VGP - Vertebrate Genomes Project assembly hubs, track statistics

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This assembly hub contains assemblies released by the Vertebrate Genomes Project. (set of alternate/haplotype assemblies)

See also: hub accessassembly statistics


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The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser
ncbiRefSeq xenoRefGene augustus
genes
Ensembl
genes
gc5 base gaps assembly
sequences
Repeat
Masker
TRF
simpleRepeat
window
Masker
cpg
islands
1 Abyssinian ground-hornbill
GCA_009769595.1
n/a 11,935
(1.85 %)
17,161
(2.52 %)
n/a 43.51
(100.00 %)
n/a 3,527
(100.00 %)
361,144
(5.36 %)
125,372
(0.75 %)
5,917,083
(18.51 %)
38,782
(3.72 %)
2 American flamingo
GCA_009819805.1
n/a 12,369
(1.73 %)
22,102
(2.60 %)
n/a 43.35
(100.00 %)
n/a 3,529
(100.00 %)
496,874
(7.22 %)
162,522
(0.74 %)
6,684,675
(20.14 %)
51,873
(5.47 %)
3 Anna's hummingbird
GCA_003957575.1
n/a 11,080
(1.90 %)
14,722
(2.29 %)
n/a 41.32
(100.00 %)
6
(0.00 %)
3,803
(100.00 %)
475,490
(7.41 %)
223,791
(1.37 %)
5,585,250
(20.30 %)
14,903
(1.46 %)
4 Asian bonytongue
GCA_900964985.2
n/a 16,056
(2.72 %)
38,888
(6.61 %)
n/a 44.15
(100.00 %)
1
(0.00 %)
2,006
(100.00 %)
482,348
(3.03 %)
207,018
(1.68 %)
4,139,370
(26.26 %)
85,543
(10.71 %)
5 Atlantic cod
GCA_902167395.1
n/a 13,366
(2.68 %)
37,289
(8.62 %)
n/a 45.55
(100.00 %)
3
(0.00 %)
3,592
(100.00 %)
696,724
(10.13 %)
749,876
(13.00 %)
2,554,769
(33.77 %)
87,167
(8.03 %)
6 Atlantic halibut
GCA_009819745.1
n/a 16,556
(3.00 %)
34,725
(7.12 %)
n/a 42.29
(100.00 %)
62
(0.00 %)
4,053
(100.00 %)
494,005
(4.23 %)
299,066
(3.87 %)
4,272,649
(24.46 %)
36,868
(2.33 %)
7 European turtle dove
GCA_901699165.1
n/a 11,266
(1.79 %)
17,283
(2.48 %)
n/a 41.73
(100.00 %)
n/a 3,333
(100.00 %)
466,564
(7.08 %)
182,345
(0.97 %)
6,037,183
(20.24 %)
29,648
(2.35 %)
8 blackcap
GCA_009819715.1
n/a 11,575
(1.86 %)
17,228
(2.55 %)
n/a 42.17
(100.00 %)
2
(0.00 %)
3,566
(100.00 %)
473,453
(5.97 %)
308,518
(2.29 %)
5,987,640
(19.64 %)
25,451
(2.38 %)
9 Blue whale
GCA_008658375.1
n/a 17,268
(1.79 %)
21,293
(1.43 %)
n/a 41.22
(100.00 %)
n/a 12,574
(100.00 %)
3,196,351
(43.47 %)
467,194
(1.26 %)
10,176,588
(33.66 %)
56,916
(1.85 %)
10 blunt-snouted clingfish
GCA_900650505.1
n/a 12,498
(1.92 %)
