##maf version=1 scoring=roast.v3.3 a score=1650.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 0 4 + 198735 gatc s panTro4.chr2A 22096395 4 - 113622374 gatc i panTro4.chr2A N 0 C 0 s nomLeu3.chr14 72814627 4 + 94967081 gatc i nomLeu3.chr14 N 0 C 0 s macFas5.chr10 61753664 4 - 96509753 gata i macFas5.chr10 N 0 C 0 a score=2255.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 4 2 + 198735 ca s panTro4.chr2A 22096399 2 - 113622374 ca i panTro4.chr2A C 0 C 0 s ponAbe2.chrUn 2093672 2 + 72422247 ca i ponAbe2.chrUn N 0 C 0 s nomLeu3.chr14 72814631 2 + 94967081 ca i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr10 61753668 2 - 96509753 cg i macFas5.chr10 C 0 C 0 s chlSab2.chr14 90915544 2 - 107702431 ca i chlSab2.chr14 N 0 C 0 a score=757454.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 6 436 + 198735 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i calJac3.chr14 C 0 C 0 e tarSyr2.KE938805v1 6521 3942 + 186790 I a score=1904707.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 4766 705 + 198735 cattacttatgaatatgtc-aaaaataacttggcagacatggttg-----agaatttgggggtcaggagagtatcctgaatgatctgggtgagaccatcataatcacaagggtccttataatagggaaggaggaaggtaacagccagagaggacctgggacaacggacagggaaactggagtgatggaggaaggggccatgctgctaggaatgtgggaacatcagaaagatggaatgctcgatattggattctctctcttgaagcct--agaatgaatagagccctattactccttgactttacttcattgagacttctgacctccagaaatgtaagataatacacttgtgttatgtggag-cagtaaggttgtggtaatttgttacagcagcaacaggaaaccaatgcaA-GGGGAAGGGGTGTGTTTTACTTCCCT-AGTGTATCACTGTCCTCTGTTCTCCCAAATAG-TTCTGTGTTTTTGTGTTT-GCTGTCAATTTCAACAAGAGACAGAAAACA-TTTTTCTATGAGGAGAGCTAGCACCACAATTCTTCTTATGTAGAAAGTGTCTTGAGTAATTCTCTGGGTTAGGTCTTATACAATCTTGGTATCTGAGAGCCTGGAGGTCATCCCTCACAGCACATGAGAAGAGGAAAGGGATGCGGG-TTTGCTGTTTTAACATTTGTAGGGCAAATTAGAGGTACAAGACCCATTCT s panTro4.chr2A 22101158 705 - 113622374 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tattacttattaatatgtcaaaaaataacttggcagacatggttaagttgagaattttgaagtcaggagagtatcctgaattatctgggtgagaccagcataatcacaagggtccttataatagggagggaggagggtaacagccagaagggacctcggacaacggagagtgaaactggagtgatggaggaaacggccttggtgccaggaacctgggaacatcaaaaagatgggacactcgatattggattctctctcttgaagactccagaattaatagagccctattactccttgattttatttcattgagacttctgacctctagaaatgtaagataatacacttgtgttatgtggagccagtaaggctgtggtaattagttacagcagcaacaggaaaccaatgcaAGGGGGAAAGGGTGTGTTTTACTTCCCT-AGTGTATCACTGTCC-TAGTTCTCCCAAATAG-TTATATGTTGTTGTCTTTTGCTGTCAATTTCAACAAGAGACAGAAACCATTTTTTCTATGAGGAGAGCT-GCACCACAATTCTTCTTACATAGAAAGTGTCTTGAGTAATTCTGTGGGTTAAGTTTTGTACAATCTTGGTATCTGGGAGCCTGGAAGTCATCTCTCACAGCACATGAGCAGAGGAGAGGGCTGTAGG-TTTGTTGTTTTAACATTCATAGGGAAAATTAGATGTACAAGACCCAATCA i macFas5.chr10 C 0 C 0 s papAnu2.chr13 23418054 708 - 128036923 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ttttttta-tat-------atactttaagttctagggtgcatgtgcacaatgtgcatgtttgttacatatgtatacatgtgccatgttgctgtgcggtacccattaacttgtcatttacattaggtatatctcctaatgctatccctacctcctcgcgctaccccacaacaggccccggtgtgtgat-ttccccaccctgtgtgcgagtgtttccactattcaattcccacctatgagtgagaacaggtggtgtttggttt-tttgttcttgcgatagtttgctgagaatgatggatttcagcttcatccatgtcccaagaaaggacatgaactcacctttttttatggctgt i chlSab2.chr14 I 1 C 0 e tarSyr2.KE938805v1 6521 3942 + 186790 I e calJac3.chr14 90635212 3 - 108792865 I e nomLeu3.chr14 72820636 3 + 94967081 I a score=1250864.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 5821 445 + 198735 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atctGAGaaaagtctcaatcaatttagaaatttatttggtCAAAGTTAAAGACATACAAGTGAAACAGCCTCAGAAGGTCTTGAGAacgtgtgcccaaggtggtcgggctACAGCttgattttacacattttagggagacataagatatcaatcaatatgtgtaagctGTACATTGCTTTGATATGGAAAGGCAGGACAGCCTGAAGGAGGGGACGTGTTGGGGACCTCCAGGTCACAAGTGGATTCGAAGATTTCATAGACAGTGGAAAGAGTTTATCTAATGACCTGTAATCAACAGAAGGGAGTTTCTGGGTCTTaaaaaaaGGGTTTTGGAGCCAACGTTTCATCATGAAGATGAAGCTTCCAGGGAGCAGACTTCAGCAAGAATAGATTGTAG-----------------TAAAAGGTGCCAAACTCTT i papAnu2.chr13 C 0 I 9 s chlSab2.chr14 90923826 429 - 107702431 atctgagacaagtcacattcattttagaaatttatttggtcaaagttaaagacatatcagtgaaacagtctcagaaggtctcaagaatgtgtgcccaaggtggtcgggctacagcttgattttacacattttagggagacataagatatcaatcaatatgtgtaagctgtacattgctttgatatggaaaggcaggacagcccgaaggagggggcgtgttggggacttccaggtcatagttggattcaaagatttcataaa-agaggaaagagtttatctaatgacctgtaatcaacaaaagggagtttctaggt-ttagaaaaggg--tggtgagccaaggtttcatcatgaagatgaagcccccaggtagcaggcttcagagagagtagattgtaattgtttcttagcagac-taaaaggtgccaaactctt i chlSab2.chr14 C 0 C 0 s calJac3.chr14 90637557 418 - 108792865 atcagagacaagtctcaatcaatttagaaatttatttgatcaaagttaaagacaaatcagtgaaacagcctcaggaggtcttgagaacatgtgcccaagattgtcgggctacagcttggttttatgcattttacgaagacataagatatcaatcaatatgtgtaagctgtacattggtttgatatgaaaaggcaggacagaccaaaggagggtgggtgttaagaacttccaggtcataggtgtattcaaagatttcataggtggttgaaagtgtttatctaatgacctgtaatcaagagtaggtagtttctgggt-taagaaaaagagttgtggagccaaggttttatcatgaagatgaagcctttagg-------ctccagagaagatagat--------gttcttaacaggcttaaaaggtgccagactttt i calJac3.chr14 C 0 C 0 e tarSyr2.KE938805v1 6521 3942 + 186790 I e rheMac3.chrUn_JH290316 37514 66 - 44534 I a score=836266.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 7663 310 + 198735 agttaaatctctctgggtcaggaaagagacttaaaa------aggaatctctacagaatgtagattttccccacaagaaccagctttgcagaggcatttttaa-atacattaaataacgatatcttggggaaaatactttgatttctcttaggacgtggtatctgtcacattggtatcttattgctataaagagttttctttgtcagtctcaagggtctctgtcttcatattaaaagctggtcagttgtgcctgaattttaaagggaagagggtaagttaaggcatatccaatcatccgttctgatcatggactgca s panTro4.chr2A 22104068 309 - 113622374 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t-tgtatttcaggttg---------tgtccttcgttgagaggaggagttcattcagttcgttagggagcttagagtttcatttttggtttacaCACCTATGTCCAGGTAAGAGCGCCCCACACAGGAGGGCTTGCTCAGAACCTGGCTTGCAGGACTTGCTT--ACAGACCTTCTGTGTCTCCTGTTGTCATGCACAAGGAAGGACACAGCCAATGACAACCCTCAGCCATCCGGGGAGAAGCTGTGTCTGCAGAGGACGGTCATGAGCTGTGAGTCTAGAGACCTGTGATTGTCTTCAGGGGCCTGTGGTCCTCAGCTTTCATAGGAGTTGTGGGGGCACTGGCTCAAATAGCATCCACCAGGATTCTAATCAGAATATCTCATTCACAGAATGCAGTGGGTGATATGACAGTACAGAGGGACTCTGTGGGGCCAGCTGCATGGAGCACTCTGGGAGAGTCACTGGCACCCGTGCTAGACAGATCTTCATTCAACTTCTGGAGCACACGGATTTAGATCTCTTTACATCATTTTGAAAGACCATTTATCATTCTGAAGGAAACCACTGTAATTAA i panTro4.chr2A C 0 C 0 s ponAbe2.chrUn 2101667 571 + 72422247 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calJac3.chr8 C 0 C 0 s canFam3.chr18 4069456 95 + 55844845 aagtctgttagctgcagtcatttttggaataatTACTGCAACTCAAAGAC-ACAGTTGTAGAT----AAACTGTGTTGACTAGTATAAGCACAGAGG-AAT i canFam3.chr18 C 0 C 0 e papAnu2.chr3 122248020 55 - 180432695 I e gorGor3.chr2A 91861028 11703 + 111351968 I a score=3579973.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 12588 1174 + 198735 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i calJac3.chr8 C 0 C 0 s canFam3.chr18 4069551 1197 + 55844845 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macFas5.chr3 C 0 C 0 s papAnu2.chr3 122249494 87 - 180432695 aaaaattttatatt-aaactcCCCATATACTTAAAATATGAATTAGATAATTCAGAATAAATATTCCATTGGATAAAACTaaacaatt i papAnu2.chr3 I 251 C 0 s chlSab2.chr21 121505648 87 - 127223203 AAAAATTTTATATT-AAACTCCCTATATACTTAAAATATGAATTAGATAATTCAGAATAAATATTCCATTGGATAAAACTAAACAATT i chlSab2.chr21 C 0 C 0 s calJac3.chr8 20044337 87 + 128169293 CATAATTTTATATT-AAACTCCCTAAATACTTGCAATATGAATTAGATAATTCAGAATAAACATTCTATTGGAAAAAACTAAGCAATA i calJac3.chr8 C 0 C 0 s canFam3.chr18 4070748 86 + 55844845 AGTAATTTTAAATCAAAACTTCCC--ATAATTGCAATGTTGACTAGAAAATTCAAAATAAGCATTTCACCAAAGAAAATTGAACAATT i canFam3.chr18 C 0 I 169 e gorGor3.chr2A 91861028 11703 + 111351968 I a score=6360.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 13849 6 + 198735 TG-TTGT s panTro4.chr2A 22109920 6 - 113622374 TG-TTGT i panTro4.chr2A C 0 C 0 s ponAbe2.chrUn 5669345 6 + 72422247 TG-TTAT i ponAbe2.chrUn C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397525_2_random 971411 6 - 1200634 TG-TTAT i nomLeu3.chr4_GL397525_2_random C 0 C 0 s 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papAnu2.chr3 C 0 C 0 s chlSab2.chr21 121507347 289 - 127223203 cagtcagaacagacatacataataatttgcaggtaagatcttctcctgttcctttggagccatggaccagtgttccacactgggaacgtgggcttctgacacttcaaaactgccaatttgctggggcacaggcaagttaaaaatgtcataaagttttcaagttgtcttttacttgagtctactttcacttggttgttgtaatcttttcaccattttccagagttttggtaaagttcattctggtagtttcttttagttgtttgatgtttctgtggggaaatgaaagatt i chlSab2.chr21 C 0 C 0 e canFam3.chr18 4072765 2841 + 55844845 I e calJac3.chr8 20045084 2840 + 128169293 I e gorGor3.chr2A 91861028 11703 + 111351968 I a score=362968.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 15730 157 + 198735 gcagctgtctccactgacattttgctgatGCTCCTCttttgtcaatttttgcttcatgttattatgctttgttattagttcatgtattagttttctagggctgccata------------accaagtaacacaaactgggtgccatgaacaacatacatttatagtctt s panTro4.chr2A 22112907 157 - 113622374 GCAGCTGTCTCCACTGCCATTTTGCTGATGCTCCTCttttgtcaatttttgcttcatgttattatgctttgttattagttcatgtattagttttctagggctgccata------------accaagtaacacaaactgggtgccatgaacaacatacatttatagtctt i panTro4.chr2A I 1104 C 0 s ponAbe2.chrUn 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i panTro4.chr2A C 0 C 0 s ponAbe2.chrUn 5671358 1063 + 72422247 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i ponAbe2.chrUn C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397525_2_random 973455 1064 - 1200634 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tctttctttctttctttctttctctttct-----ttctCTTTACTAC----ATTCCATATTATTTTTAAAAA---ATTAAAAGAGGGAAG----CAG-AAAAATAAAGAATATTTTAATCTGCAGGT-AAATAGA-TTTTGTCT-GCTAt---aggcgaaataatggcctcccaaaaatgttcaggtcctaattcccagagcctaacatacaaatatgttaggttgcatggcagtaggaaattagatttcaaaagaaattaaggttgcaataaaa-------tgatg-gagagattatcttaaatgggtgggctcaatgtaatcacaagcttccttataagtgagaggaggaggcagaagaaagataaccatggaggtggcggcgtgagaaataactcaacatcgctgacttttaagatat i chlSab2.chr21 I 2 C 0 s canFam3.chr18 4075827 373 + 55844845 tcttcctcccctcctctccatctcctcctccaccttctTTTTTCTACCACTAATCTATATTATGTCCAAAGATCTTTTAGGAAATGGTGGAGTACAGAAAAAACAAAGATCGTTTTAATCTATAGGT-AAATAGACTTATGTCTAACtatggaagagaaagtaatggcacctttaaaatgcccaggtcctaatcttcagaacctgg-----agctatgttagcttacatggtagtgggaatttagactgtaaatggagttaaaatttctgagcaatcgactctgatatgggagatggacctggaagggtgaatccaatgtgatcac------------aagtga---agggagacaggagag--------------------------ggaactgcaaaacatgacc-acatgagagatac i canFam3.chr18 C 0 I 29 e calJac3.chr8 20049898 215 + 128169293 I e gorGor3.chr2A 91873075 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--TCTGACAATGGGCCGATATAATCTTCAAAATGTAAAATGAC----TGTGTAATTGACTGATTAGTCTTATTAAAGAATATAGATTCAATTCTACTTTCTTGCTCTGCATAA-AAATATATAATCTAGCTTTTCATATCACTT----CTTTACTGATAACAACAGGAAGAATGACAAGATATCTATTTTGGAAATTT----ACTCTGGTAGGAGTAAGGATGATACAGTGATAGAATTACATACAAAACT--------AGAGAAAAATATGGTCTTATGATAGCCTATCACAAGATATCCTATTGGCTTCAT-AAAGCTCAGATATTTTATCTAAAAA---TATTTTCATCTTAGGAATGATCAAAGCATGAGACTAAAATTGTATTA-----------CAATG-------- i calJac3.chr8 C 0 C 0 s canFam3.chr18 4077601 350 + 55844845 ---------------------------------------------------TAATTGACTGAAT----TTATTAGATAATATAGATTTTATTCTACCTTTTTGTCCCAAAT-ACAGATATACACTCT-GTTTTTCATTTCACTTACTCATTTACAAATAATGACAGGGAAAATGGCAAAATATAGATTTTGGAAAAACAAAGATTTTGGAAAAGTTAAGGAGGGAGCAATGATAGAATTATGGGCAAAACTATAAAATAAGTGAAGAATATGGCCAAACAATAGTCTATCACATCTCATCTTAAAAGTTTCAT-TAAGCTCAAATATTTTAACAAAAA---TTATTT--ATTTGGGGAAAGACCAAATTATGAGAATAGAATCATATTATATCTTTCCCTCATTGATTAAATA i canFam3.chr18 C 0 C 0 e tupBel1.scaffold_70142.1-11303 842 4146 + 11303 I e gorGor3.chr2A 91878234 13812 + 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nomLeu3.chr4_GL397525_2_random 980985 270 - 1200634 -TCACAAGCACATGTGC----TAAAAGGGAGGGGAAA-A-CATCATTACTGATATTTTAAACG-TATGTTTTATTTTCCATAAACATG--AACCTCAACTTG-ATATGATGCAG--------ATTGAAGGAAATCACCCATAATTCCATATTAAGAAGGCCTGTGATATTTTATGGGAAAATAAATAGAGAAAATGCTAACAGAAACCCTATTAAGCATTAAGCTTTATGGAGCAAAGACACATCCAGTGGTGAAAGATACACACTCGAGTTCTGTTTGTTGTCTTAGA i nomLeu3.chr4_GL397525_2_random C 0 C 0 s rheMac3.chr3 124540285 267 - 198365852 -TCACAAGCACATGTGC----TAAAAAGGAGGGAAAA-A-CATCATTACTGATATTTAAAAAC-TATGTTTTACTTTCCATAAACATGC-AATTTCAACTTG-ATATGATGCAG--------ATTGAAGGAAATCACCCATAATTCCATATTAAGAAGGCCTGTGATATTTTATGGGA----AAATAGAGAAAATGCTAACAGAAACCCTATTAAGCATTAAGCTTTATGGAGCAAAGACAAATCCAGTGGTGAAAGATACACACTCGAGTTCTGTATGTTGTCTTGGA i rheMac3.chr3 I 4 M 455 s macFas5.chr3 124991503 267 - 192294377 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chlSab2.chr21 I 4 C 0 s calJac3.chr8 20052072 266 + 128169293 -TCACAAGCACACGTGC----TAAAAATAAAGGGAAA-ATCATAATTCCTTATATTTAAAATG-TATGTTTTACTTTCCATACGCATGC-AGTTTCAACTTTCATATGATGCAG--------ATTGAGGGAAATCACCCATAATTCCATATTAAGAAGGCCTGTGCTATTTTATGGGA----AAACAGAGAAAATGCTAACAGAAAACCTATTAAGCCTTAAGCTTTATGGAGCAAAGACAAATTCA--GGTGAAAGATAAACACTC-ATTTCTGTTTGTTGTCTTGGA i calJac3.chr8 C 0 C 0 s canFam3.chr18 4077959 243 + 55844845 CTCTC-CGTACACATAC----TAAAAGTGGGGGGAAATG-TATCATCACTGAAATTAGGAAAGTTATATTTCACATTCTATAAGCATGTGGGTTTTAAATTG-ATATGGGGCAGGTGAAGAAATTGAAGAAAATTACCCATGATTCCACACTTAGAAAAACTGAAATA--TTATGGGAAATTAAATGGAAAAAAAA-----------------AAACACTAAGCTTAATGGCACAAAGACAAAT-------------------GCTC-AGTGCTGTTTGTTGTCTTGGA i canFam3.chr18 C 0 C 0 e tupBel1.scaffold_70142.1-11303 842 4146 + 11303 I e gorGor3.chr2A 91878234 13812 + 111351968 I a score=65198.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 23744 28 + 198735 ACAATACGGTTTAGAGGTGACTGGAGGG s panTro4.chr2A 22120922 28 - 113622374 ACAATACGGTTTAGCGGTGACTGGCGGG i 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ponAbe2.chrUn 5679264 17 + 72422247 TGAGGAGAACATACGCG i ponAbe2.chrUn C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397525_2_random 981283 17 - 1200634 TGAGGAGAACATATGCA i nomLeu3.chr4_GL397525_2_random C 0 C 0 s papAnu2.chr3 122256618 17 - 180432695 TCCAAGAAtcatatgtg i papAnu2.chr3 C 0 I 679 s calJac3.chr8 20052366 17 + 128169293 TGAGGTGAATGTATGTG i calJac3.chr8 C 0 C 0 s canFam3.chr18 4078225 16 + 55844845 -TGATAAAACATGTGTG i canFam3.chr18 C 0 C 0 e tupBel1.scaffold_70142.1-11303 842 4146 + 11303 I e gorGor3.chr2A 91878234 13812 + 111351968 I e rheMac3.chr3 124540552 455 - 198365852 M e chlSab2.chr21 121512404 0 - 127223203 C e macFas5.chr3 124991798 0 - 192294377 C a score=351716.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 23789 406 + 198735 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nomLeu3.chr4_GL397525_2_random C 0 C 0 s calJac3.chr8 20052383 410 + 128169293 AGTTCACCAGATAGAAAAGCTCTATGAGGCAATGCCTCTTGCTGGACATATCTCTTACTCAGGTAACCATATAATTTATTGTCCAGTAAAGGGTATATTTAAAAATCATATTAGAAGTCATGCAATGAAGTT-------------------------GTCTCACTCTGCCCAATAATGAACAGG------------GGTGTTCCCTCATTCATTGGACTAGGTGTCCCTAGTCCAAGACAGATGAGGACATGACCCCACACTGGTAGGCAGTAGTACAAGAAAAGAACCCACCAGAAGTCTTTACTATATAGTTGAGGTAGAGACCAGACCAAAGTGAAAG-CAGATATGAAATTCTATCTAAACTATATTAACAATCGAAGAAAATATGTGGTTTACAGGTGTGGAATATCTCTAATAGATCAATGAAATAGTATGATAAATTCAGA i calJac3.chr8 C 0 C 0 s canFam3.chr18 4078241 392 + 55844845 -ACTCACTGGATAGAAAGTTGGTATGAGGTAA-GTTTCCTCCTGCCTGGATTTCTAGCTCAGATAGCCACAAAACTTATCATACAAAATGGAGCATACTTAAAAATTATTCTA---------CAGTGAAGCTATCCTAGGAAATGAAGAT-TTGG--ATTTCACTCTG-CCCATAATGAACAGTTTCTCCACCATCAGACTTCCCT---------------------------ACAGATGGGTCAGGATGTGCCCACAGACCTGCAGGCAGTGGT-TCAGAACATAACA---GGGAAAGCCACACTGCAGCTGTGAGGTAGAGACTGGGCCACA--------CAGAAACCAGATTCTACGTAAGACGTATCAACAATCAGAG-AAATTCATAGTGTAAAGGGAAAAAATGTCACTACTGGATCAATGGAACTGTAAGGTAAATCC-AA i canFam3.chr18 C 0 I 2140 e tupBel1.scaffold_70142.1-11303 842 4146 + 11303 I e papAnu2.chr3 122256635 679 - 180432695 I e gorGor3.chr2A 91878234 13812 + 111351968 I e rheMac3.chr3 124540552 455 - 198365852 M e chlSab2.chr21 121512404 0 - 127223203 C e macFas5.chr3 124991798 0 - 192294377 C a score=1082818.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 24195 1436 + 198735 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s panTro4.chr2A 22121374 1387 - 113622374 CTTTTACATtgttttcttttcctccagttagggcttgaggtttgtctctggagagtgaccgtcaattggagccctgcctttctggggttctggtcagggggttgtggatgcttaacatgtgcctttcacaggacacttccttaccccagcagtggccaggtgtgcatcccacgaccaggcctccctctcacagaacatctgttgagactaggagatacctggtgactgttgcctgacctgtgtcctgtgtacttctgaca--agagccactctcagagaccctggccaggaggagagttaggttccagtgtaggtcagctcagacacatggaggccacagaaccaaacatgggaaatcacagaagtaggtttatttctcacagatccagagagaagagggtagcTGAGAAGAGggtttagctgtgtccccagccaaatctcatcttgaattcccacatgttgtgggagggaacaggtgggaggtaattgaatcatgggggcaggtctttcccatgctgttcttctgatagtgaataagtctcacaagatctgatggttttataaaggggagttt-cctgcacaagctctcttgtcttgtctgctgccatgtgagacgtgcctttcagcttgcgccatgattgtgaggcctacccagccatgtggaactgtgcgtgtattaaacctctttcttctagaaattacccagtcttgggcatgtctttaccggtggtgtgaaaatggactaatacaGTAGTACACCTCATAGGGCTGA-----------------------------------------------GTGGGACTCTagacttcattgggggcagaacattacccaaataagttttccacggggcactagtcggtggggtgagtgccagcaggcacatttctt-gactcccgctgcaaccgagcaggtcattctggcatgtgggggctgtccatgtgcgctgtgaggtttgtggggtgagtcaggtaggttgtatccaacggttccatagctggtagtcaccaggaggaggCAACTGTGtagggtcaatatctgggccagccacactgaggaactg---tgagggttagaactggaaattgtcaagggaatctgaacccagctaccatatgagagagttcaacttatgttcaaagtgaatgccatggcaatatgaaaaggtaagaattcg-------------------------------------------ctccaTACGTGCTTGAGGTAAATAGGAGAAACCTAGAATATATGTAAACAGTGAGAAGATTGGATGCCTTTTCCGTCACGTATTTTAATACTAGCAGCATATTATATATGTCAATCCATCAGGCATTCAGAAATACATGCTTATGAAAA-TTTTTGCACCATCAGACAAAAGACAAGGGTAGAAGACATTTGTAACCCTATAAACAATAATAAATTAAAAACAGAAGGACCTTTATGTC i panTro4.chr2A C 0 C 0 s ponAbe2.chrUn 5679688 1399 + 72422247 TTTTTACATtgttttattttcctccagttagggcttgaggtttgtctctggatagtggctgtcagttggagccctgcctttctggggttctgggcagggggttgtggatgcttaatatgtgccattcacaggacacttccttac-acagcagtggccaggtgtgcatcccacgaccaggcctccctctcacagaacatctgttgagactaggagaggcctggtggctgttgcctgacctgtgtcctgtgtatttctgaca--agagccactctcagagaccctggccaggagcagagttaggt---------------------------gtggccacaggaccaaacatgggaaatcacagaagtagttttattactcacagatccagagagtagagggtagcTGAGAAGAGggtttagctgtgcccccagccaaatctcatcttgaattcccacatgttgtgggagggaacaggtgggaggtaattgaatcatgggggcaggtctttcccatgctgttcttctgatggtgaataagtctcacaagatctgatggttttatacaggggagtttccctgcacaaactc-----tcttgtctgctgccatgtgagacgtgcctttcaccttccaccatgattgtgaggcctacccagccatgtggaact----gtctattaaacctctttcttctggaaattacccagtcttgggcatgtctttaccagcggtgtgaaaatggactaatgcaGTAGCACACCTCATAGGGCTGAACAAAATGGGGAAGATgagtggggagccagagagagaaaaggggtctgtgggactccagccattactgggcccagaacaatacccaaataagttttccacggggatctagtcggtggggtgagtgccagcaggcacatttctt-ggctcccgctgcaattgagcaggtcactctggcgtgtgggggctgtccatgtgggctgtgaggtctgtagggtgagtcaggtaggttgtatccaacggttccattgtgggtactcaccaggaggaggcaactgtgtagggtcagtatctgggccagccacactgaggaactg---tgagggttagaactggaaattgtcaagggaatctgaacccagctaccatatgagagagttcaacttatgttcaatgtgaatgccacggcaatattaaaaggtaagaatttg-------------------------------------------ctCTATACGTGCTTGAGGTAAATAGGAGAAACCTAGAATTTATGTAAACAGTGAGAAGATAGGATGCGTTTTCTGTCACATATTTTAATACTAGCAGCATATTATGTATGTCAATCCATCAGGCATTCAGAATTACATGCTTATGAAAATTTTTTGCACCATCAGACAAAAGACAAGGGTAGAAGACATTTTTAACCCTATAAACACTAGTAAATTAAAAACACAAGGGCCTTTATGTC i ponAbe2.chrUn C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397525_2_random 981705 1435 - 1200634 TTTTTACATtgttttattttccaccagttagggcttgaggtttgtctctggagagtggctgtcaattggagccctgcctttctgggattctgagcagggggttgtggatgcttaacatgtgcctttcacaggacacttccttaccccagcagtggccagttgtgcatctgacgaccaggcctccctctcatagaacatctgttgagactaggagatgcctgatggctgttg-ctgacctgtgtcctgtgtatttctgaca--agagccactcacagagaccctggccaggaggagagttaggttccagtgtaggtcagatcagacacatggaggccacaggaccaaacatgggaaatcacagaagtagttttattactcacagatccagagagaagagggtagcCGAGAAGAGggtttagctgtgtccccagccaaatctcatcttgaattcccacatgttgtgggagggaacaggtgggaggtaactgaatcatggggacaggtctttcccatgctgttcttctgatcgtgaatatgtctcacaagatctgatggttttataaaggggagtttccctgcacaagctctcttgtcttgtctgcttctatgtgagacgtgcctttcaccttccaccatgattgtgaggcctacccagccatgtggaactgtgcatctattaaacctctttcttctggaaattaccctgtcttgggcacgtctttaccagtggtgtgaaaatggactaatacaGTAGCACACCTCATAGGGCTGAACAAAATGGGGGAGATgagtggggagcaagagagagaaaaggggtctgtgggactccagcctttattgggaccagaacattacccaaataagttttccacggggctcttgtcggtggagtgagtgccagcaggcacatttctt-ggctcctgctgcaactgagcaggtcactctgacgtgtgggggctgtccatgtgggctgtgaggtctgtggggtgagtcagataggttgtatccaacggtttcatagcgggtagtccccaggaggaggcaactgtgtagggtcaatatctgggccagccacactgaggaactg---tgagggttagaactggaaattgtcaagggaatctgaacccagctaccatatgagagagttcaacgtacgttcaatgtgaatgccatgacaatattaaaatgtaagaattcg-------------------------------------------ctccaTTTGTGCTTGAGGTAAATAGGAGAAACCTAGAATTTATGTAAACAGTGAGAAGATTGGATGCGTTTTCCGTCACATATTTTAACACTAGCAGCATATTATATATGTCAATCCATCAGGCATTCAGAATTACATGCTTATGAAAATTTTTTGCACCATCAGATAAAAGACAAGGGTAGAAGACATTTTTAACCCTATAAACACTAGTAAATTAAAAACAGAAGGACCTTTATGTC 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CTTTTCTCTGGCTTTTCAAACCTAGTAAGACTAAGACACTAAAGTAAC-TTTGCCCGTGGTTTGGTAATGCCTTCTAAAG---CACATCCTAAGCTCTCATGCATACAGGGGTCTCCTTTGAG-CT-CTATGCTTTTG--AGATCCCATATACCTAAATTCCAGTACTCCAAATCAGTACTGCTCAGTTTTAGTTACTAA-GTTTAAAAATGTA-TTTTAATAGCAAGTTAGTTTAGTGCACTCTTGCTTCTTTCTTTACCGCTGATATACATGCATATTCCTTTAAATGAATCTTGGaatttatttaaaaatt-ttaaattataCTAATGAAACTGTAT-----ATTGTTGTGAATTCATAGG-TGAATTTGGAAAGAATTTGTCTTTATGATACTAAATCCTTTTTA------ i ponAbe2.chrUn C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397525_2_random 983420 392 - 1200634 CTTTTCTCTGGCTTTTCAAACCTAGTAAGACTAAGACACTAAAGTAAC-TTTGCCCGTGGTTTGGTAATGCCTTCTAAAG---CACATCCTAAGCTCTCGTGCATACAGGGGTCTCCTTTGAG-CT-CTATGCTTTTG--AGATCCCATATACCTAAATTCCAGTACTCCAAATCAGTACTGCTCAGTTTTAGTTACTAA-GTTTAAAAATGTATTTTTAATAGCAAGTTAGTTTAGTGCACTCTTGCTTCTTTCTTTACTGCTGGTATACATGTATAGTCCTATAAATGAACCTTGGAATTTCTTTAAAA-TT-TTAAATTATACTAATGAAACTGTAT-----ATTGTTGTGAATTGATAGG-TGAATTTGGAAAGAATTTGTCTTTATGATACGAAATCCTTTTTA------ i nomLeu3.chr4_GL397525_2_random C 0 C 0 s calJac3.chr8 20054527 397 + 128169293 CTTTTCTCTGGCTTTTCAAACCTAGTAAGACTAAGACACTAAAGTAACTTTTGACAGTGGTTTGGCAATGACTTCTAAAG---CACATCCTAAGCTCTCATGCATAGAAGGGTCTATTTTAAGCCT-TTATTCTATTG--GGATCCCATATACCTAAATTCCAGTACTCCAAATCAGGACTGGAAAGCTTTAGTTACTAA-GTTTACAAATTTA-TTTTAACAGCAAGTTAGTTTGGTGTACTCTTGCTTCTTTATTTACTGCTGGAATACATGTTTATTCCTTTAAATGAATCTTGGGAGt--tttaaaaatt-ttaaattatactaatgaaattgtatctggcattgttgtgaattgatagg-tgaatttggaaagaatttgtccttatgataccaaatccttttta------ i calJac3.chr8 C 0 C 0 s canFam3.chr18 4080773 402 + 55844845 CTCTCCTCTGATTCCTCAAGCC-AGTAAGACCATAAGAAAGACCTAACTTTTGTCCCTTGTTTGGCAATGTTATCTAAAAAGTTATGTCCTAAACTCACATGTACACAGAGGTCCATTTTTAG-CTATTATTCGATTGCAGGATCCAATATACTTA---------TCCTTAAATCAATGCTTCATAGCTTCAGTTACTAATGCCTAATAATTTA-TTTTAATAGTTATTGAGTTTGATGTATCCTTTAATTTCTCTTTATTGCTAATATACATATTTATTTTTTGAAATGAATCTTGGGGTT-ATTTAAAATTTGCTGAGCTATACTGATGAAATTGTCTTCTGGCTTGCAATAAATTGATAAGATGAATTTGGGAAGAATTTGTCCTTATGATACTAGATCttttttttttttt i canFam3.chr18 I 2140 C 0 e papAnu2.chr3 122256635 679 - 180432695 I e gorGor3.chr2A 91878234 13812 + 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TCCAAGAATCatatgtgtctttatatttattccagtctatatttacataactgagtaaacatatagaaatgtagatacatatagatatag--atag----ata----caaatatagatataacatgttaaatctgtgtctatcccatgtaacatatatacatgttata----tatgtgtgta--tgtgtgtgtatatatatgtttgtat-tatTAAAGAG------CTCCCTTAAAATTTTTCTTT-TGTTTCCTATATATTTTTAGGTTGAGCTTGAATTTTCCTTGT--------------ATAAACATGCAAATATTTATACTAGTTTTAATACTGATGTTTA---GATGTTCTATTTTA---- i macFas5.chr3 C 0 C 0 s chlSab2.chr21 121512404 324 - 127223203 TCCAAGAATCatatgtgtctttatatttattccagtctatatttacataactgagtaaacatatagaaatgtagatacatatagat------atag----ata----caaatatagatataacatgttaaatctgtatctatcccatgtaacatatatacatgttata----tatgtgtatatgtgtgtgtgtatatatatGTTTGTGT-TATTAAAGAG------CTCCCTTAAAATTTTTCTTT-TGTTTCCTATATATTTTTAGGTTGAGCTTGAATTTTCCTTGT--------------ATAAACATGCAAATATTTATACTAGTTTTAATACTGATGTTTA---GATGTTCTATTTTATTTT i chlSab2.chr21 C 0 I 47 s calJac3.chr8 20054924 323 + 128169293 accaagaataatatgtgcctttacatttattccaatctatctttaTATAACTGAGTAAATATATAGAAATGTAGATACATATGGATATAGTTATAGAGATATA----CAAATATCGATATAACATGTTAAAACTA----TATCCCATATAAAatatatgcatgttaca----tgtgtgtatg--tgtgtatatatatatgtgtgtgtgtGTATTAAAGAG------CTCCCTTAAAATTCTT-------TTTCTTATGTGTTTTTAGGTTGAGCTTGAATTTTCGTTGT--------------ATAAAAATGCAAATGTTTATACCAGTTTTAATACTGATGTTTA---GACCTTCTATTTTATTTT i calJac3.chr8 C 0 C 0 s canFam3.chr18 4081175 282 + 55844845 ttttttaatCATCTGTGCCTTTCTATTGATTTAGGTCTATTCTGATATGCCTGAGTAG----ATAGAAATATTGATAA--------------ACAG----ATA----AAGATGAAGCTATAATAAGTTAAA----------------------------------ATA----T-----------------TCTCTTTCTCTCTTTCTAT-CTTTAAGGGGAAATAACTACCTC--AATTTTTGTTCGCATTTCCTATAAATATTTAGGTTAAGTTTGAATTTTCCTATTTTAGAATTATAATGATATAAACCCAAATATTTATACCAGCTTTAATACCAATGATTGTATGACTGTATTTTTTATTT- i canFam3.chr18 C 0 C 0 e papAnu2.chr3 122256635 679 - 180432695 I e gorGor3.chr2A 91878234 13812 + 111351968 I e rheMac3.chr3 124540552 455 - 198365852 M a score=9930.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 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agaaccagaggattatttgttgtgggaggctgccctagcaatgctagatgtttcatttgacctccaaatttcacacgcccaccagtcttgacattcccacagtaac-tctagacattgccaaatgtctcct-ggggaaaaatttccaccagttgagagccCAAGTTCTTGAAATATTGGAATTGTCAATTGAGTTTTTATGTTATCAAAAACAAATATTTTTCTTTGTTTTAAAACTTCTACTTCCATCTACTTATCTACTTATTTTTACTTTTATTTGTAACTTAATTCCATCAAG----GATAGTGCATTTTCTATTATGCTAATTTTTTCAAGAATGTTTTGA-TTTTTATGACCTAATATATGGATGATATGTAGGTATTACATGTTTGTATTATCAAATTTCAGGGCAATAAT-----AAA i macFas5.chr3 C 0 C 0 s papAnu2.chr3 122258827 414 - 180432695 agaaccagaggaTTATTTGTTGTGGGAGGCTGCCCTAGCAATGCTAGATGTTTCATTTGACCTCCAAATTTCACACGCCCACCAGTCTTGACATTCCCACAGTaac-tctagacattgccaaatgtctcct-agGGAAAAATTTCCACCAGTTGAGAGCCCAAGTTCTTGAAATATTGGAATTGTCAATTGAGTTTTTATGAtatcaaaaacaaatatttttctttgttttaaaacttctacttccatctacttatctacttatttttacttttatttgtaacTTGATTCCATCAAG----GATAGTGCATTTTCTATTATGCTAAATTTTTCAAGAATGTTTCGA-TTTTTATGACCTAATATATGGATGATACGTAGATATTACATGTTTGTATTATCAAATTTCAgggcaataat-----aaa i papAnu2.chr3 I 559 C 0 s chlSab2.chr21 121514730 415 - 127223203 aggaccacaggattatttgttgtgggaggctgccctagcaatgctagatgtttcatttgacctccaaatttcacatgctcaccagtcttgacatccccacaataacttctagacattgccaaatgtctcct-ggggaaaaatttccaccagttgagagccCAAGTTCTTGAAATATTGGAATTGTCAATTAAGTTTTTATGTTATCAAAAACAAATATTTTTCTTTGTTTTAAAACTCCTACTTCCATCTACTTATCTACTTATTTTTACTTCTATTTGTAACTTGATTCCATCAAG----GATAGTGCATTTTCTATTATGCTAAATTTTTCAAGAATGTTTTGA-TTTTTATGACCTAATATATGGATGATACGTAGACATTACATATTTGTATTATCAAATTTCAGGGCAATAAT-----AAA i chlSab2.chr21 C 0 C 0 s calJac3.chr8 20057533 423 + 128169293 aggaccagaggattcttcgtggtgggaagttgccctgacaatgttagaagtttcgtttgacccctaaatttcacacccccaccattctcgacatccccaccataac-tctagacattgccaaatgtcacctgggggaagaatctccaccagttgagagccaAAGTGCTTGAAATATTGGAATTATCAATTGAGTATTTATGTTATCCAAAACAAATATTTTTCTTTATTTT-AAACATCTACTTCAATCTACTTCTGTACTTATTTTTACTTTTATTTGTAACTTCATTGCATCAAGGATAGAAAGTGCATTTTCTGTCATGCTAAATTTTTCAAGAATGTATTGT-TTTTTATGAGCTAATATATGGGTAATATGTATATATTACATGTGTGTATTGTCAAATTTCAGGGCAATAATAAAACAAA i calJac3.chr8 C 0 C 0 e canFam3.chr18 4082200 1320 + 55844845 I e gorGor3.chr2A 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------------------------------------------------TTTA----------------------AAGCATAATAACATGGAGAAATATTGCAAAACATACA-TTTTGCTGAATTAATT i nomLeu3.chr4_GL397525_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr3 124995368 49 - 192294377 ---------------------------------------------------------------------------AGCAT----CCATGGAGAAATATTACAAAATATACATTTTTACTGTATTAATG i macFas5.chr3 C 0 C 0 s papAnu2.chr3 122259726 54 - 180432695 ------------------------------------------------TTTA----------------------AAGCAT----CCATGgagaaatattacaaaatatacatttttactgtattaatg i papAnu2.chr3 C 0 C 0 s chlSab2.chr21 121515633 54 - 127223203 ------------------------------------------------TTTA----------------------AAGCAT----CCATCGAGAAATACTGCAAAATATACATTTTTACTGTATTAATG i chlSab2.chr21 C 0 C 0 s calJac3.chr8 20058427 123 + 128169293 ttagaaacaaattaattataatctataatcatatattatatattataatttatattaaatatattaCACATTATAAGCAT----ATAATAATAAATACTGCAAAATATACA-TTTTATGATATTGGTT i calJac3.chr8 C 0 C 0 e canFam3.chr18 4083654 193 + 55844845 I e gorGor3.chr2A 91878234 13812 + 111351968 I e rheMac3.chr3 124543960 110 - 198365852 I e panTro4.chr2A 22125641 10 - 113622374 I a score=11330.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 29571 28 + 198735 GTT------------TAATCATTATGTGAGAACC---------------------AAATTA- s ponAbe2.chrUn 5684961 34 + 72422247 GTTAA------TATCTAATCATTAAGTGAGAACA---------------------AAGGTA- i ponAbe2.chrUn C 0 C 0 s nomLeu3.chr4_GL397525_2_random 987062 34 - 1200634 CTTAA------TATTTAATCATTACGTGAGAACA---------------------AAGGTA- i nomLeu3.chr4_GL397525_2_random C 0 C 0 s macFas5.chr3 124995417 51 - 192294377 GTTAATATTCTTATTTAATCATTAAGTGAGAACATCA-----ATTCTTT-----GCAGATA- i macFas5.chr3 C 0 C 0 s papAnu2.chr3 122259780 51 - 180432695 gttaatattcttatttaatcATTAAGTGAGAACATCA-----ATTCTTT-----GCAGATA- i papAnu2.chr3 C 0 C 0 s chlSab2.chr21 121515687 51 - 127223203 GTTAATATTCTTATTTAATCATTAAGTGAGAACATCA-----ATTCTTT-----GCAGGTA- i chlSab2.chr21 C 0 C 0 s calJac3.chr8 20058550 49 + 128169293 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catccatctccataactcgtttcatattgtaaaactgaaactctgtacccattaaacaatatttcctcatttcttcctccccccagcttctggcaaccatcattgtactgtctctacaattctgcccactttaagtcccttatacaaatggaattacactgtaattgtccttcactgact-acttatttgacttggcataata---tcaagtttcatccaagttgtaacatatgtcagaatattccccttgtgtttagggctgaataatattccatggtgtgtatatatcatattttgcttatccattcatctgttgttggacacttcggttgcttctacattttagctattgtcagtaatgctgc---------------------------------tgcaaacatgggtgtgcaaatatcttttcaagactctgctttcaattctttcgctatcctgagatgtggcattgctggatcatatggcaataccattttgattttttgaggaactaccacactcttttccacagcagacatagagacatagcgtttggcattccctccaaaactacaaaagcaataaccatatccttgccTGTGGATTTTATTCACAAATCCTTTGGCTCTCTCTACATCCCGGCCACCATGTGTTATTTCCTGTTTATATATAT i chlSab2.chr21 C 0 C 0 s calJac3.chr8 108093710 648 - 128169293 tacccatctctataactcgtttcatcttgtaaaaccgaaactctgtactcattaaacaatagttccccatttcttcctttcctcagc-tctggcctccatcattttactacctctgtgattctgtctactttaagtaccttatacaagtggaattatactgcatttgttcttcactgactaactaatttcacttggcataacatcctcaaatttcatccatattgtaacatacattagaatatttccttcatttttaaggctgaataatattccattctatgtatatacaatattttgctcatccattcatctgttg-gggacacttcacttgcttccaccttttagctactgtcaataatgctgctattatgacataatataatgctgctgtcaataatgcaattacaggtgtgcaaatatcgtttcaagactctgctttcaattcttttgctgttctgagatgtggcattactggatcctatgg---------------gttttgaggaactaccatactcttttccatagt--------agacataccgtttggcattccctccaatactgcaaaaaaaact-ccacatccttgtcTGTGGATTTTACTCACAAATCCTGTGGCTTTCTCTGCATCCTGGCTACCATGTGTTATTTCCTGTATGTATACAT i calJac3.chr8 I 29 I 900 e gorGor3.chr2A 91892047 2265 + 111351968 I a score=1056780.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 33699 418 + 198735 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GTAACTTCCTTCTAAGTAGTAGAGG-----TAAGAGTTGAGATATTAGCTGGGTTCTGCGTCAGTTTAGAGGGCTGTGGGACGTTCCTCCTTTT-GGTCTATAGGAACAAGTGAATGCAGTTCTTGCTGC-CTCACTCCTCTCCTTGAGGGATTGAACCATTGTAGCAGATGAGAAG-----------------------------------GAGTAATGTTGATCTGCCCTTCAGGTGAAACACATGTTGTCT-------CCAACCACACCCATAGGTTGTACTCACTGAGATACACTGGGCCAGAAGATATCCCGTCAATGATATGGAGATG i calJac3.chr8 C 0 C 0 s tupBel1.scaffold_56529.1-1843 10 319 + 1843 GTCTCCTCCTTCTAAGTGGTAGAGGCCACTTAGAGGTTGTGATATAAGCTTGGTTCTGGGTCATTTTTGAGGGTTGAG--ACATCTTTCAGCTTAAGTCTTTAAGAC----TCCTGGCTATCCTGGCTGTCCTCACTCCTGTTCTTTACACACTACAGCAATGTAGTTGATGAGCAGAGTTAATCGttttttattttatttttttttaGCAAGGTTAATCTTGAGCTGATATTCAGTCAGAATACATGTTCTCTGTCCTCACCAACCACACCTGCAAGCTGCACTTACTGAGACATATCTGGCCAGCATGTATCAGCTCAATGAC--------- i tupBel1.scaffold_56529.1-1843 N 0 C 0 e tarSyr2.KE946558v1 1007265 5714 - 1121937 I e gorGor3.chr2A 91892047 2265 + 111351968 I a score=13428.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 35229 4 + 198735 tatc s panTro4.chrUn_GL393522 128360 4 - 458469 TATC i panTro4.chrUn_GL393522 C 0 C 0 s gorGor3.chr2A 91894312 4 + 111351968 TATC i gorGor3.chr2A I 2265 I 555 s ponAbe2.chrUn 57727848 4 - 72422247 TATC i ponAbe2.chrUn C 0 C 0 s rheMac3.chr3 73805308 4 + 198365852 TATC i rheMac3.chr3 C 0 C 0 s macFas5.chr3 67282594 4 + 192294377 TATC i macFas5.chr3 C 0 C 0 s papAnu2.chr3 58158451 4 + 180432695 TAtc i papAnu2.chr3 C 0 C 0 s chlSab2.chr21 5693049 4 + 127223203 TATC i chlSab2.chr21 C 0 C 0 s calJac3.chr8 108096791 4 - 128169293 TATC i calJac3.chr8 C 0 C 0 e tarSyr2.KE946558v1 1007265 5714 - 1121937 I e tupBel1.scaffold_56529.1-1843 329 0 + 1843 C e nomLeu3.chr14 73071025 0 + 94967081 C a score=1841950.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 35233 555 + 198735 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aatatatat--------tatataatattaatatcatgtaatattaatatatttatatattttctattatataaaatatataaacacataaacatatatGGTTATCTATtagatagatagat--------agacagatagatagatagat--atagataga------ i macFas5.chr3 I 31 C 0 s papAnu2.chr3 58160740 154 + 180432695 aatatgtat--------tatatgatattaatatcatgtaataataatatatttatatattttctattatataaaatatataaaaacataaacatatatggttatctattagatagatagatagatagacagacagatagatagatagat--atagatagatacc-- i papAnu2.chr3 I 31 C 0 s chlSab2.chr21 5695324 164 + 127223203 aacatatatttataatatatataatattaatatcatgtaatattaatatatttatatattttctattatataaaatatataaacacataaacatatatGGTTATCTATtagatagatatagatatagatagatagatagatagatagatagatagatagataCC-- i chlSab2.chr21 I 14 C 0 s calJac3.chr8 108099018 48 - 128169293 -----------------------------------------------------ATATA-------------------AATATACAC--AAATATACATGTTTATTTATTTTATAAAGATAC------------------C-------------------------- i calJac3.chr8 C 0 C 0 e gorGor3.chr2A 91895805 1158 + 111351968 I e rheMac3.chr3 73809294 185 + 198365852 I a score=137821.000000 s 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gagagaatcgcttgagcacagTATGTGAAGGCTGCGGTGAGctctgatcacatcactgcactccatattgggtgacaaagtgagaccctgtctacaaaaaa i papAnu2.chr3 C 0 I 2 s chlSab2.chr21 5695688 97 + 127223203 gaaagaatcgcttgagcacagtatgtgaaggctgcggtgagctctgatcacatcactgcactccatattgggtgacaaagtcagaccctgtctc----aag i chlSab2.chr21 C 0 I 2 s calJac3.chr8 108099268 99 - 128169293 gggaggatcgcttgagcacggtaggtggaggctgtagtaagctgtgatcacatcacccacctccagcttgggtgaaaaagtgagactctgtctc--aaaaa i calJac3.chr8 C 0 C 0 e gorGor3.chr2A 91895805 1158 + 111351968 I a score=-1107.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 37869 1 + 198735 -t s panTro4.chrUn_GL393522 130998 1 - 458469 -t i panTro4.chrUn_GL393522 C 0 C 0 s gorGor3.chr2A 91896963 1 + 111351968 -t i gorGor3.chr2A I 1158 I 1741 s calJac3.chr8 108099367 1 - 128169293 a- i calJac3.chr8 C 0 C 0 e papAnu2.chr3 58161195 2 + 180432695 I e rheMac3.chr3 73809780 2 + 198365852 I e chlSab2.chr21 5695785 2 + 127223203 I e ponAbe2.chrUn 57730335 6 - 72422247 I e macFas5.chr3 67287213 2 + 192294377 I e nomLeu3.chr14 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macFas5.chr3 67312953 7639 + 192294377 T e nomLeu3.chr14 73074670 18923 + 94967081 I a score=11748.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 39779 191 + 198735 TCCTGCCGCTGAGGCTTTTTGCCGCCGCAGTTTTTGCCCCCGCCGCCGCTGCTTTTTGTG------------------------------------------------GCTTTTTGCCCCCGCAGCTTTCCCCCCGCCGTCGCCGCGGGTTTTTGTGGGTTTTTTGCACCCGCTCCCGCT----------------------GCTTTTTGCCCCGCCACTACGGCTTTTTGCCGCCTTGGTTTTTTGCCCCCGAAGCCACA s panTro4.chrUn_GL393522 132907 255 - 458469 TCCTGCCGCTGAGGCTTTTTGCCGCCGCGGTTTTTGCCCCCGCCGCCGCTGCTTTTTGCAGCTTTTTGCCCTACCACCGCCGCGGCTTTTTGACTCCCCGCCACTGCAGCTTTTTGCCCACGCGGCTTTTTCCCC-CCGTCGCCCCGGGTTTTT----GTTTTTTGCACCCGCTCCCGCTGCTTTTTGCCTCCACCGCCGCGGCTTTTTGCCCCGCCAATAGGGCTTTTTGCCGCCGTGG-TTTTTGCCCCCGAAGCCACA i panTro4.chrUn_GL393522 C 0 C 0 e gorGor3.chr2A 91898723 1150 + 111351968 I e ponAbe2.chrUn 57731878 1 - 72422247 I e macFas5.chr3 67312953 7639 + 192294377 T e nomLeu3.chr14 73074670 18923 + 94967081 I a score=7478.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 39970 29 + 198735 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TTGCAAccttaatttcacttgaaatctaatttcccactgccatgcaacctaacatatttgtatgttagactccgggaattaggacatgaacacttttgtgaggccattattttgtctacAGCAGACATAATCTATTTACCTGCAGATTAAAGTGTTCTTTATCTTTCTGCCTCTCTTTCTTAATTTTTTT--AAATAATATGAATTGTACTAAAGAgaa----agaaa-----gaaaaaagaaggaaggaaggaaagaagaaagta---------------aaggaggaaatgagaga-------- i panTro4.chrUn_GL393522 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 73093593 295 + 94967081 ttgcaacc-taatttcacttgaaatctgatttcccactgccatgcaacctaacatatttgtatgttagactctgggaattaggacatgaacatttttgggaggccattattttgtctacAGCAGACATAATCTATTTACCTGCAGATCAAAGTGTTCTTTATTTTTCTGCCTCCCTCTCTTAATTTTTTT--AAATAATATGAATTTTAGTAAAGagaaagacagaaaagaaagaaaaaagaaggaaggaaagaaggaaggaaggaaagtagaaagaaaagaaggaggaaatgagaga-------- i nomLeu3.chr14 I 18923 C 0 s macFas5.chr3 67305314 284 + 192294377 ttgcaaccttaatttcatttgaaatctaatttcctactgccatgcaacctaacatatttgtatgttaggctctgggaattaggacatgaacatttttgggaggccattattttgcctacAGCAGACAAAATCTATTTACCTGCAGATTAAAATATTCTTTATTTTTCTGCTTCCCTCTCTTAATTTTTTA-AAAATAATATGGATTGTAGTaaagagaa----agaaa-----gaaaaagaaagaaaagaaagaaagaaaaaagaa------------aagaaggagaaaatgagagaaggaaaga i macFas5.chr3 T 7639 C 0 e gorGor3.chr2A 91899874 450 + 111351968 I a score=3386.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 41358 4 + 198735 aggg s panTro4.chrUn_GL393522 134845 4 - 458469 aggg i panTro4.chrUn_GL393522 C 0 C 0 s gorGor3.chr2A 91900324 4 + 111351968 aggg i gorGor3.chr2A I 450 I 139 s nomLeu3.chr14 73093888 4 + 94967081 agga i nomLeu3.chr14 C 0 C 0 s macFas5.chr3 67305598 4 + 192294377 aggg i macFas5.chr3 C 0 C 0 a score=40720.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 41362 130 + 198735 agggagggaggaagggagaaaggcaggaaaggag--aaaaaagaaagcaagaactcaagaaagaaag------------------------------------------agaaagaaagt-------------------------------gagaaaagaaggaagga-----ggaagagagaatggtaaaagggaggaaggcaaacaaa s panTro4.chrUn_GL393522 134849 127 - 458469 agggagg----aagggagaaaggctggaaaggag--aaaaaagaaagcaagaact----aaagaaag------------------------------------------agaaagaaagt-------------------------------gatggaaggaggaaggaaaggaggaagAGAGAATGGTAACAGGGAGGAAGGCAAACAAA i panTro4.chrUn_GL393522 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 73093892 204 + 94967081 aggaagg----gagggagaaaagcaggaagggag--aaaaaagaaagcaagaacacaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaggaaagaaagaaaatgaaaaacaaagaaagaaagaaggaaaggaaggaggaagggaggaaggaaaggaggaagagagaatggtaaaagggaggaaggcgaagaaa i nomLeu3.chr14 C 0 I 4 s macFas5.chr3 67305602 130 + 192294377 agggaggaaggaagggagaaaagcaggaagggagaaaaaaaagaaagcaagaacaccagaa------------------------------------------------agcaagaaagc--------------------------------aagaagggaggaagaaaaggaggaagagagaatggaaaaaggggggaagggaaaaaaa i macFas5.chr3 C 0 C 0 e gorGor3.chr2A 91900328 139 + 111351968 I a score=1000.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 41492 1 + 198735 g s panTro4.chrUn_GL393522 134976 1 - 458469 G i panTro4.chrUn_GL393522 C 0 C 0 s gorGor3.chr2A 91900467 1 + 111351968 g i gorGor3.chr2A I 139 I 17488 s nomLeu3.chr14 73094100 1 + 94967081 g i nomLeu3.chr14 I 4 C 0 s macFas5.chr3 67305732 1 + 192294377 g i macFas5.chr3 C 0 C 0 a score=92909.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 41493 279 + 198735 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TTCTGGGTTTGTTAGAGAATATGCCATACTGTTTTTTTTTTTTTTTTCACTTGAAAG-----AGTATCTGCCATTGAAgattggatgtcttgttggtgatattgtttttcttatcttccatatgattactgagtttgtgcctagtctgtccattactaaaacaaaagtgttgaagtctgcaaatctaattttggatttttctagtttacctttgatttctttcctgttttacctcatgtatttggaggttctgttgttagctgcataccctaattagtaggatgtttaca---tcttgagaattgattattatattatttattatctctcatctctgatactatttcttgttccgaactctgttgtgtctaatatcaatgtagtccttcctcagctttattttagtgtttccatgatatggctttctccatatcttgatgataacctatttatacctgtatatatttggagcaagATATAAAATTTAGAGTTGATTTTTTAAAGATTTTTC-AAGATGGAATTCTTATTTCTTtttgttctatttgacattctctgagtttcctatatctgaagtttgattttctgtcacttcttttagaatatttttggcagttattttgaaatatatttattttgctccattattcttccctcttttctttttgggatttcaatcataACTAGGATAGGTAATTTCATCTCAGTCTTATGCAGGTACTTTTTCTCAGGGTCTCAGGAATGTAGCCTTCTCACACTTCTGTTCTTTTCCTGGCTGTGTTGGTGAGCTCAGTGATATTCCTCCTTCACCTTCAAGAGCAGTTTTGTTTTGTTTTTCCTGTTTTCATACTCCCAGCATCAGGAATATTCTAAGTGTGGCAGTTTTTGTTGCCTTCCCCTACATATTAAGTGGAAtatcttggtctatttggactcttataacaaaataacataaaccgggtgactaaaaaacaacagatatttcttttttcacacttcttgaggctgtaagatctcaggtcaagatgctcataaattcagtgttgatgagagccaatttcatggttcatacttggtgccttctttctatgtcctcacatagtggaaggcacacaagaactccattgagcttcttttataaaggcactaatcccattcataagggctcggctcccaagacctggtcacctcccaagtgttctgctctccCTGATCTGTGTCATATACAGACTCTCTTGGATTCCTTACCAATTGCTTGACAGATCACAGTGGGTTTGTGGGGAAAAAGTTTTCAAGATGATGGATCTTTCCCAACTTCTGCAGCTGTCAGCAGTCTCCCAATCTGATCAGCCCCACTTTGTCTTTAGGAATTTATTGATTATTCCAGCTTTACTTGTCATAGTGGTGTCTATTTGCATCTGTCCTATGTAAGTGCATCTGTCTTTTTTCTCCTTGCAGTTGC i panTro4.chrUn_GL393522 C 0 C 0 s nomLeu3.chr14 73094448 1429 + 94967081 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i nomLeu3.chr14 C 0 N 0 e gorGor3.chr2A 91900468 17488 + 111351968 I a score=23577.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 43220 263 + 198735 AAGTACTCAGGAGTACACTGTTGTTACTAATTACTCAGTATTGGTTGGTACATTGTCAAAGATCAAAAAACATTTTTAAAGATAAAA--AAATTCTTGGAAGGtgtataatgaacggttaattctgcagacatggctttccaaaaccttgcacattccaaaggtcttcaggactggcccttgacaagctcctgggagatgataacctatgagcccttggtatatgctgcctgatgagagtctttgtatacctgaaaacgtaggtc s panTro4.chrUn_GL393522 136717 265 - 458469 AAGTACTCAGGAGTACACTGTTGTTACTAATTACTCAGTATTGGTTGGTACATTGTCAAAGATCAAAAAACATTTTTAAAGATAAAAATAAATTCTTGAAAGTtgtgtaatgaagggttaattctgcagacatggctttccaaaaccttgcacattccaaaggtcttcaggactggcccttgacaagctcctgggagatgataacctatgagcccttggtatatgctgcctgatgagagtctttgtatacctgAAAATGTAGGTC i panTro4.chrUn_GL393522 C 0 M 1291 e gorGor3.chr2A 91900468 17488 + 111351968 I a score=0.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 43483 163 + 198735 ataccaaatagctgatgctaacaacgtgatttcttgtgagcacctgtttctgtatgcctatgactttgtgtaatgccatattaatatgacctctcttagggcatagggaggttgggaactaagtagctaagttcagtcacaggacgttcgatgcatatgtggt e gorGor3.chr2A 91900468 17488 + 111351968 I e panTro4.chrUn_GL393522 136982 1291 - 458469 M a score=79626.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 43646 921 + 198735 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e panPan1.JH650633 99807867 2463 + 101998900 I a score=69.000000 s hg38.chrUn_KI270747v1 76330 2 + 198735 gc s panPan1.JH650633 99810330 2 + 101998900 GT i panPan1.JH650633 I 2463 N 0