Birds Genomes assembly hubs, track statistics

Assemblies from NCBI/Genbank/Refseq sources, subset of birds only.

See also: hub accessassembly statistics


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The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser
ncbiRefSeq xenoRefGene augustus
genes
Ensembl
genes
gc5 base gaps assembly
sequences
Repeat
Masker
TRF
simpleRepeat
window
Masker
cpg
islands
1 Adelie penguin
GCF_000699105.1
17,651
(3.05 %)
11,771
(1.70 %)
18,556
(1.84 %)
n/a 41.51
(95.58 %)
95,110
(4.45 %)
114,374
(95.55 %)
465,562
(6.05 %)
126,490
(0.70 %)
6,900,013
(18.31 %)
27,176
(0.96 %)
2 American crow
GCF_000691975.1
36,379
(6.32 %)
12,151
(1.86 %)
20,173
(2.17 %)
n/a 41.85
(96.40 %)
79,099
(3.62 %)
89,646
(96.38 %)
425,989
(6.05 %)
224,964
(1.60 %)
6,343,680
(18.42 %)
20,148
(0.77 %)
3 Anna's hummingbird
GCF_003957555.1
31,091
(4.24 %)
12,248
(1.95 %)
20,821
(2.30 %)
n/a 41.49
(98.48 %)
429
(1.52 %)
159
(100.00 %)
547,346
(7.89 %)
262,055
(1.51 %)
6,092,276
(20.84 %)
17,130
(1.48 %)
4 bald eagle
GCF_000737465.1
26,869
(3.49 %)
13,013
(1.88 %)
21,331
(2.11 %)
n/a 41.68
(98.38 %)
30,862
(1.63 %)
31,786
(98.37 %)
453,074
(5.29 %)
119,526
(0.44 %)
6,923,742
(18.48 %)
33,353
(1.97 %)
5 bar-tailed trogon
GCF_000703405.1
15,393
(2.18 %)
11,432
(1.52 %)
25,920
(1.86 %)
n/a 41.38
(99.58 %)
50,921
(0.42 %)
105,649
(99.58 %)
447,233
(7.10 %)
142,825
(0.82 %)
6,474,942
(19.87 %)
18,662
(0.63 %)
6 Barn owl
GCF_000687205.1
15,006
(2.07 %)
11,130
(1.43 %)
23,939
(1.67 %)
n/a 40.21
(99.24 %)
109,223
(0.79 %)
171,345
(99.21 %)
495,502
(5.00 %)
181,353
(0.91 %)
6,776,326
(18.43 %)
10,575
(0.29 %)
7 birds
GCF_003342845.1
24,894
(4.16 %)
12,540
(2.09 %)
23,261
(2.54 %)
22,489
(2.50 %)
42.04
(98.74 %)
1,226,739
(1.39 %)
2,217
(100.00 %)
503,525
(5.38 %)
290,573
(1.50 %)
5,870,743
(19.53 %)
44,627
(4.89 %)
8 birds
GCF_901933205.1
30,090
(4.91 %)
12,639
(1.95 %)
23,859
(2.40 %)
n/a 42.38
(99.99 %)
185
(0.01 %)
1,527
(99.99 %)
465,333
(5.96 %)
477,426
(4.49 %)
6,482,932
(22.03 %)
27,270
(2.38 %)
9 blue tit
GCF_002901205.1
42,986
(5.81 %)
12,167
(1.76 %)
24,104
(2.22 %)
41,811
(3.95 %)
41.18
(92.58 %)
24,797
(7.42 %)
29,297
(100.00 %)
496,094
(5.99 %)
423,142
(2.68 %)
6,777,615
(18.84 %)
26,565
(0.98 %)
10 blue-crowned manakin
GCF_001604755.1
42,586
(5.25 %)
12,445
(1.93 %)
22,483
(2.30 %)
24,896
(3.01 %)
41.74
(97.93 %)
22,456
(2.07 %)
23,501
(97.93 %)
479,978
(6.88 %)
226,975
(1.27 %)
6,395,476
(19.17 %)
24,084
(1.85 %)
11 brown roatelo
GCF_000695765.1
16,756
(2.26 %)
12,215
(1.55 %)
29,361
(2.00 %)
n/a 41.32
(99.66 %)
51,602
(0.35 %)
119,122
(99.65 %)
413,378
(6.17 %)
194,444
(1.21 %)
6,441,258
(19.39 %)
19,018
(0.67 %)
12 budgerigar
GCF_000238935.1
25,525
(4.05 %)
12,196
(1.81 %)
21,458
(2.10 %)
n/a 41.25
(97.26 %)
51,022
(2.75 %)
70,863
(97.25 %)
478,340
(9.31 %)
127,353
(0.54 %)
5,864,264
(19.05 %)
15,886
(0.88 %)
13 burrowing owl
GCF_003259725.1
30,559
(4.30 %)
11,739
(1.72 %)
17,598
(1.93 %)
23,983
(2.78 %)
40.92
(98.92 %)
33,737
(1.09 %)
445
(100.00 %)
502,022
(6.12 %)
182,281
(0.73 %)
6,811,984
(19.35 %)
22,840
(1.08 %)
14 carmine bee-eater
GCF_000691845.1
15,520
(2.12 %)
11,302
(1.45 %)
27,105
(1.84 %)
n/a 41.67
(99.59 %)
50,632
(0.42 %)
104,131
(99.58 %)
482,036
(6.53 %)
161,525
(1.05 %)
6,445,961
(19.27 %)
11,477
(0.36 %)
15 chicken
GCF_000002315.6
62,183
(8.40 %)
13,083
(2.31 %)
23,897
(2.50 %)
n/a 42.23
(99.08 %)
952
(0.92 %)
2,380
(99.08 %)
699,901
(12.72 %)
307,144
(2.92 %)
5,863,131
(21.16 %)
24,403
(2.57 %)
16 chimney swift
GCF_000747805.1
15,979
(2.53 %)
12,057
(1.82 %)
18,658
(2.08 %)
n/a 41.40
(95.99 %)
65,523
(4.03 %)
84,595
(95.97 %)
511,325
(8.07 %)
194,988
(2.21 %)
6,363,949
(19.70 %)
12,486
(0.42 %)
17 chuck-will's-widow
GCF_000700745.1
17,196
(2.21 %)
12,137
(1.49 %)
28,865
(1.91 %)
n/a 40.76
(99.61 %)
56,667
(0.39 %)
126,789
(99.61 %)
571,860
(7.51 %)
203,204
(1.12 %)
6,593,712
(20.47 %)
8,105
(0.24 %)
18 collared flycatcher
GCF_000247815.1
28,373
(4.07 %)
12,197
(1.78 %)
21,980
(2.17 %)
n/a 44.22
(98.57 %)
11,403
(1.43 %)
30,843
(98.57 %)
621,954
(11.73 %)
597,207
(11.39 %)
6,656,400
(23.61 %)
29,879
(1.50 %)
19 Common canary
GCF_007115625.1
32,998
(4.99 %)
12,243
(1.89 %)
23,125
(2.34 %)
n/a 42.17
(98.21 %)
47,138
(1.81 %)
3,536
(100.00 %)
487,201
(6.29 %)
313,951
(2.10 %)
6,525,604
(19.58 %)
25,722
(1.90 %)
20 common cuckoo
GCF_000709325.1
16,827
(2.53 %)
12,605
(1.80 %)
21,017
(2.12 %)
n/a 41.52
(97.64 %)
56,977
(2.38 %)
71,907
(97.62 %)
484,145
(8.81 %)
192,437
(2.08 %)
6,576,259
(19.85 %)
18,002
(0.74 %)
21 Common starling
GCF_001447265.1
28,711
(4.57 %)
12,578
(2.01 %)
23,288
(2.42 %)
n/a 41.49
(97.70 %)
23,392
(2.31 %)
22,666
(97.69 %)
469,830
(5.86 %)
310,445
(1.74 %)
6,482,337
(19.49 %)
23,883
(1.99 %)
22 crested ibis
GCF_000708225.1
17,147
(2.52 %)
12,801
(1.77 %)
21,346
(1.99 %)
n/a 41.83
(97.20 %)
70,475
(2.81 %)
130,030
(97.19 %)
517,127
(5.90 %)
182,744
(0.97 %)
7,244,849
(18.69 %)
39,155
(2.05 %)
23 cuckoo roller
GCF_000691785.1
16,484
(2.21 %)
12,190
(1.53 %)
27,315
(1.84 %)
n/a 41.82
(99.74 %)
56,010
(0.27 %)
113,170
(99.73 %)
435,835
(5.75 %)
131,678
(0.66 %)
6,778,773
(18.46 %)
35,090
(1.44 %)
24 Dalmatian pelican
GCF_000687375.1
16,438
(2.13 %)
11,926
(1.44 %)
26,715
(1.76 %)
n/a 41.39
(99.65 %)
57,580
(0.36 %)
121,562
(99.64 %)
502,899
(6.52 %)
159,315
(0.83 %)
6,832,864
(19.52 %)
25,648
(0.91 %)
25 Downy woodpecker
GCF_000699005.1
15,850
(2.33 %)
11,863
(1.67 %)
19,887
(1.96 %)
n/a 44.51
(96.31 %)
96,471
(3.72 %)
127,725
(96.28 %)
985,101
(19.79 %)
310,018
(2.09 %)
5,822,687
(27.83 %)
17,379
(0.69 %)
26 emperor penguin
GCF_000699145.1
20,055
(3.28 %)
12,518
(1.77 %)
19,763
(1.95 %)
n/a 41.62
(94.30 %)
72,501
(5.72 %)
83,173
(94.28 %)
494,422
(5.57 %)
200,181
(2.24 %)
7,154,684
(17.95 %)
31,615
(1.38 %)
27 emu
GCF_003342905.1
36,060
(5.11 %)
12,857
(1.77 %)
21,489
(1.99 %)
n/a 41.63
(99.02 %)
1,408,082
(1.11 %)
2,778
(100.00 %)
453,024
(4.18 %)
175,539
(0.70 %)
7,218,815
(17.59 %)
43,742
(4.47 %)
28 golden-collared manakin
GCF_001715985.3
27,575
(4.33 %)
11,800
(1.85 %)
19,868
(2.19 %)
n/a 41.42
(97.44 %)
20,874
(2.57 %)
3,619
(100.00 %)
455,868
(6.95 %)
197,843
(1.19 %)
6,198,932
(18.50 %)
18,804
(1.03 %)
29 great cormorant
GCF_000708925.1
15,472
(2.07 %)
11,539
(1.44 %)
25,114
(1.69 %)
n/a 41.28
(99.25 %)
98,475
(0.77 %)
162,787
(99.23 %)
403,514
(5.73 %)
144,409
(1.43 %)
6,724,538
(18.06 %)
14,330
(0.42 %)
30 Great Tit
GCF_001522545.3
46,622
(6.92 %)
12,240
(2.00 %)
22,301
(2.39 %)
n/a 41.37
(98.24 %)
24,615
(1.76 %)
24,044
(98.24 %)
454,833
(5.84 %)
249,384
(1.36 %)
6,330,291
(19.11 %)
23,876
(1.88 %)
31 helmeted guineafowl
GCF_002078875.1
55,448
(7.96 %)
12,853
(2.28 %)
23,033
(2.43 %)
40,117
(4.15 %)
41.73
(98.08 %)
15,598
(1.93 %)
2,739
(100.00 %)
499,793
(7.93 %)
173,056
(0.98 %)
6,144,176
(20.18 %)
26,577
(2.39 %)
32 hoatzin
GCF_000692075.1
14,928
(2.31 %)
11,457
(1.65 %)
18,868
(1.85 %)
n/a 42.42
(94.92 %)
99,371
(5.11 %)
109,627
(94.89 %)
444,852
(7.40 %)
145,440
(1.01 %)
6,679,356
(18.72 %)
40,581
(1.42 %)
33 Japanese quail
GCF_001577835.1
47,008
(7.38 %)
12,866
(2.54 %)
31,341
(3.50 %)
n/a 41.28
(98.88 %)
11,601
(1.12 %)
9,642
(98.88 %)
573,609
(7.86 %)
321,128
(2.22 %)
5,497,911
(19.81 %)
17,977
(1.86 %)
34 Kakapo
GCF_004027225.1
49,444
(5.77 %)
13,103
(1.92 %)
22,986
(2.28 %)
n/a 41.97
(97.63 %)
362
(2.37 %)
99
(100.00 %)
517,212
(7.76 %)
208,171
(1.07 %)
6,258,082
(20.20 %)
22,280
(1.77 %)
35 Kea
GCF_000696875.1
15,953
(2.35 %)
11,982
(1.66 %)
25,022
(1.97 %)
n/a 41.09
(99.60 %)
51,381
(0.42 %)
93,561
(99.58 %)
450,515
(6.55 %)
138,157
(0.75 %)
5,905,331
(18.06 %)
7,218
(0.22 %)
36 killdeer
GCF_000708025.1
16,480
(2.43 %)
12,353
(1.72 %)
20,433
(1.94 %)
n/a 41.88
(97.24 %)
63,995
(2.78 %)
79,162
(97.22 %)
528,556
(7.11 %)
167,406
(0.94 %)
7,070,701
(19.44 %)
37,082
(1.57 %)
37 little egret
GCF_000687185.1
15,986
(2.42 %)
12,165
(1.72 %)
19,101
(1.90 %)
n/a 42.25
(95.99 %)
88,871
(4.04 %)
100,662
(95.96 %)
502,442
(6.71 %)
165,380
(1.23 %)
6,955,585
(18.98 %)
31,136
(1.15 %)
38 Macqueen's bustard
GCF_000695195.1
15,790
(2.21 %)
11,627
(1.51 %)
26,301
(1.84 %)
n/a 41.10
(99.68 %)
56,130
(0.33 %)
115,823
(99.67 %)
474,904
(5.88 %)
148,075
(0.90 %)
6,682,530
(20.03 %)
27,675
(1.15 %)
39 mallard
GCF_003850225.1
54,114
(7.47 %)
12,188
(1.85 %)
22,452
(2.19 %)
n/a 41.63
(99.77 %)
71,703
(0.26 %)
2,150
(100.00 %)
781,333
(8.08 %)
357,617
(3.09 %)
6,587,406
(21.92 %)
29,913
(2.33 %)
40 medium ground-finch
GCF_000277835.1
22,226
(4.24 %)
11,894
(1.83 %)
20,388
(2.17 %)
n/a 41.61
(97.77 %)
68,589
(2.25 %)
95,828
(97.75 %)
441,359
(5.86 %)
322,831
(2.24 %)
6,548,136
(19.49 %)
18,135
(0.69 %)
41 Northern fulmar
GCF_000690835.1
16,383
(2.20 %)
11,963
(1.50 %)
26,299
(1.77 %)
n/a 41.17
(99.50 %)
54,825
(0.51 %)
112,214
(99.49 %)
436,850
(5.16 %)
146,735
(0.83 %)
6,838,937
(18.42 %)
24,859
(0.79 %)
42 Okarito brown kiwi
GCF_003343035.1
43,838
(4.59 %)
13,227
(1.76 %)
22,482
(2.03 %)
31,717
(2.89 %)
41.52
(98.49 %)
696,987
(1.57 %)
4,120
(100.00 %)
494,809
(4.85 %)
178,540
(0.70 %)
7,407,982
(18.33 %)
43,062
(4.56 %)
43 peregrine falcon
GCF_000337955.1
37,519
(5.42 %)
12,666
(1.80 %)
19,285
(1.99 %)
n/a 41.77
(98.44 %)
76,069
(1.58 %)
83,081
(98.42 %)
447,274
(5.23 %)
170,160
(0.93 %)
7,157,857
(18.38 %)
22,325
(0.89 %)
44 red-crested turaco
GCF_000709365.1
16,151
(2.15 %)
12,043
(1.50 %)
26,843
(1.82 %)
n/a 41.63
(99.43 %)
75,085
(0.59 %)
134,672
(99.41 %)
489,452
(7.49 %)
153,694
(0.86 %)
6,705,299
(20.45 %)
30,183
(1.07 %)
45 Red-legged seriema
GCF_000690535.1
16,238
(2.21 %)
12,013
(1.53 %)
26,109
(1.82 %)
n/a 41.20
(99.63 %)
59,230
(0.38 %)
112,704
(99.62 %)
410,478
(5.25 %)
121,725
(0.68 %)
6,797,850
(18.25 %)
18,873
(0.62 %)
46 red-throated loon
GCF_000690875.1
15,842
(2.14 %)
11,586
(1.46 %)
25,291
(1.71 %)
n/a 41.12
(99.40 %)
64,882
(0.61 %)
126,713
(99.39 %)
382,153
(4.85 %)
123,593
(0.80 %)
6,849,573
(18.22 %)
17,100
(0.51 %)
47 rifleman
GCF_000695815.1
16,166
(2.37 %)
12,048
(1.64 %)
27,305
(2.06 %)
n/a 41.63
(99.55 %)
66,437
(0.46 %)
120,312
(99.54 %)
458,730
(8.48 %)
217,040
(2.27 %)
5,855,355
(18.33 %)
7,602
(0.24 %)
48 Ring-necked pheasant
GCF_004143745.1
33,234
(6.38 %)
13,027
(2.34 %)
23,759
(2.47 %)
35,359
(4.02 %)
41.21
(99.22 %)
19,995
(0.78 %)
39,678
(100.00 %)
600,071
(8.12 %)
291,437
(1.68 %)
6,237,616
(20.77 %)
22,362
(2.11 %)
49 rock pigeon
GCF_000337935.1
52,382
(6.40 %)
12,581
(1.87 %)
21,539
(2.18 %)
n/a 41.48
(98.13 %)
85,176
(1.90 %)
100,099
(98.10 %)
491,972
(6.86 %)
268,561
(1.86 %)
6,408,260
(19.42 %)
29,800
(1.40 %)
50 ruff
GCF_001431845.1
34,257
(4.61 %)
12,986
(1.78 %)
24,061
(2.27 %)
35,218
(3.59 %)
42.45
(96.26 %)
30,404
(3.75 %)
34,157
(96.25 %)
598,312
(7.84 %)
337,661
(3.70 %)
7,220,063
(20.45 %)
27,939
(1.42 %)
51 saffron-crested tyrant-manakin
GCF_003984885.1
45,898
(5.06 %)
12,904
(1.85 %)
26,943
(2.32 %)
n/a 42.28
(99.01 %)
15,342
(0.99 %)
38,089
(100.00 %)
506,451
(7.11 %)
333,391
(1.97 %)
6,646,625
(20.87 %)
32,671
(2.19 %)
52 Saker falcon
GCF_000337975.1
36,497
(5.34 %)
12,576
(1.78 %)
18,758
(1.96 %)
n/a 41.71
(98.00 %)
70,035
(2.03 %)
75,898
(97.97 %)
447,504
(5.26 %)
166,251
(1.03 %)
7,121,848
(18.23 %)
19,927
(0.72 %)
53 speckled mousebird
GCF_000690715.1
15,894
(2.09 %)
11,557
(1.44 %)
27,937
(1.84 %)
n/a 40.95
(99.65 %)
44,462
(0.35 %)
114,650
(99.65 %)
425,255
(7.62 %)
154,693
(1.27 %)
6,152,475
(19.42 %)
7,821
(0.23 %)
54 sunbittern
GCF_000690775.1
15,772
(2.11 %)
11,549
(1.45 %)
27,111
(1.82 %)
n/a 42.33
(99.55 %)
52,471
(0.46 %)
115,170
(99.54 %)
420,590
(6.32 %)
117,881
(0.88 %)
6,391,987
(18.82 %)
32,970
(1.31 %)
55 Tibetan ground-tit
GCF_000331425.1
28,749
(4.57 %)
12,828
(2.02 %)
24,003
(2.49 %)
n/a 41.69
(98.76 %)
21,646
(1.24 %)
27,052
(98.76 %)
476,955
(6.01 %)
346,281
(2.29 %)
6,423,932
(19.90 %)
27,086
(2.31 %)
56 turkey
GCF_000146605.3
38,427
(6.01 %)
13,095
(1.96 %)
23,974
(2.27 %)
n/a 41.35
(96.83 %)
65,045
(3.16 %)
250,220
(96.84 %)
609,750
(9.03 %)
243,534
(1.26 %)
6,043,889
(21.06 %)
31,818
(1.42 %)
57 White-ruffed manakin
GCF_003945725.1
45,894
(5.34 %)
12,728
(1.91 %)
24,667
(2.34 %)
n/a 41.81
(99.24 %)
13,527
(0.76 %)
9,068
(100.00 %)
498,690
(7.12 %)
246,346
(1.38 %)
6,500,956
(19.79 %)
25,941
(1.84 %)
58 white-tailed eagle
GCF_000691405.1
20,744
(2.82 %)
11,486
(1.49 %)
24,520
(1.72 %)
n/a 40.90
(99.56 %)
60,579
(0.45 %)
111,484
(99.55 %)
419,664
(5.08 %)
116,707
(0.60 %)
6,725,133
(18.14 %)
11,615
(0.32 %)
59 White-tailed tropicbird
GCF_000687285.1
16,342
(2.18 %)
12,039
(1.50 %)
26,683
(1.79 %)
n/a 41.51
(99.50 %)
65,286
(0.51 %)
132,071
(99.49 %)
435,221
(6.74 %)
125,195
(0.74 %)
6,873,137
(19.59 %)
41,005
(1.45 %)
60 white-throated sparrow
GCF_000385455.1
31,167
(5.71 %)
11,245
(1.80 %)
20,499
(2.19 %)
n/a 41.52
(95.61 %)
41,460
(4.40 %)
37,661
(95.60 %)
437,862
(5.64 %)
364,202
(2.52 %)
6,300,584
(19.09 %)
15,091
(0.85 %)
61 white-throated tinamou
GCF_000705375.1
18,997
(2.72 %)
12,294
(1.74 %)
24,409
(2.18 %)
n/a 41.41
(97.88 %)
59,853
(2.12 %)
142,367
(97.88 %)
468,176
(4.61 %)
226,347
(1.35 %)
6,300,683
(18.94 %)
47,608
(2.60 %)
62 willow flycatcher
GCF_003031625.1
37,909
(4.43 %)
12,702
(1.90 %)
24,710
(2.38 %)
n/a 42.01
(95.33 %)
39,319
(4.68 %)
7,791
(100.00 %)
560,568
(7.13 %)
242,394
(1.27 %)
6,421,292
(18.87 %)
27,080
(1.82 %)
63 Wire-tailed manakin
GCF_003945595.1
50,529
(5.75 %)
12,929
(1.88 %)
24,817
(2.40 %)
n/a 42.30
(100.00 %)
102
(0.00 %)
3,744
(100.00 %)
510,461
(7.13 %)
300,638
(2.31 %)
6,414,267
(20.54 %)
28,268
(2.21 %)
64 yellow-throated sandgrouse
GCF_000699245.1
15,990
(2.25 %)
11,777
(1.55 %)
26,498
(1.88 %)
n/a 41.36
(99.67 %)
48,553
(0.34 %)
107,160
(99.66 %)
458,879
(5.50 %)
182,309
(1.03 %)
6,529,534
(19.24 %)
15,660
(0.55 %)
65 zebra finch
GCF_003957565.1
51,472
(7.16 %)
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(2.01 %)
25,575
(2.63 %)
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(7.10 %)
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(99.78 %)
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(0.22 %)
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(100.00 %)
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