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acaggagACTAAAAGCTCTTCAACATACGTTCAATGAGGCTTTGCAGCCTTTTCAGTTGAGGAGGATTACAAGAGAGTTTCTGCTCTAGAGTCCAAATCTTTTAAACTCAGAGGCTGCCACTCTGAGGTCATTTTCCTTTCATGTTACTGGAAGCATGAGGT----ACACTTTAAAAGTGATAAAGTTCAAATAGAG-CCCACTGGGGACTGGGAAATGGGCTTTCAGAGTAGGTTGATTCATTCAATTTCAGTCATGTAAAGTTTATAGAGAAAGCAAGACAGGGGAGTTAGATAGAAGGTG----AACAGAGAAGGTACGGTTGATTTACGATAAATGA-CCTTCAAGAGTCATTCGCATTGCCTATGACTTCTTAAGAACCTATGAGGATGGACCGAAAAAACAATGCTTTTAACAGAAGTTTTTTCGACAGAGGACACAGCTCTACTAAAC-TCTGTCAATAATCACAAttgtcacattttaatatttccctTTT----ATATGAAAGT-AGTACAGCTTTGTCCAAGATTAAGGC----ATTTTCACATTGTGCTTCTTTTCTGAACaaa--------ttatgtgaaaattaaaaacaaacaaaca--------------aacaaaaaaaaaccagagccT-GGTCTTCCAGAattctctaagaaaataaaaacccaaagcaGCCTCAGATGATGGCCTACACATTTTCAGGTTAATTTATCAGTCATTT-TTCAGCTATGTACTatgacatttataaatataaaataacttttctggaaaggaaaaataataaaatacagcaaaaacaaactttttttgtaCTTAGATAGCCAAGTGCCTGGATGTGAATGGCCACAAGTCAGCTAAACCTCCACGCTCAGTGAGGAAGCTGTGGATCAGAGGGTTTTGTGTCATGCGCTAATAAGCTGCACAGCTAGGCTCACCCCCAAGGTTTCTGG--CCTGTGTCTATTCCCTTTACGTGACATTTTGCTATCAGAGGACAGTGCAAGG-AGACAGTCAAGAGTATCATTTTGAGACTTTGGATTAGTACCTAAAACagcaagagaggaggaggaaaatttTGACTTAA-------------------CTCTATTGGCCACAGGA----------------------------AGAGGTTATAAGCTCTTTCTGTTCCGAGCTCTATTTAACATGAATATAACCA------------TTTTCTC---AGCTCTTTCCCTTT---------------CTGGAGAGAAAAGTACTGACATGCGGAGATACGGAGAAA--ACAGAATATTGAACCTTAGCAATCTCTCTGCTACACTGTTGATTCTTCTGTAGAACCTATAATCTTCTGTGAACCT-------AtaactttctctcctttccttagaGTCTCTCCTTCCTAACAGAGTAATTTCACCATATGGAATACAGAATATGTGCAGTAAATATATG 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i chlSab2.chr16 I 6 C 0 s calJac3.chr5 118690863 1348 + 159171411 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ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40251983 161 - 94967081 tattattatatatGGACTATGCCAtatgtgtctcatcttgtgctgtgagctttgcttttt--------------------agatattatttcctttaatcttcatatgtactccacggagcatatactactattgtcgtccccattttaaaccagataaaaataagaccaacagaTAAAGG i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67698136 161 + 80904711 TATCATTATATATGGACTATGCAAtatgtgtctcatcttgtgctgtgagctttgctttat--------------------agatatgatttcctttaatcttcatatgtactcaatggagcatatactactattgtagttcccattttaaaccagataaaaataagaccaacagaTAAAGG i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67444106 161 + 80997621 tatcattatatatGGACTATGCAATATGTGTCTCATCTTGTGCTGTGAGCTTTgctttat--------------------agatatgatttcctttaatcttcatatgtactcaatggagcatatactactattgtagttcccattttaaaccagataaaaataagaccaacagaTAAAGG i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61728258 161 + 74645514 tatcattatatatggACTATGCAATATGTGTCTCATCTTGTGCTGTGAGCTTTGCTTTAT--------------------AGATATGATTTCCTTTAATCTTCATATGTACTCAATGGAGCATATACTACCATTGTAGTCCCCATTTTAAACCAGATAAAAATAAGACCAACAGATGAAGG i papAnu2.chr16 C 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-tttaaaaagattttcataCTGATGCGCTGTGGTTGAGAATGAGAAACCTGGGTA--T---TTAAAAACCACGTATTA i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23835093 72 - 75148670 -TTTAAAAAGATTTTCATATTGATGCGCTGTGGTTGAGAATGAGAAACCTGGGTA--T---TTAAAAAGCATGTATTA i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118693429 74 + 159171411 -TTTAAAAAGATTTTCATATTGATGGGTGGTGGTTGAGAATCAGAAGCCTGGGTA--TTTCTTAAAATATA-TTTTTC i calJac3.chr5 C 0 C 0 s mm10.chr11 111223170 66 + 122082543 -TTTAAAAATTTCCTTATATCCAAGAATGGTGATTGA-AATGAAGTTCCTAGATAATT---TTACAGAACA------- i mm10.chr11 I 7602 C 0 s canFam3.chr9 16603239 66 + 61074082 TTTTAAAA--TTTCTTATGTTGGTGGGTTGTGGCTTAGAAGGAGAAGCCTGAGTC--T---TCTAAAAGAA-----TA i canFam3.chr9 C 0 I 113 a score=866237.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 4551 276 + 223995 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TAT----TTT-TTGTA-----CTCTATTAT-----------------------------GTCGTCAAATGTGAGAG------AGCAGGTGAAGAA----------------AGGTAA-------------AAGAAGAACAATGGGATCCTAAAGAAAAAGGAGTAATAACGGCCTGGAGCAGTAAATTAGCGCAAAAGCTAGAACCATAGGAAAGCAATAGTTTGTTGACCTATCGCGT-AGAGTCTAAG-CCTTTGAGGTTTGAAAACTCTAACGTGATTTCATTCATTACTTCAATACattgctgg-aa--aaaaataagaaatgtatttgAATCAAGTT--------TTAAATCTCAA i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23835165 283 - 75148670 TAT----TTT-TTGTA-----CTCTATTAT-----------------------------GTCGTCAAATGTGAGAG------AGCAGGTGAAGAA----------------AGGTAA-------------AAGAAGTACAATGGGATCCTAATGAAAAAGGAGTAATAATGGCCTGGAGCAGTAAATTAGTGCAAAAGCTAGAACCATAGGAAAGCAATAGTTTGTTGACCTATCCCAT-AGAGTCTAAG-CCTTTGAGGTTTGAAAACTCTAACATGATTTCATTCATTACTTCAATACATTGCTGGAAA--AAAAATAAGAAATGTACTTGAATCAAATGTATTTGAATTAAATCTCAA i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118693503 276 + 159171411 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0 s papAnu2.chr16 61731005 193 + 74645514 tctagggtacacgtgcacaacgcgaaggtttgttacataggtacacatgtgccttggtggtttgccgcacccatcaactcatcatttacattaggtatttctcctaatgctatccctcccccagtcccccactccccaacaggccttggtgtgtgatgttccccaccctgtgtccaagtgttctcattgttca i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23836355 193 - 75148670 tctagggtacatgtgcacaacgcgaaggtttgttacataggtacacatatgccttggtggtttgccgcacccatgaactcgtcatttacattaggtatttctcctaatgctatccctcccccagtcccccactgcccaacaggccttggtatgtgatgttccccaccctgtgtccaagtgttctcattgttca i chlSab2.chr16 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16604250 204 + 61074082 I e mm10.chr11 111223769 121 + 122082543 I e calJac3.chr5 118694656 0 + 159171411 C a score=170147.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 5941 325 + 223995 tttcccacctatgagtgagaacttgcagtgtttggttttctgtccttgtg--agtttgctgagaatgttggtttccagcttcatccatgtccctgcaaaggacataaactcatccatttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccacattgtcttaatccagtctattattgatggacatttgggttggttccaagtctttgctattgtgaacagtgccacaataagcatacgtgtgcacatgtctttatagtagcatgatttataatcctttgggtatatacccagcaatgggattgctgggtcaaatggtatttc s panTro4.chr17 69105426 325 + 82630442 tttcccacctatgagtgagaacttgcagtgtttggttttctgtccttgtg--agtttgctgagaatgttggtttccagcttcatccatgtccctgcaaaggacataaactcatccatttgtatggctgcatagtattctgtggtgtatatgtgccacattttcttaatccagtctgttattgatggacatttgggttggttccaagtctttgctattgtgaacagtgccacaataagcatacgtgtgcatatgtctttatagtattatgatttataatcctttgggtatatacccagtaatgggattgctgggtcaaatggtatttc i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60117101 327 + 73212453 tttcccacctatgagtgagaacatgtggtgtttggttttctgtacttgtgatagtttgctgagaatgttggtttccagcttcatccacgtccctgcaaaggacataaactcatccatttttatggctgcgtagtattccatggtgtatatgtgccacattttcttaatccagtctattattgatggacatttgggttggttccaagtctttgctattgttaatagtgctgcaataaacatatgtgtgcatatgtctttacagtagcatgatttataatcctttgagtatatacccagtaatgggattgctgggtcaaatggtatttc i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40254912 327 - 94967081 tttcccacctatgagtgagaacatgcagtgtttggttttctgtccttgcgatagtttgctgagaatgctggtttccagcttcatccatgtccctgcaaaggacataaactcatccatttttatggctgcatagtattccatggtgtatatgtgccacattttcttaatccagtctattattgatggacatttgggttggttccaagtctttgctattgttaatagtgctgcagtaaacatatgtgtgcatatgtctttacagtagcatgatttataatcctttgggtatatacccagtaatgggattgctgggtcaaatggtatttc i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16604250 204 + 61074082 I e mm10.chr11 111223769 121 + 122082543 I e chlSab2.chr16 23836548 0 - 75148670 C e rheMac3.chr16 67701367 0 + 80904711 C e calJac3.chr5 118694656 0 + 159171411 C e papAnu2.chr16 61731198 0 + 74645514 C e macFas5.chr16 67447384 0 + 80997621 C a score=3784.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 6266 5 + 223995 tagtt s panTro4.chr17 69105751 5 + 82630442 tagtt i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60117428 5 + 73212453 aagtt i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40255239 5 - 94967081 tagtt i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16604454 5 + 61074082 TAGTT i canFam3.chr9 I 204 I 2 e mm10.chr11 111223769 121 + 122082543 I e chlSab2.chr16 23836548 0 - 75148670 C e rheMac3.chr16 67701367 0 + 80904711 C e calJac3.chr5 118694656 0 + 159171411 C e papAnu2.chr16 61731198 0 + 74645514 C e macFas5.chr16 67447384 0 + 80997621 C a score=92973.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 6271 98 + 223995 AATGCTATCCTTCTAATTAGCTGTGGAAAAGTAGGTTT-TATCCACCATCTCTTGCTGAC-TTTT-----ATAGTAATAAATACCCTACGTgtatggttaggttt s panTro4.chr17 69105756 98 + 82630442 AATGCTATCCTTCCAATTAGCTGTGGAAAAGTAGGTTTATATCCACCATCTCCTGCTGA--TTTT-----ATAGTAATAAACACCCTATGTGTATGGTTAGGTTT i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60117433 99 + 73212453 AATGCTATCCTTCTAATTAGCTGTGAAAAAGTAGGTTTATATCCACCATCTCTTGCTGAC-TTTT-----ATAGTAATAAATACCCTATGCATATGGTTAGGTTT i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40255244 99 - 94967081 AATGCTATCCTTCTAATTAGCTGTGGAAAAGTAGGTTTATATCCACCATCTCTTGCTGAC-TTTT-----ATAGTAATAAACACCCTATGTATACGGTTAGGTTT i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118694656 99 + 159171411 AATGCTATCCTTCTAATTAGCTGCGGAAAAGTAGGTTTATATCCATCATCTCTTGCTGACTTTTT-----ATAGTAACAGACATCC-ATGTGTATGGTTAGGTTT i calJac3.chr5 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16604461 98 + 61074082 AATGTTTTCCTTCTATTTACCTGGGGAAAACTAGATTTTTAGCCAAATTCCAGTGATGAT-TTTTTTTTAATGGTAATAAA----CTCTGTGTATGATTAGGT-- i canFam3.chr9 I 2 C 0 e mm10.chr11 111223769 121 + 122082543 I e chlSab2.chr16 23836548 0 - 75148670 C e rheMac3.chr16 67701367 0 + 80904711 C e papAnu2.chr16 61731198 0 + 74645514 C e macFas5.chr16 67447384 0 + 80997621 C a score=2382291.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 6369 723 + 223995 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TAGATAGGTAGATTTTTAGGCATA-GTATAGATA---TACAGCTTTCTGAAAGGATACAAAAGAAACTATAATAGCCTCTAGAGG---------AAAAATAAAGTAGCAATGGATGAGGATGAGAGGATTAACCTTTTGACATTTCTTATACTTACTTATATTACCTAATCAAACATAATTAT--AAATCAAATCCAATCAAACAAAAACAACAGAAATTTATTCTCCTGGAAGAACGTGGGCTTTCAAGTGAATGAGTAATGACTTGTCATCATTTTTATGCATCATCAATAAAACATGATGAGCCGCATTCTTTCTACTTCACTCGAATTAA-TT-TTACCATTAAAAATTAATTCAATTTCAACGATCAGTTTATTATCTTTTAATTCTCTAAAAATGTGTCATCGTTTTTTGCTTTCAAATAAACATAGATGTACTTTGTTTAGATGCGCTGACATTTAGGATTCTACAAACTAATTTGTGCTTAATTACATCTCACTCAAAAGTTCAAACTTTTAACTCATAAAGTTTAACTTTATATTCTGGATTTCAGCAAAGCACTGCCTAACACATTGCATGCAGTAGGACAGG---AAGTGATGACTG-TTTCTTTCGGAGCTTCTGCCAGTATGGCGATGCCACATCTCAGTTCTCAGCATCCGTattcactcattc--------attcttttattcatttattctttcaCTTGCGCACAATGTTAATTAGGTCCTTTTCAGATGTTCAGTT i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60117532 734 + 73212453 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tagATAGGTAGATTTATAGGCATA-GTATAGATA---TACAGCTATCCTAAAGGacacaaaagaaactataatggcctctagaag---------aaaaataaagtagcagTGGATGAGGATGAGAGAATTAACCTTTTGACATTTCGTATATTTACTTATGCTACCTaatcaaacacaatttt-aaaatcaaatccaatcaaacaaaaacaacagaaattgattctcCTGGAAGAATGTTGGCTTTCAAGTGAATGAGTAATGACTTACGATCATTTTTATGCATCATCAATAAAACATTATGAGCCACATTCTTCCCCCTGTACACAAATTAA-TT-TTACCATTAAAAACTAATTCAATTTCAATGATCAGTTTATTACCTTTTAATTCTCTAAAAATGTgtcatcattttttcctttcaaataaaaatagatgtacTTTGTTTAGATGCACTGACATTTAGGATTCTACAAACTAATTTGTGCTTAATTACGTCTCACTCAAAAGTTCAAACTTTTAGCTCATAAAGTTTAACTTTATATTCTGGATTTCAGCAAAGTGCTGCCTACACCATTGCGTGCAGTAGGCCAGG---AAGGGATGACTG-TTTCTTTCAGAGCTTCTGCCAGTATGGAGATGCCACATCTCAGTTTTCAGCATCcgtattcactcattc--------attcttttattcatttattctttcacttgCGCACAATGTTAATTAGGTCCTTTTCAGATGTTCAGTT i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23836548 725 - 75148670 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rheMac3.chr16 I 17 C 0 s macFas5.chr16 67452901 64 + 80997621 agtatata--tgtgtgtatatttatatatatatacacatacatatcatataATTTCAGATTAATGA i macFas5.chr16 I 17 C 0 s papAnu2.chr16 61736571 60 + 74645514 agtatata------tgtgtatttatatatatacacacatacatgtcatataATTTCAGATTAATGA i papAnu2.chr16 I 17 C 0 s chlSab2.chr16 23841889 66 - 75148670 agtatatatgtgtgtgtatatttatatatatatacacatacatatcatataATTTCAGATTAATGA i chlSab2.chr16 I 90 C 0 s calJac3.chr5 118699948 30 + 159171411 ------------------------------------TATATATGTGATATAATTTCTGATTAATGA i calJac3.chr5 C 0 C 0 s mm10.chr11 111228696 38 + 122082543 ----------------------------tgtgtgcatgtATTTGTCAAATAACTTTTGCCTACTGA i mm10.chr11 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16609603 447 + 61074082 I a score=1003833.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 11843 326 + 223995 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papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23856805 7 - 75148670 aagctat i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118713697 7 + 159171411 gaaccat i calJac3.chr5 C 0 C 0 s mm10.chr11 111246090 7 + 122082543 GAATATT i mm10.chr11 I 696 C 0 e canFam3.chr9 16622306 0 + 61074082 C a score=922613.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 26341 272 + 223995 atcaGTTGCTTACAGAGCAACTCGGCCCTCTTTTAAAAAGATAAATGGCTCAAATTGCATTCTTATACTAAAACAGGCCTA-GATGTATTTGTGCCAGGAGTA---TGTTGTTGTTTTGTGTGTGACAAAAAAG-----------------CTTTAGATCATGCCAAGTAATCACACTTTGATTCAAAACAGAGGCCACATGTTTCTGAAATCAGGACCTCTTTCTACTGCTTTTCAGACATAGCATGGCTCTCCAAGGCCAGAAAAATTGAGTAATTGTTGTTACTATTTTA s panTro4.chr17 69125812 272 + 82630442 atcaGTTGCTTATAGAGCAACTCGGCCCTCTTTCAAAAAGATAAATGGCTCAAATTGCATTCTTATACTAAAACAGGCCTA-GATGTATTTGTGCCAGGAGTA---TGTTGTTGTTTTGTGTGTGACAAAAAAG-----------------CTTTAGATCATGCCAAGTAATCACACTTTGATTCAAAACAGAGGCCACATGTTTCTGAAATCAGGGCCTCTTTCTACTGCTTTTCAGACATAGCATGGCTCTCCAAGGCCAGAAAAATTGAGTAATTGTTGTTACTATTTTA i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60137625 270 + 73212453 atcaGTTGCTTATAGAGCAACTTGGCCCTCTTTTAAAAAGATAAATGGCTCAAATTGCATTCTTATACTAAAACAGGCCTATGATGTATTTGTACCAGGAGTA---TGTTGTTG---TGTGTGTGACAAAAAAG-----------------CTTTAGATCATGCCGAGTAATCACACTTTGATTCAAAACAGAGGCCACATGTTTCTGAAATCAGGACCTCTTTCTACTGCTTTTCAGACATAGCATGGCTCTCCAAGGCCAGAAAAATTGAGTAATTGTTGTTACTATTTTA i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40275287 273 - 94967081 atcaGTTGCTTATAGAGCAACTTGGCCCTCTTTTAAAAAGATAAATGGCTCAAATTGCATACTTATACTAAAGCAGGCCTATGATGTAGTTGTGCCAGGAGTA---TGTTGTTGTTGTGTGTGTGACAAAAAAG-----------------CTTTAGATCATGCCAAGTAATCACACTTTGATTCAAAACAGAAGCCACATGTTTCTGAAATCAGGACTTCTTTCTACTGTTTTTCAGACATAGCATGGCTCTCCAAGGCCAGAAAAATTGGGTAATTGTTGTTAGTATTTTA i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67721713 276 + 80904711 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i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61752492 430 + 74645514 GACTTTTAGATCTACCCAGGGGGATTTGTCTTTCTCCACTGTTTTATCATGGTGAATATTATTAAAACTGCCAAGCCTTATTCTACACATACAAGTAAGCTATTACTGAATCCACCTGCTCCACTCCAAGTCTGAGAATCGCTGTTCAAACAACAGAGTATGCAGCCGTCATTAAAACTAAACCAACAGTAAACCCAGACATAGATCAAAGATCATTTCAGGTGCCAGTTGGGCTAATCAATGCTTCAGTAATTGAGcattgttttggttt-ggttttaataACTT---------ATAAACACTTTCAG--------GTACATTATCACATGTAATCCTCATTGTAGCTCTAGTGGGGGAAGA-TAGGGTGGAGGCCATCATCTATGGGGTCATTTTATAAAAGACGGAT--------------TTTAGAGTGAACTTATAAAGACT----CAAAATCTTACAGAGA i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23857085 429 - 75148670 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TCTTCTTACACTTACATGGCCCTTGGGATAAGATGGGAGCACAGGCTTCCATCCTTATACCCATGTAGCACCACTTCAGCCCCATTTATTA i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67723674 91 + 80904711 CCTTCTTACACTTATATTGACCTTGGAATAAGATGGGAGCACAGGCTTCCATTCTTATACCCACCTACCACCACTTCAGCCCCATTTATTG i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67469889 91 + 80997621 CCTTCTTACACTTATATTGACCTTGGAATAAGATGGAAGCACAGGCTTCCATTCTTATACCCACCTACCACCACTTCAGCCCCATTTATTG i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61754182 91 + 74645514 CCTTCTTACACTTACATTAACCTTGGGATAAGATGGGAGCACAGGCTTCCATTCTTATACCCACCTACCACCACTTCAGCCCCATTTATTG i papAnu2.chr16 C 0 I 7 s chlSab2.chr16 23858776 91 - 75148670 CCTTCTTACACTTACATTGACCTTGGGATAAGATGGGAGCACAGGCTTCCATTCTTATACCCACCTACCACCACTTCAGCCCCATTTATTG i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16624789 89 + 61074082 CCTATTTACACTTCCATTGCCCTTAGGATAAGACG--AGCACAGGACTCCATTCTGATTCCCACCTTTCATGACTTCAGTCTCATTTCTTG i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111247906 332 + 122082543 I e calJac3.chr5 118715335 101 + 159171411 I a score=141631.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 28384 59 + 223995 TCACTTCTCACCCTTCTCATCTACCTTCCATCTATTCTCAACTTTCA----TTCGGCACATAC s panTro4.chr17 69127858 59 + 82630442 TCACTTCTCACCCTTCTCATCTACCTTCCATCTATTCTCAACTTTCA----TTCGGCACATAC i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60139661 58 + 73212453 TCACTTCTCACCCTTCTCATCTACCTTCCATTTATTCTCAACTTTCA----TTCGGCACAT-T i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40277490 59 - 94967081 CCACTTCTCACCCTTCTCATCTACTTTCCATTTATTCTCAACTTTCA----TTCGGCATACAC i nomLeu3.chr14 C 0 I 4326 s rheMac3.chr16 67723765 59 + 80904711 TCACTTCTCACCCTTCTCATCTACCTTCCATTTATTCTCAACTTTCA----TTTGGCACATAG i rheMac3.chr16 C 0 I 2 s macFas5.chr16 67469980 59 + 80997621 TCACTTCTCACCCTTCTCATCTACCTTCCATTTATTCTCAACTTTCA----TTTGGCACATAG i macFas5.chr16 C 0 I 2 s papAnu2.chr16 61754280 59 + 74645514 TCACTTCTCACCCTTCTCATCTACCTTCCATTTATTCTCAACTTTCA----TTCGGCACatag i papAnu2.chr16 I 7 I 2 s chlSab2.chr16 23858867 58 - 75148670 TCACTTCTCACCCTTCTCATCTA-CTTCCTTTTATTCTCAACTTTCA----TTCGGCATGTAG i chlSab2.chr16 C 0 I 2 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macFas5.chr16 I 2 C 0 s papAnu2.chr16 61754341 171 + 74645514 ttcttttctt--------------------tttttttttcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg----tatgtgtgttttgccTTCAGGTCTATTATTCTCTTACTTCCTCTGATGCCATTTTTGCTT--AACTCTCACCCACTCACCCTCCACATCCTGAATTTGACTTCAGAACACCTTCCATTATTCTGTAATTTTA i papAnu2.chr16 I 2 C 0 s chlSab2.chr16 23858927 191 - 75148670 TTTTTTCTTtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatgtgtgtgtgtgtgcatgtgtgtgtgtgtgtg----tgtgtgtgtTTTGCCTTCAGGTCTATTATTCTCTTACTTCCTCTGATGCCATTTTTGCTT--AACTCTCACCCATTCACCCTCCACGTCCTGAATTTGACTTCAGAACACCTTCCATTATTCTGTAATTTTA i chlSab2.chr16 I 2 C 0 s mm10.chr11 111248308 125 + 122082543 CTGCATTCTC----------------------------------------------------------------TTGGTACTCTGATCCATTCTGTTGCTATTAACTGCCATGCCA--TTTTCTT--GACTCTGTGGGGCCC-CGCTCCAGGCCTTGGAAATGACTTCTGAACCTCTGCTATGACT-TGCCATTT-- i mm10.chr11 I 7 C 0 s canFam3.chr9 16624912 76 + 61074082 ---------------------------------------------------------------------------------TCAGG-------------------------------CTGTGCTCTGGACTGTCTGCTACTCATTTTCCACGTTCTGCACTTGACCTCAGAGCATCTGTCACTCTTTA--------- i canFam3.chr9 C 0 C 0 e calJac3.chr5 118715335 101 + 159171411 I a score=1810261.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 28573 548 + 223995 ATGGGTCAGATTCTCCTATTATGGTTCTATAACCTTGTATTTCCC--TCAAC--ATTGTATT-GGTCATATGTTATGATATTGCTGATCTAATTATTTGTGAATACAGAATACATGTATCTCTAGCTTATCATTACAGCTATAG----TAACATTGTGCCTGGCATATGG------------GCATACTTGTTG-----CACAAACAAATGGTTTGTCCTTGAAAGTCACATACATGTAACAGCACAGaataacatgggcttttggatgagagaaaagtttgaatcttgggtctgtcatttatttactgtatttgttttgacaaattac-----ttatctggacct--gttttgtatgtacaaaatgagtacaatagcaatcaactcatgaggttgttgtaattgccaaacaggcctgtaaagaactgggcacattt-aagtgctcagaaaaggg------------------------------agcttttagaattattAGCTGATTCATTGAAGGTTTCATTAAGT--GAAACTTACATCAAATGCCTATTTGTTCAGAAAATGTTGGTGTGATCTGGCAAGACATAATCCTTTCCTTGATACTTAATTTC s panTro4.chr17 69128047 548 + 82630442 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tccaatatttaacattcaacCAATGCCTCCTGAGTACCTGTTGTGTGCCAGATACTGGGCTGGACCCTACTGGCAAAT-------ATATAGGCAACTTAAACATAATGGCAACCTGAAGAGTCTGGGTGGATGTCCCTTCCACAACATACTAGAT--GACTCATGGACCATAAGCAGAGAAGGGACTTGGTCTTTGGTATACAGCAGTAGTTCTTAACAGTGTGTGGGGGCACATTGCCCAACAGAGGGTTATTTGGTAGCGTCTAGAGGCG-TTTTTGATTGATTGTCACaattggagggaaaaaaattgtGTTACTGGTATCTAAGTGAGTAAAGACCAA i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23870477 331 - 75148670 TCCAATATttcacattcaaccaatgcctcctgagtacctgctgtgtgccagatactgggctggaccctACTGGCAAAT-------ATATAGGTAACTTAAACATAATGGCAACCTGAAGAGTCTGGGTGGATGTCCCTTCCACAACATACTAGAT--GACTCATGGATCATAAGCAGAGAAGGGACTTGGTCTTTGGTATACAGcagtagttcttaacagtgtgtgggggcatattgcccaacagagggttatttggtagcgtctagaggcg-tttttgattgattgtcacaattggaggg-aaaaatctgtgttactggtatctaagtgagtaaagaccag i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118726428 329 + 159171411 TCCAATATTTAACTttcaactaatgcttactgagtacctgctgtatgccagatagtaggctggaccctactggcaaat-------acatggataagttaaacatgattactaccTGAA-AGTGTGGATGGATGTCTCTTCCAGAACATACTAGAT--GATTAATGGATCATAAACAGAGAAACGTCTTGGTCTTTGGT-TAGAGcagcagttcttaatggtgtg-aggggcactttgcccaacagagcattatttgatagtgtctagaggca-tttttgattgatcatcacaattggaggggaaaatgctgtgctactggtatctaagtgcataaaggccaa i calJac3.chr5 I 638 I 9 s canFam3.chr9 16635838 283 + 61074082 TCCAATATTTAAAattcaactaatacttactgagtttttactggatgctag-tccaaggctagaccctattgacacatagggtcaataagGGTAAGTTAGACATGTTCTCAACTT----AGTTTCCATGGATGACTCTTCCA-AATCTACTGAATCCACCTAAGGGATTATAAGCAAGGAAAGGACTTCCTTTTTGGTGTGGAG---------------------ggaggca---------------------tttatcatgtctaaaggca-ctt----ttggttgtaatgactggtgagggga---cggtactactgtt-tttgagggggtagagtcc-- i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111257066 1458 + 122082543 I a score=451298.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 39683 168 + 223995 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s panTro4.chr17 69139699 985 + 82630442 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i ponAbe2.chr17 I 302 C 0 s nomLeu3.chr14 40294261 971 - 94967081 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i macFas5.chr16 I 1 C 0 s papAnu2.chr16 61766091 983 + 74645514 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i chlSab2.chr16 I 1 C 0 s calJac3.chr5 118727078 984 + 159171411 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i calJac3.chr5 I 1 C 0 s canFam3.chr9 16636405 946 + 61074082 TTTTATCCTCTTGTTTTTAGGGCCCACAATGGTTGCAGGTAAAACATA--------CTGGTCCTTAGGA-TAACAATA------------GCCACAAC--ACCAACAACTAACCCATATACAGCCCTTG--------------GGAACTGACcactgttctaaacatttttcatattaaattcacagctacactattgaagtggacactattattctgcatg-ttttagagatgacaaaactgagtacaagagtggttaattaggtggtcctgtggtcactcagcagtatgtggtagagccttgattggaacctaagtggcatggattcagagtctttgttcttaactaGGAACAACTAAACCACCTATTCCAATGTGAGctgtctacattttactc-atctcagctaccctccaagtatgtcttgggtcttgggacacattgttttctccatgcttcacgtttatcacctataaggcggg-----tctactatttgatttgggttgtgatagagtataagtgagttagtgtatggaaggcatttaaaacC--------AAAAAAGAAAGTTCTCAAAAAACTTCACCCATAATGATGACAATGATTCTTCTCTGGGGCACCTGCATTTTAGGATAGGCTGATGTTGT---------gtgg----aaagggtac----------tgcagtccagtagagttggtctgcatcctttcactgcttgtaattagctgtgggactttgaccaagttaagaagctctttgggccttgtttttcc-------------------ctttacaaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaagacagttgctaaat-ggaaataatCCTTTGGAAAAAATAAACGTAA---AATTTACTGAGGAAATGCATAGTTCAGTTTCTA----AAAGAGAAATAAATGAACAGAAATGAAATTTTAAAAACTGTGAGCCTGTGGGAAATCATAATTTCATATTAGCTTTCCTACGATCACCTGATCCCTGCTGTTCAAGTATATTTCATCCTTTTGTAAAAT i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111257066 1458 + 122082543 I a score=1181095.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 41091 396 + 223995 TA--TCTCAtcttggatcgtcttatgctgctgtaatggactaccatagactgagtgattta-taaagaacataaatttattcctcacagttctggaggctgggaagttcaaactcaagacaccaacatctggtgagggcctccttgctatgccctcctcacatggcagaaggcagaaggacaagtggggataaacccaatgtcctcacatggcagaaaagtgcttgagagaaaacccactcctgcaagcccttttaatagtagcattagttcattaatgaaggtggagccttgatgaagatttaacaccttccatcaagcctcacctcccaatactgttgcactgggtatgtattcagtttccaacacatgagttttggggaacacactcagaccatag s panTro4.chr17 69140684 393 + 82630442 TA--TCTCAtcttggatcgttttatgctgctataatggactaccatagactgagtgattta-taaagaacataaatttattcctcacagttctggaggctgggaagttcaaactcaagacaccaacatctggtgagggcctccttgctatgccctcctcacatggcagaaggcagaaggacaagtggggataaacccaatgtcctcacatggcagaaaagtgcttgagagaaaacccactcctgcaagcccttttaatagtagcattagttcattaatgaaggtggagccttgat---gatttaacaccttccatcaagcctcacctcccaatactgttgcactgggtatgtattcagtttccaacacatgagttttggggaacacactcagaccatag i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60152720 393 + 73212453 TA--TCTtatcttggattgttttatgctgctgtaatggactaccatagactgagtgattta-taaagaacataaatttattcctcacagttctggaggctgggaagttcaaactcaagacaccaacatctggtgagggcctccttgctatgccctcctcacatggcagaaggcagaaggacaagtggggataaacacaatgtcctcacatggcagaaaagtgcttgagagaaaacccactcctgcaagcccttttaatagcagcattagttcattagtgaaggtggagccttaat---gatttaacaccttccattaagcctcacctcccaatactgttgcactgggtgtgtattcagtttccaacacatgagttttggggaacacattcagaccatag i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40295232 393 - 94967081 TA--TCTCAtcttggatcgttttatgctgctataatggactaccatagactgagtgattta-taaagaacataaatttattcctctcagttctggaggctgggaagatcaaactcaagacaccaatatctggtgagggcctccttgctatgccctcttcacatggcagaaggcagaaggacaagtggggataagcccaatgtcctcacatggcagaaaagtgcttgagagaaaacccactcctgcaagcccttttaatagcagcattagttcattaatgaaggtggagccttaat---gacttaacaccttccattaagcctcacctcccaatactgttgcactggctatgtattaagtttccaacacatgagttttggggaacacattcagatcatag i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67736457 395 + 80904711 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nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67736852 235 + 80904711 caTCTTTGTTAGGAGGATATTACTCTCTGTGCTTAGACAGCTAGTGGGTGGTCACTAAGAAGTTTTGAATGATACTGGTAAATGCAGG-------------------GTGTGTGTGTGTATG------TGTGTGTCCCTGCAAAC----------ATGAATACACATGTGCATATAGAAAACCAAAGAACA--GCAAAGACTTGAACCTTCCTTGTCTGC-------------TTGAGCCTATCGGAACATACCCTTTCAGCAG----CTCACAAGAGGGGTTGATGCC i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67483230 235 + 80997621 caTCTTTGTTAGGAGGATATTACTCTCTGTGCTTAGACAGCTAGTGGGTGGTCACTAAGAAGTTTTGAATGATACTGGTAAATGCAGG-------------------gtgtgtgtgtgtatg------tgtgtgtCCCTGCAAAC----------ATGAATACACATGTGCATATAGAAAACCAAAGAACA--GCAAAGACTTGAACCTTCCTTGTCTGC-------------TTGAGCCTATCGGAACATACCCTTTCAGCAG----CTCACAAGAGGGGTTGATGCC i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61767469 235 + 74645514 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calJac3.chr5 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16637351 271 + 61074082 CATATGTGTTAGGAGAA-ATTGCCTTCTGTGCTTAGGTAGCCAGCTTA-AGTCACTAAGAAGTTTTGCAC--TCATGGTAAATCTAGT----------GTGTGTGTTGtgtgtgcgtgcatgcacacacatgtgtgcatgcatgcatgaatgtgtatgaacaggcatgtgcacatgGAAAACCAAAGAG----GACAAGGATTCAGCCTACTTTGTCTACTTGTCTACTTTGTTTGCACCTGTAGGCACATACCCTCTTACCAGGTGATCTAGGAGAAGACATGATAGA i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111257066 1458 + 122082543 I a score=540155.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 41740 156 + 223995 --AGGC--TGGCCAGCGGAAAACTGGTTCTGGTGAGTGGTTT--GAGCATAATGGCTATCAGAGGATCCAGTTGGT-TTAGTTGAAAACTGGGAGTATATA---AAAACATTATCTTCAG--CTTTTATTGACTAAATTATTGCCCATAA-CTAGTACTTGTCCTATTT s panTro4.chr17 69141320 156 + 82630442 --AGGC--TGGCCAGCGGAAAACTGGTTCTGGTGAGTGGTTT--GAGCATAATGGCTATCAGAGGATCCAGTTGGT-TTAGTTGAAAACTGGGAGTATATA---AAAACATTATCTTCAG--CTTTTATTGACTAAATTATTGCCCATAA-CTAGTACTTGTCCTATTT i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60153358 156 + 73212453 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AATAAAATAGACTTAGggctgggcacggtggctcatgcctgtaat-ctcagcacttttggcggatcacgaggtcaagagatgaagaccatcctggccgacatggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagctgggtgtggtggtgcgcaccactagtcccagctactcgggaggttgaggcaggagaatcacttgaacccaggaggcggaggttgcagtgagctgagattgcacaactgcactccagtctggcaacagagcgagattctgtctc------aaaatagtaata i macFas5.chr16 C 0 I 26 s papAnu2.chr16 61770724 294 + 74645514 aaaaaaatagacttagggctgggcacggtggctcatgcctgtaat-cccagcacttttggcggatcacgaggtcaagagatgaagaccatcctggccaacatggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagctgggtgtggtggtgcgcaccactagtcccagctactcgggaggttgaggcaggagaatcacttgaacccaggaggtggaggttgcagtgagctgagattgcacaactgcactccagtctggcaacagagtgagattctgtctc------aaaataataata i papAnu2.chr16 C 0 I 8 s chlSab2.chr16 23875856 294 - 75148670 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chlSab2.chr16 I 29 C 0 e canFam3.chr9 16639459 332 + 61074082 I e mm10.chr11 111259702 616 + 122082543 I e calJac3.chr5 118731725 2 + 159171411 I a score=3310515.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 45148 1136 + 223995 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i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40299199 1137 - 94967081 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taGACTTAGTtcccccaaggatactgtcttctctacgtgcctctcaaatggtgcctattgctccatttgctaaccaagtactactataatgtaaa--gtgattttggtgtttgctttgc----ttctaacagc--------tatgcctgttcccttcttcctgaaacccttcttcctgaaaatatcctcaaaagtcatcagattattccacctacaatgctttttgtgttgattatttaataagctttctataattctc-tttttctcattgaaaaattttagcatctggccagctgtctttctcttttctaatatgcttgccaacattcttggtgccttcaccatctatatagatgacccaatgataccggaatggggcaggga-----------------agggctgagtagaaaatggtgggatccctggcaagggctccaccttcggacctctgcccacagacctaagtgagaacaggcgttcctgttttcatgctgaaatgttgcgttttccaagaccactctggtctaccatg-ccccccatcctgtgcccataaaaacctgagaccctagcgggcacagacccaagtggtggggcattgaaaggagcagaacaacacaccgacagaccccagcagataccagcagaccatcaacagtgggatgatgcagaactgagttggagttggttggaggagaatctggtcactgagcagcctgactccagggaaagacgaccttcccactccatcccccttctggctccccatccacctcactgagagctacctccaacactcaataaaaccttgtacccatcctccaagcccacgtgtgatctgatttttccggtacactagggaaagaaccccaggatacaaaaagccatctgtccttgctataaggcagagggtctaatggaactgacttacacaagctgcctgaagatggcaaaactgaaagagcgcactg-taacacacacccactggggcctcaggagctgtaagcacccaatcctagatgctgctgtggggctgaagcccaaaaacactccccatgaccgcctgtctgcatgctccccctaacggcttcagcagccgggcaccaaagaagcgaatcacacccctgttgcatgctctgggtggagacctataaggcaactccacccatttta i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118731727 1151 + 159171411 tagtcttaatttccccaaagatactgttttccctacatgcctctcaaatggtggctattgttccattcactaaccaagtacaaccataatctaagatataattttggtgtttactttgcttctttctgacagctgtatctgtatacctgtt---------------cacttcttactccaaatatcctagaaagccatcaaattattcctcctatgatgctttttgtggtcattatttaacaaactttct---attttc-ctttcctcactgaaaactttcagcatctgactaa--gtcagattattttttattatgcttgccaacattcttggtgctttcactatctatataaatgacccaacgatatgtgaagggggcagggaatgtgaaggaatatgtgaaggatgggtaaaatagggtagggtccctggcaagggctccaccctcaggcctctgtccacagacctaagtgagaacaggcactcctgttttcaatcccaagtattgcattttccaagactattctggtctaccatg--cccctatcctgtgcccatgaaaacctgagaccttagcgggcacagacacaagtggctggacatagagaggagcagaacaacacaccaacagacaccagcagacaccagcaggccatccacgatgggacaatgaggaatttggtccgggttggttggaggagaatc-ggctgctgggtagcctgactctagggtaaaactaccttcccactccatctgccttctaactccccatccacctcactgagggctaccaccaccactcagtaaaagcttgtatccatcctccaagctcacatgtgatcgaatttttccggtacactagggcaagaaccccaggatacagaaagccatctgtccttgcgataaggcagaaggtctaattgaattgattcacacaagctgcctgaagacagcaaaactgaaaggacgcactg-taacacacgcccactgaggcctcaggagctttaagcactcaactctagatgctgctgtgggtttggagcccaaaaacactccccaggaccgcttgtcttcatactcggcttaagagtttcagtagcagagcaccaaagaagtgaaccacacccctgtcatatgctctg---taaggggtataaggcaactccccacattgta i calJac3.chr5 I 2 C 0 e canFam3.chr9 16639459 332 + 61074082 I e mm10.chr11 111259702 616 + 122082543 I a score=801035.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 46284 239 + 223995 ccaagaccctatcactacttctctatcactccacccaccttactctcctccTCACACAGCTTAGAAACCAGACTTTAAaacttccttgaccctcttttcaag-aaaaccttcctagattttcctagcaa-atgctaa-cctggc-----aaagcccaactctacctcttctgggcctgaactcaaaa-ggccttacaca-ctgg--aaaca-----aaacaaaacaacgc-----acaatgctgccagttttcatgttaca s panTro4.chr17 69145789 239 + 82630442 ccaagaccctatcactacttctctatcactccacccaccttactctcctccTCACACAGCTTAGAAACCAGACTTTAAaacttccttgaccctcttttcaag-aaaaccttcctagattttcctagcaa-atgctaa-cctggc-----aaagcccaactctacctcttctgggcctgaattcaaaa-ggccttacaca-ctgg--aaaca-----aaacaaaacaatgc-----acaatgctgccagttttcattttaca i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60157833 239 + 73212453 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ttaagaccctatcactacttctctatcactccacccaccttactctcctcctcacacagcttagaatccaGACTTTAAaacttccttgaccctcttttcaag-aaaaccttcctatattttcctagcaa-atgctaa-tctggc-----taagcccaaccctacctcttctgggcctgaactcaaaa-ggccttacacagctgg--aaaca-----aaacaaaacaatgc--acaacaatgctgccagttttcattttata i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61772144 243 + 74645514 TTAAGACCCTATCACTACTTCTCTATCACTCCACCCACCTTACTCTCCTCCTCACACAGCTTAGAATCCAGACTTTAAAACTTCCTTGACCCTCTTTTCAAG-AAAACCTTCCTATATTTTCCTAGCAA-ATGCTAA-TCTGGC-----TAAGCCCAACCCTACCTCTTCTGGGCCTGAACTCAAAA-GGCCTTACGCagctgg--aaaca-----aaacaaaacaatgc--acaACAATGCTgccagttttcattttata i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23877326 243 - 75148670 ccaagaccctatcactacttctccatcactccacccaccttactctcctcctcacacagcttagaatccagactttaaaacctccttgaccctcttttcaag-aaaaccttcctatattttcctagcaa-atgctaa-cctggc-----taagcccaaccctacctcttctgggcctgaactcaaaa-ggccttacagagctgg--aaaca-----aaacaaaacaatgc--acaacaatgctgccagttttcattttaTA i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118732878 247 + 159171411 ccaagaccctatcactacttctctctcacttcatccacctcactctcc---tcACACAGCTTGGAATCCAGATGTTAAaacttccttgaccctcttttcaag-aaaatcttcctgtattttcctagcaacatgctaaccctggc-----taagcccaactctacctgttctggtcctgaacccaaaa-gccgttacacagctgg--aaacaaaatgaaacaaaacaacac--acaacaatgctggccgttttcattttaaa i calJac3.chr5 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16639791 246 + 61074082 ccATGACCTT-TCACTATTTCTCTATTGCCCCATCCACCTTACTTTCC---TCATTTAGCTTAGATCCCAGACCCTCAAACACC---AACTTTCTCTTCGAGCAAAACCTTCCTATATTTTCCCTCCaa-accctaa-ccctgcaaacttaaacccaactttgccaattctgggcctggacccaaga-atccttacacagctggaaaaaca-----aaacaaaacaaaacagagaaccaagctgccagtttccactttaaa i canFam3.chr9 I 332 C 0 e mm10.chr11 111259702 616 + 122082543 I a score=17533.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 46523 12 + 223995 tatatgaTTTTT s panTro4.chr17 69146028 11 + 82630442 tatatga-tttt i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60158072 11 + 73212453 tatatga-tttt i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40300577 11 - 94967081 tatatga-tttt i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67488177 10 + 80997621 -atatga-ttaa i macFas5.chr16 C 0 I 13 s papAnu2.chr16 61772387 10 + 74645514 -atatga-ttaa i papAnu2.chr16 C 0 I 9 s chlSab2.chr16 23877569 10 - 75148670 -ATATGA-TTTT i chlSab2.chr16 C 0 I 3 s calJac3.chr5 118733125 11 + 159171411 tctgtga-TGTT i calJac3.chr5 C 0 I 2 s canFam3.chr9 16640037 11 + 61074082 tatacga-ttaa i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111259702 616 + 122082543 I e rheMac3.chr16 67741799 22 + 80904711 I a score=756055.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 46535 231 + 223995 TTAAAAAACTGCAATGTGCTTACAGCACAATTATAATGCAATTCTCCAGCATAGCAACCAATAACTGGGTAGGAGTTCCAGAGGA-GCTAGAAGTCTCAGATAagtggttg----caagggtgaatactggagtctaacacatc-tgcgtctaaacttgtctccgac-tttcaccaattgagtggcccggggcaagata---cctaaa-----cttcttacagctttgttgcctaatcaagaaaat s panTro4.chr17 69146039 231 + 82630442 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i calJac3.chr5 C 0 I 308 s canFam3.chr9 16648885 1000 + 61074082 ccAGCTTTTAAAATTCATGAGAGTATGTTTTCCTTTAGCTATGATACTTTTAAAAATT----AAAGAGAGTTAAGGAAGGACTGGTGCAGTAGA-AGTAAATCATTTCACAGACTTTTTACAGGTGAGAA-ATAAATAAGCAGGAAAAAAAAAAAAAGCAGGTTATACTGCCAACAGGTACTATTTACAATACCGGTTCTCAGTATTTTGAGCAATACTTGACGGGATGTGAAATACGTTGAGATTCACCACCA--ATTGTTTTTTTAAGTAAAGTCTGAtt---ttccaattgtagtatcaactacaatttcagaaaatcgtacaaatcacaagtaggcagtttaatgaaattttacaagatgaagccatgaaaccatgacctggatcaaaatgtTAAG-----------CCTGGAAATTCTCTCTGATTGCCTTTCTATAATT-TCTTCTACCCATAGATAGCCACTATATTAATTTGTAGCTCATAAATTAATTTTGCTTGTCTTTAAAAAAAATCTT---CAGATGAAATATTTTGGGTGAGACATCTTTTCTCAACGTTGT---------------TTATACCA-CTTTATCATAGATTTTTCATATCCATTGTGATAAGGTATTT-------------TCAATACATT---TCTAGTTGGAGT-------------ATTTT------------------------ATA---TCTT-TGCTATTT----TATTGCTAAT--TTGTATATTTACCATGttttct--ctttttctttg-gaatgatcaaatacttttttt--tgttctctattagcttattacttgtacaatatgttattaatctactaaca---ttcagagtgcaacatgcctctctaactatgagtaagtgctttt----ctaagtgcataaagcaaggactccagaatactaactccatttgctcccccacttccgttttttcttatactc-tgtcatgtttttatttcaagtat-atttgaactcctaaatagc---attgctaa--------agta----tttagacttattcatgtaat--tactcttttgctct-----------gtttagtgtttccagct-aga---------------------------------------ttatgttctttcaaagaacataagaatgtccc i canFam3.chr9 I 6659 C 0 e mm10.chr11 111261374 627 + 122082543 I a score=2580211.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 49820 824 + 223995 tcatatttaattttatgttcatctaatggtgacaaattgtcttaatatttgtttttctgaaaatatctttattccacctgcattttaagaaaatgttgctcaatacaggataacgggtcaacatttttgtggggacaggcacatcatgttctcattaagtgagaacattgtggctgccatattttctgtcaaaaagtcat--------------------atattttctgtcaaaacatggctgctatattttctgtcaaaaagtcaaatagcaaacattatttttcctttgagaaaagtttgtcctttgttctaggtgcttttaaaagtttgtct-----ttcttttcagcagttttctt-----------ttgctatgactgtatatgatttcgttgttat--------tctgttgtttgctaaa-gtttgaatc-----------------tttgg------gttgat--atattgctctgacc--tattctttttaattcgtaattctaagaatcaaactacatgtattttaggctgttctagaatgttctatgtat----------attttctgtat-tttctc--tgagttttagtctgatattttacctatcttctagcagactcatcctttcttctcttctgtctaacctactacagttagttgagtgcttaattttaattacagtatatgtt----ttcagctttggaattttcatt--------------------------------------tctagctttctgaatatgttaatatcgttaccttaaatactctatctgaagactccaacgcctagatcacctcagaatctgcctctattttctgtg--tttctt-----gtcctattttacaggatgcctcaaga---ttttaattggatgtcagctattgtgtgtgaacaattatggagaattttggataatactt s panTro4.chr17 69149309 850 + 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ponAbe2.chr17 60161317 848 + 73212453 taatatttaattttatgttcatctgatggtgacaaattgtcttaatatttgtttttctgaaaatatctttattcctcctgcattttaagaaaatgttgctcaatacaggataatgggttaacatttttgtgggaacaggcacatcatgttctcattaagtgagaacattgtgggtgccatattttctgtcaaaaagtcatatatcaaacttacagctgccatgttttctgtcaaaacatggctgctatattttctgtc--aaagtcaaatagcaaacattatttttcctttgagaaaagtttgtcctttgttctaggtgcttttaaaagtttgtct-----ttcttttcagcagttttctt-----------ttcctatacctgtatatgatttcgttgttat--------tctgttgttggctaaa-gtttgaatc-----------------tttgg------gctgat--acatcgctctgacc--cattctttttaactcataattctgagaatcaaactacacgtattttaggctgttctagaatgttctatgtatattttctgtcattttctgtat-tttctc--tgagttttagtctgatattttacctatcttctagcagactcatcctttcttctct----tctaacctactacagttagttgagtgcttaattttaattgcagtatatgtt----ttcagctttggaattttcatt--------------------------------------tctagctttctgaatatgttaatatcattatcttaaatgttctatctgaagactccaatgcctagatcacctcagaatctgcctctattttctgtg--tttatt-----gtcctattttataggatgcctcaaga---ttttaattggatgtcagctactgtgtgtgaacaattatggagaATTTTGGATAATACTT i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40303853 818 - 94967081 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i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67491505 856 + 80997621 taatatttaattttatgttcatctgatggtgacaagttgtctcaatatttgtttttctgaaaatatctttattctacctgcattttaagaaaatgttgctcagtacaggacaatgggttaacatttttgtggggacaagcacatcatgttcttattaagtgagaacattgtggctgccatattttctgtcaaaaagtcatatatcaaacttacagctgcCATATTTTCTGTCAAAACATGGTGGCTATATtttctgtcaaaaagtcaaatagcaaacattatttttcctttgagaaaagtttgtcccttgttctaggtgattttaaaactttgtct-----ttcttttctgcagttttctt-----------ttgctatgcctatatatgatttcattattat--------tctgttgtttgctaaa-gtttgaatc-----------------tttgg------gttgat--atattgctctgcct--cattctttttaactcgtaattctaagaattgaactacatgtattttaggctgttctagaatgttctatgcatattttctgtcattttctgtat-tttctctttgagttttagactgatattttacctatcttctagcagactcatcctttcttctcttccgtctaacctactacagttagttgagtgcttaattttaattacagtgtatgtt----ttcagctttggaattttcatt--------------------------------------tctagctttctgaatatgttaatatcattatcttaaatgttctatctgaagactccaatgcctagatcacctctgaatctgcctctattttctgtg--tttgtt-tatcgtcctattttacaggatgcctcagga---ttttaattggatgtcagctattatgtgtgaacaattatggaaaattttggataac---- i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61775708 856 + 74645514 taatatttaattttatgttcatCTGATGGTGACAAGTTGtctcaatatttgtttttctgaaaataacttTATTCTACCTGCATGTTAAGAAAATGTTGCTCAGTACAGGATAATGGGTTAACATTTTTGTGGGGACAAGCACATCATGTTCTCATTAAGTGAGAACATTGTGGCTGCCATATTTTCTGTCAAAAAGTCATATATCAAACTTAGAGCTGCCATATTTTCTGTCAAAACATGGTGGCTATATTTTCTGTCAAAAAGTCAAATAGcaaacattatttttcctttgagaaaagTTTGTCCTTTGTTCTAggtgattttaaaactttgtct-----ttcttttctgcagttttctt-----------ttgctatgcCTATATATGATTTCATTATTAT--------TCTGTTGTTTGCTAAA-GTTTGAATC-----------------TTTGG------GTTGAT--ATATTGctctgcct--cattctttttaactcGTAATTCTAAGAATTGAACTACATGTATTTTAGGCTGTTCTAGAATGTTCTATgcatattttctgtcattttctgtat-tttctctttgaGTTTTAGACTGATATTTTACCTATCTTCTAGCAGActcatcctttcttctcttccatctAACCTACTACAGTTAGTTGAGTGCTTAATTTTAATTACAGTGTATGTT----TTCAGCTTTGGAATTTTCATT--------------------------------------TCTAGCTTTCTGAATATGTTAATATCATTATCTTAAATGTTCTATCTGAAGACTCCAATGCCTAGATCACCTCTGAATCTGCCTctattttctgtg--tttgtt-tatCGTCCTATTTTACAGGATGCCTCAGGA---TTTTAATTGGATGTCAGCTATTATGTGTGAACAATTATGGAAAATTTTGGATAAC---- i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23880876 854 - 75148670 taatatttaattttatgttcatctgatggtgacaaattgtctcaatatttgtttttctgaaaatatctttattctgcctgcattttaagaaaatgttgcttggtacaggataataggttaacatttttgtggggacaggcacatcatgttctcattaagtgagaatattgtggctgccatattttctgtcaaaaagtcatatatcaaacttacagctgcCATATTTTCTGTCAAAACATGATGGCTATATtttctgtcaaaaagtcaaatagcaaac---atttctcctttgagaaaagtttgtcctttgttctaggtgattttaaaactttgtct-----ttcttttctgcagttttctt-----------ttgctatgcctatatatgatttcattattat--------tc---tgtttgCTAAA-GTTTGAATC-----------------TTTGG------GTAGCT--atattgctctgcct--cattctttttaactcataattctaagaattgaactacatgtattttaggctgttctagaatgttctatgcatattttctgtcattttctgtat-tttctctttgcgttttagactgatattttacctatcttctagcagactcatcctttcttctcttccgtctaacctactacagttagttgagtgcttaattttaattacagtgtatgtt----ttcagctttggaattttcatt--------------------------------------tctagctttctgaatatgttaatatcattatcttaaatgttctatctgaagactccaatgcctagatcacctctgaatctgcctctattttctgtg--tttgtt-tatcgtcctattttacaggatgcctcagga---ttttaattggatgtcagctattatgtgtgaacaattatggaaaattttggataacactt i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118736381 827 + 159171411 taatatttaattttatgttgatctaatgttgacaaattgtatcaatatttgtttttctgaaaatgtctttattctgcctgcat-ttaaaacaatgttgct-aatacaggataatgggttaatatttttgtggtggcaggcacataaggttctgattaagtgaaaacattgtggctgccatattttctatcaaaaagtcatacatcaaacttacagctgcagtattttctgtcaaaacatagctgccatattttctgtcagaaagtcaaatagcaaacattagttttcctttgagaaaaatttgttctttgttctaggtgattttaaaagtt----t-----ttctttttggcagttatctt-----------ttgctatgcttgtgtatgattttgttattatttattctgtctagagtttgctaaa-gtttgaatc-----------------tttgg------gttgat--ctattgctct------cattctttttaactcattattctaagaatcaaattacatgtattttaggctgttctagaatgttctatgcatattttctgtcattt------t-tctctttctgagttttagtctgatactt----tttcttctagcagactcatgctttcttctcttctatctaacctactacagttagttgagtgcttaattttaattacagtgtatgtt----ttcagctttggaatttccatt--------------------------------------tctagctttctga--atgttaatatcattatcataaattttctgtctgaagactccagtgcctctgtcacctctgaatctgtctctattttctgtg--tttgtt-tcttgTCCTATTTTATAGCATCCCTCAAGA---TTTTAACTGG----------------TTGAACAATTATGGAGAATTTTGGATATT---T i calJac3.chr5 I 308 C 0 s canFam3.chr9 16649885 824 + 61074082 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i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40304671 988 - 94967081 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atctgtagatcttactcttcctccataaatgaaattttgtttgctttcaccaacatctctccattttccccactcccccagcaaccaccgtttcgtaatctacttttatgagttcaac-ttttctagattccacatatacataagatcatgcggtatttctctttctgtgtctggtttatctcatttagcttaatgtctttcaggttcatccatgttAGTAGCTGGAGTATTCTTGTGTTTCTTAGAGTAGATTAATTTCAGCATGCTTATTTATCTGAGTTTTTTGGTCCCTTCTTCAATAAGTTGCTAAGGCATTTCTGGAGTCTATATCATTTAACATCAGCCATTTATTTTTTCCCCTAAGTCTTCAATGACCATTCTAGCTATTAAGACCAAGTATACCAACTGCAGAAGCTCTTGCCAGGAAGTTGAATTCTGAATCTTGAGAGTACCTCC-TATCAGCCAACCTCTCCCTAATCAG-TTTTATAGTCTGTCTGCCTTCCTCTGCAGAGCACACTCAAGGTTTATTTATAT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118742071 523 + 159171411 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rheMac3.chr16 67749133 22 + 80904711 AAATGTTCTTCCCGggctggct i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67495425 22 + 80997621 AAATGTTCTTCCCGggctggct i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61779666 22 + 74645514 aaatgttcttcccaggctggct i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23884873 22 - 75148670 AAATGTTCTTCCTGggctggct i chlSab2.chr16 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16651863 1591 + 61074082 I e mm10.chr11 111261374 627 + 122082543 I e calJac3.chr5 118742594 0 + 159171411 C a score=1314.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 52209 1 + 223995 g s panTro4.chr17 69151710 1 + 82630442 g i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60165266 1 + 73212453 g i ponAbe2.chr17 C 0 I 2 s rheMac3.chr16 67749155 1 + 80904711 g i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67495447 1 + 80997621 g i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61779688 1 + 74645514 g i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23884895 1 - 75148670 a i chlSab2.chr16 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16651863 1591 + 61074082 I e mm10.chr11 111261374 627 + 122082543 I e calJac3.chr5 118742594 0 + 159171411 C e nomLeu3.chr14 40307748 0 - 94967081 C a score=336245.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 52210 279 + 223995 tggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggctggtggatcgcctgaggccaggagttcaagaccagcctgaccaataaggtgtaaccctgtctctactaaaaatacaaaaactagccgggcatggtggcatgtgcctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacctgggaggtggaggttacagtgagccaagattgcaccactgcattccagcctgggtgacagagtgaaactccatctcaaaaaa s panTro4.chr17 69151711 277 + 82630442 tggtggctcactcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggccagtggatcgcctgaggccaggagttcaagaccagcctgaccaatacggtgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaactagccgggcatggtggcatgtgcctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacctgggaggtggaggttacagtgagccaagattgcaccactgcactccagcctgggtgacagagtgaaactccatctc--aaaa i panTro4.chr17 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67749156 270 + 80904711 cggtagcttacccctgtaatcccagcactttgggaggtcaaggcaggtggattgcctgaggccaggagttcgaggccagcctgaccaatatggcaaaaccctgtatctact--------aaaaactagctgtgcatggtggcatacacctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacct-ggaggcagaggttgcggtgagccaaggctgccccactgcacgccagcctgggtgacagagtgacactccatctcagaaaa i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67495448 270 + 80997621 cggtagctcacccctgtaatcccagcactttgggaggtcaaggcaggtggattgcctgaggccaggagttcgaggccagcctgaccaatatggcaaaaccctgtatctact--------aaaaactagctgggcatggtggcatacacctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacct-ggaggcagaggttgcagtgagccaaggctgccccactgcacgccagcctgggtgacagagtgacactccatctcagaaaa i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61779689 270 + 74645514 cggtagctcacccctgtaatcccagcactttgggaggtcaaggcaggtggattgcctgaggccaggagttcgaggccagcctgaccaatatggcaaaaccctgtatctact--------aaaaactagctgggcatggtggcatacacctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacctgggaggcagaggttgcagtgagccaaggctgccccactgcacgccagcctgggcgacagagtgacactccatctcag-aaa i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23884896 271 - 75148670 cggtggctcacgcctgtaatcccaacactttgggaggtcaaggcaggtggattgcctgaggccaggagttcgaggccagcctgaccaatatggcgaaaccctgtatctact--------aaaaactagctgggcatggtggtatacacctgtaatcccagctacttgggaggctgaggcaggagaattgcttgaacctgggaggcagaggttgcagtgagccaaggctgccccactgcacgccagcctgggtgacagagtgacactccatctcagaaaa i chlSab2.chr16 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16651863 1591 + 61074082 I e mm10.chr11 111261374 627 + 122082543 I e calJac3.chr5 118742594 0 + 159171411 C e nomLeu3.chr14 40307748 0 - 94967081 C e ponAbe2.chr17 60165267 2 + 73212453 I a score=11639.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 52489 9 + 223995 aaaaGTTCA s panTro4.chr17 69151988 9 + 82630442 aaaagttca i panTro4.chr17 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67749426 9 + 80904711 aaaaGTTCT i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67495718 9 + 80997621 aaaaGTTCT i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61779959 9 + 74645514 aaaagttct i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23885167 9 - 75148670 aTCAGTTCT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 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tcccattgctagtagtgcctattaa-agaccctgcagctccacttttatactattctccttgcaaagcagaactcatgcttcccagttggtccatgccaacaatggatctta---ttataggtcc-attgccatgaaagaggcagagtgggcagaccttgaagataataagtgttgtctttcaaggcatgagctctccacttcaacttcatgcaagtggatagttgctgtcttctagtaagaagcaatgagataacagcccatgcagaccatgaggttcagagatctgcatggactgatgatgc-atgtacctgtatgcagccacctggatagccctttcccaaatttcagagtcttgtt i panTro4.chr17 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67749435 355 + 80904711 TCCCATTGCTAATAGTACCTCTTAA-AGACCCTGCAGCTCCACCTTTATACTATTCTCCTTGCAAAGCAGGACTCCCGCTTCCCAGTTGGTCCATGCCAACATTGGAGATTA---TGATAGGTCC-GTTGCCATGGAAGAGGTAGAGTGAGCAGGCCTTGAGGATGATAACTATCAGCTTTCAAGGCATGAGCTTTCCATGTCAACTTCAGGCAAGTGGATAGTTGCTGTCTTCTAGTGAGAAGCAATGAGATATCAGCCCGTGCAGACCATGGAGTTCAGAGATCTGCATGGACCAATGGTGCAATGTACCTGTATGCAGCCACCTGGATAGCCCTTTCCCAAGTTTCAGAGTCTTGTT i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67495727 355 + 80997621 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TCCCATTGCTAATAGTACCTATTAA-AGACGCTGCAGCTCCACCTTTATACTATTCTCCTTGCAAAGCAGGACTCCCGCTTCCCAGTTGGTCCATGCCAACATTGGAGATTA---TGATAGGTCC-GTTGCCATGGAAGAGGTAGAGTGAGCAGGCCTTGAGCATGATAACTATTGGATTTCAAGGCATGAGCTTTCCATGTCAACTTCAGGCAAGTGGATAGTTGCTGTCTTCTAGTAAGAAGCAATGAGATATCAGCCTGTGCAGACCATGGGGTTCAGAGATCTGCATGGACCAATGGTGCAATGTACCTGTATGCAGCCACCTGGATAGCCCTTTCCCAAGTTT--AAGTCTTGTT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118742603 355 + 159171411 ttccattgctactagtacctattaa-agaccctgcagctccatctttatcctctactccttgccaagccggactcatccttcccagttaatgcatggcaacatgcaatctta---ttgtaggttc-attggcatggaagaggtagagtgggcaaaccttgaggataataaatattgtctttcaaggcatgagctctccgcttcaccttaaggcaagtggatagttgctgtcttctagtaagaagcagtgagatatcagcctgtgcagaccatggggttcagagatctgcctgaactgaagatgcgaggtacctgtacgcagcgacctggatagccctttcccaagtttcagagtcttgtt i calJac3.chr5 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16653454 343 + 61074082 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caatgtttgacacagggcgtgacccataaatatttgataaatgcctgagttgccttact-gaATGCTCACTAGAGTTCTGCAGAAGTTTCGAATATTATCTGATTATTTATGGTAAAGAAACTGTGGTTAGATTTATTGACTTTTCATTGATTTTT--TAAATTAATGCTGTATACA-TTTCACATATACTGTTCCAAACTGTGTATAGAATGCAGCTGT--TATAAGAACTAGATTATAGCTTTAAAAATTTTT--TTAAATGGGGTAGCTTGATTTTTAAAAAAA-------ATTTTGCATAAAT----TTTATATTCCTGAAGCTAACAGGCAGTA-TTTTATT-AAATTTTTTGTTTTGAAACTCAAAAGACTGTGATACAAAATTCCTTTTTCAAAATGTTATAATC---CTTCCATTTCCATTTACATCTGAGAATTCCAATTCATCACTTCCACTGAAGACTGCAGTCATTTGCTCCTAATTGAGCATCTTGTGCACTCTATCTCAATTGCACAGCAAAGCTGCTTGAAGCTCCTCGTTATAGAGGCAGAAGGCTGGCAATAAACGTC---TTCTGCAGCCTCCATTCCTGCCAGGAAAAGAGTTTTTCTCCTTT-TCTAGCTAATGGTATTCTAGGCTCCTAATTGTCTCACATCAAAAATCCCAAAGTATTTAAGTGT--CCTCACCAGAAAAAC-AAAAGTAGTCACAATGTCAAA-------CTTGAAGCTCCAGCACAT-CCTTCAAAG--------------TGAGGAGACCTGCCTGGCTCAGCAGTCAGCCCCAGGGAGATGAAGAGAAAACAGTTTAGCAGTTTGCATCACTCTCCTGGGCG---GCTATTGGTACTACCTGAGCAGAAGACCTGATTTTTCC---TCTTTATTTTTTTTC------------------------------CTC------CCATTCCCCAATTC-GCCATTGCATGTGAAGGTTTTGTGGTTTGATGAAAGACCAAATA--AGGTCAGGGAATTTTCATAAGGTGCTACCACATATGGGAATCTTCACATATATACATATTGTTTAAGTGT-ATTTTCAAA--TCAATGAACTTTTCAGAAATG------ATGCAGCTTC------TCCTAGCAAAGGCGATTCTTGTGAGATCTGAATGTCA-CTACAGTGGTTT-AGAAGAAGAGGTTCTAGTCCAGATGACTATTTGTATCTATTGAGCATAGCAGTAAGGAGGCCAGGTTCTTACCCTGGGCTCCAATCA-ATCCTGT----TTTTGTTTTGTTTTGTATCAATttaaataagttaatgtggagctgctaatttagaa----tagtgactggaacatgtaaaatacctaataaatatgagttgttattAAC---ATTAGTA---TTA----------TTATCACta------ttaaacactaattgcatagtaggaattatgataaatctca 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gatggtg-ccacccacattgctgagcgatatgtgctttactcagttggccaatgcaaatgctagtcttttcgggaaacaccttcgcatacacacccaggaataacatttaccagctatctggccatcccttaaccATCACACAGATGATGACTGTTGAATGGATTTTGTGGGTGCTCCTTGTTGGGCCATGAAT--TTGGGAAAACAACAAGGCTGGATGCTGAGGAATGAATCAGGTAATGGActgggcagtttcctatagcacctccagatctactctttcccactgctcac----tttgtgcctgaggggatgacttttgcagctttcatcatgaagtcccttttgccctttgacttccagctggattcaggccatggaagcatcagctggtgcccagagggtgtgaggaaagtaaagtcagctgttaattttcttggttgtgtcactgccaagctgtggttgatcagtgattggttttctcttgcaaaggtcatagctcttctcagtcctatctcacagctttctctggctttccataaccattccctcatcacactcctttaaacctgtgctggtaacagctttccactgtggtcagct i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118752630 601 + 159171411 gatggtgcccactcacattgctgagggatatctgttttactcacttggccaattcaaatgctagtctttttgggaaacaccttcacacacacacccagaaatagtgtttaccaactatctggccatcccttaaccATCACACAGATGATGACTGTTGAATGGATTT--TGGGTTCTCCTTGTTGGGCCATGAATCATTGGGAAAACAGCAAGGCTGGATGCTGAGGAGTGAATCAAGTAATGGActggatagtttcctgtagcacctccagatctgctcttccccactgctcaccttgtttttgcttgaggggatgacttttgtagctttcattatcaagtcccttttgccctctgacttacag-tggattcaagccatgggagcatcaggtggtgcttggagggttgggggcaagtaaagtcagctattaactttcttggttgtgtcgctggcaagctgtggtttatcagtgattggttttctctagcaaaggtcatagctctcgtcagtcctatcccacagttttctctgactttccataaccattctctcatcacactcctttcaacctatgctggtaacagctttccactgtggtcagct i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16663057 572 + 61074082 I e mm10.chr11 111274594 417 + 122082543 I e nomLeu3.chr14 40316101 1561 - 94967081 M e ponAbe2.chr17 60174586 939 + 73212453 I a score=338607.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 69545 153 + 223995 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ATTGTCTATGCCTGGTAATAGCCAGTGGAGCAAATTCACTCTGCCCTT--TGTGTACATTATTTACCTGTGCAGttt----ttttgttttgttttgtttgttttgagacagagtctcacttactctgtcacccatgatggagtgcagtggtgtgatctcggctcactgcaatctctgcctcccaggttcaagggattcttctgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggagtgta i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61791682 234 + 74645514 ATTGTCTATGCCTGGTAATAGCCAGTGGAGCAAATTCACTCTGCCCTT--TGTGTACATTATTTACCtgtgcagttt----ttttgttttgttttgtttgttttgagacagagtctcactcactctgtcacccatgatggagtgcagtggtgtgatctcggctcactgcaacctctgcctcccaggttcaagggattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggagtgta i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23896856 238 - 75148670 ATTCTCTATTCCTGGTAATAGTCAGTGGAGCAAATTCACTCTGCCCTT--TGTGTATGTTATTTACCTGCACCGttttttgttttgttttgttttgtttgttttgagacagagtttcactcactctgtcacccatgatggagtgcagtggtgtgatctcggctcactgcaacctctgcctcccaggttcaagggattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggagtgta i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118753380 235 + 159171411 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aagaaga-------tTTTTTTTGGCCAAATCTACTACATTATGGTTTTTAGAAGTCTTCATGCTG i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61792997 58 + 74645514 aagaaga-------ttttttttggCCAAATCTACTACATTATGGTTTTTAGAAGTCTTCATGCTG i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23898177 58 - 75148670 AAGAAGA-------TTTTTTTTGGCCAAATCTACTACATTATGGTTTTTAGAAGTCTTTATGCTG i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118754690 65 + 159171411 aagaagattttttttttttttttGCCAAATCTACTACATTATGGTTTTTAGAAGTCTTCACACTG i calJac3.chr5 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16663790 21 + 61074082 --------------------------------------------TTTGTAGAGGGCTTTATACAA i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111275236 147 + 122082543 I a score=1203874.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 71077 350 + 223995 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ctcttgttgcccaggctggagtgcaatggcgcaatctcggctc------actgcaatctctgcctccagggttcaagcaattctcctgcctcagcctcccaagtaggtgggattacagtcacgtgccaccatgct s panTro4.chr17 69175313 129 + 82630442 ctcttgttgcccaggctggagtgcaatggcgcaatctcggctc------actgcaatctctgcctccaggcttcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagtaggtgggattacagtcacgtgccaccatgct i panTro4.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40333345 127 - 94967081 ctcttgtcgcccaggctggagtgcaatggcgcaatctcggctc------actgcaa--tctgcctccagggttcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagtaggtgggattacagtcatgtgccaccatgcc i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67773028 135 + 80904711 ctcttgttgctcaggctggagtgcaatggcataatcttggctcacttttactgcaacctccatgtcccaggttcaagcgatactcctgcctcagcctaccaagtagctgggattacaggcatgcaccaccatgcc i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67519564 129 + 80997621 ctcttgttgctcaggctggagtgcaatggcataatcttggctc------actgcaacctccgcctccaggattcaagcgatactcctgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggcatgcaccaccatgcc i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61803666 129 + 74645514 ctcttgttgctcaggctggagtgcaatggcataatcttggctc------actgcaacctccgcctccaggattcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggcatgcaccaccatgcc i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23908983 129 - 75148670 ctcttgttgctcaggctggagtgcaatggcataatcttggctc------actgcaacctctgcctccagggttcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagtagctggaattacaggcatgcaccaccatgcc i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118764765 128 + 159171411 CCCTtgttgcccaggctggagtgcaatggcgtgatctc-gctc------actgtaaccttcgcctcctgagttcaagcaattctcctgcctcagccttctgagtagctaggattaaaggcatgcaccgccatgct i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16671292 822 + 61074082 I e mm10.chr11 111285749 1501 + 122082543 I e ponAbe2.chr17 60190891 348 + 73212453 I a score=449145.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 82058 147 + 223995 cggctaattttgtatttttagtagagatgggcttcctccatgttggtcaggctggtctcaaactcctgacctcaggtgatccacccaccttggcctccgaaagcgctgggattataggcgtgagccaccgcacctggcTCCTCTGGC s panTro4.chr17 69175442 147 + 82630442 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macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61803795 147 + 74645514 cggctaattttgtatttttagtagagatggggtttctccatgttggtcaggctggtctcaaactcctgacctcaggtgatccacccaccttggtctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccatgcccagctcctctGGC i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23909112 147 - 75148670 cggctaattttgtatttttagtagagatggggtttctccatgttggtcaggctggtctcaaactcctgacctcaggtgatccacccaccttggtctcccaaagtgctgagattacaggcatgagccaccatgcccagcTCCTCTGGC i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118764893 147 + 159171411 ccgctaattttgtatttttagtagtgaggaggctttgccatgttggtcaggctgttctcaaactcctgacctcagttgatccacctaccttggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccaccgtgcccagtcCCTCTGGC i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16671292 822 + 61074082 I e mm10.chr11 111285749 1501 + 122082543 I a score=1936745.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 82205 614 + 223995 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TATTTTTGCCAGGATTTTAAATTAAAAGTGTCAGGAGAATGCTt------taataagttatctcttgtccagccttacattctgccaat------------gtctcaatctaacatccttccactcctatgtatgctctcctggaccaggtg----------agccaggtcctgtcgttcttttgttgtatactgcatttcctcct----------agagtagggattgtatctccctcctcagtctatgctaagacctgactctaattattggaggccatggataaaggtgagaaaaggcttt-----------atgaccttacatgacctc-actct-aggtgtggtctttgcattgtctccaggcaa------------------------ggggaggctgctgtcttctacaaa-----------aggggaaggagctgtttcaactgcctgggagagttcgggagaatctgggaaatcatgattctcCCACTCCTAGAGCCAAGGG---AGACTTCAG------AGCCCCACTCTTTTCCTTACATGAACCTGACCTTATCAGAGAGGACTTGGCAAGTCTGTGTTTTCATTCTCCTTGTAGTTCTATTACCCTTTCAGTGAAGTCCTGGA-CTGAGTTC-------------TTAAATTTTT---AATCATAGTCAGCCCTAAAG-TATAATTGTCCACGTGATGTTCAA-TTCCATTAGCT i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60191386 604 + 73212453 TATTTTTGCCAGGATTTTAAACTAAAAGTGTCAGGAGAATGCTT------TAATAAGTTATCTCTTGTCCAGCCTTACATTCTGCCAAT------------GTCTCAATCTAACATCCTTCCACTCCTATATATGCTCTCCTGGATCAGGTG----------AGCCAGGTCCTGTCATTCTTTTGTTGTGTACTGCA-TTCCTCCT----------AGAGTAGGGATTGTATCTCCCTCCTCAGTCTATGCTAAGACCCGACTCTAATTATTGGAGGCCATGGATAAAGGTGAGAAAAGGCTTT-----------ATGACCTTACATGACCtc-actct-aggtgtggtctttgcattgtctccaggcaa------------------------ggggaggctgctgtcttctacaaa-----------aggggaaggagctgtttgaactgcctgggagagttctggagaatctgggaAA-------TCTCCCACTCCTAGAGCCAAGTG---AGATTTCAG------AGCCCCACTCTTTTCCTTACATGAACCTGACCTTATCAGAGAGGACTTGATAAGTCTGTGTTTTCATTCTCCCTGCAGTTCTATT--CCTCTCAGTGAAGCCCTGGA-CTGAGTTC-------------TTAAATTTTG---AATCATTGTCAGCCCTAAAG-TATAATTGTCCATGTGATGTTCAC-TTCCATTAGCT i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40333619 638 - 94967081 TAtttttgccaggattttaaactaaaagtgtcaggagaatgctt------taataagttatctcttgtccagccttgcattctgccgat------------gtctcaatctaacatccttCCACTCCTATATATGCACTCCTGGATCAGGTG----------AGCCAGGTCCTGTCATTCTTTTGTTGTATACCGCATTTCCTCCT----------AGAGTAGGGATTGTATCTCCCTCCTCAGTCTATGCTAAGACCTGACTCTAATTATTGGAGGCCACGGATAAAGGTGAGAAAAGGCTTT-----------ATGACCTTACATGACCTC-ACTCT-AGGTGTGGTCTTTGCATTGTCTCCAGGCAAggcggagggggcgggggggcgggggggcgggCTGCTGTCTTCTACAAA-----------AGGGGAAGGAGCTGTTTTAACTGCCTGGGAGAGTTCGGGAGAATCTGGGAATTCATGATTCTCCCACTCCTAGAGCCAAGTG---AGACTTCAG------AGCCCCACTCTTTTCCTTGCATGAACCTGACCTTATCAGAGAGGACCTGATAAGTCTGTGTTTTCATTCTCCTTGCAGTTCTATTACTCTCTCAGTGTAGTCCTGGA-CTGAGTTC-------------TTAAATTTTT---AATCATAGTCAGCCCTAAAG-TATAATTGTCCACGTGATGTTCAA-TTCCATTAGCT i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67773310 614 + 80904711 TATTTTTGCCAGGATTTTAAACTAAAAGTATCAGGAGAATGCTT------TAATAAGTTATCTCTTGTCCAGTCTTACATTCTGCCAAT------------GTTTCAATCTAACATCCTTCCACTCCCACGTATGCTCTCCTGGATCAGGTG----------AGCCAGGTCCTGTCATTCTTTTGTTGTATACTGCATTTCCTCCT----------ACAGTAGGGACTGTATCTCCCTCCTCAGTCTATGCTAAGACCTGACTCTAATTATTGGAGGCTACGGATAAAGGTGAGAAAAGGCTTT-----------ATGACCTTACATGACCtc-actct-aggtgtggtctttgcatggtctccaggcaa------------------------ggggag---gttgtcttctacaaa-----------aggagaaggagctgttttaactgcctgggaaagtttgggagaatctgggaattcatgattctcCCACTCCCAGAGCCAAGTG---AGATTTCTG------AGCCCCACTCTTTTCCTTACATGAACCTGATCTTATCAGAGAGGACTTGATAAGTCTGTATTTTCATTCTCCTTGCAGTTCTATTACCCTCACAGTGAAGTCCTGGAGCTGATGTT-------------TTACATTTTT---AATCATAGTCAGCCCTAAAGGTATAATTGTTCACATGATGTTCAATTTTCATTAGCT i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67519840 614 + 80997621 TATTTTTGCCAGGATTTTAAACTAAAAGTATCAGGAGAATGCTT------TAATAAGTTATCTCTTGTCCAGTCTTACATTCTGCCAAT------------GTCTCAATCTAACATCCTTCCACTCCCACGTATGCTCTCCTGGATCAGGTG----------AGCCAGGTCCTGTCATTCTTTTGTTGTATACTGCATTTCCTCCT----------ACAGTAGGGACTGTATCTCCCTCCTCAGTCTATGCTAAGACCTGACTCTAATTATTGGAGGCTACGGATAAAGGTGAGAAAAGGCTTT-----------ATGACCTTACATGACCtc-actct-aggtgtggtctttgcatggtctccaggcaa------------------------ggggag---gttgtcttctacaaa-----------aggagaaggagctgttttaactgcctgggaaagtttgggagaatctgggaattcatgattctcCCACTCCCAGAGCCAAGTG---AGATTTCTG------AGCCCCACTCTTTTCCTTACATGAACCTGACCTTATCAGAGAGGACTTGATAAGTCTGTATTTTCATTCTCCTTGCAGTTCTATTACCCTCACAGTGAAGTCCTGGAGCTGATGTT-------------TTACATTTTT---AATCATAGTCAGCCCTAAAGGTATAATTGTTCACATGATGTTCAATTTTCATTAGCT i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61803942 613 + 74645514 TATTTTTGCCAGGATTTTAAACTAAAAGTATCAGGAGAATGCTT------TAATACGTTATCTCTTGTCCAGTCTTACATTCTGCCAAT------------GTCTCAATCTAACATCCTTCCACTCCCACATATGCTCTCCTGGATCAGGTG----------AGCCAGGTCCTGTCATTCTTTTGTTGTATACTGCATTTCCTCCT----------ACAGTAGGGACTGTATCTCCCTCCTCAGTCTATGCTAAGACCTGACTCTAATTATTGGAGGCTACGGATAAAGGTGAGAAAAGGCTTT-----------ATGACCTTACATGACCTC-ACTCT-AGGTGTGGTCTTTGCATGGTCTCCAGGCAA------------------------GGGGAG---GTTGTCTTCTACAAA-----------AGGAGAAGGAGCTGTTTTAACTGCCTGGGAAAGTTTGGGAGAATCTGGGAATTCATGATTCTCCCACTCCTAGAGCCAAGGG---AGATTTCTG------AGCCCCACTCTTTTCCTTACATGAACCTGACCTTATCAGAGAGGACCTGGTAAGTTTGTATTTTCATTCTCCTTGCAGTTCTATTACCCTCACAGTGAAGTCCTGGAGctgatgtt-------------ttacattttt---aatcataGTCAGCCCTAAAGATATAATTGTTCACATGATGTTCAA-TTCCATTAGCT i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23909259 613 - 75148670 TATTTTTGCCAGGATTTTAAACTAAAAGTATCAGGAGAATGCTT------TAATAAGTTATCTCTTGTCCAGTCTTACATTCTGCCAAT------------GTCTCAATCTAACATCCTTCCACTCCCACGTATGCTCTCCTGGATCAGGTG----------AGCCAGGTCCTGTCATTCTTTTGTTGTATACTGCGTTTCCTCCT----------ACAGCAGGGACTGTATCTCCCTCCTCAGTCTATGCTAAGACCTGACTCTAATTATTGGAGGCCACGGATAAAGGTGAGAAAAGGCCTT-----------ATGATCTTACATGACCtc-accct-aggtgtggtctttgcattgtctccaggcaa------------------------ggggag---gttgtcttctacaaa-----------aggaaaaggagctgttttaactgcctgggagagtttgggagaatctgggaatttatgattctcCCACTCCCAGAGCCAAGTG---AGATTTCTG------AGCCCCACTCTTTTCCTTACATGAACCTGACCTTATCAGAGAGGACTTGATAAGTCTGTATTTTCATTCGCCTTGCAGTTATATTACCCTCACAGTGAAGTCCTGGAGCTGATGTT-------------TTACATTTTT---AATCATAGTCAGCCCTAAAGGTATAATTGTTCACATGATGTTCAA-TTCCATTAGCT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118765040 630 + 159171411 TATATTTGCCAGGATTTTAAACTGAAAGTGTCAGGAGAATGCTT------TAATAAGTTATCTCTTGTCCAGTCTTACATTCTGCCAAT------------GTCTCAATCTGACATCCTTCCACTACCCCTTATGTTCTCCTGGATCAGGTGAGCACAGGTTAGCCAGGTCCTGCCATTCTTTTGTTGTATACTGCATTTCCTCCTAGAATAGGGAAGAGTAGGAATGGCATTTCCTTCTTCAGTCTATACTAAAACCTAACTCTAATTATTGGAGGCCATGAATAAAGTTGAGAAAAGGCTTT-----------ATGAACTTAAATGACCTC-ACTCT-AGGTGTGGTCTTTGCATTGTCTCCAGGCAA------------------------GGGGAGTC-GCTGTCTTCTACAAA-----------AGGAGAAGGGGCTGTTTTAACTGCCTGGGGGAGTTCCCGAGGATCTGGGAATTCATGATTCTCCCACTCCTAGAGCCAAATA---AGTTTTCAG------AGCTCCACTCTTTTCCTTACATGAACCCAACCTCATCAGAGGCTACTTGATAAGTCTGTGTTTTCATTCTCCTTGCAGTTCTATTACCCTCACAGTGAAGTCCTGAA-CTGATTTT-------------T----TTTTT---TATCATAGTCAGCCTTAAAAGTATAATTGTCCACAGGATGTTCAA-TTCCATTAGCT i calJac3.chr5 C 0 C 0 s mm10.chr11 111287250 682 + 122082543 TGTATTTGCTGAAATGTTTATCTGGAATTCTTAGCAGGGTGCTTCTAGACTAATACGTCATAATTTGCCCAGTCTTGTACTCTACAAATATCACTCCAATAGCCTCAA---AACAGCCATGAGCCCCCATGTGCATTCTTCTGCATTGATTGACTGCATACCAACCAAATCACGATGAGGTTTTGTTGAATAATGT-TTTTGTCAC----------AGGCTAGGAATTGCATTTACCTCTTAGGGCTGAGATGAAACCTATCTCTACTTATTAGAAGCAATGGA-AAAGGAAGGAAAAGACTCTGGAAGGCAGGCATGACCTTACAAGGATTCTACTTTGAGAGGAGATCTTTGCCGGGTCTCCATGTAA------------------------GGAGAGGCTGCTCTTGTCTGTAAAAAAAAAATAATAAGAGAGAGGATTGCTTTAAATGTCTGGGAGAGTTTAAGAGAATATGGGGGTTCATGA----CTCACTTTTACAACCAAATGTCCTCATCCCAGGATGGTAGTGCTGCTTTTTTCCATCCACAGATCTGGCCTTAACTGAGAGGAGCTGATTCGTCTGTGGCTTTTGTCTACTTATTCTTTTGATA--CTTATGATTAAGTGCTGGAGCTGAGTTGCCTTATCTATCTATTATTTTTTTTAAAAGGGCAGTTTACCTTAAAGTTGTGATTGTCTTCATAGTGTGGAA-GATCATTAATT i mm10.chr11 I 1501 I 3592 e canFam3.chr9 16671292 822 + 61074082 I a score=218602.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 82819 69 + 223995 ACTGCATAACCTAACACTTTACTCTCCAAGTGTACCTCATATTAATCTGCTTGTGGAAGGCAGGGTAAC s panTro4.chr17 69176203 69 + 82630442 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ACTGCATAACCTAACGCTTCACTCTCCAAGTGTAACTCCTATTCATCTGCTTGTGGAAGGCAGAGTAAC i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16671292 822 + 61074082 I e mm10.chr11 111287932 3592 + 122082543 I a score=2563955.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 82888 843 + 223995 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842 + 82630442 TGCTTAATCCTTACAAGTAATGACACATCATATGCTGGT-GGCCAGGTCTGGAGAAATGGTTTCCTAAG--GGAACTCA-GGCTGGAAGGGGTGTCATAGCCTAGTCCCACCTGATTGCATGGGCTGAGAATTACGGAATGGTGATA-TATCAAAAGAAGGAAGAAACCATTATTGGCAGGT---------------------------------------------------------------AAAAGAGTATAGCTGTCTTCCACACTGAATGATTGAGATACTATTGCAC--ACAAGAAAGGAGTCAGAGTAAAAAGAAGTTTTAAGTTTCGATGGGTCTGACCATTTAAAAATGTTGAAGTCATTGCGAAGACA-GAGAATGCTGAAGCTATCAAGGAAATAAAAATGAGGCC-----AAATAGATTTATACCTAATTAAATATGAGTTGAAATAGAAAAGAG---CATAAACAAGCCTTTTACTAACTGAACCAACTTAACCACATGAGGAGAGTTCATAATAGAAGGTTTAGATGAATATTTCCTGTTATA---AAAGGATTTTATGTAATTATTAACTGAATTCCCATTAATAGTTACCTAAGTTTATGGGTTGAATAATGAGTTGGCTTGCATTCTCTCATTTAG--CAATAAACAGTaaacaaaacaaacacacaataaaacaaaac-----aaCAAATGTGTTTGAACACCTGCTAAACTGTACTAGCTGC-----------TGAGGAATCAAGCTCCCATATTcattcta--------ggaggggaacacagaatattaaga--------------------atttaaatagcagttgagataaatgctaaggagaaaaatgaagcagcataaaggaaatagagatgtcagggaggcttctgttttatccgtga--agaatcaggtaagtcttcactgctaaagtttcatttaagTGCTC i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60192059 846 + 73212453 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nomLeu3.chr14 40334326 848 - 94967081 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rheMac3.chr16 67773993 845 + 80904711 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papAnu2.chr16 61804624 865 + 74645514 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calJac3.chr5 118765739 826 + 159171411 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calJac3.chr5 C 0 C 0 s mm10.chr11 111292360 308 + 122082543 -ACAGGTGAAGAG-ATAAAACACACAAA---ACAGAAGTGAGAAGGGGATG-----------------------CTATAAACAGG------------------AGGACACATCAAGC----------------AGAGGACTAGTGACATGTGCTATAAACTTCTACA---------------------------------------------------------------------GAT-GTGTCACTGG-----TCTGATGAACATATGATGCATTCAGAAATTTATC-----ATAGTTCACGATATTTTCCCTAAGCTCATAGGAATTA-AAATTACTTCTGAATAGTTTCTGGATCTTTGAAAGCATTAAATCTGTGCTTGTAGACTGCT-TAATCATTAGCAGCAGTT-----------AGTGCTTTAAGCTAGAATCAACAATAAAA--TACAGTATTAA i mm10.chr11 C 0 I 123 s canFam3.chr9 16672114 399 + 61074082 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tagtagg-atcagtgacgtttatgtaatcaatattttcacctaattggtatactattgatagATAAGATTTAACATTTTA-------AATATAAATGTAGTGAAAGC-------------------ATTTAAAA-----TTATGTC----TTAATCTACTTTTAATTATTCAACAACTATTT---TAGTTAATAAC----CTTATATTAGTGAAATCT-AAATCTATTATAAGTAAAATTAATttgtaacacattcataaattatttctctt---agat--------attcaaaagc-------------- i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111293609 2334 + 122082543 I e rheMac3.chr16 67777861 228 + 80904711 M a score=564576.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 87109 190 + 223995 aaggtaaaatacaaattataattagtaaatattacaacttaaaatcagaatcatttaaac--aaatgaaattttaatttatcttttgaaaatttaagttttgtt-aaatttgttttataaaagtatgaagaattgagcattcaatgtctatttatttgacatgtaaagaattgtcattaagattcatcattgt s panTro4.chr17 69180497 190 + 82630442 aaggtaaaatacaaattataattagtaaatattacaacttgaaatcagaatcatttaaac--aaatgaaattttaatttatcgtttgaaaatttaagttttgtt-aaatttgttttataaaagtatgaagaattgagcattcaatgtctatttatttgacatgtaaagaattggcattaagattcatcattgt i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60196288 181 + 73212453 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papAnu2.chr16 61808813 191 + 74645514 aaggtaaaatacaaattatagttagtaaatatctcaatataaaaTCAgaattatttaaac--aaatgaaattttaatttatcttttgaaaatttaagttttattaaaatttgttttataaaagtattaagaatttaGCATTCAATGTCTATTTATCTGAAATGTAAAGAATCAGCATTAAGATTCATCATTGT i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23914169 189 - 75148670 aaggtaaaacacaaattataattagtaaatatctcaatataaaatcagaattatctaaac--aaatg-aattttaatttatcttttgaaaatttaagttttatt-aaatttgttttaaaaaagtattaagaatttagcattcaatgtctatttatctgaaatgtaaagaatcagcattaagattcatcattgc i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118769965 186 + 159171411 aaagtaaaatacaacttataattactaaatatcacaatttaaaatc--aataatttaaac--aaatgaaattttaatttatcttttgaaaattt--gttttgtt-aactttgtgttataaaagtattaagaatttagcattcaatgtctatttatttgacatgtaaagaatcagcatcaagattcatcagtgt i calJac3.chr5 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16677024 167 + 61074082 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i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67782905 1060 + 80904711 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i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67529305 1060 + 80997621 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i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61813439 1059 + 74645514 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ttaaa----taatgatgtttatcaaattactttgga---atttatattctatac------attaaaggagtggggatagactg--------ttaat---taaaataccaatatttact-------aaaaatatattctatactact------acttaagatgacaagttaaacatgtgaacatgtgcactt-aaaatgtgagaaaggattc--agtcacgtagaattattttaaatgataccagagcaaaTAATTTTAGTTAAGGCTAGAGTCCAGTTAAAAGCTCCAGCTAGGCAAAGTTTGTGAAACCTTTGTCCACTTTGAAATGTTGGCATCCTTC-TTTATCTTGCCCTCAATAGCAACTGTAACCCATCAGCTGCCTGTTTAAACCATGTGGGCAGATGCCCATGAATGCCGGAAGGGGCCTTCTTGGTATTTTATTGGCAATAACTCAAAGCTTATTAAAATCCAGATGGAGAAGGACCTGCAGCATATTTAAGTCCATATGCCCAAATGAGTACTGCAGTATTTAATTGCTTGCATTTCAGTAATAATTCCTTTCCCTTATGCTACT i chlSab2.chr16 C 0 I 4 s calJac3.chr5 118776543 529 + 159171411 ttaaa----taatgatgcatatca----actttgga---atttatattctgtac------attaaaagagttgggatagac----------ttaat---taaaataccaatatttact-------aaaacta-----tatactactacttaaacttaagatgacaaattaagcatgtgaacatgttcactt-aaaatgtgaggagggattg--agtcatgtagaattcttttaaatgatacctgagcaaaTAATTTTAGTTGAAGCTATAGTCCAGTTAAAAGCTCTAGCTAGGTGAAGTTTGTGAAACCTTTGCCCACTTTGAAATGTTGGCCCCCTTC-TTTATCTTGCCCTCAATAGCAACTGTAACCCATCAGCTGCCTGTTTAAACCATGTGGGCAGATGCCCATGAATGCCGGAAGAGGCCTTCTTGGTATTTTATTGGCAATAAATCAAAGCTTATTAAAATCCAGATGGAGAGGGACCTGCAGCATATTTAAGTCCATATGCCCAAATGAGTACTGCAGTATTTAATTGCTTGCATTTCAGTTATAATTCCTTTCCCTTGTCCTACT i calJac3.chr5 C 0 I 4 s mm10.chr11 111299242 555 + 122082543 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ttccccttgtaaaactatcagatctcatgagactttttcattaccacaggtacagtatgggggaaacagcccccatgatttaattatctcccactgggtccctcccagagtatgagggaattatgggagcaacaattcaagatgagacttgggtggggacacagccaaaccTTA-C i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67536229 175 + 80997621 ttccccttgtaaaactatcagatctcatgagactttttcattaccacaggtacagtatgggggaaacagcccccatgatttaattatctcccactgggtccctcccagagaatgagggaattatgggagcaacaattcaagatgagacttgggtggggacacagccaaaccTTA-C i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61820361 176 + 74645514 TTCCCCTTgcaaaactatcagatctcatgagactttttcATTACCACaggaacagtatgggggaaacagcccccatgatttaactatctcccactgggtccctcccagagaatgagggaattatgggagcaacaattcaagatgagacttgggtggggacacagccaaaccttatc i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23925701 176 - 75148670 ttccccttgtaaaactatcagatctcatgagactttttcattaccacaggaacagtatgggggaaacagcccccatgatttaattatctcccactgggtccctcccacagaatgagggaattatgggagtgacaattcaagatgagacttgggtggggacacagccaaaccttatc i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118781749 176 + 159171411 ttccccttataaaaccatcagatctcatgagacttattctctaccacaagaatcagatggaggaaacagtccccatgattcaattgtgtcccactgggtccctcccacagcatgagggaattatgggagtgacaattcgagatgagacctgggttgggacacagctaaaccatatc i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16698118 334 + 61074082 I e mm10.chr11 111304495 75 + 122082543 I a score=30520.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 98847 10 + 223995 aCAGAGGTTC s panTro4.chr17 69192232 10 + 82630442 aCTGAGGTTC i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60213824 10 + 73212453 aCTGAGGCTC i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40351739 10 - 94967081 aCTGAGGTTC i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67790010 10 + 80904711 ACTGAGCTTC i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67536404 10 + 80997621 ACTGAGCTTC i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61820537 10 + 74645514 actgAGCTTC i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23925877 10 - 75148670 aCTGAGCTTC i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118781925 10 + 159171411 aCTGAAGTTC i calJac3.chr5 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16698452 10 + 61074082 ACTGAAGTTA i canFam3.chr9 I 334 C 0 e mm10.chr11 111304495 75 + 122082543 I a score=1161241.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 98857 311 + 223995 CCTTTTT----TGTG----AAACTAAGCCATCTTTCTGGTACCTTGGT-----------------------------GCAGCA--C---TTTTCCCCTATGAGGAGGCTGTTTTATACCTGTGCCACAAGATCTGATGTTCCATGTTTTTCTATGTATACTAGAACT-----------AAAAAATCATACCTAAAAGC----------AAAGGTTTTCTTTCATCTCCACAGTCAGCTTGGCTAGAGAA-AATAACTCCCATGAATTCCCAAAGGCAGGCAGCTGGGGCTGTATCTGCAGCTTTCATGCCTAGAGTCTGTTGAAGACCAATATTTCTGGCATGTGCATTATAAAACATTCACTGTCTTCACTTTT s panTro4.chr17 69192242 311 + 82630442 CCTTTTT----TGTG----AAACTAAGCCATCTTTCTGGTACCTTGGT-----------------------------GCAGCA--C---TTTTCCCCCATGAGGAGGCTGTTTTATACCTGTGCCACAAGATCTGTTGTTCCATGTTTTTCTGTGTATACTAGAACT-----------AAAAAATCACACCTAAAAGC----------AAAGGTTTTCTCTCATCTCCACAGTCAGCTTGGCTAGAGAA-AATAACTCCCATGAATTCCCAAAGGCAGGCAGCTGGGGCTGTATCTGCAGCTTTCATGCCTAGAGTCTGTTGAAGACCAATATTTCTGGCATGTGCATTATAAAACATTCACTGTCTTCACTTTT i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60213834 310 + 73212453 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mm10.chr11 111304888 9 + 122082543 TGAGTTGCT- i mm10.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16698819 10 + 61074082 TGAATATTCT i canFam3.chr9 C 0 C 0 e ponAbe2.chr17 60214144 397 + 73212453 I a score=213776.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 99178 67 + 223995 AAGCTGTAAAAGCATTTCTTCCTGCTATGTCTTTTGTTTGTGGCGGTGGTTTATA---TTCTT--CTCTATT s panTro4.chr17 69192563 67 + 82630442 AAGCTGTAAAAGCATTTCTTCCTGCTATGTCTTTTGTTTGTGGCGGTGGTTTATA---TTCTT--CTTTATT i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60214541 70 + 73212453 AAGCTATAAGAGCATTTCTTCCTGCTATGTCTTTTGTCTGTGTCAGTGGTTTATATTCTTCTT--CTCTATT i ponAbe2.chr17 I 397 C 0 s nomLeu3.chr14 40352065 70 - 94967081 AAGCTATAAGAGCATTTCTTCCTGCTATGTCTTTTGTCTGTGTCGGTGGTTTATATTCTTCTT--CTCTATT i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67790370 66 + 80904711 AAGCTTTAAAAGTGTTTCTTCCTGCTGTGTCTTTTGTCTGTGGCAGTGGTTTATA---TTCTT--CT-TATT i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67536764 66 + 80997621 AAGCTTTAAAAGTGTTTCTTCCTGCTGTGTCTTTTGTCTGTGGCAGTGGTTTATA---TTCTT--CT-TATT i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61820897 63 + 74645514 AAGCTTTAAAAGTGTTTCTTCCTGCTGTGTCTTTAGTCTGTGGCAGTGGTTTATA------TT--CT-TATT i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23926237 63 - 75148670 AAGGTTTAAAAGCGTTTCTTCCTGCTATGTCTTTTGTCTGTGGCAGTGGTTTATA------TT--CT-TATT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118782288 67 + 159171411 AAGCTTTAAAAGCATTTCTTCCTGATACGTATTTTCTCTGAGGTGGTGGTTTATG---TTCTT--CTGTATT i calJac3.chr5 C 0 C 0 s mm10.chr11 111304897 69 + 122082543 GAGCCTTGAAAGTGTTTCTTATTGCTATGACTATTTTCTGTGGAGGCAGATTATG---TCTTTGATTCCATT i mm10.chr11 C 0 I 11 s canFam3.chr9 16698829 65 + 61074082 GGGCCCTGAAAGCATGTCTTCCTGCTATGTGTTTTCTCTGTGAAGGTAGTTTATA---TTCCT--CT--ATT i canFam3.chr9 C 0 C 0 a score=31231.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 99245 9 + 223995 TGGTGCtga s panTro4.chr17 69192630 9 + 82630442 TGGTGCtga i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60214611 9 + 73212453 TGGTGCtga i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40352135 9 - 94967081 TGGTGCtga i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67790436 9 + 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tatggtttggctatgtccccacccaaat---atcttcaattgtagttcctttaatccccatgtgtcatgggagggacctagtgggaggcaattgaatcatggggtggtttcttgcatgctactctcatgatagtga i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40352144 132 - 94967081 tatggtttggctat-ttcccacccaaat---atcttaaactgtagttcttttaatctccatgtgtcatgggagggacctggtgggaggcaattgaatcatggggtggtttcttgcatgctactctcatgatagtga i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67790445 133 + 80904711 tatcgtttggctgtgt-cccacccaaatgtcatctt--attgtagtttctataaaccccatgtgtcatgggagggacctgatgggaggcagttgaatcatggggcagtttcttgcatgctactctcatgatagtga i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67536839 133 + 80997621 tatcgtttggctgtgt-cccacccaaatgtcatctt--attgtagtttctataaaccccatgtgtcatgggagggacctgatgggaggcagttgaatcatggggcagtttcttgcatgctactctcatgatagtga i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61820969 133 + 74645514 tatggtttggctgtgt-cctacCCAAATGTCATCTT--ATTGTAGTTTCTATAaaccccatgtgtcatgggagggacctgatgggaggcaGTTGAATCATGGGGCGGTTTCTTGCATGCtactctcatgatagtga i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23926309 135 - 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23926487 15 - 75148670 ttgaacttgcatgga i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118784029 15 + 159171411 tcaaatttgcatggg i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16698903 0 + 61074082 C e mm10.chr11 111304966 11 + 122082543 I e rheMac3.chr16 67790621 8 + 80904711 I a score=1878179.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 99448 633 + 223995 acctgtagccccgtcattttagccaatttctcccatttggaataggtttattgatcaaatgcctgtacctccattgtatctaggaaataactaacttgcttttcattttacaggcttataggcaggggc-acttgcctcgtctcagatgag----------actttggacttggacttttgagttaatgctggaatgaattgagactttgggggactgttgggaagacatgattgtgttttgaaatgtgagaac--gagattttagaggaaccaggggcACAAtaacatggtttggctgtgtccccacccaaatctcatcttgaattgtagttcccataatttccaactttcatgggagggaggtaattgaatcatgggggtggtttcttccatgctattctcatgatagtaa--------gttcttgtaagatctgatggttttataaggggtttccccctttgcttggttctcatttttctctcttctgccaccatgtgaagaagggcatgttgcttccatttccgccatgattgtaagtttcctgcggc----ccaggaatgtggaactgtgagtcaattaaacctctttcttttataaattacccagtcttgggtatttccttatagtgacatgagaacagactaatacaGGTG s 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0 C 0 s ponAbe2.chr17 60218682 84 + 73212453 TCTTTCTTGTTTGGCTAGGATGATAGCAATGGGTCAATGA--AAGAAGGAGCCAGAGAGAGGAAGAAAAATGAATGGCTCATAATT i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40355868 84 - 94967081 TCTTTCTTGTTTGGCTAGGATGATAACACTGGGTCAATGA--AAGAAGGAGCCAGAGAGAGGAAGAAAAATGAATGGCTCATAATT i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67794160 84 + 80904711 TCTTCCGTGTTTGGCTAGGATGATAACACTGGGTCCATGA--AAGAAGGAGCCAGAGAGAGGAAGAAAAATGAATGGCTCATAATT i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67540549 84 + 80997621 TCTTCCGTGTTTGGCTAGGATGATAACACTGGGTCCATGA--AAGAAGGAGCCAGAGAGAGGAAGAAAAATGAATGGCTCATAATT i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61824713 84 + 74645514 TCTTCCGTGTTTGGCTAGGATGATAACATTGGGTCCATGA--AAGAAGGagccagagagaggaagaaaaatgaatggcTCATAGTT i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23930066 84 - 75148670 TCTTCCGTGTTTGGCTAGGATGATAACACTGGGTCAATGA--AAGAAGGAGCCAGAGAGAGGAAGAAAAATGAATGGCTCATAATT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118787369 83 + 159171411 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rheMac3.chr16 67794577 778 + 80904711 cacttggggatttcttaaaatctgcattctgattcagtatggctgtagtagacct--gagtctttatttcagaaaagctcctaggtgatgctgatgctgctagtccaaggaccacactgag----taTCTACTTTATAGAA-TGCATTGATTCCATTTTCTT-TGCACATTTTTGGG-GTAGGCATTGTAAGGGAATAAGTTA---TGTGTAATAAAGGAC----------CCAT--------CTAGAAAAGACATGTGTCAAAGAATTTGGGCAATGCCCACCGTAGTAGAATTATTAAGGAAGCTCAAT-GGGCAACATAG-----CTAAGAATGT----TTAAGTTGTTGCTTTGGGGTATACAATGGCAAACCCTTCT--CTA--TGCTCATACAATATATTCAGTGAAGAGTTCTCAGCAAAACTAATAGGTTCCCAGTTTTCCACCCAGGTAGGCCTAGGAGAAACCAAAGATACAAGAGTAAGAAGGTATGGAGCCAAATGGCAT-CTGAATGGCAAAAACAAa----ataatagccaacatttattgggc-atctatc-tgtgttag----tccaagtgctttgcatttttgactattattactgccattt--------------------aacatgcaagaaaacc------------------------------tagggcgtggagaggt--------taaatCTGCACCCAGGCTCTCTCAAGCTTAACTACAAAGTCCAAAGGC-ACTATATTCAGTCACTCAAGAGCTG----AAATGTATTTTCAGCTTG-----AAAATGATTTT-------------------------------------CCCTTATTTTCAACTTAAATGAGGCAAAATCAAtcttcttct-----cctgttgccctctccttttctctgtcccttctccttct i rheMac3.chr16 I 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AAGACAAGAGAAATTGGGGCCAAGATTATAAAGAAACTTTAATATA-----------AGTCATAAtggaaaataagaccatagatccaaacttaaagttaggctcttctggttgtctgaattaaggaaaaaaattaagagggtctcactaggcaaaagttgggtgattct--------------accccccagttccccaaaacaacaaaatgcagccttccttatatacaG-----------TGGGACCCATTCAGAAA--TTGGATTGTGATACTCATATAGGG-AGTTcttccaatcacaggttgccaaacttaaaaaggtcatttgaagtggtgctggtaacatacatttctaagcaatcacactatttttcAAATCTATTTTAAAAATCAGGGTCATGGCACTTTTCTGAGTTGCTAGCATTCTTT-----------GGTTTACATTTCATATTGATCTGATTTTATGGTACAGAATTCTTTACAAATTCTGAGAAGTATAATTT i rheMac3.chr16 I 315 C 0 s macFas5.chr16 67561238 460 + 80997621 AAGACAAGAGAAATTGGGGCCAAGATTATAAAGAAACTTTAATATA-----------AGTCATAAtggaaaataagaccatagatccaaacttaaagttaggctcttctggttgtctgaattaaggaaaaaaattaagagggtctcactaggcaaaagttgggtgattct--------------accccccagttccccaaaacaacaaaatgcagccttctttatatacaG-----------TGGGACCCATTCAGAAA--TTGGATTGTGATACTCATATAGGG-AGTTcttccaatcacaggttgccaaacttaaaaaggtcatttgaagtggtgctggtaacatacatttctaagcaatcacactatttttcAAATCTATTTTAAAAATCAGGGTCATGGCACTTTTCTGAGTTGCTAGCATTCTTT-----------GGTTTACATTTCATATTGATCTGATTTTATGGTACAGAATTCTTTACAAATTCTGAGAAGTATAATTT i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61845079 458 + 74645514 aagac--gAGAAATTGGGGCCAAGATTATAAAGAAACTTTAATATA-----------AGTCATAATGGAAAATAAGACCATAGATCCAAACTTAAAGTTAGGCTCTTCTGGTTGTctgaattaaggaaaaaaattaagagggtCTCACTGAGCAAAAGTTGGGTGATTCT--------------ACCCCGCAGTtccccaaaacaacaaaatgcaGCCTTCCTTATATACAG-----------TGGGACCCATTCAGAAA--CTGGATTATGATACTCATATAGGG-AGTTCTTCCAATCACAGGTTGCCAAACTTAAAAAGGTCCTTTGAAGTGGTGCTGATAACATACATTTCTAAGCAATCACACTATTTttcaaatctgttttaaaaatcagggtCCTGGAAGTTTTCTGAGTTGCTAGCATTCTTT-----------GGTTTACATTTCATATTGATCTGATTTTATGGTACAGAATTCTTTACAAATTCTGAGAAGTATaattt i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23950734 460 - 75148670 AAGACAAGAGAAATTGGGGCCAAGATTATAAAGAAACTTTCATATA-----------AGTCATAATGGAAAATAAGACCATAGATCCAAACTTAAAGTTAGGCTCTTCTGGTTGTCTGAATTAAGGAAAAAAATTAAGAGGGTCTCACTGGGCAAAAGTTGGGGGATTCT--------------ACCCCGCAGTTCCCCAAAACAACAAAATGCAGCCTTCCTTATATACAG-----------TGGGACCCATTCAGAAA--TTGGATTGTGATACTCATATAGGG-AGTTcttccaatcacaggttgccaaacttaaaaaggtcatttgaagtggtgctggtaacatacatttctaagcaatcacactatttttcAAATCTATTTTAAAAATCAGGGTCCTGGCAGTTTTCTGAGTTGCTAGCATTCTTT-----------GGTTTACATTTCATATTGATCTGATTTTATGGTACAGAATTCTTTACAAATTCTGAGAAGTATAATTT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118809486 471 + 159171411 AAGATGAGAGAAATTGGGGCCAAGATTATAAAGAAACTTTATTATA-----------AGTTATAATGGAAAGTAAGTCTGTAGATCCAAACTTAAAATTAGGATCTTCTGGTTGTTTGAATTAAGGAAAAAATTTAAGAGGGTCTCACTGAGCAAAAGCTGCGTGATTCT--------------ACCCTGCAGTTCCTCAAAACAACAAAATGCAG-CTTCCTTATATACAGTTACAAC---CTGAGACCCATTCAGAAA--TTAGATTGTT------GTAGAGTGATGTTCTTCTAATCACAGATTGTCAAACTTCAAAAGGTCCTTTGCAGTGGTGCTGATAAGATACATTTCTAAGCAATCACATTATTTTTTGAATCTATTTTAAAAATTAGGGCCCTAGCAG-TTTCTGAGATACTAGCATTCTTTCCATAACCAACAGTTTACATTTTATATTGATCTGC-TTTATGGTACAGACTTCTTCACAAAGTCTGAGAAGTATAAttt i calJac3.chr5 I 3 C 0 s canFam3.chr9 16718034 498 + 61074082 AAGATGAGGAAGATCTGGGCCCAGATTGTGAAGATAATGTAACATACTAAAAATACGAAGTACAGTGGAAAATGAGAACACAGATCCAAAGGTACAA-TAGACTCTATGGACGGTCTGTATGGAGGAAAGAAATGAAGAGACACTC------CAAAAGCTGGGTGATTCTATCCTACCCACCCCACCCCCCAGTTTCTCAAAGCAACAAAATACAGGCTTCCTCATATAAAGTTCTAACCCACCAGGATCTGTTCAAGAA--TTAGAATGTTATAATCACATAGgggtggctttccagttgtaagttgccaaatttccagaggcccttttaaagaatgctgataataggtatttctaagagatcacagtatttgtctagCCTAAACAAACAAACAG--CTCTAGCAGTTTCCTGAGACCCCAACATTCTTCCCCTAACCAGTAGGTTACATTTCATCTTGTTCTGTTCTTTTGG-GCTGACTTCTTCACAAAGACTAAGAAGTATACTTT i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111329184 2148 + 122082543 I a score=626932.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 124167 224 + 223995 ATTTAGATTAtttttgtaatacata----atgtacatatttttgaagtc--gtgataatttattacattgacatgatttgtaaagataaaatcagtggaattg-tgat-------ataaccttaaattggcttttctttatgctagaaacatttgaagtattctcttctagctattttgaaacatata--atcgattactggaaactatagctaccctaat-tatcaagcactaggtctta s panTro4.chr17 69221811 226 + 82630442 ATTTAGATTAtttttgtaatacata----atgtacatatttttgaagtcatgtgataatttattacattgatatgatttgtaaagataaaatcagtggaattg-tgat-------ataaccttaaattggcttttctttatgctagaaacatttgaagtattctcttctagctattttgaaacatata--atcgattactggaaactatagctaccctaat-tatcaagcactaggtctta i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60239860 224 + 73212453 ATTTAGATGAtttttgtaatatata----atgtacatgtttttgaagtt--gtgataatttattacactgatatgatttgtaaatataaaatcagtggaattg-tgat-------ataaccttaaattggcttttctttatgctggaaacatttgaagtattctcttctagctattttgaaacatata--ttcgattactggaaactatagccaccctaat-tatcaggcactaggtctta i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40380129 226 - 94967081 ATTTAGATTAtttttgtaatacata----atgtacatatttttgaagtcatgtgatgatttattacattgatacgatttgtaaagataaaatcagtggaattg-tgat-------ataaccttaaattggcttttctttatgctagaaacatttgaagtattctcttctagctattttgaaatgtata--atagattactggaaactatagccaccctaat-tatcaagcactaggtctta i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67815326 221 + 80904711 ATTTAGATTAtttttgtaatacata----atgtacatatttttgaa-----gtgataatttattatattgatatgattcgtaaagataaaatcagtggaattg-tgat-------ataaccttaaactctcttttctttatgctagaaacatttgaagtattgtcttctagctagtttgaaacatata--atcgattactggaaactgtagccaccctaat-tatcaagcactaggtctta i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67561698 221 + 80997621 ATTTAGATTAtttttgtaatacata----atgtacatatttttgaa-----gtgataatttattatattgatatgattcgtaaagataaaatcagtggaattg-tgat-------ataaccttaaactctcttttctttatgctagaaacatttgaagtattgtcttctagctagtttgaaacatata--atcgattactggaaactgtagccaccctaat-tatcaagcactaggtctta i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61845537 221 + 74645514 atttagattatttttgtaATACATG----ATGTACATATTTGTGAA-----GTGATAATTTATTATATTGGTATGATTTGTAAAGATAAAATCAGTGGAATTG-TGAT-------ATAGCCTTAAACTcgcttttctttatgctagaaacatttgaAGTATTGTCTTCTAGCTGGTTTGAAACATATA--ATCGATTACTGGAAACTGTAGCCACCCTAAT-TATCAAGCACTAGGTCTTA i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23951194 221 - 75148670 ATTTAGATTAtttttgtaatacata----atgtacatatttttgaa-----gtgataatttattatattgatatgatttgtaaagataaaatcagtggaattg-tgat-------ataaccttaaactcgcttttctttatgctagaaacatttgaagtattgtcttctagctagtttgaaacatata--atcgattactggaaactgtagctaccctagt-tatcaagcgctaggtctta i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118809957 232 + 159171411 atttaa---------gtaatacataatagatgtacatatttttgaagtcatatgataatttattccattgatatgatttgtagagataaaatgagtggaataactgattttattcataaccttaaattggcttttctttatgctaggaacatttgaactattctcttctaggtattttgaaatatatattatagattacaggaaactatatccaccctaatctatcaaacaataggtctta i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16718532 0 + 61074082 C e mm10.chr11 111329184 2148 + 122082543 I a score=1437081.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 124391 393 + 223995 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ttATTGGAAGCTTGATTGGAAACCATTGTTTGTGCATATATAATATAACATTTCTAAGATTTTGTATGTTGTAGATATGACACACCTT--AGTTAAAACAAAAACAAAAGTATGTAGATTCAATATT-TTTGTAGATATTATTCATTGTGAGT------TTA------TCTTGTAGAATTCATATGAAAACACATTTGATTTTAGAGCAGTTATACAAATTACAAAAGCCTGATGCATTCAGAATC---------AAATAAGCAGAAATAAGCATAGGA--AAGATAACCTTGAGCCCATACTCT----TTCATGGAAACTTTCTAAGGTATAAAAATAAAAAAAGCCAATAGCATTATAGAAAATGTGATATCCAAATAGAATTGTTTATAAATAGAATGTTTTACAAAGTTTCCATGAGGC i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67561919 393 + 80997621 ttATTGGAAGCTTGATTGGAAACCATTGTTTGTGCATATATAATATAACATTTCTAAGATTTTGTATGTTGTAGATATGACACACCTT--AGTTAAAACAAAAACAAAAGTATGTAGATTCAATATT-TTTGTAGATATTATTCATTGTGAGT------TTA------TCTTGTAGAATTCATATGAAAACACATTTGATTTTAGAGCAGTTATACAAATTACAAAAGCCTGATGCATTCAGAATC---------AAATAAGCAGAAATAAGCATAGGA--AAGATAACCTTGAGCCCATACTCt----ttcatggaaactttctaaggtataaaaataaaacaagccaatagcattatagaaaatgtgatatccaaatagaattgtttataaatagaatgttttacaaagtttccatgaggc i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61845758 393 + 74645514 TTATTGGAAGCTTGATTGGAAACCATTGTTTgtgcatatataatataacatttcTAAGATTTTGTATGTTGTAGATATGACACACctt--agttaaaacaaaaacaaaagtatgtAGATTCAATATT-TTTGTAGATATTATTCATTGTGAAT------TTA------TCTTGTAGAATTCATATGAAAACACATTTGATTTTAGAGCAGTTATACAAATTACAAAAGCCTGATGCATTCAGAATC---------AAATAAGCAGAAATAAGCATAGGA--AAGATAACCTTGAGCCCATACTCT----TTCATGGAAACTTTCTAaggtacaaaaataaaacaagccaaTAGCATTATAGAAAATGCGATATCCAAATAGAATTGTTTATAAATAGAATGTTTTACAAAGTTTCCATGAGGC i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23951415 393 - 75148670 ttATTGGAAGCTTGATTGGAAACCATTGTTTGTGCATATATAATATAACATTTCTAAGATTTTGTATGTTGTAGATATGACACACCTT--AGTTAAAACAAAAACAAAAGTATGTAGATTCAATATT-TTTGTAGATATTATTCATTGTGAGT------TTA------TCTTGTAGAATTCATATGAAAACACATTTGATTTTAGAGCAGTTATACAAATGACAAAAGCCTGATGCATTCAGAATC---------AAATAAGCAGAAATAAGCATAGGA--AAGATAACCTTGAGCCCATACTCt----ttcatggaaactttctaaggtataaaaataaaacaagccaatagcattatagaaaatgtgatatccaaatagaattgtttataaatagaatgttttacaaagtttccatgaggc i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118810189 335 + 159171411 ttacttGAAGCTTGATTAGAAGGCATTGTTTGTACATATATAATACCACATTTCTAAGATTTTACATGTGGCAGACGTGATACACCTT--AGTTAAAACAAAAACAGAAGTACGTAGATTCAATATT-TTTGTACTTATTATTCATTGCGAGTTT---ATTA------TCTTGTAGAAATCATATGAAA----------------------------------GAAAG------------------------------------AAAGAAATCATAAGA--AAGAAAACCCTGAGCTGATACTCT----TTCATGGAAACTTTCTAAGGTATAAAAATAAAACAAGCCAATACCATTATAGAAAATGTGATATCCAAATAGAATTGTTTATAAATAGAATCTTTTACAAAGTTTCCATGAGGC i calJac3.chr5 C 0 I 5933 s mm10.chr11 111331332 414 + 122082543 TTATTTGAACTTTAATTAAAAGTCACCATTTATGAATATCTAATGTGACACCCATAAGATTTTAATTGTCTCTGGTGCGACATGCTTT--TGTCGTTACAACATAACAAGTATGCAAATTCAACATTCTTCCTAGCTATCCCTCACTGTGAAATTAGAATTA------TCATGGAGAATTCATTTGAAAACGT-TAAGCTTCTAGAGCACTGAGATAAATTACATAAAGTCGATAAAGTCAGAAGTTGAAACAGAAAATACGTAAAAAAAATTTTTAAACCAGGATATCTCTGAGACCATATCCTACAGTTCATGGAAACTTTCTAAGGTACAAAAATAAAGCAAGCCAATAGTGTTATAGAAAATGTGATATCCAAATAGAATTGTTTATAAATAGAATGTTTTTCAAAGTTTCCATGAGGC i mm10.chr11 I 2148 C 0 s canFam3.chr9 16718532 371 + 61074082 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mm10.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16718903 86 + 61074082 ATCAGCTGTCC-TTTAACCCCCTGCTTGCTGACTTTTTCCAGCCCACTAGCTAAATTAAGGCTTAGGAAAAAATTACCTATGCATTG i canFam3.chr9 C 0 C 0 a score=1644845.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 124870 491 + 223995 TATTTTTATGTGTCTGTTAATCTATTTTTATATGCTCTGGGCATACAGCATCAGTTCCAGTATAAACATATCAAAAGAT----ACGCCCTATACAC---ACAACACATGTATGTGGGCAAACATAAGAAAGAATATAAAATGCTTCTTTTACCTCTATGTTGCAGAAAAAAG--CTGTAACAAGACAAAAGTTTAACATGAGTAGAGTGAGCCAGCCTGCTTGATTTTCTGGATTTGTTGCAgtttaagcttattgtattaatctagttaaaaatagcaccctcatacatgtgctcaaaagtgtcccattttagatgataaattccatggCAATTCCAAGTAAGAGGCAAGAACTGATCAGTTATTTGTGAGTTACTATAGCAGTCAGAGGAAGCTAGATTAAAAATGCTTGAAAATATTTGTTATCTATCA-AGAGA-ATACCATTCAGTTATATTCAGTTAAAACCAGATTTCAGGACAATTGGTATT-GAAAGATTGTTT s panTro4.chr17 69222516 491 + 82630442 TATTTTTATGTGTCTGTTAATCTATTTTTATATGCTCTGGGCATACAGCATCAGTTCCAGTATAAACATATCAAAAGAT----ACGCCCTATACAC---ACAACACATGTATGTGGGCAAACATAAGAAAGAATATAAAATGCTTCTTTTACCTCCATGTTGCAGAAAAAAG--CTGTAACAAAACAAAAGTTTAACATGAGTAGAGTGAGCCAGCCTGCTTGATTTTCTGGATTTGTTGCAgtttaagcttattgtattaatctagttaaaaatagcaccctcatacatgtgctcaaaagtgtcccattttagatgataaattccatggCAATTCCAAGTAAGAGGCAAGAACTGATCAGTTATTTGTGAGTTACTATAGCAGTCAGAGGAAGCTAGATTAAAAATGCTTGAAAATATTTGTTATCTATCA-AGAGA-ATACCATTCAGTTATATTCAGTTAAAACCAGATTTCAGGACAATTGGTATT-GAAAGATTGTTT i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60240562 492 + 73212453 TATTTTTATGTGTCTGTCAATCTATTTTTATATGCTCTGGGCATACAGCATCAGTTCCAGTATAAACATATCAAAAGAT----ACACCCTATACAC---ACAACACATATATGTGGGCAAACATAAGAAGGAATATAAAATGCTTCTTTTACCTCTATGTTGCAGAAAAAAG--CTGTAACAAAACAAAAGTTTAACATGAGTAGAGTGAGCCAGCCTGCTTGATTTTCTGGATTTGTTGCAgtttaagcttattgtattaatctggttaaaaatagcaccctcatatatgtgctcaaaagtgtcccattttagatgataaattccatggCAATTCCAAGTAAGAGGCAAGAACTGATCAGTTATTTTTGAGTTACTATAGCAGTCAGAGGAAGCCAGATTAAAAATGCTTGAATATATTTGTTATCTTTCAGAGAGA-ATACCATTCAGTTATATTCAATTAAAACCAGATTTCAGGACAATTGGTATT-GAAAGATTGTTT i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40380834 492 - 94967081 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TATTTTTATGTGACTGTTAATCTATTTTTATATGCTCTGGACATACAGCATCAGTTCCAGTATAAACGTATCAAAAGATACTCACGCCCTATACAC---ACAACACATGTATGTGGGCAAACGTAAGAAAGAATATAAAATGCTTCTTTTACTTCTATGTCGCAGAAAAAAA-ATTGTAACAAAACAAAAGTTTAATAGGAGTAGAGTGAGCCAGTCTGCTTGGTTTTCTGGATTTGTTGCAATTTAAGCTTATTGTATTAATCTGGTTAAAAATAGCGTCCTCATATATGTGCTCAAAAGTGTCCCACTTTAGATGATGAATTCCATGGCAATTCCAAGTAAGA-GCAAGGACTGATCAGTTATTTGTGAGTTACTATAGCAGTCAGAGGAAGCTAGATTAAATATGTTTGAATGTATTTGTTATCTATCAGAGAGA-ATTCCATTCAG----------TTAAAACCAGATTTCAGGACAATTAATATT-TAAAGACTGTTT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118816859 479 + 159171411 TATTTTTATGTGTCTGTTAATCTCTTTGTATATGCTCTGGACATATAGCATCAGTTCCAGTGTAAACATATCAAAAGAT----ACACCCTGTGCAC---ACAATACATGTATGTGGGCAATCATAAGAAAGAATATGAAATGCTTCTTTTACTT-TATGTTGCAAAAAAAAAAACTGTAACAAAACA----TTTAATATGAGTAGAGGGAGCCAGCCTACTTGATTTTCTGGATTTGTTGCAGTTCGAGCTTATTGTACCAATCTAGATAAAAACAGCATCCTCATATATATGGTCAAAAGTGTCTGATTTTATATGATAAATTCTATGACCATCCCAAGTCAGAGGTAAGAACTGATCAGTTATTTGTGAGTTACTATAGCAGTCAGAGGAAGCTAGATTAAAAATGCTTGAATATATTTGTTATCTGTCAGAGCGA-ATACCATTCAG----------TTAAAACCAGATTTCAGGACAATTGGTATT-GAAAGACTGTTT i calJac3.chr5 I 316 C 0 s mm10.chr11 111331833 445 + 122082543 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canFam3.chr9 C 0 C 0 e ponAbe2.chr17 60241767 534 + 73212453 I a score=1036790.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 126368 318 + 223995 AAACAcatgacacatgcagagagcacagatgttagatttaagcagtcagaagttcaaatccaacagctcctgacttactagctgtgtgcccctgaaaatatttttcaga------tcct----gtgtcacttgtaaaatggttcaaatgagttattgatgtcaagttctcattacaatgcctggcatatagtaag---------gattcgataaatggGGAATATTCTTTGTGGAATATTTCTGAATAGAGAGACTCTCTGCCATTCATATTGCAATGCCCCCTCC-CCCACCGACCTTGGTTGCTAAAGGAGCTTGT-AATACAGAGAATAGCTAGAG s panTro4.chr17 69224031 300 + 82630442 AAACAcgtgacacatgcagagagcacagatgttagatttaagcagtcaggagttcaaatccgacagctcctgacttactagctgtgtgcccctgaaaatatttttcaga------tcct----gtgtcacttgtaaaatggttcaaatgagttattgatatcaagttctcattacaatgcctggcatatagtaag---------gattcgataaatggGGAATATTCTTTGCGGAATATTTCTGAATAGAGAGACTCTCTGCCATTCATATTGCAA-------------------CCAAGGTTGCTAAAGGAGCTTGT-AATACAGAGAATAGCTAGAG i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60242301 311 + 73212453 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ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40392185 199 - 94967081 gtatttctcctaatgctatccctcccctagttccccatcccccgacaggcccaggtgtgtgatgttcccctccctgtatccatgtgttctcattgttcaactcccacttatgagtgggaacatgcagtgtctggttttctgttcccgggttagtttgctgagaatgatggtttccaacttcatccatgtccctgaaaag i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67573711 198 + 80997621 gtatttctcctaatgctatcccttccctag-cccccatcccctaacaggccccggtgtgtgatgttcccctccctgtatcgatgtgttctcattgttcgactcccacttatgagtgagaacatgcagtggttggttttctgttcctgtgttagtttgctgagaatggtggtttccagcttcatccatgtccctgtaaag i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61857539 198 + 74645514 gcatttctcctaatgctatcccttccctag-cccccatCCCctaacaggccccggtgtgtgatgttcccctccctgtatcaatgtgttctcattgttcgactcccacttatgagtgagaacatgcagtggttggttttctgttcctgtgttagtttgctgagaatggtggtttccagcttcatccatgtccctgtaaag i papAnu2.chr16 C 0 I 313 s chlSab2.chr16 23963193 181 - 75148670 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catgaacagacaaatagaccagtgggaaagaacagaaagttcagaaatagactgaatacatatggaaatttaataaatgataaaagtagcctctcaaat-c-----------------------------------------------------------------tctgtggtgaagaaagtc---ttttttttttaattgtgctagcgtaagtggataacca--------------------------------------------------------ttttgattgaattaataaaac-gcatttatgtttcatactgtacacaagaataaaac-----------aaggatataaatgt-----------aaaaaacaaaaca-----aaactgtttaatttatgtatgataatatggatgagttccttcttgaccttggtataaaagaaggctttctgtgaatcaaaatccaaatgcaataaaagaaagattggtaaatttccctacataaaaatgaaaaatttgcatgccaaaaaccactgaaagcaaagtcaaaaaagacaatttgtaaactgggagaaaataattgcaacatatatctaagacaa------atggctaatattcttacatattaaaaattctgaaaaattgaggaacaaatattttaggggcaaatgacctgatagaaataggaaaaagatatgaaatgacaatttcaaaaataatattt i nomLeu3.chr14 C 0 I 1 s rheMac3.chr16 67833376 585 + 80904711 tgcgaacagacaaatagaccagtgggaaagaacagaaagttcagaaatagaccaaatacacatagaaatt-------------------------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----------------------------------------------------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------------------------gtttcacaccatatacaagaataaaac-----------aaggatacaaatgt-----------aaaaaacaaaag----------tgtttaatttatatatgataatatggatgacttccttcttgaccttagtataaaagaagactttctgtgaatcaaaatccaaaggcaatagaagaaagattggtaaatttccctacataaaaatgaaaaatttgcatcccaaaagccaccaaaagcaaagtcaaaaaagacaatttgtaaactgggagaaaataattgcaacatatatctaagacaaatagctatagctactattcttacatattaaaaattctgaaaaattgaggaacaaatattttacaggcaaatgacctgatagaaacagg-aaaagatatgaaATGACAACTTTGAAAATAATATTT i rheMac3.chr16 C 0 I 328 s macFas5.chr16 67579789 575 + 80997621 tgcgaacagacaaataggccagtgggaaagaacagaaagttcagaaatagaccaaatacacatagaaatttaataaatgataaaggtagcctctcatat-c-----------------------------------------------------------------tctgtggtgaagaaagtc-tttttttaaaaaaattgtgctagcataagtggataacca--------------------------------------------------------ttttgattgaattaacaaaactgcatttatgtttcacaccatatacaagaataaaac-----------aaggatataaatgt-----------aaaaaacaaaag----------tgtttaatttatatatgataatatggatgacttccttcttgaccttagtataaaagaagactttctgtgaatcaaaatccaaaggcaatagaagaaagattggtaaatttccctacataaaaatgaaaaatttgcatcccaaaagccaccaaaagcaaagtcaaaaaagacaatttgtaaactgggagaaaataattgcaacatatatctaagacaa------atagctactattcttacatattaaaaattctgaaaaattgaggaacaaatattttacaggcaaatgacctgatagaaacagg-aaaagatatgaaATGACAACTTTGAAAATAATATTT i macFas5.chr16 C 0 I 1 s papAnu2.chr16 61863924 573 + 74645514 TGCGA----ACAAATAGACCAGTGGGAAAGAACAGAAAGTTCAGAAATGGACCaaatacacaaagaaatttaataaatgataaaggTAGCCTCTCATAT-C-----------------------------------------------------------------TCTGTGGtgaagaaagtcttttttttttttaaattgtgctaGCATAAGTGGATAACCA--------------------------------------------------------TTTTGATTGAATTAACAAAACTGCATTTATGTTTCACACCATATGCAAGAATAAAAC-----------Aaggatataaatgt-----------aaaaaacaaaag----------tgtttAATTTATATATGATAATATGGATGAGTTCCTTCTTGACCTTAGTATAAAAGAAGACTTTCTGTGAATCAAAATCCAAAGGCAATAGAAGAAAGATTGGTAAATTTCcctacataaaaatgaaaaatttgcatcccaaaagccaccaaaagcaaagtcaaaaaagacaatttgtaaactgggaaaaaataattgcaaCATATATCTAAGACAA------ATAGCTACTATTCTTATGtattaaaaattctgaaaaattgagGAACAAATATTTTACAGGCAAATGACCTGatagaaacaggaaaaagatatgaaatgacaactttgaaaataatattt i papAnu2.chr16 C 0 I 1 s chlSab2.chr16 23969250 575 - 75148670 tgtgaacagacaaatagaccagtgggaaagaacagaaagttcagaaatagaccaaatacatatagaaatttaataaatgataaaggtagcctctcatat-c-----------------------------------------------------------------tctgtggtgaagaaagtc--ttttttttttaaattgtgctagcataagtggataaccc--------------------------------------------------------ttttgattgaattaacaaaactgcatttatgtttcacaccatatacaagaataaaac-----------aaggatataaatgt-----------aaaaaacaaaag----------tgtttaatttatatatgataatatggatgagttccttcttgaccttagtataaaagaagactttctgtgaatcaaaatccaaaggcaatagaagaaagattggtaaatttccctacataaaaatgaaaaatttgcatcccaaaagccaccaaaagcaaagtcaaaaaagacaatttgtaaactgggagaaaataattgcaacatatatctaagacaa------atagctactattcttacatattaaaaattctgaaaaattgaggaacaaatattttacagggaaatgacctgatagaaacaggaaaaagatatgaaATGACAACTTTGAAAATAATATTT i chlSab2.chr16 C 0 I 1 s canFam3.chr9 16738908 535 + 61074082 cctgaagatacatgtacaatagtatgaa--------------------------actacatatg--------------tccaaggttatcctttccactgt-----------------------------------------------------------------tgtttAggaaagatggtc----tctttaataaatggtcctagaacaatgaagtaacca--------------------------------------------------------tttgaataaaatcaataaaattgtattcatacctcatgccatacataagagtaaagcccaactggactggggatataaacgtgagtattaaaaaaaaaagaaaatagaaataaactatgcaaataatagaagaaaacatggatgaattcctttttgactttg--ataatagaag-ctttctacaattcataatcaataggcaataaaataaaaactaacaaatttt----catgaaaacaaaaattttgcatgacaaaa-ccacca----taaagtcattaaaa--aattgataa----ggagaaaatatttataacatgtatc----actg------a-----AATATTTGCATATTTTGCATATTTTTAAATATTGA-AACCAAATATTTC-TGGGAAAATGACTTGTTGGaaacagg-aaaaattattaacaaggaattcataatataaggta- i canFam3.chr9 I 134 C 0 e mm10.chr11 111345954 16766 + 122082543 I e calJac3.chr5 118834676 6196 + 159171411 I a score=273587.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 142547 109 + 223995 aaaatgggcatccaacattcaagagaatattaaaatttgctgataattagagaagtataagttaaaaca--gggatatca-tttttatctattggactatctgacattaaaa- s panTro4.chr17 69240220 109 + 82630442 aaaatgggcatccaacattcaagaaaatattaaaatttgcttataattagagaagtataagttaaaaca--gggatatca-tttttatctattggactATCTGACATTAAAA- i panTro4.chr17 I 1 C 0 s ponAbe2.chr17 60258588 105 + 73212453 aaaatgggcatccaacattcaagaaaatattaaaatttgctgataattagggaagtataagttaaaaca--gggatatca-gttttatctattgga----ctgacattaaaa- i ponAbe2.chr17 I 1 C 0 s nomLeu3.chr14 40398883 106 - 94967081 aaaatgggcatccaacattcaagaaaa---taaaatttgctgataattagggaagtataagttaaaaca--gggatatca-tttttatctattggactatctaacattaaaa- i nomLeu3.chr14 I 1 C 0 s rheMac3.chr16 67834289 109 + 80904711 aaaaTGAGCATCCAACATTCAATAAAATATTAAAATTTGCTGATAATTAGAGAAGTATAAGTTGAAACA--GGGATATCA-TTTTTATCTATTGGACTATCTGACATTAAAA- i rheMac3.chr16 I 328 C 0 s macFas5.chr16 67580365 109 + 80997621 AAAATGAGCATCCAACATTCAATAAAATATTAAAATTTGCTGATAATTAGAGAAGTATAAGTTGAAACA--GGGATATCA-TTTTTATCTATTGGACTATCTGACATTAAAA- i macFas5.chr16 I 1 C 0 s papAnu2.chr16 61864498 105 + 74645514 aaaatgagcatccaacattcaataaaatattaaaatttgctGATAATTAGAGAAGTATAAGTTGAAACA--GGGATATCA-TTTTTATCTATTGGA----CTGACATTAAAA- i papAnu2.chr16 I 1 C 0 s chlSab2.chr16 23969826 108 - 75148670 AAAATGGGCATCCAACATTCAATAAAATATTAAAATTTGCTGATAATT-GAGAAGTATAAGTTGAAACA--GGGATATCA-TTTTTATCTATTGGACTATCTGACATTAAAA- i chlSab2.chr16 I 1 C 0 s canFam3.chr9 16739443 98 + 61074082 aaaatgagcatctaacatttgaaaaa-----------tacttataattaaagaaataaaatgtaaaacactgagctactattttttacctaatgga----ctaaccataaaaa i canFam3.chr9 C 0 I 23 e mm10.chr11 111345954 16766 + 122082543 I e calJac3.chr5 118834676 6196 + 159171411 I a score=759151.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 142656 315 + 223995 tagtgtcacatacaatatatgatccaataatcacgctccttggtattttcccaaaggagatgaaaacatgttcacacaaaatcctatacacaatgtgtgtagcaacttggaagtaatcaagatatccttcagtaggtgaatggataaactgtggtgcaccaagacaagggaataatattcagtgctaaa---------------aactctcattaatgcatttatggaggaaacataaatgcatattactaagtggaagaagccaatcttcaaaggctatccactgtatgatcccaactacgtgacattcttgaaaggacaaaactataa s panTro4.chr17 69240329 311 + 82630442 TAGTGTCacatacaatatatgatccaataatcacgctccttggtattttcccaaaggagatgaaaacatgttcacacaaaatcctat----aatgtgtgtagcaacttggaagtaatcaagatatccttcagtaggtgaatggataaactttggtgcaccaaaacaagggaataatattcagtgctaaa---------------aagtctcattaatgcatttatggaggaaacataaatgcatattactaagtggaagaagccaatcttcaaaggctatccactgtatgaccccaactacatgacattctcgaaaggacaaaactgtaa i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60258693 313 + 73212453 tAGTGTCACATACAATatatgatccaataatcacgctccttggtattttcccaaaggagatgaaaacattttcacacaaaatcctatacacaatgtatgtagcaacttggaagtaatcaagatgtccttcagtaagtgaatggataaactgtggtgcactaaaacaaggga--aatattcagtgctaaa---------------aagtctcattaatgcatttatggaggaaacataaatgcatattactaagtggaagaagccaatcttcaaaggctatccactgtatgatcccaactatacgacattctcgaaaggacaaaactataa i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40398989 315 - 94967081 tagtatcacaTACAATatatgatccaataatcactctccttggtattttcccaaaggagatgaaaacatgttcacacaaaatcctatacacaatgtgtgtagcaacttggaagtaatcaagatatccttcagtaggtgaatggataaactgtggtgtaccaaaacaagggaataatactcagtgctaaa---------------aagtctcattaatgcatttatggaggaaacataaatgcatattactaagtggaagaagccagtcttcaaaggctatccactgtatgatcccaactatacgacattctcgaaaggacaaaactataa i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67834398 330 + 80904711 TAGTGTCAGATACAATatatgacccaataatcactttccttggtattttcccaaaggagatgaaaacatgttcacacaaaatcctatacacaatgtttgtagcaacttggaagcaatcaagatatccttcagtaggtgaatggataaactgtggtgcaccaaaacaagggaataatattcagtgctaaaaagaaatgagatttcaagtctcgttaatgcatttatggagtaaacataaatgcatattactaagtggaataagccagtcttcaaaggctatccactgtatgatcccaactatatgacattcttgaaaggataaaactataa i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67580474 330 + 80997621 TAGTGTCAGATACAATatatgacccaataatcactttccttggtattttcccaaaggagatgaaaacatgttcacacaaaatcctatacacaatgtttgtagcaacttggaagcaatcaagatatccttcagtaggtgaatggataaactgtggtgcaccaaaacaagggaataatattcagtgctaaaaagaaatgagatttcaagtctcgttaatgcatttatggagtaaacataaatgcatattactaagtggaataagccagtcttcaaaggctatccactgtatgatcccaactatatgacattcttgaaaggataaaactataa i macFas5.chr16 C 0 I 3592 s papAnu2.chr16 61864603 330 + 74645514 TAGTGTCAGATACAATATATGACCCAATAATCACTTTCCTTGGTATTTTCCCAAAGGagatgaaaacatgttcacacaaaatccTATACACAATATTTGTAGCaacttggaagcaatcaagatatccttcagtaggtgaatggataaactgtggtgcACCAAAACAAGGGAATAATATTcactgctaaaaagaaatgagatttcaAGTCTCGTTAATGCATTTATGGAGTAAacataaatgcatattactaagtggaataagccagtcTTCAAAGGCTATCCACTGTATGAtcccaactatatgacattcttgaAAGGATAAAACTATAA i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23969934 330 - 75148670 GAGTGTCAGATACAATatatgacccaataatcactttccttggtattttcccaaaggagatgaaaacatgttcgcacaagatcctatacacaatgtttgtagcaacttggaagcaatcaagatatccttcagtaggtgaatggataaactgtggtgcaccgaaacaagggaataatattcactgctaaaaagaaatgagatttcaagtctcgttaatgcatttatggagtaaacataaatgcatattactaagtggaataagccagtcttcaaaggctatccactgtatgatcccaactatatgacattcttgaaaggataaaactataa i chlSab2.chr16 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16739541 23 + 61074082 I e mm10.chr11 111345954 16766 + 122082543 I e calJac3.chr5 118834676 6196 + 159171411 I a score=1644468.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 142971 689 + 223995 agagagtaaaaatatcagtggttgacaggggttttggggagggaaggatgaataggcagagaacaggggatgtttagggcagtgaaacttctgtgtcataccataatggtggatacatacccttgtatgtttgtccaaacccatatacaaaactaaaagtgaaccctaatgtcaactacgggctttgggtgataatgatgtattaatgtaggttcatcagttgtaacaaatgtatcactagggtgggggatgatgatcaagggagaggctattcgtctataaggcagaggttatatggggcaggggttcccaacccctgggccacagacaggtctagtctgtgacctgttaggaactgggctgcacagcaggaagtgagcagtgggccagcaagcattatcgcctgagctccacctcctatcggttcctcggcagcaatagattctcatagaaatgcaaactttattgtgaactgcacatgcgggggatctaagttacatgctccttacaagaatctaatgcctgacgatctgaaggtggaacagttttatccctaaaccgtccacccccgtggaaaaattgccttccaggaaactggtccctggtgccaaaaaggttggggaccactgatacaggaaatttctgaactgtctgtccaattttgctgtgaacccataactgctctgtga s panTro4.chr17 69240640 689 + 82630442 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AGAGAGTAAAAATATCAATGATTGACAGGGGTTTTGGGGAGGGAAGGATGAACAGGCAGAGAACAGGGGatgtttagggcagtgaaacttcTGTGTCATAccataatggtggatacataCCCTTGTATGTTTGTCCAAACCCATATGCAAAACTAAAAGTGAACGCTAGTATCAACTATgggctttgggtgataatgatgtattAATGTAGggtcatcaattgtaacaaatgtatcactAGGGCGGGGGATGATGATCAAGGGAGAGGCTATTCCTCTCTGAGGCAGAGGTTATATAGGGCAAGGGTTCCCAACCCCTGGGCCGCAGACCGGTCTAGTCTGTGATCTGTTAGGAACTGGGcggcacagcaggaagtgagcagtGGGCCGgcaagcattaccgcctgagctccgcctcctttTGGTTCCTCAGCAGCAATAGATTCtcatagaaatgcaaactctgctgtgaactgcacatgtgagggatctaagtTACGTGCTCCTTACGAGAACCTAATGCCTGACGATCTGaaggtggaacagttttattCCCAAACTGTCCACccccgtggaaaaattgtcttccaggaaactggtc-------ccagaaaggttggggacccTTGATACCGGAAATCTCTGAACTCTCTGTCCAATTTTGTGGTGAACCCATAACTGCTCTGTGA i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23970264 682 - 75148670 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panTro4.chr17 69241329 848 + 82630442 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panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60259687 848 + 73212453 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ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40399992 831 - 94967081 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rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67585078 836 + 80997621 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papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23970946 838 - 75148670 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chlSab2.chr16 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16739564 932 + 61074082 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aaacagatc--------tataaacaaatact---------------ctgtatttctaacagaagt--gtgttagcaattctgtaacaactttaagtgtacatcatagtcaaataacaaa i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67585914 94 + 80997621 aaacagatc--------tataaacaaatact---------------ctgtatttctaacagaagt--gtgttagcaattctgtaacaactttaagtgtacatcatagtcaaataacaaa i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61866451 94 + 74645514 AAACAGATC--------TATAAACAAATACT---------------CTCTATTTCTCACAGAAGT--GTGTTAGCAATTCTGTAACAACTTTAAGTGTACATCATAGTCAAATAACAAA i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 23971784 96 - 75148670 aaacagatc--------tataaacaaatact---------------ctgtatttctcacagaagtgggggttagcaattctgtaacaactttaagtgtacatcatagtcaaataacaaa i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16740607 118 + 61074082 aaataaatcaaaagaattatacataaatactaattccatttagtaaatttatctctcacctttgtgagtatca-taacataacaaaaattttatgtgagtatcatactgaaggaacaaa i canFam3.chr9 I 111 I 135 e mm10.chr11 111345954 16766 + 122082543 I e calJac3.chr5 118834676 6196 + 159171411 I a score=108046.000000 s 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AATGGCC---ACCCAGAACagtgacaacatcaaatgctagTGAGGGTGTGgtgcaacaggaactctcatttattgctggtaagaatgcaaaatggtacagccactttggaagacagtttgtcaGTTTCCAACAACACTAAGCATATTCTTGCTATATAATCCAGCAGTCATGCTGCTTAGTGTTTACCCAAAGGAGCTGAAAGCCTGTG-----TCTGCATATCAACCTATATACAGA-----TGCTTATAGCATCTTTATTCATAATCGCCAAAACTTAGAGACAATCAAGATATCCTTTagtaactgaatg----aataaattgtagTACATACAgatagtggaatattattcagtgct------------------aacataaatgagctgtcaagccatgaaaagacatggagaggGCTAAAATGTATActactgagtgaaagaaaccaatc-----------tgaaa-----aggcaACATACTGTATGATCCTGACTATATGACATTCtgcaaaagacaaaactatagagaccataaaaagatcagtggtttccaggggaaGTGGAA----AGAGGGGTGAATAGGTGAAGCACCACGGATTTTTTGAGGCAGTGAAGCTCTTCTGTATTGTTCTATAAATTGTTGATACACATCAttgtatatttgt-------caaaacccacagaatgcacAACAGCAACAgt-aaccctaatgtaaactatggactttgagtgATAACACTGCATTGGTGTAGATcgatcagttgtaacaaatgtaccattgtGATGCAGGATGTTGATAGTGATGGAAGTTTTGTGTGTATGAAGGCAGggatatatgggaaatctctgtaccttctgctca--atttttctgtgaactgaaAACAACTCTAGAAAATAAAGtctacttaaaaggaaaaaaaaaatcttcacaatatGCTCATACTAAATAGCAATTGCAATTGCAAGATAATG i 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aatggcc---acccagaacagtaacaacatcaaatgctagtgagggtgtggtgcaacaggaactctcatttattgatggtaagaatgcaaaatggtacagccactttggaagacagtttgtcagtttccaacaacactaagcatattcttactatataattcagcagtcatgcttcttggtgtttacccaaaggagctgaaagcctgtg-----tctgcatatcaacctatatacaga-----tgcttatagcatctttattcataatcgccaaaacttagagacaaccaagatatcctttagtaactgaatg----aataaactgtagtacatacagataatggaatattattcagtgct------------------aacataaatgagctgtcaatccatgaaaagacatggagaaggctaaaatgtatactactgagtgaaagaaaccaatc-----------tgaaa-----aggcatcatactgtatgatcctgactatatgacattctgcaaaagacaaaactatagagaccataaaaagatcagtggtttccaggggaagtggaa----ggagggatgaataggtgaagcaccagggattttttgaggcagtgaagctcttctgtattatactataaatggttgatacacatcattgtatatttgt-------caaaacccacagactgcacaacagcaacagt-aaccctaatgtaaactatggactttgagtgataacactgcattggtgtagatcgatcagttgtaacaaatgtaccattgtgatgcaggatgttgatagcgatggaagttttgtgtgtgtgaaggcagggatatatgggaaatctctgtaccttctgctca--atttttctgtgaactgaaaacaacgctagaaaataaagtctacttaaaaGAGAAAAAAAAGTCTTCACAATATGCTCATACTAAATAGCAATTGCAATTGCAAGATAATG i 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aatggccagaatccaaaacactaacaacactaaacacctgtgaggctatagagcagcaggtg------------------------------------agccactttggaaga--------tggtcttttacaaaattaaacatcttcatagcaaataatccagcaatcatgtggcttggtgtttatccaaaggagttgaaaacttaca-----tccacaca-aaaactgcacacagatggtttgtttatagcagatttattcttaattgccaaaacgtggaagcaaccacgatgtccttcaggaggtgaatgaataaataaactttgatctatccgaacaatggaatattatttggcatttaaaaacaacagcaaaacaaaacagaagagctatggagccattaaaagacacagaggaatcttaagtccacatttctcagtaaaagaagacaatcagtcatttgtatggaatatggaggctacatactgtacgactccaactat--gacatcctggaggaggcaaaactagggagacagtaaaaagatcagtggttacaggggaaggctgaggattggagggatgatgagaataagcacagaggatttttag-gacagtgaagctattctgtatgatgctata-atggtggatatgtgacatt-tacatttgctaaaaagtaaaacccataaaatgtaccataccaagagtgaaccttaatataaactatggacttcgactgataaa--------gatataggaatataggttctattctgggta-----gtggggtgggttgtagatagtaaaggatgctgtg-gcacat-----------tatgtaggaattcatgatacttttcattta--attctgctgtgaacctaaagctgcaccaaaaaa---------------------aaataa---------------taataataaatc-------ctatttaaaaaGAGGG i canFam3.chr9 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ttttttttt-aattcttaaagctTTTTGTTTAAAACGAAGatacaaatatacacattagCTTAAGTCTACACAGTGTCAGAATCATCGATAATCACTGTCTTTCACTATCACATCTTGTGCCACTGGAAGGTCTTTTGGAACAATGACGTGCATGGAGCTATCATCTCCTataataacaatgccttcttctggaacaTCTCCTGAAGGacttgcctgaggctgttttacagttaacttttttttcaaataagtggA--GGGAGTATACTCTaaaaaaaTGATTAG-AGtttaatatagtaaatacataaaccagtaacatagttgtttatgatcattatcaagtattatgtactgtatataGTTGTATGTGCTGTACTATTTAGGATTGTCAGCACAGtgggtttgtttataccagcatcaccaaAAACATGAgtaatgtgtaactctgtgatgttaTGATAGCTAcggtcactaggcaataggaattattcagctccattataatcttatgagaccaccataGTATATGCAGTTTGTTGTTagccaaaacatcattatgcagtgcatgactaaACGTATAtctctcacacgcacacacatacacatacacacccacacatgtataaatatatatattacagtatatataaatatatattacagt----atatatatt i papAnu2.chr16 C 0 I 32 s chlSab2.chr16 23986031 660 - 75148670 ttttttttt-acttcttaaagttttgtgtttaaaacgaagatacaaatatacatattagcctaggtctacacagtgtcagaatcatcaat-atcactgtctttcactgtcacatcttgtgccactggaaggtcttttggaataatgacgtgcatggagctgtcatctcctataataacaatgccgtcttctggaacatctcctgaaggacctgcctgaggctgttttacagttaactttttttccaaataagtaga--gggagtatactctaaaataatgattagaagtttaatacagtaaatacataaaccagtaacatagttgtttatgatcattatcaagtattatgtactgtatatagttgtatgtgctgtactatttaggattgtcagcacagtggatttgttgataccagcatcaccaaaaacatgagtaatgtgtaactctgtgatgttatgatagctacggtcactaggcaataggaattattcagctccattataatcttatgagaccaccatagtatatgcagtttgttgttagccaaaacatcattatgcagtgcatgactAAATGTATATCTCT------CTcacacacacacacacatccccacacatgtataaatatatatattacagtatatataaatatatattacagt----gtata---- i chlSab2.chr16 I 13 C 0 e canFam3.chr9 16755438 884 + 61074082 I e mm10.chr11 111345954 16766 + 122082543 I e rheMac3.chr16 67850806 443 + 80904711 I e calJac3.chr5 118846476 1378 + 159171411 I e ponAbe2.chr17 60272022 5756 + 73212453 I a score=87974.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 165487 66 + 223995 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calJac3.chr5 118846476 1378 + 159171411 I e ponAbe2.chr17 60272022 5756 + 73212453 I a score=562830.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 165553 272 + 223995 atatatataGTGGTCCTTGAATacatatagcagattctcaaagaacttcatttttt--caatgttttttagttataatgtaaatgag----aaactgg-tgttgtcatattgtttcacttaaagtagcagtttccaagaacctgtcaacattaagtgaggacttactctatatatctccacatatctatctatctgtgtatccatctgtatatatatGGAG----------ATAGAGAAACAG------GGACAGAGACAGAAAGGAAGagagagagctttattgtaaggagtgt s panTro4.chr17 69257174 279 + 82630442 atatatataGTGGTCCTTGAATacatatagcagattctcaaagaacttcattttttt-caatgttgtttagttataatgtaaatgag----aaactgg-ttttgtcatattgtttcacttaaagtagcagtttccaagaacctgtcaacattaagtgagaacttactgTATATATCTCCACATATCTATCTATCTGTGTATCCATCTGTATACATATGGag----------agagagaaacagagagagggacagagacagaAAGGAAGagagagagctttatggtaaggagtgt i panTro4.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40416297 267 - 94967081 atatatataGTGGTCCTTGAATacatatagcagattctcaaagaacttcattttttt-caacgttgtttagttattatgtaaatgag----aaactgg-ttttgtcatattgtttcacttaaagtagcagtttccaagaacctgtcaacattaagtgaggacttactgTATATATCTCCACAtatctatctgtctgtgtatccatctgtatatatatGGAG----------AGAGAG------------GGACAGAGACAGAAAGGAAGagagagagctttattgtaaggagtgt i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67851319 267 + 80904711 atatatatgGTGGTCCTTGAATacatatagcaggttctcaaagaacttcattttttt-caatgttgtttagttataatgtaaatgag----aaactgc-ttttgtcatgttgtttcacttaaagtagcagtttccaggaacctgtcaatg--aagtgaggacttcctgTATATATCTCCACAtatctatctatctatgtatctatctatatatATGTGAAG----------AGAGAGAG----------GGACAGAGACAGAAAGGAAGACagatagctttattgtaaggagtgt i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67600872 267 + 80997621 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s panTro4.chr17 69258020 1227 + 82630442 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ttctatatgactgactagaggtatcctgtatgtatctccttctctgcaacagaccaaaagaagtaatagaaaaccacagtttcagttgagtgtctaggggagaacactggaatttagcaaggaagtgacaagacttcctgagacacaaaaattcaaaatggcagcacagttgagggaccccccattactggacaaa i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16762269 1855 + 61074082 I e mm10.chr11 111374848 369 + 122082543 I a score=3447753.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 172179 1518 + 223995 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taaagg-atacaaaattccatttagacagtaggaagtttgagagatctattatacaacatggtaatgttttgggatctttggggtgttgcttttctggtcggaaacctctatggctggtggcacctttgctagagctcttgtcctgcatctgagaagaatgaggtgtgtggacaagtggatagtgaggaagatgaagagaagctttattgagtgttagaacagcccagaggagacctgtagtgggtagctcctttctgcaggcaggtcttcccaagtattcagctctcagca--------------gagagggtagctcctctctgcagctggccatcctgttatctgcagctctcagcagagaggaggccctggagagggtagctcctctctggaactggttgtcccaatatctgct----cctctcagcagggaggaggccctggagagcgtagctcc i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40437605 446 - 94967081 taaaggaatacaaaattccatttagataggaggaagtttgagagatctattatacaacatggtaatgttttgggatttttggggtgttgcttttctggttagaaacctctatggctggtggcacttttgccagagctctggtcctgcatccaagaagaatgaggtatgcagacaagtggatagtgagccagatgaagagaagctttattgagtgttagaacagcccagaggagacccgcagtgggtggctcctttctgcgggcaggtttttccaagtattcagctctcagca--------------gagagggtagctcctctccgcagctggtcatcctgttatctgcagctctcagcagagaggaggccctggagagggtagctcctctctggagctggttgtcccgatatctgctcctccctctcagcagggaggaggccctggagagcataggtcc i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67869685 455 + 80904711 taaagg-atacaaaattccatttagataggaggaagtttgagagatctattatacaacatggtaatgttttgggatctttggggtgttgcttttctggttggaaacctctgtggctggtggcacctttgcctgagctcttgtcctgcatccaggaagaatgaggtatgcagacaagtggatggtgagcaagatgaagagaagctttattgagtgttagaacagctcagaggagacccgcagtgggtagcttctttctgcgggcaggtcttcccaagtgttcagctctcagcagagaggaggccctggagagggtagctcctctccgcagctggtcatcctgttatctgcagctctcagcagagaggaggccctggagagggtagcccttctctggagctggttgttccgatatctgct----gctctcagcagggaggaggccctggagagggtagctcc i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67619104 441 + 80997621 taaagg-atacaaaattccatttagataggaagaagtttgagagatctattatacaacatggtaatgttttgggatctttggggtgttgcttttctggttggaaacctctgtggctggtggcacctttgcctgagctcttgtcctgcatccaggaagaatgaggtatgcagacaagtggatggtgagcaagatgaagagaagctttattgagtgttagaacagctcagaggagacccgcagtgggtagcttctttctgcgggcaggtcttcccaagtgttcagctctcagca--------------gagagggtagctcctctccgcagctggtcatcctgttatctgcagctctcagcagagaggaggccctggagagggtagcccttctctggagctggttgttccgatatctgct----gctctcagcagggaggaggccctggagagggtagctcc i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61898574 441 + 74645514 TAAAGG-ATACAAAATTCCATTTAGATAGGAGGAAGTTTGAGAGATCTATTATACAACATGGTAATGTTTTGGGATCTTTGGGGTGTTGCTTTTCTGgttggaaacctctgtggctggtggcacctttgcctgagCTCTTGTCctacatccaggaagaatgaggtatgcagacaagtggatggtgagcaagatgaagagaAGCTTTATTGAGTGTTAGAACAGCCCAGAGGAGACCCGCAGTGGGTAGCTTCTTTCTGCGGGCAGGTCTTCCcaagtgttcagctctcagca--------------gagagggtagctcctctccgcAGCTGGTCATCCTGTtatctgcagctctcagcagagaggaggccctggagagggtagCCCCTCTCTGGAGCTGGTTGTTCCGATATCTGCT----GCTCTCAGCagggaggaggccctggagagggtagctcc i papAnu2.chr16 M 351 C 0 s chlSab2.chr16 24004706 441 - 75148670 taaagg-atacaaaattccatttagattggaggaagtttgagagatctattatacaacatggtaatgttttgggatctttggggtgttgcttttctggttggaaacctctgtggctggtggtacctttgcctgggctcttgtcctgcatccaggaagaatgaggtatgcagacaagtggatggtgagcaagatgaagagaagctttattgagtgttagaacagctcagaggagacccgcagtgggtagcttctttctgtgggcaggtcttcccaagtgttcagctctcagca--------------gagagggtagctcctctcctcagctggtcatcctgttatctgcagctctcagcagagaggaggccctggagagggtagcccctctctggagctgtttgttccgatatctgct----gctctcagcagggaggaggccctggagagggtagctcc i chlSab2.chr16 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16775454 0 + 61074082 C e mm10.chr11 111381775 2501 + 122082543 I e calJac3.chr5 118875562 0 + 159171411 C e panTro4.chr17 69272497 2909 + 82630442 I a score=1134355.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 183574 496 + 223995 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tctttgcagctgatcatccagatgtctgctttgctgtggctgagcctggggcttttatgggcctcagagggaaggaagcacatgccatttggtccatgggcaggctcgaaag--gcaccacaagttcccatgccagtctgtgggattggcagcctggcccccagccccttcaggccctccctgggctaaaggtcaggccttactggggaccacccacttttgcccaagagcctgtctgcctcctgccactgtccatggcacccaggctgcttgcaccaaggggcacctgcaggccagtactgagctgccctcaggtgctccccatgcttattggtgcccaatgtccagagggagccgaggcagctgggggctggtgtgtcag-cactatcttgagtgtgtgcctacccagccgtgctgtgacagca-caggggttggccccaaccttgctccatgatcagactgggcacctggagtggggagaggccagactgtgggagc i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67619545 496 + 80997621 tctttgcagctgatcatccagatgtctgctttgctgtggctgagcctggggcttttatgggcctcagagggaaggaagcacatgccatttggtccatgggcaggctcgaaag--gcaccacaagttcccatgccagtctgtgggattggcagcctggcccccagccccttcaggccctccctgggctcaaggtcaggccttactggggaccacccacttttgcccaagagcctgtctgcctcctgccactgtccatggcacccaggctgcttgcaccaaggggcacctgcaggccagtactgagctgccctcaggtgctccccatgcttattggtgcccaatgtccagagggagccgaggcagctgggggctggtgtgtcag-cactatcttgagtgtgtgcctacccagccgtgctgtgacagca-caggggttggccctaaccttgctccatgatcagactgggcacctggagtggggagaggccagactgtgggagc i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61899015 496 + 74645514 tctttGCAGCTGATCGTCCAGATGTCTGCTTTGCtgtggctgagcctggggcttttatgggcccCAGAGGGAAGGAAGCACATGCCATTTGGTCCATGGGCAGGCTTGaaag--gcaccacaagttcccacGCCAGTCTGTgggactggcagcctggcccccagccccttcaggccctccctgggctcaaggtCAGGCCTCACTGGGGACCACCCACTTTTGCCCaagagcctgtctgcctcctgccactgtcCATGGCACCCAGGCTGCTTGCaccaaggggcacctgcaggccagtACTGAGCTGCCCTCAGGTGCTCCCCATGCTTattggtgcccaaagtccagagggagCTGAGGCAGCTGGGGGCTGGTGTGTCAG-CACTATCTTGAGTGTGTGCCTACCCAGCTGTGCTGTGACAGCA-CAGGCCTTGGCCCCAACCTTGCTCCATGATCAGACTGGGCACctggagtggggagaggccagacTGTGGGAGC i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24005147 496 - 75148670 tctttgcagctgatcgtccagatgtctgctttgctgtggctgagcctggggcttttatgggcctcagagggaaggaagcacatgccatttggtccatgggcaggcttgaaag--gcaccacaagttcccatgccagtctgtgggactggcagcctggcccccagccccttcaggccctccctgggctcaaggtcaggcctcactggggaccacccacttttgcccaagagcctgtctgcctcctgccactgtccatggcacccaggctgcttgcaccaaggggcacctgcaggccagtactgagctgccctcaggtgctccccatgcttattggtgcccaaagtccagagggagctgaggcagctgggggctggtgtgtcag-cactatcttgagtgtgtgcctacccagccgtgctgtgacagca-caggccttggccccaaccttgctccatgatcagactgggcacctggagttgggagaggccagactgtgggagc i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118875562 496 + 159171411 tctttgcagctgatcatctagatatctgtgttgatct-gctgagcctggatattttatgagcctcagaggggaggaagcacatgccagttggtccacagcctggcccgaaaaatgcaccacaagttcccactccagtctgtgggactggcagcctggcttccag--ccttcaggccctccattgcctcaaggtcacgcctcactgggaaccacccacttctgcccagcagcctgtctgccttctgctgctgtccatggcacccaggctgctagcaccaaggggcacatgcaggccattgccaagctgccctcaggcactccctaggcttgttgtcacctaaaatccagaggggaccaaggtggcagggggctggtgtgtcag-cactatcttgagtatgtgtctacccatccaggctgcaacagcatctgggcctgaccccaaccttgctccatgattgaactggaaacctggagtggggagaaaccagactgtgggagc i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16775454 0 + 61074082 C e mm10.chr11 111381775 2501 + 122082543 I e panTro4.chr17 69272497 2909 + 82630442 I a score=453830.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 184070 283 + 223995 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i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67620041 284 + 80997621 aggtacttatgaacccattgcagcagggggaa-gggggg-ccttcctggg-cccccaagagcacagagatgtctggatctacagctgtgcttggataggctgtaaccgcacccacacctggggag----------ttcctgtctggtcagcttagaagggcagggctcctgcttgtccctggctcccatgggctctgtggagtgtgcagctctggccatgcctctgagatcaaagtgagcactgacagcagggagaaaccaggcagtgggagcaggcacttccaaggctgtaggggg i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61899511 284 + 74645514 AGGTACTTATGAACCCATTGCAGCAGGGGGAA-GTGGGG-CCTTCCTGGG-CCCCCAAGAGCACAGAGCTGTCTGGATCTACAGCTGTGCTTGGATAGGCTGTAGCTGCACCCACACCTGGGGAG----------TTCCTGTCTGGTCAGCTTAGAAGGGCAGGGCTCCCGCTTGTCCCTGGCTCCCATGGGCTCTGTGGAGTGTGCAGCTCTGGCCATGCCTCTGAGATCAAAGTGAGCACTGACAGCAGGGAGAaaccaggcagtgggagcaggcacttccaagGCTGTAGGGGG i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24005643 285 - 75148670 aggtacttatgaacccgttgcagcagggggaaggggggg-ccttcctggg-cccccaagagcacagagatgtctggatctacagctgtgcttggataggctgtagctgcacccacacctggggag----------ttcctgtctggtcagcttagaagggcagggctcccgcttgtccctggctcccatgggctctgtggagtttgcagctctggccatgcctctgagatcaaagtgagcactgacagcagggagaaaccaggcagtgggagcaggcacttcaaaggctgtaggggg i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118876058 279 + 159171411 aggcatgtatgaacctattgtg---ggggtaa-gggagg-ccctcctggg-cctccaagaacacagagatgtctggatccacagctgggcttgggtaagctgcagctgca-ccacacctggggaggtacccacatctactgtct-gccaactctgaagagcagggcttccatttgt-cctggcttccatgggctctgcggagtgcgcagctcgggccatgcctctgagatcagattgggcactgatagcagggagaagccaagcagtgggagcaggcactttcaagct--------- i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16775454 0 + 61074082 C e mm10.chr11 111381775 2501 + 122082543 I e nomLeu3.chr14 40438548 100 - 94967081 M e panTro4.chr17 69272497 2909 + 82630442 I a score=17788.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 184353 21 + 223995 --aagggggggacttcccaggcc s rheMac3.chr16 67870921 20 + 80904711 --aa-agggggccttcctgggcc i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67620325 20 + 80997621 --aa-agggggccttcctgggcc i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61899795 20 + 74645514 --AA-AGGGGGCCTTCCTGGGCC i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24005928 20 - 75148670 --aa-agggggccttcctgggcc i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118876337 21 + 159171411 atgg-gggggcccttcctgggt- i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16775454 0 + 61074082 C e mm10.chr11 111381775 2501 + 122082543 I e nomLeu3.chr14 40438548 100 - 94967081 M e ponAbe2.chr17 60294481 196 + 73212453 I e panTro4.chr17 69272497 2909 + 82630442 I a score=259021.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 184374 198 + 223995 ccccaaagctcagagactccaaagtctggagcccaccagggcatcttcagtggaacttgaggaggacgaggcttctgcctgctcagtggagagtgggggcccggccatgcctccc-----gtctgcatccagcgtc------atggccattccagatggcccgccgctgccgtcagtagctgtagttaatcacagcatattatattctt s ponAbe2.chr17 60294677 194 + 73212453 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CCCCAAAGCACATAGACACCAAAGTCTGGAGCCCACCAGGGCATCTTCAGTGGAACCTAAGGAGGGTGAGGCT--------------------------CCCGGCcatgcctccc-----tgctgcagccagctTG------ATGGCCATTCCAGATGGCCCG---CTGCCATCAGTAGCTATAGTTAATCACAGCatattatattctt i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24005948 169 - 75148670 ccccatagcacagagacaccaaagtctggagcccaccagggcatcttcagtggaacctaaggagggtgaggct--------------------------cccggccatgcctccc-----tgctgcagccagcttg------atggccattccagatggcccg---ctgccatcagtagctatagttaatcacagcatattatattctt i chlSab2.chr16 C 0 I 1 s calJac3.chr5 118876358 204 + 159171411 cccaaaagcacagagatacccaggtctggagcccaccagggcagcagcagtggcacccaagaagggcaaagctcctgcctgctcagtggagcaggagg-cctggccatgcctccctgccatgctgtagccagtgtgatggcaatggccattccagatggcccaccgctgtcatcaGTAGCTATA----ATCATGGGAtattatattctt i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16775454 0 + 61074082 C e mm10.chr11 111381775 2501 + 122082543 I e nomLeu3.chr14 40438548 100 - 94967081 M e panTro4.chr17 69272497 2909 + 82630442 I a score=131674.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 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panTro4.chr17 69280826 369 + 82630442 ACGTCTGTTC-ACATTTGCTTCAGTAGACCTTAAATTTCTTGTCAACTTTTTTTATCACAGTTTGTTTTTTTCTTCTCGTGCATTTCCCCCAGAAAAGTCCTACAATTGCAAAATAGTGCTTTATTTTGTTTTCCAGGGAGACATATTCTCCTATCGTCATTTTAGCTCTAAAATAAACTTACTGAAA--GAATGTGCATAAAGCAAGTGGTATACGAAACTCAGATTTTAAAGATGTTTGTTTGCATTTCTTGTTTATGAAAGTGTTATTCTGGAGAAATAGACAGTAGTGCTTAGTCCGTTTACTTTTTAAATATTTTCATGTTAATGTGACTAAAAACAATACAG-AAGTTTATGGTTATTTCAGATATT i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60300515 365 + 73212453 ATGTCTGTTC-ACATTTGCTTCAGTGGACCTTAAATTTCTTGTCAAC-TTTTTTATCACAGTTTGTTTTTTTCTTCTCATGCATTTCCCCCAGAAAAGTCCTGCAATTGCAAAATAGTGCTTTATTTTGTTTTCCAGGGAGACATATTCTCCTA---TCATTTTAGCTCTAAAATAAACTTATTGAAA--GAATGTGCATAAAGCAAGTGGTATACGAAACTCAGATTTTAAAGATGTTTGTTTGCGTTTCTAGTTTTCGAAAGTGTTATTCTGGAGAAATAGACAGTAGAGCTTAGTCCGTTTACTTTTTAAATATTTTCATGTTAATGTGACTAAAAACAATATAG-AAGTTTATGGTTATTTCAGATATT i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40444436 362 - 94967081 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tatttactc------aagcatatgtccttcacgaactgtggatgcaaatatca------------------tcataatagctttttcgtagctttatttgtaatgactccaaactgataacaatgtttcaac-taattgcatatttacaaataaatggataGCATGCACAAACAAATTCTGTCTCTGTCTCTCTGTTTATCTATATCACTGCCTATTTTTTACCCCCAGacaca----------------------cacacaca--cacacacaca-------------------------------------cacacacacacacacGTATTGT-----------------------TTAATCAATACATAACAGGAATCTTTTTATACATAGTAATATGGAATATGGTTGCAGCTC----------TGCAAAGATATAGAAGAAATCACTAACATAACTAGGAAGAGTGTGAACTACATAATATGTTTTCCTTTGTAAAGTGTTCTCAG-GCATTCCAGGGAAGATACAGGGATTAAGAAGGGAGGACCATAAAGGGGACAAAATTTGCAATGTAAATAAAGAAAACATCTACTTTTTAAAAGAGGACTATGCACTTATGGATGGGGATGAAGGAGGAAATTAGGAAAAGATACAGAATGGGAGGTCAGAGAAAGTACAGGGTAAATCCCTGTTTTCCA-------- i mm10.chr11 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16778506 536 + 61074082 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Tacctttatattattaaattgagaaac-aagaaaa---tgataTGTCGT-------T-GTGAT-CAT-----CCTAGAGGTCTTCATAGGTGCTGGGcaaatttaaatattctta-ttttcaagAATTATGTAG-----TATATGTTATAACATGcagtaaattatatttctttagaTATATTTAGCTCTTCTTTGCAAAAGTTTTTTCACGTGCATCACAAGTTTAGAT----AGAATTCCTATGCCACATTTTCTATTTGGAAATTTG------AGTACAC--CTAAATTTTTTGTTAAGATTATGCAAAGGTCCAAACTATCCCTTCAATAAGTGGGTTAAATAGTTCCACCCAAAA--TACTTCC-TGGGAATATTGCAGACCTTTGGTTGTGTTTCGAAAATAAT-----------------------TAAAGTGATTCCACTGTTTGTAAAATATCTTCTGGAAGGTGCTGGGTTTTCCT---CTTTCCATAGCTTGTTAGCAAT-ACTA-CAGTTTGGCAATCGATTTTGTCTTTTC-TGGGGAATGAGACAGAAATTCTTGGGGAAAACAGAAATTCTTTCTagattacattattttcattattttgataaGATGAGTCTGATCTTTGTTT-GC--CGGCAATTGAAGGT---ACCAGTGTTCAGGGGAGTATTCCCATACATCTCCAGAGGAAACTTACCTGTAAGGAAGGGATG----TTTG-CGAC-TTCATGTATTATCTTGTCTAGGAAACCCTACACAGGACATAAGCACAATAGA----ATCATGTAGAACAGAAGTTTCTACCTAATCAATCAATTGTGGTTACCAAACACATTGAAATGCTATCTTAAAACTAGCTTATTATCTGCTGAACA-CTACCTACATTATTTCAAACCCTTGAAAC-TTGGCAGCAGGGCCAGTCTTCATATCCCAATTTCACGGATGAACAAACTAAG-GTTAAGAGAGATTATATAATTGTTAAA----AGAGCTGGGCTTTGCTTCCAGGTCAGTCTGACCCCATAGCACATCCTCATTCC-GTTACATTGTTCCTATTGCTTTTCATTC-TAAAAGCAATATAAGGAAGCTATTTTAAGGATGGGTGAACAGGTCACTAGATCTGAAAC---TCTCTGTATATTCATCTGTAGGTGGAAGGG---------TAAACAGATTAATAAC-ACAACCAACTAATACACCTTTAGAGTCAGCATCTCAAAAGCAGAAACATCT i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24017846 1157 - 75148670 TACCTTTATATTATTAAATTGAGAAAC-AAGAAAA---TGATATGTCTT-------T-GTGATATATAAAGACCTAGAGATCTTCATAGGTGCTGGGCAAATTTAACTATTTTTA-TTTTCAAGAATTATGTAG-----TACATGTTTTAACATGCAGTAAATTATATTTCTTTAGATATATTTAGCTCTTCTTTGCAAAAGTTTTTTCACATGCATCACAAGTTTAGAT----AGAATTCGTATGCCACATTTTCTATTTGGAAATTTG------AGTACAC--CTAAATTTTTTGTTAAGATTATGCAAAGGTCCA----ATCCCTTCAATAAGTGGGTTAAATAGTTCCACCCAAAA--TACTTCC-TAGGAATATTGCAGACCTTTGGTTGTGTTTTGAAAATAAT-----------------------TAAAGTGATTCCACTGTTTGTAAAATATCTTCTGGAAGGTGCTGGGTTTTCCTTTCTTTCCCATAGCTTGTTAGCAAT-ACTG-CAGTTTGGCAATTGATTTTGTCTTTTC-TGGGGAATGAGACAGAAATTCTTGGGGAAAACAGAAATTCTTTCTAGATAACATTATTTTCATTATTTTGATTAGATGAGTCTGATCTTTGTTT-GC--CGGCAGTTGAAGGT---ACCAGTGTTCAGGGGAGTATTCCCATACGTCTCCTGAGGAAACTCATCTGTAAGGAAGGGATG----TTTGATGAC-TTCATGTATTATCTAGTCTAGGAAACCCTACACAGGACATAAGCACAATAGA----ATCATGTAGAACAGAAGTTTCTACCTAATCAATCCATTGTGGTTACCAAACACATTGAAATGCTATCTTAAAACTAGCTTATTATCtgctgaaca-ctacctgcattatttcaaacccttgaaac-tttgcagcagggccagtcttcatatcccaatttcacggatgaacaaactaag-gttaagagagatgatataattgttaaa----agagctgggctttgcttccaggtcagtctgaccccatagcacatcctcattcc-gttacaTTGTTCCTATTGCTTTTCATCCTTAAAAGCAATATAAGGAAGCTATTTTAAGGATGGGTGAACAGGTCACTAGATCTGAGAC---TCTCTGTATATCCATCTGTAGGTGGAAGGG---------TAAACAGATTAATAAC-ACAACCAACTAATACACCTTTAGAGTCAGCATCTCAAAAGCAGAAACATCT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118893749 1130 + 159171411 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TAACTTCTTATCGTTAAATTGAGGCAG-GGGGGAATGTTGCTATTTCTT-------T-GAGAT-AAT-----CCTACAGGTATTTATAGTTGTTGGGCAATTCTCAATACTTTCATTTTTTAAGATCCACATAG-----TATATGCTATAAAATGCATTACATTATATTACTTTAGATACACATAGTTCTTC-TTACTGAAGTTTGCTCACGTACAATGCAAGGTTAGATTTAAATGATCCCTTTGCCTCATTTTCTACATGAGAATTCA------AGCACGCAGCATAATTTTTCATCAGGTTTATGCAAAGGTCAATACTATCCATTCAATTAATGGGTTAAATATTTCTATCCAAAAATAAATTTG-CTAGAATAGTGCAGATCTTGTGTTTCATTTTGAAAATAAT-----------------------ACAAGCAATTCCACTGTTTGGAAAATGTCTTCTGGAGAGCTCT----CTCCATCCCACAATCATGATTTGTGAATGAT-ACCACCAGTTTGGCAA-AGTTTTCATCTCTTC-TGGGGAGAGAGAGG-------TGGAAGAAAGCACAAATTGTTTCTAAATTACATTATTTTTATTGTTTTAATAAAATGAGACTGACCTTTCCTT-CCATCAGCAGTTGAAGGT---ACCAGTGTGTAGGAAGGCATATCCATACATCTCTAGAGGAAATCCATCTGTAAGAAAATAATG----TTTCATGAC-TTTATCTG---------CAAGGAGGCTCTAAATAGGGCATAGTCATAAAGGA----GTCATCTGGGACAGTAG-ACCTACCTAATCTGTCAACTGTTAGAGCAAAACAAA-TGAGATACTGT-TTCACACTAGC-CAATATTtactaaagacctacctacattgttttaaatccttgaaacatcagaggcagggtcagtcctaatgtcttaatttcatggatgaacaaacaaagagttcagagaggtgatacagttgttaaaagacagagctaggctttgcttccaggtttgtctggccccacagcacatcctttttccCATTATGTTAGTCTTATTACTTCTTACTT-TGAAAGCAATATAAAGAAGCTATTTTAAGAGTAGGTGAAGAGGTCACTGGACCTCAGCC---TTCCTGTATATGAAATTGCA----AAGGAA---------TAAACAGA--AATAATAACAACCGAAAAATATACCTTTACAGCCAGCATCTC-AAATAAGAAACATCC 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-ATAGAAATTTGAATAGCTTTACTTTTAAC-----------------------TTATTTTAAAAAAATTATATTTTGCTGCAAGGCTGACGTAGATTTATATT-------TACCATGACTTTTGAGGCCCAACCTAAGAAAATGATGAATGTTAGGGCAGTCAAGCCTATGAAA----T-------TATCTGTGAAGGATTGTGTCTCAGTCCTAGTCTAGGCATTGTTTTCATTTTTACATTTTTT----A--AAGGTCTTACTATTTTTCGAAGTCATG-TTTTATCTT i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67884349 246 + 80904711 -ATAACAATTTAAATAGCTTTACTTTTAAC-----------------------TTATTTCTAAAAAATGATATTTTGCTACAAGGCTGACATAGATTTATATT-------TACTGTGACTTTTGAGGCCCAACCTAAGAAAATGATGAATGTTAGGGTAGTCAAACCTATGAAATTGTT-------TATCTGTGAAAGATTGTGTCTCAGTGCTAGTCTAGGCATTGTTTTCATTTTCACATTTTTT----A--AAGGTCTTACTATTTTTCGAAGTCATG-TTTTATCCT i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67633746 246 + 80997621 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AAGAATGTATTAGCCTTC-------------TTTTTTCATTTTCTAAAGAAACTTGAAATTAAGATTTGAATTGCTTCCAAATATAA---ATGTGCTAGACGGTCGTATTCCTGAAAGACAAGAAATGCTGAGTCCAAAGAATAAGTGAGAAGTTCAGCTTT-TATGATTTCTGTGTCCTGTAATTAGCTTCTTAGTAAGTGATTTCTAACCTTCAAGAAATATAGAGCCTCCAATGACTGACA i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67887189 225 + 80904711 AAGAAGGTATTAGCCTCT-------------TTTTTGCATTTTCTAAAGAAACTTAAAATTAAGATGTGAATTGCTTCCAAATATAA---ATGT--TAGACAATTGTATTCCTGAGAGACAAGACATGCGGAGTCCAAAGAATGAGTGAGAAGTTCAGCTTT-CATGATTTATGTGTCCTGTAATTAGCTGCTCAGTAAGTGATTTCTAAACTTCAAGAAATATAGAGCCTCCAGTGACTGACA i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67636592 225 + 80997621 AAGAAGGTATTAGCCTCT-------------TTTTTGCATTTTCTAAAGAAACTTAAAATTAAGATGTGAATTGCTTCCAAATATAA---ATGT--TAGACAATTGTATTCCTGAGAGACAAGACATGCGGAGTCCAAAGAATAAGTGAGAAGTTCAGCTTT-TATGATTTATGTGTCCTGTAATTAGCTGCTCAGTAAGTGATTTCTAAACTTCAAGAAATATAGAGCCTCCAATGACTGACA i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61916018 225 + 74645514 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AGGAAGGCATTCCCTTCC-------------CTTTTGCATTTTCCCTAGAGACGTGAAATTGAGATTTGCATGGCTTCCAAATATAACCTCTGT--TAGACTACTATTTTCTTGAAGGACTAGAATTTCTGAGTCCCAACTATGAGTAAGAAGTTCAATTTTGTATGATTTATATGTCTTGGAATGGACTGCTTATAAAATAACTTCTAATCTTCGAGACATACGGAGCTTCCA-TGAGTGACA i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111398749 3969 + 122082543 I a score=240499.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 201146 107 + 223995 ACtgttaaagtat--gtgttcttaaaaagtta-aattgttacat--atacagtaaacacatataaaagatttcattctactcattaattaatgatgaaaatactaaaaggtt s panTro4.chr17 69292398 107 + 82630442 ACtgttaaagtat--gtgttcttaaaaagtta-aattgttacat--atacagtaaacacatataaaagatttcattcaactcattaattaatgatgaaaatactaaaaggtt i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60315466 101 + 73212453 ACTGTTAA--------CGTTCTTAAAAAGTTA-AATTGTTACat--atacagtaaacacatacaaaatatttcattcaactcattaattaatgatgaaaatactaaaaggtt i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40455965 101 - 94967081 ACtgttaaagtat--gtgttcttaaaaagtta-aaatgttacat--atacagtaa--acatataaaagatgccattcaactcattaatt----atgaaaatactgagaggtt i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67887414 106 + 80904711 ACtgttaaagcat--gtgttcttaaaaagtta-aaatgttaca---atacagtaaacacatttaaaagatttcattcaactcattaatgaatgatgaaaataccaagaggtt i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67636817 106 + 80997621 ACtgttaaagcat--gtgttcttaaaaagtta-aaatgttaca---atacagtaaacacatttaaaagatttcattcaactcattaatgaatgatgaaaataccaagaggtt i macFas5.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24022393 106 - 75148670 ACtgttaaagtat--gtgttcttaaaaagtta-aaatgttaca---atacagtaaatacatttaaaagatttcattcaacccattaatgaatgatgaaattactaagaggtt i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118898883 107 + 159171411 ACTCttaaagtgt--atgttgttaaaaagttg-aaatataacat--atacagtaaacacgtataaaatatttcattcatctcattaattaatgatgaaactagtaagaGTTT i calJac3.chr5 C 0 I 194 s canFam3.chr9 16788237 112 + 61074082 ACtgtcaaagtacaaatgttttccaaaactcagaactgtgacttacattcagtaaacacatatcaaatattttattcaacttattaattaatgaggaatccagtaagatgtt i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111398749 3969 + 122082543 I e papAnu2.chr16 61916243 352 + 74645514 M a 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C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67887522 23 + 80904711 aactggttcaaatgagaaCGTGA i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67636925 23 + 80997621 aactggttcaaatgagaaCGTGA i macFas5.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24022501 23 - 75148670 aactagttcaaatgagaaCGTGA i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118899184 23 + 159171411 AATTGGTTCTGATGAGAATGTGA i calJac3.chr5 I 194 C 0 s canFam3.chr9 16788351 23 + 61074082 aagtagttccaatgagaatttga i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111398749 3969 + 122082543 I e papAnu2.chr16 61916243 352 + 74645514 M a score=344831.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 201278 120 + 223995 -TTCGTGGAATGCATATTTtctaacagagaaagttaatttgcattgcaatgaacaggaaacatttgcattgcttctgatttcccacagcttaacttctaccccttcaaaatggtcaaatag s panTro4.chr17 69292530 120 + 82630442 -TTCGTGGAATGCATATTTtctaacagagaaagttaatttgcattgcaatgaacaggaagcatttgcattgcttctgatttcccacagcttaacttctaccccttcaaaatggtcaaatag i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60315592 115 + 73212453 -TTCGTGGAATGCATATTTTCTAACAGAGAAAGTTAATTTGCATTGCAATGAGCAGGAAACATTTGCATTGCTTCTAATTTCCCACA---TA--CTCTACCCCTTCAGAACGGTCAAATAG i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40456091 115 - 94967081 -TTCGTGGAATGCATATTTtctaacggagaaagttaatttgcattgcaatgaacaggaaacatttgcattgcttctaatttctcaca-----acttctaccccttcaaaatggtcaaatag i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67887545 120 + 80904711 -TTCGTGGAATGCATATTTTCTAACAGAGAAAGTTAATTTGCATTGCAATGAGCAGGAAACATTTGCATTGCTTCTAATTTCCCACAACTTAACTTCTACCCCTTTAAAATGGCCAAATAG i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67636948 120 + 80997621 -TTCGTGGAATGCATATTTTCTAACAGAGAAAGTTAATTTGCATTGCAATGAGCAGGAAACATTTGCATTGCTTCTAATTTCCCACAACTTAACTTCTACCCCTTTAAAATGGCCAAATAG i macFas5.chr16 C 0 I 130 s papAnu2.chr16 61916595 120 + 74645514 -TTCGTGGAATAGATATTTTCTAACAGAGAAAGTTAATTTGCATTGCAATGAGCAGGAAACATTTGCATTGCTTCTAATTTCCCACAACTTAACTTCTACCCCTTTAAAATGGCCAAATAG i papAnu2.chr16 M 352 C 0 s chlSab2.chr16 24022524 120 - 75148670 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chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118899313 2 + 159171411 CT i calJac3.chr5 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16788467 2 + 61074082 CC i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111398749 3969 + 122082543 I e macFas5.chr16 67637068 130 + 80997621 I a score=835500.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 201400 286 + 223995 -aat--aatggcaaatcaatcacacatgcacacctttgtagaatcagacaatccctagggaggggcctcaagacaatgcccagatctccactgaaagggcaccc-agtagtctctcatgcccacctatttccaagacctggaaaatttt-tctGACATCATAAGACTCTTAACAATTAGACTAAATTACAGGAAGAAAGGATAAGAAGAAACTAAACTACTATGAAGACTATATAGCTATAGACCAGCACATATATTATTGGGG----AAAAAAAAAGTGT----AACA-----AAGTTTTATT s panTro4.chr17 69292652 285 + 82630442 -aat--aatggcaaatcaatcacacatgcacacctttgtagaatcagacaatccctagggaggggcctcaagacaatgcccagatctccactgaaagggcaccc-agtagtctctcatgcccacctatttccaagacctggaaaatttt-tctGACATCATAAGACTCTTAACAATTAGATTAAATTACAGGAAGAAAGGATAAGAAGAAAGTAAACTACTATGAAGACTATATAGCTATAGACCAGCACATATATTATTGGGG-----GAAAAAAAGCGT----AACA-----AAGTTTTATT i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 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-AAT--AATGGCAAATCAATCACGCATGCACACCTTCGTAGAATCAGACAATCCCTAGGAAGTGGCCTCAGGACAATGCCCAGATCTCCACTGAAAGGGCACCC-AGGAGTCTCTCATGCCCACCTATTTCCAAGACCTGGAAAATTTT-TCTGATACCATAAGTCTCTTAACAATTAAACTAAATTACAGGAAGAAAGGATAGGAAAAAACTAAACTAATATGAAGAC--TATCGCTATAGACCAGCACGTATATTATTGGGG-----GAAAAAAAGTAT----AACA---ACAAGTTTTATT i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67637198 285 + 80997621 -aat--aaTGGCAAATCAATCACACATGCACACCTTCGTAGAATCAGACAATCCCTAGGAAGTGGCCTCAGGACAATGCCCAGATCTCCACTGAAAGGGCACCC-AGTAGTCTCTCATGCCCACCTATTTCCAAGACCTGGAAAATTTT-TCTGATACCATAAGTCTCTTAACAATTAAACTAAATTACAGGAAGAAAGGATAGGAAAAAACTAAACTAATATGAAGAC--TATCGCTATAGACCAGCACGTATATTATTGGGG-----GAAAAAAAGTAT----AACA---ACAAGTTTTATT i macFas5.chr16 I 130 C 0 s papAnu2.chr16 61916717 285 + 74645514 -AAT--AATGGCAAATCAATCACACATGCACACCTTTGTAGACTCAGACAATTCCTAGGAAGTGGCCTCAGGACAATGCCCAGATCTCCACTGAAAGGGCACCC-AGTAGTCTCTCATGCCCACCTATTTCTAAGACCTGGAAAATTTT-TCTGATACCATAAGACTCTTAACAATTAAACTAAATTACAGGAAGAAAGGATAGGAAAAAACTAAACTAATATAAAGAC--TATAGCTATAGACCAGCACGTAtattattgggg-----gaaaaaaagtat----aaca---acaagttttatt i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24022646 285 - 75148670 -aat--aatggcaaatcaatcacacatgcacacctttgtagaatcagacaatccctagggagtggcctcaagacaatgctcagatctccactgaaagggcaccc-ggtagtctctcatgcccacctatttccaagacctggaaaatttt-tctGATACCATAAGACTCTTAACAATTAAACTAAATTACAGGAAGAAAGGATAGGAAAATACTAAACTAATACGAAGAC--TATAGCTATAGACCAGCATGTATATTATTGGGG-----GGAAAAAAGTAT----AACA---ACAAGTTTTATT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118899315 285 + 159171411 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i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60317541 1583 + 73212453 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cattgattttatgtaatattaataaaattagcaTAATAACTACGTAAAAATAATGATGACAGGACCTCTACAAAATTAAGAACATTTTACTGTCATAGTAAGGGTGTCATGATA-TTTCAGTGAGAACTGCAAGgtgcaaaaataatagaaatatttcaaataacccaactatagaaaaacaa--aagtgtatatacatgt----------gtgtgt------------------------------------gatAAAATCTAGAGGCATACATGGCAGACTGCCAACACTCTAT--ATATGAAAAGCAGAATGGGCAGAAGCAGAGGAGAAATT----GAAGGATTTATTTAATAGTCCGTGTTGTATGAGTATTTCCATAATGAGAATTAAC----ACAAAGTTTTCATTATTTGCCGGGCCCCCTTCTCAGTACTTTGCATGTATTCATGCATTTGCTTATGAGTCATGCAATAATGAGTTAATTTACAATtagtacaat-aaaaaatattacattataatcccagcactttgaaggctgaggtgggtggatcacctgaggtcaggag-tttgcgaccagcctggccaacatggttaaaccccgtctctactaaaaataca---aaaaaaaattagccaggtgtggtgatgtgtacctgtaatcccaggtacttgggaggctgaggcaggagaatcacctgaacctgggaggcggaggttgcagtgagccaagatcatgccactgcactgcagcctggacaacagagcaagactctgtctag-------aaaaaaaat-tacatatgga-----------------------------------------------------acttttaaagaaacataaagaTCTCACC-AAAATGTGGAAATTCTATGaggtttttttc-ctta---tttttttttaatccctatGAGT-TCCTTTTCAAATGTGTCTCTGTGCAGCTCTTGAGTTGTGTTAATATTGAGTATTGACATTTGCAATTTAGAGTTTTTATCATCTCGATGAAGGAAAGACGATTTTAAGAAATCCTCAGAAAGGGTTAAAGTTAAGTTGGTATTTCATgactattttattccatttcatttGATGTTTAACTGATTCATCTAaaccagtagttctcaaagtgtggtcccaaTCTAGTAAC-ATCAACATCACCTCAAGAATTTGTTGAAGGACAAATAATTGTCGAGCTCCactccagatctactgaatctTAAACTTTGGGAGCAGGGCCCAGCAATCTTGGCATGAACAAACTCTCTGTATGAATCTGATGCAGGctcaagtttgaaaaccactgatttaGAACAAGAAACATAATGTATTTATACTCCCTTATGTTTTTCTATGAGAAATTACATCAATAAATAATAGGAAATAACAGTTTCTACTCAATAAAATTTCCCAGTGATTTATTTGTGGTTTATATTTCTATGCAAATAACTCCCAATGCTAAGATTTCTGTAACGCTTGTGCAGATGGCTTTTCTGTATCTGAAACAACCGTATCATAACAACCTCTTCCATTATCCATCTAT---------------------------------------TATCCATCTA---AGAAAGAGAGGGTTAAATTATGCTCTTCTGGTATGCATTTTGAATTAGTAAACCATTTTTATTGACATGGCAAACAACATG-TGACTGATG--CAATTGTGTCTATTGAAAATCTTCAATTTT 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ataaatat---tgtatatgtatgtgcatgtgtgtgtg i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118905150 33 + 159171411 acatatgcagatgtatatttatgtgca----tatgtg i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16792884 0 + 61074082 C e mm10.chr11 111410176 95 + 122082543 I e rheMac3.chr16 67893135 552 + 80904711 M e nomLeu3.chr14 40460954 5 - 94967081 I a score=50898.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 206954 38 + 223995 tgtatatatatgtatataCACACACAATGTTATTCTAG s panTro4.chr17 69298194 38 + 82630442 tgtatatatatgtatataCACACACAATGTTATTCTAG i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60321266 38 + 73212453 tgtgtgtatatatgtatatatACACAATGTTATTCTAG i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40460959 38 - 94967081 TGTATATATATATCTATATACACACAATGTTATTCTAG i nomLeu3.chr14 I 5 C 0 s macFas5.chr16 67642945 24 + 80997621 --------------tatatatataCAATGTTATTCTAG i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61922233 24 + 74645514 --------------tatatatacacaatgttatTCTAG i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24028159 24 - 75148670 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TGGTAAAAGTTATAAGCCTtgggccgggcgcaatggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggtgggcggatcacatgaggccaggagttcgagaacagcctggcaggtgaaaccccgtctccactaaaaatacaaaaagtagtcgggtgtggtggcacacaactgtagtcccagctactcaggaggctgaagcagcagagtcacttcaacccaggaggtgaacgttgcggtgagcccagattgcgctactgcactccagcctaggagacaaagcaagactccacctt--aaaaaaaaaaaaa i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24036995 313 - 75148670 TGGCAAAAGTTATAAGCCTTGggccgggcgcaatggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggtgggcggatcacttgaggccaggagttcgagaacagcctggcaggtgaaaccccgtctccactaaaaatacaaaaagtagtcgggtgtggtggcacacaactgtagtcccagctactcaggaggctgaagcaggagagtcacttcaacccaggaggtggaagttgcggtgagcctagattgcgctactgcactccagcctaggagacaaagcaagactccaccttaaaaaaaaaaaaaaa i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118914792 301 + 159171411 TGGCAAAAGTTATAAGCTTTGggctgggcacgatggctcacacctgtaatcccagcactgtgggaggccgaggcaggcaaatcacttgaggccaggagttcaagacaagcctgactggtg--------tctccactaaaaatacaaaaattaggcagatgtggtggcacatgcctgtagtcccagctacttgggaggctgaggcaagagaatcacttgaactcgggaggtggaagttgcagtgagctcagatcacgccactgcactccaacctgggtg----agtgagactccacctcaaaaaaaacaaaaaa i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16797226 736 + 61074082 I e mm10.chr11 111415688 3 + 122082543 I a score=814658.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 216086 258 + 223995 aGTTATAAGCCTTGATTGGTCATGAGATCTGTAAGCCCAGGGAT----GAATTATAAACTGGGAAGGAAAAGCTGCAGACAGGGGAAGTGAGTGGACATAACAGCAAAGATTGAAGGAGCAGATTGGTAAGATCATTGCCTCTGGGAAGTTAGTGGGGAAAAAAATGGTCTTATGAAACTACCTTGA-AAAAGTTATTACTTTTACTATTTGGCTTTCTGTGCCATGATCCACTCAGTCCCTGCTGTATATAAATGGTGAAAA s panTro4.chr17 69307336 251 + 82630442 aGTTATAAGCCTTGATTGGTCATGAGATCTGTAAGCCCAGGGAC----GAATTATAAACTGGGAAGGAAAAGCTGCAGACAGGG-------GTGGGCATAACAGCAAAGATTGAAGGAGCAGATTGGTAAGATCATTGCCTCTGGGAAGTTAGTGGGGAAAAAAATGGTCTTATGAAACTACCTTGA-AAAAGTTATTACTTTTACTATTTGGCTTTCCATGCCATGATCCACTCAGTCCCTGCTGTATATAAATGGTGAAAA i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60336857 257 + 73212453 aGTTATAAGCCTTGATTGGTCATGAGATCTGTAAGCCCAGGGAT----GAATTCTAAACTGGGAAGGAAAAGCTGCAGACAGGGGAAGTGAGTGGGCATAACAGCAAAGATTGAAGGAGCAGATTGATAAGATCATTGCCTCTGGGAAGTTAGT-GGGAAAAAAATGGTCTTATGAAACTACCTGGA-AAAAGTTATTACTTTTACTATTTGGCTTTCCATGCCGTGATCCACTCAGTCCCTGCTGTGTATAACGGGTGAAAA i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40473802 257 - 94967081 aGTTATAAGCCTTGATTGGTCATAAGATCTGTAAGCCCAGGGAT----GAATTCTAAACTGGGAAGGAAAAGCTGCAGACAGGGGAAGTGAGTGGGCAGAACAGCAAAGATTGAAGGAGCAGATTGATAAGATCATTGCCTCTGGGAAGTTAGG-GGGAAAAAAACGGTCTTATGAAACTACCTGGA-AAAAGTTATTACTTTTACTATTTGGCTTTCCATGCTGTGATCCACTCAGTCCCTGCTGTATATAACTGGTGAAAA i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67902489 256 + 80904711 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aaTTATAAGCCTTGATTTGTCATGAGATCTGTAAGCCCAGGGAT----GAATTCTAAACTGGGAAGGAAAAGCTGCAGACAGGGGAAGTAAGTGGGCAGAACAGCAAAGATTGAAGGAGCAGATTGATAAGATCATTGCCTCTGGGAAGTTAGT--GGGGAAAAATGGTCTTACAAAACTACCTGGA-AAAAGTTATTACTTTTACTATTTAGTTTTCCATGCCGTGATCCACTCAGTCCCTGCTGTATATAACCGGTGAAAA i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118915093 253 + 159171411 aGTTATAAGCCTTGATTTGTCATGAGATCTGTAAGCCCAGGGAT----GAATTCTAAACTGGGAAGGAAAAGCTGCAGACAGGGGAA----GTAGGGATAAAGGAAAAGATTGAAGGACCAGATTGATAAAATCAGTGCTTCTGGGAAGTTAGTGGGAAAAAAAATGGTCTTATGAAACTA-CTGGA-AAAAGTTATTACTTTCACTATTTGGCTTTCCATGCCATGATCCACTCAGACCCTGCTGTATGTAACTGGTGAAAA i calJac3.chr5 C 0 C 0 s mm10.chr11 111415691 250 + 122082543 AGTAACAAAGCTAGCCCTGCCACAGAGTACATAAACCAAGGGATTTGCTGGGTAAAAATGAGAAAAGAAAAGCTTCAGATTGAGAAAATAGATGTG-------ATAAGGAACGGAGGAGCAGATGAATAAAAATGATGATT-TGGGAAATTAGT---ACAAAGAATGGTTCTACGAAAGTGATTGAAGAGAAAATACTATATGTCCTTTGTGACAT--CATATCATGATTTATCCAAGCCCTGCTGTATGTAACTCATAAAAA i mm10.chr11 I 3 I 227 e canFam3.chr9 16797226 736 + 61074082 I a 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94967081 GTAACTTACAGAGCATCCGTGAAATTGAAGTGGCATCCAGTGATATCTATCAGCTTTTAAATTCCCAAAGAACCCCACAGTAAATGTGAATATAAACTTCCCAGTAGTCTAATCCTTCTTTAATAACATCCTCCAGTATGTTATTTTAGGTTGCCTAACCGAGACAGTGGGGTATAGAGGTTGAAAGGACAGA-----AAAAAATAGTAAAAATTAGAGTGGAAACAAATGGGAAAGTATTGTTGGAA--TTATCAGGTCATGTACCTAACCATTATA i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67902751 271 + 80904711 GTAACTTACAGGGCATCCGTGAAATTGAAGTGGCATCCAGTGATATCTGTCAGCTTTTAAATTCCCAAAGAACCCGACAGTAAATGTGAATATAAACCTCCCAGTAGTCTAAGTCTTCTTTAATAACATCCTCCAGTATGTTATTTTAGGTTGCCTAACCGAGACAGTGGGGTATAGAGGTTGAAAGGACAGC-----AAAAAATAGTAAAAATTAGAGTGGAAACAAATGGGAAATTATTGTTGGAA--TCATCAGGTCATGTACCTAACCCTTACA i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67652290 271 + 80997621 ATAACTTACAGGGCATCCGTGAAATTGAAGTGGCATCCAGTGATATCTGTCAGCTTTTAAATTCCCAAAGAACCCGACAGTAAATGTGAATATAAACCTCCCAGTAGTCTAAGTCTTCTTTAATAACATCCTCCAGTATGTTATTTTAGGTTGCCTAACCGAGACAGTGGGGTATAGAGGTTGAAAGGACAGC-----AAAAAATAGTAAAAATTAGAGTGGAAACAAATGGGAAATTATTGTTGGAA--TCATCAGGTCATGTACCTAACCCTTACA i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61931237 271 + 74645514 ATAACTTACAGGGCATCCGTGAAATTGAAGTGGCATCCAGTGATATCTGTCAGCTTTTAAATTCCCAAAGAACCTGACAGTAAATGTGAATATAAACCTCCCAGTAGTCTAAGTCTTCTTTAATAACATCCTCCAGTATGTTATTTTAGGTTGCCTAACTGAGACAGTGGGGTATAGAGGTTGAAAGGACagc-----aaaaaatagtaaaaattagagTGGAAACAAATGGGAAATTATTGTTGGAA--TCATCAGGTCATGTACCTAACCCTTACA i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24037570 271 - 75148670 ATAACTTACAGAGCATCCGTGAAATTGAAGTGGCATCCAGTGATATCTGTTAGCTTTTAAATTCCCAAAGAACCCGACAGTAAATGTGAATATAAACCTCCCAGTAGTCTAAGTCTTCTTTAATAACATCCTCTAGTATGTTATTTTAGGTTGCCTAACCGAGACAGTGGGGTATAGAGGTTGAAAGGACAGC-----AAAAAATAGTAAAAATTAGAGTGGAAACAAATGGGAAATTATTGTTGGAA--TCATCAGGTCATGTACCTAACCCTTACA i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118915352 273 + 159171411 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chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118915625 283 + 159171411 ACACTAAAGAACGCA-GGTactcacatggaggcctgttgaagggtgtggtggggggagggagagcattaggaaaaatagctactgcatgatggacttaaaccgcaggtaatgggttgataggtgcagcaaaccaccatggcacacatttgcctatgtaacaaacctgcacatcctgcacatgtaccccaaaactaaaaat-----ttaaaagaaGAAAAAAAGAACCCAGGTCGTGATTTTTGATTTTAGCGTAATTATTTGATGTGCTTATAGAATAAAAATCAAATG i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16797226 736 + 61074082 I e mm10.chr11 111416418 205 + 122082543 I a score=849482.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 216908 280 + 223995 AATACCTCACTCTC-TGTTTCCCAGGA------ATCTTCATGAGGAA-GGTTACTCCACCAGCACTTAGGTCCCTGATTTATAAAGATAC---TATCAATTATGTTCCCACCCTTTCAAGATGGGTGCTCAGAAAGAAATTTCATGCCACGTGGTTA-TAGCACCACACTCTGTTGCTTTGTTC-----CGGGATTTAGTATGATCCCTCTTTATTCATTGCTCTGAACCAGACCAGGTGTCATATTAAGGACCTTAGA-----TATACTGCAG-----------GAAtctctctctgtcttgctctctttct s panTro4.chr17 69308151 280 + 82630442 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AAAGTGTAC--tttttctttttcttttcttttttttttttttttttttttgagacagggtctcactctgttgcccaggcaggagggcagtgacgctgtcacggttcattgcagccttgacctcctgggctcaagtgatccttctgcctcagtctcctgggtagctagtactacaagcatacacctccatgccaggctaatttttttcttaaatt---tttttgtagagacgggacctcactgtgttgtccaagctggtctcagactcctaggatcaagcaatcctcctgtattggccttcctaagtaatgggattacgggtatgagccactgtgcccagccTT i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118917078 311 + 159171411 AAAGTGTAC---------------tttt----------ttttttttttttgagacaggatatcactctgttgcccaggtggcagtgctgtgatgtgatcatggttcattgcagccttggcctcctaggctcacgtgatccttctacctcagtttcctgggtagctagtattgtaagcatacaccattgtgccaagctatttttt------aaatatatttttgtagag-cggggtctcactatgttgcccaaactggtcttagattcctgggctcaagcaatcctcctgtcttgacctccctaagtgaagggattacaggtgcaagccactgtgcccagGCTT i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16798576 0 + 61074082 C e mm10.chr11 111417542 190 + 122082543 I a score=431777.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 218353 125 + 223995 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hg38.chr17_GL383565v1_alt 218478 2 + 223995 AA s panTro4.chr17 69309727 2 + 82630442 AA i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60339229 2 + 73212453 AA i ponAbe2.chr17 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 40476188 2 - 94967081 AA i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67904878 2 + 80904711 AA i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67654417 2 + 80997621 AA i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61933372 2 + 74645514 aa i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24039715 2 - 75148670 AA i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s calJac3.chr5 118917512 2 + 159171411 AA i calJac3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr9 16798705 2 + 61074082 I e mm10.chr11 111417542 190 + 122082543 I a score=260330.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 218480 112 + 223995 TTCTTCAGGATTTGAATGAAAAAGAATGAAGTGGAACTATC----TAAGACAGAAAATTTTTTAAAAAAATCAAAGTTTGGGTAA----TGTTTAGAGACGC--------------------gtgtgtgtgtgtgtgt----------gt s panTro4.chr17 69309729 130 + 82630442 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tactaggcagagttctggccgggaacagatgacataattaattaactcaaagagctaattgaagagagttcaataaaagaaatatttgctgatttaagggtaggtttaacagaatcatgaagggatggcagagtg i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s rheMac3.chr16 67908123 135 + 80904711 tactaggcagagttctggtagggaacagatgacacaatgaattaactcaaagggctaaccgaagagagttcaataaaagaaatatttgctgatgtaagggtaggttcaacagaatcatgaagggatggcaaagtg i rheMac3.chr16 C 0 C 0 s macFas5.chr16 67657672 135 + 80997621 tactaggcagagttctggtagggaacagatgacacaatgaattaactcaaagggctaaccgaagagagttcaataaaagaaatatttgctgatgtaagggtaggttcaacagaatcatgaagggatggcaaagtg i macFas5.chr16 C 0 C 0 s papAnu2.chr16 61936618 135 + 74645514 TACTAGGCAGAGTTCTGGTAGGGAACAGATGACACAATGAATTAACTCAAAGGGCTAATCGAAGAGAgttcaataaaagaaatatttgctgatGTAAGGGTAGGTTCAACAGAATCATGAAGGGATGGCAAAGTG i papAnu2.chr16 C 0 C 0 s chlSab2.chr16 24042974 135 - 75148670 tactaggcagagttctggcagggaacagatgacacaatgaattaactcaaagggctaatcgaagagagttcaataaaagaaatatttgctgatgtaagggtaggttcaacagaatcatgaagggatggcaaagtg i chlSab2.chr16 C 0 C 0 s canFam3.chr9 16801089 129 + 61074082 tatca-gcagcgctctggcagggaactgaaaacacaattaat----tcaaatggttaattggagagagttcaatgaagggaatatttgctgaggt-agggcaggattaacagaatcataaagggatggcaccgtg i canFam3.chr9 C 0 C 0 e mm10.chr11 111423175 0 + 122082543 C e calJac3.chr5 118922260 0 + 159171411 C a score=1292096.000000 s hg38.chr17_GL383565v1_alt 221859 474 + 223995 ccca------------gaaactcgccaatagtaggaagctcagccagaaacttcctaagcctgcagataagaggggagaaagttgtgttactcaaatcttatgacagttatagacgatggagaagggttatcctgcaaaagctacggttaaagacagacaacccagccaAAAAGTGGAAG-GGGATATATGACTACTATTTATTCTGCC--TGGTAACTCTCACTGGGTGATCTCAGCAA---AAACCAATGAAAAAGACCCTAGGTTGTGCGGTCCTTAGAATTAAGCTCCCTAGGCAGAAAGCAGG-CAGAGAGTGAATTGGGAGGGATAAGGAGTGAATAATAATGGTGGACAAGCACACCAGAATTTCAATTTATTTTTCATAAACTACAGTTCTTGCTAGTATTGTAAAGTCAGAATTTAACATTTTAAAATTCAAATAATCCCTAAAACTGCTGTAAGGGGCCCCAGAGTTTTACAAATTGAAACTT s panTro4.chr17 69313124 474 + 82630442 ccca------------gaaactcgccaatagtaggaagctcagccagaaacttcctaagcctgcagataagaggggagaaagttgtgttactcaaatcttatgacagttatagacgatggagaagggttatcctgcaaaagctACGATTAAAGACAGACAACCCAGCCAAAAAGTGGAAG-GGGGTATATGACTACTATTTAttctgcc--tggtaactctcactgggtgatctcagcaa---aaaccaacgaaaaagaccctaggttgtgcagtccttagaattaaactccctaggcagaaagcagg-cagagagtgaattgggagggataaGGAGTGAATAATAATGGTGGACAAGCACACCAGAATTTCAATTTATTTTTCATAAACTACAGTTCTTGCTAGTATCGTAAAGTCAGAATTTAACATTTTAAAATTCAAATAATCCCTAAAACTGCTGTAAGGGGCCCCAGAGTTTTACAAATTGAAACTT i panTro4.chr17 C 0 C 0 s ponAbe2.chr17 60342592 474 + 73212453 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