VGP - Vertebrate Genomes Project assembly hubs, track statistics

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This assembly hub contains assemblies released by the Vertebrate Genomes Project. (set of alternate/haplotype assemblies)

See also: hub access, assembly statistics


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The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser		 ncbiRefSeq xenoRefGene augustus
genes		 Ensembl
genes		 gc5 base gaps assembly
sequences		 Repeat
Masker		 TRF
simpleRepeat		 window
Masker		 cpg
islands
1 Abyssinian ground-hornbill
GCA_009769595.1		 n/a 11,935
(1.85 %)		 17,161
(2.52 %)		 n/a 43.51
(100.00 %)		 n/a 3,527
(100.00 %)		 361,144
(5.36 %)		 125,372
(0.75 %)		 5,917,083
(18.51 %)		 38,782
(3.72 %)
2 American flamingo
GCA_009819805.1		 n/a 12,369
(1.73 %)		 22,102
(2.60 %)		 n/a 43.35
(100.00 %)		 n/a 3,529
(100.00 %)		 496,874
(7.22 %)		 162,522
(0.74 %)		 6,684,675
(20.14 %)		 51,873
(5.47 %)
3 Anna's hummingbird
GCA_003957575.1		 n/a 11,080
(1.90 %)		 14,722
(2.29 %)		 n/a 41.32
(100.00 %)		 6
(0.00 %)		 3,803
(100.00 %)		 475,490
(7.41 %)		 223,791
(1.37 %)		 5,585,250
(20.30 %)		 14,903
(1.46 %)
4 Asian bonytongue
GCA_900964985.2		 n/a 16,056
(2.72 %)		 38,888
(6.61 %)		 n/a 44.15
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 2,006
(100.00 %)		 482,348
(3.03 %)		 207,018
(1.68 %)		 4,139,370
(26.26 %)		 85,543
(10.71 %)
5 Atlantic cod
GCA_902167395.1		 n/a 13,366
(2.68 %)		 37,289
(8.62 %)		 n/a 45.55
(100.00 %)		 3
(0.00 %)		 3,592
(100.00 %)		 696,724
(10.13 %)		 749,876
(13.00 %)		 2,554,769
(33.77 %)		 87,167
(8.03 %)
6 Atlantic halibut
GCA_009819745.1		 n/a 16,556
(3.00 %)		 34,725
(7.12 %)		 n/a 42.29
(100.00 %)		 62
(0.00 %)		 4,053
(100.00 %)		 494,005
(4.23 %)		 299,066
(3.87 %)		 4,272,649
(24.46 %)		 36,868
(2.33 %)
7 European turtle dove
GCA_901699165.1		 n/a 11,266
(1.79 %)		 17,283
(2.48 %)		 n/a 41.73
(100.00 %)		 n/a 3,333
(100.00 %)		 466,564
(7.08 %)		 182,345
(0.97 %)		 6,037,183
(20.24 %)		 29,648
(2.35 %)
8 blackcap
GCA_009819715.1		 n/a 11,575
(1.86 %)		 17,228
(2.55 %)		 n/a 42.17
(100.00 %)		 2
(0.00 %)		 3,566
(100.00 %)		 473,453
(5.97 %)		 308,518
(2.29 %)		 5,987,640
(19.64 %)		 25,451
(2.38 %)
9 Blue whale
GCA_008658375.1		 n/a 17,268
(1.79 %)		 21,293
(1.43 %)		 n/a 41.22
(100.00 %)		 n/a 12,574
(100.00 %)		 3,196,351
(43.47 %)		 467,194
(1.26 %)		 10,176,588
(33.66 %)		 56,916
(1.85 %)
10 blunt-snouted clingfish
GCA_900650505.1		 n/a 12,498
(1.92 %)		 29,443
(5.22 %)		 n/a 38.20