29,443
(5.22 %)
n/a 38.20
(100.00 %)
1
(0.00 %)
7,675
(100.00 %)
608,171
(4.23 %)
390,755
(4.71 %)
4,977,071
(42.41 %)
23,532
(1.46 %)
11 Korean giant-fin mudskipper
GCA_009829135.1
n/a 13,492
(2.34 %)
26,853
(5.82 %)
n/a 40.16
(100.00 %)
1
(0.00 %)
2,799
(100.00 %)
394,411
(4.41 %)
509,973
(7.17 %)
4,581,968
(38.91 %)
34,522
(2.54 %)
12 channel bull blenny
GCA_900634435.1
n/a 15,971
(2.79 %)
36,711
(6.53 %)
n/a 40.96
(100.00 %)
10
(0.00 %)
11,565
(100.00 %)
451,653
(4.76 %)
321,158
(5.51 %)
3,800,099
(26.83 %)
20,338
(1.21 %)
13 prehistoric monster fish
GCA_902500245.1
n/a 10,952
(0.64 %)
33,472
(2.20 %)
n/a 41.96
(100.00 %)
8
(0.00 %)
19,587
(100.00 %)
947,333
(2.69 %)
554,284
(3.27 %)
7,314,941
(58.56 %)
125,285
(5.42 %)
14 tiny Cayenne caecilian
GCA_901765105.1
n/a 12,190
(0.36 %)
33,739
(1.15 %)
n/a 43.95
(100.00 %)
1
(0.00 %)
23,871
(100.00 %)
1,453,439
(1.57 %)
1,309,062
(3.23 %)
17,953,416
(52.19 %)
326,452
(3.86 %)
15 Gaboon caecilian
GCA_902459495.1
n/a 12,817
(0.47 %)
30,608
(1.44 %)
n/a 43.23
(100.00 %)
1
(0.00 %)
9,651
(100.00 %)
1,139,592
(1.64 %)
1,170,215
(3.77 %)
17,091,511
(52.44 %)
235,170
(4.50 %)
16 California sea lion
GCA_009762295.1
n/a 18,329
(1.80 %)
18,692
(1.47 %)
n/a 41.58
(100.00 %)
n/a 3,093
(100.00 %)
3,722,616
(42.89 %)
488,086
(1.26 %)
10,893,132
(33.14 %)
44,449
(1.57 %)
17 Canada lynx
GCA_007474575.1
n/a 12,021
(1.41 %)
15,193
(1.16 %)
n/a 41.46
(100.00 %)
3
(0.00 %)
15,036
(100.00 %)
2,937,488
(43.50 %)
544,410
(1.76 %)
7,641,565
(32.72 %)
39,082
(2.44 %)
18 carmine bee-eater
GCA_009819585.1
n/a 12,368
(1.75 %)
21,365
(2.81 %)
n/a 43.05
(100.00 %)
n/a 3,296
(100.00 %)
542,762
(7.77 %)
204,389
(1.06 %)
6,415,832
(21.53 %)
31,638
(2.54 %)
19 climbing perch
GCA_900650485.1
n/a 14,954
(3.50 %)
24,316
(7.31 %)
n/a 40.40
(99.61 %)
36
(0.39 %)
2,641
(100.00 %)
307,990
(2.63 %)
121,935
(1.79 %)
3,190,928
(20.98 %)
10,131
(0.86 %)
20 common brushtail
GCA_011100645.1
n/a 14,854
(0.75 %)
15,755
(0.91 %)
n/a 39.41
(100.00 %)
313
(0.00 %)
12,446
(100.00 %)
5,846,766
(38.56 %)
987,917
(1.99 %)
16,764,356
(40.14 %)
13,303
(0.35 %)
21 common tern
GCA_009819645.1
n/a 12,766
(1.79 %)
18,154
(2.47 %)
n/a 43.24
(100.00 %)
n/a 2,235
(100.00 %)
549,457
(7.58 %)
204,051
(1.02 %)
6,880,566
(20.70 %)
47,340
(3.68 %)
22 common yellowthroat
GCA_009764545.1
n/a 10,599
(1.76 %)
16,440
(2.36 %)
n/a 41.77
(100.00 %)
1
(0.00 %)
4,976
(100.00 %)
422,886
(5.99 %)
294,928
(2.71 %)
5,928,421
(19.76 %)
21,397
(1.91 %)
23 denticle herring
GCA_900700345.2
n/a 14,126
(3.94 %)
32,057
(8.36 %)
n/a 43.51
(100.00 %)
4
(0.00 %)
1,972
(100.00 %)
312,657
(2.77 %)
160,575
(2.83 %)
2,525,528
(27.70 %)
50,830
(8.72 %)
24 East African grey crowned-crane
GCA_011004865.1
n/a 11,782
(1.88 %)
18,687
(2.68 %)
n/a 42.41
(100.00 %)
4
(0.00 %)
971
(100.00 %)
457,927
(6.40 %)
150,544
(0.85 %)
6,074,490
(20.16 %)
33,314
(3.59 %)
25 ermine
GCA_009829165.1
n/a 13,589
(1.64 %)
15,403
(1.46 %)
n/a 41.72
(100.00 %)
n/a 3,327
(100.00 %)
3,139,032
(40.57 %)
480,111
(1.29 %)
9,106,061
(31.93 %)
39,138
(2.20 %)
26 Eurasian red squirrel
GCA_902685485.1
n/a 12,427
(1.50 %)
13,159
(1.26 %)
n/a 40.06
(100.00 %)
2
(0.00 %)
10,657
(100.00 %)
2,303,173
(35.38 %)
353,996
(1.49 %)
7,218,556
(31.67 %)
24,268
(1.07 %)
27 European starfish
GCA_902459445.1
n/a 3,893
(0.82 %)
23,860
(8.36 %)
n/a 38.77
(100.00 %)
1
(0.00 %)
3,969
(100.00 %)
123,983
(1.40 %)
146,247
(6.44 %)
2,404,792
(37.16 %)
14,304
(1.48 %)
28 flier cichlid
GCA_007364235.1
n/a 17,508
(2.06 %)
36,756
(5.66 %)
n/a 41.17
(99.98 %)
13
(0.02 %)
9,305
(99.98 %)
1,140,983
(16.60 %)
316,083
(2.17 %)
6,036,560
(30.48 %)
26,445
(1.22 %)
29 gilthead seabream
GCA_900880695.1
n/a 13,105
(2.37 %)
31,089
(6.36 %)
n/a 41.97
(100.00 %)
2
(0.00 %)
7,241
(100.00 %)
422,755
(2.89 %)
231,452
(2.54 %)
3,818,141
(24.36 %)
38,368
(2.40 %)
30 golden eagle
GCA_902153765.1
n/a 9,330
(1.81 %)
14,414
(2.43 %)
n/a 42.53
(99.93 %)
39
(0.07 %)
3,860
(100.00 %)
356,281
(6.03 %)
123,430
(0.80 %)
4,417,887
(19.25 %)
28,919
(3.52 %)
31 Goodes thornscrub tortoise
GCA_007399395.1
n/a 13,364
(0.95 %)
19,373
(1.51 %)
n/a 44.27
(100.00 %)
n/a 8,736
(100.00 %)
1,404,510
(13.79 %)
334,726
(2.35 %)
9,735,007
(33.33 %)
61,680
(2.32 %)
32 greater horseshoe bat
GCA_004115295.1
n/a 14,884
(1.84 %)
18,926
(1.59 %)
n/a 40.69
(100.00 %)
2
(0.00 %)
13,426
(100.00 %)
2,426,327
(34.43 %)
418,341
(1.36 %)
8,763,234
(27.86 %)
24,370
(1.08 %)
33 greater pipefish
GCA_901709685.1
n/a 10,807
(5.59 %)
23,520
(12.24 %)
n/a 43.29
(100.00 %)
2
(0.00 %)
1,848
(100.00 %)
140,373
(2.96 %)
81,000
(3.32 %)
1,318,564
(23.30 %)
34,098
(12.19 %)
34 Indian glassy fish
GCA_900651595.1
n/a 14,424
(3.70 %)
23,986
(8.00 %)
n/a 42.27
(99.58 %)
230
(0.42 %)
2,242
(100.00 %)
304,771
(2.86 %)
140,555
(2.80 %)
2,689,154
(24.08 %)
15,419
(1.38 %)
35 jewelled blenny
GCA_902148835.1
n/a 15,955
(2.17 %)
48,017
(7.54 %)
n/a 44.49
(99.63 %)
9
(0.37 %)
4,516
(100.00 %)
744,225
(4.25 %)
519,896
(5.73 %)
4,677,160
(28.52 %)
138,484
(9.55 %)
36 Kakapo
GCA_004011185.1
n/a 3,251
(1.65 %)
5,389
(2.18 %)
n/a 41.74
(100.00 %)
11
(0.00 %)
3,728
(100.00 %)
127,814
(7.83 %)
53,447
(1.21 %)
1,502,789
(18.09 %)
5,487
(1.71 %)
37 lance-tailed manakin
GCA_009829205.1
n/a 12,270
(1.85 %)
18,043
(2.51 %)
n/a 42.20
(100.00 %)
n/a 4,269
(100.00 %)
472,381
(7.01 %)
237,680
(1.65 %)
6,121,661
(19.48 %)
25,589
(2.05 %)
38 leatherback sea turtle
GCA_009762595.1
n/a 10,850
(1.00 %)
15,583
(1.46 %)
n/a 43.54
(100.00 %)
n/a 8,982
(100.00 %)
1,090,216
(15.03 %)
206,192
(1.19 %)
7,154,939
(33.03 %)
25,155
(1.42 %)
39 live sharksucker
GCA_900963505.1
n/a 14,633
(3.50 %)
23,105
(7.10 %)
n/a 41.42
(99.96 %)
19
(0.04 %)
1,405
(100.00 %)
435,739
(3.57 %)
139,003
(1.51 %)
3,161,165
(22.06 %)
16,302
(1.34 %)
40 lumpfish
GCA_009769515.1
n/a 12,850
(3.32 %)
28,938
(7.88 %)
n/a 42.84
(100.00 %)
n/a 1,866
(100.00 %)
407,695
(6.03 %)
360,501
(11.29 %)
2,456,041
(28.07 %)
45,916
(5.21 %)
41 milkfish
GCA_902362175.1
n/a 16,569
(3.37 %)
22,769
(6.61 %)
n/a 41.51
(100.00 %)
3
(0.00 %)
1,937
(100.00 %)
930,389
(8.11 %)
708,375
(9.04 %)
3,612,575
(26.46 %)
21,531
(1.27 %)
42 mute swan
GCA_009769485.1
n/a 10,070
(1.97 %)
14,255
(2.46 %)
n/a 42.22
(100.00 %)
3
(0.00 %)
5,616
(100.00 %)
485,824
(7.06 %)
212,892
(1.28 %)
4,756,962
(19.95 %)
25,662
(3.69 %)
43 New Caledonian crow
GCA_009651025.1
n/a 11,089
(1.99 %)
15,330
(2.65 %)
n/a 42.67
(100.00 %)
n/a 894
(100.00 %)
377,047
(6.03 %)
178,064
(1.53 %)
5,305,126
(19.49 %)
26,106
(2.51 %)
44 New Zealand spotty
GCA_009762545.1
n/a 13,586
(2.17 %)
24,175
(5.10 %)
n/a 40.81
(100.00 %)
n/a 3,286
(100.00 %)
472,656
(4.46 %)
348,429
(5.17 %)
4,169,213
(33.57 %)
16,368
(0.83 %)
45 northern pike
GCA_011004835.1
n/a 11,792
(2.41 %)
21,365
(5.51 %)
n/a 42.32
(99.93 %)
11
(0.07 %)
3,813
(100.00 %)
700,815
(30.15 %)
372,729
(7.71 %)
3,058,655
(31.76 %)
29,687
(2.57 %)
46 orbiculate cardinalfish
GCA_902148825.1
n/a 14,030
(1.51 %)
30,797
(3.85 %)
n/a 37.73
(99.94 %)
142
(0.06 %)
7,038
(99.94 %)
1,041,390
(5.09 %)
744,623
(6.94 %)
6,250,631
(45.53 %)
22,522
(0.77 %)
47 pale spear-nosed bat
GCA_004115245.1
n/a 18,137
(1.62 %)
23,531
(1.65 %)
n/a 42.48
(100.00 %)
38
(0.00 %)
10,873
(100.00 %)
3,001,127
(29.46 %)
375,042
(0.79 %)
11,813,971
(29.64 %)
67,665
(3.67 %)
48 pinecone soldierfish
GCA_902148815.1
n/a 15,562
(2.38 %)
28,491
(5.70 %)
n/a 41.81
(100.00 %)
6
(0.00 %)
2,193
(100.00 %)
1,040,415
(5.81 %)
623,499
(4.08 %)
4,888,400
(27.89 %)
40,331
(2.02 %)
49 platypus
GCA_004115175.2
n/a 13,224
(1.25 %)
19,300
(1.68 %)
n/a 46.27
(100.00 %)
25
(0.00 %)
5,868
(100.00 %)
4,420,881
(51.59 %)
513,006
(3.13 %)
7,749,797
(49.18 %)
81,474
(7.32 %)
50 razorbill
GCA_008658355.1
n/a 12,926
(1.74 %)
18,313
(2.36 %)
n/a 42.61
(100.00 %)
n/a 3,309
(100.00 %)
562,546
(7.14 %)
210,852
(1.04 %)
7,264,995
(20.26 %)
40,925
(2.86 %)
51 red-crested turaco
GCA_009764505.1
n/a 11,230
(1.70 %)
19,839
(2.60 %)
n/a 42.64
(100.00 %)
n/a 3,476
(100.00 %)
482,814
(8.51 %)
153,169
(0.81 %)
5,919,109
(21.87 %)
39,761
(3.33 %)
52 red-legged seriema
GCA_009819485.1
n/a 10,125
(1.77 %)
16,337
(2.56 %)
n/a 42.28
(100.00 %)
1
(0.00 %)
2,840
(100.00 %)
366,588
(6.01 %)
117,928
(0.90 %)
5,340,048
(18.90 %)
26,292
(2.86 %)
53 reedfish
GCA_900700845.2
n/a 9,953
(0.37 %)
31,519
(1.22 %)
n/a 39.44
(100.00 %)
5
(0.00 %)
38,598
(100.00 %)
1,300,562
(2.57 %)
685,834
(2.21 %)
14,691,576
(45.66 %)
63,365
(1.11 %)
54 sand lizard
GCA_009819545.1
n/a 14,227
(1.28 %)
25,839
(2.36 %)
n/a 43.80
(100.00 %)
2
(0.00 %)
12,662
(100.00 %)
1,001,430
(5.27 %)
445,157
(1.79 %)
7,227,826
(34.26 %)
80,300
(2.76 %)
55 sea lamprey
GCA_010993595.1
n/a 6,199
(0.70 %)
31,191
(4.14 %)
n/a 48.30
(100.00 %)
11
(0.00 %)
4,064
(100.00 %)
1,494,742
(38.42 %)
891,392
(20.02 %)
4,259,383
(49.70 %)
147,398
(32.95 %)
56 Siamese fighting fish
GCA_900651605.1
n/a 14,505
(4.12 %)
36,022
(9.79 %)
n/a 45.51
(100.00 %)
2
(0.00 %)
3,705
(100.00 %)
249,668
(3.68 %)
182,366
(4.87 %)
1,939,533
(22.55 %)
72,474
(13.55 %)
57 smalltooth sawfish
GCA_009764485.1
n/a 9,081
(0.58 %)
20,783
(1.60 %)
n/a 42.65
(100.00 %)
n/a 10,892
(100.00 %)
315,692
(1.23 %)
320,148
(1.73 %)
8,305,059
(38.33 %)
37,147
(1.43 %)
58 Swainson's thrush
GCA_009819505.1
n/a 13,406
(1.85 %)
20,402
(2.61 %)
n/a 42.86
(100.00 %)
13
(0.00 %)
3,601
(100.00 %)
497,371
(5.78 %)
649,859
(4.89 %)
6,740,713
(22.65 %)
49,076
(3.54 %)
59 thorny skate
GCA_010909745.1
n/a 5,898
(0.35 %)
24,499
(1.46 %)
n/a 44.61
(100.00 %)
3
(0.00 %)
21,995
(100.00 %)
553,412
(2.65 %)
761,469
(4.53 %)
6,043,769
(57.75 %)
159,552
(5.54 %)
60 torafugu
GCA_901000745.3
n/a 13,654
(4.82 %)
28,421
(10.82 %)
n/a 45.60
(99.82 %)
38
(0.18 %)
2,012
(100.00 %)
249,790
(9.32 %)
151,193
(4.49 %)
1,577,144
(20.25 %)
46,931
(9.34 %)
61 tufted duck
GCA_009819845.1
n/a 12,108
(2.02 %)
15,241
(2.53 %)
n/a 41.71
(100.00 %)
1
(0.00 %)
780
(100.00 %)
732,314
(7.82 %)
353,660
(1.57 %)
6,119,549
(21.70 %)
27,919
(2.56 %)
62 two-lined caecilian
GCA_901001175.1
n/a 13,451
(0.33 %)
47,476
(1.34 %)
n/a 44.33
(100.00 %)
2
(0.00 %)
27,233
(100.00 %)
1,968,434
(1.91 %)
1,716,136
(3.97 %)
25,847,315
(43.76 %)
523,234
(6.59 %)
63 vaquita
GCA_008692045.1
n/a 9,345
(1.66 %)
11,443
(1.32 %)
n/a 41.50
(100.00 %)
1
(0.00 %)
9,470
(100.00 %)
1,708,357
(43.81 %)
267,584
(1.67 %)
5,373,410
(33.52 %)
29,783
(1.94 %)
64 Western terrestrial garter snake
GCA_009769695.1
n/a 13,104
(0.93 %)
25,268
(1.76 %)
n/a 41.02
(99.93 %)
19
(0.07 %)
13,642
(99.93 %)
1,410,209
(7.70 %)
1,080,385
(4.56 %)
9,112,844
(43.96 %)
91,606
(2.53 %)
65 yellow-throated sandgrouse
GCA_009769505.1
n/a 11,777
(1.85 %)
17,357
(2.58 %)
n/a 42.31
(100.00 %)
n/a 1,958
(100.00 %)
467,957
(6.96 %)
182,645
(0.99 %)
6,050,545
(20.78 %)
26,357
(2.20 %)
66 zebra finch
GCA_003957525.1
n/a 11,327
(1.85 %)
18,898
(2.67 %)
n/a 41.73
(99.98 %)
45
(0.01 %)
5,381
(99.99 %)
480,644
(8.44 %)
365,668
(2.89 %)
5,859,698
(20.27 %)
24,648
(2.34 %)
67 zebra finch
GCA_009859025.1
n/a 10,723
(1.83 %)
15,206
(2.34 %)
n/a 41.07
(99.99 %)
16
(0.01 %)
4,677
(100.00 %)
436,068
(7.44 %)
217,580
(1.43 %)
5,800,691
(19.24 %)
19,512
(1.90 %)
68 zig-zag eel
GCA_900700395.1
n/a 1,206
(2.88 %)
2,741
(6.48 %)
n/a 41.24
(99.99 %)
n/a 1,437
(100.00 %)
26,316
(3.19 %)
14,209
(3.21 %)
211,357
(18.05 %)
1,253
(1.49 %)
TOTALS:total assembly count 68

Alternate sets of VGP assemblies
Index pages:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded
Assembly statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded
Track statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded