VGP - Vertebrate Genomes Project assembly hubs, track statistics

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This assembly hub contains assemblies released by the Vertebrate Genomes Project. (set of legacy/superseded assemblies)

See also: hub accessassembly statistics


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Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser
ncbiRefSeq xenoRefGene augustus
genes
Ensembl
genes
gc5 base gaps assembly
sequences
Repeat
Masker
TRF
simpleRepeat
window
Masker
cpg
islands
1 African grass rat
GCA_011762505.1
n/a 20,908
(1.99 %)
19,747
(1.45 %)
n/a 41.39
(99.19 %)
1,624
(0.81 %)
1,596
(100.00 %)
4,940,080
(37.33 %)
1,674,970
(5.40 %)
13,613,540
(32.71 %)
17,767
(0.51 %)
2 Atlantic halibut (genbank)
GCA_009819705.1
n/a 14,962
(3.19 %)
27,576
(7.25 %)
n/a 42.21
(99.43 %)
290
(0.57 %)
57
(100.00 %)
428,418
(4.16 %)
256,153
(3.73 %)
3,725,979
(24.13 %)
31,325
(2.25 %)
3 Anna's hummingbird
GCF_003957555.1
31,091
(4.24 %)
12,248
(1.95 %)
20,821
(2.30 %)
n/a 41.49
(98.48 %)
429
(1.52 %)
159
(100.00 %)
547,346
(7.89 %)
262,055
(1.51 %)
6,092,276
(20.84 %)
17,130
(1.48 %)
4 blue whale
GCA_009873245.2
n/a 19,181
(1.80 %)
20,867
(1.44 %)
34,459
(1.86 %)
40.88
(98.91 %)
936
(1.09 %)
130
(100.00 %)
3,999,199
(44.22 %)
581,540
(1.22 %)
12,900,977
(34.62 %)
67,189
(1.73 %)
5 blunt-snouted clingfish
GCA_900634775.1
n/a 14,502
(1.97 %)
28,865
(5.58 %)
60,993
(6.13 %)
38.27
(98.47 %)
1,160
(1.53 %)
441
(100.00 %)
731,727
(4.21 %)
471,620
(4.92 %)
5,974,002
(42.88 %)
29,050
(1.48 %)
6 budgerigar
GCA_012275295.1
n/a 13,243
(1.87 %)
19,393
(2.66 %)
n/a 41.80
(99.72 %)
284
(0.28 %)
865
(100.00 %)
539,056
(10.20 %)
279,511
(3.12 %)
5,874,608
(22.08 %)
21,155
(1.61 %)
7 California sea lion
GCA_009762305.1
n/a 21,009
(1.78 %)
20,758
(1.45 %)
45,454
(2.15 %)
41.40
(99.28 %)
122
(0.72 %)
43
(100.00 %)
4,529,946
(43.67 %)
589,962
(1.24 %)
13,266,465
(33.77 %)
51,989
(1.50 %)
8 Canada lynx
GCF_007474595.1
50,094
(2.69 %)
18,273
(1.65 %)
20,245
(1.42 %)
39,235
(1.96 %)
41.70
(99.88 %)
848
(0.12 %)
66
(100.00 %)
4,941,326
(43.36 %)
904,986
(1.75 %)
13,476,288
(34.20 %)
66,816
(2.48 %)
9 channel bull blenny
GCA_900634415.1
n/a 14,475
(3.02 %)
24,012
(6.59 %)
60,811
(10.44 %)
40.96
(99.58 %)
445
(0.42 %)
322
(100.00 %)
420,694
(5.49 %)
320,518
(6.91 %)
3,394,846
(28.67 %)
20,453
(1.39 %)
10 climbing perch
GCA_900324465.2
n/a 15,241
(3.53 %)
22,713
(7.45 %)
64,006
(10.45 %)
40.40
(99.35 %)
266
(0.65 %)
50
(100.00 %)
324,476
(2.66 %)
130,248
(1.89 %)
3,324,960
(21.31 %)
10,500
(0.87 %)
11 common brushtail
GCA_011100635.1
n/a 18,662
(0.80 %)
17,576
(0.98 %)
n/a 39.48
(99.44 %)
1,796
(0.56 %)
212
(100.00 %)
7,598,694
(38.92 %)
1,259,434
(1.97 %)
22,071,301
(40.56 %)
17,762
(0.38 %)
12 common bottlenose dolphin
GCA_011762595.1
n/a 18,784
(1.76 %)
21,417
(1.48 %)
n/a 41.44
(99.74 %)
674
(0.26 %)
362
(100.00 %)
4,067,518
(46.14 %)
628,982
(2.12 %)
12,490,896
(35.29 %)
65,551
(1.90 %)
13 Eurasian water vole (2020)
GCF_903992535.1
45,658
(2.52 %)
19,724
(1.77 %)
19,069
(1.47 %)
n/a 42.15
(99.74 %)
872
(0.26 %)
216
(100.00 %)
4,098,151
(26.75 %)
1,088,237
(2.91 %)
12,853,776
(32.42 %)
19,000
(0.58 %)
14 European turtle dove (v1.1 2019 VGP)
GCA_901699155.1
n/a 12,398
(1.76 %)
18,558
(2.54 %)
n/a 41.84
(99.67 %)
894
(0.33 %)
357
(100.00 %)
539,734
(7.60 %)
227,500
(1.16 %)
6,768,805
(21.05 %)
34,725
(2.57 %)
15 flier cichlid
GCA_007364275.2
n/a 15,435
(2.15 %)
26,443
(5.90 %)
n/a 41.23
(98.19 %)
744
(1.81 %)
189
(100.00 %)
1,014,138
(16.95 %)
287,037
(2.21 %)
5,305,987
(30.67 %)
24,130
(1.26 %)
16 Gabon caecilian
GCA_902459505.1
n/a 14,264
(0.51 %)
30,710
(1.49 %)
n/a 43.24
(99.85 %)
433
(0.15 %)
163
(100.00 %)
1,311,110
(1.64 %)
1,364,596
(3.83 %)
19,589,738
(52.85 %)
270,923
(4.52 %)
17 golden eagle (2019)
GCF_900496995.1
55,164
(5.86 %)
13,204
(1.86 %)
17,250
(2.40 %)
26,055
(3.22 %)
42.11
(99.61 %)
191
(0.39 %)
142
(100.00 %)
528,354
(5.71 %)
180,990
(0.79 %)
7,005,531
(19.25 %)
37,343
(3.12 %)
18 greater horseshoe bat
GCF_004115265.1
53,352
(3.13 %)
18,648
(1.96 %)
20,392
(1.68 %)
36,525
(2.28 %)
40.54
(99.64 %)
158
(0.36 %)
134
(100.00 %)
3,232,363
(34.57 %)
564,789
(1.35 %)
12,217,020
(29.39 %)
32,445
(1.06 %)
19 greater pipefish
GCA_901709675.1
n/a 13,483
(5.26 %)
28,626
(12.15 %)
n/a 43.46
(100.00 %)
43
(0.00 %)
87
(100.00 %)
193,439
(3.05 %)
125,716
(4.25 %)
1,676,004
(25.93 %)
46,327
(10.97 %)
20 green sea turtle (v1 2020)
GCF_015237465.1
56,917
(3.63 %)
14,729
(1.06 %)
17,439
(1.56 %)
n/a 44.01
(99.44 %)
294
(0.56 %)
99
(100.00 %)
1,641,730
(15.08 %)
304,356
(1.25 %)
11,136,918
(31.96 %)
49,035
(1.44 %)
21 kakapo
GCA_004027225.2
n/a 13,101
(1.92 %)
17,782
(2.51 %)
n/a 41.97
(99.08 %)
373
(0.92 %)
90
(100.00 %)
507,069
(7.85 %)
208,180
(1.08 %)
6,258,178
(20.50 %)
22,279
(1.79 %)
22 Korean giant-fin mudskipper (genbank)
GCA_009829125.1
n/a 14,249
(2.37 %)
25,908
(5.85 %)
n/a 40.22
(99.05 %)
700
(0.95 %)
124
(100.00 %)
423,335
(4.48 %)
551,472
(7.22 %)
4,887,148
(38.97 %)
37,287
(2.58 %)
23 leatherback sea turtle (v1 2019 genbank G10K VGP)
GCA_009764565.1
n/a 14,579
(1.03 %)
16,750
(1.48 %)
n/a 43.36
(99.74 %)
558
(0.26 %)
55
(100.00 %)
1,631,920
(15.09 %)
303,440
(1.14 %)
11,122,938
(34.12 %)
35,505
(1.37 %)
24 leatherback sea turtle (v3 2020 refseq G10K VGP)
GCF_009764565.2
62,576
(3.50 %)
14,610
(1.03 %)
16,359
(1.45 %)
n/a 43.35
(99.74 %)
667
(0.26 %)
40
(100.00 %)
1,637,236
(15.13 %)
304,730
(1.14 %)
11,121,967
(34.21 %)
35,485
(1.36 %)
25 lumpfish (genbank)
GCA_009769545.1
n/a 14,759
(3.32 %)
31,519
(7.89 %)
52,794
(8.34 %)
42.83
(98.22 %)
347
(1.78 %)
49
(100.00 %)
478,413
(6.02 %)
421,634
(11.07 %)
2,928,668
(27.98 %)
53,323
(5.09 %)
26 mute swan (2019)
GCA_009769625.1
n/a 12,963
(1.97 %)
16,107
(2.42 %)
n/a 41.92
(99.06 %)
446
(0.94 %)
181
(100.00 %)
688,717
(7.65 %)
301,358
(1.34 %)
6,775,217
(21.21 %)
31,250
(3.03 %)
27 New Zealand spotty (genbank)
GCA_009762535.1
n/a 14,621
(2.22 %)
23,355
(5.18 %)
n/a 40.86
(98.32 %)
1,135
(1.69 %)
468
(100.00 %)
519,321
(4.65 %)
393,329
(5.54 %)
4,522,265
(33.34 %)
18,302
(0.85 %)
28 northern pike
GCA_011004845.1
n/a 16,628
(2.41 %)
26,450
(5.50 %)
n/a 42.22
(99.89 %)
112
(0.11 %)
53
(100.00 %)
1,039,518
(30.93 %)
524,708
(7.32 %)
4,691,094
(32.91 %)
42,910
(2.52 %)
29 pale spear-nosed bat
GCF_004126475.1
35,529
(2.39 %)
18,193
(1.69 %)
20,427
(1.67 %)
n/a 42.38
(98.92 %)
831
(1.08 %)
141
(100.00 %)
3,000,874
(29.59 %)
385,608
(0.80 %)
12,060,365
(30.47 %)
64,065
(3.55 %)
30 platypus (v3 2020)
GCA_004115215.3
n/a 14,790
(1.26 %)
19,367
(1.68 %)
n/a 46.14
(99.18 %)
515
(0.82 %)
322
(100.00 %)
5,101,300
(51.62 %)
578,617
(2.89 %)
9,113,847
(48.93 %)
87,796
(6.47 %)
31 prehistoric monster fish
GCA_902500255.1
n/a 14,667
(0.76 %)
31,672
(2.47 %)
n/a 41.99
(99.49 %)
2,554
(0.51 %)
464
(100.00 %)
1,311,128
(2.79 %)
786,401
(3.65 %)
9,901,286
(59.90 %)
172,199
(5.45 %)
32 Siamese fighting fish (2019)
GCF_900634795.2
54,389
(16.95 %)
14,751
(4.20 %)
56,791
(10.87 %)
62,753
(13.02 %)
45.30
(99.99 %)
328
(0.01 %)
70
(100.00 %)
255,553
(3.51 %)
184,269
(4.62 %)
2,010,934
(23.88 %)
72,126
(13.08 %)
33 Swainson's thrush (v1 2019 VGP)
GCF_009819885.1
40,128
(5.45 %)
13,005
(1.87 %)
18,005
(2.60 %)
30,197
(2.94 %)
42.48
(98.86 %)
428
(1.14 %)
161
(100.00 %)
493,073
(5.80 %)
589,859
(4.32 %)
6,708,638
(22.44 %)
49,404
(3.53 %)
34 thorny skate (genbank 2020)
GCA_010909765.1
n/a 11,443
(0.60 %)
26,743
(1.75 %)
n/a 44.30
(92.54 %)
3,753
(7.46 %)
958
(100.00 %)
866,595
(2.58 %)
1,176,350
(3.79 %)
9,964,083
(52.25 %)
242,676
(4.73 %)
35 thorny skate (v1 2020)
GCF_010909765.1
45,969
(2.40 %)
11,443
(0.60 %)
26,742
(1.75 %)
n/a 44.30
(92.54 %)
3,753
(7.46 %)
957
(100.00 %)
888,163
(2.58 %)
1,176,348
(3.79 %)
9,964,038
(52.25 %)
242,676
(4.73 %)
36 zebra finch (genbank 2020 Blue55 female)
GCA_009859065.2
n/a 12,787
(1.92 %)
18,164
(2.63 %)
n/a 41.91
(98.03 %)
789
(1.97 %)
541
(100.00 %)
554,335
(9.67 %)
339,851
(2.27 %)
6,613,146
(20.04 %)
28,678
(2.32 %)
37 zebra finch (refseq 2019 Black17 male)
GCF_003957565.1
51,472
(7.16 %)
13,210
(2.01 %)
25,575
(2.63 %)
38,869
(7.10 %)
42.04
(99.78 %)
312
(0.22 %)
135
(100.00 %)
545,004
(8.45 %)
550,118
(4.01 %)
6,519,872
(21.47 %)
30,053
(2.56 %)
38 zebra finch (genbank 2019 Black17 male)
GCA_003957565.2
n/a 13,209
(2.01 %)
18,119
(2.76 %)
38,869
(7.10 %)
42.04
(99.78 %)
312
(0.22 %)
135
(100.00 %)
535,518
(8.50 %)
550,118
(4.01 %)
6,519,872
(21.47 %)
30,053
(2.56 %)
TOTALS:total assembly count 38

Alternate sets of VGP assembliesNCBI Refseq
Index pages:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies
Assembly statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies
Track statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies