Fish Genomes assembly hubs, track statistics

Assemblies from NCBI/Genbank/Refseq sources, subset of fish only.

See also: hub accessassembly statistics


Data resource links

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The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser
ncbiRefSeq xenoRefGene augustus
genes
Ensembl
genes
gc5 base gaps assembly
sequences
Repeat
Masker
TRF
simpleRepeat
window
Masker
cpg
islands
1 allis shad
GCF_017589495.1
48,507
(8.47 %)
15,371
(2.28 %)
58,686
(5.84 %)
n/a 42.99
(99.91 %)
1,541
(0.09 %)
1,095
(100.00 %)
1,190,406
(9.30 %)
1,205,679
(11.28 %)
3,960,328
(38.81 %)
36,494
(1.83 %)
2 Amazon molly
GCF_000485575.1
56,958
(11.69 %)
15,130
(2.64 %)
48,742
(6.38 %)
31,637
(9.56 %)
39.16
(95.38 %)
36,429
(4.64 %)
31,058
(95.36 %)
414,078
(2.35 %)
188,557
(1.44 %)
5,139,633
(26.01 %)
35,229
(1.82 %)
3 American shad
GCF_018492685.1
70,400
(9.39 %)
16,145
(2.29 %)
60,087
(6.26 %)
n/a 43.18
(99.45 %)
1,639
(0.55 %)
74
(100.00 %)
1,297,174
(9.39 %)
1,245,221
(12.59 %)
3,857,267
(39.43 %)
42,699
(2.23 %)
4 annual killifish
GCF_001266775.1
38,517
(8.87 %)
14,041
(2.45 %)
46,518
(5.89 %)
n/a 39.29
(80.23 %)
1,025,519
(19.94 %)
168,368
(80.17 %)
396,703
(2.91 %)
296,826
(3.18 %)
5,039,517
(28.69 %)
26,364
(1.18 %)
5 Arctic char
GCF_002910315.2
67,209
(5.00 %)
23,995
(1.55 %)
99,789
(3.91 %)
n/a 43.16
(93.25 %)
1,718,015
(6.84 %)
16,700
(99.99 %)
1,209,252
(5.25 %)
1,666,148
(10.50 %)
10,597,529
(44.77 %)
76,282
(1.94 %)
6 Aristotle's catfish (2022 VGP)
GCA_946808225.1
n/a 15,455
(2.53 %)
40,077
(4.90 %)
n/a 38.90
(99.98 %)
795
(0.02 %)
241
(100.00 %)
n/a 669,975
(11.72 %)
4,638,765
(42.07 %)
28,277
(1.93 %)
7 Arkansas darter
GCF_013103735.1
51,282
(9.79 %)
14,588
(2.90 %)
42,306
(6.27 %)
n/a 40.52
(99.50 %)
35,052
(0.52 %)
4,664
(100.00 %)
418,294
(3.29 %)
331,380
(3.74 %)
4,153,309
(26.60 %)
15,489
(0.95 %)
8 Asian bonytongue (2019 VGP)
GCF_900964775.1
50,328
(9.13 %)
16,528
(2.72 %)
76,597
(7.29 %)
72,696
(8.52 %)
44.16
(99.99 %)
145
(0.01 %)
72
(100.00 %)
505,816
(2.98 %)
216,136
(1.69 %)
4,323,242
(26.50 %)
88,514
(10.63 %)
9 Asian bonytongue (alt pseudohaplotype VGP)
GCA_900964985.2
n/a 16,056
(2.72 %)
38,888
(6.61 %)
n/a 44.15
(100.00 %)
1
(0.00 %)
2,006
(100.00 %)
482,348
(3.03 %)
207,018
(1.68 %)
4,139,370
(26.26 %)
85,543
(10.71 %)
10 Atlantic cod (2019 VGP)
GCF_902167405.1
51,655
(11.92 %)
14,072
(2.62 %)
70,314
(9.10 %)
68,853
(9.51 %)
45.64
(96.48 %)
1,216
(3.52 %)
227
(100.00 %)
804,201
(10.41 %)
855,327
(13.06 %)
2,851,161
(33.38 %)
97,133
(7.82 %)
11 Atlantic cod (alt pseudohaplotype VGP)
GCA_902167395.1
n/a 13,366
(2.68 %)
37,289
(8.62 %)
n/a 45.55
(100.00 %)
3
(0.00 %)
3,592
(100.00 %)
696,724
(10.13 %)
749,876
(13.00 %)
2,554,769
(33.77 %)
87,167
(8.03 %)
12 Atlantic halibut (2019 refseq VGP)
GCF_009819705.1
52,130
(11.46 %)
14,961
(3.19 %)
45,365
(7.48 %)
n/a 42.21
(99.43 %)
290
(0.57 %)
57
(100.00 %)
428,321
(4.16 %)
256,153
(3.73 %)
3,725,981
(24.13 %)
31,325
(2.25 %)
13 Atlantic halibut (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_009819745.1
n/a 16,556
(3.00 %)
34,725
(7.12 %)
n/a 42.29
(100.00 %)
62
(0.00 %)
4,053
(100.00 %)
494,005
(4.23 %)
299,066
(3.87 %)
4,272,649
(24.46 %)
36,868
(2.33 %)
14 Atlantic herring (v2)
GCF_900700415.2
50,946
(10.35 %)
16,394
(2.60 %)
61,637
(7.20 %)
n/a 44.16
(99.89 %)
1,990
(0.11 %)
3,687
(99.89 %)
1,269,688
(11.71 %)
1,318,661
(13.43 %)
3,732,801
(32.49 %)
35,959
(1.97 %)
15 Atlantic horse mackerel (2021 VGP)
GCA_905171665.2
n/a 15,262
(2.42 %)
51,857
(6.86 %)
n/a 41.94
(100.00 %)
222
(0.00 %)
153
(100.00 %)
n/a 384,609
(4.72 %)
4,338,083
(32.80 %)
56,553
(3.08 %)
16 Atlantic salmon (refseq 2021)
GCF_905237065.1
112,906
(5.61 %)
28,077
(1.40 %)
115,207
(3.75 %)
n/a 43.42
(100.00 %)
211
(0.00 %)
4,222
(100.00 %)
1,300,611
(4.84 %)
2,247,891
(25.01 %)
10,731,814
(59.31 %)
77,089
(1.86 %)
17 Atlantic salmon (Sally 2015)
GCF_000233375.1
109,794
(5.45 %)
27,007
(1.35 %)
327,434
(9.03 %)
n/a 43.10
(88.27 %)
138,207
(11.73 %)
241,570
(99.97 %)
4,390,220
(48.67 %)
2,496,837
(19.18 %)
10,390,780
(51.80 %)
79,791
(1.60 %)
18 Atlantic turbot (AOZZmale01 2020)
GCF_013347765.1
60,214
(14.44 %)
14,860
(3.40 %)
50,921
(8.07 %)
n/a 43.38
(100.00 %)
51
(0.00 %)
127
(100.00 %)
449,865
(5.00 %)
299,255
(7.03 %)
3,274,219
(25.77 %)
67,338
(7.00 %)
19 ballan wrasse
GCF_900080235.1
42,362
(9.30 %)
16,142
(2.44 %)
53,087
(5.90 %)
40,572
(8.04 %)
40.89
(99.98 %)
257
(0.02 %)
13,466
(100.00 %)
507,153
(3.90 %)
321,407
(5.60 %)
4,329,412
(30.36 %)
21,221
(1.07 %)
20 banded archerfish
GCF_017976425.1
42,399
(11.11 %)
15,310
(3.17 %)
41,147
(7.01 %)
n/a 41.11
(99.82 %)
98
(0.18 %)
96
(100.00 %)
463,524
(3.35 %)
271,913
(9.55 %)
3,355,326
(28.08 %)
15,089
(0.96 %)
21 barbel (2022 VGP)
GCA_936440315.1
n/a 32,462
(3.30 %)
85,063
(5.65 %)
n/a 37.89
(100.00 %)
108
(0.00 %)
92
(100.00 %)
n/a 646,636
(4.57 %)
8,240,279
(42.13 %)
71,384
(3.04 %)
22 barramundi perch
GCF_001640805.1
50,205
(13.10 %)
16,168
(3.05 %)
44,567
(6.62 %)
59,868
(9.06 %)
40.75
(100.00 %)
110
(0.00 %)
3,808
(100.00 %)
466,974
(3.10 %)
237,955
(4.36 %)
4,027,027
(23.91 %)
16,276
(1.04 %)
23 bicolor damselfish
GCF_000690725.1
32,951
(8.67 %)
15,200
(2.55 %)
50,756
(6.03 %)
31,970
(7.55 %)
41.66
(93.68 %)
44,409
(6.34 %)
42,059
(93.66 %)
454,833
(3.02 %)
180,113
(1.20 %)
5,016,154
(23.41 %)
46,423
(2.30 %)
24 black rockcod
GCF_000735185.1
35,189
(8.55 %)
12,614
(2.15 %)
56,067
(6.01 %)
n/a 40.62
(97.93 %)
59,164
(2.09 %)
72,571
(97.92 %)
317,142
(3.01 %)
238,334
(3.18 %)
3,425,479
(29.48 %)
31,009
(2.11 %)
25 blue tilapia (BGI-SZ)
GCF_005870065.1
36,881
(7.40 %)
15,418
(2.38 %)
50,011
(5.76 %)
60,785
(6.30 %)
40.42
(89.87 %)
53,539
(10.15 %)
12,952
(100.00 %)
897,490
(16.39 %)
195,137
(1.62 %)
5,293,484
(23.10 %)
21,237
(1.00 %)
26 blue tilapia (Guangdong)
GCF_013358895.1
57,860
(9.04 %)
15,494
(1.98 %)
57,878
(5.63 %)
n/a 40.66
(99.97 %)
723
(0.03 %)
304
(100.00 %)
1,055,724
(20.14 %)
324,841
(3.27 %)
5,000,753
(32.08 %)
32,357
(1.59 %)
27 blunt-snouted clingfish (2019 refseq VGP)
GCF_900634775.1
47,312
(7.12 %)
14,502
(1.97 %)
51,211
(5.47 %)
60,993
(6.13 %)
38.27
(98.47 %)
1,160
(1.53 %)
441
(100.00 %)
739,980
(4.26 %)
471,620
(4.92 %)
5,974,002
(42.88 %)
29,050
(1.48 %)
28 blunt-snouted clingfish (alt pseudohaplotype VGP)
GCA_900650505.1
n/a 12,498
(1.92 %)
29,443
(5.22 %)
n/a 38.20
(100.00 %)
1
(0.00 %)
7,675
(100.00 %)
608,171
(4.23 %)
390,755
(4.71 %)
4,977,071
(42.41 %)
23,532
(1.46 %)
29 Boeseman's rainbowfish
GCF_017639745.1
51,238
(8.77 %)
15,174
(2.24 %)
51,552
(6.21 %)
n/a 39.65
(99.63 %)
440
(0.37 %)
93
(100.00 %)
542,278
(3.15 %)
303,669
(4.77 %)
5,189,645
(29.11 %)
18,525
(1.10 %)
30 bonti-bonti (T.bonti 2022 VGP)
GCA_933228915.1
n/a 14,929
(1.93 %)
55,343
(5.90 %)
n/a 41.66
(99.97 %)
1,329
(0.03 %)
146
(100.00 %)
n/a 443,155
(22.40 %)
4,319,947
(40.01 %)
34,018
(4.16 %)
31 bony fishes
GCF_009829125.1
29,517
(6.48 %)
14,243
(2.37 %)
44,144
(5.80 %)
n/a 40.22
(99.05 %)
700
(0.95 %)
124
(100.00 %)
423,274
(4.48 %)
551,472
(7.22 %)
4,887,142
(38.97 %)
37,287
(2.58 %)
32 brown-marbled grouper (2020)
GCF_011397635.1
49,205
(8.52 %)
15,634
(1.92 %)
53,710
(4.99 %)
n/a 41.33
(100.00 %)
205
(0.00 %)
26
(100.00 %)
632,147
(3.01 %)
371,482
(3.01 %)
6,438,110
(31.32 %)
26,136
(0.96 %)
33 Burton's mouthbrooder (Broad 2011)
GCF_000239415.1
47,805
(10.97 %)
14,986
(2.72 %)
43,922
(5.97 %)
36,423
(9.60 %)
40.51
(84.10 %)
61,073
(15.93 %)
69,067
(84.07 %)
736,179
(15.19 %)
125,534
(0.72 %)
4,461,288
(20.25 %)
17,722
(0.91 %)
34 Burton's mouthbrooder (NCSU 2021)
GCF_018398535.1
52,584
(12.38 %)
15,229
(2.54 %)
47,264
(5.92 %)
n/a 40.68
(89.05 %)
32,418
(10.97 %)
7,421
(100.00 %)
812,382
(17.52 %)
158,486
(1.12 %)
4,571,794
(23.61 %)
22,763
(1.21 %)
35 butterfish
GCF_020382885.2
52,828
(14.10 %)
15,261
(3.43 %)
40,580
(7.38 %)
n/a 41.49
(99.70 %)
77
(0.30 %)
48
(100.00 %)
413,775
(3.11 %)
160,299
(1.55 %)
3,420,994
(21.24 %)
15,574
(1.13 %)
36 channel catfish (USDA103 v2 2019)
GCF_001660625.2
57,087
(10.27 %)
16,253
(2.68 %)
44,936
(5.15 %)
n/a 39.70
(98.57 %)
25,285
(1.44 %)
34,545
(98.61 %)
900,327
(5.55 %)
614,695
(4.28 %)
5,348,266
(33.81 %)
32,840
(1.87 %)
37 channel bull blenny (2019 refseq VGP)
GCF_900634415.1
40,788
(11.04 %)
14,477
(3.02 %)
42,362
(6.73 %)
60,811
(10.44 %)
40.96
(99.58 %)
445
(0.42 %)
322
(100.00 %)
427,781
(5.47 %)
320,518
(6.91 %)
3,394,846
(28.67 %)
20,453
(1.39 %)
38 channel bull blenny (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_900634435.1
n/a 15,971
(2.79 %)
36,711
(6.53 %)
n/a 40.96
(100.00 %)
10
(0.00 %)
11,565
(100.00 %)
451,653
(4.76 %)
321,158
(5.51 %)
3,800,099
(26.83 %)
20,338
(1.21 %)
39 chichlid (S. diagramma)
GCF_900408965.1
61,496
(12.33 %)
15,296
(2.30 %)
50,818
(6.10 %)
n/a 40.92
(100.00 %)
942
(0.00 %)
823
(100.00 %)
920,881
(19.96 %)
193,629
(1.36 %)
4,724,179
(28.98 %)
28,565
(1.65 %)
40 Chinese large-mouth catfish (SWU-2019-XX 2020)
GCF_014805685.1
49,677
(9.64 %)
15,266
(2.70 %)
40,151
(5.21 %)
n/a 38.75
(99.82 %)
597
(0.18 %)
286
(100.00 %)
772,209
(6.45 %)
630,039
(7.45 %)
4,729,261
(37.48 %)
24,310
(1.76 %)
41 Chinook salmon (v1 2018 female)
GCF_002872995.1
81,340
(5.14 %)
27,479
(1.53 %)
119,358
(4.10 %)
113,653
(4.61 %)
43.55
(97.26 %)
272,151
(2.76 %)
15,944
(99.99 %)
1,490,923
(5.86 %)
2,524,408
(13.75 %)
12,127,831
(47.56 %)
87,959
(2.02 %)
42 Chinook salmon (v2 2021 male)
GCF_018296145.1
92,383
(5.73 %)
26,372
(1.57 %)
107,059
(4.12 %)
n/a 43.55
(99.99 %)
2,334
(0.01 %)
9,978
(99.99 %)
1,483,168
(7.79 %)
2,306,695
(23.48 %)
10,038,888
(54.54 %)
62,726
(1.40 %)
43 chum salmon
GCF_012931545.1
76,338
(6.27 %)
23,186
(1.70 %)
90,881
(4.14 %)
n/a 43.06
(95.36 %)
242,238
(4.66 %)
28,109
(99.98 %)
1,143,292
(6.07 %)
1,487,818
(12.14 %)
8,992,314
(46.24 %)
51,797
(1.25 %)
44 climbing perch (v1.2 2018 refseq VGP)
GCF_900324465.2
42,759
(13.53 %)
15,243
(3.53 %)
22,714
(7.45 %)
64,006
(10.45 %)
40.40
(99.35 %)
266
(0.65 %)
51
(100.00 %)
325,346
(2.66 %)
130,249
(1.89 %)
3,325,009
(21.31 %)
10,500
(0.87 %)
45 climbing perch (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_900650485.1
n/a 14,954
(3.50 %)
24,316
(7.31 %)
n/a 40.40
(99.61 %)
36
(0.39 %)
2,641
(100.00 %)
307,990
(2.63 %)
121,935
(1.79 %)
3,190,928
(20.98 %)
10,131
(0.86 %)
46 clown anemonefish
GCF_002776465.1
41,819
(7.91 %)
15,688
(2.23 %)
50,500
(5.47 %)
33,631
(6.82 %)
39.47
(99.94 %)
1,406
(0.06 %)
6,405
(100.00 %)
433,963
(2.90 %)
381,394
(4.84 %)
4,952,343
(31.95 %)
23,542
(1.13 %)
47 coho salmon
GCF_002021735.2
100,863
(6.58 %)
27,090
(1.56 %)
111,323
(4.23 %)
126,176
(5.26 %)
43.55
(99.98 %)
5,631
(0.02 %)
4,482
(100.00 %)
1,566,881
(6.79 %)
2,135,217
(25.52 %)
10,152,659
(54.74 %)
65,662
(1.36 %)
48 common carp SPL01 (2021)
GCF_018340385.1
91,210
(7.89 %)
31,041
(2.89 %)
89,244
(5.01 %)
n/a 37.11
(99.53 %)
26,351
(0.48 %)
6,701
(100.00 %)
1,634,612
(6.00 %)
919,239
(3.97 %)
10,192,037
(38.56 %)
52,638
(1.62 %)
49 convict blenny (chichlid 2021 VGP)
GCA_020510985.1
n/a n/a 134,417
(1.50 %)
n/a 44.52
(99.13 %)
2,580
(0.87 %)
512
(100.00 %)
n/a 2,097,650
(2.66 %)
3,092
(99.13 %)
568,042
(10.14 %)
50 copperband butterflyfish
GCF_017976325.1
35,291
(10.46 %)
15,210
(3.03 %)
44,916
(6.99 %)
n/a 42.57
(100.00 %)
60
(0.00 %)
29
(100.00 %)
406,118
(2.95 %)
199,450
(2.10 %)
3,861,745
(21.57 %)
29,106
(1.85 %)
51 cunner (2021 VGP)
GCA_020745685.1
n/a 15,178
(2.69 %)
43,564
(6.38 %)
n/a 41.31
(99.41 %)
283
(0.59 %)
64
(100.00 %)
n/a 243,024
(4.81 %)
4,334,690
(27.65 %)
17,974
(1.06 %)
52 dark-edged splitfin
GCF_021462225.1
56,220
(7.59 %)
15,422
(1.71 %)
50,084
(4.18 %)
n/a 40.18
(99.46 %)
409
(0.54 %)
72
(100.00 %)
369,606
(1.86 %)
176,954
(1.87 %)
6,142,638
(38.35 %)
32,973
(1.28 %)
53 delta smelt
GCF_021917145.1
41,807
(14.97 %)
14,549
(4.09 %)
44,849
(9.74 %)
n/a 44.99
(99.92 %)
1,474
(0.08 %)
376
(100.00 %)
387,882
(5.57 %)
383,522
(9.22 %)
1,814,696
(32.48 %)
28,299
(3.33 %)
54 denticle herring (2019 VGP)
GCF_900700375.1
59,645
(12.74 %)
16,567
(3.77 %)
58,823
(8.66 %)
72,751
(10.66 %)
43.69
(99.18 %)
464
(0.82 %)
460
(100.00 %)
408,046
(3.23 %)
224,282
(4.61 %)
2,948,671
(28.79 %)
64,661
(9.49 %)
55 denticle herring (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_900700345.2
n/a 14,126
(3.94 %)
32,057
(8.36 %)
n/a 43.51
(100.00 %)
4
(0.00 %)
1,972
(100.00 %)
312,657
(2.77 %)
160,575
(2.83 %)
2,525,528
(27.70 %)
50,830
(8.72 %)
56 eastern happy
GCF_900246225.1
57,628
(9.59 %)
15,359
(2.22 %)
52,466
(6.26 %)
42,580
(8.31 %)
41.07
(99.87 %)
490
(0.13 %)
364
(100.00 %)
960,962
(21.85 %)
217,915
(1.89 %)
4,547,443
(30.78 %)
33,005
(1.88 %)
57 electric eel (MRS-EE1 2018 U Wisconsin)
GCF_003665695.1
40,618
(11.48 %)
15,847
(3.84 %)
47,961
(7.39 %)
51,559
(8.50 %)
42.56
(96.95 %)
119,361
(3.09 %)
8,786
(100.00 %)
524,467
(5.37 %)
516,718
(6.65 %)
3,020,801
(21.49 %)
41,947
(3.71 %)
58 electric eel (2020 VGP)
GCF_013358815.1
48,958
(12.10 %)
15,950
(3.66 %)
48,976
(7.25 %)
n/a 42.49
(98.20 %)
227
(1.80 %)
89
(100.00 %)
567,625
(7.41 %)
564,286
(10.86 %)
2,935,360
(24.79 %)
44,501
(3.93 %)
59 elephant fish B.brachyistius (T26 2022)
GCF_023856365.1
82,153
(9.98 %)
16,513
(2.13 %)
79,047
(6.37 %)
n/a 44.15
(99.99 %)
234
(0.01 %)
1,425
(100.00 %)
923,543
(11.79 %)
425,650
(9.45 %)
3,525,237
(34.97 %)
91,552
(5.39 %)
60 emerald rockcod
GCF_902827165.1
44,179
(8.48 %)
15,275
(2.20 %)
57,830
(6.43 %)
n/a 40.94
(99.99 %)
932
(0.01 %)
864
(100.00 %)
460,185
(3.64 %)
399,729
(6.87 %)
3,533,188
(40.09 %)
52,191
(2.51 %)
61 European perch
GCF_010015445.1
55,605
(8.20 %)
15,430
(2.07 %)
55,499
(5.43 %)
n/a 40.90
(99.97 %)
801
(0.03 %)
303
(100.00 %)
684,094
(5.16 %)
634,788
(7.48 %)
5,182,241
(37.07 %)
44,049
(1.94 %)
62 fathead minnow
GCF_016745375.1
57,312
(8.34 %)
18,039
(3.02 %)
52,431
(6.01 %)
n/a 38.45
(86.78 %)
5,594
(13.23 %)
911
(100.00 %)
657,027
(4.09 %)
444,571
(6.23 %)
4,902,960
(35.69 %)
49,361
(2.78 %)
63 flathead mullet
GCF_022458985.1
48,689
(12.71 %)
14,908
(3.00 %)
45,084
(6.96 %)
n/a 41.90
(99.97 %)
445
(0.04 %)
24
(100.00 %)
469,841
(3.23 %)
207,738
(2.31 %)
3,955,233
(24.74 %)
45,885
(3.03 %)
64 flier cichlid (MPI-CPG 2019 refseq VGP)
GCF_007364275.1
43,842
(8.12 %)
15,440
(2.15 %)
51,452
(5.98 %)
n/a 41.23
(98.19 %)
744
(1.81 %)
188
(100.00 %)
1,049,840
(17.13 %)
287,035
(2.21 %)
5,305,890
(30.67 %)
24,130
(1.26 %)
65 flier cichlid (alt pseudohaplotype MPI-CPG 2019 VGP)
GCA_007364235.1
n/a 17,508
(2.06 %)
36,756
(5.66 %)
n/a 41.17
(99.98 %)
13
(0.02 %)
9,305
(99.98 %)
1,140,983
(16.60 %)
316,083
(2.17 %)
6,036,560
(30.48 %)
26,445
(1.22 %)
66 freshwater garfish (fXenCan1 2020 VGP)
GCA_014839995.1
n/a 14,625
(2.57 %)
52,879
(6.72 %)
n/a 41.41
(98.98 %)
1,373
(1.02 %)
410
(100.00 %)
n/a 318,631
(5.94 %)
3,977,536
(27.41 %)
32,390
(2.33 %)
67 giant grouper
GCF_005281545.1
45,328
(7.65 %)
15,661
(1.91 %)
53,910
(4.91 %)
n/a 41.26
(96.40 %)
23,415
(3.61 %)
4,201
(100.00 %)
604,763
(2.71 %)
357,944
(2.52 %)
6,501,327
(30.28 %)
26,431
(0.91 %)
68 gilthead seabream (2019 VGP)
GCF_900880675.1
59,040
(10.97 %)
15,415
(2.36 %)
56,395
(6.58 %)
73,317
(7.97 %)
41.94
(99.96 %)
1,050
(0.04 %)
176
(100.00 %)
533,781
(3.04 %)
305,809
(3.03 %)
4,701,694
(25.69 %)
47,327
(2.41 %)
69 gilthead seabream (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_900880695.1
n/a 13,105
(2.37 %)
31,089
(6.36 %)
n/a 41.97
(100.00 %)
2
(0.00 %)
7,241
(100.00 %)
422,755
(2.89 %)
231,452
(2.54 %)
3,818,141
(24.36 %)
38,368
(2.40 %)
70 golden-line barbel
GCF_001515645.1
74,084
(6.71 %)
29,507
(2.77 %)
87,748
(5.07 %)
112,633
(6.58 %)
37.54
(89.58 %)
136,894
(10.45 %)
168,074
(89.55 %)
1,228,127
(5.00 %)
718,426
(6.54 %)
9,092,306
(37.16 %)
70,606
(1.91 %)
71 goldfish
GCF_003368295.1
116,758
(8.75 %)
35,107
(2.94 %)
100,219
(5.57 %)
144,639
(7.36 %)
37.48
(99.99 %)
2,247
(0.01 %)
8,463
(99.99 %)
1,713,126
(5.42 %)
916,195
(5.01 %)
9,731,118
(40.19 %)
66,585
(2.06 %)
72 great blue-spotted mudskipper
GCF_000788275.1
25,835
(5.19 %)
14,226
(1.96 %)
43,856
(4.62 %)
n/a 39.49
(93.15 %)
92,327
(6.89 %)
108,947
(93.11 %)
577,238
(5.21 %)
742,395
(8.07 %)
5,901,720
(42.46 %)
44,972
(1.97 %)
73 greater amberjack
GCF_002260705.1
33,769
(9.11 %)
15,348
(2.93 %)
42,609
(6.43 %)
33,754
(9.09 %)
40.86
(99.17 %)
9,742
(0.82 %)
34,656
(100.00 %)
575,505
(4.02 %)
368,800
(3.72 %)
4,449,534
(24.71 %)
15,850
(0.98 %)
74 greater pipefish (v1.2 2020 VGP)
GCF_901709675.1
47,335
(18.32 %)
13,477
(5.26 %)
42,380
(12.01 %)
n/a 43.46
(100.00 %)
43
(0.00 %)
87
(100.00 %)
193,407
(3.05 %)
125,716
(4.25 %)
1,676,004
(25.93 %)
46,327
(10.97 %)
75 greater pipefish (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_901709685.1
n/a 10,807
(5.59 %)
23,520
(12.24 %)
n/a 43.29
(100.00 %)
2
(0.00 %)
1,848
(100.00 %)
140,373
(2.96 %)
81,000
(3.32 %)
1,318,564
(23.30 %)
34,098
(12.19 %)
76 green swordtail
GCF_003331165.1
52,602
(11.81 %)
14,955
(2.58 %)
47,115
(6.33 %)
n/a 39.09
(99.71 %)
661
(0.29 %)
272
(100.00 %)
328,469
(2.10 %)
162,178
(2.35 %)
4,801,050
(28.86 %)
37,217
(2.39 %)
77 Gulf pipefish (Florida 2022)
GCF_024217435.1
58,587
(18.27 %)
13,442
(4.00 %)
41,565
(8.87 %)
n/a 44.92
(100.00 %)
11
(0.00 %)
496
(100.00 %)
253,033
(3.86 %)
180,311
(16.78 %)
1,339,521
(43.63 %)
51,080
(18.49 %)
78 guppy
GCF_000633615.1
48,303
(11.25 %)
14,443
(2.72 %)
44,760
(6.24 %)
34,730
(7.44 %)
39.33
(90.86 %)
458,354
(9.22 %)
40,143
(90.84 %)
340,847
(2.42 %)
167,943
(1.50 %)
4,695,380
(25.63 %)
35,188
(1.91 %)
79 honeycomb rockfish
GCF_015220745.1
57,752
(9.94 %)
15,244
(2.44 %)
47,034
(5.98 %)
n/a 40.77
(99.83 %)
215
(0.17 %)
138
(100.00 %)
524,161
(3.79 %)
422,265
(6.20 %)
4,827,148
(36.22 %)
37,878
(1.84 %)
80 horned golden-line barbel
GCF_001515625.1
74,598
(6.94 %)
30,809
(3.11 %)
89,934
(5.34 %)
102,760
(5.91 %)
37.18
(91.91 %)
150,790
(8.11 %)
314,962
(91.89 %)
1,259,103
(4.89 %)
708,550
(4.77 %)
9,080,512
(35.95 %)
63,217
(1.71 %)
81 humphead wrasse
GCF_018320785.1
42,229
(6.60 %)
15,287
(1.66 %)
47,025
(4.13 %)
n/a 39.53
(100.00 %)
284
(0.00 %)
46
(100.00 %)
447,458
(2.27 %)
310,170
(4.65 %)
8,002,463
(32.97 %)
12,252
(0.38 %)
82 Indian medaka
GCF_002922805.2
49,295
(10.27 %)
14,591
(2.49 %)
52,982
(6.37 %)
n/a 39.04
(94.83 %)
51,550
(5.20 %)
8,493
(100.00 %)
319,151
(2.20 %)
208,690
(2.67 %)
5,412,546
(33.29 %)
40,721
(2.36 %)
83 Indian glassy fish (2019 VGP)
GCF_900634625.1
44,096
(12.32 %)
15,354
(3.60 %)
44,099
(8.47 %)
60,337
(10.41 %)
42.38
(98.08 %)
1,523
(1.92 %)
156
(100.00 %)
349,914
(3.01 %)
163,522
(3.00 %)
2,755,229
(25.07 %)
17,929
(1.44 %)
84 Indian glassy fish (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_900651595.1
n/a 14,424
(3.70 %)
23,986
(8.00 %)
n/a 42.27
(99.58 %)
230
(0.42 %)
2,242
(100.00 %)
304,771
(2.86 %)
140,555
(2.80 %)
2,689,154
(24.08 %)
15,419
(1.38 %)
85 Indo-Pacific tarpon (2020 VGP)
GCF_013368585.1
41,583
(6.91 %)
18,302
(2.47 %)
29,762
(5.45 %)
n/a 43.02
(99.97 %)
63
(0.03 %)
207
(100.00 %)
603,558
(3.71 %)
433,446
(4.32 %)
5,341,985
(22.07 %)
78,561
(3.69 %)
86 Japanese flounder
GCF_001970005.1
37,851
(12.25 %)
14,521
(3.39 %)
45,927
(7.71 %)
n/a 41.64
(81.04 %)
40,314
(18.97 %)
9,525
(100.00 %)
332,732
(2.83 %)
164,916
(1.16 %)
3,476,344
(17.36 %)
21,768
(1.42 %)
87 Japanese medaka
GCF_002234675.1
50,539
(10.32 %)
14,342
(2.50 %)
53,130
(7.02 %)
38,211
(9.39 %)
40.84
(99.93 %)
491
(0.07 %)
25
(100.00 %)
462,541
(9.51 %)
163,041
(3.07 %)
4,631,750
(34.91 %)
41,215
(2.89 %)
88 jewelled blenny (2019 VGP)
GCF_902148845.1
42,890
(8.61 %)
15,200
(2.40 %)
86,752
(9.03 %)
58,518
(6.97 %)
44.34
(98.69 %)
602
(1.31 %)
203
(100.00 %)
671,028
(4.21 %)
442,004
(5.09 %)
4,388,570
(26.54 %)
121,462
(9.27 %)
89 jewelled blenny (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_902148835.1
n/a 15,955
(2.17 %)
48,017
(7.54 %)
n/a 44.49
(99.63 %)
9
(0.37 %)
4,516
(100.00 %)
744,225
(4.25 %)
519,896
(5.73 %)
4,677,160
(28.52 %)
138,484
(9.55 %)
90 kelp grouper (mb 2019)
GCF_006386435.1
45,779
(8.57 %)
15,561
(1.99 %)
53,188
(5.12 %)
n/a 41.32
(97.02 %)
48,394
(2.99 %)
4,563
(100.00 %)
574,889
(2.73 %)
367,135
(2.64 %)
6,420,280
(29.10 %)
28,979
(1.07 %)
91 lake trout
GCF_016432855.1
65,012
(4.57 %)
26,528
(1.53 %)
112,119
(4.47 %)
n/a 43.50
(99.99 %)
3,264
(0.01 %)
4,121
(100.00 %)
1,387,896
(5.81 %)
1,797,785
(19.28 %)
9,643,314
(54.44 %)
85,419
(2.52 %)
92 lake whitefish (EN20210322 male 2021 Laval U)
GCF_018398675.1
78,867
(4.31 %)
27,579
(1.38 %)
113,850
(3.63 %)
n/a 44.18
(100.00 %)
1,716
(0.00 %)
6,355
(100.00 %)
1,729,029
(6.03 %)
1,781,307
(15.24 %)
9,311,548
(61.16 %)
126,142
(4.04 %)
93 lake whitefish (EN_2021a female 2021 Laval U)
GCF_020615455.1
87,246
(4.53 %)
28,366
(1.38 %)
117,266
(3.71 %)
n/a 44.12
(100.00 %)
1,159
(0.00 %)
7,334
(100.00 %)
1,768,537
(6.02 %)
1,793,716
(15.51 %)
9,525,312
(61.13 %)
126,485
(3.95 %)
94 large yellow croaker
GCF_000972845.2
49,927
(11.76 %)
15,381
(3.00 %)
46,620
(6.99 %)
66,805
(9.15 %)
41.34
(99.67 %)
7,424
(0.33 %)
9,998
(100.00 %)
481,459
(3.50 %)
306,063
(3.37 %)
4,199,578
(24.80 %)
28,138
(2.09 %)
95 largemouth bass
GCF_014851395.1
55,170
(9.49 %)
16,635
(2.18 %)
56,707
(5.52 %)
n/a 40.86
(99.85 %)
2,909
(0.15 %)
4,753
(100.00 %)
497,281
(2.60 %)
269,495
(3.70 %)
5,496,732
(29.60 %)
28,733
(1.66 %)
96 largescale foureyes (2020 VGP)
GCA_014839685.1
n/a 14,774
(2.18 %)
42,858
(4.83 %)
n/a 38.54
(99.96 %)
107
(0.04 %)
33
(100.00 %)
n/a 305,170
(2.13 %)
6,194,879
(29.85 %)
17,881
(0.94 %)
97 leopard coralgrouper
GCF_008729295.1
38,671
(7.52 %)
15,538
(2.18 %)
57,480
(5.26 %)
n/a 39.54
(98.22 %)
3,611
(1.77 %)
94,260
(100.00 %)
629,451
(3.42 %)
385,539
(3.83 %)
6,343,655
(29.35 %)
27,018
(1.26 %)
98 live sharksucker (2019 VGP)
GCF_900963305.1
40,268
(11.91 %)
14,989
(3.53 %)
40,908
(7.56 %)
56,376
(9.51 %)
41.43
(99.89 %)
140
(0.11 %)
38
(100.00 %)
449,887
(3.55 %)
146,353
(1.65 %)
3,204,476
(21.79 %)
16,807
(1.33 %)
99 live sharksucker (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_900963505.1
n/a 14,633
(3.50 %)
23,105
(7.10 %)
n/a 41.42
(99.96 %)
19
(0.04 %)
1,405
(100.00 %)
435,739
(3.57 %)
139,003
(1.51 %)
3,161,165
(22.06 %)
16,302
(1.34 %)
100 longspined bullhead (2021 VGP)
GCA_910589615.1
n/a 15,027
(3.10 %)
51,137
(7.71 %)
n/a 42.22
(99.99 %)
242
(0.01 %)
27
(100.00 %)
n/a 417,308
(9.63 %)
3,262,282
(28.51 %)
55,527
(4.38 %)
101 lumpfish (2019 refseq VGP)
GCF_009769545.1
41,612
(11.11 %)
14,752
(3.31 %)
49,223
(8.10 %)
52,794
(8.34 %)
42.83
(98.22 %)
347
(1.78 %)
48
(100.00 %)
478,386
(6.02 %)
421,632
(11.07 %)
2,928,619
(27.99 %)
53,321
(5.09 %)
102 lumpfish (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_009769515.1
n/a 12,850
(3.32 %)
28,938
(7.88 %)
n/a 42.84
(100.00 %)
n/a 1,866
(100.00 %)
407,695
(6.03 %)
360,501
(11.29 %)
2,456,041
(28.07 %)
45,916
(5.21 %)
103 lyretail cichlid
GCF_000239395.1
32,904
(9.12 %)
14,806
(2.69 %)
43,568
(5.91 %)
32,961
(6.26 %)
40.44
(80.94 %)
109,100
(19.10 %)
118,181
(80.90 %)
719,439
(14.48 %)
119,381
(1.10 %)
4,539,429
(19.49 %)
18,098
(0.91 %)
104 mandarin fish
GCF_020085105.1
64,831
(12.89 %)
15,283
(2.75 %)
43,349
(6.02 %)
n/a 40.35
(100.00 %)
93
(0.00 %)
65
(100.00 %)
441,324
(3.38 %)
206,420
(2.54 %)
4,582,841
(27.41 %)
15,999
(1.17 %)
105 mangrove rivulus
GCF_001649575.2
46,200
(11.83 %)
14,522
(2.87 %)
46,641
(6.86 %)
n/a 40.03
(94.31 %)
32,278
(5.70 %)
300
(100.00 %)
345,678
(2.32 %)
146,263
(1.33 %)
4,718,292
(27.30 %)
39,541
(2.69 %)
106 Mexican tetra (2017 WashU)
GCF_000372685.2
47,018
(6.00 %)
16,523
(1.68 %)
54,451
(4.05 %)
41,410
(5.66 %)
38.00
(96.73 %)
621
(3.27 %)
2,415
(100.00 %)
1,136,494
(6.77 %)
1,113,607
(11.76 %)
8,546,053
(42.44 %)
44,933
(1.77 %)
107 Mexican tetra (Pach_M1 Pachon cave 2021)
GCA_019721115.1
n/a 16,698
(1.62 %)
62,818
(5.14 %)
n/a 38.41
(99.99 %)
334
(0.01 %)
195
(100.00 %)
1,194,830
(5.04 %)
1,460,981
(11.81 %)
7,590,179
(47.66 %)
50,533
(2.46 %)
108 Mexican tetra (ESR-SI-001 2022)
GCF_023375975.1
71,254
(7.50 %)
16,674
(1.63 %)
52,903
(4.12 %)
n/a 38.24
(100.00 %)
14
(0.00 %)
109
(100.00 %)
1,155,823
(4.90 %)
1,363,316
(12.23 %)
7,667,721
(47.23 %)
48,358
(1.88 %)
109 milkfish (2019 VGP)
GCF_902362185.1
30,825
(7.61 %)
16,880
(3.41 %)
42,123
(6.75 %)
n/a 41.53
(99.36 %)
112
(0.64 %)
31
(100.00 %)
969,140
(8.12 %)
731,733
(9.10 %)
3,702,024
(26.31 %)
22,089
(1.27 %)
110 milkfish (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_902362175.1
n/a 16,569
(3.37 %)
22,769
(6.61 %)
n/a 41.51
(100.00 %)
3
(0.00 %)
1,937
(100.00 %)
930,389
(8.11 %)
708,375
(9.04 %)
3,612,575
(26.46 %)
21,531
(1.27 %)
111 Monterrey platyfish
GCF_001444195.1
53,100
(12.11 %)
14,683
(2.71 %)
44,219
(6.38 %)
n/a 39.02
(99.85 %)
229
(0.15 %)
68
(100.00 %)
306,640
(2.08 %)
134,157
(2.14 %)
4,687,726
(28.26 %)
33,082
(2.28 %)
112 mudskipper P.magnuspinnatus (2020 VGP)
GCA_009829125.1
n/a 14,249
(2.37 %)
25,908
(5.85 %)
n/a 40.22
(99.05 %)
700
(0.95 %)
124
(100.00 %)
423,335
(4.48 %)
551,472
(7.22 %)
4,887,148
(38.97 %)
37,287
(2.58 %)
113 mudskipper P.magnuspinnatus (alt pseudohaplotype 2020 VGP)
GCA_009829135.1
n/a 13,492
(2.34 %)
26,853
(5.82 %)
n/a 40.16
(100.00 %)
1
(0.00 %)
2,799
(100.00 %)
394,411
(4.41 %)
509,973
(7.17 %)
4,581,968
(38.91 %)
34,522
(2.54 %)
114 mummichog (Maine)
GCF_000826765.1
41,183
(7.38 %)
14,602
(1.92 %)
57,194
(5.03 %)
35,597
(6.40 %)
40.58
(91.29 %)
123,625
(8.75 %)
120,723
(91.25 %)
447,158
(2.19 %)
235,336
(1.39 %)
6,518,990
(26.03 %)
54,589
(2.39 %)
115 mummichog (U. Missouri)
GCF_011125445.2
56,612
(6.89 %)
15,361
(1.60 %)
69,801
(5.20 %)
n/a 40.76
(99.88 %)
2,820
(0.12 %)
1,031
(100.00 %)
636,480
(2.75 %)
392,130
(3.32 %)
7,023,777
(32.98 %)
81,101
(3.45 %)
116 New Zealand spotty (2019 VGP)
GCA_009762535.1
n/a 14,621
(2.22 %)
23,355
(5.18 %)
n/a 40.86
(98.32 %)
1,135
(1.69 %)
468
(100.00 %)
519,321
(4.65 %)
393,329
(5.54 %)
4,522,265
(33.34 %)
18,302
(0.85 %)
117 New Zealand spotty (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_009762545.1
n/a 13,586
(2.17 %)
24,175
(5.10 %)
n/a 40.81
(100.00 %)
n/a 3,286
(100.00 %)
472,656
(4.46 %)
348,429
(5.17 %)
4,169,213
(33.57 %)
16,368
(0.83 %)
118 Nile tilapia
GCF_001858045.2
77,397
(10.87 %)
15,598
(1.98 %)
60,464
(6.00 %)
82,099
(7.18 %)
40.73
(99.99 %)
551
(0.01 %)
2,460
(100.00 %)
1,080,172
(20.34 %)
291,105
(3.17 %)
4,958,128
(31.15 %)
32,038
(1.81 %)
119 ninespine stickleback
GCF_902500615.1
51,166
(15.31 %)
14,765
(3.99 %)
49,191
(9.80 %)
n/a 44.37
(99.99 %)
341
(0.01 %)
1,667
(100.00 %)
380,357
(3.60 %)
188,301
(6.29 %)
2,422,266
(25.70 %)
72,584
(9.69 %)
120 northern pike
GCF_004634155.1
66,389
(9.11 %)
16,799
(2.37 %)
57,007
(5.60 %)
79,175
(7.51 %)
42.29
(99.99 %)
584
(0.01 %)
908
(100.00 %)
1,104,914
(31.23 %)
531,451
(7.80 %)
4,677,366
(33.26 %)
44,793
(2.82 %)
121 northern pike (alt pseudohaplotype 2020 VGP)
GCA_011004835.1
n/a 11,792
(2.41 %)
21,365
(5.51 %)
n/a 42.32
(99.93 %)
11
(0.07 %)
3,813
(100.00 %)
700,815
(30.15 %)
372,729
(7.71 %)
3,058,655
(31.76 %)
29,687
(2.57 %)
122 northern pike (2020 refseq VGP)
GCF_011004845.1
63,733
(9.28 %)
16,618
(2.41 %)
55,784
(5.64 %)
n/a 42.22
(99.89 %)
112
(0.11 %)
53
(100.00 %)
984,415
(29.15 %)
524,708
(7.32 %)
4,691,096
(32.91 %)
42,910
(2.52 %)
123 Old Calabar mormyrid
GCF_002872115.1
61,915
(11.48 %)
16,003
(2.73 %)
71,307
(7.27 %)
42,977
(10.01 %)
43.93
(92.03 %)
49,579
(7.99 %)
4,666
(100.00 %)
350,270
(2.24 %)
314,129
(2.95 %)
4,259,711
(20.83 %)
76,846
(4.18 %)
124 orangethroat darter
GCF_008692095.1
55,448
(8.29 %)
15,000
(2.25 %)
49,918
(5.41 %)
n/a 40.91
(99.57 %)
101,221
(0.47 %)
3,119
(100.00 %)
566,915
(3.75 %)
509,018
(6.60 %)
5,142,090
(31.18 %)
26,702
(1.46 %)
125 orbiculate cardinalfish (2019 VGP)
GCF_902148855.1
46,571
(5.47 %)
15,772
(1.50 %)
52,078
(3.82 %)
60,005
(3.98 %)
37.90
(99.73 %)
1,844
(0.27 %)
340
(100.00 %)
1,270,059
(5.42 %)
979,214
(8.64 %)
6,386,731
(48.59 %)
29,320
(0.87 %)
126 orbiculate cardinalfish (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_902148825.1
n/a 14,030
(1.51 %)
30,797
(3.85 %)
n/a 37.73
(99.94 %)
142
(0.06 %)
7,038
(99.94 %)
1,041,390
(5.09 %)
744,623
(6.94 %)
6,250,631
(45.53 %)
22,522
(0.77 %)
127 P.nyererei 1_Seehausen
GCF_000239375.1
40,001
(9.36 %)
14,919
(2.72 %)
43,583
(5.99 %)
32,924
(7.29 %)
40.60
(84.20 %)
60,817
(15.83 %)
68,050
(84.17 %)
729,866
(15.57 %)
124,292
(0.75 %)
4,414,831
(20.66 %)
18,455
(0.96 %)
128 Pacific halibut (PH-IPHC-18 2020)
GCF_013339905.1
48,776
(12.61 %)
14,747
(3.15 %)
45,075
(7.30 %)
n/a 42.24
(100.00 %)
219
(0.00 %)
120
(100.00 %)
410,917
(4.22 %)
246,500
(4.66 %)
3,680,698
(25.23 %)
31,508
(2.30 %)
129 Pacific halibut (QCI-W04-F060 2022)
GCF_022539355.2
46,684
(12.50 %)
14,862
(3.15 %)
45,824
(7.30 %)
n/a 42.17
(99.95 %)
1,131
(0.05 %)
53
(100.00 %)
407,699
(3.94 %)
247,330
(3.84 %)
3,838,896
(24.75 %)
31,782
(2.27 %)
130 peladilla (galaxoid fish 2021 VGP)
GCA_017639675.1
n/a 13,829
(3.83 %)
41,932
(8.64 %)
n/a 45.01
(98.24 %)
1,158
(1.77 %)
41
(100.00 %)
n/a 660,569
(13.71 %)
2,316,198
(27.66 %)
41,023
(4.40 %)
131 pike-perch
GCF_008315115.2
65,418
(8.54 %)
15,731
(2.23 %)
52,240
(5.69 %)
n/a 40.87
(99.98 %)
711
(0.02 %)
337
(100.00 %)
629,999
(5.16 %)
567,578
(7.41 %)
4,697,709
(36.49 %)
39,666
(1.93 %)
132 pinecone soldierfish (2019 VGP)
GCF_902150065.1
40,770
(8.72 %)
15,756
(2.42 %)
53,616
(6.20 %)
57,173
(6.14 %)
41.83
(99.78 %)
253
(0.22 %)
87
(100.00 %)
1,066,671
(5.88 %)
646,820
(4.30 %)
4,938,857
(28.11 %)
41,636
(2.04 %)
133 pinecone soldierfish (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_902148815.1
n/a 15,562
(2.38 %)
28,491
(5.70 %)
n/a 41.81
(100.00 %)
6
(0.00 %)
2,193
(100.00 %)
1,040,415
(5.81 %)
623,499
(4.08 %)
4,888,400
(27.89 %)
40,331
(2.02 %)
134 pink salmon
GCF_021184085.1
91,127
(4.89 %)
27,187
(1.37 %)
124,120
(3.88 %)
n/a 44.28
(99.96 %)
5,213
(0.04 %)
22,556
(99.99 %)
1,343,135
(0.00 %)
2,906,520
(28.95 %)
10,882,087
(57.26 %)
97,805
(3.04 %)
135 ploughfish
GCF_902827175.1
50,551
(7.66 %)
14,699
(1.83 %)
66,348
(6.06 %)
n/a 41.52
(99.98 %)
1,569
(0.02 %)
2,618
(100.00 %)
467,937
(3.05 %)
412,361
(6.64 %)
3,498,382
(45.08 %)
73,879
(3.55 %)
136 prehistoric monster fish (2019 refseq VGP)
GCF_902500255.1
45,404
(2.55 %)
14,664
(0.76 %)
72,609
(2.41 %)
n/a 41.99
(99.49 %)
2,554
(0.51 %)
464
(100.00 %)
1,310,663
(2.79 %)
786,401
(3.65 %)
9,901,286
(59.90 %)
172,199
(5.45 %)
137 prehistoric monster fish (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_902500245.1
n/a 10,952
(0.64 %)
33,472
(2.20 %)
n/a 41.96
(100.00 %)
8
(0.00 %)
19,587
(100.00 %)
947,333
(2.69 %)
554,284
(3.27 %)
7,314,941
(58.56 %)
125,285
(5.42 %)
138 rainbow trout (Swanson)
GCF_002163495.1
79,299
(6.41 %)
25,179
(1.70 %)
98,339
(4.18 %)
115,853
(5.33 %)
42.67
(88.52 %)
427,894
(11.54 %)
139,800
(99.96 %)
1,332,141
(5.52 %)
1,604,760
(8.18 %)
9,451,984
(44.00 %)
56,604
(1.05 %)
139 rainbow trout (Arlee)
GCF_013265735.2
119,284
(6.51 %)
27,513
(1.62 %)
109,524
(4.38 %)
n/a 43.45
(99.74 %)
486
(0.26 %)
939
(100.00 %)
1,537,455
(7.32 %)
2,083,211
(23.10 %)
10,092,840
(53.71 %)
73,586
(2.16 %)
140 red-bellied piranha (Pna-1 2016)
GCF_001682695.1
47,129
(6.06 %)
17,088
(1.79 %)
57,594
(3.93 %)
41,365
(5.67 %)
40.45
(97.38 %)
62,964
(2.59 %)
325,620
(97.41 %)
909,082
(4.77 %)
863,001
(6.48 %)
7,757,382
(34.74 %)
34,329
(1.24 %)
141 red-bellied piranha (2020 VGP)
GCF_015220715.1
54,818
(7.05 %)
16,817
(1.87 %)
52,672
(4.24 %)
n/a 40.58
(99.17 %)
303
(0.83 %)
55
(100.00 %)
817,566
(5.40 %)
689,236
(8.30 %)
7,296,459
(35.73 %)
33,087
(1.38 %)
142 reedfish (alt pseudohaplotype VGP)
GCA_900700845.2
n/a 9,953
(0.37 %)
31,519
(1.22 %)
n/a 39.44
(100.00 %)
5
(0.00 %)
38,598
(100.00 %)
1,300,562
(2.57 %)
685,834
(2.21 %)
14,691,576
(45.66 %)
63,365
(1.11 %)
143 Rio pearlfish (Nwh7 v2 2021)
GCF_014905685.2
25,353
(3.88 %)
14,334
(1.56 %)
137,348
(9.74 %)
n/a 41.06
(92.01 %)
100,521
(8.02 %)
18,998
(100.00 %)
635,526
(3.14 %)
444,158
(3.06 %)
6,203,124
(42.81 %)
52,308
(2.11 %)
144 river trout
GCF_901001165.1
102,785
(6.02 %)
27,433
(1.62 %)
110,789
(4.44 %)
122,381
(5.28 %)
43.36
(96.90 %)
3,941
(3.10 %)
1,441
(100.00 %)
1,488,597
(5.68 %)
1,789,507
(15.87 %)
9,819,761
(52.37 %)
70,821
(1.77 %)
145 rock gunnel (2021 VGP)
GCA_910591455.2
n/a 15,065
(3.27 %)
44,153
(7.53 %)
n/a 42.31
(99.98 %)
418
(0.02 %)
101
(100.00 %)
n/a 269,467
(4.88 %)
3,358,709
(24.69 %)
36,987
(3.02 %)
146 sailfin molly
GCF_001443285.1
53,986
(11.41 %)
15,055
(2.70 %)
49,372
(6.45 %)
32,168
(7.41 %)
39.18
(83.41 %)
41,735
(16.61 %)
54,623
(83.39 %)
418,326
(2.47 %)
189,502
(1.23 %)
4,873,063
(22.51 %)
34,138
(1.62 %)
147 Senegalese sole
GCF_019176455.1
46,446
(12.02 %)
15,155
(3.15 %)
43,828
(7.31 %)
n/a 40.92
(99.99 %)
662
(0.01 %)
1,937
(100.00 %)
522,618
(4.22 %)
317,280
(4.23 %)
4,040,245
(28.25 %)
26,946
(1.79 %)
148 sheepshead minnow
GCF_000732505.1
37,892
(7.02 %)
14,761
(2.02 %)
44,836
(4.64 %)
33,363
(6.22 %)
38.19
(86.93 %)
113,210
(13.10 %)
110,959
(86.90 %)
399,245
(2.03 %)
195,191
(1.43 %)
6,444,762
(27.47 %)
18,269
(0.66 %)
149 shortfin molly
GCF_001443325.1
54,473
(11.42 %)
15,117
(2.72 %)
49,356
(6.49 %)
35,365
(9.23 %)
39.23
(84.81 %)
37,507
(15.20 %)
50,598
(84.80 %)
383,850
(2.30 %)
172,112
(1.18 %)
4,876,942
(22.80 %)
34,271
(1.66 %)
150 Siamese fighting fish (v3 2020 VGP)
GCF_900634795.3
54,864
(17.78 %)
14,745
(4.20 %)
56,808
(10.87 %)
n/a 45.30
(99.99 %)
328
(0.01 %)
70
(100.00 %)
255,550
(3.51 %)
184,269
(4.62 %)
2,010,934
(23.88 %)
72,126
(13.08 %)
151 Siamese fighting fish (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_900651605.1
n/a 14,505
(4.12 %)
36,022
(9.79 %)
n/a 45.51
(100.00 %)
2
(0.00 %)
3,705
(100.00 %)
249,668
(3.68 %)
182,366
(4.87 %)
1,939,533
(22.55 %)
72,474
(13.55 %)
152 smallmouth bass
GCF_021292245.1
55,919
(9.40 %)
15,509
(2.37 %)
49,387
(5.61 %)
n/a 40.72
(99.65 %)
34,581
(0.36 %)
15,020
(100.00 %)
445,979
(2.50 %)
249,630
(2.49 %)
5,071,015
(28.28 %)
23,875
(1.36 %)
153 sockeye salmon (On170113-E2 v2 2019)
GCF_006149115.2
75,628
(6.10 %)
24,075
(1.71 %)
98,364
(4.30 %)
n/a 43.37
(96.15 %)
25,658
(3.85 %)
36,660
(99.99 %)
949,725
(3.53 %)
1,465,583
(10.82 %)
8,853,884
(48.52 %)
62,850
(1.45 %)
154 South Georgia icefish
GCF_902827115.1
41,307
(6.47 %)
14,776
(1.79 %)
68,734
(6.16 %)
n/a 42.07
(99.94 %)
2,461
(0.06 %)
1,563
(100.00 %)
498,451
(3.42 %)
474,032
(7.20 %)
3,613,731
(45.83 %)
88,984
(4.31 %)
155 southern platyfish
GCF_002775205.1
46,380
(11.15 %)
14,684
(2.66 %)
45,367
(6.42 %)
37,048
(9.87 %)
38.97
(99.53 %)
156
(0.47 %)
102
(100.00 %)
324,377
(2.73 %)
146,477
(2.33 %)
4,741,552
(28.27 %)
34,667
(2.13 %)
156 southern bluefin tuna
GCF_910596095.1
58,429
(11.06 %)
15,626
(2.56 %)
42,730
(5.74 %)
n/a 39.73
(100.00 %)
184
(0.00 %)
58
(100.00 %)
554,276
(3.42 %)
247,764
(2.94 %)
5,176,851
(26.85 %)
14,097
(0.88 %)
157 Southwestern China cavefish
GCF_001515605.1
74,330
(6.97 %)
30,927
(3.18 %)
87,234
(5.37 %)
109,330
(6.70 %)
37.28
(92.69 %)
168,741
(7.34 %)
254,423
(92.66 %)
1,254,874
(5.00 %)
730,197
(4.59 %)
8,910,005
(36.97 %)
64,238
(1.79 %)
158 spiny chromis
GCF_002109545.1
38,931
(8.84 %)
15,644
(2.29 %)
55,797
(5.61 %)
35,487
(7.65 %)
40.01
(85.05 %)
209,115
(15.01 %)
30,414
(100.00 %)
373,924
(2.31 %)
278,854
(1.99 %)
5,622,334
(22.61 %)
25,079
(0.95 %)
159 sterlet (maternal 2020 VGP)
GCA_902713425.1
n/a 22,326
(1.80 %)
33,919
(4.12 %)
n/a 39.56
(99.99 %)
402
(0.01 %)
245
(100.00 %)
1,126,735
(3.36 %)
889,853
(6.73 %)
8,766,715
(39.22 %)
51,351
(1.78 %)
160 sterlet (paternal 2020 VGP)
GCA_902713435.1
n/a 22,726
(1.81 %)
34,878
(4.20 %)
n/a 39.60
(100.00 %)
422
(0.01 %)
224
(100.00 %)
1,145,500
(3.39 %)
912,936
(6.84 %)
8,839,174
(39.17 %)
52,552
(1.72 %)
161 stone loach (2022 VGP)
GCA_947034865.1
n/a 16,701
(3.97 %)
40,677
(7.21 %)
n/a 39.69
(99.97 %)
825
(0.03 %)
100
(100.00 %)
n/a 143,170
(9.30 %)
3,000,881
(34.30 %)
30,130
(3.71 %)
162 striped catfish Vietnam
GCF_003671635.1
40,992
(9.44 %)
15,310
(2.91 %)
37,901
(5.38 %)
n/a 38.71
(97.32 %)
23,755
(2.69 %)
567
(100.00 %)
695,993
(4.68 %)
489,286
(3.69 %)
4,849,313
(30.04 %)
15,076
(0.95 %)
163 striped sea-bass
GCF_004916995.1
32,103
(10.78 %)
14,422
(3.07 %)
38,188
(6.41 %)
n/a 40.19
(99.19 %)
73,335
(0.86 %)
630
(100.00 %)
365,581
(2.59 %)
142,967
(0.99 %)
4,151,813
(22.73 %)
13,730
(0.95 %)
164 striped catfish Indonesia
GCF_009078355.1
50,044
(9.61 %)
15,665
(2.76 %)
41,398
(5.35 %)
n/a 38.86
(99.98 %)
463
(0.02 %)
150
(100.00 %)
777,186
(5.69 %)
603,962
(6.24 %)
5,141,987
(32.41 %)
17,264
(1.20 %)
165 Sumatra barb
GCF_018831695.1
54,947
(11.16 %)
18,745
(3.98 %)
49,520
(6.36 %)
n/a 38.24
(99.95 %)
5,075
(0.05 %)
1,122
(100.00 %)
638,783
(6.33 %)
357,159
(7.71 %)
4,520,846
(32.46 %)
46,339
(3.96 %)
166 swamp eel
GCF_001952655.1
43,844
(10.64 %)
14,753
(2.97 %)
40,501
(6.16 %)
33,565
(9.14 %)
40.90
(92.01 %)
51,257
(8.01 %)
71,879
(91.99 %)
266,616
(1.84 %)
95,726
(1.16 %)
3,596,747
(21.95 %)
7,065
(0.42 %)
167 swordfish
GCF_016859285.1
47,986
(9.92 %)
15,208
(2.84 %)
42,556
(5.91 %)
n/a 40.69
(99.97 %)
449
(0.03 %)
1,482
(100.00 %)
484,543
(3.59 %)
230,762
(3.41 %)
4,496,150
(23.94 %)
27,129
(2.10 %)
168 tambaqui
GCF_904425465.1
46,601
(6.55 %)
17,150
(1.88 %)
50,327
(4.03 %)
n/a 39.33
(100.00 %)
420
(0.00 %)
1,269
(100.00 %)
753,112
(4.00 %)
676,948
(5.71 %)
8,317,676
(35.32 %)
25,784
(0.92 %)
169 three-spined stickleback
GCF_016920845.1
50,181
(16.09 %)
14,935
(3.99 %)
53,773
(9.96 %)
n/a 44.66
(99.24 %)
3,125
(0.76 %)
2,937
(100.00 %)
368,987
(9.09 %)
160,564
(2.89 %)
2,308,841
(21.91 %)
80,336
(11.49 %)
170 tiger tail seahorse (QL1 v2 2016)
GCF_001891065.2
47,024
(13.33 %)
13,806
(3.76 %)
52,367
(8.81 %)
n/a 43.30
(93.08 %)
22,977
(6.92 %)
55,891
(93.08 %)
356,857
(3.66 %)
155,338
(3.36 %)
2,806,278
(24.56 %)
61,010
(7.71 %)
171 tongue sole
GCF_000523025.1
45,186
(16.40 %)
14,207
(3.97 %)
39,860
(8.59 %)
34,435
(13.22 %)
40.82
(94.88 %)
33,269
(5.14 %)
62,912
(94.86 %)
426,532
(4.33 %)
235,739
(3.33 %)
3,085,031
(24.78 %)
17,094
(1.42 %)
172 torafugu (2019 VGP)
GCF_901000725.2
53,492
(18.31 %)
14,548
(4.79 %)
51,180
(11.72 %)
55,740
(14.38 %)
45.67
(99.04 %)
402
(0.96 %)
128
(100.00 %)
290,056
(10.32 %)
178,921
(5.32 %)
1,642,756
(20.86 %)
49,973
(9.53 %)
173 torafugu (alt pseudohaplotype 2019 VGP)
GCA_901000745.3
n/a 13,654
(4.82 %)
28,421
(10.82 %)
n/a 45.60
(99.82 %)
38
(0.18 %)
2,012
(100.00 %)
249,790
(9.32 %)
151,193
(4.49 %)
1,577,144
(20.25 %)
46,931
(9.34 %)
174 turbot (ysfricsl-2021 2022)
GCF_022379125.1
57,285
(14.93 %)
14,887
(3.52 %)
49,403
(8.32 %)
n/a 43.54
(100.00 %)
n/a 28
(100.00 %)
455,017
(0.00 %)
297,185
(5.03 %)
3,312,612
(24.33 %)
65,633
(7.08 %)
175 turquoise killifish
GCF_001465895.1
40,386
(7.85 %)
14,356
(2.08 %)
101,715
(9.24 %)
57,281
(6.01 %)
42.51
(68.98 %)
85,562
(31.04 %)
68,911
(68.97 %)
457,873
(3.04 %)
307,607
(2.09 %)
4,777,941
(27.62 %)
61,105
(2.15 %)
176 warty frogfish (2020 VGP)
GCA_013358685.1
n/a 14,494
(3.34 %)
45,310
(7.77 %)
n/a 41.86
(99.87 %)
219
(0.13 %)
155
(100.00 %)
n/a 290,313
(6.11 %)
3,010,996
(29.71 %)
36,840
(4.18 %)
177 western mosquitofish
GCF_019740435.1
54,029
(12.31 %)
14,667
(2.80 %)
44,358
(6.62 %)
n/a 38.94
(97.42 %)
181
(2.58 %)
37
(100.00 %)
348,476
(2.56 %)
158,728
(2.21 %)
4,604,959
(26.85 %)
30,624
(1.94 %)
178 White Sands pupfish
GCF_016077235.1
46,084
(6.27 %)
14,817
(1.71 %)
52,055
(4.88 %)
n/a 39.01
(100.00 %)
n/a 2,003
(100.00 %)
489,894
(2.67 %)
304,277
(3.91 %)
6,371,712
(38.05 %)
41,820
(1.75 %)
179 wolf-eel
GCF_004355925.1
43,638
(14.00 %)
14,936
(3.24 %)
47,643
(7.50 %)
n/a 42.10
(92.86 %)
23,891
(7.15 %)
33,400
(92.85 %)
382,467
(3.26 %)
244,853
(2.39 %)
3,432,622
(22.07 %)
30,581
(2.04 %)
180 Wuchang bream
GCF_018812025.1
68,768
(8.86 %)
18,247
(2.62 %)
57,323
(5.24 %)
n/a 37.64
(99.83 %)
1,281
(0.17 %)
243
(100.00 %)
801,110
(0.00 %)
559,399
(5.04 %)
6,340,567
(43.09 %)
45,067
(2.52 %)
181 yellow catfish (hzauxx_2018 2022)
GCF_022655615.1
64,819
(11.15 %)
15,680
(2.87 %)
41,108
(5.68 %)
n/a 39.49
(99.94 %)
817
(0.06 %)
517
(100.00 %)
839,496
(9.42 %)
756,396
(11.12 %)
4,051,149
(35.45 %)
24,342
(1.72 %)
182 yellow catfish (Tf-2017 2018)
GCF_003724035.1
54,374
(10.66 %)
15,588
(2.85 %)
41,675
(5.49 %)
n/a 39.55
(99.11 %)
1,760
(0.89 %)
663
(100.00 %)
899,309
(10.59 %)
797,020
(11.09 %)
4,092,065
(35.46 %)
24,238
(1.72 %)
183 yellow perch (YP-PL-M2 2019)
GCF_004354835.1
47,121
(7.78 %)
15,449
(2.26 %)
51,330
(5.61 %)
n/a 40.84
(99.95 %)
831
(0.05 %)
268
(100.00 %)
631,245
(4.88 %)
540,302
(7.26 %)
4,770,842
(35.92 %)
35,251
(1.63 %)
184 yellowfin seabream
GCF_904848185.1
63,974
(13.26 %)
15,178
(2.82 %)
46,332
(6.73 %)
n/a 42.09
(100.00 %)
149
(0.00 %)
66
(100.00 %)
499,939
(3.43 %)
254,361
(2.64 %)
4,420,217
(22.81 %)
31,005
(1.79 %)
185 yellowfin tuna
GCF_914725855.1
57,835
(11.36 %)
15,616
(2.53 %)
42,750
(5.72 %)
n/a 39.73
(100.00 %)
70
(0.00 %)
68
(100.00 %)
569,665
(3.53 %)
259,656
(3.34 %)
5,175,692
(27.05 %)
14,420
(0.88 %)
186 yellowtail amberjack
GCF_002814215.1
41,181
(9.96 %)
15,871
(2.75 %)
54,501
(6.42 %)
34,514
(8.53 %)
40.75
(97.79 %)
33,664
(2.20 %)
99,598
(100.00 %)
616,664
(4.14 %)
522,349
(4.83 %)
4,650,538
(24.98 %)
18,054
(0.96 %)
187 Zealand spotty
GCF_009762535.1
45,555
(9.06 %)
14,609
(2.22 %)
43,259
(5.33 %)
n/a 40.86
(98.32 %)
1,135
(1.69 %)
467
(100.00 %)
517,755
(4.63 %)
393,328
(5.54 %)
4,522,224
(33.34 %)
18,299
(0.85 %)
188 zebra mbuna
GCF_000238955.4
51,025
(8.37 %)
15,904
(2.10 %)
58,127
(6.09 %)
39,681
(7.23 %)
41.16
(99.99 %)
641
(0.01 %)
1,690
(100.00 %)
1,039,803
(22.35 %)
253,037
(2.53 %)
4,679,743
(31.57 %)
36,688
(1.98 %)
189 zebrafish (T5D 2021)
GCA_018400075.1
n/a 17,774
(2.54 %)
44,221
(3.24 %)
n/a 36.52
(99.87 %)
20,876
(0.14 %)
20,901
(99.86 %)
4,138,008
(61.22 %)
894,145
(6.79 %)
9,494,379
(47.68 %)
42,482
(2.03 %)
190 zebrafish (WGS:CAHPTA01 2020 VGP)
GCA_903684865.1
n/a 17,573
(2.49 %)
44,169
(3.34 %)
n/a 36.57
(99.99 %)
712
(0.01 %)
1,252
(100.00 %)
n/a 927,173
(7.78 %)
8,621,517
(50.27 %)
44,554
(2.12 %)
191 zebrafish (WGS:CAHPTB02 2020 VGP)
GCA_903684855.2
n/a 17,654
(2.50 %)
43,578
(3.27 %)
n/a 36.56
(99.99 %)
1,352
(0.01 %)
755
(100.00 %)
n/a 936,258
(7.76 %)
8,732,369
(50.44 %)
44,812
(2.09 %)
192 zebrafish (WGS:CALUEM01 2022 VGP)
GCA_944039275.1
n/a 18,065
(2.46 %)
44,526
(3.30 %)
n/a 37.08
(99.99 %)
381
(0.01 %)
73
(100.00 %)
n/a 954,645
(10.72 %)
8,694,743
(51.88 %)
44,936
(2.02 %)
193 zebrafish GRCz11
GCF_000002035.6
65,219
(5.63 %)
22,227
(2.53 %)
59,767
(3.64 %)
n/a 36.60
(99.72 %)
20,258
(0.28 %)
34,617
(99.73 %)
5,029,496
(60.60 %)
1,077,677
(6.47 %)
10,772,232
(49.45 %)
53,471
(2.06 %)
194 zig-zag eel (alt pseudohaplotype VGP)
GCA_900700395.1
n/a 1,206
(2.88 %)
2,741
(6.48 %)
n/a 41.24
(99.99 %)
n/a 1,437
(100.00 %)
26,316
(3.19 %)
14,209
(3.21 %)
211,357
(18.05 %)
1,253
(1.49 %)
195 zig-zag eel (v1.2 2019 VGP)
GCF_900324485.2
45,001
(12.01 %)
15,052
(3.35 %)
21,643
(6.89 %)
60,604
(9.39 %)
40.66
(97.76 %)
238
(2.24 %)
123
(100.00 %)
349,298
(2.86 %)
157,728
(2.01 %)
3,180,025
(23.44 %)
12,807
(1.08 %)
TOTALS:total assembly count 195

Additional hubs with collections of assemblies
Collection Hub index pages: Assembly statistics: Track statistics:
Primates 57 assemblies assembly stats track stats
Mammals 348 assemblies assembly stats track stats
Birds 175 assemblies assembly stats track stats
Fishes 195 assemblies assembly stats track stats
other vertebrates 73 assemblies assembly stats track stats
Invertebrates 470 assemblies assembly stats track stats
Plants 173 assemblies assembly stats track stats
Fungi 463 assemblies assembly stats track stats
Viruses 254 assemblies assembly stats track stats
Bacteria 14 assemblies assembly stats track stats
VGP - Vertebrate Genome Project 261 assemblies assembly stats track stats
legacy/superseded 242 assemblies assembly stats track stats