---------tttttttttttta i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97770568 8 + 143122389 --AAGTAT--------------------TA i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr17 52701660 11 + 96864807 -----------------TTGTGGTtttt-- i macFas5.chr17 I 2 C 0 s papAnu2.chr17 48006494 14 + 90913898 --------------tttttgttgttttt-- i papAnu2.chr17 I 2 C 0 s chlSab2.chr3 49542049 25 + 92142175 ---ttttttattgttttttgttgttttt-- i chlSab2.chr3 C 0 C 0 s calJac3.chr1 165972654 21 - 210400635 CTGttttt---------ctgtatatgttta i calJac3.chr1 I 1 C 0 e canFam3.chr22 24803558 233 + 61439934 I e rheMac3.chr17 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50729511 919 + 94676912 agattcagggggtacacgtgcagggagtatattatgtaatgctgtggtttaggcttctagttaacccatcatgc----aaatattgaacatagcacccactacatag-ttttttaacccccataccccttccaacc-----------ttttcctttttggagttccctgggtcttttgcttccatctttctgctcatgtgtacccattgattagctaccacttataagttagaac--gtggtatttgatt----tttttgagttatttcacttaggataatgtcctccacctgcatccatgtgggtgtgaagaacaggatttcatttttcatggatgtgtagtattcctagatgcattatgtcccaaattgtctttatctaatccactagtgatggacacttaggttgactccatgactt-ggtattgtgaatagtgccacaataaacttaccagtgcaagtatctttttaataaaagaatttgttttcctttggatagat----agtagtggga-tgtttagttctttgagaaatctAAGTATTAAACACTTCGGAAATGAAAGTTTGACCTAAAtttttattttca-tttctattt----tttgagacaggatctttctgccatccagactggagtgcagtag--tg---accacttaccacattctagacctcccgggctcaagcaatcctcctacatcagccttctgagtagctgagattacaggcttgcgtcaccacgccagctaatttttaattttt-tgtagagatggggcctccttatgttgcccaggcttgtctggagctcctgggctcaatcggttctctcatgttgaccttccaaagtgctggaattacaggcatgagccactatgccaagccTCTGACCTCATTTTTTAAAGCACAGGAATATAATGCTATTTGCATCATTTTCATTCAGTAAGAACAAATATTGT i rheMac3.chr17 I 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acTTTTATGAAGCTTATATTTTAACCTagtgcttttcaaactgccatgtatataagaatttactggggattttgctaaaatgtagattctttgaagttgggttctgagatttacaagcttctaggtgattctaatgctactggtcctagagtcatatagtgggtagcaaagTTCTAGTTCATGTGGAGTGGTGCAGTGGTACAATGTATTACAACAGAGAGTCCTTACCAAAAGCTAAAGAACCAAGACTAGCAAAGCCAAAAGTTTTCAGTAATGCTAAAACCCCAATGTCATGACTAGAGTCTGAATGTGTGTGTTTATTTGTGTGTGATCAGAGTCCAGGAAGGTAGTTGAGTGACAGTG i chlSab2.chr3 C 0 C 0 s calJac3.chr1 165978705 330 - 210400635 -------------------------CTGgtgcttttcaaactgtcatgtatataagaatttactggggattttgctgaactgcagattc--tgaATTTGGGTTCTGAGACTTATAAGCTTCT-----ATTCTAATGCTACTGGTCCTAGAGT-ACATAGTAGGTAGTAAAGTTCTAGTCCATGTGGACTGGTACAGTGGTACAATGTTTTAAAACAGAGCACTCTTACAAAAAGCTGAAGAACCAAGACAAGCAAAGCTGAAAGTTTTCAGTGATGCTAAAACCCCAGTGTCGTGAATTGAGTCTGAATGTGTGTGTTTATTTGTGTGTGATCAGAGTCCAGGAAAGTAGCTGACTGATAGTG i calJac3.chr1 C 0 I 18 e canFam3.chr22 24803558 233 + 61439934 I a score=482819.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 71668 220 + 103832 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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97776765 1388 + 143122389 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i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr17 50735945 1274 + 94676912 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i rheMac3.chr17 C 0 M 352 s macFas5.chr17 52708126 1283 + 96864807 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i macFas5.chr17 C 0 C 0 s papAnu2.chr17 48012994 1286 + 90913898 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i papAnu2.chr17 C 0 C 0 s chlSab2.chr3 49548506 1282 + 92142175 ATATACATATGCATTGGGTTGTAGTGGCAGGCATTGTATTCCTGTATTCTC--AAACATGCAACTCCTAAGTATATGAATACTCTCCCATTTGAACAGAC--TTATTGTAATATATAAGAAAATTAAATACA----------------TTTATATTGTATATTGgttccatgtgcactgagcatatgtgttccactgttactggctagagggtactataaatgtc-aattaggtcaagttggttaatagtgtt-gttcaggtcttctatatacttactggtttctgtctaatttttctagtatttactaaatgtaaagggatgaaagctatgaatgtaattgtcaatttttc--tctcttctttcagttctattggattttgctttgtgttttgaagcttttcctaggtatgtatacgttttagatttttgtgccttcttaaatagcaaacacaattatcagatatccatttttatctcccacaatatttattttactaaaatatattttgcatgatattaacaaggccactc-aaacactaatatgatt-agtgatttgtggtacatgtttttgttcttttatttctattttacttttgcc------tttaaaGTTTAATA-tttttttaagacagagtttcactctcttgtccacactgcagtgcagtggcacaatcttggctcactg-aaccttgacctccc-agcttaagctacactctcaccttagcctccccagtagctgggattacaggtgtacgtcaccaA----------------AGTGA---------------------------------------------------------------------------Tggcctcccaaagtgct---attacaggtgtgagccgctatgtctggTTGtaaagtgttatttttaacaggatatagtgtgtgatgctttacttttaaatccagtctgacaatctcctcttgttaattagaattggaaagtttatgtgcagtgtatagacaattttatttcaatgttataatctctgttaggtataaatatactatctttctcttaataaccaaattttcgcatgtgttgtttgtttcttctttcttttctttggaataacagattttattgta-ttctattttatccaaagttgatctattgaaaacacgtattttattttttagttgacccttaaggtataacatgtacatatttatcccatcaaatttaccttcacatagtattttatttcata--taatgtgaaaactccacaattctatttcctcttcctctt--------ttttattttacttctgcata---tgaagtccaagata-tttttgctttaagcagtcaaatgtctcataatagaataaaaatag-aaaataactagttatatttatt i chlSab2.chr3 C 0 C 0 s calJac3.chr1 165979053 1362 - 210400635 ATATACAAATGCATTGGGTTCTAGTGGCAGGCATTTTATTCCTGTATTCTCCTAAGCATGCAACTCCTAAGGATATGAATATTCTCCGATTTAAGCAGACTATTATCATAATATATTAAAAAACCAAATACACCCCAATACCatattatttatattgtatattggttccatgtccactcagtatatgtgtttcactgttattggctagagagtactataaatgtc-aattagatcaagttagttaatagtgtt-gttcaggtcttctctatgcttactggtttctgtctaattattctaacatttactaaatgtaaagtgatgaaagctatgaatataattgttgattttgt---------tctcagttctattggattttgttttgtgttttgaaatttttcctagttgcatatatattttggatttttgtgccttcttaaatatcaaagactattatcagatatccatttttatttcc-----tatttattttactaaaatctattttgtttgatattaacaaggccactcaaaacactactttgatt-agtgatttgtggtatatatttttcttcttttatttctattttatttttgccattatatttaacgtttaata--ttttttaagacagagtcttactctgttgcccacactggagtgcagtggcacaatcttggctcacttcagccttgacttcctgggcttaagcaatcctctcaccttagcctc----gtaactgggactacaggtgtgcatcactacatgcagct--------aaaaatttctgtagagaccaggtctcactatgttgcccaggctggtctcaaacttctagtatcaagggatcctcccactttggcctcccaaagtgctgagattacaggtgtgagcccctgcacctggctttaaagtgctacttttaaaaagatatagtgggtcatgcttcacttttaaatccagtctgacaatctcttcatgttagttagaattggaatgtttacatgcagtgtacagacaactttattttaatgttataatctccattaggtataaatatattatcttgctcttaatatccaaattgtcccatctgttatttgtttcttttttc--ttatttggaataactgattattttgta-tttcttcttatccaaagttgacctattggaaacata--------tttttaactgactc-taaggtataaaatatacatatttaacccattaaatttacctttacatagta--ttatttcataggtaatatggaaactctacaatcccatttcctcctcctatcttatcagcattcattttacttctacatatgacaaactccaagatattttttgctttaaa----caaatgcctcataacag----aaaatag------------ttttgtttatt i calJac3.chr1 I 18 C 0 e canFam3.chr22 24803558 233 + 61439934 I a score=723447.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 73269 343 + 103832 gctattcaatgacatt----tttctttgtatatatccaagtcttctactatcctatatcttcttctgtaagaa-gattgtagcattttt--tagtcaaaacctgccgagaacaaattttgtctttgtttattttgaagtctttattttacctttatttctgaaaaataaatttcactgagtatagaaatctaggttgacaggttacatttttttcagcacttgaatatactcttctgttgtcttctggcttggtttctag-aaaatgtctgcag------ttatatttgtttctctgtgcctagtatgatattgtttctctcctgctttttaagattt--tctatcat-cggttttcacg s panTro4.chr13 70247475 349 + 115123233 gctattcaatgaaatttttatttctttgtatatatccaagtcgtctactatcctatgtcttcttctgtaagaa-gtttgaagcattttt--tagtcaaaacctgccaagaacaaattttgtctttgtttattctaaagtctttattttacctttatttctgaaaaataaatttcactgagtatagaaatctaggttgacaggttacattttttttagcacttgaatatactcttctgttgtcttctggcttggtttctag-gaaacgtctgcagttatatttatatttgtttctctgtgcctagt---atattatttatctcctgcttttt-agattt--tctatcat-tggttttcacg i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71630856 348 + 117095149 gctattcaatgaaatttttatttctttgtatatatccaagtcttctactatcctatgtcttcttctgtaagaa-gtttgtggcattttt--taatcaaaacctgctgagaacaaatttcatctttgtttattctgaagtctttattttac----atttctgaaaaataaatttcactgagtatagaaatctaggttgacaggttacatttttttcagcacttgaatatattcttctgttgtcttctggcttggtttctag-aaaacatctgcagttatatttatatttgtttctctgtgcctagtatgatattgtttctttcctgcttttt-agattt--tctatcat-tggttttcaca i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97778153 352 + 143122389 gctattcaacgaaatttttatttctttgtatatatccaagtcttctactatcctatgtcttcttctgtaagaa-gtttgtagcattttt--cagtcaaaacctgccgagaacaaattttgtctttgtttattctaaagtctttattttacctttatttctgaaaaataaatttcactgagtatagaaatctaggttgacatgttacatttttttcagcacttgaatatattcttctgttgtcttctggcttggtttctag-aaaacgtctgcagttatatttatatttgtttctctgtgcctagtatgatattttttctctcctgcttttt-agattt--tctatcat-tggttttcacg i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr17 52709409 349 + 96864807 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aatttgatatcaatgggtcttgatgtggttt------tgtttattcttttagggtgtttggactgtcttggatcactgggtttccagttttatcagttggacatttcctcgtcattatttcttttggttgttgttttctctca----------------------cgtgttttctact-ggaacttcaaatacatgtttttggactgcttgttactgtaacatagtactgaga-atatattaattactttttata-ttttttcctaacttggcttcattttgaattgttccaattgctatatattcaattctattaatcaactctt i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97778505 292 + 143122389 aatttgatgtcaatgggtcctgatgtggttt------tgtttattcttttagggcgttttgactgtcttggatcactgggtttccagttttatcagttggacatttcctggtcattatttctttttgttgttgttttctctca----------------------cgtgttttctactagaaacttcaaatacatgtttttggactgcttgttactgtaacagagtactgaga-atat----attactttttata-ttttttcctaacttggcttcattttgaattgttccaattgctatatattcaactctattaatcaactctt i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr17 50737573 289 + 94676912 aatttgatgacaatgggtcttgatgtggttt------tgtttattcttttagggcattttgagtgtcttggatcactgggtttccagttttatcag-------tttcctggtcattatttctttttgttattgttttctctca----------------------cgtgttttctatt-ggaaattcaaatatatgtttttggactgcttgttactgtaacagagtactgaga-atatgttaattactttttatatttttttcctaacttggcttcattttgaattgttccaattgctatatattcaactctattaatcaactctt i rheMac3.chr17 M 352 C 0 s macFas5.chr17 52709758 289 + 96864807 aatttgatgacaatgggtcttgatgtggttt------tgttaattcttttagggcattttgagtgtcttggatcactgggtttccagttttatcag-------tttcctggtcattatttctttttgttattgttttctctca----------------------cgtgttttctatt-ggaaattcaaatatatgtttttggactgcttgttactgtaacagagtactgaga-atatgttaattactttttatatttttttcctaacttggcttcattttgaattgttccaattgctatatattcaactctattaatcaactctt i macFas5.chr17 C 0 C 0 s papAnu2.chr17 48014632 289 + 90913898 AATTTGATGACAATGGGTCTTGATgtggttt------tgtttattcttttaggGCATTTTGAGTGTCTTGGATCACTGGGTTTCCAGTTTTATCAG-------TTTCctggtcattatttctttttgttattgttttctctcA----------------------CGTGTTTTCTATT-GGAaattcaaatatatgtttttgGACTGCTTGTTACTGTAACAGAGTACTGAGA-ATATgttaattactttttatatttttttcctaacttgGCTTCATTTTGAATTGTTCCAATTGCTATATATTCAACTCTATTAATCAACTCTT i papAnu2.chr17 C 0 I 100 s chlSab2.chr3 49550140 311 + 92142175 aatttgatgacaataggtcttgatgtggttt------tgtttattcttttagggcgttttgagtgtcttggatcactaggtttccagttttatcag-------ttttctggtcattatttctttttgttattgttttctctcattgtttttcttttgttattgtttttgttttctatt-ggaaattcaaatacaagtttttggactgcttgttactgtaacagagtactgaga-atatgttaattactttttatatttttttcctaacttggcttcattttgaattgttctaattgttatatattcaactctattaatcaactctt i chlSab2.chr3 C 0 C 0 s calJac3.chr1 165980752 298 - 210400635 aatttgatgacaataggtcttgatatggttttcattatgttcattctgttagggcattttgagtttttgggatcactgggtttccagttttatctgttggacatctcctgg--gtcattgctctttgttgt--ttctctctca----------------------ctctttttctact-ggaacttcaaatgcacgtttttggactacttgatactgtaacagaatactaaaatatatattaattagttttggaa-tttattcctaacttggcttcattttgaattgttccaattgctacatcttcaactccattaatcaagtctt i calJac3.chr1 C 0 C 0 e canFam3.chr22 24803558 233 + 61439934 I a score=246503.