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VGP - Vertebrate Genomes Project assembly hubs, track statistics
This assembly hub contains assemblies released by the Vertebrate Genomes Project. (set of primary assemblies)
See also: hub access, assembly statistics
Data resource links
NOTE: Click on the column headers to sort the table by that columnThe link to genome browser will attach only that single assembly to the genome browser.
The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
| count | common name link to genome browser |
ncbiRefSeq | xenoRefGene | augustus genes |
Ensembl genes |
gc5 base | gaps | assembly sequences |
Repeat Masker |
TRF simpleRepeat |
window Masker |
cpg islands |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Abyssinian ground-hornbill GCA_009769605.1 |
n/a | 12,918 (1.90 %) |
17,214 (2.53 %) |
n/a | 43.30 (99.29 %) |
204 (0.71 %) |
112 (100.00 %) |
401,836 (5.61 %) |
145,540 (0.78 %) |
6,556,090 (19.22 %) |
40,983 (3.62 %) |
| 2 | American flamingo GCA_009819775.1 |
n/a | 13,081 (1.79 %) |
22,162 (2.64 %) |
n/a | 43.27 (99.31 %) |
280 (0.69 %) |
90 (100.00 %) |
538,001 (7.73 %) |
183,346 (0.79 %) |
7,056,270 (20.92 %) |
51,972 (4.83 %) |
| 3 | American shad GCF_018492685.1 |
70,400 (9.39 %) |
16,145 (2.29 %) |
60,087 (6.26 %) |
n/a | 43.18 (99.45 %) |
1,639 (0.55 %) |
74 (100.00 %) |
1,297,174 (9.39 %) |
1,245,221 (12.59 %) |
3,857,267 (39.43 %) |
42,699 (2.23 %) |
| 4 | Anna's hummingbird GCA_003957555.2 |
n/a | 12,249 (1.95 %) |
14,848 (2.40 %) |
n/a | 41.49 (98.48 %) |
429 (1.52 %) |
160 (100.00 %) |
535,312 (7.95 %) |
262,056 (1.51 %) |
6,092,351 (20.84 %) |
17,130 (1.48 %) |
| 5 | Asian bonytongue GCF_900964775.1 |
50,328 (9.13 %) |
16,528 (2.72 %) |
76,597 (7.29 %) |
72,696 (8.52 %) |
44.16 (99.99 %) |
145 (0.01 %) |
72 (100.00 %) |
505,816 (2.98 %) |
216,136 (1.69 %) |
4,323,242 (26.50 %) |
88,514 (10.63 %) |
| 6 | Atlantic cod GCF_902167405.1 |
51,655 (11.92 %) |
14,072 (2.62 %) |
70,314 (9.10 %) |
68,853 (9.51 %) |
45.64 (96.48 %) |
1,216 (3.52 %) |
227 (100.00 %) |
804,201 (10.41 %) |
855,327 (13.06 %) |
2,851,161 (33.38 %) |
97,133 (7.82 %) |
| 7 | Atlantic halibut (refseq) GCF_009819705.1 |
52,130 (11.46 %) |
14,961 (3.19 %) |
45,365 (7.48 %) |
n/a | 42.21 (99.43 %) |
290 (0.57 %) |
57 (100.00 %) |
428,321 (4.16 %) |
256,153 (3.73 %) |
3,725,981 (24.13 %) |
31,325 (2.25 %) |
| 8 | Australian echidna GCF_015852505.1 |
42,938 (2.28 %) |
14,891 (1.01 %) |
19,714 (1.45 %) |
n/a | 45.30 (98.61 %) |
524 (1.39 %) |
310 (100.00 %) |
7,814,876 (42.89 %) |
1,219,764 (6.93 %) |
9,488,325 (55.68 %) |
78,364 (2.73 %) |
| 9 | banded archerfish GCF_017976425.1 |
42,399 (11.11 %) |
15,310 (3.17 %) |
41,147 (7.01 %) |
n/a | 41.11 (99.82 %) |
98 (0.18 %) |
96 (100.00 %) |
463,524 (3.35 %) |
271,913 (9.55 %) |
3,355,326 (28.08 %) |
15,089 (0.96 %) |
| 10 | barn swallow GCF_015227805.1 |
43,374 (5.14 %) |
12,385 (1.88 %) |
23,302 (2.31 %) |
n/a | 42.54 (97.69 %) |
1,102 (2.31 %) |
617 (100.00 %) |
579,928 (6.20 %) |
364,636 (2.27 %) |
6,198,840 (21.01 %) |
36,546 (2.82 %) |
| 11 | blackcap GCA_009819655.1 |
n/a | 12,367 (1.92 %) |
17,080 (2.58 %) |
n/a | 42.00 (98.88 %) |
413 (1.12 %) |
189 (100.00 %) |
506,239 (6.14 %) |
330,354 (2.12 %) |
6,410,567 (19.76 %) |
26,837 (2.32 %) |
| 12 | blue whale GCF_009873245.2 |
58,750 (2.71 %) |
19,162 (1.80 %) |
20,576 (1.41 %) |
n/a | 40.88 (98.91 %) |
