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Assemblies from NCBI/Genbank/Refseq sources, subset of plants only.
| count | common name link to genome browser |
ncbiRefSeq | xenoRefGene | augustus genes |
Ensembl genes |
gc5 base | gaps | assembly sequences |
Repeat Masker |
TRF simpleRepeat |
window Masker |
cpg islands |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | adzuki bean (LongXiaoDou No.4 2021) GCF_016808095.1 |
50,883 (11.85 %) |
16,661 (3.75 %) |
45,945 (15.40 %) |
n/a | 33.63 (100.00 %) |
32 (0.00 %) |
36 (100.00 %) |
263,673 (3.52 %) |
264,113 (5.18 %) |
2,808,981 (37.65 %) |
20,402 (2.60 %) |
| 2 | adzuki bean (Jingnong 6 2015) GCF_001190045.1 |
40,475 (10.62 %) |
16,697 (3.71 %) |
47,542 (15.07 %) |
n/a | 34.07 (96.37 %) |
21,264 (3.63 %) |
58,639 (96.37 %) |
257,290 (4.08 %) |
239,596 (6.43 %) |
2,925,469 (36.04 %) |
24,461 (2.99 %) |
| 3 | African oil palm GCF_000442705.1 |
51,575 (5.06 %) |
16,948 (1.48 %) |
76,464 (9.29 %) |
n/a | 37.21 (68.90 %) |
166,490 (31.14 %) |
202,468 (68.86 %) |
580,361 (3.63 %) |
445,124 (2.25 %) |
5,831,606 (30.77 %) |
75,576 (3.67 %) |
| 4 | African rice (2021) GCF_000147395.1 |
43,755 (15.95 %) |
16,224 (4.82 %) |
51,031 (25.64 %) |
n/a | 42.87 (100.00 %) |
21 (0.00 %) |
73 (100.00 %) |
178,763 (2.60 %) |
125,689 (4.18 %) |
1,761,585 (30.96 %) |
60,891 (21.37 %) |
| 5 | algarrobo blanco GCF_004799145.1 |
62,791 (10.08 %) |
25,423 (3.34 %) |
69,507 (14.55 %) |
n/a | 34.31 (100.00 %) |
n/a | 6,087 (100.00 %) |
367,402 (2.31 %) |
175,862 (2.27 %) |
4,241,058 (38.29 %) |
18,927 (1.15 %) |
| 6 | almond GCF_902201215.1 |
37,363 (19.64 %) |
14,509 (6.35 %) |
33,193 (24.70 %) |
n/a | 37.65 (98.29 %) |
6,531 (1.72 %) |
1,700 (99.96 %) |
137,974 (2.59 %) |
100,386 (3.92 %) |
1,251,126 (26.07 %) |
10,893 (2.94 %) |
| 7 | annual ryegrass (FL_2022 2022) GCF_022539505.1 |
73,172 (3.41 %) |
26,626 (1.10 %) |
228,260 (15.00 %) |
n/a | 44.76 (99.87 %) |
31,919 (0.13 %) |
1,764 (100.00 %) |
639,429 (1.31 %) |
739,566 (3.57 %) |
6,976,583 (59.37 %) |
560,429 (28.70 %) |
| 8 | annual mercury (primary hap 2022) GCF_937616625.1 |
47,801 (11.07 %) |
13,620 (2.91 %) |
37,334 (14.26 %) |
n/a | 33.91 (100.00 %) |
15 (0.00 %) |
63 (100.00 %) |
201,121 (2.22 %) |
661,096 (20.12 %) |
2,185,025 (50.59 %) |
9,024 (2.18 %) |
| 9 | apple (Golden Delicious X9273 #13 2017 refseq) GCF_002114115.1 |
64,918 (11.39 %) |
22,530 (3.52 %) |
67,146 (16.22 %) |
n/a | 38.04 (88.96 %) |
7,264 (11.05 %) |
807 (100.00 %) |
692,611 (50.77 %) |
322,556 (4.41 %) |
3,055,836 (35.69 %) |
25,923 (1.76 %) |
| 10 | Barbados nut GCF_014843425.1 |
33,622 (13.80 %) |
12,687 (4.63 %) |
26,511 (14.56 %) |
n/a | 33.40 (99.60 %) |
2,151 (0.40 %) |
1,232 (100.00 %) |
281,490 (24.82 %) |
186,260 (5.65 %) |
2,028,357 (33.33 %) |
8,868 (1.38 %) |
| 11 | barrel medic (A17 2014) GCF_000219495.3 |
48,865 (15.69 %) |
16,549 (3.99 %) |
40,316 (15.41 %) |
n/a | 33.14 (94.48 %) |
8,785 (5.53 %) |
8,027 (94.47 %) |
366,709 (22.34 %) |
146,748 (2.80 %) |
2,549,499 (32.46 %) |
3,695 (0.65 %) |
| 12 | barrel medic (HM340 2017) GCA_002024945.1 |
n/a | 16,672 (3.96 %) |
40,032 (15.19 %) |
n/a | 33.05 (99.32 %) |
107 (0.68 %) |
909 (100.00 %) |
381,065 (23.82 %) |
162,402 (3.97 %) |
2,490,028 (35.39 %) |
3,335 (0.34 %) |
| 13 | barrel medic (2018) GCF_003473485.1 |
50,905 (14.29 %) |
16,712 (3.68 %) |
41,041 (14.51 %) |
n/a | 33.43 (99.87 %) |
22 (0.13 %) |
42 (100.00 %) |
393,909 (27.89 %) |
175,427 (3.92 %) |
2,532,494 (37.64 %) |
3,384 (0.27 %) |
| 14 | bay (USA: Berkeley CA var. californica CCGP_DODD_UMBCAL_S1 alternate hap 2023) GCA_028538565.1 |
n/a | 15,063 (1.43 %) |
65,125 (11.47 %) |
n/a | 40.34 (100.00 %) |
39 (0.00 %) |
197 (100.00 %) |
735,552 (11.30 %) |
567,295 (6.87 %) |
4,176,675 (45.56 %) |
66,834 (4.90 %) |
| 15 | bay (USA: Berkeley CA var. californica CCGP_DODD_UMBCAL_S1 primary hap 2023) GCA_028534965.1 |
n/a | 15,223 (1.43 %) |
65,769 (11.33 %) |
n/a | 40.37 (100.00 %) |
36 (0.00 %) |
303 (100.00 %) |
744,623 (11.37 %) |
571,691 (7.15 %) |
4,217,655 (45.87 %) |
68,566 (4.96 %) |
| 16 | beet (EL10 2021 USDA) GCF_002917755.1 |
47,718 (9.45 %) |
11,911 (2.04 %) |
50,202 (16.78 %) |
n/a | 35.86 (99.99 %) |
323 (0.01 %) |
42 (100.00 %) |
294,768 (3.41 %) |
341,699 (6.22 %) |
2,932,896 (35.20 %) |
25,364 (1.79 %) |
| 17 | bigberry manzanita (GLNDR_RDG_Rd-6 alternate hap 2021) GCA_019985075.1 |
n/a | 13,887 (2.34 %) |
44,507 (14.12 %) |
n/a | 37.97 (100.00 %) |
120 (0.00 %) |
2,350 (100.00 %) |
250,361 (2.10 %) |
231,118 (13.56 %) |
2,049,366 (44.58 %) |
22,527 (6.34 %) |
| 18 | bigberry manzanita (GLNDR_RDG_Rd-6 primary hap 2022) GCA_019985065.2 |
n/a | 15,102 (2.62 %) |
47,553 (15.64 %) |
n/a | 38.11 (100.00 %) |
82 (0.00 %) |
272 (100.00 %) |
257,066 (2.22 %) |
226,514 (14.63 %) |
2,470,334 (38.37 %) |
21,415 (5.59 %) |
| 19 | bitter melon GCF_001995035.1 |
31,725 (13.80 %) |
12,858 (4.62 %) |
30,539 (16.85 %) |
n/a | 34.58 (92.32 %) |
109,310 (7.74 %) |
1,052 (100.00 %) |
162,837 (2.82 %) |
89,571 (2.03 %) |
1,951,167 (30.96 %) |
14,100 (2.00 %) |
| 20 | black cottonwood (Ptri.A.LA.226.w1 alternate hap 2023) GCA_028534865.1 |
n/a | 20,077 (4.66 %) |
43,061 (17.16 %) |
n/a | 34.80 (100.00 %) |
33 (0.00 %) |
338 (100.00 %) |
267,110 (2.88 %) |
173,502 (6.32 %) |
2,366,759 (39.61 %) |
5,093 (4.11 %) |
| 21 | black cottonwood (Ptri.A.LA.226.w1 primary hap 2023) GCA_028534895.1 |
n/a | 19,804 (4.58 %) |
42,642 (17.03 %) |
n/a | 34.85 (100.00 %) |
26 (0.00 %) |
132 (100.00 %) |
265,925 (2.85 %) |
174,688 (6.70 %) |
2,359,101 (40.07 %) |
4,963 (4.10 %) |
| 22 | black cottonwood (v4.1 Nisqually-1 2022) GCF_000002775.5 |
59,542 (15.92 %) |
19,969 (4.99 %) |
41,581 (16.22 %) |
n/a | 33.75 (99.85 %) |
59 (0.15 %) |
106 (99.85 %) |
257,833 (2.91 %) |
156,371 (4.50 %) |
2,423,627 (36.28 %) |
3,761 (0.66 %) |
| 23 | black tea GCF_004153795.1 |
101,253 (3.17 %) |
20,982 (0.66 %) |
156,999 (7.69 %) |
n/a | 37.85 (92.12 %) |
79,329 (7.89 %) |
14,028 (100.00 %) |
1,926,995 (3.23 %) |
2,024,420 (8.06 %) |
17,959,098 (50.75 %) |
181,027 (2.79 %) |
| 24 | bread wheat (Fielder 2021) GCA_907166925.1 |
n/a | n/a | 773,766 (8.20 %) |
n/a | 46.05 (100.00 %) |
1,407 (0.00 %) |
3,795 (100.00 %) |
8,703,192 (44.57 %) |
4,569,103 (5.20 %) |
5,202 (100.00 %) |
3,001,896 (28.00 %) |
| 25 | bread wheat (Chinese Spring 2021, UC Davis) GCF_018294505.1 |
221,449 (1.62 %) |
n/a | 763,380 (8.08 %) |
n/a | 46.14 (98.27 %) |
214,799 (1.73 %) |
91,589 (100.00 %) |
8,660,189 (44.94 %) |
4,402,049 (3.94 %) |
306,386 (98.27 %) |
3,040,030 (27.48 %) |
| 26 | cacao GCF_000208745.1 |
34,727 (13.67 %) |
14,294 (4.65 %) |
29,216 (14.38 %) |
n/a | 34.09 (94.31 %) |
11,787 (5.70 %) |
431 (100.00 %) |
206,049 (15.64 %) |
99,229 (2.66 %) |
1,933,579 (33.24 %) |
2,964 (0.34 %) |
| 27 | California black walnut (Jcal.S.LA.6 alternate hap 2022) GCA_023349545.1 |
n/a | 18,729 (3.22 %) |
57,374 (16.70 %) |
n/a | 36.81 (100.00 %) |
78 (0.00 %) |
915 (100.00 %) |
421,731 (3.42 %) |
300,957 (5.54 %) |
2,794,242 (34.11 %) |
25,348 (3.39 %) |
| 28 | California black walnut (Jcal.S.LA.6 primary hap 2022) GCA_023349395.1 |
n/a | 18,579 (3.26 %) |
56,295 (16.71 %) |
n/a | 36.92 (100.00 %) |
11 (0.00 %) |
138 (100.00 %) |
414,129 (3.48 %) |
293,951 (5.95 %) |
3,055,420 (34.96 %) |
24,749 (4.05 %) |
| 29 | California scrub oak (Qber.S.LA.60 alternate hap 2023) GCA_028535905.1 |
n/a | 16,153 (1.86 %) |
68,653 (14.03 %) |
n/a | 35.79 (100.00 %) |
43 (0.00 %) |
807 (100.00 %) |
783,798 (4.17 %) |
456,025 (10.87 %) |
4,951,918 (40.76 %) |
21,783 (2.16 %) |
| 30 | California scrub oak (Qber.S.LA.60 primary hap 2023) GCA_028535815.1 |
n/a | 15,836 (1.90 %) |
66,803 (13.99 %) |
n/a | 35.77 (100.00 %) |
32 (0.00 %) |
283 (100.00 %) |
762,029 (4.24 %) |
448,099 (10.97 %) |
4,784,968 (41.07 %) |
20,384 (2.28 %) |
| 31 | Cannabis sativa (Harvard OEB 2019) GCF_900626175.2 |
39,696 (6.07 %) |
13,883 (1.80 %) |
50,556 (11.19 %) |
n/a | 33.51 (84.07 %) |
843 (15.93 %) |
1,052 (84.07 %) |
496,648 (3.63 %) |
258,281 (2.28 %) |
3,594,433 (47.71 %) |
22,750 (1.69 %) |
| 32 | Cannabis sativa (Cannatonic 2016) GCA_001865755.1 |
n/a | 10,725 (1.71 %) |
41,537 (11.41 %) |
n/a | 33.68 (100.00 %) |
n/a | 11,110 (100.00 %) |
396,112 (4.11 %) |
221,932 (3.23 %) |
2,389,229 (59.21 %) |
17,045 (1.23 %) |
| 33 | Cannabis sativa (Jamaican Lion DASH 2019) GCA_003660325.2 |
n/a | 24,975 (1.79 %) |
113,252 (15.69 %) |
n/a | 34.00 (100.00 %) |
n/a | 3,372 (100.00 %) |
936,351 (4.13 %) |
520,230 (3.65 %) |
5,183,602 (58.66 %) |
47,327 (1.58 %) |
| 34 | capsicum (Zunla-1 2015 refseq) GCF_000710875.1 |
57,769 (2.07 %) |
16,114 (0.55 %) |
62,579 (2.93 %) |
n/a | 34.94 (96.78 %) |
107,172 (3.23 %) |
108,799 (96.77 %) |
968,939 (3.15 %) |
948,741 (4.39 %) |
21,535,213 (46.15 %) |
16,685 (0.21 %) |
| 35 | carrot GCF_001625215.1 |
51,773 (15.95 %) |
16,649 (3.96 %) |
50,187 (20.50 %) |
n/a | 34.79 (91.77 %) |
26,112 (8.24 %) |
4,826 (100.00 %) |
179,630 (2.41 %) |
166,060 (4.97 %) |
1,981,148 (31.51 %) |
8,564 (0.85 %) |
| 36 | cassava (v8 AM560-2 2021 DOE) GCF_001659605.2 |
56,386 (9.38 %) |
18,790 (2.86 %) |
49,944 (11.73 %) |
n/a | 37.52 (99.61 %) |
672 (0.39 %) |
758 (99.61 %) |
377,964 (3.52 %) |
356,023 (4.79 %) |
2,560,255 (56.85 %) |
52,506 (2.50 %) |
| 37 | castor bean (Hale 2011 JCVI) GCF_000151685.1 |
33,377 (11.52 %) |
13,874 (4.00 %) |
33,656 (13.67 %) |
n/a | 33.84 (96.11 %) |
23,313 (3.90 %) |
49,406 (96.10 %) |
207,850 (3.52 %) |
166,467 (10.85 %) |
1,676,921 (43.19 %) |
12,838 (2.54 %) |
| 38 | castor bean (wild-type WT05 2021) GCF_019578655.1 |
39,358 (13.36 %) |
13,841 (4.31 %) |
29,805 (14.24 %) |
n/a | 33.03 (99.95 %) |
331 (0.05 %) |
140 (100.00 %) |
205,974 (3.02 %) |
128,354 (6.37 %) |
1,998,066 (39.24 %) |
7,216 (0.99 %) |
| 39 | eudicots chia (TCC Black 2014 2022) GCF_023119035.1 |
53,262 (17.46 %) |
17,642 (4.97 %) |
49,474 (23.85 %) |
n/a | 36.14 (99.81 %) |
3,756 (0.19 %) |
1,556 (100.00 %) |
156,083 (2.30 %) |
128,904 (3.10 %) |
2,112,137 (31.93 %) |
31,157 (5.92 %) |
| 40 | chickpea GCF_000331145.1 |
41,971 (9.82 %) |
15,685 (3.16 %) |
30,411 (8.82 %) |
n/a | 31.04 (90.95 %) |
31,897 (9.07 %) |
39,024 (90.93 %) |
339,564 (10.51 %) |
318,439 (11.48 %) |
2,929,750 (43.82 %) |
3,488 (0.28 %) |
| 41 | China rose (Old Blush v2 2019) GCF_002994745.2 |
66,337 (12.31 %) |
15,432 (2.83 %) |
67,569 (21.71 %) |
n/a | 38.83 (100.00 %) |
33 (0.00 %) |
53 (100.00 %) |
275,878 (2.26 %) |
229,333 (3.98 %) |
2,244,200 (35.17 %) |
37,317 (4.17 %) |
| 42 | Chinese keys (BR_CEBAR01 2022) GCA_024364735.1 |
n/a | 23,898 (0.89 %) |
138,156 (8.52 %) |
n/a | 40.10 (96.58 %) |
25,154 (3.42 %) |
35,781 (96.58 %) |
829,613 (1.78 %) |
1,793,985 (6.94 %) |
8,707,237 (62.53 %) |
317,707 (8.50 %) |
| 43 | Chinese white pear (Dangshansuli 2012) GCF_000315295.1 |
54,029 (12.78 %) |
22,400 (4.38 %) |
57,140 (17.42 %) |
n/a | 37.29 (97.86 %) |
24,384 (2.15 %) |
26,566 (97.85 %) |
368,808 (18.26 %) |
218,013 (4.36 %) |
2,456,496 (34.15 %) |
18,367 (1.88 %) |
| 44 | Chinese white pear (Hongxiangsu 2021) GCF_019419815.1 |
62,514 (13.83 %) |
22,289 (4.29 %) |
57,502 (17.16 %) |
n/a | 37.35 (100.00 %) |
n/a | 452 (100.00 %) |
290,077 (2.40 %) |
209,363 (3.56 %) |
2,519,627 (35.77 %) |
19,299 (1.84 %) |
| 45 | clementine GCF_000493195.1 |
36,454 (14.29 %) |
14,126 (4.66 %) |
32,820 (18.34 %) |
n/a | 34.96 (97.94 %) |
7,564 (2.07 %) |
8,962 (97.93 %) |
178,443 (2.76 %) |
104,853 (5.57 %) |
1,933,079 (33.91 %) |
7,930 (3.80 %) |
| 46 | climbing nightshade (primary hap 2022) GCF_947179165.1 |
44,646 (5.40 %) |
15,784 (1.70 %) |
48,875 (7.66 %) |
n/a | 35.83 (100.00 %) |
38 (0.00 %) |
105 (100.00 %) |
347,467 (1.98 %) |
290,488 (4.50 %) |
6,293,084 (43.53 %) |
8,929 (0.83 %) |
| 47 | club-mosses (2010) GCF_000143415.4 |
49,382 (28.03 %) |
11,312 (4.28 %) |
36,277 (36.82 %) |
n/a | 45.22 (98.15 %) |
4,395 (1.86 %) |
5,152 (98.14 %) |
138,958 (36.90 %) |
77,054 (2.71 %) |
802,227 (32.19 %) |
34,479 (27.80 %) |
| 48 | club-mosses (Aurea 2015) GCA_001021135.1 |
n/a | 6,316 (4.02 %) |
55,013 (41.57 %) |
n/a | 44.70 (99.81 %) |
351 (0.00 %) |
106,265 (100.00 %) |
29,218 (1.24 %) |
29,377 (1.67 %) |
480,195 (13.66 %) |
19,392 (13.60 %) |
| 49 | coffee C.arabica GCF_003713225.1 |
80,738 (8.03 %) |
23,574 (2.02 %) |
85,662 (13.32 %) |
n/a | 36.94 (99.79 %) |
691 (0.21 %) |
2,833 (100.00 %) |
501,414 (2.11 %) |
386,209 (3.95 %) |
5,652,743 (41.66 %) |
36,398 (1.62 %) |
| 50 | coffee C.eugenioides GCF_003713205.1 |
43,829 (7.69 %) |
14,911 (2.02 %) |
57,408 (14.42 %) |
n/a | 36.89 (97.92 %) |
3,482 (2.08 %) |
3,530 (100.00 %) |
312,360 (2.09 %) |
234,658 (3.24 %) |
3,464,594 (38.91 %) |
21,553 (1.54 %) |
| 51 | common bean GCF_000499845.1 |
32,720 (9.56 %) |
16,474 (3.53 %) |
45,055 (14.46 %) |
n/a | 34.96 (90.70 %) |
40,860 (9.33 %) |
41,568 (90.67 %) |
233,709 (2.97 %) |
208,045 (3.61 %) |
2,886,693 (37.28 %) |
38,054 (5.05 %) |
| 52 | common jujube (Dongzao 2015) GCF_000826755.1 |
49,976 (13.24 %) |
16,949 (3.79 %) |
38,488 (13.47 %) |
n/a | 33.40 (95.35 %) |
24,158 (4.67 %) |
28,947 (95.33 %) |
525,525 (5.37 %) |
246,475 (5.25 %) |
2,603,240 (38.46 %) |
13,597 (2.11 %) |
| 53 | common jujube (AT0 2021) GCF_020796205.1 |
49,622 (12.72 %) |
14,929 (3.58 %) |
32,981 (12.20 %) |
n/a | 33.07 (99.99 %) |
381 (0.01 %) |
538 (100.00 %) |
525,520 (5.43 %) |
225,151 (3.91 %) |
2,463,587 (42.86 %) |
13,018 (1.79 %) |
| 54 | common sunflower GCF_002127325.2 |
133,319 (3.74 %) |
19,514 (0.59 %) |
166,187 (9.16 %) |
n/a | 38.59 (97.94 %) |
2,384 (2.06 %) |
334 (100.00 %) |
1,263,836 (2.20 %) |
1,549,598 (4.15 %) |
12,728,097 (58.39 %) |
170,287 (2.39 %) |
| 55 | common tobacco GCF_000715135.1 |
100,805 (3.09 %) |
29,968 (0.80 %) |
184,998 (7.05 %) |
n/a | 38.95 (97.11 %) |
292,325 (2.90 %) |
292,601 (97.11 %) |
1,134,202 (3.09 %) |
1,268,208 (4.45 %) |
24,013,710 (52.08 %) |
204,914 (1.84 %) |
| 56 | cork oak (v2 HL8 2018) GCF_002906115.2 |
53,587 (7.04 %) |
17,804 (1.85 %) |
77,741 (13.65 %) |
n/a | 35.35 (97.95 %) |
25,649 (2.05 %) |
22,642 (100.00 %) |
860,049 (3.78 %) |
485,854 (6.14 %) |
5,989,180 (36.35 %) |
20,674 (1.12 %) |
| 57 | cotton G.hirsutum (BGI 2015) GCF_000987745.1 |
112,410 (5.51 %) |
35,047 (1.61 %) |
101,814 (6.75 %) |
n/a | 34.45 (97.16 %) |
48,742 (2.84 %) |
57,884 (97.16 %) |
829,774 (2.69 %) |
808,839 (3.64 %) |
12,556,104 (52.01 %) |
31,946 (0.61 %) |
| 58 | cotton G.hirsutum (HudsonAlpha 2021) GCF_007990345.1 |
154,180 (6.02 %) |
37,839 (1.61 %) |
107,764 (6.56 %) |
n/a | 34.36 (99.87 %) |
5,708 (0.13 %) |
6,735 (99.87 %) |
996,701 (2.36 %) |
903,817 (3.56 %) |
13,123,355 (54.75 %) |
35,220 (0.59 %) |
| 59 | cotton G.raimondii GCF_000327365.1 |
72,590 (8.99 %) |
20,368 (2.64 %) |
86,941 (18.36 %) |
n/a | 33.22 (98.25 %) |
19,717 (1.76 %) |
20,751 (98.24 %) |
367,610 (3.53 %) |
300,200 (3.32 %) |
5,199,574 (40.83 %) |
10,926 (0.55 %) |
| 60 | cowpea (IT97K-499-35 v2 2019) GCF_004118075.2 |
48,519 (10.54 %) |
16,925 (3.30 %) |
44,689 (13.01 %) |
n/a | 32.95 (99.48 %) |
68 (0.52 %) |
676 (100.00 %) |
344,688 (3.92 %) |
283,941 (8.14 %) |
3,091,888 (41.66 %) |
24,507 (2.34 %) |
| 61 | crookneck pumpkin GCF_002738365.1 |
49,636 (19.79 %) |
18,863 (6.83 %) |
34,588 (19.24 %) |
n/a | 36.43 (97.43 %) |
13,813 (2.58 %) |
3,500 (100.00 %) |
181,838 (3.12 %) |
140,936 (7.42 %) |
1,550,544 (33.30 %) |
13,714 (2.69 %) |
| 62 | cucumber GCF_000004075.3 |
37,079 (18.45 %) |
13,349 (5.61 %) |
23,889 (15.73 %) |
n/a | 32.84 (99.98 %) |
89 (0.02 %) |
88 (100.00 %) |
158,454 (3.72 %) |
77,247 (3.20 %) |
1,739,467 (33.72 %) |
5,730 (1.35 %) |
| 63 | damask rose (2016) GCA_001662545.1 |
n/a | 16,060 (1.87 %) |
117,610 (18.87 %) |
n/a | 38.73 (97.06 %) |
101,982 (2.91 %) |
409,854 (97.09 %) |
329,911 (1.95 %) |
258,478 (2.82 %) |
3,747,902 (31.42 %) |
48,987 (3.05 %) |
| 64 | date palm (Barhee BC4 2019) GCF_009389715.1 |
61,678 (8.40 %) |
18,582 (2.20 %) |
70,121 (14.29 %) |
n/a | 40.29 (100.00 %) |
317 (0.00 %) |
2,391 (100.00 %) |
431,923 (8.92 %) |
371,389 (4.19 %) |
2,721,501 (44.16 %) |
89,481 (12.47 %) |
| 65 | date palm (Khalas 2013) GCF_000413155.1 |
48,949 (10.55 %) |
16,697 (2.99 %) |
64,523 (16.24 %) |
n/a | 39.33 (91.22 %) |
64,723 (8.79 %) |
143,382 (91.21 %) |
284,003 (7.58 %) |
185,641 (2.23 %) |
2,574,645 (27.52 %) |
62,332 (7.21 %) |
| 66 | date-plum (Yz01 2020) GCF_014633365.1 |
48,204 (8.04 %) |
15,110 (2.28 %) |
57,536 (14.48 %) |
n/a | 36.57 (99.99 %) |
606 (0.01 %) |
43 (100.00 %) |
445,970 (3.39 %) |
319,468 (5.39 %) |
3,687,072 (36.31 %) |
41,402 (3.02 %) |
| 67 | domesticated barley (H.vulgare 2021 refseq) GCF_904849725.1 |
63,294 (1.67 %) |
17,849 (0.43 %) |
260,921 (9.04 %) |
n/a | 44.46 (99.97 %) |
162 (0.03 %) |
291 (100.00 %) |
2,720,197 (55.13 %) |
1,726,335 (5.40 %) |
14,010,390 (72.58 %) |
732,834 (17.24 %) |
| 68 | durian GCF_002303985.1 |
68,467 (10.35 %) |
24,627 (3.34 %) |
48,130 (9.41 %) |
n/a | 32.64 (99.58 %) |
3,044 (0.43 %) |
677 (100.00 %) |
490,482 (3.80 %) |
509,842 (12.92 %) |
4,397,155 (48.22 %) |
56,957 (6.23 %) |
| 69 | eggplant (2014) GCA_000787875.1 |
n/a | 15,481 (1.92 %) |
48,974 (7.98 %) |
n/a | 35.72 (95.30 %) |
118,249 (4.75 %) |
143,048 (95.25 %) |
317,711 (2.21 %) |
307,772 (4.55 %) |
6,006,653 (38.61 %) |
7,570 (0.50 %) |
| 70 | English oak (primary hap 2022) GCF_932294415.1 |
69,123 (8.58 %) |
15,792 (1.92 %) |
66,872 (14.31 %) |
n/a | 35.68 (100.00 %) |
119 (0.00 %) |
96 (100.00 %) |
773,652 (4.18 %) |
429,695 (8.87 %) |
4,823,216 (39.65 %) |
21,654 (2.15 %) |
| 71 | English walnut GCF_001411555.2 |
52,962 (10.18 %) |
18,927 (3.19 %) |
60,210 (17.37 %) |
n/a | 36.21 (99.89 %) |
1,051 (0.11 %) |
24,757 (100.00 %) |
434,989 (3.86 %) |
303,673 (3.70 %) |
3,318,114 (33.94 %) |
24,028 (1.83 %) |
| 72 | eudicots bell pepper (UCD-10X-F1 2018) GCF_002878395.1 |
70,848 (2.17 %) |
15,922 (0.50 %) |
69,601 (2.75 %) |
n/a | 34.91 (97.27 %) |
52,577 (2.73 %) |
81,202 (100.00 %) |
1,192,132 (1.94 %) |
1,097,384 (4.12 %) |
23,393,622 (47.64 %) |
19,517 (0.21 %) |
| 73 | eudicots J.microcarpa x regia (UCDavis 2019) GCF_004785595.1 |
50,504 (10.14 %) |
18,451 (3.41 %) |
55,094 (16.89 %) |
n/a | 36.30 (99.18 %) |
54 (0.82 %) |
154 (100.00 %) |
411,290 (3.65 %) |
260,413 (3.49 %) |
3,023,907 (31.93 %) |
23,270 (1.88 %) |
| 74 | eudicots S.splendens huo1 (BFU 2021) GCF_004379255.1 |
94,413 (12.61 %) |
31,218 (3.57 %) |
108,219 (21.49 %) |
n/a | 38.83 (100.00 %) |
471 (0.00 %) |
1,178 (100.00 %) |
360,314 (2.17 %) |
419,051 (4.85 %) |
3,875,932 (41.07 %) |
105,227 (10.14 %) |
| 75 | Euphrates poplar (v2 2014) GCF_000495115.2 |
56,366 (12.92 %) |
20,853 (4.29 %) |
41,483 (12.40 %) |
n/a | 32.05 (95.31 %) |
22,764 (4.70 %) |
32,266 (95.30 %) |
357,310 (3.64 %) |
246,638 (4.06 %) |
2,660,781 (43.22 %) |
2,691 (0.38 %) |
| 76 | European crab apple (2022) GCF_916048215.2 |
77,682 (12.36 %) |
22,539 (3.42 %) |
67,761 (16.26 %) |
n/a | 38.07 (99.99 %) |
101 (0.01 %) |
34 (100.00 %) |
309,302 (2.18 %) |
331,724 (5.06 %) |
2,996,468 (41.19 %) |
25,597 (2.08 %) |
| 77 | European hop (Shinshu Wase 2014) GCA_000831365.1 |
n/a | 17,158 (0.86 %) |
191,202 (13.47 %) |
n/a | 38.57 (86.69 %) |
530,762 (13.34 %) |
292,698 (86.67 %) |
770,031 (2.12 %) |
637,135 (3.75 %) |
13,484,203 (41.57 %) |
81,500 (2.36 %) |
| 78 | false flax GCF_000633955.1 |
123,030 (22.63 %) |
61,894 (13.77 %) |
113,219 (31.09 %) |
n/a | 36.55 (92.99 %) |
74,428 (7.02 %) |
37,780 (99.99 %) |
346,267 (2.46 %) |
233,837 (5.56 %) |
3,452,066 (27.34 %) |
32,235 (2.62 %) |
| 79 | field mustard GCF_000309985.2 |
73,446 (34.56 %) |
30,193 (10.12 %) |
57,010 (25.57 %) |
n/a | 36.83 (99.39 %) |
408 (0.61 %) |
1,100 (100.00 %) |
261,522 (15.13 %) |
196,553 (8.43 %) |
1,533,242 (38.01 %) |
24,895 (5.44 %) |
| 80 | finger millet (ML-365 2017) GCA_002180455.1 |
n/a | 30,000 (2.41 %) |
346,692 (27.97 %) |
n/a | 45.34 (98.74 %) |
507,646 (1.30 %) |
1,033,269 (98.70 %) |
323,234 (1.19 %) |
394,943 (6.28 %) |
6,129,348 (33.00 %) |
325,103 (21.18 %) |
| 81 | foxtail millet GCF_000263155.2 |
40,951 (13.47 %) |
17,758 (5.07 %) |
60,598 (30.59 %) |
n/a | 46.14 (98.82 %) |
6,442 (1.19 %) |
6,779 (98.81 %) |
115,365 (1.46 %) |
116,980 (2.45 %) |
1,691,260 (29.31 %) |
78,297 (28.27 %) |
| 82 | garden asparagus (2017) GCF_001876935.1 |
45,159 (4.02 %) |
13,440 (1.02 %) |
85,207 (11.07 %) |
n/a | 39.02 (97.02 %) |
47,391 (2.99 %) |
56,182 (97.01 %) |
427,496 (2.02 %) |
885,946 (8.32 %) |
6,075,356 (46.49 %) |
111,109 (6.80 %) |
| 83 | garden pea (Zhongwan6 2022) GCF_024323335.1 |
74,264 (1.88 %) |
17,744 (0.43 %) |
129,692 (4.97 %) |
n/a | 37.94 (99.73 %) |
826 (0.27 %) |
1,566 (100.00 %) |
1,517,586 (2.16 %) |
1,541,702 (5.89 %) |
13,206,825 (66.95 %) |
105,766 (0.97 %) |
| 84 | ghaf (Desert tree PC_DT_omini 2023) GCF_029017545.1 |
59,652 (8.73 %) |
18,917 (2.55 %) |
47,052 (9.22 %) |
n/a | 32.09 (99.98 %) |
1,693 (0.02 %) |
2,266 (100.00 %) |
452,206 (3.00 %) |
195,931 (2.27 %) |
4,921,469 (39.63 %) |
9,731 (0.69 %) |
| 85 | ginger GCF_018446385.1 |
127,579 (4.07 %) |
33,995 (0.96 %) |
186,756 (7.79 %) |
n/a | 39.16 (100.00 %) |
901 (0.00 %) |
211 (100.00 %) |
1,187,168 (2.18 %) |
2,088,683 (6.47 %) |
12,917,773 (61.42 %) |
398,512 (10.38 %) |
| 86 | globe artichoke (v1.1 2C 2018) GCF_001531365.2 |
42,106 (6.72 %) |
15,819 (2.23 %) |
49,753 (11.10 %) |
n/a | 35.35 (90.31 %) |
310,402 (9.76 %) |
13,479 (99.93 %) |
394,793 (2.75 %) |
364,336 (3.37 %) |
4,190,750 (39.49 %) |
12,198 (0.64 %) |
| 87 | goatgrass A.strangulata GCF_002575655.1 |
87,385 (2.18 %) |
17,963 (0.44 %) |
263,708 (10.29 %) |
n/a | 46.32 (97.73 %) |
107,163 (2.27 %) |
109,126 (100.00 %) |
1,490,873 (15.60 %) |
1,415,562 (5.65 %) |
12,540,551 (71.59 %) |
881,849 (29.81 %) |
| 88 | goatgrass A.tauschii GCF_001957025.1 |
69,195 (1.77 %) |
18,614 (0.43 %) |
300,274 (11.28 %) |
n/a | 46.38 (100.00 %) |
n/a | 68,537 (100.00 %) |
1,555,328 (15.65 %) |
1,485,488 (4.71 %) |
13,133,338 (73.17 %) |
928,327 (30.84 %) |
| 89 | golden kiwifruit (Red5 2018) GCA_003024255.1 |
n/a | 22,332 (3.88 %) |
51,709 (13.62 %) |
n/a | 35.31 (96.44 %) |
25,521 (3.57 %) |
1,234 (100.00 %) |
347,035 (2.87 %) |
241,862 (4.11 %) |
3,578,217 (30.95 %) |
19,259 (1.41 %) |
| 90 | great duckweed (9509 2017) GCA_001981405.1 |
n/a | 10,023 (7.00 %) |
16,353 (26.89 %) |
n/a | 42.30 (92.78 %) |
89,257 (7.32 %) |
89,277 (92.68 %) |
80,787 (2.86 %) |
45,432 (1.93 %) |
786,155 (19.70 %) |
19,057 (20.99 %) |
| 91 | green algae A.protothecoides (0710 2014) GCF_000733215.1 |
7,014 (37.71 %) |
966 (2.72 %) |
2,947 (70.38 %) |
n/a | 63.54 (95.35 %) |
1,012 (4.66 %) |
1,386 (95.34 %) |
8,655 (1.88 %) |
3,803 (1.89 %) |
147,537 (20.31 %) |
604 (53.91 %) |
| 92 | green algae B.prasinos (RCC1105 2012) GCF_002220235.1 |
7,852 (82.09 %) |
1,231 (6.04 %) |
4,460 (76.24 %) |
n/a | 48.02 (99.76 %) |
20 (0.24 %) |
21 (100.00 %) |
17,900 (4.88 %) |
5,674 (1.75 %) |
113,699 (21.91 %) |
7 (0.01 %) |
| 93 | green algae C.reinhardtii (v2 CC-503 cw92 mt+ 2018 refseq) GCF_000002595.2 |
19,527 (53.99 %) |
990 (0.56 %) |
9,689 (59.71 %) |
n/a | 64.08 (96.36 %) |
1,459 (3.65 %) |
1,512 (96.35 %) |
174,119 (17.13 %) |
110,553 (6.12 %) |
748,240 (34.06 %) |
92 (46.06 %) |
| 94 | green algae C.reinhardtii (CC-5816 2022) GCA_026108075.1 |
n/a | 1,057 (0.55 %) |
9,735 (58.02 %) |
n/a | 64.03 (100.00 %) |
n/a | 17 (100.00 %) |
166,909 (9.00 %) |
120,034 (10.13 %) |
750,946 (37.60 %) |
166 (99.31 %) |
| 95 | green algae C.subellipsoidea (C-169 2012) GCF_000258705.1 |
9,839 (29.70 %) |
1,307 (1.78 %) |
8,108 (53.71 %) |
n/a | 52.94 (100.00 %) |
n/a | 29 (100.00 %) |
8,446 (0.85 %) |
5,471 (0.85 %) |
265,761 (14.34 %) |
11,329 (19.64 %) |
| 96 | green algae C.variabilis (NC64A 2010 refseq) GCF_000147415.1 |
9,780 (32.79 %) |
744 (1.00 %) |
4,520 (67.55 %) |
n/a | 67.14 (91.48 %) |
3,543 (8.55 %) |
3,810 (91.45 %) |
64,770 (8.22 %) |
28,736 (2.86 %) |
416,740 (37.15 %) |
756 (45.48 %) |
| 97 | green algae K.nitens (NIES-2285 2014) GCA_000708835.1 |
n/a | 2,471 (1.78 %) |
14,771 (54.27 %) |
n/a | 52.42 (98.98 %) |
2,081 (1.02 %) |
3,731 (98.98 %) |
10,051 (0.46 %) |
14,278 (1.14 %) |
388,120 (8.55 %) |
8,698 (83.31 %) |
| 98 | green algae M.commoda (RCC299 2009) GCF_000090985.2 |
n/a | 1,301 (4.51 %) |
5,667 (86.20 %) |
n/a | 63.82 (100.00 %) |
n/a | 19 (100.00 %) |
14,619 (3.58 %) |
8,937 (2.75 %) |
178,499 (27.69 %) |
10 (25.23 %) |
| 99 | green algae M.neglectum (SAG 48.87 2015) GCF_000611645.1 |
16,734 (25.96 %) |
666 (0.47 %) |
12,122 (60.02 %) |
n/a | 64.75 (96.59 %) |
5,358 (3.43 %) |
12,077 (96.57 %) |
73,343 (6.73 %) |
43,518 (3.04 %) |
568,630 (31.80 %) |
7,776 (96.69 %) |
| 100 | green algae M.pusilla (CCMP1545 2009) GCF_000151265.2 |
10,242 (66.86 %) |
990 (3.27 %) |
4,789 (69.24 %) |
n/a | 65.94 (98.86 %) |
583 (1.14 %) |
497 (98.86 %) |
36,818 (8.73 %) |
20,399 (4.09 %) |
206,658 (48.59 %) |
32 (47.70 %) |
| 101 | green algae O.lucimarinus (CCE9901 2007) GCF_000092065.1 |
7,603 (72.01 %) |
1,064 (6.25 %) |
3,493 (72.08 %) |
n/a | 60.44 (100.00 %) |
n/a | 21 (100.00 %) |
11,026 (5.45 %) |
11,732 (3.90 %) |
107,661 (34.88 %) |
12 (61.27 %) |
| 102 | green algae O.tauri (RCC4221 2014) GCF_000214015.3 |
7,766 (82.33 %) |
1,131 (6.60 %) |
3,714 (76.22 %) |
n/a | 59.21 (99.94 %) |
477 (0.07 %) |
22 (100.00 %) |
8,503 (3.84 %) |
4,946 (2.16 %) |
102,428 (27.87 %) |
16 (57.14 %) |
| 103 | green algae V.carteri (Eve 2010) GCF_000143455.1 |
14,436 (21.51 %) |
1,411 (0.77 %) |
13,095 (47.93 %) |
n/a | 55.97 (91.15 %) |
12,014 (8.87 %) |
11,352 (91.13 %) |
175,729 (14.69 %) |
105,113 (5.10 %) |
667,226 (23.91 %) |
4,325 (42.65 %) |
| 104 | green chiretta (2019) GCF_009805555.1 |
46,021 (16.54 %) |
14,632 (4.66 %) |
34,242 (19.36 %) |
n/a | 33.53 (100.00 %) |
n/a | 271 (100.00 %) |
293,800 (4.64 %) |
151,157 (7.38 %) |
1,732,880 (41.88 %) |
21,835 (6.05 %) |
| 105 | green foxtail GCF_005286985.1 |
47,022 (14.66 %) |
17,750 (5.12 %) |
60,106 (30.88 %) |
n/a | 46.17 (99.85 %) |
61 (0.15 %) |
76 (99.85 %) |
116,493 (1.51 %) |
120,039 (2.72 %) |
1,676,017 (29.11 %) |
75,497 (29.44 %) |
| 106 | Guinea yam (TDr96_F1 2017) GCA_002240015.2 |
n/a | 11,944 (2.63 %) |
37,372 (13.64 %) |
n/a | 35.58 (88.95 %) |
1,032,823 (11.31 %) |
21 (100.00 %) |
293,868 (3.21 %) |
174,614 (3.18 %) |
2,690,184 (32.53 %) |
15,323 (1.42 %) |
| 107 | Hall's panicgrass GCF_002211085.1 |
43,787 (9.63 %) |
17,635 (3.85 %) |
66,270 (23.98 %) |
n/a | 46.87 (98.63 %) |
736 (1.37 %) |
1,027 (98.63 %) |
157,811 (1.55 %) |
119,571 (2.57 %) |
2,107,254 (45.30 %) |
102,278 (32.16 %) |
| 108 | eudicots Himalayan balsam GCF_907164915.1 |
40,307 (7.38 %) |
16,711 (2.29 %) |
50,292 (11.24 %) |
n/a | 32.12 (99.95 %) |
858 (0.05 %) |
1,115 (100.00 %) |
439,789 (3.56 %) |
574,639 (8.97 %) |
4,147,814 (47.01 %) |
16,291 (1.13 %) |
| 109 | horseweed GCF_010389155.1 |
39,621 (11.54 %) |
14,718 (3.15 %) |
42,194 (16.23 %) |
n/a | 34.08 (99.99 %) |
502 (0.01 %) |
357 (100.00 %) |
267,124 (2.84 %) |
155,729 (2.71 %) |
2,475,353 (36.48 %) |
5,205 (0.40 %) |
| 110 | Indian licorice GCF_003935025.1 |
44,610 (13.60 %) |
17,108 (4.95 %) |
34,097 (14.33 %) |
n/a | 31.84 (100.00 %) |
184 (0.00 %) |
160 (100.00 %) |
217,674 (3.40 %) |
106,243 (4.04 %) |
2,232,509 (38.91 %) |
5,438 (1.06 %) |
| 111 | interior live oak (QUWIS_CCGP_1 alternate hap 2022) GCA_023055485.1 |
n/a | 16,184 (2.02 %) |
66,215 (14.16 %) |
n/a | 35.37 (100.00 %) |
82 (0.00 %) |
689 (100.00 %) |
739,891 (4.58 %) |
435,389 (7.62 %) |
4,843,419 (38.03 %) |
13,298 (2.56 %) |
| 112 | interior live oak (QUWIS_CCGP_1 primary hap 2022) GCA_023055345.1 |
n/a | 15,832 (2.09 %) |
63,488 (14.36 %) |
n/a | 35.19 (100.00 %) |
81 (0.00 %) |
358 (100.00 %) |
703,028 (4.29 %) |
399,798 (6.48 %) |
4,662,881 (36.96 %) |
12,534 (1.92 %) |
| 113 | island oak (RSA801373 alternate hap 2023) GCA_028535165.1 |
n/a | 15,893 (1.97 %) |
68,998 (15.27 %) |
n/a | 35.87 (100.00 %) |
53 (0.00 %) |
156 (100.00 %) |
746,424 (4.43 %) |
451,117 (7.39 %) |
4,820,434 (38.55 %) |
20,367 (2.62 %) |
| 114 | island oak (RSA801373 primary hap 2023) GCA_028535515.1 |
n/a | 15,880 (1.95 %) |
69,093 (15.25 %) |
n/a | 35.97 (100.00 %) |
53 (0.00 %) |
274 (100.00 %) |
751,691 (4.60 %) |
457,914 (7.61 %) |
4,850,082 (38.95 %) |
20,561 (3.01 %) |
| 115 | Japanese apricot GCF_000346735.1 |
32,312 (19.60 %) |
14,463 (6.46 %) |
33,049 (23.94 %) |
n/a | 37.45 (92.82 %) |
15,597 (7.20 %) |
23,761 (92.80 %) |
118,757 (2.25 %) |
84,983 (4.53 %) |
1,374,244 (23.24 %) |
7,808 (1.87 %) |
| 116 | Japanese morning glory GCF_001879475.1 |
58,978 (8.37 %) |
16,977 (2.14 %) |
77,626 (18.21 %) |
n/a | 37.61 (99.97 %) |
449 (0.03 %) |
3,418 (100.00 %) |
641,896 (6.26 %) |
639,051 (8.97 %) |
3,622,236 (46.63 %) |
77,860 (10.47 %) |
| 117 | Japanese rice GCF_001433935.1 |
53,556 (17.24 %) |
16,804 (4.69 %) |
53,712 (24.95 %) |
n/a | 43.57 (99.97 %) |
925 (0.03 %) |
58 (100.00 %) |
402,182 (39.07 %) |
138,035 (3.47 %) |
1,719,939 (33.46 %) |
63,485 (25.25 %) |
| 118 | Korean lawngrass (Nagirizaki 2016) GCA_001602275.1 |
n/a | 21,051 (6.88 %) |
57,023 (32.54 %) |
n/a | 44.09 (96.75 %) |
14,848 (3.26 %) |
26,634 (96.74 %) |
101,349 (1.46 %) |
71,657 (2.17 %) |
1,693,252 (21.97 %) |
60,198 (24.06 %) |
| 119 | garden lettuce (Salinas v11 2022) GCF_002870075.4 |
69,048 (2.69 %) |
16,407 (0.56 %) |
105,654 (5.75 %) |
n/a | 37.92 (99.95 %) |
384 (0.05 %) |
93 (100.00 %) |
1,192,578 (2.37 %) |
1,282,344 (4.72 %) |
12,843,881 (61.50 %) |
160,781 (2.86 %) |
| 120 | lettuce eudicots (Salinas 2011) GCA_000227445.1 |
n/a | 15,031 (1.06 %) |
140,751 (10.18 %) |
n/a | 36.82 (99.85 %) |
n/a | 876,110 (100.00 %) |
505,796 (3.85 %) |
318,171 (2.09 %) |
9,808,138 (33.85 %) |
30,057 (0.85 %) |
| 121 | lyrate rockcress GCF_000004255.2 |
44,525 (28.52 %) |
25,416 (19.36 %) |
34,938 (31.66 %) |
n/a | 36.08 (88.90 %) |
2,950 (11.10 %) |
3,646 (88.90 %) |
141,441 (20.58 %) |
72,583 (3.25 %) |
1,012,438 (24.68 %) |
8,053 (2.48 %) |
| 122 | macadamia nut GCF_013358625.1 |
58,226 (8.43 %) |
16,723 (2.11 %) |
62,465 (13.23 %) |
n/a | 39.13 (98.51 %) |
22,059 (1.50 %) |
2,644 (100.00 %) |
463,575 (3.09 %) |
304,057 (3.39 %) |
4,183,445 (34.36 %) |
18,956 (1.40 %) |
| 123 | Madagascar periwinkle (Sunstorm Apricot 2015) GCA_000949345.1 |
n/a | 13,013 (2.26 %) |
38,671 (8.42 %) |
n/a | 33.59 (99.19 %) |
123,798 (0.85 %) |
203,100 (99.15 %) |
329,865 (3.57 %) |
244,018 (4.63 %) |
3,737,818 (40.09 %) |
4,827 (0.29 %) |
| 124 | maize GCF_902167145.1 |
76,921 (3.66 %) |
23,553 (1.55 %) |
154,773 (10.70 %) |
n/a | 46.77 (99.83 %) |
708 (0.17 %) |
697 (100.00 %) |
1,340,549 (78.65 %) |
843,168 (5.20 %) |
5,886,498 (69.23 %) |
372,641 (31.10 %) |
| 125 | malo sina (v2 2021) GCF_000231095.2 |
34,262 (16.98 %) |
15,545 (6.13 %) |
36,746 (24.10 %) |
n/a | 41.55 (100.00 %) |
14 (0.00 %) |
74 (100.00 %) |
140,519 (2.59 %) |
67,337 (3.89 %) |
1,493,779 (29.32 %) |
41,044 (18.43 %) |
| 126 | mango GCF_011075055.1 |
60,349 (16.06 %) |
20,653 (5.13 %) |
40,887 (15.20 %) |
n/a | 32.71 (99.98 %) |
169 (0.02 %) |
250 (100.00 %) |
213,445 (3.09 %) |
125,929 (3.29 %) |
2,447,401 (32.63 %) |
7,059 (0.98 %) |
| 127 | monocots GCF_002575655.2 |
84,263 (2.17 %) |
17,888 (0.44 %) |
263,541 (10.26 %) |
n/a | 46.33 (97.97 %) |
69,858 (2.04 %) |
109,197 (100.00 %) |
1,492,485 (15.65 %) |
1,422,870 (5.39 %) |
12,521,384 (71.80 %) |
881,939 (30.07 %) |
| 128 | mosses GCF_000002425.4 |
55,129 (11.87 %) |
8,425 (1.46 %) |
30,452 (12.55 %) |
n/a | 33.69 (98.74 %) |
2,645 (1.27 %) |
359 (100.00 %) |
454,786 (48.35 %) |
241,826 (2.56 %) |
2,413,326 (52.52 %) |
22,664 (3.06 %) |
| 129 | mulberry M.notabilis GCF_000414095.1 |
29,893 (12.15 %) |
14,092 (4.40 %) |
37,376 (17.73 %) |
n/a | 34.86 (94.92 %) |
15,541 (5.08 %) |
46,842 (94.92 %) |
317,532 (5.00 %) |
190,192 (6.25 %) |
2,095,631 (34.49 %) |
20,490 (3.43 %) |
| 130 | mung bean (VC1973A 2015 refseq) GCF_000741045.1 |
47,653 (11.89 %) |
16,644 (3.87 %) |
43,967 (14.67 %) |
n/a | 33.18 (92.80 %) |
96,870 (7.24 %) |
2,465 (100.00 %) |
264,597 (3.31 %) |
198,963 (3.34 %) |
2,842,720 (34.86 %) |
13,975 (1.49 %) |
| 131 | muskmelon (AY 2022) GCF_025177605.1 |
46,975 (10.56 %) |
13,502 (2.95 %) |
32,332 (13.20 %) |
n/a | 36.06 (99.99 %) |
239 (0.01 %) |
1,310 (100.00 %) |
282,171 (3.23 %) |
229,959 (11.70 %) |
2,016,709 (43.94 %) |
18,232 (10.96 %) |
| 132 | muskmelon (DHL92 2012) GCF_000313045.1 |
35,384 (11.55 %) |
13,191 (3.74 %) |
28,295 (11.09 %) |
n/a | 33.23 (89.51 %) |
29,172 (10.51 %) |
60,751 (89.49 %) |
239,295 (7.85 %) |
172,598 (3.17 %) |
2,304,858 (33.21 %) |
12,855 (1.38 %) |
| 133 | narrow-leaved blue lupine GCF_001865875.1 |
57,263 (9.83 %) |
22,097 (3.53 %) |
51,774 (13.22 %) |
n/a | 33.46 (99.34 %) |
44,657 (0.68 %) |
55,107 (99.32 %) |
280,867 (4.25 %) |
210,750 (5.67 %) |
3,920,315 (38.10 %) |
6,462 (0.46 %) |
| 134 | New South Wales waratah (Mountain lineage 2021) GCF_018873765.1 |
44,477 (5.41 %) |
16,928 (1.94 %) |
77,682 (16.06 %) |
n/a | 40.12 (100.00 %) |
2,037 (0.00 %) |
1,289 (100.00 %) |
437,997 (2.33 %) |
266,149 (5.08 %) |
4,764,252 (34.25 %) |
20,667 (1.81 %) |
| 135 | opium poppy GCF_003573695.1 |
127,893 (4.57 %) |
25,532 (0.85 %) |
162,032 (9.31 %) |
n/a | 37.28 (99.80 %) |
31,183 (0.20 %) |
34,381 (100.00 %) |
819,294 (1.49 %) |
1,050,181 (6.80 %) |
10,625,631 (55.85 %) |
67,521 (1.21 %) |
| 136 | orchid D.catenatum GCF_001605985.2 |
39,386 (3.85 %) |
12,208 (0.99 %) |
72,906 (8.22 %) |
n/a | 34.70 (96.03 %) |
25,751 (3.92 %) |
311,841 (96.08 %) |
506,361 (2.45 %) |
413,770 (3.23 %) |
8,074,114 (39.07 %) |
56,900 (2.34 %) |
| 137 | orchid P.equestris GCF_001263595.1 |
32,146 (3.36 %) |
11,541 (1.01 %) |
54,049 (6.11 %) |
n/a | 34.46 (92.46 %) |
98,814 (7.56 %) |
188,398 (92.44 %) |
487,071 (2.96 %) |
511,903 (4.00 %) |
7,060,408 (42.20 %) |
31,179 (1.22 %) |
| 138 | papaya GCF_000150535.2 |
29,883 (11.99 %) |
12,860 (4.47 %) |
24,403 (11.58 %) |
n/a | 35.31 (73.55 %) |
29,719 (26.47 %) |
47,485 (73.53 %) |
260,082 (34.69 %) |
101,644 (3.59 %) |
1,640,647 (28.88 %) |
21,200 (2.95 %) |
| 139 | peach GCF_000346465.2 |
36,201 (20.87 %) |
14,368 (6.26 %) |
32,245 (24.09 %) |
n/a | 37.51 (98.79 %) |
2,368 (1.22 %) |
2,531 (98.78 %) |
150,957 (10.06 %) |
96,381 (5.52 %) |
1,221,263 (28.72 %) |
7,885 (2.07 %) |
| 140 | peanut GCF_003086295.2 |
155,835 (5.15 %) |
31,810 (1.19 %) |
160,574 (8.81 %) |
n/a | 36.33 (99.85 %) |
3,655 (0.15 %) |
385 (100.00 %) |
1,684,814 (3.52 %) |
1,488,297 (4.81 %) |
11,059,688 (62.32 %) |
140,570 (2.45 %) |
| 141 | pearl millet (Tift 23D2B1-P1-P5 2018) GCA_002174835.2 |
n/a | 17,949 (1.26 %) |
134,829 (14.30 %) |
n/a | 47.95 (86.95 %) |
156,852 (13.08 %) |
52,033 (100.00 %) |
380,858 (1.16 %) |
466,997 (2.83 %) |
5,117,134 (56.89 %) |
380,989 (29.47 %) |
| 142 | pecan GCF_018687715.1 |
71,340 (9.93 %) |
18,671 (2.67 %) |
60,632 (15.16 %) |
n/a | 36.30 (99.97 %) |
22 (0.03 %) |
39 (99.97 %) |
473,853 (3.66 %) |
367,846 (6.75 %) |
3,301,121 (39.03 %) |
27,274 (2.22 %) |
| 143 | perennial ryegrass (Kyuss_39 2021) GCF_019359855.1 |
89,789 (3.75 %) |
17,693 (0.79 %) |
174,787 (12.15 %) |
n/a | 44.32 (100.00 %) |
238 (0.00 %) |
1,677 (100.00 %) |
605,852 (1.36 %) |
760,915 (5.68 %) |
5,216,229 (69.24 %) |
542,998 (24.23 %) |
| 144 | Peruvian cotton (G.raimondii 2012 DOE) GCF_000327365.2 |
72,518 (8.99 %) |
20,368 (2.64 %) |
52,295 (10.15 %) |
n/a | 33.21 (98.25 %) |
19,685 (1.76 %) |
20,680 (98.24 %) |
404,885 (2.81 %) |
300,062 (3.31 %) |
5,198,170 (40.84 %) |
10,912 (0.59 %) |
| 145 | Peruvian cotton (GPD5lz 2022) GCF_025698545.1 |
63,476 (8.67 %) |
20,265 (2.62 %) |
51,815 (10.02 %) |
n/a | 33.24 (100.00 %) |
79 (0.00 %) |
289 (100.00 %) |
405,385 (2.83 %) |
306,302 (3.81 %) |
5,192,105 (41.79 %) |
10,481 (0.65 %) |
| 146 | pigeon pea (v2 2016 BGI) GCF_000340665.2 |
46,412 (9.42 %) |
17,396 (3.13 %) |
49,710 (12.66 %) |
n/a | 32.76 (94.18 %) |
36,323 (5.83 %) |
67,834 (94.17 %) |
395,663 (3.40 %) |
306,602 (4.71 %) |
3,749,364 (39.19 %) |
26,504 (2.90 %) |
| 147 | pineapple GCF_001540865.1 |
43,024 (11.65 %) |
13,649 (3.36 %) |
38,917 (14.95 %) |
n/a | 38.34 (98.23 %) |
25,542 (1.78 %) |
3,129 (100.00 %) |
352,802 (7.31 %) |
274,578 (4.75 %) |
2,360,455 (38.94 %) |
56,724 (11.73 %) |
| 148 | pink shepherd's-purse GCF_000375325.1 |
37,318 (33.25 %) |
22,836 (23.08 %) |
26,822 (33.93 %) |
n/a | 35.63 (97.53 %) |
6,294 (2.49 %) |
7,067 (97.51 %) |
74,470 (2.42 %) |
42,509 (3.39 %) |
814,442 (24.99 %) |
5,817 (2.14 %) |
| 149 | pistachio GCF_008641045.1 |
47,948 (7.92 %) |
18,462 (2.58 %) |
62,898 (14.05 %) |
n/a | 35.95 (99.84 %) |
16,367 (0.16 %) |
1,865 (100.00 %) |
363,793 (2.43 %) |
253,408 (4.08 %) |
4,200,417 (36.34 %) |
22,340 (1.78 %) |
| 150 | pocket water lily (Beijing-Zhang1983 2022) GCF_008831285.2 |
41,101 (10.95 %) |
11,576 (2.50 %) |
38,220 (15.70 %) |
n/a | 38.61 (99.84 %) |
626 (0.16 %) |
1,409 (99.84 %) |
236,190 (2.95 %) |
153,746 (4.02 %) |
2,151,579 (26.72 %) |
24,561 (4.48 %) |
| 151 | pomegranate GCF_007655135.1 |
43,277 (14.87 %) |
14,635 (4.26 %) |
39,381 (19.97 %) |
n/a | 40.38 (99.99 %) |
188 (0.01 %) |
474 (100.00 %) |
173,182 (2.28 %) |
174,872 (6.81 %) |
1,640,973 (32.89 %) |
26,506 (9.18 %) |
| 152 | potato S.stenotomum (F172 2021) GCF_019186545.1 |
43,670 (6.66 %) |
16,547 (2.25 %) |
54,186 (11.30 %) |
n/a | 34.71 (88.41 %) |
37,060 (11.60 %) |
17,084 (100.00 %) |
321,938 (2.14 %) |
250,793 (4.04 %) |
5,136,691 (33.92 %) |
8,536 (0.30 %) |
| 153 | potato S.tuberosum (Dihaploid 'C-13' 2020) GCA_010127505.1 |
n/a | 17,614 (2.86 %) |
45,684 (10.75 %) |
n/a | 34.49 (83.57 %) |
10,041,161 (17.84 %) |
12 (100.00 %) |
606,573 (40.80 %) |
168,871 (2.58 %) |
5,508,800 (26.36 %) |
5,550 (0.22 %) |
| 154 | potato S.tuberosum (DM 1-3 516 R44 2011) GCF_000226075.1 |
43,155 (20.86 %) |
16,423 (2.55 %) |
50,333 (11.79 %) |
n/a | 34.83 (93.98 %) |
45,215 (6.04 %) |
60,069 (93.96 %) |
662,626 (43.42 %) |
212,315 (4.38 %) |
4,691,843 (34.91 %) |
9,851 (0.45 %) |
| 155 | potato S.tuberosum (hap 1 of 4 Otava Stieglitz 2021) GCA_020169555.1 |
n/a | 16,415 (2.15 %) |
54,766 (12.48 %) |
n/a | 35.21 (99.98 %) |
1,476 (0.02 %) |
25 (100.00 %) |
329,233 (2.28 %) |
285,101 (5.66 %) |
4,832,189 (40.28 %) |
12,944 (0.99 %) |
| 156 | potato S.tuberosum (hap 2 of 4 Otava Stieglitz 2021) GCA_020169535.1 |
n/a | 16,694 (2.26 %) |
53,990 (12.60 %) |
n/a | 35.20 (99.98 %) |
1,499 (0.02 %) |
28 (100.00 %) |
323,447 (2.25 %) |
283,098 (5.39 %) |
4,727,964 (39.87 %) |
12,316 (1.34 %) |
| 157 | potato S.tuberosum (hap 3 of 4 Otava Hera 2021) GCA_020169585.1 |
n/a | 16,713 (2.23 %) |
54,380 (12.60 %) |
n/a | 35.20 (99.98 %) |
1,299 (0.02 %) |
27 (100.00 %) |
329,807 (2.31 %) |
282,372 (6.11 %) |
4,718,807 (40.25 %) |
11,812 (1.00 %) |
| 158 | potato S.tuberosum (hap 4 of 4 Otava Hera 2021) GCA_020169575.1 |
n/a | 16,640 (2.18 %) |
54,937 (12.38 %) |
n/a | 35.18 (99.98 %) |
1,383 (0.02 %) |
26 (100.00 %) |
329,665 (2.30 %) |
285,993 (6.03 %) |
4,858,802 (40.32 %) |
12,792 (1.32 %) |
| 159 | potato S.tuberosum (RH89-039-16 2020) GCA_014189475.1 |
n/a | 16,312 (2.05 %) |
54,438 (12.18 %) |
n/a | 35.23 (99.95 %) |
4,448 (0.05 %) |
12 (100.00 %) |
730,464 (46.17 %) |
338,389 (7.95 %) |
4,903,557 (41.90 %) |
12,226 (0.72 %) |
| 160 | potato S.tuberosum (alt pseudohaplotype RH89-039-16 2020) GCA_014189305.1 |
n/a | 16,861 (1.98 %) |
58,882 (12.19 %) |
n/a | 35.40 (99.95 %) |
4,397 (0.05 %) |
3,012 (100.00 %) |
774,417 (46.83 %) |
392,378 (8.45 %) |
5,068,449 (42.72 %) |
14,548 (1.32 %) |
| 161 | potato S.verrucosum (2019) GCF_900185275.1 |
35,762 (6.74 %) |
16,408 (2.54 %) |
48,924 (11.75 %) |
n/a | 34.59 (99.55 %) |
1,612 (0.45 %) |
1,332 (100.00 %) |
297,683 (2.31 %) |
234,616 (4.68 %) |
4,308,149 (38.02 %) |
8,192 (0.47 %) |
| 162 | quinoa GCF_001683475.1 |
74,918 (7.49 %) |
22,914 (1.61 %) |
105,619 (12.97 %) |
n/a | 36.87 (99.16 %) |
725 (0.84 %) |
3,487 (100.00 %) |
810,277 (3.58 %) |
762,903 (10.88 %) |
6,551,884 (49.49 %) |
93,630 (2.98 %) |
| 163 | radish GCF_000801105.1 |
69,943 (20.66 %) |
33,762 (10.20 %) |
70,765 (28.80 %) |
n/a | 35.29 (87.22 %) |
28,041 (12.80 %) |
10,676 (100.00 %) |
196,483 (2.53 %) |
150,132 (3.32 %) |
2,256,858 (26.65 %) |
23,381 (2.80 %) |
| 164 | rape (ZS11 2017) GCF_000686985.2 |
144,997 (17.51 %) |
59,743 (7.71 %) |
146,391 (26.97 %) |
n/a | 36.47 (92.96 %) |
32,639 (7.05 %) |
34,110 (92.95 %) |
449,257 (2.67 %) |
441,269 (5.84 %) |
4,867,601 (32.91 %) |
60,082 (3.53 %) |
| 165 | rape (Da-Ae 2021) GCF_020379485.1 |
152,583 (19.25 %) |
57,668 (6.87 %) |
143,092 (23.51 %) |
n/a | 37.13 (99.99 %) |
840 (0.01 %) |
3,167 (100.00 %) |
470,302 (2.29 %) |
578,281 (9.24 %) |
4,662,467 (42.41 %) |
64,287 (5.62 %) |
| 166 | eudicots red clover (HEN17-A07 2021) GCF_020283565.1 |
63,238 (17.01 %) |
17,857 (4.13 %) |
43,079 (17.27 %) |
n/a | 33.71 (99.97 %) |
231 (0.03 %) |
90 (100.00 %) |
241,481 (2.65 %) |
187,674 (4.85 %) |
2,251,582 (37.03 %) |
6,474 (1.93 %) |
| 167 | red wild einkorn wheat (G1812 2018) GCF_003073215.2 |
71,107 (1.58 %) |
18,911 (0.39 %) |
321,741 (10.16 %) |
n/a | 45.91 (99.38 %) |
33,814 (0.62 %) |
10,205 (100.00 %) |
1,208,165 (1.25 %) |
1,319,817 (2.96 %) |
15,480,313 (71.93 %) |
975,234 (26.52 %) |
| 168 | eudicots rice bean (VRB-3 Himshakti 2021) GCF_018835915.1 |
38,736 (11.89 %) |
16,669 (4.18 %) |
43,369 (14.64 %) |
n/a | 32.90 (93.47 %) |
20,717 (6.53 %) |
15,445 (100.00 %) |
233,635 (3.33 %) |
204,141 (4.85 %) |
2,682,022 (32.58 %) |
16,828 (2.07 %) |
| 169 | riverbank grape GCF_004353265.1 |
44,851 (10.22 %) |
15,302 (3.01 %) |
46,011 (14.96 %) |
n/a | 34.32 (98.79 %) |
1,095 (1.21 %) |
175 (100.00 %) |
339,984 (3.03 %) |
233,259 (4.71 %) |
2,925,914 (35.27 %) |
11,055 (0.93 %) |
| 170 | rose gum (2021) GCF_016545825.1 |
54,676 (10.44 %) |
16,291 (2.42 %) |
69,492 (17.92 %) |
n/a | 39.39 (99.97 %) |
1,712 (0.03 %) |
37 (100.00 %) |
358,171 (2.83 %) |
259,031 (3.65 %) |
3,353,128 (29.52 %) |
78,731 (7.66 %) |
| 171 | rose gum (BRASUZ1 2014) GCF_000612305.1 |
65,107 (11.08 %) |
16,389 (2.33 %) |
74,557 (18.16 %) |
n/a | 39.28 (92.69 %) |
27,773 (7.32 %) |
32,724 (92.68 %) |
357,835 (2.50 %) |
266,806 (3.22 %) |
3,496,176 (27.34 %) |
79,393 (6.54 %) |
| 172 | rose of Sharon GCF_006381635.1 |
91,942 (5.18 %) |
44,363 (2.23 %) |
136,768 (10.14 %) |
n/a | 34.23 (100.00 %) |
2 (0.00 %) |
1,789 (100.00 %) |
889,945 (2.72 %) |
968,890 (4.91 %) |
9,836,479 (51.73 %) |
42,560 (0.89 %) |
| 173 | rubber tree GCF_001654055.1 |
66,125 (5.23 %) |
22,033 (1.63 %) |
59,727 (6.42 %) |
n/a | 34.84 (94.20 %) |
40,863 (5.81 %) |
7,453 (100.00 %) |
827,088 (3.02 %) |
565,394 (5.23 %) |
5,065,470 (61.59 %) |
13,573 (0.45 %) |
| 174 | sacred lotus GCF_000365185.1 |
43,140 (7.01 %) |
15,920 (2.13 %) |
61,231 (13.11 %) |
n/a | 38.30 (87.98 %) |
175,846 (12.06 %) |
58,428 (87.96 %) |
408,351 (2.83 %) |
275,384 (2.52 %) |
4,643,876 (30.20 %) |
40,599 (2.68 %) |
| 175 | saltwater cress GCF_000478725.1 |
38,705 (18.07 %) |
21,851 (11.68 %) |
39,487 (28.65 %) |
n/a | 37.71 (98.09 %) |
3,020 (1.92 %) |
3,658 (98.08 %) |
102,162 (1.93 %) |
70,755 (3.25 %) |
1,162,538 (32.09 %) |
15,272 (3.87 %) |
| 176 | sandblossoms (Phelan CA IGA184 alternate hap 2022) GCA_023055565.1 |
n/a | 14,138 (0.74 %) |
125,370 (12.27 %) |
n/a | 40.18 (100.00 %) |
149 (0.00 %) |
581 (100.00 %) |
655,331 (1.73 %) |
500,899 (4.88 %) |
7,172,490 (54.24 %) |
140,800 (5.87 %) |
| 177 | sandblossoms (Phelan CA IGA184 primary hap 2022) GCA_023055425.1 |
n/a | 15,588 (0.93 %) |
117,831 (12.94 %) |
n/a | 40.08 (100.00 %) |
85 (0.00 %) |
123 (100.00 %) |
597,532 (1.81 %) |
430,194 (3.80 %) |
6,075,115 (49.91 %) |
129,512 (5.41 %) |
| 178 | scarlet sage (huo1 2021) GCF_004379255.2 |
94,251 (12.60 %) |
31,266 (3.58 %) |
108,141 (21.47 %) |
n/a | 38.83 (100.00 %) |
471 (0.00 %) |
1,162 (100.00 %) |
357,482 (2.10 %) |
419,009 (4.86 %) |
3,874,047 (41.08 %) |
105,216 (10.11 %) |
| 179 | scented satinash GCF_900635055.1 |
42,531 (12.21 %) |
15,353 (3.67 %) |
53,811 (20.61 %) |
n/a | 40.64 (89.65 %) |
11,862 (10.35 %) |
19,039 (100.00 %) |
179,421 (2.10 %) |
174,902 (3.34 %) |
1,785,894 (25.35 %) |
55,685 (7.69 %) |
| 180 | sesame GCF_000512975.1 |
38,693 (16.95 %) |
15,555 (5.41 %) |
35,316 (19.66 %) |
n/a | 35.00 (98.34 %) |
9,940 (1.66 %) |
26,176 (98.34 %) |
161,123 (2.85 %) |
79,750 (3.97 %) |
1,807,029 (31.02 %) |
9,873 (1.80 %) |
| 181 | silver malletwood (14919 2019) GCF_900635035.1 |
46,475 (12.62 %) |
17,469 (4.11 %) |
51,531 (21.75 %) |
n/a | 40.30 (93.72 %) |
7,529 (6.28 %) |
15,781 (100.00 %) |
194,855 (2.07 %) |
116,828 (2.25 %) |
1,801,472 (25.38 %) |
44,191 (5.74 %) |
| 182 | silver malletwood (NSW1041297 2021) GCF_020921035.1 |
43,419 (12.78 %) |
14,758 (4.01 %) |
41,180 (19.74 %) |
n/a | 40.38 (100.00 %) |
36 (0.00 %) |
75 (100.00 %) |
160,749 (1.91 %) |
114,741 (3.07 %) |
1,619,569 (28.25 %) |
43,290 (7.15 %) |
| 183 | silver poplar GCF_005239225.1 |
53,068 (14.65 %) |
20,299 (4.74 %) |
44,556 (16.36 %) |
n/a | 33.75 (100.00 %) |
n/a | 1,287 (100.00 %) |
309,097 (3.34 %) |
175,288 (4.77 %) |
2,457,634 (38.38 %) |
4,613 (0.67 %) |
| 184 | silverweed cinquefoil (primary hap 2022) GCF_933775445.1 |
28,735 (15.21 %) |
13,143 (5.29 %) |
32,007 (22.39 %) |
n/a | 37.81 (100.00 %) |
8 (0.00 %) |
147 (100.00 %) |
89,958 (1.86 %) |
351,649 (15.29 %) |
884,646 (35.58 %) |
14,711 (4.52 %) |
| 185 | sorghum (BTx623 2017) GCF_000003195.3 |
48,290 (8.57 %) |
17,901 (3.45 %) |
73,969 (19.64 %) |
n/a | 43.88 (95.30 %) |
3,906 (4.70 %) |
4,775 (95.30 %) |
556,607 (65.39 %) |
177,271 (4.54 %) |
2,371,199 (48.20 %) |
110,115 (18.82 %) |
| 186 | sorghum (Tx430 2018) GCA_003482435.1 |
n/a | 18,138 (3.63 %) |
75,180 (20.67 %) |
n/a | 43.67 (97.96 %) |
2,108 (2.04 %) |
308 (100.00 %) |
559,950 (63.17 %) |
156,952 (3.01 %) |
2,481,716 (46.70 %) |
109,923 (19.06 %) |
| 187 | soybean (US DOE JGI-PGF v2 2021) GCF_000004515.6 |
88,003 (9.85 %) |
27,705 (3.08 %) |
77,033 (11.88 %) |
n/a | 34.74 (97.36 %) |
8,918 (2.65 %) |
9,199 (97.35 %) |
848,398 (38.02 %) |
434,042 (5.29 %) |
5,346,884 (45.07 %) |
35,893 (1.55 %) |
| 188 | spider flower GCF_000463585.1 |
45,524 (22.00 %) |
21,103 (10.40 %) |
38,184 (27.17 %) |
n/a | 39.40 (87.71 %) |
24,824 (12.32 %) |
37,073 (87.68 %) |
144,827 (3.22 %) |
103,970 (4.10 %) |
1,118,840 (31.64 %) |
29,313 (6.47 %) |
| 189 | spinach GCF_002007265.1 |
41,494 (5.76 %) |
12,540 (1.38 %) |
68,522 (12.26 %) |
n/a | 37.82 (95.53 %) |
137,086 (4.48 %) |
78,263 (100.00 %) |
374,336 (2.48 %) |
670,331 (6.78 %) |
3,213,561 (52.82 %) |
89,520 (4.54 %) |
| 190 | spotted monkey flower GCF_000504015.1 |
34,441 (15.56 %) |
14,508 (4.41 %) |
34,904 (18.83 %) |
n/a | 35.50 (93.50 %) |
15,528 (6.52 %) |
17,740 (93.48 %) |
227,143 (4.28 %) |
204,234 (11.85 %) |
1,776,879 (40.60 %) |
21,718 (3.89 %) |
| 191 | stiff brome GCF_000005505.3 |
47,531 (20.35 %) |
15,530 (6.01 %) |
45,735 (34.29 %) |
n/a | 46.40 (99.84 %) |
27 (0.16 %) |
36 (99.84 %) |
108,976 (17.41 %) |
54,391 (1.94 %) |
1,197,052 (21.34 %) |
48,209 (34.43 %) |
| 192 | strawberry (Reikou 2013) GCA_000511835.1 |
n/a | 15,045 (1.35 %) |
164,045 (15.16 %) |
n/a | 38.82 (94.24 %) |
89,898 (5.63 %) |
714,282 (94.37 %) |
278,640 (1.91 %) |
388,660 (6.94 %) |
3,639,568 (28.92 %) |
64,180 (3.80 %) |
| 193 | sweet cherry GCF_002207925.1 |
39,968 (19.06 %) |
15,007 (5.83 %) |
38,107 (23.61 %) |
n/a | 37.72 (90.64 %) |
22,628 (9.39 %) |
10,148 (100.00 %) |
136,700 (2.47 %) |
104,376 (7.20 %) |
1,484,591 (25.20 %) |
9,956 (2.27 %) |
| 194 | sweet orange GCF_000317415.1 |
46,820 (15.94 %) |
14,390 (4.63 %) |
34,480 (18.04 %) |
n/a | 34.07 (91.90 %) |
12,539 (8.11 %) |
17,383 (91.89 %) |
185,212 (2.95 %) |
104,182 (4.92 %) |
2,119,183 (29.53 %) |
6,540 (0.93 %) |
| 195 | sweet potato (Taizhong6 2017) GCA_002525835.2 |
n/a | 23,319 (2.45 %) |
98,107 (18.19 %) |
n/a | 35.14 (88.01 %) |
171,925 (12.06 %) |
28,461 (100.00 %) |
579,745 (3.87 %) |
473,175 (3.79 %) |
4,850,126 (32.44 %) |
52,715 (3.15 %) |
| 196 | switchgrass GCF_016808335.1 |
114,876 (10.54 %) |
31,534 (3.21 %) |
152,844 (27.54 %) |
n/a | 46.79 (99.59 %) |
464 (0.41 %) |
1,091 (99.59 %) |
395,905 (1.77 %) |
323,173 (5.10 %) |
4,922,182 (39.47 %) |
213,249 (32.45 %) |
| 197 | Tartarian buckwheat (Pinku1 2017) GCA_002319775.1 |
n/a | 15,605 (2.84 %) |
50,437 (14.57 %) |
n/a | 38.53 (96.71 %) |
2,456 (3.29 %) |
7,020 (100.00 %) |
257,784 (2.74 %) |
211,756 (3.88 %) |
2,209,417 (41.80 %) |
54,125 (5.80 %) |
| 198 | thale cress (tair10.1 Columbia 2018) GCF_000001735.4 |
53,928 (40.16 %) |
26,582 (34.47 %) |
11,416 (18.70 %) |
n/a | 36.06 (99.85 %) |
357 (0.16 %) |
7 (100.00 %) |
68,517 (16.50 %) |
27,064 (2.77 %) |
749,005 (22.64 %) |
4,601 (1.63 %) |
| 199 | thunder duke vine GCF_013401445.1 |
56,436 (17.59 %) |
20,174 (5.61 %) |
42,326 (19.85 %) |
n/a | 37.58 (99.96 %) |
146 (0.04 %) |
321 (100.00 %) |
125,395 (2.23 %) |
102,179 (22.89 %) |
1,226,273 (38.50 %) |
6,893 (1.71 %) |
| 200 | tobacco N.attenuata GCF_001879085.1 |
50,668 (2.79 %) |
17,479 (0.82 %) |
117,543 (8.63 %) |
n/a | 40.23 (88.38 %) |
119,817 (11.63 %) |
37,194 (100.00 %) |
622,838 (1.51 %) |
788,520 (3.46 %) |
11,822,060 (48.66 %) |
174,838 (3.17 %) |
| 201 | tobacco N.tomentosiformis GCF_000390325.2 |
66,966 (3.67 %) |
17,141 (1.02 %) |
81,513 (6.82 %) |
n/a | 38.89 (97.29 %) |
213,074 (2.72 %) |
215,609 (97.29 %) |
486,556 (1.53 %) |
669,040 (5.52 %) |
10,446,746 (53.83 %) |
118,807 (2.33 %) |
| 202 | tomato (v3.1 Heinz 1706 2018) GCF_000188115.5 |
45,847 (6.92 %) |
15,425 (2.15 %) |
38,319 (7.54 %) |
n/a | 34.12 (90.19 %) |
19,539 (9.82 %) |
3,066 (100.00 %) |
311,852 (2.14 %) |
229,773 (3.18 %) |
5,390,626 (35.26 %) |
25,196 (1.27 %) |
| 203 | toyon (HeAr 88 alternate hap 2022) GCA_024363235.1 |
n/a | 22,795 (3.47 %) |
67,418 (16.40 %) |
n/a | 38.17 (100.00 %) |
11 (0.00 %) |
75 (100.00 %) |
347,375 (3.07 %) |
304,988 (3.96 %) |
3,119,641 (40.22 %) |
30,300 (3.29 %) |
| 204 | toyon (HeAr 88 primary hap 2022) GCA_024362995.1 |
n/a | 22,897 (3.50 %) |
67,595 (16.43 %) |
n/a | 38.12 (100.00 %) |
5 (0.00 %) |
118 (100.00 %) |
344,928 (2.90 %) |
299,566 (3.87 %) |
3,139,734 (39.86 %) |
30,533 (2.95 %) |
| 205 | tree cotton (Shixiya1 2015 BGI) GCF_000612285.1 |
53,446 (3.92 %) |
20,707 (1.29 %) |
56,318 (5.01 %) |
n/a | 35.03 (92.12 %) |
45,768 (7.88 %) |
121,185 (92.12 %) |
618,119 (2.07 %) |
589,954 (3.54 %) |
8,098,351 (55.57 %) |
28,949 (0.57 %) |
| 206 | tree cotton (Shixiya-1 2022) GCF_025698485.1 |
69,030 (4.11 %) |
20,169 (1.21 %) |
55,515 (4.75 %) |
n/a | 35.17 (100.00 %) |
225 (0.00 %) |
948 (100.00 %) |
618,195 (1.97 %) |
622,748 (3.28 %) |
8,002,633 (61.80 %) |
27,646 (0.67 %) |
| 207 | trilobed morning glory GCF_003576645.1 |
49,472 (13.00 %) |
16,803 (3.58 %) |
50,448 (18.68 %) |
n/a | 35.68 (94.76 %) |
31,256 (5.25 %) |
17 (100.00 %) |
333,211 (3.67 %) |
335,317 (10.66 %) |
2,341,085 (36.54 %) |
27,290 (3.24 %) |
| 208 | Valencia sweet orange 2022 GCF_022201045.2 |
49,094 (16.30 %) |
14,451 (4.70 %) |
33,670 (18.59 %) |
n/a | 34.22 (100.00 %) |
8 (0.00 %) |
11 (100.00 %) |
184,421 (2.80 %) |
106,732 (3.28 %) |
1,996,057 (33.86 %) |
6,824 (1.28 %) |
| 209 | valley oak (v3.2 2019) GCF_001633185.2 |
63,531 (8.16 %) |
16,883 (1.90 %) |
72,901 (14.48 %) |
n/a | 35.38 (99.77 %) |
1,673 (0.23 %) |
2,002 (100.00 %) |
800,288 (3.71 %) |
460,119 (7.41 %) |
5,438,715 (37.84 %) |
19,628 (1.10 %) |
| 210 | Van Houtte's columbine (PFEx6 2022) GCA_023053565.1 |
n/a | 13,575 (3.44 %) |
38,113 (17.59 %) |
n/a | 37.58 (100.00 %) |
62 (0.00 %) |
463 (100.00 %) |
245,892 (11.25 %) |
158,855 (13.35 %) |
1,221,056 (41.58 %) |
6,436 (2.63 %) |
| 211 | Van Houtte's columbine (alt pseudohaplotype PFEx6 2022) GCA_023053535.1 |
n/a | 13,357 (3.39 %) |
37,446 (17.24 %) |
n/a | 37.56 (100.00 %) |
63 (0.00 %) |
249 (100.00 %) |
244,573 (10.74 %) |
180,141 (13.98 %) |
1,184,686 (42.28 %) |
6,470 (2.86 %) |
| 212 | vegetable marrow (v2 mu-cu-16 2017) GCF_002806865.2 |
48,839 (21.95 %) |
19,452 (7.44 %) |
35,987 (20.77 %) |
n/a | 36.49 (94.38 %) |
49,199 (5.63 %) |
24,194 (100.00 %) |
181,473 (3.18 %) |
143,114 (7.42 %) |
1,614,901 (29.14 %) |
13,094 (2.48 %) |
| 213 | wax gourd GCF_009727055.1 |
40,406 (4.66 %) |
13,481 (1.43 %) |
43,071 (6.68 %) |
n/a | 34.85 (98.39 %) |
24,524 (1.62 %) |
1,791 (100.00 %) |
481,638 (2.55 %) |
364,998 (3.11 %) |
6,236,506 (49.68 %) |
21,741 (0.93 %) |
| 214 | white yam GCF_009730915.1 |
43,902 (7.41 %) |
13,647 (2.09 %) |
49,877 (12.79 %) |
n/a | 36.25 (99.19 %) |
4,760 (0.81 %) |
2,254 (100.00 %) |
391,299 (3.19 %) |
258,918 (3.96 %) |
3,588,023 (40.59 %) |
28,929 (2.37 %) |
| 215 | wild cabbage GCF_000695525.1 |
66,717 (15.60 %) |
31,142 (8.08 %) |
103,348 (35.10 %) |
n/a | 36.11 (91.23 %) |
52,140 (8.80 %) |
33,760 (99.98 %) |
197,515 (3.12 %) |
214,463 (4.43 %) |
2,535,207 (31.20 %) |
29,995 (2.99 %) |
| 216 | wild Colombian cocoa GCF_002168275.1 |
29,804 (16.68 %) |
13,252 (5.90 %) |
22,247 (14.89 %) |
n/a | 32.94 (94.65 %) |
119,056 (5.55 %) |
6,074 (100.00 %) |
107,979 (2.19 %) |
67,029 (6.76 %) |
1,525,353 (32.45 %) |
2,481 (0.48 %) |
| 217 | wild emmer wheat (Zavitan Atlit2015 v2.1 2019) GCF_002162155.2 |
131,285 (1.34 %) |
n/a | 567,570 (8.14 %) |
n/a | 45.99 (96.70 %) |
344,589 (3.31 %) |
148,296 (100.00 %) |
2,573,102 (1.23 %) |
2,990,888 (3.37 %) |
492,885 (96.69 %) |
2,220,880 (25.34 %) |
| 218 | wild Malaysian banana GCF_000313855.2 |
53,171 (14.87 %) |
18,878 (4.31 %) |
45,554 (18.36 %) |
n/a | 38.87 (82.70 %) |
22,178 (17.31 %) |
24,423 (82.71 %) |
214,040 (7.81 %) |
136,453 (2.42 %) |
1,656,678 (31.15 %) |
53,687 (8.28 %) |
| 219 | wild olive GCF_002742605.1 |
67,081 (6.69 %) |
19,793 (1.69 %) |
68,749 (9.17 %) |
n/a | 35.40 (90.41 %) |
47,638 (9.59 %) |
41,226 (100.00 %) |
425,922 (1.79 %) |
378,656 (18.98 %) |
5,982,070 (40.81 %) |
12,534 (0.42 %) |
| 220 | wild peanut A.duranensis (v2 V14167 2020) GCF_000817695.3 |
57,082 (6.20 %) |
17,102 (1.68 %) |
76,760 (11.48 %) |
n/a | 35.80 (88.03 %) |
135,554 (12.02 %) |
1,589 (100.00 %) |
596,136 (3.37 %) |
499,251 (3.39 %) |
5,279,103 (45.94 %) |
48,556 (1.91 %) |
| 221 | wild peanut A.ipaensis GCF_000816755.2 |
78,441 (5.58 %) |
16,952 (1.26 %) |
89,380 (9.95 %) |
n/a | 36.84 (92.91 %) |
122,617 (7.13 %) |
997 (99.67 %) |
777,978 (3.35 %) |
619,944 (3.82 %) |
5,823,472 (53.61 %) |
79,537 (2.58 %) |
| 222 | wild soybean GCF_004193775.1 |
81,537 (9.20 %) |
27,977 (2.99 %) |
78,144 (11.64 %) |
n/a | 34.88 (97.58 %) |
752 (2.42 %) |
1,120 (100.00 %) |
551,217 (2.79 %) |
450,287 (6.65 %) |
5,379,409 (46.22 %) |
37,183 (1.52 %) |
| 223 | wild strawberry (2011 refseq) GCF_000184155.1 |
36,435 (23.91 %) |
13,996 (6.63 %) |
46,505 (35.89 %) |
n/a | 38.40 (94.27 %) |
16,253 (5.76 %) |
16,460 (94.25 %) |
71,057 (1.51 %) |
74,581 (2.78 %) |
1,034,180 (21.44 %) |
14,806 (3.21 %) |
| 224 | wild tomato S.pennellii GCF_001406875.1 |
46,114 (5.99 %) |
15,458 (1.87 %) |
42,907 (7.63 %) |
n/a | 34.50 (92.34 %) |
41,684 (7.67 %) |
41,696 (92.33 %) |
363,460 (2.48 %) |
271,129 (4.15 %) |
6,330,153 (36.93 %) |
19,639 (1.20 %) |
| 225 | wine grape (PN40024 2009) GCF_000003745.3 |
46,797 (11.01 %) |
14,907 (3.07 %) |
44,949 (15.02 %) |
n/a | 34.56 (96.91 %) |
13,440 (3.10 %) |
14,644 (96.90 %) |
462,807 (35.59 %) |
222,647 (4.83 %) |
2,745,513 (34.80 %) |
11,591 (1.00 %) |
| 226 | wine grape (Chkhaveri 2017) GCA_002922885.1 |
n/a | 14,109 (3.33 %) |
40,033 (15.32 %) |
n/a | 34.56 (97.67 %) |
9,429 (2.34 %) |
21 (100.00 %) |
410,680 (35.69 %) |
189,467 (4.45 %) |
2,405,053 (34.36 %) |
10,620 (1.04 %) |
| 227 | winter cress (G-type 2016) GCA_001920985.1 |
n/a | 22,511 (18.61 %) |
30,519 (28.94 %) |
n/a | 35.60 (90.69 %) |
22,839 (9.35 %) |
30,649 (90.65 %) |
86,568 (2.39 %) |
44,616 (2.78 %) |
1,035,105 (23.86 %) |
6,701 (1.74 %) |
| 228 | winter squash GCF_002738345.1 |
49,714 (19.34 %) |
18,860 (6.74 %) |
33,884 (18.55 %) |
n/a | 36.33 (97.81 %) |
17,224 (2.20 %) |
8,299 (100.00 %) |
169,605 (3.09 %) |
134,380 (10.82 %) |
1,493,623 (35.66 %) |
12,619 (2.64 %) |
| 229 | wood tobacco GCF_000393655.1 |
58,358 (2.93 %) |
17,332 (0.82 %) |
111,663 (7.17 %) |
n/a | 39.09 (92.17 %) |
338,901 (7.84 %) |
392,998 (92.16 %) |
598,929 (1.44 %) |
776,240 (4.57 %) |
13,228,149 (49.11 %) |
100,864 (1.49 %) |
| 230 | zha cai (T84-66 inbred line 2016) GCA_001687265.1 |
n/a | 56,069 (8.51 %) |
138,660 (27.88 %) |
n/a | 36.22 (79.66 %) |
22,714 (20.35 %) |
9,746 (100.00 %) |
367,321 (2.38 %) |
303,381 (3.03 %) |
4,551,648 (26.34 %) |
50,430 (3.81 %) |
| TOTALS: | total assembly count 230 | |||||||||||
| Additional hubs with collections of assemblies | |||
|---|---|---|---|
| Collection | Hub index pages: | Assembly statistics: | Track statistics: |
| Primates | 159 assemblies | assembly stats | track stats |
| Mammals | 407 assemblies | assembly stats | track stats |
| Birds | 270 assemblies | assembly stats | track stats |
| Fishes | 270 assemblies | assembly stats | track stats |
| other vertebrates | 114 assemblies | assembly stats | track stats |
| Invertebrates | 583 assemblies | assembly stats | track stats |
| Plants | 230 assemblies | assembly stats | track stats |
| Fungi | 544 assemblies | assembly stats | track stats |
| Viruses | 259 assemblies | assembly stats | track stats |
| Bacteria | 64 assemblies | assembly stats | track stats |
| legacy/superseded | 336 assemblies | assembly stats | track stats |
| collections below are subsets of the assemblies above | |||
| VGP - Vertebrate Genome Project | 445 assemblies | assembly stats | track stats |
| CCGP - The California Conservation Genomics Project | 126 assemblies | assembly stats | track stats |
| HPRC - Human Pangenome Reference Consortium | 96 assemblies | assembly stats | track stats |