##maf version=1 scoring=roast.v3.3 a score=291.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 0 3 + 165834 CAC s panTro4.chr1 227814949 3 + 228333871 CAC i panTro4.chr1 N 0 C 0 a score=1039517.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 3 4018 + 165834 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rheMac3.chr1 19781441 429 - 229590362 aacttgaa-tttttaaatctgtaaatggcg-agataagat---tatatacctcataggctcttgaggaaaattaaatgtggcaaactggcatttagaacaattgctaggatactgtaagcttcagatacatgctcgatattGCTCTACCACCTCTATTAATTATTCCCCGCGTTAAACATGCATTGTGCTGGTTG---GAAACTCCAGCAA-TGTGATCAAGGAAAATAAAAGAAAGAAAAAGTCCAGTTGTGCTGCATGTTGCCACCACAGTGCTCCCTCATCTGTCCAGTGTCCCGGGTCAGCTGTTCAGCATGGCTTCATGACAGGGACTCCCATTTACAAAAGTGCCCCGGAGATTTGCCCAGCATCCACCTCCCCTCCCACACTGCCCTCTTGTGCTCCCTCCATTCACTTAGCAAACAGCTGCCCAGTCTCC i rheMac3.chr1 C 0 I 240 s macFas5.chr1 226633975 429 - 227556264 aacttgaa-tttttaaatctgtaaatggcg-agataagat---tatatacctcataggctcttgaggaaaattaaatgtggtaaactggcatttagaacaattgctaggatactgtaagcttcagatacatgctcgatattGCTCTACCACCTCTATTAATTATTCCCCGCGTTAAACATGCATTGTGCTGTTTG---GAAACTCCAGCAA-TGTGATCAAGGAAAATAAAAGAAAGAAAAAGTCCAGTTGTGCTGCATATTGCCACCACAGTGCTCCCTCATCTGTCCAGTGTCCCGGGTCAGCTGTTCAGCATGGCTTCATGACAGGGACTCCCATTTACAAAAGTGCCCTGGAGATTTGCCCAGCATCCACCTCCCCTCCCACACTGCCCTCTTGTGCTCCCTCCATTCACTTAGCAAACAGCTGCCCAGTCTCC i macFas5.chr1 C 0 I 238 s papAnu2.chr1 19395393 429 - 220367699 aacttgaa-tttttaaatctgtaaatggCG-AGATAAGAT---TATACACCTCATAGGCTCTTGAGGAAAATTAAATGTGGTAAACTGGCATTTAGAACAATTGCTAGGATACTGTAAGCTTCAGATACATGCTCAATATTGCTCTACCACCTCTATTAATTATTCCCCGCGTTAAACATGCATGGTGCTGTTTG---GAAACTCCAGCAA-tgtaatcaagaaaaataaaagaaagaaaaagtccagTTGTGCTGCATGTTGCCACCACAGTGTTCCCTCATCTGTCCAGTGTCCCAGGTCAGCTGTTCAGCATGGCTTCATGACAGGGACTCCCATTTACAAAAGGGCCCTGGAGATTTGCCCAGCATCCACCTCCCCTCCCACACTGCCCTCTTGTGCTCCCTCCATTCACTTAGCAAACAGCTGCCCAGTCTCC i papAnu2.chr1 C 0 I 240 s chlSab2.chr25 85285033 429 + 85787240 aacttgaa-tttttaaatctgtaaatggcg-agataagat---tacatacctcgtaggctcttgaggaaaattaaatgtggtaaactggcatttagaacaattgctaggatactgtaagcttcagatatatgctcaatattGCTCTACCACCTCTATTAATTATTCCCCGCGTTAAACATGCATTGTGCTTTATG---GAAACTCCAGCAA-AGTGATCAAGAAAAATAAAAGAAAGAAAAAGTCCAGTTGTGCTGCATGTTGCCGCCACAGTGTTCCCTCATCTGTCTGGTGTCCCGGGTCAGCTGTTCAGCATGGCTTCATGACAGGGACTCCCATTTACGAAAGTGCCGCAGAGATTTGCCCAGCATCCACCTCCCCTCCCACACTGCCCCCTTGTGCTCCCTCCATTCACTCAGCAAACAGCTGCCCAGTCTCC i chlSab2.chr25 C 0 I 239 s calJac3.chr19 17224969 428 - 49578535 aacttgaa-tttttaaatccgtaaatggtgaaaataagat---tgtatacgtcagaggcccttgagcaagattaaatgtggtaaactggcatttacatcaattcctaggatactgtaaacttcggataaatgttcaatattGCTCTATCACCACTATTAATTATCCCCCAACCTAAACGTGCATTTTGCTGTTTG---GAAACTCAAGCAC-CGTGATAAAGAAAAACAAAAG-AAGAAAAAGACCAACTGTGCTGCATGTTGCAGACACAGTGTTCCCTCGTCCGTCTGCTG-CCCAGGTCAGCTGGTCAGCCTGGCTTAATGACAGTGACTCCCATTTACAAAAGTGCAGGAGAGATTTGCCCAGCATTCACCTTCCCTCCAGCACTGCCCTCTTGCTCTCCCTCCACTCACTTAGCAAACAGCTGCCCGGTTTTC i calJac3.chr19 C 0 C 0 s canFam3.chr14 2518078 412 + 60966679 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nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr1 19398192 1 - 220367699 A i papAnu2.chr1 C 0 T 80 s chlSab2.chr25 85360700 1 + 85787240 A i chlSab2.chr25 C 0 T 73117 e canFam3.chr14 2527057 0 + 60966679 C e calJac3.chr19 17228063 79 - 49578535 T e rheMac3.chr1 19783152 43 - 229590362 I e macFas5.chr1 226635701 0 - 227556264 C a score=1146.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 9638 4 + 165834 ATGG s panTro4.chr1 227888742 4 + 228333871 ATGG i panTro4.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 353060 4 + 143122389 ATGG i nomLeu3.chr5 C 0 n 0 e canFam3.chr14 2527057 0 + 60966679 C e calJac3.chr19 17228063 79 - 49578535 T e chlSab2.chr25 85360701 73117 + 85787240 T e rheMac3.chr1 19783152 43 - 229590362 I e macFas5.chr1 226635701 0 - 227556264 C e papAnu2.chr1 19398193 80 - 220367699 T a score=3859725.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 9642 1862 + 165834 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i rheMac3.chr1 C 0 I 32 s macFas5.chr1 226639785 1194 - 227556264 ttgacatatagaaatgtttctgatttttaaatgttaattttgcatcctgcaactttactgaatttgttcatcaattccaagaggttttggtcacatctttaggtttttccaaatataaggtgatatcattggcaaacaagaataattttacttcttccattccaatttggatgccctttatctcattctcttgtctaattgctccagctaggacttccagtgctatattaaataacagtagagaaagtgggcatctttgtcatgatctgtatcttagaggaaagggctttagtttttctccattcagtatactagctgtgtgtctgtcatatatagtttttattatgttgagttgtgttccttctatcttcagtttttt---agtggtttttatcatgaaaggatgttgaattttatcaagtgc-tttgtttagcatca----atttaaatgatcatatggcttttgtccttcatctgttaatatgattcatcacattgataaatttgcatatgttgaaccattcttgcatctcagggataaatcccacttggtcatgatgagtgatctttctaatgtattgcatgccaattgtattctccagctctagaatttctgcttgattctttttaatgatttcaatctctttgttaaatttatctaa-----ttctgaataccctctctgtgttatcttggatttctctgagtttcctcaaaacagctactttgaattccctgtatgaaaggtcacatatctctgtatctccaggattgttacctgttggctatttagtttatttggtgaggtcatgttttgttgaatggtattgatgctagtagatgtttagtgtctgggcattgaagagttacgtatttattgtagtcttcactatctgggctt-tttgtacacgtcctacttgggaaagcattcaagatattcaaaagtacatgtgtgttgtgatctaagctgtgtctactttagggggcacaccaagccaagcccaggaatgctgtagttcttgtagactcattgaggtatcaccttgatattcttgaacaagatctggatgaattatacagattaccaaacaaagactcttgttttcttcccttactttctcccaaacaaacaaaatctttgtctgtgttctgagccacttggagctaagagtggagttacacaagcacccccgtggcaaccaccac i macFas5.chr1 C 0 I 18 s chlSab2.chr25 85297923 1188 + 85787240 ttgacatatagaaatgcttctgatttttaattgttaattttgcatcctgcaactttactgaatttgttcatcagttccaagaggttttggtgatgtctttagctttttccaaatataaggtgatatcattggcaaacaagaataattttatttcttccattccaatttggatgccctttatttcattctcttgtgtaattgctccagctaggacttccagtgctatattgaataacagtagagaaagtgggcatctttatcatgatctgtatcttagaggaaagggctttagttttgccccattcagtatactagctgtgtgactgtcatatattgtttttattatgttgagttaggttccttctatcttcagtttttt---agtggtttttatcatgaaaggatgttgaattttatcaagtgc-tttgtttagcatca----atttaaacgatcatatggcttttatccttcatctgttaatatgtttcatcacattgataaatttgcaaatgttgaaccattcttgcatctgagggataaatcccacttgctgatgatgagtgatctttctaatgtattgcatgccaattgtattctccagctctagaatttctgcttgaatctttttaatgatttcagtctctttgttaaatttatctaa-----ttctgaatgccctctctgtgttatcttggatttctctgagtttcct-aaaacagctactttgaattccctgtctgaaaggtcacatatctctgtatctccaggattgttacctgttggctatttagtttatttggtgaggtcctgttttgttgaatggtattgatgctagtagatgtttagtgtctgggcattgaagagttacgtatttatggtagtcttcactatctgggctt-tttgtacacgtcctagttgggaaagcattcaagatattcaaaagtacatgtgtgttgtgctctaagctgtgtttactttagggggcaca-----ccaagcccagtaatgctgtagttcttgtagactcattgaggtatcaccttgatattcttgaacaagatctggatgaattacacagattaccagacaaagactcttgttttcttcccttactttctcccaaacgaacaaaatctttgtctgtgttctgagccacttggagctaagagtggagttacacaagcacccccgtggcaaccaccac i chlSab2.chr25 C 0 I 142 s calJac3.chr19 17232418 1176 - 49578535 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ponAbe2.chr1 229342450 453 - 229942017 TACTGATTCCAAG------TCTTCTCTCATATCACTTCTCTGATTGCAGTTCGTGTATGTAAATGCCCCCAAATGTTGAGTTAACATTACATATTCTGCCCATCTTCAATGACTCCATAAGAACTGGTGATTTTGACTATATTGTTTAAACAATCCATCAATTGG--CTTATCAAAGGTTTAGG--GATGCCAAGGTTTGAAAGACATATGAAGGAGACTAAACTGTCATAAAACTGT-AAAAGAAAAATCTATATAGACTTACACCAAGATTCAGAAAATCCAAATATCTCTTCTTTGAGTAACCACTGAAAACACTCCTCCTTTATCTACATTTGGAGCTAAAAAAAAAAAAAATGAATCATGCG-TTTTGTAGAAATGCCAAGACTAAACCTTTATGGAGGAGGGAGTCTGTAATATTA-TTTTTTAATATGGTAACTAACTGTTACATTGGAAGACACAGCA i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142618712 446 - 143122389 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chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr19 17250841 433 - 49578535 TACTGATCCCGAT------TCTTCTCTCATATCACTTCTCTGATTGTGGCTTATGTATCTGAATTCCCCAAAATGTTAAGTTAACATTATATGTTCTGACCATCTTCAATGGCCCCATAAGAACTGGTGATTTTGACCGCATTGTTTAAACAATCCATCAATTGA--CTTATCAAAGGTGTAGG--GATGCCAGGGTTTGAAAGACATTAGAAAGAGACTAAATTGTCGTAAAACTGT-AAAAG--AAACCTACATAGACTTACACCAAGATTTGGAAAATCCAAATATCTCTTCCTTGAGTAACAACTGAAAACAC----------TCTAAATTTGGAGCT--------AAAAAATGAGTCATGTG-TTTTGTGGAAGTGCCAAGACTAAAGGTTTATG-GAAAAGGAGTCTGTAATGTTGTTTTTTTAACACGGTAACTAATTGTTACATTGGAAGACACAGCG i calJac3.chr19 C 0 C 0 s canFam3.chr14 2596732 452 + 60966679 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CCCATGATAACTGGTCATCAGTTTCAGCTCCACATAAACACTATGGGAATTTCTGCCAATCATTCAATGCTGCTGAGGACCaactttctttttcataaaatttgattta----atacatacatttttttcttgtaagattttaaaatcaagtaaaatGATGAATGCAATAAAACCTTATAAAT-GCTAGTCATTATTTCAGCTATTCTTTGAAAAGGTGATtgacttttgtatt--gtttttacaatttctttcatttctatcaaTCCGTTACACACAAAAGGACACTCTATT-GTACAGCCACTTTGCAatacagtttgacagtttcttacaataTTTGACCATAAtcttaccatatgatctggcaattGGGTTTCTCGGTATTAACTCTGCTGATTTGGAAACTTATGTTCATAGTAGATTTTTTATACATTCCAAAACATAGAGTTAATCAGAATGTCCTTCAGAAGTTAAAAGGATAAAGTGTGGCACATTcttacagtggaatattatttagtg-ttaaaaataaatgatttatcaaGCCATtggaagacatggaggaaacttacaTGCATATTGTGAAGTGAAAGAAGCTGATCTGAAGaggctacatactgtgtgattccagcTGCATGACatcttggaaaaaacaaaactgtggagacaggaaaaagataagtgttgcaaggggtca-ggggagggatggatggatagacagagcACAGAGGACCTTTAGAGtagtgaaactattctatatgacACAGTAATTAATGTTACATAATATTATGTTACACGGTGCTATGCATTTGT--GaaaaaaaCATACAACTCTGGAACAGAAAGACTGATCCTTATGTAAAATATGAact---gttaataataatgtat--caaaatTGATTCATCcactgtaacaaatgtactacaCTAATGCCAGATGTTAACAATAGGG-AAGGAGAGGGG----ATAAAAACTCTCTGAACTATCAGTTCAATTTT-TTGGTAAACCTCactgttctaaaatttaaaatttcatttcaaa--agttTTCTAACAATTACATAACTCTCTGACACTATATTTCTTGACTGGATTTCAGTC 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CCCATAAGAACTGGTCATCAGTTTCAGCTCCACATAAACACCATGGGAATTTCTGCCAATCATTCAATGCTTCTGAGGACCAACTTTCCTTTTTATAAAATTTGATTTA----ATACTTACATTTTTTTCTTGTAAGATTTAAAAATCAAGTAAAATGATGAATGCAATAAAACCTTATATATAGCTAGTCATTATTTCAGCTATTCTTTGAAAAGGTAATTGACTTTTGTATT--GTTTTTACAATATCTTTCATTTCTATCA--CCATTACACACAAAAAAACACTCTatt-gtacagccactttgcaatacagtttgacagtttcttacaata-ttgaccataatcttaccatatgatctggcaattgggtttctcggtattaactctgctgatttggaaacttatgttcatagtagattttttatacattccaaaacatagagttaatcagaatgtccttcagaagttaaaaggataaagtgtggcacattcatacagtggaatattatttagtgataaaaaataaatgatttatcaagccattggaagacatggaggaaacttaaatgcatactgtgaagtgaaagaagctaatctgaaaaggctacatactgtgtgattccagctgcataacatcttggaaaaaacaaaactgtggagacaggaaaaagataagtgttgcaaggggtca-ggggagggatagatggatagacagagcacagaggacgtttagagtagtgaaactattctatatgacacagtaattaatgttacataatattatgttacatagtactatgcttttgt--ggaaaaa--atacaactctggaacagaaagactcatccttatgtaaaatatgaact---gctaataataatgtat--caaaattgattcattcattgtaacaaatgtactacactaatgccagatgttaacaatagggaaaagagagggg----ataaaaactctctgaacaatcaggtcaatttt-ttggtaaacctcattgttctaaaacataaaatttCATTTTAAA--AGTTTTCTAACAATTATATAACTCTCTGACACTATATTTCTTGACTGGATTTCAGTC 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AATAAATCATTAGGGGTTCCCATCAAAGAATTGTGGTGTTTGTAGAAGTTAGGATGGGGGTTGGGGATGAAATAATGAAAGTTTATTAATCTAATTGGTCTTGTTTTGGGAGTTTTGTTATATGTTGTTTTGAAGACATGGGAGCAGTGAGGCTAATATTTCCTAG i rheMac3.chr1 C 0 C 0 s macFas5.chr1 226661779 166 - 227556264 AATAAATCATTAGGGGTTCCCATCAAAGAATTGTGGTGTTTGTAGAAGTTAGGATGGGGGTTGGGGATGAAATAATGAAAGTTTATTAATCTAATTGGTCTTGTTTTGGGAGTTTTGTTATATGTTGTTTTGAAGACATGGGAGCAGTGAGGCTAATATTTCCTAG i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.chr1 19430835 166 - 220367699 AATAAATCATTAGGGGTTCCCATCAAAGAATTGTGGTGTTTGTAGAAGTTAGGACGGGGGTTGGggatgaaataataaaagtttgttaATCTAATTGGTCTTGTTTTGGGAGTTTGGTTATATGTTGTTTTGAAGACATGGGAGCAGTGAGGCTAATATTTCCTGG i papAnu2.chr1 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85316890 166 + 85787240 AATAAATCATTAGGGGTTCCCATCAAAGAATTGTGGTGTTTGTAGAAGTTAGGATGGGGGTTGGGGATGAAATAATAAAAGTTTGTTAATCTAATTGGTCTTGTTTTGGGAGTTTGGTTATATGTTGTTTTGAAGACATGGGAGCAGTGAGGCTAATATTTCCTAG i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr19 17253804 166 - 49578535 AATAAATCATTTGAAGTTCTCCTCAAAGAATTGTGGTGTTTGTAGAAGTTAGGATGTGGGTTGGGCGTGAAACAATAAGAGTTTGTTAATCGAATTGGTCTTGTTTGGGGAGTTTGATTATATATTCTTTTGAAAATGCAGGAGCAGTGAGGCCAGTATTTCCTGG i calJac3.chr19 C 0 C 0 s canFam3.chr14 2598371 162 + 60966679 aaTAAATTTTTAGAAGCTGTCACCAAAACGTAGTGGAGTTTATAGAAA-TAGGGTGATATTTAGCAAT-AAAGGATAAGAGCTCATTAATTTCATTAGCCTTATTTTTAGGATTTGGCTGTGT-TAATTTTGGGGATA-GGGAGCAACAAAGCTAATATATTTTGG i canFam3.chr14 I 845 I 3332 e ponAbe2.chr1 229344442 786 - 229942017 M a score=626507.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 40337 259 + 165834 AAAGTT----AGA------------AGAACATGGGCCAAATATTAATTAGTTTTA----TGCTTGGGGCATATGGTAGGAGCCCCT----------CATTCCAAGTTAGCATTCCTTCCCTGTTCTGCA-TATATAAGAAAATACTGGAAATGCATCATCTGTATATGGAAGAGGGGGGGAAATGTCTATATTACCTC-------------------ACACCAGAAAA---CCAAAACCTATTAAAAGAGGGATGCTGCTTCAGGAGAAGGCCTTT-TTAGAGTGAGTGAA----TTTTTT--TTAAAG--AATTTGATTA s panTro4.chr1 227918107 259 + 228333871 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AAAGTT----AGA------------AGAACATGGGCCAAATATTAATTAGTTTTA----TGCTTGGGGCATATGGTAGGAGCCCCT----------CATTCCAAGTTAGCATTCCTTCCCCGTTCTGCA-TATATAAGAAAACACTGGAAATGCATCATCTGTATATGGAAGAGGCGGGAAAATGTCTATATTACCTC-------------------ACACTAGAAAA---CCAAAACCTATTAAAAGAGGGATGCTGCTGCAGGAGAAGGCCTTT-TTAGAGTGAGTGAA----TTTTTTTAATAAAG--AATTTGAtta i rheMac3.chr1 C 0 I 2030 s macFas5.chr1 226661945 260 - 227556264 AAAGTT----AGA------------AGAACATGGGCCAAATATTAATTAGTTTTA----TGCTTGGGGCATATGGTAGGAGCCCCT----------CATTCCAAGTTAGCATTCCTTCCCCGTTCTGCA-TATATAAGAAAACACTGGAAATGCATCATCTGTATATGGAAGAGG-GGGGAAATGTCTATATTACCTC-------------------ACACTAGAAAA---CCAAAACCTATTAAAAGAGGGATGCTGCTGCAGGAGAAGGCCTTT-TTAGAGTGAGTGAA----TTTTTTTAATAAAG--AATTTGAtta i macFas5.chr1 C 0 I 2287 s papAnu2.chr1 19431001 258 - 220367699 AAAGTT----AGA------------AGAACATGGGCCAAATATTAATTAGTTTTA----TGCTTGGGGCATATGGTAGGAGCCCCT----------CATTCCAAGTTAGCATTCCTTCCCCATTCTGCA-TATATAAGAAAACACTGGAAATGCATCATCTGTATATGGAAgggg-gggAAAATGTCTATATTACCTC-------------------ACACTAGAAAA---CCAAAACCTATTAAAAGAGGGATGCTGCTGCAGGAGAAGGCCTTT-TTAGAGTGAGTgaa----tttttt--ataaag--aatttGATTA i papAnu2.chr1 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85317056 261 + 85787240 AAAGTT----AGA------------AGAACATGGGCCAAATATTAATTAGTTTTA----TGCTTGGGGCATATGGTAGGAGCCCCT----------CATTCCAAGTTAGCATTCCTTCCCCATTCTGCA-TATATAAGAAAACACTGGAAATGCATCATCTGTATATGGAAGAGGGGGGAAAATGTCTATATTACCTC-------------------ACACCAGAAAA---CCAAAACCTATTAAAAGAGGGATGCTGCTGCAGGAGAAGGCCTTT-TTAGAGTGAGTGAA----TTTTTTAAATAAAG--AATTTGAtta i chlSab2.chr25 C 0 I 2472 s calJac3.chr19 17253970 272 - 49578535 AAAGTTAGTCAGA------------AGAACATAGGCCAAATATTAATTAGTTTTAAGTTTGTTTGTGGCATATGGTAGTACAGCCTAGGAACT-TGCATTTCTAGTTAGCATTCCTTTCCCCTTCTGCA-TTTATGAGAAAATGCGGGAAATGTATCATTTGAATATGGAAGG---GGGAAAATGTCTATATTACCTC-------------------AAACCAGAAGACTTCTAAAACCTATTGAAAGAGG---GTTGCTGCAGGAGAAGGCCTTT-TTAGAGTAAGTGAA----TTTTTT---TAAGG--AATTTGATTA i calJac3.chr19 C 0 C 0 s canFam3.chr14 2601865 305 + 60966679 AAAGTT----AAAAAGTTAATTGCTAGAACATGAACCAAGCGCTCTTTTGTTTTA------CTTGTGTTA-GTGGTAGTATTCCCTTGGAACTACACAACCCAAGTCAGCATCCTTTCCCC-TACTGAATTGGATAAGAAGGGTCTGGTAATGCACACTCTGTGTCTGGAGGAAA-AGTAAGTGATCTATATTTCCCTGTATTCGTTATTCTTCTCAACACTAGGGAG---AAACAATATTTCAAAATAAGGATGCTACTGCAGGGAAAAGCCCTCATTAGAGTGAGTGAAGTGGTTTTCTTCTCAGAGTATATTTTATCA i canFam3.chr14 I 3332 C 0 e ponAbe2.chr1 229344442 786 - 229942017 M a score=343333.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 40596 368 + 165834 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CAACAATCAAGTCATGCACAA-CCCTTTTGGAAACTTGAGGAAGAACGTGAGCAACATTTCTAAAGGTTTTTGTCACTATTCTGAAATTCATAATGTCATAAATATATGTCAT---------------------------TTTATTACTAGACTTT--------AGAAATATGTAGGTATTGTGTAGCACATAGAGTGATTTTTGATA---------TGAATTGATTT----------TCTCAAGAAGTCAATGGTTTTACATTAAAAAATGCAGGACTGTGCATGGGAAGGACTGTAGATGGAATGATTGGGGACCATAGAGCAACAGGAGTCTG-GCGCCTTCTAGTACCTATCCAGAGATATTCAGCCTGACAAGCATCAGGCG-TTC--ACAATGATGCTCAAATGAAATGTGGAGAATTATTAATGCAGGAGAAGAATTC---------------AAGGTAGTTTTGTCAA------ACTGATGAGTTTTTGGTACATGCTAGTTACAGAGATCACTGCTGGGTTTTTGGATTGCTGTGCTGAGGATTCTTCTGA-------GGTCACATGTAGGCTCTGTGGGAAGAGTGATGAAAACTAATTAGCAAGGATGGACATAGGTGGGTTCCTCGGGATGAGTTCTA----------GGGCATGGGGTgccacat i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr1 19431616 560 - 220367699 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chlSab2.chr25 C 0 I 576 e canFam3.chr14 2604343 991 + 60966679 I e calJac3.chr19 17255168 4530 - 49578535 I e papAnu2.chr1 19434187 100 - 220367699 I a score=27523.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 47077 50 + 165834 AAAACAACAGAAAACATTAAATCTAGTCCTTTTACATCAGAATTTCCAGA s panTro4.chr1 227925165 50 + 228333871 AAAACAACAGAAAACATTAAATCTAGTCCTTTTACATCAGAATTTCCAGA i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 229351472 50 - 229942017 AAAACAATAGAAAACATTAAATCTAGTCCTTTTACATCAGAATTTCCAGA i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142628427 50 - 143122389 AAAACAATAGAAAACATTAAATCTAGTCCTTTTACATCAGAATTTCCAGA i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr14 2604343 991 + 60966679 I e calJac3.chr19 17255168 4530 - 49578535 I e chlSab2.chr25 85320968 576 + 85787240 I e rheMac3.chr1 19813624 579 - 229590362 I e macFas5.chr1 226665831 576 - 227556264 I e papAnu2.chr1 19434187 100 - 220367699 I a score=39281.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 47127 75 + 165834 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i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr19 17265236 857 - 49578535 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rheMac3.chr1 I 2 C 0 s macFas5.chr1 226671790 5 - 227556264 GGAT-A i macFas5.chr1 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85326621 5 + 85787240 GGAT-A i chlSab2.chr25 C 0 C 0 s calJac3.chr19 17266291 6 - 49578535 GGATAA i calJac3.chr19 C 0 C 0 e canFam3.chr14 2611700 918 + 60966679 I e papAnu2.chr1 19434187 100 - 220367699 I a score=421573.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 52337 159 + 165834 AAAGATCATCCTTTATATTCTTGAAGTTTGTTGTGGA----TTTT-----ACTGTA------ACCTGAAATTGTATAAA--ACAGTCCCTCAGTTTTTCTTAATTGCCAG-AGCTACGGAAAAATTCCAATTTCCAAAAATCATCGGTGAGTTATACCTCAATATGTATGTCCCTGT s panTro4.chr1 227930434 159 + 228333871 AAAGATCATCCTTTATATTCTTGAAGTTTGTTGTGGA----TTTT-----ATTGTA------ACCTGAAATTGTATAAA--ACAGTCCCTCAGTTTTTCTTAATTGCCAG-AGCTACGGAAAAATTCCAATTTCCAAAAATCATCGGTGAGTTATACCTCAATATGTATGTCCCTGT i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 229356736 159 - 229942017 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i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 332514 4074 + 229942017 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GCatccacctgtgactcataagccttccacttcatgtcctgctttttcaggctgaaacaatgtgtattttacatgtttcgatttatgactctgcatgtaagttctttccctaagttttagggagacagaggttaccttgggcacactttctcaggatcttctgaggcttttctccaggccatcatcactcacattggctcagaataaacctctttaaatattttacagtgttcagctttttcatcaGATGCAAACTTGACCTACTAAATACGCTGAAGAAAATTGAGAAAATGGAAGAGGtagaaaggtaactttctgattttttctgcccttctcccttgagagctgt-ccacaaaagaattctcag----acctcttctgaaagaaggtaacaaaccccttattccagaggagccctgaccaatgcccagaggggaaaaaaatgtcacatggggaggccact-agaatgtgaacacacaaaccttgctaagttgtcctcctcagtttatttccattacatcatatttttaaacgatctaatcatacttttaaggtttgcatgcctcatgaaacttctattaagtaaatttcctatacttttctgttactaatc-tgtcttttgttggaa i rheMac3.chr1 I 122 C 0 s macFas5.chr1 226675556 624 - 227556264 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chlSab2.chr25 85329782 25769 + 85787240 I e rheMac3.chr1 19824626 1914 - 229590362 I e nomLeu3.chr5 142653865 10 - 143122389 I e panTro4.chr1 227953949 2430 + 228333871 M a score=1596.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 81497 4 + 165834 TACA s ponAbe2.chr1 339376 4 + 229942017 TACA i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142653875 4 - 143122389 TACA i nomLeu3.chr5 I 10 C 0 s macFas5.chr1 226676584 4 - 227556264 TTCA i macFas5.chr1 C 0 I 1914 e canFam3.chr14 2630647 11560 + 60966679 I e calJac3.chr19 17277030 0 - 49578535 C e chlSab2.chr25 85329782 25769 + 85787240 I e rheMac3.chr1 19824626 1914 - 229590362 I e panTro4.chr1 227953949 2430 + 228333871 M a score=42122.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 81501 168 + 165834 CATAACCTACTTCtgaaacacagtaaggacagggcttggcccccactcctactatcacattttttttcccgtacctgccaacttccagaccttgcaccaccacctccactggcacgatacccactg-catggataactt-gaagaaactaagataagcagcattccacca s ponAbe2.chr1 339380 167 + 229942017 CATAACCTACTTCtgagacacagtaaggacagggcttggcccccacccctactatcaca-ttttttccccatacctgccaacttccagaccttgcaccaccacctccactggcatgatacccactG-CATGGATAACTT-GAAGAAACTAAGAAAGGCAGCATTCCACCA i ponAbe2.chr1 C 0 M 532 s nomLeu3.chr5 142653879 168 - 143122389 CATAACCTACTTCtgagacacagtaaggacagggcttggcccccacccctactatcaca--ttttttcccgtacctgccaacttccagaccttgcatcaccacctccactggcacaatacccactgacatggataacttggaagaaactaagataagcagcattccacca i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 e canFam3.chr14 2630647 11560 + 60966679 I e calJac3.chr19 17277030 0 - 49578535 C e chlSab2.chr25 85329782 25769 + 85787240 I e rheMac3.chr1 19824626 1914 - 229590362 I e macFas5.chr1 226676588 1914 - 227556264 I e panTro4.chr1 227953949 2430 + 228333871 M a score=21656.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 81669 249 + 165834 taaatcttattcaagggagttaaccttatcactcacatgtgcataagaccagaagaatgactgatctttaccccttgcttcattataatactaaaatctccacccagggaagggcttacccaccattttttgatcatgcaatgtatgtgttcacataatttctcactgtgcctgcatatcctgtgctccactccacatgtataaagagcctcccatacctcatgattatccatgtcactcatcttaaaa s nomLeu3.chr5 142654047 249 - 143122389 taaatcttattcaagggagttaaccttatcactcacatgtgcctaagaccagaagaatgactgatctttactccttgcttcatgataatactaaaagctccacccagggaagggcttacccaccattttttgatcatgcaatgtatgtattaacataatttctcactgtgcctgcacatcctgtgctccactccacatgtataaagagcctcccctacctcatgattatcctcatcactcatcttaaaa i nomLeu3.chr5 C 0 I 316 e canFam3.chr14 2630647 11560 + 60966679 I e calJac3.chr19 17277030 0 - 49578535 C e chlSab2.chr25 85329782 25769 + 85787240 I e rheMac3.chr1 19824626 1914 - 229590362 I e macFas5.chr1 226676588 1914 - 227556264 I e ponAbe2.chr1 339547 532 + 229942017 M e panTro4.chr1 227953949 2430 + 228333871 M a score=85535.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 81918 1053 + 165834 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aaagaattaaaatcatgaactcagaaaattgtgcaacagtgttcacagctccattatttacaatagccaaaaggttgtgtccatcaacagacaagtacataagcaaaatgtgatacatacacacaatgtgatcctattccaccttcaaaaggaatgaaactctgatattttctgccacatgaacgaaccttgaaaacgttatgtgaagtgaaataagcat-aaggcaaacattgtatgattccattcatatgagataccCt i macFas5.chr1 I 19 C 0 e canFam3.chr14 2630647 11560 + 60966679 I e calJac3.chr19 17277030 0 - 49578535 C e chlSab2.chr25 85329782 25769 + 85787240 I e rheMac3.chr1 19826609 2368 - 229590362 I a score=55428.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 85715 62 + 165834 gttggaggccgaaagagtgagggtcgtgatc--------aactgagtaccccactggaggctgggtgagt s panTro4.chr1 227957145 62 + 228333871 gttggaggccaaaagagtgagggtcgtgatc--------aactgagtaccccactggaggctgggtgagt i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 341811 62 + 229942017 gttggaggccaaaagagtgagggtcgtgatc--------aactcagtaccccactggaggctgggtgagt i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142658396 62 - 143122389 gttggaggccaaaagagtgagggtcgtgatg--------agctcagcaccccacgggaggctgggtgagt i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s 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60966679 T i canFam3.chr14 C 0 I 7 e chlSab2.chr25 258108 19 - 85787240 I e macFas5.chr1 226680060 1712 - 227556264 I a score=764604.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 91436 381 + 165834 TAGAAGTGACACTTCATGTGAAAATACTGCTGGGGAGGAAACATAATGAATCTGATTGTACAGAGAATTAAATGTCTTATAGTCAGGGTCACCATTTAGCCCTGT-----TTTCTCAAGAT-ATTCCCTTTCTTATGCCTGTTGTCCTCATGTCCTGTCTAGCTTAGCCTTTTAGCA--CTCAAACGTATTCTGAGTTAGATGGTCACCAAGAATTG-TGCCAATCTTTG--ATGCAGAGC-AGGGTCTGAC---AGAACGACAA---CAAAAATGA----AAAAGTAG--AAAACTTGGCTACCTGC-TGCTGGACCTGC---TATTGAAGAGAA-AAACATAATGGACAGCAAAGG---GTGAGATTCCCAAAGCTAACTGT---C---GCTATCACAGT----CTTAAGGTTAACCTGGC s panTro4.chr1 227963204 382 + 228333871 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canFam3.chr14 2658865 735 + 60966679 I e calJac3.chr19 17290102 112 - 49578535 I e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I e macFas5.chr1 356287 11 + 227556264 I e ponAbe2.chr1 356503 0 + 229942017 C a score=439520.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 100616 476 + 165834 CCTCTTCCACAGCGTTAGCAGGGTGGAC-TGGATGGGCCATATGCCAGATCCTTTGATTTCTATTTGCCACCACACGAACTGACACTGCTGCCCAGAAGCATTCCCCTGCACATCCACATCACAGCCCTCCTGCTGGCAGCTTGGAATTTAGACCTTTTACTCTCAATGCTCCAGGAAACCAGATGTACTTCTTTCTTTCTTGTCCATTGGTGAT-ATCCTTGACAATGTAGTTTAGGTAAGTTGGCATGTAGCATTAAAACCTGTATTCTTCAAACTGAACTAACTTC-TGGCATAGTAAGTGTTCAGTAAATGTTCACCTACATGCCATTATAGTGCTGATTTTTTTTTTTTT----TTTAAAGCCAAGAAAACT---TCTATCTTATGCCTAATTTTCCACAC--TGAAAATTTCCAAATTGTCAGTTGGGATGGGA-GGGAAAGTAGACTACTTTTCCATGAATGAAAACAGTTACCATTTAAAT s panTro4.chr1 227972481 469 + 228333871 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rheMac3.chr1 I 254 I 23 s macFas5.chr1 357049 779 + 227556264 ttcacgctgtctgtgctacccc------aagtcattcagtagctgtc-tgggtca-----tcgactg-tggcggggcctcacagtgcttggattcaagtaactc-agtaatttttcttaacggccccgaagagatggag-ccgtgaa----gcaacttagatgtgccggagagaggc--tgtaaggtg----ctttaagtaaaaaggtgaaagttcttgactt---aaa------------ctcataagctg---agtttgccaagatctacgttaagaaaaac--tttctttgagatcacgaaggaag-aaaa----ctgcaagttttgctgtgacacatcaaact----aagttatagccacagtatattgtcttagctgttctatt-------------ttattgtcaatcccttccttactgtgcctaatctataaattcaacttgatcataggtatgtatgcat-ggatagaatatggtgtatgtatagggctcagtgctgtctgcagttccaga-catccatggtggggggg-----------tctt--aaactgtctcccacagataaggggAATCTGTACCTCTGTCCACTACTCAAGCTGATGTGTAGCATCTT---GTTTGCTGTGACTTCATGT---------------------------------------------------------------------------------------------------ATGTT------TAAAACTACCCGGCACATGTAAAGCCCTG--------TTTATGGTTTGGGGAATATCACAACTTC--CTGTTTCTCTTCCTCTATCTTCTTAGTGCGTTTCACACCA----TTATCTTCTC-TTACAAGCTTTAATCAAAGCAGAAAGACGACCCCAATATACTATACTTGGCCCCCTTTTTCTCATTCAGTGACAAAT----GATGACT---GTTAGAGCTATGTGGCACTTTGG i macFas5.chr1 C 0 I 3 s papAnu2.JH684681 19067 815 + 24621 ttcacGCTGTCTGTGCTGCCCC------GAGTCAATCAGTAGCTGTC-TGGGTCG-----TCGACTG-TGGCGGG--CTCGCAGTGCTTGGATTCAAGTAACTC-AGTAATTTTTCTTAATGGCCCCGAAGAGATGGAG-CCGTGAAGTTGGCAACTTAGATGTGCC--AAAGAGGC--TACGAGGTGCTTACTTTGAgtaaaaaggtgaaagttcttgacTT---AAGGAGAGGAAAACCCTCATAAGCTGAGTAGTTTGCCAAGTTCTATGTTAAGAAAAAC--TTTCTTtgaaataatgaaggaa--aaaa----ttgcaAGTT---CTGTCACACATCAAACTG--AAAGTTATAGCCACAGTATATTGTCTTAGGTGTTCTGTT-------------TTATTGTCAAGCTCTTCCTTACTGTGCCTAATC--TAAATTCAACTTGatcataggtatgtatgcat-GGATAGAATATGGTGGATGTATAGGGCTCAGTGCTGTCTGCAGTTCCGGA-CATCCACggggggggAGGGGCGGGTGGTTCTT--AAATTATCTCCCACGGATAAGGGGAATCTCGACCTCTGTCCACTACTCAAGCTGATGTGTAGCATCTTCTGGTTTGCTGTGACTTCATGT---------------------------------------------------------------------------------------------------ATGTAAAACTTCTAAAGTACCCGGCATGTGTAAAGCCCTG----TTC-TTCATGGTTTGGGGAATATCACaactt---ctgtttctcttcctccatc-tcttggTGCC-TTCACACCA----TTATCTTCTCTTTATAAGCTTTAATCAAAGCAGAAA---GATCCCAGTATACTATCCTTGGCCCCCTTTTTCTCATTCAGTGACAAAT----GACTCTTGGAGCTGGAGCTATGTGGCACTTTGG i 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ttcaggctgtctacactacctacctcttcagtcatttagtagcagtc-taggttatcaaatcaactg-tggtgga--ttcacagtgcttgtattccagtcactc----gtttcttaataatggccccaacgacatggag-cagtgacgctggccatttagatatgccaaagagaggc--tataaattccttactctgagtaaacgggtgaaatttcttgacttaataaggagagaaaaagctttatatgctc---agtttgctaagacctatggtaagaaaaactttatctttgaaatcatgaagaaagaaacaaattgtgcaagtttcgtcgtcacacctcaaactgaaaaagttataaccacagtatactgttttaagtattccattttattattagttattactgttaatctct----tgctgtgcctaatttataaagtcaactttatcatgcgtatctaagtgtgggatcaaatacagta--tatatagggctcaggactgtctgcagtttgaga-caccca----ctggggg-----------tcttggaaagtgtctcccgcaggtaagggggaactgcATCCTTAACCACTACTCAGACTGATGCGTAGCGTCTTCTGGTTCGCTCtgacctgatgt---------------------------------------------------------------------------------------------------atgtaaaactcctaacgtacctggcacatgtaagGCCCTACGTGTTCTTTCTTGATT---GGAATCCTGCATCTGTAGCTGTTTCTCCTCCTGCA---TCTCAGTGCCTTTCACAACATTAGTTATCTTCTTTTTATAAACTTTAATCAAAGCAGAAG---TATTCCAATATGCTATCCTTGGCCCCCTTTCTGTCATTCAGGAAAACATAATCGATGGCT---CTTAGAGCTCTGTGGCAATTTTT i 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rheMac3.chr1 19848662 39 - 229590362 TTCTTCTCATAGCTCTTGTCATGCTGAATTCCCGGAAAG i rheMac3.chr1 C 0 C 0 s macFas5.chr1 358295 39 + 227556264 TTCTTCTCATAGCTCTCGTCATGCTGAATTCCCGGAAAG i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH684681 20340 39 + 24621 TTCTTCTCATAGCTCTCGTCATGCTGAATTCCCGGAAAG i papAnu2.JH684681 C 0 C 0 s calJac3.chr19 17292097 39 - 49578535 TACTTCTCATGGCTGTCGTCATGCTGAATTCCTGGAAAG i calJac3.chr19 C 0 C 0 e canFam3.chr14 2658865 735 + 60966679 I e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I a score=1101587.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 103351 587 + 165834 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GGGTGTCAGAATGAATTGCTCTA-------------------AGCTCTTCTCCCTGGTAGAAGAACATCTGACCTCTTTTGGAGATCTTTG--TACAATTTTCAGT--GA--GTCACC---T-GTTCTTGATTTCTATGGCTTTTCCCAGAACAACGCCAGGGCTGTTGTCCTGAAACATA---------------CAGCTTTGATCACCTGGCACCCTGCA--GAGATTCTCCTCC-----------TCTTTTCCTCTTCTCTCCATGTGGCAGACCACAGGTAGAATAAATGCCTCTTG----GCTCACTCATCCCTTG-CCCATCAGCCCAAAGTGTGCAGATAACAGAA--AAAGAGCTCCTGTGTGCACGGTGTCTTCCACCTCTCGGCTTGATCTTCCCACCCTCTCATTCCTGCCGGATAATTATGTTGCAACATTGGTTGATGTTATAACTGGTC---CTGGGGG-TCAGGGG-TTCTGGGTTATGTTCTAATCTGCACTGGGGACAAAGAATTGCCCACC-TTGAACA--------GCCTGAAGCTTT-GATCATGCAAATGAAAG-------Ctttttcttttcccttttt------------------------------tttttttttttttGGAAAGA----------------------CTAGTTGATG-------------------AAGGA--ATCTAAGGGTCTT--AGAGTGGAGAATGATGAT i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142675815 605 - 143122389 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GGGTGTCA--ATGAATTGCACGA-------------------AGCTCTT---CCTGGTAGAATAACATCTGACCTCCCTTGGAGATCTCTTCATACAATTTTCAGT--GA--GTCACCAATT-GTGCTTGATTTCTATGGCTTCTCCCAGAACAACCCCAGGACTGTTGTCCTGAAACATC---------------CAGCTTTGATCACCTGGCACCCTGCAGGGAGATTCTCCTCA--------TTCTCTTTCCCGCTTCTCGCCATGTGGCAGACCGCAGGTAGAATAAATGCCTCTTGGTGAGCTCACTCATCCCTTA-CCCGTCAGCCCCAAGTGTGCAGATAACAGAC--GCAGAGCTCC--TGTGCACGGTGTCCTCCACCTCTGGGCTTGATCTTCCCACCCTCCTGTTCCTGCCAGATAATTATGCTGCAACACTGGGTGACGTTATAACTGGTC---CTGGGGG-TCAGGGT-TTCTGGGTTATGTTCTAACCTGCACTGGGGACAAAGCGTTCCCCGCC-TTGAACAGCAGAGAGGCCTGAAGCTTC-GATCATGGAAATC-----------TTTCTTTTTTATCTTCCT---CTCTTTCAAAAGCC--TTT---------TTTTTTTTTTTTTGGAAAGA----------------------CTAGATGAGG---GAAATAGG--------AAAAA--ACCTAAGGGTCTT--AGAGTGGAGAATAATCAT i rheMac3.chr1 C 0 C 0 s macFas5.chr1 358334 618 + 227556264 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TATTAGTTGTATTAC--CTGAAACATGGCA------------------------------TGCACTAATCCAGGTAATGAAGAAAACATAG---------AAGACTGTCCCTagttttgaaaaca--tttaactacattacctga-ttttgattctgatcttcacaaaatctta-----tatttagagaaagaattagccctacgggagatgaagaagctgatgttcaccgc----aaatttttgccccagtcaagcaagaggcagatgggg-cttcagaaccacgtcttctaacctctggtctggtgttttgtgccaagccatgat----actgAT---AAACAATTTA i nomLeu3.chr5 I 3 C 0 s rheMac3.chr1 19855166 284 - 229590362 TATTAGTTGTA-TAC--CTGAAACATGACA------------------------------TGCACTAATCCAAGTTATGAGGAAAACATAGACTGTCCCCAGGACTGTCCCTAGTTTTGAAAACA--TTTAACTACATTATCTGATTTTTGATTCTGATCTTCACAAAATATTA---------------AAGAATCGGCCCCATGGGAGATGAAGAAGCTGATGTTCACAGC----AAGTTATTTCCCCATTCAAGCGAGAGGCAGATGGGC-CTTCAGAACCACATCTTCTAACCTCTGGTCTGGTGTTTTGTGCCAAGCCATGAT----ACTGAT-------AATTGA i rheMac3.chr1 I 17 C 0 s macFas5.chr1 364856 284 + 227556264 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CAAAGGGGAGAAGCAgccgggcacggtggctcatgcctgtaatcccagcattttaggtggctgaggcaggtggatcacttgaggccaggagtt------tagcctgcccaacatggcgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaatt-----ggcgtggttggcacatgcctgtaatcccagct-ac----tcggctgaggcaggagaaatgcttgaactcagagtggaggttacaatgggccggagatcgtgcccactgcactccagccttggcaac--agcaagactgtctc----aaaa-----a i rheMac3.chr1 C 0 C 0 s macFas5.chr1 365140 285 + 227556264 CAAAGGGGAGAAGCggccgggcacggtggctcatgcctgtaatcccagcattttaggtggctgaggcaggtggatcacttgaggccaggagtt------tagcctgcccaacatggcgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaatt-----ggcatggttggcacatgcctgtaatcccagct-ac----tcggctgaggcaggagaaatgcttgaactcagagtggaggttacaatgggct-gagatcatgcccactgcactccagccttggcaac--agcaagactgtctc----aaaaaC---A i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH686657 15185 289 + 29827 TAAAGGGGagaagtggccgggcacggtggctcaggcctgtaatcccagcattttaggtggctgaggcaggtggatcacttgaggccaggagtt------tagcctgcccaacatggcgaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaaatt-----ggcgtggttggcacatgcctgtaatcccagct-acttggtcggctgaggcaggagaaatgcttgaactcaGAGTGGAGGTTACaatgggct-gagattgtgcccactgcactccagccttggcaac--agcaagactgtctc----aaaaac---a i papAnu2.JH686657 C 0 C 0 s calJac3.chr19 17299034 290 - 49578535 CAAAGGAGAGAGGCAgctgggcagcgtggctcatgcctataatcccagcactttgggagaccgaggcatatggaaca-------ccagcagttccagcccagcccagtcaacatggtgaaaccctatctctactacaaatacaagaaattaactgggcatgg-tggtgcacacctataatcccagct-acttggtaggctggggcaggtgaattatttgaacccagagcggaggttgcagtgaacc-aagatcatg-ccactgcactccagacttggcgacagggcaagactgtctc----aaa------a i calJac3.chr19 C 0 C 0 e canFam3.chr14 2686734 0 + 60966679 C e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I a score=726391.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 110859 306 + 165834 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aaaaa-GGGAGAAGCACATGGC---ACAATGTGTAGCTGCCAGCTTGTTTAACCCTAATAATGACCTGGGGACAAAGGTCCCTTCAGAGCCACATGCTGATAAAAGCCATGTTCACTTGCTGTTGGATGCCAGTTAGGCTGGTCTAG-CAAGGACCTGATGACCCACGTTGAGGGGT--AATCAGATTCCCTGT--GGGGTCTTTCTGCAGGTAAGGGATATGGGTATAAAATTAACTGAACCCTTGCTTCTACAGACTTGT----TTTATACAATAAA-------CATCTATA----TGTAATATAA-AATTGTAATAGAAGAAAGCATAAGGTCTA i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142683023 313 - 143122389 caaaG-GGGAGAAGCACATGGT---ATGATGTGCAGCTGCCAGCTTG-TTAACCCTGATAATGACCTGGGGACAAAGGTCCCTTCAGAGCCACATGCTGATAAAAGCCATGTTCATTTGCTGTTTGATGCCAGTTAGGCTGATCTAG-CAAGGACCTGATGACCCATGTTGAGGGGTAAAATCAGATTGTCTGT--GGGGCCTTTCTGCAGGTAAGGGATACGGATGTAAAATTAACTGAACCCTTGCTTCTACAGACTTGT----TTTATACAATAAA-------CTTCTATA----TGCAATATAA-AA-TGTAATAGAAGAAAGTATAAAGTCTA i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr1 19855734 312 - 229590362 caaaGCGGGAGAAGAACATGGCATGATGATGTGCAGCTGCCAGC----TTAACCCTCAT-ATGACCTGGGGACAAAGGTCCCTTCAGAGCAACATGCTGGTGAAAGCCATGTTCATTTGCTGTTGGAGGCCAGTTAGGCTGGTCTAG-CGAGGACCTGATGACCCACGTCGAGGGGT--AATCGGATTCCCGGT--GGGGTCTTTCTGCAGGTGAGGGATATGGATATAAAGTTAACTGAACGCTTGCTTCTACAGACTTTT--TATTTATACAGCAAG-------CATC--TA----TGCAATATAA-AATTATAATAGAAGAAAACATACAGTCTA i rheMac3.chr1 C 0 C 0 s macFas5.chr1 365425 312 + 227556264 CAAAGTGGGAGAAGCACATGGCATGATGATGTGCAGCTGCCAGC----TTAACCCTCAT-ATGACCTGGGGACAAAGGTCCCTTCAGAGCAACATGCTGGTGAAAGCCATGTTCATTTGCTGTTGGAGGCCAGTTAGGCTGGTCTAG-CGAGGACCTGATGACCCACGTCGAGGGGT--AATCGGATTCCCTGT--GGGGTCTTTCTGCAGGTGAGGGATATGGATATAAAGCTAACTGAACGCTTGCTTCTACAGACTTTT--TATTTATACAGCAAG-------CATC--TA----TGCAATATAA-AATTATAATAGAAGAAAACATACAGTCTA i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH686657 15474 310 + 29827 caaagtgGGAGAAGCACATGGCATGATGATGTGCAGCTGCCAGC----TTAACCCTCAT-ATGACCTGGGGACAAAGGTCCCTTCAGAGCAACATGCTGGTGAAAGCCATGTTCATTTGCTGTTGGAGGCCAGTTAGGCTGGTCTAG-CGAGGACCTGATGACCCATGTCGAGGGGT--AATCGGATTCCGTGT--GGGGTCTTTCTGCAGGTGAGGGATATGGATATAAAGTTAACTGAACGCTTGCTTCTACAGACTTTT--TATTTATACAGCAAG-------CATC--TA----tgcaatataa-aattataatagaagaaaacat--agtctA i papAnu2.JH686657 C 0 C 0 s calJac3.chr19 17299324 315 - 49578535 caaaaTGG-----------GGC---ACAATGGGCATCTGCCAGCTCG-TTAATCCTAATAATGACCTGGGGAC-AAGGTCCCTTCAGAGCAACGTGCTGATAAAACCCACGTTCATTTGCTGTTAGATGCCAGTTAGGCTGGTCTAG-CAAGGACCCGATGACCCAAGTTGAAGGGG--AATCAGATTCCTTGTGGGGGGTCTGTCTTCAGGTGAGGAATATGGATATAAAATTAACTGAACCCTTGCTTCTACATATTTGTTTTATTTACACAATAAATAAG---CATTTATATTTTTGCAATATAA-AACTGTAATAGTAGAAAACATAAAGTCTA i calJac3.chr19 C 0 N 0 s canFam3.chr14 2686734 321 + 60966679 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ponAbe2.chr1 368214 22 + 229942017 TACCTTTTTTGATTATTTCTAA i ponAbe2.chr1 C 0 I 47 s nomLeu3.chr5 142684827 20 - 143122389 TACC--TTTTAATTATTTCTAA i nomLeu3.chr5 C 0 I 1 s macFas5.chr1 367361 18 + 227556264 ----CCTTTGGATTATTTCTAA i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH686657 17382 18 + 29827 ----CCTTTGGATTATTTCTAA i papAnu2.JH686657 C 0 C 0 e canFam3.chr14 2688464 1597 + 60966679 I e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I e rheMac3.chr1 19857657 66 - 229590362 I a score=17577.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 112661 46 + 165834 -AATGAAATCCCTTAATACATACACAGCATGTATTATAATCTT---GTTC s panTro4.chr1 228150898 46 + 228333871 -AATGAAATCCCTTAATACATACACAGCATGTATTATAATCTT---GTTC i panTro4.chr1 N 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142684848 44 - 143122389 -AACAAGATT-----ATACATGCCGTGTATGTATTAAGGGATTTCAGTTC i nomLeu3.chr5 I 1 C 0 s macFas5.chr1 367379 49 + 227556264 GGACAAGATTA-TTAATACATGCTGTGTATGTATTAAGGGATTTCAGTTC i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH686657 17400 48 + 29827 GGACAAGATTA--TAATACATGCTGTGTATGTATTAAGGGATTTCAGTTC i papAnu2.JH686657 C 0 C 0 e canFam3.chr14 2688464 1597 + 60966679 I e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I e rheMac3.chr1 19857657 66 - 229590362 I e ponAbe2.chr1 368236 47 + 229942017 I a score=302.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 112707 2 + 165834 TT s panTro4.chr1 228150944 2 + 228333871 TT i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 368283 2 + 229942017 TC i ponAbe2.chr1 I 47 C 0 e canFam3.chr14 2688464 1597 + 60966679 I e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I e rheMac3.chr1 19857657 66 - 229590362 I e macFas5.chr1 367428 0 + 227556264 C e papAnu2.JH686657 17448 0 + 29827 C e nomLeu3.chr5 142684892 0 - 143122389 C a score=6699.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 112709 7 + 165834 AGAAATA s panTro4.chr1 228150946 7 + 228333871 AGAAATA i panTro4.chr1 C 0 N 0 s ponAbe2.chr1 368285 7 + 229942017 AAAGATA i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142684892 7 - 143122389 AAAGATA i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr1 19857723 7 - 229590362 AAAGGTA i rheMac3.chr1 I 66 C 0 s macFas5.chr1 367428 7 + 227556264 AAAGGTA i macFas5.chr1 C 0 C 0 e canFam3.chr14 2688464 1597 + 60966679 I e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I e papAnu2.JH686657 17448 0 + 29827 C a score=24508.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 112716 30 + 165834 GAGAATACAGTTGTAAGGAGATGATT----------------------------------------------------------------ATAT s panTro4.chr1 227987022 30 + 228333871 GAGAATACAGTTGTAAGGAGATGATT----------------------------------------------------------------ATAT i panTro4.chr1 N 0 C 0 s ponAbe2.chr1 368292 27 + 229942017 GAGAATACCGTTGTAAGGA---GATT----------------------------------------------------------------ATAT i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142684899 94 - 143122389 GAGAATACAGTTGTAAGGAGATGATTTtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacacacacacacacacacatacatac i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr1 19857730 80 - 229590362 GAGAGTAGAGTTGTAAGGA---GATtacatac--atatagacacacatacacacacgtacgcacgcatatgtatatatatT---------ATAG i rheMac3.chr1 C 0 C 0 s macFas5.chr1 367435 82 + 227556264 GAGAGTAGAGTTGTAAGGA---GATTACATACATATATAGACACACATACACACACGTACGCACGCATATGTATATATATT---------ATAG i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH686657 17448 82 + 29827 AAAGGTAGAGTTGTAAGGa---gattacatacatacatacatagacacacatacacacacgcacgcgtatgtacatatatt---------atag i papAnu2.JH686657 C 0 C 0 e canFam3.chr14 2688464 1597 + 60966679 I e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I a score=211109.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 112746 110 + 165834 AGGTTGAAAATATGCCA--CCTTTTCACTTAAGAATACAATGAACCTGCTATAGGATGAAGAATGAACATAGAT-CACCTCACATTCCACTGGTCACTTAGAattctattatg s panTro4.chr1 227987052 109 + 228333871 AGGTTGAAAATATGCCA--CCTTTTCACTTAAGAATACAATGAACCTGCTATAGGATGAAGA-TGAACATAGAT-CACCTCACATTCCAGTGGTCACTTAGAATTCTATTATG i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 368319 109 + 229942017 AGGTTGAAAATATGCCA--CCTTTTCACTTAAGAATACAATGAACCTGCTATAGGATGAAGG-TGAATATAGAT-CACCTCACATTCCAGTGGTCACTTAGAATTCTATTATG i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142684993 107 - 143122389 aTGCTGAAAATATGCCA--TCTTTTCACTT--GAATACAATGAACCTGCTATAGGATGATGA-TGAATATAGAT-CACCTCACATTCCAGTGGTCACTTAGAATTCTATTATG i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr1 19857810 104 - 229590362 AGGTGGAAAATATGCCA--CCTTTTCACTTCAGAATACAATGAACCTGCTATATGGTGA----TGAATGTAGAT-CACCTTACATTCCAGTGGTCACT--GAACTCTATTatg i rheMac3.chr1 C 0 C 0 s macFas5.chr1 367517 106 + 227556264 AGGTGGAAAATATGCCA--CCTTTTCACTTAAGAATACAATGAACCTGCTATATGGTGA----TGAATGTAGAT-CACCTTACATTCCAGTGGTCACTTAGAACTCTATTATG i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH686657 17530 106 + 29827 aGGTGGAAAATATGCCA--CCTTTTCACTTCAGAATACAATGAACCTGCTATATGGTGA----TGAATGTAGAT-CACCTTACATTCCAGTGGTCACTTAGAACTCTATTATG i papAnu2.JH686657 C 0 C 0 s canFam3.chr14 2690061 112 + 60966679 AAATTGTAAATGTGCCATTTTTTTTCACTTAAGAATACAACAAAACTGTCATACCATGCTCA-TGATTATAGATCCACCTTACATCCCAGTAGTTGCCTGAAATTCTATTATG i canFam3.chr14 I 1597 I 197 e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I a score=4638.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 112856 3 + 165834 tac s panTro4.chr1 227987161 3 + 228333871 TTC i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 368428 3 + 229942017 TAC i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142685100 3 - 143122389 TAC i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr1 19857914 3 - 229590362 tac i rheMac3.chr1 C 0 C 0 s macFas5.chr1 367623 3 + 227556264 TAC i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH686657 17636 3 + 29827 TAC i papAnu2.JH686657 C 0 C 0 e canFam3.chr14 2690173 197 + 60966679 I e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I a score=697958.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 112859 430 + 165834 taaaacct-aaattatttagtacgtgtccagttagcagacgc--ttaggttacttccactttc---ttattgc-aaataacaccggaatgcactttttt-aataaattgcccactcatctgattatttccatacta-cgcttccctaggagcggaaGCTTGTACGTAT--TTTTTAAACTCCTGGCATTGACTCAGTGCACGCTCTCAAAC------------------------------------------CAGAAAACAAG----ACAGAAAACCCATTGTAATTCCCACCAGCAGTTTGAGA-----TTCCCCCCTT--TATCCTCGATGTTGATACAACCCAGCTCTCATGTAGAAGTTCAAGTTGAATAAGATTG---ACTGAAACTCTATTTCTGCACTGTGGCCCTTCTACATTG-------------------C-TA-TCCTATTGAGGAAGC-TTCGTGGGCTCATGCTCTAGGTAAG---------AATAAAATTAAGTTCAAGCCCTCTGCCTCTG s panTro4.chr1 227987164 430 + 228333871 TAAAACCT-AAATTATTTAGTACGTGTCCAGTTAGCAGATGC--ttaggttacttccactttc---ttattgc-aaataacaccggaatggactttttt-aataaattgcccactcatctgattatttccatacta-cgcttccctaggagtggaaGCTTGTACGTAT--TTTTTAAACTCCTGGCATTGACTCAGTGCACGCTCTCAAAC------------------------------------------CAGAAAACAAG----ACAGAAAACCCATTGTAATTCCCACCAGCAGTTTGAGA-----TTCCCCCCTT--TATCCTCGATGTTGATACAACCCAGCTCTCATGTAGAAGTTCAAGTTGAATAAGATTG---ACTGAAACTCTATTTCTGCACTGTGGCCCTTCTACATTG-------------------C-TA-TCCTATTGAGGAAGC-TTCGTGGGCTCATGCTCTAGGTAAG---------AATAAAATTAAGTTCAAGCCCTCTGCCTCTG i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 368431 424 + 229942017 TAAAACCT-AAAT--TTAGGTATGTGTCCAGTTAGCAGATGC--TTAGGTTACTTCCACT------TTATTGC-AAATAACACTGGAATGGATTTTTTT-AATAAATTGCCCACTCATCTGATTATCTCCATACTATTACTTCCCTAGGAGCAGAAGCTTGTACGTAT--TTTTTAAACTCCTGGCATTGACTCAGTGCACG--CTCATAC------------------------------------------CAGAAAACAAG----ACAGAAAACTCATTGTAATTCCCACCAGCAGTTTGAGA-----TTCCCCCCTT--TATCCTCGATGTTGATACAACCCAGCTCTCATGTAGAAGTTCAAGTTGAATAAGATTG---ACTGAAACTCTATTTCTGCACTGTGGCCCTTCTACATTG-------------------C-TA-TCCTATTGAGGAAGC-TTCGTGGGCTCATGCCCTAGGTAAG---------AATAAAATTAAGTTCAAGCCCTCTGCCTCTG i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142685103 430 - 143122389 TAAAACCT-AAATTATTTAGTACGTGTCCAGTTAGCAGATGCTTTTAGGTTACTTGCACTTTC---TTATTGC-AAATAACACCAGAATGGAATTTTTT-AATAAATTGCTCAC---TCTGATTATTTCCATACTA-CACTTCCCTAGGAGCAGGAGCTTGTACATAT--TTTTCAAACTCCTGGCATTGACTTGGTGCATGCTCTCATAC------------------------------------------CAGAAAACAAG----ACAGAAAACCCATTGTAATTCCCACCAACAGTTTGAGA-----TTCCTCCTCT--TATCCCCAATGTTGATACAACCCAGCTCTCACGTAGAAGTTCAAGTTGAATAAGATTG---ACTGAAACTCTATTTCTGCACTGTGGCCCTTCTGCATTC-------------------CTTA-TCCCATTGAGGAAGC-TTCGTGGGCTCACGCTCTAGGTAGG---------AATAAAATTAAGTTCAAGCCCTCTGCCTCTG i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s rheMac3.chr1 19857917 464 - 229590362 taaaacct-aacttatctagtatgtgtccagttggcagatgc--ttaggttacttccactttc---ttattgcaaaataacaccagaatgggtttttttaaataagttgcccactcatctgattatttccatacta-cactttcctaggagtggaaGCTTGTACATAT--TTTTTAAACTCCTGGCATTGACTTGGTGCTCTCTCAAAAAACAACAACAAAAAACAACCAGAAAACCCATTCTAATTCCCACCCGACAAAAAAACCCCCCAGAAAACCCATTCTAATTCCCACCAGCAGTTTGAGG-----TTCCCCCTTT------ATCAACATTGATACAACCCAGCTCTCATGTAGAAGTTC--GTTGAATAAGATTG---ACAAA----CTATTTCTGCATTGTGG-CCTTCTACATTG-------------------C-TATT----TTGAGGAAGC-TTCATGGTTGCATGCTCTAGCAGGA---------AAGAAAATTAAGTTCAAGCCCCCTGCCTCTG i rheMac3.chr1 C 0 I 7 s macFas5.chr1 367626 422 + 227556264 TAAAACCTAAAATTATCTAGTATGTGTCCAGTTGGCAGATGC--ttaggttacttccactttc---ttattgcaaaataacaccagaatgggtttttttaaataagttgcccactcatctgattatttccatacta-cactttcctaggagtggaaGCTTGTACATAT--TTTTTAAACTCCTGGCATTGACTTAGTGCTCTCTCAAAAAA------------------------------------------CGACAAAAAAACCCCCCAGAAAACCCATTCTAATTCCCACCAGCAGTTTGAGG-----TTCCCCCTTT------ATCAACATTGATACAACCCAGCTCTCATGTAGAAGTTC--GTTGAATAAGATTG---ACAAA----CTATTTCTGCATTGTGG-CCTTCTACATTG-------------------C-TA-T----TTGAGGAAGC-TTCATGGTTGCATGCTCTAGGAAAG---------AATAAAATTAAGTTCAAGCCCCCTGCCTCTG i macFas5.chr1 C 0 C 0 s papAnu2.JH686657 17639 421 + 29827 TAAAACCTAAAATTATCTAGTATGTGTCCAGTTGGCAGATGC--TTAGGTTACTTCCACTTTC---TTATTGCAAAATAACACCAgaatgggttttttaaaataagttgccCACTCATCTGATTATTTCCATACTA-CACTTTCCTAGGAGTGGAAgcttgtacatat--tttttaaactcctGGCATTGACTTGGTgctctctcaaaaaa------------------------------------------caacaaaaaaa-aaaccagaaaacccaTTCTAATTCCCACCTGCAGTTTGAGG-----TTCCCCCTTT------ATCAACATTGATACAACCCAGCTCTCATGTAGAAGTTC--GTTGAATAAGATTG---ACAAA----CTATTTCTGCATTGTGG-CCTTCTACATTG-------------------C-TA-T----TTGAGGAATC-TTCATGGGCACATGCTctaggaaag---------aataaaattaagttCAAGCCCCCTGCCTCTG i papAnu2.JH686657 C 0 C 0 s canFam3.chr14 2690370 455 + 60966679 TAAAACAT-AAATTATTTC-TATGTGTCCACTT-GCAGATGC--TTAAATTTATTTTGCTTACCAACTATTGC-AAACAAGACCAAGGTGAAAATTTT--ACGATGTTGCTCACTTATCC-CTGGTTTCTGTACAA--AATTTCCTACAAGCAGAAGTTTATACATATTATTTTTAGGATCCTGATATTGGATTGGTGCTCTCTC---AAA------------------------------------------CATAAAATAAT-----------ACACACTCCCATTCTCATCAGCAATTTGTGAGCACCTTCCTCTCCTATGATACTCAGTATTGGTACAACCCAGCTGTCAACTAGAGGTTCAAGT----TAAGATTGGCAGCTAAAACTGCATTTCTACAATCTGAGGCCTTTGCAATAGAGAGAAAATAACCAGCACC-TA-GGCTGTTGAGGAAGCTTTCTTGTGCTTGTACTATAGAGAAGTCAGAGTGAGTCAAGGTTAAGTTCCAACCATTTAACTTTG i canFam3.chr14 I 197 C 0 e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I a score=6601.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 113289 10 + 165834 GCAATCCAAG s panTro4.chr1 227987594 10 + 228333871 GCAATCCAAG i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 368855 10 + 229942017 GCAATCCAAG i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142685533 10 - 143122389 GCAGTACAAG i nomLeu3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr1 368048 6 + 227556264 ----TGCTAG i macFas5.chr1 C 0 I 1 s papAnu2.JH686657 18060 6 + 29827 ----TGCTAG i papAnu2.JH686657 C 0 I 1 s canFam3.chr14 2690825 10 + 60966679 GGCATCCAAA i canFam3.chr14 C 0 C 0 e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I e rheMac3.chr1 19858381 7 - 229590362 I a score=262608.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 113299 162 + 165834 GCCCAGCTG------AGTAGATCtgcatgtcattgcatttcatcgccttgcaAGA-------GTAAGAAGAATGTGACCCTAACTGTGCAGTGATAGACACGTATTAAG---AGGGAGGGATGA--GTTGTTTTCATGACTCCACCTAAGAGAGGCCTGAAAAGACCGCTTGATTGGCAA s panTro4.chr1 227987604 160 + 228333871 GCCCAGCTG------AGTAGATGTGCATTTCATTGCATTTCATCGCCTTGCAAGA-------GTAAGAAGAATGTGACCCTAACTGCGCAGTGATAGACACGTATT--G---AGGGAGTGATGA--GTTGTTTTCATGACTCCACCTAAGAGAGGCCTGAAAAGACCGCTTGATTGGCAA i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 368865 159 + 229942017 ACCCAGCTG------AGTAGATCCGCATTTCATTGCATTTCATTGCCTTGCAAGA-------GT---AAGAATGTGACCCTAACTGAGCAGTGATAGACACGTATTAAG---AGGGAGTGATGA--GTTGTTTTTATGACTCCACCTAAGAGGGGCCTGAAAAGACTACTTGATTGGCAA i ponAbe2.chr1 C 0 C 0 s nomLeu3.chr5 142685543 162 - 143122389 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i panTro4.chr1 C 0 C 0 e chlSab2.chr25 263730 16576 - 85787240 I e rheMac3.chr1 19858752 89473 - 229590362 I e macFas5.chr1 368521 5444 + 227556264 I e nomLeu3.chr5 142686067 5098 - 143122389 I e ponAbe2.chr1 369402 47782 + 229942017 I a score=179196.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 115147 780 + 165834 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i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 420493 1346 + 229942017 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s panTro4.chr1 227996122 1578 + 228333871 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i panTro4.chr1 C 0 C 0 s ponAbe2.chr1 229431035 1088 - 229942017 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i ponAbe2.chr1 I 22 I 789 s nomLeu3.chr5 142712519 1083 - 143122389 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i papAnu2.JH685151 C 0 C 0 s chlSab2.chr25 85362755 1045 + 85787240 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i chlSab2.chr25 C 0 C 0 e rheMac3.chr1 19858752 89473 - 229590362 I e macFas5.chr1 374772 86574 + 227556264 I a score=332244.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 145813 452 + 165834 atgcagac-gaagtgaagtggttgaaaaggatatcccatgcaagtcgtaaccagaaaagagcaggagtagctatgcttatatcagataaaatagactgaagtccagaactgtagaaagagacaaagaagatcatatataatgattaaaaagtcaattcaacaaaaagtatataataattgtgactatgtatg----aaacat----taacctaaatacataaag-----tattaatagatctaa--ggggatagatagcaataaaataatactaagaaacttcaacacccctctttcagccatggaaagactatccagacaggaggtaaacaatgaaataacagcttcaagttgcactctagggcaatggacctaaaaagcatatgcaaaacattttattcagtagctgcagaatacacattatactcgattgcacatgaaacattttctaggttagatcacatgttt s panTro4.chr1 228024336 456 + 228333871 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i chlSab2.chr25 I 15 C 0 e rheMac3.chr1 19858752 89473 - 229590362 I e macFas5.chr1 374772 86574 + 227556264 I a score=704692.000000 s hg38.chr1_KI270761v1_alt 147960 604 + 165834 aaggaaacaaaggcctccaaattggaaagaaggaactgaaattttccctgtttacagatgacatggtcatatatt----aaaaaaatcctaatgacaccagcaaaaactgtgagaactgataaatgaattcagtaaatttgcaagatacaaaatcaacatacaaaat---tagcatttatatatgccaa---------------cagtgagcaatctgaaagag----aaataaggcaatcccatttacaaaaactaaagtaaatacaaaataactaggaataaatttagcca---aagtaaaagatctcttcaagaaaaactatacaactctaatgaaagaaattgaagagatcacaaataaatggaaagattccccatgttcgtggattagaagaattgatatcattaaaatgtccatctaccaaaagagagctacagaattaaggcaatcactatccgaatacaaaagatattctt--cagagatagaaaaaaacaatcctaaagttcatatggaagcaaaaaagactccaaatagccaatgcaattctgagcaaaatgaatgaatatgtaggcatcatactacccgatatactac-aagctattaaacatcaaaagagaatggtactggcat s panTro4.chr1 228026481 603 + 228333871 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