Mammals genomes assembly hubs, track statistics

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Mammals Genomes assembly hubs, track statistics

Assemblies from NCBI/Genbank/Refseq sources, subset of mammals only.

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count	common name link to genome browser	ncbiRefSeq	xenoRefGene	augustus genes	Ensembl genes	gc5 base	gaps	assembly sequences	Repeat Masker	TRF simpleRepeat	window Masker	cpg islands
1	aardvark (SDZICR_OR568_19922 2012 Broad) GCF_000298275.1	25,607 (1.08 %)	18,351 (1.06 %)	20,358 (0.98 %)	n/a	40.07 (76.89 %)	411,144 (23.15 %)	433,653 (76.85 %)	n/a	536,700 (0.74 %)	18,176,790 (39.08 %)	26,235 (0.40 %)
2	African grass rat (maternal 2020) GCA_011750645.1	n/a	20,916 (2.01 %)	19,513 (1.43 %)	n/a	41.37 (98.89 %)	1,526 (1.11 %)	1,610 (100.00 %)	4,928,847 (37.45 %)	1,652,295 (5.20 %)	13,507,965 (32.27 %)	17,712 (0.51 %)
3	African grass rat (paternal 2020) GCA_011762545.1	n/a	20,796 (2.00 %)	19,611 (1.43 %)	n/a	41.42 (97.70 %)	1,563 (2.30 %)	1,740 (100.00 %)	4,904,243 (37.25 %)	1,672,608 (5.37 %)	13,465,246 (32.19 %)	17,677 (0.50 %)
4	African grass rat (paternal X 2020) GCF_011762505.1	45,963 (2.46 %)	20,878 (1.99 %)	19,613 (1.43 %)	n/a	41.39 (99.19 %)	1,624 (0.81 %)	1,595 (100.00 %)	4,939,557 (37.33 %)	1,674,970 (5.40 %)	13,613,429 (32.71 %)	17,767 (0.51 %)
5	African hunting dog GCA_001887905.1	n/a	18,956 (1.75 %)	17,562 (1.41 %)	n/a	40.98 (92.89 %)	1,415,298 (7.28 %)	803 (100.00 %)	4,458,183 (39.99 %)	658,637 (1.13 %)	13,671,493 (28.24 %)	47,644 (1.64 %)
6	African savanna elephant (2009 refseq) GCF_000001905.1	46,043 (2.30 %)	19,169 (1.26 %)	19,664 (1.10 %)	n/a	40.76 (97.57 %)	93,514 (2.45 %)	95,866 (97.55 %)	6,363,315 (57.54 %)	365,797 (0.88 %)	16,073,053 (44.89 %)	33,513 (0.68 %)
7	agile gracile mouse opossum GCF_016433145.1	30,697 (1.32 %)	17,361 (0.78 %)	17,596 (0.81 %)	n/a	37.86 (91.75 %)	85,142 (8.25 %)	60,714 (100.00 %)	7,917,577 (49.04 %)	1,054,566 (1.57 %)	22,701,659 (37.69 %)	27,301 (0.49 %)
8	alpaca (v3.2 Carlotta AHFN-0088 2019 Deakin U) GCF_000164845.4	54,987 (3.56 %)	18,439 (1.93 %)	18,426 (1.63 %)	n/a	41.40 (95.85 %)	166,272 (4.17 %)	77,389 (100.00 %)	3,004,413 (33.17 %)	315,092 (1.36 %)	12,458,272 (24.89 %)	54,502 (1.38 %)
9	Alpine marmot (2019) GCF_001458135.2	69,587 (3.43 %)	19,047 (1.54 %)	17,768 (1.39 %)	n/a	39.80 (96.13 %)	88,858 (3.88 %)	14,031 (100.00 %)	3,726,252 (26.48 %)	746,953 (1.83 %)	14,066,368 (30.30 %)	30,191 (0.63 %)
10	American beaver (Ward 2017 refseq) GCF_001984765.1	40,013 (2.15 %)	20,867 (1.53 %)	24,201 (1.33 %)	n/a	39.72 (99.99 %)	3,321 (0.01 %)	21,157 (100.00 %)	4,526,430 (33.75 %)	486,353 (1.30 %)	14,347,145 (31.96 %)	23,046 (0.72 %)
11	American bison (2014 refseq) GCF_000754665.1	38,686 (2.34 %)	19,782 (1.47 %)	20,444 (1.25 %)	n/a	41.82 (93.12 %)	341,984 (6.92 %)	470,415 (93.08 %)	n/a	419,596 (0.95 %)	13,519,877 (37.66 %)	60,388 (1.03 %)
12	American black bear (L20-20 alternate hap 2022) GCA_024610745.1	n/a	22,502 (1.17 %)	43,431 (1.28 %)	n/a	43.14 (99.99 %)	n/a	77,311 (100.00 %)	4,587,986 (32.30 %)	773,829 (6.39 %)	14,594,034 (35.67 %)	78,849 (3.32 %)
13	American black bear (L20-20 primary hap 2022) GCA_024610735.1	n/a	18,458 (1.52 %)	21,049 (1.43 %)	n/a	42.93 (100.00 %)	22 (0.00 %)	317 (100.00 %)	4,000,508 (32.69 %)	641,903 (5.91 %)	13,210,530 (35.54 %)	68,981 (3.00 %)
14	American black bear (UA15103 2021) GCF_020975775.1	53,916 (3.11 %)	18,840 (1.73 %)	20,969 (1.50 %)	n/a	42.09 (100.00 %)	n/a	2,213 (100.00 %)	3,936,528 (34.53 %)	594,864 (2.90 %)	13,725,005 (32.35 %)	62,580 (1.91 %)
15	American mink (2018) GCA_900108605.1	n/a	18,686 (1.70 %)	20,016 (1.50 %)	36,997 (1.74 %)	41.60 (92.95 %)	154,172 (7.07 %)	161,347 (92.93 %)	4,350,343 (38.70 %)	606,128 (1.17 %)	13,605,797 (28.74 %)	54,199 (1.98 %)
16	American mink (M4711 2021 Dalhousie U) GCF_020171115.1	50,253 (2.26 %)	18,949 (1.49 %)	20,914 (1.29 %)	n/a	42.26 (100.00 %)	n/a	183 (100.00 %)	4,705,680 (39.15 %)	795,684 (5.50 %)	14,085,357 (37.99 %)	63,307 (2.38 %)
17	American pika 3.0 (2012 Broad refseq) GCF_000292845.1	26,253 (1.93 %)	17,576 (1.61 %)	20,076 (1.70 %)	n/a	43.35 (87.20 %)	122,542 (12.82 %)	132,962 (87.18 %)	2,761,257 (29.47 %)	414,896 (1.07 %)	10,968,698 (26.71 %)	44,652 (1.14 %)
18	American pika 4.0 (UAM:Mamm:113957 2020) GCF_014633375.1	31,887 (1.92 %)	17,532 (1.60 %)	19,609 (1.65 %)	n/a	43.35 (87.14 %)	124,941 (12.88 %)	9,351 (100.00 %)	2,827,662 (29.77 %)	414,980 (1.07 %)	10,969,165 (26.69 %)	44,743 (1.13 %)
19	Amur tiger (TaeGuk 2013 refseq) GCF_000464555.1	33,681 (2.23 %)	17,929 (1.49 %)	15,090 (1.29 %)	n/a	41.40 (97.59 %)	155,553 (2.44 %)	157,032 (97.56 %)	n/a	831,136 (1.67 %)	13,654,437 (31.78 %)	65,229 (1.60 %)
20	Antarctic minke whale GCA_000978805.1	n/a	23,312 (1.49 %)	45,535 (1.26 %)	n/a	40.73 (99.37 %)	299,456 (0.64 %)	720,900 (99.36 %)	4,011,313 (41.13 %)	504,837 (1.04 %)	13,553,641 (30.96 %)	56,223 (1.31 %)
21	Antillean ghost-faced bat GCA_004026545.1	n/a	20,088 (1.74 %)	31,558 (1.63 %)	n/a	41.74 (99.97 %)	1,835 (0.01 %)	207,094 (99.99 %)	3,025,044 (30.67 %)	332,606 (0.70 %)	12,504,556 (28.79 %)	65,503 (2.30 %)
22	aoudad GCA_002201775.1	n/a	19,905 (1.62 %)	27,488 (1.60 %)	n/a	42.01 (95.96 %)	186,672 (4.05 %)	263,992 (95.95 %)	5,418,013 (45.05 %)	471,426 (1.19 %)	13,396,252 (36.94 %)	48,844 (1.32 %)
23	Arabian camel (Drom800 2019 refseq) GCF_000803125.2	64,519 (3.85 %)	18,483 (1.89 %)	20,554 (1.62 %)	n/a	41.51 (99.22 %)	47,342 (0.79 %)	21,070 (100.00 %)	3,233,022 (34.07 %)	345,049 (1.55 %)	13,383,050 (26.19 %)	58,872 (1.79 %)
24	Arctic fox (Blue_001 2021 refseq) GCF_018345385.1	60,759 (3.11 %)	19,942 (1.72 %)	19,529 (1.38 %)	n/a	41.27 (100.00 %)	529 (0.00 %)	929 (100.00 %)	4,821,229 (41.22 %)	1,006,124 (2.31 %)	13,556,149 (32.92 %)	49,997 (2.23 %)
25	Arctic ground squirrel GCF_003426925.1	39,569 (2.25 %)	18,954 (1.74 %)	19,372 (1.45 %)	n/a	39.95 (89.51 %)	2,429,461 (10.59 %)	15,883 (100.00 %)	4,400,304 (32.67 %)	672,831 (1.50 %)	13,913,477 (26.41 %)	27,575 (0.72 %)
26	Asian palm civet GCA_004024585.1	n/a	22,124 (1.43 %)	43,710 (1.39 %)	n/a	42.52 (99.95 %)	4,533 (0.02 %)	442,658 (99.98 %)	4,877,367 (40.32 %)	754,440 (1.35 %)	14,557,779 (32.29 %)	148,246 (5.67 %)
27	Asiatic elephant (mEleMax1 alternate hap 2022) GCA_024166345.1	n/a	17,906 (1.18 %)	21,966 (1.14 %)	n/a	41.14 (100.00 %)	n/a	6,361 (100.00 %)	3,818,524 (29.72 %)	533,426 (3.22 %)	14,381,781 (47.30 %)	50,264 (1.15 %)
28	Asiatic elephant (mEleMax1 primary hap 2022) GCF_024166365.1	61,202 (2.60 %)	18,887 (1.13 %)	21,194 (1.06 %)	n/a	41.14 (99.90 %)	126 (0.10 %)	64 (100.00 %)	4,358,470 (31.27 %)	663,094 (4.56 %)	16,261,778 (48.66 %)	69,120 (1.32 %)
29	Asiatic tapir GCA_004024905.1	n/a	20,854 (1.73 %)	28,046 (1.39 %)	n/a	40.91 (99.96 %)	4,333 (0.02 %)	284,468 (99.98 %)	3,802,671 (39.88 %)	335,521 (0.73 %)	15,053,564 (30.25 %)	39,691 (1.17 %)
30	ass (Dezhou 2021) GCF_016077325.2	84,046 (4.01 %)	18,838 (1.75 %)	20,239 (1.42 %)	n/a	41.42 (99.86 %)	1,922 (0.15 %)	50 (100.00 %)	3,840,509 (41.57 %)	319,943 (0.81 %)	14,889,114 (29.46 %)	41,082 (1.37 %)
31	ass (Maral har 2015 refseq) GCF_001305755.1	48,989 (3.12 %)	18,838 (1.78 %)	19,295 (1.44 %)	n/a	41.28 (98.63 %)	69,593 (1.38 %)	2,167 (100.00 %)	3,731,432 (40.84 %)	289,737 (0.96 %)	14,695,308 (28.58 %)	40,025 (1.06 %)
32	Australian echidna (mTacAcu1 alternate hap 2020) GCA_015852515.1	n/a	13,505 (1.03 %)	18,978 (1.47 %)	n/a	45.32 (99.98 %)	26 (0.02 %)	3,482 (100.00 %)	6,880,857 (41.88 %)	1,099,932 (7.47 %)	8,156,735 (56.68 %)	70,515 (2.88 %)
33	Australian echidna (mTacAcu1 primary hap 2020) GCF_015852505.1	42,938 (2.28 %)	14,891 (1.01 %)	19,714 (1.45 %)	n/a	45.30 (98.61 %)	524 (1.39 %)	310 (100.00 %)	7,814,876 (42.89 %)	1,219,764 (6.93 %)	9,488,325 (55.68 %)	78,364 (2.73 %)
34	Bactrian camel (Alxa 2014 refseq) GCF_000767855.1	52,178 (3.64 %)	18,303 (1.98 %)	17,097 (1.64 %)	n/a	41.32 (99.32 %)	31,980 (0.69 %)	67,435 (99.31 %)	2,966,704 (34.06 %)	306,997 (0.95 %)	12,209,949 (25.43 %)	49,790 (1.25 %)
35	banded mongoose GCA_004023785.1	n/a	21,568 (1.57 %)	30,427 (1.43 %)	n/a	42.00 (99.96 %)	4,510 (0.02 %)	316,874 (99.98 %)	4,768,524 (40.51 %)	684,187 (1.30 %)	13,713,756 (33.42 %)	78,648 (2.80 %)
36	bank vole GCF_902806735.1	56,410 (2.99 %)	18,977 (1.71 %)	18,408 (1.50 %)	n/a	41.86 (98.62 %)	53,506 (1.39 %)	54,142 (98.61 %)	3,222,366 (21.59 %)	933,697 (2.20 %)	12,831,232 (31.50 %)	18,784 (0.42 %)
37	banner-tailed kangaroo rat GCF_019054845.1	43,753 (1.82 %)	18,397 (1.18 %)	24,180 (1.39 %)	n/a	40.83 (100.00 %)	n/a	2,026 (100.00 %)	5,587,719 (30.97 %)	1,363,513 (3.95 %)	12,128,920 (48.74 %)	36,371 (1.27 %)
38	beluga whale (Cook Inlet, Alaska, USA DL-CIB17-05 2020) GCA_009917745.1	n/a	19,239 (1.79 %)	22,513 (1.43 %)	n/a	41.25 (97.57 %)	27,070 (2.43 %)	52,780 (97.57 %)	4,021,599 (43.53 %)	544,323 (1.08 %)	12,738,162 (33.47 %)	59,710 (1.51 %)
39	beluga whale (GAN/ISIS: 26980492/103006 v3 2019) GCF_002288925.2	59,400 (3.08 %)	18,667 (1.79 %)	20,314 (1.43 %)	n/a	41.24 (98.49 %)	24,414 (1.52 %)	29,444 (98.48 %)	4,001,248 (43.73 %)	543,276 (1.11 %)	12,802,735 (34.18 %)	59,307 (1.53 %)
40	big brown bat (BU_THK_EF1 2012) GCF_000308155.1	59,162 (3.17 %)	18,334 (1.94 %)	20,121 (1.78 %)	n/a	42.93 (89.41 %)	160,269 (10.62 %)	167,057 (89.38 %)	2,842,065 (25.82 %)	614,712 (1.89 %)	10,407,733 (28.90 %)	66,720 (2.99 %)
41	big brown bat (TK198812 2023) GCF_027574615.1	46,266 (2.61 %)	18,620 (1.80 %)	21,271 (1.72 %)	n/a	43.51 (100.00 %)	75 (0.00 %)	48 (100.00 %)	3,041,145 (25.08 %)	904,075 (3.80 %)	10,530,666 (37.05 %)	77,605 (3.68 %)
42	bighorn sheep GCA_004026945.1	n/a	23,059 (1.34 %)	36,486 (1.19 %)	n/a	43.20 (99.90 %)	9,412 (0.03 %)	1,057,548 (99.97 %)	6,321,577 (50.75 %)	716,846 (1.66 %)	13,904,326 (44.98 %)	95,564 (1.72 %)
43	black flying fox GCF_000325575.1	46,978 (3.15 %)	18,089 (2.00 %)	20,668 (1.75 %)	n/a	39.74 (97.93 %)	104,566 (2.08 %)	170,164 (97.92 %)	2,975,186 (34.05 %)	481,859 (1.45 %)	12,582,349 (26.52 %)	62,483 (3.88 %)
44	black rat GCF_011064425.1	39,601 (2.37 %)	20,793 (1.98 %)	17,944 (1.37 %)	n/a	42.14 (99.98 %)	6,158 (0.02 %)	2,173 (100.00 %)	4,715,157 (41.57 %)	1,432,294 (3.45 %)	13,275,550 (32.36 %)	18,055 (0.48 %)
45	black-footed cat GCA_004023925.1	n/a	22,895 (1.14 %)	51,789 (1.13 %)	n/a	41.92 (99.90 %)	13,476 (0.06 %)	603,600 (99.94 %)	5,261,265 (44.11 %)	943,514 (1.77 %)	13,681,435 (34.77 %)	86,892 (2.23 %)
46	black-lipped pika GCF_017591425.1	46,297 (2.64 %)	18,529 (1.63 %)	23,458 (1.83 %)	n/a	43.71 (100.00 %)	54 (0.00 %)	2,214 (100.00 %)	1,843,705 (12.62 %)	471,798 (2.76 %)	11,394,992 (31.27 %)	63,124 (1.85 %)
47	black rhinoceros (2021) GCA_020826845.1	n/a	18,774 (1.38 %)	22,346 (1.26 %)	n/a	41.59 (99.95 %)	215 (0.05 %)	1,075 (100.00 %)	4,200,385 (36.22 %)	548,030 (8.34 %)	14,347,639 (40.14 %)	43,525 (1.14 %)
48	black rhinoceros (alternate hap 2021) GCA_020826835.1	n/a	19,000 (1.37 %)	22,547 (1.26 %)	n/a	41.56 (99.97 %)	178 (0.03 %)	1,199 (100.00 %)	4,340,245 (37.22 %)	564,468 (8.07 %)	14,384,523 (40.40 %)	44,971 (1.16 %)
49	black rhinoceros (BS38 2019 Broad) GCA_004027315.1	n/a	21,713 (1.32 %)	32,731 (1.18 %)	n/a	41.22 (99.85 %)	7,256 (0.02 %)	2,029,914 (99.98 %)	4,618,655 (36.76 %)	618,834 (2.21 %)	16,248,532 (40.32 %)	44,113 (0.97 %)
50	Blainville's beaked whale (mMesDen1 alternate hap 2022) GCA_025094165.1	n/a	17,838 (1.54 %)	21,389 (1.35 %)	n/a	41.71 (100.00 %)	1 (0.00 %)	5,198 (100.00 %)	3,542,727 (35.35 %)	650,369 (8.86 %)	10,971,320 (41.15 %)	62,389 (1.68 %)
51	Blainville's beaked whale (mMesDen1 primary hap 2022) GCA_025265405.1	n/a	19,042 (1.52 %)	20,766 (1.27 %)	n/a	41.70 (99.97 %)	97 (0.03 %)	73 (100.00 %)	3,964,035 (35.29 %)	765,957 (8.74 %)	12,128,162 (41.78 %)	70,851 (1.80 %)
52	blue whale (alternate hap JJ_BM4_2016_0621 2019) GCA_008658375.1	n/a	17,285 (1.80 %)	21,295 (1.43 %)	n/a	41.22 (100.00 %)	n/a	12,574 (100.00 %)	3,196,354 (43.47 %)	467,194 (1.26 %)	10,176,588 (33.66 %)	56,916 (1.85 %)
53	Blue whale (JJ_BM4_2016_0621 v2 alternate hap 2020) GCA_008658375.2	n/a	16,997 (1.82 %)	20,609 (1.44 %)	n/a	41.20 (100.00 %)	3 (0.00 %)	10,999 (100.00 %)	3,126,800 (43.49 %)	454,452 (1.23 %)	9,916,868 (33.63 %)	55,436 (1.85 %)
54	blue whale (JJ_BM4_2016_0621 v3 primary hap 2020) GCF_009873245.2	58,750 (2.71 %)	19,162 (1.80 %)	20,576 (1.41 %)	n/a	40.88 (98.91 %)	886 (1.09 %)	106 (100.00 %)	3,986,870 (44.21 %)	579,629 (1.22 %)	12,858,384 (34.60 %)	67,032 (1.73 %)
55	bobcat (Redwood Valley CCGP_SWC_20201006 alternate hap 2022) GCA_022079275.1	n/a	24,877 (1.23 %)	48,382 (1.39 %)	n/a	42.05 (99.98 %)	4,716 (0.01 %)	72,827 (99.99 %)	6,403,412 (33.31 %)	1,269,531 (1.94 %)	17,771,689 (33.82 %)	100,915 (3.00 %)
56	bobcat (Redwood Valley CCGP_SWC_20201006 primary hap 2022) GCF_022079265.1	45,362 (2.39 %)	18,576 (1.65 %)	20,510 (1.41 %)	n/a	41.80 (100.00 %)	24 (0.00 %)	75 (100.00 %)	4,970,082 (43.28 %)	894,002 (1.80 %)	13,648,384 (34.21 %)	69,211 (2.68 %)
57	Botta's pocket gopher (bottae MVZ:Mamm:240275 alternate hap 2022) GCA_024803775.1	n/a	18,647 (0.96 %)	23,998 (1.13 %)	n/a	41.67 (100.00 %)	124 (0.00 %)	3,340 (100.00 %)	3,775,862 (22.40 %)	1,257,803 (21.71 %)	9,347,543 (61.85 %)	33,757 (1.35 %)
58	Botta's pocket gopher (bottae MVZ:Mamm:240275 primary hap 2022) GCA_024803745.1	n/a	17,791 (1.12 %)	22,667 (1.29 %)	n/a	41.66 (100.00 %)	106 (0.00 %)	2,898 (100.00 %)	6,293,452 (41.30 %)	1,076,688 (17.94 %)	8,553,272 (57.13 %)	31,102 (1.31 %)
59	boutu GCA_004363515.1	n/a	21,835 (1.38 %)	35,087 (1.18 %)	n/a	42.09 (99.89 %)	5,072 (0.02 %)	1,218,682 (99.98 %)	5,098,108 (45.85 %)	856,878 (2.32 %)	13,046,921 (40.74 %)	63,992 (1.47 %)
60	Brandt's bat GCF_000412655.1	46,912 (2.84 %)	19,267 (1.75 %)	18,495 (1.62 %)	n/a	42.59 (94.06 %)	155,664 (5.95 %)	325,414 (94.05 %)	2,897,662 (25.08 %)	634,208 (3.20 %)	11,323,618 (31.06 %)	66,749 (1.59 %)
61	Brazilian free-tailed bat GCA_004025005.1	n/a	23,562 (1.20 %)	51,200 (1.27 %)	n/a	42.40 (99.91 %)	4,243 (0.02 %)	1,071,858 (99.98 %)	4,884,584 (32.93 %)	777,032 (1.49 %)	14,195,446 (36.38 %)	89,940 (1.88 %)
62	Brazilian guinea pig GCA_000688575.1	n/a	16,531 (1.49 %)	11,177 (1.44 %)	n/a	39.81 (64.76 %)	2,565,595 (35.61 %)	3,131 (100.00 %)	2,529,479 (25.87 %)	342,907 (0.66 %)	10,719,517 (21.05 %)	19,508 (0.31 %)
63	Brazilian tapir GCA_004025025.1	n/a	21,581 (1.61 %)	30,818 (1.32 %)	n/a	41.12 (99.93 %)	2,273 (0.01 %)	805,779 (99.99 %)	3,877,938 (38.36 %)	344,032 (0.79 %)	15,601,710 (32.81 %)	43,382 (1.17 %)
64	brown bear (2022 WashU) GCF_023065955.1	60,162 (4.01 %)	18,920 (1.66 %)	21,641 (1.49 %)	n/a	42.51 (100.00 %)	215 (0.00 %)	902 (100.00 %)	4,166,472 (34.00 %)	659,124 (5.14 %)	13,282,996 (33.88 %)	68,113 (2.27 %)
65	brown bear (GAN/ISIS:MIG12 v2 2018) GCF_003584765.2	50,242 (2.92 %)	18,811 (1.77 %)	21,073 (1.52 %)	n/a	41.84 (99.31 %)	17,380 (0.70 %)	21,813 (99.30 %)	4,201,043 (40.86 %)	567,586 (1.23 %)	13,807,211 (30.86 %)	62,125 (1.80 %)
66	brown-throated sloth GCA_004027775.1	n/a	17,043 (1.21 %)	37,090 (1.36 %)	n/a	42.76 (99.76 %)	462 (0.00 %)	1,772,267 (100.00 %)	2,487,215 (36.18 %)	316,812 (1.60 %)	7,948,666 (37.96 %)	62,325 (2.36 %)
67	California mouse (IS 2022) GCF_007827085.1	62,274 (3.80 %)	18,959 (1.75 %)	19,378 (1.41 %)	n/a	42.21 (100.00 %)	547 (0.00 %)	237 (100.00 %)	5,970,582 (45.08 %)	1,165,743 (3.67 %)	13,734,349 (33.67 %)	19,529 (0.58 %)
68	California sea lion (mZalCal1 alternate hap 2020) GCA_009762295.2	n/a	18,319 (1.81 %)	18,772 (1.48 %)	n/a	41.58 (100.00 %)	n/a	3,096 (100.00 %)	3,724,021 (42.91 %)	488,356 (1.26 %)	10,891,276 (33.15 %)	44,467 (1.57 %)
69	California sea lion (alternate hap 2019) GCA_009762295.1	n/a	18,348 (1.81 %)	18,692 (1.47 %)	n/a	41.58 (100.00 %)	n/a	3,093 (100.00 %)	3,722,619 (42.89 %)	488,086 (1.26 %)	10,893,132 (33.14 %)	44,449 (1.57 %)
70	California sea lion (v2 primary hap 2020) GCF_009762305.2	70,801 (3.05 %)	20,915 (1.77 %)	20,179 (1.40 %)	n/a	41.40 (99.23 %)	185 (0.77 %)	47 (100.00 %)	4,525,652 (43.65 %)	590,246 (1.24 %)	13,263,648 (33.76 %)	51,899 (1.50 %)
71	California sea lion (LMU 2018 refseq) GCF_900631625.1	69,240 (2.99 %)	20,741 (1.78 %)	20,298 (1.40 %)	n/a	41.38 (99.81 %)	47,716 (0.20 %)	10,423 (100.00 %)	4,530,259 (43.28 %)	573,086 (1.12 %)	13,442,336 (33.58 %)	50,583 (1.46 %)
72	California vole (kernensis MVZ Mamm 240107 primary hap 2023) GCA_028537955.1	n/a	19,681 (1.86 %)	21,257 (1.62 %)	n/a	42.24 (100.00 %)	51 (0.00 %)	350 (100.00 %)	4,957,057 (42.33 %)	943,226 (5.63 %)	11,695,871 (33.83 %)	20,062 (0.64 %)
73	California vole (kernensis MVZ Mamm 240107 alternate hap 2023) GCA_028537755.1	n/a	19,409 (1.86 %)	20,578 (1.69 %)	n/a	42.43 (100.00 %)	43 (0.00 %)	310 (100.00 %)	3,161,054 (22.60 %)	891,453 (5.62 %)	11,087,206 (33.12 %)	19,104 (0.65 %)
74	Canada lynx (alternate hap LIC74 2019) GCA_007474575.1	n/a	12,029 (1.42 %)	15,171 (1.16 %)	n/a	41.46 (100.00 %)	3 (0.00 %)	15,036 (100.00 %)	2,937,491 (43.50 %)	544,410 (1.76 %)	7,641,565 (32.72 %)	39,082 (2.44 %)
75	Canada lynx (LIC74 v2 alternate hap 2020) GCA_007474575.2	n/a	12,041 (1.42 %)	15,226 (1.16 %)	n/a	41.46 (100.00 %)	5 (0.00 %)	15,046 (100.00 %)	2,939,291 (43.50 %)	544,849 (1.76 %)	7,650,345 (32.74 %)	39,099 (2.44 %)
76	Canada lynx (LIC74 v2 primary hap 2020) GCF_007474595.2	50,142 (2.69 %)	18,273 (1.65 %)	19,264 (1.35 %)	n/a	41.70 (99.88 %)	842 (0.12 %)	54 (100.00 %)	5,011,165 (43.72 %)	904,525 (1.75 %)	13,467,551 (34.19 %)	66,799 (2.48 %)
77	Cantor's roundleaf bat GCA_004027415.1	n/a	23,788 (1.42 %)	45,328 (1.68 %)	n/a	41.36 (99.91 %)	6,366 (0.03 %)	846,566 (99.97 %)	3,997,370 (31.48 %)	775,742 (1.42 %)	12,770,948 (33.45 %)	41,527 (1.41 %)
78	Cape elephant shrew GCF_000299155.1	25,406 (1.08 %)	23,258 (1.07 %)	24,266 (1.16 %)	n/a	40.30 (86.29 %)	279,394 (13.74 %)	288,162 (86.26 %)	3,765,232 (16.90 %)	604,351 (0.89 %)	20,072,078 (42.36 %)	25,977 (0.42 %)
79	Cape golden mole (2012 Broad) GCF_000296735.1	25,323 (1.07 %)	20,961 (1.07 %)	21,723 (1.04 %)	n/a	40.01 (79.93 %)	370,844 (20.11 %)	391,344 (79.89 %)	4,924,640 (21.03 %)	500,830 (1.95 %)	18,946,663 (41.18 %)	21,186 (0.33 %)
80	Cape rock hyrax (US060 2019 Broad) GCA_004026925.1	n/a	21,401 (0.85 %)	45,353 (1.14 %)	n/a	41.08 (99.93 %)	4,203 (0.01 %)	1,048,940 (99.99 %)	7,222,494 (54.48 %)	430,286 (0.85 %)	21,775,991 (44.61 %)	37,158 (0.70 %)
81	capybara GCA_004027455.1	n/a	20,152 (1.22 %)	28,931 (1.29 %)	n/a	39.76 (99.93 %)	5,747 (0.02 %)	661,089 (99.98 %)	4,220,878 (29.16 %)	777,357 (2.04 %)	15,214,944 (35.16 %)	34,558 (0.85 %)
82	carabao (swamp buffalo K-KA32 2023) GCF_029407905.1	77,279 (2.89 %)	19,433 (1.40 %)	21,166 (1.23 %)	n/a	42.77 (100.00 %)	21 (0.00 %)	115 (100.00 %)	3,479,445 (21.92 %)	547,054 (6.39 %)	12,840,677 (45.22 %)	99,752 (3.73 %)
83	cattle (Hereford L1 Dominette 01449 42190680 v3 2018 USDA) GCF_002263795.2	76,293 (2.98 %)	19,325 (1.49 %)	21,665 (1.32 %)	n/a	41.94 (100.00 %)	386 (0.00 %)	1,957 (100.00 %)	3,550,686 (24.18 %)	544,595 (2.90 %)	13,050,221 (41.81 %)	44,208 (1.24 %)
84	Chacoan peccary (BS20 v2 2019 Broad) GCA_004024745.2	n/a	18,603 (1.52 %)	22,330 (1.36 %)	n/a	42.35 (98.12 %)	57,013 (1.80 %)	1,240,743 (98.20 %)	5,255,211 (43.27 %)	2,502,373 (4.37 %)	12,968,788 (40.96 %)	172,178 (3.66 %)
85	cheetah (Ajub_Pintada_27869175 2022) GCF_027475565.1	80,997 (4.53 %)	18,420 (1.70 %)	19,561 (1.40 %)	n/a	41.59 (100.00 %)	22 (0.00 %)	195 (100.00 %)	4,611,842 (35.10 %)	837,685 (1.68 %)	13,649,125 (33.06 %)	60,367 (2.22 %)
86	cheetah (Rico 2018) GCF_003709585.1	72,154 (3.33 %)	18,472 (1.70 %)	20,443 (1.42 %)	n/a	41.55 (99.55 %)	24,173 (0.45 %)	3,220 (100.00 %)	4,853,945 (42.85 %)	831,106 (1.53 %)	13,663,571 (32.84 %)	60,744 (2.17 %)
87	Chinese forest musk deer (Sichuan 2022) GCF_022376915.1	51,612 (2.80 %)	19,565 (1.43 %)	22,280 (1.29 %)	n/a	42.30 (99.97 %)	1,781 (0.03 %)	2,446 (100.00 %)	3,257,347 (21.65 %)	399,120 (3.81 %)	12,906,274 (43.79 %)	46,689 (1.12 %)
88	Chinese hamster (17A/GY CHO 2020) GCF_003668045.3	55,440 (2.79 %)	20,030 (1.84 %)	18,721 (1.41 %)	n/a	41.51 (99.90 %)	4,164 (0.10 %)	647 (100.00 %)	8,121,057 (33.74 %)	1,095,058 (2.91 %)	12,923,274 (32.25 %)	19,341 (0.58 %)
89	Chinese hamster (CHO v1 2011 BGI) GCF_000223135.1	45,993 (2.59 %)	20,602 (1.78 %)	17,467 (1.35 %)	n/a	41.37 (96.61 %)	156,635 (3.40 %)	265,787 (96.60 %)	4,541,936 (33.03 %)	1,072,129 (2.66 %)	13,150,189 (30.04 %)	12,522 (0.25 %)
90	Chinese hamster (CHO v2 2017 Eagle Genomics Ltd) GCA_900186095.1	n/a	19,874 (1.85 %)	19,298 (1.44 %)	n/a	41.45 (98.56 %)	63,334 (1.45 %)	71,598 (98.55 %)	4,521,726 (33.66 %)	1,060,619 (2.55 %)	12,867,288 (31.26 %)	17,960 (0.54 %)
91	Chinese pangolin (2020 Yunnan U) GCF_014570555.1	69,694 (3.21 %)	18,206 (1.70 %)	20,508 (1.48 %)	n/a	40.79 (95.54 %)	34,903 (4.47 %)	4,694 (100.00 %)	2,927,176 (35.60 %)	269,964 (0.67 %)	12,610,535 (29.10 %)	35,278 (1.05 %)
92	Chinese pangolin (MPE899 2014 WashU) GCA_000738955.1	n/a	18,749 (1.63 %)	22,506 (1.40 %)	n/a	40.93 (90.69 %)	257,424 (9.33 %)	230,927 (90.67 %)	2,691,116 (34.48 %)	316,518 (1.96 %)	11,538,086 (25.40 %)	30,693 (0.58 %)
93	Chinese rufous horseshoe bat GCA_001888835.1	n/a	26,871 (2.34 %)	25,467 (1.89 %)	n/a	40.52 (97.22 %)	212,601 (2.80 %)	63,439 (100.00 %)	3,219,611 (33.86 %)	495,126 (1.20 %)	12,476,551 (27.16 %)	32,993 (0.98 %)
94	Chinese tree shrew GCF_000334495.1	47,005 (2.07 %)	21,375 (1.39 %)	19,231 (1.28 %)	n/a	41.73 (95.10 %)	191,695 (4.92 %)	242,445 (95.08 %)	5,060,321 (23.05 %)	1,046,388 (4.15 %)	14,978,259 (38.04 %)	88,806 (1.44 %)
95	chiru GCA_000400835.1	n/a	20,320 (1.60 %)	42,654 (2.51 %)	n/a	42.01 (93.04 %)	283,069 (7.00 %)	298,127 (93.00 %)	5,342,241 (43.54 %)	425,329 (1.25 %)	13,714,420 (34.66 %)	43,135 (1.89 %)
96	common bottlenose dolphin (paternal 2020) GCA_011762515.1	n/a	18,537 (1.77 %)	20,619 (1.44 %)	n/a	41.42 (98.08 %)	868 (1.92 %)	1,166 (100.00 %)	3,997,801 (45.93 %)	609,838 (1.85 %)	12,400,272 (34.53 %)	64,630 (1.84 %)
97	common bottlenose dolphin (maternal 2020) GCA_011762535.1	n/a	18,837 (1.77 %)	20,857 (1.43 %)	n/a	41.43 (99.73 %)	649 (0.27 %)	985 (100.00 %)	4,073,893 (46.15 %)	630,039 (2.15 %)	12,628,219 (35.41 %)	65,379 (1.89 %)
98	common bottlenose dolphin (maternal Y refseq 2020) GCF_011762595.1	67,207 (3.31 %)	18,766 (1.77 %)	20,528 (1.42 %)	n/a	41.44 (99.74 %)	674 (0.26 %)	362 (100.00 %)	4,069,115 (46.17 %)	628,982 (2.12 %)	12,490,891 (35.29 %)	65,551 (1.90 %)
99	common bottlenose dolphin (MMES2002162SC 2016 refseq) GCF_001922835.1	45,975 (2.99 %)	17,255 (1.69 %)	17,058 (1.34 %)	n/a	40.85 (99.45 %)	114,003 (0.57 %)	2,648 (100.00 %)	3,845,938 (43.89 %)	514,631 (1.06 %)	12,317,098 (32.18 %)	48,030 (1.35 %)
100	common brushtail (alternate hap 2020) GCA_011100645.1	n/a	14,863 (0.75 %)	15,426 (0.89 %)	n/a	39.41 (100.00 %)	313 (0.00 %)	12,446 (100.00 %)	5,846,769 (38.56 %)	987,917 (1.99 %)	16,764,356 (40.14 %)	13,303 (0.35 %)
101	common brushtail (refseq 2020) GCF_011100635.1	37,674 (1.80 %)	18,653 (0.80 %)	15,375 (0.86 %)	n/a	39.48 (99.44 %)	1,796 (0.56 %)	212 (100.00 %)	7,598,116 (38.90 %)	1,259,434 (1.97 %)	22,071,306 (40.56 %)	17,762 (0.38 %)
102	common pipistrelle (2020) GCA_903992545.1	n/a	17,216 (1.82 %)	19,202 (1.79 %)	n/a	42.55 (99.97 %)	1,546 (0.03 %)	323 (100.00 %)	2,953,532 (23.94 %)	805,142 (2.83 %)	9,964,846 (34.69 %)	57,295 (2.83 %)
103	common pipistrelle (Broad 2019) GCA_004026625.1	n/a	21,938 (1.35 %)	53,915 (1.60 %)	n/a	42.88 (99.88 %)	10,870 (0.05 %)	736,974 (99.95 %)	3,499,501 (22.91 %)	1,046,301 (2.96 %)	11,759,516 (37.96 %)	92,062 (3.23 %)
104	common vampire bat (HL8 primary hap 2022) GCF_022682495.1	58,054 (3.40 %)	18,280 (1.71 %)	19,515 (1.59 %)	n/a	42.98 (99.99 %)	611 (0.01 %)	573 (100.00 %)	2,761,826 (28.38 %)	427,942 (3.89 %)	11,250,529 (32.57 %)	70,701 (2.48 %)
105	common vampire bat (v3 DRU21DN04 2018) GCF_002940915.2	51,031 (3.24 %)	18,503 (1.88 %)	18,071 (1.68 %)	n/a	42.15 (97.78 %)	54,246 (2.23 %)	83,364 (97.77 %)	2,799,509 (29.62 %)	275,242 (1.03 %)	11,796,826 (28.19 %)	51,634 (1.37 %)
106	common warthog (WHEZ1 2021) GCF_016906955.1	55,088 (2.64 %)	18,264 (1.56 %)	19,251 (1.34 %)	n/a	41.95 (99.61 %)	523 (0.39 %)	194 (100.00 %)	3,898,243 (30.33 %)	588,742 (1.17 %)	12,955,929 (36.44 %)	75,592 (1.86 %)
107	common wombat GCF_900497805.2	46,365 (1.78 %)	19,437 (0.86 %)	18,947 (0.96 %)	n/a	38.86 (99.68 %)	67,461 (0.33 %)	14,183 (100.00 %)	8,645,969 (41.99 %)	1,203,246 (1.61 %)	23,878,215 (39.11 %)	18,752 (0.37 %)
108	creeping vole GCF_018167655.1	54,941 (2.31 %)	23,033 (1.55 %)	25,427 (1.53 %)	n/a	44.23 (100.00 %)	n/a	2,147 (100.00 %)	4,549,519 (25.66 %)	1,153,429 (13.60 %)	13,568,297 (40.65 %)	23,141 (0.54 %)
109	crested porcupine GCA_004026905.1	n/a	21,005 (1.32 %)	35,975 (1.39 %)	n/a	41.51 (99.89 %)	4,351 (0.02 %)	1,140,949 (99.98 %)	4,303,147 (30.69 %)	600,488 (1.19 %)	14,049,490 (33.80 %)	57,196 (1.33 %)
110	Cuvier's beaked whale GCA_004364475.1	n/a	23,700 (0.90 %)	51,715 (0.86 %)	n/a	42.01 (99.76 %)	3,229 (0.01 %)	3,761,505 (99.99 %)	6,544,424 (43.61 %)	1,417,186 (3.11 %)	16,127,873 (42.25 %)	68,668 (1.15 %)
111	Damara mole-rat DMR 1.0 (2014 BGI) GCF_000743615.1	52,373 (2.57 %)	17,983 (1.45 %)	17,063 (1.43 %)	n/a	40.34 (97.96 %)	87,815 (2.05 %)	162,545 (97.95 %)	4,053,433 (30.86 %)	545,281 (1.74 %)	13,406,483 (30.65 %)	37,008 (0.74 %)
112	Damara mole-rat DMR 1.0 HiC (2020 DNA Zoo) GCF_012274545.1	58,091 (2.74 %)	17,780 (1.44 %)	16,515 (1.42 %)	n/a	40.34 (97.94 %)	88,899 (2.07 %)	73,970 (100.00 %)	4,035,140 (30.95 %)	544,772 (1.73 %)	13,390,872 (30.61 %)	37,008 (0.74 %)
113	dassie-rat GCA_004026965.1	n/a	20,479 (1.16 %)	42,937 (1.41 %)	n/a	41.86 (99.89 %)	9,645 (0.04 %)	920,324 (99.96 %)	4,563,054 (28.83 %)	660,623 (1.92 %)	12,899,807 (34.48 %)	46,569 (1.25 %)
114	Daurian ground squirrel GCA_002406435.1	n/a	20,990 (1.31 %)	17,575 (1.17 %)	n/a	39.77 (96.15 %)	141,850 (3.84 %)	502,654 (96.16 %)	5,783,538 (34.36 %)	924,038 (3.73 %)	17,533,301 (30.85 %)	27,955 (0.39 %)
115	David's myotis bat GCF_000327345.1	37,645 (2.70 %)	18,744 (1.78 %)	17,565 (1.62 %)	n/a	42.69 (91.23 %)	223,511 (8.80 %)	325,280 (91.20 %)	2,680,166 (23.79 %)	532,273 (1.90 %)	11,016,028 (29.55 %)	59,615 (1.59 %)
116	degu (3935 2012 refseq) GCF_000260255.1	48,152 (2.13 %)	22,242 (1.41 %)	22,101 (1.46 %)	n/a	41.38 (84.36 %)	252,772 (15.68 %)	259,904 (84.32 %)	4,901,673 (27.74 %)	898,945 (1.50 %)	14,282,003 (29.30 %)	40,135 (0.82 %)
117	desert hamster (2022) GCF_943737965.1	37,279 (2.11 %)	19,744 (1.74 %)	20,215 (1.50 %)	n/a	41.31 (100.00 %)	n/a	2,079 (100.00 %)	4,038,079 (31.01 %)	1,132,871 (2.71 %)	11,946,112 (32.62 %)	17,053 (0.51 %)
118	Desmarest's hutia GCA_004027915.1	n/a	23,535 (0.78 %)	50,796 (0.95 %)	n/a	42.03 (99.83 %)	3,492 (0.01 %)	2,355,850 (99.99 %)	5,790,506 (26.72 %)	1,062,134 (1.71 %)	16,977,224 (35.29 %)	54,479 (1.01 %)
119	dingo (2020 Alpine COOINDA U.NSW) GCF_012295265.1	102,060 (4.04 %)	19,777 (1.69 %)	20,341 (1.41 %)	n/a	41.29 (99.69 %)	325 (0.31 %)	477 (100.00 %)	4,950,808 (42.83 %)	1,033,921 (2.36 %)	13,745,703 (33.32 %)	51,835 (2.25 %)
120	dingo (Sandy 2020 James Cook U) GCF_003254725.2	104,332 (4.50 %)	19,710 (1.72 %)	19,857 (1.42 %)	n/a	41.24 (100.00 %)	69 (0.00 %)	159 (100.00 %)	4,547,906 (33.32 %)	993,474 (2.19 %)	13,701,060 (33.18 %)	51,216 (2.28 %)
121	dog (boxer Tasha 2011) GCF_000002285.3	82,549 (3.63 %)	19,772 (1.66 %)	19,565 (1.39 %)	n/a	41.31 (99.25 %)	23,876 (0.76 %)	27,106 (99.24 %)	4,918,098 (43.29 %)	991,835 (2.81 %)	13,644,959 (33.60 %)	53,269 (2.07 %)
122	dog (boxer Tasha 2020) GCF_000002285.5	93,774 (3.84 %)	19,392 (1.71 %)	19,572 (1.42 %)	n/a	41.26 (100.00 %)	1,028 (0.00 %)	147 (100.00 %)	23,927,903 (42.42 %)	972,851 (2.05 %)	13,611,845 (33.11 %)	50,679 (2.26 %)
123	dog (German shepard Mischka 2020) GCF_011100685.1	96,734 (3.71 %)	20,135 (1.64 %)	20,871 (1.38 %)	n/a	41.50 (100.00 %)	585 (0.00 %)	2,782 (100.00 %)	20,264,827 (43.87 %)	1,152,879 (3.22 %)	13,784,690 (34.30 %)	53,518 (2.23 %)
124	dog (labrador SID07034 2020) GCF_014441545.1	99,420 (3.87 %)	19,870 (1.70 %)	20,252 (1.41 %)	n/a	41.19 (99.47 %)	575 (0.53 %)	376 (100.00 %)	4,981,985 (42.28 %)	1,019,772 (1.97 %)	13,959,750 (32.77 %)	52,469 (2.25 %)
125	domestic cat (Abyssinian Cinnamon 2021 WashU) GCA_000181335.5	n/a	18,378 (1.53 %)	21,242 (1.40 %)	n/a	41.73 (98.21 %)	422 (1.79 %)	5,010 (98.31 %)	4,683,703 (33.33 %)	964,129 (2.68 %)	13,948,305 (33.33 %)	69,725 (2.42 %)
126	domestic cat (Abyssinian Cinnamon 2017 WashU) GCF_000181335.3	72,089 (3.30 %)	18,662 (1.64 %)	20,897 (1.37 %)	n/a	41.73 (98.20 %)	436 (1.80 %)	5,079 (98.20 %)	5,086,462 (43.51 %)	964,126 (2.68 %)	13,947,871 (33.33 %)	69,701 (2.41 %)
127	domestic cat (Fca126 2021 Texas A&M U) GCF_018350175.1	99,222 (4.40 %)	18,456 (1.66 %)	19,833 (1.39 %)	n/a	41.81 (100.00 %)	39 (0.00 %)	102 (100.00 %)	4,965,571 (43.65 %)	932,424 (1.95 %)	13,596,808 (33.85 %)	67,329 (2.48 %)
128	domestic ferret (JIRA1106 JCVI 2020) GCF_011764305.1	68,855 (3.09 %)	19,019 (1.55 %)	21,812 (1.42 %)	n/a	41.90 (100.00 %)	n/a	1,224 (100.00 %)	4,650,028 (39.49 %)	745,115 (2.02 %)	13,758,447 (36.14 %)	58,684 (2.16 %)
129	domestic ferret (Sable 2011 Broad) GCA_000239315.1	n/a	18,778 (1.67 %)	19,571 (1.47 %)	n/a	41.48 (96.89 %)	72,670 (3.12 %)	76,914 (96.88 %)	4,491,876 (40.13 %)	618,556 (1.07 %)	13,721,938 (31.04 %)	54,600 (1.94 %)
130	domestic guinea pig (2N 2008 refseq) GCF_000151735.1	44,762 (2.31 %)	18,301 (1.33 %)	20,111 (1.34 %)	n/a	39.95 (97.81 %)	58,460 (2.20 %)	61,604 (97.80 %)	4,257,852 (38.85 %)	658,533 (1.25 %)	14,547,726 (34.19 %)	37,093 (0.85 %)
131	dwarf mongoose GCA_004023845.1	n/a	21,478 (1.57 %)	32,174 (1.43 %)	n/a	41.83 (99.94 %)	10,815 (0.05 %)	200,185 (99.95 %)	4,574,991 (40.34 %)	595,520 (1.11 %)	13,720,585 (32.94 %)	70,689 (2.42 %)
132	eastern mole GCA_004024925.1	n/a	19,631 (1.57 %)	32,414 (1.63 %)	n/a	42.02 (99.91 %)	7,239 (0.03 %)	647,535 (99.97 %)	3,145,725 (29.42 %)	554,620 (1.75 %)	10,663,504 (32.88 %)	55,063 (3.69 %)
133	eastern quoll GCA_020854095.1	n/a	15,715 (0.80 %)	16,750 (0.93 %)	n/a	36.19 (100.00 %)	431 (0.00 %)	76 (100.00 %)	5,256,999 (24.81 %)	1,280,160 (3.39 %)	21,362,866 (41.74 %)	24,508 (0.70 %)
134	Egyptian rousette (1219 2016 Boston U) GCF_001466805.2	54,791 (4.93 %)	18,221 (2.05 %)	24,192 (1.88 %)	n/a	40.02 (99.97 %)	638 (0.03 %)	2,490 (100.00 %)	2,815,693 (32.23 %)	440,119 (1.01 %)	12,346,041 (26.86 %)	56,244 (6.54 %)
135	Egyptian rousette (2020) GCF_014176215.1	65,163 (4.76 %)	17,642 (2.07 %)	22,317 (1.84 %)	n/a	40.05 (98.59 %)	242 (1.41 %)	29 (100.00 %)	2,821,248 (33.05 %)	434,414 (1.02 %)	12,031,597 (26.52 %)	53,573 (4.84 %)
136	Egyptian spiny mouse GCA_004027535.1	n/a	23,498 (1.69 %)	36,970 (1.40 %)	n/a	42.71 (99.88 %)	20,469 (0.09 %)	391,811 (99.91 %)	4,983,574 (35.17 %)	1,342,514 (3.45 %)	13,029,270 (32.79 %)	19,944 (0.55 %)
137	elk (wapiti) GCF_019320065.1	66,846 (3.00 %)	20,090 (1.67 %)	21,999 (1.44 %)	n/a	41.62 (99.93 %)	6,643 (0.08 %)	185 (100.00 %)	4,884,711 (43.14 %)	429,925 (1.65 %)	13,135,255 (37.85 %)	47,099 (1.31 %)
138	ermine (alternate hap 2020) GCA_009829165.1	n/a	13,583 (1.65 %)	15,403 (1.46 %)	n/a	41.72 (100.00 %)	n/a	3,327 (100.00 %)	3,139,035 (40.57 %)	480,111 (1.29 %)	9,106,061 (31.93 %)	39,139 (2.25 %)
139	ermine (2020) GCF_009829155.1	74,332 (3.19 %)	18,855 (1.65 %)	20,667 (1.43 %)	n/a	41.56 (99.12 %)	199 (0.88 %)	94 (100.00 %)	4,647,934 (41.44 %)	714,174 (1.30 %)	13,845,904 (33.42 %)	56,065 (2.25 %)
140	Eurasian badger (2021) GCF_922984935.1	57,138 (2.48 %)	19,265 (1.40 %)	22,121 (1.36 %)	n/a	42.48 (100.00 %)	101 (0.00 %)	538 (100.00 %)	4,487,951 (32.73 %)	821,664 (4.02 %)	13,814,723 (38.08 %)	66,524 (3.95 %)
141	Eurasian badger (2021) GCA_922990625.1	n/a	19,332 (1.42 %)	22,424 (1.40 %)	n/a	42.47 (100.00 %)	27 (0.00 %)	726 (100.00 %)	4,362,536 (31.74 %)	801,232 (4.02 %)	13,893,672 (37.73 %)	65,806 (4.13 %)
142	Eurasian red squirrel (alternate hap 2019) GCA_902685485.1	n/a	12,437 (1.51 %)	12,702 (1.22 %)	n/a	40.06 (100.00 %)	2 (0.00 %)	10,657 (100.00 %)	2,303,176 (35.38 %)	353,996 (1.49 %)	7,218,556 (31.67 %)	24,268 (1.07 %)
143	Eurasian red squirrel (2019) GCA_902686455.1	n/a	21,298 (1.58 %)	21,024 (1.36 %)	n/a	40.08 (94.33 %)	1,177 (5.67 %)	638 (100.00 %)	4,680,964 (35.76 %)	704,218 (1.42 %)	14,991,981 (31.49 %)	48,159 (1.04 %)
144	Eurasian river otter (2020) GCF_902655055.1	67,145 (2.95 %)	18,842 (1.54 %)	20,178 (1.40 %)	n/a	41.59 (100.00 %)	185 (0.00 %)	44 (100.00 %)	4,259,294 (33.39 %)	713,721 (1.36 %)	13,626,048 (34.37 %)	57,073 (1.82 %)
145	Eurasian water vole (v2 2021) GCF_903992535.2	45,544 (2.51 %)	19,733 (1.78 %)	19,053 (1.47 %)	n/a	42.15 (99.74 %)	873 (0.26 %)	215 (100.00 %)	3,993,912 (25.74 %)	1,088,163 (2.91 %)	12,853,770 (32.42 %)	19,000 (0.58 %)
146	European shrew (GB8-d 2012) GCF_000181275.1	23,525 (1.54 %)	17,290 (1.33 %)	22,005 (1.50 %)	n/a	42.90 (90.49 %)	188,953 (9.54 %)	201,798 (90.46 %)	4,400,127 (33.22 %)	946,629 (2.03 %)	13,377,581 (35.30 %)	77,851 (2.58 %)
147	European shrew (mSorAra2 primary hap 2023) GCF_027595985.1	44,643 (2.60 %)	17,479 (1.26 %)	21,293 (1.37 %)	n/a	43.24 (99.46 %)	1,427 (0.54 %)	65 (100.00 %)	2,474,584 (15.18 %)	1,107,884 (3.28 %)	13,638,467 (41.72 %)	79,785 (2.86 %)
148	European woodmouse (2022 refseq) GCF_947179515.1	54,114 (2.24 %)	19,959 (1.65 %)	19,953 (1.25 %)	n/a	41.23 (99.99 %)	1,129 (0.01 %)	497 (100.00 %)	4,863,650 (37.41 %)	1,795,997 (8.95 %)	13,681,732 (40.58 %)	23,961 (0.53 %)
149	fat dormouse (US078 2019) GCA_004027185.1	n/a	23,122 (1.24 %)	48,677 (1.27 %)	n/a	42.33 (99.92 %)	10,685 (0.04 %)	444,115 (99.96 %)	6,783,404 (37.03 %)	1,642,515 (3.72 %)	12,706,289 (39.97 %)	65,521 (1.47 %)
150	fat sand rat (mPsaObe1 2021) GCF_907164565.1	43,211 (2.50 %)	18,543 (1.78 %)	20,094 (1.42 %)	n/a	41.95 (99.11 %)	50,482 (0.90 %)	11,389 (100.00 %)	4,686,377 (43.10 %)	920,563 (1.85 %)	12,813,848 (35.08 %)	22,480 (0.71 %)
151	fat sand rat (Psa_ob012049795 2017) GCA_002215935.1	n/a	21,644 (1.71 %)	31,665 (1.41 %)	n/a	41.99 (99.99 %)	n/a	96,427 (100.00 %)	4,646,110 (38.87 %)	946,664 (2.24 %)	13,134,526 (33.94 %)	26,411 (0.73 %)
152	fishing cat (Anna 2022 U Missouri) GCF_022837055.1	68,015 (2.86 %)	18,432 (1.63 %)	19,912 (1.37 %)	n/a	41.91 (100.00 %)	63 (0.00 %)	192 (100.00 %)	4,777,906 (34.85 %)	937,432 (2.30 %)	13,438,032 (34.55 %)	70,402 (2.61 %)
153	Florida manatee (Lorelei 2012 refseq) GCF_000243295.1	39,645 (2.08 %)	18,308 (1.37 %)	20,588 (1.23 %)	n/a	40.73 (89.24 %)	160,167 (10.78 %)	166,490 (89.22 %)	n/a	389,315 (0.74 %)	14,633,038 (38.46 %)	27,462 (0.64 %)
154	fossa GCA_004023885.1	n/a	21,156 (1.56 %)	29,809 (1.38 %)	n/a	41.51 (99.94 %)	6,335 (0.03 %)	470,371 (99.97 %)	4,962,168 (42.36 %)	814,639 (1.52 %)	13,708,904 (34.14 %)	78,033 (2.52 %)
155	Gambian giant pouched rat GCA_004027575.1	n/a	21,189 (1.59 %)	32,806 (1.43 %)	n/a	42.11 (99.88 %)	7,473 (0.03 %)	1,110,425 (99.97 %)	4,137,605 (24.57 %)	1,071,627 (2.76 %)	12,905,250 (32.78 %)	32,359 (0.80 %)
156	gayal (CVASU_BF_001 2021) GCA_017311355.1	n/a	24,549 (1.09 %)	55,194 (1.15 %)	n/a	42.05 (99.91 %)	n/a	1,262,134 (100.00 %)	3,691,398 (22.78 %)	677,397 (2.00 %)	14,380,670 (42.36 %)	75,114 (1.33 %)
157	gayal (Nagaland 2019) GCA_007844835.1	n/a	22,715 (1.55 %)	23,635 (1.33 %)	n/a	41.67 (96.51 %)	301,761 (3.52 %)	306,776 (96.48 %)	6,243,468 (45.69 %)	518,664 (1.99 %)	15,147,647 (37.64 %)	45,586 (0.89 %)
158	Geoffroy's cat GCF_018350155.1	85,331 (3.53 %)	18,469 (1.66 %)	19,516 (1.36 %)	n/a	41.75 (100.00 %)	45 (0.00 %)	82 (100.00 %)	5,021,854 (43.23 %)	930,175 (1.84 %)	13,757,469 (34.29 %)	65,918 (2.36 %)
159	giant anteater GCA_004026745.1	n/a	24,383 (0.91 %)	44,315 (0.93 %)	n/a	39.53 (99.88 %)	8,283 (0.02 %)	1,629,691 (99.98 %)	5,333,757 (35.57 %)	575,140 (0.91 %)	21,181,213 (39.97 %)	57,558 (0.94 %)
160	giant otter GCA_004024605.1	n/a	21,199 (1.46 %)	30,565 (1.34 %)	n/a	41.71 (99.93 %)	7,431 (0.03 %)	652,159 (99.97 %)	5,113,769 (41.55 %)	788,677 (1.46 %)	14,385,279 (35.77 %)	82,376 (2.05 %)
161	giant panda (Jingjing v3 2020) GCF_002007445.2	65,468 (3.27 %)	19,077 (1.67 %)	20,176 (1.39 %)	n/a	41.68 (98.09 %)	189,277 (1.92 %)	73,514 (100.00 %)	4,012,144 (34.40 %)	617,803 (1.99 %)	14,216,587 (30.41 %)	59,449 (1.50 %)
162	goat (v2 San Clemente 2016 USDA) GCF_001704415.2	47,159 (2.31 %)	19,342 (1.38 %)	22,346 (1.24 %)	n/a	43.16 (100.00 %)	790 (0.00 %)	29,886 (100.00 %)	3,502,527 (22.45 %)	760,831 (7.07 %)	13,024,178 (44.85 %)	125,662 (4.00 %)
163	Gobi jerboa GCA_004027895.1	n/a	22,410 (0.91 %)	45,268 (1.02 %)	n/a	41.94 (99.88 %)	10,987 (0.04 %)	1,295,369 (99.96 %)	8,828,417 (40.19 %)	1,979,806 (6.43 %)	14,759,732 (47.73 %)	24,314 (0.52 %)
164	golden hamster (Baylor 2021) GCF_017639785.1	67,831 (3.37 %)	19,354 (1.71 %)	19,863 (1.47 %)	n/a	42.04 (96.99 %)	711 (3.01 %)	7,058 (96.99 %)	3,981,818 (27.65 %)	976,456 (3.46 %)	12,580,903 (32.87 %)	21,268 (0.61 %)
165	golden hamster (Broad 2013 refseq) GCF_000349665.1	42,636 (2.91 %)	18,976 (1.82 %)	19,149 (1.51 %)	29,936 (1.96 %)	42.01 (82.92 %)	216,216 (17.12 %)	237,700 (82.88 %)	3,599,795 (26.09 %)	790,256 (1.69 %)	12,003,956 (24.29 %)	18,591 (0.51 %)
166	golden spiny mouse (2020) GCF_903995435.1	36,997 (1.96 %)	20,006 (1.91 %)	19,132 (1.50 %)	n/a	42.51 (99.65 %)	880 (0.35 %)	623 (100.00 %)	4,785,907 (32.61 %)	1,305,613 (3.34 %)	12,958,061 (32.33 %)	20,760 (0.59 %)
167	gracile shrew mole GCA_004024945.1	n/a	19,165 (1.25 %)	43,816 (1.48 %)	n/a	41.08 (99.89 %)	8,248 (0.04 %)	732,083 (99.96 %)	2,957,465 (23.76 %)	783,289 (2.60 %)	11,503,344 (31.38 %)	92,729 (3.60 %)
168	gray seal GCF_012393455.1	79,009 (3.73 %)	19,882 (1.73 %)	22,416 (1.46 %)	n/a	41.44 (100.00 %)	117 (0.00 %)	6,880 (100.00 %)	4,448,588 (43.28 %)	557,710 (1.32 %)	13,340,576 (33.41 %)	55,637 (1.78 %)
169	gray short-tailed opossum GCF_000002295.2	68,375 (2.34 %)	16,663 (0.75 %)	16,162 (0.84 %)	n/a	37.82 (97.26 %)	67,660 (2.75 %)	72,674 (97.25 %)	7,753,175 (55.85 %)	1,051,473 (2.34 %)	22,274,001 (42.23 %)	30,883 (0.53 %)
170	gray squirrel (2020) GCF_902686445.1	58,884 (2.46 %)	20,752 (1.49 %)	21,107 (1.31 %)	n/a	40.06 (99.98 %)	1,824 (0.02 %)	752 (100.00 %)	4,605,578 (34.50 %)	728,192 (1.65 %)	15,467,412 (33.91 %)	51,878 (1.11 %)
171	gray wolf (2021) GCA_905319855.2	n/a	19,474 (1.55 %)	20,394 (1.40 %)	n/a	41.49 (100.00 %)	166 (0.00 %)	82 (100.00 %)	4,550,524 (31.76 %)	1,063,944 (3.96 %)	13,588,117 (34.74 %)	51,996 (2.15 %)
172	great roundleaf bat (v2 ML-2016 2016) GCF_001890085.2	50,895 (3.26 %)	18,993 (2.01 %)	19,633 (1.65 %)	n/a	41.11 (87.42 %)	172,750 (12.60 %)	7,387 (100.00 %)	2,946,981 (30.72 %)	495,272 (1.05 %)	11,587,728 (25.43 %)	32,949 (0.96 %)
173	greater bulldog bat GCA_004026585.1	n/a	20,774 (1.62 %)	28,140 (1.63 %)	n/a	40.92 (99.94 %)	6,171 (0.03 %)	304,393 (99.97 %)	3,288,598 (29.60 %)	478,424 (1.16 %)	11,427,553 (35.29 %)	44,124 (1.99 %)
174	Greater cane rat GCA_004025085.1	n/a	20,383 (0.98 %)	47,456 (1.25 %)	n/a	42.85 (99.83 %)	8,825 (0.03 %)	1,898,466 (99.97 %)	5,569,185 (30.19 %)	946,696 (3.12 %)	13,144,109 (41.83 %)	97,686 (2.61 %)
175	greater horseshoe bat (MPI-CBG alternate hap 2019) GCA_004115295.1	n/a	14,896 (1.85 %)	18,939 (1.59 %)	n/a	40.69 (100.00 %)	2 (0.00 %)	13,426 (100.00 %)	2,426,330 (34.43 %)	418,341 (1.36 %)	8,763,234 (27.86 %)	24,370 (1.08 %)
176	greater horseshoe bat (v2 MPI-CBG 2019) GCF_004115265.2	53,353 (3.13 %)	18,641 (1.97 %)	20,359 (1.68 %)	n/a	40.54 (99.64 %)	158 (0.36 %)	134 (100.00 %)	3,218,744 (34.52 %)	564,789 (1.35 %)	12,217,020 (29.39 %)	32,445 (1.06 %)
177	greater mouse-eared bat (2020 Bat1K) GCF_014108235.1	70,930 (3.43 %)	19,052 (1.84 %)	21,498 (1.73 %)	n/a	43.11 (98.55 %)	538 (1.45 %)	93 (100.00 %)	3,088,083 (26.27 %)	753,124 (2.84 %)	10,383,466 (35.84 %)	61,023 (2.69 %)
178	greater spear-nosed bat (2021 Texas Tech U) GCF_019186645.2	50,563 (2.96 %)	18,224 (1.70 %)	20,689 (1.67 %)	n/a	42.27 (100.00 %)	55 (0.00 %)	534 (100.00 %)	2,961,591 (0.00 %)	387,908 (0.97 %)	12,179,612 (30.91 %)	62,189 (5.35 %)
179	grey whale GCA_004363415.1	n/a	21,827 (1.52 %)	32,191 (1.24 %)	n/a	41.22 (99.88 %)	10,622 (0.04 %)	1,046,770 (99.96 %)	4,841,166 (45.56 %)	780,015 (1.83 %)	13,559,563 (39.86 %)	72,343 (1.59 %)
180	hairy big-eared bat (US037 2019 Broad) GCA_004026765.1	n/a	21,360 (1.44 %)	37,376 (1.52 %)	n/a	42.38 (99.94 %)	3,218 (0.01 %)	553,308 (99.99 %)	3,519,246 (30.77 %)	393,318 (0.85 %)	12,525,258 (34.42 %)	84,875 (2.37 %)
181	harbor porpoise GCA_004363495.1	n/a	21,044 (1.46 %)	30,072 (1.23 %)	n/a	41.83 (99.88 %)	7,114 (0.03 %)	1,338,272 (99.97 %)	5,359,537 (46.83 %)	772,736 (1.54 %)	13,705,428 (42.29 %)	80,965 (1.65 %)
182	harbor seal GCF_004348235.1	50,670 (2.98 %)	19,484 (1.76 %)	20,771 (1.44 %)	n/a	41.38 (99.09 %)	16,480 (0.91 %)	21,161 (99.09 %)	4,526,182 (43.28 %)	576,921 (1.11 %)	13,421,780 (33.06 %)	54,592 (1.70 %)
183	Hawaiian monk seal (2021 Johns Hopkins U) GCF_002201575.2	37,605 (1.99 %)	19,483 (1.73 %)	19,767 (1.35 %)	n/a	41.41 (98.23 %)	25,763 (1.77 %)	7,487 (100.00 %)	4,575,217 (43.59 %)	583,394 (1.11 %)	13,374,131 (33.69 %)	52,067 (1.50 %)
184	hazel dormouse GCA_004027005.1	n/a	21,556 (1.24 %)	40,971 (1.33 %)	n/a	41.60 (99.91 %)	15,076 (0.06 %)	481,881 (99.94 %)	6,679,641 (33.98 %)	1,653,419 (3.72 %)	12,685,676 (43.98 %)	71,478 (1.57 %)
185	hippopotamus (HIP001 2018) GCA_002995585.1	n/a	22,343 (1.70 %)	31,687 (1.45 %)	n/a	40.96 (94.63 %)	153,125 (5.38 %)	281,897 (94.62 %)	3,952,905 (38.55 %)	476,243 (1.97 %)	14,216,817 (27.43 %)	48,380 (1.43 %)
186	hippopotamus (BS01 2019 Broad) GCA_004027065.1	n/a	24,267 (1.55 %)	34,820 (1.30 %)	n/a	41.43 (99.91 %)	4,730 (0.02 %)	972,599 (99.98 %)	4,579,311 (41.26 %)	606,731 (1.02 %)	14,514,493 (36.58 %)	54,753 (1.59 %)
187	hirola (BS46 2019 Broad) GCA_004027495.1	n/a	22,264 (1.40 %)	36,984 (1.26 %)	n/a	42.31 (99.93 %)	9,287 (0.03 %)	545,176 (99.97 %)	5,809,405 (48.62 %)	465,001 (1.08 %)	13,326,245 (42.35 %)	48,312 (1.15 %)
188	Hispaniolan solenodon GCA_004363575.1	n/a	18,805 (1.55 %)	27,454 (1.64 %)	n/a	39.98 (99.96 %)	5,186 (0.02 %)	181,804 (99.98 %)	2,669,787 (26.78 %)	431,610 (1.04 %)	13,429,711 (27.35 %)	53,444 (2.30 %)
189	hispid cotton rat GCA_004025045.1	n/a	25,324 (1.49 %)	31,681 (1.31 %)	n/a	39.77 (99.89 %)	13,744 (0.05 %)	897,290 (99.95 %)	4,384,099 (28.17 %)	1,132,313 (3.34 %)	14,729,737 (38.08 %)	17,558 (0.40 %)
190	Hoffmann's two-fingered sloth GCA_000164785.2	n/a	24,546 (1.30 %)	30,273 (1.15 %)	n/a	39.80 (98.09 %)	101,085 (1.91 %)	370,035 (98.09 %)	5,145,551 (52.20 %)	614,819 (1.62 %)	17,932,269 (39.26 %)	55,943 (1.04 %)
191	hog-nosed bat GCA_004027555.1	n/a	20,591 (1.30 %)	39,589 (1.39 %)	n/a	40.99 (99.88 %)	6,224 (0.03 %)	1,230,480 (99.97 %)	4,081,924 (31.12 %)	1,008,077 (2.20 %)	12,068,828 (39.98 %)	55,567 (2.02 %)
192	Honduran yellow-shouldered bat (v2.1 Veracruz 20B 2020) GCF_014824575.3	49,071 (2.78 %)	17,588 (1.64 %)	19,357 (1.60 %)	n/a	42.32 (99.79 %)	38,648 (0.21 %)	25,848 (100.00 %)	2,708,400 (27.89 %)	366,870 (1.48 %)	11,795,308 (31.27 %)	59,066 (1.72 %)
193	horse (Twilight 2018) GCF_002863925.1	76,567 (4.06 %)	18,997 (1.73 %)	20,914 (1.42 %)	n/a	41.50 (99.62 %)	6,294 (0.38 %)	4,701 (100.00 %)	4,080,319 (44.85 %)	395,037 (1.44 %)	15,169,517 (29.93 %)	44,825 (1.77 %)
194	house mouse (129S1_SvImJv1 2016) GCA_001624185.1	n/a	21,289 (2.22 %)	18,626 (1.42 %)	n/a	41.77 (85.00 %)	366,945 (15.05 %)	62,882 (95.15 %)	5,075,137 (40.38 %)	1,400,072 (2.80 %)	13,497,076 (26.20 %)	16,957 (0.40 %)
195	house mouse (129S1_SvImJ_v3 2022) GCA_921998555.2	n/a	21,780 (2.13 %)	19,436 (1.37 %)	n/a	41.79 (99.60 %)	1,557 (0.40 %)	188 (100.00 %)	4,653,663 (40.74 %)	1,550,342 (3.54 %)	12,930,784 (35.48 %)	23,211 (0.57 %)
196	house mouse AKR_J GCA_001624295.1	n/a	21,299 (2.19 %)	18,730 (1.41 %)	n/a	41.70 (86.82 %)	314,064 (13.22 %)	40,550 (96.00 %)	5,186,721 (40.97 %)	1,485,719 (3.05 %)	13,610,761 (27.42 %)	16,745 (0.41 %)
197	house mouse A_J GCA_001624215.1	n/a	21,171 (2.20 %)	18,776 (1.40 %)	n/a	41.70 (89.34 %)	365,877 (10.71 %)	33,692 (96.01 %)	5,186,523 (40.90 %)	1,483,826 (3.06 %)	13,614,266 (28.13 %)	16,590 (0.42 %)
198	house mouse BALB_cJ GCA_001632525.1	n/a	21,337 (2.21 %)	18,682 (1.41 %)	n/a	41.74 (88.91 %)	361,689 (11.14 %)	37,453 (95.84 %)	5,096,953 (40.72 %)	1,407,754 (2.90 %)	13,416,041 (27.66 %)	16,788 (0.42 %)
199	house mouse C3H_HeJ GCA_001632575.1	n/a	21,177 (2.22 %)	18,550 (1.42 %)	n/a	41.74 (85.90 %)	369,499 (14.15 %)	37,497 (95.91 %)	5,089,496 (40.41 %)	1,399,438 (2.72 %)	13,485,480 (26.52 %)	16,675 (0.41 %)
200	house mouse C57BL/6J 2020 GRC GCF_000001635.27	130,343 (4.85 %)	22,409 (2.02 %)	19,480 (1.31 %)	140,725 (4.83 %)	41.67 (97.30 %)	334 (2.70 %)	22,273 (97.30 %)	5,361,085 (45.51 %)	1,641,063 (3.41 %)	12,722,791 (36.04 %)	23,794 (0.53 %)
201	house mouse C57BL_6NJ GCA_001632555.1	n/a	21,177 (2.23 %)	18,495 (1.42 %)	n/a	41.76 (82.53 %)	410,660 (17.53 %)	49,821 (96.37 %)	5,081,049 (40.22 %)	1,392,942 (2.58 %)	13,476,268 (25.21 %)	16,877 (0.39 %)
202	house mouse CAST_EiJ GCA_001624445.1	n/a	21,103 (2.24 %)	18,682 (1.45 %)	n/a	41.83 (86.23 %)	424,005 (13.83 %)	52,352 (97.85 %)	4,990,851 (39.88 %)	1,356,202 (2.67 %)	13,469,640 (26.15 %)	16,724 (0.41 %)
203	house mouse CBA_J GCA_001624475.1	n/a	21,259 (2.23 %)	18,593 (1.42 %)	n/a	41.78 (79.43 %)	410,639 (20.63 %)	42,242 (96.14 %)	5,081,543 (40.40 %)	1,393,763 (2.54 %)	13,472,532 (24.46 %)	16,809 (0.38 %)
204	house mouse DBA_2J GCA_001624505.1	n/a	21,156 (2.23 %)	18,610 (1.43 %)	n/a	41.80 (88.67 %)	409,306 (11.39 %)	42,324 (95.14 %)	5,028,217 (40.37 %)	1,364,702 (2.73 %)	13,540,805 (27.33 %)	16,544 (0.42 %)
205	house mouse FVB_NJ GCA_001624535.1	n/a	21,195 (2.22 %)	18,615 (1.42 %)	n/a	41.75 (89.39 %)	380,840 (10.66 %)	67,805 (93.73 %)	5,037,447 (40.28 %)	1,381,859 (2.89 %)	13,440,164 (27.32 %)	16,625 (0.42 %)
206	house mouse LP_J GCA_001632615.1	n/a	21,012 (2.23 %)	18,555 (1.43 %)	n/a	41.78 (84.14 %)	402,247 (15.91 %)	38,542 (95.89 %)	5,032,748 (40.03 %)	1,373,374 (2.60 %)	13,411,126 (25.61 %)	16,668 (0.40 %)
207	house mouse NOD_ShiLtJ GCA_001624675.1	n/a	21,291 (2.24 %)	19,697 (1.47 %)	n/a	42.00 (77.13 %)	595,433 (22.95 %)	66,154 (95.79 %)	5,059,815 (40.57 %)	1,370,443 (2.51 %)	13,251,532 (23.62 %)	18,188 (0.42 %)
208	house mouse NZO_HlLtJ GCA_001624745.1	n/a	21,233 (2.22 %)	18,805 (1.43 %)	n/a	41.74 (86.47 %)	337,909 (13.58 %)	57,439 (95.37 %)	5,112,301 (40.60 %)	1,418,629 (2.92 %)	13,588,055 (27.01 %)	16,857 (0.41 %)
209	house mouse PWK_PhJ GCA_001624775.1	n/a	21,013 (2.21 %)	18,237 (1.40 %)	n/a	41.76 (90.89 %)	904,107 (9.24 %)	30,233 (98.34 %)	5,250,349 (40.55 %)	1,508,787 (2.97 %)	13,823,341 (28.09 %)	16,695 (0.43 %)
210	house mouse WSB_EiJ GCA_001624835.1	n/a	20,870 (2.26 %)	18,535 (1.45 %)	n/a	41.80 (84.36 %)	399,976 (15.70 %)	72,315 (94.81 %)	4,961,700 (39.53 %)	1,345,987 (2.51 %)	13,324,808 (25.23 %)	16,556 (0.40 %)
211	hybrid cattle (Angus x Brahman F1 Angus haplotype 2018) GCA_003369685.2	n/a	19,096 (1.59 %)	20,674 (1.34 %)	n/a	41.99 (99.75 %)	277 (0.25 %)	1,435 (100.00 %)	5,290,422 (47.51 %)	478,946 (1.94 %)	12,568,313 (41.15 %)	45,850 (1.37 %)
212	hybrid cattle (Angus x Brahman F1 Brahman haplotype 2018) GCF_003369695.1	63,234 (2.88 %)	19,601 (1.57 %)	21,699 (1.34 %)	n/a	41.83 (99.94 %)	302 (0.06 %)	1,250 (100.00 %)	5,524,454 (47.57 %)	459,928 (1.40 %)	13,208,799 (41.21 %)	41,359 (1.10 %)
213	Iberian mole (v2.1 TD23 2020) GCF_014898055.3	56,973 (3.41 %)	18,431 (1.69 %)	20,317 (1.59 %)	n/a	41.89 (99.89 %)	3,575 (0.11 %)	3,202 (100.00 %)	2,635,974 (23.38 %)	496,514 (1.29 %)	10,969,546 (32.61 %)	47,466 (2.89 %)
214	Indian false vampire GCA_004026885.1	n/a	20,067 (1.37 %)	36,544 (1.53 %)	n/a	40.84 (99.83 %)	6,266 (0.02 %)	1,909,067 (99.98 %)	4,096,409 (31.50 %)	699,311 (1.81 %)	12,307,198 (39.96 %)	92,830 (3.12 %)
215	Indian flying fox GCF_902729225.1	64,763 (3.85 %)	18,222 (2.01 %)	23,187 (1.82 %)	n/a	39.83 (99.10 %)	17,500 (0.90 %)	16,113 (100.00 %)	2,972,300 (34.11 %)	487,157 (1.49 %)	12,486,528 (27.37 %)	57,869 (3.73 %)
216	Indochinese shrew (US011 2019 Broad) GCA_004027635.1	n/a	18,870 (0.51 %)	55,636 (0.81 %)	n/a	39.81 (99.83 %)	5,267 (0.02 %)	2,420,679 (99.98 %)	4,130,068 (16.60 %)	1,663,335 (3.30 %)	18,728,711 (46.19 %)	31,453 (0.55 %)
217	Indus River dolphin GCA_004363435.1	n/a	24,321 (1.30 %)	47,065 (1.14 %)	n/a	41.72 (99.88 %)	11,702 (0.04 %)	1,110,492 (99.96 %)	5,093,308 (45.60 %)	845,860 (1.72 %)	13,162,111 (41.37 %)	68,257 (1.40 %)
218	jaguar GCA_004023805.1	n/a	21,431 (1.51 %)	32,835 (1.35 %)	n/a	41.70 (99.89 %)	21,329 (0.09 %)	460,121 (99.91 %)	5,420,861 (43.75 %)	1,049,353 (1.93 %)	13,848,545 (34.90 %)	71,066 (2.37 %)
219	jaguarundi GCF_014898765.1	72,564 (3.15 %)	18,602 (1.64 %)	20,510 (1.39 %)	n/a	41.75 (97.85 %)	42,499 (2.16 %)	10,948 (100.00 %)	5,035,745 (43.29 %)	907,329 (1.61 %)	13,590,905 (33.57 %)	69,090 (2.29 %)
220	Jamaican fruit-eating bat (1a 2020 Wuhan U) GCF_014825515.1	48,705 (2.72 %)	19,921 (1.66 %)	23,614 (1.68 %)	n/a	41.95 (98.87 %)	110,840 (1.13 %)	56,740 (100.00 %)	2,972,388 (28.79 %)	405,474 (2.15 %)	12,458,880 (30.65 %)	61,973 (1.87 %)
221	Jamaican fruit-eating bat (2021) GCF_021234435.1	55,114 (3.18 %)	17,875 (1.68 %)	19,958 (1.66 %)	n/a	42.00 (100.00 %)	3 (0.00 %)	868 (100.00 %)	2,697,287 (28.17 %)	318,700 (0.84 %)	11,750,329 (31.61 %)	61,951 (1.93 %)
222	Java mouse-deer (US108 2019 Broad) GCA_004024965.1	n/a	23,081 (1.38 %)	38,181 (1.41 %)	n/a	42.73 (99.91 %)	2,829 (0.01 %)	1,159,819 (99.99 %)	4,791,310 (34.97 %)	448,498 (1.92 %)	13,175,375 (39.89 %)	68,778 (2.92 %)
223	killer whale (Morgan 2013) GCF_000331955.2	70,972 (3.55 %)	18,736 (1.86 %)	20,365 (1.48 %)	n/a	41.35 (94.82 %)	78,441 (5.20 %)	80,100 (94.80 %)	3,978,339 (43.98 %)	555,737 (1.13 %)	12,773,973 (31.51 %)	61,145 (1.59 %)
224	killer whale (2022) GCF_937001465.1	78,470 (3.76 %)	18,710 (1.51 %)	21,101 (1.30 %)	n/a	41.91 (100.00 %)	123 (0.00 %)	448 (100.00 %)	3,955,401 (36.81 %)	844,672 (9.94 %)	12,233,568 (41.63 %)	77,307 (3.08 %)
225	koala GCF_002099425.1	55,723 (2.15 %)	17,500 (0.86 %)	16,193 (0.94 %)	n/a	39.05 (100.00 %)	1 (0.00 %)	1,907 (100.00 %)	7,814,631 (41.58 %)	1,123,545 (2.03 %)	21,796,057 (39.25 %)	15,957 (0.35 %)
226	Kuhl's pipistrelle (2020) GCF_014108245.1	63,293 (2.96 %)	17,918 (1.89 %)	20,819 (1.86 %)	n/a	42.57 (99.31 %)	394 (0.69 %)	202 (100.00 %)	2,897,422 (23.58 %)	797,420 (2.76 %)	10,057,100 (34.56 %)	55,965 (2.99 %)
227	large flying fox GCF_000151845.1	52,243 (3.10 %)	18,454 (1.91 %)	23,631 (1.73 %)	n/a	39.82 (91.80 %)	189,340 (8.24 %)	225,433 (91.76 %)	3,117,045 (36.49 %)	504,277 (3.03 %)	13,025,556 (25.00 %)	78,404 (3.24 %)
228	large tree shrew GCA_004365275.1	n/a	26,266 (0.71 %)	59,868 (0.81 %)	n/a	42.00 (99.77 %)	6,466 (0.02 %)	3,890,086 (99.98 %)	7,163,973 (22.64 %)	1,629,329 (2.64 %)	18,970,992 (42.82 %)	138,732 (1.75 %)
229	leopard (Maewha 2016 refseq) GCF_001857705.1	73,266 (3.20 %)	18,881 (1.63 %)	21,010 (1.44 %)	n/a	41.71 (96.17 %)	214,953 (3.85 %)	265,330 (96.15 %)	5,247,029 (42.87 %)	1,059,446 (5.13 %)	14,265,573 (32.20 %)	77,001 (2.45 %)
230	leopard (Hobbes primary hap 2022) GCF_024362965.1	70,488 (3.29 %)	18,472 (1.56 %)	20,388 (1.41 %)	n/a	41.75 (99.99 %)	335 (0.01 %)	382 (100.00 %)	4,634,038 (33.80 %)	932,991 (2.25 %)	13,686,652 (34.03 %)	65,793 (2.64 %)
231	leopard cat GCF_016509475.1	59,965 (3.05 %)	18,472 (1.65 %)	19,934 (1.38 %)	n/a	41.80 (100.00 %)	56 (0.00 %)	123 (100.00 %)	4,978,115 (43.28 %)	901,754 (1.84 %)	13,596,535 (34.23 %)	67,390 (2.50 %)
232	lesser Egyptian jerboa (JJ0015 2012 refseq) GCF_000280705.1	25,991 (1.44 %)	19,408 (1.38 %)	20,312 (1.35 %)	n/a	41.87 (87.17 %)	326,464 (12.87 %)	337,360 (87.13 %)	6,125,934 (38.31 %)	832,825 (1.53 %)	13,661,612 (33.98 %)	26,669 (0.59 %)
233	lesser Egyptian jerboa (alternate hap 2021) GCA_020740715.1	n/a	17,777 (1.27 %)	19,232 (1.28 %)	n/a	42.13 (92.75 %)	2,875 (7.25 %)	508 (100.00 %)	6,476,967 (33.93 %)	999,133 (2.78 %)	11,809,834 (40.52 %)	29,872 (0.82 %)
234	lesser Egyptian jerboa (2021) GCF_020740685.1	51,730 (1.99 %)	20,129 (1.24 %)	22,089 (1.24 %)	n/a	42.00 (99.52 %)	561 (0.48 %)	160 (100.00 %)	7,346,291 (41.25 %)	1,187,587 (2.92 %)	14,222,177 (44.13 %)	34,688 (0.86 %)
235	lesser panda GCA_002007465.1	n/a	19,120 (1.69 %)	20,591 (1.50 %)	n/a	41.60 (98.56 %)	137,333 (1.45 %)	148,922 (98.55 %)	4,513,888 (40.87 %)	692,778 (1.62 %)	13,691,859 (31.36 %)	64,369 (2.52 %)
236	lion GCF_018350215.1	67,745 (2.86 %)	17,956 (1.69 %)	19,033 (1.40 %)	n/a	41.71 (100.00 %)	55 (0.00 %)	99 (100.00 %)	4,666,951 (42.23 %)	889,987 (1.87 %)	13,151,686 (33.40 %)	62,675 (2.56 %)
237	little brown bat GCF_000147115.1	50,660 (2.76 %)	19,314 (1.86 %)	22,683 (1.70 %)	n/a	42.50 (96.66 %)	61,131 (3.35 %)	72,785 (96.65 %)	3,682,263 (37.05 %)	634,854 (2.15 %)	10,841,759 (33.45 %)	57,630 (1.79 %)
238	little pocket mouse (longimembris alternate hap 2022) GCA_024363435.1	n/a	19,150 (1.52 %)	23,435 (1.64 %)	n/a	42.08 (100.00 %)	229 (0.00 %)	718 (100.00 %)	n/a	1,051,300 (12.43 %)	9,858,628 (43.20 %)	48,101 (2.62 %)
239	little pocket mouse (longimembris primary hap 2022) GCA_024363575.1	n/a	19,760 (1.50 %)	24,317 (1.63 %)	n/a	42.09 (100.00 %)	215 (0.00 %)	1,135 (100.00 %)	3,913,744 (28.43 %)	1,095,577 (12.70 %)	10,273,833 (43.74 %)	49,636 (2.61 %)
240	little tube-nosed bat GCA_004026665.1	n/a	22,009 (1.26 %)	45,725 (1.35 %)	n/a	43.80 (99.90 %)	6,795 (0.03 %)	886,972 (99.97 %)	3,372,804 (23.57 %)	1,014,476 (3.00 %)	11,948,592 (41.18 %)	71,530 (2.05 %)
241	long-finned pilot whale GCF_006547405.1	66,104 (3.28 %)	18,772 (1.80 %)	21,031 (1.46 %)	n/a	41.29 (99.58 %)	14,859 (0.42 %)	20,999 (99.58 %)	3,962,125 (45.58 %)	557,247 (1.11 %)	12,616,535 (34.70 %)	62,905 (1.69 %)
242	long-tailed chinchilla GCF_000276665.1	54,841 (2.98 %)	18,096 (1.59 %)	19,514 (1.52 %)	n/a	41.06 (95.56 %)	78,817 (4.46 %)	81,656 (95.54 %)	4,018,866 (30.94 %)	607,082 (1.15 %)	13,528,234 (28.15 %)	46,931 (1.25 %)
243	long-tongued fruit bat (US102 2019 Broad) GCA_004027375.1	n/a	19,208 (1.99 %)	31,180 (1.92 %)	n/a	39.56 (99.97 %)	2,056 (0.01 %)	174,041 (99.99 %)	2,893,453 (32.61 %)	597,516 (1.76 %)	12,093,608 (28.14 %)	63,015 (4.70 %)
244	Lowland paca GCA_004365215.1	n/a	21,953 (0.62 %)	56,356 (0.80 %)	n/a	40.83 (99.78 %)	3,060 (0.01 %)	3,771,510 (99.99 %)	5,892,507 (29.20 %)	802,811 (1.38 %)	18,630,883 (38.61 %)	61,715 (0.94 %)
245	Malayan pangolin (MP_PG03-UM 2016 refseq) GCF_001685135.1	48,591 (2.76 %)	19,458 (1.57 %)	24,783 (1.38 %)	n/a	40.78 (92.27 %)	984,658 (7.81 %)	80,670 (100.00 %)	3,064,599 (35.21 %)	866,309 (3.08 %)	13,310,859 (28.76 %)	35,558 (0.84 %)
246	Malayan pangolin YNU ManJav 2.0 GCF_014570535.1	68,043 (3.50 %)	18,167 (1.72 %)	20,453 (1.54 %)	n/a	40.83 (91.78 %)	57,746 (8.23 %)	17,969 (100.00 %)	2,864,567 (34.23 %)	277,996 (1.69 %)	12,659,207 (25.72 %)	33,486 (1.00 %)
247	Merriam's kangaroo rat (MVZ:Mamm:240054 alternate hap 2022) GCA_024711525.1	n/a	18,555 (1.22 %)	24,508 (1.35 %)	n/a	42.04 (100.00 %)	181 (0.00 %)	3,482 (100.00 %)	6,419,007 (53.84 %)	1,384,128 (15.63 %)	11,486,822 (50.51 %)	38,521 (1.60 %)
248	Merriam's kangaroo rat (MVZ:Mamm:240054 primary hap 2022) GCA_024711535.1	n/a	21,281 (1.16 %)	28,592 (1.34 %)	n/a	42.27 (100.00 %)	182 (0.00 %)	4,354 (100.00 %)	4,378,955 (29.66 %)	1,568,842 (17.75 %)	12,889,786 (51.96 %)	46,167 (1.71 %)
249	Masai giraffe (MA1 2016 Penn St) GCA_001651235.1	n/a	20,950 (1.52 %)	28,854 (1.33 %)	n/a	41.39 (96.50 %)	257,672 (3.48 %)	770,838 (96.52 %)	5,502,479 (43.94 %)	531,418 (2.64 %)	13,936,018 (36.18 %)	40,504 (1.02 %)
250	meadow jumping mouse GCA_004024765.1	n/a	22,236 (1.08 %)	44,719 (1.21 %)	n/a	42.31 (99.88 %)	7,610 (0.03 %)	1,165,710 (99.97 %)	6,135,446 (33.31 %)	1,525,146 (3.34 %)	13,854,475 (39.91 %)	26,633 (0.68 %)
251	meerkat (VVHF042 2019 DNA Zoo refseq) GCF_006229205.1	58,806 (2.67 %)	19,009 (1.64 %)	19,088 (1.36 %)	n/a	41.68 (99.72 %)	65,245 (0.28 %)	63,791 (100.00 %)	4,564,931 (40.13 %)	634,179 (1.21 %)	13,631,635 (32.17 %)	64,858 (2.22 %)
252	minke whale (2013 refseq) GCF_000493695.1	42,553 (2.38 %)	19,159 (1.73 %)	18,656 (1.42 %)	n/a	40.94 (94.06 %)	173,296 (5.96 %)	184,072 (94.04 %)	n/a	573,951 (1.48 %)	13,504,347 (30.96 %)	65,448 (1.38 %)
253	Mongolian gerbil (243 2017 Lucigen Corp.) GCF_002204375.1	40,346 (2.29 %)	21,215 (1.83 %)	24,305 (1.47 %)	n/a	42.09 (95.23 %)	91,601 (4.78 %)	68,793 (100.00 %)	4,821,343 (37.74 %)	940,776 (1.82 %)	13,848,274 (31.31 %)	24,154 (0.74 %)
254	Mongolian gerbil (EAM2014 2019 BGI) GCA_008131255.1	n/a	19,952 (1.59 %)	23,462 (1.36 %)	n/a	41.98 (99.01 %)	103,843 (0.97 %)	412,933 (99.03 %)	5,009,454 (0.00 %)	1,042,929 (2.52 %)	14,121,194 (34.63 %)	26,044 (0.71 %)
255	monito del monte (mDroGli1 alternate hap 2021) GCA_019395325.1	n/a	16,419 (0.77 %)	17,219 (0.89 %)	n/a	39.03 (100.00 %)	33 (0.00 %)	9,959 (100.00 %)	6,332,360 (29.69 %)	1,065,454 (2.09 %)	17,908,986 (42.25 %)	13,856 (0.35 %)
256	monito del monte (mDroGli1 primary hap 2021) GCF_019393635.1	47,034 (2.02 %)	18,399 (0.80 %)	15,519 (0.85 %)	n/a	39.11 (99.91 %)	260 (0.09 %)	17 (100.00 %)	9,107,968 (41.08 %)	1,249,635 (2.12 %)	21,135,324 (42.80 %)	16,598 (0.36 %)
257	Montane guinea pig GCA_004027695.1	n/a	20,064 (1.06 %)	31,321 (1.18 %)	n/a	40.09 (99.88 %)	11,321 (0.04 %)	1,379,500 (99.96 %)	4,730,634 (30.02 %)	1,583,664 (6.57 %)	15,806,339 (40.40 %)	37,371 (0.76 %)
258	mountain beaver GCA_004027875.1	n/a	22,428 (1.10 %)	38,670 (1.12 %)	n/a	40.58 (99.89 %)	7,253 (0.02 %)	1,286,779 (99.98 %)	5,859,004 (32.29 %)	914,052 (2.37 %)	16,249,666 (38.21 %)	39,133 (0.76 %)
259	muskrat GCA_004026605.1	n/a	22,540 (1.52 %)	32,136 (1.35 %)	n/a	41.59 (99.93 %)	6,243 (0.02 %)	571,599 (99.98 %)	4,437,736 (28.49 %)	922,826 (2.38 %)	13,945,732 (35.23 %)	19,876 (0.50 %)
260	naked mole-rat (NMR 29 2012 refseq) GCF_000247695.1	74,574 (3.56 %)	21,332 (1.74 %)	20,861 (1.51 %)	n/a	40.21 (88.43 %)	110,424 (11.59 %)	114,653 (88.41 %)	4,179,991 (32.69 %)	484,933 (0.92 %)	13,672,561 (27.63 %)	31,950 (0.88 %)
261	naked mole-rat (MEF-2018 2020) GCA_014060925.1	n/a	22,011 (1.30 %)	21,392 (1.22 %)	n/a	40.13 (95.11 %)	139,535 (4.91 %)	148,797 (95.09 %)	4,885,102 (35.91 %)	654,418 (1.90 %)	16,401,315 (34.21 %)	40,717 (0.98 %)
262	narwhal (Baffin Bay 2019) GCF_005190385.1	51,639 (2.71 %)	18,741 (1.78 %)	20,365 (1.40 %)	n/a	41.22 (99.52 %)	18,323 (0.49 %)	6,972 (100.00 %)	4,011,742 (43.97 %)	565,367 (1.22 %)	12,720,018 (34.85 %)	60,492 (1.58 %)
263	Natal long-fingered bat GCF_001595765.1	32,050 (3.03 %)	18,015 (2.17 %)	18,293 (1.87 %)	n/a	42.07 (96.24 %)	204,616 (3.79 %)	1,269 (100.00 %)	2,565,457 (28.95 %)	376,532 (1.91 %)	10,427,823 (26.35 %)	63,261 (2.07 %)
264	neotropical fruit bat GCF_014824575.2	49,109 (2.78 %)	17,703 (1.63 %)	19,389 (1.60 %)	n/a	42.32 (99.79 %)	38,675 (0.21 %)	26,068 (100.00 %)	2,862,405 (29.31 %)	366,960 (1.48 %)	11,796,203 (31.27 %)	59,091 (1.70 %)
265	Nilgiri tahr GCA_004026825.1	n/a	22,735 (1.44 %)	34,961 (1.27 %)	n/a	42.37 (99.93 %)	10,387 (0.04 %)	479,550 (99.96 %)	5,793,761 (48.50 %)	535,297 (1.34 %)	13,378,352 (42.46 %)	57,653 (1.29 %)
266	nine-banded armadillo (v3.2 3-136 2012 Baylor) GCF_000208655.3	46,110 (1.87 %)	20,820 (1.08 %)	25,226 (1.08 %)	n/a	40.77 (90.89 %)	268,437 (9.13 %)	314,788 (90.87 %)	4,552,770 (34.01 %)	651,225 (1.26 %)	19,266,969 (38.27 %)	139,490 (2.47 %)
267	North American deer mouse (MVZ:Mamm:240117 alternate hap 2022) GCA_026167925.1	n/a	19,342 (1.57 %)	20,947 (1.48 %)	n/a	42.40 (100.00 %)	229 (0.00 %)	1,006 (100.00 %)	4,161,568 (23.13 %)	1,278,205 (8.22 %)	13,148,019 (37.60 %)	23,523 (0.71 %)
268	North American deer mouse (MVZ:Mamm:240117 primary hap 2022) GCA_026229955.1	n/a	19,700 (1.54 %)	22,354 (1.46 %)	n/a	42.19 (100.00 %)	244 (0.00 %)	2,082 (100.00 %)	6,089,884 (47.99 %)	1,358,786 (9.39 %)	13,799,349 (39.08 %)	24,733 (0.70 %)
269	North Pacific right whale GCA_004363455.1	n/a	23,145 (1.43 %)	38,161 (1.21 %)	n/a	41.15 (99.88 %)	7,094 (0.03 %)	1,361,057 (99.97 %)	5,039,622 (45.69 %)	694,986 (1.31 %)	14,063,101 (40.51 %)	74,800 (1.52 %)
270	northern American river otter GCF_010015895.1	53,945 (2.18 %)	18,974 (1.68 %)	21,247 (1.45 %)	n/a	41.41 (99.58 %)	7,620 (0.42 %)	13,541 (99.58 %)	4,538,847 (41.18 %)	685,281 (1.20 %)	13,840,953 (32.61 %)	53,559 (1.88 %)
271	northern elephant seal (CCGP_5_RB_7025 alternate hap 2023) GCA_029215635.1	n/a	19,340 (1.59 %)	19,732 (1.37 %)	n/a	41.91 (100.00 %)	60 (0.00 %)	482 (100.00 %)	4,365,070 (34.26 %)	627,639 (2.43 %)	13,174,494 (35.47 %)	74,314 (2.49 %)
272	northern elephant seal (CCGP_5_RB_7025 primary hap 2023) GCA_029215605.1	n/a	19,278 (1.60 %)	19,908 (1.39 %)	n/a	41.84 (100.00 %)	98 (0.00 %)	596 (100.00 %)	4,348,333 (34.40 %)	621,985 (2.21 %)	13,251,768 (35.32 %)	69,898 (2.38 %)
273	northern elephant seal (v3 JK_09032017 2022) GCF_021288785.2	53,819 (3.32 %)	20,099 (1.75 %)	20,957 (1.35 %)	n/a	41.51 (99.35 %)	39,936 (0.65 %)	142,455 (100.00 %)	4,368,400 (33.93 %)	588,877 (1.19 %)	13,745,426 (32.96 %)	52,064 (1.59 %)
274	northern elephant seal (BS05 2019 Broad) GCA_004023865.1	n/a	22,834 (1.54 %)	36,083 (1.32 %)	n/a	41.52 (99.94 %)	9,483 (0.04 %)	330,739 (99.96 %)	4,849,944 (43.83 %)	600,306 (1.16 %)	13,420,049 (34.43 %)	57,236 (1.62 %)
275	northern fur seal GCF_003265705.1	54,940 (2.43 %)	23,408 (1.78 %)	23,666 (1.43 %)	n/a	41.48 (98.01 %)	38,666 (1.99 %)	52,469 (98.01 %)	5,047,032 (43.38 %)	638,130 (1.06 %)	14,922,442 (33.12 %)	57,281 (1.44 %)
276	northern gundi GCA_004027205.1	n/a	18,035 (1.39 %)	27,379 (1.57 %)	n/a	42.68 (99.91 %)	5,037 (0.02 %)	865,110 (99.98 %)	4,149,883 (27.83 %)	654,063 (1.64 %)	12,342,565 (33.72 %)	47,533 (1.43 %)
277	northern mole vole GCA_001685095.1	n/a	23,252 (1.39 %)	44,209 (1.25 %)	n/a	41.68 (99.04 %)	371,627 (0.98 %)	722,087 (99.02 %)	3,923,814 (25.79 %)	898,453 (2.47 %)	13,708,986 (29.04 %)	16,583 (0.36 %)
278	northern white rhinoceros GCA_004027795.1	n/a	25,328 (1.34 %)	61,003 (1.95 %)	n/a	41.32 (99.90 %)	7,054 (0.03 %)	949,480 (99.97 %)	4,330,882 (38.89 %)	484,754 (1.12 %)	15,544,248 (33.11 %)	43,689 (2.08 %)
279	Norway rat BN7 haplotype GCA_015244455.1	n/a	3,096 (1.64 %)	2,450 (1.02 %)	n/a	41.23 (100.00 %)	6 (0.00 %)	3,156 (100.00 %)	517,347 (50.76 %)	157,701 (3.90 %)	1,502,752 (34.14 %)	1,806 (0.40 %)
280	Norway rat BN7.2 GCF_015227675.2	99,139 (4.10 %)	21,526 (1.86 %)	19,266 (1.33 %)	n/a	41.99 (99.19 %)	581 (0.81 %)	757 (99.19 %)	5,029,005 (45.44 %)	1,514,974 (3.57 %)	13,450,428 (35.83 %)	19,244 (0.46 %)
281	Norway rat celera GCF_000002265.2	39,745 (2.91 %)	21,492 (1.95 %)	19,112 (1.38 %)	n/a	41.98 (95.28 %)	111,391 (4.74 %)	118,423 (95.26 %)	9,721,869 (43.57 %)	1,387,703 (3.05 %)	13,224,921 (32.45 %)	18,944 (0.42 %)
282	Norway rat Rnor6.0 GCF_000001895.5	69,456 (3.34 %)	22,369 (1.83 %)	20,269 (1.32 %)	n/a	41.93 (95.13 %)	145,731 (4.89 %)	76,195 (95.16 %)	5,329,187 (44.14 %)	1,620,304 (3.72 %)	14,520,050 (33.09 %)	22,600 (0.47 %)
283	Norway rat SHR/Utx RGD_8142385 2022 GCA_023515785.1	n/a	21,116 (1.68 %)	20,103 (1.27 %)	n/a	41.85 (99.82 %)	1,256 (0.18 %)	2,151 (100.00 %)	4,704,388 (38.22 %)	1,611,144 (5.76 %)	13,524,575 (38.35 %)	20,720 (0.48 %)
284	Norway rat SHRSP/BppUtx 2022 GCA_021556685.1	n/a	22,366 (1.71 %)	20,531 (1.26 %)	n/a	41.86 (99.94 %)	1,610 (0.06 %)	2,734 (100.00 %)	5,238,574 (46.36 %)	1,638,412 (5.87 %)	13,769,141 (38.49 %)	21,006 (0.49 %)
285	Norway rat WKY/Bbb 2022 GCA_023515805.1	n/a	21,607 (1.68 %)	21,244 (1.28 %)	n/a	41.92 (99.80 %)	1,456 (0.20 %)	3,553 (100.00 %)	4,811,412 (38.21 %)	1,650,950 (5.41 %)	13,740,644 (38.24 %)	21,449 (0.51 %)
286	nutria GCA_004027025.1	n/a	24,707 (1.00 %)	47,533 (1.18 %)	n/a	41.70 (99.84 %)	15,249 (0.05 %)	1,684,916 (99.95 %)	6,961,690 (30.09 %)	1,698,977 (3.31 %)	15,207,563 (42.57 %)	59,854 (1.00 %)
287	okapi GCA_001660835.1	n/a	21,483 (1.43 %)	31,061 (1.26 %)	n/a	41.48 (95.11 %)	376,008 (4.86 %)	1,213,177 (95.14 %)	5,808,036 (42.90 %)	619,044 (4.22 %)	14,940,153 (35.17 %)	47,417 (1.12 %)
288	Ord's kangaroo rat GCF_000151885.1	30,625 (2.21 %)	17,959 (1.54 %)	19,318 (1.54 %)	n/a	42.06 (92.36 %)	83,035 (7.65 %)	148,226 (92.35 %)	4,337,455 (33.76 %)	1,140,316 (7.60 %)	10,422,685 (36.59 %)	61,921 (3.56 %)
289	pacarana GCA_004027595.1	n/a	20,748 (1.20 %)	33,195 (1.31 %)	n/a	41.81 (99.90 %)	6,392 (0.02 %)	1,164,830 (99.98 %)	4,374,443 (30.16 %)	660,811 (1.38 %)	14,062,133 (35.99 %)	59,382 (1.23 %)
290	Pacific pocket mouse (BS65 2019 Broad) GCA_004363475.1	n/a	21,575 (1.07 %)	47,478 (1.31 %)	n/a	41.87 (99.76 %)	18,801 (0.07 %)	2,428,619 (99.93 %)	4,881,232 (20.80 %)	1,352,971 (4.11 %)	12,583,960 (48.42 %)	74,961 (2.33 %)
291	Pacific pocket mouse (PPM17 2022 San Diego Zoo) GCF_023159225.1	46,202 (2.48 %)	18,752 (1.50 %)	22,526 (1.60 %)	n/a	41.98 (99.96 %)	1,807 (0.04 %)	6,180 (100.00 %)	3,313,319 (16.79 %)	1,066,382 (10.88 %)	9,981,468 (42.63 %)	49,134 (2.83 %)
292	Pacific walrus GCF_000321225.1	27,163 (1.89 %)	20,293 (1.71 %)	20,982 (1.48 %)	n/a	41.36 (95.85 %)	66,766 (4.16 %)	70,656 (95.84 %)	4,372,578 (41.12 %)	511,500 (1.05 %)	13,507,582 (30.43 %)	45,142 (1.29 %)
293	Pacific white-sided dolphin GCF_003676395.1	65,947 (3.26 %)	18,743 (1.79 %)	20,862 (1.45 %)	n/a	41.28 (99.56 %)	16,699 (0.44 %)	21,350 (99.56 %)	3,971,820 (45.64 %)	574,056 (1.14 %)	12,602,965 (34.83 %)	62,275 (1.67 %)
294	pale spear-nosed bat (alternate hap MPI-MPIP 2019) GCA_004115245.1	n/a	18,118 (1.63 %)	23,536 (1.65 %)	n/a	42.48 (100.00 %)	38 (0.00 %)	10,873 (100.00 %)	3,001,130 (29.46 %)	375,042 (0.79 %)	11,813,971 (29.64 %)	67,712 (4.23 %)
295	pale spear-nosed bat (MPI-MPIP v3 mPhyDis1 alternate hap 2020) GCA_004115245.2	n/a	18,116 (1.63 %)	23,608 (1.65 %)	n/a	42.48 (100.00 %)	38 (0.00 %)	10,895 (100.00 %)	3,002,448 (29.46 %)	375,226 (0.79 %)	11,824,034 (29.65 %)	67,718 (4.23 %)
296	pale spear-nosed bat (MPI-MPIP v3 mPhyDis1 primary hap 2020) GCF_004126475.2	54,932 (3.31 %)	18,171 (1.69 %)	20,025 (1.62 %)	n/a	42.38 (99.28 %)	884 (0.72 %)	77 (100.00 %)	3,069,141 (30.00 %)	385,664 (0.81 %)	12,050,232 (30.57 %)	63,905 (3.75 %)
297	Pallas's mastiff bat GCF_014108415.1	48,421 (2.20 %)	18,667 (1.61 %)	21,915 (1.59 %)	n/a	42.35 (97.95 %)	349 (2.05 %)	60 (100.00 %)	3,863,217 (32.76 %)	624,933 (1.88 %)	11,572,319 (37.09 %)	79,984 (2.45 %)
298	Parnell's mustached bat (2013) GCA_000465405.1	n/a	21,436 (1.40 %)	57,232 (2.18 %)	n/a	40.82 (99.34 %)	265,720 (0.70 %)	443,121 (99.30 %)	2,780,805 (29.26 %)	290,520 (0.63 %)	12,354,814 (27.13 %)	69,806 (1.89 %)
299	Parnell's mustached bat (Mesoamerican 2021) GCF_021234165.1	37,033 (2.48 %)	18,339 (1.76 %)	21,630 (1.69 %)	n/a	41.32 (100.00 %)	12 (0.00 %)	333 (100.00 %)	2,828,339 (30.56 %)	333,670 (0.75 %)	12,444,271 (30.90 %)	53,180 (4.61 %)
300	Patagonian cavy GCA_004027295.1	n/a	21,143 (0.94 %)	40,887 (1.10 %)	n/a	39.86 (99.87 %)	6,223 (0.02 %)	1,911,987 (99.98 %)	5,194,890 (30.95 %)	892,551 (2.11 %)	17,052,577 (40.22 %)	45,730 (0.84 %)
301	Pere David's deer GCA_002443075.1	n/a	20,723 (1.65 %)	23,551 (1.43 %)	n/a	41.58 (97.49 %)	144,642 (2.51 %)	339,454 (97.49 %)	5,171,293 (43.30 %)	427,987 (1.20 %)	13,665,133 (35.97 %)	48,374 (1.14 %)
302	Philippine flying lemur (mCynVol1 alternate hap 2022) GCA_027409165.1	n/a	18,794 (1.72 %)	21,421 (1.40 %)	n/a	40.18 (100.00 %)	n/a	1,750 (100.00 %)	4,001,442 (39.37 %)	547,894 (2.75 %)	13,870,563 (34.33 %)	40,162 (1.31 %)
303	pig (Duroc) GCF_000003025.6	77,695 (4.05 %)	18,980 (1.64 %)	19,453 (1.32 %)	n/a	41.87 (98.81 %)	544 (1.19 %)	1,313 (98.81 %)	5,021,184 (45.67 %)	710,994 (1.32 %)	13,243,289 (36.33 %)	79,132 (1.82 %)
304	pig (USMARCv1) GCA_002844635.1	n/a	19,458 (1.54 %)	21,487 (1.27 %)	58,655 (2.58 %)	42.49 (95.20 %)	661 (4.80 %)	14,157 (100.00 %)	5,159,244 (47.53 %)	902,079 (3.63 %)	13,145,120 (36.86 %)	82,442 (2.62 %)
305	plains zebra (Etosha38 2022 UCLA) GCF_021613505.1	55,779 (2.87 %)	19,529 (1.76 %)	21,214 (1.39 %)	n/a	41.38 (99.04 %)	14,595 (0.96 %)	11,098 (100.00 %)	3,683,862 (38.74 %)	314,723 (0.68 %)	15,217,328 (29.38 %)	41,391 (1.27 %)
306	platypus (alternate hap Pmale09 2020) GCA_004115175.2	n/a	13,244 (1.26 %)	19,241 (1.68 %)	n/a	46.27 (100.00 %)	25 (0.00 %)	5,868 (100.00 %)	4,420,884 (51.59 %)	513,006 (3.13 %)	7,749,797 (49.18 %)	81,538 (8.24 %)
307	platypus (Pmale09 v4 2020) GCF_004115215.2	51,392 (3.07 %)	14,778 (1.26 %)	18,888 (1.63 %)	n/a	46.14 (99.18 %)	515 (0.82 %)	322 (100.00 %)	5,071,089 (51.34 %)	578,614 (2.89 %)	9,113,848 (48.93 %)	87,796 (6.47 %)
308	polar bear (Baiyulong BGI 2014 refseq) GCF_000687225.1	35,764 (2.39 %)	18,466 (1.69 %)	15,384 (1.38 %)	n/a	41.65 (98.35 %)	110,343 (1.67 %)	134,162 (98.33 %)	4,123,540 (40.16 %)	553,196 (1.29 %)	13,765,581 (29.91 %)	54,907 (1.17 %)
309	polar bear (UCSC 2021) GCF_017311325.1	52,188 (2.92 %)	18,588 (1.75 %)	20,731 (1.54 %)	n/a	41.88 (99.60 %)	45,532 (0.41 %)	3,900 (100.00 %)	4,204,162 (40.75 %)	572,129 (1.75 %)	13,926,894 (30.79 %)	63,315 (1.93 %)
310	prairie deer mouse (Baylor 2013) GCF_000500345.1	50,187 (2.51 %)	20,427 (1.69 %)	20,874 (1.45 %)	n/a	42.34 (94.06 %)	182,263 (5.97 %)	212,962 (94.03 %)	n/a	1,229,123 (2.83 %)	14,447,916 (30.09 %)	23,246 (0.56 %)
311	prairie deer mouse (Harvard 2020) GCF_003704035.1	69,779 (3.28 %)	19,755 (1.73 %)	19,194 (1.43 %)	n/a	42.28 (95.07 %)	147,442 (4.96 %)	155,966 (95.04 %)	4,751,621 (29.04 %)	1,172,212 (2.66 %)	13,934,672 (29.87 %)	22,444 (0.57 %)
312	prairie vole GCF_000317375.1	40,484 (2.72 %)	19,648 (1.91 %)	19,489 (1.62 %)	n/a	42.25 (92.03 %)	180,677 (8.00 %)	187,012 (92.00 %)	3,779,126 (25.51 %)	879,192 (2.11 %)	12,360,347 (27.34 %)	18,233 (0.52 %)
313	pronghorn (PH2016 2021) GCA_021018645.1	n/a	21,848 (1.58 %)	27,614 (1.56 %)	n/a	41.70 (96.83 %)	74,027 (3.17 %)	140,480 (96.83 %)	3,335,744 (24.40 %)	405,435 (4.11 %)	13,855,606 (34.67 %)	48,670 (1.19 %)
314	Przewalski's horse (Burgud 2014 refseq) GCF_000696695.1	45,076 (2.76 %)	19,546 (1.69 %)	22,107 (1.36 %)	n/a	41.27 (99.13 %)	80,963 (0.88 %)	134,060 (99.12 %)	3,787,533 (40.54 %)	435,607 (1.73 %)	14,738,418 (28.36 %)	40,752 (0.94 %)
315	puma (SC36_Marlon 2018 refseq) GCF_003327715.1	25,575 (1.43 %)	17,664 (1.57 %)	16,565 (1.29 %)	n/a	41.36 (95.34 %)	178,992 (4.69 %)	2,175 (100.00 %)	4,885,335 (42.70 %)	833,138 (1.76 %)	13,705,778 (31.28 %)	58,912 (1.65 %)
316	puma (L17-30 primary hap 2023) GCA_028749985.1	n/a	17,553 (1.53 %)	19,299 (1.39 %)	n/a	41.89 (100.00 %)	134 (0.00 %)	390 (100.00 %)	4,629,539 (33.53 %)	919,008 (2.02 %)	12,766,157 (34.70 %)	65,437 (2.53 %)
317	puma (L17-30 alternate hap 2023) GCA_028749965.1	n/a	18,380 (1.53 %)	20,701 (1.40 %)	n/a	41.91 (100.00 %)	96 (0.00 %)	304 (100.00 %)	4,881,674 (33.96 %)	978,817 (2.17 %)	13,422,986 (35.08 %)	69,437 (2.62 %)
318	punctate agouti GCA_004363535.1	n/a	22,612 (1.05 %)	45,433 (1.19 %)	n/a	40.79 (99.92 %)	6,459 (0.02 %)	993,123 (99.98 %)	5,671,738 (32.53 %)	945,722 (1.69 %)	17,003,309 (36.58 %)	85,696 (1.65 %)
319	pygmy sperm whale GCA_004363705.1	n/a	22,661 (1.30 %)	42,546 (1.15 %)	n/a	41.89 (99.89 %)	6,053 (0.02 %)	1,258,125 (99.98 %)	5,185,912 (43.65 %)	836,752 (1.88 %)	14,150,125 (39.88 %)	95,344 (2.15 %)
320	pygmy sperm whale (mKogBre1 haplotype 1 2022) GCA_026419965.1	n/a	18,495 (1.55 %)	20,718 (1.32 %)	n/a	42.05 (99.81 %)	143 (0.19 %)	580 (100.00 %)	3,817,653 (34.51 %)	758,297 (7.42 %)	12,196,926 (39.96 %)	101,353 (2.90 %)
321	pygmy sperm whale (mKogBre1 haplotype 2 2022) GCA_026419985.1	n/a	18,550 (1.51 %)	20,491 (1.29 %)	n/a	42.18 (99.99 %)	138 (0.01 %)	391 (100.00 %)	3,860,112 (33.83 %)	820,375 (9.58 %)	12,159,196 (41.59 %)	106,168 (2.78 %)
322	rabbit (New Zealand White DNA-2018 2021 refseq) GCF_009806435.1	83,045 (4.16 %)	19,486 (1.31 %)	23,267 (1.31 %)	n/a	43.83 (97.68 %)	18,178 (2.32 %)	3,160 (100.00 %)	4,072,524 (21.41 %)	976,273 (2.33 %)	13,766,413 (39.76 %)	113,371 (2.46 %)
323	rabbit (Thorbecke 2009 Broad refseq) GCF_000003625.3	43,655 (2.34 %)	18,665 (1.39 %)	20,095 (1.24 %)	n/a	43.75 (95.14 %)	80,789 (4.88 %)	84,024 (95.12 %)	4,890,480 (44.71 %)	883,939 (1.73 %)	13,254,520 (38.27 %)	110,337 (2.33 %)
324	raccoon dog (2021) GCF_905146905.1	52,564 (2.89 %)	19,628 (1.60 %)	20,274 (1.43 %)	n/a	41.28 (99.98 %)	70 (0.02 %)	811 (100.00 %)	4,499,368 (31.98 %)	1,005,212 (2.04 %)	13,884,201 (32.95 %)	52,450 (2.27 %)
325	Rambouillet sheep (Baylor 2017) GCF_002742125.1	50,096 (2.48 %)	19,992 (1.47 %)	22,506 (1.31 %)	41,656 (1.47 %)	41.91 (99.99 %)	4,847 (0.01 %)	7,486 (99.99 %)	5,764,757 (47.38 %)	507,629 (1.55 %)	14,138,601 (41.27 %)	51,748 (1.29 %)
326	Rambouillet sheep (U.Idaho 2021) GCF_016772045.1	70,474 (3.21 %)	19,413 (1.59 %)	21,222 (1.35 %)	n/a	41.99 (100.00 %)	84 (0.00 %)	142 (100.00 %)	5,300,958 (46.83 %)	455,553 (1.24 %)	13,023,443 (40.62 %)	43,959 (1.30 %)
327	ratel GCA_004024625.1	n/a	22,196 (1.21 %)	35,937 (1.18 %)	n/a	42.00 (99.85 %)	6,511 (0.02 %)	2,074,823 (99.98 %)	6,171,383 (41.93 %)	877,669 (1.49 %)	15,269,908 (41.22 %)	95,094 (1.91 %)
328	red bat GCA_004026805.1	n/a	27,510 (1.22 %)	65,467 (1.48 %)	n/a	42.69 (99.94 %)	6,380 (0.02 %)	525,280 (99.98 %)	4,644,227 (28.24 %)	1,170,868 (2.68 %)	15,628,238 (39.97 %)	125,564 (3.55 %)
329	red deer (2021) GCF_910594005.1	68,992 (2.68 %)	20,470 (1.48 %)	22,563 (1.32 %)	n/a	42.98 (100.00 %)	40 (0.00 %)	144 (100.00 %)	5,501,063 (44.60 %)	503,301 (12.23 %)	13,102,622 (44.55 %)	88,756 (1.66 %)
330	red fox GCF_003160815.1	43,495 (2.67 %)	19,826 (1.69 %)	18,893 (1.40 %)	n/a	41.08 (97.06 %)	246,167 (2.96 %)	82,424 (100.00 %)	4,919,102 (40.79 %)	954,461 (2.46 %)	14,190,625 (30.86 %)	53,204 (1.88 %)
331	reed vole (MF-2015 2020) GCF_014885135.2	55,722 (3.60 %)	19,808 (1.93 %)	20,787 (1.69 %)	n/a	42.36 (95.60 %)	67,118 (4.40 %)	10,460 (100.00 %)	3,130,955 (20.09 %)	831,969 (2.09 %)	11,985,657 (28.48 %)	18,764 (0.58 %)
332	reindeer GCA_004026565.1	n/a	24,150 (1.39 %)	39,911 (1.41 %)	n/a	42.08 (99.89 %)	4,769 (0.02 %)	1,365,508 (99.98 %)	6,083,178 (46.10 %)	546,470 (1.23 %)	14,434,855 (43.16 %)	55,319 (1.23 %)
333	Ryukyu mouse (v2 2017) GCF_900094665.2	53,779 (2.85 %)	21,351 (2.29 %)	18,073 (1.39 %)	n/a	41.70 (89.05 %)	306,599 (10.98 %)	30,835 (92.70 %)	4,479,912 (35.83 %)	1,351,677 (2.59 %)	12,964,608 (27.49 %)	15,963 (0.43 %)
334	Saanen dairy goat GCA_015443085.1	n/a	19,257 (1.54 %)	21,221 (1.32 %)	n/a	42.30 (100.00 %)	170 (0.00 %)	1,362 (100.00 %)	5,336,862 (47.58 %)	515,161 (2.87 %)	13,144,895 (41.67 %)	58,623 (2.22 %)
335	saiga antelope GCA_004024985.1	n/a	23,736 (0.84 %)	55,133 (0.88 %)	n/a	42.52 (99.87 %)	2,867 (0.01 %)	1,775,066 (99.99 %)	6,485,113 (49.43 %)	447,097 (0.88 %)	13,972,753 (44.46 %)	46,883 (0.82 %)
336	Schreibers' long-fingered bat GCA_004026525.1	n/a	20,147 (2.06 %)	31,271 (1.82 %)	n/a	42.27 (99.94 %)	6,918 (0.04 %)	184,538 (99.96 %)	2,772,932 (29.66 %)	366,782 (1.13 %)	10,477,531 (28.60 %)	62,520 (2.73 %)
337	scimitar-horned oryx GCF_014754425.2	51,527 (2.72 %)	19,713 (1.57 %)	21,928 (1.32 %)	n/a	41.74 (99.30 %)	16,241 (0.70 %)	9,089 (100.00 %)	5,435,109 (46.76 %)	414,279 (0.98 %)	13,490,956 (40.45 %)	42,961 (1.10 %)
338	Screaming hairy armadillo GCA_004027955.1	n/a	24,532 (0.39 %)	56,725 (0.46 %)	n/a	39.68 (99.70 %)	2,747 (0.01 %)	7,680,080 (99.99 %)	8,978,735 (36.02 %)	1,516,551 (1.58 %)	32,918,217 (47.67 %)	234,762 (1.56 %)
339	sea otter (GAN:26980312 2017 refseq) GCF_002288905.1	38,127 (2.16 %)	18,578 (1.64 %)	20,913 (1.44 %)	n/a	41.56 (98.79 %)	23,134 (1.21 %)	29,589 (98.79 %)	4,703,044 (41.42 %)	721,750 (1.39 %)	14,065,653 (32.89 %)	55,388 (1.87 %)
340	Seba's short-tailed bat GCA_004027735.1	n/a	21,878 (0.94 %)	55,858 (1.10 %)	n/a	42.70 (99.84 %)	3,864 (0.01 %)	1,929,203 (99.99 %)	3,802,235 (28.35 %)	606,320 (1.03 %)	15,171,250 (31.99 %)	118,227 (2.28 %)
341	sheep GCA_000298735.2	n/a	19,179 (1.56 %)	19,001 (1.26 %)	n/a	41.90 (98.94 %)	44,566 (1.07 %)	48,481 (98.93 %)	5,429,824 (46.13 %)	540,267 (1.64 %)	13,509,668 (38.83 %)	43,911 (1.13 %)
342	shrew mouse GCF_900095145.1	46,279 (2.64 %)	20,549 (2.23 %)	18,979 (1.49 %)	94,079 (3.98 %)	41.89 (90.53 %)	269,643 (9.50 %)	17,879 (93.73 %)	4,788,498 (38.32 %)	1,499,714 (3.03 %)	13,021,757 (27.83 %)	16,787 (0.47 %)
343	Siberian musk deer (BS20 2019 Broad) GCA_004024705.1	n/a	23,440 (1.32 %)	37,497 (1.19 %)	n/a	42.32 (99.86 %)	19,764 (0.07 %)	1,195,467 (99.93 %)	6,726,950 (49.79 %)	437,480 (1.57 %)	14,155,240 (46.22 %)	49,177 (1.05 %)
344	small Madagascar hedgehog GCF_000313985.2	37,090 (1.93 %)	18,969 (1.19 %)	19,298 (1.31 %)	n/a	43.01 (88.43 %)	270,406 (11.60 %)	7,490 (100.00 %)	3,789,337 (28.89 %)	429,226 (0.87 %)	16,951,112 (32.23 %)	39,993 (0.70 %)
345	snow leopard (11264 2022) GCF_023721935.1	53,556 (3.37 %)	18,780 (1.67 %)	21,038 (1.40 %)	n/a	41.60 (99.30 %)	23,786 (0.70 %)	2,636 (100.00 %)	4,714,429 (34.93 %)	919,518 (1.59 %)	13,711,504 (33.24 %)	64,690 (2.41 %)
346	snowshoe hare GCA_004026855.1	n/a	23,263 (0.88 %)	55,811 (1.01 %)	n/a	44.12 (99.87 %)	10,153 (0.03 %)	1,602,982 (99.97 %)	4,767,120 (21.29 %)	1,040,992 (2.22 %)	15,680,144 (43.23 %)	126,152 (2.28 %)
347	social tuco-tuco GCA_004027165.1	n/a	25,166 (1.12 %)	41,316 (1.26 %)	n/a	40.71 (99.89 %)	16,191 (0.06 %)	823,762 (99.94 %)	5,390,906 (28.28 %)	1,027,922 (2.15 %)	15,241,308 (38.39 %)	31,883 (0.72 %)
348	South African ground squirrel GCA_004024805.1	n/a	22,802 (1.44 %)	33,892 (1.27 %)	n/a	39.97 (99.92 %)	9,745 (0.04 %)	587,115 (99.96 %)	5,256,998 (34.93 %)	594,122 (1.27 %)	14,462,947 (33.96 %)	34,141 (0.80 %)
349	southern elephant seal GCF_011800145.1	53,210 (2.86 %)	19,520 (1.73 %)	20,727 (1.41 %)	n/a	41.45 (99.36 %)	22,850 (0.64 %)	1,115 (100.00 %)	4,728,105 (43.75 %)	585,443 (1.13 %)	13,463,979 (33.65 %)	53,182 (1.62 %)
350	southern grasshopper mouse (2020) GCF_903995425.1	47,152 (2.39 %)	19,356 (1.68 %)	18,821 (1.36 %)	n/a	41.81 (98.94 %)	2,143 (1.06 %)	2,949 (100.00 %)	4,850,460 (28.64 %)	1,195,836 (2.72 %)	13,540,762 (32.73 %)	18,046 (0.54 %)
351	southern multimammate mouse GCF_008632895.1	69,058 (3.04 %)	20,294 (2.10 %)	18,506 (1.44 %)	n/a	41.39 (91.90 %)	146,713 (8.12 %)	28 (100.00 %)	4,749,130 (37.35 %)	1,454,350 (2.93 %)	13,104,717 (28.82 %)	16,715 (0.45 %)
352	southern tamandua (mTamTet1 alternate hap 2022) GCA_023853755.1	n/a	20,179 (1.21 %)	24,249 (1.19 %)	n/a	39.54 (100.00 %)	4 (0.00 %)	7,866 (100.00 %)	3,953,031 (35.88 %)	531,111 (1.14 %)	16,354,874 (39.96 %)	59,907 (1.35 %)
353	southern tamandua (mTamTet1 primary hap 2022) GCA_023851605.1	n/a	20,058 (1.26 %)	22,196 (1.13 %)	n/a	39.48 (99.44 %)	961 (0.56 %)	201 (100.00 %)	4,037,291 (46.02 %)	593,019 (1.17 %)	18,033,833 (40.56 %)	65,039 (1.33 %)
354	southern three-banded armadillo GCA_004025125.1	n/a	29,138 (0.73 %)	56,522 (0.75 %)	n/a	39.20 (99.82 %)	15,801 (0.04 %)	2,941,308 (99.96 %)	6,990,740 (38.88 %)	839,452 (1.23 %)	24,805,397 (43.95 %)	71,951 (0.98 %)
355	southern two-toed sloth (mChoDid1 alternate hap 2020) GCA_015220265.1	n/a	22,897 (1.23 %)	27,007 (1.18 %)	n/a	39.87 (100.00 %)	70 (0.00 %)	12,050 (100.00 %)	4,502,020 (38.27 %)	576,759 (1.02 %)	17,143,050 (40.65 %)	51,339 (1.15 %)
356	southern two-toed sloth (mChoDid1 primary hap 2020) GCF_015220235.1	63,054 (2.39 %)	21,998 (1.29 %)	23,177 (1.18 %)	n/a	39.89 (97.48 %)	1,243 (2.52 %)	146 (100.00 %)	4,559,690 (39.66 %)	577,607 (1.02 %)	16,594,630 (40.50 %)	51,430 (1.14 %)
357	southern white rhinoceros (SDZICR_KB13650 2012 refseq) GCF_000283155.1	37,037 (2.11 %)	18,398 (1.71 %)	19,753 (1.44 %)	n/a	40.90 (96.05 %)	54,737 (3.96 %)	57,824 (96.04 %)	3,685,898 (38.31 %)	421,694 (0.97 %)	14,765,529 (28.93 %)	36,281 (1.02 %)
358	Sowerby's beaked whale GCA_004027085.1	n/a	22,800 (1.32 %)	38,247 (1.17 %)	n/a	41.68 (99.84 %)	8,597 (0.03 %)	1,810,317 (99.97 %)	5,520,986 (45.05 %)	1,081,962 (2.69 %)	13,480,261 (43.01 %)	69,001 (1.39 %)
359	sperm whale (SW-GA 2023) GCF_002837175.3	62,615 (2.83 %)	19,485 (1.75 %)	22,707 (1.41 %)	n/a	41.33 (95.82 %)	121,387 (4.20 %)	133,555 (95.80 %)	3,906,439 (36.43 %)	691,647 (2.39 %)	13,489,368 (32.95 %)	86,751 (2.23 %)
360	star-nosed mole GCF_000260355.1	30,444 (2.86 %)	16,116 (1.82 %)	17,403 (1.78 %)	n/a	41.55 (95.10 %)	82,557 (4.92 %)	84,595 (95.08 %)	1,855,039 (18.90 %)	308,473 (0.86 %)	9,571,561 (26.02 %)	48,079 (2.76 %)
361	Steller sea lion GCF_004028035.1	46,044 (2.38 %)	21,171 (1.78 %)	21,626 (1.43 %)	n/a	41.38 (99.41 %)	18,994 (0.59 %)	24,485 (99.41 %)	4,556,415 (43.53 %)	577,797 (1.09 %)	13,545,012 (33.71 %)	51,355 (1.45 %)
362	Stephens's kangaroo rat GCA_004024685.1	n/a	20,638 (1.19 %)	43,541 (1.37 %)	n/a	41.90 (99.85 %)	8,882 (0.04 %)	1,278,525 (99.96 %)	4,886,095 (30.36 %)	1,229,832 (5.30 %)	11,334,494 (44.33 %)	38,450 (1.17 %)
363	steppe mouse (ZRU 2018) GCA_003336285.1	n/a	22,032 (2.17 %)	20,891 (1.41 %)	n/a	41.70 (95.78 %)	123,681 (4.24 %)	161,217 (95.76 %)	4,964,415 (42.35 %)	1,414,584 (2.75 %)	12,989,925 (31.80 %)	17,544 (0.44 %)
364	straw-colored fruit bat GCA_000465285.1	n/a	20,161 (1.66 %)	40,283 (1.50 %)	n/a	39.24 (99.62 %)	154,908 (0.40 %)	288,446 (99.60 %)	2,814,732 (32.92 %)	372,539 (1.01 %)	12,351,823 (25.93 %)	67,245 (2.34 %)
365	stripe-headed round-eared bat GCA_004024845.1	n/a	20,248 (1.62 %)	29,173 (1.61 %)	n/a	42.04 (99.96 %)	2,860 (0.01 %)	252,670 (99.99 %)	3,018,746 (29.48 %)	333,243 (0.74 %)	12,128,116 (30.51 %)	59,513 (1.87 %)
366	striped hyena (BS54 2019 Broad) GCA_004023945.1	n/a	22,373 (1.45 %)	39,382 (1.45 %)	n/a	41.66 (99.93 %)	11,849 (0.05 %)	362,072 (99.95 %)	5,048,667 (42.42 %)	712,073 (1.24 %)	13,879,012 (34.58 %)	69,835 (2.20 %)
367	striped hyena (Hyena2069 2018 Potsdam U) GCF_003009895.1	48,870 (2.41 %)	18,793 (1.67 %)	20,950 (1.44 %)	n/a	41.56 (99.29 %)	23,058 (0.71 %)	5,761 (100.00 %)	4,782,500 (41.88 %)	701,157 (1.32 %)	13,436,624 (33.05 %)	58,977 (2.20 %)
368	Sumatran rhinoceros (Ipuh 2017) GCA_002844835.1	n/a	20,368 (1.53 %)	24,204 (1.23 %)	n/a	41.05 (95.54 %)	50,876 (4.40 %)	1,112,463 (95.60 %)	4,516,240 (39.90 %)	561,540 (1.56 %)	15,821,451 (34.68 %)	45,201 (1.03 %)
369	Sunda flying lemur (2014 WashU) GCF_000696425.1	34,734 (1.83 %)	21,356 (1.55 %)	25,832 (1.21 %)	n/a	40.21 (87.96 %)	412,608 (12.07 %)	511,878 (87.93 %)	4,961,153 (38.35 %)	854,441 (3.33 %)	17,562,576 (28.82 %)	82,988 (1.05 %)
370	Sunda flying lemur (US047 2019 Broad) GCA_004027255.1	n/a	24,882 (1.29 %)	43,546 (1.12 %)	n/a	40.46 (99.88 %)	5,895 (0.02 %)	1,655,642 (99.98 %)	5,807,241 (38.62 %)	953,765 (2.48 %)	18,836,777 (37.68 %)	114,955 (1.43 %)
371	tailed tailless bat GCA_004027475.1	n/a	19,920 (1.58 %)	28,017 (1.58 %)	n/a	41.76 (99.95 %)	4,640 (0.02 %)	341,895 (99.98 %)	3,139,817 (30.43 %)	381,536 (0.81 %)	12,069,229 (32.73 %)	54,528 (2.15 %)
372	takin (Tak-1 2022) GCF_023091745.1	31,914 (1.65 %)	19,290 (1.42 %)	21,656 (1.27 %)	n/a	43.32 (100.00 %)	152 (0.00 %)	1,363 (100.00 %)	3,256,033 (21.01 %)	714,375 (8.32 %)	13,010,154 (44.58 %)	49,134 (7.43 %)
373	Talazac's shrew tenrec GCA_004026705.1	n/a	22,605 (0.81 %)	50,725 (1.09 %)	n/a	43.03 (99.93 %)	6,619 (0.02 %)	795,514 (99.98 %)	3,493,378 (14.58 %)	705,274 (1.31 %)	20,975,335 (36.85 %)	70,793 (1.26 %)
374	Tasmanian devil GCF_902635505.1	52,070 (2.36 %)	15,902 (0.85 %)	17,542 (0.99 %)	43,475 (2.65 %)	36.16 (100.00 %)	354 (0.00 %)	106 (100.00 %)	6,648,718 (44.20 %)	1,246,027 (2.19 %)	21,434,803 (41.20 %)	23,609 (0.65 %)
375	thirteen-lined ground squirrel (2021 HiC) GCF_016881025.1	69,352 (3.50 %)	18,934 (1.68 %)	16,775 (1.37 %)	n/a	39.91 (93.25 %)	146,412 (6.77 %)	7,132 (100.00 %)	4,262,890 (35.64 %)	640,624 (1.64 %)	14,118,452 (27.90 %)	28,317 (0.64 %)
376	tiger GCF_018350195.1	71,226 (2.84 %)	18,513 (1.68 %)	19,919 (1.39 %)	n/a	41.64 (100.00 %)	65 (0.00 %)	131 (100.00 %)	4,878,003 (42.77 %)	912,595 (1.82 %)	13,804,650 (33.76 %)	64,312 (2.55 %)
377	Townsend's big-eared bat (haplotype 1 of 2 COTO_CA2020_CCGP 2022) GCA_026230055.1	n/a	19,370 (1.77 %)	21,062 (1.61 %)	n/a	42.81 (100.00 %)	219 (0.00 %)	610 (100.00 %)	2,923,694 (25.49 %)	772,382 (3.25 %)	10,654,074 (37.41 %)	48,226 (2.42 %)
378	Townsend's big-eared bat (haplotype 2 of 2 COTO_CA2020_CCGP 2022) GCA_026230045.1	n/a	18,627 (1.82 %)	20,108 (1.67 %)	n/a	42.95 (100.00 %)	217 (0.00 %)	182 (100.00 %)	2,733,927 (24.79 %)	715,258 (3.17 %)	10,099,456 (36.35 %)	47,139 (2.58 %)
379	Transcaucasian mole vole GCA_001685075.1	n/a	20,173 (1.62 %)	18,627 (1.30 %)	n/a	41.51 (96.09 %)	440,846 (3.96 %)	499,269 (96.04 %)	3,827,136 (25.51 %)	810,597 (2.65 %)	13,634,524 (27.54 %)	9,596 (0.16 %)
380	Upper Galilee mountains blind mole rat (2095 2014 refseq) GCF_000622305.1	54,667 (2.07 %)	19,704 (1.26 %)	21,262 (1.20 %)	n/a	41.26 (95.18 %)	201,121 (4.83 %)	356,097 (95.17 %)	6,165,645 (34.95 %)	1,197,750 (2.77 %)	16,282,383 (36.21 %)	22,905 (0.49 %)
381	vaquita (alternate hap mPhoSin1 2019) GCA_008692045.1	n/a	9,367 (1.66 %)	11,297 (1.30 %)	n/a	41.50 (100.00 %)	1 (0.00 %)	9,470 (100.00 %)	1,708,360 (43.81 %)	267,584 (1.67 %)	5,373,410 (33.52 %)	29,783 (1.94 %)
382	vaquita (mPhoSin1 2019) GCF_008692025.1	60,106 (3.00 %)	18,611 (1.76 %)	20,103 (1.39 %)	n/a	41.36 (99.66 %)	212 (0.34 %)	64 (100.00 %)	4,067,454 (44.25 %)	602,407 (1.34 %)	12,468,582 (35.55 %)	66,806 (1.79 %)
383	water buffalo (Mediterranean 2018) GCF_003121395.1	69,771 (3.14 %)	19,465 (1.58 %)	21,849 (1.37 %)	n/a	41.81 (99.99 %)	410 (0.01 %)	509 (100.00 %)	5,407,697 (47.11 %)	473,976 (1.54 %)	13,015,899 (41.23 %)	43,120 (1.15 %)
384	water buffalo (Murrah 2021) GCF_019923935.1	80,552 (3.26 %)	19,402 (1.59 %)	20,375 (1.31 %)	n/a	41.75 (100.00 %)	659 (0.00 %)	26 (100.00 %)	5,358,548 (47.11 %)	447,338 (1.14 %)	13,034,537 (41.28 %)	40,189 (1.07 %)
385	Weddell seal (WS11-02 2013 refseq) GCF_000349705.1	48,251 (2.73 %)	21,063 (1.73 %)	22,333 (1.43 %)	n/a	41.39 (70.44 %)	152,836 (29.58 %)	169,547 (70.42 %)	4,420,479 (41.72 %)	471,256 (0.66 %)	13,410,237 (22.09 %)	48,738 (1.01 %)
386	western European hedgehog (2012 refseq) GCF_000296755.1	29,923 (1.67 %)	18,067 (1.33 %)	19,777 (1.35 %)	n/a	41.54 (85.94 %)	219,764 (14.09 %)	225,567 (85.91 %)	6,594,783 (45.66 %)	1,271,533 (2.29 %)	12,374,161 (42.02 %)	28,528 (0.71 %)
387	western spotted skunk GCA_004023965.1	n/a	21,665 (1.46 %)	34,370 (1.32 %)	n/a	41.61 (99.92 %)	11,822 (0.05 %)	433,831 (99.95 %)	4,889,781 (40.77 %)	901,906 (2.30 %)	13,931,764 (34.80 %)	54,394 (1.54 %)
388	white-footed mouse GCF_004664715.2	54,479 (2.82 %)	19,971 (1.69 %)	20,132 (1.42 %)	n/a	42.23 (99.95 %)	2,299 (0.05 %)	1,857 (100.00 %)	5,060,487 (30.71 %)	1,258,073 (2.85 %)	14,007,098 (32.99 %)	23,456 (0.67 %)
389	white-tailed deer (Pink-7 2017 refseq) GCF_002102435.1	57,774 (2.93 %)	20,661 (1.75 %)	23,085 (1.50 %)	n/a	41.55 (99.10 %)	107,058 (0.91 %)	48,653 (99.10 %)	4,800,704 (41.29 %)	413,129 (2.59 %)	13,296,779 (34.22 %)	44,165 (1.19 %)
390	white-toothed pygmy shrew (mSunEtr1 alternate hap 2022) GCA_024140225.1	n/a	12,198 (1.10 %)	18,494 (1.29 %)	n/a	39.87 (100.00 %)	26 (0.00 %)	14,841 (100.00 %)	1,725,021 (17.81 %)	802,415 (4.26 %)	8,321,474 (45.72 %)	15,669 (0.79 %)
391	white-toothed pygmy shrew (mSunEtr1 primary hap 2022) GCF_024139225.1	40,430 (1.81 %)	17,575 (1.21 %)	21,880 (1.35 %)	n/a	39.81 (99.57 %)	1,010 (0.43 %)	147 (100.00 %)	2,846,063 (18.57 %)	1,252,362 (3.89 %)	13,776,063 (46.50 %)	24,589 (0.78 %)
392	wild Bactrian camel (BCGSAC Cfer 1.0 YT-003-E 2020) GCF_009834535.1	70,235 (4.11 %)	18,202 (1.93 %)	20,199 (1.66 %)	n/a	41.66 (99.99 %)	2,345 (0.01 %)	2,043 (100.00 %)	3,091,018 (33.31 %)	332,720 (5.33 %)	12,161,286 (28.79 %)	55,524 (1.75 %)
393	wild Bactrian camel (CB1 Naran 2013 refseq) GCF_000311805.1	34,726 (2.40 %)	18,746 (1.96 %)	17,104 (1.61 %)	n/a	41.28 (98.83 %)	60,971 (1.18 %)	68,872 (98.82 %)	2,991,821 (33.93 %)	353,632 (1.23 %)	12,349,615 (25.12 %)	45,437 (1.02 %)
394	wild goat GCA_000978405.1	n/a	19,104 (1.48 %)	16,198 (1.21 %)	n/a	41.91 (91.72 %)	279,195 (8.31 %)	368,693 (91.69 %)	5,563,294 (45.39 %)	452,402 (1.99 %)	13,802,376 (35.47 %)	41,935 (0.63 %)
395	wild mouse SPRET_EiJ GCA_001624865.1	n/a	21,211 (2.19 %)	17,797 (1.36 %)	n/a	41.65 (89.10 %)	334,091 (10.95 %)	29,259 (98.77 %)	5,087,807 (40.60 %)	1,402,357 (3.14 %)	13,522,663 (27.99 %)	16,888 (0.42 %)
396	wild yak GCF_000298355.1	29,776 (1.92 %)	19,936 (1.62 %)	19,914 (1.32 %)	n/a	41.71 (95.48 %)	192,006 (4.54 %)	233,198 (95.46 %)	5,348,663 (46.08 %)	449,880 (1.38 %)	13,572,902 (36.62 %)	41,147 (0.82 %)
397	woodchuck (LI92 2021) GCF_021218885.1	62,044 (2.80 %)	19,783 (1.48 %)	21,060 (1.38 %)	n/a	39.92 (100.00 %)	46 (0.00 %)	3,381 (100.00 %)	3,884,968 (28.12 %)	912,591 (2.73 %)	14,538,767 (35.15 %)	36,919 (1.02 %)
398	woodland dormouse GCA_004027655.1	n/a	23,556 (1.09 %)	55,517 (1.33 %)	n/a	41.52 (99.86 %)	15,691 (0.06 %)	1,283,630 (99.94 %)	7,674,195 (34.99 %)	1,698,258 (3.76 %)	13,705,886 (42.23 %)	68,562 (1.41 %)
399	woodland thicket rat GCF_004785775.1	43,129 (2.40 %)	22,710 (2.13 %)	21,042 (1.49 %)	n/a	41.17 (98.57 %)	76,623 (1.44 %)	23,656 (100.00 %)	4,732,544 (38.04 %)	1,424,025 (3.23 %)	13,549,399 (30.42 %)	18,232 (0.48 %)
400	Yangtze finless porpoise (v2 wild 2018 refseq) GCF_003031525.2	43,297 (2.49 %)	18,747 (1.81 %)	19,638 (1.46 %)	n/a	41.28 (99.29 %)	52,647 (0.72 %)	66,343 (99.28 %)	3,547,466 (35.83 %)	540,760 (1.65 %)	12,691,756 (32.88 %)	59,050 (1.48 %)
401	Yangtze River dolphin (v1.1 BGI 2013 refseq) GCF_000442215.2	26,115 (1.61 %)	18,978 (1.74 %)	20,661 (1.39 %)	n/a	41.24 (98.69 %)	123,788 (1.33 %)	148,598 (98.67 %)	3,788,303 (37.04 %)	690,288 (1.96 %)	12,841,906 (35.04 %)	62,458 (1.54 %)
402	yellow-bellied marmot (SJ_83 v2.1 2019) GCF_003676075.3	42,654 (2.16 %)	19,547 (1.52 %)	21,406 (1.40 %)	n/a	39.89 (97.96 %)	35,509 (2.04 %)	66,442 (97.96 %)	3,814,223 (27.39 %)	800,865 (1.96 %)	14,323,977 (32.63 %)	34,122 (0.91 %)
403	yellow-footed antechinus (v2 Samford, QLD, Australia AdamAnt 2021) GCF_016432865.1	47,606 (2.50 %)	15,703 (0.78 %)	16,155 (0.90 %)	n/a	36.21 (99.99 %)	620 (0.01 %)	486 (100.00 %)	5,191,383 (23.81 %)	1,269,772 (2.59 %)	21,430,585 (42.69 %)	28,118 (0.66 %)
404	yellow-spotted hyrax GCA_004026845.1	n/a	20,424 (0.86 %)	43,984 (1.27 %)	n/a	40.93 (99.94 %)	3,815 (0.01 %)	971,748 (99.99 %)	5,365,974 (31.41 %)	435,699 (1.22 %)	21,229,266 (45.17 %)	38,521 (0.68 %)
405	Yuma myotis (MYYU_CA2020_CCGP alternate hap 2023) GCA_028536395.1	n/a	19,188 (1.79 %)	21,673 (1.72 %)	n/a	43.03 (100.00 %)	215 (0.00 %)	250 (100.00 %)	3,043,589 (24.76 %)	773,853 (4.49 %)	10,648,494 (37.26 %)	61,910 (2.52 %)
406	Yuma myotis (MYYU_CA2020_CCGP primary hap 2023) GCA_028538775.1	n/a	18,587 (1.82 %)	21,049 (1.76 %)	n/a	43.22 (100.00 %)	209 (0.00 %)	685 (100.00 %)	2,890,086 (24.28 %)	719,555 (4.26 %)	10,089,514 (36.35 %)	60,975 (2.61 %)
407	zebu cattle (Nelore 2014 refseq) GCF_000247795.1	39,817 (2.52 %)	18,603 (1.59 %)	18,779 (1.29 %)	n/a	41.75 (92.62 %)	6,941,272 (7.66 %)	253,770 (92.59 %)	5,119,428 (46.84 %)	358,908 (0.88 %)	13,431,672 (36.60 %)	35,241 (0.84 %)
TOTALS:	total assembly count 407

count

common name
link to genome browser

ncbiRefSeq

xenoRefGene

augustus
genes

Ensembl
genes

gc5 base

gaps

assembly
sequences

Repeat
Masker

TRF
simpleRepeat

window
Masker

cpg
islands

aardvark (SDZICR_OR568_19922 2012 Broad)
GCF_000298275.1

25,607
(1.08 %)

18,351
(1.06 %)

20,358
(0.98 %)

n/a

40.07
(76.89 %)

411,144
(23.15 %)

433,653
(76.85 %)

n/a

536,700
(0.74 %)

18,176,790
(39.08 %)

26,235
(0.40 %)

African grass rat (maternal 2020)
GCA_011750645.1

n/a

20,916
(2.01 %)

19,513
(1.43 %)

n/a

41.37
(98.89 %)

1,526
(1.11 %)

1,610
(100.00 %)

4,928,847
(37.45 %)

1,652,295
(5.20 %)

13,507,965
(32.27 %)

17,712
(0.51 %)

African grass rat (paternal 2020)
GCA_011762545.1

n/a

20,796
(2.00 %)

19,611
(1.43 %)

n/a

41.42
(97.70 %)

1,563
(2.30 %)

1,740
(100.00 %)

4,904,243
(37.25 %)

1,672,608
(5.37 %)

13,465,246
(32.19 %)

17,677
(0.50 %)

African grass rat (paternal X 2020)
GCF_011762505.1

45,963
(2.46 %)

20,878
(1.99 %)

19,613
(1.43 %)

n/a

41.39
(99.19 %)

1,624
(0.81 %)

1,595
(100.00 %)

4,939,557
(37.33 %)

1,674,970
(5.40 %)

13,613,429
(32.71 %)

17,767
(0.51 %)

African hunting dog
GCA_001887905.1

n/a

18,956
(1.75 %)

17,562
(1.41 %)

n/a

40.98
(92.89 %)

1,415,298
(7.28 %)

803
(100.00 %)

4,458,183
(39.99 %)

658,637
(1.13 %)

13,671,493
(28.24 %)

47,644
(1.64 %)

African savanna elephant (2009 refseq)
GCF_000001905.1

46,043
(2.30 %)

19,169
(1.26 %)

19,664
(1.10 %)

n/a

40.76
(97.57 %)

93,514
(2.45 %)

95,866
(97.55 %)

6,363,315
(57.54 %)

365,797
(0.88 %)

16,073,053
(44.89 %)

33,513
(0.68 %)

agile gracile mouse opossum
GCF_016433145.1

30,697
(1.32 %)

17,361
(0.78 %)

17,596
(0.81 %)

n/a

37.86
(91.75 %)

85,142
(8.25 %)

60,714
(100.00 %)

7,917,577
(49.04 %)

1,054,566
(1.57 %)

22,701,659
(37.69 %)

27,301
(0.49 %)

alpaca (v3.2 Carlotta AHFN-0088 2019 Deakin U)
GCF_000164845.4

54,987
(3.56 %)

18,439
(1.93 %)

18,426
(1.63 %)

n/a

41.40
(95.85 %)

166,272
(4.17 %)

77,389
(100.00 %)

3,004,413
(33.17 %)

315,092
(1.36 %)

12,458,272
(24.89 %)

54,502
(1.38 %)

Alpine marmot (2019)
GCF_001458135.2

69,587
(3.43 %)

19,047
(1.54 %)

17,768
(1.39 %)

n/a

39.80
(96.13 %)

88,858
(3.88 %)

14,031
(100.00 %)

3,726,252
(26.48 %)

746,953
(1.83 %)

14,066,368
(30.30 %)

30,191
(0.63 %)

American beaver (Ward 2017 refseq)
GCF_001984765.1

40,013
(2.15 %)

20,867
(1.53 %)

24,201
(1.33 %)

n/a

39.72
(99.99 %)

3,321
(0.01 %)

21,157
(100.00 %)

4,526,430
(33.75 %)

486,353
(1.30 %)

14,347,145
(31.96 %)

23,046
(0.72 %)

American bison (2014 refseq)
GCF_000754665.1

38,686
(2.34 %)

19,782
(1.47 %)

20,444
(1.25 %)

n/a

41.82
(93.12 %)

341,984
(6.92 %)

470,415
(93.08 %)

n/a

419,596
(0.95 %)

13,519,877
(37.66 %)

60,388
(1.03 %)

American black bear (L20-20 alternate hap 2022)
GCA_024610745.1

n/a

22,502
(1.17 %)

43,431
(1.28 %)

n/a

43.14
(99.99 %)

n/a

77,311
(100.00 %)

4,587,986
(32.30 %)

773,829
(6.39 %)

14,594,034
(35.67 %)

78,849
(3.32 %)

American black bear (L20-20 primary hap 2022)
GCA_024610735.1

n/a

18,458
(1.52 %)

21,049
(1.43 %)

n/a

42.93
(100.00 %)

22
(0.00 %)

317
(100.00 %)

4,000,508
(32.69 %)

641,903
(5.91 %)

13,210,530
(35.54 %)

68,981
(3.00 %)

American black bear (UA15103 2021)
GCF_020975775.1

53,916
(3.11 %)

18,840
(1.73 %)

20,969
(1.50 %)

n/a

42.09
(100.00 %)

n/a

2,213
(100.00 %)

3,936,528
(34.53 %)

594,864
(2.90 %)

13,725,005
(32.35 %)

62,580
(1.91 %)

American mink (2018)
GCA_900108605.1

n/a

18,686
(1.70 %)

20,016
(1.50 %)

36,997
(1.74 %)

41.60
(92.95 %)

154,172
(7.07 %)

161,347
(92.93 %)

4,350,343
(38.70 %)

606,128
(1.17 %)

13,605,797
(28.74 %)

54,199
(1.98 %)

American mink (M4711 2021 Dalhousie U)
GCF_020171115.1

50,253
(2.26 %)

18,949
(1.49 %)

20,914
(1.29 %)

n/a

42.26
(100.00 %)

n/a

183
(100.00 %)

4,705,680
(39.15 %)

795,684
(5.50 %)

14,085,357
(37.99 %)

63,307
(2.38 %)

American pika 3.0 (2012 Broad refseq)
GCF_000292845.1

26,253
(1.93 %)

17,576
(1.61 %)

20,076
(1.70 %)

n/a

43.35
(87.20 %)

122,542
(12.82 %)

132,962
(87.18 %)

2,761,257
(29.47 %)

414,896
(1.07 %)

10,968,698
(26.71 %)

44,652
(1.14 %)

American pika 4.0 (UAM:Mamm:113957 2020)
GCF_014633375.1

31,887
(1.92 %)

17,532
(1.60 %)

19,609
(1.65 %)

n/a

43.35
(87.14 %)

124,941
(12.88 %)

9,351
(100.00 %)

2,827,662
(29.77 %)

414,980
(1.07 %)

10,969,165
(26.69 %)

44,743
(1.13 %)

Amur tiger (TaeGuk 2013 refseq)
GCF_000464555.1

33,681
(2.23 %)

17,929
(1.49 %)

15,090
(1.29 %)

n/a

41.40
(97.59 %)

155,553
(2.44 %)

157,032
(97.56 %)

n/a

831,136
(1.67 %)

13,654,437
(31.78 %)

65,229
(1.60 %)

Antarctic minke whale
GCA_000978805.1

n/a

23,312
(1.49 %)

45,535
(1.26 %)

n/a

40.73
(99.37 %)

299,456
(0.64 %)

720,900
(99.36 %)

4,011,313
(41.13 %)

504,837
(1.04 %)

13,553,641
(30.96 %)

56,223
(1.31 %)

Antillean ghost-faced bat
GCA_004026545.1

n/a

20,088
(1.74 %)

31,558
(1.63 %)

n/a

41.74
(99.97 %)

1,835
(0.01 %)

207,094
(99.99 %)

3,025,044
(30.67 %)

332,606
(0.70 %)

12,504,556
(28.79 %)

65,503
(2.30 %)

aoudad
GCA_002201775.1

n/a

19,905
(1.62 %)

27,488
(1.60 %)

n/a

42.01
(95.96 %)

186,672
(4.05 %)

263,992
(95.95 %)

5,418,013
(45.05 %)

471,426
(1.19 %)

13,396,252
(36.94 %)

48,844
(1.32 %)

Arabian camel (Drom800 2019 refseq)
GCF_000803125.2

64,519
(3.85 %)

18,483
(1.89 %)

20,554
(1.62 %)

n/a

41.51
(99.22 %)

47,342
(0.79 %)

21,070
(100.00 %)

3,233,022
(34.07 %)

345,049
(1.55 %)

13,383,050
(26.19 %)

58,872
(1.79 %)

Arctic fox (Blue_001 2021 refseq)
GCF_018345385.1

60,759
(3.11 %)

19,942
(1.72 %)

19,529
(1.38 %)

n/a

41.27
(100.00 %)

529
(0.00 %)

929
(100.00 %)

4,821,229
(41.22 %)

1,006,124
(2.31 %)

13,556,149
(32.92 %)

49,997
(2.23 %)

Arctic ground squirrel
GCF_003426925.1

39,569
(2.25 %)

18,954
(1.74 %)

19,372
(1.45 %)

n/a

39.95
(89.51 %)

2,429,461
(10.59 %)

15,883
(100.00 %)

4,400,304
(32.67 %)

672,831
(1.50 %)

13,913,477
(26.41 %)

27,575
(0.72 %)

Asian palm civet
GCA_004024585.1

n/a

22,124
(1.43 %)

43,710
(1.39 %)

n/a

42.52
(99.95 %)

4,533
(0.02 %)

442,658
(99.98 %)

4,877,367
(40.32 %)

754,440
(1.35 %)

14,557,779
(32.29 %)

148,246
(5.67 %)

Asiatic elephant (mEleMax1 alternate hap 2022)
GCA_024166345.1

n/a

17,906
(1.18 %)

21,966
(1.14 %)

n/a

41.14
(100.00 %)

n/a

6,361
(100.00 %)

3,818,524
(29.72 %)

533,426
(3.22 %)

14,381,781
(47.30 %)

50,264
(1.15 %)

Asiatic elephant (mEleMax1 primary hap 2022)
GCF_024166365.1

61,202
(2.60 %)

18,887
(1.13 %)

21,194
(1.06 %)

n/a

41.14
(99.90 %)

126
(0.10 %)

64
(100.00 %)

4,358,470
(31.27 %)

663,094
(4.56 %)

16,261,778
(48.66 %)

69,120
(1.32 %)

Asiatic tapir
GCA_004024905.1

n/a

20,854
(1.73 %)

28,046
(1.39 %)

n/a

40.91
(99.96 %)

4,333
(0.02 %)

284,468
(99.98 %)

3,802,671
(39.88 %)

335,521
(0.73 %)

15,053,564
(30.25 %)

39,691
(1.17 %)

ass (Dezhou 2021)
GCF_016077325.2

84,046
(4.01 %)

18,838
(1.75 %)

20,239
(1.42 %)

n/a

41.42
(99.86 %)

1,922
(0.15 %)

50
(100.00 %)

3,840,509
(41.57 %)

319,943
(0.81 %)

14,889,114
(29.46 %)

41,082
(1.37 %)

ass (Maral har 2015 refseq)
GCF_001305755.1

48,989
(3.12 %)

18,838
(1.78 %)

19,295
(1.44 %)

n/a

41.28
(98.63 %)

69,593
(1.38 %)

2,167
(100.00 %)

3,731,432
(40.84 %)

289,737
(0.96 %)

14,695,308
(28.58 %)

40,025
(1.06 %)

Australian echidna (mTacAcu1 alternate hap 2020)
GCA_015852515.1

n/a

13,505
(1.03 %)

18,978
(1.47 %)

n/a

45.32
(99.98 %)

26
(0.02 %)

3,482
(100.00 %)

6,880,857
(41.88 %)

1,099,932
(7.47 %)

8,156,735
(56.68 %)

70,515
(2.88 %)

Australian echidna (mTacAcu1 primary hap 2020)
GCF_015852505.1

42,938
(2.28 %)

14,891
(1.01 %)

19,714
(1.45 %)

n/a

45.30
(98.61 %)

524
(1.39 %)

310
(100.00 %)

7,814,876
(42.89 %)

1,219,764
(6.93 %)

9,488,325
(55.68 %)

78,364
(2.73 %)

Bactrian camel (Alxa 2014 refseq)
GCF_000767855.1

52,178
(3.64 %)

18,303
(1.98 %)

17,097
(1.64 %)

n/a

41.32
(99.32 %)

31,980
(0.69 %)

67,435
(99.31 %)

2,966,704
(34.06 %)

306,997
(0.95 %)

12,209,949
(25.43 %)

49,790
(1.25 %)

banded mongoose
GCA_004023785.1

n/a

21,568
(1.57 %)

30,427
(1.43 %)

n/a

42.00
(99.96 %)

4,510
(0.02 %)

316,874
(99.98 %)

4,768,524
(40.51 %)

684,187
(1.30 %)

13,713,756
(33.42 %)

78,648
(2.80 %)

bank vole
GCF_902806735.1

56,410
(2.99 %)

18,977
(1.71 %)

18,408
(1.50 %)

n/a

41.86
(98.62 %)

53,506
(1.39 %)

54,142
(98.61 %)

3,222,366
(21.59 %)

933,697
(2.20 %)

12,831,232
(31.50 %)

18,784
(0.42 %)

banner-tailed kangaroo rat
GCF_019054845.1

43,753
(1.82 %)

18,397
(1.18 %)

24,180
(1.39 %)

n/a

40.83
(100.00 %)

n/a

2,026
(100.00 %)

5,587,719
(30.97 %)

1,363,513
(3.95 %)

12,128,920
(48.74 %)

36,371
(1.27 %)

beluga whale (Cook Inlet, Alaska, USA DL-CIB17-05 2020)
GCA_009917745.1

n/a

19,239
(1.79 %)

22,513
(1.43 %)

n/a

41.25
(97.57 %)

27,070
(2.43 %)

52,780
(97.57 %)

4,021,599
(43.53 %)

544,323
(1.08 %)

12,738,162
(33.47 %)

59,710
(1.51 %)

beluga whale (GAN/ISIS: 26980492/103006 v3 2019)
GCF_002288925.2

59,400
(3.08 %)

18,667
(1.79 %)

20,314
(1.43 %)

n/a

41.24
(98.49 %)

24,414
(1.52 %)

29,444
(98.48 %)

4,001,248
(43.73 %)

543,276
(1.11 %)

12,802,735
(34.18 %)

59,307
(1.53 %)

big brown bat (BU_THK_EF1 2012)
GCF_000308155.1

59,162
(3.17 %)

18,334
(1.94 %)

20,121
(1.78 %)

n/a

42.93
(89.41 %)

160,269
(10.62 %)

167,057
(89.38 %)

2,842,065
(25.82 %)

614,712
(1.89 %)

10,407,733
(28.90 %)

66,720
(2.99 %)

big brown bat (TK198812 2023)
GCF_027574615.1

46,266
(2.61 %)

18,620
(1.80 %)

21,271
(1.72 %)

n/a

43.51
(100.00 %)

75
(0.00 %)

48
(100.00 %)

3,041,145
(25.08 %)

904,075
(3.80 %)

10,530,666
(37.05 %)

77,605
(3.68 %)

bighorn sheep
GCA_004026945.1

n/a

23,059
(1.34 %)

36,486
(1.19 %)

n/a

43.20
(99.90 %)

9,412
(0.03 %)

1,057,548
(99.97 %)

6,321,577
(50.75 %)

716,846
(1.66 %)

13,904,326
(44.98 %)

95,564
(1.72 %)

black flying fox
GCF_000325575.1

46,978
(3.15 %)

18,089
(2.00 %)

20,668
(1.75 %)

n/a

39.74
(97.93 %)

104,566
(2.08 %)

170,164
(97.92 %)

2,975,186
(34.05 %)

481,859
(1.45 %)

12,582,349
(26.52 %)

62,483
(3.88 %)

black rat
GCF_011064425.1

39,601
(2.37 %)

20,793
(1.98 %)

17,944
(1.37 %)

n/a

42.14
(99.98 %)

6,158
(0.02 %)

2,173
(100.00 %)

4,715,157
(41.57 %)

1,432,294
(3.45 %)

13,275,550
(32.36 %)

18,055
(0.48 %)

black-footed cat
GCA_004023925.1

n/a

22,895
(1.14 %)

51,789
(1.13 %)

n/a

41.92
(99.90 %)

13,476
(0.06 %)

603,600
(99.94 %)

5,261,265
(44.11 %)

943,514
(1.77 %)

13,681,435
(34.77 %)

86,892
(2.23 %)

black-lipped pika
GCF_017591425.1

46,297
(2.64 %)

18,529
(1.63 %)

23,458
(1.83 %)

n/a

43.71
(100.00 %)

54
(0.00 %)

2,214
(100.00 %)

1,843,705
(12.62 %)

471,798
(2.76 %)

11,394,992
(31.27 %)

63,124
(1.85 %)

black rhinoceros (2021)
GCA_020826845.1

n/a

18,774
(1.38 %)

22,346
(1.26 %)

n/a

41.59
(99.95 %)

215
(0.05 %)

1,075
(100.00 %)

4,200,385
(36.22 %)

548,030
(8.34 %)

14,347,639
(40.14 %)

43,525
(1.14 %)

black rhinoceros (alternate hap 2021)
GCA_020826835.1

n/a

19,000
(1.37 %)

22,547
(1.26 %)

n/a

41.56
(99.97 %)

178
(0.03 %)

1,199
(100.00 %)

4,340,245
(37.22 %)

564,468
(8.07 %)

14,384,523
(40.40 %)

44,971
(1.16 %)

black rhinoceros (BS38 2019 Broad)
GCA_004027315.1

n/a

21,713
(1.32 %)

32,731
(1.18 %)

n/a

41.22
(99.85 %)

7,256
(0.02 %)

2,029,914
(99.98 %)

4,618,655
(36.76 %)

618,834
(2.21 %)

16,248,532
(40.32 %)

44,113
(0.97 %)

Blainville's beaked whale (mMesDen1 alternate hap 2022)
GCA_025094165.1

n/a

17,838
(1.54 %)

21,389
(1.35 %)

n/a

41.71
(100.00 %)

1
(0.00 %)

5,198
(100.00 %)

3,542,727
(35.35 %)

650,369
(8.86 %)

10,971,320
(41.15 %)

62,389
(1.68 %)

Blainville's beaked whale (mMesDen1 primary hap 2022)
GCA_025265405.1

n/a

19,042
(1.52 %)

20,766
(1.27 %)

n/a

41.70
(99.97 %)

97
(0.03 %)

73
(100.00 %)

3,964,035
(35.29 %)

765,957
(8.74 %)

12,128,162
(41.78 %)

70,851
(1.80 %)

blue whale (alternate hap JJ_BM4_2016_0621 2019)
GCA_008658375.1

n/a

17,285
(1.80 %)

21,295
(1.43 %)

n/a

41.22
(100.00 %)

n/a

12,574
(100.00 %)

3,196,354
(43.47 %)

467,194
(1.26 %)

10,176,588
(33.66 %)

56,916
(1.85 %)

Blue whale (JJ_BM4_2016_0621 v2 alternate hap 2020)
GCA_008658375.2

n/a

16,997
(1.82 %)

20,609
(1.44 %)

n/a

41.20
(100.00 %)

3
(0.00 %)

10,999
(100.00 %)

3,126,800
(43.49 %)

454,452
(1.23 %)

9,916,868
(33.63 %)

55,436
(1.85 %)

blue whale (JJ_BM4_2016_0621 v3 primary hap 2020)
GCF_009873245.2

58,750
(2.71 %)

19,162
(1.80 %)

20,576
(1.41 %)

n/a

40.88
(98.91 %)

886
(1.09 %)

106
(100.00 %)

3,986,870
(44.21 %)

579,629
(1.22 %)

12,858,384
(34.60 %)

67,032
(1.73 %)

bobcat (Redwood Valley CCGP_SWC_20201006 alternate hap 2022)
GCA_022079275.1

n/a

24,877
(1.23 %)

48,382
(1.39 %)

n/a

42.05
(99.98 %)

4,716
(0.01 %)

72,827
(99.99 %)

6,403,412
(33.31 %)

1,269,531
(1.94 %)

17,771,689
(33.82 %)

100,915
(3.00 %)

bobcat (Redwood Valley CCGP_SWC_20201006 primary hap 2022)
GCF_022079265.1

45,362
(2.39 %)

18,576
(1.65 %)

20,510
(1.41 %)

n/a

41.80
(100.00 %)

24
(0.00 %)

75
(100.00 %)

4,970,082
(43.28 %)

894,002
(1.80 %)

13,648,384
(34.21 %)

69,211
(2.68 %)

Botta's pocket gopher (bottae MVZ:Mamm:240275 alternate hap 2022)
GCA_024803775.1

n/a

18,647
(0.96 %)

23,998
(1.13 %)

n/a

41.67
(100.00 %)

124
(0.00 %)

3,340
(100.00 %)

3,775,862
(22.40 %)

1,257,803
(21.71 %)

9,347,543
(61.85 %)

33,757
(1.35 %)

Botta's pocket gopher (bottae MVZ:Mamm:240275 primary hap 2022)
GCA_024803745.1

n/a

17,791
(1.12 %)

22,667
(1.29 %)

n/a

41.66
(100.00 %)

106
(0.00 %)

2,898
(100.00 %)

6,293,452
(41.30 %)

1,076,688
(17.94 %)

8,553,272
(57.13 %)

31,102
(1.31 %)

boutu
GCA_004363515.1

n/a

21,835
(1.38 %)

35,087
(1.18 %)

n/a

42.09
(99.89 %)

5,072
(0.02 %)

1,218,682
(99.98 %)

5,098,108
(45.85 %)

856,878
(2.32 %)

13,046,921
(40.74 %)

63,992
(1.47 %)

Brandt's bat
GCF_000412655.1

46,912
(2.84 %)

19,267
(1.75 %)

18,495
(1.62 %)

n/a

42.59
(94.06 %)

155,664
(5.95 %)

325,414
(94.05 %)

2,897,662
(25.08 %)

634,208
(3.20 %)

11,323,618
(31.06 %)

66,749
(1.59 %)

Brazilian free-tailed bat
GCA_004025005.1

n/a

23,562
(1.20 %)

51,200
(1.27 %)

n/a

42.40
(99.91 %)

4,243
(0.02 %)

1,071,858
(99.98 %)

4,884,584
(32.93 %)

777,032
(1.49 %)

14,195,446
(36.38 %)

89,940
(1.88 %)

Brazilian guinea pig
GCA_000688575.1

n/a

16,531
(1.49 %)

11,177
(1.44 %)

n/a

39.81
(64.76 %)

2,565,595
(35.61 %)

3,131
(100.00 %)

2,529,479
(25.87 %)

342,907
(0.66 %)

10,719,517
(21.05 %)

19,508
(0.31 %)

Brazilian tapir
GCA_004025025.1

n/a

21,581
(1.61 %)

30,818
(1.32 %)

n/a

41.12
(99.93 %)

2,273
(0.01 %)

805,779
(99.99 %)

3,877,938
(38.36 %)

344,032
(0.79 %)

15,601,710
(32.81 %)

43,382
(1.17 %)

brown bear (2022 WashU)
GCF_023065955.1

60,162
(4.01 %)

18,920
(1.66 %)

21,641
(1.49 %)

n/a

42.51
(100.00 %)

215
(0.00 %)

902
(100.00 %)

4,166,472
(34.00 %)

659,124
(5.14 %)

13,282,996
(33.88 %)

68,113
(2.27 %)

brown bear (GAN/ISIS:MIG12 v2 2018)
GCF_003584765.2

50,242
(2.92 %)

18,811
(1.77 %)

21,073
(1.52 %)

n/a

41.84
(99.31 %)

17,380
(0.70 %)

21,813
(99.30 %)

4,201,043
(40.86 %)

567,586
(1.23 %)

13,807,211
(30.86 %)

62,125
(1.80 %)

brown-throated sloth
GCA_004027775.1

n/a

17,043
(1.21 %)

37,090
(1.36 %)

n/a

42.76
(99.76 %)

462
(0.00 %)

1,772,267
(100.00 %)

2,487,215
(36.18 %)

316,812
(1.60 %)

7,948,666
(37.96 %)

62,325
(2.36 %)

California mouse (IS 2022)
GCF_007827085.1

62,274
(3.80 %)

18,959
(1.75 %)

19,378
(1.41 %)

n/a

42.21
(100.00 %)

547
(0.00 %)

237
(100.00 %)

5,970,582
(45.08 %)

1,165,743
(3.67 %)

13,734,349
(33.67 %)

19,529
(0.58 %)

California sea lion (mZalCal1 alternate hap 2020)
GCA_009762295.2

n/a

18,319
(1.81 %)

18,772
(1.48 %)

n/a

41.58
(100.00 %)

n/a

3,096
(100.00 %)

3,724,021
(42.91 %)

488,356
(1.26 %)

10,891,276
(33.15 %)

44,467
(1.57 %)

California sea lion (alternate hap 2019)
GCA_009762295.1

n/a

18,348
(1.81 %)

18,692
(1.47 %)

n/a

41.58
(100.00 %)

n/a

3,093
(100.00 %)

3,722,619
(42.89 %)

488,086
(1.26 %)

10,893,132
(33.14 %)

44,449
(1.57 %)

California sea lion (v2 primary hap 2020)
GCF_009762305.2

70,801
(3.05 %)

20,915
(1.77 %)

20,179
(1.40 %)

n/a

41.40
(99.23 %)

185
(0.77 %)

47
(100.00 %)

4,525,652
(43.65 %)

590,246
(1.24 %)

13,263,648
(33.76 %)

51,899
(1.50 %)

California sea lion (LMU 2018 refseq)
GCF_900631625.1

69,240
(2.99 %)

20,741
(1.78 %)

20,298
(1.40 %)

n/a

41.38
(99.81 %)

47,716
(0.20 %)

10,423
(100.00 %)

4,530,259
(43.28 %)

573,086
(1.12 %)

13,442,336
(33.58 %)

50,583
(1.46 %)

California vole (kernensis MVZ Mamm 240107 primary hap 2023)
GCA_028537955.1

n/a

19,681
(1.86 %)

21,257
(1.62 %)

n/a

42.24
(100.00 %)

51
(0.00 %)

350
(100.00 %)

4,957,057
(42.33 %)

943,226
(5.63 %)

11,695,871
(33.83 %)

20,062
(0.64 %)

California vole (kernensis MVZ Mamm 240107 alternate hap 2023)
GCA_028537755.1

n/a

19,409
(1.86 %)

20,578
(1.69 %)

n/a

42.43
(100.00 %)

43
(0.00 %)

310
(100.00 %)

3,161,054
(22.60 %)

891,453
(5.62 %)

11,087,206
(33.12 %)

19,104
(0.65 %)

Canada lynx (alternate hap LIC74 2019)
GCA_007474575.1

n/a

12,029
(1.42 %)

15,171
(1.16 %)

n/a

41.46
(100.00 %)

3
(0.00 %)

15,036
(100.00 %)

2,937,491
(43.50 %)

544,410
(1.76 %)

7,641,565
(32.72 %)

39,082
(2.44 %)

Canada lynx (LIC74 v2 alternate hap 2020)
GCA_007474575.2

n/a

12,041
(1.42 %)

15,226
(1.16 %)

n/a

41.46
(100.00 %)

5
(0.00 %)

15,046
(100.00 %)

2,939,291
(43.50 %)

544,849
(1.76 %)

7,650,345
(32.74 %)

39,099
(2.44 %)

Canada lynx (LIC74 v2 primary hap 2020)
GCF_007474595.2

50,142
(2.69 %)

18,273
(1.65 %)

19,264
(1.35 %)

n/a

41.70
(99.88 %)

842
(0.12 %)

54
(100.00 %)

5,011,165
(43.72 %)

904,525
(1.75 %)

13,467,551
(34.19 %)

66,799
(2.48 %)

Cantor's roundleaf bat
GCA_004027415.1

n/a

23,788
(1.42 %)

45,328
(1.68 %)

n/a

41.36
(99.91 %)

6,366
(0.03 %)

846,566
(99.97 %)

3,997,370
(31.48 %)

775,742
(1.42 %)

12,770,948
(33.45 %)

41,527
(1.41 %)

Cape elephant shrew
GCF_000299155.1

25,406
(1.08 %)

23,258
(1.07 %)

24,266
(1.16 %)

n/a

40.30
(86.29 %)

279,394
(13.74 %)

288,162
(86.26 %)

3,765,232
(16.90 %)

604,351
(0.89 %)

20,072,078
(42.36 %)

25,977
(0.42 %)

Cape golden mole (2012 Broad)
GCF_000296735.1

25,323
(1.07 %)

20,961
(1.07 %)

21,723
(1.04 %)

n/a

40.01
(79.93 %)

370,844
(20.11 %)

391,344
(79.89 %)

4,924,640
(21.03 %)

500,830
(1.95 %)

18,946,663
(41.18 %)

21,186
(0.33 %)

Cape rock hyrax (US060 2019 Broad)
GCA_004026925.1

n/a

21,401
(0.85 %)

45,353
(1.14 %)

n/a

41.08
(99.93 %)

4,203
(0.01 %)

1,048,940
(99.99 %)

7,222,494
(54.48 %)

430,286
(0.85 %)

21,775,991
(44.61 %)

37,158
(0.70 %)

capybara
GCA_004027455.1

n/a

20,152
(1.22 %)

28,931
(1.29 %)

n/a

39.76
(99.93 %)

5,747
(0.02 %)

661,089
(99.98 %)

4,220,878
(29.16 %)

777,357
(2.04 %)

15,214,944
(35.16 %)

34,558
(0.85 %)

carabao (swamp buffalo K-KA32 2023)
GCF_029407905.1

77,279
(2.89 %)

19,433
(1.40 %)

21,166
(1.23 %)

n/a

42.77
(100.00 %)

21
(0.00 %)

115
(100.00 %)

3,479,445
(21.92 %)

547,054
(6.39 %)

12,840,677
(45.22 %)

99,752
(3.73 %)

cattle (Hereford L1 Dominette 01449 42190680 v3 2018 USDA)
GCF_002263795.2

76,293
(2.98 %)

19,325
(1.49 %)

21,665
(1.32 %)

n/a

41.94
(100.00 %)

386
(0.00 %)

1,957
(100.00 %)

3,550,686
(24.18 %)

544,595
(2.90 %)

13,050,221
(41.81 %)

44,208
(1.24 %)

Chacoan peccary (BS20 v2 2019 Broad)
GCA_004024745.2

n/a

18,603
(1.52 %)

22,330
(1.36 %)

n/a

42.35
(98.12 %)

57,013
(1.80 %)

1,240,743
(98.20 %)

5,255,211
(43.27 %)

2,502,373
(4.37 %)

12,968,788
(40.96 %)

172,178
(3.66 %)

cheetah (Ajub_Pintada_27869175 2022)
GCF_027475565.1

80,997
(4.53 %)

18,420
(1.70 %)

19,561
(1.40 %)

n/a

41.59
(100.00 %)

22
(0.00 %)

195
(100.00 %)

4,611,842
(35.10 %)

837,685
(1.68 %)

13,649,125
(33.06 %)

60,367
(2.22 %)

cheetah (Rico 2018)
GCF_003709585.1

72,154
(3.33 %)

18,472
(1.70 %)

20,443
(1.42 %)

n/a

41.55
(99.55 %)

24,173
(0.45 %)

3,220
(100.00 %)

4,853,945
(42.85 %)

831,106
(1.53 %)

13,663,571
(32.84 %)

60,744
(2.17 %)

Chinese forest musk deer (Sichuan 2022)
GCF_022376915.1

51,612
(2.80 %)

19,565
(1.43 %)

22,280
(1.29 %)

n/a

42.30
(99.97 %)

1,781
(0.03 %)

2,446
(100.00 %)

3,257,347
(21.65 %)

399,120
(3.81 %)

12,906,274
(43.79 %)

46,689
(1.12 %)

Chinese hamster (17A/GY CHO 2020)
GCF_003668045.3

55,440
(2.79 %)

20,030
(1.84 %)

18,721
(1.41 %)

n/a

41.51
(99.90 %)

4,164
(0.10 %)

647
(100.00 %)

8,121,057
(33.74 %)

1,095,058
(2.91 %)

12,923,274
(32.25 %)

19,341
(0.58 %)

Chinese hamster (CHO v1 2011 BGI)
GCF_000223135.1

45,993
(2.59 %)

20,602
(1.78 %)

17,467
(1.35 %)

n/a

41.37
(96.61 %)

156,635
(3.40 %)

265,787
(96.60 %)

4,541,936
(33.03 %)

1,072,129
(2.66 %)

13,150,189
(30.04 %)

12,522
(0.25 %)

Chinese hamster (CHO v2 2017 Eagle Genomics Ltd)
GCA_900186095.1

n/a

19,874
(1.85 %)

19,298
(1.44 %)

n/a

41.45
(98.56 %)

63,334
(1.45 %)

71,598
(98.55 %)

4,521,726
(33.66 %)

1,060,619
(2.55 %)

12,867,288
(31.26 %)

17,960
(0.54 %)

Chinese pangolin (2020 Yunnan U)
GCF_014570555.1

69,694
(3.21 %)

18,206
(1.70 %)

20,508
(1.48 %)

n/a

40.79
(95.54 %)

34,903
(4.47 %)

4,694
(100.00 %)

2,927,176
(35.60 %)

269,964
(0.67 %)

12,610,535
(29.10 %)

35,278
(1.05 %)

Chinese pangolin (MPE899 2014 WashU)
GCA_000738955.1

n/a

18,749
(1.63 %)

22,506
(1.40 %)

n/a

40.93
(90.69 %)

257,424
(9.33 %)

230,927
(90.67 %)

2,691,116
(34.48 %)

316,518
(1.96 %)

11,538,086
(25.40 %)

30,693
(0.58 %)

Chinese rufous horseshoe bat
GCA_001888835.1

n/a

26,871
(2.34 %)

25,467
(1.89 %)

n/a

40.52
(97.22 %)

212,601
(2.80 %)

63,439
(100.00 %)

3,219,611
(33.86 %)

495,126
(1.20 %)

12,476,551
(27.16 %)

32,993
(0.98 %)

Chinese tree shrew
GCF_000334495.1

47,005
(2.07 %)

21,375
(1.39 %)

19,231
(1.28 %)

n/a

41.73
(95.10 %)

191,695
(4.92 %)

242,445
(95.08 %)

5,060,321
(23.05 %)

1,046,388
(4.15 %)

14,978,259
(38.04 %)

88,806
(1.44 %)

chiru
GCA_000400835.1

n/a

20,320
(1.60 %)

42,654
(2.51 %)

n/a

42.01
(93.04 %)

283,069
(7.00 %)

298,127
(93.00 %)

5,342,241
(43.54 %)

425,329
(1.25 %)

13,714,420
(34.66 %)

43,135
(1.89 %)

common bottlenose dolphin (paternal 2020)
GCA_011762515.1

n/a

18,537
(1.77 %)

20,619
(1.44 %)

n/a

41.42
(98.08 %)

868
(1.92 %)

1,166
(100.00 %)

3,997,801
(45.93 %)

609,838
(1.85 %)

12,400,272
(34.53 %)

64,630
(1.84 %)

common bottlenose dolphin (maternal 2020)
GCA_011762535.1

n/a

18,837
(1.77 %)

20,857
(1.43 %)

n/a

41.43
(99.73 %)

649
(0.27 %)

985
(100.00 %)

4,073,893
(46.15 %)

630,039
(2.15 %)

12,628,219
(35.41 %)

65,379
(1.89 %)

common bottlenose dolphin (maternal Y refseq 2020)
GCF_011762595.1

67,207
(3.31 %)

18,766
(1.77 %)

20,528
(1.42 %)

n/a

41.44
(99.74 %)

674
(0.26 %)

362
(100.00 %)

4,069,115
(46.17 %)

628,982
(2.12 %)

12,490,891
(35.29 %)

65,551
(1.90 %)

common bottlenose dolphin (MMES2002162SC 2016 refseq)
GCF_001922835.1

45,975
(2.99 %)

17,255
(1.69 %)

17,058
(1.34 %)

n/a

40.85
(99.45 %)

114,003
(0.57 %)

2,648
(100.00 %)

3,845,938
(43.89 %)

514,631
(1.06 %)

12,317,098
(32.18 %)

48,030
(1.35 %)

100

common brushtail (alternate hap 2020)
GCA_011100645.1

n/a

14,863
(0.75 %)

15,426
(0.89 %)

n/a

39.41
(100.00 %)

313
(0.00 %)

12,446
(100.00 %)

5,846,769
(38.56 %)

987,917
(1.99 %)

16,764,356
(40.14 %)

13,303
(0.35 %)

101

common brushtail (refseq 2020)
GCF_011100635.1

37,674
(1.80 %)

18,653
(0.80 %)

15,375
(0.86 %)

n/a

39.48
(99.44 %)

1,796
(0.56 %)

212
(100.00 %)

7,598,116
(38.90 %)

1,259,434
(1.97 %)

22,071,306
(40.56 %)

17,762
(0.38 %)

102

common pipistrelle (2020)
GCA_903992545.1

n/a

17,216
(1.82 %)

19,202
(1.79 %)

n/a

42.55
(99.97 %)

1,546
(0.03 %)

323
(100.00 %)

2,953,532
(23.94 %)

805,142
(2.83 %)

9,964,846
(34.69 %)

57,295
(2.83 %)

103

common pipistrelle (Broad 2019)
GCA_004026625.1

n/a

21,938
(1.35 %)

53,915
(1.60 %)

n/a

42.88
(99.88 %)

10,870
(0.05 %)

736,974
(99.95 %)

3,499,501
(22.91 %)

1,046,301
(2.96 %)

11,759,516
(37.96 %)

92,062
(3.23 %)

104

common vampire bat (HL8 primary hap 2022)
GCF_022682495.1

58,054
(3.40 %)

18,280
(1.71 %)

19,515
(1.59 %)

n/a

42.98
(99.99 %)

611
(0.01 %)

573
(100.00 %)

2,761,826
(28.38 %)

427,942
(3.89 %)

11,250,529
(32.57 %)

70,701
(2.48 %)

105

common vampire bat (v3 DRU21DN04 2018)
GCF_002940915.2

51,031
(3.24 %)

18,503
(1.88 %)

18,071
(1.68 %)

n/a

42.15
(97.78 %)

54,246
(2.23 %)

83,364
(97.77 %)

2,799,509
(29.62 %)

275,242
(1.03 %)

11,796,826
(28.19 %)

51,634
(1.37 %)

106

common warthog (WHEZ1 2021)
GCF_016906955.1

55,088
(2.64 %)

18,264
(1.56 %)

19,251
(1.34 %)

n/a

41.95
(99.61 %)

523
(0.39 %)

194
(100.00 %)

3,898,243
(30.33 %)

588,742
(1.17 %)

12,955,929
(36.44 %)

75,592
(1.86 %)

107

common wombat
GCF_900497805.2

46,365
(1.78 %)

19,437
(0.86 %)

18,947
(0.96 %)

n/a

38.86
(99.68 %)

67,461
(0.33 %)

14,183
(100.00 %)

8,645,969
(41.99 %)

1,203,246
(1.61 %)

23,878,215
(39.11 %)

18,752
(0.37 %)

108

creeping vole
GCF_018167655.1

54,941
(2.31 %)

23,033
(1.55 %)

25,427
(1.53 %)

n/a

44.23
(100.00 %)

n/a

2,147
(100.00 %)

4,549,519
(25.66 %)

1,153,429
(13.60 %)

13,568,297
(40.65 %)

23,141
(0.54 %)

109

crested porcupine
GCA_004026905.1

n/a

21,005
(1.32 %)

35,975
(1.39 %)

n/a

41.51
(99.89 %)

4,351
(0.02 %)

1,140,949
(99.98 %)

4,303,147
(30.69 %)

600,488
(1.19 %)

14,049,490
(33.80 %)

57,196
(1.33 %)

110

Cuvier's beaked whale
GCA_004364475.1

n/a

23,700
(0.90 %)

51,715
(0.86 %)

n/a

42.01
(99.76 %)

3,229
(0.01 %)

3,761,505
(99.99 %)

6,544,424
(43.61 %)

1,417,186
(3.11 %)

16,127,873
(42.25 %)

68,668
(1.15 %)

111

Damara mole-rat DMR 1.0 (2014 BGI)
GCF_000743615.1

52,373
(2.57 %)

17,983
(1.45 %)

17,063
(1.43 %)

n/a

40.34
(97.96 %)

87,815
(2.05 %)

162,545
(97.95 %)

4,053,433
(30.86 %)

545,281
(1.74 %)

13,406,483
(30.65 %)

37,008
(0.74 %)

112

Damara mole-rat DMR 1.0 HiC (2020 DNA Zoo)
GCF_012274545.1

58,091
(2.74 %)

17,780
(1.44 %)

16,515
(1.42 %)

n/a

40.34
(97.94 %)

88,899
(2.07 %)

73,970
(100.00 %)

4,035,140
(30.95 %)

544,772
(1.73 %)

13,390,872
(30.61 %)

37,008
(0.74 %)

113

dassie-rat
GCA_004026965.1

n/a

20,479
(1.16 %)

42,937
(1.41 %)

n/a

41.86
(99.89 %)

9,645
(0.04 %)

920,324
(99.96 %)

4,563,054
(28.83 %)

660,623
(1.92 %)

12,899,807
(34.48 %)

46,569
(1.25 %)

114

Daurian ground squirrel
GCA_002406435.1

n/a

20,990
(1.31 %)

17,575
(1.17 %)

n/a

39.77
(96.15 %)

141,850
(3.84 %)

502,654
(96.16 %)

5,783,538
(34.36 %)

924,038
(3.73 %)

17,533,301
(30.85 %)

27,955
(0.39 %)

115

David's myotis bat
GCF_000327345.1

37,645
(2.70 %)

18,744
(1.78 %)

17,565
(1.62 %)

n/a

42.69
(91.23 %)

223,511
(8.80 %)

325,280
(91.20 %)

2,680,166
(23.79 %)

532,273
(1.90 %)

11,016,028
(29.55 %)

59,615
(1.59 %)

116

degu (3935 2012 refseq)
GCF_000260255.1

48,152
(2.13 %)

22,242
(1.41 %)

22,101
(1.46 %)

n/a

41.38
(84.36 %)

252,772
(15.68 %)

259,904
(84.32 %)

4,901,673
(27.74 %)

898,945
(1.50 %)

14,282,003
(29.30 %)

40,135
(0.82 %)

117

desert hamster (2022)
GCF_943737965.1

37,279
(2.11 %)

19,744
(1.74 %)

20,215
(1.50 %)

n/a

41.31
(100.00 %)

n/a

2,079
(100.00 %)

4,038,079
(31.01 %)

1,132,871
(2.71 %)

11,946,112
(32.62 %)

17,053
(0.51 %)

118

Desmarest's hutia
GCA_004027915.1

n/a

23,535
(0.78 %)

50,796
(0.95 %)

n/a

42.03
(99.83 %)

3,492
(0.01 %)

2,355,850
(99.99 %)

5,790,506
(26.72 %)

1,062,134
(1.71 %)

16,977,224
(35.29 %)

54,479
(1.01 %)

119

dingo (2020 Alpine COOINDA U.NSW)
GCF_012295265.1

102,060
(4.04 %)

19,777
(1.69 %)

20,341
(1.41 %)

n/a

41.29
(99.69 %)

325
(0.31 %)

477
(100.00 %)

4,950,808
(42.83 %)

1,033,921
(2.36 %)

13,745,703
(33.32 %)

51,835
(2.25 %)

120

dingo (Sandy 2020 James Cook U)
GCF_003254725.2

104,332
(4.50 %)

19,710
(1.72 %)

19,857
(1.42 %)

n/a

41.24
(100.00 %)

69
(0.00 %)

159
(100.00 %)

4,547,906
(33.32 %)

993,474
(2.19 %)

13,701,060
(33.18 %)

51,216
(2.28 %)

121

dog (boxer Tasha 2011)
GCF_000002285.3

82,549
(3.63 %)

19,772
(1.66 %)

19,565
(1.39 %)

n/a

41.31
(99.25 %)

23,876
(0.76 %)

27,106
(99.24 %)

4,918,098
(43.29 %)

991,835
(2.81 %)

13,644,959
(33.60 %)

53,269
(2.07 %)

122

dog (boxer Tasha 2020)
GCF_000002285.5

93,774
(3.84 %)

19,392
(1.71 %)

19,572
(1.42 %)

n/a

41.26
(100.00 %)

1,028
(0.00 %)

147
(100.00 %)

23,927,903
(42.42 %)

972,851
(2.05 %)

13,611,845
(33.11 %)

50,679
(2.26 %)

123

dog (German shepard Mischka 2020)
GCF_011100685.1

96,734
(3.71 %)

20,135
(1.64 %)

20,871
(1.38 %)

n/a

41.50
(100.00 %)

585
(0.00 %)

2,782
(100.00 %)

20,264,827
(43.87 %)

1,152,879
(3.22 %)

13,784,690
(34.30 %)

53,518
(2.23 %)

124

dog (labrador SID07034 2020)
GCF_014441545.1

99,420
(3.87 %)

19,870
(1.70 %)

20,252
(1.41 %)

n/a

41.19
(99.47 %)

575
(0.53 %)

376
(100.00 %)

4,981,985
(42.28 %)

1,019,772
(1.97 %)

13,959,750
(32.77 %)

52,469
(2.25 %)

125

domestic cat (Abyssinian Cinnamon 2021 WashU)
GCA_000181335.5

n/a

18,378
(1.53 %)

21,242
(1.40 %)

n/a

41.73
(98.21 %)

422
(1.79 %)

5,010
(98.31 %)

4,683,703
(33.33 %)

964,129
(2.68 %)

13,948,305
(33.33 %)

69,725
(2.42 %)

126

domestic cat (Abyssinian Cinnamon 2017 WashU)
GCF_000181335.3

72,089
(3.30 %)

18,662
(1.64 %)

20,897
(1.37 %)

n/a

41.73
(98.20 %)

436
(1.80 %)

5,079
(98.20 %)

5,086,462
(43.51 %)

964,126
(2.68 %)

13,947,871
(33.33 %)

69,701
(2.41 %)

127

domestic cat (Fca126 2021 Texas A&M U)
GCF_018350175.1

99,222
(4.40 %)

18,456
(1.66 %)

19,833
(1.39 %)

n/a

41.81
(100.00 %)

39
(0.00 %)

102
(100.00 %)

4,965,571
(43.65 %)

932,424
(1.95 %)

13,596,808
(33.85 %)

67,329
(2.48 %)

128

domestic ferret (JIRA1106 JCVI 2020)
GCF_011764305.1

68,855
(3.09 %)

19,019
(1.55 %)

21,812
(1.42 %)

n/a

41.90
(100.00 %)

n/a

1,224
(100.00 %)

4,650,028
(39.49 %)

745,115
(2.02 %)

13,758,447
(36.14 %)

58,684
(2.16 %)

129

domestic ferret (Sable 2011 Broad)
GCA_000239315.1

n/a

18,778
(1.67 %)

19,571
(1.47 %)

n/a

41.48
(96.89 %)

72,670
(3.12 %)

76,914
(96.88 %)

4,491,876
(40.13 %)

618,556
(1.07 %)

13,721,938
(31.04 %)

54,600
(1.94 %)

130

domestic guinea pig (2N 2008 refseq)
GCF_000151735.1

44,762
(2.31 %)

18,301
(1.33 %)

20,111
(1.34 %)

n/a

39.95
(97.81 %)

58,460
(2.20 %)

61,604
(97.80 %)

4,257,852
(38.85 %)

658,533
(1.25 %)

14,547,726
(34.19 %)

37,093
(0.85 %)

131

dwarf mongoose
GCA_004023845.1

n/a

21,478
(1.57 %)

32,174
(1.43 %)

n/a

41.83
(99.94 %)

10,815
(0.05 %)

200,185
(99.95 %)

4,574,991
(40.34 %)

595,520
(1.11 %)

13,720,585
(32.94 %)

70,689
(2.42 %)

132

eastern mole
GCA_004024925.1

n/a

19,631
(1.57 %)

32,414
(1.63 %)

n/a

42.02
(99.91 %)

7,239
(0.03 %)

647,535
(99.97 %)

3,145,725
(29.42 %)

554,620
(1.75 %)

10,663,504
(32.88 %)

55,063
(3.69 %)

133

eastern quoll
GCA_020854095.1

n/a

15,715
(0.80 %)

16,750
(0.93 %)

n/a

36.19
(100.00 %)

431
(0.00 %)

76
(100.00 %)

5,256,999
(24.81 %)

1,280,160
(3.39 %)

21,362,866
(41.74 %)

24,508
(0.70 %)

134

Egyptian rousette (1219 2016 Boston U)
GCF_001466805.2

54,791
(4.93 %)

18,221
(2.05 %)

24,192
(1.88 %)

n/a

40.02
(99.97 %)

638
(0.03 %)

2,490
(100.00 %)

2,815,693
(32.23 %)

440,119
(1.01 %)

12,346,041
(26.86 %)

56,244
(6.54 %)

135

Egyptian rousette (2020)
GCF_014176215.1

65,163
(4.76 %)

17,642
(2.07 %)

22,317
(1.84 %)

n/a

40.05
(98.59 %)

242
(1.41 %)

29
(100.00 %)

2,821,248
(33.05 %)

434,414
(1.02 %)

12,031,597
(26.52 %)

53,573
(4.84 %)

136

Egyptian spiny mouse
GCA_004027535.1

n/a

23,498
(1.69 %)

36,970
(1.40 %)

n/a

42.71
(99.88 %)

20,469
(0.09 %)

391,811
(99.91 %)

4,983,574
(35.17 %)

1,342,514
(3.45 %)

13,029,270
(32.79 %)

19,944
(0.55 %)

137

elk (wapiti)
GCF_019320065.1

66,846
(3.00 %)

20,090
(1.67 %)

21,999
(1.44 %)

n/a

41.62
(99.93 %)

6,643
(0.08 %)

185
(100.00 %)

4,884,711
(43.14 %)

429,925
(1.65 %)

13,135,255
(37.85 %)

47,099
(1.31 %)

138

ermine (alternate hap 2020)
GCA_009829165.1

n/a

13,583
(1.65 %)

15,403
(1.46 %)

n/a

41.72
(100.00 %)

n/a

3,327
(100.00 %)

3,139,035
(40.57 %)

480,111
(1.29 %)

9,106,061
(31.93 %)

39,139
(2.25 %)

139

ermine (2020)
GCF_009829155.1

74,332
(3.19 %)

18,855
(1.65 %)

20,667
(1.43 %)

n/a

41.56
(99.12 %)

199
(0.88 %)

94
(100.00 %)

4,647,934
(41.44 %)

714,174
(1.30 %)

13,845,904
(33.42 %)

56,065
(2.25 %)

140

Eurasian badger (2021)
GCF_922984935.1

57,138
(2.48 %)

19,265
(1.40 %)

22,121
(1.36 %)

n/a

42.48
(100.00 %)

101
(0.00 %)

538
(100.00 %)

4,487,951
(32.73 %)

821,664
(4.02 %)

13,814,723
(38.08 %)

66,524
(3.95 %)

141

Eurasian badger (2021)
GCA_922990625.1

n/a

19,332
(1.42 %)

22,424
(1.40 %)

n/a

42.47
(100.00 %)

27
(0.00 %)

726
(100.00 %)

4,362,536
(31.74 %)

801,232
(4.02 %)

13,893,672
(37.73 %)

65,806
(4.13 %)

142

Eurasian red squirrel (alternate hap 2019)
GCA_902685485.1

n/a

12,437
(1.51 %)

12,702
(1.22 %)

n/a

40.06
(100.00 %)

2
(0.00 %)

10,657
(100.00 %)

2,303,176
(35.38 %)

353,996
(1.49 %)

7,218,556
(31.67 %)

24,268
(1.07 %)

143

Eurasian red squirrel (2019)
GCA_902686455.1

n/a

21,298
(1.58 %)

21,024
(1.36 %)

n/a

40.08
(94.33 %)

1,177
(5.67 %)

638
(100.00 %)

4,680,964
(35.76 %)

704,218
(1.42 %)

14,991,981
(31.49 %)

48,159
(1.04 %)

144

Eurasian river otter (2020)
GCF_902655055.1

67,145
(2.95 %)

18,842
(1.54 %)

20,178
(1.40 %)

n/a

41.59
(100.00 %)

185
(0.00 %)

44
(100.00 %)

4,259,294
(33.39 %)

713,721
(1.36 %)

13,626,048
(34.37 %)

57,073
(1.82 %)

145

Eurasian water vole (v2 2021)
GCF_903992535.2

45,544
(2.51 %)

19,733
(1.78 %)

19,053
(1.47 %)

n/a

42.15
(99.74 %)

873
(0.26 %)

215
(100.00 %)

3,993,912
(25.74 %)

1,088,163
(2.91 %)

12,853,770
(32.42 %)

19,000
(0.58 %)

146

European shrew (GB8-d 2012)
GCF_000181275.1

23,525
(1.54 %)

17,290
(1.33 %)

22,005
(1.50 %)

n/a

42.90
(90.49 %)

188,953
(9.54 %)

201,798
(90.46 %)

4,400,127
(33.22 %)

946,629
(2.03 %)

13,377,581
(35.30 %)

77,851
(2.58 %)

147

European shrew (mSorAra2 primary hap 2023)
GCF_027595985.1

44,643
(2.60 %)

17,479
(1.26 %)

21,293
(1.37 %)

n/a

43.24
(99.46 %)

1,427
(0.54 %)

65
(100.00 %)

2,474,584
(15.18 %)

1,107,884
(3.28 %)

13,638,467
(41.72 %)

79,785
(2.86 %)

148

European woodmouse (2022 refseq)
GCF_947179515.1

54,114
(2.24 %)

19,959
(1.65 %)

19,953
(1.25 %)

n/a

41.23
(99.99 %)

1,129
(0.01 %)

497
(100.00 %)

4,863,650
(37.41 %)

1,795,997
(8.95 %)

13,681,732
(40.58 %)

23,961
(0.53 %)

149

fat dormouse (US078 2019)
GCA_004027185.1

n/a

23,122
(1.24 %)

48,677
(1.27 %)

n/a

42.33
(99.92 %)

10,685
(0.04 %)

444,115
(99.96 %)

6,783,404
(37.03 %)

1,642,515
(3.72 %)

12,706,289
(39.97 %)

65,521
(1.47 %)

150

fat sand rat (mPsaObe1 2021)
GCF_907164565.1

43,211
(2.50 %)

18,543
(1.78 %)

20,094
(1.42 %)

n/a

41.95
(99.11 %)

50,482
(0.90 %)

11,389
(100.00 %)

4,686,377
(43.10 %)

920,563
(1.85 %)

12,813,848
(35.08 %)

22,480
(0.71 %)

151

fat sand rat (Psa_ob012049795 2017)
GCA_002215935.1

n/a

21,644
(1.71 %)

31,665
(1.41 %)

n/a

41.99
(99.99 %)

n/a

96,427
(100.00 %)

4,646,110
(38.87 %)

946,664
(2.24 %)

13,134,526
(33.94 %)

26,411
(0.73 %)

152

fishing cat (Anna 2022 U Missouri)
GCF_022837055.1

68,015
(2.86 %)

18,432
(1.63 %)

19,912
(1.37 %)

n/a

41.91
(100.00 %)

63
(0.00 %)

192
(100.00 %)

4,777,906
(34.85 %)

937,432
(2.30 %)

13,438,032
(34.55 %)

70,402
(2.61 %)

153

Florida manatee (Lorelei 2012 refseq)
GCF_000243295.1

39,645
(2.08 %)

18,308
(1.37 %)

20,588
(1.23 %)

n/a

40.73
(89.24 %)

160,167
(10.78 %)

166,490
(89.22 %)

n/a

389,315
(0.74 %)

14,633,038
(38.46 %)

27,462
(0.64 %)

154

fossa
GCA_004023885.1

n/a

21,156
(1.56 %)

29,809
(1.38 %)

n/a

41.51
(99.94 %)

6,335
(0.03 %)

470,371
(99.97 %)

4,962,168
(42.36 %)

814,639
(1.52 %)

13,708,904
(34.14 %)

78,033
(2.52 %)

155

Gambian giant pouched rat
GCA_004027575.1

n/a

21,189
(1.59 %)

32,806
(1.43 %)

n/a

42.11
(99.88 %)

7,473
(0.03 %)

1,110,425
(99.97 %)

4,137,605
(24.57 %)

1,071,627
(2.76 %)

12,905,250
(32.78 %)

32,359
(0.80 %)

156

gayal (CVASU_BF_001 2021)
GCA_017311355.1

n/a

24,549
(1.09 %)

55,194
(1.15 %)

n/a

42.05
(99.91 %)

n/a

1,262,134
(100.00 %)

3,691,398
(22.78 %)

677,397
(2.00 %)

14,380,670
(42.36 %)

75,114
(1.33 %)

157

gayal (Nagaland 2019)
GCA_007844835.1

n/a

22,715
(1.55 %)

23,635
(1.33 %)

n/a

41.67
(96.51 %)

301,761
(3.52 %)

306,776
(96.48 %)

6,243,468
(45.69 %)

518,664
(1.99 %)

15,147,647
(37.64 %)

45,586
(0.89 %)

158

Geoffroy's cat
GCF_018350155.1

85,331
(3.53 %)

18,469
(1.66 %)

19,516
(1.36 %)

n/a

41.75
(100.00 %)

45
(0.00 %)

82
(100.00 %)

5,021,854
(43.23 %)

930,175
(1.84 %)

13,757,469
(34.29 %)

65,918
(2.36 %)

159

giant anteater
GCA_004026745.1

n/a

24,383
(0.91 %)

44,315
(0.93 %)

n/a

39.53
(99.88 %)

8,283
(0.02 %)

1,629,691
(99.98 %)

5,333,757
(35.57 %)

575,140
(0.91 %)

21,181,213
(39.97 %)

57,558
(0.94 %)

160

giant otter
GCA_004024605.1

n/a

21,199
(1.46 %)

30,565
(1.34 %)

n/a

41.71
(99.93 %)

7,431
(0.03 %)

652,159
(99.97 %)

5,113,769
(41.55 %)

788,677
(1.46 %)

14,385,279
(35.77 %)

82,376
(2.05 %)

161

giant panda (Jingjing v3 2020)
GCF_002007445.2

65,468
(3.27 %)

19,077
(1.67 %)

20,176
(1.39 %)

n/a

41.68
(98.09 %)

189,277
(1.92 %)

73,514
(100.00 %)

4,012,144
(34.40 %)

617,803
(1.99 %)

14,216,587
(30.41 %)

59,449
(1.50 %)

162

goat (v2 San Clemente 2016 USDA)
GCF_001704415.2

47,159
(2.31 %)

19,342
(1.38 %)

22,346
(1.24 %)

n/a

43.16
(100.00 %)

790
(0.00 %)

29,886
(100.00 %)

3,502,527
(22.45 %)

760,831
(7.07 %)

13,024,178
(44.85 %)

125,662
(4.00 %)

163

Gobi jerboa
GCA_004027895.1

n/a

22,410
(0.91 %)

45,268
(1.02 %)

n/a

41.94
(99.88 %)

10,987
(0.04 %)

1,295,369
(99.96 %)

8,828,417
(40.19 %)

1,979,806
(6.43 %)

14,759,732
(47.73 %)

24,314
(0.52 %)

164

golden hamster (Baylor 2021)
GCF_017639785.1

67,831
(3.37 %)

19,354
(1.71 %)

19,863
(1.47 %)

n/a

42.04
(96.99 %)

711
(3.01 %)

7,058
(96.99 %)

3,981,818
(27.65 %)

976,456
(3.46 %)

12,580,903
(32.87 %)

21,268
(0.61 %)

165

golden hamster (Broad 2013 refseq)
GCF_000349665.1

42,636
(2.91 %)

18,976
(1.82 %)

19,149
(1.51 %)

29,936
(1.96 %)

42.01
(82.92 %)

216,216
(17.12 %)

237,700
(82.88 %)

3,599,795
(26.09 %)

790,256
(1.69 %)

12,003,956
(24.29 %)

18,591
(0.51 %)

166

golden spiny mouse (2020)
GCF_903995435.1

36,997
(1.96 %)

20,006
(1.91 %)

19,132
(1.50 %)

n/a

42.51
(99.65 %)

880
(0.35 %)

623
(100.00 %)

4,785,907
(32.61 %)

1,305,613
(3.34 %)

12,958,061
(32.33 %)

20,760
(0.59 %)

167

gracile shrew mole
GCA_004024945.1

n/a

19,165
(1.25 %)

43,816
(1.48 %)

n/a

41.08
(99.89 %)

8,248
(0.04 %)

732,083
(99.96 %)

2,957,465
(23.76 %)

783,289
(2.60 %)

11,503,344
(31.38 %)

92,729
(3.60 %)

168

gray seal
GCF_012393455.1

79,009
(3.73 %)

19,882
(1.73 %)

22,416
(1.46 %)

n/a

41.44
(100.00 %)

117
(0.00 %)

6,880
(100.00 %)

4,448,588
(43.28 %)

557,710
(1.32 %)

13,340,576
(33.41 %)

55,637
(1.78 %)

169

gray short-tailed opossum
GCF_000002295.2

68,375
(2.34 %)

16,663
(0.75 %)

16,162
(0.84 %)

n/a

37.82
(97.26 %)

67,660
(2.75 %)

72,674
(97.25 %)

7,753,175
(55.85 %)

1,051,473
(2.34 %)

22,274,001
(42.23 %)

30,883
(0.53 %)

170

gray squirrel (2020)
GCF_902686445.1

58,884
(2.46 %)

20,752
(1.49 %)

21,107
(1.31 %)

n/a

40.06
(99.98 %)

1,824
(0.02 %)

752
(100.00 %)

4,605,578
(34.50 %)

728,192
(1.65 %)

15,467,412
(33.91 %)

51,878
(1.11 %)

171

gray wolf (2021)
GCA_905319855.2

n/a

19,474
(1.55 %)

20,394
(1.40 %)

n/a

41.49
(100.00 %)

166
(0.00 %)

82
(100.00 %)

4,550,524
(31.76 %)

1,063,944
(3.96 %)

13,588,117
(34.74 %)

51,996
(2.15 %)

172

great roundleaf bat (v2 ML-2016 2016)
GCF_001890085.2

50,895
(3.26 %)

18,993
(2.01 %)

19,633
(1.65 %)

n/a

41.11
(87.42 %)

172,750
(12.60 %)

7,387
(100.00 %)

2,946,981
(30.72 %)

495,272
(1.05 %)

11,587,728
(25.43 %)

32,949
(0.96 %)

173

greater bulldog bat
GCA_004026585.1

n/a

20,774
(1.62 %)

28,140
(1.63 %)

n/a

40.92
(99.94 %)

6,171
(0.03 %)

304,393
(99.97 %)

3,288,598
(29.60 %)

478,424
(1.16 %)

11,427,553
(35.29 %)

44,124
(1.99 %)

174

Greater cane rat
GCA_004025085.1

n/a

20,383
(0.98 %)

47,456
(1.25 %)

n/a

42.85
(99.83 %)

8,825
(0.03 %)

1,898,466
(99.97 %)

5,569,185
(30.19 %)

946,696
(3.12 %)

13,144,109
(41.83 %)

97,686
(2.61 %)

175

greater horseshoe bat (MPI-CBG alternate hap 2019)
GCA_004115295.1

n/a

14,896
(1.85 %)

18,939
(1.59 %)

n/a

40.69
(100.00 %)

2
(0.00 %)

13,426
(100.00 %)

2,426,330
(34.43 %)

418,341
(1.36 %)

8,763,234
(27.86 %)

24,370
(1.08 %)

176

greater horseshoe bat (v2 MPI-CBG 2019)
GCF_004115265.2

53,353
(3.13 %)

18,641
(1.97 %)

20,359
(1.68 %)

n/a

40.54
(99.64 %)

158
(0.36 %)

134
(100.00 %)

3,218,744
(34.52 %)

564,789
(1.35 %)

12,217,020
(29.39 %)

32,445
(1.06 %)

177

greater mouse-eared bat (2020 Bat1K)
GCF_014108235.1

70,930
(3.43 %)

19,052
(1.84 %)

21,498
(1.73 %)

n/a

43.11
(98.55 %)

538
(1.45 %)

93
(100.00 %)

3,088,083
(26.27 %)

753,124
(2.84 %)

10,383,466
(35.84 %)

61,023
(2.69 %)

178

greater spear-nosed bat (2021 Texas Tech U)
GCF_019186645.2

50,563
(2.96 %)

18,224
(1.70 %)

20,689
(1.67 %)

n/a

42.27
(100.00 %)

55
(0.00 %)

534
(100.00 %)

2,961,591
(0.00 %)

387,908
(0.97 %)

12,179,612
(30.91 %)

62,189
(5.35 %)

179

grey whale
GCA_004363415.1

n/a

21,827
(1.52 %)

32,191
(1.24 %)

n/a

41.22
(99.88 %)

10,622
(0.04 %)

1,046,770
(99.96 %)

4,841,166
(45.56 %)

780,015
(1.83 %)

13,559,563
(39.86 %)

72,343
(1.59 %)

180

hairy big-eared bat (US037 2019 Broad)
GCA_004026765.1

n/a

21,360
(1.44 %)

37,376
(1.52 %)

n/a

42.38
(99.94 %)

3,218
(0.01 %)

553,308
(99.99 %)

3,519,246
(30.77 %)

393,318
(0.85 %)

12,525,258
(34.42 %)

84,875
(2.37 %)

181

harbor porpoise
GCA_004363495.1

n/a

21,044
(1.46 %)

30,072
(1.23 %)

n/a

41.83
(99.88 %)

7,114
(0.03 %)

1,338,272
(99.97 %)

5,359,537
(46.83 %)

772,736
(1.54 %)

13,705,428
(42.29 %)

80,965
(1.65 %)

182

harbor seal
GCF_004348235.1

50,670
(2.98 %)

19,484
(1.76 %)

20,771
(1.44 %)

n/a

41.38
(99.09 %)

16,480
(0.91 %)

21,161
(99.09 %)

4,526,182
(43.28 %)

576,921
(1.11 %)

13,421,780
(33.06 %)

54,592
(1.70 %)

183

Hawaiian monk seal (2021 Johns Hopkins U)
GCF_002201575.2

37,605
(1.99 %)

19,483
(1.73 %)

19,767
(1.35 %)

n/a

41.41
(98.23 %)

25,763
(1.77 %)

7,487
(100.00 %)

4,575,217
(43.59 %)

583,394
(1.11 %)

13,374,131
(33.69 %)

52,067
(1.50 %)

184

hazel dormouse
GCA_004027005.1

n/a

21,556
(1.24 %)

40,971
(1.33 %)

n/a

41.60
(99.91 %)

15,076
(0.06 %)

481,881
(99.94 %)

6,679,641
(33.98 %)

1,653,419
(3.72 %)

12,685,676
(43.98 %)

71,478
(1.57 %)

185

hippopotamus (HIP001 2018)
GCA_002995585.1

n/a

22,343
(1.70 %)

31,687
(1.45 %)

n/a

40.96
(94.63 %)

153,125
(5.38 %)

281,897
(94.62 %)

3,952,905
(38.55 %)

476,243
(1.97 %)

14,216,817
(27.43 %)

48,380
(1.43 %)

186

hippopotamus (BS01 2019 Broad)
GCA_004027065.1

n/a

24,267
(1.55 %)

34,820
(1.30 %)

n/a

41.43
(99.91 %)

4,730
(0.02 %)

972,599
(99.98 %)

4,579,311
(41.26 %)

606,731
(1.02 %)

14,514,493
(36.58 %)

54,753
(1.59 %)

187

hirola (BS46 2019 Broad)
GCA_004027495.1

n/a

22,264
(1.40 %)

36,984
(1.26 %)

n/a

42.31
(99.93 %)

9,287
(0.03 %)

545,176
(99.97 %)

5,809,405
(48.62 %)

465,001
(1.08 %)

13,326,245
(42.35 %)

48,312
(1.15 %)

188

Hispaniolan solenodon
GCA_004363575.1

n/a

18,805
(1.55 %)

27,454
(1.64 %)

n/a

39.98
(99.96 %)

5,186
(0.02 %)

181,804
(99.98 %)

2,669,787
(26.78 %)

431,610
(1.04 %)

13,429,711
(27.35 %)

53,444
(2.30 %)

189

hispid cotton rat
GCA_004025045.1

n/a

25,324
(1.49 %)

31,681
(1.31 %)

n/a

39.77
(99.89 %)

13,744
(0.05 %)

897,290
(99.95 %)

4,384,099
(28.17 %)

1,132,313
(3.34 %)

14,729,737
(38.08 %)

17,558
(0.40 %)

190

Hoffmann's two-fingered sloth
GCA_000164785.2

n/a

24,546
(1.30 %)

30,273
(1.15 %)

n/a

39.80
(98.09 %)

101,085
(1.91 %)

370,035
(98.09 %)

5,145,551
(52.20 %)

614,819
(1.62 %)

17,932,269
(39.26 %)

55,943
(1.04 %)

191

hog-nosed bat
GCA_004027555.1

n/a

20,591
(1.30 %)

39,589
(1.39 %)

n/a

40.99
(99.88 %)

6,224
(0.03 %)

1,230,480
(99.97 %)

4,081,924
(31.12 %)

1,008,077
(2.20 %)

12,068,828
(39.98 %)

55,567
(2.02 %)

192

Honduran yellow-shouldered bat (v2.1 Veracruz 20B 2020)
GCF_014824575.3

49,071
(2.78 %)

17,588
(1.64 %)

19,357
(1.60 %)

n/a

42.32
(99.79 %)

38,648
(0.21 %)

25,848
(100.00 %)

2,708,400
(27.89 %)

366,870
(1.48 %)

11,795,308
(31.27 %)

59,066
(1.72 %)

193

horse (Twilight 2018)
GCF_002863925.1

76,567
(4.06 %)

18,997
(1.73 %)

20,914
(1.42 %)

n/a

41.50
(99.62 %)

6,294
(0.38 %)

4,701
(100.00 %)

4,080,319
(44.85 %)

395,037
(1.44 %)

15,169,517
(29.93 %)

44,825
(1.77 %)

194

house mouse (129S1_SvImJv1 2016)
GCA_001624185.1

n/a

21,289
(2.22 %)

18,626
(1.42 %)

n/a

41.77
(85.00 %)

366,945
(15.05 %)

62,882
(95.15 %)

5,075,137
(40.38 %)

1,400,072
(2.80 %)

13,497,076
(26.20 %)

16,957
(0.40 %)

195

house mouse (129S1_SvImJ_v3 2022)
GCA_921998555.2

n/a

21,780
(2.13 %)

19,436
(1.37 %)

n/a

41.79
(99.60 %)

1,557
(0.40 %)

188
(100.00 %)

4,653,663
(40.74 %)

1,550,342
(3.54 %)

12,930,784
(35.48 %)

23,211
(0.57 %)

196

house mouse AKR_J
GCA_001624295.1

n/a

21,299
(2.19 %)

18,730
(1.41 %)

n/a

41.70
(86.82 %)

314,064
(13.22 %)

40,550
(96.00 %)

5,186,721
(40.97 %)

1,485,719
(3.05 %)

13,610,761
(27.42 %)

16,745
(0.41 %)

197

house mouse A_J
GCA_001624215.1

n/a

21,171
(2.20 %)

18,776
(1.40 %)

n/a

41.70
(89.34 %)

365,877
(10.71 %)

33,692
(96.01 %)

5,186,523
(40.90 %)

1,483,826
(3.06 %)

13,614,266
(28.13 %)

16,590
(0.42 %)

198

house mouse BALB_cJ
GCA_001632525.1

n/a

21,337
(2.21 %)

18,682
(1.41 %)

n/a

41.74
(88.91 %)

361,689
(11.14 %)

37,453
(95.84 %)

5,096,953
(40.72 %)

1,407,754
(2.90 %)

13,416,041
(27.66 %)

16,788
(0.42 %)

199

house mouse C3H_HeJ
GCA_001632575.1

n/a

21,177
(2.22 %)

18,550
(1.42 %)

n/a

41.74
(85.90 %)

369,499
(14.15 %)

37,497
(95.91 %)

5,089,496
(40.41 %)

1,399,438
(2.72 %)

13,485,480
(26.52 %)

16,675
(0.41 %)

200

house mouse C57BL/6J 2020 GRC
GCF_000001635.27

130,343
(4.85 %)

22,409
(2.02 %)

19,480
(1.31 %)

140,725
(4.83 %)

41.67
(97.30 %)

334
(2.70 %)

22,273
(97.30 %)

5,361,085
(45.51 %)

1,641,063
(3.41 %)

12,722,791
(36.04 %)

23,794
(0.53 %)

201

house mouse C57BL_6NJ
GCA_001632555.1

n/a

21,177
(2.23 %)

18,495
(1.42 %)

n/a

41.76
(82.53 %)

410,660
(17.53 %)

49,821
(96.37 %)

5,081,049
(40.22 %)

1,392,942
(2.58 %)

13,476,268
(25.21 %)

16,877
(0.39 %)

202

house mouse CAST_EiJ
GCA_001624445.1

n/a

21,103
(2.24 %)

18,682
(1.45 %)

n/a

41.83
(86.23 %)

424,005
(13.83 %)

52,352
(97.85 %)

4,990,851
(39.88 %)

1,356,202
(2.67 %)

13,469,640
(26.15 %)

16,724
(0.41 %)

203

house mouse CBA_J
GCA_001624475.1

n/a

21,259
(2.23 %)

18,593
(1.42 %)

n/a

41.78
(79.43 %)

410,639
(20.63 %)

42,242
(96.14 %)

5,081,543
(40.40 %)

1,393,763
(2.54 %)

13,472,532
(24.46 %)

16,809
(0.38 %)

204

house mouse DBA_2J
GCA_001624505.1

n/a

21,156
(2.23 %)

18,610
(1.43 %)

n/a

41.80
(88.67 %)

409,306
(11.39 %)

42,324
(95.14 %)

5,028,217
(40.37 %)

1,364,702
(2.73 %)

13,540,805
(27.33 %)

16,544
(0.42 %)

205

house mouse FVB_NJ
GCA_001624535.1

n/a

21,195
(2.22 %)

18,615
(1.42 %)

n/a

41.75
(89.39 %)

380,840
(10.66 %)

67,805
(93.73 %)

5,037,447
(40.28 %)

1,381,859
(2.89 %)

13,440,164
(27.32 %)

16,625
(0.42 %)

206

house mouse LP_J
GCA_001632615.1

n/a

21,012
(2.23 %)

18,555
(1.43 %)

n/a

41.78
(84.14 %)

402,247
(15.91 %)

38,542
(95.89 %)

5,032,748
(40.03 %)

1,373,374
(2.60 %)

13,411,126
(25.61 %)

16,668
(0.40 %)

207

house mouse NOD_ShiLtJ
GCA_001624675.1

n/a

21,291
(2.24 %)

19,697
(1.47 %)

n/a

42.00
(77.13 %)

595,433
(22.95 %)

66,154
(95.79 %)

5,059,815
(40.57 %)

1,370,443
(2.51 %)

13,251,532
(23.62 %)

18,188
(0.42 %)

208

house mouse NZO_HlLtJ
GCA_001624745.1

n/a

21,233
(2.22 %)

18,805
(1.43 %)

n/a

41.74
(86.47 %)

337,909
(13.58 %)

57,439
(95.37 %)

5,112,301
(40.60 %)

1,418,629
(2.92 %)

13,588,055
(27.01 %)

16,857
(0.41 %)

209

house mouse PWK_PhJ
GCA_001624775.1

n/a

21,013
(2.21 %)

18,237
(1.40 %)

n/a

41.76
(90.89 %)

904,107
(9.24 %)

30,233
(98.34 %)

5,250,349
(40.55 %)

1,508,787
(2.97 %)

13,823,341
(28.09 %)

16,695
(0.43 %)

210

house mouse WSB_EiJ
GCA_001624835.1

n/a

20,870
(2.26 %)

18,535
(1.45 %)

n/a

41.80
(84.36 %)

399,976
(15.70 %)

72,315
(94.81 %)

4,961,700
(39.53 %)

1,345,987
(2.51 %)

13,324,808
(25.23 %)

16,556
(0.40 %)

211

hybrid cattle (Angus x Brahman F1 Angus haplotype 2018)
GCA_003369685.2

n/a

19,096
(1.59 %)

20,674
(1.34 %)

n/a

41.99
(99.75 %)

277
(0.25 %)

1,435
(100.00 %)

5,290,422
(47.51 %)

478,946
(1.94 %)

12,568,313
(41.15 %)

45,850
(1.37 %)

212

hybrid cattle (Angus x Brahman F1 Brahman haplotype 2018)
GCF_003369695.1

63,234
(2.88 %)

19,601
(1.57 %)

21,699
(1.34 %)

n/a

41.83
(99.94 %)

302
(0.06 %)

1,250
(100.00 %)

5,524,454
(47.57 %)

459,928
(1.40 %)

13,208,799
(41.21 %)

41,359
(1.10 %)

213

Iberian mole (v2.1 TD23 2020)
GCF_014898055.3

56,973
(3.41 %)

18,431
(1.69 %)

20,317
(1.59 %)

n/a

41.89
(99.89 %)

3,575
(0.11 %)

3,202
(100.00 %)

2,635,974
(23.38 %)

496,514
(1.29 %)

10,969,546
(32.61 %)

47,466
(2.89 %)

214

Indian false vampire
GCA_004026885.1

n/a

20,067
(1.37 %)

36,544
(1.53 %)

n/a

40.84
(99.83 %)

6,266
(0.02 %)

1,909,067
(99.98 %)

4,096,409
(31.50 %)

699,311
(1.81 %)

12,307,198
(39.96 %)

92,830
(3.12 %)

215

Indian flying fox
GCF_902729225.1

64,763
(3.85 %)

18,222
(2.01 %)

23,187
(1.82 %)

n/a

39.83
(99.10 %)

17,500
(0.90 %)

16,113
(100.00 %)

2,972,300
(34.11 %)

487,157
(1.49 %)

12,486,528
(27.37 %)

57,869
(3.73 %)

216

Indochinese shrew (US011 2019 Broad)
GCA_004027635.1

n/a

18,870
(0.51 %)

55,636
(0.81 %)

n/a

39.81
(99.83 %)

5,267
(0.02 %)

2,420,679
(99.98 %)

4,130,068
(16.60 %)

1,663,335
(3.30 %)

18,728,711
(46.19 %)

31,453
(0.55 %)

217

Indus River dolphin
GCA_004363435.1

n/a

24,321
(1.30 %)

47,065
(1.14 %)

n/a

41.72
(99.88 %)

11,702
(0.04 %)

1,110,492
(99.96 %)

5,093,308
(45.60 %)

845,860
(1.72 %)

13,162,111
(41.37 %)

68,257
(1.40 %)

218

jaguar
GCA_004023805.1

n/a

21,431
(1.51 %)

32,835
(1.35 %)

n/a

41.70
(99.89 %)

21,329
(0.09 %)

460,121
(99.91 %)

5,420,861
(43.75 %)

1,049,353
(1.93 %)

13,848,545
(34.90 %)

71,066
(2.37 %)

219

jaguarundi
GCF_014898765.1

72,564
(3.15 %)

18,602
(1.64 %)

20,510
(1.39 %)

n/a

41.75
(97.85 %)

42,499
(2.16 %)

10,948
(100.00 %)

5,035,745
(43.29 %)

907,329
(1.61 %)

13,590,905
(33.57 %)

69,090
(2.29 %)

220

Jamaican fruit-eating bat (1a 2020 Wuhan U)
GCF_014825515.1

48,705
(2.72 %)

19,921
(1.66 %)

23,614
(1.68 %)

n/a

41.95
(98.87 %)

110,840
(1.13 %)

56,740
(100.00 %)

2,972,388
(28.79 %)

405,474
(2.15 %)

12,458,880
(30.65 %)

61,973
(1.87 %)

221

Jamaican fruit-eating bat (2021)
GCF_021234435.1

55,114
(3.18 %)

17,875
(1.68 %)

19,958
(1.66 %)

n/a

42.00
(100.00 %)

3
(0.00 %)

868
(100.00 %)

2,697,287
(28.17 %)

318,700
(0.84 %)

11,750,329
(31.61 %)

61,951
(1.93 %)

222

Java mouse-deer (US108 2019 Broad)
GCA_004024965.1

n/a

23,081
(1.38 %)

38,181
(1.41 %)

n/a

42.73
(99.91 %)

2,829
(0.01 %)

1,159,819
(99.99 %)

4,791,310
(34.97 %)

448,498
(1.92 %)

13,175,375
(39.89 %)

68,778
(2.92 %)

223

killer whale (Morgan 2013)
GCF_000331955.2

70,972
(3.55 %)

18,736
(1.86 %)

20,365
(1.48 %)

n/a

41.35
(94.82 %)

78,441
(5.20 %)

80,100
(94.80 %)

3,978,339
(43.98 %)

555,737
(1.13 %)

12,773,973
(31.51 %)

61,145
(1.59 %)

224

killer whale (2022)
GCF_937001465.1

78,470
(3.76 %)

18,710
(1.51 %)

21,101
(1.30 %)

n/a

41.91
(100.00 %)

123
(0.00 %)

448
(100.00 %)

3,955,401
(36.81 %)

844,672
(9.94 %)

12,233,568
(41.63 %)

77,307
(3.08 %)

225

koala
GCF_002099425.1

55,723
(2.15 %)

17,500
(0.86 %)

16,193
(0.94 %)

n/a

39.05
(100.00 %)

1
(0.00 %)

1,907
(100.00 %)

7,814,631
(41.58 %)

1,123,545
(2.03 %)

21,796,057
(39.25 %)

15,957
(0.35 %)

226

Kuhl's pipistrelle (2020)
GCF_014108245.1

63,293
(2.96 %)

17,918
(1.89 %)

20,819
(1.86 %)

n/a

42.57
(99.31 %)

394
(0.69 %)

202
(100.00 %)

2,897,422
(23.58 %)

797,420
(2.76 %)

10,057,100
(34.56 %)

55,965
(2.99 %)

227

large flying fox
GCF_000151845.1

52,243
(3.10 %)

18,454
(1.91 %)

23,631
(1.73 %)

n/a

39.82
(91.80 %)

189,340
(8.24 %)

225,433
(91.76 %)

3,117,045
(36.49 %)

504,277
(3.03 %)

13,025,556
(25.00 %)

78,404
(3.24 %)

228

large tree shrew
GCA_004365275.1

n/a

26,266
(0.71 %)

59,868
(0.81 %)

n/a

42.00
(99.77 %)

6,466
(0.02 %)

3,890,086
(99.98 %)

7,163,973
(22.64 %)

1,629,329
(2.64 %)

18,970,992
(42.82 %)

138,732
(1.75 %)

229

leopard (Maewha 2016 refseq)
GCF_001857705.1

73,266
(3.20 %)

18,881
(1.63 %)

21,010
(1.44 %)

n/a

41.71
(96.17 %)

214,953
(3.85 %)

265,330
(96.15 %)

5,247,029
(42.87 %)

1,059,446
(5.13 %)

14,265,573
(32.20 %)

77,001
(2.45 %)

230

leopard (Hobbes primary hap 2022)
GCF_024362965.1

70,488
(3.29 %)

18,472
(1.56 %)

20,388
(1.41 %)

n/a

41.75
(99.99 %)

335
(0.01 %)

382
(100.00 %)

4,634,038
(33.80 %)

932,991
(2.25 %)

13,686,652
(34.03 %)

65,793
(2.64 %)

231

leopard cat
GCF_016509475.1

59,965
(3.05 %)

18,472
(1.65 %)

19,934
(1.38 %)

n/a

41.80
(100.00 %)

56
(0.00 %)

123
(100.00 %)

4,978,115
(43.28 %)

901,754
(1.84 %)

13,596,535
(34.23 %)

67,390
(2.50 %)

232

lesser Egyptian jerboa (JJ0015 2012 refseq)
GCF_000280705.1

25,991
(1.44 %)

19,408
(1.38 %)

20,312
(1.35 %)

n/a

41.87
(87.17 %)

326,464
(12.87 %)

337,360
(87.13 %)

6,125,934
(38.31 %)

832,825
(1.53 %)

13,661,612
(33.98 %)

26,669
(0.59 %)

233

lesser Egyptian jerboa (alternate hap 2021)
GCA_020740715.1

n/a

17,777
(1.27 %)

19,232
(1.28 %)

n/a

42.13
(92.75 %)

2,875
(7.25 %)

508
(100.00 %)

6,476,967
(33.93 %)

999,133
(2.78 %)

11,809,834
(40.52 %)

29,872
(0.82 %)

234

lesser Egyptian jerboa (2021)
GCF_020740685.1

51,730
(1.99 %)

20,129
(1.24 %)

22,089
(1.24 %)

n/a

42.00
(99.52 %)

561
(0.48 %)

160
(100.00 %)

7,346,291
(41.25 %)

1,187,587
(2.92 %)

14,222,177
(44.13 %)

34,688
(0.86 %)

235

lesser panda
GCA_002007465.1

n/a

19,120
(1.69 %)

20,591
(1.50 %)

n/a

41.60
(98.56 %)

137,333
(1.45 %)

148,922
(98.55 %)

4,513,888
(40.87 %)

692,778
(1.62 %)

13,691,859
(31.36 %)

64,369
(2.52 %)

236

lion
GCF_018350215.1

67,745
(2.86 %)

17,956
(1.69 %)

19,033
(1.40 %)

n/a

41.71
(100.00 %)

55
(0.00 %)

99
(100.00 %)

4,666,951
(42.23 %)

889,987
(1.87 %)

13,151,686
(33.40 %)

62,675
(2.56 %)

237

little brown bat
GCF_000147115.1

50,660
(2.76 %)

19,314
(1.86 %)

22,683
(1.70 %)

n/a

42.50
(96.66 %)

61,131
(3.35 %)

72,785
(96.65 %)

3,682,263
(37.05 %)

634,854
(2.15 %)

10,841,759
(33.45 %)

57,630
(1.79 %)

238

little pocket mouse (longimembris alternate hap 2022)
GCA_024363435.1

n/a

19,150
(1.52 %)

23,435
(1.64 %)

n/a

42.08
(100.00 %)

229
(0.00 %)

718
(100.00 %)

n/a

1,051,300
(12.43 %)

9,858,628
(43.20 %)

48,101
(2.62 %)

239

little pocket mouse (longimembris primary hap 2022)
GCA_024363575.1

n/a

19,760
(1.50 %)

24,317
(1.63 %)

n/a

42.09
(100.00 %)

215
(0.00 %)

1,135
(100.00 %)

3,913,744
(28.43 %)

1,095,577
(12.70 %)

10,273,833
(43.74 %)

49,636
(2.61 %)

240

little tube-nosed bat
GCA_004026665.1

n/a

22,009
(1.26 %)

45,725
(1.35 %)

n/a

43.80
(99.90 %)

6,795
(0.03 %)

886,972
(99.97 %)

3,372,804
(23.57 %)

1,014,476
(3.00 %)

11,948,592
(41.18 %)

71,530
(2.05 %)

241

long-finned pilot whale
GCF_006547405.1

66,104
(3.28 %)

18,772
(1.80 %)

21,031
(1.46 %)

n/a

41.29
(99.58 %)

14,859
(0.42 %)

20,999
(99.58 %)

3,962,125
(45.58 %)

557,247
(1.11 %)

12,616,535
(34.70 %)

62,905
(1.69 %)

242

long-tailed chinchilla
GCF_000276665.1

54,841
(2.98 %)

18,096
(1.59 %)

19,514
(1.52 %)

n/a

41.06
(95.56 %)

78,817
(4.46 %)

81,656
(95.54 %)

4,018,866
(30.94 %)

607,082
(1.15 %)

13,528,234
(28.15 %)

46,931
(1.25 %)

243

long-tongued fruit bat (US102 2019 Broad)
GCA_004027375.1

n/a

19,208
(1.99 %)

31,180
(1.92 %)

n/a

39.56
(99.97 %)

2,056
(0.01 %)

174,041
(99.99 %)

2,893,453
(32.61 %)

597,516
(1.76 %)

12,093,608
(28.14 %)

63,015
(4.70 %)

244

Lowland paca
GCA_004365215.1

n/a

21,953
(0.62 %)

56,356
(0.80 %)

n/a

40.83
(99.78 %)

3,060
(0.01 %)

3,771,510
(99.99 %)

5,892,507
(29.20 %)

802,811
(1.38 %)

18,630,883
(38.61 %)

61,715
(0.94 %)

245

Malayan pangolin (MP_PG03-UM 2016 refseq)
GCF_001685135.1

48,591
(2.76 %)

19,458
(1.57 %)

24,783
(1.38 %)

n/a

40.78
(92.27 %)

984,658
(7.81 %)

80,670
(100.00 %)

3,064,599
(35.21 %)

866,309
(3.08 %)

13,310,859
(28.76 %)

35,558
(0.84 %)

246

Malayan pangolin YNU ManJav 2.0
GCF_014570535.1

68,043
(3.50 %)

18,167
(1.72 %)

20,453
(1.54 %)

n/a

40.83
(91.78 %)

57,746
(8.23 %)

17,969
(100.00 %)

2,864,567
(34.23 %)

277,996
(1.69 %)

12,659,207
(25.72 %)

33,486
(1.00 %)

247

Merriam's kangaroo rat (MVZ:Mamm:240054 alternate hap 2022)
GCA_024711525.1

n/a

18,555
(1.22 %)

24,508
(1.35 %)

n/a

42.04
(100.00 %)

181
(0.00 %)

3,482
(100.00 %)

6,419,007
(53.84 %)

1,384,128
(15.63 %)

11,486,822
(50.51 %)

38,521
(1.60 %)

248

Merriam's kangaroo rat (MVZ:Mamm:240054 primary hap 2022)
GCA_024711535.1

n/a

21,281
(1.16 %)

28,592
(1.34 %)

n/a

42.27
(100.00 %)

182
(0.00 %)

4,354
(100.00 %)

4,378,955
(29.66 %)

1,568,842
(17.75 %)

12,889,786
(51.96 %)

46,167
(1.71 %)

249

Masai giraffe (MA1 2016 Penn St)
GCA_001651235.1

n/a

20,950
(1.52 %)

28,854
(1.33 %)

n/a

41.39
(96.50 %)

257,672
(3.48 %)

770,838
(96.52 %)

5,502,479
(43.94 %)

531,418
(2.64 %)

13,936,018
(36.18 %)

40,504
(1.02 %)

250

meadow jumping mouse
GCA_004024765.1

n/a

22,236
(1.08 %)

44,719
(1.21 %)

n/a

42.31
(99.88 %)

7,610
(0.03 %)

1,165,710
(99.97 %)

6,135,446
(33.31 %)

1,525,146
(3.34 %)

13,854,475
(39.91 %)

26,633
(0.68 %)

251

meerkat (VVHF042 2019 DNA Zoo refseq)
GCF_006229205.1

58,806
(2.67 %)

19,009
(1.64 %)

19,088
(1.36 %)

n/a

41.68
(99.72 %)

65,245
(0.28 %)

63,791
(100.00 %)

4,564,931
(40.13 %)

634,179
(1.21 %)

13,631,635
(32.17 %)

64,858
(2.22 %)

252

minke whale (2013 refseq)
GCF_000493695.1

42,553
(2.38 %)

19,159
(1.73 %)

18,656
(1.42 %)

n/a

40.94
(94.06 %)

173,296
(5.96 %)

184,072
(94.04 %)

n/a

573,951
(1.48 %)

13,504,347
(30.96 %)

65,448
(1.38 %)

253

Mongolian gerbil (243 2017 Lucigen Corp.)
GCF_002204375.1

40,346
(2.29 %)

21,215
(1.83 %)

24,305
(1.47 %)

n/a

42.09
(95.23 %)

91,601
(4.78 %)

68,793
(100.00 %)

4,821,343
(37.74 %)

940,776
(1.82 %)

13,848,274
(31.31 %)

24,154
(0.74 %)

254

Mongolian gerbil (EAM2014 2019 BGI)
GCA_008131255.1

n/a

19,952
(1.59 %)

23,462
(1.36 %)

n/a

41.98
(99.01 %)

103,843
(0.97 %)

412,933
(99.03 %)

5,009,454
(0.00 %)

1,042,929
(2.52 %)

14,121,194
(34.63 %)

26,044
(0.71 %)

255

monito del monte (mDroGli1 alternate hap 2021)
GCA_019395325.1

n/a

16,419
(0.77 %)

17,219
(0.89 %)

n/a

39.03
(100.00 %)

33
(0.00 %)

9,959
(100.00 %)

6,332,360
(29.69 %)

1,065,454
(2.09 %)

17,908,986
(42.25 %)

13,856
(0.35 %)

256

monito del monte (mDroGli1 primary hap 2021)
GCF_019393635.1

47,034
(2.02 %)

18,399
(0.80 %)

15,519
(0.85 %)

n/a

39.11
(99.91 %)

260
(0.09 %)

17
(100.00 %)

9,107,968
(41.08 %)

1,249,635
(2.12 %)

21,135,324
(42.80 %)

16,598
(0.36 %)

257

Montane guinea pig
GCA_004027695.1

n/a

20,064
(1.06 %)

31,321
(1.18 %)

n/a

40.09
(99.88 %)

11,321
(0.04 %)

1,379,500
(99.96 %)

4,730,634
(30.02 %)

1,583,664
(6.57 %)

15,806,339
(40.40 %)

37,371
(0.76 %)

258

mountain beaver
GCA_004027875.1

n/a

22,428
(1.10 %)

38,670
(1.12 %)

n/a

40.58
(99.89 %)

7,253
(0.02 %)

1,286,779
(99.98 %)

5,859,004
(32.29 %)

914,052
(2.37 %)

16,249,666
(38.21 %)

39,133
(0.76 %)

259

muskrat
GCA_004026605.1

n/a

22,540
(1.52 %)

32,136
(1.35 %)

n/a

41.59
(99.93 %)

6,243
(0.02 %)

571,599
(99.98 %)

4,437,736
(28.49 %)

922,826
(2.38 %)

13,945,732
(35.23 %)

19,876
(0.50 %)

260

naked mole-rat (NMR 29 2012 refseq)
GCF_000247695.1

74,574
(3.56 %)

21,332
(1.74 %)

20,861
(1.51 %)

n/a

40.21
(88.43 %)

110,424
(11.59 %)

114,653
(88.41 %)

4,179,991
(32.69 %)

484,933
(0.92 %)

13,672,561
(27.63 %)

31,950
(0.88 %)

261

naked mole-rat (MEF-2018 2020)
GCA_014060925.1

n/a

22,011
(1.30 %)

21,392
(1.22 %)

n/a

40.13
(95.11 %)

139,535
(4.91 %)

148,797
(95.09 %)

4,885,102
(35.91 %)

654,418
(1.90 %)

16,401,315
(34.21 %)

40,717
(0.98 %)

262

narwhal (Baffin Bay 2019)
GCF_005190385.1

51,639
(2.71 %)

18,741
(1.78 %)

20,365
(1.40 %)

n/a

41.22
(99.52 %)

18,323
(0.49 %)

6,972
(100.00 %)

4,011,742
(43.97 %)

565,367
(1.22 %)

12,720,018
(34.85 %)

60,492
(1.58 %)

263

Natal long-fingered bat
GCF_001595765.1

32,050
(3.03 %)

18,015
(2.17 %)

18,293
(1.87 %)

n/a

42.07
(96.24 %)

204,616
(3.79 %)

1,269
(100.00 %)

2,565,457
(28.95 %)

376,532
(1.91 %)

10,427,823
(26.35 %)

63,261
(2.07 %)

264

neotropical fruit bat
GCF_014824575.2

49,109
(2.78 %)

17,703
(1.63 %)

19,389
(1.60 %)

n/a

42.32
(99.79 %)

38,675
(0.21 %)

26,068
(100.00 %)

2,862,405
(29.31 %)

366,960
(1.48 %)

11,796,203
(31.27 %)

59,091
(1.70 %)

265

Nilgiri tahr
GCA_004026825.1

n/a

22,735
(1.44 %)

34,961
(1.27 %)

n/a

42.37
(99.93 %)

10,387
(0.04 %)

479,550
(99.96 %)

5,793,761
(48.50 %)

535,297
(1.34 %)

13,378,352
(42.46 %)

57,653
(1.29 %)

266

nine-banded armadillo (v3.2 3-136 2012 Baylor)
GCF_000208655.3

46,110
(1.87 %)

20,820
(1.08 %)

25,226
(1.08 %)

n/a

40.77
(90.89 %)

268,437
(9.13 %)

314,788
(90.87 %)

4,552,770
(34.01 %)

651,225
(1.26 %)

19,266,969
(38.27 %)

139,490
(2.47 %)

267

North American deer mouse (MVZ:Mamm:240117 alternate hap 2022)
GCA_026167925.1

n/a

19,342
(1.57 %)

20,947
(1.48 %)

n/a

42.40
(100.00 %)

229
(0.00 %)

1,006
(100.00 %)

4,161,568
(23.13 %)

1,278,205
(8.22 %)

13,148,019
(37.60 %)

23,523
(0.71 %)

268

North American deer mouse (MVZ:Mamm:240117 primary hap 2022)
GCA_026229955.1

n/a

19,700
(1.54 %)

22,354
(1.46 %)

n/a

42.19
(100.00 %)

244
(0.00 %)

2,082
(100.00 %)

6,089,884
(47.99 %)

1,358,786
(9.39 %)

13,799,349
(39.08 %)

24,733
(0.70 %)

269

North Pacific right whale
GCA_004363455.1

n/a

23,145
(1.43 %)

38,161
(1.21 %)

n/a

41.15
(99.88 %)

7,094
(0.03 %)

1,361,057
(99.97 %)

5,039,622
(45.69 %)

694,986
(1.31 %)

14,063,101
(40.51 %)

74,800
(1.52 %)

270

northern American river otter
GCF_010015895.1

53,945
(2.18 %)

18,974
(1.68 %)

21,247
(1.45 %)

n/a

41.41
(99.58 %)

7,620
(0.42 %)

13,541
(99.58 %)

4,538,847
(41.18 %)

685,281
(1.20 %)

13,840,953
(32.61 %)

53,559
(1.88 %)

271

northern elephant seal (CCGP_5_RB_7025 alternate hap 2023)
GCA_029215635.1

n/a

19,340
(1.59 %)

19,732
(1.37 %)

n/a

41.91
(100.00 %)

60
(0.00 %)

482
(100.00 %)

4,365,070
(34.26 %)

627,639
(2.43 %)

13,174,494
(35.47 %)

74,314
(2.49 %)

272

northern elephant seal (CCGP_5_RB_7025 primary hap 2023)
GCA_029215605.1

n/a

19,278
(1.60 %)

19,908
(1.39 %)

n/a

41.84
(100.00 %)

98
(0.00 %)

596
(100.00 %)

4,348,333
(34.40 %)

621,985
(2.21 %)

13,251,768
(35.32 %)

69,898
(2.38 %)

273

northern elephant seal (v3 JK_09032017 2022)
GCF_021288785.2

53,819
(3.32 %)

20,099
(1.75 %)

20,957
(1.35 %)

n/a

41.51
(99.35 %)

39,936
(0.65 %)

142,455
(100.00 %)

4,368,400
(33.93 %)

588,877
(1.19 %)

13,745,426
(32.96 %)

52,064
(1.59 %)

274

northern elephant seal (BS05 2019 Broad)
GCA_004023865.1

n/a

22,834
(1.54 %)

36,083
(1.32 %)

n/a

41.52
(99.94 %)

9,483
(0.04 %)

330,739
(99.96 %)

4,849,944
(43.83 %)

600,306
(1.16 %)

13,420,049
(34.43 %)

57,236
(1.62 %)

275

northern fur seal
GCF_003265705.1

54,940
(2.43 %)

23,408
(1.78 %)

23,666
(1.43 %)

n/a

41.48
(98.01 %)

38,666
(1.99 %)

52,469
(98.01 %)

5,047,032
(43.38 %)

638,130
(1.06 %)

14,922,442
(33.12 %)

57,281
(1.44 %)

276

northern gundi
GCA_004027205.1

n/a

18,035
(1.39 %)

27,379
(1.57 %)

n/a

42.68
(99.91 %)

5,037
(0.02 %)

865,110
(99.98 %)

4,149,883
(27.83 %)

654,063
(1.64 %)

12,342,565
(33.72 %)

47,533
(1.43 %)

277

northern mole vole
GCA_001685095.1

n/a

23,252
(1.39 %)

44,209
(1.25 %)

n/a

41.68
(99.04 %)

371,627
(0.98 %)

722,087
(99.02 %)

3,923,814
(25.79 %)

898,453
(2.47 %)

13,708,986
(29.04 %)

16,583
(0.36 %)

278

northern white rhinoceros
GCA_004027795.1

n/a

25,328
(1.34 %)

61,003
(1.95 %)

n/a

41.32
(99.90 %)

7,054
(0.03 %)

949,480
(99.97 %)

4,330,882
(38.89 %)

484,754
(1.12 %)

15,544,248
(33.11 %)

43,689
(2.08 %)

279

Norway rat BN7 haplotype
GCA_015244455.1

n/a

3,096
(1.64 %)

2,450
(1.02 %)

n/a

41.23
(100.00 %)

6
(0.00 %)

3,156
(100.00 %)

517,347
(50.76 %)

157,701
(3.90 %)

1,502,752
(34.14 %)

1,806
(0.40 %)

280

Norway rat BN7.2
GCF_015227675.2

99,139
(4.10 %)

21,526
(1.86 %)

19,266
(1.33 %)

n/a

41.99
(99.19 %)

581
(0.81 %)

757
(99.19 %)

5,029,005
(45.44 %)

1,514,974
(3.57 %)

13,450,428
(35.83 %)

19,244
(0.46 %)

281

Norway rat celera
GCF_000002265.2

39,745
(2.91 %)

21,492
(1.95 %)

19,112
(1.38 %)

n/a

41.98
(95.28 %)

111,391
(4.74 %)

118,423
(95.26 %)

9,721,869
(43.57 %)

1,387,703
(3.05 %)

13,224,921
(32.45 %)

18,944
(0.42 %)

282

Norway rat Rnor6.0
GCF_000001895.5

69,456
(3.34 %)

22,369
(1.83 %)

20,269
(1.32 %)

n/a

41.93
(95.13 %)

145,731
(4.89 %)

76,195
(95.16 %)

5,329,187
(44.14 %)

1,620,304
(3.72 %)

14,520,050
(33.09 %)

22,600
(0.47 %)

283

Norway rat SHR/Utx RGD_8142385 2022
GCA_023515785.1

n/a

21,116
(1.68 %)

20,103
(1.27 %)

n/a

41.85
(99.82 %)

1,256
(0.18 %)

2,151
(100.00 %)

4,704,388
(38.22 %)

1,611,144
(5.76 %)

13,524,575
(38.35 %)

20,720
(0.48 %)

284

Norway rat SHRSP/BppUtx 2022
GCA_021556685.1

n/a

22,366
(1.71 %)

20,531
(1.26 %)

n/a

41.86
(99.94 %)

1,610
(0.06 %)

2,734
(100.00 %)

5,238,574
(46.36 %)

1,638,412
(5.87 %)

13,769,141
(38.49 %)

21,006
(0.49 %)

285

Norway rat WKY/Bbb 2022
GCA_023515805.1

n/a

21,607
(1.68 %)

21,244
(1.28 %)

n/a

41.92
(99.80 %)

1,456
(0.20 %)

3,553
(100.00 %)

4,811,412
(38.21 %)

1,650,950
(5.41 %)

13,740,644
(38.24 %)

21,449
(0.51 %)

286

nutria
GCA_004027025.1

n/a

24,707
(1.00 %)

47,533
(1.18 %)

n/a

41.70
(99.84 %)

15,249
(0.05 %)

1,684,916
(99.95 %)

6,961,690
(30.09 %)

1,698,977
(3.31 %)

15,207,563
(42.57 %)

59,854
(1.00 %)

287

okapi
GCA_001660835.1

n/a

21,483
(1.43 %)

31,061
(1.26 %)

n/a

41.48
(95.11 %)

376,008
(4.86 %)

1,213,177
(95.14 %)

5,808,036
(42.90 %)

619,044
(4.22 %)

14,940,153
(35.17 %)

47,417
(1.12 %)

288

Ord's kangaroo rat
GCF_000151885.1

30,625
(2.21 %)

17,959
(1.54 %)

19,318
(1.54 %)

n/a

42.06
(92.36 %)

83,035
(7.65 %)

148,226
(92.35 %)

4,337,455
(33.76 %)

1,140,316
(7.60 %)

10,422,685
(36.59 %)

61,921
(3.56 %)

289

pacarana
GCA_004027595.1

n/a

20,748
(1.20 %)

33,195
(1.31 %)

n/a

41.81
(99.90 %)

6,392
(0.02 %)

1,164,830
(99.98 %)

4,374,443
(30.16 %)

660,811
(1.38 %)

14,062,133
(35.99 %)

59,382
(1.23 %)

290

Pacific pocket mouse (BS65 2019 Broad)
GCA_004363475.1

n/a

21,575
(1.07 %)

47,478
(1.31 %)

n/a

41.87
(99.76 %)

18,801
(0.07 %)

2,428,619
(99.93 %)

4,881,232
(20.80 %)

1,352,971
(4.11 %)

12,583,960
(48.42 %)

74,961
(2.33 %)

291

Pacific pocket mouse (PPM17 2022 San Diego Zoo)
GCF_023159225.1

46,202
(2.48 %)

18,752
(1.50 %)

22,526
(1.60 %)

n/a

41.98
(99.96 %)

1,807
(0.04 %)

6,180
(100.00 %)

3,313,319
(16.79 %)

1,066,382
(10.88 %)

9,981,468
(42.63 %)

49,134
(2.83 %)

292

Pacific walrus
GCF_000321225.1

27,163
(1.89 %)

20,293
(1.71 %)

20,982
(1.48 %)

n/a

41.36
(95.85 %)

66,766
(4.16 %)

70,656
(95.84 %)

4,372,578
(41.12 %)

511,500
(1.05 %)

13,507,582
(30.43 %)

45,142
(1.29 %)

293

Pacific white-sided dolphin
GCF_003676395.1

65,947
(3.26 %)

18,743
(1.79 %)

20,862
(1.45 %)

n/a

41.28
(99.56 %)

16,699
(0.44 %)

21,350
(99.56 %)

3,971,820
(45.64 %)

574,056
(1.14 %)

12,602,965
(34.83 %)

62,275
(1.67 %)

294

pale spear-nosed bat (alternate hap MPI-MPIP 2019)
GCA_004115245.1

n/a

18,118
(1.63 %)

23,536
(1.65 %)

n/a

42.48
(100.00 %)

38
(0.00 %)

10,873
(100.00 %)

3,001,130
(29.46 %)

375,042
(0.79 %)

11,813,971
(29.64 %)

67,712
(4.23 %)

295

pale spear-nosed bat (MPI-MPIP v3 mPhyDis1 alternate hap 2020)
GCA_004115245.2

n/a

18,116
(1.63 %)

23,608
(1.65 %)

n/a

42.48
(100.00 %)

38
(0.00 %)

10,895
(100.00 %)

3,002,448
(29.46 %)

375,226
(0.79 %)

11,824,034
(29.65 %)

67,718
(4.23 %)

296

pale spear-nosed bat (MPI-MPIP v3 mPhyDis1 primary hap 2020)
GCF_004126475.2

54,932
(3.31 %)

18,171
(1.69 %)

20,025
(1.62 %)

n/a

42.38
(99.28 %)

884
(0.72 %)

77
(100.00 %)

3,069,141
(30.00 %)

385,664
(0.81 %)

12,050,232
(30.57 %)

63,905
(3.75 %)

297

Pallas's mastiff bat
GCF_014108415.1

48,421
(2.20 %)

18,667
(1.61 %)

21,915
(1.59 %)

n/a

42.35
(97.95 %)

349
(2.05 %)

60
(100.00 %)

3,863,217
(32.76 %)

624,933
(1.88 %)

11,572,319
(37.09 %)

79,984
(2.45 %)

298

Parnell's mustached bat (2013)
GCA_000465405.1

n/a

21,436
(1.40 %)

57,232
(2.18 %)

n/a

40.82
(99.34 %)

265,720
(0.70 %)

443,121
(99.30 %)

2,780,805
(29.26 %)

290,520
(0.63 %)

12,354,814
(27.13 %)

69,806
(1.89 %)

299

Parnell's mustached bat (Mesoamerican 2021)
GCF_021234165.1

37,033
(2.48 %)

18,339
(1.76 %)

21,630
(1.69 %)

n/a

41.32
(100.00 %)

12
(0.00 %)

333
(100.00 %)

2,828,339
(30.56 %)

333,670
(0.75 %)

12,444,271
(30.90 %)

53,180
(4.61 %)

300

Patagonian cavy
GCA_004027295.1

n/a

21,143
(0.94 %)

40,887
(1.10 %)

n/a

39.86
(99.87 %)

6,223
(0.02 %)

1,911,987
(99.98 %)

5,194,890
(30.95 %)

892,551
(2.11 %)

17,052,577
(40.22 %)

45,730
(0.84 %)

301

Pere David's deer
GCA_002443075.1

n/a

20,723
(1.65 %)

23,551
(1.43 %)

n/a

41.58
(97.49 %)

144,642
(2.51 %)

339,454
(97.49 %)

5,171,293
(43.30 %)

427,987
(1.20 %)

13,665,133
(35.97 %)

48,374
(1.14 %)

302

Philippine flying lemur (mCynVol1 alternate hap 2022)
GCA_027409165.1

n/a

18,794
(1.72 %)

21,421
(1.40 %)

n/a

40.18
(100.00 %)

n/a

1,750
(100.00 %)

4,001,442
(39.37 %)

547,894
(2.75 %)

13,870,563
(34.33 %)

40,162
(1.31 %)

303

pig (Duroc)
GCF_000003025.6

77,695
(4.05 %)

18,980
(1.64 %)

19,453
(1.32 %)

n/a

41.87
(98.81 %)

544
(1.19 %)

1,313
(98.81 %)

5,021,184
(45.67 %)

710,994
(1.32 %)

13,243,289
(36.33 %)

79,132
(1.82 %)

304

pig (USMARCv1)
GCA_002844635.1

n/a

19,458
(1.54 %)

21,487
(1.27 %)

58,655
(2.58 %)

42.49
(95.20 %)

661
(4.80 %)

14,157
(100.00 %)

5,159,244
(47.53 %)

902,079
(3.63 %)

13,145,120
(36.86 %)

82,442
(2.62 %)

305

plains zebra (Etosha38 2022 UCLA)
GCF_021613505.1

55,779
(2.87 %)

19,529
(1.76 %)

21,214
(1.39 %)

n/a

41.38
(99.04 %)

14,595
(0.96 %)

11,098
(100.00 %)

3,683,862
(38.74 %)

314,723
(0.68 %)

15,217,328
(29.38 %)

41,391
(1.27 %)

306

platypus (alternate hap Pmale09 2020)
GCA_004115175.2

n/a

13,244
(1.26 %)

19,241
(1.68 %)

n/a

46.27
(100.00 %)

25
(0.00 %)

5,868
(100.00 %)

4,420,884
(51.59 %)

513,006
(3.13 %)

7,749,797
(49.18 %)

81,538
(8.24 %)

307

platypus (Pmale09 v4 2020)
GCF_004115215.2

51,392
(3.07 %)

14,778
(1.26 %)

18,888
(1.63 %)

n/a

46.14
(99.18 %)

515
(0.82 %)

322
(100.00 %)

5,071,089
(51.34 %)

578,614
(2.89 %)

9,113,848
(48.93 %)

87,796
(6.47 %)

308

polar bear (Baiyulong BGI 2014 refseq)
GCF_000687225.1

35,764
(2.39 %)

18,466
(1.69 %)

15,384
(1.38 %)

n/a

41.65
(98.35 %)

110,343
(1.67 %)

134,162
(98.33 %)

4,123,540
(40.16 %)

553,196
(1.29 %)

13,765,581
(29.91 %)

54,907
(1.17 %)

309

polar bear (UCSC 2021)
GCF_017311325.1

52,188
(2.92 %)

18,588
(1.75 %)

20,731
(1.54 %)

n/a

41.88
(99.60 %)

45,532
(0.41 %)

3,900
(100.00 %)

4,204,162
(40.75 %)

572,129
(1.75 %)

13,926,894
(30.79 %)

63,315
(1.93 %)

310

prairie deer mouse (Baylor 2013)
GCF_000500345.1

50,187
(2.51 %)

20,427
(1.69 %)

20,874
(1.45 %)

n/a

42.34
(94.06 %)

182,263
(5.97 %)

212,962
(94.03 %)

n/a

1,229,123
(2.83 %)

14,447,916
(30.09 %)

23,246
(0.56 %)

311

prairie deer mouse (Harvard 2020)
GCF_003704035.1

69,779
(3.28 %)

19,755
(1.73 %)

19,194
(1.43 %)

n/a

42.28
(95.07 %)

147,442
(4.96 %)

155,966
(95.04 %)

4,751,621
(29.04 %)

1,172,212
(2.66 %)

13,934,672
(29.87 %)

22,444
(0.57 %)

312

prairie vole
GCF_000317375.1

40,484
(2.72 %)

19,648
(1.91 %)

19,489
(1.62 %)

n/a

42.25
(92.03 %)

180,677
(8.00 %)

187,012
(92.00 %)

3,779,126
(25.51 %)

879,192
(2.11 %)

12,360,347
(27.34 %)

18,233
(0.52 %)

313

pronghorn (PH2016 2021)
GCA_021018645.1

n/a

21,848
(1.58 %)

27,614
(1.56 %)

n/a

41.70
(96.83 %)

74,027
(3.17 %)

140,480
(96.83 %)

3,335,744
(24.40 %)

405,435
(4.11 %)

13,855,606
(34.67 %)

48,670
(1.19 %)

314

Przewalski's horse (Burgud 2014 refseq)
GCF_000696695.1

45,076
(2.76 %)

19,546
(1.69 %)

22,107
(1.36 %)

n/a

41.27
(99.13 %)

80,963
(0.88 %)

134,060
(99.12 %)

3,787,533
(40.54 %)

435,607
(1.73 %)

14,738,418
(28.36 %)

40,752
(0.94 %)

315

puma (SC36_Marlon 2018 refseq)
GCF_003327715.1

25,575
(1.43 %)

17,664
(1.57 %)

16,565
(1.29 %)

n/a

41.36
(95.34 %)

178,992
(4.69 %)

2,175
(100.00 %)

4,885,335
(42.70 %)

833,138
(1.76 %)

13,705,778
(31.28 %)

58,912
(1.65 %)

316

puma (L17-30 primary hap 2023)
GCA_028749985.1

n/a

17,553
(1.53 %)

19,299
(1.39 %)

n/a

41.89
(100.00 %)

134
(0.00 %)

390
(100.00 %)

4,629,539
(33.53 %)

919,008
(2.02 %)

12,766,157
(34.70 %)

65,437
(2.53 %)

317

puma (L17-30 alternate hap 2023)
GCA_028749965.1

n/a

18,380
(1.53 %)

20,701
(1.40 %)

n/a

41.91
(100.00 %)

96
(0.00 %)

304
(100.00 %)

4,881,674
(33.96 %)

978,817
(2.17 %)

13,422,986
(35.08 %)

69,437
(2.62 %)

318

punctate agouti
GCA_004363535.1

n/a

22,612
(1.05 %)

45,433
(1.19 %)

n/a

40.79
(99.92 %)

6,459
(0.02 %)

993,123
(99.98 %)

5,671,738
(32.53 %)

945,722
(1.69 %)

17,003,309
(36.58 %)

85,696
(1.65 %)

319

pygmy sperm whale
GCA_004363705.1

n/a

22,661
(1.30 %)

42,546
(1.15 %)

n/a

41.89
(99.89 %)

6,053
(0.02 %)

1,258,125
(99.98 %)

5,185,912
(43.65 %)

836,752
(1.88 %)

14,150,125
(39.88 %)

95,344
(2.15 %)

320

pygmy sperm whale (mKogBre1 haplotype 1 2022)
GCA_026419965.1

n/a

18,495
(1.55 %)

20,718
(1.32 %)

n/a

42.05
(99.81 %)

143
(0.19 %)

580
(100.00 %)

3,817,653
(34.51 %)

758,297
(7.42 %)

12,196,926
(39.96 %)

101,353
(2.90 %)

321

pygmy sperm whale (mKogBre1 haplotype 2 2022)
GCA_026419985.1

n/a

18,550
(1.51 %)

20,491
(1.29 %)

n/a

42.18
(99.99 %)

138
(0.01 %)

391
(100.00 %)

3,860,112
(33.83 %)

820,375
(9.58 %)

12,159,196
(41.59 %)

106,168
(2.78 %)

322

rabbit (New Zealand White DNA-2018 2021 refseq)
GCF_009806435.1

83,045
(4.16 %)

19,486
(1.31 %)

23,267
(1.31 %)

n/a

43.83
(97.68 %)

18,178
(2.32 %)

3,160
(100.00 %)

4,072,524
(21.41 %)

976,273
(2.33 %)

13,766,413
(39.76 %)

113,371
(2.46 %)

323

rabbit (Thorbecke 2009 Broad refseq)
GCF_000003625.3

43,655
(2.34 %)

18,665
(1.39 %)

20,095
(1.24 %)

n/a

43.75
(95.14 %)

80,789
(4.88 %)

84,024
(95.12 %)

4,890,480
(44.71 %)

883,939
(1.73 %)

13,254,520
(38.27 %)

110,337
(2.33 %)

324

raccoon dog (2021)
GCF_905146905.1

52,564
(2.89 %)

19,628
(1.60 %)

20,274
(1.43 %)

n/a

41.28
(99.98 %)

70
(0.02 %)

811
(100.00 %)

4,499,368
(31.98 %)

1,005,212
(2.04 %)

13,884,201
(32.95 %)

52,450
(2.27 %)

325

Rambouillet sheep (Baylor 2017)
GCF_002742125.1

50,096
(2.48 %)

19,992
(1.47 %)

22,506
(1.31 %)

41,656
(1.47 %)

41.91
(99.99 %)

4,847
(0.01 %)

7,486
(99.99 %)

5,764,757
(47.38 %)

507,629
(1.55 %)

14,138,601
(41.27 %)

51,748
(1.29 %)

326

Rambouillet sheep (U.Idaho 2021)
GCF_016772045.1

70,474
(3.21 %)

19,413
(1.59 %)

21,222
(1.35 %)

n/a

41.99
(100.00 %)

84
(0.00 %)

142
(100.00 %)

5,300,958
(46.83 %)

455,553
(1.24 %)

13,023,443
(40.62 %)

43,959
(1.30 %)

327

ratel
GCA_004024625.1

n/a

22,196
(1.21 %)

35,937
(1.18 %)

n/a

42.00
(99.85 %)

6,511
(0.02 %)

2,074,823
(99.98 %)

6,171,383
(41.93 %)

877,669
(1.49 %)

15,269,908
(41.22 %)

95,094
(1.91 %)

328

red bat
GCA_004026805.1

n/a

27,510
(1.22 %)

65,467
(1.48 %)

n/a

42.69
(99.94 %)

6,380
(0.02 %)

525,280
(99.98 %)

4,644,227
(28.24 %)

1,170,868
(2.68 %)

15,628,238
(39.97 %)

125,564
(3.55 %)

329

red deer (2021)
GCF_910594005.1

68,992
(2.68 %)

20,470
(1.48 %)

22,563
(1.32 %)

n/a

42.98
(100.00 %)

40
(0.00 %)

144
(100.00 %)

5,501,063
(44.60 %)

503,301
(12.23 %)

13,102,622
(44.55 %)

88,756
(1.66 %)

330

red fox
GCF_003160815.1

43,495
(2.67 %)

19,826
(1.69 %)

18,893
(1.40 %)

n/a

41.08
(97.06 %)

246,167
(2.96 %)

82,424
(100.00 %)

4,919,102
(40.79 %)

954,461
(2.46 %)

14,190,625
(30.86 %)

53,204
(1.88 %)

331

reed vole (MF-2015 2020)
GCF_014885135.2

55,722
(3.60 %)

19,808
(1.93 %)

20,787
(1.69 %)

n/a

42.36
(95.60 %)

67,118
(4.40 %)

10,460
(100.00 %)

3,130,955
(20.09 %)

831,969
(2.09 %)

11,985,657
(28.48 %)

18,764
(0.58 %)

332

reindeer
GCA_004026565.1

n/a

24,150
(1.39 %)

39,911
(1.41 %)

n/a

42.08
(99.89 %)

4,769
(0.02 %)

1,365,508
(99.98 %)

6,083,178
(46.10 %)

546,470
(1.23 %)

14,434,855
(43.16 %)

55,319
(1.23 %)

333

Ryukyu mouse (v2 2017)
GCF_900094665.2

53,779
(2.85 %)

21,351
(2.29 %)

18,073
(1.39 %)

n/a

41.70
(89.05 %)

306,599
(10.98 %)

30,835
(92.70 %)

4,479,912
(35.83 %)

1,351,677
(2.59 %)

12,964,608
(27.49 %)

15,963
(0.43 %)

334

Saanen dairy goat
GCA_015443085.1

n/a

19,257
(1.54 %)

21,221
(1.32 %)

n/a

42.30
(100.00 %)

170
(0.00 %)

1,362
(100.00 %)

5,336,862
(47.58 %)

515,161
(2.87 %)

13,144,895
(41.67 %)

58,623
(2.22 %)

335

saiga antelope
GCA_004024985.1

n/a

23,736
(0.84 %)

55,133
(0.88 %)

n/a

42.52
(99.87 %)

2,867
(0.01 %)

1,775,066
(99.99 %)

6,485,113
(49.43 %)

447,097
(0.88 %)

13,972,753
(44.46 %)

46,883
(0.82 %)

336

Schreibers' long-fingered bat
GCA_004026525.1

n/a

20,147
(2.06 %)

31,271
(1.82 %)

n/a

42.27
(99.94 %)

6,918
(0.04 %)

184,538
(99.96 %)

2,772,932
(29.66 %)

366,782
(1.13 %)

10,477,531
(28.60 %)

62,520
(2.73 %)

337

scimitar-horned oryx
GCF_014754425.2

51,527
(2.72 %)

19,713
(1.57 %)

21,928
(1.32 %)

n/a

41.74
(99.30 %)

16,241
(0.70 %)

9,089
(100.00 %)

5,435,109
(46.76 %)

414,279
(0.98 %)

13,490,956
(40.45 %)

42,961
(1.10 %)

338

Screaming hairy armadillo
GCA_004027955.1

n/a

24,532
(0.39 %)

56,725
(0.46 %)

n/a

39.68
(99.70 %)

2,747
(0.01 %)

7,680,080
(99.99 %)

8,978,735
(36.02 %)

1,516,551
(1.58 %)

32,918,217
(47.67 %)

234,762
(1.56 %)

339

sea otter (GAN:26980312 2017 refseq)
GCF_002288905.1

38,127
(2.16 %)

18,578
(1.64 %)

20,913
(1.44 %)

n/a

41.56
(98.79 %)

23,134
(1.21 %)

29,589
(98.79 %)

4,703,044
(41.42 %)

721,750
(1.39 %)

14,065,653
(32.89 %)

55,388
(1.87 %)

340

Seba's short-tailed bat
GCA_004027735.1

n/a

21,878
(0.94 %)

55,858
(1.10 %)

n/a

42.70
(99.84 %)

3,864
(0.01 %)

1,929,203
(99.99 %)

3,802,235
(28.35 %)

606,320
(1.03 %)

15,171,250
(31.99 %)

118,227
(2.28 %)

341

sheep
GCA_000298735.2

n/a

19,179
(1.56 %)

19,001
(1.26 %)

n/a

41.90
(98.94 %)

44,566
(1.07 %)

48,481
(98.93 %)

5,429,824
(46.13 %)

540,267
(1.64 %)

13,509,668
(38.83 %)

43,911
(1.13 %)

342

shrew mouse
GCF_900095145.1

46,279
(2.64 %)

20,549
(2.23 %)

18,979
(1.49 %)

94,079
(3.98 %)

41.89
(90.53 %)

269,643
(9.50 %)

17,879
(93.73 %)

4,788,498
(38.32 %)

1,499,714
(3.03 %)

13,021,757
(27.83 %)

16,787
(0.47 %)

343

Siberian musk deer (BS20 2019 Broad)
GCA_004024705.1

n/a

23,440
(1.32 %)

37,497
(1.19 %)

n/a

42.32
(99.86 %)

19,764
(0.07 %)

1,195,467
(99.93 %)

6,726,950
(49.79 %)

437,480
(1.57 %)

14,155,240
(46.22 %)

49,177
(1.05 %)

344

small Madagascar hedgehog
GCF_000313985.2

37,090
(1.93 %)

18,969
(1.19 %)

19,298
(1.31 %)

n/a

43.01
(88.43 %)

270,406
(11.60 %)

7,490
(100.00 %)

3,789,337
(28.89 %)

429,226
(0.87 %)

16,951,112
(32.23 %)

39,993
(0.70 %)

345

snow leopard (11264 2022)
GCF_023721935.1

53,556
(3.37 %)

18,780
(1.67 %)

21,038
(1.40 %)

n/a

41.60
(99.30 %)

23,786
(0.70 %)

2,636
(100.00 %)

4,714,429
(34.93 %)

919,518
(1.59 %)

13,711,504
(33.24 %)

64,690
(2.41 %)

346

snowshoe hare
GCA_004026855.1

n/a

23,263
(0.88 %)

55,811
(1.01 %)

n/a

44.12
(99.87 %)

10,153
(0.03 %)

1,602,982
(99.97 %)

4,767,120
(21.29 %)

1,040,992
(2.22 %)

15,680,144
(43.23 %)

126,152
(2.28 %)

347

social tuco-tuco
GCA_004027165.1

n/a

25,166
(1.12 %)

41,316
(1.26 %)

n/a

40.71
(99.89 %)

16,191
(0.06 %)

823,762
(99.94 %)

5,390,906
(28.28 %)

1,027,922
(2.15 %)

15,241,308
(38.39 %)

31,883
(0.72 %)

348

South African ground squirrel
GCA_004024805.1

n/a

22,802
(1.44 %)

33,892
(1.27 %)

n/a

39.97
(99.92 %)

9,745
(0.04 %)

587,115
(99.96 %)

5,256,998
(34.93 %)

594,122
(1.27 %)

14,462,947
(33.96 %)

34,141
(0.80 %)

349

southern elephant seal
GCF_011800145.1

53,210
(2.86 %)

19,520
(1.73 %)

20,727
(1.41 %)

n/a

41.45
(99.36 %)

22,850
(0.64 %)

1,115
(100.00 %)

4,728,105
(43.75 %)

585,443
(1.13 %)

13,463,979
(33.65 %)

53,182
(1.62 %)

350

southern grasshopper mouse (2020)
GCF_903995425.1

47,152
(2.39 %)

19,356
(1.68 %)

18,821
(1.36 %)

n/a

41.81
(98.94 %)

2,143
(1.06 %)

2,949
(100.00 %)

4,850,460
(28.64 %)

1,195,836
(2.72 %)

13,540,762
(32.73 %)

18,046
(0.54 %)

351

southern multimammate mouse
GCF_008632895.1

69,058
(3.04 %)

20,294
(2.10 %)

18,506
(1.44 %)

n/a

41.39
(91.90 %)

146,713
(8.12 %)

28
(100.00 %)

4,749,130
(37.35 %)

1,454,350
(2.93 %)

13,104,717
(28.82 %)

16,715
(0.45 %)

352

southern tamandua (mTamTet1 alternate hap 2022)
GCA_023853755.1

n/a

20,179
(1.21 %)

24,249
(1.19 %)

n/a

39.54
(100.00 %)

4
(0.00 %)

7,866
(100.00 %)

3,953,031
(35.88 %)

531,111
(1.14 %)

16,354,874
(39.96 %)

59,907
(1.35 %)

353

southern tamandua (mTamTet1 primary hap 2022)
GCA_023851605.1

n/a

20,058
(1.26 %)

22,196
(1.13 %)

n/a

39.48
(99.44 %)

961
(0.56 %)

201
(100.00 %)

4,037,291
(46.02 %)

593,019
(1.17 %)

18,033,833
(40.56 %)

65,039
(1.33 %)

354

southern three-banded armadillo
GCA_004025125.1

n/a

29,138
(0.73 %)

56,522
(0.75 %)

n/a

39.20
(99.82 %)

15,801
(0.04 %)

2,941,308
(99.96 %)

6,990,740
(38.88 %)

839,452
(1.23 %)

24,805,397
(43.95 %)

71,951
(0.98 %)

355

southern two-toed sloth (mChoDid1 alternate hap 2020)
GCA_015220265.1

n/a

22,897
(1.23 %)

27,007
(1.18 %)

n/a

39.87
(100.00 %)

70
(0.00 %)

12,050
(100.00 %)

4,502,020
(38.27 %)

576,759
(1.02 %)

17,143,050
(40.65 %)

51,339
(1.15 %)

356

southern two-toed sloth (mChoDid1 primary hap 2020)
GCF_015220235.1

63,054
(2.39 %)

21,998
(1.29 %)

23,177
(1.18 %)

n/a

39.89
(97.48 %)

1,243
(2.52 %)

146
(100.00 %)

4,559,690
(39.66 %)

577,607
(1.02 %)

16,594,630
(40.50 %)

51,430
(1.14 %)

357

southern white rhinoceros (SDZICR_KB13650 2012 refseq)
GCF_000283155.1

37,037
(2.11 %)

18,398
(1.71 %)

19,753
(1.44 %)

n/a

40.90
(96.05 %)

54,737
(3.96 %)

57,824
(96.04 %)

3,685,898
(38.31 %)

421,694
(0.97 %)

14,765,529
(28.93 %)

36,281
(1.02 %)

358

Sowerby's beaked whale
GCA_004027085.1

n/a

22,800
(1.32 %)

38,247
(1.17 %)

n/a

41.68
(99.84 %)

8,597
(0.03 %)

1,810,317
(99.97 %)

5,520,986
(45.05 %)

1,081,962
(2.69 %)

13,480,261
(43.01 %)

69,001
(1.39 %)

359

sperm whale (SW-GA 2023)
GCF_002837175.3

62,615
(2.83 %)

19,485
(1.75 %)

22,707
(1.41 %)

n/a

41.33
(95.82 %)

121,387
(4.20 %)

133,555
(95.80 %)

3,906,439
(36.43 %)

691,647
(2.39 %)

13,489,368
(32.95 %)

86,751
(2.23 %)

360

star-nosed mole
GCF_000260355.1

30,444
(2.86 %)

16,116
(1.82 %)

17,403
(1.78 %)

n/a

41.55
(95.10 %)

82,557
(4.92 %)

84,595
(95.08 %)

1,855,039
(18.90 %)

308,473
(0.86 %)

9,571,561
(26.02 %)

48,079
(2.76 %)

361

Steller sea lion
GCF_004028035.1

46,044
(2.38 %)

21,171
(1.78 %)

21,626
(1.43 %)

n/a

41.38
(99.41 %)

18,994
(0.59 %)

24,485
(99.41 %)

4,556,415
(43.53 %)

577,797
(1.09 %)

13,545,012
(33.71 %)

51,355
(1.45 %)

362

Stephens's kangaroo rat
GCA_004024685.1

n/a

20,638
(1.19 %)

43,541
(1.37 %)

n/a

41.90
(99.85 %)

8,882
(0.04 %)

1,278,525
(99.96 %)

4,886,095
(30.36 %)

1,229,832
(5.30 %)

11,334,494
(44.33 %)

38,450
(1.17 %)

363

steppe mouse (ZRU 2018)
GCA_003336285.1

n/a

22,032
(2.17 %)

20,891
(1.41 %)

n/a

41.70
(95.78 %)

123,681
(4.24 %)

161,217
(95.76 %)

4,964,415
(42.35 %)

1,414,584
(2.75 %)

12,989,925
(31.80 %)

17,544
(0.44 %)

364

straw-colored fruit bat
GCA_000465285.1

n/a

20,161
(1.66 %)

40,283
(1.50 %)

n/a

39.24
(99.62 %)

154,908
(0.40 %)

288,446
(99.60 %)

2,814,732
(32.92 %)

372,539
(1.01 %)

12,351,823
(25.93 %)

67,245
(2.34 %)

365

stripe-headed round-eared bat
GCA_004024845.1

n/a

20,248
(1.62 %)

29,173
(1.61 %)

n/a

42.04
(99.96 %)

2,860
(0.01 %)

252,670
(99.99 %)

3,018,746
(29.48 %)

333,243
(0.74 %)

12,128,116
(30.51 %)

59,513
(1.87 %)

366

striped hyena (BS54 2019 Broad)
GCA_004023945.1

n/a

22,373
(1.45 %)

39,382
(1.45 %)

n/a

41.66
(99.93 %)

11,849
(0.05 %)

362,072
(99.95 %)

5,048,667
(42.42 %)

712,073
(1.24 %)

13,879,012
(34.58 %)

69,835
(2.20 %)

367

striped hyena (Hyena2069 2018 Potsdam U)
GCF_003009895.1

48,870
(2.41 %)

18,793
(1.67 %)

20,950
(1.44 %)

n/a

41.56
(99.29 %)

23,058
(0.71 %)

5,761
(100.00 %)

4,782,500
(41.88 %)

701,157
(1.32 %)

13,436,624
(33.05 %)

58,977
(2.20 %)

368

Sumatran rhinoceros (Ipuh 2017)
GCA_002844835.1

n/a

20,368
(1.53 %)

24,204
(1.23 %)

n/a

41.05
(95.54 %)

50,876
(4.40 %)

1,112,463
(95.60 %)

4,516,240
(39.90 %)

561,540
(1.56 %)

15,821,451
(34.68 %)

45,201
(1.03 %)

369

Sunda flying lemur (2014 WashU)
GCF_000696425.1

34,734
(1.83 %)

21,356
(1.55 %)

25,832
(1.21 %)

n/a

40.21
(87.96 %)

412,608
(12.07 %)

511,878
(87.93 %)

4,961,153
(38.35 %)

854,441
(3.33 %)

17,562,576
(28.82 %)

82,988
(1.05 %)

370

Sunda flying lemur (US047 2019 Broad)
GCA_004027255.1

n/a

24,882
(1.29 %)

43,546
(1.12 %)

n/a

40.46
(99.88 %)

5,895
(0.02 %)

1,655,642
(99.98 %)

5,807,241
(38.62 %)

953,765
(2.48 %)

18,836,777
(37.68 %)

114,955
(1.43 %)

371

tailed tailless bat
GCA_004027475.1

n/a

19,920
(1.58 %)

28,017
(1.58 %)

n/a

41.76
(99.95 %)

4,640
(0.02 %)

341,895
(99.98 %)

3,139,817
(30.43 %)

381,536
(0.81 %)

12,069,229
(32.73 %)

54,528
(2.15 %)

372

takin (Tak-1 2022)
GCF_023091745.1

31,914
(1.65 %)

19,290
(1.42 %)

21,656
(1.27 %)

n/a

43.32
(100.00 %)

152
(0.00 %)

1,363
(100.00 %)

3,256,033
(21.01 %)

714,375
(8.32 %)

13,010,154
(44.58 %)

49,134
(7.43 %)

373

Talazac's shrew tenrec
GCA_004026705.1

n/a

22,605
(0.81 %)

50,725
(1.09 %)

n/a

43.03
(99.93 %)

6,619
(0.02 %)

795,514
(99.98 %)

3,493,378
(14.58 %)

705,274
(1.31 %)

20,975,335
(36.85 %)

70,793
(1.26 %)

374

Tasmanian devil
GCF_902635505.1

52,070
(2.36 %)

15,902
(0.85 %)

17,542
(0.99 %)

43,475
(2.65 %)

36.16
(100.00 %)

354
(0.00 %)

106
(100.00 %)

6,648,718
(44.20 %)

1,246,027
(2.19 %)

21,434,803
(41.20 %)

23,609
(0.65 %)

375

thirteen-lined ground squirrel (2021 HiC)
GCF_016881025.1

69,352
(3.50 %)

18,934
(1.68 %)

16,775
(1.37 %)

n/a

39.91
(93.25 %)

146,412
(6.77 %)

7,132
(100.00 %)

4,262,890
(35.64 %)

640,624
(1.64 %)

14,118,452
(27.90 %)

28,317
(0.64 %)

376

tiger
GCF_018350195.1

71,226
(2.84 %)

18,513
(1.68 %)

19,919
(1.39 %)

n/a

41.64
(100.00 %)

65
(0.00 %)

131
(100.00 %)

4,878,003
(42.77 %)

912,595
(1.82 %)

13,804,650
(33.76 %)

64,312
(2.55 %)

377

Townsend's big-eared bat (haplotype 1 of 2 COTO_CA2020_CCGP 2022)
GCA_026230055.1

n/a

19,370
(1.77 %)

21,062
(1.61 %)

n/a

42.81
(100.00 %)

219
(0.00 %)

610
(100.00 %)

2,923,694
(25.49 %)

772,382
(3.25 %)

10,654,074
(37.41 %)

48,226
(2.42 %)

378

Townsend's big-eared bat (haplotype 2 of 2 COTO_CA2020_CCGP 2022)
GCA_026230045.1

n/a

18,627
(1.82 %)

20,108
(1.67 %)

n/a

42.95
(100.00 %)

217
(0.00 %)

182
(100.00 %)

2,733,927
(24.79 %)

715,258
(3.17 %)

10,099,456
(36.35 %)

47,139
(2.58 %)

379

Transcaucasian mole vole
GCA_001685075.1

n/a

20,173
(1.62 %)

18,627
(1.30 %)

n/a

41.51
(96.09 %)

440,846
(3.96 %)

499,269
(96.04 %)

3,827,136
(25.51 %)

810,597
(2.65 %)

13,634,524
(27.54 %)

9,596
(0.16 %)

380

Upper Galilee mountains blind mole rat (2095 2014 refseq)
GCF_000622305.1

54,667
(2.07 %)

19,704
(1.26 %)

21,262
(1.20 %)

n/a

41.26
(95.18 %)

201,121
(4.83 %)

356,097
(95.17 %)

6,165,645
(34.95 %)

1,197,750
(2.77 %)

16,282,383
(36.21 %)

22,905
(0.49 %)

381

vaquita (alternate hap mPhoSin1 2019)
GCA_008692045.1

n/a

9,367
(1.66 %)

11,297
(1.30 %)

n/a

41.50
(100.00 %)

1
(0.00 %)

9,470
(100.00 %)

1,708,360
(43.81 %)

267,584
(1.67 %)

5,373,410
(33.52 %)

29,783
(1.94 %)

382

vaquita (mPhoSin1 2019)
GCF_008692025.1

60,106
(3.00 %)

18,611
(1.76 %)

20,103
(1.39 %)

n/a

41.36
(99.66 %)

212
(0.34 %)

64
(100.00 %)

4,067,454
(44.25 %)

602,407
(1.34 %)

12,468,582
(35.55 %)

66,806
(1.79 %)

383

water buffalo (Mediterranean 2018)
GCF_003121395.1

69,771
(3.14 %)

19,465
(1.58 %)

21,849
(1.37 %)

n/a

41.81
(99.99 %)

410
(0.01 %)

509
(100.00 %)

5,407,697
(47.11 %)

473,976
(1.54 %)

13,015,899
(41.23 %)

43,120
(1.15 %)

384

water buffalo (Murrah 2021)
GCF_019923935.1

80,552
(3.26 %)

19,402
(1.59 %)

20,375
(1.31 %)

n/a

41.75
(100.00 %)

659
(0.00 %)

26
(100.00 %)

5,358,548
(47.11 %)

447,338
(1.14 %)

13,034,537
(41.28 %)

40,189
(1.07 %)

385

Weddell seal (WS11-02 2013 refseq)
GCF_000349705.1

48,251
(2.73 %)

21,063
(1.73 %)

22,333
(1.43 %)

n/a

41.39
(70.44 %)

152,836
(29.58 %)

169,547
(70.42 %)

4,420,479
(41.72 %)

471,256
(0.66 %)

13,410,237
(22.09 %)

48,738
(1.01 %)

386

western European hedgehog (2012 refseq)
GCF_000296755.1

29,923
(1.67 %)

18,067
(1.33 %)

19,777
(1.35 %)

n/a

41.54
(85.94 %)

219,764
(14.09 %)

225,567
(85.91 %)

6,594,783
(45.66 %)

1,271,533
(2.29 %)

12,374,161
(42.02 %)

28,528
(0.71 %)

387

western spotted skunk
GCA_004023965.1

n/a

21,665
(1.46 %)

34,370
(1.32 %)

n/a

41.61
(99.92 %)

11,822
(0.05 %)

433,831
(99.95 %)

4,889,781
(40.77 %)

901,906
(2.30 %)

13,931,764
(34.80 %)

54,394
(1.54 %)

388

white-footed mouse
GCF_004664715.2

54,479
(2.82 %)

19,971
(1.69 %)

20,132
(1.42 %)

n/a

42.23
(99.95 %)

2,299
(0.05 %)

1,857
(100.00 %)

5,060,487
(30.71 %)

1,258,073
(2.85 %)

14,007,098
(32.99 %)

23,456
(0.67 %)

389

white-tailed deer (Pink-7 2017 refseq)
GCF_002102435.1

57,774
(2.93 %)

20,661
(1.75 %)

23,085
(1.50 %)

n/a

41.55
(99.10 %)

107,058
(0.91 %)

48,653
(99.10 %)

4,800,704
(41.29 %)

413,129
(2.59 %)

13,296,779
(34.22 %)

44,165
(1.19 %)

390

white-toothed pygmy shrew (mSunEtr1 alternate hap 2022)
GCA_024140225.1

n/a

12,198
(1.10 %)

18,494
(1.29 %)

n/a

39.87
(100.00 %)

26
(0.00 %)

14,841
(100.00 %)

1,725,021
(17.81 %)

802,415
(4.26 %)

8,321,474
(45.72 %)

15,669
(0.79 %)

391

white-toothed pygmy shrew (mSunEtr1 primary hap 2022)
GCF_024139225.1

40,430
(1.81 %)

17,575
(1.21 %)

21,880
(1.35 %)

n/a

39.81
(99.57 %)

1,010
(0.43 %)

147
(100.00 %)

2,846,063
(18.57 %)

1,252,362
(3.89 %)

13,776,063
(46.50 %)

24,589
(0.78 %)

392

wild Bactrian camel (BCGSAC Cfer 1.0 YT-003-E 2020)
GCF_009834535.1

70,235
(4.11 %)

18,202
(1.93 %)

20,199
(1.66 %)

n/a

41.66
(99.99 %)

2,345
(0.01 %)

2,043
(100.00 %)

3,091,018
(33.31 %)

332,720
(5.33 %)

12,161,286
(28.79 %)

55,524
(1.75 %)

393

wild Bactrian camel (CB1 Naran 2013 refseq)
GCF_000311805.1

34,726
(2.40 %)

18,746
(1.96 %)

17,104
(1.61 %)

n/a

41.28
(98.83 %)

60,971
(1.18 %)

68,872
(98.82 %)

2,991,821
(33.93 %)

353,632
(1.23 %)

12,349,615
(25.12 %)

45,437
(1.02 %)

394

wild goat
GCA_000978405.1

n/a

19,104
(1.48 %)

16,198
(1.21 %)

n/a

41.91
(91.72 %)

279,195
(8.31 %)

368,693
(91.69 %)

5,563,294
(45.39 %)

452,402
(1.99 %)

13,802,376
(35.47 %)

41,935
(0.63 %)

395

wild mouse SPRET_EiJ
GCA_001624865.1

n/a

21,211
(2.19 %)

17,797
(1.36 %)

n/a

41.65
(89.10 %)

334,091
(10.95 %)

29,259
(98.77 %)

5,087,807
(40.60 %)

1,402,357
(3.14 %)

13,522,663
(27.99 %)

16,888
(0.42 %)

396

wild yak
GCF_000298355.1

29,776
(1.92 %)

19,936
(1.62 %)

19,914
(1.32 %)

n/a

41.71
(95.48 %)

192,006
(4.54 %)

233,198
(95.46 %)

5,348,663
(46.08 %)

449,880
(1.38 %)

13,572,902
(36.62 %)

41,147
(0.82 %)

397

woodchuck (LI92 2021)
GCF_021218885.1

62,044
(2.80 %)

19,783
(1.48 %)

21,060
(1.38 %)

n/a

39.92
(100.00 %)

46
(0.00 %)

3,381
(100.00 %)

3,884,968
(28.12 %)

912,591
(2.73 %)

14,538,767
(35.15 %)

36,919
(1.02 %)

398

woodland dormouse
GCA_004027655.1

n/a

23,556
(1.09 %)

55,517
(1.33 %)

n/a

41.52
(99.86 %)

15,691
(0.06 %)

1,283,630
(99.94 %)

7,674,195
(34.99 %)

1,698,258
(3.76 %)

13,705,886
(42.23 %)

68,562
(1.41 %)

399

woodland thicket rat
GCF_004785775.1

43,129
(2.40 %)

22,710
(2.13 %)

21,042
(1.49 %)

n/a

41.17
(98.57 %)

76,623
(1.44 %)

23,656
(100.00 %)

4,732,544
(38.04 %)

1,424,025
(3.23 %)

13,549,399
(30.42 %)

18,232
(0.48 %)

400

Yangtze finless porpoise (v2 wild 2018 refseq)
GCF_003031525.2

43,297
(2.49 %)

18,747
(1.81 %)

19,638
(1.46 %)

n/a

41.28
(99.29 %)

52,647
(0.72 %)

66,343
(99.28 %)

3,547,466
(35.83 %)

540,760
(1.65 %)

12,691,756
(32.88 %)

59,050
(1.48 %)

401

Yangtze River dolphin (v1.1 BGI 2013 refseq)
GCF_000442215.2

26,115
(1.61 %)

18,978
(1.74 %)

20,661
(1.39 %)

n/a

41.24
(98.69 %)

123,788
(1.33 %)

148,598
(98.67 %)

3,788,303
(37.04 %)

690,288
(1.96 %)

12,841,906
(35.04 %)

62,458
(1.54 %)

402

yellow-bellied marmot (SJ_83 v2.1 2019)
GCF_003676075.3

42,654
(2.16 %)

19,547
(1.52 %)

21,406
(1.40 %)

n/a

39.89
(97.96 %)

35,509
(2.04 %)

66,442
(97.96 %)

3,814,223
(27.39 %)

800,865
(1.96 %)

14,323,977
(32.63 %)

34,122
(0.91 %)

403

yellow-footed antechinus (v2 Samford, QLD, Australia AdamAnt 2021)
GCF_016432865.1

47,606
(2.50 %)

15,703
(0.78 %)

16,155
(0.90 %)

n/a

36.21
(99.99 %)

620
(0.01 %)

486
(100.00 %)

5,191,383
(23.81 %)

1,269,772
(2.59 %)

21,430,585
(42.69 %)

28,118
(0.66 %)

404

yellow-spotted hyrax
GCA_004026845.1

n/a

20,424
(0.86 %)

43,984
(1.27 %)

n/a

40.93
(99.94 %)

3,815
(0.01 %)

971,748
(99.99 %)

5,365,974
(31.41 %)

435,699
(1.22 %)

21,229,266
(45.17 %)

38,521
(0.68 %)

405

Yuma myotis (MYYU_CA2020_CCGP alternate hap 2023)
GCA_028536395.1

n/a

19,188
(1.79 %)

21,673
(1.72 %)

n/a

43.03
(100.00 %)

215
(0.00 %)

250
(100.00 %)

3,043,589
(24.76 %)

773,853
(4.49 %)

10,648,494
(37.26 %)

61,910
(2.52 %)

406

Yuma myotis (MYYU_CA2020_CCGP primary hap 2023)
GCA_028538775.1

n/a

18,587
(1.82 %)

21,049
(1.76 %)

n/a

43.22
(100.00 %)

209
(0.00 %)

685
(100.00 %)

2,890,086
(24.28 %)

719,555
(4.26 %)

10,089,514
(36.35 %)

60,975
(2.61 %)

407

zebu cattle (Nelore 2014 refseq)
GCF_000247795.1

39,817
(2.52 %)

18,603
(1.59 %)

18,779
(1.29 %)

n/a

41.75
(92.62 %)

6,941,272
(7.66 %)

253,770
(92.59 %)

5,119,428
(46.84 %)

358,908
(0.88 %)

13,431,672
(36.60 %)

35,241
(0.84 %)

TOTALS:

total assembly count 407

Additional hubs with collections of assemblies

Collection

Hub index pages:

Assembly statistics:

Track statistics:

Primates

Mammals

Birds

Fishes

other vertebrates

Invertebrates

Plants

Fungi

Viruses

Bacteria

legacy/superseded

collections below are subsets of the assemblies above

VGP - Vertebrate Genome Project

445 assemblies

assembly stats

track stats

CCGP - The California Conservation Genomics Project

126 assemblies

assembly stats

track stats

HPRC - Human Pangenome Reference Consortium

96 assemblies

assembly stats

track stats

Mammals Genomes assembly hubs, track statistics

See also: hub access, assembly statistics

Data resource links