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135191526 AACATGAGGCACCAAGA-GTTAAGTTGCTTGTCCAGGTTAGGTCATAAAAATCTATCTGATGCACAAGTAGAATG--TTTTACTACTGTCCCGATGCCAAATAAAAGGTTGACTTTTCC-----TTCCTTCTCTGAAATTCCCCATAAAATATACTGTGTATATTCCATTAGTTCTACTGATAAGGATATA--TAACTTGAAA------------GTATTTGTCACACCTTTTGCAGAACACAGTTAAGGCAGAGGGTTGATATTTGTGCAAATGAGTA------TATTATATTCACACATACACTCAGTC i ponAbe2.chr9 C 0 C 0 s nomLeu3.chr1a 887670 282 + 122973662 aacatgaggcaccaaga-gttaagttacttgtccaggttaggtcataAAAATCCATCTGATGCACAGGCAGAATG--TTTTACTACTATCCTGATGCCAAATAAAAGGTTGACTTTTCC-----TTCCTTCTCTGAAATTCCCCATAAAATATGCTGTATGTGTTCCATTAGTTCTACCGATAAGGATATA--TAACTTGAAA------------GTA----TCACACCTTTTGCAGAACACAGTTAAGACAGAGGGTTTATATTTGTGCAAATGAGTATA---GTATTATATTCACACATACACTCAGTC i nomLeu3.chr1a C 0 C 0 s rheMac3.chr15 34289024 290 - 112192347 aacatgaggcaccaaga-gtta-----cttgtccaggttaggtcataAAAATCTATCTGATACACAAATAGAATG--TTTTACTACTATCCTGGTGCCAAATAAAAGGTTGACTTTTCC-----TTCCTTCTCTGAAATTCCCCATAAAATACACTGTGTGTATTCCATTAGTTCTACTGATAAGGATATA--TAACTTGAAAGTTTTCTTTGCGGTATTTATCACACCTTTTGCAGAACACAGTTAAGACAGGGGGTTTATATTTGTGCAAATGAGTA------TAATATATTCACACATACACTCAGTC i rheMac3.chr15 C 0 C 0 s macFas5.chr15 33615853 290 - 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135191526 -------------TTTTTTGGCAACCTAAGGGAAGGAGTAACATTGCACCCACAGGCATCACACTATTTGCTTGA i ponAbe2.chr9 C 0 C 0 s nomLeu3.chr1a 888168 62 + 122973662 -------------TTTTTTGGCAACCTAAGGGAAGGAGTAACATTGCACCCACAGGCATCACACTATTTGCTTAA i nomLeu3.chr1a C 0 C 0 s rheMac3.chr15 34289528 62 - 112192347 -------------TTTTTTGACAACCTAAAGGAAGGAGTAACATTGCACCCACAGGCATCACACTATTTGCTTGA i rheMac3.chr15 C 0 C 0 s macFas5.chr15 33616357 62 - 112612857 -------------TTTTTTGACAACCTAAAGGAAGGAGTAACATTGCACCCACAGGCATCACACTATTTGCTTGA i macFas5.chr15 C 0 C 0 s papAnu2.chr15 32403515 62 - 107442819 -------------ttttttgacaaCCTAAAGGAAGGAGTAACATTGCACCCACAGGCATCACACTATTTGCTTGA i papAnu2.chr15 C 0 C 0 s chlSab2.chr12 29221650 62 - 108555830 -------------TTTTTTGACAACCTAAAGGAAGGAGTAACTTTGCACCCACAGGCATCACACTATTTGCTTGA i chlSab2.chr12 C 0 C 0 s calJac3.chr1 101761233 75 + 210400635 TTTTTTATTTTTATTTTTTGGCAACCTAAATGAAGGAGTAACATTGAACCCACAGGCATCTCACTATTTTCTTGG i calJac3.chr1 C 0 C 0 e nasLar1.chr15 29635926 1588 - 99894491 I e otoGar3.GL873525 19927535 2545 - 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112612857 TGTCCTTTCAGCACTGCATTACTGCCTGAATAGTAGCTATG-ACAGCCCTCACCACCTTCTTTTACATATTTTTTAAAGTACATTCTTGTGGGTTCCC-AATATGGCACTGGCTGAATGTT-ATGCTAAAATC i macFas5.chr15 C 0 C 0 s papAnu2.chr15 32403577 130 - 107442819 TGTCCTTTCAGCACTGCATTACTGCCTGAATAGTAGCTATG-ACAGCCCTCACCAccttcttttacatattttttaaagtacattattGTGGGTTCCC-AATATGGCACTGGCTGAATGTT-ATGCTAAaatc i papAnu2.chr15 