886 (1.09 %) |
106 (100.00 %) |
3,986,870 (44.21 %) |
579,629 (1.22 %) |
12,858,384 (34.60 %) |
67,032 (1.73 %) |
| 13 | blunt-snouted clingfish GCF_900634775.1 |
47,312 (7.12 %) |
14,502 (1.97 %) |
51,211 (5.47 %) |
60,993 (6.13 %) |
38.27 (98.47 %) |
1,160 (1.53 %) |
441 (100.00 %) |
739,980 (4.26 %) |
471,620 (4.92 %) |
5,974,002 (42.88 %) |
29,050 (1.48 %) |
| 14 | Boeseman's rainbowfish GCF_017639745.1 |
51,238 (8.77 %) |
15,174 (2.24 %) |
51,552 (6.21 %) |
n/a | 39.65 (99.63 %) |
440 (0.37 %) |
93 (100.00 %) |
542,278 (3.15 %) |
303,669 (4.77 %) |
5,189,645 (29.11 %) |
18,525 (1.10 %) |
| 15 | brown argus butterfly GCF_905147365.1 |
23,611 (6.61 %) |
4,734 (1.03 %) |
24,265 (6.80 %) |
n/a | 36.86 (100.00 %) |
4 (0.00 %) |
25 (100.00 %) |
264,358 (2.90 %) |
144,234 (3.35 %) |
2,650,845 (48.44 %) |
35,431 (4.56 %) |
| 16 | California sea lion GCF_009762305.2 |
70,801 (3.05 %) |
20,915 (1.77 %) |
20,179 (1.40 %) |
n/a | 41.40 (99.23 %) |
185 (0.77 %) |
47 (100.00 %) |
4,525,652 (43.65 %) |
590,246 (1.24 %) |
13,263,648 (33.76 %) |
51,899 (1.50 %) |
| 17 | Canada lynx GCF_007474595.2 |
50,142 (2.69 %) |
18,273 (1.65 %) |
19,264 (1.35 %) |
n/a | 41.70 (99.88 %) |
842 (0.12 %) |
54 (100.00 %) |
5,011,165 (43.72 %) |
904,525 (1.75 %) |
13,467,551 (34.19 %) |
66,799 (2.48 %) |
| 18 | carmine bee-eater GCA_009819595.1 |
n/a | 12,724 (1.82 %) |
20,356 (2.83 %) |
n/a | 42.88 (99.47 %) |
269 (0.53 %) |
109 (100.00 %) |
556,923 (7.87 %) |
213,180 (1.09 %) |
6,641,077 (21.58 %) |
30,884 (2.47 %) |
| 19 | channel bull blenny GCF_900634415.1 |
40,788 (11.04 %) |
14,477 (3.02 %) |
42,362 (6.73 %) |
60,811 (10.44 %) |
40.96 (99.58 %) |
445 (0.42 %) |
322 (100.00 %) |
427,781 (5.47 %) |
320,518 (6.91 %) |
3,394,846 (28.67 %) |
20,453 (1.39 %) |
| 20 | climbing perch GCF_900324465.2 |
42,759 (13.53 %) |
15,243 (3.53 %) |
22,714 (7.45 %) |
64,006 (10.45 %) |
40.40 (99.35 %) |
266 (0.65 %) |
51 (100.00 %) |
325,346 (2.66 %) |
130,249 (1.89 %) |
3,325,009 (21.31 %) |
10,500 (0.87 %) |
| 21 | common brushtail GCF_011100635.1 |
37,674 (1.80 %) |
18,653 (0.80 %) |
15,375 (0.86 %) |
n/a | 39.48 (99.44 %) |
1,796 (0.56 %) |
212 (100.00 %) |
7,598,116 (38.90 %) |
1,259,434 (1.97 %) |
22,071,306 (40.56 %) |
17,762 (0.38 %) |
| 22 | common cuckoo (VGP 2021) GCA_017976375.1 |
n/a | 13,179 (1.84 %) |
25,859 (2.41 %) |
n/a | 42.18 (99.58 %) |
296 (0.42 %) |
151 (100.00 %) |
521,043 (9.61 %) |
310,469 (2.36 %) |
6,712,849 (21.76 %) |
25,267 (1.71 %) |
| 23 | common tern GCA_009819605.1 |
n/a | 13,094 (1.80 %) |
17,911 (2.48 %) |
n/a | 43.03 (99.16 %) |
205 (0.84 %) |
123 (100.00 %) |
570,309 (7.91 %) |
216,895 (1.04 %) |
7,043,151 (20.98 %) |
45,683 (3.53 %) |
| 24 | common yellowthroat GCA_009764595.1 |
n/a | 11,736 (1.82 %) |
16,696 (2.52 %) |
n/a | 42.01 (98.73 %) |
1,479 (1.27 %) |
278 (100.00 %) |
476,046 (6.38 %) |
367,108 (3.16 %) |
6,576,957 (20.43 %) |
25,004 (2.02 %) |
| 25 | common toad GCF_905171765.1 |
45,085 (1.10 %) |
14,240 (0.38 %) |
46,470 (1.68 %) |
n/a | 44.49 (99.80 %) |
4,199 (0.20 %) |
1,306 (100.00 %) |
1,658,204 (1.79 %) |
3,099,513 (13.49 %) |
19,236,510 (62.70 %) |
539,919 (4.45 %) |
| 26 | copperband butterflyfish GCF_017976325.1 |
35,291 (10.46 %) |
15,210 (3.03 %) |
44,916 (6.99 %) |
n/a | 42.57 (100.00 %) |
60 (0.00 %) |
29 (100.00 %) |
406,118 (2.95 %) |
199,450 (2.10 %) |
3,861,745 (21.57 %) |
29,106 (1.85 %) |
| 27 | denticle herring GCF_900700375.1 |
59,645 (12.74 %) |
16,567 (3.77 %) |
58,823 (8.66 %) |
72,751 (10.66 %) |
43.69 (99.18 %) |
464 (0.82 %) |
460 (100.00 %) |
408,046 (3.23 %) |
224,282 (4.61 %) |
2,948,671 (28.79 %) |
64,661 (9.49 %) |
| 28 | downy woodpecker (VGP 2020) GCA_014839835.1 |
n/a | 12,405 (1.70 %) |
23,073 (2.18 %) |
n/a | 45.31 (99.66 %) |
187 (0.34 %) |
181 (100.00 %) |
1,008,118 (21.51 %) |
378,537 (3.38 %) |
5,846,717 (32.04 %) |
26,005 (1.75 %) |
| 29 | East African grey crowned-crane GCA_011004875.1 |
n/a | 13,263 (1.84 %) |
20,787 (2.66 %) |
n/a | 42.38 (99.61 %) |
144 (0.39 %) |
105 (100.00 %) |
548,859 (7.06 %) |
187,966 (0.97 %) |
7,004,597 (21.19 %) |
36,610 (3.33 %) |
| 30 | eastern happy GCF_900246225.1 |
57,628 (9.59 %) |
15,359 (2.22 %) |
52,466 (6.26 %) |
42,580 (8.31 %) |
41.07 (99.87 %) |
490 (0.13 %) |
364 (100.00 %) |
960,962 (21.85 %) |
217,915 (1.89 %) |
4,547,443 (30.78 %) |
33,005 (1.88 %) |
| 31 | Egyptian rousette GCF_014176215.1 |
65,163 (4.76 %) |
17,642 (2.07 %) |
22,317 (1.84 %) |
n/a | 40.05 (98.59 %) |
242 (1.41 %) |
29 (100.00 %) |
2,821,248 (33.05 %) |
434,414 (1.02 %) |
12,031,597 (26.52 %) |
53,573 (4.84 %) |
| 32 | electric eel GCF_013358815.1 |
48,958 (12.10 %) |
15,950 (3.66 %) |
48,976 (7.25 %) |
n/a | 42.49 (98.20 %) |
227 (1.80 %) |
89 (100.00 %) |
567,625 (7.41 %) |
564,286 (10.86 %) |
2,935,360 (24.79 %) |
44,501 (3.93 %) |
| 33 | ermine GCF_009829155.1 |
74,345 (3.19 %) |
18,862 (1.65 %) |
21,246 (1.48 %) |
n/a | 41.56 (99.12 %) |
199 (0.88 %) |
94 (100.00 %) |
4,560,766 (40.92 %) |
714,174 (1.30 %) |
13,845,904 (33.42 %) |
56,063 (2.27 %) |
| 34 | Eurasian nightjar GCA_907165065.1 |
n/a | 13,040 (1.86 %) |
22,823 (2.21 %) |
n/a | 41.94 (100.00 %) |
153 (0.00 %) |
121 (100.00 %) |
595,803 (8.38 %) |
248,128 (1.78 %) |
6,744,611 (22.18 %) |
24,805 (1.90 %) |
| 35 | Eurasian red squirrel GCA_902686455.1 |
n/a | 21,292 (1.58 %) |
21,930 (1.42 %) |
36,836 (1.54 %) |
40.08 (94.33 %) |
1,177 (5.67 %) |
638 (100.00 %) |
4,680,961 (35.76 %) |
704,218 (1.42 %) |
14,991,981 (31.49 %) |
48,159 (1.04 %) |
| 36 | Eurasian water vole (2021) GCF_903992535.2 |
45,544 (2.51 %) |
19,733 (1.78 %) |
19,053 (1.47 %) |
n/a | 42.15 (99.74 %) |
873 (0.26 %) |
215 (100.00 %) |
3,993,912 (25.74 %) |
1,088,163 (2.91 %) |
12,853,770 (32.42 %) |
19,000 (0.58 %) |
| 37 | European common frog GCF_905171775.1 |
51,633 (1.57 %) |
13,864 (0.46 %) |
39,978 (1.88 %) |
n/a | 44.15 (99.36 %) |
1,860 (0.64 %) |
554 (100.00 %) |
1,804,642 (3.42 %) |
2,925,830 (9.39 %) |
18,921,726 (55.43 %) |
641,799 (7.66 %) |
| 38 | European eel GCF_013347855.1 |
64,143 (9.57 %) |
17,054 (2.22 %) |
34,278 (5.56 %) |
n/a | 43.64 (99.61 %) |
640 (0.40 %) |
54 (100.00 %) |
831,037 (5.48 %) |
786,521 (8.15 %) |
5,700,890 (27.40 %) |
130,346 (8.19 %) |
| 39 | European golden plover GCA_017639485.1 |
n/a | 12,984 (1.78 %) |
22,854 (2.04 %) |
n/a | 42.70 (99.01 %) |
268 (0.99 %) |
107 (100.00 %) |
558,587 (8.35 %) |
180,400 (0.83 %) |
7,132,381 (21.18 %) |
40,661 (3.41 %) |
| 40 | European robin GCA_903797595.2 |
n/a | 12,344 (1.85 %) |
23,934 (2.37 %) |
n/a | 42.10 (99.97 %) |
990 (0.03 %) |
1,119 (100.00 %) |
532,973 (5.96 %) |
401,820 (3.43 %) |
6,320,210 (21.42 %) |
30,391 (2.60 %) |
| 41 | European starfish GCF_902459465.1 |
26,326 (11.67 %) |
4,143 (0.84 %) |
21,071 (8.48 %) |
n/a | 38.76 (99.96 %) |
471 (0.04 %) |
150 (100.00 %) |
132,287 (1.42 %) |
159,226 (7.04 %) |
2,504,013 (37.40 %) |
15,392 (1.50 %) |
| 42 | European turtle dove GCA_901699155.1 |
n/a | 12,398 (1.76 %) |
18,558 (2.54 %) |
n/a | 41.84 (99.67 %) |
894 (0.33 %) |
357 (100.00 %) |
539,734 (7.60 %) |
227,500 (1.16 %) |
6,768,805 (21.05 %) |
34,725 (2.57 %) |
| 43 | flier cichlid GCF_007364275.1 |
43,842 (8.12 %) |
15,440 (2.15 %) |
51,452 (5.98 %) |
n/a | 41.23 (98.19 %) |
744 (1.81 %) |
188 (100.00 %) |
1,049,840 (17.13 %) |
287,035 (2.21 %) |
5,305,890 (30.67 %) |
24,130 (1.26 %) |
| 44 | Gabon caecilian GCF_902459505.1 |
54,726 (1.72 %) |
14,266 (0.51 %) |
30,710 (1.49 %) |
n/a | 43.24 (99.85 %) |
433 (0.15 %) |
164 (100.00 %) |
1,315,377 (1.64 %) |
1,364,597 (3.83 %) |
19,589,802 (52.85 %) |
270,923 (4.52 %) |
| 45 | garden warbler GCA_014839755.1 |
n/a | 12,520 (1.95 %) |
23,459 (2.46 %) |
n/a | 42.08 (99.82 %) |
134 (0.18 %) |
176 (100.00 %) |
491,810 (6.09 %) |
376,746 (2.55 %) |
6,461,292 (20.23 %) |
27,799 (2.40 %) |
| 46 | gilthead seabream GCF_900880675.1 |
59,040 (10.97 %) |
15,415 (2.36 %) |
56,395 (6.58 %) |
73,317 (7.97 %) |
41.94 (99.96 %) |
1,050 (0.04 %) |
176 (100.00 %) |
533,781 (3.04 %) |
305,809 (3.03 %) |
4,701,694 (25.69 %) |
47,327 (2.41 %) |
| 47 | golden eagle (2021) GCF_900496995.4 |
60,920 (5.98 %) |
13,334 (1.84 %) |
23,261 (2.12 %) |
n/a | 42.16 (99.58 %) |
228 (0.42 %) |
144 (100.00 %) |
544,341 (5.93 %) |
186,461 (0.80 %) |
7,090,610 (20.01 %) |
38,495 (3.10 %) |
| 48 | Goodes thornscrub tortoise GCF_007399415.2 |
57,455 (51.33 %) |
14,859 (1.00 %) |
79,415 (2.33 %) |
31,974 (1.80 %) |
44.14 (98.71 %) |
562 (1.29 %) |
383 (100.00 %) |
1,699,240 (13.65 %) |
387,796 (2.00 %) |
11,572,827 (33.36 %) |
71,687 (2.29 %) |
| 49 | great potoo GCA_013368605.1 |
n/a | 13,116 (1.77 %) |
23,657 (2.10 %) |
n/a | 42.67 (99.51 %) |
243 (0.49 %) |
191 (100.00 %) |
514,142 (9.71 %) |
210,381 (1.13 %) |
6,501,989 (23.95 %) |
35,785 (2.69 %) |
| 50 | great scallop GCF_902652985.1 |
46,811 (9.29 %) |
4,090 (0.36 %) |
32,743 (7.09 %) |
n/a | 36.65 (99.92 %) |
1,827 (0.08 %) |
3,983 (100.00 %) |
281,310 (1.71 %) |
706,978 (26.84 %) |
5,249,556 (32.64 %) |
13,101 (0.87 %) |
| 51 | great white shark GCF_017639515.1 |
49,865 (1.46 %) |
13,010 (0.37 %) |
19,263 (0.92 %) |
n/a | 45.21 (99.55 %) |
2,645 (0.45 %) |
719 (100.00 %) |
1,046,023 (4.00 %) |
1,584,100 (21.25 %) |
23,278,563 (52.42 %) |
77,021 (1.94 %) |
| 52 | greater horseshoe bat GCA_004115265.2 |
n/a | 18,651 (1.96 %) |
20,392 (1.68 %) |
36,525 (2.28 %) |
40.54 (99.64 %) |
158 (0.36 %) |
135 (100.00 %) |
3,301,017 (34.99 %) |
564,790 (1.35 %) |
12,217,069 (29.39 %) |
32,445 (1.06 %) |
| 53 | greater pipefish GCF_901709675.1 |
47,335 (18.32 %) |
13,477 (5.26 %) |
42,380 (12.01 %) |
n/a | 43.46 (100.00 %) |
43 (0.00 %) |
87 (100.00 %) |
193,407 (3.05 %) |
125,716 (4.25 %) |
1,676,004 (25.93 %) |
46,327 (10.97 %) |
| 54 | greater mouse-eared bat GCF_014108235.1 |
70,930 (3.43 %) |
19,052 (1.84 %) |
21,498 (1.73 %) |
n/a | 43.11 (98.55 %) |
538 (1.45 %) |
93 (100.00 %) |
3,088,083 (26.27 %) |
753,124 (2.84 %) |
10,383,466 (35.84 %) |
61,023 (2.69 %) |
| 55 | green sea turtle (v2 2021) GCF_015237465.2 |
84,366 (4.63 %) |
14,725 (1.06 %) |
17,444 (1.56 %) |
n/a | 44.01 (99.44 %) |
298 (0.56 %) |
93 (100.00 %) |
1,701,640 (14.83 %) |
304,306 (1.25 %) |
11,135,147 (31.96 %) |
49,025 (1.44 %) |
| 56 | gyrfalcon GCF_015220075.1 |
47,961 (5.90 %) |
13,016 (1.82 %) |
21,266 (2.02 %) |
n/a | 42.20 (99.55 %) |
635 (0.45 %) |
133 (100.00 %) |
484,104 (5.60 %) |
186,430 (0.85 %) |
7,162,723 (18.83 %) |
24,760 (2.03 %) |
| 57 | honeycomb rockfish GCF_015220745.1 |
57,752 (9.94 %) |
15,244 (2.44 %) |
47,034 (5.98 %) |
n/a | 40.77 (99.83 %) |
215 (0.17 %) |
138 (100.00 %) |
524,161 (3.79 %) |
422,265 (6.20 %) |
4,827,148 (36.22 %) |
37,878 (1.84 %) |
| 58 | hybrid cattle GCA_003369685.2 |
n/a | 19,100 (1.59 %) |
21,093 (1.37 %) |
52,201 (2.64 %) |
41.99 (99.75 %) |
277 (0.25 %) |
1,435 (100.00 %) |
5,290,419 (47.51 %) |
478,946 (1.94 %) |
12,568,313 (41.15 %) |
45,850 (1.37 %) |
| 59 | hybrid cattle GCF_003369695.1 |
63,234 (2.88 %) |
19,602 (1.56 %) |
21,960 (1.36 %) |
54,700 (2.65 %) |
41.83 (99.94 %) |
302 (0.06 %) |
1,250 (100.00 %) |
5,458,622 (47.18 %) |
459,928 (1.40 %) |
13,208,799 (41.21 %) |
41,359 (1.10 %) |
| 60 | Indian glassy fish GCF_900634625.1 |
44,096 (12.32 %) |
15,354 (3.60 %) |
44,099 (8.47 %) |
60,337 (10.41 %) |
42.38 (98.08 %) |
1,523 (1.92 %) |
156 (100.00 %) |
349,914 (3.01 %) |
163,522 (3.00 %) |
2,755,229 (25.07 %) |
17,929 (1.44 %) |
| 61 | Indo-Pacific tarpon GCF_013368585.1 |
41,583 (6.91 %) |
18,302 (2.47 %) |
29,762 (5.45 %) |
n/a | 43.02 (99.97 %) |
63 (0.03 %) |
207 (100.00 %) |
603,558 (3.71 %) |
433,446 (4.32 %) |
5,341,985 (22.07 %) |
78,561 (3.69 %) |
| 62 | jewelled blenny GCF_902148845.1 |
42,890 (8.61 %) |
15,200 (2.40 %) |
86,752 (9.03 %) |
58,518 (6.97 %) |
44.34 (98.69 %) |
602 (1.31 %) |
203 (100.00 %) |
671,028 (4.21 %) |
442,004 (5.09 %) |
4,388,570 (26.54 %) |
121,462 (9.27 %) |
| 63 | Kakapo GCF_004027225.2 |
49,757 (5.76 %) |
13,102 (1.92 %) |
17,781 (2.51 %) |
n/a | 41.97 (99.08 %) |
373 (0.92 %) |
89 (100.00 %) |
517,233 (7.76 %) |
208,178 (1.08 %) |
6,258,087 (20.50 %) |
22,279 (1.79 %) |
| 64 | Korean giant-fin mudskipper (refseq) GCF_009829125.1 |
29,517 (6.48 %) |
14,243 (2.37 %) |
44,144 (5.80 %) |
n/a | 40.22 (99.05 %) |
700 (0.95 %) |
124 (100.00 %) |
423,274 (4.48 %) |
551,472 (7.22 %) |
4,887,142 (38.97 %) |
37,287 (2.58 %) |
| 65 | Kuhl's pipistrelle GCF_014108245.1 |
63,293 (2.96 %) |
17,918 (1.89 %) |
20,819 (1.86 %) |
n/a | 42.57 (99.31 %) |
394 (0.69 %) |
202 (100.00 %) |
2,897,422 (23.58 %) |
797,420 (2.76 %) |
10,057,100 (34.56 %) |
55,965 (2.99 %) |
| 66 | lance-tailed manakin GCF_009829145.1 |
46,366 (5.56 %) |
12,580 (1.91 %) |
16,669 (2.52 %) |
n/a | 41.97 (99.70 %) |
206 (0.30 %) |
93 (100.00 %) |
494,225 (7.09 %) |
247,189 (1.64 %) |
6,498,294 (20.04 %) |
25,376 (1.95 %) |
| 67 | leatherback sea turtle (v3 2020) GCF_009764565.2 |
62,576 (3.50 %) |
14,610 (1.03 %) |
16,359 (1.45 %) |
n/a | 43.35 (99.74 %) |
667 (0.26 %) |
40 (100.00 %) |
1,637,236 (15.13 %) |
304,730 (1.14 %) |
11,121,967 (34.21 %) |
35,485 (1.36 %) |
| 68 | lesser kestrel GCF_017639655.2 |
47,420 (5.64 %) |
13,098 (1.80 %) |
22,203 (2.07 %) |
n/a | 42.30 (99.66 %) |
298 (0.34 %) |
291 (100.00 %) |
516,499 (5.58 %) |
210,234 (1.26 %) |
7,133,934 (19.19 %) |
27,558 (2.21 %) |
| 69 | live sharksucker GCF_900963305.1 |
40,268 (11.91 %) |
14,989 (3.53 %) |
40,908 (7.56 %) |
56,376 (9.51 %) |
41.43 (99.89 %) |
140 (0.11 %) |
38 (100.00 %) |
449,887 (3.55 %) |
146,353 (1.65 %) |
3,204,476 (21.79 %) |
16,807 (1.33 %) |
| 70 | lumpfish (refseq) GCF_009769545.1 |
41,612 (11.11 %) |
14,752 (3.31 %) |
49,223 (8.10 %) |
52,794 (8.34 %) |
42.83 (98.22 %) |
347 (1.78 %) |
48 (100.00 %) |
478,386 (6.02 %) |
421,632 (11.07 %) |
2,928,619 (27.99 %) |
53,321 (5.09 %) |
| 71 | maguari stor GCA_017639555.1 |
n/a | 12,905 (1.81 %) |
22,204 (2.01 %) |
n/a | 42.12 (98.21 %) |
232 (1.79 %) |
153 (100.00 %) |
485,318 (6.35 %) |
184,992 (0.78 %) |
7,064,965 (19.56 %) |
31,653 (3.02 %) |
| 72 | milkfish GCF_902362185.1 |
30,825 (7.61 %) |
16,880 (3.41 %) |
42,123 (6.75 %) |
n/a | 41.53 (99.36 %) |
112 (0.64 %) |
31 (100.00 %) |
969,140 (8.12 %) |
731,733 (9.10 %) |
3,702,024 (26.31 %) |
22,089 (1.27 %) |
| 73 | mute swan (v2 2021) GCF_009769625.2 |
59,524 (6.76 %) |
12,983 (1.98 %) |
22,400 (2.22 %) |
n/a | 41.92 (99.13 %) |
451 (0.87 %) |
171 (100.00 %) |
700,051 (7.55 %) |
301,579 (1.34 %) |
6,791,838 (21.30 %) |
31,278 (3.07 %) |
| 74 | New Caledonian crow GCF_009650955.1 |
50,821 (6.95 %) |
12,735 (1.93 %) |
17,289 (2.60 %) |
n/a | 42.57 (97.41 %) |
289 (2.59 %) |
105 (100.00 %) |
460,676 (6.16 %) |
231,546 (1.70 %) |
6,265,995 (19.54 %) |
31,907 (2.46 %) |
| 75 | New Zealand spotty (refseq) GCF_009762535.1 |
45,555 (9.06 %) |
14,609 (2.22 %) |
43,259 (5.33 %) |
n/a | 40.86 (98.32 %) |
1,135 (1.69 %) |
467 (100.00 %) |
517,755 (4.63 %) |
393,328 (5.54 %) |
4,522,224 (33.34 %) |
18,299 (0.85 %) |
| 76 | northern pike GCF_011004845.1 |
63,733 (9.28 %) |
16,618 (2.41 %) |
55,784 (5.64 %) |
n/a | 42.22 (99.89 %) |
112 (0.11 %) |
53 (100.00 %) |
984,415 (29.15 %) |
524,708 (7.32 %) |
4,691,096 (32.91 %) |
42,910 (2.52 %) |
| 77 | Norway rat BN7.2 GCF_015227675.2 |
99,139 (4.10 %) |
21,526 (1.86 %) |
19,266 (1.33 %) |
n/a | 41.99 (99.19 %) |
581 (0.81 %) |
757 (99.19 %) |
5,029,005 (45.44 %) |
1,514,974 (3.57 %) |
13,450,428 (35.83 %) |
19,244 (0.46 %) |
| 78 | orbiculate cardinalfish GCF_902148855.1 |
46,571 (5.47 %) |
15,772 (1.50 %) |
52,078 (3.82 %) |
60,005 (3.98 %) |
37.90 (99.73 %) |
1,844 (0.27 %) |
340 (100.00 %) |
1,270,059 (5.42 %) |
979,214 (8.64 %) |
6,386,731 (48.59 %) |
29,320 (0.87 %) |
| 79 | pale spear-nosed bat GCF_004126475.2 |
54,932 (3.31 %) |
18,171 (1.69 %) |
20,025 (1.62 %) |
n/a | 42.38 (99.28 %) |
884 (0.72 %) |
77 (100.00 %) |
3,069,141 (30.00 %) |
385,664 (0.81 %) |
12,050,232 (30.57 %) |
63,905 (3.75 %) |
| 80 | Pallas's mastiff bat GCF_014108415.1 |
48,421 (2.20 %) |
18,667 (1.61 %) |
21,915 (1.59 %) |
n/a | 42.35 (97.95 %) |
349 (2.05 %) |
60 (100.00 %) |
3,863,217 (32.76 %) |
624,933 (1.88 %) |
11,572,319 (37.09 %) |
79,984 (2.45 %) |
| 81 | pinecone soldierfish GCF_902150065.1 |
40,770 (8.72 %) |
15,756 (2.42 %) |
53,616 (6.20 %) |
57,173 (6.14 %) |
41.83 (99.78 %) |
253 (0.22 %) |
87 (100.00 %) |
1,066,671 (5.88 %) |
646,820 (4.30 %) |
4,938,857 (28.11 %) |
41,636 (2.04 %) |
| 82 | platypus (v4 2020) GCF_004115215.2 |
51,392 (3.07 %) |
14,778 (1.26 %) |
18,888 (1.63 %) |
n/a | 46.14 (99.18 %) |
515 (0.82 %) |
322 (100.00 %) |
5,071,089 (51.34 %) |
578,614 (2.89 %) |
9,113,848 (48.93 %) |
87,796 (6.47 %) |
| 83 | prehistoric monster fish GCF_902500255.1 |
45,404 (2.55 %) |
14,664 (0.76 %) |
72,609 (2.41 %) |
n/a | 41.99 (99.49 %) |
2,554 (0.51 %) |
464 (100.00 %) |
1,310,663 (2.79 %) |
786,401 (3.65 %) |
9,901,286 (59.90 %) |
172,199 (5.45 %) |
| 84 | razorbill GCA_008658365.1 |
n/a | 12,776 (1.83 %) |
16,521 (2.42 %) |
n/a | 42.67 (99.70 %) |
227 (0.30 %) |
95 (100.00 %) |
543,514 (7.16 %) |
212,546 (1.12 %) |
6,930,708 (20.10 %) |
38,955 (2.90 %) |
| 85 | red-bellied piranha GCF_015220715.1 |
54,818 (7.05 %) |
16,817 (1.87 %) |
52,672 (4.24 %) |
n/a | 40.58 (99.17 %) |
303 (0.83 %) |
55 (100.00 %) |
817,566 (5.40 %) |
689,236 (8.30 %) |
7,296,459 (35.73 %) |
33,087 (1.38 %) |
| 86 | red-crested turaco GCA_009769465.1 |
n/a | 12,726 (1.75 %) |
21,173 (2.64 %) |
n/a | 42.60 (97.89 %) |
344 (2.11 %) |
140 (100.00 %) |
551,882 (8.95 %) |
176,530 (0.80 %) |
6,805,042 (22.19 %) |
43,046 (3.29 %) |
| 87 | red-fronted tinkerbird GCA_015220805.1 |
n/a | 12,345 (1.60 %) |
23,206 (2.02 %) |
n/a | 45.96 (99.53 %) |
307 (0.47 %) |
253 (100.00 %) |
1,082,064 (22.90 %) |
378,866 (4.28 %) |
6,003,548 (35.88 %) |
26,519 (1.76 %) |
| 88 | red-legged seriema GCA_009819825.1 |
n/a | 13,220 (1.83 %) |
19,960 (2.64 %) |
n/a | 42.20 (99.59 %) |
194 (0.41 %) |
110 (100.00 %) |
483,781 (6.50 %) |
160,481 (0.73 %) |
6,960,060 (19.71 %) |
32,894 (2.67 %) |
| 89 | reedfish GCF_900747795.1 |
40,558 (43.70 %) |
13,160 (0.46 %) |
48,082 (1.04 %) |
34,872 (1.34 %) |
39.44 (93.75 %) |
5,614 (6.25 %) |
1,885 (100.00 %) |
1,852,335 (2.79 %) |
1,018,031 (2.36 %) |
20,081,632 (44.56 %) |
88,254 (1.06 %) |
| 90 | rifleman (VGP 2021) GCA_016904835.1 |
n/a | 12,620 (1.92 %) |
24,568 (2.61 %) |
n/a | 42.41 (99.61 %) |
195 (0.39 %) |
206 (100.00 %) |
495,673 (9.14 %) |
253,008 (2.04 %) |
5,936,177 (19.93 %) |
20,145 (1.83 %) |
| 91 | river trout GCF_901001165.1 |
102,785 (6.02 %) |
27,433 (1.62 %) |
110,789 (4.44 %) |
122,381 (5.28 %) |
43.36 (96.90 %) |
3,941 (3.10 %) |
1,441 (100.00 %) |
1,488,597 (5.68 %) |
1,789,507 (15.87 %) |
9,819,761 (52.37 %) |
70,821 (1.77 %) |
| 92 | sand lizard GCF_009819535.1 |
41,714 (3.65 %) |
14,356 (1.48 %) |
19,592 (2.50 %) |
n/a | 43.75 (99.75 %) |
379 (0.25 %) |
29 (100.00 %) |
1,019,541 (5.39 %) |
425,414 (1.76 %) |
7,135,165 (34.49 %) |
76,053 (2.68 %) |
| 93 | sea lamprey GCF_010993605.1 |
41,254 (6.50 %) |
7,662 (0.70 %) |
36,337 (4.06 %) |
n/a | 48.31 (98.62 %) |
930 (1.38 %) |
1,434 (100.00 %) |
2,075,622 (39.58 %) |
1,194,165 (21.47 %) |
5,320,620 (50.50 %) |
178,447 (30.55 %) |
| 94 | Siamese fighting fish (2020) GCF_900634795.3 |
54,864 (17.78 %) |
14,745 (4.20 %) |
56,808 (10.87 %) |
n/a | 45.30 (99.99 %) |
328 (0.01 %) |
70 (100.00 %) |
255,550 (3.51 %) |
184,269 (4.62 %) |
2,010,934 (23.88 %) |
72,126 (13.08 %) |
| 95 | smalltooth sawfish GCA_009764475.1 |
n/a | 11,845 (0.66 %) |
19,597 (1.63 %) |
n/a | 42.38 (99.09 %) |
698 (0.91 %) |
173 (100.00 %) |
405,018 (1.14 %) |
391,531 (1.52 %) |
11,282,302 (38.19 %) |
45,398 (1.34 %) |
| 96 | southern grasshopper mouse GCF_903995425.1 |
47,152 (2.39 %) |
19,356 (1.68 %) |
18,821 (1.36 %) |
n/a | 41.81 (98.94 %) |
2,143 (1.06 %) |
2,949 (100.00 %) |
4,850,460 (28.64 %) |
1,195,836 (2.72 %) |
13,540,762 (32.73 %) |
18,046 (0.54 %) |
| 97 | southern two-toed sloth GCF_015220235.1 |
63,054 (2.39 %) |
21,998 (1.29 %) |
23,177 (1.18 %) |
n/a | 39.89 (97.48 %) |
1,243 (2.52 %) |
146 (100.00 %) |
4,559,690 (39.66 %) |
577,607 (1.02 %) |
16,594,630 (40.50 %) |
51,430 (1.14 %) |
| 98 | specked wood butterfly GCF_905163445.1 |
21,720 (6.53 %) |
4,713 (0.87 %) |
17,001 (4.33 %) |
n/a | 35.99 (100.00 %) |
11 (0.00 %) |
70 (100.00 %) |
304,062 (2.97 %) |
110,824 (4.09 %) |
3,704,161 (44.42 %) |
28,108 (2.75 %) |
| 99 | Swainson's thrush GCF_009819885.1 |
40,128 (5.45 %) |
13,005 (1.87 %) |
18,005 (2.60 %) |
30,197 (2.94 %) |
42.48 (98.86 %) |
428 (1.14 %) |
161 (100.00 %) |
493,073 (5.80 %) |
589,859 (4.32 %) |
6,708,638 (22.44 %) |
49,404 (3.53 %) |
| 100 | thorny skate (v2 2020) GCF_010909765.2 |
45,968 (2.40 %) |
11,437 (0.60 %) |
26,341 (1.72 %) |
n/a | 44.30 (92.54 %) |
3,753 (7.46 %) |
957 (100.00 %) |
888,163 (2.58 %) |
1,176,348 (3.79 %) |
9,964,038 (52.25 %) |
242,676 (4.73 %) |
| 101 | tiny Cayenne caecilian GCF_901765095.1 |
41,346 (53.62 %) |
14,572 (0.43 %) |
88,603 (1.29 %) |
n/a | 44.01 (98.99 %) |
2,452 (1.01 %) |
1,081 (100.00 %) |
1,847,289 (1.60 %) |
1,670,443 (3.30 %) |
22,207,145 (52.43 %) |
414,828 (3.91 %) |
| 102 | torafugu GCF_901000725.2 |
53,492 (18.31 %) |
14,548 (4.79 %) |
51,180 (11.72 %) |
55,740 (14.38 %) |
45.67 (99.04 %) |
402 (0.96 %) |
128 (100.00 %) |
290,056 (10.32 %) |
178,921 (5.32 %) |
1,642,756 (20.86 %) |
49,973 (9.53 %) |
| 103 | tufted duck GCF_009819795.1 |
29,505 (4.02 %) |
12,959 (1.97 %) |
16,252 (2.50 %) |
n/a | 41.66 (99.16 %) |
163 (0.84 %) |
105 (100.00 %) |
836,786 (8.36 %) |
411,356 (1.71 %) |
6,691,445 (22.36 %) |
29,883 (2.48 %) |
| 104 | two-lined caecilian GCF_901001135.1 |
56,630 (53.09 %) |
14,452 (0.38 %) |
180,328 (2.13 %) |
n/a | 44.40 (99.36 %) |
3,573 (0.64 %) |
1,330 (100.00 %) |
2,273,617 (1.93 %) |
2,036,108 (4.34 %) |
29,400,958 (44.09 %) |
602,912 (6.66 %) |
| 105 | vaquita GCF_008692025.1 |
60,106 (3.00 %) |
18,607 (1.76 %) |
20,488 (1.43 %) |
35,398 (2.22 %) |
41.36 (99.66 %) |
212 (0.34 %) |
64 (100.00 %) |
4,010,529 (43.76 %) |
602,407 (1.34 %) |
12,468,582 (35.55 %) |
66,806 (1.79 %) |
| 106 | yellowfin seabream GCF_904848185.1 |
63,974 (13.26 %) |
15,178 (2.82 %) |
46,332 (6.73 %) |
n/a | 42.09 (100.00 %) |
149 (0.00 %) |
66 (100.00 %) |
499,939 (3.43 %) |
254,361 (2.64 %) |
4,420,217 (22.81 %) |
31,005 (1.79 %) |
| 107 | Western terrestrial garter snake GCF_009769535.1 |
33,492 (3.42 %) |
13,072 (1.13 %) |
19,161 (1.98 %) |
n/a | 40.95 (97.72 %) |
1,518 (2.28 %) |
365 (100.00 %) |
1,326,233 (7.79 %) |
979,057 (4.48 %) |
8,396,200 (42.63 %) |
81,829 (2.47 %) |
| 108 | yellow-throated sandgrouse GCA_009769525.1 |
n/a | 12,693 (1.89 %) |
18,187 (2.69 %) |
n/a | 42.40 (99.62 %) |
242 (0.38 %) |
89 (100.00 %) |
510,630 (7.10 %) |
213,742 (1.12 %) |
6,627,716 (21.17 %) |
28,846 (2.19 %) |
| 109 | zebra finch (refseq 2021 Blue55 female) GCF_003957565.2 |
49,311 (7.41 %) |
12,747 (1.97 %) |
24,009 (2.47 %) |
n/a | 41.86 (99.66 %) |
352 (0.34 %) |
199 (100.00 %) |
544,577 (9.57 %) |
458,903 (3.33 %) |
6,338,748 (20.92 %) |
29,202 (2.47 %) |
| 110 | zig-zag eel GCF_900324485.2 |
45,001 (12.01 %) |
15,052 (3.35 %) |
21,643 (6.89 %) |
60,604 (9.39 %) |
40.66 (97.76 %) |
238 (2.24 %) |
123 (100.00 %) |
349,298 (2.86 %) |
157,728 (2.01 %) |
3,180,025 (23.44 %) |
12,807 (1.08 %) |
| TOTALS: | total assembly count 110 | |||||||||||
| Alternate sets of VGP assemblies | NCBI Refseq | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| Index pages: | primary assembly | alternate/haplotype | trio mat/pat | legacy/superseded | other NCBI Refseq assemblies |
| Assembly statistics: | primary assembly | alternate/haplotype | trio mat/pat | legacy/superseded | other NCBI Refseq assemblies |
| Track statistics: | primary assembly | alternate/haplotype | trio mat/pat | legacy/superseded | other NCBI Refseq assemblies |