Vertebrate Genomes assembly hubs, track statistics

Assemblies from NCBI/Genbank/Refseq sources, subset of other vertebrates only.

See also: hub accessassembly statistics


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The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser
ncbiRefSeq xenoRefGene augustus
genes
Ensembl
genes
gc5 base gaps assembly
sequences
Repeat
Masker
TRF
simpleRepeat
window
Masker
cpg
islands
1 Abingdon island giant tortoise
GCF_003597395.1
50,402
(2.95 %)
14,990
(1.01 %)
19,565
(1.58 %)
34,846
(1.54 %)
43.71
(94.31 %)
63,430
(5.70 %)
10,618
(100.00 %)
1,553,204
(12.95 %)
274,155
(1.11 %)
12,664,684
(27.42 %)
62,829
(1.59 %)
2 Aeolian wall lizard (La Canna islet alternate hap 2022)
GCA_027172095.1
n/a 2,101
(1.18 %)
5,350
(2.76 %)
n/a 43.70
(99.99 %)
3
(0.00 %)
4,811
(100.00 %)
103,373
(4.27 %)
58,480
(3.90 %)
895,535
(27.44 %)
10,399
(2.84 %)
3 Aeolian wall lizard (La Canna islet primary hap 2022 refseq)
GCF_027172205.1
57,514
(4.49 %)
14,340
(1.37 %)
20,053
(2.31 %)
n/a 43.81
(100.00 %)
30
(0.00 %)
27
(100.00 %)
832,937
(4.17 %)
474,203
(4.04 %)
7,020,288
(38.29 %)
94,745
(2.70 %)
4 African bullfrog (1538 2019)
GCA_004786255.1
n/a 13,258
(1.31 %)
15,309
(2.28 %)
n/a 38.30
(89.51 %)
121,461
(10.52 %)
5,411
(100.00 %)
491,540
(1.54 %)
401,074
(2.30 %)
8,595,741
(27.94 %)
14,854
(0.31 %)
5 African clawed frog (2021)
GCF_017654675.1
80,912
(3.89 %)
23,666
(1.59 %)
32,527
(2.45 %)
112,506
(5.21 %)
39.34
(99.94 %)
667
(0.06 %)
55
(100.00 %)
4,269,095
(35.49 %)
1,028,861
(6.46 %)
14,246,823
(43.67 %)
108,774
(1.25 %)
6 American alligator (KSC_2009_1 2016)
GCF_000281125.3
51,013
(3.53 %)
14,424
(1.06 %)
19,690
(1.51 %)
n/a 44.30
(97.86 %)
236,641
(2.19 %)
7,094
(100.00 %)
2,842,761
(36.86 %)
291,584
(0.69 %)
12,464,318
(27.91 %)
35,531
(1.28 %)
7 American alligator (2023 refseq)
GCF_030867095.1
60,799
(4.33 %)
14,383
(0.98 %)
18,600
(1.45 %)
n/a 45.01
(99.30 %)
161
(0.70 %)
195
(100.00 %)
3,322,624
(43.19 %)
478,208
(1.77 %)
12,316,424
(32.01 %)
49,792
(2.45 %)
8 Asian vine snake (Xishuangbanna 2023)
GCF_028640845.1
47,555
(4.15 %)
13,005
(1.05 %)
17,560
(1.65 %)
n/a 40.80
(100.00 %)
331
(0.00 %)
748
(100.00 %)
1,484,082
(7.70 %)
1,033,385
(5.12 %)
8,266,544
(48.89 %)
105,815
(4.08 %)
9 Asiatic toad (SCDJY-AF-19 2020)
GCF_014858855.1
42,994
(1.39 %)
14,061
(0.43 %)
43,525
(1.76 %)
36,577
(1.09 %)
44.37
(98.21 %)
3,874
(1.79 %)
748
(100.00 %)
1,577,809
(1.79 %)
2,975,473
(12.67 %)
18,834,930
(58.75 %)
415,605
(4.12 %)
10 Atlantic stingray (hap1 2023 refseq)
GCF_030144855.1
60,922
(2.51 %)
12,544
(0.38 %)
28,250
(1.22 %)
n/a 43.35
(99.99 %)
1,648
(0.01 %)
2,989
(100.00 %)
8,579,099
(49.81 %)
831,222
(15.75 %)
21,718,178
(51.79 %)
105,821
(2.42 %)
11 Atlantic stingray (hap2 2023)
GCA_030144785.1
n/a 11,960
(0.40 %)
25,618
(1.25 %)
n/a 42.94
(99.99 %)
1,633
(0.01 %)
1,412
(100.00 %)
7,453,535
(49.31 %)
686,063
(13.00 %)
19,985,605
(50.32 %)
86,138
(2.16 %)
12 Australian saltwater crocodile
GCF_001723895.1
34,090
(2.80 %)
12,481
(1.05 %)
13,920
(1.38 %)
n/a 43.90
(94.72 %)
97,039
(5.30 %)
70
(100.00 %)
2,480,154
(36.88 %)
215,190
(0.56 %)
11,196,176
(26.22 %)
26,647
(0.98 %)
13 axolotl (DD151 2021)
GCA_002915635.3
n/a 16,280
(0.07 %)
186,628
(1.11 %)
n/a 46.01
(99.99 %)
184,422
(0.01 %)
27,157
(100.00 %)
28,291,633
(68.19 %)
7,299,053
(4.96 %)
211,579
(99.99 %)
2,388,998
(5.24 %)
14 Blainville's horned lizard (primary hap 2022)
GCA_026167985.1
n/a 13,944
(0.92 %)
16,009
(1.45 %)
n/a 41.21
(100.00 %)
73
(0.00 %)
78
(100.00 %)
1,636,825
(6.67 %)
826,053
(3.24 %)
12,398,166
(40.90 %)
86,825
(1.61 %)
15 Blainville's horned lizard (alternate hap 2022)
GCA_026167975.1
n/a 12,696
(0.93 %)
14,818
(1.50 %)
n/a 41.27
(100.00 %)
64
(0.00 %)
52
(100.00 %)
1,468,805
(6.73 %)
739,796
(3.28 %)
10,900,584
(40.56 %)
76,786
(1.60 %)
16 blonde ray (primary hap 2023)
GCA_963514005.1
n/a 11,900
(0.54 %)
27,568
(1.55 %)
n/a 44.98
(99.98 %)
2,269
(0.02 %)
1,647
(100.00 %)
8,972,805
(66.20 %)
1,061,811
(8.11 %)
11,599,498
(58.72 %)
278,499
(6.42 %)
17 bowfin (hap2 2024)
GCA_036365475.1
n/a 13,813
(1.89 %)
27,088
(4.55 %)
n/a 40.60
(100.00 %)
80
(0.00 %)
297
(100.00 %)
886,999
(13.24 %)
358,077
(7.37 %)
4,625,277
(36.22 %)
43,764
(2.79 %)
18 brown anole (Geneva1000 2022 refseq)
GCF_025583915.1
38,099
(3.25 %)
14,028
(1.05 %)
19,932
(1.81 %)
n/a 41.14
(98.37 %)
114,440
(1.64 %)
118,178
(98.36 %)
1,376,455
(6.78 %)
1,094,843
(5.18 %)
9,127,396
(44.98 %)
46,291
(1.18 %)
19 brown house snake (FMNH 251328 2023)
GCA_027560395.1
n/a 11,753
(1.00 %)
29,468
(1.83 %)
n/a 40.67
(98.13 %)
169,987
(1.84 %)
753,655
(98.16 %)
1,167,225
(5.67 %)
768,909
(2.88 %)
8,825,109
(34.93 %)
53,035
(1.80 %)
20 brown spotted pit viper
GCF_001527695.2
24,323
(2.63 %)
14,045
(1.20 %)
27,133
(2.20 %)
n/a 39.97
(92.15 %)
115,571
(7.86 %)
167,851
(92.14 %)
1,227,118
(8.97 %)
819,247
(3.70 %)
8,328,674
(35.16 %)
68,858
(2.06 %)
21 Burmese python
GCF_000186305.1
35,663
(4.16 %)
13,718
(1.31 %)
20,498
(2.06 %)
n/a 39.61
(96.54 %)
235,132
(3.52 %)
274,244
(96.48 %)
727,874
(3.19 %)
409,033
(2.06 %)
8,318,382
(25.30 %)
29,212
(1.10 %)
22 California glossy snake (A.elegans occidentalis HBS 135684 alternate hap 2022)
GCA_022578425.1
n/a 13,973
(0.70 %)
47,231
(2.71 %)
n/a 41.26
(99.97 %)
5,955
(0.03 %)
60,824
(99.97 %)
1,793,416
(10.43 %)
1,374,078
(8.30 %)
10,043,407
(46.03 %)
89,437
(4.63 %)
23 California glossy snake (A.elegans occidentalis HBS 135684 primary hap 2022)
GCA_022577455.1
n/a 13,386
(1.04 %)
21,767
(2.35 %)
n/a 40.56
(100.00 %)
256
(0.00 %)
140
(100.00 %)
1,354,500
(9.93 %)
998,712
(8.21 %)
8,504,468
(46.70 %)
78,768
(3.37 %)
24 central bearded dragon
GCF_900067755.1
42,304
(3.53 %)
13,856
(1.19 %)
17,956
(1.96 %)
n/a 41.81
(96.03 %)
90,546
(3.99 %)
13,749
(100.00 %)
821,868
(3.44 %)
570,849
(3.46 %)
9,494,309
(29.78 %)
48,137
(1.31 %)
25 Chinese alligator
GCF_000455745.1
49,884
(3.04 %)
14,431
(1.00 %)
15,854
(1.43 %)
n/a 44.49
(96.86 %)
167,965
(3.17 %)
177,282
(96.83 %)
2,919,372
(38.76 %)
346,310
(1.06 %)
12,332,417
(29.19 %)
46,638
(1.19 %)
26 Chinese soft-shelled turtle
GCF_000230535.1
45,441
(3.08 %)
13,715
(0.96 %)
16,798
(1.50 %)
n/a 44.42
(95.68 %)
185,476
(4.35 %)
205,380
(95.65 %)
1,193,608
(10.92 %)
455,163
(3.06 %)
11,234,886
(32.34 %)
95,997
(2.06 %)
27 coelacanth
GCF_000225785.1
40,763
(2.63 %)
13,493
(0.78 %)
17,640
(1.50 %)
n/a 41.15
(76.37 %)
269,010
(23.67 %)
291,829
(76.33 %)
2,026,776
(9.13 %)
571,917
(1.19 %)
14,630,157
(34.87 %)
42,857
(0.54 %)
28 common blue-tongued skink (hap1 2024)
GCA_035046495.1
n/a 13,999
(1.21 %)
18,145
(2.02 %)
n/a 44.85
(100.00 %)
286
(0.00 %)
827
(100.00 %)
844,126
(6.57 %)
462,086
(2.56 %)
8,237,807
(37.72 %)
30,098
(0.96 %)
29 common blue-tongued skink (hap2 2024)
GCA_035046505.1
n/a 13,266
(1.21 %)
16,750
(1.98 %)
n/a 44.73
(100.00 %)
372
(0.00 %)
350
(100.00 %)
782,672
(6.46 %)
434,795
(2.20 %)
7,788,697
(37.04 %)
28,089
(0.98 %)
30 common frog (alternate hap 2021)
GCA_905171725.1
n/a 13,073
(0.44 %)
43,036
(1.95 %)
n/a 44.07
(100.00 %)
14
(0.00 %)
12,033
(100.00 %)
1,489,788
(2.18 %)
2,621,157
(9.04 %)
17,154,926
(55.44 %)
581,115
(7.68 %)
31 common garter snake
GCF_001077635.1
26,656
(3.83 %)
11,623
(1.25 %)
17,501
(2.23 %)
n/a 39.92
(78.84 %)
246,220
(21.21 %)
175,977
(78.79 %)
606,040
(3.22 %)
543,646
(2.36 %)
6,946,141
(27.08 %)
36,264
(1.27 %)
32 common lizard Z.vivipara (primary hap 2023)
GCF_963506605.1
45,869
(6.34 %)
14,279
(1.46 %)
19,710
(2.38 %)
n/a 44.05
(99.99 %)
683
(0.01 %)
48
(100.00 %)
4,128,183
(45.62 %)
513,318
(3.73 %)
7,172,928
(37.61 %)
92,858
(2.90 %)
33 common spadefoot toad (aPelFus1 2024)
GCA_036172605.1
n/a 14,564
(0.56 %)
46,435
(2.21 %)
n/a 42.04
(100.00 %)
349
(0.00 %)
161
(100.00 %)
1,677,382
(3.51 %)
3,229,435
(13.31 %)
15,027,089
(51.43 %)
282,389
(3.86 %)
34 common wall lizard
GCF_004329235.1
56,506
(4.85 %)
14,453
(1.36 %)
20,529
(2.31 %)
n/a 44.18
(99.81 %)
4,085
(0.19 %)
2,161
(100.00 %)
1,089,164
(8.31 %)
506,669
(2.12 %)
7,474,116
(36.15 %)
122,507
(3.69 %)
35 common toad (alternate hap 2021)
GCA_905171715.1
n/a 12,074
(0.39 %)
46,329
(1.82 %)
n/a 44.48
(99.99 %)
156
(0.01 %)
24,351
(99.99 %)
1,186,360
(1.65 %)
2,279,941
(13.33 %)
14,665,548
(61.48 %)
405,097
(4.49 %)
36 common toad (primary hap 2021)
GCF_905171765.1
45,085
(1.10 %)
14,240
(0.38 %)
46,470
(1.68 %)
37,594
(0.91 %)
44.49
(99.80 %)
4,199
(0.20 %)
1,306
(100.00 %)
1,658,204
(1.79 %)
3,099,513
(13.49 %)
19,236,510
(62.70 %)
539,919
(4.45 %)
37 corn snake (Columbia U 2023)
GCF_029531705.1
53,076
(4.72 %)
13,697
(1.21 %)
20,819
(2.22 %)
n/a 40.33
(96.60 %)
3,553
(3.40 %)
4,019
(96.60 %)
4,116,616
(49.72 %)
917,455
(3.96 %)
8,460,248
(40.76 %)
64,946
(2.08 %)
38 corn snake (EG266 2020)
GCF_001185365.1
48,995
(3.92 %)
13,316
(1.14 %)
23,595
(2.17 %)
29,466
(2.61 %)
40.35
(95.32 %)
84,947
(4.70 %)
34,268
(100.00 %)
1,243,828
(6.50 %)
884,533
(3.25 %)
8,373,398
(40.31 %)
66,926
(2.14 %)
39 corroboree frog (hap1 2023)
GCA_028390055.1
n/a 14,955
(0.23 %)
n/a n/a 45.61
(99.80 %)
2,431
(0.20 %)
5,958
(99.80 %)
20,007,151
(76.28 %)
5,951,819
(19.40 %)
5,958
(99.80 %)
991,009
(4.86 %)
40 corroboree frog (hap2 2023)
GCA_028390025.1
n/a n/a 54,346
(1.07 %)
n/a 45.66
(99.76 %)
2,699
(0.24 %)
3,127
(100.00 %)
18,782,633
(75.22 %)
5,902,115
(18.63 %)
5,826
(99.76 %)
990,274
(4.84 %)
41 Cretan wall lizard (alternate hap 2023)
GCA_951804955.1
n/a 13,192
(1.36 %)
19,293
(2.32 %)
n/a 43.88
(100.00 %)
n/a 1,936
(100.00 %)
808,341
(4.31 %)
467,532
(2.91 %)
6,418,809
(38.02 %)
107,080
(3.15 %)
42 Cretan wall lizard (primary hap 2023)
GCA_951804945.1
n/a 14,249
(1.37 %)
19,304
(2.27 %)
n/a 43.87
(100.00 %)
47
(0.00 %)
55
(100.00 %)
882,564
(4.30 %)
511,174
(3.24 %)
7,094,363
(38.65 %)
117,222
(3.18 %)
43 diamondback terrapin (hap1 2023 refseq)
GCF_027887155.1
50,318
(3.53 %)
15,109
(1.08 %)
19,280
(1.62 %)
n/a 44.46
(99.92 %)
141
(0.08 %)
76
(100.00 %)
4,088,064
(46.33 %)
403,943
(1.72 %)
11,014,504
(33.74 %)
110,838
(2.71 %)
44 diamondback terrapin (hap2 rMalTer1 2023)
GCA_027887205.1
n/a 15,081
(1.08 %)
19,115
(1.62 %)
n/a 44.46
(99.98 %)
127
(0.02 %)
59
(100.00 %)
4,093,707
(46.36 %)
404,046
(1.70 %)
11,113,266
(33.78 %)
111,129
(2.68 %)
45 eastern brown snake
GCF_900518735.1
34,614
(3.30 %)
13,625
(1.22 %)
21,795
(2.00 %)
n/a 39.84
(97.54 %)
59,472
(2.47 %)
28,550
(100.00 %)
1,020,240
(5.86 %)
663,810
(2.41 %)
8,140,554
(39.61 %)
52,895
(2.12 %)
46 eastern musk turtle (primary hap 2023)
GCA_032164245.1
n/a 13,413
(1.19 %)
18,038
(1.85 %)
n/a 44.58
(99.99 %)
553
(0.01 %)
771
(99.99 %)
1,003,504
(9.02 %)
621,617
(3.54 %)
8,327,948
(30.44 %)
117,734
(4.05 %)
47 eastern narrow-mouthed toad (primary haplotype 2023)
GCA_027917425.1
n/a 13,882
(0.43 %)
35,323
(1.46 %)
n/a 46.78
(99.99 %)
1,745
(0.01 %)
1,002
(100.00 %)
1,769,293
(1.99 %)
2,023,109
(16.33 %)
16,148,710
(60.55 %)
618,204
(5.89 %)
48 eastern narrow-mouthed toad (hap2 2023)
GCA_027917415.1
n/a 13,632
(0.43 %)
35,630
(1.52 %)
n/a 46.77
(99.99 %)
1,773
(0.01 %)
590
(100.00 %)
1,759,193
(1.98 %)
2,013,186
(16.21 %)
16,138,898
(60.55 %)
614,432
(5.85 %)
49 elephant shark (2021)
GCF_018977255.1
32,553
(4.75 %)
11,542
(1.51 %)
18,900
(3.25 %)
n/a 42.85
(99.99 %)
14,404
(0.01 %)
3,822
(99.99 %)
1,971,730
(36.60 %)
433,955
(3.92 %)
5,654,656
(37.91 %)
41,081
(3.43 %)
50 epaulette shark (primary hap 2021 refseq)
GCF_020745735.1
43,156
(1.65 %)
12,749
(0.40 %)
19,519
(1.06 %)
n/a 42.76
(98.05 %)
3,716
(1.95 %)
1,962
(100.00 %)
9,420,365
(63.82 %)
935,037
(6.51 %)
20,660,566
(43.88 %)
41,682
(1.08 %)
51 epaulette shark (alternate hap sHemOce1 2021)
GCA_020745765.1
n/a 12,650
(0.38 %)
20,614
(1.06 %)
n/a 42.75
(97.99 %)
3,552
(2.01 %)
4,000
(100.00 %)
9,489,793
(70.34 %)
976,827
(6.97 %)
21,183,330
(44.32 %)
42,917
(1.08 %)
52 European common frog (2021)
GCF_905171775.1
51,633
(1.57 %)
13,864
(0.46 %)
39,978
(1.88 %)
57,578
(1.85 %)
44.15
(99.36 %)
1,860
(0.64 %)
554
(100.00 %)
1,804,642
(3.42 %)
2,925,830
(9.39 %)
18,921,726
(55.43 %)
641,799
(7.66 %)
53 European conger (primary hap 2023 refseq)
GCF_963514075.1
54,631
(7.46 %)
17,072
(1.89 %)
34,801
(5.07 %)
n/a 43.89
(99.98 %)
1,009
(0.02 %)
380
(100.00 %)
761,522
(5.99 %)
913,306
(13.25 %)
5,767,879
(35.48 %)
120,990
(6.12 %)
54 European eel (alternate hap 2020)
GCA_013347865.1
n/a 17,177
(2.21 %)
36,037
(5.58 %)
n/a 43.55
(100.00 %)
n/a 2,338
(100.00 %)
811,567
(5.37 %)
759,871
(7.97 %)
5,672,321
(27.30 %)
127,837
(8.05 %)
55 European eel (primary hap 2020)
GCF_013347855.1
64,143
(9.57 %)
17,054
(2.22 %)
34,278
(5.56 %)
79,684
(7.37 %)
43.64
(99.61 %)
640
(0.40 %)
54
(100.00 %)
831,037
(5.48 %)
786,521
(8.15 %)
5,700,890
(27.40 %)
130,346
(8.19 %)
56 European leaf-toed gecko (hap1 2023)
GCF_029931775.1
24,643
(2.02 %)
14,238
(1.16 %)
21,782
(2.17 %)
n/a 44.68
(99.77 %)
153
(0.23 %)
591
(100.00 %)
1,174,615
(6.99 %)
436,937
(2.95 %)
8,308,817
(39.80 %)
83,089
(2.82 %)
57 European leaf-toed gecko (hap2 2023)
GCA_029931755.1
n/a 14,220
(1.16 %)
21,979
(2.19 %)
n/a 44.64
(99.68 %)
177
(0.32 %)
381
(100.00 %)
1,169,660
(6.57 %)
432,998
(2.45 %)
8,403,791
(39.55 %)
82,695
(2.80 %)
58 European pond turtle (hap1 rEmyOrb1 2023)
GCA_028017835.1
n/a 14,802
(0.99 %)
19,772
(1.60 %)
n/a 44.74
(99.86 %)
148
(0.14 %)
106
(100.00 %)
1,526,737
(12.44 %)
460,562
(2.12 %)
11,130,580
(35.42 %)
136,002
(2.92 %)
59 European pond turtle (hap2 rEmyOrb1 2023)
GCA_028017845.1
n/a 14,971
(1.00 %)
20,099
(1.61 %)
n/a 44.79
(99.77 %)
130
(0.23 %)
156
(100.00 %)
1,536,611
(12.44 %)
471,903
(2.16 %)
11,129,943
(35.50 %)
138,047
(2.94 %)
60 fence lizard
GCF_019175285.1
48,391
(3.65 %)
14,000
(1.07 %)
17,384
(1.71 %)
n/a 41.25
(97.53 %)
48,138
(2.47 %)
45,012
(100.00 %)
1,357,856
(6.95 %)
596,824
(1.92 %)
11,090,372
(34.38 %)
67,007
(1.51 %)
61 fire-bellied toad (alternate hap 2023)
GCA_027579415.1
n/a 2,936
(0.15 %)
17,722
(1.38 %)
n/a 38.51
(100.00 %)
n/a 13,751
(100.00 %)
919,882
(3.50 %)
1,443,294
(10.50 %)
7,705,012
(57.28 %)
74,669
(1.25 %)
62 fire-bellied toad (primary hap 2023 refseq)
GCF_027579735.1
38,238
(0.68 %)
15,452
(0.21 %)
47,500
(0.88 %)
n/a 38.98
(98.02 %)
7,009
(1.99 %)
2,467
(100.00 %)
4,258,941
(3.44 %)
7,150,261
(12.27 %)
9,476
(98.01 %)
n/a
63 Florida worm lizard (hap1 rRhiFlo1 2023)
GCA_030035715.1
n/a 14,392
(0.90 %)
17,909
(1.50 %)
n/a 42.86
(99.84 %)
213
(0.16 %)
836
(99.84 %)
1,440,070
(7.19 %)
620,131
(2.54 %)
10,919,950
(45.21 %)
47,933
(1.03 %)
64 Florida worm lizard (hap2 rRhiFlo1 2023)
GCA_030035675.1
n/a 14,331
(0.90 %)
17,854
(1.51 %)
n/a 42.86
(99.72 %)
242
(0.28 %)
78
(100.00 %)
1,426,833
(7.17 %)
616,690
(2.63 %)
10,819,054
(45.31 %)
47,454
(1.03 %)
65 Gaboon caecilian (alternate hap 2019)
GCA_902459495.1
n/a 12,821
(0.47 %)
30,612
(1.44 %)
n/a 43.23
(100.00 %)
1
(0.00 %)
9,651
(100.00 %)
1,139,595
(1.64 %)
1,170,215
(3.77 %)
17,091,511
(52.44 %)
235,170
(4.50 %)
66 Gaboon caecilian (v1.2 2021 genbank)
GCA_902459505.2
n/a 14,269
(0.51 %)
29,026
(1.40 %)
n/a 43.24
(99.85 %)
433
(0.15 %)
164
(100.00 %)
1,331,879
(1.68 %)
1,364,597
(3.83 %)
19,589,806
(52.85 %)
270,923
(4.52 %)
67 gharial (Ggan-Ray 2016)
GCF_001723915.1
32,284
(2.61 %)
12,194
(1.03 %)
12,758
(1.30 %)
n/a 43.95
(73.60 %)
248,526
(26.44 %)
81
(100.00 %)
2,589,103
(36.89 %)
243,334
(0.51 %)
11,279,606
(20.80 %)
26,651
(0.60 %)
68 gharial (hap1 2023)
GCA_030020385.1
n/a 14,254
(0.94 %)
23,016
(2.00 %)
n/a 45.13
(99.95 %)
61
(0.05 %)
298
(100.00 %)
1,230,357
(13.08 %)
350,230
(2.85 %)
11,854,314
(33.03 %)
39,919
(1.95 %)
69 gharial (hap2 2023)
GCA_030020295.1
n/a 14,151
(0.94 %)
23,338
(1.95 %)
n/a 45.15
(99.95 %)
118
(0.05 %)
160
(100.00 %)
1,232,693
(12.81 %)
332,737
(2.19 %)
11,907,298
(32.91 %)
40,660
(1.87 %)
70 giant manta (hap1 2023)
GCA_030028105.1
n/a 12,432
(0.38 %)
24,821
(1.16 %)
n/a 43.26
(99.23 %)
1,810
(0.77 %)
4,715
(100.00 %)
7,913,208
(49.68 %)
969,352
(14.22 %)
20,235,210
(54.42 %)
110,678
(1.74 %)
71 giant manta (hap2 2023)
GCA_030035685.1
n/a 12,198
(0.42 %)
23,127
(1.17 %)
n/a 42.85
(98.49 %)
1,742
(1.51 %)
1,558
(100.00 %)
7,431,472
(52.41 %)
716,951
(7.28 %)
19,456,793
(50.99 %)
91,414
(1.45 %)
72 Goodes thornscrub tortoise (Sinaloan 2019)
GCF_007399415.2
57,442
(3.17 %)
14,852
(1.00 %)
18,125
(1.49 %)
31,841
(1.80 %)
44.14
(98.71 %)
562
(1.29 %)
383
(100.00 %)
1,630,271
(13.86 %)
387,796
(2.00 %)
11,572,827
(33.36 %)
71,687
(2.29 %)
73 Goodes thornscrub tortoise (Sinaloan alternate hap 2019)
GCA_007399395.1
n/a 13,359
(0.95 %)
19,347
(1.51 %)
n/a 44.27
(100.00 %)
n/a 8,736
(100.00 %)
1,404,513
(13.79 %)
334,726
(2.35 %)
9,735,007
(33.33 %)
61,680
(2.32 %)
74 gopher snake (HBS135680 alternate hap 2023)
GCA_029215685.1
n/a 12,291
(1.06 %)
19,125
(2.02 %)
n/a 40.55
(100.00 %)
584
(0.00 %)
1,233
(100.00 %)
1,259,781
(7.92 %)
925,571
(7.56 %)
7,739,320
(45.92 %)
73,681
(2.81 %)
75 gopher snake (HBS135680 primary hap 2023)
GCA_029215655.1
n/a 13,289
(1.09 %)
20,513
(2.09 %)
n/a 40.35
(100.00 %)
603
(0.00 %)
1,029
(100.00 %)
1,325,747
(8.26 %)
973,338
(7.56 %)
8,352,703
(45.38 %)
72,941
(2.59 %)
76 graceful crag lizard (Gifberg primary hap 2022)
GCF_027244095.1
86,666
(4.30 %)
14,269
(0.91 %)
18,195
(1.57 %)
n/a 44.82
(100.00 %)
42
(0.00 %)
44
(100.00 %)
1,644,976
(6.04 %)
823,058
(3.00 %)
11,991,046
(41.43 %)
80,718
(1.90 %)
77 Grand Cayman blue iguana (hap1 2023)
GCA_030412105.1
n/a 14,094
(1.03 %)
17,875
(1.65 %)
n/a 41.62
(99.95 %)
28
(0.05 %)
30
(100.00 %)
1,100,228
(6.21 %)
423,695
(1.33 %)
11,521,828
(32.55 %)
62,978
(2.00 %)
78 Grand Cayman blue iguana (hap2 2023)
GCA_030412085.1
n/a 13,758
(1.02 %)
16,909
(1.62 %)
n/a 41.53
(99.01 %)
19
(0.99 %)
52
(99.01 %)
1,069,189
(6.12 %)
410,262
(1.25 %)
11,390,195
(32.28 %)
60,835
(1.92 %)
79 gray bichir
GCF_016835505.1
48,178
(1.88 %)
12,963
(0.44 %)
24,479
(1.21 %)
n/a 39.32
(99.96 %)
3,166
(0.04 %)
9,856
(100.00 %)
1,765,862
(2.54 %)
1,017,723
(2.38 %)
20,924,763
(47.66 %)
98,862
(1.64 %)
80 great white shark (alternate hap 2021)
GCA_017639455.1
n/a 20
(0.30 %)
63
(2.06 %)
n/a 45.02
(99.98 %)
28
(0.02 %)
39
(100.00 %)
8,165
(60.43 %)
2,740
(27.09 %)
15,863
(31.63 %)
167
(5.51 %)
81 great white shark (primary hap 2021)
GCF_017639515.1
49,865
(1.46 %)
13,010
(0.37 %)
19,263
(0.92 %)
46,152
(1.30 %)
45.21
(99.55 %)
2,645
(0.45 %)
719
(100.00 %)
1,046,023
(4.00 %)
1,584,100
(21.25 %)
23,278,563
(52.42 %)
77,021
(1.94 %)
82 green anole (v1 2011)
GCF_000090745.1
38,096
(3.63 %)
13,021
(1.08 %)
20,780
(1.86 %)
38,266
(3.08 %)
40.32
(94.57 %)
35,533
(5.44 %)
41,987
(94.56 %)
2,415,433
(28.92 %)
702,538
(2.99 %)
8,199,653
(39.69 %)
42,151
(1.18 %)
83 green anole (v2 2010)
GCF_000090745.2
38,096
(3.63 %)
13,140
(1.11 %)
20,772
(1.86 %)
38,229
(3.08 %)
40.32
(94.57 %)
35,530
(5.44 %)
41,986
(94.56 %)
4,455,733
(51.37 %)
702,537
(2.99 %)
8,199,580
(39.69 %)
42,151
(1.18 %)
84 green sea turtle (v2 alternate hap 2021)
GCA_015220195.2
n/a 13,635
(1.05 %)
19,414
(1.61 %)
n/a 44.16
(99.95 %)
60
(0.05 %)
6,797
(99.95 %)
3,221,668
(44.97 %)
275,275
(1.28 %)
9,802,895
(32.14 %)
45,469
(1.48 %)
85 green sea turtle (v2 primary hap 2021)
GCF_015237465.2
84,366
(4.63 %)
14,725
(1.06 %)
17,444
(1.56 %)
n/a 44.01
(99.44 %)
298
(0.56 %)
93
(100.00 %)
1,701,640
(14.83 %)
304,306
(1.25 %)
11,135,147
(31.96 %)
49,025
(1.44 %)
86 High Himalaya frog
GCF_000935625.1
26,109
(1.87 %)
13,695
(0.94 %)
28,085
(2.39 %)
n/a 42.55
(96.32 %)
122,325
(3.70 %)
147,513
(96.30 %)
536,058
(1.39 %)
794,563
(5.48 %)
11,465,450
(37.44 %)
219,772
(3.92 %)
87 horn shark (hap1 2024)
GCA_036365525.1
n/a 15,006
(0.28 %)
22,481
(0.80 %)
n/a 45.05
(99.53 %)
2,781
(0.47 %)
2,532
(99.97 %)
1,344,546
(5.76 %)
2,364,825
(28.34 %)
5,088
(99.53 %)
89,340
(2.10 %)
88 horn shark (hap2 2024)
GCA_036365495.1
n/a 12,766
(0.30 %)
21,591
(0.87 %)
n/a 44.88
(99.43 %)
2,790
(0.57 %)
1,496
(100.00 %)
1,008,880
(5.19 %)
1,596,129
(22.32 %)
22,180,341
(62.98 %)
82,276
(1.85 %)
89 hourglass treefrog (maternal 2023)
GCA_027789725.1
n/a 14,359
(0.89 %)
32,575
(2.67 %)
n/a 43.88
(95.18 %)
788
(4.82 %)
3,358
(95.18 %)
922,807
(2.38 %)
1,744,603
(15.45 %)
10,318,168
(48.47 %)
244,270
(5.02 %)
90 hourglass treefrog (paternal 2023)
GCA_027789765.1
n/a 14,058
(0.89 %)
31,050
(2.69 %)
n/a 43.97
(99.70 %)
804
(0.30 %)
2,200
(100.00 %)
906,816
(2.43 %)
1,710,859
(17.48 %)
10,069,798
(51.41 %)
235,277
(5.56 %)
91 Iberian parsley frog (aPelIbe1 2024)
GCA_036172795.1
n/a 14,141
(0.97 %)
22,232
(2.16 %)
n/a 39.73
(100.00 %)
262
(0.00 %)
99
(100.00 %)
944,742
(4.86 %)
1,927,659
(22.26 %)
8,988,510
(49.29 %)
77,721
(1.73 %)
92 Iberian ribbed newt (20211129_DDA 2022)
GCA_026652325.1
n/a 15,136
(0.10 %)
n/a n/a 45.95
(100.00 %)
922
(0.00 %)
296
(100.00 %)
4,478,794
(1.33 %)
6,452,537
(8.86 %)
1,189
(100.00 %)
1,581,360
(4.00 %)
93 Indo-Pacific tarpon (alternate hap 2020)
GCA_013368575.1
n/a 17,858
(2.43 %)
32,738
(5.46 %)
n/a 43.05
(100.00 %)
3
(0.00 %)
4,333
(100.00 %)
583,632
(3.71 %)
418,411
(3.74 %)
5,198,155
(21.50 %)
76,879
(3.71 %)
94 Komodo dragon (SLA01 2019)
GCF_004798865.1
43,331
(4.33 %)
13,543
(1.31 %)
18,081
(2.11 %)
n/a 44.04
(99.03 %)
19,737
(0.97 %)
1,411
(100.00 %)
753,603
(4.91 %)
263,965
(1.41 %)
8,061,012
(24.65 %)
49,808
(4.28 %)
95 Lataste's viper (alternate hap 2022)
GCA_024294605.1
n/a 13,155
(1.15 %)
22,239
(2.06 %)
n/a 41.01
(100.00 %)
1
(0.00 %)
6,800
(100.00 %)
1,155,093
(7.75 %)
707,777
(4.25 %)
7,071,611
(44.00 %)
104,556
(4.39 %)
96 Lataste's viper (primary hap 2022)
GCA_024294585.1
n/a 13,350
(1.17 %)
18,904
(1.93 %)
n/a 40.96
(99.78 %)
769
(0.22 %)
56
(100.00 %)
1,209,793
(7.69 %)
762,735
(5.06 %)
7,424,674
(44.80 %)
110,631
(4.07 %)
97 leatherback sea turtle (v4 primary hap 2021 refseq G10K)
GCF_009764565.3
73,318
(3.97 %)
14,610
(1.03 %)
16,358
(1.45 %)
n/a 43.35
(99.74 %)
668
(0.26 %)
40
(100.00 %)
1,694,449
(14.90 %)
304,773
(1.14 %)
11,121,962
(34.21 %)
35,485
(1.36 %)
98 leatherback sea turtle (v2 alternate hap 2020)
GCA_009762595.2
n/a 11,035
(1.05 %)
16,064
(1.50 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
7
(0.00 %)
9,006
(100.00 %)
2,685,200
(47.08 %)
208,060
(1.19 %)
7,184,246
(33.31 %)
25,133
(1.42 %)
99 leopard gecko (TG4126 2023)
GCF_028583425.1
37,120
(2.89 %)
14,358
(0.93 %)
23,080
(1.92 %)
n/a 44.06
(100.00 %)
62
(0.00 %)
76
(100.00 %)
969,188
(4.21 %)
557,245
(2.88 %)
11,096,222
(37.91 %)
82,956
(2.56 %)
100 little skate (New England 2023)
GCF_028641065.1
40,008
(3.35 %)
11,836
(0.67 %)
25,770
(1.80 %)
n/a 44.13
(100.00 %)
862
(0.00 %)
1,769
(100.00 %)
8,221,960
(66.45 %)
1,044,111
(3.71 %)
10,050,264
(53.79 %)
205,567
(4.36 %)
101 loggerhead turtle (SJ_126:Eziel1 2022)
GCF_023653815.1
61,631
(3.99 %)
14,678
(1.05 %)
17,405
(1.52 %)
42,180
(2.89 %)
44.04
(99.90 %)
745
(0.10 %)
2,008
(100.00 %)
1,279,721
(12.58 %)
319,729
(1.29 %)
10,705,612
(33.91 %)
49,015
(1.39 %)
102 mainland tiger snake
GCF_900518725.1
34,251
(3.18 %)
13,445
(1.15 %)
23,410
(1.90 %)
n/a 39.72
(95.17 %)
79,478
(4.84 %)
52,414
(100.00 %)
1,081,503
(6.00 %)
711,408
(2.47 %)
8,047,065
(40.24 %)
61,669
(2.47 %)
103 marbled whiptail (SIMRID8450 2020)
GCA_014337955.1
n/a 13,646
(1.27 %)
18,378
(2.09 %)
n/a 42.67
(94.37 %)
166,840
(5.67 %)
3,826
(100.00 %)
809,278
(4.31 %)
439,020
(1.66 %)
8,665,254
(33.02 %)
41,638
(1.70 %)
104 meadow viper (primary hap 2022)
GCA_947247035.1
n/a 13,282
(1.16 %)
18,653
(1.90 %)
n/a 40.93
(99.98 %)
1,819
(0.02 %)
384
(100.00 %)
1,187,501
(7.72 %)
762,639
(6.28 %)
7,428,147
(45.35 %)
101,007
(3.95 %)
105 meadow viper (alternate hap 2022)
GCA_947247025.1
n/a 10,549
(1.13 %)
20,171
(2.08 %)
n/a 41.02
(100.00 %)
12
(0.00 %)
9,587
(100.00 %)
889,533
(7.84 %)
565,831
(6.37 %)
5,968,624
(41.74 %)
73,632
(3.80 %)
106 Mexican gopher tortoise (WGS:JAMKFC01 2022)
GCF_025201925.1
62,007
(3.15 %)
14,883
(0.96 %)
18,524
(1.48 %)
n/a 44.69
(96.36 %)
1,866
(3.64 %)
621
(100.00 %)
1,372,189
(11.32 %)
472,501
(3.42 %)
11,362,604
(34.69 %)
73,700
(2.04 %)
107 Mexican gopher tortoise (WGS:JAMKFD01 2022)
GCA_025201965.1
n/a 15,425
(0.94 %)
20,005
(1.48 %)
n/a 44.46
(95.51 %)
1,790
(4.49 %)
4,782
(95.51 %)
1,404,726
(11.28 %)
453,302
(2.47 %)
11,996,092
(34.08 %)
77,167
(2.14 %)
108 mimic poison frog (primary hap 2023)
GCA_032444005.1
n/a 14,957
(0.34 %)
n/a n/a 44.95
(100.00 %)
765
(0.00 %)
1,686
(100.00 %)
1,716,760
(1.89 %)
4,088,695
(23.45 %)
2,437
(100.00 %)
n/a
109 Mississippi paddlefish
GCF_017654505.1
66,226
(6.17 %)
21,806
(1.85 %)
31,525
(3.80 %)
n/a 39.02
(99.89 %)
2,963
(0.11 %)
7,192
(99.89 %)
1,126,936
(3.66 %)
877,525
(6.33 %)
9,039,918
(36.85 %)
29,954
(1.06 %)
110 Northern rubber boa (HBS 135849 alternate hap 2022)
GCA_023362785.1
n/a 12,816
(1.09 %)
18,099
(1.83 %)
n/a 41.86
(100.00 %)
84
(0.00 %)
224
(100.00 %)
1,081,107
(4.01 %)
728,703
(4.64 %)
6,961,724
(42.46 %)
128,617
(3.90 %)
111 Northern rubber boa (HBS 135849 primary hap 2022)
GCA_023362775.1
n/a 13,531
(1.08 %)
18,971
(1.81 %)
n/a 41.83
(100.00 %)
85
(0.00 %)
289
(100.00 %)
1,138,891
(3.99 %)
798,941
(5.00 %)
7,476,142
(42.85 %)
135,874
(3.88 %)
112 Northwestern pond turtle (WTP2003 alternate hap 2022)
GCA_022086895.1
n/a 14,212
(1.00 %)
20,203
(1.65 %)
n/a 44.72
(99.99 %)
1,800
(0.01 %)
2,508
(100.00 %)
4,246,095
(48.91 %)
442,393
(1.88 %)
10,453,096
(35.71 %)
134,572
(3.12 %)
113 Northwestern pond turtle (WTP2003 primary hap 2022)
GCA_022086475.1
n/a 14,862
(1.02 %)
19,830
(1.62 %)
n/a 44.76
(100.00 %)
148
(0.00 %)
48
(100.00 %)
4,413,681
(48.88 %)
459,701
(1.92 %)
11,014,102
(35.89 %)
141,800
(3.08 %)
114 olive python (hap1 2023)
GCA_030867105.1
n/a 13,448
(1.31 %)
17,745
(2.07 %)
n/a 40.20
(99.98 %)
73
(0.02 %)
116
(99.98 %)
741,052
(2.98 %)
411,477
(3.31 %)
7,668,994
(30.14 %)
34,560
(2.18 %)
115 olive python (hap2 2023)
GCA_030867085.1
n/a 13,421
(1.31 %)
17,659
(2.08 %)
n/a 40.15
(99.66 %)
93
(0.34 %)
158
(99.66 %)
733,358
(2.95 %)
403,552
(3.04 %)
7,746,871
(29.97 %)
34,363
(2.08 %)
116 one-colored caecilian (2021)
GCA_901765095.2
n/a 14,569
(0.43 %)
30,498
(1.16 %)
n/a 44.01
(98.99 %)
2,452
(1.01 %)
1,081
(100.00 %)
1,894,383
(1.68 %)
1,670,443
(3.30 %)
22,207,143
(52.43 %)
414,828
(3.91 %)
117 painted frog (alternate hap 2022)
GCA_027410455.1
n/a 7,223
(0.52 %)
11,927
(1.11 %)
n/a 38.96
(100.00 %)
76
(0.00 %)
4,081
(100.00 %)
988,792
(3.99 %)
1,766,202
(10.24 %)
9,974,001
(52.99 %)
64,462
(1.33 %)
118 painted frog (primary hap 2022)
GCA_027410445.1
n/a 14,522
(0.54 %)
21,861
(1.14 %)
n/a 39.52
(98.39 %)
3,681
(1.61 %)
1,318
(100.00 %)
1,928,844
(4.34 %)
3,684,477
(13.44 %)
19,091,818
(55.21 %)
127,760
(1.34 %)
119 Papuan ground boa (hap1 2024)
GCA_035125265.1
n/a 13,365
(1.26 %)
17,388
(1.98 %)
n/a 41.07
(100.00 %)
99
(0.00 %)
279
(100.00 %)
726,428
(2.81 %)
331,756
(2.05 %)
7,184,711
(33.57 %)
51,973
(2.70 %)
120 Papuan ground boa (hap2 2024)
GCA_035149785.1
n/a 13,390
(1.26 %)
17,496
(1.99 %)
n/a 41.07
(100.00 %)
101
(0.00 %)
150
(100.00 %)
728,574
(2.82 %)
348,605
(2.13 %)
7,199,124
(33.55 %)
51,807
(2.69 %)
121 pitted-shelled turtle (YL-2023 2023)
GCA_033958435.1
n/a 14,675
(1.05 %)
16,697
(1.47 %)
n/a 45.55
(100.00 %)
12
(0.00 %)
134
(100.00 %)
3,772,260
(47.94 %)
322,081
(1.52 %)
11,123,166
(34.14 %)
129,645
(3.29 %)
122 plains spadefoot toad (alternate hap 2022)
GCA_027382365.2
n/a 10,906
(1.98 %)
19,820
(4.33 %)
n/a 40.04
(100.00 %)
n/a 1,516
(100.00 %)
390,896
(3.25 %)
482,493
(7.83 %)
4,361,670
(34.36 %)
52,508
(3.70 %)
123 plains spadefoot toad (primary hap 2022)
GCF_027358695.1
41,009
(4.67 %)
13,912
(2.00 %)
25,745
(4.50 %)
n/a 40.45
(99.61 %)
102
(0.39 %)
17
(100.00 %)
497,976
(3.84 %)
645,915
(10.08 %)
5,232,342
(36.26 %)
72,598
(4.35 %)
124 prickly gecko (False Entrance Well CCM8104 2023)
GCF_032191835.1
35,366
(2.07 %)
14,394
(0.79 %)
23,371
(1.60 %)
n/a 44.78
(99.99 %)
1,608
(0.01 %)
661
(100.00 %)
1,995,033
(8.75 %)
823,022
(6.51 %)
12,116,860
(46.84 %)
117,191
(3.14 %)
125 Puerto Rican coqui (hap1 2024)
GCA_035609145.1
n/a 13,881
(0.57 %)
32,313
(1.67 %)
n/a 44.91
(100.00 %)
659
(0.00 %)
963
(100.00 %)
1,044,181
(1.98 %)
1,442,189
(16.51 %)
14,710,175
(54.00 %)
501,931
(8.81 %)
126 Puerto Rican coqui (hap2 2024)
GCA_035609135.1
n/a 13,892
(0.57 %)
32,011
(1.64 %)
n/a 44.93
(100.00 %)
685
(0.00 %)
843
(100.00 %)
1,042,636
(2.00 %)
1,430,690
(16.22 %)
14,621,029
(53.91 %)
503,166
(8.84 %)
127 red-eared slider turtle
GCF_013100865.1
47,272
(3.27 %)
13,909
(1.05 %)
16,674
(1.54 %)
n/a 43.81
(96.14 %)
25,390
(3.86 %)
138
(100.00 %)
1,686,633
(15.06 %)
271,837
(0.81 %)
10,802,900
(30.74 %)
93,811
(1.90 %)
128 reedfish (alternate hap 2021)
GCA_900700845.3
n/a 11,382
(0.41 %)
28,399
(1.33 %)
n/a 39.39
(99.99 %)
17
(0.01 %)
17,099
(99.99 %)
6,708,926
(37.23 %)
883,916
(2.81 %)
16,745,782
(46.94 %)
74,951
(1.15 %)
129 Reeves's turtle
GCF_016161935.1
86,238
(3.40 %)
15,165
(0.98 %)
21,405
(1.66 %)
n/a 44.98
(100.00 %)
398
(0.00 %)
230
(100.00 %)
1,854,279
(14.68 %)
448,403
(2.11 %)
11,329,581
(34.64 %)
119,002
(2.82 %)
130 Ringneck snake (HBS135679 primary hap 2022)
GCA_023053685.1
n/a 13,357
(1.06 %)
20,426
(1.94 %)
n/a 41.20
(100.00 %)
723
(0.00 %)
444
(100.00 %)
1,451,537
(9.36 %)
1,095,484
(10.35 %)
7,870,309
(48.66 %)
142,495
(4.04 %)
131 royal ground snake (hap1 2023)
GCA_031021105.1
n/a 13,327
(0.96 %)
20,347
(1.68 %)
n/a 41.25
(99.99 %)
1,391
(0.01 %)
400
(100.00 %)
1,983,903
(10.40 %)
1,698,731
(7.29 %)
9,084,707
(53.44 %)
130,852
(4.47 %)
132 royal ground snake (hap2 2023)
GCA_031021085.1
n/a 13,845
(0.96 %)
23,108
(1.86 %)
n/a 41.26
(100.00 %)
n/a 1,128
(100.00 %)
2,008,682
(10.16 %)
1,718,408
(7.36 %)
9,467,451
(52.99 %)
140,557
(4.65 %)
133 royal ground snake (hap3 2023)
GCA_031001685.1
n/a 12,606
(0.83 %)
22,421
(1.62 %)
n/a 41.63
(100.00 %)
n/a 3,543
(100.00 %)
2,080,172
(11.19 %)
1,814,619
(9.22 %)
8,889,119
(57.36 %)
145,328
(4.63 %)
134 rufous frog (hap1 2023)
GCA_031893025.1
n/a 13,727
(0.84 %)
24,896
(2.06 %)
n/a 42.95
(99.51 %)
973
(0.49 %)
2,266
(100.00 %)
729,332
(2.15 %)
1,402,564
(24.45 %)
8,156,596
(55.96 %)
175,180
(3.64 %)
135 rufous frog (hap2 2023)
GCA_031893055.1
n/a 13,538
(0.88 %)
24,311
(2.15 %)
n/a 42.96
(99.07 %)
976
(0.93 %)
1,266
(100.00 %)
711,895
(2.18 %)
1,219,160
(21.56 %)
7,988,458
(54.14 %)
170,920
(3.48 %)
136 San Diegan legless lizard (HBS135921 alternate hap 2023)
GCA_029215795.1
n/a 14,039
(1.09 %)
19,528
(1.85 %)
n/a 43.71
(100.00 %)
31
(0.00 %)
122
(100.00 %)
1,307,065
(5.31 %)
672,219
(3.50 %)
9,949,858
(39.30 %)
83,890
(3.97 %)
137 San Diegan legless lizard (HBS135921 primary hap 2023)
GCA_029215775.1
n/a 14,065
(1.09 %)
19,430
(1.84 %)
n/a 43.71
(100.00 %)
21
(0.00 %)
155
(100.00 %)
1,307,771
(5.32 %)
672,054
(3.42 %)
9,846,806
(39.03 %)
83,805
(3.99 %)
138 San Diegan tiger whiptail (HBS 135688 2022)
GCA_023333525.1
n/a 10,727
(1.18 %)
14,669
(1.99 %)
n/a 43.32
(100.00 %)
39
(0.00 %)
113
(100.00 %)
741,937
(6.29 %)
448,194
(5.60 %)
7,227,870
(36.97 %)
42,621
(2.15 %)
139 San Diegan tiger whiptail (alternate hap HBS 135688 2022)
GCA_023333555.1
n/a 13,288
(1.15 %)
18,137
(1.98 %)
n/a 43.29
(100.00 %)
44
(0.00 %)
227
(100.00 %)
909,096
(6.37 %)
544,302
(5.70 %)
8,280,652
(39.20 %)
51,923
(2.21 %)
140 San Diego alligator lizard (HBS135686 alternate hap 2022)
GCA_023053675.1
n/a 14,107
(1.14 %)
19,600
(1.95 %)
n/a 43.58
(100.00 %)
27
(0.00 %)
627
(100.00 %)
1,563,836
(7.79 %)
758,521
(4.15 %)
9,213,810
(40.44 %)
81,126
(2.79 %)
141 San Diego alligator lizard (HBS135686 primary hap 2022)
GCA_023053635.1
n/a 14,075
(1.15 %)
19,587
(1.99 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
23
(0.00 %)
85
(100.00 %)
1,577,744
(7.81 %)
774,690
(3.78 %)
9,248,062
(40.42 %)
80,183
(2.48 %)
142 San Diego ringneck snake (HBS135679 alternate hap 2022)
GCA_023053665.1
n/a 10,911
(1.00 %)
17,586
(1.79 %)
n/a 41.17
(100.00 %)
572
(0.00 %)
2,064
(100.00 %)
1,265,045
(10.30 %)
989,149
(13.38 %)
6,503,035
(50.62 %)
123,274
(4.17 %)
143 sand lizard (alternate hap 2019)
GCA_009819545.1
n/a 14,226
(1.28 %)
25,396
(2.33 %)
n/a 43.80
(100.00 %)
2
(0.00 %)
12,662
(100.00 %)
1,001,433
(5.27 %)
445,157
(1.79 %)
7,227,826
(34.26 %)
80,300
(2.76 %)
144 sand lizard (primary hap 2019)
GCF_009819535.1
41,701
(3.64 %)
14,350
(1.48 %)
19,231
(2.45 %)
32,804
(4.14 %)
43.75
(99.75 %)
379
(0.25 %)
29
(100.00 %)
975,474
(5.32 %)
425,414
(1.76 %)
7,135,165
(34.49 %)
76,053
(2.68 %)
145 Sardinian treefrog (hap1 2023 refseq)
GCF_029499605.1
108,406
(1.98 %)
13,959
(0.46 %)
n/a n/a 43.90
(99.99 %)
2,297
(0.01 %)
3,474
(100.00 %)
1,903,654
(2.85 %)
2,970,691
(16.56 %)
15,354,577
(64.31 %)
652,708
(8.36 %)
146 Sardinian treefrog (hap2 2023)
GCA_029493135.1
n/a 14,077
(0.47 %)
36,608
(1.60 %)
n/a 43.86
(99.99 %)
2,097
(0.01 %)
2,802
(100.00 %)
1,819,971
(2.73 %)
2,865,173
(16.12 %)
15,335,602
(63.85 %)
651,438
(8.09 %)
147 Schlegel's Japanese gecko
GCF_001447785.1
25,177
(1.78 %)
14,549
(0.82 %)
28,002
(1.69 %)
n/a 45.48
(96.46 %)
143,970
(3.54 %)
335,470
(96.46 %)
889,760
(2.21 %)
666,492
(2.83 %)
12,865,811
(39.14 %)
160,022
(2.80 %)
148 sea lamprey (alternate hap 2020)
GCA_010993595.1
n/a 6,180
(0.71 %)
31,191
(4.14 %)
n/a 48.30
(100.00 %)
11
(0.00 %)
4,064
(100.00 %)
1,494,745
(38.42 %)
891,392
(20.02 %)
4,259,383
(49.70 %)
147,499
(35.87 %)
149 sea lamprey (primary hap 2020)
GCF_010993605.1
41,241
(6.50 %)
7,638
(0.70 %)
36,336
(4.06 %)
83,714
(10.03 %)
48.31
(98.62 %)
930
(1.38 %)
1,434
(100.00 %)
1,920,851
(39.36 %)
1,194,165
(21.47 %)
5,320,620
(50.50 %)
178,590
(35.88 %)
150 sharpnose sevengill shark (hap1 2024)
GCA_035084215.1
n/a 12,780
(0.49 %)
24,543
(1.38 %)
n/a 44.37
(99.99 %)
1,834
(0.01 %)
1,880
(100.00 %)
597,122
(2.28 %)
1,112,137
(17.97 %)
12,108,056
(57.48 %)
117,585
(3.42 %)
151 sharpnose sevengill shark (hap2 2024)
GCA_035084135.1
n/a 12,603
(0.52 %)
23,419
(1.42 %)
n/a 44.36
(99.99 %)
1,695
(0.01 %)
2,889
(99.99 %)
559,171
(2.08 %)
973,228
(15.01 %)
11,768,442
(55.69 %)
108,468
(3.25 %)
152 smaller spotted catshark (alternate hap 2021)
GCA_902713625.2
n/a 11,589
(0.31 %)
32,603
(1.10 %)
n/a 47.54
(100.00 %)
6
(0.00 %)
26,655
(100.00 %)
1,346,532
(1.83 %)
1,273,326
(5.35 %)
19,727,443
(51.55 %)
427,693
(8.25 %)
153 smaller spotted catshark (v1.2 primary hap 2021 genbank)
GCA_902713615.2
n/a 12,587
(0.36 %)
23,986
(1.08 %)
n/a 47.65
(98.48 %)
7,146
(1.52 %)
645
(100.00 %)
1,451,634
(1.94 %)
1,448,619
(6.25 %)
20,884,741
(51.41 %)
456,658
(8.18 %)
154 smalltooth sawfish (primary hap 2019 refseq)
GCF_009764475.1
40,257
(2.94 %)
12,157
(0.69 %)
18,627
(1.55 %)
n/a 42.38
(99.09 %)
698
(0.91 %)
172
(100.00 %)
4,824,261
(54.91 %)
391,531
(1.52 %)
11,282,260
(38.19 %)
45,398
(1.34 %)
155 smalltooth sawfish (alternate hap 2019)
GCA_009764485.1
n/a 9,086
(0.58 %)
20,468
(1.57 %)
n/a 42.65
(100.00 %)
n/a 10,892
(100.00 %)
315,695
(1.23 %)
320,148
(1.73 %)
8,305,059
(38.33 %)
37,147
(1.43 %)
156 Southern alligator lizard (San Diego HBS135686 primary hap 2024)
GCA_023053635.2
n/a 14,093
(1.15 %)
19,338
(1.96 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
73
(0.00 %)
35
(100.00 %)
1,577,751
(7.81 %)
774,117
(3.78 %)
9,248,069
(40.42 %)
80,183
(2.48 %)
157 Southern Pacific rattlesnake (HBS135844 alternate hap 2022)
GCA_024509165.1
n/a 13,381
(1.17 %)
19,541
(1.96 %)
n/a 39.82
(100.00 %)
34
(0.00 %)
340
(100.00 %)
1,137,408
(8.97 %)
740,163
(7.59 %)
7,520,676
(44.43 %)
47,268
(1.61 %)
158 Southern Pacific rattlesnake (HBS135844 primary hap 2022)
GCA_024509115.1
n/a 12,626
(1.16 %)
18,965
(1.95 %)
n/a 40.05
(99.99 %)
443
(0.01 %)
1,139
(99.99 %)
1,095,605
(9.34 %)
713,734
(8.45 %)
6,942,208
(44.93 %)
46,378
(2.04 %)
159 Southwestern pond turtle (HBS135687 alternate hap 2022)
GCA_023634275.1
n/a 14,998
(0.98 %)
20,146
(1.60 %)
n/a 44.84
(100.00 %)
64
(0.00 %)
324
(100.00 %)
1,562,785
(12.68 %)
484,638
(2.00 %)
11,089,433
(36.29 %)
143,601
(3.21 %)
160 Southwestern pond turtle (HBS135687 primary hap 2022)
GCA_023634205.1
n/a 14,971
(0.99 %)
19,756
(1.60 %)
n/a 44.77
(100.00 %)
53
(0.00 %)
106
(100.00 %)
1,545,155
(12.63 %)
465,697
(1.95 %)
11,181,681
(36.13 %)
142,383
(3.05 %)
161 spotted gar
GCF_000242695.1
45,681
(8.02 %)
13,054
(1.95 %)
46,362
(15.00 %)
n/a 39.59
(91.93 %)
43,276
(8.08 %)
45,199
(91.92 %)
203,614
(1.02 %)
123,247
(0.80 %)
5,837,321
(22.82 %)
38,507
(2.24 %)
162 spotted ratfish (hap1 2024)
GCA_035084065.1
n/a 10,920
(1.26 %)
14,403
(2.60 %)
n/a 43.46
(99.96 %)
2,088
(0.04 %)
1,042
(100.00 %)
3,325,883
(44.48 %)
604,780
(8.87 %)
5,926,808
(44.92 %)
64,249
(4.00 %)
163 spotted ratfish (hap2 2024)
GCA_035084275.1
n/a 10,694
(1.38 %)
13,221
(2.62 %)
n/a 42.85
(99.96 %)
1,952
(0.04 %)
532
(100.00 %)
3,108,151
(44.68 %)
498,592
(6.00 %)
5,634,132
(43.16 %)
50,785
(2.94 %)
164 sterlet (maternal hap 2022 refseq)
GCF_902713425.1
110,154
(7.62 %)
25,364
(1.76 %)
40,715
(4.06 %)
n/a 40.11
(100.00 %)
433
(0.00 %)
1,731
(100.00 %)
4,055,215
(43.14 %)
1,124,096
(10.13 %)
9,426,172
(41.81 %)
64,522
(2.85 %)
165 sterlet (paternal fAciRut3.2 2022)
GCA_902713435.2
n/a 24,717
(1.73 %)
40,151
(4.13 %)
74,807
(5.54 %)
40.09
(99.99 %)
475
(0.01 %)
1,517
(100.00 %)
1,844,596
(9.77 %)
1,119,340
(9.88 %)
9,372,934
(41.58 %)
65,007
(2.74 %)
166 sterlet (v2 Gen_M01 2020)
GCF_010645085.2
73,195
(5.77 %)
24,716
(1.77 %)
39,692
(3.97 %)
n/a 39.75
(99.93 %)
6,251
(0.07 %)
3,368
(100.00 %)
3,869,521
(43.26 %)
1,093,425
(6.82 %)
9,976,052
(39.33 %)
60,325
(1.97 %)
167 Suwannee snapping turtle (hap1 2023)
GCA_033296515.1
n/a 14,713
(1.06 %)
18,602
(1.60 %)
n/a 44.58
(100.00 %)
290
(0.00 %)
366
(100.00 %)
1,352,115
(12.17 %)
388,630
(1.94 %)
10,550,154
(33.42 %)
113,023
(3.09 %)
168 Suwannee snapping turtle (hap2 2023)
GCA_033349115.1
n/a 12,226
(1.01 %)
14,117
(1.42 %)
n/a 43.77
(100.00 %)
361
(0.00 %)
199
(100.00 %)
1,202,345
(11.93 %)
304,674
(1.45 %)
9,752,924
(32.81 %)
92,993
(2.75 %)
169 thorny skate (primary hap CabotCenter1 v1.1 2020)
GCF_010909765.2
45,968
(2.40 %)
11,437
(0.60 %)
26,341
(1.72 %)
n/a 44.30
(92.54 %)
3,753
(7.46 %)
957
(100.00 %)
888,163
(2.58 %)
1,176,348
(3.79 %)
9,964,038
(52.25 %)
242,676
(4.73 %)
170 thorny skate (alternate hap CabotCenter1 2020)
GCA_010909745.1
n/a 5,885
(0.35 %)
24,457
(1.45 %)
n/a 44.61
(100.00 %)
3
(0.00 %)
21,995
(100.00 %)
553,415
(2.65 %)
761,469
(4.53 %)
6,043,769
(57.75 %)
159,552
(5.54 %)
171 three-toed box turtle
GCF_002925995.2
35,807
(2.28 %)
16,429
(1.00 %)
26,460
(1.60 %)
33,673
(1.75 %)
44.26
(94.87 %)
53,635
(5.13 %)
48,497
(100.00 %)
2,007,347
(15.00 %)
351,871
(0.86 %)
12,385,245
(31.74 %)
138,405
(2.40 %)
172 tiger rattlesnake
GCF_016545835.1
58,085
(4.72 %)
13,597
(1.18 %)
20,553
(2.03 %)
n/a 39.88
(100.00 %)
n/a 4,228
(100.00 %)
1,142,521
(7.92 %)
739,406
(5.17 %)
7,749,366
(42.91 %)
45,588
(1.61 %)
173 tiny Cayenne caecilian
GCF_901765095.1
41,333
(1.27 %)
14,569
(0.43 %)
30,499
(1.16 %)
n/a 44.01
(98.99 %)
2,452
(1.01 %)
1,081
(100.00 %)
1,835,191
(1.59 %)
1,670,443
(3.30 %)
22,207,145
(52.43 %)
414,828
(3.91 %)
174 tiny Cayenne caecilian (alternate hap 2019)
GCA_901765105.1
n/a 12,197
(0.36 %)
33,747
(1.15 %)
n/a 43.95
(100.00 %)
1
(0.00 %)
23,871
(100.00 %)
1,453,442
(1.57 %)
1,309,062
(3.23 %)
17,953,416
(52.19 %)
326,452
(3.86 %)
175 Townsend's dwarf sphaero (gecko TG3544 2022)
GCF_021028975.2
41,266
(3.35 %)
13,505
(1.05 %)
19,294
(1.78 %)
n/a 45.92
(99.99 %)
2,590
(0.01 %)
1,742
(100.00 %)
938,800
(8.81 %)
627,869
(5.78 %)
9,306,892
(38.57 %)
91,919
(2.91 %)
176 tropical clawed frog
GCF_000004195.4
50,557
(4.71 %)
14,679
(1.97 %)
20,138
(2.76 %)
52,028
(5.20 %)
40.73
(99.80 %)
684
(0.20 %)
167
(100.00 %)
2,289,618
(34.82 %)
708,472
(13.14 %)
6,816,377
(41.73 %)
52,647
(1.35 %)
177 two-lined caecilian (v1.2 2021 genbank)
GCA_901001135.2
n/a 14,449
(0.38 %)
40,573
(1.31 %)
n/a 44.40
(99.36 %)
3,573
(0.64 %)
1,330
(100.00 %)
2,274,606
(1.91 %)
2,036,107
(4.34 %)
29,400,957
(44.09 %)
602,911
(6.66 %)
178 two-lined caecilian (alternate hap 2019)
GCA_901001175.1
n/a 13,456
(0.33 %)
47,486
(1.34 %)
n/a 44.33
(100.00 %)
2
(0.00 %)
27,233
(100.00 %)
1,968,437
(1.91 %)
1,716,136
(3.97 %)
25,847,315
(43.76 %)
523,234
(6.59 %)
179 valley gartersnake (HBS 135685 alternate hap 2023)
GCA_029207655.1
n/a 13,267
(1.12 %)
21,667
(2.38 %)
n/a 41.05
(100.00 %)
403
(0.00 %)
226
(100.00 %)
1,344,601
(8.29 %)
1,035,785
(7.00 %)
8,436,473
(45.10 %)
82,750
(2.69 %)
180 valley gartersnake (HBS 135685 primary hap 2023)
GCA_029207665.1
n/a 12,430
(1.10 %)
20,286
(2.36 %)
n/a 41.12
(100.00 %)
446
(0.00 %)
413
(100.00 %)
1,299,478
(9.62 %)
1,018,398
(8.41 %)
7,790,758
(46.28 %)
81,352
(2.71 %)
181 viviparous/common lizard
GCF_011800845.1
47,034
(5.17 %)
14,311
(1.43 %)
20,571
(2.35 %)
32,442
(3.15 %)
43.97
(97.04 %)
51,275
(2.97 %)
25,252
(100.00 %)
949,801
(5.41 %)
498,048
(1.91 %)
7,668,731
(34.21 %)
88,947
(2.62 %)
182 West African lungfish
GCF_019279795.1
41,847
(0.19 %)
n/a n/a n/a 40.21
(97.52 %)
n/a 12,668
(100.00 %)
16,163,808
(2.67 %)
13,992,750
(5.30 %)
n/a 502,751
(0.52 %)
183 western fence lizard (IW3139 2022)
GCA_023333635.1
n/a 26,067
(1.12 %)
46,795
(2.72 %)
n/a 41.28
(100.00 %)
51
(0.00 %)
1,771
(100.00 %)
2,075,491
(6.60 %)
1,603,401
(7.34 %)
15,565,775
(40.61 %)
184,134
(3.16 %)
184 western fence lizard (IW3139 primary hap 2022)
GCA_023333645.1
n/a 24,835
(1.20 %)
42,146
(2.78 %)
n/a 41.16
(100.00 %)
51
(0.00 %)
659
(100.00 %)
1,842,497
(6.34 %)
1,335,245
(6.14 %)
15,103,683
(37.84 %)
158,311
(2.92 %)
185 western painted turtle (v5 RCT428 2020)
GCF_000241765.5
64,782
(3.76 %)
15,184
(1.08 %)
21,463
(1.64 %)
n/a 44.19
(87.54 %)
184,311
(12.48 %)
259,085
(87.52 %)
4,079,404
(44.68 %)
316,232
(0.93 %)
11,848,718
(27.60 %)
103,623
(1.74 %)
186 western red-tailed skink (HBS 135693 alternate hap 2022)
GCA_026170595.1
n/a 14,019
(1.31 %)
17,620
(2.13 %)
n/a 45.76
(100.00 %)
15
(0.00 %)
39
(100.00 %)
862,216
(4.87 %)
557,627
(3.17 %)
8,002,559
(36.95 %)
183,292
(4.74 %)
187 western red-tailed skink (HBS 135693 primary hap 2022)
GCA_026170395.1
n/a 13,064
(1.32 %)
16,407
(2.16 %)
n/a 45.81
(100.00 %)
12
(0.00 %)
50
(100.00 %)
794,996
(4.86 %)
514,021
(3.46 %)
7,339,914
(37.02 %)
168,847
(4.76 %)
188 western spadefoot toad (hap1 HBS 135690 2023)
GCA_029215705.1
n/a 13,914
(1.72 %)
27,496
(4.28 %)
n/a 40.81
(100.00 %)
198
(0.00 %)
677
(100.00 %)
600,622
(4.04 %)
783,931
(10.70 %)
5,362,245
(41.82 %)
100,334
(5.41 %)
189 western spadefoot toad (hap2 HBS 135690 2023)
GCA_029215755.1
n/a 13,991
(1.72 %)
27,685
(4.24 %)
n/a 40.90
(100.00 %)
190
(0.00 %)
541
(100.00 %)
620,188
(5.00 %)
800,411
(11.19 %)
5,338,766
(42.25 %)
101,603
(5.32 %)
190 western terrestrial garter snake (alternate hap 2019)
GCA_009769695.1
n/a 13,101
(0.94 %)
24,980
(1.75 %)
n/a 41.02
(99.93 %)
19
(0.07 %)
13,642
(99.93 %)
1,410,212
(7.70 %)
1,080,385
(4.56 %)
9,112,844
(43.96 %)
91,606
(2.53 %)
191 western terrestrial garter snake (primary hap 2019)
GCF_009769535.1
33,492
(3.42 %)
13,074
(1.13 %)
18,807
(1.93 %)
31,660
(2.61 %)
40.95
(97.72 %)
1,518
(2.28 %)
365
(100.00 %)
1,271,255
(7.73 %)
979,057
(4.48 %)
8,396,200
(42.63 %)
81,829
(2.47 %)
192 whale shark (Ralph 2017 Emory U)
GCF_001642345.1
31,857
(1.52 %)
11,884
(0.43 %)
28,482
(1.15 %)
n/a 41.78
(100.00 %)
900,650
(0.03 %)
57,334
(100.00 %)
413,201
(1.16 %)
426,542
(2.75 %)
16,418,143
(38.85 %)
35,192
(0.95 %)
193 whale shark (14 2022 Squalomix)
GCF_021869965.1
42,052
(2.43 %)
12,059
(0.52 %)
18,460
(1.22 %)
38,963
(1.77 %)
41.51
(91.61 %)
95,208
(8.40 %)
16,684
(100.00 %)
402,747
(0.97 %)
389,119
(1.49 %)
15,298,245
(34.14 %)
21,050
(0.30 %)
194 whitespotted bambooshark
GCF_004010195.1
54,886
(2.03 %)
12,065
(0.44 %)
19,805
(1.08 %)
n/a 42.06
(94.27 %)
156,554
(5.74 %)
101,977
(100.00 %)
559,291
(0.96 %)
641,094
(3.66 %)
19,566,199
(38.21 %)
28,353
(0.49 %)
195 yellowpond turtle (Southern MM-2020 2021)
GCF_020497125.1
65,526
(3.36 %)
15,560
(0.99 %)
21,233
(1.66 %)
n/a 45.17
(96.24 %)
1,041
(3.76 %)
595
(100.00 %)
1,904,996
(14.25 %)
468,779
(2.21 %)
11,403,005
(33.86 %)
135,646
(3.23 %)
196 zebra shark (6-17 2022 Squalomix)
GCF_022316705.1
48,447
(2.64 %)
11,974
(0.57 %)
15,459
(1.26 %)
n/a 41.78
(93.81 %)
87,372
(6.20 %)
1,266
(100.00 %)
392,676
(0.96 %)
348,115
(1.22 %)
15,176,805
(32.93 %)
20,647
(0.38 %)
197 zebra shark (hap1 2023 refseq)
GCF_030684315.1
58,105
(2.61 %)
12,291
(0.48 %)
16,769
(1.14 %)
n/a 43.41
(99.47 %)
1,159
(0.53 %)
835
(100.00 %)
8,087,543
(64.92 %)
798,373
(9.17 %)
14,838,773
(42.39 %)
45,284
(1.67 %)
198 zebra shark (hap2 2023)
GCA_030684295.1
n/a 12,516
(0.44 %)
17,465
(1.05 %)
n/a 44.66
(99.65 %)
1,203
(0.35 %)
2,136
(99.65 %)
8,278,458
(59.68 %)
903,434
(18.42 %)
14,975,344
(48.25 %)
48,378
(1.60 %)
TOTALS:total assembly count 198

Additional hubs with collections of assemblies
Collection Hub index pages: Assembly statistics: Track statistics:
Primates 207 assemblies assembly stats track stats
Mammals 504 assemblies assembly stats track stats
Birds 326 assemblies assembly stats track stats
Fishes 357 assemblies assembly stats track stats
other vertebrates 198 assemblies assembly stats track stats
Invertebrates 641 assemblies assembly stats track stats
Plants 251 assemblies assembly stats track stats
Fungi 612 assemblies assembly stats track stats
Viruses 265 assemblies assembly stats track stats
Bacteria 74 assemblies assembly stats track stats
legacy/superseded 437 assemblies assembly stats track stats
collections below are subsets of the assemblies above
VGP - Vertebrate Genome Project 775 assemblies assembly stats track stats
CCGP - The California Conservation Genomics Project 126 assemblies assembly stats track stats
HPRC - Human Pangenome Reference Consortium 96 assemblies assembly stats track stats