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 73907 120 + 103832 ctctattgcctaatcggctgctaattgcctctaggaatttatttttcacttcagatatattattcatgtttatatttatatgtggttctttaatatatcctcatttttttctgtgcccat s panTro4.chr13 70248119 116 + 115123233 ctctattgcctaatcagctgctaattgcctctaggaatttatttttcacttcagatatattattcatgtttatatttacatatggttttttaatatatcc---ttttattctgtgcacg- i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71631499 120 + 117095149 ctctattgcctaatcagctgctaattgtctctaggaatttatttttcacttcagatatattattcatgtttatatttacatatggctttttaatatatcctcatttttttctgtgtacat i ponAbe2.chr13 C 0 I 1 s nomLeu3.chr5 97778797 118 + 143122389 ctctattgcctaatcagctgctcattgcctctaggaatttatttttcacttcagatatattattcatgtttatatttacatatggttctttaata-atcctcatttttttctgtgcacg- i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr17 50737862 120 + 94676912 ctctcttgcctaatcagctgctaattgcctctaggaatttatttttcacttcagatatattattcatttttatatttacatatgattctttaatataacctcatttttttctatgctcat i rheMac3.chr17 C 0 I 1 s macFas5.chr17 52710047 120 + 96864807 ctctcttgcctaatcagctgctaattgcctctaggaatttatttttcacttcagatatattattcatttttatatttacatatgattctttaatataacttcatttttttctatgctcat i macFas5.chr17 C 0 I 1 s chlSab2.chr3 49550451 120 + 92142175 ctctcttgcctaatcagctgctaattgcctctaggaatttatttttcacttcagatatattattcatttttatatttacatatgattctttaatatagcctcatttttttctatgcccat i chlSab2.chr3 C 0 I 1 s calJac3.chr1 165981050 112 - 210400635 ctctattgcctaatcagcagttaattgcctgtagcaa--------tcacttcagatatattatttatttttgtatctgcatttggttctttactgtatcctcATTTTTTTCTATGCTCAT i calJac3.chr1 C 0 I 638 e canFam3.chr22 24803558 233 + 61439934 I e papAnu2.chr17 48014921 100 + 90913898 I a score=753737.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 74027 354 + 103832 tttttctttaaatcttgaacatagttataatacctgttcagattccttgtctactattttttatcttttctgtcacatttaggtttatctttcctgagtgactg-tttgggggcatgctttgggttatatcttcctgttttttggtatgTGCCAGGGATAGGTTTTACTGAGAGTGT-TTTTTACTTCTGTGAGAGTTTAGCCCCTACTACCAATGTGTGGCCCTTCTAGAGCATCTAG--AGCATCCCAAGTGCTCAACAAGGACATACTACTCTACCTGATGTGTTCTGG-AACTGTTTAG----CCCATAACTCTTCAGTCACACTTTCATTAGCCTATGGGGGGTTATATCCTATATGT s panTro4.chr13 70248235 351 + 115123233 tttttctttaaatcttgaacatagttataatacctgttcagattccttgtcttcta-tttttatcatttctgtaacatttaggtttatctttcctgagtgactgttttgggagcatgctttgggttatatcttcctgtttcttggtatgTGCCAGGGATAGGTTTTACTGAGAGCAT-GTTTTACTTCTGTGAGAATTTA-TCCCTACTACCAACGTGTGGCCCTTCTAGATCATCTAG--AACATCCCAGGCATTCAACAAGGACGTACTACTCTACCTGATGTGTTCTGG-AACTGTTTAG----CCCATAACTCTTCAGTCACACTTTCATTAGCCTAT--GGGGTTATATCCTATATGT i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71631620 351 + 117095149 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panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71634908 105 + 117095149 agtgcctgtagtgctagctactccagaggctgagatgggaggatcacctgagcacggggaggttgaggctgcagtaagccatgatcatgccactgcactccagcc i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97781639 105 + 143122389 agtgcctgtagtgctagctactccagaggctgagatgggaggatcacctgagcacagggaggttgaggctgcagtaagccatgatcatgccactgcactccagcc i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr17 50740506 105 + 94676912 agtgcctgtggtgctagctactccaaaggctgagatgagaggatcccctgagcacagggaggtcgaggctgtggtgagccataatcatgccactgaactccagcc i rheMac3.chr17 I 197 C 0 s macFas5.chr17 52712684 105 + 96864807 agtgcctgtggtgctagctactccagaggctgagatgagaggatcccctgagcacagggaggtcgaggctgtggtgagccatactcatgccactgaactccagcc i macFas5.chr17 C 0 C 0 s papAnu2.chr17 48016247 105 + 90913898 AGTGCCTGTGGtgctagctactccagaggctgagatgagaggatcccctgagcacagggaggtcgaggctgtggtgagccataatcatgccactgaactccagcc i papAnu2.chr17 C 0 C 0 s chlSab2.chr3 49553385 105 + 92142175 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s panTro4.chr13 70253834 1751 + 115123233 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rheMac3.chr17 C 0 C 0 s macFas5.chr17 52723940 76 + 96864807 ataggtgaaaga--gaagaactctgggagcagagaggagtcccagagaaaataggtttccacttccatggtgaaatgc--- i macFas5.chr17 C 0 C 0 s chlSab2.chr3 49561799 76 + 92142175 ataggtgaaaga--gaagaactctgggagcagacaggagtcccagagaaaatgggttgccacttccatggtgaaatcc--- i chlSab2.chr3 C 0 C 0 e calJac3.chr1 165989831 4 - 210400635 I e canFam3.chr22 24822512 95 + 61439934 I e papAnu2.chr17 48024636 3902 + 90913898 I a score=2020205.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 85404 863 + 103832 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chlSab2.chr3 C 0 I 2 s calJac3.chr1 165992146 13 - 210400635 agtgattctcctg i calJac3.chr1 C 0 C 0 e canFam3.chr22 24826620 190 + 61439934 I e macFas5.chr17 52729225 0 + 96864807 C e rheMac3.chr17 50756519 0 + 94676912 C e panTro4.chr13 70264781 263 + 115123233 I a score=745454.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 90655 269 + 103832 cctcagtctcccaagtagctgggatgacaggcacccaccatcatgcccagctaatttttgtatttttc--atagagacggggtttcaccatgttggacaggctagtcttgaactcctgacctcaggtgatccgcctgccttggccttccaaagtgctggcattacaggtgtcagccactgtgcccggccTGCTTTTT-CTACTTAAAGTTACTTTCTT-----ACTTTCTATTTAAACTTGTGCATGTCCCGAAGGACTTTGCTTTGTGAGAGCTAT s panTro4.chr13 70265044 274 + 115123233 cctcagtctccctagtagctgggatgacaggcgccctccatcatgaccagctaattattgtatttttc--atagagacggggtttcaccatgttggacaggctggtcttgaactcctgacctcaggtgatccgcctgccttggccttccaaagtgctgggattacaggtgtcagccactgtgcccggccTGCTTTTT-CTACTTAAAGTTACTTTCTTTAAATACTTTGTATTTAAACTTGTGCATGTCCCGAAGGACTTTGCTTTGTGAGAGCTAT i panTro4.chr13 I 263 C 0 s ponAbe2.chr13 71648653 269 + 117095149 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I 2 C 0 s calJac3.chr1 165992159 271 - 210400635 cctcagcctcccagatagctgggattatacacacctgccaccacgccaagctaatttttgtatttttttagtagagacagggtttcaacactttggccaggctggtcttgacctcctgatctcaggtgatccacctgccttgg-ctcccaaagtgcttggattacaggcaagagccactgctcccggccTGCTTTTTTCTACTTAAAGTTGCATTCTT-----TCTTTGTATTTAAACTTGTGCATGTCCTAAAGGACTTTGCTTTGTGAGAAATAT i calJac3.chr1 C 0 C 0 e canFam3.chr22 24826620 190 + 61439934 I a score=2744138.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 90924 995 + 103832 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i macFas5.chr17 C 0 I 1 s papAnu2.chr17 48034345 985 + 90913898 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i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71653115 171 + 117095149 aggtgtggtggcgtgtgcctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaaagcaggaggcagaggttgcagtgagccgagatcacaccattgcactccagcct--aagagacagagcaaggctccgtctcaaaaa-----------taaaaagaaaagaaaagaaaaat-------------- i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97799348 180 + 143122389 aggtgtggtggcgtgtgcctgtagtcccagctactccggaggctgaggcaggagaattgcttgaaagcaggaggcagaggttgcagtgagccgagatcacaccattgcactccagcctgagagagacagagcaaggctatgtctcaaaaataaaaaaaaa-taaa---aaaataaaagaaaaat-------------- i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr17 52733504 155 + 96864807 gggtgtggtggcgtgtgcctgtagccccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaaagcaggaggcagaggttgctgtaagccgaaatcataccactgcactccagcctgagagagacagagcaagcct--gtctc---------------------------aaaaaaaaaaag-------------- i macFas5.chr17 C 0 C 0 s papAnu2.chr17 48039031 168 + 90913898 gggtgtggtggcgtgtgcctgcagccccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaaagcaggaggcagaggttgctgtaagccgaaatcataccactgcactccagcctgagagagacagagcaagcct--gtctcaaaaa-----------aaaa---aaaaaaaaaaaaaaag-------------- i papAnu2.chr17 C 0 C 0 s chlSab2.chr3 49571565 182 + 92142175 gggtgtggtggcgtgtgcctgtagccccagttactcgggaggctgaggcaggagaatcgcttgaaagcaggaggcagaggttgctgtaagccgaaatcataccattgcactccagcctgagagagacagagcaagcct--gtctcaaaaa-----------aaaa---aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa i chlSab2.chr3 C 0 I 5716 e calJac3.chr1 165996352 372 - 210400635 I e canFam3.chr22 24829368 304 + 61439934 I e rheMac3.chr17 50760730 241 + 94676912 I a score=25784.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 95111 15 + 103832 gccagttgtagtggt s panTro4.chr13 70269508 15 + 115123233 gccaggtgtagtggt i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71653286 15 + 117095149 gccaggtgtagtggt i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97799528 15 + 143122389 gccaagtgtagtggt i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr17 52733659 15 + 96864807 gccagatgtagtggc i macFas5.chr17 C 0 I 2 s papAnu2.chr17 48039199 15 + 90913898 gccagatgtagtggc i papAnu2.chr17 C 0 I 2 s chlSab2.chr3 49577463 15 + 92142175 gccaggtgtagtggc i chlSab2.chr3 I 5716 I 2 e calJac3.chr1 165996352 372 - 210400635 I e canFam3.chr22 24829368 304 + 61439934 I e rheMac3.chr17 50760730 241 + 94676912 I a score=333661.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 95126 147 + 103832 gcgtgcctgtagttccagctactcaggagcctgaagagagaggatcacttgagctggaagtctgaggctacagtgagctgtgatcgcatcactgccctccagcttgggcaacagagtgagaccctgccacaaatt---------aaaaaaaataat s panTro4.chr13 70269523 147 + 115123233 gcatgcctgtagttccagctactcaggagcctgaagagagaggatcacttgagctgggaggctgaggctacagtgagctgtgattgcatccctgccctccagcttgggcaacagagtgagaccctgccacaaatt---------aaaaaaaaaaat i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71653301 156 + 117095149 gcgtgcctgtagttccagctactcaggagcctgaggtgagaggatcacttgagctgggaggctgaggctacagtgagctgtgatcacatcactgccctccagcttgggcaacagagtgagaccctgccacaaattaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 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gcgtgcctgtagttccagctactcaggagaccgaggagagagaat-acttgagctgggaggctgaggctacagtgagct-tgattgcatcactgccctccagcttgggcaaca----gagaccctgccacaaatt------aaaaaaaaaaaaaTT i chlSab2.chr3 I 2 C 0 e calJac3.chr1 165996352 372 - 210400635 I e canFam3.chr22 24829368 304 + 61439934 I a score=1204169.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 95273 551 + 103832 aatgacaaagtctataatatttaaatttctgaaaatgaaagactgttg--aaagtcttaagagctgccagataatagcatcacc----ttatctatgatgggaaatgcaattagaatgacagtggatttcccatcagaaactact---gcctgagaaaataaca---atattttt-caagtcctggggaaaatgaaatctgtatactcagaaattaagactttcttaaatgaaggaaacctaagagaattt---------------------------------atttgcagattgattctaaaaaatggctaaaggg-------------------gcctgtaatcccagcattttgggaggccgacgtgggcagatcaggagatcaagagtttgagaccagcctggctaacatggtgaaactccatctctactaaaaatac-aaaaaatgagctgggcgtggtgaaatgcacctgtggtcgcagctactcaggaggctgaggcaggagaatcggttgaacccaggaggaggaggttgcagtgagccgagatagcaccactgcactccagcctgggc----gactgagactccatct------caaaaacaaaaac--aaagaaaaca s panTro4.chr13 70269670 553 + 115123233 aatgacaaagtctaaaatatttaaatttctgaaaatgaaagactgttt--gaagtcttaagagctgccagataatagcatcacc----ttatctatgatgggaaatgcaattataatgacagtggatttcccatcagaaactact---gcctgagaaaataaca-caatattttt-caagtcctggggaaaatgaaatctgtatactcagaaattaagactttcttaaatgaagaaaacctaagagaattt---------------------------------atttgcagattgattctaaaaaatggctaaaggg-------------------gcctgtaatcccagcattttgggaggccgaggtgggcagatcaggagatcaagagttcgagaccagcctggctaacatggtgaaattccatctctactaaaaacac-aaaaaattagctgggcgtggtgaaatgcacctgtggtcgcagctactcaggaggctgaggcaggagaatcggttgaacccaggaggcggaggttgcagtgagccgagatagcaccactgcactccagcctgggc----gactgagactccatct------caaaaacaaaaac--aaacaaaaca i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71653457 563 + 117095149 aaagatgaagtctataatatttaaatttctgaaaataaaagactgttt-aaaagtcttaagagctgccagataatagc------------atctataatgggaaatgcaattagaatgacagtggatttcccattagaaactact---gcctgagaaaataaca---atattttt-caagtcctggggaaaatgaaatctgtatactcagaaattaagactttcttaaatgaaggaaacctaagagaattt---------------------------------atttgcagattgattctaaaaaatggctaaaggggccgggcacggtggctcatgcctgtaatcccggcactttgggagcccgaggtgggcagatcaggagatcaagagtttgagactagcctggctaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatac-aaaaaattagctgggcatggtgaaatgcacctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcggttgaacccaggaggcggaggttgcagtgagccgagatagcaccactgcactccagcctgggc----gactgagactccatct------caagaacaaaaac--aaacaaaaga i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97799691 568 + 143122389 aatgacgaagtct---atatttaaattcctgaaaatgaaagactgttt--aaagtcttaagagctgccagataaaagcatcgcc----ttatctataatgggaaatgcaattagaatgacagtggatttcccatcagaaactact---gcctgagaaaataaca-caatattttt-caagtcctggagaaaatgaaatctgtatactcagaaattaagactttcttaaatgaaggaaacctaag-gaattt---------------------------------atttgcagattgattctaaaaaatggctaaaggggccaggcacggtggctcatgcctgtaatcccaggactttgggaggccgaggtgggcagatcaagagatcaagagtttgagaccagcctggctaacatggtgaaaccccatctctactaaaaacac-aaaaaattagctgggcgtggtgaaatgcacctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaatcggttgaacccaggaggcagaggttgcagtgagccgagatagcaccactgcactccagcccgggc----gactgaggctccatct------caaaaacaaaaac--aaacaaaaca i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr17 50761122 617 + 94676912 ACTGAGGAAGTCTataatatttaaatttctgaaaatggaagactgtttaaaaagtcttaagagctgccagagaatagcatcacc----ctatctataatgggaaatgcaattagaatgacagtggatttcccatcacaaactact---gcctgagaaaataacg---atattttt-caagtcctggggaagatgaaatctgtacactcagaaactaaaactttcttaaatgaaggaaacctaagagaatttatttgcagattgattctaaaaaatgctatgagaatttgcagattgattctaaaaaat-gctaaagggcccaggcacggtggctcacgcctataatatcagcactttgggaggctgaggtgaggagatcatgaggtcaggagttggagaccagccgggccaacatggtgaaaacccatctctgctaaaaatacaaaaaaattagccaggcatggtgacacgcacctgtagtcctagctactggggaggctgaggcaggagaatcagttgaacccagtaggtggaggttgcagggagccgagacagtgccactgcactccagcctgggccacagattgagactccatctcaaaaacaaaaacaaaaacaaaaataaaaca i rheMac3.chr17 C 0 C 0 s macFas5.chr17 52733830 574 + 96864807 actgaggaagtctataatatttaaatttctgaaaatggaagactgtttaaaaagtcttaagagctgccagagaatagcatcacc----ctatctataatgggaaatgcaattcgaatgacagtggatttcccatcagaaactact---gcctgagaaaataatg---atattttt-caagtcctggggaagatgaaatctgtacactcagaaagtaaaactttcttaaatgaaggaaaccta-------------------------------------tgagaatttgcagattgattctaaaaaat-gctaaagggcccaggcacggtgtctcacgcctataacatcagcactttgggaggctgaggtgagcagatcatgaggtcaggagttggagaccagcctggccaatatggtgaaaacccatctctgctaaaaatacaaaaaaattagccaggcatggtgacacgcacctgtagtcctagctactggggaggctgaggcaggagaatcggttgaacccagtaggtggaggttgcagggagccgagacagtgccactgcactccagcctgggccacagattgagactccatct------caaaaacaaaaacaaaaataaaaca i macFas5.chr17 C 0 C 0 s papAnu2.chr17 48039366 585 + 90913898 actgaggaagtctataatatttaaatttctgaaaatggaAGACTGTTTAAAAAGTCTTAAGAGCTGCCAGAGAATAGCATCACC----CTATCTATAATGGGAAATGCAATTAGAATGACAGTGGATTTCCCATCAGAAACTACT---GCCTGAGAAAATAACG---ATATTTTTCCAAGTCCTAGGGAAGATGAAATCTGTACACTcagaaattaaaactttcttaaatGAAGGAAACCTAAGAGAATTT---------------------------------ATTTGCAGATTGATtctaaaaaat-gctaaagggcccaggcacggtggctcacgcctataatatcagcactttgggaggctgaggtgagcagatcatgaggtcaggagttggagaccagcctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaaaattagccaggcatggtgacacgcacctgtagtcctagctactcgggaggctgaggcaggagaatcggttgaacccagtagggtgaggttgcagggagctgagacagtgccactgcactccagcctgggccacagactgagactccatctcaaaaacaaaaacaaaaacaaaaataaaaca i papAnu2.chr17 C 0 C 0 s chlSab2.chr3 49577624 579 + 92142175 ACTGAGGAAGTCTataatatttaaatttctgaaaatggaagactgttcaaaaagtcttaagagcggccagagaatagcatcacg----ctatctataatgggaaatgcaattagaatgac--tggatttcccat-agaaactact---gcctgagaaaataac-----tattttt-caagtcctggggaagatggaatgtgtacactcagaaattaaaactttcttaaatgaaggaaacctaagagaattt---------------------------------atttgcagattgattctaaaaaat-gctaaagggcccaggcacggtggcttacgcctgtaataccagcactttgggaggcggaggtgagcaaatcatgaggtcaggagttggagaccagcctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaaaattagccaggcatggtgacacgcccctgtagtcccagctactcgggaggctgaggcaggagaattggctgaactcagtaggtggaggttgcagggagccgagacagtgccactgcactccagcctgggccacagattgagactccatctcaaaaacaaaaacaaaaacaaaaacaaaaca i chlSab2.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr22 24829672 378 + 61439934 aatgctaaaacctgtgatatttaaatacctgaaaatgagagaaggcaa--aaattcttgaaagctgccag---atagctccccctgttttatctatagggggacatacaattgtaatggcaaaggatttctcattagaagctattgaggctagagggtgtaacaaaaatgtattt-ccagtcctggttaaaaacaaataagcaaataaacaaac-----------------aagcaaacccataccaatca---------------------------------a---------taattct-acacat-ggtaaaaatacca---------------ctcagtaata---------------------gaggggaaatcaagacat-----------------------------------------tctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaa--------------------------------------------aaagaaaagaaaaaagaa------------aaaagaaagaa-----aaaaagctaagagaa-----------------ctgatt----gattgcaagtatattc------taaaaa------------------- i canFam3.chr22 I 304 C 0 e calJac3.chr1 165996352 372 - 210400635 I a score=3048255.000000 s hg38.chr13_KI270843v1_alt 95824 1069 + 103832 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s panTro4.chr13 70270223 1084 + 115123233 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i panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71654020 1071 + 117095149 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i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97800259 1092 + 143122389 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panTro4.chr13 C 0 C 0 s ponAbe2.chr13 71656955 171 + 117095149 ctgtaatctttcttcagtgagtataatagtacaactaatagggctgattttat---ttttttcttccctctgaggtactattcccctgtgttgcctgatatgcaataactgaacattgttgttttatatattttgtcaatttattttttagctgctGTTGTGttttttggtttt i ponAbe2.chr13 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 97803209 171 + 143122389 ctgtaatctttcttcagtgagtataatagtacaactaatagggctgattttat---ttttttcttccctctgaggtactattcccctgtgttgcctgatatgcaataactggacattgttgttttatatattttgtcaatttattttttagctgctGTTGTGTTTTTTGGTAtt i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr17 50764667 167 + 94676912 ctgtaatctttcttcaaggagtatagtagtacaactaacagaactgatt-------ttgtttcttccctctgaggtaatagtcccctgtgttgcctgatatgcaataactaaacattgttgttttatatattttgtcaatttattttttagctgctGTTGTGTTTTTTGGTTTT i rheMac3.chr17 C 0 C 0 s macFas5.chr17 52737331 167 + 96864807 ctgtaatctttcttcaaggagtatagtagtacaactaacagaactgatt-------ttgtttcttccctctgaggtaatattcccctgtgttgcctgatatgcaataactaaacattgttgttttatatattttgtcaatttattttttagctgctGTTGTGTTTTTTGGTTTT i macFas5.chr17 C 0 C 0 s papAnu2.chr17 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s panTro4.chr13 70277147 1137 + 115123233 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