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 7,675
(100.00 %)		 608,171
(4.23 %)		 390,755
(4.71 %)		 4,977,071
(42.41 %)		 23,532
(1.46 %)
11 Korean giant-fin mudskipper
GCA_009829135.1		 n/a 13,492
(2.34 %)		 26,853
(5.82 %)		 n/a 40.16
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 2,799
(100.00 %)		 394,411
(4.41 %)		 509,973
(7.17 %)		 4,581,968
(38.91 %)		 34,522
(2.54 %)
12 channel bull blenny
GCA_900634435.1		 n/a 15,971
(2.79 %)		 36,711
(6.53 %)		 n/a 40.96
(100.00 %)		 10
(0.00 %)		 11,565
(100.00 %)		 451,653
(4.76 %)		 321,158
(5.51 %)		 3,800,099
(26.83 %)		 20,338
(1.21 %)
13 prehistoric monster fish
GCA_902500245.1		 n/a 10,952
(0.64 %)		 33,472
(2.20 %)		 n/a 41.96
(100.00 %)		 8
(0.00 %)		 19,587
(100.00 %)		 947,333
(2.69 %)		 554,284
(3.27 %)		 7,314,941
(58.56 %)		 125,285
(5.42 %)
14 tiny Cayenne caecilian
GCA_901765105.1		 n/a 12,190
(0.36 %)		 33,739
(1.15 %)		 n/a 43.95
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 23,871
(100.00 %)		 1,453,439
(1.57 %)		 1,309,062
(3.23 %)		 17,953,416
(52.19 %)		 326,452
(3.86 %)
15 Gaboon caecilian
GCA_902459495.1		 n/a 12,817
(0.47 %)		 30,608
(1.44 %)		 n/a 43.23
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 9,651
(100.00 %)		 1,139,592
(1.64 %)		 1,170,215
(3.77 %)		 17,091,511
(52.44 %)		 235,170
(4.50 %)
16 California sea lion
GCA_009762295.1		 n/a 18,329
(1.80 %)		 18,692
(1.47 %)		 n/a 41.58
(100.00 %)		 n/a 3,093
(100.00 %)		 3,722,616
(42.89 %)		 488,086
(1.26 %)		 10,893,132
(33.14 %)		 44,449
(1.57 %)
17 Canada lynx
GCA_007474575.1		 n/a 12,021
(1.41 %)		 15,193
(1.16 %)		 n/a 41.46
(100.00 %)		 3
(0.00 %)		 15,036
(100.00 %)		 2,937,488
(43.50 %)		 544,410
(1.76 %)		 7,641,565
(32.72 %)		 39,082
(2.44 %)
18 carmine bee-eater
GCA_009819585.1		 n/a 12,368
(1.75 %)		 21,365
(2.81 %)		 n/a 43.05
(100.00 %)		 n/a 3,296
(100.00 %)		 542,762
(7.77 %)		 204,389
(1.06 %)		 6,415,832
(21.53 %)		 31,638
(2.54 %)
19 climbing perch
GCA_900650485.1		 n/a 14,954
(3.50 %)		 24,316
(7.31 %)		 n/a 40.40
(99.61 %)		 36
(0.39 %)		 2,641
(100.00 %)		 307,990
(2.63 %)		 121,935
(1.79 %)		 3,190,928
(20.98 %)		 10,131
(0.86 %)
20 common brushtail
GCA_011100645.1		 n/a 14,854
(0.75 %)		 15,755
(0.91 %)		 n/a 39.41
(100.00 %)		 313
(0.00 %)		 12,446
(100.00 %)		 5,846,766
(38.56 %)		 987,917
(1.99 %)		 16,764,356
(40.14 %)		 13,303
(0.35 %)
21 common tern
GCA_009819645.1		 n/a 12,766
(1.79 %)		 18,154
(2.47 %)		 n/a 43.24
(100.00 %)		 n/a 2,235
(100.00 %)		 549,457
(7.58 %)		 204,051
(1.02 %)		 6,880,566
(20.70 %)		 47,340
(3.68 %)
22 common yellowthroat
GCA_009764545.1		 n/a 10,599
(1.76 %)		 16,440
(2.36 %)		 n/a 41.77
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 4,976
(100.00 %)		 422,886
(5.99 %)		 294,928
(2.71 %)		 5,928,421
(19.76 %)		 21,397
(1.91 %)
23 denticle herring
GCA_900700345.2		 n/a 14,126
(3.94 %)		 32,057
(8.36 %)		 n/a 43.51
(100.00 %)		 4
(0.00 %)		 1,972
(100.00 %)		 312,657
(2.77 %)		 160,575
(2.83 %)		 2,525,528
(27.70 %)		 50,830
(8.72 %)
24 East African grey crowned-crane
GCA_011004865.1		 n/a 11,782
(1.88 %)		 18,687
(2.68 %)		 n/a 42.41
(100.00 %)		 4
(0.00 %)		 971
(100.00 %)		 457,927
(6.40 %)		 150,544
(0.85 %)		 6,074,490
(20.16 %)		 33,314
(3.59 %)
25 ermine
GCA_009829165.1		 n/a 13,589
(1.64 %)		 15,403
(1.46 %)		 n/a 41.72
(100.00 %)		 n/a 3,327
(100.00 %)		 3,139,032
(40.57 %)		 480,111
(1.29 %)		 9,106,061
(31.93 %)		 39,138
(2.20 %)
26 Eurasian red squirrel
GCA_902685485.1		 n/a 12,427
(1.50 %)		 13,159
(1.26 %)		 n/a 40.06
(100.00 %)		 2
(0.00 %)		 10,657
(100.00 %)		 2,303,173
(35.38 %)		 353,996
(1.49 %)		 7,218,556
(31.67 %)		 24,268
(1.07 %)
27 European starfish
GCA_902459445.1		 n/a 3,893
(0.82 %)		 23,860
(8.36 %)		 n/a 38.77
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 3,969
(100.00 %)		 123,983
(1.40 %)		 146,247
(6.44 %)		 2,404,792
(37.16 %)		 14,304
(1.48 %)
28 flier cichlid
GCA_007364235.1		 n/a 17,508
(2.06 %)		 36,756
(5.66 %)		 n/a 41.17
(99.98 %)		 13
(0.02 %)		 9,305
(99.98 %)		 1,140,983
(16.60 %)		 316,083
(2.17 %)		 6,036,560
(30.48 %)		 26,445
(1.22 %)
29 gilthead seabream
GCA_900880695.1		 n/a 13,105
(2.37 %)		 31,089
(6.36 %)		 n/a 41.97
(100.00 %)		 2
(0.00 %)		 7,241
(100.00 %)		 422,755
(2.89 %)		 231,452
(2.54 %)		 3,818,141
(24.36 %)		 38,368
(2.40 %)
30 golden eagle
GCA_902153765.1		 n/a 9,330
(1.81 %)		 14,414
(2.43 %)		 n/a 42.53
(99.93 %)		 39
(0.07 %)		 3,860
(100.00 %)		 356,281
(6.03 %)		 123,430
(0.80 %)		 4,417,887
(19.25 %)		 28,919
(3.52 %)
31 Goodes thornscrub tortoise
GCA_007399395.1		 n/a 13,364
(0.95 %)		 19,373
(1.51 %)		 n/a 44.27
(100.00 %)		 n/a 8,736
(100.00 %)		 1,404,510
(13.79 %)		 334,726
(2.35 %)		 9,735,007
(33.33 %)		 61,680
(2.32 %)
32 greater horseshoe bat
GCA_004115295.1		 n/a 14,884
(1.84 %)		 18,926
(1.59 %)		 n/a 40.69
(100.00 %)		 2
(0.00 %)		 13,426
(100.00 %)		 2,426,327
(34.43 %)		 418,341
(1.36 %)		 8,763,234
(27.86 %)		 24,370
(1.08 %)
33 greater pipefish
GCA_901709685.1		 n/a 10,807
(5.59 %)		 23,520
(12.24 %)		 n/a 43.29
(100.00 %)		 2
(0.00 %)		 1,848
(100.00 %)		 140,373
(2.96 %)		 81,000
(3.32 %)		 1,318,564
