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aagatggga-----ttattatcctctcc------------------------------tccatttg------------------------------------------aaagcaagagagagag----------------------------------------------------------------------------gtcaggtcac-----------------------------------------------ttgttcaagatcaccagggggagaaattgtggagctggCTTGAGCAGCATGG i calJac3.chr3 C 0 I 190 s canFam3.chr15 53355191 309 + 64190966 aaggtaggacactgtcagtattctccccatttAGTTTTTTTTAttttttaaagatttatttatttgtttatttatgagagagagagagagagagagagaggcagagacacaggaggagggagaagcaggctccatgcagggagcctgatgtgggactcgatcccaggactccaggatcatgccctgggccaaaggcaggtgctgagccacccagggatccttctccccattttaaatacagaaactacaaagaggtttagtttaaggtcatggagaggagaaactgtgtagttgagatgaggagcctaa i canFam3.chr15 C 0 C 0 e mm10.chr3 78029444 473 - 160039680 I a score=18316.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 6122 7 + 164536 -ttgagat s panTro4.chr4 158940977 7 + 193495092 -ttgagat i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161715015 7 + 198332218 -ttgagat i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79757975 7 + 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tttatggtacttcacttaaacttc------------cttactatgaaaggaaaatattaccccttccctatctgtgc-agagaggagatgcaagttcaggaagctaattaaag-aagttactgagcaagtaagtggctggcaaacagaaacctaccagaccagc---ctgactccaagattcctgcttttcc-cac-tAATTTTTTCCTTCCCAGATAGTTTCACT--GAAGAATCAT--AGCTCAGCAACTTAGGTACCTCTTTATACTTAATGACTCTTTCCGTTTCTAATGAAATGTAAAG----TTTGGATTTGATAGGCTTACCAGCTTT i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149569490 313 + 184069350 tttgcagtacttcacttaaacttc------------cttactatgaaaggaaaatattacccctgtcccatttgtgc-agaaaggagatgcaaattcaggaagctagttaaagaaagttactgagcaagtaagtggctggcaaacagaaacctaccagaccagc---ctgactccaagattcctgcttttcc-cac-tAATTTTCTCCTTCCCAGATAGTCTCATT--GAAGAATCAT--GGCTCAGCAACTTAGGTACCTTTTTATACTTAATGACCCTTTCCATTTCTAATGAAATGTAAAGTTACTTTGGATTTGATAGGCTTCCCAGCTTT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155120683 313 + 189454096 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i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155121532 3091 + 189454096 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TGCACATGTAGTTTCGTTTACCTAGAATATACCCCAGACCTTGATCTGGATTACACCTAATGGATCTTCAAGATTCAATTTAAAGGAAGAGGTGGGAATGTATAGTTGTTAAAAAT--GCATTTAGGAGCCAGATTTCCtgtg--------------------tgtggccttgtcctgtgtcagcttagctaaattagaactgcatttcccagcattcccat--------ccttgtatATATATGAATTTCACTGTCGtgcaggagctgtggtagctcacccacactgcaatccatctgctgactcaacttgctggtattgggcagcagccgggaccacagctcctccagctcctttgtgacctcttccttcagcttcttcaaatactgggttaggtaagagtgcaacctggtaaagatgacaact-atcctgcaggtcattcacaccatcaagattggaggtagtgaaaaagaga--cctacattttgagcttgtatttgtttccccaacttcatatccattttccctt---c---ctgctagccctgcttacttcagccccagaactaggaac--aggcg--aaagactgtacgaagactgcttaaccagctcctgcaacaaagtggggcttaatccctag--aaaaaagccctttat-tctgtcattcatggtgatcctgtttctccagctaggttctaattgttacaGTAGTTTAATGCtatgacttagctaa--cttttttcatttccctgtgacttaagtttcctctcttgtaaaatctgtatatatt------------------------------aatataacctacctcaaagtgttgttttaatgattacattaattgttcttcttaaaatttttagatagctgcctggaatatagtgagtgTAAGGT--AAGCACTTATTAAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154364502 836 - 190850796 tGAACATGTGGTTTCATTTATCTAGACTATTCCCCAGACCTTGATCTGGATGTCACCTAATGGAGCTTCAAGATTCAATTTAAAGGAAGAGGTGG--------AATTGTTAAGAGT--GCATTTAGGAGTCAAATTTCCTGTA--------------------Tgtggccgtgtcctgtgttggcttagctaaattcgaactacatttcccagcattcccat---------cttgtatatATGTGAATTTCACTGTTGtgcaggagctgtggtagctcacacac------atccatctactgactcaacttgttgttatcaggcagcagctgggaccacagctcttccagctcttttgtgacctatttcttcagcttcttcaaatactgggttaggtaaaagtgcaacctggtaaagatgacagct-atcctacaggtcacccacactataaagattggaggtagtgaaaaagaga--cttacatttctagattgta--tgtttcccccgcttcatatctattttctcttataa---ctgctggcccttctgacttcagtcccagcactagaaac--aggcg--aaaaact-t----agactgcttaaccagctagtacaacaaagtggggcttaatccctag--aaaaaagccctttat-tctgtcattcaccgtgattctgtttctccagttaggttctaattgttacaAccacttactggtataacttaacaaa--ttttttaaatttccctgtgacttaagtttcttctcttgcaaaatctgtatatatt------------------------------aatataacccacctcaaagtgttattttaatgataacattaattgtttttcttaacatttttagacagctgcctgaaatatagtgagtgttaggt--aagtatttattaAA i calJac3.chr3 I 509 C 0 s canFam3.chr15 53362749 898 + 64190966 tgtgcatgtagtttcatttatctagaacact-tccaaaccttgatctggatgcatcctaatggatcttgaagaccccgcATGAAGAGAGAGGTAGGAATGTGAAGCTgctaagaatagagactcaggggccagatttcctgggttcaaatcccagctctTCATTGTGGCTTTGCCCTGCACCCGTATGACTATGTCAGAACT--ATCTTCCAACATCTCCATAGGATGTATCTAGTTACAATCTCAAGTTCATCGTAGAGTAGGAACTTGGGCCTCATACCCAT-TTGCGGTACatctcctgactcaacttgttgatatgggccaacagccaggactgtagctcctcc--ttcct--------gcctccttcagcttcttcaaatcctgggtcaaatgggagtgcaacctggagaaggtgccagctcatcctgcaagacgcctgcaccaccgagatcaggggtagtgaaaaaGAGAGCCGTACCCttctagttggtatttcttccctttgcttcagatcagtgttccttt---ctgactgttgatcttgctgacttcaagcccagcaccagaaatagaggca--agagact-cagaaagacagcttacccagcccctac-atgcagt-gggcttaatccttat--aaaaaagtcctttctctgtgtcactcacagtgcttctttttctccgatcaagccctgattgTTGTGGGCATTTCATGgtatgacttggctaa------tttcatctcactgtgactc-agcttcctcccttgtaaaatcatggTATGTTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacttacctcaaaatgttattttgtggatta----agttatttttcctaaaacatttagaagagttcttggaatttagtgagagttaggt--aaatattCATGAAA i canFam3.chr15 C 0 C 0 e mm10.chr3 78035299 3249 - 160039680 I 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papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102427109 75 + 135778131 TAAATGATTCATT------------------CTGGCCACCAAAGCAGAAGTAATCTATTTAACTTAACGACTGTA----------TCACTTTCTAAT-TCTCTT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154365338 75 - 190850796 GAAATGACTCATT------------------CTGGCAACCAAAGCAGAAGTAATCTATGTAACTTGATGACTGTA----------TCATTTTCTGAT-TCTCTT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53363647 104 + 64190966 TTAATGCCTCTTTTATTATCAAAGTATTTTCCTGGCAATTAAAGCAGAAGGAATCTACTTGCCCTAACTACAGTAAGTACTTTCTTCACTTTCTATTATCTTTT i canFam3.chr15 C 0 C 0 e mm10.chr3 78035299 3249 - 160039680 I e ponAbe2.chr4 161728663 30 + 198332218 I a score=179371.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 20044 76 + 164536 ATCTTGCCGGGCAATTTTGTTCTGCATTCCATATGGTTCTTCATTTGCATGCCTTCCATTCCTTTACAAACATGAT s panTro4.chr4 158954849 76 + 193495092 ATCTTGCCGGGCAATTTTGTTCTGCATTCCATATGGTTCTTCATTTGCATGCCTTCCATTCCTTTGCAAACATGAT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79771841 76 + 115148730 ATCTTGCGGGGCAATTTTGTTTTGCATTCCATATGGTTCTTTATTTGCATGCCTTCCATTCCTTTACATACATGAT i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149581742 76 + 184069350 ATCTTGTGGGGCAATTTTGTTTTGCATTCCATATAGTTCTTTATTTGCATGCCTTCCTTTCCTTTACAAACATGAT i rheMac3.chr5 C 0 M 148 s macFas5.chr5 155132915 76 + 189454096 ATCTTGTGGGGCAATTTTGTTTTGCATTCCATATAGTTCTTTATTTGCATGCCTTCCATTCCTTTACAAACATGAT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145345417 76 + 178775436 ATCTTGTGGGGCAATTTTGTTTTGCATTCCATATGGTTCTTTATTTGCATGCCTTCCATTCCTTTACAAACATGAT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102427184 76 + 135778131 ATCTTGTGGGGCAATTTTGTTTTTCATTCCATATGGTTCTTTATTTGCATGCCTTCCATTCCTTTACAAACATGAT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154365413 75 - 190850796 ATCTTGT-GGGTAATTTTGCCTTGCATTCCATATGGTTCTTTATTTGCATGCCTTCCATTCCTTTACAAACGTGAT i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78035299 3249 - 160039680 I e canFam3.chr15 53363751 0 + 64190966 C e ponAbe2.chr4 161728663 30 + 198332218 I a score=315790.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 20120 191 + 164536 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TATCTTATTTAatatataaatatatatatctata------tgtgtgtatatat----gtacatat--------------aAAGAGAgaagaaaataaaaatatttactctaaaatata-ttttttgacatattttgaaatggccgctgcagggtcagctaaaggaagtgaccttgcaaag-----------------ctatcttttttgtggaaaatttgcatctgtagaaaacgtccattaatgcagccaggcctcctcttgctaggcatttgctaggtataggagacattgagattctgacacttttaaaagtctaaaaagaaacatttgccatcttgtctctctgaagaaatcatcatctgtataacaaggtcatgtttgctaggcaagcctcttcctttctccctactgtaacctgtataacctgtcttgctgttaaaacctgctttcagtaatgttctgagcccac i rheMac3.chr5 M 148 C 0 s macFas5.chr5 155133181 425 + 189454096 tatcttatttaatatataaatatatatatctata------tgtgtgtatatat----gtacatat------------------aGAgaagaaaataaaaatatttactctaaaatata-tttttggacatattttgaaatggctgctgcagggtcagctaaaggaagtgaccttgcaaag-----------------ctgtcttttatgtggaaaatttgcatctgtagaaaatgtccattaatgcagctgggcctcctcttgctaggcatttgctaggtataggagacattgagattctgacacttttaaaagtctaaaaagaaacatttgccatcttgtctctctgaagaaatcatcatctgtataacaaggtcatgtttgctaggcaagcctcttcctttctccctactgtaacctgtataacctgtcttgctgttaaaacctgctttcggtaatgttctgagcccgc i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145345684 428 + 178775436 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TATCTTGTTTAatatataaatatatatgtatatatatgtgtgtgtgtatatatatgtatacatatataGAGAGAGGGagagagagagaaggaaataaaaatatttactctaaaatatatttttttgacatatttggaaatggctgccacagggtcca-taacagaagaggacttgcagaggcgtcttttaggtctatatgtcttttatgaggaaaatttgcatctgtagaatacgtccattaatgcagccaggcctcctattgctagacatttgctaggtgtaggagagattgagattccaatacctttaaaagtctaaaaaaaaacatttgccatctctcctttctgaagaagtct---tctctatagcaaggtcacctttgccagtcaagcctcttcctttctcccttctataacctgtataacctgtcttgtcattaaaacctacttttggcaattctctgagcctgc i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78035299 3249 - 160039680 I e canFam3.chr15 53363751 0 + 64190966 C e ponAbe2.chr4 161728663 30 + 198332218 I a score=13642.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 20744 6 + 164536 attctt s panTro4.chr4 158955549 6 + 193495092 attctt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79772799 6 + 115148730 attctt i nomLeu3.chr7b I 265 C 0 s rheMac3.chr5 149582400 6 + 184069350 atcctt i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155133606 6 + 189454096 atcctt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145346112 6 + 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tctataatctcaaggtgataaataagcctctgtatccggttgggatgttgggctttattctg-aaggctcatgtgtatacaca-ttaaatatcatt-gtaagccttttcttctattaatcaatctgcctcatgtcactaatttttcagcctatctttagagggcca-acacccatggcccccacaATATATAC i ponAbe2.chr4 I 30 C 0 s nomLeu3.chr7b 79772805 192 + 115148730 tctataacctcaagatgataaataagcctctgtatctggttgggatgttggggcttattgtgaaaggctcatgtgtatgcacatttaaatatcattggtaagccttttcttctattaatcaatctgcctcatgtcactaatttttcagcatatctttagggggcca-acacccatggcccccacaATATATAC i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149582406 189 + 184069350 tctgtaatctcatgatgataaataagcctctgtatctggttgggatgttgggctttattctg-aaggctcatgtgtatacaca-ttaaatatcatt-gtaagccttttcttctattaatcaatctgcctcatgtcactgatttttcagcatatctttagggggcca-aCACTCATGACCCCCACGATATATAC i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155133612 189 + 189454096 tctgtaatctcatgatgataaataagcctctgtatctggttgggatgttgggctttattctg-aaggctcatgtgtatacaca-ttaaatatcatt-gtaagccttttcttctattaatcaatctgcctcatgtcactgatttttcagcatatctttagggggcca-aCACTCATGACCCCCACGATATATAC i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145346118 187 + 178775436 TCTGTAATCTCATGATGATAAATAGGCCTCTGTATCTGGTTGGGATGTTGGGCTTTATTCTG-AAGGCTCATgtgtatacaca-ttaaatatcATT-GTAagccttttcttctattaatcaATCTGCCTCATGTCACTGATTTTTCAGCATATCTTTAGGGggccatacatacata---catacaatacatac i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102427885 189 + 135778131 tctgtaatctcatgatgataaataagcctctgtatctggttgggatgttgggctttattctg-acggctcatgtatatacaca-ttaaatatcatt-gtaagccttttcttttattaatcgatctgcctcatgtcactgatttttcagcatatctttagggggcca-aCACCCATGACCCCCACAATATATAC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154366152 189 - 190850796 tctataatatcaagatggtaaataagcctctgtatctgtttggcatgttgggcttcattctg-aaggctcatgtgtatacaca-ttaaatatcatt-ataagccttttcttctgttaatcaatctgcctcgtgtcactgacttctcagcaaatctttagggggcca-aTATCCATCGCCCTCACAATATATAC i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78035299 3249 - 160039680 I e canFam3.chr15 53363751 0 + 64190966 C a score=2624106.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 20939 819 + 164536 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atataatttttctttcaaattcaaGCTATATTAAGTCCTTTCTCTGTCAAGGTAGGGcatacacaaaacacaaaaatggaGAAACAACCTCAAGCCAACATTACATACTCTTTAAGTGATGAAAAACTGTTTTCATAGTCAATATCTAATATTGTAGCTTACTAAACTGGCTCTGATCCTTGCAAAGCTAGCCCAGGTCCTAAAACTC------TGTAAATATCCTCCTCAAACTTCCTGATTCCAAGGCACTATTGGTCGTCTGTCATGGTGGTATTCTGTCTAACTACAGTACATCTAATAACCCTGCTTTTCTTGGTCAAAAGTATTTCTTGGATCATTAAGAAATTAAGAGTTTACATCAGCAACAGA-TTTGGC-AGAAGGATGGTGTAAACCCTGTATTGAGAGATAGACCTCCAAGCTACTACAGGTTTCCAACTCCGAGTGATGGACAGGTTCCCAGCAATCTGCTCCAAAGCCCTACAACTGTGAAA-TCCTGCACAGTCAGAGCCAGTACTCCCTGATACATGTTCATTGGATTATATTCAAAA-TCATTATGCAGAGAAGTAAAGGAATTACTATACATATAGGAGGAATGAATACAACCTACAAAATGGTTAAATAGGAGggcatcttaaaatatttttaa-----gctttttt--attATACTAATAATATTTGAGACCATGAGAGTAATTTATAtagattaattaaatttaataaataaagcctaaccatatt--aag-ccaaggaag------aaaa-tttttttgtGAGAAATATTGTTTTGCACAAAACAAAAGTGTTTTGCACTgagtttattttcaattttatttta i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102428074 819 + 135778131 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ATATCATTTTTCTTTCAAATTCAAGTCATATTAAATCCTTTCTCAATCAAGGTAGGACAT-------ACACAAAAATAGAGAAACAACCTCAAGCCAACATTACATACCCTATAAAAAATGAAAAACTGTTTACATAGTCAACATCTAATATTATAGCTTACTTAACTGACTCTGATCTTTGCAAAGccagtccagacgctaaaactctatatatgtatatagccacctctgacttcctgattccaaggctctcttagttgtctgtcatggtggtattctgtctaactacagtacatctaataaccttgctttccttggtcaaaaatatttcttggatctttaaggaattaagagtttacaTCAGCAAAAGATTTTGGC-AGAAGCACAGTGTAAACCCTATAT----------ACCTTAAAGCTACTTCGGGTTTCCAACTCCCCTTAACTGACAGGTTCCCAAAAATCTGCTCC-------TACAACTGTGAAA-CCTTGCACAGGCGGAGCCAGTACTCCCTGACACATGTTCATTGGATTATATTCAAAA-TGATTATGCAGAGAAATAAAGGAATTACTATACATGTGGGAGGAATGAATACAATCTACAAAAAGGTTAAATAGGAGGGCATCTTAAAATATTGTTAA-----GCTTTTTAAAATTTTACTAATAATATTTGAGATCATGAGAGTAATTTATATACATGAATTAAATGT----AATAAAGCCTAACAATACT--GGGACCAAGGAAG------AAAATTTTTCTTTTGAGAGATATTGTTTTGCATAAAACAAAAGTATTTTGCACTGTGTTTATTTTCAAttttatttta i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53363751 765 + 64190966 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papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102432369 262 + 135778131 GAATAATTTTCTTATAATTAAGAATTTTCCTGTTCTATCATTATAACCTCTAAAATATTAAATCTTTTT------TTGTTGGTCTGGATA---CTTATATCTAACTGAGCTAGGATATACAATCATTTTTT-T----CAATGTTGTCTAACACAAAAGCTATAATCATTGATTTCAGATTTGAGCTATGCAAAATGGATTAGGTTTTCATACCAAAAATTATAAAAGTACTTAGATCAtaggctattaaatattttt----agacatctttttc-ttttaa i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154370963 269 - 190850796 GAATAATTTTCTTATAATTAAGAATTTTCCTGTTCTACCATTATAGCCTCTAAAATATTAAATCTTTTTTTTTTGTTGTTGGTCCAGGTA---CTTGT-TATATCTGATTTAGGATATACTATCATTTTTTAA----AAATGTCATCTAACACAAAAGTTGTAATCATTGATTTGAGATTTGAGTTACGCAAAATGGATTAGGTTTTCATACCAAAAGTTATAGAAGTACTTAGATCAtaggctattagagattttt----gaacatctttttgtttttaa i calJac3.chr3 I 312 C 0 s canFam3.chr15 53367444 272 + 64190966 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atagctaagtggtgagtcTTAAGA-----AGCCCTCCCTTCCTCAGCAaaaatcctatgtatggtatttcatgcttcaccacaggcaattacaaagcattgcctggaa-gcct-agtggtggaaagttgtcctcctcttagcagatttggtgtacagtcaatggactgcaggtttctggaatgagttgcagtcaaggactcaagacactggcagtagagcattgaatcaagtgtaacccttttctaagctcagggctct-ttgcagccgcactgatcacagacccatgg------agttggccttgCCTCTACTACATTAAGTAGCTCATCATATGTACACCAGAACATTTTATATCGTTA---TGTGTTTGCAAAGTAGTTCCCTCTTCCATTTCTTCTTCATCTCCACTTAAAACGC-TGTAATCATCTTTTAATACCAAGATTTCCATAACACCCAAGATGGAGACTATTAATCTGTTCTGTGGGATTTCAGAGCCCTTGCACATTGTTTTATTTTGTTTTGCATTTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161735263 508 + 198332218 aTAAATAAGTGGTGAGTCTtaaga-----agccct-ccttccccggc-aaaatcctacgtatgatatttcatgcttcaccacaggcaattacaaagcattgcctggaa-gtct-agtggtggaaagttgtcctcctcttagcagatttggtgtacagtcaatggactgcagctttctggaatgagttgcagtcaaggacttaagacactggcaatagagcattgaatcaagtataaccctcttctaagctcagggctct-ttgcagccacactgatcacagacccatgg------agttggccttgCCTCTACTACATTAAATAGCTCATCATATGTACACCAGAACATTTTATATGGTTA---TGTGTTTGCAAAGTAGTTCCCTCTTCCAG---TTCTTCATCTCCACTTAGAAAGC-TGTAATCATCTTTTAATACCCAGATTTCCATAACACCCAAGATGGAGACTATTAATCTGTTCTGTGGGATTTCAGAGCCCTCACACATTGTTTTATTTTGTTGTGCAATAA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79779132 485 + 115148730 aTAACTAAGTGGTGGGTCTTAAGA-----AGCCCTCCCTTCcctggcaaaaatcctgtgtatgatatttcatgcttcaccacaggcaattacaaagcattgcctggaa-gcct-agtggtagaaagttgtcctcctcttagcagatttgatgtacagtcaatggacttcagttttctggaatgagttgcagtcaaggactcaagacagtggcagcagagcattgaatcaagtgtaaccctcttctaagctcagggctct-ttgcagccacactgatcacagacccacgg----------------------------------agcTCATCATATGTACACCAGAACATTTTATGTCGTTA---TGTGTTTGCAAAGTAGTTCCCTCTTCGAGTTCTTCTTCATCTCCACTTAGAAAGC-TCTAGTCATCTTTTTATACCCAGATTTCCATAACACCCAAGATGGAGACTATTAATCTGTTCTGTGGGATTTCAGAGCCCTTGCACATTGTTTTATTTTGTTGTGCAATTA i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149588747 513 + 184069350 aTAACTAAGTGGTGGGTCTTAAGA-----AGCCCTCCTTTCTCAGGCAaaaatcctatgtgtgatatttcaggcttcaccacaggcaattacaaagcattgcctggaa-gcct-agtggtggaaagttgccctcctctcagcagatttggtgtacagtcaatagactgcagttttctggaataagttgcagtcaaggactcaagacagtggcagtagagcattgaatcaaatgtaaccctcttctaagctcagggttct-ttgcagctgcactgatcacagacccatgg------agctggccttgCCTCTACTACATTAAATAGCTCATCATGTGTACATCAGAACATTTTATATCTTTA---TGTGTTTGCAAAGTAGTTCCCTCTTCCAGTTCTTCTTCATCTCCACTTAGAAAGC-TCTAGTCATCTTTTAATACCCAGATTTCCATAACACCCATGATGGAGACTATTAATCTGTTCTCTGGGATTTCAGAACCCATGCACATTGTTTTATTTTATTGCTCAATTA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155139916 513 + 189454096 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ATAACTAAGTGGTGGGTCTTAAGA-----AGCCCTCCTTTCTCAGGCAAAAATCCTATGTGTGATATTTCAGGCTTCACCACAGGCAATTACAAAGCATTGCCTGGAA-GCCT-AGTGGTGGAAAGTTGCCCTCCTCTCAGCAGATTTGGTGTACAGTCAATAGACTGCAGTTTTCTGGAATAAGTTGCAGTCAAGGACTCAAGACAGTGGCAGTAGAGCATTGAATCAAATGTAACCCTCTTCTAAGCTCAGGGTTCT-TTGCAGCTGCACTGATCACAGACCCATGG------AGCTGGCCTTGCCTCTACTACATTAAATAGCTCTTCATGTGTACATCAGaacattttatatcttta---tgtGTTTGCAAAGTAGTTCCCTCTTCCAGTTCTTCTTCATCTCCACTTAGAAAGC-TCTAGTCATCTTTTAATACCCAGATTTCCATAACACCCACGATGGAGACTATTAATCTGTTCTCTGGGATTTCAGAACCCAtgcacattgttttattttattgcgCAATTA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102434547 510 + 135778131 aTAACTAAGTGGTGGATCTTAAGA-----AGCCCTCCTTTCTCAGGCAaaaatcctatgtg---tatttcaggcttcaccacaggcaattacaaaacattgcctggaa-gcct-agtggtggaaagttgccctcctctcagcagatttggtgtacagtcaacagactgcagttttctggaataagttgcagtcaaggactcaagacagtggcagtagagcattgaatcaaatgtaaccctcttctaagctcagggttct-ttgcagctgcactgatcacagacccatgg------agttggccttgCCTCTACTACATTAAATAGCTCATCATATGTACATCAGAACATTTTATATCTTTA---TGTGTTTGCAAAGTAGTTCCCTCTTCCAGTTCTTCTTCATCTCCACTTAGAAAGC-TCTAGTCATCTTTTAATACCCAGATTTCCATAACACCCACGATGGAGACTATTAATCTGTTCTGTGGGATTTCAGAGCCCTTGCACATTGTTTTATTTTATTGTGCAATTA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154372916 505 - 190850796 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ATTAATAAACTATGAGTTTTAAAG-----AGTCATCCATTCT---GCAAAATTCCTACATAT----------GTCTCATGATAGACAGTCCCAAGACTTTGTTGTGAA-GACTCCATGGAAGGAAGATGACCTTCTCGCTGCTGGCCTG--GTACAGT-----GACTAAAACTTTCT-ACATGGACGGCAGTCCAGAGCTTGAG--AGTCGCAGT-GAGAACTCAGCTGAGTGTAATGTTCTTCAGAGATCAGGGCCCTAAGGCACCTGACCACAATACAGAGCTTTTGGTCTCTAGCTAGCC-TGCCTCTACCAAGGCAGACTTCTCATCTTAAAAACAACTAAAC--CTCGAATCTTCA---TGTGTTT-TACATTAGATCCCTTGTT-AGTTCTTTCTCATTGCCAC----------------------------------TCTACATAGC----------------------------------------GAGCCTGGGTATATAGCTATACTGGGTTTAATAATTA i mm10.chr3 I 115 I 34 s canFam3.chr15 53371947 507 + 64190966 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macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145353053 49 + 178775436 t-ggctcacatctataagttcagcattttgggaggctgaggcaggtggat i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102435153 49 + 135778131 t-ggctcacatctataagttcagcactttgggaggctgaggcaggtggat i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154373517 50 - 190850796 tgggctcatatctataatttcagcactatgggaggccaaggagagtgggt i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78039481 34 - 160039680 I e canFam3.chr15 53372554 82 + 64190966 I a score=316162.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 27744 103 + 164536 cgcttcagcctaggagtttgagaatagtctgggcaatgtagtgaaacccccatctctTTTACATCTATTTAATGATAGGATTTGGGATGTTACCTAGAATATG s panTro4.chr4 158962550 103 + 193495092 cgcttcagcctaggagtttgagactagtctgggcagtgtagtgaaacccccatctctTTTACATCTATTTAATGATAGGATTTGGTATGTTACCTAGAATATG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161735912 103 + 198332218 cacttcagcctaggagtttgaaaatagtctgggcaacgtagtgaaacccccatctctTTTATATCTATTTAATGATAGGATTTGGGATGTTACCTAGAATATG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79779762 103 + 115148730 cgcttcagcctaggagtttgagaatagtctgggcaatgtagtaaaacccccatctctTATACATCTATTTAACGATAGGATTTGGGATGTTACCTAGAATATG i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149589405 103 + 184069350 cacttcagcctaggagtttgagaatagtctgggcaatgcagtgaaaccccCATCTGTTTTACATCTATTTAATGATAGGATTTGGGATGTTACCTAGAATATG i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155140574 103 + 189454096 cacttcagcctaggagtttgagaatagtctgggcaatgcagtgaaaccccCATCTGTTTTACATCTATTTAATGATAGGATTTGGGATGTTACCTAGAATATG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145353102 103 + 178775436 cacttcagcctaggagtttgagaatagtctgggcaatgtagtgaaacccccatctctttTACATCTATTTAATGATAGGATTTGGGATGTTACCTAGAATATG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102435202 103 + 135778131 cacttcagcctaggagtttgagaatagtctgggcaatgtagtgatacccccatctctTTTACATTTATTTAATGATAGGATTTGGGATGTTACCTAGAATATG i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154373567 102 - 190850796 tgattgagcccaggagtttgagaacagtctgggcaatgtagtgaaa-ccccacctctTTTACATCTATCTAATGACAGGATTTGGAATGTTACCTAGAATACA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s mm10.chr3 78039515 71 - 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s panTro4.chr4 158962653 888 + 193495092 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161736015 883 + 198332218 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i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79779865 882 + 115148730 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actctgtgtgggggctccaatcctacatttccctcctgcactgccctagcagaggttctccatgagggacctgcccctgtagcactcttctgcctgaacatccaggtgtttccatacatcatctgaaatctaggtgaaggttcccaaatctaaattcttgacttctgtgcacctacaggctcaacaccacatggaagcttccaagg-ctttgggcttgcaccctctgaagccatggcctgagttgtaccttggcccctttttgccatggctggaacagctgggaaacaggataccaagatcctaggctgcacatagcagggggaccctggtcctggaccacagaaccatttttttctcctaggcctctgggcctgtgatgggaggggctgccat-aaaggtctctgacatgtcctgaaga i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79784790 418 + 115148730 attctgtgtgggggctctaaccccacatttccctcctgcactgccctagcagaggttctccatgagggccctgcccctgtagcactcttctgcctgaacatccaggtgtttccatacatcatctgaaatctaggtgaaggttcctaaatctaaattcttgacttctgtgcacctacaggctcaacaccacatggaagctgccaagg-ctttgggcttgcaccttctgaagccatggcctgagttgtaccttggccccttttagccatggctggaacagctgggaaacaggacaccaagatcctaggctgcacctagcagggggaccctggtcctggcccacaaaaccatttttttctcctaagcctctgggcctatgatgggaggggctgccat-aaaggtctctgacatgtcctgaaga i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149594666 416 + 184069350 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actctatgtgggggctccaactccacatttccctcctgcactgtcctagcagaggttctccat--gggccctgcccctgcagcaaacttctacctgaacatccagatgtttccatatatcatctgaaatctaggtgaagggtcccaaatctcaattcttgacttctgtgcacctacaggctcaacaccacatggaagctgccaagg-ctttgggcttgcaccctctgaaaccatggTCTGagttgtaccttggccccttttagccatggctggaacaGCTGAGAAACAGGGCACTAAGATcctaggctgcacatagcagGGGGACCCTGGTCCTggtccacaaaaccatttttttctcctaggcctctgggcctgtgatgggaggggctgccat-aaaggtctctgacatgtcctaaaga i papAnu2.chr5 I 18 C 0 s chlSab2.chr7 102440235 416 + 135778131 actctatgtgggggctccaactccacatttccctcctgtactgtcctagcagaggttctccat--gggccctgcccctgcagcaaacttctgcctgaacatccagatgtttccatatatcatctgaaatctaggtgaagcgtcccaaatctcaattcttgacttctgtgcacctataggctcaacaccacatggaagccgccaagg-ctttgggcttgcaccctctgaaaccatggtctgagttgtaccttggccccttttagccatggctggaacagctgggaaacagggcaccaagatcctaggctgcacatagcagggggaccctggtcctggtccacaaaaccatttttttctcctaggcctctgggcctgtgatgggaggggctgccat-aaaggtctctgacatgtcctaaaga i chlSab2.chr7 I 25 C 0 s calJac3.chr3 154378814 400 - 190850796 actctgtgtgggggctccaaccccacattttccttctgcaatgctgtagcagaagttctccatgatggccctgcccctgcagcaaacttcttcctggacatccagacgtttccatacattctctgaaatctaggcagagattcccaaatctcaattcttgacatctgtgcacct-caggctcaa---cacgtagaagctgccaaggatttttgaattgcaccctctgaagccgtgacctgagctgtgccttggccccttttagccatggttgaaacaactgggacacaggacaccaagaccctaggctgcacatagcaggggtatcctggtcccagcccacaaaactttttttttctcctaggcttctgggcctgtgatgggagggactgacat----------------gttctgaata i calJac3.chr3 I 7 C 0 e mm10.chr3 78043596 0 - 160039680 C e canFam3.chr15 53376934 593 + 64190966 I a score=635506.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 33200 200 + 164536 cattttccccactatcttgctgattaacaAATAATAAGGGGAAAGCAAGCTTCTTCTTA-AACTTATTTACTCAAATTTGTTCCTCTCTTCTATGATATTTAAAAACAGTAAATGTATTTGCTCTTTCTCACACAAATC--TGGTA----ACTCCTCATCTCTCTTTTACTTTAAAATTAGCTTTTAAACAC----TTTTCTCCTTCTGTC s panTro4.chr4 158968000 200 + 193495092 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cattttccccactgtcttggtgattaacaAATAATAATAAGAAAGAAAGCTTCTTCTTA-AACTTATTTGCTCAAATTTATTCCTCTCTTCTATGATATTTAAAAACAATAAATGTATCTGCTCTTTCTCACACAAATC--CAGTA----ACTCCTCATCTCTCTTTTACTTTAAAATGAGCATTTAAACAC----TTTTCTCCTTCTCTA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155146003 200 + 189454096 cattttccccactgtcttggtgattaacaAATAATAATAAGAAAGAAAGCTTCTTCTTA-AACTTATTTGCTCAAATTTATTCCTCTCTTCTATGATATTTAAAAACAATAAATGTATCTGCTCTTTCTCACACAAATC--CAGTA----ACTCCTCATCTCTCTTTTACTTTAAAATGAGCATTTAAACAC----TTTTCTCCTTCTCTA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145358649 200 + 178775436 cattttccccactgtcttggtgattaacaaataataaaaggaaagaaagcttcTTCTTA-AACTTATTTGCTCAAATTTATTCCTCTCTTctatgatatttaaaaacaataaatgtatCTGCACTTTCTCACACAAATC--CAGTA----ACTCCTCATCtctcttttactttaaaatgagcatttaaacac----ttttctccttctcta i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102440651 199 + 135778131 cattttccccactgtcttggtgattaacaAATAATAAAAGGAAAGAAAGCTTCTTCTTA-AACTTATTTGCTCAAATTTATTCCTCTCTTCTATGATA-TTAAAAACAATAAATGTATCTGCTCTTTCTCCCACAAATC--CAGTA----ACTCATCATCTCTCTTTTACTTTAAAATGAGCATTTAAACAC----TTTTCTCCTTCTCTA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154379214 193 - 190850796 tattttccccattgtcttggtgattaacaAATAATAAAATGAAAGAAAGCTTCTTCTTA-ATTTTATTTCCTCAAATTTGTCCCTATCTTCtataata-ttaaaaaaaat-----tatttGCTCTTTCTCACACAAA-C--CAGTA----ACTCCTCATCTCTATATTACTTTAAAATGAACTTTTAAACAC----CTTTCTCCTTTTCTC i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53377527 205 + 64190966 CAATTTCTTCCCTATTTT--TACTTAACAAAAAAGAAAAGAAAAGCA----TTTTCTTATTTCGTGTTTGCTCAAACTTCTCTGTCTTTTCTGGGACATTTAAAAATGATGAAAGTATTTGCTCCTGCTTGCACTCATCATCAGTGCATTGATCCTCACCTCTCTTCCGCTTTAAGATGAACTTTTCAAGGCTGCTTTCTTTTCTCCTCTC i canFam3.chr15 I 593 C 0 e mm10.chr3 78043596 0 - 160039680 C a score=1065655.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 33400 338 + 164536 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9 s papAnu2.chr5 145360341 272 + 178775436 gtaatccgagcactttgggaggccaaagtgggcagataacgtgaggtcaggagtttgagaccagcctggccaacatggggaaaccctgtctctactaaaaatacaaaaattagctgggccttgtggtgcacacctgtaatcctggctattcgggaggctgaggcacgagaatcacttgaacccaggaggcagaggttatagtgagctggaatcagaccactgcactccagtctaagtgacagagcaagattctggctcaaaaaaa-------aaaaaaa i papAnu2.chr5 C 0 I 9 s chlSab2.chr7 102442350 266 + 135778131 gtaatccgagcactttgggaggccaaagtgggcagataacgtgaggtcaggagtttgagaccagcctggccaacatggggaaaccctgtctctaccaaaaatacaaaaattagctgggccttgtggtgcgcacctgtaatcccagctattcgagaggctgaggcatgagtatcacttgaacccaggaggcagaggttatagtgagctggaatcagaccactgcactccagtctaagtgacagagcaagattctgcctc------a-------aaaaaaa i chlSab2.chr7 C 0 I 25 s calJac3.chr3 154381141 266 - 190850796 Ataatcccagaactttgggaggccaaggttggcagatcacttgaggtcaggagtttaagaccagcctggccaacatggggaaaccctgtttctactaaaaatgcaaaaactagctgagtcttgcggtataaacctgtaatcctagctactcaggaggctgaggcatgagaatcacctgaacccaggaggtggaggttatattgagggggaatcaggccactgtactccagcctgggtgacagagcaggattctgccta------a-------aaaaaaa i calJac3.chr3 I 16 I 6 e mm10.chr3 78044435 3735 - 160039680 I e canFam3.chr15 53379253 337 + 64190966 I a score=-6814.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 35146 4 + 164536 TTTT- s panTro4.chr4 158969944 4 + 193495092 aTTT- i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161745564 1 + 198332218 ---t- i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149597054 1 + 184069350 a---- i rheMac3.chr5 I 9 C 0 s macFas5.chr5 155147973 1 + 189454096 a---- i macFas5.chr5 I 9 C 0 s papAnu2.chr5 145360622 1 + 178775436 a---- i papAnu2.chr5 I 9 C 0 s calJac3.chr3 154381413 4 - 190850796 -TTTT i calJac3.chr3 I 6 C 0 e mm10.chr3 78044435 3735 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102442616 25 + 135778131 I e canFam3.chr15 53379253 337 + 64190966 I e nomLeu3.chr7b 79787166 0 + 115148730 C a score=154410.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 35150 61 + 164536 TTCAAAAAAAGAAGTTTGTCC-TTTTTATTGCATATTATGATGAAAATTATTGTAATttttc s panTro4.chr4 158969948 61 + 193495092 TTCAAAAAAAGAAGTTTGTCC-TTTTTATTGCATATTATAATGAAAATTATTGTAATttttc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161745565 61 + 198332218 ttcaaaaaaagaaGTTTGTCC-TTTTTATTGCATATTATGATGGAAATTATTGTAATTTTTC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79787166 61 + 115148730 TTCATAAATAGAAGTTTGTCC-TTTTTATTGCATATTATGATGAAAATTATTATAATTTTTC i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149597055 62 + 184069350 ttcaaaaaaagaaGTTTGCCCTTTTTTATTACACATTATGATGaaaattattgtaattttta i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155147974 62 + 189454096 ttcaaaaaaagaaGTTTGCCCTTTTTTATTACACATTATGATGAAAATTATTGTAATTTTTA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145360623 62 + 178775436 ttcaaatacagaAGTTTGCCCttttttattacacattatgatgaaaattattgtaattttta i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102442641 62 + 135778131 TTCAAAAAAAGAAGTTTGCCCTTTTTTATTATGCATTATGATGAAAATTATTGTAATTTTAA i chlSab2.chr7 I 25 C 0 s calJac3.chr3 154381417 54 - 190850796 TTTAACA-------TTTGTCCTTTTTTATTACACATTATG-TGAAAATTATTGTAATTTTTC i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78044435 3735 - 160039680 I e canFam3.chr15 53379253 337 + 64190966 I a score=47835.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 35211 14 + 164536 aaacattttatttt s panTro4.chr4 158970009 14 + 193495092 aaacattttatttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161745626 14 + 198332218 AAACAttttatttt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79787227 14 + 115148730 AAACAttttatttt i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149597117 14 + 184069350 aaacattttatttt i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155148036 14 + 189454096 AAACATTTTATTTT i macFas5.chr5 C 0 I 303 s papAnu2.chr5 145360685 14 + 178775436 aaacattttatttt i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102442703 14 + 135778131 AAACAttttatttt i chlSab2.chr7 C 0 I 301 s calJac3.chr3 154381471 14 - 190850796 AAACAttttatttg i calJac3.chr3 C 0 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hg38.chr4_GL383527v1_alt 35232 8 + 164536 acaaactt s panTro4.chr4 158970030 8 + 193495092 gcaaactt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161745647 8 + 198332218 gcaaactt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79787248 8 + 115148730 gcaaactt i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149597138 8 + 184069350 GCAAACTT i rheMac3.chr5 C 0 I 307 s macFas5.chr5 155148360 8 + 189454096 Gcaaactt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145361010 8 + 178775436 gcaaactT i papAnu2.chr5 I 304 C 0 s chlSab2.chr7 102443025 8 + 135778131 gcaaactt i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154381492 8 - 190850796 gcaaactt i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53379620 8 + 64190966 Gcagactt i canFam3.chr15 C 0 C 0 e mm10.chr3 78044435 3735 - 160039680 I a score=345913.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 35240 113 + 164536 atggcaaagttacaaaaattgtacaaggaatacccacatatactttactttaattcaatgatttttaacattttcccacatttgctgtatcTTCATTATTAAATG-TATGAACT---------------------------------------------------------------------------------- s panTro4.chr4 158970038 113 + 193495092 atggcaaagttacaaaaattgtacaaggaatacccacatatactttactttaattcaatgatttttaacattttcccacatttgctgtatcTTCATTATTAAATG-TATGAACT---------------------------------------------------------------------------------- i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161745655 108 + 198332218 atggcaaagttacaataattgtacaagaaatacccacata-----tactttaattcaatgatttttaacattttcccacatttgcagtatcTTCATTATTAAATG-TATAAACC---------------------------------------------------------------------------------- i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79787256 112 + 115148730 acggcaaagttacaaaaattgtacaaggaatacccacatacactttac--taattcaatgatttttaacattttcccacatttgctgtatcttcattattaaatgttatgaacc---------------------------------------------------------------------------------- i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149597453 113 + 184069350 atggcaaagttacaaaaactatacaaggaatacccacatatactttactttaattcaatgatttttaatgttttcccacatttgatgtatcTTCATTATTAAATG-TATGAACC---------------------------------------------------------------------------------- i rheMac3.chr5 I 307 C 0 s macFas5.chr5 155148368 113 + 189454096 atggcaaagttacaaaaactatacaaggaatacccacatatactttactttaattcaatgatttttaatgttttcccacatttgatgtatcTTCATTATTAAATG-TATGAACC---------------------------------------------------------------------------------- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145361018 113 + 178775436 ATGGCAAAGTTACAAAAACTATACAAGGAATACCCACATATACTTTACTTTAATTCAATGATTTTTCATGTTTTCCCACATTTGATGTATCTTCATTATTAAATG-TATGAACC---------------------------------------------------------------------------------- i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102443033 113 + 135778131 acggcaaagttacaaaaactatacaaggaatacccacatatactttactttaattcaatgatttttaacgttttcccacatttgatgtatcTTCATTATTAAATG-TATGAACC---------------------------------------------------------------------------------- i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154381500 113 - 190850796 gtggtaaagttgcaaaagttgtacatggaatattcacatacatttctctttaattcaataacttttaacattttcccatatttgctgtatcTTCATTATTAAATG-TATGAACC---------------------------------------------------------------------------------- i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53379628 190 + 64190966 -----aaagttaaaagaattgtgcaatgaatatctaaatattttttactataactcactaattataaacattttcccatatttgctttatcTTCACTTCTAAATG-TATCATCCTTTTAtctctctctctctctctctctctctctctctctctTtttttttaagagagagagagcacacacaggtagagggagct i canFam3.chr15 C 0 I 140 e mm10.chr3 78044435 3735 - 160039680 I a score=852933.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 35353 274 + 164536 TCCCATCTCTTAA-------------------GCaggatatcctcctgcataaatacaatatagtgatctcatttagaaaacttaacttttatacagcact-ttatgtaatatgcaattcatattcaaattttcaaaattcttcctcaaattaa---------atttatgatgtttaattttcctaatccagaacacaatcaagaatcacagctgacatttagtttgcatgtcta-ttagtct--cccttaatccagaaaatttccctagacattaattaa-tttttttatttttttgtcttatcat s panTro4.chr4 158970151 273 + 193495092 TCCCATCTCTTAA-------------------GCaggatatcctcctgcacaaatacaatatagtgatctcatttagaaaacttaacttttatacagcact-ttatgtaatatgcaattcatattcaaattttccaaattcttcctcaaattaa---------atttatgatgtttaattttcctaatccagaacacaatcaagaatcacagctgacatttagtttgcatgtcta-ttagtct--cctttaatccagaaaatttccctagacattaattaa--ttttttatttatttgtcttatcat i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161745763 270 + 198332218 TCCCatttcttaa-------------------gcaggatatactcctgcataaatacaatatagtgatctcatttagaaaatttaacttttatacagcact-ttatttaatatgcaattcatattcaaaatttccaaattcttcctcaaattaa---------atttatgatgtttaattttcctaatccagaacccaatcaagaatctcagctgacatttagtttgcatgtcta-ttagtct--cct----tccagaaaagttccctagacattgattaa-tttttttatttttttgtcttgtcat i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79787368 275 + 115148730 tcccatctcttaa-------------------gcaggatatcctcctgcataaatacaatatagtgatctcatttagaaaatttaacttttatacagcact-ttatttaatatgcaattcatattcaaattttccaaattattcctcaaattaa---------atttatgatgtttaattttcctaatccagaacccaatcaagaatcacagctgacatttagtttgcatgtcta-ttagtct--cctttaatccagaatagttccctacacattaattaattttttttatttttttgtcttgtcat i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149597566 275 + 184069350 TCCTATCTCTTCA-------------------GCaggatatcctactgcataaatacaatacagtgatctcacttagaaaatttaacttttatacagcact-ttatttaatgtgcaactcatattcaaattttccaaattcttcctcaaattaa---------atttatgatgtttaattttcctaatccagaacccaatcaagaatcatagctgacatttagtttacatgtctacttaggct--cctttaagccagaaaagttccctagacattaattaa-tttttttatttttttgtcttgtcat i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155148481 275 + 189454096 TCCTATCTCTTCA-------------------GCaggatatcctactgcataaatacaatacagtgatctcacttagaaaatttaacttttatacagcact-ttatttaatgtgcaactcatattcaaattttccaaattcttcctcaaattaa---------atttatgatgtttaattttcctaatccagaacccaatcaagaatcatagctgacatttagtttacatgtctacttaggct--cctttaagccagaaaagttccctagacattaattaa-tttttttatttttttgtcttgtcat i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145361131 275 + 178775436 TCCTATCTCTTCA-------------------GCAGGATATCCTACTGCATAAATACAATACAGTGATCTCACTtagaaaatttaacttttatacaGCACT-TTATTTAACGTGCAACTCAtattcaaattttccaaattcttCCTCAAATTAA---------ATTTATGATGTTTAATTTTCCTAATCCAGAACCCAATCAAGAATCATAGCTGACATTTAGTTTACATGTCTATTTAGGCT--CCTTTAATCCAGAAAAGTTCCCTAGaccttaattaa-tttttttatttttttgtcttgtcAT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102443146 267 + 135778131 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i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154387753 1314 - 190850796 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papAnu2.chr5 145369115 903 + 178775436 I e macFas5.chr5 155151790 6751 + 189454096 I e nomLeu3.chr7b 79795752 128 + 115148730 I e ponAbe2.chr4 161754185 128 + 198332218 I a score=2100.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 44134 1 + 164536 g s panTro4.chr4 158978906 1 + 193495092 g i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161754313 1 + 198332218 g i ponAbe2.chr4 I 128 C 0 s nomLeu3.chr7b 79795880 1 + 115148730 g i nomLeu3.chr7b I 128 C 0 s macFas5.chr5 155158541 1 + 189454096 g i macFas5.chr5 I 6751 C 0 s papAnu2.chr5 145370018 1 + 178775436 g i papAnu2.chr5 I 903 C 0 s chlSab2.chr7 102451636 1 + 135778131 g i chlSab2.chr7 I 130 C 0 e mm10.chr3 78044435 3735 - 160039680 I e rheMac3.chr5 149600866 7252 + 184069350 I e canFam3.chr15 53380855 16 + 64190966 I e calJac3.chr3 154389067 3335 - 190850796 I a score=1817709.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 44135 769 + 164536 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ttctgagactgcacaaagcagcaaggccctgggcctgtcccatgaagccatttattcctcctagatctccctaattgtgatgggagaggctgccgtgaagacctctgacataccatggagccatttttcccattatcttggcaattaacacttgactcctcgttacttatgtaaatgtctgcagcccacttgaatttctcctcagaaaatgggtttttcttttctatggcaccatcaggctgcaaattttctgaacttgtatgctctgcttcccctttaaacataagttccaagtccaaaccatattgttatgaatacataaaactgaatacttttaataggacccaaatcacctcttgaacgctttgctccttagaaatatttcttccaccagatgccataaatcatctctctcaggttaaaatttccacagatctctagggcaggtaacttctctcaatgccaccaatctctttgctaaaacatagcaagggtcacccttgctccagtttccaacaagatcctcatgcccatctgcgaccacttcatcctggaccttattgtccatatcactatcagcattttggtcaaagcaatttaacaattctctagaatgttcaaaattttcccacatcttcctgtcttcttctgacccctccaaactgttccaatctctgcctgttaaacagttccaaagttgcttccaca-ttttgggtatctttaccacagca-cccactttaccagtaccaatttactgtattagtctgttctcacactgttaataa i calJac3.chr3 I 3335 C 0 e mm10.chr3 78044435 3735 - 160039680 I e rheMac3.chr5 149600866 7252 + 184069350 I e canFam3.chr15 53380855 16 + 64190966 I a score=1022766.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 44904 338 + 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tgacatacttgagactaggtaatttacaagggaaagaggtttaatggactcacagttccacatggctggcgaggccttacagtcatggaagaaggtgaatgaggaacaaagtcccgtcttacatgggagcaggcaagaggaggtgtgcaagggaactccccttgataaaaccatcagatctcatgatgcttactcactgtcatgagaacagcatgggaaaggcctgtccgcatgatttg--tacctcttaccagctccctcccacaacatgtgggaatcacaggagctacaattcaagatgagatttgggtggggatcaagcaaaaccacatcaCTAATTTTCC i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78044435 3735 - 160039680 I e canFam3.chr15 53380855 16 + 64190966 I a score=8269.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 45242 4 + 164536 -ACAA s panTro4.chr4 158980014 4 + 193495092 -ACAA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161755425 4 + 198332218 -ACAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79796990 4 + 115148730 -ACAA i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149608460 4 + 184069350 -ACAA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155159653 4 + 189454096 -ACAA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145371129 4 + 178775436 -ACAA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102452743 4 + 135778131 -ACAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s 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ttt----tttgtttgttttgttttgttttgagacagagtctcactctattgccaggctggagtgcagtggcacgatctcggctcactgcaacctctgcctcctgggttcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggaatacaggtgcacgccaccacacccagctaatttttgtatttttagtagagacggggtttcaccgtgttggccaggatggtctcgatctcttgacctcgtgatctgcccgcctcaacctcccaaagtgctgggattcaggcgtgagccactgtgcctggccaagatttttataaatataattatttaaggatctcaagaccctggacttaaggtggttcttaaatccgaataactggtgtcttcataagagaccaaaaaagagaagacaa-tttggacacagaaaagtgcagaaaggaaagctgtgtgaagatggaggtgaagcagaggtgaagttaatgctgctgtatgctcaggaaggctaaaagctaccagaagctggaaagggcaatgaacaTaatgatcagctgtgtcaaatgctgctgatgggtcaagcacaatgaggtctgaatattgatcatcgatttcagcaatgtggcagt i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149610245 627 + 184069350 ttttttgtatgtttgttttggtttgttttgagacagagtctcactctactgccaggctggaatgcagcagcacgatcttggctcattgcaacctccacctcccagattcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggtgcatgccaccacactcagctaatttttgtatttttaggagagacgggatttcaccgtgttggccaggatggtcttgatctcttgacctcgtgatccacccgcctcggcctcccaaagtgctgggattcaggcgtgagccaccgggcccagccaagatttttataaatataagtatttaaggagttcaagaccctggacttaaggtggttcctaaatccaaataactggtgtcttcataagagaccaaaaaagagaggaagattttggacacagaaatgtacagaaaggaaagccgtgtgaagatggaggtgaagcagaggtgaagttaatgcttccacatgctcaggaaggctaaaagctaccagaagctggaaagggcaatgaacatattgatcagctgtgtcaaatgctgctgaggggtcaagcacaatgaggcctgaaaattgaccactgatttcagcaatgtggcagt i rheMac3.chr5 C 0 I 2182 s macFas5.chr5 155161422 627 + 189454096 ttttttgtttgtttgttttggtttgttttgagacagagtctcactctactgccaggctggaatgcagcagcacgatcttggctcattgcaacctccacctcccagattcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggtgcacgccaccacacccagctaatttttgtatttttaggagagacggggtttcaccgtgttggccaggatggtcttgatctcttgacctcgtgatccacccgcctcggcctcccaaagtgctgggattcaggcgtgagccaccgggcccagccaagatttttataaatataagtatttaaggagttcaagaccctggacttaaggtggttcctaaatccaaataactggtgtcttcataagagaccaaaaaagagaggaagattttggacacagaaatgtacagaaaggaaagccgtgtgaagatggaggtgaagcagaggtgaagttaatgcttccacatgctcaggaaggctaaaagctaccagaagctggaaagggcaatgaacatattgatcagctgtgtcaaatgctgctgaggggtcaagcacaatgaggcctgaaaattgaccactgatttcagcaatgtggcagt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145372902 626 + 178775436 ttttttgtttgtttgttttggtttgttttgagacagagtctcactctactgccaggctggaatgcagcggcacgatctttgctcattgcaacctccacctcccagattcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggtgcatgccaccacactcagctaatttttgtatttttaggagagacgggatttcaccgtgttggccaggatgatcttgatctcttgacctcgtgatccacctgcctcggcctcccaaagtgctgggattcaggtgtgagccactgggcccagccaagatttttataaatataagtatttaaggagttcaagaccctggACTTAAGGTGGTTCCTAAATCCAAATAACTGGTGTCTTCATAAGAgaccaaaaaagagaagaaga-tttAGACACGGAAACGTACAGAAAGGAAAGCTGTATGAAGATGGAGGTGAAGCAAAGGTGAAGTTAATGCTGCCGCATGCTCAGGAAGGCTAAaagctaccagaagctggaaagggcaATGAACATATTGATCAGctgtgtcaaatgctgctgaggGGTCAAGCACAATGCGGCCTGAAAATTGACCACTGATTTCAGCAATGTGGCAGT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102454510 624 + 135778131 ttttttgtttgtttgttttggtttgttttgagac--agtctcactctactgccaggctggaatacagcgacacgatcttggctcattgcaacctccacctcccggattcaagcaattctcctgcctcagcctcctgagtagctgggactacaggtgcacgccaccacacccagctaatttttgtatttttaggagagacagggtttcaccatgttggccaggatggtcttgatctcttgacctcgtgatccgcctgcctcggcctcccaaagtgctgggattcaggcgtgagccaccgtgcccggccaagatttttataaatataagtatttaagaagctcaagaccctggacttaaggtggttcctaaatccaaataactggtgtcttcataagagaccaaaaaagagaagaaga-tttagacacggaaacgtacagaaaggaaagctgtatgaagatggaggtgaagcagaggtgaagttaatgcttccacatgctcaggaaggctaaaagctaccagAAGCTGGAAAGGGTAATTAACATATtgatcagctgtgtcaaatgctgctgaggggtcaagcacaatgaggcctgaatattgACCATTGATTTTAGCAATGTGGCAGT i chlSab2.chr7 C 0 I 2183 e mm10.chr3 78049367 5254 - 160039680 I e canFam3.chr15 53382235 3043 + 64190966 I e calJac3.chr3 154395090 3454 - 190850796 I a score=1808.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 47634 2 + 164536 GT s panTro4.chr4 158982401 2 + 193495092 gt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161757818 2 + 198332218 gt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 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tagaaaagtggtggaagcaaataacaaataacaaaccactgtct----------------taagcaaaacaataaaatggtgccgacacggaaaatgtaaccaataaaagttttttcataaattagagacataataccatttttataaatttataaatgcgtaagtataaatgccctaaaaagtaaatatgtgggaggaagaaggcctatttgtcagagcacaattcttgaggagttcgatgaatcatgatttaacacccaaatagagagtttgcaatagatagttcatttgtgatatgaaca i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161757820 296 + 198332218 tagaaaagtggtagaag-------caaataacagaccactgtcttgaggagttttactactaagcaaaacagtaaaacggtgctgacacggaaaatgtaaccaataaatgttttttcataaattagagacataataccatatttataaatttataaattcataagtataaatgccctaaaaagtaaatatgtgggaggaagagggcctatttgtcagagcacaattcttgaggagttcgatgaatcatgatttaatgcccaaatagagagtttgcaatagatagTTCATTTGTGATATGAACA i ponAbe2.chr4 C 0 M 411 s nomLeu3.chr7b 79799488 296 + 115148730 tagaaaagtggtagaag-------caaataacagaccactgtcttgaggagttttactactaagcaaaacaataaaatggtgctgacatggaaaatgtaaccaataaaagttttttcataaattagagacataataccatacttataaatttataaattcataagtataaatgccctaaaaagtaaatatgtgggaggaagagggcctatttgtcagagcacaattcttgaggagttcgatgaatcatgatttaacacccaaatagagagtttgcaatagatagttcatttgtgatatgaaca i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 e mm10.chr3 78049367 5254 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102455134 2183 + 135778131 I e rheMac3.chr5 149610872 2182 + 184069350 I e canFam3.chr15 53382235 3043 + 64190966 I e calJac3.chr3 154395090 3454 - 190850796 I e papAnu2.chr5 145373530 2140 + 178775436 I e macFas5.chr5 155162051 2445 + 189454096 I a score=53919.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 47932 200 + 164536 taggaattcagattatatgggaatacatactaggaggctatagatatcaaaatggtaatattcctctgattatttgaaatttcttagtgaaaaagatatcagagtaatcagctgaaagtagaaatagaggtttgagagagaggctaaggtgtgaaaattgataaaatcaatggtctagtaggccagccacagtggctcac s panTro4.chr4 158982690 200 + 193495092 taggaattcagattatatgggaatacatactaggaggctatagatatcaaaatggtaatattcctctgattatttgaaatttcttagtgaaaaagatatcagagtaatcaactgaaagtagaaatagaggtttgagagagaggctaaggtgtgaaaatggataaaatcaatggtctagtaggccaggcacagtggctcac i panTro4.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79799784 200 + 115148730 taggaattcagattatatgggaatacatactaggaggctatagatatcaaaatggtaatattcctctgattatttgagatttcttagtgaaaaagatatcaaagtaatcaactgaaagtagaaatagagttttgagagagaagctaaggtgtgaaaattgataaaatcaatggtctagtaggccaggcgcagtggctcac i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 e mm10.chr3 78049367 5254 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102455134 2183 + 135778131 I e rheMac3.chr5 149610872 2182 + 184069350 I e canFam3.chr15 53382235 3043 + 64190966 I e calJac3.chr3 154395090 3454 - 190850796 I e papAnu2.chr5 145373530 2140 + 178775436 I e macFas5.chr5 155162051 2445 + 189454096 I e ponAbe2.chr4 161758116 411 + 198332218 M a score=725254.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 48132 1407 + 164536 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s panTro4.chr4 158982890 1400 + 193495092 acctgtaatcccaacagtttgggaggacaaggcaggtgggtcacttgaggccaggagtttgagatcagcctggccaacatggcaaaaccccacctctaataaaaatacaaaaattatccacatgtggaggcatgcacctgtagttgcagctactcaggatgctgaggcacaagaatcacctgaacttgggaggcagagattgcagtgacccgtgattgtgccactgtactccagactgtgtgacagagagagatgtgatgctgtctcaaaacaaacacaaaaacaaaaacaaaagaatgatctcaaaatgtatcacatgatgtcctagcaatgtggagagtccacttgacattcatggttatgattttaatctgaatctagtaaatttggttttgagtttttgtttatttgttttttctccagccgcattcagttgccagagagcaggcaccaagtcactggagagtgcaatttatccaggatagaattttggctctagaagtgtgaccaagtgagagagaataagggaactgagagtaaatggcaaggagtgactgaaatcactaatcattaatcgccatgtgcaacaaggtgagagtggggcaagcacactcaaggggtgaaggacagagaaacgttagttagttcagtgcatcagagatcccagaaagattgctgaggtcaggacggtagaacaagtaagctgtaaacagaaaggtggtgggcaaaaaatggtatgcagggagttaaaattataaagagtgacagttatttgttgtagaaaagtccaggatGGAgccatccaatagaaatatagttcgagacacatatataattttggattttcc------tgtaaaaatgtagaaagaaataagcaaaattTAA--------ttttatttttttgggacggagtcttactttatagcccaggctggggtacagtggtgtgatctcggctcactgcccaggctggggtgcagtggtacaatctcggctcactgcaacctccacctcccttgttcaagcgtttctcttgcctcggcctcccaagtagccgggactacagatgtgcactaccatgcccagctaatttttgtatttttaatcaagttggggtgtcactatgttggccaggttgatctcacaatcgtgacgtcaggtgatccgcctgcctctgcctcccgaagtgctaggattac-aggtgtgagccaccacgcctggccTTAAAATTTAATTTTAAGAATAGATTtcatttgaccgaacaatcaacataagaattgttcaggagctattttccatgtgttttagtgcttactgtttgaaatctggtgtatattttacactcacatctcgatttgaacctgccacatttcatgtgctcaatagccacctgtggctggtggctaTGG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161758527 1398 + 198332218 Acctgtaatcccaacagtttgggaggccaaggcaggtgggtcacttgaggccaggagtttgagatcagcctggccaacatggcaaaaccccacctctaataaaaatacaaaaattatccacatgtggtggcatgcacctgtagttgcagctactcaggatgttgaggcacaagaatcgcttgaacttgggaggcagagattgcagtgacccgtgattgtgccactgtactccagactgtgtgacagagaccgatgtgatgctgtctcaaaa-aaaaaaaaaaacgaaaacaaaagaaTGATCTCAaaatgtatcacgtgatgtcctagcaatgtggagagtccacttgacattcatggttatgattttaaactgaatctagtaaatttggttttcagtttttgtttatttttttttcctccagccacattcagttgccagagagcaggcaccaagtcactggagagtgcaatttatccaggatagaattttggctctagaagggtgaccaagtgagagagaacaagggaactgagagtaaattgcgaggagtgactgaaatcactaatcattaatcgccacgtgcaacaaggtgagagtggggcaagcacactcaaggggtgaaggacagagaaacgttagttagttcagtgcatcagagatcccagaaagattgctgaggtcaggctggtaaaacaaacaagctgtaaacagaaaggtggtgggcagaaaatggtatgcaggaagttaaaattatgaagagtgacagttatttgttgtagaaaagtccaggCTGGAgccatccaatagaaatatagttcgaggcacatatataattttggattttcc------tgtaaaaatgtagaaagaaataagcaaaattTAA--------ttttttttttttgagacagagtcttactctgtag-ccaggctgaggtacagtggtgcaatctcagctcactgcccaggctggggtgcagtgataaaatctcagctcactgcaacctccacctcccttgttcaagcgtttctcttgcctcagcctcccaagtagctgggactacatatgtgcaccaccatgcctggctaatttttgtatttttaatcgagttggggtgtcactatgttggccaggttgatctcacaatcctgacgtcaggtgatccacctgcctctgcctcccaaagtgctaggattac-aggtgtgagccaccacgcctggccTTAAAATTTAATTTTAAGAATAGATTtcatttgaccaaacgatcaacataagaattgttcaggagctattttccatctgttttagtgcttacagtttgaaatctggtgtatattttacactcacatctcgatttgaacctgccacagttcatgtgctcaatagccacctgtggctggtggctaTGG i ponAbe2.chr4 M 411 C 0 s nomLeu3.chr7b 79799984 1405 + 115148730 acctgttatcccaacagtttgggaggccaaggcaggtgggtcacttgaggccaggagtttgagatcagcctggccagcatggcaaaaccccacctctaataaaagtacaaaaattatccacatgtggtggcatgcacctgtagttccagctactcaggatgctgaggcacaagaatcgcatgaacttgggaggcacagattgcagtgacctgtgattgtgccgctgtactccagactgtgtgacagagagagatgtgatgctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa-------aaagattatcacgtgatgtcctagcaatgtggagagtccacttttcattcatggttatgattttaaactgaatctagtaaatttggctttgagtttttgtttatttgttttttctccagccacattcagttgccagagagcaggcaccaagtcactggagagtgcaatttacccaggatagaattttggctctagaagtgtgaccaagtgagagagaacaagggaactgagagtaaatggcaaggagtgactgaaatcactaatcattaatcaccaaatgcaacaaggtgagagtggggcaagcacactcaaagggtgaaggacagagaaacgttagttagttcagtgcatcagagatcccagaaagattgctgaggtcaggatggtaaaacaagtaagctgtaaacagaaaggtggtgggcagagaatggtttgcaggaagttaaaattatgaagagtgacagttatttgttgtagaaaagtccaggCTagagccatccaatagaaatatagtttgaggcacatatataattttggattttcctgtagatgtaaaaatgtagaaagaaataagtaaaattTAA---ttttcttttttttttttgagatggagccttactctgtagcccaggctggggcacagaggtgcgatctcggctcactgcccaggctggggtgcagtggtacaatctcggctcactgcaacctccacctcccttgttcaagctattctcttgcctcagcctcccaagtaactgggactacagatgtgcaccaccatgcccggctaatttttgtatttttaataaagatggggtgtcactatgttggccaggttgatctcacaatcctgacgtcaggtgatctgcctgcctctgcctcccaaagtgctaggattacaaggtgtgagccacaacgcccggccTTAAAATTTAATTTTAAGAATAGATTtcatttgagcaaacaatcgacataagaattgttcaggagctattttccatccgttttagtgcttactctttgaaatctggtgtatgttttacactcacatctcgatttgaacctgccacatttcatgtgctcaatagccacctgtggctggtggctaTGG i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 e mm10.chr3 78049367 5254 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102455134 2183 + 135778131 I e rheMac3.chr5 149610872 2182 + 184069350 I e canFam3.chr15 53382235 3043 + 64190966 I e calJac3.chr3 154395090 3454 - 190850796 I e papAnu2.chr5 145373530 2140 + 178775436 I e macFas5.chr5 155162051 2445 + 189454096 I a score=7550.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 49539 9 + 164536 CAAAAATTC s panTro4.chr4 158984290 9 + 193495092 CAAAAATTC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161759925 9 + 198332218 CAAAAATTC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79801389 9 + 115148730 CAAAAATTC i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s canFam3.chr15 53385278 9 + 64190966 CAAAAATGC i canFam3.chr15 I 3043 C 0 e mm10.chr3 78049367 5254 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102455134 2183 + 135778131 I e rheMac3.chr5 149610872 2182 + 184069350 I e calJac3.chr3 154395090 3454 - 190850796 I e papAnu2.chr5 145373530 2140 + 178775436 I e macFas5.chr5 155162051 2445 + 189454096 I a score=161104.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 49548 170 + 164536 TGAGACCAGTTCTTTCCTTGAGAACTTTTAACTTGATATAACCTCTCTCCTAAAG-AAAGCATTAGGTACTTTAAAGAATTCCTAAGTGAATGAGGTTGT-----TTTCTGTCTGCAT-----------------TTGTAAATATCTAGTCAGATAACGATTGCAAAGGACAACTGAAGTAACCAAATAGTTA s panTro4.chr4 158984299 170 + 193495092 TGAGACCAGTTCTTTCCTTGAGAACTTTTAACTTGATATAACCTCTCTCCTAAAG-AAAGCATTAGGTAGTTTAAAGAATTGCTAAGTGAATGAGGTTGT-----TTTCTGTGTGCAT-----------------TTGTAAATATCTAGTCAGATAACGATTGCAAAGGACAACTGAAGTAACCAAATAGTTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161759934 170 + 198332218 TGAGACCAGTTCTTTCCTTGAGATCTTTTAACTTGATATAACCTCTCTCCTAAAG-AAAGCATGAGGTACTTTAAAGAATTGCTAAGTGAATGAGGTTGT-----TTTCTGTGTGCAT-----------------TTTTAAATATCTAGTCAGATAACGATTGCAAAGGACAACTGAAGTAACCAAATAGTTA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79801398 170 + 115148730 TGAGACCAGTTCTTTCCTTGAGATCTTTTAACTTGATATAACCTCTCTCCTAAAG-AAAGCATTAGGTACTTTGAAGAATTGCTATGTGAACGAGGTTGT-----TTTCTGTGTGCAT-----------------TTTTAAATATCTAGTCAGATAACGATTGCAAAGGACAACTGAAGTAACCAAATAGTTA i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s calJac3.chr3 154398544 170 - 190850796 TAAGACCAGTTCTCTACTTGAGATCTTTTAACTTGATATAACCTGGCCTCTAAAG-AAAACACTAGGTATTTTAAAAAATGGCTGGGTGAATGAGGTTGT-----TTTCTGTGTGTGT-----------------TTTTAAATATTTAGTCAGATAATGATTACAAAGGACAAATGAAGCAACGAAATAGTCA i calJac3.chr3 I 3454 C 0 s canFam3.chr15 53385287 181 + 64190966 -------TATTCTTCCCCTGCGGTCTTTATATTTGATATACCCTTTCTCCTGCAGAAAAAAACGGGGTTTTCAAAAGAATTGCTAAGT----AAGATtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtacgtgcgtgtgtgtTAAATAGCCAGTTAGATAAAAA-TACAAAGAACAACCAAAGTGATCAAGCAGTCA i canFam3.chr15 C 0 I 523 e mm10.chr3 78049367 5254 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102455134 2183 + 135778131 I e rheMac3.chr5 149610872 2182 + 184069350 I e papAnu2.chr5 145373530 2140 + 178775436 I e macFas5.chr5 155162051 2445 + 189454096 I a score=150351.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 49718 139 + 164536 ATAACAATTCTGGGTGTTTACAATACACAAAGCAAACACCAACCTTTACCAGGATAAACATGTTTCTCAGGCAGGACACCAAGGCAGGTGGCT-AAAAAAAAAATGAAATCTATTGGTA-TACACATA-TTGCAGTgttgct s panTro4.chr4 158984469 139 + 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canFam3.chr15 53386131 128 + 64190966 GAGAAATTGCTACTGAGGTGTGAAATGGATTTAACAATCAATGAAATACCTCCCCCCATCAAAAAAAAAAAAAAATCAATCAGAGAGCAATGGTTCTTTTTCTTCTGTAAAATAACATCTGCCCCAgg i canFam3.chr15 C 0 I 322 e mm10.chr3 78049367 5254 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102455134 2183 + 135778131 I e rheMac3.chr5 149610872 2182 + 184069350 I e calJac3.chr3 154398852 6382 - 190850796 I e papAnu2.chr5 145373530 2140 + 178775436 I e macFas5.chr5 155162051 2445 + 189454096 I a score=35464.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 49947 56 + 164536 ttggtggcagcagctgaaggtttgcagggcatgtggttcttttgaactagcctttt s panTro4.chr4 158984698 56 + 193495092 TTGGTGGCAGCAGCTGAAGGTTTGCAGGTCATGTGGTTCTTTTGAACTAGCCTTTT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161760334 53 + 198332218 TTGGTGGCAGCAGCTGAGG--TTGCAGG-CATGTGGTTCTTTTACACTAGCCTTTT i ponAbe2.chr4 C 0 I 62 s nomLeu3.chr7b 79801797 56 + 115148730 TTGGTGGCAGCAGCTGAAGGTTTGCAGGGCATGTGGTTCTTTTACACTATCCTTTT i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s canFam3.chr15 53386581 55 + 64190966 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193495092 gatgagatttgaattctggctctatcatttactgactgtgtaaccaagtatgcgtattttctaaaagatagattaatcgttttttttctatctttattttcttttcttgtttccctggttccccacttcctactcagccctttagaaatgcaaatatagccttttaccccattcaccagacactttgtacagggcaagttcatataagtacgtgctccaagagagagctctcctctagagttaacagttgatttacaaatgaaaacatgactgtggccaggcacagtggctcacacctgtaatctcagcactttgggaggtggaggcaggcggatcatgagttcaggagttggagaccaggctgaccaacatggtgaaaccccatctctactgaaaatacaaaaattagccgggcatggtgacgcatgcctataatcccagttactcaggaggctgaggcaggagattcacttgaacccgggaggcagagcttgcagtgagccgagatcgagccacgacactctagcctgggctacagagcaagactccatctcaaaacaaacaaacaaac-----aaaaatagcatgactgtcacagaactctcacttaccaggagattgcctcaagaggtgacagtcaaaaagcgtgcctgctgctatctcctagctggggagtttctgacctattcccgcccatgaaggtgccagcagtcatcagcttgactgcacagtaggtaaggcaccagagctagcacatggacccctctcttgctcgctttctcctcttcctttcaaagtgtctactttctgctccaaaagcaaagtagtatcctcaggtgggaagcctgtttttcttccccaaactaactttggaataaatcactttctttataccagaaatcagtcttgttaatgggactccgcaagtggcaagtgcctaacctgtatttcagttacacctgt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s 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gtaaccatgagaaatcactcaaatcctccaacatactgtttttccttctgtataatcaggacaatagggtctcataaagctgctgtaagaattaagtgagataagatg------------taagcttgatatagGTTAGCAATTATTATTTTAGATTAGCCTGTGTTGTCTGGAATAACTCATATATGTTTCTT--TTAAAAGGTTGATGCTAATTATAATTACAAGCATAAATTCATTAATTTTAGGTATAAAGATGTCACA-TTATTTCAATCCTCAAATCAGGTCTTATCTTTAGACAAGTCAGTCTTTAGACTTTTATTAGTCATTTACCATTATTAAGAAAACCTTTTACACAATCAAGTCAATCATGT-TGTTTCATTCAGTCA i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s canFam3.chr15 53387492 372 + 64190966 gtaaccatgagaagtcactcaaattccacaaggtagcttttctacgtctgtataat-aatatagtggcaactcataaatttgtcacaagaattaaatgagataaCGTGTCTGCTACGTGTTAAATTCTACACATACTAGCAATTATTGTTATGAATTAGCCCATATTGTCAGGAATGACTTTTACACATTTTTTGGTTAAAAGATTGACAATAATTATAATTACAAGCAT--ATTCCTAATTTTTACATAGAAAAATATCATACCTATTTCAGTCCTCAAA---------GTCATTTG------CAGTCTATAATCTATTATTTGTCTTTGAGTATTATTAAAAAAACCTTCTATGTAATCAAATCAGTCATGCAAATATCATTAAATTA i canFam3.chr15 I 366 I 246 e mm10.chr3 78049367 5254 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102455134 2183 + 135778131 I e rheMac3.chr5 149610872 2182 + 184069350 I e calJac3.chr3 154398852 6382 - 190850796 I e papAnu2.chr5 145373530 2140 + 178775436 I e macFas5.chr5 155162051 2445 + 189454096 I a score=238409.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 51648 451 + 164536 GTCACAAAACTGTAGTGTTTATtgtgaaaagaaagtaaatccttgggaccccaaattcactaggccaaagggaaaagttaagcttggaaattgagtcacacaagaaattgcctttccttttgtttctaagctgatagctacagatagaaagccagatgtctgtacgagtaactgctctatgtttactttattttatgtaaagtgcagatttactgaacacaagagaatacataattaactgtttccctctaccctctacttatcacatgccacatgtggattcagtaatgttatacatgccctctttcccccattgcacacttttccctgttaaacattgaagccctcaaaatcctcttaggaaaaggcatggcttacagatagtcctgtagttttgtgttcctttttcctgggcatgttgaatgacattggcaaaatacacctttacatt s panTro4.chr4 158986390 450 + 193495092 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nomLeu3.chr7b 79803508 446 + 115148730 GTCACAAAACTGTAGTGTTTATtgtgaaaagaaagtaaatccttgggaccccaaattcactaggccaaagggaaaagttaagcttggaaattgagtcacacaagaaattgcctttcgttttgtttctaagctgatagctacagatagaaggccagatgtctgtacgagtaactcctctatgtttactttattttatgtaaagtgcagatttactgaacacaggagaatacgtaat----tgtttccctctaccctctacttatcacatgccacacatggattcagtaatgttatacatgccctctttcccctcctgcacacttttccctgttaaacattgaagccctcaaaatcctcttaggaaaaggcatggcttacagatagtcctgtagttttgtgttcctttttcctgggcatgttg-atgacattggcaaaatacacctctacatt i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 e mm10.chr3 78049367 5254 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102455134 2183 + 135778131 I e rheMac3.chr5 149610872 2182 + 184069350 I e canFam3.chr15 53387864 246 + 64190966 I e calJac3.chr3 154398852 6382 - 190850796 I e papAnu2.chr5 145373530 2140 + 178775436 I e macFas5.chr5 155162051 2445 + 189454096 I a score=32375.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 52099 61 + 164536 gattgagacct-atctcagatacttttcagcttacaCTATCATGACAAGACAAGCTATTGTG s panTro4.chr4 158986840 61 + 193495092 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macFas5.chr5 I 2445 C 0 s papAnu2.chr5 145375670 24 + 178775436 aaagaaaaaataaataaataaaaa--- i papAnu2.chr5 I 2140 C 0 e mm10.chr3 81986611 1280 + 160039680 I e chlSab2.chr7 102455134 2183 + 135778131 I e rheMac3.chr5 149610872 2182 + 184069350 I e canFam3.chr15 53388472 0 + 64190966 C e calJac3.chr3 154398852 6382 - 190850796 I a score=1184662.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 52585 495 + 164536 taaagaaataaagaatggctacttcataggcagagcagtggcatgggctgctcagctga-gtattcttatagttatttcttgattatatgctaaacaaggagtggattattcatgcattttctgggaaaagggtgaa---------------------cctctcctttttagaccatttaggttaacttcctgatgttgccatggcatttgtaaactgtcacggtgctggtgggagtgtcttttagcatgctaatgcattatagttagcgtacaaggaggagtgaggatgaccggaagtcactttcaacgccatcttggatttggaggtttcaggctg-------------------------------gctcctttactgcaaccagttttatcagtgaggtctttataacctgtatcttgtgcctcctatctcatcttgtgactaagaatgcctaacctattgagaatgcagcccagcagatctcagccttattttacttagtccctattcaagatgaggtcactctggttcaaatacctctgaca s panTro4.chr4 158987326 495 + 193495092 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s nomLeu3.chr7b 79805993 87 + 115148730 aaatggctttgtcccaatttcacctctaattagctgatgcactcaggcaatattttgaaattctctggacttc-gtttcccatctgtg i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149614834 88 + 184069350 aaatggctttgtcccaatttcacctctaattagctgatgcacttaggcaatattttgaaattctctggacttccgtttcccatctgtg i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155166113 88 + 189454096 aaatggctttgtcccaatttcacctctaattagctgatgcacttaggcaatattttgaaattctctggacttccgtttcccatctgtg i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145377288 88 + 178775436 AAATGGCTTTGTCCCAATTTCACCTCTAATTAGCTGATGCACTTAGgcaatattttgaaattctctgGACTTCCGTTTCCCATCTGTG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102458925 88 + 135778131 aaatggctttgtcccaatttcacctctaattagttgatgcacttaggcaatattttgaaattctctggacttccgtttcccatctgtg i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154405498 88 - 190850796 aaatggcttagtcccactttcacctctatttagctgatgcatttaggcaatattttgaaattctctgggcttccatttcccgtttgtg i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53389755 80 + 64190966 AAATGACTTTGCCTCAATTCTGTCCTTAACTAGTTG-TGCATTTAGTTAATATTTTGAAATTCTCTGGGCTTTCATTCTCA------- i canFam3.chr15 I 109 C 0 e mm10.chr3 81986611 1280 + 160039680 I a score=325752.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 54240 97 + 164536 aagtgagTC----AGAAATAGACAGCCTTGGTTAAAGAT----TACAGACCAAGTCATTTTGGCAGG-CGATTTAATGCAACTTC--TGCCAGCTGTAGAAAAAGAGT s panTro4.chr4 158988968 97 + 193495092 aagtgagTC----AGAAATAGACAGCCTTGGTTAAAGAT----TACAGACCAAGTCATTTTGGCAGG-CGACGTAATGCAACTTC--TGCCAGCTGTAGAAAAAGAGT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161764386 101 + 198332218 aagtgagtcagttagaAATAGACAGCCTTGGTTAAAGAT----TACAGACCAAGTCATTTTGGCAGG-TGACATAATGCAACTTC--TGCCAGCTGTAGAAAAAGAGT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79806080 101 + 115148730 aagtgagtcagttagaAATAGACAGCCTTGGTTAAAGAT----TACAGACCAAGTCATTTTGGCGGG-CGACATAATGCAACTTC--TGCCAGCTGTAGAAAAAGAGT i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149614922 99 + 184069350 aagtgagtcagttagaAATAGACAGCCTTGGTTAAAGAT----TACAGAGAAAGTTGTTTTGGCAGG-AGACATAAAGCAACTTC--TGCCAGCTGTAG--AAAGAGT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155166201 99 + 189454096 aagtgagtcagttagaAATAGACAGCCTTGGTTAAAGAT----TACAGAGAAAGTTGTTTTGGCAGG-AGACATAAAGCAACTTC--TGCCAGCTGTAG--AAAGAGT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145377376 99 + 178775436 AAGTGAGTCAGTTAGAAATAGACAGCCTTGGTTAAAGAT----TACAGACAAAGTTGTTTTGGCAGG-AGACATAAAGCAACTTC--TGCCAGCTGTAG--AAAGAGT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102459013 99 + 135778131 aagtgagtcagttagaAATAGACAGCCTTGGTTAAAGAT----TACAGACCAAGTCGTTTTGGCAGG-AGACATAAAGCAACTTC--TGCCAGCTATAG--AAAGAGT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154405586 101 - 190850796 aagtgagtcagttagaAACAGGCAGCCTTGGTTAAAAAT----TACACAGCAAGTAATTTTGGCAGG-AGACATAATGCAACTTC--TGCCAGCTGAAGAAAAAGAGT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s mm10.chr3 81987891 97 + 160039680 ----AAGATAATTAAAACTAAATGGTTTTCATTAAAGAT----TTAAAACTCAGGAATTTAGACTGG-GAGTTACAAGCAACTGT--TGCCTGCTGAAGAAAAGGGAT i mm10.chr3 I 1280 n 1280 s canFam3.chr15 53389835 103 + 64190966 ----CAGTCAGTTAGAAATAGACAGCTTAGCTTAAAGACTGCATGCAAGCCAAGTAGTTTGAGCTGGAAGCCACAGCAGAACTTCTATGCCACCTGGGG-AAGAAAGT i canFam3.chr15 C 0 C 0 a score=390372.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 54337 111 + 164536 AGAAAGAGATGGGGCTAGCTTCAGTCAGACATGAGGAAGAAACAGGGCTGGGCTAAGATATGTGGGCAATTAGAGTTAGCTAACAATTTGGTTGCCATTCAAATACATATT s panTro4.chr4 158989065 111 + 193495092 AGAAAGAGATGGGGCTAGCTTCAGTCAGACATGAGGAAGAAACAGGGCTGGGCTAAGATATGTGGGCAATTAGAGTTAGCTAACAATTTGGTTGCCATTCAAATACATATT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161764487 111 + 198332218 AGAAAGAGATCGGGCTAGCTTCAGTCAGACATGAGGAAGAAACAGGGCTGGGCTAAGATATGTGGGCAATTAGAGTTAGCTAACAATTTGGTTGCCATTTAAATACATATT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79806181 111 + 115148730 AGAAAGAGATGGGGCTAGCTTCAGTCAGACATGAGGGAGAAACAGGGCTGGGCTAAGATATGTGGGCAATTAGAGTTAGCTAACAATTTAGTTGCCATTTAAATACATATT i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149615021 111 + 184069350 GGAAAAAGATGGGGCTAGCTTCAGTCAGACATAAGGAAGAAACATGGCTGGGCTAAGATATGTGGGCAATTAGAGTTAGCTAACAATTTGGTTGTCATTTAAATAGATATT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155166300 111 + 189454096 AGAAAAAGATGGGGCTAGCTTCAGTCAGACATAAGGAAGAAACATGGCTGGGCTAAGATATGTGGGCAATTAGAGTTAGCTAACAATTTGGTTGTCATTTAAATAGATATT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145377475 111 + 178775436 AGAAAAAGATGGGGCTAGCTTCAGTCAGACATAAGGAAGAAACATGGCTGGGCTAAGATATGTGGGCAATTAGAGTTAGCTAACAATTTGGTTGTCATTTAAATAGATATT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102459112 111 + 135778131 AGAAAAAGATGGGGCTAGCTTCAGTCAGACATAAGGAAGAAACAGGGCTGGGCTAAGATATGTGGGCAATTAGAGTTAGCTAACAATTTGGTTGTCATTTAAATAGATATT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154405687 111 - 190850796 AGAATGAGATGGGGCTAGCTTCAGTCAGACAAAAGGAAGAAATAGGGTGGGGCTAAGATATGTGGGCAACTAGAGTTAGCAAACAATTTGCTTTCCATTTAAATTGATATT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53389938 110 + 64190966 GGAATGGAATGGAGTTAGCTTCTGTCAGATGTGGGATAGAAATAGGGTTGGTCTATGATATGTGGGCAGCTAGAGTTAGCTAATATTTCATTGACTATTTAAATAGATAT- i canFam3.chr15 C 0 C 0 e mm10.chr3 81987988 1280 + 160039680 I a score=1828380.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 54448 564 + 164536 ATCTTACAGATTTG------------TTTGTTTGGTAGAAGAAG-AAAAAT----------------------------------------------------TTTTATTTAATTAGAATTCTTTTTAAAAACAGA--CAT------------TCCTAGTATCTGAAGTGAAATGAATAGATAGAAAAAA---TTCAA-AAATGGCATCTATATTATTATTTCTGGTTTAAACA-TTTTTTTCTGAAACCAGCAT-AAAAAAGGGTTGAAAAATTACATGTTGAAAA-----TAACTTGT----TCCCATTAAATGGAAATATTTTTGCGTGCTTTTGTTTAAGAATTTTAGCCAACTGTGTTGCACATGCTTATGAGAAGAATGTTCTACTGCAGTAGGTCAGAGCTAATGAGGAGTTTTCCTCCATCCTCCCAGCCTTGAGAGTGCT-TCTATGTTGGCAAAAGAAAGCTCC-ATTACATTTCACCGGTGATACAAGAAGATATGCATT--TGTTTATATGCATGTCATCACCTGGTACT-------TTTCTAACTTCTGTTCTAAgcaaatgagaaaagaacacaggtgagtttcataggtatatgactgttc--------acatcaagcaaatgctggatgttatcactatgtgctattggaacagatgtttt s panTro4.chr4 158989176 566 + 193495092 ATCTTACAGATTTG------------TTTGTTTGGTAGAAGAAG-aaaaat----------------------------------------------------ttttatttaattagaattctttttaaaaaCAGACTCAT------------TCCTAGTATCTGAAGTGAAATGAATAGATAGAAAAAA---TTCAA-AAATGGCATCTATATTATTATTTCTGGTTTAAACA-TTTTTTTCTGAAACCAGCAT-AAAAAAGGGTTGAAAAATTACAGGTTGAAAA-----TAACTTGT----TCCCATTAAATGGAACTATTTTTGCATGCTTTTGTTTAAGAATTTTAGCCAACTGTGTTGCACATGCTTATGAGAAGAATGTTCTACTGCAGTAGGTCAGAGCTAATGAGGAGTTTTCCTCCATCCTCCCAGCCTTGAGAGTGCT-TCTATGTTGGCAAAAGAAAGCTCC-ATTACATTTCACCGGTGATACAAGAAGATATGCGTT--TGTTTATATGCATGTCATCACCTGGTACT-------TTTCTAACTTCTGTTCTAAgcaaatgagaaaagaacacaggtgagtttcataggtatatgactgttc--------acaccaagcaaatgctggatgttatcactatgtgctattggaacggatgtttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161764598 564 + 198332218 ATCTTATAGATTTG------------TTTGTTTGGTAGAAGAAGAAAAAAG----------------------------------------------------TTTTATTTAATCAGAATTGTTTTTAAAAACAGACTCAT------------TCCCAGTATCTGAAGTGAAATGAATAGATAGAAAAAA---TTCAA-AAATGGCATCTATATTATTATTTTTGGTTTAAACA-TTTTTTTCTGAAACCAGCATAAAAAAAGGGTTGAAAAATTTTATGTTGAAAA-----TAACTTGT----TCCCATTAAATGGAAATATTTTTGCACACTTTTGTTTAAGAATTTTAGCCAACTGCATTGCACATGCTTAT---AAGAATGTTGCACTGCAGTAGGTCAGAGCTAATGAGGAGTTTTCCTCCATCCTCCCAGGCTTGAGAGTGCT-TCTGTGTTGGCAAAAGAAAGCTCC-ATTATATTTCACCAGTGATACAAGAAGATATGCATT--TGTTTATATGCATGTCATCACCCAGTACT-------TTTCTAACTTCTATTCTAGGCAAATGAGAAAAGAACACAGGTGAGTTTCCTAGGTATATGACTGTTC--------ACACCAAGCAAATGCTGGATG-TATCATTATGTGCTATTGGAATGGATGTTTT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79806292 566 + 115148730 ATATTATAGATTTG------------TTTGTTTGGTAGAAGAAGAAAAACA----------------------------------------------------TTTTATTTAATCAGAATTTTATTTAAAAACAGACTCAT------------TCCCAGTATCTGAAGTGAAATGATTAGATAGACAAAA---TTCAA-AAATGGCATCTATATTATTATTTCTGGTTTAAACA-TTTTTTTCTGAAACCAGCAT-AAAAAAGGGTTAAAAAATTACATGTTGAAAA-----TAACTTGT----TCCCATTAAATGGAAATA-TTTTGCACGCTTTTGTTTCAGAATTTTAGCCAACTGTGTTGCACATGCTTATGAGAAGAATGTTCTTCTGCAGTAGGTTGGAGCTAATGAGGAGATTTCCTCCATCCTTCCAGCCTTGAGAGTGCT-TCTATGTTGGCAAAAGAAAGCTCC-ATTATATTTCACCAGTGATGCAAGAAGATATGCATT--TGTTTATATGCATGTCgtcacccagtact-------tttctaacttctgttctaggcaaatgagaaaagaacacaggtgagtttcataggtatatgactgttc--------acaccaagcaaatgctggatgttatcactatgtgctattggaacggatgtttt i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149615132 567 + 184069350 ATCTTATAGATTTG------------TTTGTTTGGCAGAAGAAGAAAAATT----------------------------------------------------TTTTATTTAATCAGAATTGTTTTTAAAAACAGACTCAT------------TTCCAATATCTGAAGTGAAATGAATAGATAGAAAAAA---TTCAA-AAATGGCATCTATATTATT-CTTCTGTTTTAAACATTTTTTTTCTGAAACTAGCAT-AAAAAAGGGTTGAAAAATTATATGTTGAAAA-----TAATTTGT----TCCCATTAAATGTAAATAGTTTTGCACGAATTTGTTTCAGAATTTTAGCCAACTGCGTTGCACATGCTTATGACCAGAATGTTCTACTGCAGTAGGTCAGAGCTAATGAGGAGTTTTCCTCCTTCCTTCCAGCCTTGAGAGTGCT-TCTATGTTGGCAAAAGAAAGCTCC-ATTACATTTCACCAGTTATACAAGAAGATATGCATT--CGTTTACATACctgtcatcacccagtact-------tctctaacttctgttctaggcaaattagaaaataacacaggtgagtttcataggtatatgactgttc--------acaccaagcaaatgctggatgttatcactgtgttctattggaagagatgtttt i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155166411 567 + 189454096 ATCTTATAGATTTG------------TTTGTTTGGCAGAAGAAGAAAAATT----------------------------------------------------TTTTATTTAATCAGAATTGTTTTTAAAAACAGACTCAT------------TTCCAATATCTGAAGTGAAATGAATAGATAGAAAAAA---TTCAA-AAATGGCATCTATATTATT-CTTGTGTTTTAAACATTTTTTTTCTGAAACTAGCAT-AAAAAAGGGTTGAAAAATTATATGTTGAAAA-----TAATTTGT----TCCCATTAAATGTAAATATTTTTGCATGAATTTGTTTCAGAATTTTAGCCAACTGCGTTGCACATGCTTATGACCAGAATGTTCTACTGCAGTAGGTCAGAGCTAATGAGGAGTTTTCCTCCTTCCTTCCAGCCTTAAGAGTGCT-TCTATGTTGGCAAAAGAAAGCTCC-ATTACATTTCACCAGTTACACAAGAAGGTATGCATT--CGTTTACATACctgtcatcacccagtact-------tctctaacttctgttctaggcaaattagaaaataacacaggtgagtttcataggtatatgactgttc--------acaccaagcaaatgctggatgttatcactgtgttctattggaagagatgtttt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145377586 563 + 178775436 ATCTTATAGA----------------TTTGTTtggcagaagaagaaaaatt----------------------------------------------------ttttatttaatcagaattgtttttaaaaacagactcaT------------TTCCAGTATCTGAAGTGAAATGAATAGatagaaaaaa---ttcaa-aaatggcATCTATATTATT-Cttctgttttaaacattttttttctgaaactagcat-aaaaaagagttgaaaaattatatgttgaaaa-----taatttgt----tcccattaaatgtaaatatttttgcaCGAATTTGTTTCAGAATTTTAGCCAACTGCGTTGCACATGCTTATGACCAGAATGTTCTACTGCAGTAGGTCAGAGCTGATGAGGagttttcctccctcctcccagccttgaGAGTGCT-TCTATGTTGGCAAAAGGAAGCTCC-ATTACATTTCACCAGTTATAGAAGAAGATATGCATT--CGTTTACATGCCTGTCATCACCCAGTACT-------TTTCTAACTTCTGTTCTAggcaaattagaaaataacaCAGGTGAGCTTCATAGGTATATGACTGTTC--------ACACCAAGCAAATGCTGGATGTTATCACTGTGTTCTATTGGAACAGATGTTGT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102459223 566 + 135778131 ATCTTATAGATTTG------------TTTGTTTGGCAGAAGAAGAAAAAAA----------------------------------------------------ATTTATTTAATCAGAATTGTTTTTAAAAACAGACTCAT------------TCCAAATATCTGAAGTGAAATGAATAGATAGAAAAAA---TTCAA-AAATGGCATCTATATTATT-CTTCTGTTTTAAACA-TTTTTTTCTGAAACTAGCAT-AAAAAAGGGTTGAAAAACTACATGTTGAAAA-----TAATTTGT----TCCCATTAAATGGAAATATTTTTGCATGATTTCGTTTCAGAATTTTAGCCAACTGCATTGCACATGCTTATGACCAGAATGTTCTACTGCAGTAGGTCAGAGCTAATGAGGAGTTTTCCTCCCTCCTCCCAGCCTTGAGAATGCT-TCTATGTTGGCAAAAGAAAGCTCC-ATTACATTTCACCAGTTATACAAGAAGATATGCATT--TGTTTATATGCctgtcatcacccagtact-------tctttaacttctgttctaggaaaatgagaaaaaaacacaggtgagtttcataggtatatgactattc--------acaccaaacaaatgctagatgttatcactgtgttctattggaacagatgtttt i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154405798 561 - 190850796 ATCTTATAGATTTA--TTTCTTTTC-TTTGTTTGGTGGAGGAAG-GAAAAA----------------------------------------------------TTTTATTTGATTAGAATTGTTTTTAAAAACAGACTCAT------------TCCCAGTATCTAAAGTGAAATGAGTAGACAGAAGAAA---TTCAA-AAATGGCATCTATATTATT----CTGTTTT-AATA-TTTTTTTCTAAAGCTAGTGT-AAAAAAG-GTAGAAAAATTACATGTTG-AAA-----CAATTTGT----TCCTATTAAATGGAAATATTTTTGCACAATTTTGTTTCAGAATTTTAACCAACTGCAATGCACATGCTTATGACAAGAATGCACTACTGCAGGAGGTCAGAGCTAATGAG--TTTGCCCTCCATCCTCCCAGCTTTGAGAGTGCT-TCTGTGTTGGCAAAAGCAAGCTCC-ATTACATTTCACCAGTGAAACAAGAAGGTATGCATT--TGTTTATATGCATGTCATCACTCAATACT-------TCTCTAACTTCTGTTCTAGGCAAATGAG-----AACACAGGTGAGATTTATAGGTGTATGACAGCTC--------ACACCAAACAAACACTGGATGTCATCACTGTGTTCTATTGGAACAGATGCTTC i calJac3.chr3 C 0 C 0 s mm10.chr3 78054621 549 - 160039680 ATCTTAT---TTTA------------TTTTAGGGGCAGTAGAAG-AGAAAA----------------------------------------------------TTTTATGTAATCAGAATTACTTTT-AAAACAGATTCATACTATAATCCA-CTTTAATATCTGAAGTAAAATAA--AAACTGAAAATA---TCTAC-ATGTTCCACCTTTATTATT-CTTCTGTATTTTATA---TTTTTCTGAAACCAGTGT--AAAAGGAATAAAAAAAATGAAATTTAAAAAGTGGTTTATTTAT----TCCAGTGGAGCAGCAAGG-ATTCACATTATTTCATATCAGATTTTTTTT---CTGGTTTGTACCTGTTAGCATTAACATAATTCAATAGTAGCAAGCTGGAACTAATTAGGAGTCTTACTCTAACCCTCTAGCTCTGAAGATGCT----------GGGCATGAGAGCTCT-AGCTTTATCCCTTAGTAACAGCAAGGCATGGACTTT--GGTACACACTCCTGTCATCATGCAGGATT-------TCTGAAAC-------CGAGATAAAGGAAACAGAAACACGGGGAAA---CATGTGCATCTTACCCCTT--------ATTCCAAGGAGAAAGAGGAGGTCATTCGTGTATTCTTGTGAAAAACACTCTTT i mm10.chr3 I 5254 I 2745 s canFam3.chr15 53390048 663 + 64190966 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aggattgtatgaatagacaaaagagctcaagaaattgaggcatcgcacggctttgtcattgtagaccagcaagactcagaa-aacctgtgttaaaacacttgtaaatagtcacactgtgactgatacctcagtttcaacagaacattaaattagatttgtaaatttaaacatatttaacatattattttattttgtatgtttttataaacttgtcttggaattaaaattctgtaaaatgtacaagca i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149615699 245 + 184069350 aggattttatgaatagacaaaagagttcaagaaattgaggcatcacagggctctgtcattgtagaccagcaagactcagaa-aacctgtgttaaaacagttgtaaatagtcacactgtggctgatacttcagtttcaatagaacattaaattagatttgtaaatttaagcatattgaacatattatttta-tttgtatgtttttataaatttgctttggaattaaaattctgtaaaaggtacaagca i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155166978 245 + 189454096 aggattttatgaatagacaaaagagttcaagaaattgaggcatcacagggctctgtcattgtagaccagcaagactcagaa-aacctgtgttaaaacagttgtaaatagtcacactgtggctgatacttcagtttcaatagaacattaaattagatttgtaaatttaagcatattgaacatattatttta-tttgtatgtttttataaatttgctttggaattaaaattctgtaaaaggtacaagca i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145378149 245 + 178775436 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canFam3.chr15 C 0 C 0 e mm10.chr3 78055170 2745 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102460178 240 + 135778131 I e calJac3.chr3 154406604 2287 - 190850796 I a score=42994.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 55405 29 + 164536 catagccctaattgtgatat-aaaatcatt s panTro4.chr4 158990135 29 + 193495092 cacagccctaattgtgatct-aaaatcatt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161765556 29 + 198332218 catagccctaattgtgatct-aaaatcatt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79807252 29 + 115148730 catagccctaattgtgatct-aaaatcatt i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s macFas5.chr5 155167372 30 + 189454096 TGTAGCCCTAATTGTGATCTAAAAATCATC i macFas5.chr5 I 1 C 0 s papAnu2.chr5 145378543 30 + 178775436 tgtagccctAATTGTGATCTAAAAATcatc i papAnu2.chr5 I 1 C 0 s canFam3.chr15 53391103 28 + 64190966 -ataatctttattgtgatct-aaaatcatt i canFam3.chr15 C 0 I 3271 e mm10.chr3 78055170 2745 - 160039680 I e chlSab2.chr7 102460178 240 + 135778131 I e rheMac3.chr5 149616092 2525 + 184069350 I e calJac3.chr3 154406604 2287 - 190850796 I a 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s panTro4.chr4 158990171 1086 + 193495092 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s panTro4.chr4 158997127 1093 + 193495092 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161773408 1095 + 198332218 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62 + 164536 taatcttaactta----gttgacctcgcagaaacattcaatactaatgactac-tacttattctttc s panTro4.chr4 159011422 62 + 193495092 taatcttaactta----gttgacctcacagaaacattcaatactaatgactac-tacttattctttc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161787418 62 + 198332218 taatcttaactta----gttgacctcgcagaaacattcaatactaatgactac-tacttattctttc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79822096 62 + 115148730 taatcttaactta----gttgacctcgcagaaacattcaatactaatgactac-tacttattctttc i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149632351 62 + 184069350 tagtcttaactta----gttgacctcgcagaaacattcaatactaatgactac-gacttattctttc i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155183743 62 + 189454096 tagtcttaactta----gttgacctcgcagaaacattcaatactaatgactac-gacttattctttc i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145394940 62 + 178775436 TAGTCTTAACTTA----GTTGACCTCGCAGAAACATTCAATACTAATGATTAC-GACTTATTCTTTC i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102476727 62 + 135778131 tagtcttaactta----gttgaccttgcagaaacattcaatactaatgactac-gacttattctttc i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s mm10.chr3 78073668 65 - 160039680 CAACTTTCATTTAAATGGTAGACCT--CTGTCACAATAAAAATTACTTCCTGCATAATTTTTCTTTC i mm10.chr3 I 9 I 226 s canFam3.chr15 53415417 59 + 64190966 ttaatttatttta----cttcatctcctagtggcattcaataataatggctcc----ttattctttc i canFam3.chr15 C 0 C 0 e calJac3.chr3 154422351 864 - 190850796 I a score=432821.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 77131 151 + 164536 ttgaacattcttttctcttggatttagtatataccattatgtttgcttctaattctctggcccttatt-------tctctatctcttttacttgctcttatttctctctcagaccaataaatggtagagttttgtagtccattggcttagatcctttc s panTro4.chr4 159011484 151 + 193495092 ttgaacattcttttctcttggatttagtacataccattatgtttgcttctaattctctggcccttatt-------tctctatctgttttacttgctcttatttctctctcagaccaataaatggtagagttttgtagtccattggcttagatcctttc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161787480 151 + 198332218 ttgaacattcttttctcttggatttagtacataccattatgtttgcttctaattctccggcccttgtt-------tctctatctcttttgcttgctcttatttctctctcagaccaataaatgatagagttttgaagtccattggcttagatcctttc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79822158 151 + 115148730 ttgaacattcttttctcttggatttagtacataccattgtgtttgcttctaattctctggcccttatt-------tctctatctcttttacttgctcttatttctctctcagaccaataaatgatagagttttgtagtccattggcttagatcctttc i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149632413 151 + 184069350 ttgaacattcttttctcttggatttagtacataccattatgtttgcttctaattctctggcccttatt-------tctctatctcttttacttgctcttatttctctcttagaccaataaatgatagagttttgtagtccattggcttagatcctttc i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155183805 151 + 189454096 ttgaacattcttttctcttggatttagtacataccattatgtttgcttctaattctctggcccttatt-------tctctatctcttttacttgctcttatttctctcttagaccaataaatgatagagttttgtagtccattggcttagatcctttc i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145395002 151 + 178775436 TTGAACATTCTTTTCTCTTGGATTTAGTACATACCATTATGTTTGCTTCTAATTCTCTGGCCCTTATT-------TCTCTATCTCTTTTACTTGCTCTTATTTCTCTCTTAGACCAATAAATGATAGAGTTTTGTAGTCCATTGGCTTAGATCCTTTC i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102476789 151 + 135778131 ttgaacattcttttctcttggatttagtacataccattatgtttgcttctaattctctggcccttatt-------tctctatctcttttacttgctcttatttctctcttagaccaataaatgatagagttttgtagtccattggcttagatcctttc i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53415476 154 + 64190966 ttgaaaa-aaattccccttggatttaatatatgacat--tgtcttcctttagatcactggcccttattgtcttgatttgtcccttttttactggctcatttttct-tctcagaccaataagtggtaggattttgcaatgcattgtcttagacactttg i canFam3.chr15 C 0 C 0 e mm10.chr3 78073733 226 - 160039680 I e calJac3.chr3 154422351 864 - 190850796 I a score=22164.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 77282 7 + 164536 tgttcta s panTro4.chr4 159011635 7 + 193495092 tgttcta i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161787631 7 + 198332218 tgttcta i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79822309 7 + 115148730 ttttcta i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149632564 7 + 184069350 tgttcta i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155183956 7 + 189454096 tgttcta i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145395153 7 + 178775436 TGTTCTA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102476940 7 + 135778131 tgttcta i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s mm10.chr3 78073959 7 - 160039680 TTCTCTA i mm10.chr3 I 226 C 0 s canFam3.chr15 53415630 7 + 64190966 tattctc i canFam3.chr15 C 0 C 0 e calJac3.chr3 154422351 864 - 190850796 I a score=962650.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 77289 266 + 164536 tctctatactctttcattagatggtgtcatttatacccactgcttcaatatctacttagccacca-taattctcaaacatttatctctggtttatatatccccttagatttcagaacatgta-tataataccttacttgat-atttcctcctggtcctctcaaaaacacaccaataaaaccaaacttgaacatttccccttccatccactcttgtaccaacattgtcttctctgcattaaagaa-ttttttctcct-------------------ataatccatctagg s panTro4.chr4 159011642 266 + 193495092 tctctatactctttcattagatggtgtcatttatacccactgcttcaatatctacttagccacca-taattctcaaacatttatctctggtttatatatccccttagatttcagaacatgta-tataataccttacttgat-atttcctcctggtcctctcaaaaacacaccaataaaaccaaacttgaacatttccccttccgtccactctcgtaccaacattgtcttctctgcattaaagaa-ttttttctcct-------------------ataatccatctagg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161787638 267 + 198332218 tctctatactctttcattagatggtgtcatttatacccactgcttcaatatctacttagccacca-taattctcaaacatttatctctggtttatatatcccgttagatttcagaacatgta-tataataccttacttgat-atttcctcctggtcctctcgaaaacacaccaataaaaccaaacttgaacatttccccttccatccactctcttactaacattgtcttctctgcattaaagaatttttttctccc-------------------ataatccatctagg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79822316 266 + 115148730 tctctatactctttcattagatgatgtcatttatacccactgcttcaatatctacttagccacca-tagttctcaaacatttatctctggttcatatatccccttagatttcagaacatgta-tataataccttacttgat-atttcctcctggtcctctcaaaaacacaccaataaaaccaaacttgaacatttccccttccatccactctcctaccaacattgtcttctctgcattaaagaa-ttttttctcct-------------------ataatccatctagg i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149632571 265 + 184069350 tctctgcactttttcattagatggtgtcatttatacccactgcttcagtatctacttagccaaca-taattctcaaacatttatctct-gtttatatatccccttagatttcagaacatgtg-tataataccttacttgat-atttcctcctggtcctctcaaaaacacaccaataaaaccaagcttgaacattactccttccatccactcttgtaccaacattgtcttctctgcattaaagaa-ctttttctcct-------------------ataattcatctggg i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155183963 265 + 189454096 tctctacactttttcattagatggtgtcatttatacccactgcttcagtatctacttagccaaca-taattctcaaacatttatctct-gtttatatatccccttagatttcagaacatgtg-tataataccttacttgat-atttcctcctggtcctctcaaaaacacaccaataaaaccaagcttgaacattactccttccatccactcttgtaccaacattgtcttctctgcattaaagaa-ctttttctcct-------------------ataattcatctggg i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145395160 266 + 178775436 TCTCTACACTCTTTCATTAGATGGTGTCATTTATACCCACTGCTTCAATATCTACTTAGCTAACA-TaattctcaaacatttatctctGGTTTATATATCCCTTTAAATTTCAGAACATGTG-TATAATACCTTACTTGAT-ATTTCCTCCTGGTCCTCTCAAAAACACACCAATAAAACCAAGCTTGAACATTACTCCTTCCATCCACTCTTGTACCAACATTGTCTTCTCTGCATTAAAGAA-CTTTTTCTCCT-------------------ATAATTCATCTGGG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102476947 265 + 135778131 tctctatactctttcattagatggtgtcttttatacccactgcttcaatatctacttagccaaca-taattctcaaacatttatctct-gtttatatatccccttagatttcagaacatgta-tataataccttacttgat-ctttcctcctggtcctctcaaaaacacatcaataaaaccaagcttgaacattactccttccatccactcttgtaccaacattgtcttctctgcattaaagaa-ctttttctcct-------------------ataattcatctggg i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154423215 265 - 190850796 tctctacattctttcattagatgaggttatttacacccactgcttcaatatctacttagctgcca-taattctcaaacatttagctctggtttatatatccccttagatttcagaacatgta-tataataccttacttgat-atttcctcctggtcatctcaaaaacacaccaatagaatcaaacttgaacatttccccttccatccactcttgtaccaacattgtcttccctgaa-aaaagaa-ttttttctcct-------------------gtaatccatctagg i calJac3.chr3 I 864 C 0 s mm10.chr3 78073966 282 - 160039680 ACTCTTCTCTCCCCAGCTCTTTACTGCTTTCTTCACCTTCTGCTTTGAC-TCTAGGTATTCACCAGTGATTCTCAAACATTTATACCCAGCTTGGATGTCCCCTTAGATTTCAGATCATGTATTTTTACATTCTACTTG-T-ATCTTCTCCTGATTCTCTTAAAATAAGA-AAAGAAAATTGAGTAGAAGAATT--CCCTCCCATGAGTCCTCACCTTGACCCAGTCTTGTCAGAGTTAAGTAT-GTTTTCCTCCCAAGAGCCTTCAACTGTCAAATAAGTCACCTAGG i mm10.chr3 C 0 I 209 s canFam3.chr15 53415637 260 + 64190966 tctctgcactctttcaccacatgaactcatttatacctaatgttttaatatctacttatataccaataactcccaaacattcatctccagcataaataactctttaagtttcaaattactta-tctcacaccctactttataatttccccctggtcctctcaaaaacataatgataaaaccaagc-------tttccttttcctttcctcctcatatcaactcaatcttctacaaattgaagaa-attttt-tctt-------------------ataaaccatctagt i canFam3.chr15 C 0 C 0 a score=220257.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 77555 70 + 164536 ctgtcgtcagactcttatcaatcagtgatccttggctccgccctcttgtttcaccacttcttcaagctat s panTro4.chr4 159011908 70 + 193495092 ctgtcgtcagactcttatcaatcagtgatccttggctccgccctcttgtttcaccacttcttcaagctat i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161787905 70 + 198332218 ctgtcgtcagacccttatcaatcagtgatccttggctccaccctcttgtttcaccacttcttcaagctat i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79822582 68 + 115148730 ctgtcgtcagactcctatcaatcagtgatccttggctccgccctgttgtttcaccacttcttcaagct-- i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149632836 66 + 184069350 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catcaagtcctaccaa-------------tgttac---cta-ttagctctcaaa----------------------tatcatcctttaatctaccactatcactcaagtgcaaccctccatc--gttttt----------cacctggact-ataat---aatatctgaactgtgctcccccaccttcccagtatgcctctattccaatttagtctccacactgcagtctgaataatcttttcagaaggcaaatctgatcacatctcccttttgtgtaaagccttttgatgttgcctcattgtttttaaaattaagataaaa----ttaacctggtctataaggc-cttt-atgatctcacat-tcatgtggtc-aagccatattaagtttct-ttattagctaagtttagttctttggatttatcaccaaggagtccttttatgtgttc----ttctctgggcttggaatgttcttccccaactaactccttcccactcttaagatcttggctcgaggaaaacttc-------------------------------tttag i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161787975 461 + 198332218 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catcaagtcctaccag-------------tgttac---ctatttagttctcaaa----------------------t---atcctttaatctaccactaccacttaagtacaacctgctatc--gctttt----------cacctggact-ataat---aatctctgaactgt----------ccttccaatatgcctctatttcaacttagtcttcacattgcagtctgaataatcttttcagaatgcaaatctgatcacatctcccatttgtgtaaagcc-tttgatgtcaccccattgtttttagaattaagattatag-ccttaatgtggtctataaggc-ctttcatgatctTATAT-CCATGTGGTCAAAGCCATACTG------T-TTATTAGCTAAGTTTCGTTCTTTGGATTTATCATCAAGGAGTCCTTTTATGTGTTC----TTCTCTGGGCTTGGAATATTCTTCCC----------------ATTTTTAAGATCTTGGCTAAAGGAAAATTTC-------------------------------ATTAG i calJac3.chr3 C 0 C 0 s mm10.chr3 78074457 435 - 160039680 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ATTGCAAGTTTTT----------TCTTATAAGGATTATATCAT-------------------------------------------------------ATAGTTTGTCTC---AGAA-----------TTGCATATA------------------------------------------------------------------------------ATTGCTTTTGTCTCCATGACTGT--------TGTGTGCTCA-----GGTATGTGTGTA----------------TACACAGTATCTGGTGGTGGCTAGGCTGATAT-AATACagaggcaaatggcatggtggctaaaaggcactagctttgaagtcaacaagctcgagggcaaattctggctctgc-cattt---attaactg-----tctggtacaatcaccagttgaag-cctagtttcctatccatc---tggggataaaagtgcttatttta i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79830494 291 + 115148730 GTTGAAAGTTTTT----------TCTTATAAGGATCATATCAT-------------------------------------------------------CTAGTTTGTCTC---AGAA-----------TTACATATA------------------------------------------------------------------------------ATTGCTTTTGTCTCCATGACTGT--------TGTGTGCTCA-----TGTGTGTGTGTA----------------TGCACAGTATCTGATGGTGGCTAGGCTGATAT-AATACagaggcaaatggcatggtggttaaaaggtactagctttgaaatcaacaagctcgagggcaaattctggctctgc-cattt---attaacta-----tctggtacaatcaccagttgaag-cctagtttcctatccatc---tggggataaaagtacttatttta i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149641539 290 + 184069350 ATTGC--GTTTTTT---------TCTTATAAGGATCCTATCAT-------------------------------------------------------CTAGTTTGTGTC---AGAA-----------TTGTATATA------------------------------------------------------------------------------ATTGCTTTTGCCTCCACGACTGT--------TGTGTGCTCA-----TGTATGTGTGTA----------------TACACAGTATCTGATGGTGGCTAGGCTGATAT-AATACagagtcaaatggcatggtggctaaaaggcactagctttgaaatcaacaaactcgagggcaaattctggctctgc-cattt---attaacta-----tctggtacaatcatcagttgaag-cctagtttcctatccatc---tgggggtaaaagtacttatttta i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155193153 290 + 189454096 ATTGC--GTTTTTT---------TCTTATAAGGATCCTATCAT-------------------------------------------------------CTAGTTTGTGTC---AGAA-----------TTGTATATA------------------------------------------------------------------------------ATTGCTTTTGCCTCCACGACTGT--------TGTGTGCTCA-----TGTATGTGTGTA----------------TACACAGTATCTGATGGTGGCTAGGCTGATAT-AATACagagtcaaatggcatggtggctaaaaggcactagctttgaaatcaacaaactcgagggcaaattctggctctgc-cattt---attaacta-----tctggtacaatcatcagttgaag-cctagtttcctatccatc---tgggggtaaaagtacttatttta i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145404363 290 + 178775436 ATTGc--gtttttt---------tcttataaggatCATATCAT-------------------------------------------------------CTAGTTTGTCTC---AGAA-----------TTGTATATA------------------------------------------------------------------------------ATTGCTTTTGCCTCCATGACTGT--------TGTGTGctca-----tgtatgtgtgta----------------tacacagtaTCTGATGGCGACTAGGCTGATAT-AATACAGAGTCAAATGGCATGGTGGCTAAAAGGCACTAGCTTTGAAATCAACAAGCTCGAGGgcaaattctggctctgc-cattt---attaaCTA-----TCTGGTACAATCATCAGTTGAAG-CCTAGTTTCCTATCCATC---TGGGGGTAAAAGTACTTATTTTA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102486147 290 + 135778131 ATTGC--GTTTTTT---------TCTTATAAGGATCATATCAT-------------------------------------------------------CTAGTTTGTCTC---AGAA-----------TTGTATATA------------------------------------------------------------------------------ATTGCTTTTGCCTCCATGACTGT--------TGTGTGCTCA-----TGTATGTGTGTA----------------TACACAGTATCTGATGGCGGCTAGGCTGATAT-AATACagagtcaaatggcatggtggctaaaaggcactagctttgaaatcaacaagctcgagggcaaattctggctctgc-cattt---attaacta-----tctggtacaatcaccagttgaag-cccagtttcctatccatc---tgggggtaaaagtacttatttta i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154430894 284 - 190850796 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taagctttgctatttctc--------aagaaaaaaatgtgttaatagat----------------------gttctgtcaccaaagtgcctTAGAATATTGGTGTAAATGTTATTTGTCAACGTTTACCATTATTTTAATAGACt i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79830785 115 + 115148730 taagctttgctatttctc--------aggaaaaaaatatgttaatagat----------------------gttctgtcaccaaagtgcattagaatattgGTGTAAATGTTATTTGTCAACACTTATCATTATTTTAATAGACt i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149641829 115 + 184069350 taagctttgctatttctt--------aggaaaaaaatatgttaatagat----------------------gttctgtcaccaaagtgccttagaatattgGTGCAAATGTTATTTGTCAACGTTTATCATTATTTTAATAGACt i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155193443 115 + 189454096 taagctttgctatttctt--------aggaaaaaaatatgttaatagat----------------------gttctgtcaccaaagtgccttagaatattgGTGCAAATGTTATTTGTCAACGTTTATCATTATTTTAATAGACt i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145404653 115 + 178775436 TAAGCTTTGctatttctt--------aggaaaaaaatatgttaatagaT----------------------GTTCTGTCACCAAAGTGCCTTAGAATATTGGTGCAAATGTTATTTGTCAAcgtttatcattattttaatagaCT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102486437 115 + 135778131 taagctttgctatttctt--------aggaaaaaaatatgttaatagat----------------------gttctgtcaccaaagtgccttagaatattgGTGCAAATGTTATTTGTCAACATTTATCATTATTTTAATAGACt i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154431178 137 - 190850796 TAAACTTTGCTGCTTCTC--------AGGAAAAAAATATGTTAATAGATTTTTTTTAACTATTAACATATAGTTTTATCACCAAAGTGCCTTAGAATATCGGTGTAAATGGCATTTGTCAATGTTTATCATTCTTTTAATAGACt i calJac3.chr3 C 0 C 0 s mm10.chr3 78082544 122 - 160039680 TAAGCTTCATTTTCTCTCATCATATAATAAAAAAGGCTTGTAAATAGAT----------------------GTTTTATGACTTGAATGCCTTAGAATCCTGGAATAAGTGCTACCTGTCAATGTTTGGC-TTTCTCCAATAGACT i mm10.chr3 C 0 I 9 e canFam3.chr15 53425278 318 + 64190966 I a score=4630190.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 86156 1572 + 164536 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s panTro4.chr4 159020245 1572 + 193495092 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i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161796396 1570 + 198332218 gtattagtcaggattctccaaagggacaaaactaacaggatcgatgta--tatatgaaggggagtttattaaggagtattgacttacacaattacaaggtgaagtcccaccataggtctgtaag--------ccaggaagccagtccaagtcccaaaacctcaaaaggagggaagccaatagtgtagccttcagtctgtggccgaaggccccagagcccctggcaaatcactgatataagtccaagagtccaaaagttgaagaactt-ggagtctgatattccagggcaggaagcctccagcatgggggaaagatggaggccagaagactcagcaggtctgttctttccatgcctgcgttcacgctggcagctgattagacagggcccacccaggctgagggcgggtctgcctctccctgtccactgattcaaatgttaatctcctttggcaacaccctcacaaacacatccaggaacaatactttgcatccttcaatccaatcaagttggcactcaatattaaccatcacaA-------ctttgtcaacttgaacccatccacatctcctgaaatcacacataatcttcaactaaagccaataataaggtcaaaattacacctaacacaatacagctatcctttgtacaactggaagtgtaccaatccccaatccaaatgctattacctaaagttaacaacacttaaatgctgatatgaagtcaacaaatcttacatcacatgataacggaaaaacaaaggaaataaaatggatatattttcttagtacaagtgtatatatgtgcaaacatgttctcaacaaaataaggaggaaatactcatgacaattacagtcctcatttctgcaactggtcacatggctgaagctgctattgatgactaccttattccactacccccattccttattctctttgccttcagaaagcacctcaggaggttgtggctttttacctggtggagtgacccaaaccttcgttcctgaagtgtctgggccatttgtagtcctgccaggattgtgctgttgtaatttcccactgacattaatcacagggcatggcaatactaagagaaaccctaagggatatcctgtgttccatgcctactcttccttacctccattgtggagtagtagactgatttcatcttcatagtacaggtcaatcaccctggccaatactgtaactccattcttagcctgttgtattagtctgctgttatgctgctaataaacacacacctgagactgggtaagtcataaaggaaagaggtttaatggact--tagttccacatggttggggaagcttcacaatcatggtggaaagcaaaggagaagcaaaggcatgtcttacatggtggcaggcaagagggcttgtgcagggaaactcccatttataaaaccatcagatcttgtgagactt-attcactactatgagaacagtatgggggaaaatatcctcatgattcaattatctccacctggccctgcccttgacatgtgggggttattacaattcaaggtgagatttgg-gttaagacacagctaaaccatatcaTAGCTAAACCA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79830900 1573 + 115148730 gtatttgtcaagattctccaaagggacaaaactaacaggatcgatgtatgtatatgaaggggagtttattaaggagtattgacttacacaatcacaaggtgatgtcccacgataggtctgcaag--------ccaggaagccagtccgagttccaaaacctcaaaagtagggaagccaatagtgtagccttcagtctgtggctgaaggccccagagcccctggcaaatcactgatataagtccaagagtccaaaagttgaagaactt-ggagtctgatattccagggcaggaagcctccagcatgggagaaagatggaggccagaaaactcagcaggtctgttctttccatgcctgctttcacactggcagctgattagacagggcccacccaggccgagggtgggtctgcctttcccagtccactaactcaaaagttaatctcctttggcaacaccctcacaaacacatccaggaacaatactttgtatccttcaatctaatcaagttggcactcaatattaaccatcacaA-------ctttgtcaacttgaactcatccacatgtcctgaaatcacacacaatcttcaaataaagccaataataaggtcataattacacctaacacaatacagctatcctttgtacaactggaagtgtaccaatccccaatccaaatgcaattacctaaagttaacaacagttaaatgctgatatgaagtcaacaaatcttacatcacatgataaaggaaaaataaaggaaataaaatgaatatattttcttagtacaagtgtatatatgtgcaaacaagttctcaacaaaataaggaggaaatactcatgacaattacaatcctcatttctgcaactggtcacatggctgaagctgctattgatgactaccttattccactaccctcattccttattctcttttccttcagcaagcacctcagcaggttgtggctttttacctggtggagtgacccaaaccttcattcctgaagtgtctgggccatttgtagtcctgtcaggattgtgctgttgtagtttcccattgacattaatcacagggcatggcaatactaagagacaccctaagggatctcctctgttccatgcctactcttccttacctccattgtgaagtagtagactgatttcatcttcacagtccgggtcaatcaccctggccaatactgtaactcccttcttagcctgttgtattagtctgctgttatgctgctaataaagacatacctgagactgggtaagtcacaaaggaaagaagtttaatggactcacagttccacatggttggggaggcttcaaaatcatggtggaaagcaaaggagaagcaaag-catgtcttacatggtggcaggcaagagagcttgtgcaggggaactcccatttataaaaccatcagatcttgtgagactt-attcagtaccatgagaacagtatgggggaaaccaccctcataattcaattatctccacctggccctgtccttgacatgtggggactattacaattcaaggtgagatttgg-gttaagacacagctaaaccatatcaTAGCTAAACCA i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149641944 1551 + 184069350 gtattagtcgggattctccaaagggacaaaactaataggatagatgta--tatatgaaggggagtttattaaggagtattgacttacacaattacaagatgaagtcccacaataggtctgcaag---------caggaagccagtccaagtcccaatacctcaaaagtagggaagccaataatatagccttcagtctgcggctgaaggccccagagcccctggcaaatcactggtgtaagtccaagtgtccaaaagctgaagaactt-ggagtctgatgttccagggcaggaagcctccagcatgggagaaagatggaggccagaagactcagcaggtctgttctttccatgcctgctttcacactggcagctgataagacggtgcccacccaggctgagggtgggtctgcctctcccagtccactgactcaaatgttaatctcctttggcaacaccctcacaaacacatccagtaacaatacttcgcatcctttaatccaaccaagttgacactcaatattaaccatcacaA-------ctttgtcagcttgaacccatccacatctcctgaaatcatacataatcttcaaataaagataataataaggtcataattacacctaatacagtacagctatcctttgtacaactggaagtgcaccaatccccaacctaaatgctattacataaagttaacaacacttaaatgttgatatgaagtaaacaaatctgacatcacatgataaagcaaaaagaaaggaaataaaatgaatatattttcttagtacaagtgtatatatgtgcaaacatgttctcaacaaaataaggaggaaatactcatgacaattacagtcctcatttctgcaacttgtcacatggctgaagctgctattgatgactaccttattccactacccccattccttattctctttgccttcagcaagaacttcagcaggttgtggtttcttacctggtggagtgacccaaaccttcattcctgaagtgtctggaccatttgcagtcctgccaggattgggctgttgtagtttcccactgacattaatcacaggacatggcaatactaagagatactccaagggatctcctgtgttccacgcctactctcccttacctccattgtggagtagtagactgatttcatcttgatagtcctggtcaatcaccctggccaat-ttgtaactccctt-ttagcctgttgtattagtctgttgttatgctgctaataaagacatacctgagactgggtaagtcatgaaggaaagaggtttaatgaactcacaattccacatggttggggaggcttcacaatcatggcggaaagcagaggagaagcaaaggcatgttttacatggtggcaggcaagagaacttgtgcagggaaactcccatttataaaaccatcagatctcatgagactt-attcactaccatgagaacagta-gggggaaacccccctcatgattcaattatctccacctggctctgcccttgacatgt-gggattattacaattcaaggtgagacttgg-gttaagacac----------------agccaaatca i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155193558 1552 + 189454096 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GTATTAGTCGGGATTCTCCAAAGGGacaaaactaataggatagatgta--tatatgaaggggagtttattaaggagtattgacttaCACAATTACAagatgaagtcccacaataggtctGCAAg---------caggaagccagtccaagtcccaatacctcaaaagtagggaagccaataATGTAGCCTTCAGTCTGCGGCTGAAGGCCccagagcccctggcaaatcactggtgtaagtccaagtgtccaaaagctgaagaactt-ggagtctgatgttccagggcaggaagtctccagcatgggagaaagatggaggccagaagactcagcaggtCTGTTCTTTCCATGCCTGCTTTCACACTGGCAGCTGATAAGACGGTGCCCACCCAggctgagggtgggtctgccactcacagtccactgactcaaatgttaatctcctttggcaacaccctcacaaacacatcCAGTAACAATACTTTAcatcctttaatccaatcaagttgacactcaatattaaccatcacaa-------ctttGTCAGCTTGAACCCATCCACATCTCCTgaaatcatacataatcttcaaataaagacaataataaggtcataattacacctaaTACAGTACAGCTATCCTTTGTACAACTGGAAgtgcaccaatccccaacccaaatgctattacataaagttaacaacacttaaatgTTGATATGAAGTAAACAAATCTGACATCACatgataaagcaaaaagaaaggaaataaaatgaatatattttcttagtacaagtgtatatatGTGCAAACATGTTCTcaacaaaataaggaggaaatactcatgacaattacagtcctcatttctgcaacttGTCACATGGCTGAAGCTGCTATTGATGACTACCTTATTCCACTACCCCCATTCCTTAttctctttgccttcagcaagaacTTCAGCAGGTCCTGGTTTCTTACCTGGTGGAGTGAcgcaaaccttcattcctgaagtgtCTGGACCATTTGCAGTCCTGCCAGGATTGGGCTGTTGGAGTTTCCCACTGACATTAATCACAGGACATGGCAATACTAAGAGATACTCCAAGGGATCTCCTGTGCTCCAAGCCTACTCtcccttacctccattgtggagtagtagactgatttcatcttgatagtcctgGTCAATCACCCTGGCCAat-ctgtaactcccttcttagcctgttgtattagtctattgttatgctgctaataaagacatacctgagactgggtaagtcataaaggaaagaggtttaatgaactcacaattccacatggttggggaggcttcacaatcatggtggaaagcagaggagaagcaaaggcatgttttacatggtggcaggcaagagaacttgtgcagggaaactcccatttataaaaccatcagatctcatgagactt-attcactaccatgagaacagta-ggGGGAAACccccctcatgattcaattatctgcacctggctctgcccttgacatgtggggattattacaattcaaggtgagatttgg-gttaagacac----------------agccaaatca i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102486552 1553 + 135778131 gtattagtcgggattctccaaagggacaaaactaataggatagatgta--tatatgaaggggagtttattaaggagtattgacttacacaattacaagatgaagtcccacaataggtctgcaaa---------caggaagccagtccaagtcccaatacctcaaaagtagggaagccaataatgtagccttcagtctgcgactgaaggccccagagcccctggcaaatcactggtgtaagtccaagtgtccaaaagctgaagaactt-ggagtctgatgttccagggcaggaagcctccagcatgggagaaagatggaggccagaagactcagcaggtctgttctttccatgcctgctttcacactggcagctgataagatggtgcccacccaggctgagggtgggtctgcctctcccagtccactgacacaaatgttaatctcctttggcaacaccctcacaaacacatccagtaacaatactttgcatcctttaatccaatcaagttgacactcaatattaaccatcacaA-------ctttgtcagcttgaacccatccacatctcctgaaatcatacataatcttcaaataaagacaataataaggtcataattacacctaatacagtacagctatcctttgtacaactggaagtgtaccaatccccaacccaaatgctattacataaagttagcaacacttaaatgttgatatgaagtaaacaaatctgacatcacatgataaagcaaaaagaaaggaaataaaatgaatatattttcttagtacaagtgtatatatgtgaaaacatgttctcaacaaaataaagagggaatactcatgacaattacagtcctcatttctgcaacttgtcacatggctgaagctgctattgatgactaccttattccactacccccattccttattctctttgccttcagcaagaacttcagcaggtcgtggtttcttacctggtggagtgacccaaaccttcattcctgaagtgtctgggccatttgcagtcctgccaggattgggctgttgtagtttcccactgacattaatcataggtcgtggcaatactaagagatactccaagggatctcctgtgttcctcgcctactctcccttacctccattgtggagtagtagactgatttcatcttgatagtcctggtcaatcaccctggccaat-ctgtaactcccttcttagcctgttgtattagtctgttgttatgctgctaataaagacatacctgagactgggtaagtcataaaggaaagaggtttaatgaactcacaattccacatggttggggaggcttcacaatcatggtggaaagcaaaggagaagcaaaggcatgctttacctggtggcaggcaagagaacttgtgcagggaaactcccatttataaagccatcagatctcatgagacgt-attcactaccatgagaacagta-gggggaaacccccctcatgattcaattatctccacctggctctgcccttggcatgtggggattattacaattcaaggtgagatttgg-gttaagacac----------------agccaaatca i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154431315 1559 - 190850796 gtattag----gattctccaaagggacagaactaataggataaatgta--tatatgaagggaagtttattaaggaatattgactcacacaatcacaaggtgaagtcccatgacaggtctgcaagctgagaagccatggagccagtctgagtcccaaaacctcaaaaatagggaagccaatagtgtattcttcagtctgtggatgaatgcctcagagcccctggagaatctctggtataattccaaacgtccaaaatctgaagaacttgggagtctgatgttgcagggcaggaagcatccagcatggaagaaagatggaggacacacgactcagcaggtctgttctttccatgcttgctttcatgctggcaggtgattagactgtgctcacccaggctgagggtgggtctgcctctcccagtccactgactcaaatgttaatctcctttggcaacacccttacaaacatatccaggaacaatactttgcatccttcaatccaatcaagttaacactcaatattaatcattgcaagtccattccttgtcaacttgaacccacacacatctcccgaaattatacataatcttcaaataaaggc---aataaggtcataattatacctaacacaaaacagctat-ctttgtacaaatggcagtgtaccaatccccaacccaaatgctattacataacgttaacaatgcttaaattatgataggaagtcaataaatcttacgtcacatcataaaggaaaacaaaaggaaataaattgaatatattttcttagtacaagtttttatatgtgcaaacatgttctcaacaaaataaggaggaaatactcgtgacaattagcctccttgtttctgcaactggtcacatagctgaagctggtatcagtgactactttattctactac---cattccttattctctttgccttcagcaagcacctcaggaggtagcaattttttacctggagaagtgacccaaacctttattcctgaagggtctgggccatttgtagtc-tgccaggatagggctgttatagtttcccatcgacatttatcacagg-catggcaatactgagacacaccctaaaggatctcctgtgtcccacgcatactcttcgttacctctattgtggaatagtagactgatttcatcttgacagtctgggtcagtcaccccagccaacaccataactcccttcttagcctgttatattagtctgtttttatgctgctaataaagacataccccagactggataattcataaaggaaagaggcttaatggactcacagttctgcatggttggggaggcctcacaatcatggtggaaggcaaaggagaagcaaaaccacatctcacatggcagcaggcaagagagcttgtgcaggggaactcccatttgtaaaaccatcggatctcacgagacttaattcactgccatgagaatagtatgggggagactaccctcatgattcaa--atctccacctggccctgcccttgacacgtggggattattacaattcaaggagagacatggtggggagacac----------------agctaaagca i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78082666 9 - 160039680 I e canFam3.chr15 53425278 318 + 64190966 I a score=81263.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 87728 25 + 164536 TATCATAGACTATATGGTTATATTT s panTro4.chr4 159021817 25 + 193495092 TATCATAGACTATATGGTTATATTT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161797966 25 + 198332218 TATCATAGACTGTATGGTTATATTT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79832473 25 + 115148730 TATCACAGACTATACGGTTATATTT i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149643495 25 + 184069350 tatcaTAGACTATACGGTTATATTT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155195110 25 + 189454096 tatcaTGGACTATACGGTTATATTT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145406321 25 + 178775436 tatcatagaCTATACGGTTATATTT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102488105 25 + 135778131 tatcaTAGACCATACGGTTATATTT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154432874 25 - 190850796 tctcaTAGACTATACAGTCATATTT i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53425596 25 + 64190966 TGTAACAGACTAAATGATCTCACTT i canFam3.chr15 I 318 C 0 e mm10.chr3 78082666 9 - 160039680 I a score=810314.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 87753 240 + 164536 AGTTCTTTACACCTATATTTCTTGGTGTGACTAAGCTA-GAA-----GTTGCAAGAGTT----TTAT-CAAAGGATATATCAGTCATTCTTCATGTAAATATCAAAATA-----------------------------------------ATTTAGACTGCAAGTCCCCACCCTC---CCCAGTCACACTTGCTTCTAGTGCTGATGA------------------------------------------------------------CCCACT-----TTATAACTTTTAAATGGG----------------CTAGAAAAT----------------------------------------CACTGTAAGGTGGGCTAATTTAGTATTCACTTTGAGATCTTTGTGAAACCACAT s panTro4.chr4 159021842 240 + 193495092 AGTTCTTTACACCTGTATTTCTTGGTGTGACTAAGCTA-GAA-----GTTGCAAGAGTT----TTAT-CAAAGGATATATCAGTCATTCTTCATGTAAATATCAAAATA-----------------------------------------ATTTAGACTGCAAGTTCCCACCCTC---CCCAGTCACACTTGCTTCTAGTGCTGATGA------------------------------------------------------------CCCACT-----TTATAACTTTTAAATGGG----------------CTAGAAAAT----------------------------------------CACTGTAAGGTGGGCTAATTTAGTATTCACTTTGAGATCTTTGTGAAACCACAT i panTro4.chr4 C 0 C 0 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CATCAGTAATTTATCTGCAAGTTCCAAAGATGTACAAGCTCCCAGTAATGCTGAAAAGTGGAGGCCTGATGGGGTTGCTAGTGCTCTGCCCAATATATTTCTGTGATGTTCACTTTTTTCAATGAATGACTTATTAAAACTGTCTCATCAGGGTGACAGAATAGATCACTCACGAACTCTCATGGATTCTGCCTTATGGAATGATTGGATAATAATCATT------------AAAC-----------ATAAACTTTCAAATTTTTCTGTAAC------TAATCAGTCTCAT--AATCTGAAAAATTCTGCA--TT--TAAAAAAATTATA---TATAT-GTTGGAACAAATTATAATGAGAAATGACATGATTGCTCTAATATGTAACTTAGCTTGGGTCTATTTTGATTCAGAAAATATGCTGA-TTTCTAAACCAAAAGTTTTAGAACATAGGTTTGAATAT-AGTTTT--ATAACATGGTAAAAATTCTTAACCAGCTATTTTAGTTTGGTTGG i chlSab2.chr7 I 320 C 0 s calJac3.chr3 154437924 476 - 190850796 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macFas5.chr5 C 0 I 176 s papAnu2.chr5 145411299 5 + 178775436 aaaaa i papAnu2.chr5 C 0 I 2 s chlSab2.chr7 102492679 5 + 135778131 aaaaa i chlSab2.chr7 C 0 I 4 s calJac3.chr3 154438410 5 - 190850796 AAAAA i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78086743 265 - 160039680 I e canFam3.chr15 53430287 0 + 64190966 C a score=40545.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 92409 13 + 164536 GTTGTCACTCAAT s panTro4.chr4 159026500 13 + 193495092 GTTGTCACTCAAT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161802641 13 + 198332218 GTTGTCATTCAAT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79837144 13 + 115148730 GTTGTCATTCAAT i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149648785 13 + 184069350 GTTGTCATTCAAT i rheMac3.chr5 I 5 C 0 s macFas5.chr5 155200273 13 + 189454096 GTTGTCATTCAAT i macFas5.chr5 I 176 C 0 s papAnu2.chr5 145411306 13 + 178775436 gttgtcatTCAAT i papAnu2.chr5 I 2 C 0 s chlSab2.chr7 102492688 13 + 135778131 GTTGTCATTCAAT i chlSab2.chr7 I 4 C 0 s calJac3.chr3 154438415 13 - 190850796 GTTGTCATTCCAT i calJac3.chr3 C 0 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rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155201880 9 + 189454096 ATTTACACG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145412901 9 + 178775436 ATTTACACC i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102494293 9 + 135778131 ATTTACACC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53431498 9 + 64190966 ATTTATATA i canFam3.chr15 I 17 C 0 e mm10.chr3 78087862 273 - 160039680 I e calJac3.chr3 154439814 0 - 190850796 C a score=457408.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 94022 133 + 164536 TATAAGATTGTTGAGAAGTTGTGAAGGTCTTATGAGGACTTAATCATAGCAGAACCAAATTTCAATGTTCTACAGTATGGTGATCATTTTGCACTCAGTGTCCATGCTGGAAAGCAGTCAACTGAGTCTTATC s panTro4.chr4 159028112 133 + 193495092 TATAAGATTGTTGAGAAGTTGTGAAGGTCTTATGAGGACTTAATCATAGCAGAACCAAATTTCAATGTTCTACAGTATGGTGATCATTTTGCAGTCAGTGTCCATGCTGCAAAGCAGTCAACTGAGCCTTATC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161804256 133 + 198332218 TATAAGATTGTTGAGAAGTTGTGAAGGTCTTATGAGGACTTAATCATAGCAGAACCAAATTTCAACGTTCTACAGGATGGTGATCATTTTGCAATCAGCGTCCAAGCTGGAAAGCAGTCAACTGTGTCTTATC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s 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i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102494435 1108 + 135778131 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panTro4.chr4 159033786 104 + 193495092 aattgaattcatgggggctggtctttcccatgctattcttgtgatagtgaataagtctcacaagatctgatgggtttatc-gggggttacgcttttgcttcttcc i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161812796 104 + 198332218 aattgaattcatgggggctggtctttcccatgctattctcgtgatagtgaataagtctcacaagatctgatgggtttatc-gggggttacgcttttgcttcttcc i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79844256 105 + 115148730 aactgaattcatggggactggtctttcccatgctattctcatgatagtgaataagtctcacaagatctgatggttttatcaggggattccgcttttgcttcttcc i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s macFas5.chr5 155207430 105 + 189454096 aattgaattcatgggggctggtctttcccatgctattctcgtgacagtgaataagtctcacaagatcttatgggtttatcaggggattctgcttttgcttcttcc i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145418439 105 + 178775436 aattgaattcatgggggctggtctttcccatgctattctcgtgacagtgaataagtctcacaagatcttatAGGTTTATCAGGGgattctgcttttgcttcttcc i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102499833 105 + 135778131 aattgaattcgtgggggctggtctttcccatgctattctcgtgacagtgaataagtctcacaagatcttatgggtttatcaggggattctgcttttgcttcttcc i 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chlSab2.chr7 102500103 7 + 135778131 TAtgacc i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154446158 7 - 190850796 TAtgagc i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53435389 7 + 64190966 tattacc i canFam3.chr15 I 177 C 0 e mm10.chr3 78091361 5 - 160039680 I a score=3573158.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 99970 1071 + 164536 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i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155207707 1050 + 189454096 tcatctcctactagtcttg-tcttttttctccacactgcagccacagtggcttcatcattgttct---aacacgcgagacatgtttctgcttcgtgatctttgcatttacagcctc-tctgcttggaacaattttcccccagatatctgtgtggttaagtccacacacttctccacgtcttcacttgaacataaccttttcagtgagtgagaccctgctaggcaaccctttctcaaattgtacactccccctaccaccagatatttcctcttcct-cccactgttttcttttgttctctttggaaattattacagttaacatgccatatgcatt----tttatttttcgttgattgtctgtctcaattacta----atgag---------gacaagg---cttttgtctgttttgttctttgccaaattccctgaactt-aaaaAAAAGTCAGTAAATA-TCTGAAT----GAATACATAAATCAAAGAAAGATCTTCCTGCAGTCAAATGCTATCAGCTTAGCATTGTATTGTTAGAGTT----TAATCTTCAATATAAACAAGAGA-----TTTTG------------ACTGGGACCTCTTCCTTCTTAATCAA----------------------AGGCCCAATGCCAATAACTCCTGCATTCTCTCTTTCCCTTAATTCAGACTAATGCCTATTATTC--------------------------TTCAATTTCCTACCAT---------GACAAGGGATTCCCTTAATCCC--------------------------------------------------TTTTAATGATATTTTGTAAATCTAGTttttttcttgtacacatccttccc-ttata--ctctcaaggaagtcacagtttataggg-catactttctcattttagaaagcacattacctttacccccaaaggagatgttgaccaaggtactcagtgaccctgaacatttcattataagtcctacgtagcctgccagctgtggaattaaggctgcctggtacatggttcctagggtcaccctgaggacccttgttgcagaccagagttgtgttgacaacctgccagttctct-ggcacacttatgctcatttaaacggg-tacattttgttcaaggatgcaatttcacccttgatttctttcagatcccctgggtagataccatctggatcaa i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145418716 1049 + 178775436 TGATCTCCTACTAGTCttg-tcttttttctccacactgcAGCCACAGTGGCTTCATCATTGTTCT---AACATGCGAGACATGTTTCTGCTTCATGATCTTTGCATTTACAGCCTC-TCTGCTTGGAACAATTTTCCCCCAGATATCTGTGTGGTTAAGTCCACACACTTCTCCACGTCTTCACTTGAACATAACCTTTTcagtgagtgagactctgctaGGCAACCCTTTCTCAAATTGTACACTCCCCCTACCACCAgatctttcctcttcct-cccactgttttcttttgttctctttggAAATTATTACAGTTAACATGccatatgcatt----tttatttttcgttGATTGTCTGTCTCAATTACTA----ATGAA---------GACaagg---tttttgtctgttttgttctttgccaaattccctgaactt-aaaaaaaagtcagtaaata-tctgaat----gaatacataaatcaaAGAAAGATCTTCCTGCAGTCAAATGCTATCAGCTTAGCATTGTATTGTTAGAGTT----TAATCTTCAATATAAACAAGAGA-----TTTTG------------ATCGGGACCTCTTCCTTCCTAATTAA----------------------AGGCCCAATGCCAATAACTCCTGCATTCTCTCTTTCCCTTAATTCAGACTAATGCCTATTATTC--------------------------TTCAATTTCCTACCAT---------GACAAGGGATTCCCTTAATCCC--------------------------------------------------TTTTAATGATATTTTGTAAATCTAG-TTTTTTCTTGTACACATCCTTCCC-TTATA--CTCTCAAGGAAGTCACAGTTTATAGGG-CATACTTTCTCATTTTAGAAAGCACATTACCTTTACCCCCAAAGGAGATGTTGACCAAGGTACTCAGTGACCCTGAACGTTTCATTATAAGTCCTACGTAGCCTGCCAGCTGTGGAATTAAGGCTGCCTGGTACATGGTTCCTAGGGTCACCCTGAGGACCCTTGTTGCAGACCAGAGTTGTGTTGACAACCTGCCAGTTCTCT-GGCACACTTATGCTCATTTAAACGGG-TACATTTTGTTCAAGGATGCAATTtcacccttgatttctttcagaTCCCCTGGGTAGATACCATCTGGATCAA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102500110 1076 + 135778131 tcatctcctactagtcttg-tcttttttctccacactgcagccacagtggcttcatcattgttct---aacatgcgagacatgtttctgcttcatgatctttgcatttacagcctc-tctgcttggaacaattttcccccagatatctgcgtggttaagtccacacacttctccacgtcttcatttgaacataaccttttcagtgagtgagaccctgctaggcaaccctttctcaaattgtacactccccctaccaccagatctttcctcttcct-cccactgttttcttttgttctctttggaaattattacagttaacatgccatatgcatt----ttcatttctcgttgattgtctgtctcagttacta----atgag---------gacaagg---tttttgtctgttttgttctttaccaaattcccagaacttaaaaAAAAAGTCAGTAAATA-TCTGAAT----GAATACATAAATCAAAGAAAGATCTTCCTGCAGTCAAATGCTATCAGCTTAGCATTGTATTGTTAGAGTT----TAATCTTCAATATAAACAAGAGA-----CTTTG------------ATCGGGACCTCTTCCTTCCTAATCAA----------------------AGGCCCAATGCCAATAACTCCTGCATTCTCTCTTTCCCTTAATTCAGACTAATGCCTATTATTCTTTTGCTCCTTCTTAATTTTTTTTTTTTCAATTTCCTACCAT---------GACAAGGGATTCCCTTAATCCC--------------------------------------------------TTTTAATGATATTTTGTAAATCTAG-TTTTTTCTTGTATACATCCTTCCC-TTATA--CTCTCAAGGAAGTCACAGTTTATAGGG-CATACTTTCTCATTTTAGAAAGCACATTACCTTTACCCCCAAAGGAGATGTTGACCAAGGTACTCAGTGACCCTGAACATTTCATTATAAGTCCTACGTAGCCTGCCAGCTATGGAATTAAGGCTGCCTGGTACATGGTTCCTAGGGTCACCCTGAGGACTCTTGTTGCAGACCAGAGTTGTGTTGACAACCTGCCAGTTCTCT-GGCACACTTATGCTCATTTAAACGGg-tacattttgttcaaggatgcaatttcacccgtgatttctttcagatcccctgggtagataccatctggatcaa 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tcatcttctactagtcttg-tctttcttctccacactacagccacagtggcgccatcattgttct---aacatgccagacatgtttctgcctcactatctttgcatttaaagtctc-tctgctgggaacattgttccctcagata----catggttaagtccacacacttcctcaagtcttcacttgaactcaatgttttcagtgagggaggccttgcctggccactctttctcaaattgtatactcctcctattacctggtctttcctctcctt-cacactgttttcttttgttctctttggaaattatcaatgctaaagtgccatacatatttttatttatttgttgttgattgtctgtctcaatcacta----atgag---------ggcaagg---tttttgtctattttgttttatgccaaattcccagaacttaaaaaaaaagtcagtaaatattttgaat----gaataaatGAATCAAAGAAAGATCTTCTTGCAGTCAAATGTTGTCAGCTTAGCAATGTACCATTAGAG-G----AAATCTTCAATATAAACAAGAGA-----GTTTG------------ATTGGGACCTC---------------------------------------------TGCCCATAACTCCTACATTCTGT-TTCCCTTTAATTCAGACTAATGCCTATTATTCTTTTGTGTCTTCTTAATTTGTTT---TTCAATTTCCTACCAT---------GAAATGGGATTCCCTTAATCCC--------------------------------------------------TTTTAATGATATTTTGAAAATCTAG-GTATTTCTTGTACACATCCTTCCT-TTAtactctctcaaggaactcacagtttatagag-catactttctcattttagaaagcacattacctttacccccaaaggagatgttgaccaaggtgctcagtgaccctgcacattttattataaatcctatgtagcctcccagctgtggaattaaggttgcctggtatatggttcctagggtcaccctgaggacccttggtgcagaccagagctgtgttgacaacctgccagttctct-ggcacacttaggctcatttaaacagg-tacattttgttcaaggaggcaatatgactcttgacttctttcatatcccataggtagataccatctggatcaa 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TCCTCATATGCTGGCCTTGATCTTTTTtct----actggagacacattggtctcctccttgctctgcaagctttctaggcaggcctctgtctcgggacctctgcact--cctttcc-tctggttggagcaaggattc------taccttcatg----agctca----------------ttcacttgaac----tcctttc--tcaggaaggctcctccaggcagcccctacttggaatgcatactctcctttccctgagaggat---tcttctt-tcaaatctttcactttgttctttttagaagcccattcaccaaacacaccgtgt---------ttctctttgtgttatttgtctgtctccatcaccacagcatgagcctcctcaaggaccgg---actttgtctacgctccttgttgtccaatccccaacaat--aaacactagccagtagtta-tcagaataaaggaatgaatacataaatTCATGGTCTTTCTGAAGCCTCATTCTTATAGTTTGAGGTTACTAGGAAAAAATT-------TTTTTAATAAAGAAAATGGC-----TGTAGGGATTACATAATACTGGAGTGTTCTCTTTCTCTAAC---------------------------CTCATTCATCACAAGTC------TCCCCACCCCCACTCATTCAGGTGAA-----ACTATTCTTCTGTCTCTTCCCTGTT--------ATCCACTTACGATCATGTTCCCTGGGAACAGTTATTCCCTTGATTCC--------------------------------------------------AATTACTTACA-TGTGGAAGTCTGG-GT-TCTCCTGCGAATAGCTTTACT-TTCCC--CTC----------------------------------------CAGGAAGTGGATTACCTTCACTCCCTAAGGAGACAGTGGCCAAGGTCCTTA----------------TATACAGAGCCCTGTGCAG----CCAGTCATGGAGGAAAGGTTCGACTGTGT---GTTCTTAGGGCCATTTTCACGTCCTTTGCAGCAG----GAGCTGTGTTGACAATCTTTC-GTGCTCTGGGAACTTATATGTCTATTTAAAGGGC-CATATTTTGTTCAAAGATCTAATTTCACCCCTGATTGCAATTATGTCCCAT--GTAGATGGCACTGGGTCCAA 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i canFam3.chr15 C 0 C 0 a score=743504.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 101041 241 + 164536 gggattattttatatt-----caggaccactaagtcataggggattctgttaccttatccaaatt---taatttagttc------ctgttttctctgtttcaaa-agactgcaaagttcccatca----tatattttcttaatgaagccaggagttggttgggtctccctttgtc---cttttcacccatgaacacctattttgcactct------atcaaatggtcatgatgagtctccagccagctctg-tgtttttcatgtgttttt s panTro4.chr4 159035132 241 + 193495092 gggattattttatatt-----caggaccactaagtcataggggattctgttaccttatccaaatt---taatttagttc------ccgttttctctgtttcaaa-agactgcaaagttcccatca----tatattttcttaatgaagccaggagttggttgggtctccctttgtc---cttttcacccatgaacacctattttgcactct------atcaaatggtcatgatgagtctccagccagctctg-tgtttttcatgtgttttt i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161814132 241 + 198332218 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hg38.chr4_GL383527v1_alt 101282 150 + 164536 aaagcat--ttttaatgattgTTT-TCCCCAAAACT-ATCCAAAGTTATCCTGCCCTTCAG-T-TCCAACACAAGTCCTTTTCCTCAGCCTGTCTTTATCTATCCCTACATTCCCATCATGCTTATAGT----GTATGCTACATAATTTATCTTCAGTAG s panTro4.chr4 159035373 150 + 193495092 aaagcat--ttttaatgattgTTT-TCCCCAAAACT-ATCCAAAGTTATCCTGCCCTTCAA-T-TCCAACAGAAGTCCTTTTCCTCAGCCTGTCTTTATCTATTCCTACATTCCCATCATGCTTATAGT----GTATGCTACATAATTTATCTTCAGTAG i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161814373 150 + 198332218 aaagcat--ttttaatgattgTTT-CCCCCAAACCT-ATCCAAAGTTATCCTGCCCTTCAA-T-TCCAACACAAGTCCTTTTCCTCAGCCTGTCTTTATCTATCCCTACATTCCCATCATGCTTATAGT----GTATGCTACATAATTTATCTTCAGTAG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79845846 150 + 115148730 aaagcat--ttttaatgattgTGT-CCTCCAAAACT-ATCCATAGTTATCCTACCCTTCAA-T-TCCAACACAAGTCCTTTTCCTCAGCCTGTCTTTATCTATCCCTACATTCCCATCATGCTTATAGT----GTATGCTACATAATTTATCTTCAGTAG i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149657388 150 + 184069350 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TCAGGACACTCTGCTTCCATGGGCATATACCACTTCCATCCTAAGG----------GTGAGGAGGGGA---------AAGATGTATGTTGT---------GCTCATTATAGTTGATGGAGATAAGAGAATTAATAAATATTAATGAATTACTTTTTAGGCTATAAAGATAC--------CCTATTAAGTAT--GCTTATAGTGGATGCACATGAAATGTCCTAAGGATATAAACCCATATTAGTCA----TTACTCCAGTATTGGCTGCCGATCATGCTGATAGTGGATCTATTAACTTGCTTTCACTTAACAAACTAGAACAAACGAATAAAAGAACTAATCCTGAAAGAAAGAGAGGAGACAGAGGGAATGAAATCAGGGATCATAGG--ATCCCGTAAAAGGAAGAAGGATCCACAGAAAAGGCAGAGG--AGAGTA-GATTTGAGATTGGATGAAACTGA---CATAACCAGAGGGCCATGTGTGGCAGAGTTAGATCaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGGAATGACAATTGGATATCTTTGCAGAGTTACATTTTGAGCAACTTTATGGCTGTAAGTGCTCTTTTAAAGGT-----TA------TATCTCCCGTGCCTATGGCATAGTAAAAACACTCACT---------------------ATACAGCAGGGTCTCCAAACTTCAACAAAGGTGAAC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154451217 631 - 190850796 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gtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggcggatcatgaggtcaggagttcaagacctgcctgaccaacatggtgaaaccctgtttctactaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggcgcacacttgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggagaatcgcttgaacctgggaggtggaggttgcagtgagccaagattgcattactgcactccagcctgggtggtagagtgagactccgtctcaaa-----aaataaaaaaaaagagaaaaCGTA--- i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149661269 281 + 184069350 gtaatcccagcactttggg----------aggcagatcaggcggtcaggagttcaagacgagcctgaccaacatggtgaaaccccgtttctactaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggggcgcacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggacaatcgcttgaacctgggaggtggaggttgcagtgagccgagatcacaccactgcgctccagtctgggtgacagagcgagactctatctcaaaaaaacaaaaaaagaaaaagaaaaaaGGTGAAT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155212886 281 + 189454096 gtaatcccagcactttggg----------aggcagatcaggaggtcaggagttcaagacgagcctgaccaacatggtgaaaccccgtttctactaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggggcgcacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggacaatcgcttgaacctgggaggtggaggttgcagtgagccgagatcacaccactgcgctccagtctgggtgacagagctagactctatctcaaaaaaacaaaaaaagaaaaagaaaaaaGGTGAAT i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145424034 291 + 178775436 gtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggcagatcatgaggtcaggagttcaagacgagcctgaccaacatggtgaaaacctgtttctactaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggggcgcacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggacaatcgcttgaacctaggaggtggaggttgcagtgagccgagatcacaccactgcgctccagcctgggtgacagagcgagactctatctcaaaaaaacaaaaaaagaaaaagaaaaaaggtgaat i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102505327 291 + 135778131 gtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggcagatcaggaggtcaggagttcaagacaagcctgactaacatggtgaaaccccgtttctactaaaaatacaaaaattagctgggcatggtggggcgcacctgtaatcccagctactcaggaggctgaggcaggacaatcgcttgaacctgggaggtggaggttgcagtgagccgatatcacaccactgcactccagcctgggtgacagagcgagactctatctcaaaaaaacaaaaaaagaaaaagaaaaaaGGTGAAT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e mm10.chr3 78095011 1069 - 160039680 I e canFam3.chr15 53440114 43 + 64190966 I e calJac3.chr3 154451848 0 - 190850796 C a score=6712.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 105489 3 + 164536 ACA s panTro4.chr4 159039580 3 + 193495092 AGA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161818558 3 + 198332218 ACC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79850073 3 + 115148730 ACA i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149661550 3 + 184069350 ACA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155213167 3 + 189454096 ACA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145424325 3 + 178775436 ACA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102505618 3 + 135778131 ACA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154451848 3 - 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rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155213213 66 + 189454096 AGGGCAGTTCCTGCTT--AAAAAAAAAAAAAGAGTCTCTCGAATATTCCTTTAATTAAAGATCCCTAA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145424371 63 + 178775436 AGGGCAgtttctgctt-----aaaaaaaaaagagtctctcGAATATTCCTTTAATTAAAGATCCCTAA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102505664 67 + 135778131 AGGGCAGTTCCTGCTT-AAAAAAAAAAAAAAGAGTCTCTCGAATATTCCTTTAATTAAAGATCCCTAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154451894 68 - 190850796 AGGGCAGTTTCTGCATAAAAACAACAACAACAAAACTCTCATATATTCCTTTAGTTAAAGATGCCTAA i calJac3.chr3 C 0 I 223 s mm10.chr3 78096123 19 - 160039680 GAGGCAGATCCTACAG-------AAA------------------------------------------ i mm10.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53440157 59 + 64190966 AAGGCAGTTTGTGCTC---------AAAAATATCTCTCCAGTATATTTCTTTAATTAAAGATTACTAA i canFam3.chr15 I 43 C 0 a score=444637.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 105599 133 + 164536 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ttaaaaGTCCCCTCTTTAATACACGGTGGATAATTTTTGGCAGGATTGGATTTGTGGCTAATTCACA--TTAT---------------------------TACAAATCCAGTAATAAATC-AATGATTTGGTGGT-AAAACTTAATGCACAAAAATAAATA i calJac3.chr3 I 223 C 0 s mm10.chr3 78096142 136 - 160039680 --------------CCCACTACCCTCTG----------GGAAGGACTGGATTCATGCATAACCCACTACTTacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgcaATGGTTTGGTGGC-AAATTATAATGACCAACTATAAACA i mm10.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53440216 133 + 64190966 TTGAATTGTATTCCTTTAATACAAGATAGATACTTTCTGGAAGGATTCAGTTTCTGGCTAATTCACACTTCAT---------------------------TATGAATTCAATAATAAAGCAAATGATTTGGTGGT-AAAGTTTAAATCATAACAATAGATA i canFam3.chr15 C 0 I 216 a score=194984.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 105732 53 + 164536 TAGACTCTGAGA---AGCAAAA----ATCATTCTAACTACACATTGACTGCGAAACAGCT s panTro4.chr4 159039820 53 + 193495092 TAGACTCTGAGA---AGCAAAA----ATCATTCTAACTACACATTGACTGCGAAACAGCT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161818800 53 + 198332218 TAGAATCTGAGA---AGCAAAA----ATCATTCTAACTACACATTGACTGAGAAACAGCT i 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i canFam3.chr15 C 0 C 0 a score=32012.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 109586 14 + 164536 -aaaaa----------aaaaaaaGC s panTro4.chr4 159043677 14 + 193495092 -aaaaa----------aaaaaaagg i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161822606 14 + 198332218 -aaaaa----------aaaaaaagg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79854137 14 + 115148730 -aaaaa----------aaaaaaagg i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149665610 14 + 184069350 -aaaag----------aaaaaaagg i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155217227 14 + 189454096 -AAAAG----------AAAAAAAgg i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145428612 14 + 178775436 -aaaag----------aaaaaaagg i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102509693 24 + 135778131 -aaaagaaaagaaaaaaaaaaaagg i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s mm10.chr3 78099567 14 - 160039680 -aacaa----------acaaaaaac i mm10.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53443952 14 + 64190966 gaaatg----------aaaaaaac- i canFam3.chr15 C 0 C 0 e calJac3.chr3 154455992 0 - 190850796 C a score=69476.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 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ttagctgggcgtggtggttc-atgcctgtaatcccagctactcagggggctgaggcaggaaaatcatttgaagccaggaggcggaggttgcagtgagctgagatcacaccaccgcactccaacctggatgacagagcaagtctccaacTCa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102509848 150 + 135778131 ttagccgggtgtggtggttc-atgcctgtaatcccagcgactcagggggctgaggcaggaaaatcatttgaagccaggaggcagaggttgcagtgagctgagatcacaccaccgcactccagcctggatgacagagcaagtctccaacaaa i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e mm10.chr3 78099631 72 - 160039680 I e rheMac3.chr5 149665658 284 + 184069350 M e canFam3.chr15 53443979 0 + 64190966 C e calJac3.chr3 154455992 0 - 190850796 C a score=14993.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 109880 20 + 164536 aaaaaaataaataaataaat s panTro4.chr4 159043972 20 + 193495092 aaaaaaataaataaataaat i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161822899 20 + 198332218 aaataaataaataaataaat i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79854433 20 + 115148730 aaataaataaataaataaat i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s macFas5.chr5 155217522 14 + 189454096 aaaaaaaaaaaaaa------ i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 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aaaagaatgagaagacatgaataaccaatttaccaatattagaaatgaaagaagagccatgattacagatgcttcaggcattagaagaataa-tattttgacaactttatgacaat-aa-cttggcaaactgtacaatatggacaaactttttgaaaggcacagattgccaaagat i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155217546 173 + 189454096 aaaagaatgagaagacatgaataaccaatttaccaatattagaaatgaaagaagagccatgattacagatgcttcaggcattagaagaataa-tattttgacaactttatgacaat-aa-cttggcaaactgtacaatatggacaaactttttgaaaggcacagattgccaaagat i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145428919 173 + 178775436 aaaaagatgagaagacATGAATAACCAATTTaccaatattagaaatgaaagaagagcCATGATTACAGATGCTTCAGGCAttagaagaataa-tattttgacAACTTTATGACAAT-AA-CTTGGCAAACTGTACAATATGGACAAACTTTTTGAAAGGCACAGACTGCCAAagat i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102510019 173 + 135778131 aaaagaatgagaagacatgaataaccaatttaccaatattaggaatgaaagaagagccatgattacagatgcttcaggcattagaagaacaa-tattctgacaactttatgacaat-aa-cttggcaaactgtacaatatggacaaactttttgaaaggcacagattgccaaagat i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154455992 173 - 190850796 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ponAbe2.chr4 161823097 436 + 198332218 gaaaggagacatagaaaacttgagcagccttttatcagccaaaggcattaaatttgtaagtgaaaactgactcacaaagaaaacttcaggcccaggtggctt-tt-tggtgaactttatataataaagaaagaagtaataccaatattat------cctttgagaaaatcaagaagaagggaatacgctgcaactta----------aataagaccagtgttaccctgattctaa-accagaaaaatatatctaaataaaatagaactacataccagtatccctcataaatatgctgtagatacaaaatccttaacaaaa---tagcaaatcaaatctaacaatatatgtaaaggacaatacattgtgaccaagtgaagtttatt-tagaaatgctaggttggtttaaaatttcaaaatcaatcatcagtatgacacatcatattaacagaa---caaaaaa i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79854944 436 + 115148730 gaaaggaaaaatagaaaacttgagcagccttttattagctaaaggcattaaatttgtaagtgaaaactgactcacaaagcaaacttcaggcccaggtggctt-tt-tggtgaactttatacaatgaagaaagaagtaataccaatattat------cctttgagaaaatcaagaagaagggactaagctgcaactta----------aataagaccagttttaccctgattctaa-accagaaaaatatatctaaataaaatagaactacataccagtatccctcataaatatgctgtagatacaaaatccttaacaaaa---tagcaaatcaaatctaacaatatatgtaaaggacaatacattgtgacaaagtgaagtttatt-tagaaatgttaggttggcttaaaatttcaaaatcaatcgtcagtatgatacatcatattaacagaa---caaaaaa i nomLeu3.chr7b I 305 C 0 s rheMac3.chr5 149666136 427 + 184069350 gaaaggagaaacagaaaatttgagcagccttttatcagctaaaggcattaaatttgtaagtgaaaac--actcacaaagaaaacttcaggcccagatggttt-tt-tggtgaactttatacaatgaagaaagaagtaataccaatattat------cctttgagaaagtcaagaagaagggaacaagctgcaactta----------aataagaacagtgttaccctgattctaa---cagaaaaatatatctaaataaaatagaactacataccagtatccctcataaatatgctgtagatgcaaaatcctt-----ca---tagcaaaccaaatctagcaatatatgtaaacgacaatacattgtgaccaagtgaagtttatt-cagaaatgctaggttggtttaaaatttcaaaatcaatcatcagtatggtacatcatattagcagaa---ccaaaaa i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155217719 427 + 189454096 gaaaggagaaacagaaaatttgagcagccttttatcagctaaaggcattaaatttgtaagtgaaaac--actcacaaagaaaacttcaggcccagatggttt-tt-tggtgaactttatacaatgaagaaagaagtaataccaatattat------cctttgagaaagtcaagaagaagggaacaagctgcaactta----------aataagaacagtgttaccctgattctaa---cagaaaaatatatctaaataaaatagaactacataccagtatccctcataaatatgctgtagatgcaaaatcctt-----ca---tagtaaaccaaatctagcaatatatgtaaacgacaatacattgtgaccaagtgaagtttatt-cagaaatgctaggttggtttaaagtttcaaaatcaatcatcagtatggtacatcatattagcagaa---ccaaaaa i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145429092 423 + 178775436 gaaaggagaaacagaaaatttgagCAGCCTTTTATCAGCTAAAGGCATTAAATTTGTAagtgaaaa------cacaaagaaaacttcaggcccagATAGTTT-TT-TGGTGAACTTTATACAATGAAGAAAGAAGTAATACCAATATTAT------CCTTTGAGAAAGTCAAGAAGAAGGGAACAAGCTGCAACTTA----------AATAGGAACAGTGTTACCCTGATTCtaa---cagaaaaatatatctaaataaaatagaactacATACCAGTATCCCTCATAAATATGCTGTAGATGCAAAATCCTT-----Ca---tagcaaaccaaatctagcaatATATGTAAACGACAATACATTGTGACCAAGTGAAGTTTATT-CAGAAATGCTAGGTtggtttaaaatttcaaaatcaatcatcaGTATGGTACATCATATTAGCAGAA---CCAAAAA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102510192 425 + 135778131 gaagggagaaac--aaaattggagcagccttttaccagctaaaggcattaaatttgtaagtgaaaac--actcacaaagaaaacttcaggcccagacggctt-tt-tggtgaactttatacaatgaagaaagaagtaataccaatattat------cctttgagaaagtcaagaagaagggaacaagctgcaactta----------aataagaacagtgttaccccgattctaa---cagaaaaatatatctaaataaaatagaactacataccagtatccctcataaatatgctgtagatgcaaaatcctt-----aa---tagcaaaccaaatctagcaatatatgtaaaggacaatacattgtgaccaagtgaagtttatt-cagaaatgctaggttggtttaaaatttcaaaatcaatcatcagtatggtacatcatattagcagaa---ccaagaa i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154456165 427 - 190850796 ggaagaagaaacagaaaacctaagcagccttttatcaactaaaagcattaaatttgtaagtgaaaactgattcacaaagaaaactt------cagattgctt-tt-tggtaaactttatacaatgaagaatgaagtaatatcaatatcat------cctttgagaaaatcaagaata---gaacacactgcaacttc----------aataagaccagtgttatcctgattctaa-accagaaatatatatctaaataaaatagagctacataccgatatccctcataaatacgctgaagacgcaaaatccttaacaaaa---tagcaaatcaaatctaacaatatatgtaaagcacaatacattgtgaccaagtaaagtttatt-cagaaatgctaggttggtttatattttcaaaatcagtcatcatttttatacatcatatgaacagaa---caaaaca i calJac3.chr3 C 0 C 0 s mm10.chr3 78099855 412 - 160039680 ---gaacgaaaccgaaaacacgaa----cctttatcagctcacagccttacaattgtgatagaaaactgacccagaaagaaaacactagttccagatggctt-cgatgatgaattccatacaaataagaaagaaatgacacgagtatgat------------agacaacaaagagaaagg--atacttcacagctta----------aactggaccaatgtgaccttgagtctaa-accagaaag--ggagcccaagaaaacaggacgacacatgaataactcttttgagtac-----aaatgcaaaatccttactgaaatactaacaaatcaaacccaacagtgttttagacagaaaatacatcatgatcaagtggagcagata-cacaaatggtacacggactag------cacaggaaaacatgaacataaggaatcactttaacagaa---tAGGGAA i mm10.chr3 C 0 I 513 s canFam3.chr15 53444162 390 + 64190966 -------------gaa--------------------------------------tgtaagagaaatt-----------gaaaactctaagcccagatgtcttggt-tggtgaattctacacaattaaaaaataa-taataccaatcttatacacattctttgagaaaacaaaagataagggaacactttacaccttattttataatttataaggccagtatgaccctgattgcaaaaccagacaaagacatctcaagaaaatagaacaacgcaccaatagccctcatg-----gctatagatgcaaaatccttaagaaaatattagaaaattaaatccaacaatatataaaaaggacaacacatcatgaccacgtaaggttcattaaaaaaatgttacactggttgaatttttgaaaatcaatc---agcataatataccacattagcagaatttttaaaaa i canFam3.chr15 C 0 C 0 a score=17190.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 110519 4 + 164536 ggaa s panTro4.chr4 159044611 4 + 193495092 ggaa i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161823533 4 + 198332218 ggaa i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79855380 4 + 115148730 ggaa i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149666563 4 + 184069350 ggaa i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155218146 4 + 189454096 ggaa i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145429515 4 + 178775436 GGaa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102510617 4 + 135778131 ggaa i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154456592 4 - 190850796 ggaa i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53444552 4 + 64190966 ggaa i canFam3.chr15 C 0 I 142 e mm10.chr3 78100267 513 - 160039680 I a score=711998.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 110523 300 + 164536 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tatac--caca-----cacac------------------------------------------acatgcatgcacatgtggtAGAGGCTGGTACACCCTTTGGAGATCCTTAAAATTACACAAATTGTTTAATTAAGAAAATCTAATTCTAGGAATGCATTTTAGACTCTTGATTGTAGGCAATGCTA--------------------TACATGTTCGTTCTACAC--ATGTGTCTGCGAGGTGAGGCAGTAGTTGAACCATATACTCTATTTAGTTGGAGAGCTAATGCAAGTTTGTCTTACTAGATCATTTGTGACATCAACCAGTAAAACAATATAT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102510621 271 + 135778131 TATACCACACA-----CACAC------------------------------------------ACATGCATGTACATGAGGTACAGGCTGGTACACCCTTTGAAGATTCTTAAAATTACACAAATTGTTTAATTAAGAAAATCTAATTCTAGGAATGTATTTTAGACTCTTGAGTGTAGGCAATGCTA--------------------TACGTGTTCATTCTACAC--ATGTGTCTGCGAGGTGAGGCAGTAGTTGAGCCATATACTCTATTTAGTTGGAGAGCTGATGCAAGTTTATCTTACTAGATCATTTGTGACATCTATGAGTAAAACAATATAT i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154456596 332 - 190850796 TATACcacaca-----cacat--gcacatacacacattcacaagcaaacacacacacgcacatacacacacgtacaAGAGGTATAAACTGGTATACCCTTTCAAGATTTTTAAAACGACA-AAATTGTTTAACTAAGAAAATCTAATTCTAGGAATGTATTTTAGACTCATGCATGTAGGCAATTCTATAGCCCTAAGCATTGTGTGTTATCTGTGGGTTCTACACATGTGTGTCTGGGAGGGGAGGCAGCAGTTGAGACACACATTCTGTTTAGTTGGAGAGCTAATGCAAATTAATTTTCATAGATCGTTTGTGACATCTATGAGAAAAACCGCATGT i calJac3.chr3 C 0 I 177 e mm10.chr3 78100267 513 - 160039680 I e canFam3.chr15 53444556 142 + 64190966 I a score=9450.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 110823 4 + 164536 TGCC s panTro4.chr4 159044922 4 + 193495092 TGCC i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161823832 4 + 198332218 TGCC i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79855687 4 + 115148730 TTCC i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149666838 4 + 184069350 TGCC i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155218421 4 + 189454096 TGCC i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145429788 4 + 178775436 TGCC i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102510892 4 + 135778131 TGCC i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e mm10.chr3 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aataata---attattattGTTGTTGTTATTAttttgagatggagtctggctctgtagcgcaggctggagtgcagtggcgcgatctccgctcactgcaagctccgcctcccgggttaacgccattctcctgcctcag i rheMac3.chr5 C 0 I 122 s macFas5.chr5 155219084 137 + 189454096 aataataattattattattgttgttgttattattttgagatggagtctggctctgtagcgcaggctggagtgcagtggcgcgatctccgctcactgcaagctccgcctcccgggttaacgccattctcctgcctcag i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145430447 137 + 178775436 aataataattataattattattgttgttattattttgagatggagtctggctctgtagcgcaggctggagtgcagtggcgcgatctccgctcactgcaagctccgcctcccgggttaacgccattctcctgcctcag i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102511556 131 + 135778131 aataata------ataataatTGTTGTTATTAttttgagatggagtctggctctgtagcacaggctggagtgcagtggcgcgatctcggctcactgcaagctccgcctcccgggttaacgccattctcctgcctcag i chlSab2.chr7 C 0 I 1 e mm10.chr3 78100267 513 - 160039680 I e canFam3.chr15 53444976 53 + 64190966 I e calJac3.chr3 154458023 54 - 190850796 I a score=83933.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 111598 59 + 164536 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ctttatataaggTAGAACATGGGTCTCAAACCCCTTGGCCATGGACCaatactggtctgtggcctgttaaggaccgggctgcacagcaggtgGTGAGGGGCCTGCGagcgagcattaccacctgagctccaccttctgtcagatcagcagcagcattagattatcataggagcacaaaccctactggGAAcggcgcatgtgagggatctagttTGCTCCATCCTTATGTGAATCT-ATGCTTGATGATCTGGGGTGGAACAGCTTCATCCTGAAATCATCCGCATCCttctcaccccacccccacacctcagtccgtggaaaaactgtcttccatgaaaccaatccctggtgccaaaaag---tttggggaccactg i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102515293 376 + 135778131 CTTTATATAAGGTAGAAcatgggtctcaaaccccttggccatggaccagtactggtctgtggcctgttaaggaccaggctgcacagcaggtggtgaggggcctgtgagcgagcattaccacctgagctccaccttatgttagatcagcagcagcattagattatcataggagcacaaaccctactgagaacggcacatgtgagggatctagtttgctccatccttatgtgaatct-atgcttgatgatctggggtggaacagcttcatcctgaaaccatctgcatccttctcaccccacccccacactccagtccgtggaaaaattgtcttccatgaaaccaatccctggtgccaaaaagggatttcgggaccactg i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154461743 372 - 190850796 TTTTATACAAGGTAGAAGaggtgtaccaaaccactgggctatggaccagtactggtctgtggcctgttaaggaccaggctgcagagcaagtggtgaggggcc-gtaagcgagcattatcacctgagcaccacctgctatcagatcagtagcagcattagattatcataggagcacacaccctactgtgaactgtgcatgagagggttctaggttgcacagtccttatgtgaatctaatgcttgatgatctgggatggaacagcttcatcctgaaatcatctgcatcctccctacccca-ccccacatctcagtctgtggaaaaattgtcttccatgaaaccaatcccaggtacaaaaaag---tctggggcccactg i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78104057 672 - 160039680 I e canFam3.chr15 53447068 8 + 64190966 I a score=44348.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 115545 12 + 164536 AGGTAGAAAATA s panTro4.chr4 159049640 12 + 193495092 AGGTAGAAAATA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161828539 12 + 198332218 AGGTAGAAAATA i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79860419 12 + 115148730 AGGTAGAAAATA i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149671631 12 + 184069350 AGGTAGAAAATA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155223163 12 + 189454096 AGGTAGAAAATA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145434537 12 + 178775436 aggtaaaaaata i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102515669 12 + 135778131 AGGTAGAAAATA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154462115 12 - 190850796 AGGTTTAAAATA i calJac3.chr3 C 0 I 377 s canFam3.chr15 53447076 12 + 64190966 AGGTAGAAAATG i canFam3.chr15 I 8 C 0 e mm10.chr3 78104057 672 - 160039680 I a score=792533.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 115557 238 + 164536 GGTATTAAAGCTTTCT-TGGATAAAGCCTATTTGGAGGACCTAATTCCAGATTTCAAGGGGCTGATTACGGCAAGCACATATAAGTGGCTCATTAGTTAGGATCACTTGTTATAAAGATGCTATGGCCATCTATTTACACATAAATAAATATTCCTAAATATATAAATAATCTTA------TAATAATATAACCTGTGTCATTACGGCAACTGGTCTTAAGGTAAAGCTTTGGAAATTTTATGTA s panTro4.chr4 159049652 238 + 193495092 GGTTTTAAAGCTTTCT-TGGATAAAGCCTATTTGGAGGACCTAATTCCAGATTTCAAGGGGCTGATTATGGCAAGCACATATAAGTGGCTCATTAGTTAGGATCACTTGTTATAAAGATGCTATGGCCATCTATTTACACataaataaatattcctaaatatataaaaaatctta------taataatataaCCTGTGTCATTACAGCAACTGGTCTTAAGGTGAAGCTTTGGAAATTTTATGTA i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161828551 237 + 198332218 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ponAbe2.chr4 161828830 221 + 198332218 gtatcaagcaacttttattggatccaatattgggtctgtg-cctcccaaaaggataagaaTACCAAATGTTCTGTGGTAAAATAATGAGCATCAGTAAATATGAGGGCATAGCTAGGTTTTGGCACAAAGGAG---AGTAGGCCGAACCCAATAGTTAAGAGCTTCCTGAGCACTGGAAGCTTCTAAAGGAGTGAACGTGCAGAGATAAAGGATGCCATCCAAAG i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79860711 221 + 115148730 GTATCAAACAACTTTTATTGGATCCAATATTGGGTCTGTG-CCTCCCAAAAGGATAAGAATACCAAATGTTCTGTGGTAAAATAATGAGCATCAGTAAATATGAGAGCATACCTAGGTTTTGGCACAAAGGAC---AGTAGGCTGAATTCAATAGTTAAGAGTTTCCCGAGCACTGGAAGTTTCCAAAGGAGTGAAAGCGCAGAGATAAGGGGTGCCATCCAGTG i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149671919 220 + 184069350 GTATCA---AACTTTTATTGGATCCAATATTGGGTCTTCG-CCTCCC-AAAGGATAAGAATGCCAAATGATCTGTGGTAAAATAATGAGTATCAGTAAATATGAGGGCAAACCTAGGTTTTGGCACAAAGGAAAGTAGTAGGCTGAATCCAACAGTTAAGAGCTTCCTGAGCATTAGAAGTTTCTAAAGTAGTGAAAGCTCAGAGACAAGGGATGTCATCCAAAG i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155223451 220 + 189454096 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ATAATAATAAGAAAAGGAAATTAAATGTTTCTCTTTTCTCCAACTCAGTCTCCAACAAGGCAGGAAGAACTCTTAAG-GTGGTGCGTTAGTTTAAGGA-----GAATCATTAACCATCAGGATTCTTTAACCAGGCTAAAGGCAGGCTCTTTGTCTCTAACCTCCGATCACTAGCGCCCTCCTCGGG--AAG-AAAAAAACGACAGGTTCCTTCCAC-CAACAGGCTGCTCCCTGTTTCTGGTTCTCATAAATGAGAAATAGAGGAGCTTTGGAAGCCAGTGGCAATGATCGAGGGGATTGCC-AAAAGGGG------------GTGCTTCTTCCCAC---CAAGAACACTTTGGACG-TATCTATCCATTCATTTGGGTGCGTCCCAAAAATTCATAGCGACAAATCTTTTCTGGAAAATCAAATCGTTTGGTGAGCAAAGGCA-------TGGGGGAGCGACACCATGGCACAAGGGGAGGGGAGAGAGAAGCTGGCTTTTGCACCCGCAGCTCAGTGCCCCAGACGCATCGCAGAGCCACGGGTGCCCACTAGCAGGGTAGCCTCTCGGGGGCCCTCTTCCGCAGCCCA---------GACCCGGGACAGGAAGTGGGGGAGCAGGGACAGA-CCCGGGGAGGCGCGCGCTCGGTACCCGGAAGGCGGCGGCCTCATGCTCGCGGTTCCGCGGCCAGGTCGGGGTGAAGGGGGCGTGGGACTCCGCATCGCCGCCGCCCCGGCACAGA---------AGCCACAGCAGCCA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154464918 704 - 190850796 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rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155228376 449 + 189454096 -cATGCTTTTCTTTTTCAACTGAGGTTTGCTTTCAGATCATAGTCCCCGTTTATTGACAACCTACTGAGTCAGGAAATTTAAATATAGGCAGTCATCCTTCCTGTAGGATAATTGCTATTGTAAAAAA-CCACTTGAACTAAACTCACTTCATGAGCTCtcatcaagtatttgttgagtacctgctaagtgtcaggcattgttctaggtaatgagaatttatcaagtaagtgcataagtgactaaagagatgaaaatccccatccttatggggctggtatttcaatggATTTACAtcaacaaata-tttattgagtacttcctaagtgtcaggcattgttctaagtcatcaggacacaac--------aagtgcataagtgactaaagagatgaaaagccccaccctcctggagctggtatttcagtga--gggaagagccacaataaaattact---acaggtg i macFas5.chr5 I 1017 C 0 s papAnu2.chr5 145439191 449 + 178775436 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chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154467261 413 - 190850796 -CATACTTCTTTTTTTAAACTGAGGTTTGATTTTGGATCATAGTTCCTATTTATTGACAACCTACTGAGTCAAGAAACTTAAATATAGGCAGTCATCCTTACTCTAGGAAAATTGGTATTGTAAGAATGCCACTCGAATTAAACTCAGTTCATGAACTCGcatcaagtatttattgagtacctgctaagtgtcaggcattgttctaggtaatgagggtatatcaagcaagtgcataagtgaccaaacaggtgaaaatccccatcctcatgaagctggtatttcagttgatttacatcaacaaata-tttattgagt---------------------------------------gtata--------aagtgcataagtgtctcaagatatgaaaatctccaccctaatggaggtggtatttcagtgaggggagagagacgcaataacattact---acaggtt i calJac3.chr3 C 0 I 345 s canFam3.chr15 53453354 311 + 64190966 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tttttcttatttaatacattttctgtggaccaggcacctgggagcagcttatctgagtggttctggctc--agtgtctcatgagatcgcagacaagctgatgggtatcgctgc-agtcctctgaaggtttcctaaggttaaaggatttgattccaagctcatgtggctgttggaaaaagtcctcagttcctc-taggcctttggacaaaatcctcagaacccttatgagagggctaggcttttccagactg--ctttgt---------------ttctgcagaatgagtgactagagagactgagagagtggaccagggaatgactgtggtg--ggagcagcagtgtcttcttataaccttaccttgaaac------atcatc-cctctgccattggttacacagagccagtctggtacga---------tgga-----gct---------------gacatgag-----------gtggggg--gccatcaggtgccatcttagaggccagctaccgcaACATCACATTGGACGCTCTCAGCCCAGTAACAAACACGGTCATTTCTTTGTGTGCAAAAATACTCCGGGACT--ATCCATT-----TTCACAAATGCC---------------TCTCAACCTTTACGATACGAAAATCACTATGTAC---TGTTTTTA--TCCCGTTGTGAACTTTCTGGGATTTCTTCCGTTTTTAATCATACTATTTCATGTTTCAATGACTTTGCTACTA-AGTTAttttgtttttgt i calJac3.chr3 I 282 C 0 s mm10.chr3 78110231 596 - 160039680 ----TCCTGT-----GTA-CTCATTTGTGCCAGACA----CAGACA--------GGGCTGTGATGGCTCAG------------GGTCTCAGACA---------------CTGA-TGAAATGTGAAGTTACCAGAAGTTCATAGGACTTCCTTCTGAT---------CTGTAAGCATGACTTCTCAGTT------------------------------G-TGCTATCAG----------TTGTGCTAACAGCTGAT--T---------------TCCTCTGGAGTGTGTCAGTGCGGATGT--AGAGCACAGGCAAGGGAAGGAGAAAGGGACCAGAGCAGAGGTGT-------TAAGTCCATCCTG-GGCA----CATCAGCTCTTCTGTC-----TATCAGGGAATAAGTCTAGAACAACACTGTAGCTGGGAGACCACA---------------GACTTAGGTAAAGTGTTAAGT--GAGCCACCATCAGCTGCCATTTTAGAGGCCAATTA-CACTGCCTC-TGTTTT-TGTTTTATGTTT-------------GCCATGAGTGTGTGTGTTTACATAAT--GGCATT--AATCATTATATACTCATAATTGTCATCTCCTTGATGCTTCCTCAACCTTTATGGTATTCAAATCCTCATTTGCTG-TGTTTTCACTTTTTTTTTTGAATCTTCTAAGTTTTTTTCAGTTATTAATCATTCTACCTTAATCATAAATGACTTCTCTGGGA-AGTTGTGTTGTCTGTTT i mm10.chr3 I 1 I 1482 s canFam3.chr15 53454255 662 + 64190966 catttattatcccacgtggtttctgtggggccacaatctggaaccagcttagctgggt-gtcctggttcaggctctctcctgagcttgcagacaga---------gtggctgt-cgtcatctgaagg--------------aggatttgatttcaagctcacgtggctgttggcaggagtgtttagtt---ttcaggcccctgaacaaagccctcagat-ccttcccac----ctgggctctt-cagagggctgcttgtggtgtgacagctgtcttcttccaagtgagggcttggaggcac----agagtggccaagggaaggaggaagatg--agagcagcaggggcctccc-taccctaacctgggtagggctccgccgtcccttctcctgt---tttcacagccaaagcctggtgcattgtgggagttggg-----gttcccccaggtgtgaacaccagaag-----------gt--ggg--gcttcttggtgctgcctctaaggccggccaccCAAGCCTCATCTTG------------------ACAAACATGGTGATTGTTTTGGCtgtgaaaataatccaggccttcatccgtt-----ttcacaaatgct---------------tctcaacctctaggatattcaaatcatt-ttcattgttgtttctt--acctgtcaagaaccttctggattttctccagtttttagacattctacttcgtttttaaatggctttgTCATGGAAGTTATTTTGTTT---- i canFam3.chr15 C 0 C 0 a score=-15453.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 121831 16 + 164536 gt-ttttttttttttta s panTro4.chr4 159055919 15 + 193495092 g--tgttttttttttta i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161834776 15 + 198332218 g--tttctttttttttg i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79866652 10 + 115148730 c-------tttttttta i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149677931 5 + 184069350 g--tttc---------- i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155230447 5 + 189454096 g--tttc---------- i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145441264 13 + 178775436 g--tttc--ttttttaa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102521945 13 + 135778131 G--TTTC--TGttttta i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154469908 1 - 190850796 t---------------- i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53454917 16 + 64190966 -GTTTTCATCcttacta i canFam3.chr15 C 0 I 308 e mm10.chr3 78110827 1482 - 160039680 I a score=1204353.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 121847 454 + 164536 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0 C 0 s macFas5.chr5 155230452 420 + 189454096 ---------------------------tttttt--------tatgagacagagtatctctc--gctcaggctggagtgcagtggcgccatctcggctcattgcagcctcagcctaccgggtagctgggatcacaggcaggtaccaccacacctggctaa-ttttttgtatttttagtagagacgagttttcaccatgtttgcaaggctggtctcaaacaactgacctcaggtgatctgcccacctcagcctcccaaagtgctaggattacagatgtgagccaccgcacccagccTTGTTTTTATTTTTACTTGATACACAACacattcatgtgtttgttatgatttaccactgtactaagcattttgcaaatattaaccttaattcctccttgcagaaggtagtattatcatcatttctgttttatagacgagaaaactgaggcagagaaaagttaag i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145441277 425 + 178775436 cc---------tt-------------ttttttt--------tttgagacagagtatctctc--gctcaggctggagtgcagtggcgccatctcggctcactgcagcctcagcctaccgggtagctgggattacaggcaggtgccaccacgcctggctaa-ttttttgtatttttagtagaaacgaggttttaccatgttggcaaggctggtctcaaacaactgacctcaggtgatctgcccacctcagcctcccaaagtgctaggattacaggtgtgagccactgcacccagccttgtttttatttttacttgataCACAACACATTCATGTGTTTGTTATGATTTACCACTGTACTaagcattttgcaaatattaacCTTAATTCCTCCTTGCAGAAGGTAGTATTATCatcatttctgttttatagaCGAGAAAACCGAGGCAGAGAAAAGTTAAG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102521958 431 + 135778131 cc---tttttttt-------------ttttttt--------tttgagaaagagtatgtctc--gctcaggctggagtgcagtggcgccatctcggctcattgcagcctcagcctcacgggtagctgggattacaggcaggtgccaccacgcctggctaa-ttttttgtatttttagtagagacgaggtttcaccatgttggcaaggctggtctcaaacaacagacctcaggtgatctgcctgccttagcctcccaaagtgctaggattacaggtgtgagccaccgcacccagccTTGTTTTTATTTTTACTTGATACataacacattcatgtgtttgttatgatttaccacggtactaagcattttgcaaatattaaccttaattcctccttgcagaaggtagtattatcatcatttctattttatagacgagaaaactgaggcagaaaaaagttaag i chlSab2.chr7 C 0 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tactaattgcatgagatATTGGAAACCTCATATAATCAGCTAGAAATTATTAAATAATTTGAAACATAAACTGAGAAAAATGCTAGGGTT--------------AATCTGGGGAAAATATTGGAATGAACACTAATTGTATAAGAGATGAGGTATTTAGTG-AGTTTTTCACAATATGAAGAATTTTGCATCCC--CGCA-TCCTCATGATTGCAGGGTTTCAGATATTTAATACACCGATAAGAAGGAAGCATGTCTATTACTGCtaatccttacaacaacccagcaaggtagaaattattgttctcactttacacatgagggaactgacatgtatagcgattagggacttattcaagatcctaagtagtaagtggccatggtgagatgtaaattgagctgtcagacttcagagctcatgcctgcgttttcttct i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79867105 418 + 115148730 tactaattgcatgagatATTGGAAACCTCATataatcagctagagattattaaataatttgaaacataaactgagaaaaatgctagggtt--------------aatctggggaaaatattggaatgaataccaattgtataagagattaggtatttagtg-agtttttcacaatatgaagaattttgcatccc--cgca-acctcatgattgcagggtttcagatatttaatacactgataagaaggaaccATGTCTATTACTGCtaatccttacaacaacccaacaaggtagaaattattgttctcactttacacatgagggtactgacatgtatagcaattagggacttattcaagatcctaagtagtaagtggccatggtgagatgtaaattgagctgtcagacttcagagctcatgcctgcgttttcttct i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149678356 418 + 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+ 178775436 TACTAAGTGCGTGAGATATTGGAAACCTCATACAATCAGCTAGAGATGATTCAATAATTTGAAACATAAACTGAGAAAAATGCTAGGGTT--------------AATCTGGGGAAAATATTGGAATGAATACCAATTGTATAAGAGATTAGGTATTTAGTG-AGTTTTTCACGATATGAAGAATTTTGCATCCC--CACA-ACCTCATGATTGCAGGATTTCAGATGTTTAATACACTGATAAGAAGGAACCATGTCTATTACCgctaatccttacaacaacccagGAAGGCAGAAATTATTGTTCTCACTTTACACATGAGGGAACTGACATGTGTAGCGATTAGGGTCTTATTCAAGATCCTAAGTAGTAAGTGGCCATGGTGAGATGTAAATTGAGCTGTCAGACTTCAGAGCTCATGCTTGGGTTTTCTTCT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102522389 418 + 135778131 taTTAAGTGCATGAGATATTGGAAACCTCATATAATCAGCTACAGATGATTAAGTAATTTGAAACATAAACTgagaaaaatgctagggtt--------------aatctggggaaaatattggaatgaataccaattgtataagagattaggtatttcgtg-agtttttcacgatatgaagaattttgcatccc--cgca-acctcgtgattgcaggatttcagatatttaatacactgataagaaggaaccATGTCTATTACCGCtaatccttacaacagcccagcaaggtagacattattgttctcactttacacatgagggaactgacatgtgtagcgattagggtcttattcaagatcctaagtagtaagtggccatggtgaaatgtaaattgagctgtcagacttcagggctcatgcttgggttttcttct i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154470326 433 - 190850796 GACTAATTGCATGAGATACTGAAAATCTCATATAATCAGCTAGAGATTATTAAATAATTTGAAACATAAACTGAGAAAAATGCTAGGGTTTTTTTATCTGGAAAAATCTGGGGAAAATACTGGAATGAATACTAATTGTGTAAGACATTAGATCTTTAGTG-AGGTTTTCACGATATGAAGAATTTTGCCTCCCTGCACA-ACCTCAGGACTGCAGGGTTTCAGACATTTAATGTACTGATGAGAA-GAACCATGTCTATTGCCGttaatccttaaaacaacccagcgaggtagaaattattatactcactttacatatgaaggaactgacatgtatagctattagggacttatttaagatcctaagtagtaaatggccatggtgagacataaattgagctgtcagacttcagagctcaggctTGAGttttctttt i calJac3.chr3 C 0 I 712 s canFam3.chr15 53455241 411 + 64190966 CTCTAATTGAGCGAGATACTGT-AACTTCAGGTAATCAGCTACAGATTTTCAAATAATTTGAAACCTAACCTgagagagatgttagtatt--------------aaatcgggg-aaataattgaatgggtgttaattttagaacagggtagtcctttggtgaaggttttcatgatacg-aggattttgcattcc--tgtagacttcaccactgcaggggttcggataatgaatatgctgatgag---gaagTTGGTCCCttacctctaatacttacagctgc---acaaggtgggaattcttaccctcagttcacacatgggacaagtgacttgtaaagcaattaaagaatttatttagctcctcagtggtcagtagccatagtgagatgtaaatcgagctgtcagacttcagagctcctgcacagtttttcagct i canFam3.chr15 I 308 C 0 e mm10.chr3 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CAGAAGCAGTTAGCTCTAGAAAAATTTTATTTcgggcgtagtggtgcaaacctctagtcccagctactcgggtggctgaggtggaaggaactcttgagcccagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------------------------------------------------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------------------------------------- i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155232734 197 + 189454096 CAGAAGCAGTTAGCTCTAGAAAAATTTTATTTcgggcgtagtggtgcaaacctctagtcccagctactcgggtggctgaggtggaaggaactcttgagcccag------------------------------gagatcaaggctacagaaagccaagactgcacccctgcactcca---tgggcaacagagtgagaccttg---------------------------------------------------------------tc---aaaaaaaaaa-------------aaaaaaaaaaaTACAA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145443561 203 + 178775436 CAGATGCAGTTAGCtctagaaaaattttatttcgggcatagtggtgcaaacctctagtcccagctactcgggtggctgaggtggaaggaactcttgagcccag------------------------------gagatcaaggctacagaaagccaagactgcacccctgcactccagcctgggcaacagagtgagaccttg---------------------------------------------------------------tcaaaaaaaaaaaaa-------------aaaaaaaaaaagacaa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102524251 216 + 135778131 CAGAAGCAGTTAGCTCTAGACAAATTTTATTTcgggtgtagtggtgcaaacctctagtcccagctactcgggtggctgaggtggaaggaactcttgagcccag------------------------------gagatcaaggctacagaaagccaagactgcacccctgcactccagcctgggcaacagagtgagaccttg---------------------------------------------------------------tcaaaaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaacaaaaaaaaacaaaTAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154472845 183 - 190850796 CAGAGGCAGTGTGCT-------------------ggcatggtggtgcacacctctagtcccagctacacaggagcctgaggtggaaggatctcttaaacccaa------------------------------gagatcaaggctgcagtgaccccagattgcgcccctgcattccagccctggcaacagagtgaaaccttt---------------------------------------------------------------tc-aaaaaaaaaaaa-------------aaaaaaaaaaaGACAG i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78113148 906 - 160039680 I e canFam3.chr15 53457120 38 + 64190966 I a score=181172.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 124370 55 + 164536 aTTTTGTTTCATTGCTTTGAAGAACTATTTGGTTTAAATGATTTTTATTTGATCT s panTro4.chr4 159058460 55 + 193495092 ATTTTGTTTCATTGCTTTGAAGAACTATTTGGTTTAAATGATTTTTATTTGATCT i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161837296 55 + 198332218 ATTTTGTTTCATTGCTTTGAAGAACTATTTGGTTTAAATGATTTTTATTTGATCT i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79869161 55 + 115148730 aTTTTGTTTCATTGCTTTGAAGAACTATTTGGTTTAAATGATTTTTATTTGATCT i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149680414 53 + 184069350 --NNTGTTTCATTGCTTTGAAGAACTATTTGGTTTAAATGATTTTTATTTGATCA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155232931 55 + 189454096 AGTATGTTTCATTGCTTTGAAGAACTATTTGGTTTAAATGATTTTTATTTGATCA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145443764 55 + 178775436 agtttgTTTCATTGCTTTGAAGAACTATTtggtttaaatgatttttatttgatCA i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102524467 55 + 135778131 AGTATGTTTCATTGCTTTGAAGAACTATTTGGTTTAAATGATTTTTATTTGATCA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154473028 55 - 190850796 ATTTTGTTTTATTGCTTTGAAGAACTATCTGGTTTAAATGATTTTTATTTGATCA i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53457158 46 + 64190966 ACTTAGCTTTGTTGCTTTGAAGGATTATTTGGTTCC----TTTTTTATTT----- i canFam3.chr15 I 38 I 2400 e mm10.chr3 78113148 906 - 160039680 I a score=384159.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 124425 117 + 164536 TCA-TTTTAAATATCATATTGGTCCCCCTCATGGTCTCTAAGGTAATCTTCCAGCTAAGACCCCAGGTAATGTCAAATGAcataatatagtagatacaacacattcttgaattccaat s panTro4.chr4 159058515 117 + 193495092 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TCA-TTTTAAATATCATAGTGGGCCACCTCATAGTCTCTAAGGTAATCTTCGGGCTAAGACCCCAGGTCATGTCAAACAACATAATATAGTAGATACAACACATTATTGAATTCCAAT i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102524522 117 + 135778131 TCA-TTTTAAATATCATAGTGGGCCACCTCATAGTCTCTAAGGTAATCTTTGGGCTAAGACCCCAGGTAACGTCAAATGAcataatatagtagatacaacacattattgaattccaat i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154473083 118 - 190850796 TCATTTTTAAATATCATATAGGTCCACCTGATAGTCTCTAAGGTAATCTTCAGGCTAAGACTCTAGGTAATGTCTAATGAcataatatggtagatacgacacatttttggagtccagt i calJac3.chr3 C 0 C 0 s canFam3.chr15 53459604 111 + 64190966 CCA-TTTTAAATACCATATTTGTGCATCACAAAATCTTCAAGGTAATACTTGGGTGAAGACCCTATGT------GAGTGACATAGTTTAGTGAATAAAGCATTGTCTTCAATTTGAAT i canFam3.chr15 I 2400 I 192 e mm10.chr3 78113148 906 - 160039680 I a score=3276.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 124542 1 + 164536 t s panTro4.chr4 159058632 1 + 193495092 t i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161837468 1 + 198332218 t i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79869333 1 + 115148730 t i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149680584 1 + 184069350 t i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155233103 1 + 189454096 t i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145443936 1 + 178775436 T i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102524639 1 + 135778131 t i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154473201 1 - 190850796 t i calJac3.chr3 C 0 C 0 e mm10.chr3 78113148 906 - 160039680 I e canFam3.chr15 53459715 192 + 64190966 I a score=1363904.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 124543 438 + 164536 aacacggattcttcttcttgtttgtttactggcttttgtgaccttaggaatgttagttatccttctttagcttctatttcattacctgtaaattggaaatgataatttctagttctggtggtgttctgaaggtcagagacaatgaatacagaatgcttggatcatag-GTGTTCATTCATAATGGCAGTTATAA----TTGGCGATAAAGTTTCCTTTTGTGGTAA-GATTTAGGATCAAC------ATTATTAGACTTTACTCTCTTCATTGATAAGTCCTTGGACAAAAATAATTTTATATTTGAGGATCATCGCCCTTTCCTGTCTATTCTGCTTCTTAATGATTTTCTTTGCTAACATCAACATTGCATT-AATAATTATATCATATTAGAAGTAGCTAT---CATTAATACTGGAGGAATATGGCAATTTTTTAATGACT-TTACTTGTT s panTro4.chr4 159058633 438 + 193495092 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ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79874189 296 + 115148730 tctttttt-gagacagggtctcactctgtcacccaggatggagagcagtggtgtcattaaggctcactgcagcttccacctccctggactcaggttatcctcccacctcagcctcctgggttgctaagactataggcatgtgccaccaccctcagctaatttttgtatttcttgtggagcttgggttttgccatgttgcccaggctggtctccagctcttgggctcaagtaatccacccatctcagcctcccaaagtgctgggattacaagtgtgatccactgcacccagcctttct i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149685418 296 + 184069350 tccttttt-gagacagggtctaactctgtcacccaggatggagagcagcggtgtgattaaggctcactgcagcctccacctccctgggtgcaggttatcctcccacctcagcctcctgggttgctagggctataggcatgtgccaccaccctcagctaatttttgtatttcttgtagagcttgggttttgccacgttgcccaggctggtgtccagctcttgggctcaagtaatccacccatcttagcctcccaaagtgctgggattacaagtgtgagccactggacccagcctttct i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155237801 296 + 189454096 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tctgcacagcaaaataaataatcagaagagtaaacaaacaaccaataaagtgagataaaatatttgtaaactatgcatctgacacagaactaatatccagaatctacaggaaactcaaacaaatcagcaagaaaaaaaa--aa--------aaatccatcaaaaagtggtcaaaggacatgaataaacagttctcagaagaagatgcataaatagccaacaaacatat-aaaaaaaatgctcaacctcactaattatcagggaaatgcaaattaaaaccaacgt----gacaccacgttactcctgcaagaatgaccattatt-agaaagtcgaagaacagttgatgttggtatggatgtgatgagaagtgaata-ttttacagtgctggtgggaaagtaaactagtacaaccactaagaaaaacagtatggagattccttttct----------tttttttttcttttctttgagacagtgtctcgccctgtca-ccagactggagtgcagtgacgtgatctcggctcactgcaacctccgcctcctgggttcaggtgattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggactacaggcccacaccaccatgcccagctaatttttgtatttttagtagagatggagtttcatcttgttggccaggatggtctcaatctcttgacctcgtgatcca------------------------------------------------------ctggggatttcttaaaa----------aactaaaagtaaactaccattcgatccagcaatctcactactaagtacctacccaaagg----------------------------------aaaataagtcattatatgaaaaacacacatgcacacacatggttatagcagcacaatttgcaattgcaaagatatggaaccaacctaaatgtccatcaaccaatgagtggataaagaaaatgttgtatatatacactgtggaatgctaatcagccataaaaaggaatgaaataatgccttttgtagcgacttggatggactggaggccattattctaagagaagtaactcaggattggaaaaccaaatattgtatgttctcacttacaagtgggagctaagctatgtggatgcaaa-acagaagaaggtttcagtggactttggggactcggtgggaaggctgggagcggggtgagggataaaagactacacattgggtacagtgtacattgcttaggtgacaggtgcaccaaaatctc---------------gaaacttatccatgcaacctgtactgcaaacaccattgaaattaaaa-TAAAATTTTAAAAAGTTGAAGCAACAAATAATGTAATAAAATTCCTATT 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tctgcacagcaaaataaataagca-aaaagcaaaaagacagccaatggagtgggag-aaatatttgcaaactctgcgtccaacacagaactaatatccagaatctacaggaaact----caaatcagcaagagaaaaat--ga------ataaccccatcagcaagcggtcaaaggacacgaatagacaattctcagaagaagatatacaaacagccagcaaacatga-----aaaatgctcaaccttactaattatcagggaaatgcaaattaaaaccaatgt----gataccactgcactcctgcaagaatggccattattcaaaaagacaaagaacaggagatgctggtatgaaggtggtgaaaaggaaatacttttacattgctagtggggatg-------gtaaaaccactatgaaaaacagtatggaga--------------------tttcttttttttctttttgagatggagtctcactctgttgcccaggttggagtgccttagtgcaatcttggctcactgtgacctctgcctcctgtgttcaagtgattcttctgcctcagcctcccaagtagttgggactgcaggtatgtgccaccacacccggctgatttttgtatttttagtaggaatcg----ttaccatgttggccaggatgctttcaatttcctgaccttgtgatccacctgcagtgacctcccaaagtgttgggattacagccatgggccaccacacctggctgaagattaaaaaaaaaaaaaaaaacaactaaaagtgaactaccatttgatccagcaatctcattactggatacctacccaaagg----------------------------------aaaataagtcattatatgaaaagcatacatgcacacacatgtttatagcagcacaaattgcaatt-caaagatacgggaccaacttaaatagccatcaaccaatgaatggataaagaaaatgtggtatatatacactgtggaatatcaattacctatcaaaatgaatgaaacaatgtcatttgcagcaacttggatggagtggaggccattattctaagtgaagtaactcaggattggaaaaccaaatattgcatgttctcacttataagtaggaactcagctgtgaggatgcaaaggcagaagaatggtacagtggactctggggactcagcaggaagggtgggaggagggtgagggataaaagactgcacattgggcacagtgtacattgcttaggtgacaggtgcaccaaaatctccaaaatcactgctaaagaacttttccatgtagccTGTACC-----------------------TAAAATTTTAAAGAGTTGAGGCAACAAAAAATGTAACAAAATGCCAATT 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nomLeu3.chr7b 79890150 0 + 115148730 C e ponAbe2.chr4 161857947 9410 + 198332218 I a score=5593.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 146230 8 + 164536 aacatgcc s rheMac3.chr5 149709445 8 + 184069350 gacatgtg i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155261532 8 + 189454096 gacatgcg i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145472934 8 + 178775436 gacatgcg i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102553299 8 + 135778131 gacatgcg i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154495290 8 - 190850796 gagagact i calJac3.chr3 C 0 I 49 e mm10.chr3 78129850 283 - 160039680 I e canFam3.chr15 53478618 0 + 64190966 C e nomLeu3.chr7b 79890150 0 + 115148730 C e ponAbe2.chr4 161857947 9410 + 198332218 I e panTro4.chr4 159083768 496 + 193495092 M a score=59334.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 146238 66 + 164536 gaac--tgagtcaattaaacatcttttcttcataaattacccagtctcaggtagtatttttatagcag s rheMac3.chr5 149709453 68 + 184069350 gaattgtgagtcaattaaacatcttttcttcataaattacccaggttcaggtagtatttttatagcag i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155261540 68 + 189454096 gaattgtgagtcaattaaacatcttttcttcataaattacccaggttcaggtagtatttttatagcag i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145472942 68 + 178775436 gaattgtgagtcaattaaacatcttttcttcataaattacccaggttcaggtagtatttttatagcag i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102553307 68 + 135778131 gaattgtgagtcaattaaacatcttttcttcataaattacccaggttcaggtagtatttttatagcag i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e mm10.chr3 78129850 283 - 160039680 I e canFam3.chr15 53478618 0 + 64190966 C e calJac3.chr3 154495298 49 - 190850796 I e nomLeu3.chr7b 79890150 0 + 115148730 C e ponAbe2.chr4 161857947 9410 + 198332218 I e panTro4.chr4 159083768 496 + 193495092 M a score=30203.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 146304 24 + 164536 tgtgagaacagactaatacaGCCA s rheMac3.chr5 149709521 24 + 184069350 tgtgagaacagactaatacaGCCA i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155261608 24 + 189454096 tgtgagaacagactaatacaGCCA i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145473010 24 + 178775436 tgtgagaacagactaatacagcta i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102553375 24 + 135778131 tgtgagaacagactaatacaGCCA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 s calJac3.chr3 154495347 24 - 190850796 TGTCAGAACAGACAAATATAGCTA i calJac3.chr3 I 49 C 0 e mm10.chr3 78129850 283 - 160039680 I e canFam3.chr15 53478618 0 + 64190966 C e nomLeu3.chr7b 79890150 0 + 115148730 C e ponAbe2.chr4 161857947 9410 + 198332218 I e panTro4.chr4 159083768 496 + 193495092 M a score=102617.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 146328 65 + 164536 GTTAGGAATG-TTAACGTGGGAACAGTTTGTGACCTTGACCATCATAGGCACTCAGCAAATGCTAG s rheMac3.chr5 149709545 66 + 184069350 GTTAGGAACGTTTAGCATGGGAACAGTTTGTGACCCTGACCATCATAGGCACTCAGCAAATGCTAG i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155261632 66 + 189454096 GTTAGGAATGTTTAGCATGGGAACAGTTTGTGACCCTGACCATCATAGGCACTCAGCAAATGCTAG i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145473034 66 + 178775436 gTTAGGAACGTTTAGCATGGGAACAGTTTGCGACCTTGACCATCATAGGCACTCAGCAAATGCTAG i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102553399 66 + 135778131 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AATATAATAATTTAACAGTGATAAAGACACATATGGAATTTTGAATACA-AAGAAAACTAACATAC--------------T-----------AGACAAAAA-------------TTACCAAGATATGTgagtcaaagcattctaaaactcctttgttgtttaagagtaaaacagaaat----attatgatatacctgtattaagtcaagtatgcacattaaaattttaagggtaacaaagaaaagaataAGATCttatacacagttagagtggaggtgagtgacctgaaaggaaaatctaacgatattatttagaaagcactaaaaaaa-aagcatatgtaaatattgaagaaagtttaagatacaaagaagatttagaaagtgtaagaaaccactaattgaagttccagaggaatagaacaataaaaagagaaaa-atttggaaacatactgagacttatctagagttgataagagattataatttgcaaattcaagaagTCAAATAATTAAAAGCATATCTACGTTGTGTAAGACTATATTATTATTCCCAAATACTTGCTACTCCTTCCTGGAGAGGAAAA-TATTTGTCCA-CCCAATGAATATTGTgtgtggtaatgtaacttgcattagttaatgaaataaaagcagtaacagcacatgtctcttctaattagaggctt---aggagctagcatgttttgccattctttctttttcttctgccatgattactggaaatgccctagattaaggctcatctgtcagcctagatcccaaatcaatggaacatggagcaaagccatgggtaactcataatcgatgtgtggcatagaggagacataaacatttgttgctcta------------------------TTTTTTGTTAACACATTTTACACTAGAcagcagttctcaatagacagagattttatctctcaggggacatctgtcaatgtctggagacttttttggttagtacaac----------tggaggctgtggtactactgacatctaaaggacagtggccaggaaat-atactaaacatcctacaagatacaagacag-tcccat-gaaaaagacttttcagcccataagatctcatcag--tgccaaggttggcaacctctgATCTAGCCTATCCTAACGATTTTATAGacccagacacattatagtgaaactgcaggtcaccaaagacacagtgttcttaaaagcaaccacaacacattgactgattata 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aatataataatttaacagTGATAAAGACACATACGGAATTTTGAATACA-AAGAACACTAACATAC--------------T-----------AGACAAAAA-------------TTACCAAGATATGTGAGTCAAAGCATTCTAAAACTCTTTTGTTGTTTAAgagtaaaacagaaat----attatgATATACCTTTATTAAGTCAAgtatgcacattaaaattttaagggtaacaaagaaaagaataagatctTATACACAGTTAGAGTGGAGGTGAGTGACCTGAAAGGAAAATCTAACGATATTATTTAGAAAGCACTaaaaaaaTAAGCATATGTAAATACTGAAGAAAGTTTAAGATACAAAGAAGATTTAGAAAGTTTAAGAAACCACTAATTGAAGTTCCAGAGGAATagaacaataaaaagagaaaa-atttggaAACATACTGAGACTTACCTAGAGTTGATAAGAGATTATAATTTGCAAATTCAAGAAGTCAAATAATTAAAAGCATATCTACGTTGTGTAAGACTATATTATTATTCCCAAATACTTGCTACTCCTTCCTGGAGAGGAAAA-TATTTGTCCA-CCCAATGAATATTGTGTGTGGTAATGTAACTTGCATtagttaatgaaataaaagcagtAACAGCACATGTCTCTTCTAATTAGAGGCTT---AGGAGCTAGCAAGTTttgccattctttctttttcttctgccatgattacTGGAAATGCCCTAGATTAAGGCTCATCTGTCAGCCTAGATCCCAAATCAATGGAACATGGAGCAAAGCCATGGGTAACTCATAATCAATGTGTGGCATAGAGGAGACATAAACATTTGTTGCTCTA------------------------TTTTTTGTTAACGCATTTTAAACTAGACAGCAGTTCTCAATAGACAGAGATTTTATCTCTCAGGGGACATCTGTCAATGTCTGGAGACTTTTTTGGTTAGTACAAC----------TGGAGGCTGTGGTACTACTGACATCTAAAGGACAGTGGCCAGGAAAT-ATACTAAACATCCTATAAGATACAAGACAG-CCCCAT-GAAAAAGACTTTTCAGCCCATAAGATCTCATCAG--TGCCAAGGTTGGCAACCTCTGATCTAGCCTATCCTAATGATTTTATATACCCAGACACATTATAGTGAAACTGCAGGTCACCAAAGACACAGTGTTCTTAAAAGCAACCACAACACATTGACTGATTATA 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panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161882929 32 + 198332218 gcctggacgacagagcgagact----ccatctc----------------------aaa i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79903497 36 + 115148730 gcttggatgacagagcaagact----ccatctc------------------aaaaaaa i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149724071 41 + 184069350 GCCTGGATGACAGAGTCAAATTaaaaaaaaaaa-----------------aaaaaaaa i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr5 155275990 37 + 189454096 gcctggatgacagagtgagact----ccgtctc-----------------aaaaaaaa i macFas5.chr5 C 0 C 0 s papAnu2.chr5 145487351 40 + 178775436 gcctggatgacagagcgagact----ccgtctcaa--------------aaaaaaaaa i papAnu2.chr5 C 0 C 0 s chlSab2.chr7 102568201 54 + 135778131 gcctggatgacagagcgagact----ccttctcaaaaaaaaccaaaaCCAAAACAAAA i chlSab2.chr7 C 0 C 0 e mm10.chr3 78130769 9238 - 160039680 I e canFam3.chr15 53486400 0 + 64190966 C e calJac3.chr3 154512896 1652 - 190850796 I a score=19551.000000 s hg38.chr4_GL383527v1_alt 156043 12 + 164536 aaaaaaaaaaaG s panTro4.chr4 159093931 12 + 193495092 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TCTTTAGAGttaaac-tttt---tattttgagatgattatagattcacatgcagttgtaaggaaatcatacagagagatcctatgtaggctttagtcagtttacctcaatgataacactttgtaaaaccataa-----tataataatcaggaaactgaaattgacgcagtcaagatacagaacatttttatccccacaatgatttcttca- i panTro4.chr4 C 0 C 0 s ponAbe2.chr4 161890175 204 + 198332218 tttttagagttaaac-tttt---tattttgagatgattgtagattcacatgcagttgtaaggaaatcatagagagagatcctatgtaggctttagtcagtttacctcaatgataacactt--taaaactataatatattataacaatcaggaagctgaaattgatgcagtcaagatgcagaacacttttatccccacaatgatttcttca- i ponAbe2.chr4 C 0 C 0 s nomLeu3.chr7b 79910897 206 + 115148730 tttttagagttaaac-tttt---tattttgaggtgactatagattcacatgccattgtaaggaaatcgtacagagagaccctatgtaggctttagtcagtttaactcagtgataacattttgtaaaactacagtatattatcacaatcaggaaactgaaattgacacagtcaagatacagaatatttttatccccacaatgatttcttca- i nomLeu3.chr7b C 0 C 0 s rheMac3.chr5 149729737 207 + 184069350 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