C 0 C 0 s chlSab2.chr12 29221712 130 - 108555830 TGTCCTTTCAGCACTGCATTACTGCCTGAATAGTAGCTATT-ACAGCCCTCACCACCTTCTTTTACATATTTTTTAAAGTACATTCTTGTGGGTTCCC-AATATGGCACTGGCTGAATGTT-ATACTAAAATC i chlSab2.chr12 C 0 C 0 s calJac3.chr1 101761308 131 + 210400635 TGTCCCTTCAGCACTGTATTACTGCCCGAATAGTAGCCATT-ACAGCCCTCACCACCTTCTTTGACATATTTTTTAAAGTATATTCTTGTAGATCCCCTTATATGGCACTGGCTGAATGTT-ATACTAAAATG i calJac3.chr1 C 0 C 0 s canFam3.chr1 89122315 131 + 122678785 TGACCTTTCTGCACTGCATTACTGCCTGAACAGAAGCTGTTAACAGCTCTAACCACTTTCCCTTACACATTTCTCAGA-CACATGCTTGAAGATTCCCTTATGTAGCTCTGAAAGAATGTT-ATATCAACATC i canFam3.chr1 I 13 C 0 e nasLar1.chr15 29635926 1588 - 99894491 I e otoGar3.GL873525 19927535 2545 - 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112192347 Cttctttctgttttttgagacagggtctcactccgtcgcccagcatggagtgcattggcacgatcacagctcactgcagtcctaaactcctgggctcaagttatcctcccacctcaggctcccaagtagctgggactccagtcatatgccattacatctggctaatttttgtt--tttctttttggtagagacagggtctcactatgttgtccagtctggtctAAAG i rheMac3.chr15 C 0 C 0 s macFas5.chr15 33616549 225 - 112612857 Cttctttctgttttttgagacagggtctcactccgtcgcccagcatggagtgcattggcacgatcacagctcactgcagtcctaaactcctgggctcaagttatcctcccacctcaggctcccaagtagctgggactccagtcatatgccattacatctggctaatttttgtt--tttctttttggtagagacagggtctcattatgttgtccagtctggtctAAAG i macFas5.chr15 C 0 C 0 s papAnu2.chr15 32403707 227 - 107442819 cttctttctgttttttgagacagggtctcactccgtcgcccagcatggagtgcattggcacgatcacagctcactgcagtcctaaactcctgggctcaagttatcctcccacctcaggctcccaagtagctgggactccagtcATATGCCattacatctggctaatttttggtggtttttttttggtagagacagggtctcactatgttgtccagtctggtctaaAG i papAnu2.chr15 C 0 C 0 s chlSab2.chr12 29221842 225 - 108555830 CCTCtttctgttttttgagacagggtctcactctgtcacccagcatggagtgcattggcaccatcacagctcactgcagtcctaaactcctgggctcaagttatcctcccacctcagcctcccaagtagctgggactccagtcataagccattacatctggctaatttttctt--tttctttttggtagagacagggtctcactacgttgtccagtctggtctAAAG i chlSab2.chr12 C 0 C 0 s calJac3.chr1 101761439 225 + 210400635 TCTCtttctgttttttcaaacagggtctcactctgtcacccaggatggagtgcattggcacgatcacagctcactgcagtcctaaacccctgggctcaagtgatcctcccgcctcagcctcccaagtagctggtactgcagtcacatggcactatatctggctaatttttctt--tttctttttgatagagacaggttcttactatgttgtccagtctggtctAAAG i calJac3.chr1 C 0 C 0 e nasLar1.chr15 29635926 1588 - 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133195287 ATTT i macFas5.chr9 C 0 C 0 s chlSab2.chr10_KE148023v1_random 322316 4 + 566739 ATTT i chlSab2.chr10_KE148023v1_random C 0 C 0 s calJac3.chr3 190811442 4 - 190850796 attt i calJac3.chr3 I 1870 C 0 e rhiRox1.KN294980v1 28213 136 + 918455 I e nasLar1.chr9 123849513 3050 - 124503471 I e tarSyr2.KE929868v1 5972 2950 + 74740 I a score=2548.000000 s hg38.chr9_KI270718v1_random 24624 1 + 38054 T s panTro4.chr9_GL391165_random 13669 1 + 27358 t i panTro4.chr9_GL391165_random C 0 C 0 s nomLeu3.chrUn_GL397501_2 25845 1 - 1485088 T i nomLeu3.chrUn_GL397501_2 C 0 C 0 s rheMac3.chr5 183964166 1 + 184069350 T i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr9 132440036 1 - 133195287 T i macFas5.chr9 C 0 C 0 s chlSab2.chr10_KE148023v1_random 322320 1 + 566739 T i chlSab2.chr10_KE148023v1_random C 0 C 0 s rhiRox1.KN294980v1 28349 1 + 918455 T i rhiRox1.KN294980v1 I 136 I 1173 s calJac3.chr3 190811446 1 - 190850796 t i calJac3.chr3 C 0 C 0 e nasLar1.chr9 123849513 3050 - 124503471 I e tarSyr2.KE929868v1 5972 2950 + 74740 I a score=343680.000000 s hg38.chr9_KI270718v1_random 24625 228 + 38054 ATTTTTAAAATTTGTGTGCGTCACTAAGCTGGAAATAAAAGTTCCTTATTCCAGGCTAaattccctcatccgtagtcagacgcgttatccattgcaccag----tggccTGTGCCCTCCCTAACCCTACTCTTTGTTTTACATCATTGTAAAAGTTACACAGACATCTTCATATCAAGGTGAAATTCTAAATAATACTGTTAATATAACCTAGATAAATCAGGTAGTTAACT s panTro4.chr9_GL391165_random 13670 228 + 27358 atttttaaaatttGTGTGCATCACTAAGCTGGAAAAAAAAGTTCCTTATTCCAGGCTAAATTCcttcatctgtagtcagacgcgttatccattgcaccag----tggccTGTGCCCTCCCTAATCCTACTATTTGTTTTACATCATTGTAAAAGTTACACAGACATCTTCATATCAAGGTGAAATTCTAAATAATACTGTTAATATAACCTAGATAAATCAGGTAGTTAACT i panTro4.chr9_GL391165_random C 0 C 0 s nomLeu3.chrUn_GL397501_2 25846 228 - 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124503471 I e tarSyr2.KE929868v1 8923 7389 + 74740 I e papAnu2.chr9 124540176 46 - 125196307 I a score=464197.000000 s hg38.chr9_KI270718v1_random 26175 161 + 38054 CCCTTAGGAGACATGAGTCCTTACCATTGCCAATTACCTGTTCTGTGGGCGATCCTAATTGTTGAATGCAGATCAATTAACTTATGACATGT---------GATAGTAAACATCTATCCAAACTTAGGAGGATATAAGAAGCTAGTAAAAGAGGTGGGTTCCAATTAATT s panTro4.chr9_GL391165_random 15221 161 + 27358 CCCTTAGGAGACATGAGTCCTTACCATTGCCAATTGCCTGTTCTGTGGGTGATCCTAATTGTTGAATGCAGATCAATTAACTTATGACATGT---------GATAGTAAGCATCTATCCAAACTTAGGAGGATATAAGAAGCTAGTAAAAGAGGTGGGTTCCAATTAATT i panTro4.chr9_GL391165_random C 0 C 0 s ponAbe2.chrUn 58739997 161 - 72422247 CCCTTAGGAGACATGAGTCCTTGCCATTGGCAGTTGCTCGTTCTGCGGGTGATCCTAATTGATGAATGCAGATCAATTAACTTATGACATGT---------GGTAGTAAACATCTATGCAAACTTAAGAGGATATAAGAAGCTAGTAAAAGAGGTGGGTTCTAATTAATT i ponAbe2.chrUn C 0 C 0 s nomLeu3.chrUn_GL397501_2 27627 161 - 1485088 CCCTTAGGAGACATGAGTCCTTACCATTGCCAATTGCCTGTTCTGTGGGTGATCCTAATTGTTGAATGCAGATCAATTAACTTATGACATAT---------GATAGTAAACATCTATCTAAACTTAGGAGGATATAAGAAGCTAGTAAAAGAGGTGGGTTCCAATTAATT i nomLeu3.chrUn_GL397501_2 C 0 I 137 s rheMac3.chr5 183965755 160 + 184069350 -CCTTAGGAGACATGAGTCCTTACCTCTGCCAATTGCCTGTTCTGTGGGCGATCCTAATTGTTCAATTCAGATCAGTTAACTTATGATATGT---------AATAGTAAATATCTACCCAAACTTAGGAGGATATAAGAAGTTAGTAAAACAGGTGGGTTCCAATTAATT i rheMac3.chr5 C 0 C 0 s macFas5.chr9 132441626 160 - 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124503471 I e tarSyr2.KE929868v1 8923 7389 + 74740 I e calJac3.chr3 190816978 0 - 190850796 C e rheMac3.chr5 183966771 416 + 184069350 I a score=1365.000000 s hg38.chr9_KI270718v1_random 27453 1 + 38054 t s panTro4.chr9_GL391165_random 16509 1 + 27358 t i panTro4.chr9_GL391165_random C 0 I 4 s macFas5.chr9 132442922 1 - 133195287 t i macFas5.chr9 I 6 C 0 s papAnu2.chr9 124541527 1 - 125196307 t i papAnu2.chr9 I 6 C 0 s chlSab2.chr10_KE148023v1_random 325164 1 + 566739 t i chlSab2.chr10_KE148023v1_random I 6 C 0 s rhiRox1.KN294980v1 31200 1 + 918455 t i rhiRox1.KN294980v1 I 237 I 2179 e nasLar1.chr9 123852567 3836 - 124503471 I e tarSyr2.KE929868v1 8923 7389 + 74740 I e calJac3.chr3 190816978 0 - 190850796 C e rheMac3.chr5 183966771 416 + 184069350 I e nomLeu3.chrUn_GL397501_2 29041 0 - 1485088 C e ponAbe2.chrUn 58741279 0 - 72422247 C a score=211075.000000 s hg38.chr9_KI270718v1_random 27454 129 + 38054 ctcccccaagacggagtctcgctctgtcccccagactggagtgcagtgccatgatctcggctcatcgcaacctccacctcccaggttcatgtgattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggacta s panTro4.chr9_GL391165_random 16514 129 + 27358 ctcccccaagacagagtctcactctgtcccccagactggagtgcagtgccatgatctcggcttatcgcatcctcctcctcccaggttcatgtgattctcctgcctcagcctcccgagtagctgggacta i panTro4.chr9_GL391165_random I 4 I 1517 s ponAbe2.chrUn 58741279 129 - 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124503471 I e rheMac3.chr5 183966771 416 + 184069350 I a score=50143.000000 s hg38.chr9_KI270718v1_random 31091 40 + 38054 cttcttccatcttgtacacaaggata--tcatgagttttgtT s panTro4.chr9_GL391165_random 21665 40 + 27358 ctttttccatcttgtacacaaggata--tcatgagttttgtT i panTro4.chr9_GL391165_random C 0 C 0 s ponAbe2.chrUn 58744751 40 - 72422247 cttcttccatcttgtacacaagaata--tcatgagttttgtt i ponAbe2.chrUn C 0 I 22239 s nomLeu3.chrUn_GL397501_2 32662 42 - 1485088 cttcttccatcttgtacacaaggatatctcatgagttttgtt i nomLeu3.chrUn_GL397501_2 C 0 I 21246 s macFas5.chr9 132446590 40 - 133195287 cttctgccatcttgaacacaaggata--tcatgagttttgtt i macFas5.chr9 C 0 C 0 s chlSab2.chr10_KE148023v1_random 328837 40 + 566739 cttcttccatcttgaacacaaggata--tcatgagttttgtt i chlSab2.chr10_KE148023v1_random C 0 C 0 e rhiRox1.KN294980v1 34511 12316 + 918455 I e nasLar1.chr9 123856404 11714 - 124503471 I e papAnu2.chr9 124545133 11244 - 125196307 I e rheMac3.chr5 183966771 416 + 184069350 I a score=5460.000000 s hg38.chr9_KI270718v1_random 31131 4 + 38054 taaa s panTro4.chr9_GL391165_random 21705 4 + 27358 taaa i panTro4.chr9_GL391165_random C 0 C 0 s ponAbe2.chrUn 58767030 4 - 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