(23.30 %)		 34,098
(12.19 %)
34 Indian glassy fish
GCA_900651595.1		 n/a 14,424
(3.70 %)		 23,986
(8.00 %)		 n/a 42.27
(99.58 %)		 230
(0.42 %)		 2,242
(100.00 %)		 304,771
(2.86 %)		 140,555
(2.80 %)		 2,689,154
(24.08 %)		 15,419
(1.38 %)
35 jewelled blenny
GCA_902148835.1		 n/a 15,955
(2.17 %)		 48,017
(7.54 %)		 n/a 44.49
(99.63 %)		 9
(0.37 %)		 4,516
(100.00 %)		 744,225
(4.25 %)		 519,896
(5.73 %)		 4,677,160
(28.52 %)		 138,484
(9.55 %)
36 Kakapo
GCA_004011185.1		 n/a 3,251
(1.65 %)		 5,389
(2.18 %)		 n/a 41.74
(100.00 %)		 11
(0.00 %)		 3,728
(100.00 %)		 127,814
(7.83 %)		 53,447
(1.21 %)		 1,502,789
(18.09 %)		 5,487
(1.71 %)
37 lance-tailed manakin
GCA_009829205.1		 n/a 12,270
(1.85 %)		 18,043
(2.51 %)		 n/a 42.20
(100.00 %)		 n/a 4,269
(100.00 %)		 472,381
(7.01 %)		 237,680
(1.65 %)		 6,121,661
(19.48 %)		 25,589
(2.05 %)
38 leatherback sea turtle
GCA_009762595.1		 n/a 10,850
(1.00 %)		 15,583
(1.46 %)		 n/a 43.54
(100.00 %)		 n/a 8,982
(100.00 %)		 1,090,216
(15.03 %)		 206,192
(1.19 %)		 7,154,939
(33.03 %)		 25,155
(1.42 %)
39 live sharksucker
GCA_900963505.1		 n/a 14,633
(3.50 %)		 23,105
(7.10 %)		 n/a 41.42
(99.96 %)		 19
(0.04 %)		 1,405
(100.00 %)		 435,739
(3.57 %)		 139,003
(1.51 %)		 3,161,165
(22.06 %)		 16,302
(1.34 %)
40 lumpfish
GCA_009769515.1		 n/a 12,850
(3.32 %)		 28,938
(7.88 %)		 n/a 42.84
(100.00 %)		 n/a 1,866
(100.00 %)		 407,695
(6.03 %)		 360,501
(11.29 %)		 2,456,041
(28.07 %)		 45,916
(5.21 %)
41 milkfish
GCA_902362175.1		 n/a 16,569
(3.37 %)		 22,769
(6.61 %)		 n/a 41.51
(100.00 %)		 3
(0.00 %)		 1,937
(100.00 %)		 930,389
(8.11 %)		 708,375
(9.04 %)		 3,612,575
(26.46 %)		 21,531
(1.27 %)
42 mute swan
GCA_009769485.1		 n/a 10,070
(1.97 %)		 14,255
(2.46 %)		 n/a 42.22
(100.00 %)		 3
(0.00 %)		 5,616
(100.00 %)		 485,824
(7.06 %)		 212,892
(1.28 %)		 4,756,962
(19.95 %)		 25,662
(3.69 %)
43 New Caledonian crow
GCA_009651025.1		 n/a 11,089
(1.99 %)		 15,330
(2.65 %)		 n/a 42.67
(100.00 %)		 n/a 894
(100.00 %)		 377,047
(6.03 %)		 178,064
(1.53 %)		 5,305,126
(19.49 %)		 26,106
(2.51 %)
44 New Zealand spotty
GCA_009762545.1		 n/a 13,586
(2.17 %)		 24,175
(5.10 %)		 n/a 40.81
(100.00 %)		 n/a 3,286
(100.00 %)		 472,656
(4.46 %)		 348,429
(5.17 %)		 4,169,213
(33.57 %)		 16,368
(0.83 %)
45 northern pike
GCA_011004835.1		 n/a 11,792
(2.41 %)		 21,365
(5.51 %)		 n/a 42.32
(99.93 %)		 11
(0.07 %)		 3,813
(100.00 %)		 700,815
(30.15 %)		 372,729
(7.71 %)		 3,058,655
(31.76 %)		 29,687
(2.57 %)
46 orbiculate cardinalfish
GCA_902148825.1		 n/a 14,030
(1.51 %)		 30,797
(3.85 %)		 n/a 37.73
(99.94 %)		 142
(0.06 %)		 7,038
(99.94 %)		 1,041,390
(5.09 %)		 744,623
(6.94 %)		 6,250,631
(45.53 %)		 22,522
(0.77 %)
47 pale spear-nosed bat
GCA_004115245.1		 n/a 18,137
(1.62 %)		 23,531
(1.65 %)		 n/a 42.48
(100.00 %)		 38
(0.00 %)		 10,873
(100.00 %)		 3,001,127
(29.46 %)		 375,042
(0.79 %)		 11,813,971
(29.64 %)		 67,665
(3.67 %)
48 pinecone soldierfish
GCA_902148815.1		 n/a 15,562
(2.38 %)		 28,491
(5.70 %)		 n/a 41.81
(100.00 %)		 6
(0.00 %)		 2,193
(100.00 %)		 1,040,415
(5.81 %)		 623,499
(4.08 %)		 4,888,400
(27.89 %)		 40,331
(2.02 %)
49 platypus
GCA_004115175.2		 n/a 13,224
(1.25 %)		 19,300
(1.68 %)		 n/a 46.27
(100.00 %)		 25
(0.00 %)		 5,868
(100.00 %)		 4,420,881
(51.59 %)		 513,006
(3.13 %)		 7,749,797
(49.18 %)		 81,474
(7.32 %)
50 razorbill
GCA_008658355.1		 n/a 12,926
(1.74 %)		 18,313
(2.36 %)		 n/a 42.61
(100.00 %)		 n/a 3,309
(100.00 %)		 562,546
(7.14 %)		 210,852
(1.04 %)		 7,264,995
(20.26 %)		 40,925
(2.86 %)
51 red-crested turaco
GCA_009764505.1		 n/a 11,230
(1.70 %)		 19,839
(2.60 %)		 n/a 42.64
(100.00 %)		 n/a 3,476
(100.00 %)		 482,814
(8.51 %)		 153,169
(0.81 %)		 5,919,109
(21.87 %)		 39,761
(3.33 %)
52 red-legged seriema
GCA_009819485.1		 n/a 10,125
(1.77 %)		 16,337
(2.56 %)		 n/a 42.28
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 2,840
(100.00 %)		 366,588
(6.01 %)		 117,928
(0.90 %)		 5,340,048
(18.90 %)		 26,292
(2.86 %)
53 reedfish
GCA_900700845.2		 n/a 9,953
(0.37 %)		 31,519
(1.22 %)		 n/a 39.44
(100.00 %)		 5
(0.00 %)		 38,598
(100.00 %)		 1,300,562
(2.57 %)		 685,834
(2.21 %)		 14,691,576
(45.66 %)		 63,365
(1.11 %)
54 sand lizard
GCA_009819545.1		 n/a 14,227
(1.28 %)		 25,839
(2.36 %)		 n/a 43.80
(100.00 %)		 2
(0.00 %)		 12,662
(100.00 %)		 1,001,430
(5.27 %)		 445,157
(1.79 %)		 7,227,826
(34.26 %)		 80,300
(2.76 %)
55 sea lamprey
GCA_010993595.1		 n/a 6,199
(0.70 %)		 31,191
(4.14 %)		 n/a 48.30
(100.00 %)		 11
(0.00 %)		 4,064
(100.00 %)		 1,494,742
(38.42 %)		 891,392
(20.02 %)		 4,259,383
(49.70 %)		 147,398
(32.95 %)
56 Siamese fighting fish
GCA_900651605.1		 n/a 14,505
(4.12 %)		 36,022
(9.79 %)		 n/a 45.51
(100.00 %)		 2
(0.00 %)		 3,705
(100.00 %)		 249,668
(3.68 %)		 182,366
(4.87 %)		 1,939,533
(22.55 %)		 72,474
(13.55 %)
57 smalltooth sawfish
GCA_009764485.1		 n/a 9,081
(0.58 %)		 20,783
(1.60 %)		 n/a 42.65
(100.00 %)		 n/a 10,892
(100.00 %)		 315,692
(1.23 %)		 320,148
(1.73 %)		 8,305,059
(38.33 %)		 37,147
(1.43 %)
58 Swainson's thrush
GCA_009819505.1		 n/a 13,406
(1.85 %)		 20,402
(2.61 %)		 n/a 42.86
(100.00 %)		 13
(0.00 %)		 3,601
(100.00 %)		 497,371
(5.78 %)		 649,859
(4.89 %)		 6,740,713
(22.65 %)		 49,076
(3.54 %)
59 thorny skate
GCA_010909745.1		 n/a 5,898
(0.35 %)		 24,499
(1.46 %)		 n/a 44.61
(100.00 %)		 3
(0.00 %)		 21,995
(100.00 %)		 553,412
(2.65 %)		 761,469
(4.53 %)		 6,043,769
(57.75 %)		 159,552
(5.54 %)
60 torafugu
GCA_901000745.3		 n/a 13,654
(4.82 %)		 28,421
(10.82 %)		 n/a 45.60
(99.82 %)		 38
(0.18 %)		 2,012
(100.00 %)		 249,790
(9.32 %)		 151,193
(4.49 %)		 1,577,144
(20.25 %)		 46,931
(9.34 %)
61 tufted duck
GCA_009819845.1		 n/a 12,108
(2.02 %)		 15,241
(2.53 %)		 n/a 41.71
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 780
(100.00 %)		 732,314
(7.82 %)		 353,660
(1.57 %)		 6,119,549
(21.70 %)		 27,919
(2.56 %)
62 two-lined caecilian
GCA_901001175.1		 n/a 13,451
(0.33 %)		 47,476
(1.34 %)		 n/a 44.33
(100.00 %)		 2
(0.00 %)		 27,233
(100.00 %)		 1,968,434
(1.91 %)		 1,716,136
(3.97 %)		 25,847,315
(43.76 %)		 523,234
(6.59 %)
63 vaquita
GCA_008692045.1		 n/a 9,345
(1.66 %)		 11,443
(1.32 %)		 n/a 41.50
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 9,470
(100.00 %)		 1,708,357
(43.81 %)		 267,584
(1.67 %)		 5,373,410
(33.52 %)		 29,783
(1.94 %)
64 Western terrestrial garter snake
GCA_009769695.1		 n/a 13,104
(0.93 %)		 25,268
(1.76 %)		 n/a 41.02
(99.93 %)		 19
(0.07 %)		 13,642
(99.93 %)		 1,410,209
(7.70 %)		 1,080,385
(4.56 %)		 9,112,844
(43.96 %)		 91,606
(2.53 %)
65 yellow-throated sandgrouse
GCA_009769505.1		 n/a 11,777
(1.85 %)		 17,357
(2.58 %)		 n/a 42.31
(100.00 %)		 n/a 1,958
(100.00 %)		 467,957
(6.96 %)		 182,645
(0.99 %)		 6,050,545
(20.78 %)		 26,357
(2.20 %)
66 zebra finch
GCA_003957525.1		 n/a 11,327
(1.85 %)		 18,898
(2.67 %)		 n/a 41.73
(99.98 %)		 45
(0.01 %)		 5,381
(99.99 %)		 480,644
(8.44 %)		 365,668
(2.89 %)		 5,859,698
(20.27 %)		 24,648
(2.34 %)
67 zebra finch
GCA_009859025.1		 n/a 10,723
(1.83 %)		 15,206
(2.34 %)		 n/a 41.07
(99.99 %)		 16
(0.01 %)		 4,677
(100.00 %)		 436,068
(7.44 %)		 217,580
(1.43 %)		 5,800,691
(19.24 %)		 19,512
(1.90 %)
68 zig-zag eel
GCA_900700395.1		 n/a 1,206
(2.88 %)		 2,741
(6.48 %)		 n/a 41.24
(99.99 %)		 n/a 1,437
(100.00 %)		 26,316
(3.19 %)		 14,209
(3.21 %)		 211,357
(18.05 %)		 1,253
(1.49 %)
TOTALS:total assembly count 68

Alternate sets of VGP assembliesNCBI Refseq
Index pages:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies
Assembly statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies
Track statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies